SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_156804529.1 NCBI__GCF_000299915.1:WP_156804529.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5ocpA The periplasmic binding protein component of the arabinose abc transporter from shewanella sp. Ana-3 bound to alpha and beta-l- arabinofuranose
77% identity, 93% coverage: 23:309/309 of query aligns to 2:289/302 of 5ocpA

query
sites
5ocpA
T
 
T
V
 
V
G
 
G
F
 
F
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
S
 
S
E
|
E
S
|
S
G
 
G
W
|
W
R
|
R
S
 
T
S
 
S
F
 
F
S
 
S
Q
 
E
D
 
A
M
 
V
K
 
K
D
 
A
E
 
E
A
 
A
K
 
K
S
 
Q
R
 
R
G
 
G
I
 
I
D
 
D
L
 
L
K
 
K
F
 
F
A
 
A
D
 
D
G
 
A
Q
 
Q
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
E
 
E
N
 
N
Q
 
Q
I
 
I
R
 
K
A
 
A
V
 
V
R
 
R
S
 
S
F
 
F
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
I
 
I
A
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
V
E
 
E
T
 
T
G
 
G
W
 
W
T
 
K
P
 
P
V
 
V
L
 
L
K
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
K
R
 
R
A
 
A
R
 
K
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
V
I
 
I
L
 
V
D
|
D
R
|
R
N
 
N
I
 
I
K
 
K
A
 
V
A
 
D
E
 
D
-
 
D
G
 
S
L
 
L
Y
 
F
V
 
L
T
 
T
R
 
R
I
 
I
A
 
A
S
 
S
D
 
D
F
 
F
T
 
S
E
 
E
E
 
E
G
 
G
R
 
R
K
 
K
A
 
I
A
 
G
R
 
Q
W
 
W
L
 
L
M
 
M
D
 
D
K
 
K
T
 
T
K
 
Q
G
 
G
Q
 
N
C
 
C
N
 
D
I
 
I
V
 
A
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
V
G
 
G
A
 
A
T
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
I
D
 
D
R
|
R
A
 
A
K
 
A
G
 
G
F
 
F
N
 
N
E
 
Q
V
 
V
I
 
I
G
 
A
A
 
N
Y
 
Y
P
 
P
Q
 
N
A
 
A
K
 
K
I
 
I
V
 
V
R
 
R
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
A
 
G
E
 
E
F
|
F
T
 
T
R
 
R
A
 
A
K
 
K
G
 
G
K
 
K
E
 
E
V
 
V
M
 
M
E
 
E
S
 
G
F
 
F
L
 
L
K
 
K
A
 
A
E
 
Q
D
 
N
P
 
G
Q
 
Q
S
 
P
L
 
L
C
 
C
A
 
A
L
 
V
W
 
W
S
 
S
H
 
H
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
V
Q
 
Q
A
 
A
I
 
I
K
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
K
P
 
P
G
 
G
K
 
K
D
 
D
L
 
I
L
 
L
V
 
I
V
 
V
S
 
S
V
 
V
D
|
D
G
 
G
V
 
V
P
 
P
D
 
D
Y
 
Y
F
 
F
K
 
K
A
 
A
M
 
M
A
 
A
E
 
D
G
 
G
D
 
D
A
 
V
N
 
N
I
 
A
T
 
T
V
 
V
E
 
E
L
 
L
N
 
S
P
 
P
H
 
Y
L
 
L
G
 
G
A
 
G
P
 
P
A
 
A
Y
 
F
Q
 
D
V
 
A
V
 
I
E
 
D
K
 
A
V
 
Y
L
 
L
A
 
K
G
 
G
D
 
N
K
 
K
G
 
D
I
 
Q
P
 
A
K
 
K
L
 
L
I
 
I
S
 
S
T
 
T
T
 
T
G
 
G
E
 
D
V
 
V
F
 
F
G
 
T
Q
 
Q
D
 
E
T
 
T
A
 
A
A
 
A
T
 
A
E
 
E
Y
 
Y
Q
 
E
K
 
K
R
 
R
K
 
R

2vk2A Crystal structure of a galactofuranose binding protein (see paper)
59% identity, 93% coverage: 22:309/309 of query aligns to 2:292/296 of 2vk2A

query
sites
2vk2A
I
 
L
T
 
T
V
 
V
G
 
G
F
 
F
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
S
 
S
E
|
E
S
|
S
G
 
G
W
 
W
R
|
R
S
 
A
S
 
A
F
 
E
S
 
T
Q
 
N
D
 
V
M
 
A
K
 
K
D
 
S
E
 
E
A
 
A
K
 
E
S
 
K
R
 
R
G
 
G
I
 
I
D
 
T
L
 
L
K
 
K
F
 
I
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
E
 
E
N
 
N
Q
 
Q
I
 
I
R
 
K
A
 
A
V
 
V
R
 
R
S
 
S
F
 
F
I
 
V
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
F
I
 
I
A
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
V
E
 
A
T
 
T
G
 
G
W
 
W
T
 
E
P
 
P
V
 
V
L
 
L
K
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
K
R
 
D
A
 
A
R
 
E
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
F
I
 
L
L
 
L
D
|
D
R
|
R
N
 
S
I
 
I
K
 
D
A
 
V
A
 
K
E
 
D
-
 
K
G
 
S
L
 
L
Y
 
Y
V
 
M
T
 
T
R
 
T
I
 
V
A
 
T
S
 
A
D
 
D
F
 
N
T
 
I
E
 
L
E
 
E
G
 
G
R
 
K
K
 
L
A
 
I
A
 
G
R
 
D
W
 
W
L
 
L
M
 
V
D
 
K
K
 
E
T
 
V
K
 
N
G
 
G
Q
 
K
-
 
P
C
 
C
N
 
N
I
 
V
V
 
V
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
V
G
 
G
A
 
A
T
 
S
A
 
V
A
 
A
I
 
I
D
 
D
R
|
R
A
 
K
K
 
K
G
 
G
F
 
F
N
 
A
E
 
E
V
 
A
I
 
I
G
 
K
A
 
N
Y
 
A
P
 
P
Q
 
N
A
 
I
K
 
K
I
 
I
V
 
I
R
 
R
S
 
S
Q
 
Q
T
 
S
A
 
G
E
 
D
F
|
F
T
 
T
R
 
R
A
 
S
K
 
K
G
 
G
K
 
K
E
 
E
V
 
V
M
 
M
E
 
E
S
 
S
F
 
F
L
 
I
K
 
K
A
 
A
E
 
E
D
 
N
P
 
N
-
 
G
Q
 
K
S
 
N
L
 
I
C
 
C
A
 
M
L
 
V
W
 
Y
S
 
A
H
 
H
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
A
 
A
I
 
I
K
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
K
P
 
P
G
 
G
K
 
K
D
 
D
L
 
I
L
 
L
V
 
T
V
 
G
S
 
S
V
 
I
D
|
D
G
 
G
V
 
V
P
 
P
D
 
D
Y
 
I
F
 
Y
K
 
K
A
 
A
M
 
M
A
 
M
E
 
D
G
 
G
D
 
E
A
 
A
N
 
N
I
 
A
T
 
S
V
 
V
E
 
E
L
|
L
N
 
T
P
 
P
H
 
N
L
 
M
G
 
A
A
 
G
P
 
P
A
 
A
Y
 
F
Q
 
D
V
 
A
V
 
L
E
 
E
K
 
K
V
 
-
L
 
Y
A
 
K
G
 
K
D
 
D
K
 
G
G
 
T
I
 
M
P
 
P
-
 
E
K
 
K
L
 
L
I
 
T
S
 
L
T
 
T
T
 
K
G
 
S
E
 
T
V
 
L
F
 
Y
G
 
L
Q
 
P
D
 
D
T
 
T
A
 
A
A
 
K
T
 
E
E
 
E
Y
 
L
Q
 
E
K
 
K
R
 
K
K
 
K

P39325 Galactofuranose-binding protein YtfQ from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
59% identity, 93% coverage: 22:309/309 of query aligns to 24:314/318 of P39325

