SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_111609167.1 NCBI__GCF_003259225.1:WP_111609167.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3uugA Crystal structure of the periplasmic sugar binding protein chve (see paper)
73% identity, 92% coverage: 28:353/353 of query aligns to 3:329/329 of 3uugA

query
sites
3uugA
G
 
G
Y
 
S
V
 
V
G
 
G
I
 
I
A
 
A
M
 
M
P
 
P
T
 
T
K
 
K
S
 
S
S
 
S
A
 
A
R
|
R
W
 
W
I
 
I
T
 
D
D
 
D
G
 
G
D
 
N
S
 
N
M
 
I
V
 
V
K
 
K
L
 
Q
F
 
L
Q
 
Q
D
 
E
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
K
 
K
V
 
T
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
Y
 
Y
A
 
A
E
 
D
D
 
D
E
 
D
I
 
I
P
 
P
N
 
N
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
M
 
M
I
 
V
V
 
T
K
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
K
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
I
A
 
A
A
 
S
I
 
I
D
 
D
G
 
G
T
 
T
T
 
T
L
 
L
S
 
S
N
 
D
A
 
V
L
 
L
E
 
K
N
 
Q
A
 
A
D
 
G
A
 
E
A
 
Q
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
I
 
I
S
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
K
 
R
N
 
N
S
 
S
P
 
G
H
 
D
V
 
V
S
 
S
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
T
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
N
F
 
F
K
 
Q
V
 
V
G
 
G
V
 
V
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
K
 
T
S
 
S
L
 
I
V
 
T
S
 
D
G
 
K
M
 
L
E
 
G
Q
 
L
R
 
K
-
 
D
G
 
G
A
 
K
G
 
G
P
 
P
Y
 
F
N
 
N
V
 
I
E
 
E
L
 
L
F
 
F
G
 
G
G
 
G
S
 
S
P
 
P
D
 
D
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
Y
 
F
F
 
F
F
 
F
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
A
 
A
M
 
M
S
 
S
V
 
V
L
 
L
Q
 
K
P
 
P
M
 
Y
I
 
I
D
 
D
S
 
S
G
 
G
K
 
K
V
 
L
N
 
V
V
 
V
V
 
K
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
M
 
M
G
 
G
M
 
M
D
 
D
K
 
K
V
 
V
G
 
G
T
 
T
L
 
L
R
 
R
W
|
W
D
 
D
G
 
P
A
 
A
T
 
T
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
R
 
R
M
 
M
D
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
L
S
 
S
A
 
A
H
 
Y
Y
 
Y
T
 
T
T
 
D
K
 
A
H
 
K
V
 
V
D
 
D
G
 
A
I
 
V
L
 
L
S
 
S
P
 
P
Y
|
Y
D
 
D
G
 
G
I
 
L
S
 
S
I
 
I
G
 
G
I
 
I
L
 
I
S
 
S
S
 
S
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
S
 
T
G
 
K
N
 
D
L
 
Q
P
 
P
M
 
L
P
 
P
I
 
V
V
 
V
T
 
S
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
E
 
E
V
 
V
P
 
P
S
 
S
V
 
V
K
 
K
S
 
S
I
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
I
 
I
F
 
F
K
|
K
D
 
D
T
 
T
R
 
R
E
 
E
L
 
L
A
 
A
N
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
V
G
 
N
M
 
M
V
 
V
Q
 
N
A
 
A
V
 
V
L
 
M
N
 
E
D
 
G
A
 
K
K
 
E
P
 
P
Q
 
E
I
 
V
N
 
N
D
 
D
T
 
T
K
 
K
T
 
T
Y
 
Y
N
 
E
N
 
N
G
 
G
I
 
V
K
 
K
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
 
S
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
E
 
K
P
 
P
V
 
V
T
 
A
V
 
V
D
 
T
K
 
K
S
 
E
N
 
N
W
 
Y
Q
 
K
D
 
Q
V
 
V
L
 
L
L
 
V
G
 
D
S
 
G
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
Y
T
 
K
K
 
E
S
 
D
Q
 
Q
V
 
L
E
 
K

3urmA Crystal structure of the periplasmic sugar binding protein chve (see paper)
73% identity, 92% coverage: 28:353/353 of query aligns to 3:329/329 of 3urmA

query
sites
3urmA
G
 
G
Y
 
S
V
 
V
G
 
G
I
 
I
A
 
A
M
 
M
P
 
P
T
 
T
K
 
K
S
 
S
S
 
S
A
 
A
R
|
R
W
 
W
I
 
I
T
 
D
D
 
D
G
 
G
D
 
N
S
 
N
M
 
I
V
 
V
K
 
K
L
 
Q
F
 
L
Q
 
Q
D
 
E
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
K
 
K
V
 
T
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
Y
 
Y
A
 
A
E
 
D
D
 
D
E
 
D
I
 
I
P
 
P
N
 
N
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
M
 
M
I
 
V
V
 
T
K
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
K
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
I
A
 
A
A
 
S
I
 
I
D
 
D
G
 
G
T
 
T
T
 
T
L
 
L
S
 
S
N
 
D
A
 
V
L
 
L
E
 
K
N
 
Q
A
 
A
D
 
G
A
 
E
A
 
Q
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
I
 
I
S
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
K
 
R
N
 
N
S
 
S
P
 
G
H
 
D
V
 
V
S
 
S
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
T
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
N
F
 
F
K
 
Q
V
 
V
G
 
G
V
 
V
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
K
 
T
S
 
S
L
 
I
V
 
T
S
 
D
G
 
K
M
 
L
E
 
G
Q
 
L
R
 
K
-
 
D
G
 
G
A
 
K
G
 
G
P
 
P
Y
 
F
N
 
N
V
 
I
E
 
E
L
 
L
F
 
F
G
 
G
G
 
G
S
 
S
P
 
P
D
 
D
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
Y
 
F
F
 
F
F
 
F
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
A
 
A
M
 
M
S
 
S
V
 
V
L
 
L
Q
 
K
P
 
P
M
 
Y
I
 
I
D
 
D
S
 
S
G
 
G
K
 
K
V
 
L
N
 
V
V
 
V
V
 
K
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
M
 
M
G
 
G
M
 
M
D
 
D
K
 
K
V
 
V
G
 
G
T
 
T
L
 
L
R
 
R
W
|
W
D
 
D
G
 
P
A
 
A
T
 
T
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
R
 
R
M
 
M
D
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
L
S
 
S
A
 
A
H
 
Y
Y
 
Y
T
 
T
T
 
D
K
 
A
H
 
K
V
 
V
D
 
D
G
 
A
I
 
V
L
 
L
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
I
 
L
S
 
S
I
 
I
G
 
G
I
 
I
L
 
I
S
 
S
S
 
S
L
 
L
K
 
K
G
 
G
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
S
 
T
G
 
K
N
 
D
L
 
Q
P
 
P
M
 
L
P
 
P
I
 
V
V
 
V
T
 
S
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
E
 
E
V
 
V
P
 
P
S
 
S
V
 
V
K
 
K
S
 
S
I
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
I
 
I
F
 
F
K
|
K
D
 
D
T
 
T
R
 
R
E
 
E
L
 
L
A
 
A
N
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
V
G
 
N
M
 
M
V
 
V
Q
 
N
A
 
A
V
 
V
L
 
M
N
 
E
D
 
G
A
 
K
K
 
E
P
 
P
Q
 
E
I
 
V
N
 
N
D
 
D
T
 
T
K
 
K
T
 
T
Y
 
Y
N
 
E
N
 
N
G
 
G
I
 
V
K
 
K
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
 
S
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
E
 
K
P
 
P
V
 
V
T
 
A
V
 
V
D
 
T
K
 
K
S
 
E
N
 
N
W
 
Y
Q
 
K
D
 
Q
V
 
V
L
 
L
L
 
V
G
 
D
S
 
G
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
Y
T
 
K
K
 
E
S
 
D
Q
 
Q
V
 
L
E
 
K

4wwhA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from mycobacterium smegmatis (msmeg_1704, target efi- 510967) with bound d-galactose
64% identity, 93% coverage: 26:353/353 of query aligns to 1:329/329 of 4wwhA

query
sites
4wwhA
A
 
A
S
 
K
G
 
G
Y
 
T
V
 
V
G
 
G
I
 
I
A
 
A
M
 
M
P
 
P
T
 
T
K
 
K
S
 
S
S
 
S
A
 
E
R
|
R
W
 
W
I
 
V
T
 
A
D
 
D
G
 
G
D
 
Q
S
 
N
M
 
M
V
 
V
K
 
D
L
 
Q
F
 
F
Q
 
K
D
 
A
A
 
F
G
 
G
Y
 
Y
K
 
D
V
 
T
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
Y
 
Y
A
 
G
E
 
D
D
 
D
E
 
V
I
 
V
P
 
Q
N
 
N
Q
 
Q
L
 
V
S
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
M
 
M
I
 
I
V
 
T
K
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
K
V
 
L
L
 
L
V
 
V
I
 
I
A
 
A
A
 
P
I
 
I
D
 
D
G
 
G
T
 
S
T
 
S
L
 
L
S
 
T
N
 
N
A
 
T
L
 
L
E
 
Q
N
 
H
A
 
A
D
 
A
A
 
D
A
 
L
G
 
K
I
 
I
K
 
P
V
 
V
I
 
I
S
 
S
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
K
 
K
N
 
G
S
 
T
P
 
P
H
 
N
V
 
V
S
 
D
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
T
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
N
F
 
