SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_156884837.1 NCBI__GCF_001931675.1:WP_156884837.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4zv1A An ancestral arginine-binding protein bound to arginine (see paper)
43% identity, 85% coverage: 19:237/257 of query aligns to 3:226/226 of 4zv1A

query
sites
4zv1A
K
 
R
T
 
G
S
 
T
I
 
L
V
 
R
V
 
V
G
 
G
A
 
T
D
x
E
T
 
A
T
 
T
F
|
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
E
 
G
-
 
F
T
 
K
E
 
D
V
 
E
N
 
N
G
 
G
K
 
K
V
 
L
T
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
M
 
L
I
 
A
E
 
K
A
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
K
A
 
K
E
 
L
G
 
G
M
 
V
T
 
K
V
 
V
E
 
E
I
 
F
K
 
K
T
 
P
M
 
M
P
 
D
F
|
F
N
 
D
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
S
 
A
L
 
L
Q
 
Q
A
 
S
G
 
G
S
 
K
V
 
I
D
 
D
A
 
V
A
 
V
V
 
I
A
|
A
G
|
G
I
x
M
T
|
T
I
 
I
K
 
T
K
 
E
S
 
E
R
|
R
M
 
K
Q
 
K
S
 
Q
V
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
A
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
K
 
E
S
 
A
G
 
G
L
 
Q
S
 
A
V
 
I
L
 
V
V
 
V
K
 
K
K
 
K
-
 
G
D
 
N
S
 
D
K
 
S
I
 
I
K
 
K
D
 
S
F
 
L
A
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
H
 
K
V
 
K
V
 
V
A
 
G
T
 
V
K
x
Q
K
 
L
A
 
G
T
x
S
S
x
T
S
 
S
V
 
E
D
 
Q
Y
 
H
M
 
V
T
 
K
S
 
K
H
 
V
G
 
A
I
 
K
D
 
D
P
 
A
N
 
G
Y
 
V
-
 
K
I
 
V
K
 
K
Q
 
K
F
 
F
Q
 
D
D
 
N
I
 
F
D
 
S
T
 
E
A
 
A
Y
 
F
Q
 
Q
A
 
E
L
 
L
E
 
K
T
 
S
G
 
G
G
 
R
A
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
V
F
 
T
D
|
D
N
 
N
P
 
A
V
 
V
N
 
A
V
 
L
N
 
A
F
 
Y
K
 
V
T
 
K
A
 
Q
H
 
N
P
 
P
N
 
N
-
 
A
-
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
I
V
 
V
G
 
G
P
 
E
L
 
T
L
 
F
T
 
S
G
 
G
E
 
E
Y
 
P
Y
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
V
S
 
R
K
 
K
K
 
G
D
 
N
P
 
S
T
 
E
L
 
L
V
 
L
K
 
E
K
 
K
I
 
I
N
 
N
D
 
K
G
 
A
L
 
L
A
 
E
K
 
E
I
 
M
K
 
K
K
 
K
S
 
D
G
 
G
E
 
T
Y
 
Y
H
 
D
Q
 
K
L
 
I
F
 
Y
V
 
E
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
G
 
G

4zv2A An ancestral arginine-binding protein bound to glutamine (see paper)
43% identity, 85% coverage: 19:237/257 of query aligns to 3:224/225 of 4zv2A

query
sites
4zv2A
K
 
R
T
 
G
S
 
T
I
 
L
V
 
R
V
 
V
G
 
G
A
 
T
D
x
E
T
 
A
T
 
T
F
|
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
E
 
G
-
 
F
T
 
K
E
 
D
V
 
E
N
 
N
G
 
G
K
 
K
V
 
L
T
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
M
 
L
I
 
A
E
 
K
A
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
K
A
 
K
E
 
L
G
 
G
M
 
V
T
 
K
V
 
V
E
 
E
I
 
F
K
 
K
T
 
P
M
 
M
P
 
D
F
|
F
N
 
D
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
S
 
A
L
 
L
Q
 
Q
A
 
S
G
 
G
S
 
K
V
 
I
D
 
D
A
 
V
A
 
V
V
 
I
A
 
A
G
|
G
I
x
M
T
|
T
I
 
I
K
 
T
K
 
E
S
 
E
R
|
R
M
 
K
Q
 
K
S
 
Q
V
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
A
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
K
 
E
S
 
A
G
 
G
L
 
Q
S
 
A
V
 
I
L
 
V
V
 
V
K
 
K
K
 
K
-
 
G
D
 
N
S
 
D
K
 
S
I
 
I
K
 
K
D
 
S
F
 
L
A
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
H
 
K
V
 
K
V
 
V
A
 
G
T
 
V
K
 
Q
K
 
L
A
 
G
T
x
S
S
x
T
S
 
S
V
 
E
D
 
Q
Y
 
H
M
 
V
-
 
K
-
 
K
T
 
V
S
 
A
H
 
A
G
 
G
I
 
V
D
 
K
P
 
-
N
 
-
Y
 
-
I
 
V
K
 
K
Q
 
K
F
 
F
Q
 
D
D
 
N
I
 
F
D
 
S
T
 
E
A
 
A
Y
 
F
Q
 
Q
A
 
E
L
 
L
E
 
K
T
 
S
G
 
G
G
 
R
A
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
V
F
 
T
D
|
D
N
 
N
P
 
A
V
 
V
N
 
A
V
 
L
N
 
A
F
 
Y
K
 
V
T
 
K
A
 
Q
H
 
N
P
 
P
N
 
N
-
 
A
-
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
I
V
 
V
G
 
G
P
 
E
L
 
T
L
 
F
T
 
S
G
 
G
E
 
E
Y
 
P
Y
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
V
S
 
R
K
 
K
K
 
G
D
 
N
P
 
S
T
 
E
L
 
L
V
 
L
K
 
E
K
 
K
I
 
I
N
 
N
D
 
K
G
 
A
L
 
L
A
 
E
K
 
E
I
 
M
K
 
K
K
 
K
S
 
D
G
 
G
E
 
T
Y
 
Y
H
 
D
Q
 
K
L
 
I
F
 
Y
V
 
E
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
G
 
G

8vi8A Engineered glutamine binding protein and a cobaloxime ligand - no gln bound (see paper)
44% identity, 87% coverage: 15:237/257 of query aligns to 1:225/227 of 8vi8A

query
sites
8vi8A
S
 
S
A
 
N
A
 
A
G
 
A
K
 
D
T
 
K
S
 
K
I
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
A
A
 
T
D
 
D
T
 
T
T
 
A
F
 
F
P
 
V
P
 
P
F
 
F
E
 
E
T
 
F
E
 
K
V
 
Q
N
 
G
G
 
D
K
 
I
V
 
Y
T
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
M
 
L
I
 
W
E
 
A
A
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
K
A
 
E
E
 
L
G
 
K
M
 
L
T
 
D
V
 
Y
E
 
E
I
 
L
K
 
K
T
 
P
M
 
M
P
 
D
F
 
F
N
 
S
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
S
 
A
L
 
L
Q
 
Q
A
 
T
G
 
K
S
 
N
V
 
V
D
 
D
A
 
L
A
 
A
V
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
I
T
 
T
I
 
I
K
x
C
K
x
D
S
x
E
R
 
R
M
 
K
Q
 
K
S
 
A
V
 
I
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
A
 
G
Y
 
Y
Y
 
Y
K
 
K
S
 
S
G
 
G
L
 
L
S
 
L
V
 
V
L
 
M
V
 
V
K
 
K
-
 
A
K
 
N
D
 
N
S
 
N
K
 
D
I
 
V
K
 
K
D
 
S
F
 
V
A
 
K
D
 
D
L
 
L
K
 
D
G
 
G
H
 
K
V
 
V
V
 
V
A
 
A
T
 
V
K
 
K
K
 
S
A
 
G
T
 
T
S
 
G
S
 
S
V
 
V
D
 
D
Y
 
Y
M
 
A
T
 
K
S
 
A
H
 
N
G
 
-
I
 
I
D
 
K
P
 
T
N
 
K
Y
 
D
I
 
L
K
 
R
Q
 
Q
F
 
F
Q
 
P
D
 
N
I
 
I
D
 
D
T
 
N
A
 
A
Y
 
Y
Q
 
M
A
 
E
L
 
L
E
 
G
T
 
T
G
 
N
G
 
R
A
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
L
F
 
H
D
 
D
N
 
T
P
 
P
V
 
N
N
 
I
V
 
L
N
 
Y
F
 
F
-
 
I
K
 
K
T
 
T
A
 
A
-
 
G
H
 
N
P
 
G
N
 
Q
V
 
F
K
 
K
V
 
A
V
 
V
G
 
G
P
 
D
L
 
S
L
 
L
T
 
E
G
 
A
E
x
Q
Y
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
F
S
 
P
K
|
K
K
x
G
D
 
S
P
 
D
T
 
E
L
 
L
V
 
R
K
 
D
K
 
K
I
 
V
N
 
N
D
 
G
G
 
A
L
 
L
A
 
K
K
 
T
I
 
L
K
 
R
K
 
E
S
 
N
G
 
G
E
 
T
Y
 
Y
H
 
N
Q
 
E
L
 
I
F
 
Y
V
 
K
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
G
 
G

1wdnA Glutamine-binding protein (see paper)
45% identity, 84% coverage: 22:237/257 of query aligns to 2:219/223 of 1wdnA