query
sites
P39325
I
 
L
T
 
T
V
 
V
G
 
G
F
 
F
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
S
 
S
E
|
E
S
|
S
G
|
G
W
|
W
R
|
R
S
 
A
S
 
A
F
 
E
S
 
T
Q
 
N
D
 
V
M
 
A
K
 
K
D
 
S
E
 
E
A
 
A
K
 
E
S
 
K
R
 
R
G
 
G
I
 
I
D
 
T
L
 
L
K
 
K
F
 
I
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
E
 
E
N
 
N
Q
 
Q
I
 
I
R
 
K
A
 
A
V
 
V
R
 
R
S
 
S
F
 
F
I
 
V
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
F
I
 
I
A
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
V
E
 
A
T
 
T
G
 
G
W
 
W
T
 
E
P
 
P
V
 
V
L
 
L
K
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
K
R
 
D
A
 
A
R
 
E
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
F
I
 
L
L
 
L
D
|
D
R
|
R
N
 
S
I
 
I
K
 
D
A
 
V
A
 
K
E
 
D
-
 
K
G
 
S
L
 
L
Y
 
Y
V
 
M
T
 
T
R
 
T
I
 
V
A
 
T
S
 
A
D
 
D
F
 
N
T
 
I
E
 
L
E
 
E
G
 
G
R
 
K
K
 
L
A
 
I
A
 
G
R
 
D
W
 
W
L
 
L
M
 
V
D
 
K
K
 
E
T
 
V
K
 
N
G
 
G
Q
 
K
-
 
P
C
|
C
N
 
N
I
 
V
V
 
V
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
V
G
 
G
A
 
A
T
 
S
A
 
V
A
 
A
I
 
I
D
 
D
R
|
R
A
 
K
K
 
K
G
 
G
F
 
F
N
 
A
E
 
E
V
 
A
I
 
I
G
 
K
A
 
N
Y
 
A
P
 
P
Q
 
N
A
 
I
K
 
K
I
 
I
V
 
I
R
 
R
S
 
S
Q
 
Q
T
 
S
A
 
G
E
 
D
F
 
F
T
 
T
R
 
R
A
 
S
K
 
K
G
 
G
K
 
K
E
 
E
V
 
V
M
 
M
E
 
E
S
 
S
F
 
F
L
 
I
K
 
K
A
 
A
E
 
E
D
 
N
P
 
N
-
 
G
Q
 
K
S
 
N
L
 
I
C
|
C
A
 
M
L
 
V
W
 
Y
S
 
A
H
 
H
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
A
 
A
I
 
I
K
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
K
P
 
P
G
 
G
K
 
K
D
 
D
L
 
I
L
 
L
V
 
T
V
 
G
S
 
S
V
 
I
D
|
D
G
 
G
V
 
V
P
 
P
D
 
D
Y
 
I
F
 
Y
K
 
K
A
 
A
M
 
M
A
 
M
E
 
D
G
 
G
D
 
E
A
 
A
N
 
N
I
 
A
T
 
S
V
 
V
E
 
E
L
 
L
N
 
T
P
 
P
H
 
N
L
 
M
G
 
A
A
 
G
P
 
P
A
 
A
Y
 
F
Q
 
D
V
 
A
V
 
L
E
 
E
K
 
K
V
 
-
L
 
Y
A
 
K
G
 
K
D
 
D
K
 
G
G
 
T
I
 
M
P
 
P
-
 
E
K
 
K
L
 
L
I
 
T
S
 
L
T
 
T
T
 
K
G
 
S
E
 
T
V
 
L
F
 
Y
G
 
L
Q
 
P
D
 
D
T
 
T
A
 
A
A
 
K
T
 
E
E
 
E
Y
 
L
Q
 
E
K
 
K
R
 
K
K
 
K

Sites not aligning to the query:

6hbdA Crystal structure of msmeg_1712 from mycobacterium smegmatis in complex with beta-d-galactofuranose (see paper)
47% identity, 94% coverage: 21:309/309 of query aligns to 2:291/305 of 6hbdA

query
sites
6hbdA
A
 
A
I
 
L
T
 
T
V
 
L
G
 
G
F
 
F
S
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
S
 
A
E
|
E
S
|
S
G
 
G
W
 
W
R
|
R
S
 
T
S
 
A
F
 
N
S
 
T
Q
 
E
D
 
S
M
 
I
K
 
K
D
 
S
E
 
A
A
 
A
K
 
E
S
 
E
R
 
A
G
 
G
I
 
V
D
 
N
L
 
L
K
 
K
F
 
F
A
 
A
D
 
D
G
 
A
Q
 
N
Q
 
G
K
 
E
Q
 
Q
E
 
E
N
 
K
Q
 
Q
I
 
I
R
 
S
A
 
A
V
 
I
R
 
R
S
 
S
F
 
F
I
 
I
A
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
V
I
 
I
I
 
A
I
 
F
A
 
S
P
 
P
V
 
V
V
 
V
E
 
R
T
 
T
G
 
G
W
 
W
T
x
D
P
 
A
V
 
V
L
 
L
K
 
Q
E
 
E
A
 
T
K
 
K
R
 
N
A
 
A
R
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
I
 
L
L
 
T
D
|
D
R
|
R
N
 
A
I
 
V
K
 
D
A
 
T
A
 
Q
E
x
D
-
 
T
G
 
D
L
 
V
Y
 
Y
V
 
K
T
 
T
R
 
F
I
 
I
A
 
G
S
 
A
D
 
D
F
|
F
T
 
I
E
 
E
E
 
E
G
 
G
R
 
R
K
 
R
A
 
A
A
 
G
R
 
Q
W
 
W
L
 
V
M
 
A
D
 
D
K
 
Q
-
 
Y
-
 
A
-
 
S
T
 
A
K
 
T
G
 
G
Q
 
P
C
 
V
N
 
N
I
 
I
V
 
V
E
 
Q
L
 
L
Q
 
E
G
 
G
T
 
T
V
 
T
G
 
G
A
 
A
T
x
D
A
 
P
A
 
A
I
 
I
D
|
D
R
|
R
A
 
K
K
 
T
G
 
G
F
 
F
N
 
A
E
 
E
V
 
G
I
 
I
G
 
S
A
 
K
Y
 
N
P
 
P
Q
 
N
A
 
L
K
 
K
I
 
I
V
 
V
R
 
A
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
A
 
G
E
 
D
F
|
F
T
 
T
R
 
R
A
 
S
K
 
G
G
 
G
K
 
K
E
 
Q
V
 
V
M
 
M
E
 
E
S
 
A
F
 
F
L
 
L
K
 
K
A
 
S
E
 
T
D
 
-
P
 
P
Q
 
Q
S
 
-
L
 
I
C
 
D
A
 
V
L
 
V
W
 
F
S
 
A
H
 
Q
N
 
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
M
Q
 
E
A
 
A
I
 
I
K
 
E
E
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
K
K
 
K
P
 
P
G
 
G
K
 
T
D
 
D
L
 
I
L
 
K
V
 
I
V
 
V
S
 
A
V
 
V
D
|
D
G
 
A
V
 
T
P
 
H
D
 
D
Y
 
G
F
 
M
K
 
Q
A
 
A
M
 
L
A
 
A
E
 
D
G
 
G
D
 
K
A
 
F
N
 
N
I
 
Y
T
 
I
V
 
V
E
|
E
L
 
C
N
 
N
P
 
P
H
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
P
P
 
E
A
 
L
Y
 
M
Q
 
D
V
 
L
V
 
A
E
 
K
K
 
K
V
 
V
L
 
A
A
 
A
G
 
G
D
 
E
K
 
P
G
 
-
I
 
V
P
 
P
K
 
E
L
 
R
I
 
V
S
 
V
T
 
T
T
 
P
G
 
D
E
|
E
V
 
A
F
 
F
G
 
D
Q
 
Q
D
 
A
T
 
Q
A
 
A
A
 
K
T
 
A
E
 
A
Y
 
L
Q
 
P
K
 
N
R
 
R
K
 
Q

Sites not aligning to the query:

6hyhA Crystal structure of msmeg_1712 from mycobacterium smegmatis in complex with beta-d-fucofuranose (see paper)
47% identity, 94% coverage: 21:309/309 of query aligns to 1:290/304 of 6hyhA

query
sites
6hyhA
A
 
A
I
 
L
T
 
T
V
 
L
G
 
G
F
 
F
S
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
S
 
A
E
|
E
S
|
S
G
 
G
W
 
W
R
|
R
S
 
T
S
 
A
F
 
N
S
 
T
Q
 
E
D
 
S
M
 
I
K
 
K
D
 
S
E
 
A
A
 
A
K
 
E
S
 
E
R
 
A
G
 
G
I
 
V
D
 
N
L
 
L
K
 
K
F
 
F
A
 
A
D
 
D
G
 
A
Q
 
N
Q
 
G
K
 
E
Q
 
Q
E
 
E
N
 
K
Q
 
Q
I
 
I
R
 
S
A
 
A
V
 
I
R
 
R
S
 
S
F
 
F
I
 
I
A
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
V
I
 
I
I
 
A
I
 
F
A
 
S
P
 
P
V
 
V
V
 
V
E
 
R
T
 
T
G
 
G
W
 
W
T
x
D
P
 
A
V
 
V
L
 
L
K
 
Q
E
 
E
A
 
T
K
 
K
R
 
N
A
 
A
R
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
I
 
L
L
 
T
D
|
D
R
|
R
N
 
A
I
 
V
K
 
D
A
 
T
A
 
Q
E
x
D
-
 
T
G
 
D
L
 
V
Y
 
Y
V
 
K
T
 
T
R
 
F
I
 
I
A
 
G
S
 
A
D
 
D
F
|
F
T
 
I
E
 
E
E
 
E
G
 
G
R
 
R
K
 
R
A
 
A
A
 
G
R
 
Q
W
 
W
L
 
V
M
 
A
D
 
D
K
 
Q
-
 
Y
-
 
A
-
 
S
T
 
A
K
 
T
G
 
G
Q
 
P
C
 
V
N
 
N
I
 
I
V
 
V
E
 
Q
L
 
L
Q
 
E
G
 
G
T
 
T
V
 
T
G
 
G
A
 
A
T
x
D
A
x
P
A
 
A
I
 
I
D
|
D
R
|
R
A
 
K
K
 
T
G
 
G
F
 
F
N
 
A
E
 
E
V
 
G
I
 
I
G
 
S
A
 
K
Y
 
N
P
 
P
Q
 
N
A
 
L
K
 
K
I
 
I
V
 
V
R
 
A
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
A
 
G
E
 
D
F
|
F
T
 
T
R
 
R
A
 
S
K
 
G
G
 
G
K
 
K
E
 
Q
V
 
V
M
 
M
E
 
E
S
 
A
F
 
F
L
 
L
K
 
K
A
 
S
E
 
T
D
 
-
P
 
P
Q
 
Q
S
 
-
L
 
I
C
 
D
A
 
V
L
 
V
W
 
F
S
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
M
Q
 
E
A
 
A
I
 
I
K
 
E
E
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
K
K
 
K
P
 
P
G
 
G
K
 
T
D
 
D
L
 
I
L
 
K
V
 
I
V
 
V
S
 
A
V
 
V
D
|
D
G
 
A
V
 
T
P
 
H
D
 
D
Y
 
G
F
 
M
K
 
Q
A
 
A
M
 
L
A
 
A
E
 
D
G
 
G
D
 
K
A
 
F
N
 
N
I
 
Y
T
 
I
V
 
V
E
|
E
L
 
C
N
 
N
P
 
P
H
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
P
P
 
E
A
 
L
Y
 
M
Q
 
D
V
 
L
V
 
A
E
 
K
K
 
K
V
 
V
L
 
A
A
 
A
G
 
G
D
 
E
K
 
P
G
 
-
I
 
V
P
 
P
K
 
E
L
 
R
I
 
V
S
 
V
T
 
T
T
 
P
G
 
D
E
|
E
V
 
A
F
 
F
G
 
D
Q
 
Q
D
 
A
T
 
Q
A
 
A
A
 
K
T
 
A
E
 
A
Y
 
L
Q
 
P
K
 
N
R
 
R
K
 
Q

Sites not aligning to the query:

6hbmA Crystal structure of msmeg_1712 from mycobacterium smegmatis in complex with alpha-l-arabinofuranose (see paper)
47% identity, 94% coverage: 21:309/309 of query aligns to 1:290/304 of 6hbmA

query
sites
6hbmA
A
 
A
I
 
L
T
 
T
V
 
L
G
 
G
F
 
F
S
 
A
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
S
 
A
E
|
E
S
|
S
G
 
G
W
 
W
R
 
R
S
 
T
S
 
A
F
 
N
S
 
T
Q
 
E
D
 
S
M
 
I
K
 
K
D
 
S
E
 
A
A
 
A
K
 
E
S
 
E
R
 
A
G
 
G
I
 
V
D
 
N
L
 
L
K
 
K
F
 
F
A
 
A
D
 
D
G
 
A
Q
 
N
Q
 
G
K
 
E
Q
 
Q
E
 
E
N
 
K
Q
 
Q
I
 
I
R
 
S
A
 
A
V
 
I
R
 
R
S
 
S
F
 
F
I
 
I
A
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
V
I
 
I
I
 
A
I
 
F
A
 
S
P
 
P
V
 
V
V
 
V
E
 
R
T
 
T
G
 
G
W
 
W
T
x
D
P
 
A
V
 
V
L
 
L
K
 
Q
E
 
E
A
 
T
K
 
K
R
 
N
A
 
A
R
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
I
 
L
L
 
T
D
|
D
R
|
R
N
 
A
I
 
V
K
 
D
A
 
T
A
 
Q
E
x
D
-
 
T
G
 
D
L
 
V
Y
 
Y
V
 
K
T
 
T
R
 
F
I
 
I
A
 
G
S
 
A
D
 
D
F
 
F
T
 
I
E
 
E
E
 
E
G
 
G
R
 
R
K
 
R
A
 
A
A
 
G
R
 
Q
W
 
W
L
 
V
M
 
A
D
 
D
K
 
Q
-
 
Y
-
 
A
-
 
S
T
 
A
K
 
T
G
 
G
Q
 
P
C
 
V
N
 
N
I
 
I
V
 
V
E
 
Q
L
 
L
Q
 
E
G
 
G
T
 
T
V
 
T
G
 
G
A
 
A
T
 
D
A
 
P
A
 
A
I
 
I
D
 
D
R
|
R
A
 
K
K
 
T
G
 
G
F
 
F
N
 
A
E
 
E
V
 
G
I
 
I
G
 
S
A
 
K
Y
 
N
P
 
P
Q
 
N
A
 
L
K
 
K
I
 
I
V
 
V
R
 
A
S
 
S
Q
 
Q
T
 
T
A
 
G
E
 
D
F
 
F
T
 
T
R
 
R
A
 
S
K
 
G
G
 
G
K
 
K
E
 
Q
V
 
V
M
 
M
E
 
E
S
 
A
F
 
F
L
 
L
K
 
K
A
 
S
E
 
T
D
 
-
P
 
P
Q
 
Q
S
 
-
L
 
I
C
 
D
A
 
V
L
 
V
W
 
F
S
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
M
Q
 
E
A
 
A
I
 
I
K
 
E
E
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
K
K
 
K
P
 
P
G
 
G
K
 
T
D
 
D
L
 
I
L
 
K
V
 
I
V
 
V
S
 
A
V
 
V
D
|
D
G
 
A
V
 
T
P
 
H
D
 
D
Y
 
G
F
 
M
K
 
Q
A
 
A
M
 
L
A
 
A
E
 
D
G
 
G
D
 
K
A
 
F
N
 
N
I
 
Y
T
 
I
V
 
V
E
|
E
L
 
C
N
 
N
P
 
P
H
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
P
P
 
E
A
 
L
Y
 
M
Q
 
D
V
 
L
V
 
A
E
 
K
K
 
K
V
 
V
L
 
A
A
 
A
G
 
G
D
 
E
K
 
P
G
 
-
I
 
V
P
 
P
K
 
E
L
 
R
I
 
V
S
 
V
T
 
T
T
 
P
G
 
D
E
|
E
V
 
A
F
 
F
G
 
D
Q
 
Q
D
 
A
T
 
Q
A
 
A
A
 
K
T
 
A
E
 
A
Y
 
L
Q
 
P
K
 
N
R
 
R
K
 
Q

Sites not aligning to the query:

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
38% identity, 86% coverage: 23:289/309 of query aligns to 2:261/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
T
 
T
V
 
I
G
 
G
F
 
L
S
 
V
Q
 
I
V
 
S
G
 
T
S
 
L
E
 
N
S
x
N
G
 
P
W
x
F
R
x
F
S
 
V
S
 
T
F
 
L
S
 
K
Q
 
N
D
 
G
M
 
A
K
 
E
D
 
E
E
 
K
A
 
A
K
 
K
S
 
E
R
 
L
G
 
G
I
 
Y
D
 
K
L
 
I
K
 
I
F
 
V
A
 
E
D
 
D
G
 
S
Q
 
Q
Q
 
N
K
 
D
Q
 
S
E
 
S
N
 
K
Q
 
E
I
 
L
R
 
S
A
 
N
V
 
V
R
 
E
S
 
D
F
 
L
I
 
I
A
 
Q
Q
 
Q
G
 
K
V
 
V
D
 
D
A
 
V
I
 
L
I
 
L
I
 
I
A
 
N
P
 
P
V
 
V
V
 
D
E
 
S
T
 
D
G
 
A
W
 
V
T
 
V
P
 
T
V
 
A
L
 
I
K
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
N
R
 
S
A
 
K
R
 
N
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
I
 
T
L
 
I
D
|
D
R
|
R
N
 
S
I
 
-
K
 
-
A
 
A
A
 
N
E
 
G
G
 
G
L
 
D
Y
 
V
V
 
V
T
 
C
R
 
H
I
 
I
A
 
A
S
 
S
D
 
D
F
 
N
T
 
V
E
 
K
E
 
G
G
 
G
R
 
E
K
 
M
A
 
A
A
 
A
R
 
E
W
 
F
L
 
I
M
 
A
D
 
K
K
 
A
T
 
L
K
 
K
G
 
G
Q
 
K
C
 
G
N
 
N
I
 
V
V
 
V
E
 
E
L
 
L
Q
 
E
G
 
G
T
 
I
V
 
P
G
 
G
A
 
A
T
 
S
A
|
A
A
 
A
I
 
R
D
 
D
R
|
R
A
 
G
K
 
K
G
 
G
F
 
F
N
 
D
E
 
E
V
 
A
I
 
I
G
 
A
A
 
K
Y
 
Y
P
 
P
Q
 
D
A
 
I
K
 
K
I
 
I
V
 
V
R
 
A
S
 
K
Q
 
Q
T
 
A
A
 
A
E
 
D
F
|
F
T
 
D
R
 
R
A
 
S
K
 
K
G
 
G
K
 
L
E
 
S
V
 
V
M
 
M
E
 
E
S
 
N
F
 
I
L
 
L
K
 
Q
A
 
A
E
 
Q
D
 
-
P
 
P
Q
 
K
S
 
-
L
 
I
C
 
D
A
 
A
L
 
V
W
 
F
S
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
K
A
 
A
I
 
I
K
 
-
E
 
E
A
 
A
G
 
A
L
 
N
K
 
R
P
 
Q
G
 
G
K
 
-
D
 
-
L
 
I
L
 
I
V
 
V
V
 
V
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
V
 
T
P
 
E
D
 
D
Y
 
A
F
 
L
K
 
K
A
 
A
M
 
I
A
 
K
E
 
E
G
 
G
D
 
K
A
 
M
N
 
A
I
 
A
T
 
T
V
 
I
E
 
A
L
x
Q
N
 
Q
P
 
P
H
 
A
L
 
L
-
 
M
G
 
G
A
 
S
P
 
L
A
 
G
Y
 
V
Q
 
E
V
 
M
V
 
A
E
 
D
K
 
K
V
 
Y
L
 
L
A
 
K
G
 
G
D
 
E
K
 
K
G
 
-
I
 
I
P
 
P
K
 
N
L
 
F
I
 
I

7e7mC Crystal structure analysis of the streptococcus agalactiae ribose binding protein rbsb
34% identity, 80% coverage: 18:265/309 of query aligns to 5:243/284 of 7e7mC

query
sites
7e7mC
S
 
S
A
 
A
L
 
K
A
 
D
I
 
L
T
 
K
V
 
L
G
 
G
F
 
V
S
 
S
Q
 
I
V
 
S
G
 
T
S
 
T
E
 
N
S
x
N
G
 
P
W
x
Y
R
x
F
S
 
V
S
 
A
F
 
M
S
 
K
Q
 
D
D
 
G
M
 
I
K
 
D
D
 
K
E
 
Y
A
 
A
K
 
S
S
 
N
R
 
K
G
 
K
I
 
I
D
 
S
L
 
I
K
 
K
F
 
V
A
 
A
D
 
D
G
 
A
Q
 
Q
Q
 
D
K
 
D
Q
 
A
E
 
A
N
 
R
Q
 
Q
I
 
A
R
 
D
A
 
D
V
 
V
R
 
Q
S
 
N
F
 
F
I
 
I
A
 
S
Q
 
Q
G
 
N
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
L
I
 
I
A
 
N
P
 
P
V
 
V
V
 
D
E
 
S
T
 
K
G
 
A
W
 
I
T
 
V
P
 
T
V
 
A
L
 
I
K
 
K
E
 
S
A
 
A
K
 
N
R
 
N
A
 
A
R
 
N
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
I
 
L
L
 
M
D
|
D
R
|
R
N
 
G
I
 
S
K
 
E
A
 
G
A
 
-
E
 
-
G
 
G
L
 
K
Y
 
V
V
 
L
T
 
T
R
 
T
I
 
V
A
 
A
S
 
S
D
 
D
F
 
N
T
 
V
E
 
A
E
 
A
G
 
G
R
 
K
K
 
M
A
 
A
A
 
A
R
 
D
W
 
Y
L
 
A
M
 
V
D
 
K
K
 
K
T
 
L
K
 
G
G
 
K
Q
 
K
C
 
A
N
 
K
I
 
A
V
 
F
E
 
E
L
 
L
Q
 
S
G
 
G
T
 
V
V
 
P
G
 
G
A
 
A
T
 
S
A
 
A
A
 
T
I
 
V
D
 
D
R
|
R
A
 
G
K
 
K
G
 
G
F
 
F
N
 
H
E
 
S
V
 
V
I
 
-
G
 
-
A
 
A
Y
 
K
P
 
S
Q
 
K
A
 
L
K
 
D
I
 
M
V
 
L
R
 
S
S
 
S
Q
 
Q
T
 
S
A
 
A
E
 
N
F
|
F
T
 
D
R
 
R
A
 
A
K
 
K
G
 
A
K
 
L
E
 
N
V
 
T
M
 
T
E
 
Q
S
 
N
F
 
M
L
 
I
K
 
Q
A
 
G
E
 
H
D
 
-
P
 
-
Q
 
K
S
 
D
L
 
V
C
 
Q
A
 
I
L
 
I
W
 
F
S
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
A
Q
 
Q
A
 
A
I
 
V
K
 
K
E
 
S
A
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
-
P
 
-
G
 
-
K
 
Q
D
 
N
L
 
V
L
 
L
V
 
I
V
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
V
 
Q
P
 
P
D
 
D
Y
 
A
F
 
H
K
 
D
A
 
A
M
 
I
A
 
K
E
 
K
G
 
G
D
 
D
A
 
I
N
 
S
I
 
A
T
 
T
V
 
I
E
 
A
L
x
Q
N
 
Q
P
 
P

1dbpA Identical mutations at corresponding positions in two homologous proteins with non-identical effects (see paper)
34% identity, 81% coverage: 33:283/309 of query aligns to 9:256/271 of 1dbpA