T
K
 
K
V
 
V
G
 
G
V
 
V
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
K
 
N
S
 
Y
L
 
I
V
 
V
S
 
D
G
 
T
M
 
L
E
 
G
-
 
V
Q
 
A
R
 
D
G
 
G
A
 
K
G
 
G
P
 
P
Y
 
F
N
 
N
V
 
L
E
 
E
L
 
L
F
 
F
G
 
A
G
 
G
S
 
S
P
 
P
D
 
D
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
Y
 
T
F
 
Y
F
 
F
Y
 
F
D
 
Q
G
 
G
A
 
A
M
 
M
S
 
S
V
 
V
L
 
L
Q
 
Q
P
 
P
M
 
Y
I
 
I
D
 
D
S
 
S
G
 
G
K
 
K
V
 
L
N
 
V
V
 
V
V
 
K
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
M
 
T
G
 
T
M
 
F
D
 
D
K
 
Q
V
 
I
G
 
A
T
 
T
L
 
L
R
 
R
W
|
W
D
 
D
G
 
G
A
 
G
T
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
S
R
 
R
M
 
M
D
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
L
S
 
S
A
 
Q
H
 
A
Y
 
Y
T
 
T
T
 
S
K
 
G
H
 
R
V
 
V
D
 
D
G
 
A
I
 
V
L
 
L
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
I
 
I
S
 
S
I
 
R
G
 
G
I
 
V
L
 
I
S
 
S
S
 
A
L
 
L
K
 
K
G
 
S
V
 
A
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
S
 
N
G
 
A
N
 
A
L
 
K
P
 
P
M
 
L
P
 
P
I
 
I
V
 
V
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
E
 
E
V
 
L
P
 
A
S
 
S
V
 
V
K
 
K
S
 
S
I
 
I
I
 
V
A
 
A
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Y
 
T
S
 
Q
T
 
T
I
 
V
F
 
F
K
|
K
D
 
D
T
 
T
R
 
R
E
 
E
L
 
L
A
 
A
N
 
K
V
 
A
T
 
A
V
 
V
G
 
Q
M
 
E
V
 
A
Q
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
L
N
 
T
D
 
G
A
 
G
K
 
T
P
 
P
Q
 
Q
I
 
V
N
 
N
D
 
D
T
 
T
K
 
E
T
 
T
Y
 
Y
N
 
D
N
 
N
G
 
G
I
 
V
K
 
K
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
 
S
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
E
 
D
P
 
P
V
 
V
T
 
S
V
 
V
D
 
D
K
 
K
S
 
S
N
 
N
W
 
Y
Q
 
K
D
 
K
V
 
V
L
 
L
L
 
I
G
 
D
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
Y
T
 
T
K
 
E
S
 
T
Q
 
Q
V
 
V
E
 
Q

4ys6A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from clostridium phytofermentans (cphy_1585, target efi- 511156) with bound beta-d-glucose
47% identity, 92% coverage: 30:353/353 of query aligns to 3:324/324 of 4ys6A

query
sites
4ys6A
V
 
V
G
 
G
I
 
V
A
 
A
M
 
M
P
 
P
T
 
T
K
 
K
S
 
D
S
 
L
A
 
Q
R
|
R
W
|
W
I
 
N
T
 
Q
D
 
D
G
 
G
D
 
S
S
 
N
M
 
M
V
 
E
K
 
K
L
 
Q
F
 
L
Q
 
K
D
 
D
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
K
 
E
V
 
V
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
Y
 
Y
A
 
A
E
 
S
D
 
N
E
 
D
I
 
V
P
 
Q
N
 
T
Q
 
Q
L
 
V
S
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
M
 
M
I
 
I
V
 
S
K
 
N
G
 
G
V
 
C
D
 
K
V
 
L
L
 
L
V
 
V
I
 
I
A
 
A
A
 
S
I
 
I
D
 
E
G
 
G
T
 
D
T
 
S
L
 
L
S
 
G
N
 
T
A
 
V
L
 
L
E
 
A
N
 
Q
A
 
A
D
 
K
A
 
K
A
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
S
V
 
V
I
 
I
S
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
K
 
M
N
 
N
S
 
S
P
 
D
H
 
A
V
 
V
S
 
S
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
T
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
N
F
 
Y
K
 
M
V
 
V
G
 
G
V
 
T
L
 
K
Q
 
Q
A
 
G
K
 
E
S
 
Y
L
 
I
V
 
K
S
 
E
G
 
K
M
 
L
E
 
N
-
 
L
Q
 
E
R
 
T
G
 
A
A
 
K
G
 
G
P
 
P
Y
 
F
N
 
N
V
 
L
E
 
E
L
 
I
F
 
F
G
 
T
G
 
G
S
 
D
P
 
P
D
 
G
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
Y
 
R
F
 
F
F
 
F
Y
 
Y
D
 
G
G
 
G
A
 
A
M
 
M
S
 
D
V
 
V
L
 
L
Q
 
K
P
 
P
M
 
Y
I
 
V
D
 
D
S
 
G
G
 
G
K
 
V
V
 
L
N
 
V
V
 
V
V
 
K
S
 
S
G
 
G
Q
 
S
M
 
V
G
 
A
M
 
F
D
 
E
K
 
K
V
 
V
G
 
A
T
 
T
L
 
A
R
 
G
W
|
W
D
 
S
G
 
T
A
 
E
T
 
T
A
 
A
Q
 
Q
A
 
N
R
 
R
M
 
M
D
 
D
N
 
A
L
 
I
L
 
I
S
 
A
A
 
S
H
 
Y
Y
 
Y
T
 
A
T
 
D
-
 
G
K
 
T
H
 
K
V
 
L
D
 
D
G
 
A
I
 
V
L
 
L
S
 
C
P
 
S
Y
x
N
D
 
D
G
 
S
I
 
T
S
 
A
I
 
L
G
 
G
I
 
V
L
 
T
S
 
N
S
 
A
L
 
L
K
 
T
G
 
A
V
 
S
G
 
Y
Y
 
K
G
 
G
S
 
E
G
 
-
N
 
-
L
 
-
P
 
-
M
 
W
P
 
P
I
 
I
V
 
V
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
C
E
 
D
V
 
I
P
 
A
S
 
N
V
 
V
K
 
K
S
 
N
I
 
M
I
 
L
A
 
D
G
 
G
E
 
K
Q
 
Q
Y
 
S
S
 
M
T
 
S
I
 
I
F
 
F
K
|
K
D
 
D
T
 
T
R
 
R
E
 
T
L
 
L
A
 
A
N
 
S
V
 
Q
T
 
V
V
 
V
G
 
K
M
 
M
V
 
V
Q
 
D
A
 
A
V
 
I
L
 
M
N
 
K
D
 
G
A
 
G
K
 
E
P
 
A
Q
 
P
I
 
V
N
 
N
D
 
D
T
 
T
K
 
K
T
 
S
Y
 
Y
N
 
D
N
 
N
G
 
G
I
 
N
K
 
G
V
 
I
V
 
V
P
 
P
S
 
S
Y
 
Y
L
 
L
L
 
C
E
 
E
P
 
P
V
 
V
T
 
F
V
 
A
D
 
D
K
 
A
S
 
T
N
 
N
W
 
Y
Q
 
K
D
 
E
V
 
L
L
 
L
L
 
I
G
 
D
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
Y
T
 
T
K
 
E
S
 
D
Q
 
Q
V
 
L
E
 
K

3ma0A Closed liganded crystal structure of xylose binding protein from escherichia coli (see paper)
39% identity, 92% coverage: 30:352/353 of query aligns to 5:307/313 of 3ma0A