query
sites
1wdnA
I
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
A
A
 
T
D
 
D
T
 
T
T
 
A
F
|
F
P
 
V
P
 
P
F
 
F
E
 
E
T
 
F
E
 
K
V
 
Q
N
 
G
G
 
D
K
 
L
V
 
Y
T
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
M
 
L
I
 
W
E
 
A
A
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
K
A
 
E
E
 
L
G
 
K
M
 
L
T
 
D
V
 
Y
E
 
E
I
 
L
K
 
K
T
 
P
M
 
M
P
 
D
F
|
F
N
 
S
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
S
 
A
L
 
L
Q
 
Q
A
 
T
G
 
K
S
 
N
V
 
V
D
 
D
A
 
L
A
 
A
V
 
L
A
 
A
G
|
G
I
 
I
T
|
T
I
 
I
K
 
T
K
 
D
S
 
E
R
|
R
M
 
K
Q
 
K
S
 
A
V
 
I
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
A
 
G
Y
 
Y
Y
 
Y
K
 
K
S
 
S
G
 
G
L
 
L
S
 
L
V
 
V
L
 
M
V
 
V
K
 
K
-
 
A
K
 
N
D
 
N
S
 
N
K
 
D
I
 
V
K
 
K
D
 
S
F
 
V
A
 
K
D
 
D
L
 
L
K
 
D
G
 
G
H
 
K
V
 
V
V
 
V
A
 
A
T
 
V
K
|
K
K
 
S
A
 
G
T
|
T
S
 
G
S
 
S
V
 
V
D
 
D
Y
 
Y
M
 
A
T
 
K
S
 
A
H
 
N
G
 
-
I
 
I
D
 
K
P
 
T
N
 
K
Y
 
D
I
 
L
K
 
R
Q
 
Q
F
 
F
Q
 
P
D
 
N
I
 
I
D
 
D
T
 
N
A
 
A
Y
 
Y
Q
 
M
A
 
E
L
 
L
E
 
G
T
 
T
G
 
N
G
 
R
A
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
L
F
x
H
D
|
D
N
 
T
P
 
P
V
 
N
N
 
I
V
 
L
N
 
Y
F
 
F
-
 
I
K
 
K
T
 
T
A
 
A
-
 
G
H
 
N
P
 
G
N
 
Q
V
 
F
K
 
K
V
 
A
V
 
V
G
 
G
P
 
D
L
 
S
L
 
L
T
 
E
G
 
A
E
 
Q
Y
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
F
S
 
P
K
 
K
K
 
G
D
 
S
P
 
D
T
 
E
L
 
L
V
 
R
K
 
D
K
 
K
I
 
V
N
 
N
D
 
G
G
 
A
L
 
L
A
 
K
K
 
T
I
 
L
K
 
R
K
 
E
S
 
N
G
 
G
E
 
T
Y
 
Y
H
 
N
Q
 
E
L
 
I
F
 
Y
V
 
K
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
G
 
G

4g4pA Crystal structure of glutamine-binding protein from enterococcus faecalis at 1.5 a (see paper)
39% identity, 83% coverage: 23:236/257 of query aligns to 17:234/235 of 4g4pA

query
sites
4g4pA
V
 
T
V
 
I
G
 
G
A
 
T
D
 
D
T
 
L
T
 
T
F
|
F
P
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
-
 
F
T
 
Q
E
 
D
V
 
S
N
 
K
G
 
G
K
 
K
V
 
Y
T
 
I
G
 
G
F
 
I
D
 
D
I
 
V
D
 
D
M
 
L
I
 
L
E
 
D
A
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
K
A
 
D
E
 
Q
G
 
D
M
 
F
T
 
E
V
 
V
E
 
D
I
 
L
K
 
K
T
 
P
M
 
L
P
 
G
F
|
F
N
 
D
G
 
S
I
 
A
I
 
V
P
 
Q
S
 
A
L
 
I
Q
 
Q
A
 
S
G
 
K
S
 
Q
V
 
I
D
 
D
A
 
G
A
 
M
V
 
I
A
|
A
G
|
G
I
x
M
T
x
S
I
 
I
K
 
T
K
 
D
S
 
E
R
|
R
M
 
K
Q
 
K
S
 
S
V
 
F
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
A
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
K
 
D
S
 
S
G
 
G
L
 
L
S
 
Q
V
 
L
L
 
A
V
 
V
K
 
K
K
 
K
-
 
G
D
 
N
S
 
D
K
 
K
I
 
I
K
 
K
D
 
S
F
 
Y
A
 
D
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
H
 
K
V
 
T
V
 
V
A
 
A
T
 
A
K
|
K
K
 
V
A
 
G
T
|
T
S
x
E
S
 
S
V
 
A
D
 
N
Y
 
F
M
 
L
T
 
E
S
 
K
H
 
N
G
 
K
I
 
E
D
 
K
P
 
Y
N
 
D
Y
 
Y
-
 
T
I
 
I
K
 
K
Q
 
N
F
 
F
Q
 
D
D
 
D
I
 
A
D
 
T
T
 
G
A
 
L
Y
 
Y
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
E
 
E
T
 
N
G
 
G
G
 
E
A
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
I
V
 
V
F
 
D
D
|
D
N
 
Y
P
 
P
V
 
V
N
 
L
V
 
G
N
 
Y
F
 
A
K
 
V
T
 
K
A
 
N
H
 
G
P
 
Q
N
 
K
V
 
L
K
 
Q
V
 
L
V
 
V
G
 
G
P
 
D
L
 
K
L
 
E
T
 
T
G
 
G
E
 
S
Y
 
S
Y
 
Y
G
 
G
I
 
F
A
 
A
V
 
V
S
 
K
K
 
K
-
 
G
K
 
Q
D
 
N
P
 
P
T
 
E
L
 
L
V
 
I
K
 
K
K
 
K
I
 
F
N
 
N
D
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
K
K
 
N
I
 
L
K
 
K
K
 
D
S
 
N
G
 
G
E
 
T
Y
 
Y
H
 
D
Q
 
K
L
 
I
F
 
L
V
 
N
K
 
N
Y
 
Y
F
 
L

6svfA Crystal structure of the p235gk mutant of argbp from t. Maritima (see paper)
37% identity, 84% coverage: 22:236/257 of query aligns to 12:227/229 of 6svfA