query
sites
1dbpA
S
 
S
G
 
T
W
 
L
R
 
N
S
x
N
S
 
P
F
|
F
S
 
F
Q
 
V
D
 
S
M
 
L
K
 
K
D
 
D
-
 
G
-
 
A
-
 
Q
-
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
D
S
 
K
R
 
L
G
 
G
I
 
Y
D
 
N
L
 
L
K
 
V
F
 
V
A
 
L
D
 
D
G
 
S
Q
 
Q
Q
 
N
K
 
N
Q
 
P
E
 
A
N
 
K
Q
 
E
I
 
L
R
 
A
A
 
N
V
 
V
R
 
Q
S
 
D
F
 
L
I
 
T
A
 
V
Q
 
R
G
 
G
V
 
T
D
 
K
A
 
I
I
 
L
I
 
L
I
 
I
A
 
N
P
 
P
V
 
T
V
 
D
E
 
S
T
 
D
G
 
A
W
 
V
T
 
D
P
 
N
V
 
A
L
 
V
K
 
K
E
 
M
A
 
A
K
 
N
R
 
Q
A
 
A
R
 
N
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
I
 
T
L
 
L
D
|
D
R
|
R
N
 
-
I
 
-
K
 
Q
A
 
A
A
 
T
E
 
K
G
 
G
L
 
E
Y
 
V
V
 
V
T
 
S
R
 
H
I
 
I
A
 
A
S
 
S
D
 
D
F
 
N
T
 
V
E
 
L
E
 
G
G
 
G
R
 
K
K
 
I
A
 
A
A
 
G
R
 
D
W
 
Y
L
 
I
M
 
A
D
 
K
K
 
K
T
 
A
K
 
G
G
 
E
Q
 
G
C
 
A
N
 
K
I
 
V
V
 
I
E
 
E
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
T
 
I
V
 
A
G
 
G
A
 
T
T
 
S
A
 
A
A
 
A
I
 
R
D
 
E
R
|
R
A
 
G
K
 
E
G
 
G
F
 
F
N
 
Q
E
 
Q
V
 
A
I
 
V
G
 
A
A
 
A
Y
 
H
P
 
-
Q
 
K
A
 
F
K
 
N
I
 
V
V
 
L
R
 
A
S
 
S
Q
 
Q
T
 
P
A
 
A
E
 
D
F
|
F
T
 
D
R
 
R
A
 
I
K
 
K
G
 
G
K
 
L
E
 
N
V
 
V
M
 
M
E
 
Q
S
 
N
F
 
L
L
 
L
K
 
T
A
 
A
E
 
H
D
 
-
P
 
-
Q
 
P
S
 
D
L
 
V
C
 
Q
A
 
A
L
 
V
W
 
F
S
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
Q
 
R
A
 
A
I
 
L
K
 
Q
E
 
T
A
 
A
G
 
G
L
 
-
K
 
-
P
 
-
G
 
K
K
 
S
D
 
D
L
 
V
L
 
M
V
 
V
V
 
V
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
V
 
T
P
 
P
D
 
D
Y
 
G
F
 
E
K
 
K
A
 
A
M
 
V
A
 
N
E
 
D
G
 
G
D
 
K
A
 
L
N
 
A
I
 
A
T
 
T
V
 
I
-
 
A
E
 
Q
L
 
L
N
 
P
P
 
D
H
 
Q
L
 
I
G
 
G
A
 
A
P
 
K
A
 
G
Y
 
V
Q
 
E
V
 
T
V
 
A
E
 
D
K
 
K
V
 
V
L
 
L
A
 
K
G
 
G
D
 
E
K
 
K

4zjpA Structure of an abc-transporter solute binding protein (sbp_ipr025997) from actinobacillus succinogenes (asuc_0197, target efi-511067) with bound beta-d-ribopyranose
33% identity, 81% coverage: 33:283/309 of query aligns to 10:256/270 of 4zjpA

query
sites
4zjpA
S
 
S
G
 
T
W
 
L
R
 
D
S
x
N
S
 
P
F
|
F
S
x
F
Q
 
V
D
 
S
M
 
L
K
 
K
D
 
D
E
 
G
A
 
A
K
 
Q
S
 
K
R
 
K
G
 
A
I
 
T
D
 
E
L
 
L
K
 
G
F
 
Y
A
 
K
-
 
L
-
 
V
-
 
V
-
 
L
D
 
D
G
 
S
Q
 
Q
Q
 
N
K
 
D
Q
 
P
E
 
S
N
 
K
Q
 
E
I
 
L
R
 
S
A
 
N
V
 
V
R
 
E
S
 
D
F
 
L
I
 
T
A
 
V
Q
 
R
G
 
G
V
 
A
D
 
K
A
 
V
I
 
L
I
 
L
I
 
I
A
 
N
P
 
P
V
 
T
V
 
D
E
 
S
T
 
A
G
 
A
W
 
V
T
 
S
P
 
N
V
 
A
L
 
V
K
 
A
E
 
I
A
 
A
K
 
N
R
 
R
A
 
N
R
 
K
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
I
 
T
L
 
L
D
|
D
R
|
R
N
 
G
I
 
-
K
 
-
A
 
A
A
 
A
E
 
K
G
 
G
L
 
E
Y
 
V
V
 
V
T
 
S
R
 
H
I
 
I
A
 
A
S
 
S
D
 
D
F
 
N
T
 
V
E
 
A
E
 
G
G
 
G
R
 
K
K
 
M
A
 
A
A
 
G
R
 
D
W
 
F
L
 
I
M
 
A
D
 
Q
K
 
K
T
 
L
K
 
G
G
 
D
Q
 
G
C
 
A
N
 
K
I
 
V
V
 
I
E
 
Q
L
 
L
Q
 
E
G
 
G
T
 
L
V
 
A
G
 
G
A
 
T
T
 
S
A
 
A
A
 
A
I
 
R
D
 
E
R
|
R
A
 
G
K
 
E
G
 
G
F
 
F
N
 
K
E
 
Q
V
 
A
I
 
I
G
 
E
A
 
A
Y
 
H
P
 
-
Q
 
K
A
 
F
K
 
D
I
 
V
V
 
L
R
 
A
S
 
S
Q
 
Q
T
 
P
A
 
A
E
 
D
F
|
F
T
 
D
R
 
R
A
 
T
K
 
K
G
 
G
K
 
L
E
 
N
V
 
V
M
 
T
E
 
E
S
 
N
F
 
L
L
 
L
K
 
A
A
 
S
E
 
K
D
 
G
P
 
-
Q
 
-
S
 
S
L
 
V
C
 
Q
A
 
A
L
 
I
W
 
F
S
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
Q
 
R
A
 
A
I
 
I
K
 
S
E
 
A
A
 
A
G
 
-
L
 
-
K
 
-
P
 
-
G
 
G
K
 
K
D
 
K
L
 
V
L
 
L
V
 
V
V
 
V
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
V
 
T
P
 
E
D
 
D
Y
 
G
F
 
V
K
 
K
A
 
A
M
 
V
A
 
K
E
 
S
G
 
G
D
 
K
A
 
L
N
 
A
I
 
A
T
 
T
V
 
V
E
 
A
L
x
Q
N
 
Q
P
 
P
H
 
E
L
 
L
-
 
I
G
 
G
A
 
S
P
 
L
A
 
G
Y
 
V
Q
 
E
V
 
T
V
 
A
E
 
D
K
 
K
V
 
I
L
 
L
A
 
K
G
 
G
D
 
E
K
 
K

2x7xA Fructose binding periplasmic domain of hybrid two component system bt1754 (see paper)
31% identity, 72% coverage: 24:246/309 of query aligns to 4:220/301 of 2x7xA