query
sites
3ma0A
V
 
I
G
 
G
I
 
M
A
 
A
M
 
I
P
 
D
T
 
D
K
 
L
S
 
R
S
x
L
A
 
E
R
|
R
W
 
W
I
 
Q
T
 
K
D
 
D
G
 
R
D
 
D
S
 
I
M
 
F
V
 
V
K
 
K
L
 
K
F
 
A
Q
 
E
D
 
S
A
 
L
G
 
G
Y
 
A
K
 
K
V
 
V
D
 
F
L
 
V
Q
 
Q
Y
 
S
A
 
A
E
 
N
D
 
G
E
 
N
I
 
E
P
 
E
N
 
T
Q
 
Q
L
 
M
S
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
M
 
M
I
 
I
V
 
N
K
 
R
G
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
I
A
 
I
A
 
P
I
 
Y
D
 
N
G
 
G
T
 
Q
T
 
V
L
 
L
S
 
S
N
 
N
A
 
V
L
 
V
E
 
K
N
 
E
A
 
A
D
 
K
A
 
Q
A
 
E
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
I
 
L
S
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
M
I
 
I
K
 
-
N
 
N
S
 
D
P
 
A
H
 
D
V
 
I
S
 
D
Y
 
F
Y
 
Y
A
 
I
T
 
S
F
 
F
D
 
D
N
 
N
F
 
E
K
 
K
V
 
V
G
 
G
V
 
E
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
K
 
K
S
 
A
L
 
L
V
 
V
S
 
D
G
 
I
M
 
V
E
 
P
Q
 
Q
R
 
G
G
 
-
A
 
-
G
 
-
P
 
-
Y
 
-
N
 
N
V
 
Y
E
 
F
L
 
L
F
 
M
G
 
G
G
 
G
S
 
S
P
 
P
D
 
V
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
Y
 
K
F
 
L
F
 
F
Y
 
R
D
 
A
G
 
G
A
 
Q
M
 
M
S
 
K
V
 
V
L
 
L
Q
 
K
P
 
P
M
 
Y
I
 
V
D
 
D
S
 
S
G
 
G
K
 
K
V
 
I
N
 
K
V
 
V
V
 
V
S
 
G
G
 
D
Q
 
Q
M
 
W
G
 
-
M
 
-
D
 
-
K
 
-
V
 
-
G
 
-
T
 
V
L
 
D
R
 
G
W
|
W
D
 
L
G
 
P
A
 
E
T
 
N
A
 
A
Q
 
L
A
 
K
R
 
I
M
 
M
D
 
E
N
 
N
L
 
A
L
 
L
S
 
T
A
 
A
H
 
N
Y
 
-
T
 
-
T
 
N
K
 
N
H
 
K
V
 
I
D
 
D
G
 
A
I
 
V
L
 
V
S
 
A
P
 
S
Y
x
N
D
 
D
G
 
A
I
 
T
S
 
A
I
 
G
G
 
G
I
 
A
L
 
I
S
 
Q
S
 
A
L
 
L
K
 
S
G
 
A
V
 
Q
G
 
G
Y
 
L
G
 
-
S
 
S
G
 
G
N
 
K
L
 
V
P
 
A
M
 
-
P
 
-
I
 
-
V
 
I
T
 
S
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
E
 
D
V
 
L
P
 
A
S
 
G
V
 
I
K
 
K
S
 
R
I
 
I
I
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
T
Q
 
Q
Y
 
T
S
 
M
T
 
T
I
 
V
F
 
Y
K
|
K
D
 
P
T
 
I
R
 
T
E
 
L
L
 
L
A
 
A
N
 
N
V
 
T
T
 
A
V
 
A
G
 
E
M
 
I
V
 
A
Q
 
V
A
 
E
V
 
L
L
 
G
N
 
N
D
 
G
A
 
Q
K
 
E
P
 
P
Q
 
K
I
 
A
N
 
-
D
 
D
T
 
T
K
 
-
T
 
T
Y
 
L
N
 
N
N
 
N
G
 
G
I
 
L
K
 
K
V
 
D
V
 
V
P
 
P
S
 
S
Y
 
R
L
 
L
L
 
L
E
 
T
P
 
P
V
 
I
T
 
D
V
 
V
D
 
N
K
 
K
S
 
N
N
 
N
W
 
I
Q
 
K
D
 
D
V
 
T
L
 
V
L
 
I
G
 
K
S
 
D
G
 
G
Y
 
F
Y
 
H
T
 
K
K
 
E
S
 
S
Q
 
E
V
 
L

4ywhA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z (asuc_0499, target efi-511068) with bound d-xylose
37% identity, 92% coverage: 30:352/353 of query aligns to 6:308/310 of 4ywhA