query
sites
6svfA
I
 
L
V
 
L
V
 
V
G
 
G
A
 
L
D
 
S
T
 
A
T
 
D
F
|
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
E
 
E
-
 
F
T
 
V
E
 
D
V
 
E
N
 
N
G
 
G
K
 
N
V
 
I
T
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
M
 
L
I
 
A
E
 
K
A
 
E
I
 
I
A
 
A
K
 
R
A
 
R
E
 
L
G
 
G
M
 
V
T
 
E
V
 
L
E
 
K
I
 
I
K
 
V
T
 
D
M
 
M
P
 
T
F
|
F
N
 
D
G
 
G
I
 
L
I
 
I
P
 
P
S
 
S
L
 
L
Q
 
L
A
 
T
G
 
K
S
 
K
V
 
I
D
 
D
A
 
V
A
 
I
V
 
I
A
x
S
G
|
G
I
x
M
T
|
T
I
 
I
K
 
T
K
 
E
S
 
E
R
|
R
M
 
K
Q
 
K
S
 
V
V
 
V
D
 
A
F
 
F
S
 
S
D
 
D
A
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
K
 
D
S
 
A
G
 
G
L
 
Q
S
 
V
V
 
I
L
 
V
V
 
V
K
 
R
K
 
K
D
 
D
S
 
S
-
 
D
-
 
F
K
 
R
I
 
P
K
 
K
D
 
T
F
 
Y
A
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
V
G
 
G
H
 
K
V
 
T
V
 
V
A
 
A
T
 
V
K
x
Q
K
 
I
A
 
G
T
|
T
S
x
T
-
 
G
S
 
D
V
 
I
D
 
E
Y
 
V
M
 
S
T
 
K
S
 
Y
H
 
D
G
 
G
I
 
I
D
 
K
P
 
V
N
 
V
Y
 
R
I
 
F
K
 
D
Q
 
K
F
 
F
Q
 
T
D
 
D
I
 
-
D
 
-
T
 
-
A
 
A
Y
 
F
Q
 
L
A
 
E
L
 
L
E
 
K
T
 
R
G
 
G
G
 
R
A
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
V
F
 
L
D
|
D
N
 
S
P
 
A
V
 
T
N
 
A
V
 
R
N
 
A
F
 
F
K
 
V
T
 
A
A
 
K
H
 
N
P
 
P
N
 
D
V
 
L
K
 
V
V
 
I
V
 
S
G
 
S
P
 
G
L
 
V
L
 
L
T
 
S
G
 
S
E
 
E
Y
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
V
S
 
R
K
 
K
K
 
E
D
 
D
P
 
T
T
 
D
L
 
L
V
 
L
K
 
E
K
 
F
I
 
I
N
 
N
D
 
S
G
 
V
L
 
L
A
 
R
K
 
E
I
 
L
K
 
K
K
 
K
S
 
S
G
 
G
E
 
K
Y
 
Y
H
 
D
Q
 
V
L
 
L
F
 
I
V
 
E
K
 
K
Y
 
W
F
 
F

2q2aA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
37% identity, 86% coverage: 17:237/257 of query aligns to 8:231/241 of 2q2aA

query
sites
2q2aA
A
 
A
G
 
T
K
 
K
T
 
K
S
 
K
I
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
G
A
 
T
D
|
D
T
 
A
T
 
A
F
|
F
P
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
T
 
Y
E
 
M
V
 
Q
N
 
K
G
 
G
K
 
K
V
 
I
T
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
M
 
L
I
 
L
E
 
D
A
 
A
I
 
V
A
 
M
K
 
K
A
 
A
E
 
A
G
 
G
M
 
L
T
 
D
V
 
Y
E
 
E
I
 
L
K
 
K
T
 
N
M
 
I
P
 
G
F
x
W
N
 
D
G
 
P
I
 
L
I
 
F
P
 
A
S
 
S
L
 
L
Q
 
Q
A
 
S
G
 
K
S
 
E
V
 
V
D
 
D
A
 
M
A
 
G
V
 
I
A
x
S
G
|
G
I
|
I
T
|
T
I
 
I
K
 
T
K
 
D
S
 
E
R
|
R
M
 
K
Q
 
Q
S
 
S
V
 
Y
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
A
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
K
 
E
S
 
A
G
 
T
L
 
Q
S
 
V
V
 
I
L
 
L
V
 
V
K
 
K
K
 
Q
D
 
G
S
 
S
K
 
P
I
 
V
K
 
K
D
 
N
F
 
A
A
 
L
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
H
 
K
V
 
T
V
 
I
A
 
G
T
 
V
K
x
Q
K
 
N
A
 
A
T
|
T
S
x
T
S
 
G
V
 
Q
D
 
E
Y
 
A
M
 
A
T
 
E
S
 
K
-
 
L
H
 
F
G
 
G
I
 
K
D
 
G
P
 
P
N
 
-
Y
 
H
I
 
I
K
 
K
Q
 
K
F
 
F
Q
 
E
D
 
T
I
 
T
D
 
V
T
 
V
A
 
A
Y
 
I
Q
 
M
A
 
E
L
 
L
E
 
L
T
 
N
G
 
G
G
 
G
A
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
I
F
 
T
D
|
D
N
 
N
P
 
A
V
 
V
N
 
A
V
 
N
N
 
E
F
 
Y
K
 
V
T
 
K
A
 
N
H
 
N
P
 
P
N
 
N
V
 
K
K
 
K
-
 
L
-
 
Q
-
 
V
V
 
I
V
 
E
G
 
D
P
 
P
L
 
K
-
 
N
L
 
F
T
 
A
G
 
S
E
 
E
Y
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
I
 
M
A
 
-
V
 
I
S
 
F
K
 
P
K
 
K
D
 
N
P
 
S
T
 
E
L
 
L
V
 
K
K
 
A
K
 
K
I
 
V
N
 
D
D
 
E
G
 
A
L
 
L
A
 
K
K
 
N
I
 
V
K
 
I
K
 
N
S
 
S
G
 
G
E
 
K
Y
 
Y
H
 
T
Q
 
E
L
 
I
F
 
Y
V
 
K
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
G
 
G

2pvuA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
37% identity, 86% coverage: 17:237/257 of query aligns to 2:225/235 of 2pvuA

query
sites
2pvuA
A
 
A
G
 
T
K
 
K
T
 
K
S
 
K
I
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
G
A
 
T
D
 
D
T
 
A
T
 
A
F
|
F
P
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
T
 
Y
E
 
M
V
 
Q
N
 
K
G
 
G
K
 
K
V
 
I
T
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
M
 
L
I
 
L
E
 
D
A
 
A
I
 
V
A
 
M
K
 
K
A
 
A
E
 
A
G
 
G
M
 
L
T
 
D
V
 
Y
E
 
E
I
 
L
K
 
K
T
 
N
M
 
I
P
 
G
F
x
W
N
 
D
G
 
P
I
 
L
I
 
F
P
 
A
S
 
S
L
 
L
Q
 
Q
A
 
S
G
 
K
S
 
E
V
 
V
D
 
D
A
 
M
A
 
G
V
 
I
A
 
S
G
|
G
I
|
I
T
|
T
I
 
I
K
 
T
K
 
D
S
 
E
R
|
R
M
 
K
Q
 
Q
S
 
S
V
 
Y
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
A
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
K
 
E
S
 
A
G
 
T
L
 
Q
S
 
V
V
 
I
L
 
L
V
 
V
K
 
K
K
 
Q
D
 
G
S
 
S
K
 
P
I
 
V
K
 
K
D
 
N
F
 
A
A
 
L
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
H
 
K
V
 
T
V
 
I
A
 
G
T
 
V
K
x
Q
K
 
N
A
 
A
T
|
T
S
x
T
S
 
G
V
 
Q
D
 
E
Y
 
A
M
 
A
T
 
E
S
 
K
-
 
L
H
 
F
G
 
G
I
 
K
D
 
G
P
 
P
N
 
-
Y
 
H
I
 
I
K
 
K
Q
 
K
F
 
F
Q
 
E
D
 
T
I
 
T
D
 
V
T
 
V
A
 
A
Y
 
I
Q
 
M
A
 
E
L
 
L
E
 
L
T
 
N
G
 
G
G
 
G
A
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
I
F
 
T
D
|
D
N
 
N
P
 
A
V
 
V
N
 
A
V
 
N
N
 
E
F
 
Y
K
 
V
T
 
K
A
 
N
H
 
N
P
 
P
N
 
N
V
 
K
K
 
K
-
 
L
-
 
Q
-
 
V
V
 
I
V
 
E
G
 
D
P
 
P
L
 
K
-
 
N
L
 
F
T
 
A
G
 
S
E
 
E
Y
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
I
 
M
A
 
-
V
 
I
S
 
F
K
 
P
K
 
K
D
 
N
P
 
S
T
 
E
L
 
L
V
 
K
K
 
A
K
 
K
I
 
V
N
 
D
D
 
E
G
 
A
L
 
L
A
 
K
K
 
N
I
 
V
K
 
I
K
 
N
S
 
S
G
 
G
E
 
K
Y
 
Y
H
 
T
Q
 
E
L
 
I
F
 
Y
V
 
K
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
G
 
G

2q2cA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
37% identity, 84% coverage: 22:237/257 of query aligns to 3:221/231 of 2q2cA

query
sites
2q2cA
I
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
G
A
 
T
D
 
D
T
 
A
T
 
A
F
|
F
P
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
T
 
Y
E
 
M
V
 
Q
N
 
K
G
 
G
K
 
K
V
 
I
T
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
M
 
L
I
 
L
E
 
D
A
 
A
I
 
V
A
 
M
K
 
K
A
 
A
E
 
A
G
 
G
M
 
L
T
 
D
V
 
Y
E
 
E
I
 
L
K
 
K
T
 
N
M
 
I
P
 
G
F
x
W
N
 
D
G
 
P
I
 
L
I
 
F
P
 
A
S
 
S
L
 
L
Q
 
Q
A
 
S
G
 
K
S
 
E
V
 
V
D
 
D
A
 
M
A
 
G
V
 
I
A
x
S
G
|
G
I
|
I
T
|
T
I
 
I
K
 
T
K
 
D
S
 
E
R
|
R
M
 
K
Q
 
Q
S
 
S
V
 
Y
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
A
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
K
 