query
sites
2x7xA
V
 
I
G
 
G
F
 
V
S
 
A
Q
 
Q
V
 
C
G
 
S
S
 
D
E
x
D
S
 
S
G
 
-
W
|
W
R
|
R
S
 
H
S
 
K
F
 
M
S
 
N
Q
 
D
D
 
E
M
 
I
K
 
L
D
 
R
E
 
E
A
 
A
K
 
M
-
 
F
S
 
Y
R
 
N
G
 
G
I
 
V
D
 
S
L
 
V
K
 
E
F
 
I
A
 
R
D
 
S
G
 
A
Q
 
G
Q
 
D
K
 
D
Q
 
N
E
 
S
N
 
K
Q
 
Q
I
 
A
R
 
E
A
 
D
V
 
V
R
 
H
S
 
Y
F
 
F
I
 
M
A
 
D
Q
 
E
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
L
I
 
L
I
 
I
I
 
I
A
 
S
P
 
A
V
 
N
V
 
E
E
 
A
T
 
A
G
 
P
W
 
M
T
 
T
P
 
P
V
 
I
L
 
V
K
 
E
E
 
E
A
 
A
K
 
Y
R
 
Q
A
 
K
R
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
I
 
L
L
 
V
D
|
D
R
|
R
N
 
K
I
 
I
K
 
L
A
 
S
A
 
D
E
 
K
G
 
-
L
 
-
Y
 
Y
V
 
T
T
 
A
R
 
Y
I
 
I
A
 
G
S
 
A
D
 
D
F
 
N
T
 
Y
E
 
E
E
 
I
G
 
G
R
 
R
K
 
S
A
 
V
A
 
G
R
 
N
W
 
Y
L
 
I
M
 
A
D
 
S
K
 
S
T
 
L
K
 
K
G
 
G
Q
 
K
C
 
G
N
 
N
I
 
I
V
 
V
E
 
E
L
 
L
Q
 
T
G
 
G
T
 
L
V
 
S
G
 
G
A
 
S
T
 
T
A
x
P
A
 
A
I
 
M
D
 
E
R
|
R
A
 
H
K
 
Q
G
 
G
F
 
F
N
 
M
E
 
A
V
 
A
I
 
I
G
 
S
A
 
K
Y
 
F
P
 
P
Q
 
D
A
 
I
K
 
K
I
 
L
V
 
I
R
 
D
S
 
K
Q
 
A
T
 
D
A
 
A
E
 
A
F
x
W
T
 
E
R
 
R
A
 
G
K
 
P
G
 
A
K
 
E
E
 
I
V
 
E
M
 
M
E
 
D
S
 
S
F
 
M
L
 
L
K
 
R
A
 
R
E
 
H
D
 
-
P
 
-
Q
 
P
S
 
K
L
 
I
C
 
D
A
 
A
L
 
V
W
 
Y
S
 
A
H
 
H
N
|
N
D
 
D
E
x
R
M
 
I
A
 
A
L
 
P
G
 
G
A
 
A
I
 
Y
Q
 
Q
A
 
A
I
 
A
K
 
K
E
 
M
A
 
A
G
 
G
L
 
R
K
 
E
P
 
-
G
 
-
K
 
K
D
 
E
L
 
M
L
 
I
V
 
F
V
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
A
V
 
L
P
 
P

A0QYB3 Xylitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
32% identity, 73% coverage: 43:267/309 of query aligns to 55:279/349 of A0QYB3

query
sites
A0QYB3
M
 
M
K
 
D
D
 
T
E
 
Y
A
 
A
K
 
K
S
 
A
R
 
N
G
 
N
I
 
I
D
 
E
L
 
L
K
 
V
F
 
W
A
 
N
D
 
S
G
 
A
Q
 
N
Q
 
N
K
 
D
Q
 
V
E
 
S
N
 
T
Q
 
Q
I
 
A
R
 
S
A
 
Q
V
 
V
R
 
D
S
 
S
F
 
L
I
 
I
A
 
N
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
I
 
V
A
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
Q
E
 
A
T
 
D
G
 
S
W
 
L
T
 
G
P
 
P
V
 
Q
L
 
V
K
 
A
E
 
S
A
 
A
K
 
K
R
 
S
A
 
K
R
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
L
V
 
L
I
 
A
L
 
V
D
x
N
R
 
A
N
 
A
I
 
L
K
 
E
A
 
T
A
 
P
E
 
D
G
 
-
L
 
-
Y
 
L
V
 
A
T
 
G
R
 
N
I
 
V
A
 
Q
S
 
P
D
 
D
F
 
D
T
 
V
E
 
A
E
 
A
G
 
G
R
 
A
K
 
Q
A
 
E
A
 
M
R
 
Q
W
 
M
L
 
M
M
 
A
D
 
D
K
 
R
T
 
L
K
 
G
G
 
G
Q
 
K
C
 
G
N
 
N
I
 
I
V
 
V
E
 
I
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
T
 
P
V
 
L
G
 
G
A
 
G
T
 
S
A
 
G
A
 
E
I
 
I
D
 
N
R
|
R
A
 
G
K
 
K
G
 
G
F
 
I
N
 
D
E
 
Q
V
 
V
I
 
L
G
 
A
A
 
K
Y
 
Y
P
 
P
Q
 
D
A
 
I
K
 
K
I
 
V
V
 
L
R
 
A
S
 
K
Q
 
D
T
 
T
A
 
A
E
 
N
F
 
W
T
 
K
R
 
R
A
 
D
K
 
E
G
 
A
K
 
V
E
 
N
V
 
K
M
 
M
E
 
K
S
 
N
F
 
W
L
 
I
K
 
S
A
 
S
E
 
F
D
 
G
P
 
P
Q
 
Q
S
 
-
L
 
I
C
 
D
A
 
G
L
 
V
W
 
V
S
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
Q
 
Q
A
 
A
I
 
L
K
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
-
K
 
R
P
 
T
G
 
G
K
 
-
D
 
-
L
 
V
L
 
P
V
 
I
V
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
V
 
I
P
 
E
D
 
D
Y
 
G
F
 
L
K
 
N
A
 
A
M
 
V
A
 
K
E
 
S
G
 
G
D
 
D
-
 
F
-
 
I
-
 
G
-
 
T
-
 
S
-
 
L
A
x
Q
N
 
N
I
 
G
T
 
T
V
 
V
E
 
E
L
 
L
N
 
S
P
 
A
H
 
G
L
 
L

Sites not aligning to the query:

5hkoA Crystal structure of abc transporter solute binding protein msmeg_3598 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with l-sorbitol
32% identity, 73% coverage: 43:267/309 of query aligns to 22:246/314 of 5hkoA