query
sites
4ywhA
V
 
I
G
 
G
I
 
M
A
 
S
M
 
I
P
 
D
T
 
D
K
 
L
S
 
R
S
x
L
A
 
E
R
|
R
W
 
W
I
 
Q
T
 
K
D
 
D
G
 
R
D
 
D
S
 
I
M
 
F
V
 
V
K
 
K
L
 
K
F
 
A
Q
 
E
D
 
S
A
 
L
G
 
G
Y
 
A
K
 
K
V
 
V
D
 
L
L
 
V
Q
 
Q
Y
 
S
A
 
A
E
 
N
D
 
G
E
 
D
I
 
D
P
 
S
N
 
A
Q
 
Q
L
 
I
S
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
M
 
M
I
 
L
V
 
N
K
 
K
G
 
N
V
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
I
A
 
I
A
 
P
I
 
H
D
 
N
G
 
G
T
 
D
T
 
V
L
 
L
S
 
S
N
 
N
A
 
V
L
 
I
E
 
S
N
 
E
A
 
A
D
 
K
A
 
K
A
 
E
G
 
G
I
 
V
K
 
K
V
 
V
I
 
L
S
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
K
 
N
N
 
N
S
 
A
P
 
-
H
 
D
V
 
L
S
 
D
Y
 
F
Y
 
Y
A
 
V
T
 
S
F
 
F
D
 
D
N
 
N
F
 
E
K
 
K
V
 
V
G
 
G
V
 
E
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
K
 
D
S
 
A
L
 
I
V
 
I
S
 
-
G
 
-
M
 
-
E
 
K
Q
 
E
R
 
K
G
 
P
A
 
E
G
 
G
P
 
N
Y
 
Y
N
 
F
V
 
-
E
 
-
L
 
L
F
 
M
G
 
G
G
 
G
S
 
S
P
 
P
D
 
V
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
Y
 
K
F
 
L
F
 
F
Y
 
R
D
 
K
G
 
G
A
 
Q
M
 
M
S
 
K
V
 
V
L
 
L
Q
 
Q
P
 
P
M
 
L
I
 
I
D
 
D
S
 
S
G
 
G
K
 
K
V
 
I
N
 
K
V
 
V
V
 
V
S
 
G
G
 
D
Q
 
Q
M
 
W
G
 
-
M
 
-
D
 
-
K
 
-
V
 
-
G
 
-
T
 
V
L
 
D
R
 
S
W
|
W
D
 
L
G
 
A
A
 
E
T
 
K
A
 
A
Q
 
L
A
 
Q
R
 
I
M
 
M
D
 
E
N
 
N
L
 
A
L
 
L
S
 
T
A
 
A
H
 
N
Y
 
K
T
 
N
T
 
-
K
 
-
H
 
N
V
 
I
D
 
D
G
 
A
I
 
V
L
 
V
S
 
A
P
 
S
Y
x
N
D
 
D
G
 
A
I
 
T
S
 
A
I
 
G
G
 
G
I
 
A
L
 
I
S
 
Q
S
 
A
L
 
L
K
 
S
G
 
A
V
 
Q
G
 
G
Y
 
L
G
 
-
S
 
S
G
 
G
N
 
K
L
 
V
P
 
A
M
 
-
P
 
-
I
 
-
V
 
I
T
 
S
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
E
 
D
V
 
L
P
 
A
S
 
A
V
 
I
K
 
K
S
 
R
I
 
I
I
 
V
A
 
E
G
 
G
E
 
T
Q
 
Q
Y
 
T
S
 
M
T
 
T
I
 
V
F
 
Y
K
|
K
D
 
P
T
 
I
R
 
T
E
 
N
L
 
L
A
 
A
N
 
D
V
 
K
T
 
A
V
 
A
G
 
E
M
 
L
V
 
S
Q
 
V
A
 
A
V
 
L
L
 
G
N
 
K
D
 
E
A
 
E
K
 
K
P
 
L
Q
 
E
I
 
P
N
 
N
D
 
-
T
 
-
K
 
A
T
 
K
Y
 
L
N
 
N
N
 
N
G
 
G
I
 
L
K
 
K
V
 
E
V
 
V
P
 
D
S
 
A
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
E
 
D
P
 
P
V
 
I
T
 
V
V
 
V
D
 
T
K
 
K
S
 
D
N
 
N
W
 
I
Q
 
D
D
 
S
V
 
T
L
 
V
L
 
I
G
 
K
S
 
D
G
 
G
Y
 
F
Y
 
H
T
 
S
K
 
K
S
 
E
Q
 
A
V
 
V

4rxuA Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein caur_1924 from chloroflexus aurantiacus, target efi-511158, in complex with d-glucose
38% identity, 91% coverage: 30:350/353 of query aligns to 6:334/340 of 4rxuA

query
sites
4rxuA
V
 
V
G
 
G
I
 
I
A
 
V
M
 
L
P
 
P
T
 
T
K
 
K
S
 
D
S
x
E
A
 
P
R
|
R
W
 
W
I
 
I
T
 
Q
D
 
D
G
 
E
D
 
T
S
 
R
M
 
F
V
 
R
K
 
E
L
 
A
F
 
L
Q
 
Q
D
 
Q
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
K
 
Q
V
 
V
D
 
E
L
 
I
Q
 
L
Y
 
F
A
 
S
E
 
Q
D
 
G
E
 
S
I
 
S
P
 
A
N
 
K
Q
 
E
L
 
K
S
 
E
Q
 
N
I
 
V
E
 
E
N
 
A
M
 
L
I
 
I
V
 
A
K
 
K
G
 
G
V
 
I
D
 
K
V
 
V
L
 
L
V
 
I
I
 
I
A
 
C
A
 
P
I
 
H
D
 
D
G
 
G
T
 
T
T
 
A
L
 
A
S
 
A
N
 
A
A
 
A
L
 
A
E
 
E
N
 
A
A
 
A
D
 
R
A
 
A
A
 
A
G
 
G
I
 
V
K
 
K
V
 
V
I
 
I
S
 
S
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
K
 
R
N
 
E
S
 
T
P
 
D
H
 
A
V
 
V
S
 
D
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
V
T
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
S
F
 
I
K
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
A
L
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
K
 
Q
S
 
Y
L
 
L
V
 
V
S
 
D
G
 
H
M
 
A
E
 
S
Q
 
G
R
 
T
G
 
G
A
 
N
G
 
P
P
 
L
Y
 
Y
N
 
-
V
 
-
E
 
-
L
 
L
F
 
Y
G
 
A
G
 
G
S
 
A
P
 
A
D
 
S
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
Y
 
F
F
 
L
F
 
F
Y
 
F
D
 
E
G
 
G
A
 
A
M
 
W
S
 
K
V
 
V
L
 
L
Q
 
Q
P
 
P
M
 
K
I
 
I
D
 
A
S
 
D
G
 
G
-
 
T
-
 
F
-
 
V
-
 
I
-
 
K
-
 
N
-
 
S
-
 
S
-
 
E
-
 
A
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
N
K
 
K
V
 
L
N
 
D
V
 
L
V
 
T
S
 
R
G
 
D
Q
 
E
M
 
M
G
 
A
M
 
K
D
 
-
K
 
I
V
 
I
G
 
G
-
 
Q
-
 
V
T
 
T
L
 
T
R
 
N
W
|
W
D
 
D
G
 
F
A
 
N
T
 
T
A
 
A
Q
 
K
A
 
N
R
 
L
M
 
A
D
 
E
-
 
A
N
 
N
L
 
L
L
 
T
S
 
A
A
 
A
H
 
T
Y
 
A
T
 
A
T
 
D
K
 
K
H
 
G
V
 
K
D
 
V
G
 
Y
I
 
I
L
 
L
S
 
A
P
 
P
Y
x
N
D
 
D
G
 
G
I
 
T
S
 
A
I
 
R
G
 
A
I
 
I
L
 
A
S
 
D
S
 
A
L
 
F
K
 
A
G
 
-
V
 
-
G
 
-
Y
 
-
G
 
A
S
 
D
G
 
K
N
 
D
L
 
V
P
 
T
M
 
E
P
 
Y
I
 
F
V
 
V
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
E
 
E
V
 
K
P
 
A
S
 
S
V
 
V
K
 
Q
S
 
Y
I
 
I
I
 
I
A
 
D
G
 
G
E
 
R
Q
 
Q
Y
 
S
S
 
M
T
 
T
I
 
V
F
 
F
K
|
K
D
 
D
T
 
V
R
 
R
E
 
T
L
 
L
A
 
V
N
 
Q
V
 
D
T
 
A
V
 
I
G
 
K
M
 
A
V
 
A
Q
 
V
A
 
A
V
 
L
L
 
L
N
 
Q
D
 
D
A
 
Q
K
 
Q
P
 
P
Q
 
E
I
 
A
N
 
R
D
 
-
T
 
-
K
 
G
T
 
T
Y
 
Y
N
 
N
N
 
N
G
 
G
I
 
K
K
 
K
V
 
D
V
 
V
P
 
P
S
 
A
Y
 
I
L
 
Q
L
 
S
E
 
P
P
 
V
V
 
V
T
 
T
V
 
V
D
 
T
K
 
R
S
 
D
N
 
N
W
 
V
Q
 
R
D
 
A
V
 
A
L
 
L
L
 
I
G
 
D
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
Y
T
 
S
K
 
A
S
 
S

6ruxA P46, an immunodominant surface protein from mycoplasma hyopneumoniae (see paper)
26% identity, 87% coverage: 30:336/353 of query aligns to 13:368/373 of 6ruxA