E
S
 
A
G
 
T
L
 
Q
S
 
V
V
 
I
L
 
L
V
 
V
K
 
K
K
 
Q
D
 
G
S
 
S
K
 
P
I
 
V
K
 
K
D
 
N
F
 
A
A
 
L
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
H
 
K
V
 
T
V
 
I
A
 
G
T
 
V
K
x
Q
K
 
N
A
 
A
T
|
T
S
x
T
S
 
G
V
 
Q
D
 
E
Y
 
A
M
 
A
T
 
E
S
 
K
-
 
L
H
 
F
G
 
G
I
 
K
D
 
G
P
 
P
N
 
-
Y
 
H
I
 
I
K
 
K
Q
 
K
F
 
F
Q
 
E
D
 
T
I
 
T
D
 
V
T
 
V
A
 
A
Y
 
I
Q
 
M
A
 
E
L
 
L
E
 
L
T
 
N
G
 
G
G
 
G
A
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
I
F
 
T
D
|
D
N
 
N
P
 
A
V
 
V
N
 
A
V
 
N
N
 
E
F
 
Y
K
 
V
T
 
K
A
 
N
H
 
N
P
 
P
N
 
N
V
 
K
K
 
K
-
 
L
-
 
Q
-
 
V
V
 
I
V
 
E
G
 
D
P
 
P
L
 
K
-
 
N
L
 
F
T
 
A
G
 
S
E
 
E
Y
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
I
 
M
A
 
-
V
 
I
S
 
F
K
 
P
K
 
K
D
 
N
P
 
S
T
 
E
L
 
L
V
 
K
K
 
A
K
 
K
I
 
V
N
 
D
D
 
E
G
 
A
L
 
L
A
 
K
K
 
N
I
 
V
K
 
I
K
 
N
S
 
S
G
 
G
E
 
K
Y
 
Y
H
 
T
Q
 
E
L
 
I
F
 
Y
V
 
K
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
G
 
G

5t0wA Crystal structure of the ancestral amino acid-binding protein anccdt- 1, a precursor of cyclohexadienyl dehydratase
39% identity, 85% coverage: 19:236/257 of query aligns to 9:228/229 of 5t0wA

query
sites
5t0wA
K
 
R
T
 
G
S
 
T
I
 
L
V
 
R
V
 
V
G
 
G
A
 
T
D
|
D
T
 
A
T
 
D
F
x
Y
P
 
K
P
 
P
F
 
F
E
 
S
-
 
F
T
 
K
E
 
D
V
 
K
N
 
N
G
 
G
K
 
Q
V
 
Y
T
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
M
 
L
I
 
A
E
 
K
A
 
A
I
 
L
A
 
A
K
 
K
A
 
E
E
 
L
G
 
G
M
 
V
T
 
K
V
 
V
E
 
E
I
 
F
K
 
V
T
 
P
M
 
T
P
 
T
F
x
W
N
 
D
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
S
 
A
L
 
L
Q
 
Q
A
 
T
G
 
G
S
 
K
V
 
F
D
 
D
A
 
I
A
 
V
V
 
M
A
x
S
G
|
G
I
x
M
T
|
T
I
 
I
K
 
T
K
 
P
S
 
E
R
|
R
M
 
K
Q
 
K
S
 
K
V
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
A
 
P
Y
 
Y
Y
 
M
K
 
T
S
 
A
G
 
G
L
 
Q
S
 
T
V
 
I
L
 
L
V
 
V
K
 
K
K
 
K
D
 
D
S
 
N
-
 
A
-
 
D
K
 
K
I
 
I
K
 
K
D
 
S
F
 
F
A
 
E
D
 
D
L
 
L
-
 
N
K
 
K
G
 
P
H
 
D
V
 
V
-
 
K
V
 
V
A
 
A
T
 
V
K
x
Q
K
 
L
A
 
G
T
|
T
S
x
T
S
 
S
V
 
-
D
 
E
Y
 
Q
M
 
A
T
 
A
S
 
K
H
 
E
G
 
F
I
 
L
D
 
P
P
 
K
N
 
A
Y
 
K
I
 
I
K
 
R
Q
 
T
F
 
F
Q
 
E
D
 
N
I
 
N
D
 
A
T
 
E
A
 
A
Y
 
F
Q
 
Q
A
 
E
L
 
V
E
 
V
T
 
S
G
 
G
G
 
R
A
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
M
V
 
V
F
 
T
D
|
D
N
 
S
P
 
P
V
 
V
N
 
A
V
 
A
N
 
Y
F
 
Y
K
 
-
T
 
-
A
 
A
H
 
K
P
 
L
N
 
A
V
 
V
K
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
D
P
 
E
L
 
P
L
 
F
T
 
T
G
 
H
E
 
E
Y
 
P
Y
 
L
G
 
G
I
 
F
A
 
A
V
 
I
S
 
R
K
 
K
K
 
G
D
 
D
P
 
P
T
 
E
L
 
L
V
 
L
K
 
N
K
 
W
I
 
V
N
 
N
D
 
N
G
 
W
L
 
L
A
 
K
K
 
Q
I
 
M
K
 
K
K
 
K
S
 
D
G
 
G
E
 
T
Y
 
Y
H
 
D
Q
 
K
L
 
L
F
 
Y
V
 
E
K
 
K
Y
 
W
F
 
F

4ymxA Crystal structure of the substrate binding protein of an amino acid abc transporter (see paper)
38% identity, 84% coverage: 22:236/257 of query aligns to 3:222/224 of 4ymxA