query
sites
5hkoA
M
 
M
K
 
D
D
 
T
E
 
Y
A
 
A
K
 
K
S
 
A
R
 
N
G
 
N
I
 
I
D
 
E
L
 
L
K
 
V
F
 
W
A
 
N
D
 
S
G
 
A
Q
 
N
Q
 
N
K
x
D
Q
 
V
E
x
S
N
 
T
Q
 
Q
I
 
A
R
 
S
A
 
Q
V
 
V
R
 
D
S
 
S
F
 
L
I
 
I
A
 
N
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
I
 
V
A
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
Q
E
 
A
T
 
D
G
 
S
W
 
L
T
 
G
P
 
P
V
 
Q
L
 
V
K
 
A
E
 
S
A
 
A
K
 
K
R
 
S
A
 
K
R
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
L
V
 
L
I
 
A
L
 
V
D
x
N
R
x
A
N
 
A
I
 
L
K
 
E
A
 
T
A
 
P
E
 
D
G
 
-
L
 
-
Y
 
L
V
 
A
T
 
G
R
 
N
I
 
V
A
 
Q
S
 
P
D
 
D
F
 
D
T
 
V
E
 
A
E
 
A
G
 
G
R
 
A
K
 
Q
A
 
E
A
 
M
R
 
Q
W
 
M
L
 
M
M
 
A
D
 
D
K
 
R
T
 
L
K
 
G
G
 
G
Q
 
K
C
 
G
N
 
N
I
 
I
V
 
V
E
 
I
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
T
 
P
V
 
L
G
 
G
A
 
G
T
 
S
A
 
G
A
 
E
I
 
I
D
 
N
R
|
R
A
 
G
K
 
K
G
 
G
F
 
I
N
 
D
E
 
Q
V
 
V
I
 
L
G
 
A
A
 
K
Y
 
Y
P
 
P
Q
 
D
A
 
I
K
 
K
I
 
V
V
 
L
R
 
A
S
 
K
Q
 
D
T
 
T
A
 
A
E
 
N
F
x
W
T
 
K
R
 
R
A
 
D
K
 
E
G
 
A
K
 
V
E
 
N
V
 
K
M
 
M
E
 
K
S
 
N
F
 
W
L
 
I
K
 
S
A
 
S
E
 
F
D
 
G
P
 
P
Q
 
Q
S
 
-
L
 
I
C
 
D
A
 
G
L
 
V
W
 
V
S
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
Q
 
Q
A
 
A
I
 
L
K
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
-
K
 
R
P
 
T
G
 
G
K
 
-
D
 
-
L
 
V
L
 
P
V
 
I
V
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
V
 
I
P
x
E
D
 
D
Y
 
G
F
 
L
K
 
N
A
 
A
M
 
V
A
 
K
E
 
S
G
 
G
D
 
D
-
 
F
-
 
I
-
 
G
-
 
T
-
 
S
-
 
L
A
x
Q
N
 
N
I
 
G
T
 
T
V
 
V
E
 
E
L
 
L
N
 
S
P
 
A
H
 
G
L
 
L

Sites not aligning to the query:

4rs3A Crystal structure of carbohydrate transporter a0qyb3 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with xylitol (see paper)
32% identity, 73% coverage: 43:267/309 of query aligns to 22:246/315 of 4rs3A

query
sites
4rs3A
M
 
M
K
 
D
D
 
T
E
 
Y
A
 
A
K
 
K
S
 
A
R
 
N
G
 
N
I
 
I
D
 
E
L
 
L
K
 
V
F
 
W
A
 
N
D
 
S
G
 
A
Q
 
N
Q
 
N
K
 
D
Q
 
V
E
 
S
N
 
T
Q
 
Q
I
 
A
R
 
S
A
 
Q
V
 
V
R
 
D
S
 
S
F
 
L
I
 
I
A
 
N
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
I
 
V
A
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
Q
E
 
A
T
 
D
G
 
S
W
 
L
T
 
G
P
 
P
V
 
Q
L
 
V
K
 
A
E
 
S
A
 
A
K
 
K
R
 
S
A
 
K
R
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
L
V
 
L
I
 
A
L
 
V
D
x
N
R
 
A
N
 
A
I
 
L
K
 
E
A
 
T
A
 
P
E
 
D
G
 
-
L
 
-
Y
 
L
V
 
A
T
 
G
R
 
N
I
 
V
A
 
Q
S
 
P
D
 
D
F
 
D
T
 
V
E
 
A
E
 
A
G
 
G
R
 
A
K
 
Q
A
 
E
A
 
M
R
 
Q
W
 
M
L
 
M
M
 
A
D
 
D
K
 
R
T
 
L
K
 
G
G
 
G
Q
 
K
C
 
G
N
 
N
I
 
I
V
 
V
E
 
I
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
T
 
P
V
 
L
G
 
G
A
 
G
T
 
S
A
 
G
A
 
E
I
 
I
D
 
N
R
|
R
A
 
G
K
 
K
G
 
G
F
 
I
N
 
D
E
 
Q
V
 
V
I
 
L
G
 
A
A
 
K
Y
 
Y
P
 
P
Q
 
D
A
 
I
K
 
K
I
 
V
V
 
L
R
 
A
S
 
K
Q
 
D
T
 
T
A
 
A
E
 
N
F
x
W
T
 
K
R
 
R
A
 
D
K
 
E
G
 
A
K
 
V
E
 
N
V
 
K
M
 
M
E
 
K
S
 
N
F
 
W
L
 
I
K
 
S
A
 
S
E
 
F
D
 
G
P
 
P
Q
 
Q
S
 
-
L
 
I
C
 
D
A
 
G
L
 
V
W
 
V
S
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
Q
 
Q
A
 
A
I
 
L
K
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
-
K
 
R
P
 
T
G
 
G
K
 
-
D
 
-
L
 
V
L
 
P
V
 
I
V
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
V
 
I
P
x
E
D
 
D
Y
 
G
F
 
L
K
 
N
A
 
A
M
 
V
A
 
K
E
 
S
G
 
G
D
 
D
-
 
F
-
 
I
-
 
G
-
 
T
-
 
S
-
 
L
A
x
Q
N
 
N
I
 
G
T
 
T
V
 
V
E
 
E
L
 
L
N
 
S
P
 
A
H
 
G
L
 
L

Sites not aligning to the query:

2fn8A Thermotoga maritima ribose binding protein ribose bound form (see paper)
32% identity, 84% coverage: 35:295/309 of query aligns to 15:277/292 of 2fn8A

query
sites
2fn8A
W
|
W
R
x
F
S
 
V
S
 
V
F
 
L
S
 
A
Q
 
E
D
 
T
M
 
A
K
 
K
D
 
Q
E
 
R
A
 
A
K
 
E
S
 
Q
R
 
L
G
 
G
I
 
Y
D
 
E
L
 
A
K
 
T
F
 
I
A
 
F
D
 
D
G
 
S
Q
 
Q
Q
 
N
K
 
D
Q
 
T
E
 
A
N
 
K
Q
 
E
I
 
S
R
 
A
A
 
H
V
 
F
R
 
D
S
 
A
F
 
I
I
 
I
A
 
A
Q
 
A
G
 
G
V
 
Y
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
I
 
F
A
 
N
P
 
P
V
 
T
V
 
D
E
 
A
T
 
D
G
 
G
W
 
S
T
 
I
P
 
A
V
 
N
L
 
V
K
 
K
E
 
R
A
 
A
K
 
K
R
 
E
A
 
A
R
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
F
I
 
C
L
 
V
D
|
D
R
|
R
N
 
G
I
 
I
K
 
N
A
 
A
A
 
-
E
 
R
G
 
G
L
 
L
Y
 
A
V
 
V
T
 
A
R
 
Q
I
 
I
A
 
Y
S
 
S
D
 
D
F
 
N
T
 
Y
E
 
Y
E
 
G
G
 
G
R
 
V
K
 
L
A
 
M
A
 
G
R
 
E
W
 
Y
L
 
F
M
 
V
D
 
K
K
 
F
T
 
L
K
 
K
-
 
E
-
 
K
-
 
Y
-
 
P
-
 
D
-
 
A
G
 
K
Q
 
E
C
 
I
N
 
P
I
 
Y
V
 
A
E
 
E
L
 
L
Q
 
L
G
 
G
T
 
I
V
 
L
G
 
S
A
 
A
T
 
Q
A
 
P
A
 
T
I
 
W
D
 
D
R
|
R
A
 
S
K
 
N
G
 
G
F
 
F
N
 
H
E
 
S
V
 
V
I
 
V
G
 
D
A
 
Q
Y
 
Y
P
 
P
Q
 
E
A
 
F
K
 
K
I
 
M
V
 
V
R
 
A
S
 
Q
Q
 
Q
T
 
S
A
 
A
E
 
E
F
|
F
T
 
D
R
 
R
A
 
D
K
 
T
G
 
A
K
 
Y
E
 
K
V
 
V
M
 
T
E
 
E
S
 
Q
F
 
I
L
 
L
K
 
Q
A
 
A
E
 
H
D
 
-
P
 
P
Q
 
E
S
 
-
L
 
I
C
 
K
A
 
A
L
 
I
W
 
W
S
 
C
H
 
G
N
|
N
D
 
D
E
 
A
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
M
Q
 
K
A
 
A
I
 
C
K
 
E
E
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
R
K
 
-
P
 
-
G
 
-
K
 
T
D
 
D
L
 
I
L
 
Y
V
 
I
V
 
F
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
V
 
A
P
 
E
D
 
D
Y
 
V
F
 
I
K
 
N
A
 
A
M
 
I
A
 
K
E
 
E
G
 
G
D
 
K
A
 
Q
N
 
I
I
 
V
-
 
A
T
 
T
V
 
I
E
 
M
L
x
Q
N
 
F
P
 
P
H
 
K
L
 
L
G
 
M
A
 
A
P
 
R
-
 
L
A
 
A
Y
 
V
Q
 
E
V
 
W
V
 
A
E
 
D
K
 
Q
V
 
Y
L
 
L
A
 
R
G
 
G
D
 
E
K
 
R
G
 
S
I
 
F
P
 
P
K
 
E
L
 
I
I
 
V
S
 
P
T
 
V
T
 
T
G
 
V
E
 
E
V
 
L

Sites not aligning to the query:

A0QYB5 D-threitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
31% identity, 83% coverage: 6:263/309 of query aligns to 14:275/349 of A0QYB5

query
sites
A0QYB5
T
 
T
L
 
A
F
 
L
A
 
G
A
 
L
G
 
G
L
 
L
M
 
T
A
 
A
L
 
C
S
 
G
H
 
A
S
 
G
A
 
D
L
 
P
A
 
A
I
 
A
T
 
N
V
 
S
G
 
D
F
 
T
S
 
T
Q
 
R
V
 
I
G
 
G
S
 
V
E
 
T
S
 
V
G
x
Y
W
 
D
R
 
M
S
 
S
S
 
S
F
 
F
-
 
I
-
 
T
-
 
A
-
 
G
S
 
K
Q
 
E
D
 
G
M
 
M
K
 
D
D
 
A
E
 
Y
A
 
A
K
 
K
S
 
D
R
 
N
G
 
N
I
 
I
D
 
E
L
 
L
K
 
I
F
 
W
A
 
N
D
 
S
G
 
A
Q
 
N
Q
 
L
K
 
D
Q
 
V
E
 
S
N
 
T
Q
 
Q
I
 
A
R
 
S
A
 
Q
V
 
V
R
 
D
S
 
S
F
 
M
I
 
I
A
 
N
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
I
 
V
A
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
Q
E
 
A
T
 
D
G
 
S
W
 
L
T
 
A
P
 
P
V
 
Q
L
 
V
K
 
A
E
 
S
A
 
A
K
 
K
R
 
A
A
 
K
R
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
L
V
 
V
I
 
P
L
 
V
D
x
N
R
 
A
N
 
A
I
 
L
K
 
D
A
 
S
A
 
K
E
 
D
G
 
-
L
 
-
Y
 
I
V
 
A
T
 
G
R
 
N
I
 
V
A
 
Q
S
 
P
D
 
D
F
 
D
T
 
V
E
 
A
E
 
A
G
 
G
R
 
A
K
 
Q
A
 
E
A
 
M
R
 
Q
W
 
M
L
 
M
M
 
A
D
 
D
K
 
R
T
 
L
K
 
G
G
 
G
Q
 
K
C
 
G
N
 
N
I
 
I
V
 
V
E
 
I
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
T
 
P
V
 
L
G
 
G
A
 
Q
T
 
S
A
 
G
A
 
E
I
 
L
D
 
D
R
|
R
A
 
S
K
 
K
G
 
G
F
 
I
N
 
E
E
 
Q
V
 
V
I
 
L
G
 
A
A
 
K
Y
 
Y
P
 
P
Q
 
D
A
 
I
K
 
K
I
 
V
V
 
L
R
 
A
S
 
K
Q
 
D
T
 
T
A
 
A
E
 
N
F
 
W
T
 
K
R
 
R
A
 
D
K
 
E
G
 
A
K
 
V
E
 
N
V
 
K
M
 
M
E
 
K
S
 
N
F
 
W
L
 
I
K
 
S
A
 
G
E
 
F
D
 
G
P
 
P
Q
 
Q
S
 
-
L
 
I
C
 
D
A
 
G
L
 
V
W
 
V
S
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
Q
 
Q
A
 
A
I
 
L
K
 
K
E
 
E
A
 
S
G
 
G
L
 
-
K
 
R
P
 
T
G
 
G
K
 
-
D
 
-
L
 
V
L
 
P
V
 
I
V
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
V
 
I
P
 
E
D
 
D
Y
 
G
F
 
L
K
 
N
A
 
A
M
 
V
A
 
K
E
 
S
G
 
G
D
 
D
-
 
F
-
 
I
-
 
G
-
 
T
-
 
S
-
 
L
A
x
Q
N
 
N
I
 
G
T
 
T
V
 
V
E
 
E
L
 
L

4rsmA Crystal structure of carbohydrate transporter msmeg_3599 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510970, in complex with d-threitol (see paper)
31% identity, 75% coverage: 33:263/309 of query aligns to 13:243/315 of 4rsmA

query
sites
4rsmA
S
 
S
G
 
S
W
 
F
R
 
I
S
 
T
S
 
A
F
 
G
S
 
K
Q
 
E
D
 
G
M
 
M
K
 
D
D
 
A
E
 
Y
A
 
A
K
 
K
S
 
D
R
 
N
G
 
N
I
 
I
D
 
E
L
 
L
K
 
I
F
 
W
A
 
N
D
 
S
G
 
A
Q
 
N
Q
 
L
K
 
D
Q
 
V
E
 
S
N
 
T
Q
 
Q
I
 
A
R
 
S
A
 
Q
V
 
V
R
 
D
S
 
S
F
 
M
I
 
I
A
 
N
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
I
 
V
A
 
V
P
 
P
V
 
V
V
 
Q
E
 
A
T
 
D
G
 
S
W
 
L
T
 
A
P
 
P
V
 
Q
L
 
V
K
 
A
E
 
S
A
 
A
K
 
K
R
 
A
A
 
K
R
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
L
V
 
V
I
 
P
L
 
V
D
x
N
R
 
A
N
 
A
I
 
L
K
 
D
A
 
S
A
 
K
E
 
D
G
 
-
L
 
-
Y
 
I
V
 
A
T
 
G
R
 
N
I
 
V
A
 
Q
S
 
P
D
 
D
F
 
D
T
 
V
E
 
A
E
 
A
G
 
G
R
 
A
K
 
Q
A
 
E
A
 
M
R
 
Q
W
 
M
L
 
M
M
 
A
D
 
D
K
 
R
T
 
L
K
 
G
G
 
G
Q
 
K
C
 
G
N
 
N
I
 
I
V
 
V
E
 
I
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
T
 
P
V
 
L
G
 
G
A
 
Q
T
 
S
A
 
G
A
 
E
I
 
L
D
 
D
R
|
R
A
 
S
K
 
K
G
 
G
F
 
I
N
 
E
E
 
Q
V
 
V
I
 
L
G
 
A
A
 
K
Y
 
Y
P
 
P
Q
 
D
A
 
I
K
 
K
I
 
V
V
 
L
R
 
A
S
 
K
Q
 
D
T
 
T
A
 
A
E
 
N
F
x
W
T
 
K
R
 
R
A
 
D
K
 
E
G
 
A
K
 
V
E
 
N
V
 
K
M
 
M
E
 
K
S
 
N
F
 
W
L
 
I
K
 
S
A
 
G
E
 
F
D
 
G
P
 
P
Q
 
Q
S
 
-
L
 
I
C
 
D
A
 
G
L
 
V
W
 
V
S
 
A
H
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
Q
 
Q
A
 
A
I
 
L
K
 
K
E
 
E
A
 
S
G
 
G
L
 
-
K
 
R
P
 
T
G
 
G
K
 
-
D
 
-
L
 
V
L
 
P