query
sites
6ruxA
V
 
I
G
 
R
I
 
I
A
 
A
M
 
L
P
 
T
T
 
D
K
 
P
S
 
D
S
 
N
A
 
P
R
 
R
W
 
W
I
 
I
T
 
S
D
 
A
G
 
Q
D
 
K
S
 
D
M
 
I
V
 
I
K
 
S
L
 
Y
F
 
V
Q
 
D
D
 
E
A
 
T
G
 
E
Y
 
A
K
 
A
V
 
T
D
 
S
-
 
T
L
 
I
Q
 
T
Y
 
K
A
 
N
E
 
Q
D
 
D
E
 
A
I
 
Q
P
 
N
N
 
N
Q
 
W
L
 
L
S
 
T
Q
 
Q
I
 
Q
E
 
A
N
 
N
M
 
L
-
 
S
-
 
P
I
 
A
V
 
P
K
 
K
G
 
G
V
 
-
D
 
-
V
 
-
L
 
F
V
 
I
I
 
I
A
 
A
A
 
P
I
 
E
D
 
N
G
 
G
T
 
S
T
 
G
L
 
V
S
 
G
N
 
T
A
 
A
L
 
V
E
 
N
N
 
T
A
 
I
D
 
A
A
 
D
A
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
I
I
 
V
S
 
A
Y
 
Y
D
 
D
R
 
R
L
 
L
I
 
I
K
 
T
N
 
G
S
 
S
P
 
D
H
 
K
V
 
Y
S
 
D
Y
 
W
Y
 
Y
A
 
V
T
 
S
F
 
F
D
 
D
N
 
N
F
 
E
K
 
K
V
 
V
G
 
G
V
 
E
L
 
L
Q
 
Q
A
 
G
K
 
L
S
 
S
L
 
L
V
 
A
S
 
A
G
 
G
M
 
L
E
 
L
Q
 
G
R
 
K
G
 
E
A
 
D
G
 
G
P
 
A
Y
 
F
N
 
D
-
 
S
-
 
I
-
 
D
-
 
Q
-
 
M
-
 
N
-
 
E
-
 
Y
-
 
L
-
 
K
-
 
S
-
 
H
-
 
M
-
 
P
-
 
Q
-
 
E
-
 
T
-
 
I
-
 
S
V
 
F
E
 
Y
L
 
T
F
 
I
G
 
A
G
 
G
S
 
S
P
 
Q
D
 
D
D
|
D
N
 
N
N
 
N
A
 
S
Y
 
Q
F
 
Y
F
 
F
Y
 
Y
D
 
N
G
 
G
A
 
A
M
 
M
S
 
K
V
 
V
L
 
L
Q
 
K
P
 
E
M
 
L
I
 
M
D
 
K
S
 
N
G
 
S
K
 
Q
V
 
N
N
 
K
V
 
I
V
 
I
S
 
D
-
 
L
G
 
S
Q
 
P
M
 
E
G
 
G
M
 
E
D
 
N
K
 
A
V
 
V
G
 
Y
T
 
V
L
 
P
R
 
G
W
|
W
D
 
N
G
 
Y
A
 
G
T
 
T
A
 
A
Q
 
G
A
 
Q
R
 
R
M
 
I
D
 
Q
N
 
S
L
 
F
L
 
L
S
 
T
A
 
I
H
 
N
Y
 
K
-
 
D
-
 
P
-
 
A
-
 
G
-
 
G
-
 
N
T
 
K
T
 
I
K
 
K
H
 
A
V
 
V
-
 
G
-
 
S
-
 
K
-
 
P
-
 
A
-
 
S
-
 
I
-
 
F
D
 
K
G
 
G
I
 
F
L
 
L
S
 
A
P
 
P
Y
x
N
D
 
D
G
 
G
I
 
M
S
 
A
I
 
E
G
 
Q
I
 
A
L
 
I
S
 
T
S
 
K
L
 
L
K
 
K
G
 
L
V
 
E
G
 
G
Y
 
F
G
 
D
S
 
T
G
 
Q
N
 
K
L
 
I
P
 
-
M
 
-
P
 
-
I
 
F
V
 
V
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
Y
E
 
N
V
 
D
P
 
K
S
 
A
V
 
K
K
 
T
S
 
F
I
 
I
I
 
K
A
 
D
G
 
G
E
 
D
Q
 
Q
Y
 
N
S
 
M
T
 
T
I
 
I
F
 
Y
K
 
K
D
 
P
T
 
D
R
 
K
E
 
V
L
 
L
A
 
G
N
 
K
V
 
V
T
 
A
V
 
V
G
 
E
M
 
V
V
 
L
Q
 
R
A
 
V
V
 
L
L
 
I
-
 
A
-
 
K
-
 
K
-
 
N
-
 
K
-
 
A
-
 
S
-
 
R
-
 
S
-
 
E
-
 
V
-
 
E
N
 
N
D
 
E
A
 
L
K
 
K
-
 
A
-
 
K
-
 
L
P
 
P
Q
 
N
I
 
I
N
 
S
-
 
F
-
 
K
-
 
Y
D
 
D
T
 
N
K
 
Q
T
 
T
Y
 
Y
N
 
K
N
 
V
G
 
Q
I
 
G
K
 
K
V
 
N
V
 
I
P
 
N
S
 
T
Y
 
I
L
 
L
L
 
V
E
 
S
P
 
P
V
 
V
T
 
I
V
 
V
D
 
T
K
 
K
S
 
A
N
 
N

6s3tA P46, an immunodominant surface protein from mycoplasma hyopneumoniae (see paper)
26% identity, 87% coverage: 30:336/353 of query aligns to 15:370/374 of 6s3tA

query
sites
6s3tA
V
 
I
G
 
R
I
 
I
A
 
A
M
 
L
P
 
T
T
x
D
K
 
P
S
 
D
S
 
N
A
 
P
R
 
R
W
|
W
I
 
I
T
 
S
D
 
A
G
 
Q
D
 
K
S
 
D
M
 
I
V
 
I
K
 
S
L
 
Y
F
 
V
Q
 
D
D
 
E
A
 
T
G
 
E
Y
 
A
K
 
A
V
 
T
D
 
S
-
 
T
L
 
I
Q
 
T
Y
 
K
A
 
N
E
 
Q
D
 
D
E
 
A
I
 
Q
P
 
N
N
 
N
Q
 
W
L
 
L
S
 
T
Q
 
Q
I
 
Q
E
 
A
N
 
N
M
 
L
-
 
S
-
 
P
I
 
A
V
 
P
K
 
K
G
 
G
V
 
-
D
 
-
V
 
-
L
 
F
V
 
I
I
 
I
A
 
A
A
 
P
I
 
E
D
 
N
G
 
G
T
 
S
T
 
G
L
 
V
S
 
G
N
 
T
A
 
A
L
 
V
E
 
N
N
 
T
A
 
I
D
 
A
A
 
D
A
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
I
I
 
V
S
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
K
 
T
N
 
G
S
 
S
P
 
D
H
 
K
V
 
Y
S
 
D
Y
 
W
Y
 
Y
A
 
V
T
 
S
F
 
F
D
 
D
N
 
N
F
 
E
K
 
K
V
 
V
G
 
G
V
 
E
L
 
L
Q
 
Q
A
 
G
K
 
L
S
 
S
L
 
L
V
 
A
S
 
A
G
 
G
M
 
L
E
 
L
Q
 
G
R
 
K
G
 
E
A
 
D
G
 
G
P
 
A
Y
 
F
N
 
D
-
 
S
-
 
I
-
 
D
-
 
Q
-
 
M
-
 
N
-
 
E
-
 
Y
-
 
L
-
 
K
-
 
S
-
 
H
-
 
M
-
 
P
-
 
Q
-
 
E
-
 
T
-
 
I
-
 
S
V
 
F
E
 
Y
L
 
T
F
 
I
G
 
A
G
 
G
S
 
S
P
 
Q
D
 
D
D
|
D
N
 
N
N
 
N
A
 
S
Y
 
Q
F
 
Y
F
 
F
Y
 
Y
D
 
N
G
 
G
A
 
A
M
 
M
S
 
K
V
 
V
L
 
L
Q
 
K
P
 
E
M
 
L
I
 
M
D
 
K
S
 
N
G
 
S
K
 
Q
V
 
N
N
 
K
V
 
I
V
 
I
S
 
D
-
 
L
G
 
S
Q
 
P
M
 
E
G
 
G
M
 
E
D
 
N
K
 
A
V
 
V
G
 
Y
T
 
V
L
 
P
R
 
G
W
 
W
D
 
N
G
 
Y
A
 
G
T
 
T
A
 
A
Q
 
G
A
 
Q
R
 
R
M
 
I
D
 
Q
N
 
S
L
 
F
L
 
L
S
 
T
A
 
I
H
 
N
Y
 
K
-
 
D
-
 
P
-
 
A
-
 
G
-
 
G
-
 
N
T
 
K
T
 
I
K
 
K
H
 
A
V
 
V
-
 
G
-
 
S
-
 
K
-
 
P
-
 
A
-
 
S
-
 
I
-
 
F
D
 
K
G
 
G
I
 
F
L
 
L
S
 
A
P
 
P
Y
 
N
D
 
D
G
 
G
I
 
M
S
 
A
I
 
E
G
 
Q
I
 
A
L
 
I
S
 
T
S
 
K
L
 
L
K
 
K
G
 
L
V
 
E
G
 
G
Y
 
F
G
 
D
S
 
T
G
 
Q
N
 
K
L
 
I
P
 
-
M
 
-
P
 
-
I
 
F
V
 
V
T
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
Y
E
 
N
V
 
D
P
 
K
S
 
A
V
 
K
K
 
T
S
 
F
I
 
I
I
 
K
A
 
D
G
 
G
E
 
D
Q
 
Q
Y
 
N
S
 
M
T
 
T
I
 
I
F
 
Y
K
|
K
D
 
P
T
 
D
R
 
K
E
 
V
L
 
L
A
 
G
N
 
K
V
 
V
T
 
A
V
 
V
G
 
E
M
 
V
V
 
L
Q
 
R
A
 
V
V
 
L
L
 
I
-
 
A
-
 
K
-
 
K
-
 
N
-
 
K
-
 
A
-
 
S
-
 
R
-
 
S
-
 
E
-
 
V
-
 
E
N
 
N
D
 
E
A
 
L
K
 
K
-
 
A
-
 
K
-
 
L
P
 
P
Q
 
N
I
 
I
N
 
S
-
 
F
-
 
K
-
 
Y
D
 
D
T
 
N
K
 
Q
T
 
T
Y
 
Y
N
 
K
N
 
V
G
 
Q
I
 
G
K
 
K
V
 
N
V
 
I
P
 
N
S
 
T
Y
 
I
L
 
L
L
 
V
E
 
S
P
 
P
V
 
V
T
 
I
V
 
V
D
 
T
K
 
K
S
 
A
N
 
N

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
25% identity, 72% coverage: 30:283/353 of query aligns to 5:244/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
V
 
I
G
 
A
I
 
L
A
 
L
M
 
M
P
x
K
T
 
T
K
 
L
S
 
S
S
x
N
A
 
E
R
x
Y
W
 
F
I
 
I
T
 
S
-
 
M
-
 
R
D
 
Q
G
 
G
D
 
A
S
 
E
M
 
E
V
 
T
K
 
A
L
 
K
F
 
Q
Q
 
K
D
 
D
A
 
I
G
 
D
Y
 
L
K
 
I
V
 
V
D
 
Q
L
 
V
Q
 
A
Y
 
E
A
 
K
E
 
E
D
 
D
E
 
S
I
 
T
P
 
E
N
 
Q
Q
 
L
L
 
V
S
 
G
Q
 
L
I
 
V
E
 
E
N
 
N
M
 
M
I
 
I
V
 
A
K
 
K
G
 
K
V
 
V
D
 
D
V
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
V
A
 
T
A
 
P
I
 
N
D
 
D
G
 
S
T
 
I
T
 
A
L
 
F
S
 
I
N
 
P
A
 
A
L
 
F
E
 
Q
N
 
K
A
 
A
D
 
E
A
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
I
I
 
I
S
 
D
Y
 
L
D
|
D
-
 
V
R
 
R
L
 
L
I
 
D
K
 
A
N
 
K
S
 
A
P
 
A
H
 
E
V
 
A
S
 
A
-
 
G
-
 
L
-
 
K
-
 
F
Y
 
N
Y
 
Y
A
 
V
T
 
G
F
 
V
D
 
D
N
 
N
F
 
F
K
 
N
V
 
G
G
 
G
V
 
Y
L
 
L
Q
 
E
A
 
A
K
 
K
S
 
N
L
 
L
V
 
A
S
 
E
G
 
A
M
 
I
E
 
G
Q
 
K
R
 
K
G
 
G
A
 
-
G
 
-
P
 
-
Y
 
-
N
 
N
V
 
V
E
 
A
L
 
I
F
 
L
G
 
E
G
 
G
S
 
I
P
 
P
D
 
G
D
 
V
N
 
D
N
|
N
A
 
G
Y
 
E
F
 
Q
F
x
R
Y
 
K
D
 
G
G
 
G
A
 
A
M
 
L
S
 
K
V
 
A
L
 
F
Q
 
A
P
 
E
M
 
Y
I
 
P
D
 
D
S
 
-
G
 
-
K
 
-
V
 
I
N
 
K
V
 
I
V
 
V
S
 
A
G
 
S
Q
 
Q
M
 
-
G
 
-
M
 
-
D
 
-
K
 
-
V
 
-
G
 
-
T
 
S
L
 
A
R
 
N
W
|
W
D
 
E
G
 
T
A
 
E
T
 
Q
A
 
A
Q
 
L
A
 
N
R
 
V
M
 
T
D
 
T
N
 
N
L
 
I
L
 
L
S
 
T
A
 
A
H
 
N
Y
 
-
T
 
-
T
 
-
K
 
P
H
 
N
V
 
I
D
 
N
G
 
G
I
 
I
L
 
F
S
 
A
P
 
A
Y
 
N
D
 
D
G
 
N
I
 
M
S
 
A
I
 
I
G
 
G
I
 
A
L
 
V
S
 
T
S
 
A
L
 
V
K
 
E
G
 
N
V
 
A
G
 
G
Y
 
L
G
 
A
S
 
G
G
 
K
N
 
V
L
 
L
P
 
-
M
 
-
P
 
-
I
 
-
V
 
V
T
 
S
G
 
G
Q
 
Y
D
|
D
A
 
G
E
 
I
V
 
P
P
 
L
S
 
A
V
 
I
K
 
E
S
 
Y
I
 
V
I
 
K
A
 
Q
G
 
G
E
 
K
Q
 
M
Y
 
Q
S
 
N
T
 
T
I
 
I

Sites not aligning to the query:

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
22% identity, 78% coverage: 30:306/353 of query aligns to 3:256/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
V
 
I
G
 
G
I
 
L
A
 
V
M
 
I
P
 
S
T
 
T
K
 
L
S
 
N
S
x
N
A
 
P
R
x
F
W
x
F
I
 
V
T
 
T
D
 
L
G
 
K
D
 
N
S
 
G
M
 
A
V
 
E
K
 
E
L
 
K
F
 
A
Q
 
K
D
 
E
A
 
L
G
 
G
Y
 
Y
K
 
K
V
 
I
D
 
I
L
 
V
Q
 
E
Y
 
D
A
 
S
E
 
Q
D
 
N
E
 
D
I
 
S
P
 
S
N
 
K
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
Q
 
N
I
 
V
E
 
E
N
 
D
M
 
L
I
 
I
V
 
Q
K
 
Q
G
 
K
V
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
L
V
 
L
I
 
I
A
 
N
A
 
P
I
 
V
D
 
D
G
 
S
T
 
D
T
 
A
L
 
V
S
 
V
N
 
T
A
 
A
L
 
I
E
 
K
N
 
E
A
 
A
D
 
N
A
 
S
A
 
K
G
 
N
I
 
I
K
 
P
V
 
V
I
 
I
S
 
T
Y
 
I
D
|
D
R
|
R
L
 
S
I
 
A
K
 
N
N
 
G
S
 
G
P
 
D
H
 
V
V
 
V
S
 
C
Y
 
H
Y
 
I
A
 
A
T
 
S
F
 
-
D
 
D
N
 
N
F
 
V
K
 
K
V
 
G
G
 
G
V
 
E
L
 
M
Q
 
A
A
 
A
K
 
E
S
 
F
L
 
I
V
 
A
S
 
K
G
 
A
M
 
L
E
 
K
Q
 
G
R
 
K
G
 
G
A
 
-
G
 
-
P
 
-
Y
 
-
N
 
N
V
 
V
E
 
V
L
 
E
F
 
L
G
 
E
G
 
G
S
 
I
P
 
P
D
 
G
D
 
A
N
 
S
N
x
A
A
 
A
Y
 
R
F
 
D
F
x
R
Y
 
G
D
 
K
G
 
G
A
 
F
M
 
D
S
 
E
V
 
A
L
 
I
Q
 
A
P
 
K
M
 
Y
I
 
P
D
 
D
S
 
-
G
 
-
K
 
-
V
 
I
N
 
K
V
 
I
V
 
V
S
 
A
G
 
K
Q
 
Q
M
 
A
G
 
A
M
 
-
D
 
-
K
 
-
V
 
-
G
 
-
T
 
-
L
 
-
R
 
D
W
x
F
D
 
D
G
 
R
A
 
S
T
 
K
A
 
G
Q
 
L
A
 
S
R
 
V
M
 
M
D
 
E
N
 
N
L
 
I
L
 
L
S
 
Q
A
 
A
H
 
Q
Y
 
-
T
 
-
T
 
-
K
 
P
H
 
K
V
 
I
D
 
D
G
 
A
I
 
V
L
 
F
S
 
A
P
 
Q
Y
x
N
D
 
D
G
 
E
I
 
M
S
 
A
I
 
L
G
 
G
I
 
A
L
 
I
S
 
K
S
 
A
L
 
I
K
 
E
G
 
-
V
 
-
G
 
-
Y
 
-
G
 
-
S
 
A
G
 
A
N
 
N
L
 
R
P
 
Q
M
 
G
P
 
I
I
 
I
V
 
V
T
 
V
G
 
G
Q
 
F
D
|
D
A
 
G
E
 
T
V
 
E
P
 
D
S
 
A
V
 
L
K
 
K
S
 
A
I
 
I
I
 
K
A
 
E
G
 
G
E
 
K
Q
 
M
Y
 
A
S
 
A
T
 
T
I
 
I
F
 
A
K
x
Q
D
 
Q
T
 
P
R
 
A
E
 
L
L
 
M
A
 
G
N
 
S
V
 
L
T
 
G
V
 
V
G
 
E
M
 
M
V
 
A
Q
 
D
A
 
K
V
 
Y
L
 
L
N
 
K
D
 
G
A
 
E
K
 
K

4yo7A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from bacillus halodurans c-125 (bh2323, target efi- 511484) with bound myo-inositol
25% identity, 63% coverage: 65:288/353 of query aligns to 44:246/287 of 4yo7A