query
sites
4ymxA
I
 
I
V
 
V
V
 
M
G
 
G
A
 
T
D
x
S
T
 
A
T
x
D
F
|
F
P
 
P
P
 
P
F
 
F
E
 
E
-
 
F
T
 
H
E
 
K
V
 
V
N
 
E
G
 
G
-
 
G
-
 
K
-
 
D
K
 
E
V
 
I
T
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
M
 
I
I
 
A
E
 
N
A
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
K
A
 
K
E
 
L
G
 
G
M
 
V
T
 
K
V
 
L
E
 
E
I
 
I
K
 
K
T
 
D
M
 
M
P
 
D
F
|
F
N
 
K
G
 
G
I
 
L
I
 
I
P
 
P
S
 
A
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
G
 
G
S
 
R
V
 
V
D
 
D
A
 
M
A
 
V
V
 
I
A
|
A
G
|
G
I
x
M
T
|
T
I
 
P
K
 
T
K
 
A
S
 
E
R
|
R
M
 
K
Q
 
K
S
 
S
V
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
A
 
L
Y
 
Y
Y
 
Y
K
 
D
S
 
S
G
 
R
L
 
Q
S
 
V
V
 
V
L
 
V
V
 
V
K
 
K
K
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
P
I
 
I
K
 
S
D
 
K
F
 
F
A
 
D
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
V
H
 
K
V
 
T
V
 
I
A
 
A
T
 
V
K
x
Q
K
 
I
A
 
G
T
|
T
S
x
T
S
 
S
V
 
E
D
 
E
Y
 
-
M
 
-
T
 
A
S
 
A
H
 
K
G
 
K
I
 
I
D
 
P
P
 
N
N
 
V
Y
 
K
I
 
L
K
 
K
Q
 
Q
F
 
L
Q
 
N
D
 
R
I
 
V
D
 
S
T
 
D
A
 
E
Y
 
F
Q
 
M
A
 
D
L
 
L
E
 
Q
T
 
N
G
 
G
G
 
R
A
 
C
D
 
D
A
 
A
V
 
I
V
 
V
F
 
V
D
x
E
N
 
D
P
 
T
V
 
V
N
 
A
V
 
K
N
 
A
F
 
Y
K
 
L
T
 
K
A
 
E
H
 
Y
P
 
K
N
 
D
V
 
M
K
 
K
V
 
I
-
 
L
-
 
Y
-
 
M
-
 
D
-
 
E
V
 
I
G
 
N
P
 
N
L
 
V
L
 
E
T
 
N
G
 
G
E
 
S
Y
 
-
Y
 
-
G
 
A
I
 
V
A
 
A
V
 
V
S
 
A
K
 
K
K
 
G
D
 
N
P
 
K
T
 
S
L
 
L
V
 
L
K
 
D
K
 
V
I
 
V
N
 
N
D
 
E
G
 
V
L
 
I
A
 
K
K
 
E
I
 
L
K
 
K
K
 
Q
S
 
S
G
 
G
E
 
E
Y
 
Y
H
 
D
Q
 
K
L
 
L
F
 
V
V
 
D
K
 
K
Y
 
W
F
 
F

4kqpA Crystal structure of lactococcus lactis glnp substrate binding domain 2 (sbd2) in complex with glutamine at 0.95 a resolution (see paper)
33% identity, 84% coverage: 23:239/257 of query aligns to 9:229/230 of 4kqpA

query
sites
4kqpA
V
 
T
V
 
I
G
 
A
A
 
S
D
 
D
T
 
N
T
 
S
F
|
F
P
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
T
 
F
E
 
Q
V
 
N
N
 
D
G
 
D
K
 
K
-
 
Q
V
 
F
T
 
T
G
 
G
F
 
I
D
 
D
I
 
V
D
 
D
M
 
L
I
 
L
E
 
N
A
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
K
A
 
N
E
 
Q
G
 
G
M
 
F
T
 
K
V
 
L
E
 
K
I
 
W
K
 
N
T
 
F
M
 
I
P
 
G
F
|
F
N
 
Q
G
 
A
I
 
A
I
 
V
P
 
D
S
 
S
L
 
V
Q
 
Q
A
 
S
G
 
G
S
 
H
V
 
A
D
 
D
A
 
G
A
 
M
V
 
M
A
 
S
G
|
G
I
x
M
T
x
S
I
 
I
K
 
T
K
 
D
S
 
A
R
|
R
M
 
K
Q
 
Q
S
 
V
V
 
F
D
 
D
F
 
Y
S
 
G
D
 
S
A
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
K
 
S
S
 
S
G
 
N
L
 
L
S
 
T
V
 
I
L
 
A
V
 
T
K
 
S
K
 
S
-
 
T
D
 
D
S
 
D
K
 
S
I
 
I
K
 
K
D
 
S
F
 
W
A
 
K
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
H
 
K
V
 
T
V
 
L
A
 
G
T
 
A
K
|
K
K
 
N
A
 
G
T
|
T
S
x
A
S
 
S
V
 
F
D
 
D
Y
 
Y
M
 
L
T
 
N
S
 
A
H
 
H
G
 
A
I
 
K
D
 
E
P
 
Y
N
 
G
Y
 
Y
-
 
T
I
 
V
K
 
K
Q
 
T
F
 
F
Q
 
T
D
 
D
I
 
A
D
 
T
T
 
T
A
 
M
Y
 
Y
Q
 
S
A
 
S
L
 
L
E
 
N
T
 
N
G
 
G
G
 
S
A
 
I
D
 
N
A
 
A
V
 
L
V
 
M
F
 
D
D
|
D
N
 
E
P
 
P
V
 
V
-
 
I
N
 
K
V
 
Y
N
 
A
F
 
I
K
 
K
T
 
Q
A
 
G
H
 
Q
P
 
K
N
 
F
V
 
A
K
 
T
V
 
P
V
 
I
G
 
K
P
 
P
L
 
I
L
 
P
T
 
D
G
 
G
E
 
Q
Y
 
-
Y
 
Y
G
 
G
I
 
F
A
 
A
V
 
V
S
 
K
K
 
K
-
 
G
K
 
S
D
 
N
P
 
P
T
 
E
L
 
L
V
 
I
K
 
E
K
 
M
I
 
F
N
 
N
D
 
N
G
 
G
L
 
L
A
 
A
K
 
N
I
 
L
K
 
R
K
 
A
S
 
N
G
 
G
E
 
E
Y
 
Y
H
 
D
Q
 
K
L
 
I
F
 
I
V
 
D
K
 
K
Y
 
Y
F
 
L
G
 
E
G
 
S
D
 
D

4zefA Crystal structure of substrate binding domain 2 (sbd2) of abc transporter glnpq from enterococcus faecalis
36% identity, 84% coverage: 19:235/257 of query aligns to 15:235/239 of 4zefA

query
sites
4zefA
K
 
K
T
 
E
S
 
K
I
 
Y
V
 
V
V
 
I
G
 
A
A
 
S
D
 
D
T
 
S
T
 
T
F
|
F
P
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
T
 
F
E
 
Q
-
 
N
V
 
A
N
 
Q
G
 
G
K
 
D
V
 
Y
T
 
V
G
 
G
F
 
I
D
 
D
I
 
V
D
 
D
M
 
L
I
 
V
E
 
K
A
 
R
I
 
A
A
 
A
K
 
E
A
 
L
E
 
Q
G
 
G
M
 
F
T
 
T
V
 
V
E
 
E
I
 
F
K
 
K
T
 
F
M
 
I
P
 
G
F
|
F
N
 
S
G
 
S
I
 
A
I
 
V
P
 
Q
S
 
A
L
 
V
Q
 
E
A
 
S
G
 
G
S
 
Q
V
 
A
D
 
D
A
 
G
A
 
M
V
 
V
A
|
A
G
|
G
I
x
M
T
|
T
I
 
I
K
 
T
K
 
D
S
 
D
R
|
R
M
 
K
Q
 
K
S
 
A
V
 
F
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
V
A
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
K
 
D
S
 
S
G
 
G
L
 
I
S
 
Q
V
 
I
L
 
A
V
 
V
K
 
K
K
 
K
-
 
G
D
 
N
S
 
D
K
 
K
I
 
I
K
 
K
D
 
S
F
 
Y
A
 
D
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
H
 
K
V
 
K
V
 
V
A
 
G
T
 
V
K
|
K
K
 
I
A
 
G
T
|
T
S
x
E
S
 
S
V
 
A
D
 
D
Y
 
F
M
 
L
T
 
E
S
 
K
H
 
N
G
 
K
I
 
K
D
 
K
P
 
Y
N
 
D
Y
 
Y
-
 
S
I
 
I
K
 
K
Q
 
Y
F
 
L
Q
 
D
D
 
T
I
 
T
D
 
D
T
 
A
A
 
L
Y
 
Y
Q
 
S
A
 
A
L
 
L
E
 
E
T
 
I
G
 
G
G
 
E
A
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
M
V
 
M
F
 
D
D
|
D
N
 
Y
P
 
P
V
 
V
N
 
-
V
 
I
N
 
G
F
 
Y
K
 
G
T
 
V
A
 
A
H
 
Q
P
 
-
N
 
N
V
 
Q
K
 
P
V
 
L
V
 
A
G
 
T
P
 
P
L
 
I
-
 
P
-
 
R
L
 
E
T
 
K
G
 
G
E
 
G
Y
 
S
Y
 
Y
G
 
G
I
 
F
A
 
A
V
 
V
S
 
K
K
 
K
-
 
G
K
 
Q
D
 
N
P
 
P
T
 
E
L
 
L
V
 
L
K
 
E
K
 
M
I
 
F
N
 
N
D
 
E
G
 
G
L
 
L
A
 
K
K
 
E
I
 
M
K
 
K
K
 
R
S
 
T
G
 
G
E
 
E
Y
 
Y
H
 
D
Q
 
K
L
 
I
F
 
I
V
 
G
K
 
T
Y
 
Y

5eyfB Crystal structure of solute-binding protein from enterococcus faecium with bound glutamate
33% identity, 79% coverage: 41:244/257 of query aligns to 36:242/243 of 5eyfB

query
sites
5eyfB
V
 
V
T
 
Q
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
M
 
I
I
 
A
E
 
K
A
 
A
I
 
I
A
 
T
K
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
L
A
 
G
E
 
D
G
 
N
M
 
G
T
 
K
V
 
T
E
 
E
I
 
F
K
 
V
T
 
E
M
 
V
P
 
T
F
x
S
N
 
K
G
 
T
I
x
R
I
 
I
P
 
P
S
 
L
L
 
L
Q
 
K
A
 
N
G
 
G
S
 
N
V
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
I
V
 
I
A
 
A
G
x
T
I
x
M
T
|
T
I
 
I
K
 
T
K
 
D
S
 
E
R
|
R
M
 
K
Q
 
K
S
 
Q
V
 
V
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
A
 
V
Y
 
Y
Y
 
F
K
 
D
S
 
A
G
 
G
L
 
Q
S
 
A
V
 
L
L
 
L
V
 
V
K
 
K
K
 
K
D
 
G
S
 
S
K
 
Q
I
 
I
K
 
K
D
 
S
F
 
V
A
 
D
D
 
D
L
 
L
K
 
N
G
 
A
H
 
S
-
 
T
-
 
T
V
 
V
V
 
L
A
 
A
T
 
V
K
 
K
K
 
G
A
x
S
T
|
T
S
 
S
S
 
A
V
 
A
D
 
N
Y
 
-
M
 
I
T
 
R
S
 
Q
H
 
H
G
 
A
I
 
P
D
 
D
P
 
A
N
 
K
Y
 
-
I
 
I
K
 
L
Q
 
E
F
 
L
Q
 
E
D
 
N
I
x
Y
D
 
A
T
 
E
A
 
A
Y
 
F
Q
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
T
 
S
G
 
G
G
 
Q
A
 
G
D
 
D
A
 
A
V
 
M
V
 
T
F
 
T
D
|
D
N
 
N
P
 
A
V
 
I
N
 
L
V
 
L
N
 
G
F
 
I
K
 
A
T
 
D
A
 
E
H
 
N
P
 
P
N
 
E
V
 
Y
K
 
E
V
 
L
V
 
V
G
 
G
P
 
G
L
 
T
L
 
F
T
 
T
G
 
N
E
 
E
Y
 
P
Y
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
A
V
 
I
S
 
N
K
 
K
K
 
G
D
 
Q
P
 
E
T
 
N
L
 
F
V
 
L
K
 
K
K
 
A
I
 
V
N
 
N
D
 
Q
G
 
A
L
 
L
A
 
E
K
 
E
I
 
M
K
 
H
K
 
A
S
 
D
G
 
G
E
 
T
Y
 
Y
H
 
D
Q
 
K
L
 
I
F
 
Y
V
 
Q
K
 
K
Y
 
W
F
 
F
G
 
P
G
 
N
D
 
E
V
 
T
S
 
E
G
 
G
A
 
K
V
 
V

6fxgB Crystal structure of substrate binding domain 1 (sbd1) of abc transporter glnpq in complex with asparagine
32% identity, 84% coverage: 19:235/257 of query aligns to 2:222/226 of 6fxgB

query
sites
6fxgB
K
 
E
T
 
T
S
 
T
I
 
V
V
 
K
V
 
I
G
 
A
A
 
S
D
 
D
T
 
S
T
 
S
F
x
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
T
 
F
E
 
Q
V
 
-
N
 
N
G
 
G
-
 
Q
-
 
K
K
 
K
V
 
W
T
 
V
G
 
G
F
 
I
D
 
D
I
 
V
D
 
D
M
 
I
I
 
M
E
 
Q
A
 
E
I
 
V
A
 
A
K
 
K
A
 
I
E
 
N
G
 
D
M
 
W
T
 
K
V
 
L
E
 
E
I
 
M
K
 
S
T
 
Y
M
 
P
P
 
G
F
|
F
N
 
D
G
 
A
I
 
A
I
 
L
P
 
Q
S
 
N
L
 
L
Q
 
K
A
 
A
G
 
G
S
 
Q
V
 
V
D
 
D
A
 
G
A
 
I
V
 
I
A
|
A
G
|
G
I
x
M
T
|
T
I
 
I
K
 
T
K
 
D
S
 
E
R
|
R
M
 
K
Q
 
E
S
 
T
V
 
F
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
N
A
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
K
 
T
S
 
S
G
 
A
L
 
L
S
 
T
V
 
I
L
 
A
V
 
T
K
 
T
K
 
K
D
 
D
S
 
S
K
 
K
I
 
L
K
 
S
D
 
D
F
 
Y
A
 
S
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
H
 
K
V
 
A
V
 
V
A
 
G
T
 
A
K
|
K
K
 
N
A
 
G
T
 
T
S
 
A
S
 
A
V
 
Q
D
 
T
Y
 
W
M
 
L
T
 
Q
S
 
E
H
 
N
G
 
Q
I
 
K
D
 
K
P
 
Y
N
 
G
Y
 
Y
-
 
T
I
 
I
K
 
K
Q
 
T
F
 
Y
Q
 
S
D
 
D
I
 
G
D
 
V
T
 
H
A
 
M
Y
 
F
Q
 
A
A
 
A
L
 
L
E
 
S
T
 
S
G
 
G
G
 
N
A
 
I
D
 
A
A
 
G
V
 
A
V
 
M
F
 
D
D
 
E
N
 
V
P
 
P
V
 
V
-
 
I
-
 
S
-
 
Y
-
 
A
-
 
M
-
 
K
-
 
Q
N
 
G
V
 
Q
N
 
D
F
 
L
K
 
A
T
 
M
A
 
N
H
 
F
P
 
P
N
 
S
V
 
I
K
 
S
V
 
L
V
 
P
G
 
G
P
 
G
L
 
-
L
 
-
T
 
-
G
 
-
E
 
-
Y
 
-
Y
 
Y
G
 
G
I
 
F
A
 
A
V
 
V
S
 
M
K
 
K
-
 
G
K
 
K
D
 
N
P
 
S
T
 
T
L
 
L
V
 
V
K
 
D
K
 
G
I
 
F
N
 
N
D
 
K
G
 
A
L
 
L
A
 
A
K
 
E
I
 
M
K
 
K
K
 
S
S
 
N
G
 
G
E
 
D
Y
 
Y
H
 
D
Q
 
K
L
 
I
F
 
L
V
 
K
K
 
K
Y
 
Y

8b5eA Exploring the ligand binding and conformational dynamics of receptor domain 1 of the abc transporter glnpq (see paper)
32% identity, 84% coverage: 19:235/257 of query aligns to 1:221/225 of 8b5eA

query
sites
8b5eA
K
 
E
T
 
T
S
 
T
I
 
V
V
 
K
V
 
I
G
 
A
A
 
S
D
 
D
T
 
S
T
 
S
F
x
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
T
 
F
E
 
Q
V
 
-
N
 
N
G
 
G
-
 
Q
-
 
K
K
 
K
V
 
W
T
 
V
G
 
G
F
 
I
D
 
D
I
 
V
D
 
D
M
 
I
I
 
M
E
 
Q
A
 
E
I
 
V
A
 
A
K
 
K
A
 
I
E
 
N
G
 
D
M
 
W
T
 
K
V
 
L
E
 
E
I
 
M
K
 
S
T
 
Y
M
 
P
P
 
G
F
 
F
N
 
D
G
 
A
I
 
A
I
 
L
P
 
Q
S
 
N
L
 
L
Q
 
K
A
 
A
G
 
G
S
 
Q
V
 
V
D
 
D
A
 
G
A
 
I
V
 
I
A
 
A
G
|
G
I
 
M
T
|
T
I
 
I
K
 
T
K
 
D
S
 
E
R
|
R
M
 
K
Q
 
E
S
 
T
V
 
F
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
N
A
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
K
 