query
sites
4yo7A
A
 
A
E
 
Q
D
 
N
E
 
D
I
 
S
P
 
T
N
 
Q
Q
 
Q
L
 
M
S
 
A
Q
 
Q
I
 
V
E
 
E
N
 
N
M
 
F
I
 
I
V
 
S
K
 
R
G
 
N
V
 
V
D
 
D
V
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
V
A
 
N
A
 
P
I
 
V
D
 
D
G
 
T
T
 
T
T
 
S
L
 
A
S
 
V
N
 
D
A
 
I
L
 
V
E
 
N
N
 
M
A
 
V
D
 
N
A
 
D
A
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
I
I
 
I
S
 
I
Y
 
A
D
x
N
R
|
R
L
 
-
I
 
-
K
 
-
N
 
-
S
 
-
P
 
-
H
 
-
V
 
-
S
 
-
Y
 
-
Y
 
-
A
 
-
T
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
-
F
 
-
K
 
-
V
 
-
G
 
G
V
 
V
L
 
D
Q
 
Q
A
 
A
K
 
T
S
 
A
L
 
F
V
 
V
S
 
-
G
 
G
M
 
S
E
 
E
Q
 
S
R
 
I
G
 
Q
A
 
S
G
 
G
P
 
L
Y
 
L
N
 
Q
V
 
M
E
 
E
L
 
E
F
 
V
G
 
A
G
 
K
S
 
L
P
 
L
D
 
N
D
 
N
N
 
E
N
 
G
A
 
N
Y
 
I
F
 
A
F
 
I
Y
 
M
D
 
D
G
 
G
A
 
E
M
 
L
-
 
G
S
 
H
V
 
E
L
 
A
Q
 
Q
P
 
I
M
 
M
I
x
R
D
 
T
S
 
E
G
 
G
K
 
N
V
 
K
N
 
Q
V
 
I
V
 
I
S
 
E
G
 
E
Q
 
H
M
 
D
G
 
G
M
 
L
D
 
E
K
 
V
V
 
V
-
 
L
-
 
Q
G
 
G
T
 
T
L
 
A
R
 
K
W
 
F
D
 
D
G
 
R
A
 
S
T
 
E
A
 
G
Q
 
M
A
 
R
R
 
L
M
 
M
D
 
E
N
 
N
L
 
W
L
 
L
S
 
N
A
 
-
H
 
-
Y
 
-
T
 
S
T
 
G
K
 
T
H
 
E
V
 
I
D
 
D
G
 
A
I
 
V
L
 
V
S
 
A
P
 
N
Y
x
N
D
 
D
G
 
E
I
 
M
S
 
A
I
 
L
G
 
G
I
 
A
L
 
I
S
 
L
S
 
A
L
 
L
K
 
E
G
 
A
V
 
V
G
 
-
Y
 
-
G
 
-
S
 
-
G
 
G
N
 
K
L
|
L
P
 
D
M
 
D
P
x
V
I
 
I
V
 
V
T
 
A
G
 
G
Q
 
I
D
|
D
A
 
A
E
 
T
V
 
P
P
 
A
S
 
A
V
 
L
K
 
E
S
 
A
I
 
M
I
 
K
A
 
E
G
 
G
E
 
K
Q
 
L
Y
 
D
S
 
V
T
 
T
I
 
V
F
 
F
K
x
Q
D
 
D
T
 
A
R
 
K

Sites not aligning to the query:

7e7mC Crystal structure analysis of the streptococcus agalactiae ribose binding protein rbsb
21% identity, 87% coverage: 30:337/353 of query aligns to 11:284/284 of 7e7mC

query
sites
7e7mC
V
 
L
G
 
G
I
 
V
A
 
S
M
 
I
P
 
S
T
 
T
K
 
T
S
 
N
S
x
N
A
 
P
R
x
Y
W
x
F
I
 
V
T
 
A
D
 
M
G
 
K
D
 
D
S
 
G
M
 
I
V
 
D
K
 
K
L
 
Y
F
 
A
Q
 
S
D
 
N
A
 
K
G
 
K
Y
 
I
K
 
S
V
 
I
D
 
K
L
 
V
Q
 
A
Y
 
D
A
 
A
E
 
Q
D
 
D
E
 
D
I
 
A
P
 
A
N
 
R
Q
 
Q
L
 
A
S
 
D
Q
 
D
I
 
V
E
 
Q
N
 
N
M
 
F
I
 
I
V
 
S
K
 
Q
G
 
N
V
 
V
D
 
D
V
 
A
L
 
I
V
 
L
I
 
I
A
 
N
A
 
P
I
 
V
D
 
D
G
 
S
T
 
K
T
 
A
L
 
I
S
 
V
N
 
T
A
 
A
L
 
I
E
 
K
N
 
S
A
 
A
D
 
N
A
 
N
A
 
A
G
 
N
I
 
I
K
 
P
V
 
V
I
 
I
S
 
L
Y
 
M
D
|
D
R
|
R
L
 
G
I
 
S
K
 
E
N
 
G
S
 
G
P
 
K
H
 
V
V
 
L
S
 
T
Y
 
T
Y
 
V
A
 
A
T
 
S
F
 
-
D
 
D
N
 
N
F
 
V
K
 
A
V
 
A
G
 
G
V
 
K
L
 
M
Q
 
A
A
 
A
K
 
D
S
 
Y
L
 
A
V
 
V
S
 
K
G
 
K
M
 
L
E
 
G
Q
 
K
R
 
K
G
 
A
A
 
K
G
 
A
P
 
F
Y
 
E
N
 
L
V
 
S
E
 
G
L
 
V
F
 
P
G
 
G
G
 
A
S
 
S
P
 
A
D
 
T
D
 
V
N
 
D
N
x
R
A
 
G
Y
 
K
F
 
G
F
 
F
Y
 
H
D
 
S
G
 
V
A
 
A
M
 
K
S
 
S
V
 
-
L
 
-
Q
 
-
P
 
-
M
 
-
I
 
-
D
 
-
S
 
-
G
 
-
K
 
K
V
 
L
N
 
D
V
 
M
V
 
L
S
 
S
G
 
S
Q
 
Q
M
 
-
G
 
-
M
 
-
D
 
-
K
 
-
V
 
-
G
 
-
T
 
S
L
 
A
R
 
N
W
x
F
D
 
D
G
 
R
A
 
A
T
 
K
A
 
A
Q
 
L
A
 
N
R
 
T
M
 
T
D
 
Q
N
 
N
L
 
M
L
 
I
S
 
Q
A
 
G
H
 
H
Y
 
-
T
 
-
T
 
-
K
 
K
H
 
D
V
 
V
D
 
Q
G
 
I
I
 
I
L
 
F
S
 
A
P
 
Q
Y
x
N
D
 
D
G
 
E
I
 
M
S
 
A
I
 
L
G
 
G
I
 
A
L
 
A
S
 
Q
S
 
A
L
 
V
K
 
K
G
 
S
V
 
A
G
 
G
Y
 
-
G
 
-
S
 
-
G
 
-
N
 
-
L
 
L
P
 
Q
M
 
N
P
 
V
I
 
L
V
 
I
T
 
V
G
 
G
Q
 
I
D
|
D
A
 
G
E
 
Q
V
 
P
P
 
D
S
 
A
V
 
H
K
 
D
S
 
A
I
 
I
I
 
K
A
 
K
G
 
G
E
 
D
Q
 
I
Y
 
S
S
 
A
T
 
T
I
 
I
F
 
A
K
x
Q
D
 
Q
T
 
P
R
 
A
E
 
K
L
 
M
A
 
G
N
 
E
V
 
I
T
 
A
V
 
-
G
 
-
M
 
-
V
 
I
Q
 
Q
A
 
A
V
 
A
L
 
I
N
 
D
D
 
Y
A
 
Y
K
 
K
P
 
G
Q
 
K
I
 
K
N
 
V
D
 
E
T
 
K
K
 
E
T
 
T
Y
 
-
N
 
-
N
 
-
G
 
-
I
 
-
K
 
-
V
 
I
V
 
S
P
 
P
S
 
I
Y
 
Y
L
 
L
L
 
V
E
 
T
P
 
K
V
 
D
T
 
N
V
 
V
D
 
E
K
 
K
S
 
Y
N
 
N
W
 
W

P0AEE5 D-galactose/methyl-galactoside binding periplasmic protein MglB; D-galactose-binding periplasmic protein; GBP; D-galactose/D-glucose-binding protein; GGBP from Escherichia coli (strain K12) (see 4 papers)
24% identity, 70% coverage: 54:299/353 of query aligns to 49:293/332 of P0AEE5

query
sites
P0AEE5
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
G
 
K
Y
 
A
K
 
A
V
 
P
D
 
D
L
 
V
Q
 
Q
Y
 
L
-
 
L
-
 
M
-
 
N
-
 
D
A
 
S
E
 
Q
D
 
N
E
 
D
I
 
Q
P
 
S
N
 
K
Q
 
Q
L
 
N
S
 
D
Q
 
Q
I
 
I
E
 
D
N
 
V
M
 
L
I
 
L
V
 
A
K
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
K
V
 
A
L
 
L
V
 
A
I
 
I
A
 
N
A
 
L
I
 
V
D
 
D
G
 
P
T
 
A
T
 
A
L
 
A
S
 
G
N
 
T
A
 
V
L
 
I
E
 
E
N
 
K
A
 
A
D
 
R
A
 
G
A
 
Q
G
 
N
I
 
V
K
 
P
V
 
V
I
 
V
S
 
F
Y
 
F
D
x
N
-
 
K
-
 
E
-
 
P
-
 
S
R
 
R
L
 
K
I
 
A
K
 
L
N
 
D
S
 
S
P
 
Y
H
 
D
V
 
K
S
 
A
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
V
T
 
G
F
 
T
D
 
D
N
 
S
F
 
K
K
 
E
V
 
S
G
 
G
V
 
I
L
 
I
Q
 
Q
-
 
G
-
 
D
-
 
L
-
 
I
A
 
A
K
 
K
S
 
H
L
 
W
V
 
A
S
 
A
-
 
N
-
 
Q
G
 
G
M
 
W
E
x
D
Q
 
L
R
x
N
G
 
K
A
x
D
G
 
G
P
x
Q
Y
 
I
N
x
Q
V
 
F
E
 
V
L
 
L
F
 
L
G
 
K
G
 
G
S
 
E
P
 
P
-
 
G
-
x
H
D
 
P
D
|
D
N
 
A
N
 
E
A
 
A
Y
x
R
F
 
T
F
 
T
Y
 
Y
D
 
-
G
 
-
A
 
-
M
 
-
S
 
-
V
 
V
L
 
I
Q
 
K
P
 
E
M
 
L
I
 
N
D
 
D
S
 
K
G
 
G
K
 
-
V
 
-
N
 
-
V
 
I
V
 
K
S
 
T
G
 
E
Q
 
Q
M
 
L
G
 
Q
M
 
L
D
 
D
K
 
-
V
 
-
G
 
-
T
 
T
L
 
A
R
 
M
W
 
W
D
 
D
G
 
T
A
 
A
T
 
Q
A
 
A
Q
 
K
A
 
D
R
 
K
M
 
M
D
 
D
N
 
A
L
 
W
L
 
L
S
 
S
A
 
G
H
 
P
Y
 
N
T
 
A
T
 
N
K
 
K
H
 
-
V
 
I
D
x
E
G
 
V
I
 
V
L
 
I
S
 
A
P
 
N
Y
x
N
D
 
D
G
 
A
I
 
M
S
 
A
I
 
M
G
 
G
I
 
A
L
 
V
S
 
E
S
 
A
L
 
L
K
 
K
G
 
-
V
 
-
G
 
A
Y
 
H
G
 
N
S
 
K
G
 
S
N
 
S
L
 
I
P
 
P
M
 
-
P
 
-
I
 
-
V
 
V
T
 
F
G
 
G
Q
 
V
D
|
D
A
 
A
E
 
L
V
 
P
P
 
E
S
 
A
V
 
L
K
 
A
S
 
L
I
 
V
I
 
K
A
 
S
G
 
G
E
 
A
Q
 
L
Y
 
A
S
 
G
T
 
T
I
 
V
F
 
L
K
x
N
D
 
D
T
 
A
R
 
N
E
 
N
L
 
Q
A
 
A
N
 
K
V
 
A
T
 
T
V
 
F
G
 
D
M
 
L
V
 
A
Q
 
K

Sites not aligning to the query:

2x7xA Fructose binding periplasmic domain of hybrid two component system bt1754 (see paper)
22% identity, 63% coverage: 30:250/353 of query aligns to 4:206/301 of 2x7xA

query
sites
2x7xA
V
 
I
G
 
G
I
 
V
A
 
A
M
 
Q
P
 
C
T
 
S
K
 
D
S
x
D
S
 
S
A
x
W
R
|
R
W
 
H
I
 
K
T
 
M
D
 
N
G
 
D
D
 
E
S
 
I
M
 
L
V
 
R
K
 
E
L
 
A
F
 
M
Q
 
F
D
 
Y
A
 
N
G
 
G
Y
 
V
K
 
S
V
 
V
D
 
E
L
 
I
Q
 
R
Y
 
S
A
 
A
E
 
G
D
 
D
E
 
D
I
 
N
P
 
S
N
 
K
Q
 
Q
L
 
A
S
 
E
Q
 
D
I
 
V
E
 
H
N
 
Y
M
 
F
I
 
M
V
 
D
K
 
E
G
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
L
L
 
L
V
 
I
I
 
I
A
 
S
A
 
A
I
 
N
D
 
E
G
 
A
T
 
A
T
 
P
L
 
M
S
 
T
N
 
P
A
 
I
L
 
V
E
 
E
N
 
E
A
 
A
D
 
Y
A
 
Q
A
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
V
I
 
I
S
 
L
Y
 
V
D
|
D
R
|
R
L
 
K
I
 
I
K
 
L
N
 
S
S
 
D
P
 
K
H
 
Y
V
 
T
S
 
A
Y
 
Y
Y
 
I
A
 
G
T
 
A
F
 
-
D
 
D
N
 
N
F
 
Y
K
 
E
V
 
I
G
 
G
V
 
R
L
 
S
Q
 
V
A
 
G
K
 
N
S
 
Y
L
 
I
V
 
A
S
 
S
G
 
S
M
 
L
E
 
K
Q
 
G
R
 
K
G
 
G
A
 
N
G
 
I
P
 
V
Y
 
E
N
 
L
V
 
T
E
 
G
L
 
L
F
 
S
G
 
G
G
 
S
S
 
T
P
|
P
D
 
-
D
 
-
N
 
-
N
 
-
A
 
A
Y
 
M
F
 
E
F
x
R
Y
 
H
D
 
Q
G
 
G
A
 
F
M
 
M
S
 
A
V
 
A
L
 
I
Q
 
S
P
 
K
M
 
F
I
 
P
D
 
D
S
 
I
G
 
K
K
 
L
V
 
I
N
 
D
V
 
K
V
 
A
S
 
D
G
 
A
Q
 
A
M
 
-
G
 
-
M
 
-
D
 
-
K
 
-
V
 
-
G
 
-
T
 
-
L
 
-
R
 
-
W
|
W
D
 
E
G
 
R
A
 
G
T
 
P
A
 
A
Q
 
E
A
 
I
R
 
E
M
 
M
D
 
D
N
 
S
L
 
M
L
 
L
S
 
R
A
 
R
H
 
H
Y
 
-
T
 
-
T
 
-
K
 
P
H
 
K
V
 
I
D
 
D
G
 
A
I
 
V
L
 
Y
S
 
A
P
 
H
Y
x
N
D
 
D
G
x
R
I
 
I
S
 
A
I
 
P
G
 
G
I
 
A
L
 
Y
S
 
Q
S
 
A
L
 
A
K
 
K
G
 
M
V
 
A
G
 
G

Sites not aligning to the query:

2gbpA Sugar and signal-transducer binding sites of the escherichia coli galactose chemoreceptor protein (see paper)
24% identity, 70% coverage: 54:299/353 of query aligns to 26:270/309 of 2gbpA

query
sites
2gbpA
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
G
 
K
Y
 
A
K
 
A
V
 
P
D
 
D
L
 
V
Q
 
Q
Y
 
L
-
 
L
-