T
S
 
S
G
 
A
L
 
L
S
 
T
V
 
I
L
 
A
V
 
T
K
 
T
K
 
K
D
 
D
S
 
S
K
 
K
I
 
L
K
 
S
D
 
D
F
 
Y
A
 
S
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
H
 
K
V
 
A
V
 
V
A
 
G
T
 
A
K
 
K
K
 
N
A
 
G
T
 
T
S
 
A
S
 
A
V
 
Q
D
 
T
Y
 
W
M
 
L
T
 
Q
S
 
E
H
 
N
G
 
Q
I
 
K
D
 
K
P
 
Y
N
 
G
Y
 
Y
-
 
T
I
 
I
K
 
K
Q
 
T
F
 
Y
Q
 
S
D
 
D
I
 
G
D
 
V
T
 
H
A
 
M
Y
 
F
Q
 
A
A
 
A
L
 
L
E
 
S
T
 
S
G
 
G
G
 
N
A
 
I
D
 
A
A
 
G
V
 
A
V
 
M
F
 
D
D
 
E
N
 
V
P
 
P
V
 
V
-
 
I
-
 
S
-
 
Y
-
 
A
-
 
M
-
 
K
-
 
Q
N
 
G
V
 
Q
N
 
D
F
 
L
K
 
A
T
 
M
A
 
N
H
 
F
P
 
P
N
 
S
V
 
I
K
 
S
V
 
L
V
 
P
G
 
G
P
 
G
L
 
-
L
 
-
T
 
-
G
 
-
E
 
-
Y
 
-
Y
|
Y
G
 
G
I
 
F
A
 
A
V
 
V
S
 
M
K
 
K
-
 
G
K
 
K
D
 
N
P
 
S
T
 
T
L
 
L
V
 
V
K
 
D
K
 
G
I
 
F
N
 
N
D
 
K
G
 
A
L
 
L
A
 
A
K
 
E
I
 
M
K
 
K
K
 
S
S
 
N
G
 
G
E
 
D
Y
 
Y
H
 
D
Q
 
K
L
 
I
F
 
L
V
 
K
K
 
K
Y
 
Y

8b5dA Exploring the ligand binding and conformational dynamics of receptor domain 1 of the abc transporter glnpq (see paper)
32% identity, 84% coverage: 21:235/257 of query aligns to 1:219/223 of 8b5dA

query
sites
8b5dA
S
 
T
I
 
V
V
 
K
V
 
I
G
 
A
A
 
S
D
|
D
T
 
S
T
 
S
F
x
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
T
 
F
E
 
Q
V
 
-
N
 
N
G
 
G
-
 
Q
-
 
K
K
 
K
V
 
W
T
 
V
G
 
G
F
 
I
D
 
D
I
 
V
D
 
D
M
 
I
I
 
M
E
 
Q
A
 
E
I
 
V
A
 
A
K
 
K
A
 
I
E
 
N
G
 
D
M
 
W
T
 
K
V
 
L
E
 
E
I
 
M
K
 
S
T
 
Y
M
 
P
P
 
G
F
|
F
N
 
D
G
 
A
I
 
A
I
 
L
P
 
Q
S
 
N
L
 
L
Q
 
K
A
 
A
G
 
G
S
 
Q
V
 
V
D
 
D
A
 
G
A
 
I
V
 
I
A
|
A
G
|
G
I
x
M
T
|
T
I
 
I
K
 
T
K
 
D
S
 
E
R
|
R
M
 
K
Q
 
E
S
 
T
V
 
F
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
N
A
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
K
 
T
S
 
S
G
 
A
L
 
L
S
 
T
V
 
I
L
 
A
V
 
T
K
 
T
K
 
K
D
 
D
S
 
S
K
 
K
I
 
L
K
 
S
D
 
D
F
 
Y
A
 
S
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
H
 
K
V
 
A
V
 
V
A
 
G
T
 
A
K
|
K
K
 
N
A
 
G
T
|
T
S
x
A
S
 
A
V
 
Q
D
 
T
Y
 
W
M
 
L
T
 
Q
S
 
E
H
 
N
G
 
Q
I
 
K
D
 
K
P
 
Y
N
 
G
Y
 
Y
-
 
T
I
 
I
K
 
K
Q
 
T
F
 
Y
Q
 
S
D
 
D
I
 
G
D
 
V
T
 
H
A
 
M
Y
 
F
Q
 
A
A
 
A
L
 
L
E
 
S
T
 
S
G
 
G
G
 
N
A
 
I
D
 
A
A
 
G
V
 
A
V
 
M
F
 
D
D
|
D
N
 
V
P
 
P
V
 
V
-
 
I
-
 
S
-
 
Y
-
 
A
-
 
M
-
 
K
-
 
Q
N
 
G
V
 
Q
N
 
D
F
 
L
K
 
A
T
 
M
A
 
N
H
 
F
P
 
P
N
 
S
V
 
I
K
 
S
V
 
L
V
 
P
G
 
G
P
 
G
L
 
-
L
 
-
T
 
-
G
 
-
E
 
-
Y
 
-
Y
 
Y
G
 
G
I
 
F
A
 
A
V
 
V
S
 
M
K
 
K
-
 
G
K
 
K
D
 
N
P
 
S
T
 
T
L
 
L
V
 
V
K
 
D
K
 
G
I
 
F
N
 
N
D
 
K
G
 
A
L
 
L
A
 
A
K
 
E
I
 
M
K
 
K
K
 
S
S
 
N
G
 
G
E
 
D
Y
 
Y
H
 
D
Q
 
K
L
 
I
F
 
L
V
 
K
K
 
K
Y
 
Y

2pyyB Crystal structure of the glur0 ligand-binding core from nostoc punctiforme in complex with (l)-glutamate (see paper)
35% identity, 82% coverage: 26:236/257 of query aligns to 5:210/217 of 2pyyB

query
sites
2pyyB
A
 
A
D
 
T
T
x
R
T
 
V
F
 
I
P
 
P
P
 
P
F
 
F
E
 
-
T
 
-
E
 
-
V
 
V
N
 
L
G
 
S
K
 
N
V
 
L
T
 
S
G
 
G
F
 
F
D
 
S
I
 
I
D
 
D
M
 
L
I
 
W
E
 
R
A
 
S
I
 
I
A
 
A
K
 
T
A
 
Q
E
 
I
G
 
G
M
 
I
-
 
E
-
 
S
-
 
K
T
 
L
V
 
I
E
 
E
I
 
Y
K
 
S
T
 
S
M
x
V
P
 
P
F
 
-
N
 
-
G
 
E
I
 
L
I
 
I
P
 
S
S
 
A
L
 
I
Q
 
K
A
 
D
G
 
N
S
 
K
V
 
V
D
 
N
A
 
L
A
 
G
V
 
I
A
 
A
G
x
A
I
|
I
T
x
S
I
 
I
K
 
T
K
 
A
S
 
E
R
|
R
M
 
E
Q
 
Q
S
 
N
V
 
F
D
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
L
A
 
P
Y
 
I
Y
 
F
K
 
A
S
 
S
G
 
G
L
 
L
S
 
Q
V
 
I
L
 
M
V
 
V
K
 
R
K
 
-
D
 
N
S
 
G
K
 
D
I
 
I
K
 
R
D
 
S
F
 
I
A
 
D
D
 
D
L
 
L
K
 
P
G
 
G
H
 
K
V
 
V
V
 
V
A
 
A
T
 
T
K
x
T
K
 
A
A
 
G
T
x
S
S
x
T
S
 
A
V
 
A
D
 
T
Y
 
Y
M
 
L
T
 
R
S
 
E
H
 
H
G
 
H
I
 
I
D
 
S
P
 
-
N
 
-
Y
 
-
I
 
V
K
 
L
Q
 
E
F
 
V
Q
 
P
D
 
K
I
 
I
D
 
E
T
 
E
A
 
A
Y
 
Y
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
T
 
T
G
 
K
G
 
K
A
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
V
F
 
F
D
|
D
N
 
A
P
 
P
V
 
V
N
 
-
V
 
L
N
 
L
F
 
F
K
 
Y
T
 
A
A
 
A
H
 
N
P
 
E
-
 
G
-
 
K
-
 
G
N
 
K
V
 
V
K
 
E
V
 
I
V
 
V
G
 
G
P
 
S
L
 
I
L
 
L
T
 
R
G
 
E
E
 
E
Y
 
S
Y
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
I
V
 
L
S
 
P
K
 
N
K
 
N
D
 
S
P
 
P
T
 
Y
L
 
R
V
 
-
K
 
K
K
 
P
I
 
I
N
 
N
D
 
Q
G
 
A
L
 
L
A
 
L
K
 
N
I
 
L
K
 
K
K
 
E
S
 
N
G
 
G
E
 
T
Y
 
Y
H
 
Q
Q
 
S
L
 
L
F
 
Y
V
 
D
K
 
K
Y
 
W
F
 
F

3k4uE Crystal structure of putative binding component of abc transporter from wolinella succinogenes dsm 1740 complexed with lysine
31% identity, 85% coverage: 19:236/257 of query aligns to 3:226/234 of 3k4uE

query
sites
3k4uE
K
 
R
T
 
G
S
 
E
I
 
L
V
 
R
V
 
V
G
 
G
A
 
L
D
x
E
T
 
P
T
 
G
F
x
Y
P
 
L
P
 
P
F
 
F
E
 
E
T
 
M
-
 
K
E
 
D
V
 
K
N
 
K
G
 
G
K
 
N
V
 
V
T
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
M
 
L
I
 
A
E
 
R
A
 
E
I
 
M
A
 
A
K
 
K
A
 
A
E
 
M
G
 
G
M
 
V
T
 
K
V
 
L
E
 
K
I
 
L
K
 
V
T
 
P
M
 
T
P
 
S
F
x
W
N
 
D
G
 
G
I
 
L
I
 
I
P
 
P
S
 
G
L
 
L
Q
 
V
A
 
T
G
 
E
S
 
K
V
 
F
D
 
D
A
 
I
A
 
I
V
 
I
A
 
S
G
|
G
I
 
M
T
|
T
I
 
I
K
 
S
K
 
Q
S
 
E
R
|
R
M
 
N
Q
 
L
S
 
R
V
 
V
D
 
N
F
 
F
S
 
V
D
 
E
A
 
P
Y
 
Y
Y
 
I
K
 
V
S
 
V
G
 
G
L
 
Q
S
 
S
V
 
L
L
 
L
V
 
V
K
 
K
K
 
K
-
 
G
-
 
L
D
 
E
S
 
K
K
 
G
I
 
V
K
 
K
D
 
S
F
 
Y
A
 
K
D
 
D
L
 
L
-
 
D
K
 
K
G
 
P
H
 
E
V
 
L
V
 
T
A
 
L
T
 
V
K
 
T
K
|
K
A
 
F
T
 
G
S
x
V
S
|
S
V
 
A
D
 
E
Y
 
Y
M
 
A
T
 
A
S
 
K
H
 
R
G
 
L
I
 
F
D
 
K
P
 
N
N
 
A
Y
 
K
I
 
L
K
 
K
Q
 
T
F
 
Y
Q
 
D
D
 
T
I
x
E
D
 
A
T
 
E
A
 
A
Y
 
V
Q
 
Q
A
 
E
L
 
V
E
 
L
T
 
N
G
 
G
G
 
K
A
 
A
D
 
D
A
 
M
V
 
F
V
 
I
F
 
F
D
|
D
N
 
L
P
 
P
V
 
F
N
 
N
V
 
V
N
 
A
F
 
F
K
 
M
T
 
A
A
 
Q
H
 
K
P
 
G
N
 
Q
V
 
G
K
 
Y
V
 
L
V
 
V
-
 
H
-
 
L
G
 
D
P
 
T
L
 
S
L
 
L
T
 
T
G
 
Y
E
 
E
Y
 
P
Y
 
L
G
 
G
I
 
W
A
 
A
V
 
I
S
 
K
K
 
K
K
 
G
D
 
D
P
 
P
T
 
D
L
 
F
V
 
L
K
 
N
K
 
W
I
 
L
N
 
N
D
 
H
G
 
F
L
 
L
A
 
A
K
 
Q
I
 
I
K
 
K
K
 
H
S
 
D
G
 
G
E
 
S
Y
 
Y
H
 
D
Q
 
E
L
 
L
F
 
Y
V
 
E
K
 
R
Y
 
W
F
 
F

1hslA Refined 1.89 angstroms structure of the histidine-binding protein complexed with histidine and its relationship with many other active transport(slash)chemosensory receptors (see paper)
31% identity, 86% coverage: 22:242/257 of query aligns to 6:237/238 of 1hslA

query
sites
1hslA
I
 
I
V
 
R
V
 
I
G
 
G
A
 
T
D
 
D
T
 
P
T
 
T
F
x
Y
P
 
A
P
 
P
F
 
F
E
 
E
T
 
S
E
 
K
-
 
N
V
 
A
N
 
Q
G
 
G
K
 
E
V
 
L
T
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
M
 
L
I
 
A
E
 
K
A
 
E
I
 
L
A
 
C
K
 
K
A
 
R
E
 
I
G
 
N
M
 
T
T
 
Q
V
 
C
E
 
T
I
 
F
K
 
V
T
 
E
M
 
N
P
 
P
F
x
L
N
 
D
G
 
A
I
 
L
I
 
I
P
 
P
S
 
S
L
 
L
Q
 
K
A
 
A
G
 
K
S
 
K
V
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
I
V
 
M
A
x
S
G
x
S
I
x
L
T
x
S
I
 
I
K
 
T
K
 
E
S
 
K
R
|
R
M
 
Q
Q
 
Q
S
 
E
V
 
I
D
 
A
F
 
F
S
 
T
D
 
D
A
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
K
 
A
S
 
A
G
 
D
L
 
S
S
 
R
V
 
L
L
 
V
V
 
V
K
 
A
K
 
K
D
 
N
S
 
S
K
 
D
I
 
I
K
 
Q
-
 
P
D
 
T
F
 
V
A
 
A
D
 
S
L
 
L
K
 
K
G
 
G
H
 
K
V
 
R
V
 
V
A
 
G
T
 
V
K
 
L
K
 
Q
A
 
G
T
|
T
S
x
T
S
 
Q
V
 
E
D
 
T
Y
 
F
M
 
G
T
 
N
S
 
E
H
 
H
-
 
W
-
 
A
-
 
P
-
 
K
G
 
G
I
 
I
D
 
E
P
 
-
N
 
-
Y
 
-
I
 
I
K
 
V
Q
 
S
F
 
Y
Q
 
Q
D
 
G
I
 
Q
D
 
D
T
 
N
A
 
I
Y
 
Y
Q
 
S
A
 
D
L
 
L
E
 
T
T
 
A
G
 
G
G
 
R
A
 
I
D
 
D
A
 
A
V
 
A
V
 
F
F
 
Q
D
|
D
-
 
E
-
 
V
-
 
A
-
 
A
-
 
S
-
 
E
-
 
G
-
 
F
-
 
L
-
 
K
N
 
Q
P
 
P
V
 
V
N
 
G
V
 
K
N
 
D
F
 
Y
K
 
K
T
 
F
A
 
G
H
 
G
P
 
P
N
 
A
V
 
V
K
 
K
V
 
-
V
 
-
G
 
D
P
 
E
L
 
K
L
 
L
T
 
F
G
 
G
E
 
V
Y
 
G
Y
 
T
G
 
G
I
 
M
A
 
G
V
 
L
S
 
R
K
 
K
K
 
E
D
 
D
P
 
N
T
 
E
L
 
L
V
 
R
K
 
E
K
 
A
I
 
L
N
 
N
D
 
K
G
 
A
L
 
F
A
 
A
K
 
E
I
 
M
K
 
R
K
 
A
S
 
D
G
 
G
E
 
T
Y
 
Y
H
 
E
Q
 
K
L
 
L
F
 
A
V
 
K
K
 
K
Y
 
Y
F
 
F
G
 
D
G
 
F
D
 
D
V
 
V
S
 
Y
G
 
G

Query Sequence

>WP_156884837.1 NCBI__GCF_001931675.1:WP_156884837.1
MIAGLAFSVCATTASAAGKTSIVVGADTTFPPFETEVNGKVTGFDIDMIEAIAKAEGMTV
EIKTMPFNGIIPSLQAGSVDAAVAGITIKKSRMQSVDFSDAYYKSGLSVLVKKDSKIKDF
ADLKGHVVATKKATSSVDYMTSHGIDPNYIKQFQDIDTAYQALETGGADAVVFDNPVNVN
FKTAHPNVKVVGPLLTGEYYGIAVSKKDPTLVKKINDGLAKIKKSGEYHQLFVKYFGGDV
SGAVNGVEKPAAVAVSD

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory