SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_161941210.1 NCBI__GCF_001623255.1:WP_161941210.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4n0qB Crystal structure of an abc transporter, substrate-binding protein from brucella melitensis 16m in complex with l-leucine using a crystal grown in a crystal former (microlytic)
31% identity, 52% coverage: 34:234/390 of query aligns to 2:200/345 of 4n0qB

query
sites
4n0qB
E
 
D
I
 
I
I
 
T
I
 
I
G
 
G
T
 
V
H
 
I
L
 
A
D
 
P
L
 
L
S
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
A
A
x
F
M
 
G
P
 
D
P
 
Q
L
 
V
V
 
K
A
 
K
G
 
G
I
 
A
Q
 
E
T
 
T
R
 
A
L
 
V
Q
 
E
E
 
V
I
 
I
N
 
N
E
 
K
A
 
A
G
 
G
G
 
G
I
 
I
H
 
K
G
 
G
R
 
E
K
 
K
L
 
V
R
 
V
L
 
L
L
 
K
I
 
F
E
 
A
D
 
D
N
 
D
A
 
A
Y
 
G
Q
 
E
P
 
P
K
 
K
Q
 
Q
A
 
G
V
 
V
R
 
S
A
 
A
V
 
A
Q
 
N
K
 
Q
M
 
I
V
 
V
T
 
G
K
 
D
D
 
G
Q
 
I
A
 
K
F
 
F
L
 
V
I
 
V
F
 
-
S
 
G
P
 
L
F
x
V
G
x
T
T
|
T
G
 
G
T
 
V
S
 
A
A
 
V
A
 
P
G
 
V
Y
 
S
A
 
D
F
 
V
A
 
L
Q
 
S
K
 
E
F
 
N
G
 
G
V
 
V
P
 
L
H
 
M
V
 
V
F
 
T
P
 
P
W
x
T
S
x
A
G
x
T
V
 
G
P
 
P
A
 
D
I
 
L
F
 
-
H
 
T
P
 
A
K
 
R
G
 
G
T
 
L
E
 
E
G
 
N
S
 
V
F
 
F
T
 
R
Y
 
T
V
 
C
E
 
G
D
 
R
Y
 
D
A
 
G
W
 
Q
A
 
Q
T
 
A
G
 
E
A
 
V
G
 
M
V
 
A
D
 
D
W
 
Y
I
 
V
I
 
L
K
 
K
D
 
N
K
 
M
G
 
K
F
 
D
K
 
K
R
 
K
I
 
V
G
 
A
V
 
V
L
 
I
Y
 
H
Q
 
D
D
 
K
D
 
G
A
 
A
F
x
Y
G
 
G
K
 
K
L
 
G
V
 
L
L
 
A
A
 
D
G
 
A
V
 
F
D
 
K
E
 
A
A
 
A
L
 
I
K
 
N
S
 
K
N
 
G
G
 
G
L
 
I
T
 
T
L
 
E
V
 
V
E
 
H
S
 
Y
A
 
D
G
 
S
Y
 
V
K
 
T
P
 
P
G
 
G
D
 
D
V
 
K
D
 
D
F
 
F
S
 
S
A
 
A
Q
 
L
I
 
V
A
 
T
K
 
K
L
 
L
K
 
K
A
 
S
A
 
A
D
 
G
V
 
A
D
 
E
L
 
V
V
 
V
V
 
Y
L
 
F
G
 
G

Sites not aligning to the query:

3lopA Crystal structure of substrate-binding periplasmic protein (pbp) from ralstonia solanacearum
27% identity, 83% coverage: 34:355/390 of query aligns to 1:322/353 of 3lopA

query
sites
3lopA
E
 
D
I
 
I
I
 
S
I
 
V
G
 
I
T
 
Q
H
 
S
L
 
L
D
 
P
L
 
L
S
 
S
G
 
G
P
 
S
V
x
Q
A
 
A
A
 
V
A
 
T
M
 
G
P
 
R
P
 
A
L
 
L
V
 
N
A
 
A
G
 
G
I
 
A
Q
 
R
T
 
L
R
 
Y
L
 
F
Q
 
D
E
 
W
I
 
L
N
 
N
E
 
L
A
 
N
G
 
G
G
 
G
I
 
I
H
 
N
G
 
G
R
 
E
K
 
T
L
 
I
R
 
R
L
 
L
L
 
V
I
 
A
E
 
R
D
 
D
N
 
D
A
 
E
Y
 
Q
Q
 
K
P
 
I
K
 
E
Q
 
Q
A
 
T
V
 
V
R
 
R
A
 
N
V
 
V
Q
 
R
K
 
D
M
 
M
V
 
A
T
 
R
K
 
V
D
 
D
Q
 
N
A
 
P
F
 
V
L
 
A
I
 
L
F
 
L
S
 
T
P
 
V
F
x
V
G
|
G
T
|
T
G
 
A
T
 
N
S
 
V
A
 
E
A
 
A
-
 
L
-
 
M
G
 
R
Y
 
E
A
 
G
F
 
V
A
 
L
Q
 
A
K
 
E
F
 
A
G
 
R
V
 
L
P
 
P
H
 
L
V
 
V
F
 
G
P
 
P
W
x
A
S
x
T
G
 
G
V
 
A
-
 
S
-
 
S
-
 
M
-
 
T
-
 
T
-
 
D
P
 
P
A
 
L
I
 
V
F
 
F
H
 
P
P
 
I
K
|
K
G
 
A
T
 
S
E
 
-
G
 
-
S
 
-
F
 
-
T
 
-
Y
|
Y
V
 
Q
E
 
Q
D
 
E
Y
 
I
A
 
D
W
 
K
A
 
M
T
 
I
G
 
T
A
 
A
G
 
L
V
 
V
D
 
T
W
 
I
I
 
-
I
 
-
K
 
-
D
 
-
K
 
-
G
 
G
F
 
V
K
 
T
R
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
V
L
 
L
Y
 
Y
Q
 
Q
D
 
E
D
 
D
A
 
A
F
x
L
G
 
G
K
 
K
L
 
E
V
 
A
L
 
I
A
 
T
G
 
G
V
 
V
D
 
E
E
 
R
A
 
T
L
 
L
K
 
K
S
 
A
N
 
H
G
 
A
L
 
L
T
 
A
L
 
I
V
 
T
E
 
A
S
 
M
A
 
A
G
 
S
Y
 
Y
K
 
P
P
 
R
G
 
N
D
 
T
V
 
A
D
 
N
F
 
V
S
 
G
A
 
P
Q
 
A
I
 
V
A
 
D
K
 
K
L
 
L
K
 
L
A
 
A
A
 
A
D
 
D
V
 
V
D
 
Q
L
 
A
V
 
I
V
 
F
L
 
L
G
 
G
T
 
A
V
 
T
I
 
A
R
 
E
E
 
P
T
 
A
I
 
A
G
 
Q
A
 
F
Y
 
V
S
 
R
S
 
Q
I
 
Y
R
 
R
K
 
A
V
 
R
G
 
G
W
 
G
G
 
E
V
 
A
D
 
Q
V
 
L
I
 
L
T
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
-
G
 
G
R
 
L
S
 
S
Q
x
S
V
 
I
V
 
D
P
 
P
-
 
G
L
 
I
L
 
L
G
 
Q
K
 
K
S
 
V
A
 
A
-
 
G
M
 
L
D
 
D
G
 
A
L
 
V
Y
 
R
G
 
G
V
 
Y
G
 
S
-
 
L
Q
 
A
W
 
L
N
 
V
I
 
M
P
 
P
G
 
N
T
 
P
G
 
G
N
 
K
D
 
-
S
 
-
A
 
-
A
 
S
A
 
V
Q
 
N
T
 
P
W
 
V
L
 
I
A
 
R
K
 
E
F
 
F
N
 
N
E
 
R
A
 
A
N
 
R
P
 
A
G
 
A
V
 
V
P
 
G
A
 
A
E
 
K
N
 
D
A
 
V
A
 
D
I
 
L
A
 
S
Y
 
F
L
x
R
M
 
A
T
 
V
D
 
E
W
 
G
L
 
F
V
 
V
-
 
A
-
 
A
-
 
K
-
 
V
-
 
L
-
 
A
Q
 
E
A
 
A
L
 
I
E
 
R
A
 
R
A
 
A
G
 
G
P
 
P
N
 
K
L
 
P
T
 
T
V
 
R
E
 
E
S
 
Q
F
 
V
N
 
R
T
 
H
A
 
A
F
 
L
E
 
T
G
 
E
S
 
L
K
 
R
Y
 
D
Q
 
Y
D
 
D
I
 
V
F
 
G
G
 
G

4q6wA Crystal structure of periplasmic binding protein type 1 from bordetella pertussis tohama i complexed with 3-hydroxy benzoic acid
26% identity, 54% coverage: 33:241/390 of query aligns to 2:222/376 of 4q6wA

query
sites
4q6wA
D
 
D
E
 
T
I
 
I
I
 
K
I
 
I
G
 
G
T
 
M
H
 
T
L
 
S
D
 
A
L
 
L
S
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
Y
A
 
N
A
 
E
A
x
F
M
 
G
P
 
E
P
 
G
L
 
N
V
 
R
A
 
R
G
 
A
I
 
V
Q
 
E
T
 
L
R
 
A
L
 
V
Q
 
E
E
 
Q
I
 
W
N
 
N
E
 
A
A
 
K
G
 
G
G
 
G
I
 
I
H
 
N
G
 
G
R
 
K
K
 
K
L
 
I
R
 
E
L
 
I
-
 
A
L
 
M
I
 
L
E
 
L
D
 
D
N
 
D
A
 
Q
Y
 
L
Q
 
N
P
 
P
K
 
D
Q
 
R
A
 
A
V
 
V
R
 
Q
A
 
N
V
 
I
Q
 
R
K
 
A
M
 
I
V
 
L
T
 
D
K
 
N
D
 
K
Q
 
D
A
 
I
F
 
V
L
 
G
I
 
I
F
 
I
S
 
G
P
 
P
F
 
A
G
|
G
T
x
S
G
 
G
T
 
P
S
 
M
A
 
L
A
 
A
G
 
V
Y
 
I
A
 
D
F
 
M
A
 
V
Q
 
Q
K
 
A
F
 
D
G
 
G
V
 
R
P
 
P
H
 
Y
V
 
M
F
 
N
P
 
P
W
x
I
S
x
A
G
x
Q
V
 
T
P
 
P
A
 
V
I
 
V
F
 
T
H
 
Y
P
 
P
K
 
G
G
 
E
T
 
K
E
 
T
G
 
G
S
 
E
F
 
K
T
 
P
Y
 
R
V
 
P
E
 
N
D
 
V
Y
 
F
A
 
S
W
 
F
A
 
A
T
 
L
G
 
Q
A
 
N
G
 
D
V
 
I
D
 
E
W
 
A
I
 
V
I
 
A
K
 
M
D
 
G
-
 
E
-
 
Y
-
 
L
-
 
A
K
 
K
G
 
K
F
 
F
K
 
K
R
 
R
I
 
V
G
 
G
V
 
I
L
 
I
Y
 
H
Q
 
E
D
 
S
D
 
T
A
 
A
F
x
Y
G
 
G
K
 
-
L
 
-
V
 
-
L
 
V
A
 
T
G
 
G
V
 
V
D
 
D
-
 
Y
-
 
L
-
 
A
-
 
A
E
 
S
A
 
I
L
 
A
K
 
K
S
 
N
N
 
G
G
 
G
L
 
A
T
 
K
L
 
P
V
 
V
E
 
A
S
 
T
A
 
D
G
 
S
Y
 
Y
K
 
N
P
 
Q
G
 
G
D
 
A
V
 
Q
D
 
D
F
 
M
S
 
T
A
 
A
Q
 
Q
I
 
V
A
 
A
K
 
R
L
 
M
K
 
K
A
 
R
A
 
A
D
 
N
V
 
V
D
 
D
L
 
A
V
 
I
V
 
A
-
 
A
-
 
I
-
 
G
L
|
L
G
 
G
-
 
K
-
 
D
-
 
L
T
 
A
V
 
V
I
 
L
R
 
R
E
 
R
T
 
T
I
 
M

4gnrA 1.0 angstrom resolution crystal structure of the branched-chain amino acid transporter substrate binding protein livj from streptococcus pneumoniae str. Canada mdr_19a in complex with isoleucine
26% identity, 87% coverage: 35:375/390 of query aligns to 3:347/348 of 4gnrA

query
sites
4gnrA
I
 
I
I
 
K
I
 
I
G
 
G
T
 
F
H
 
N
L
 
F
D
 
E
L
 
E
S
 
S
G
 
G
P
 
S
V
 
L
A
 
A
A
 
A
A
x
Y
M
 
G
P
 
T
P
 
A
L
 
E
V
 
Q
A
 
K
G
 
G
I
 
A
Q
 
Q
T
 
L
R
 
A
L
 
V
Q
 
D
E
 
E
I
 
I
N
 
N
E
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
I
 
I
H
 
D
G
 
G
R
 
K
K
 
Q
L
 
I
R
 
E
L
 
V
L
 
V
I
 
D
E
 
K
D
 
D
N
 
N
A
 
K
Y
 
S
Q
 
E
P
 
T
K
 
A
Q
 
E
A
 
A
V
 
A
R
 
S
A
 
V
V
 
T
Q
 
T
K
 
N
M
 
L
V
 
V
T
 
T
K
 
Q
D
 
S
Q
 
K
A
 
V
F
 
S
L
 
A
I
 
V
F
 
V
S
 
G
P
 
P
F
x
A
G
x
T
T
x
S
G
 
G
T
 
A
S
 
T
A
 
A
A
 
A
G
 
A
Y
 
V
A
 
A
F
 
N
A
 
A
Q
 
T
K
 
K
F
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
H
 
-
V
 
-
F
 
-
P
 
-
W
 
-
S
 
-
G
 
-
V
 
-
P
 
-
A
 
-
I
 
L
F
 
I
H
 
S
P
 
P
K
x
S
G
x
A
T
|
T
E
 
Q
G
 
D
S
 
G
F
 
L
T
 
T
Y
 
K
V
 
G
E
 
Q
D
 
D
Y
 
Y
A
 
L
W
 
F
A
 
I
-
 
G
-
 
T
-
 
F
-
 
Q
-
 
D
-
 
S
-
 
F
T
 
Q
G
 
G
A
 
K
G
 
I
V
 
I
D
 
S
W
 
N
I
 
Y
I
 
V
K
 
S
D
 
E
K
 
K
G
 
L
F
 
N
K
 
A
R
 
K
I
 
K
G
 
V
V
 
V
L
 
L
Y
 
Y
Q
 
T
D
 
D
D
 
N
A
 
A
-
 
S
-
 
D
F
x
Y
G
 
A
K
 
K
L
 
G
V
 
I
L
 
A
A
 
K
G
 
S
V
 
F
D
 
R
E
 
E
A
 
S
L
 
Y
K
 
K
S
 
G
N
 
E
G
 
-
L
 
-
T
 
-
L
 
I
V
 
V
E
 
A
S
 
D
A
 
E
G
 
T
Y
 
F
K
 
V
P
 
A
G
 
G
D
 
D
V
 
T
D
 
D
F
 
F
S
 
Q
A
 
A
Q
 
A
I
 
L
A
 
T
K
 
K
L
 
M
K
 
K
A
 
G
A
 
K
D
 
D
V
 
F
D
 
D
L
 
A
V
 
I
V
 
V
L
 
V
G
 
P
T
 
G
V
x
Y
I
 
Y
R
 
N
E
 
E
T
 
A
I
 
G
G
 
K
A
 
I
Y
 
V
S
 
N
S
 
Q
I
 
A
R
 
R
K
 
-
V
 
-
G
 
G
W
 
M
G
 
G
V
 
I
D
 
D
V
 
-
I
 
-
T
 
-
T
 
-
I
 
-
P
 
-
G
 
-
R
 
-
S
 
-
Q
 
-
V
 
-
V
 
K
P
 
P
L
 
I
L
 
V
G
 
G
K
 
G
S
x
D
A
 
G
M
 
F
D
 
N
G
 
G
L
 
E
Y
 
E
G
 
F
V
 
V
G
 
Q
Q
 
Q
W
 
A
N
 
T
I
 
A
P
 
E
G
 
K
T
 
A
G
 
S
N
 
N
D
 
I
-
 
Y
-
 
F
-
 
I
-
 
S
-
 
G
-
 
F
-
 
S
-
 
T
-
 
T
-
 
V
-
 
E
-
 
V
S
 
S
A
 
A
A
 
K
A
 
A
Q
 
K
T
 
A
W
 
F
L
 
L
-
 
D
-
 
A
-
 
Y
-
 
R
A
 
A
K
 
K
F
 
Y
N
 
N
E
 
E
A
 
E
N
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
P
 
P
A
 
S
E
 
T
N
x
F
A
 
A
A
 
A
I
 
L
A
 
A
Y
 
Y
L
 
D
M
 
S
T
 
V
D
 
H
W
 
L
L
 
V
V
 
A
Q
 
N
A
 
A
L
 
A
E
 
K
A
 
G
A
 
A
G
 
K
P
 
N
N
 
S
L
 
G
T
 
E
V
 
I
E
 
K
S
 
D
F
 
-
N
 
N
T
 
L
A
 
A
-
 
K
-
 
T
-
 
K
-
 
D
F
 
F
E
 
E
G
 
G
S
 
V
K
 
T
Y
 
G
Q
 
Q
D
 
T
I
 
S
F
 
F
G
 
D
S
 
A
P
 
D
E
 
H
-
 
N
-
 
T
-
 
V
-
 
K
-
 
T
-
 
A
-
 
Y
-
 
M
L
 
M
T
 
T
M
 
M
T
 
N
N
 
N
G
 
G
H
 
K
I
 
V
S
 
-
P
 
-
E
 
E
V
 
A
A
 
A
S
 
E
V
 
V
W
 
V
K
 
K

3ip9A Structure of atu2422-gaba receptor in complex with gaba (see paper)
24% identity, 53% coverage: 34:239/390 of query aligns to 2:205/348 of 3ip9A

query
sites
3ip9A
E
 
D
I
 
V
I
 
V
I
 
I
G
 
A
T
 
V
H
 
G
L
 
A
D
 
P
L
 
L
S
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
N
A
 
A
A
 
A
A
 
F
M
 
G
P
 
A
P
 
Q
L
 
I
V
 
Q
A
 
K
G
 
G
I
 
A
Q
 
E
T
 
Q
R
 
A
L
 
A
Q
 
K
E
 
D
I
 
I
N
 
N
E
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
I
 
I
H
 
N
G
 
G
R
 
E
K
 
Q
L
 
I
R
 
K
L
 
I
L
 
V
I
 
L
E
 
G
D
 
D
N
 
D
A
 
V
Y
 
S
Q
 
D
P
 
P
K
 
K
Q
 
Q
A
 
G
V
 
I
R
 
S
A
 
V
V
 
A
Q
 
N
K
 
K
M
 
F
V
 
V
T
 
A
K
 
D
D
 
G
Q
 
V
A
 
K
F
 
F
L
 
V
I
 
V
F
 
-
S
 
G
P
 
H
F
 
F
G
x
N
T
x
S
G
 
G
T
 
V
S
 
S
A
 
I
A
 
P
G
 
A
Y
 
S
A
 
E
F
 
V
A
 
Y
Q
 
A
K
 
E
F
 
N
G
 
G
V
 
I
P
 
L
H
 
E
V
 
I
F
 
T
P
 
P
W
x
A
S
x
A
G
x
T
V
 
N
P
 
P
A
 
-
I
 
V
F
 
F
H
 
T
P
 
E
K
 
R
G
 
G
T
 
L
E
 
W
G
 
N
S
 
T
F
 
F
T
 
R
Y
 
T
V
 
C
E
 
G
D
 
R
Y
 
D
A
 
D
W
 
Q
A
 
Q
T
 
G
G
 
G
A
 
I
G
 
A
V
 
G
D
 
K
W
 
Y
I
 
L
I
 
A
K
 
D
D
 
H
K
 
F
G
 
K
F
 
D
K
 
A
R
 
K
I
 
V
G
 
A
V
 
I
L
 
I
Y
 
H
Q
 
D
D
 
K
D
 
T
A
 
P
F
x
Y
G
 
G
K
 
Q
L
 
G
V
 
L
L
 
A
A
 
D
G
 
E
V
 
T
D
 
K
E
 
K
A
 
A
L
 
A
K
 
N
S
 
A
N
 
A
G
 
G
L
 
V
T
 
T
L
 
E
V
 
V
E
 
M
S
 
Y
A
 
E
G
 
G
Y
 
V
K
 
N
P
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
K
D
 
D
F
 
F
S
 
S
A
 
A
Q
 
L
I
 
I
A
 
S
K
 
K
L
 
M
K
 
K
A
 
E
A
 
A
D
 
G
V
 
V
D
 
S
L
 
I
V
 
I
V
 
Y
L
 
W
G
 
G
T
 
G
V
 
L
I
 
H
R
 
T
E
 
E

Sites not aligning to the query:

3ip7A Structure of atu2422-gaba receptor in complex with valine (see paper)
24% identity, 53% coverage: 34:239/390 of query aligns to 2:205/348 of 3ip7A

query
sites
3ip7A
E
 
D
I
 
V
I
 
V
I
 
I
G
 
A
T
 
V
H
 
G
L
 
A
D
 
P
L
 
L
S
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
N
A
 
A
A
 
A
A
 
F
M
 
G
P
 
A
P
 
Q
L
 
I
V
 
Q
A
 
K
G
 
G
I
 
A
Q
 
E
T
 
Q
R
 
A
L
 
A
Q
 
K
E
 
D
I
 
I
N
 
N
E
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
I
 
I
H
 
N
G
 
G
R
 
E
K
 
Q
L
 
I
R
 
K
L
 
I
L
 
V
I
 
L
E
 
G
D
 
D
N
 
D
A
 
V
Y
 
S
Q
 
D
P
 
P
K
 
K
Q
 
Q
A
 
G
V
 
I
R
 
S
A
 
V
V
 
A
Q
 
N
K
 
K
M
 
F
V
 
V
T
 
A
K
 
D
D
 
G
Q
 
V
A
 
K
F
 
F
L
 
V
I
 
V
F
 
-
S
 
G
P
 
H
F
|
F
G
x
N
T
x
S
G
|
G
T
 
V
S
 
S
A
 
I
A
 
P
G
 
A
Y
 
S
A
 
E
F
 
V
A
 
Y
Q
 
A
K
 
E
F
 
N
G
 
G
V
 
I
P
 
L
H
 
E
V
 
I
F
 
T
P
 
P
W
x
A
S
x
A
G
x
T
V
 
N
P
 
P
A
 
-
I
 
V
F
 
F
H
 
T
P
 
E
K
 
R
G
 
G
T
 
L
E
 
W
G
 
N
S
 
T
F
 
F
T
 
R
Y
 
T
V
 
C
E
 
G
D
 
R
Y
 
D
A
 
D
W
 
Q
A
 
Q
T
 
G
G
 
G
A
 
I
G
 
A
V
 
G
D
 
K
W
 
Y
I
 
L
I
 
A
K
 
D
D
 
H
K
 
F
G
 
K
F
 
D
K
 
A
R
 
K
I
 
V
G
 
A
V
 
I
L
 
I
Y
 
H
Q
 
D
D
 
K
D
x
T
A
x
P
F
x
Y
G
 
G
K
 
Q
L
 
G
V
 
L
L
 
A
A
 
D
G
 
E
V
 
T
D
 
K
E
 
K
A
 
A
L
 
A
K
 
N
S
 
A
N
 
A
G
 
G
L
 
V
T
 
T
L
 
E
V
 
V
E
 
M
S
 
Y
A
 
E
G
 
G
Y
 
V
K
 
N
P
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
K
D
 
D
F
 
F
S
 
S
A
 
A
Q
 
L
I
 
I
A
 
S
K
 
K
L
 
M
K
 
K
A
 
E
A
 
A
D
 
G
V
 
V
D
 
S
L
 
I
V
 
I
V
 
Y
L
 
W
G
 
G
T
 
G
V
 
L
I
 
H
R
 
T
E
 
E

Sites not aligning to the query:

3ip6A Structure of atu2422-gaba receptor in complex with proline (see paper)
24% identity, 53% coverage: 34:239/390 of query aligns to 2:205/348 of 3ip6A

query
sites
3ip6A
E
 
D
I
 
V
I
 
V
I
 
I
G
 
A
T
 
V
H
 
G
L
 
A
D
 
P
L
 
L
S
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
N
A
 
A
A
 
A
A
 
F
M
 
G
P
 
A
P
 
Q
L
 
I
V
 
Q
A
 
K
G
 
G
I
 
A
Q
 
E
T
 
Q
R
 
A
L
 
A
Q
 
K
E
 
D
I
 
I
N
 
N
E
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
I
 
I
H
 
N
G
 
G
R
 
E
K
 
Q
L
 
I
R
 
K
L
 
I
L
 
V
I
 
L
E
 
G
D
 
D
N
 
D
A
 
V
Y
 
S
Q
 
D
P
 
P
K
 
K
Q
 
Q
A
 
G
V
 
I
R
 
S
A
 
V
V
 
A
Q
 
N
K
 
K
M
 
F
V
 
V
T
 
A
K
 
D
D
 
G
Q
 
V
A
 
K
F
 
F
L
 
V
I
 
V
F
 
-
S
 
G
P
 
H
F
|
F
G
x
N
T
x
S
G
 
G
T
 
V
S
 
S
A
 
I
A
 
P
G
 
A
Y
 
S
A
 
E
F
 
V
A
 
Y
Q
 
A
K
 
E
F
 
N
G
 
G
V
 
I
P
 
L
H
 
E
V
 
I
F
 
T
P
 
P
W
x
A
S
x
A
G
x
T
V
 
N
P
 
P
A
 
-
I
 
V
F
 
F
H
 
T
P
 
E
K
 
R
G
 
G
T
 
L
E
 
W
G
 
N
S
 
T
F
 
F
T
 
R
Y
 
T
V
 
C
E
 
G
D
 
R
Y
 
D
A
 
D
W
 
Q
A
 
Q
T
 
G
G
 
G
A
 
I
G
 
A
V
 
G
D
 
K
W
 
Y
I
 
L
I
 
A
K
 
D
D
 
H
K
 
F
G
 
K
F
 
D
K
 
A
R
 
K
I
 
V
G
 
A
V
 
I
L
 
I
Y
 
H
Q
 
D
D
 
K
D
 
T
A
 
P
F
x
Y
G
 
G
K
 
Q
L
 
G
V
 
L
L
 
A
A
 
D
G
 
E
V
 
T
D
 
K
E
 
K
A
 
A
L
 
A
K
 
N
S
 
A
N
 
A
G
 
G
L
 
V
T
 
T
L
 
E
V
 
V
E
 
M
S
 
Y
A
 
E
G
 
G
Y
 
V
K
 
N
P
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
K
D
 
D
F
 
F
S
 
S
A
 
A
Q
 
L
I
 
I
A
 
S
K
 
K
L
 
M
K
 
K
A
 
E
A
 
A
D
 
G
V
 
V
D
 
S
L
 
I
V
 
I
V
 
Y
L
 
W
G
 
G
T
 
G
V
 
L
I
 
H
R
 
T
E
 
E

Sites not aligning to the query:

3ip5A Structure of atu2422-gaba receptor in complex with alanine (see paper)
24% identity, 53% coverage: 34:239/390 of query aligns to 2:205/348 of 3ip5A

query
sites
3ip5A
E
 
D
I
 
V
I
 
V
I
 
I
G
 
A
T
 
V
H
 
G
L
 
A
D
 
P
L
 
L
S
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
N
A
 
A
A
 
A
A
 
F
M
 
G
P
 
A
P
 
Q
L
 
I
V
 
Q
A
 
K
G
 
G
I
 
A
Q
 
E
T
 
Q
R
 
A
L
 
A
Q
 
K
E
 
D
I
 
I
N
 
N
E
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
I
 
I
H
 
N
G
 
G
R
 
E
K
 
Q
L
 
I
R
 
K
L
 
I
L
 
V
I
 
L
E
 
G
D
 
D
N
 
D
A
 
V
Y
 
S
Q
 
D
P
 
P
K
 
K
Q
 
Q
A
 
G
V
 
I
R
 
S
A
 
V
V
 
A
Q
 
N
K
 
K
M
 
F
V
 
V
T
 
A
K
 
D
D
 
G
Q
 
V
A
 
K
F
 
F
L
 
V
I
 
V
F
 
-
S
 
G
P
 
H
F
|
F
G
x
N
T
x
S
G
 
G
T
 
V
S
 
S
A
 
I
A
 
P
G
 
A
Y
 
S
A
 
E
F
 
V
A
 
Y
Q
 
A
K
 
E
F
 
N
G
 
G
V
 
I
P
 
L
H
 
E
V
 
I
F
 
T
P
 
P
W
x
A
S
x
A
G
x
T
V
 
N
P
 
P
A
 
-
I
 
V
F
 
F
H
 
T
P
 
E
K
 
R
G
 
G
T
 
L
E
 
W
G
 
N
S
 
T
F
 
F
T
 
R
Y
 
T
V
 
C
E
 
G
D
 
R
Y
 
D
A
 
D
W
 
Q
A
 
Q
T
 
G
G
 
G
A
 
I
G
 
A
V
 
G
D
 
K
W
 
Y
I
 
L
I
 
A
K
 
D
D
 
H
K
 
F
G
 
K
F
 
D
K
 
A
R
 
K
I
 
V
G
 
A
V
 
I
L
 
I
Y
 
H
Q
 
D
D
 
K
D
 
T
A
 
P
F
x
Y
G
 
G
K
 
Q
L
 
G
V
 
L
L
 
A
A
 
D
G
 
E
V
 
T
D
 
K
E
 
K
A
 
A
L
 
A
K
 
N
S
 
A
N
 
A
G
 
G
L
 
V
T
 
T
L
 
E
V
 
V
E
 
M
S
 
Y
A
 
E
G
 
G
Y
 
V
K
 
N
P
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
K
D
 
D
F
 
F
S
 
S
A
 
A
Q
 
L
I
 
I
A
 
S
K
 
K
L
 
M
K
 
K
A
 
E
A
 
A
D
 
G
V
 
V
D
 
S
L
 
I
V
 
I
V
 
Y
L
 
W
G
 
G
T
 
G
V
 
L
I
 
H
R
 
T
E
 
E

Sites not aligning to the query:

1uskA L-leucine-binding protein with leucine bound (see paper)
26% identity, 56% coverage: 33:251/390 of query aligns to 1:217/345 of 1uskA

query
sites
1uskA
D
 
D
E
 
D
I
 
I
I
 
K
I
 
V
G
 
A
T
 
V
H
 
V
L
 
G
D
 
A
L
 
M
S
 
S
G
 
G
P
 
P
V
 
I
A
 
A
A
 
Q
A
 
W
M
 
G
P
 
D
P
 
M
L
 
E
V
 
F
A
 
N
G
 
G
I
 
A
Q
 
R
T
 
Q
R
 
A
L
 
I
Q
 
K
E
 
D
I
 
I
N
 
N
E
 
A
A
 
K
G
 
G
G
 
G
I
 
I
H
 
K
G
 
G
R
 
D
K
 
K
L
 
L
R
 
V
L
 
G
L
 
V
I
 
E
E
 
Y
D
 
D
N
 
D
A
 
A
Y
 
C
Q
 
D
P
 
P
K
 
K
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
R
 
A
A
 
V
V
 
A
Q
 
N
K
 
K
M
 
I
V
 
V
T
 
N
K
 
D
D
 
G
Q
 
I
A
 
K
F
 
Y
L
 
V
I
 
I
F
 
G
S
 
H
P
 
L
F
x
C
G
x
S
T
 
S
G
 
S
T
 
T
S
 
Q
A
 
P
A
 
A
G
 
S
Y
 
D
A
 
I
F
 
Y
A
 
E
Q
 
D
K
 
E
F
 
-
G
 
G
V
 
I
P
 
L
H
 
M
V
 
I
F
 
S
P
 
P
W
x
G
S
 
A
G
x
T
V
 
N
P
 
P
A
 
E
I
 
L
F
 
-
H
 
-
P
 
-
K
 
-
G
 
-
T
 
T
E
 
Q
G
 
R
S
 
G
F
 
Y
T
 
Q
Y
 
H
V
 
I
E
 
M
D
 
R
Y
 
T
A
 
A
W
 
G
A
 
L
T
 
D
G
 
S
A
 
S
-
 
Q
-
 
G
-
 
P
-
 
T
G
 
A
V
 
A
D
 
K
W
 
Y
I
 
I
I
 
L
K
 
E
D
 
T
K
 
V
G
 
K
F
 
P
K
 
Q
R
 
R
I
 
I
G
 
A
V
 
I
L
 
I
Y
 
H
Q
 
D
D
 
K
D
 
Q
A
 
Q
F
x
Y
G
 
G
K
 
E
L
 
G
V
 
L
L
 
A
A
 
R
G
 
S
V
 
V
D
 
Q
E
 
D
A
 
G
L
 
L
K
 
K
S
 
A
N
 
A
G
 
N
L
 
A
T
 
N
L
 
V
V
 
V
E
 
F
S
 
F
A
 
D
G
 
G
Y
 
I
K
 
T
P
 
A
G
 
G
D
 
E
V
 
K
D
 
D
F
 
F
S
 
S
A
 
A
Q
 
L
I
 
I
A
 
A
K
 
R
L
 
L
K
 
K
A
 
K
A
 
E
D
 
N
V
 
I
D
 
D
L
 
F
V
 
V
V
 
Y
L
 
Y
G
 
G
T
 
G
V
x
Y
I
 
Y
R
 
P
E
 
E
T
 
M
I
 
G
G
 
Q
A
 
M
Y
 
L
S
 
R
S
 
Q
I
 
A
R
 
R
K
 
S
V
 
V
G
 
G

Sites not aligning to the query:

1usiA L-leucine-binding protein with phenylalanine bound (see paper)
26% identity, 56% coverage: 33:251/390 of query aligns to 1:217/345 of 1usiA

query
sites
1usiA
D
 
D
E
 
D
I
 
I
I
 
K
I
 
V
G
 
A
T
 
V
H
 
V
L
 
G
D
 
A
L
 
M
S
 
S
G
 
G
P
 
P
V
 
I
A
 
A
A
 
Q
A
x
W
M
 
G
P
 
D
P
 
M
L
 
E
V
 
F
A
 
N
G
 
G
I
 
A
Q
 
R
T
 
Q
R
 
A
L
 
I
Q
 
K
E
 
D
I
 
I
N
 
N
E
 
A
A
 
K
G
 
G
G
 
G
I
 
I
H
 
K
G
 
G
R
 
D
K
 
K
L
 
L
R
 
V
L
 
G
L
 
V
I
 
E
E
 
Y
D
 
D
N
 
D
A
 
A
Y
 
C
Q
 
D
P
 
P
K
 
K
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
R
 
A
A
 
V
V
 
A
Q
 
N
K
 
K
M
 
I
V
 
V
T
 
N
K
 
D
D
 
G
Q
 
I
A
 
K
F
 
Y
L
 
V
I
 
I
F
 
G
S
 
H
P
x
L
F
x
C
G
x
S
T
 
S
G
 
S
T
 
T
S
 
Q
A
 
P
A
 
A
G
 
S
Y
 
D
A
 
I
F
 
Y
A
 
E
Q
 
D
K
 
E
F
 
-
G
 
G
V
 
I
P
 
L
H
 
M
V
 
I
F
 
S
P
 
P
W
x
G
S
 
A
G
x
T
V
 
N
P
 
P
A
 
E
I
 
L
F
 
-
H
 
-
P
 
-
K
 
-
G
 
-
T
 
T
E
 
Q
G
 
R
S
 
G
F
 
Y
T
 
Q
Y
 
H
V
 
I
E
 
M
D
 
R
Y
 
T
A
 
A
W
 
G
A
 
L
T
 
D
G
 
S
A
 
S
-
 
Q
-
 
G
-
 
P
-
 
T
G
 
A
V
 
A
D
 
K
W
 
Y
I
 
I
I
 
L
K
 
E
D
 
T
K
 
V
G
 
K
F
 
P
K
 
Q
R
 
R
I
 
I
G
 
A
V
 
I
L
 
I
Y
 
H
Q
 
D
D
 
K
D
 
Q
A
 
Q
F
x
Y
G
 
G
K
 
E
L
 
G
V
 
L
L
 
A
A
 
R
G
 
S
V
 
V
D
 
Q
E
 
D
A
 
G
L
 
L
K
 
K
S
 
A
N
 
A
G
 
N
L
 
A
T
 
N
L
 
V
V
 
V
E
 
F
S
 
F
A
 
D
G
 
G
Y
 
I
K
 
T
P
 
A
G
 
G
D
 
E
V
 
K
D
 
D
F
 
F
S
 
S
A
 
A
Q
 
L
I
 
I
A
 
A
K
 
R
L
 
L
K
 
K
A
 
K
A
 
E
D
 
N
V
 
I
D
 
D
L
 
F
V
 
V
V
 
Y
L
 
Y
G
 
G
T
 
G
V
 
Y
I
 
Y
R
 
P
E
 
E
T
 
M
I
 
G
G
 
Q
A
 
M
Y
 
L
S
 
R
S
 
Q
I
 
A
R
 
R
K
 
S
V
 
V
G
 
G

Sites not aligning to the query:

3ipcA Structure of atu2422-gaba f77a mutant receptor in complex with leucine (see paper)
24% identity, 53% coverage: 34:239/390 of query aligns to 2:205/348 of 3ipcA

query
sites
3ipcA
E
 
D
I
 
V
I
 
V
I
 
I
G
 
A
T
 
V
H
 
G
L
 
A
D
 
P
L
 
L
S
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
N
A
 
A
A
 
A
A
 
F
M
 
G
P
 
A
P
 
Q
L
 
I
V
 
Q
A
 
K
G
 
G
I
 
A
Q
 
E
T
 
Q
R
 
A
L
 
A
Q
 
K
E
 
D
I
 
I
N
 
N
E
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
I
 
I
H
 
N
G
 
G
R
 
E
K
 
Q
L
 
I
R
 
K
L
 
I
L
 
V
I
 
L
E
 
G
D
 
D
N
 
D
A
 
V
Y
 
S
Q
 
D
P
 
P
K
 
K
Q
 
Q
A
 
G
V
 
I
R
 
S
A
 
V
V
 
A
Q
 
N
K
 
K
M
 
F
V
 
V
T
 
A
K
 
D
D
 
G
Q
 
V
A
 
K
F
 
F
L
 
V
I
 
V
F
 
-
S
 
G
P
 
H
F
x
A
G
x
N
T
x
S
G
 
G
T
 
V
S
 
S
A
 
I
A
 
P
G
 
A
Y
 
S
A
 
E
F
 
V
A
 
Y
Q
 
A
K
 
E
F
 
N
G
 
G
V
 
I
P
 
L
H
 
E
V
 
I
F
 
T
P
 
P
W
x
A
S
x
A
G
x
T
V
 
N
P
 
P
A
 
-
I
 
V
F
 
F
H
 
T
P
 
E
K
 
R
G
 
G
T
 
L
E
 
W
G
 
N
S
 
T
F
 
F
T
 
R
Y
 
T
V
 
C
E
 
G
D
 
R
Y
 
D
A
 
D
W
 
Q
A
 
Q
T
 
G
G
 
G
A
 
I
G
 
A
V
 
G
D
 
K
W
 
Y
I
 
L
I
 
A
K
 
D
D
 
H
K
 
F
G
 
K
F
 
D
K
 
A
R
 
K
I
 
V
G
 
A
V
 
I
L
 
I
Y
 
H
Q
 
D
D
 
K
D
 
T
A
 
P
F
x
Y
G
 
G
K
 
Q
L
 
G
V
 
L
L
 
A
A
 
D
G
 
E
V
 
T
D
 
K
E
 
K
A
 
A
L
 
A
K
 
N
S
 
A
N
 
A
G
 
G
L
 
V
T
 
T
L
 
E
V
 
V
E
 
M
S
 
Y
A
 
E
G
 
G
Y
 
V
K
 
N
P
 
V
G
 
G
D
 
D
V
 
K
D
 
D
F
 
F
S
 
S
A
 
A
Q
 
L
I
 
I
A
 
S
K
 
K
L
 
M
K
 
K
A
 
E
A
 
A
D
 
G
V
 
V
D
 
S
L
 
I
V
 
I
V
 
Y
L
 
W
G
 
G
T
 
G
V
 
L
I
 
H
R
 
T
E
 
E

Sites not aligning to the query:

1z18A Crystal structure analysis of periplasmic leu/ile/val-binding protein with bound valine (see paper)
26% identity, 49% coverage: 43:234/390 of query aligns to 11:200/344 of 1z18A

query
sites
1z18A
L
 
M
S
 
S
G
 
G
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
Q
A
 
Y
M
 
G
P
 
D
P
 
Q
L
 
E
V
 
F
A
 
T
G
 
G
I
 
A
Q
 
E
T
 
Q
R
 
A
L
 
V
Q
 
A
E
 
D
I
 
I
N
 
N
E
 
A
A
 
K
G
 
G
G
 
G
I
 
I
H
 
K
G
 
G
R
 
N
K
 
K
L
 
L
R
 
Q
L
 
I
L
 
V
I
 
K
E
 
Y
D
 
D
N
 
D
A
 
A
Y
 
C
Q
 
D
P
 
P
K
 
K
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
R
 
A
A
 
V
V
 
A
Q
 
N
K
 
K
M
 
V
V
 
V
T
 
N
K
 
D
D
 
G
Q
 
I
A
 
K
F
 
Y
L
 
V
I
 
I
F
 
G
S
 
H
P
x
L
F
x
C
G
x
S
T
 
S
G
 
S
T
 
T
S
 
Q
A
 
P
A
 
A
G
 
S
Y
 
D
A
 
I
F
 
Y
A
 
E
Q
 
D
K
 
E
F
 
-
G
 
G
V
 
I
P
 
L
H
 
M
V
 
I
F
 
T
P
 
P
W
x
A
S
 
A
G
x
T
V
 
A
P
 
P
A
 
E
I
 
L
F
 
-
H
 
-
P
 
-
K
 
-
G
 
-
T
 
T
E
 
A
G
 
R
S
 
G
F
 
Y
T
 
Q
Y
 
L
V
 
I
E
 
-
D
 
-
Y
 
-
A
 
L
W
 
R
A
 
T
T
 
T
G
 
G
A
 
L
G
 
D
V
 
S
D
 
D
-
 
Q
-
 
G
-
 
P
-
 
T
-
 
A
-
 
A
-
 
K
W
 
Y
I
 
I
I
 
L
K
 
E
D
 
K
K
 
V
G
 
K
F
 
P
K
 
Q
R
 
R
I
 
I
G
 
A
V
 
I
L
 
V
Y
 
H
Q
 
D
D
 
K
D
 
Q
A
 
Q
F
x
Y
G
 
G
K
 
E
L
 
G
V
 
L
L
 
A
A
 
R
G
 
A
V
 
V
D
 
Q
E
 
D
A
 
G
L
 
L
K
 
K
S
 
K
N
 
G
G
 
N
L
 
A
T
 
N
L
 
V
V
 
V
E
 
F
S
 
F
A
 
D
G
 
G
Y
 
I
K
 
T
P
 
A
G
 
G
D
 
E
V
 
K
D
 
D
F
 
F
S
 
S
A
 
T
Q
 
L
I
 
V
A
 
A
K
 
R
L
 
L
K
 
K
A
 
K
A
 
E
D
 
N
V
 
I
D
 
D
L
 
F
V
 
V
V
 
Y
L
 
Y
G
 
G

Sites not aligning to the query:

1z17A Crystal structure analysis of periplasmic leu/ile/val-binding protein with bound ligand isoleucine (see paper)
26% identity, 49% coverage: 43:234/390 of query aligns to 11:200/344 of 1z17A

query
sites
1z17A
L
 
M
S
 
S
G
 
G
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
Q
A
x
Y
M
 
G
P
 
D
P
 
Q
L
 
E
V
 
F
A
 
T
G
 
G
I
 
A
Q
 
E
T
 
Q
R
 
A
L
 
V
Q
 
A
E
 
D
I
 
I
N
 
N
E
 
A
A
 
K
G
 
G
G
 
G
I
 
I
H
 
K
G
 
G
R
 
N
K
 
K
L
 
L
R
 
Q
L
 
I
L
 
V
I
 
K
E
 
Y
D
 
D
N
 
D
A
 
A
Y
 
C
Q
 
D
P
 
P
K
 
K
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
R
 
A
A
 
V
V
 
A
Q
 
N
K
 
K
M
 
V
V
 
V
T
 
N
K
 
D
D
 
G
Q
 
I
A
 
K
F
 
Y
L
 
V
I
 
I
F
 
G
S
 
H
P
x
L
F
x
C
G
x
S
T
 
S
G
 
S
T
 
T
S
 
Q
A
 
P
A
 
A
G
 
S
Y
 
D
A
 
I
F
 
Y
A
 
E
Q
 
D
K
 
E
F
 
-
G
 
G
V
 
I
P
 
L
H
 
M
V
 
I
F
 
T
P
 
P
W
x
A
S
x
A
G
x
T
V
 
A
P
 
P
A
 
E
I
 
L
F
 
-
H
 
-
P
 
-
K
 
-
G
 
-
T
 
T
E
 
A
G
 
R
S
 
G
F
 
Y
T
 
Q
Y
 
L
V
 
I
E
 
-
D
 
-
Y
 
-
A
 
L
W
 
R
A
 
T
T
 
T
G
 
G
A
 
L
G
 
D
V
 
S
D
 
D
-
 
Q
-
 
G
-
 
P
-
 
T
-
 
A
-
 
A
-
 
K
W
 
Y
I
 
I
I
 
L
K
 
E
D
 
K
K
 
V
G
 
K
F
 
P
K
 
Q
R
 
R
I
 
I
G
 
A
V
 
I
L
 
V
Y
 
H
Q
 
D
D
 
K
D
 
Q
A
 
Q
F
x
Y
G
 
G
K
 
E
L
 
G
V
 
L
L
 
A
A
 
R
G
 
A
V
 
V
D
 
Q
E
 
D
A
 
G
L
 
L
K
 
K
S
 
K
N
 
G
G
 
N
L
 
A
T
 
N
L
 
V
V
 
V
E
 
F
S
 
F
A
 
D
G
 
G
Y
 
I
K
 
T
P
 
A
G
 
G
D
 
E
V
 
K
D
 
D
F
 
F
S
 
S
A
 
T
Q
 
L
I
 
V
A
 
A
K
 
R
L
 
L
K
 
K
A
 
K
A
 
E
D
 
N
V
 
I
D
 
D
L
 
F
V
 
V
V
 
Y
L
 
Y
G
 
G

Sites not aligning to the query:

1z16A Crystal structure analysis of periplasmic leu/ile/val-binding protein with bound leucine (see paper)
26% identity, 49% coverage: 43:234/390 of query aligns to 11:200/344 of 1z16A

query
sites
1z16A
L
 
M
S
 
S
G
 
G
P
 
P
V
 
V
A
 
A
A
 
Q
A
x
Y
M
 
G
P
 
D
P
 
Q
L
 
E
V
 
F
A
 
T
G
 
G
I
 
A
Q
 
E
T
 
Q
R
 
A
L
 
V
Q
 
A
E
 
D
I
 
I
N
 
N
E
 
A
A
 
K
G
 
G
G
 
G
I
 
I
H
 
K
G
 
G
R
 
N
K
 
K
L
 
L
R
 
Q
L
 
I
L
 
V
I
 
K
E
 
Y
D
 
D
N
 
D
A
 
A
Y
 
C
Q
 
D
P
 
P
K
 
K
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
R
 
A
A
 
V
V
 
A
Q
 
N
K
 
K
M
 
V
V
 
V
T
 
N
K
 
D
D
 
G
Q
 
I
A
 
K
F
 
Y
L
 
V
I
 
I
F
 
G
S
 
H
P
 
L
F
x
C
G
x
S
T
 
S
G
 
S
T
 
T
S
 
Q
A
 
P
A
 
A
G
 
S
Y
 
D
A
 
I
F
 
Y
A
 
E
Q
 
D
K
 
E
F
 
-
G
 
G
V
 
I
P
 
L
H
 
M
V
 
I
F
 
T
P
 
P
W
x
A
S
x
A
G
x
T
V
 
A
P
 
P
A
 
E
I
 
L
F
 
-
H
 
-
P
 
-
K
 
-
G
 
-
T
 
T
E
 
A
G
 
R
S
 
G
F
 
Y
T
 
Q
Y
 
L
V
 
I
E
 
-
D
 
-
Y
 
-
A
 
L
W
 
R
A
 
T
T
 
T
G
 
G
A
 
L
G
 
D
V
 
S
D
 
D
-
 
Q
-
 
G
-
 
P
-
 
T
-
 
A
-
 
A
-
 
K
W
 
Y
I
 
I
I
 
L
K
 
E
D
 
K
K
 
V
G
 
K
F
 
P
K
 
Q
R
 
R
I
 
I
G
 
A
V
 
I
L
 
V
Y
 
H
Q
 
D
D
 
K
D
 
Q
A
 
Q
F
x
Y
G
 
G
K
 
E
L
 
G
V
 
L
L
 
A
A
 
R
G
 
A
V
 
V
D
 
Q
E
 
D
A
 
G
L
 
L
K
 
K
S
 
K
N
 
G
G
 
N
L
 
A
T
 
N
L
 
V
V
 
V
E
 
F
S
 
F
A
 
D
G
 
G
Y
 
I
K
 
T
P
 
A
G
 
G
D
 
E
V
 
K
D
 
D
F
 
F
S
 
S
A
 
T
Q
 
L
I
 
V
A
 
A
K
 
R
L
 
L
K
 
K
A
 
K
A
 
E
D
 
N
V
 
I
D
 
D
L
 
F
V
 
V
V
 
Y
L
 
Y
G
 
G

Sites not aligning to the query:

4rdcA The crystal structure of a solute-binding protein (n280d mutant) from anabaena variabilis atcc 29413 in complex with proline
22% identity, 77% coverage: 33:331/390 of query aligns to 1:296/364 of 4rdcA

query
sites
4rdcA
D
 
N
E
 
T
I
 
I
I
 
P
I
 
I
G
 
G
T
 
I
H
 
A
L
 
L
D
 
A
L
 
Q
S
 
T
G
 
S
P
 
N
V
 
V
A
 
A
A
 
L
A
 
L
M
 
G
P
 
Q
P
 
E
L
 
Q
V
 
V
A
 
A
G
 
G
I
 
A
Q
 
K
T
 
I
R
 
A
L
 
E
Q
 
K
E
 
Y
I
 
F
N
 
N
E
 
D
A
 
K
G
 
G
G
 
G
I
 
V
H
 
N
G
 
G
R
 
T
K
 
P
L
 
I
R
 
K
L
 
L
L
 
I
I
 
F
E
 
Q
D
 
D
N
 
T
A
 
A
Y
 
G
Q
 
D
P
 
E
K
 
A
Q
 
G
A
 
T
V
 
I
R
 
N
A
 
A
V
 
F
Q
 
Q
K
 
T
M
 
L
V
 
I
T
 
N
K
 
K
D
 
D
Q
 
K
A
 
V
F
 
V
L
 
G
I
 
I
F
 
V
S
 
G
P
 
P
F
 
T
G
x
L
T
x
S
G
 
Q
T
 
Q
S
 
A
A
 
F
A
 
S
G
 
A
Y
 
N
A
 
P
F
 
I
A
 
A
Q
 
E
K
 
R
F
 
A
G
 
K
V
 
V
P
 
P
H
 
V
V
 
V
F
 
G
P
 
P
W
x
S
S
x
N
-
x
T
-
 
A
-
 
K
G
 
G
V
 
I
P
|
P
A
 
E
I
 
I
F
 
-
H
 
-
P
 
-
K
 
-
G
 
-
T
 
-
E
 
-
G
 
-
S
 
-
F
 
-
T
 
-
Y
 
-
V
 
-
E
x
G
D
 
D
Y
 
Y
A
x
V
W
 
A
A
 
R
T
 
V
G
 
S
A
 
A
G
 
P
V
 
V
D
 
S
W
 
V
I
 
V
I
 
A
-
 
P
-
 
N
-
 
S
-
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
K
K
 
Q
D
 
N
K
 
P
G
 
N
F
 
I
K
 
K
R
 
K
I
 
V
G
 
A
V
 
V
L
 
F
Y
 
F
-
 
A
Q
 
Q
D
 
N
D
 
D
A
 
A
F
|
F
G
 
S
K
 
K
L
 
S
V
 
E
L
 
T
A
 
E
G
 
I
V
 
F
D
 
Q
E
 
Q
A
 
T
L
 
V
K
 
K
S
 
D
N
 
Q
G
 
G
L
 
L
T
 
E
L
 
L
V
 
V
E
 
T
S
 
V
A
 
Q
G
 
K
Y
 
F
K
 
Q
P
 
T
G
 
T
D
 
D
V
 
T
D
 
D
F
 
F
S
 
Q
A
 
S
Q
 
Q
I
 
A
A
 
T
K
 
N
L
 
A
K
 
I
A
 
N
A
 
L
D
 
K
V
 
P
D
 
D
L
 
L
V
 
V
V
 
I
L
 
I
G
 
S
T
 
G
V
 
L
I
 
A
R
 
A
E
 
D
T
 
G
I
 
G
G
 
N
A
 
L
Y
 
V
S
 
R
S
 
Q
I
 
L
R
 
R
K
 
E
V
 
L
G
 
G
W
 
Y
G
 
Q
V
 
G
D
 
A
V
 
I
I
 
I
T
 
G
T
 
G
I
x
D
P
 
G
G
 
L
R
 
N
S
 
T
Q
 
S
V
 
N
V
 
V
P
 
F
L
 
A
L
 
V
G
 
C
K
 
K
S
 
A
A
 
L
M
 
C
D
 
D
G
 
G
L
 
V
Y
 
L
G
 
I
V
 
A
G
 
Q
Q
 
A
W
 
Y
N
 
S
I
 
P
P
 
E
G
 
Y
T
 
T
G
 
G
N
 
E
-
 
I
D
 
N
S
 
K
A
 
A
A
 
F
A
 
R
Q
 
Q
T
 
A
W
 
Y
L
 
V
A
 
D
K
 
Q
F
 
Y
N
 
K
E
 
K
A
 
E
N
 
P
P
 
P
G
 
Q
V
x
F
P
 
S
A
 
A
E
 
Q
N
 
-
A
 
-
A
 
-
I
 
-
A
 
A
Y
 
F
L
 
A
M
 
A
T
 
V
D
 
Q
W
 
V
L
 
Y
V
 
V
Q
 
E
A
 
S
L
 
L
E
 
K
A
 
A

Sites not aligning to the query:

4qymA The crystal structure of a solute-binding protein (n280d mutant) from anabaena variabilis atcc 29413 in complex with methionine
22% identity, 77% coverage: 33:331/390 of query aligns to 1:296/364 of 4qymA

query
sites
4qymA
D
 
N
E
 
T
I
 
I
I
 
P
I
 
I
G
 
G
T
 
I
H
 
A
L
 
L
D
 
A
L
 
Q
S
 
T
G
 
S
P
 
N
V
 
V
A
 
A
A
 
L
A
x
L
M
 
G
P
 
Q
P
 
E
L
x
Q
V
 
V
A
 
A
G
 
G
I
 
A
Q
 
K
T
 
I
R
 
A
L
 
E
Q
 
K
E
 
Y
I
 
F
N
 
N
E
 
D
A
 
K
G
 
G
G
 
G
I
 
V
H
 
N
G
 
G
R
 
T
K
 
P
L
 
I
R
 
K
L
 
L
L
 
I
I
 
F
E
 
Q
D
 
D
N
 
T
A
 
A
Y
 
G
Q
 
D
P
 
E
K
 
A
Q
 
G
A
 
T
V
 
I
R
 
N
A
 
A
V
 
F
Q
 
Q
K
 
T
M
 
L
V
 
I
T
 
N
K
 
K
D
 
D
Q
 
K
A
 
V
F
 
V
L
 
G
I
 
I
F
 
V
S
 
G
P
 
P
F
x
T
G
 
L
T
x
S
G
 
Q
T
 
Q
S
 
A
A
 
F
A
 
S
G
 
A
Y
 
N
A
 
P
F
 
I
A
 
A
Q
 
E
K
 
R
F
 
A
G
 
K
V
 
V
P
 
P
H
 
V
V
 
V
F
 
G
P
 
P
W
x
S
S
x
N
-
x
T
-
 
A
-
 
K
G
 
G
V
 
I
P
|
P
A
 
E
I
 
I
F
 
-
H
 
-
P
 
-
K
 
-
G
 
-
T
 
-
E
 
-
G
 
-
S
 
-
F
 
-
T
 
-
Y
 
-
V
 
-
E
x
G
D
 
D
Y
 
Y
A
x
V
W
 
A
A
 
R
T
 
V
G
 
S
A
 
A
G
 
P
V
 
V
D
 
S
W
 
V
I
 
V
I
 
A
-
 
P
-
 
N
-
 
S
-
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
K
K
 
Q
D
 
N
K
 
P
G
 
N
F
 
I
K
 
K
R
 
K
I
 
V
G
 
A
V
 
V
L
 
F
Y
 
F
-
 
A
Q
 
Q
D
 
N
D
 
D
A
 
A
F
|
F
G
 
S
K
 
K
L
 
S
V
 
E
L
 
T
A
 
E
G
 
I
V
 
F
D
 
Q
E
 
Q
A
 
T
L
 
V
K
 
K
S
 
D
N
 
Q
G
 
G
L
 
L
T
 
E
L
 
L
V
 
V
E
 
T
S
 
V
A
 
Q
G
 
K
Y
 
F
K
 
Q
P
 
T
G
 
T
D
 
D
V
 
T
D
 
D
F
 
F
S
 
Q
A
 
S
Q
 
Q
I
 
A
A
 
T
K
 
N
L
 
A
K
 
I
A
 
N
A
 
L
D
 
K
V
 
P
D
 
D
L
 
L
V
 
V
V
 
I
L
 
I
G
 
S
T
 
G
V
 
L
I
 
A
R
 
A
E
 
D
T
 
G
I
 
G
G
 
N
A
 
L
Y
 
V
S
 
R
S
 
Q
I
 
L
R
 
R
K
 
E
V
 
L
G
 
G
W
 
Y
G
 
Q
V
 
G
D
 
A
V
 
I
I
 
I
T
 
G
T
 
G
I
 
D
P
 
G
G
 
L
R
 
N
S
 
T
Q
 
S
V
 
N
V
 
V
P
 
F
L
 
A
L
 
V
G
 
C
K
 
K
S
 
A
A
 
L
M
 
C
D
 
D
G
 
G
L
 
V
Y
 
L
G
 
I
V
 
A
G
 
Q
Q
 
A
W
 
Y
N
 
S
I
 
P
P
 
E
G
 
Y
T
 
T
G
 
G
N
 
E
-
 
I
D
 
N
S
 
K
A
 
A
A
 
F
A
 
R
Q
 
Q
T
 
A
W
 
Y
L
 
V
A
 
D
K
 
Q
F
 
Y
N
 
K
E
 
K
A
 
E
N
 
P
P
 
P
G
 
Q
V
x
F
P
 
S
A
 
A
E
 
Q
N
 
-
A
 
-
A
 
-
I
 
-
A
 
A
Y
 
F
L
 
A
M
 
A
T
 
V
D
 
Q
W
 
V
L
 
Y
V
 
V
Q
 
E
A
 
S
L
 
L
E
 
K
A
 
A

Sites not aligning to the query:

4otzA The crystal structure of a solute-binding protein (n280d mutant) from anabaena variabilis atcc 29413 in complex with cystein
22% identity, 77% coverage: 33:331/390 of query aligns to 1:296/364 of 4otzA

query
sites
4otzA
D
 
N
E
 
T
I
 
I
I
 
P
I
 
I
G
 
G
T
 
I
H
 
A
L
 
L
D
 
A
L
 
Q
S
 
T
G
 
S
P
 
N
V
 
V
A
 
A
A
 
L
A
x
L
M
 
G
P
 
Q
P
 
E
L
 
Q
V
 
V
A
 
A
G
 
G
I
 
A
Q
 
K
T
 
I
R
 
A
L
 
E
Q
 
K
E
 
Y
I
 
F
N
 
N
E
 
D
A
 
K
G
 
G
G
 
G
I
 
V
H
 
N
G
 
G
R
 
T
K
 
P
L
 
I
R
 
K
L
 
L
L
 
I
I
 
F
E
 
Q
D
 
D
N
 
T
A
 
A
Y
 
G
Q
 
D
P
 
E
K
 
A
Q
 
G
A
 
T
V
 
I
R
 
N
A
 
A
V
 
F
Q
 
Q
K
 
T
M
 
L
V
 
I
T
 
N
K
 
K
D
 
D
Q
 
K
A
 
V
F
 
V
L
 
G
I
 
I
F
 
V
S
 
G
P
 
P
F
 
T
G
x
L
T
x
S
G
 
Q
T
 
Q
S
 
A
A
 
F
A
 
S
G
 
A
Y
 
N
A
 
P
F
 
I
A
 
A
Q
 
E
K
 
R
F
 
A
G
 
K
V
 
V
P
 
P
H
 
V
V
 
V
F
 
G
P
 
P
W
x
S
S
x
N
-
x
T
-
 
A
-
 
K
G
 
G
V
 
I
P
|
P
A
 
E
I
 
I
F
 
-
H
 
-
P
 
-
K
 
-
G
 
-
T
 
-
E
 
-
G
 
-
S
 
-
F
 
-
T
 
-
Y
 
-
V
 
-
E
x
G
D
 
D
Y
 
Y
A
x
V
W
 
A
A
 
R
T
 
V
G
 
S
A
 
A
G
 
P
V
 
V
D
 
S
W
 
V
I
 
V
I
 
A
-
 
P
-
 
N
-
 
S
-
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
K
K
 
Q
D
 
N
K
 
P
G
 
N
F
 
I
K
 
K
R
 
K
I
 
V
G
 
A
V
 
V
L
 
F
Y
 
F
-
 
A
Q
 
Q
D
 
N
D
 
D
A
 
A
F
|
F
G
 
S
K
 
K
L
 
S
V
 
E
L
 
T
A
 
E
G
 
I
V
 
F
D
 
Q
E
 
Q
A
 
T
L
 
V
K
 
K
S
 
D
N
 
Q
G
 
G
L
 
L
T
 
E
L
 
L
V
 
V
E
 
T
S
 
V
A
 
Q
G
 
K
Y
 
F
K
 
Q
P
 
T
G
 
T
D
 
D
V
 
T
D
 
D
F
 
F
S
 
Q
A
 
S
Q
 
Q
I
 
A
A
 
T
K
 
N
L
 
A
K
 
I
A
 
N
A
 
L
D
 
K
V
 
P
D
 
D
L
 
L
V
 
V
V
 
I
L
 
I
G
 
S
T
 
G
V
 
L
I
 
A
R
 
A
E
 
D
T
 
G
I
 
G
G
 
N
A
 
L
Y
 
V
S
 
R
S
 
Q
I
 
L
R
 
R
K
 
E
V
 
L
G
 
G
W
 
Y
G
 
Q
V
 
G
D
 
A
V
 
I
I
 
I
T
 
G
T
 
G
I
 
D
P
 
G
G
 
L
R
 
N
S
 
T
Q
 
S
V
 
N
V
 
V
P
 
F
L
 
A
L
 
V
G
 
C
K
 
K
S
 
A
A
 
L
M
 
C
D
 
D
G
 
G
L
 
V
Y
 
L
G
 
I
V
 
A
G
 
Q
Q
 
A
W
 
Y
N
 
S
I
 
P
P
 
E
G
 
Y
T
 
T
G
 
G
N
 
E
-
 
I
D
 
N
S
 
K
A
 
A
A
 
F
A
 
R
Q
 
Q
T
 
A
W
 
Y
L
 
V
A
 
D
K
 
Q
F
 
Y
N
 
K
E
 
K
A
 
E
N
 
P
P
 
P
G
 
Q
V
 
F
P
 
S
A
 
A
E
 
Q
N
 
-
A
 
-
A
 
-
I
 
-
A
 
A
Y
 
F
L
 
A
M
 
A
T
 
V
D
 
Q
W
 
V
L
 
Y
V
 
V
Q
 
E
A
 
S
L
 
L
E
 
K
A
 
A

Sites not aligning to the query:

4og2A The crystal structure of a solute-binding protein (n280d mutant) from anabaena variabilis atcc 29413 in complex with leucine
22% identity, 77% coverage: 33:331/390 of query aligns to 1:296/364 of 4og2A

query
sites
4og2A
D
 
N
E
 
T
I
 
I
I
 
P
I
 
I
G
 
G
T
 
I
H
 
A
L
 
L
D
 
A
L
 
Q
S
 
T
G
 
S
P
 
N
V
 
V
A
 
A
A
 
L
A
x
L
M
 
G
P
 
Q
P
 
E
L
 
Q
V
 
V
A
 
A
G
 
G
I
 
A
Q
 
K
T
 
I
R
 
A
L
 
E
Q
 
K
E
 
Y
I
 
F
N
 
N
E
 
D
A
 
K
G
 
G
G
 
G
I
 
V
H
 
N
G
 
G
R
 
T
K
 
P
L
 
I
R
 
K
L
 
L
L
 
I
I
 
F
E
 
Q
D
 
D
N
 
T
A
 
A
Y
 
G
Q
 
D
P
 
E
K
 
A
Q
 
G
A
 
T
V
 
I
R
 
N
A
 
A
V
 
F
Q
 
Q
K
 
T
M
 
L
V
 
I
T
 
N
K
 
K
D
 
D
Q
 
K
A
 
V
F
 
V
L
 
G
I
 
I
F
 
V
S
 
G
P
 
P
F
x
T
G
x
L
T
x
S
G
 
Q
T
 
Q
S
 
A
A
 
F
A
 
S
G
 
A
Y
 
N
A
 
P
F
 
I
A
 
A
Q
 
E
K
 
R
F
 
A
G
 
K
V
 
V
P
 
P
H
 
V
V
 
V
F
 
G
P
 
P
W
x
S
S
x
N
-
x
T
-
 
A
-
 
K
G
 
G
V
 
I
P
|
P
A
 
E
I
 
I
F
 
-
H
 
-
P
 
-
K
 
-
G
 
-
T
 
-
E
 
-
G
 
-
S
 
-
F
 
-
T
 
-
Y
 
-
V
 
-
E
x
G
D
 
D
Y
 
Y
A
x
V
W
 
A
A
 
R
T
 
V
G
 
S
A
 
A
G
 
P
V
 
V
D
 
S
W
 
V
I
 
V
I
 
A
-
 
P
-
 
N
-
 
S
-
 
V
-
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
K
K
 
Q
D
 
N
K
 
P
G
 
N
F
 
I
K
 
K
R
 
K
I
 
V
G
 
A
V
 
V
L
 
F
Y
 
F
-
 
A
Q
 
Q
D
 
N
D
 
D
A
 
A
F
|
F
G
 
S
K
 
K
L
 
S
V
 
E
L
 
T
A
 
E
G
 
I
V
 
F
D
 
Q
E
 
Q
A
 
T
L
 
V
K
 
K
S
 
D
N
 
Q
G
 
G
L
 
L
T
 
E
L
 
L
V
 
V
E
 
T
S
 
V
A
 
Q
G
 
K
Y
 
F
K
 
Q
P
 
T
G
 
T
D
 
D
V
 
T
D
 
D
F
 
F
S
 
Q
A
 
S
Q
 
Q
I
 
A
A
 
T
K
 
N
L
 
A
K
 
I
A
 
N
A
 
L
D
 
K
V
 
P
D
 
D
L
 
L
V
 
V
V
 
I
L
 
I
G
 
S
T
 
G
V
 
L
I
 
A
R
 
A
E
 
D
T
 
G
I
 
G
G
 
N
A
 
L
Y
 
V
S
 
R
S
 
Q
I
 
L
R
 
R
K
 
E
V
 
L
G
 
G
W
 
Y
G
 
Q
V
 
G
D
 
A
V
 
I
I
 
I
T
 
G
T
 
G
I
x
D
P
 
G
G
 
L
R
 
N
S
 
T
Q
 
S
V
 
N
V
 
V
P
 
F
L
 
A
L
 
V
G
 
C
K
 
K
S
 
A
A
 
L
M
 
C
D
 
D
G
 
G
L
 
V
Y
 
L
G
 
I
V
 
A
G
 
Q
Q
 
A
W
 
Y
N
 
S
I
 
P
P
 
E
G
 
Y
T
 
T
G
 
G
N
 
E
-
 
I
D
 
N
S
 
K
A
 
A
A
 
F
A
 
R
Q
 
Q
T
 
A
W
 
Y
L
 
V
A
 
D
K
 
Q
F
 
Y
N
 
K
E
 
K
A
 
E
N
 
P
P
 
P
G
 
Q
V
x
F
P
 
S
A
 
A
E
 
Q
N
 
-
A
 
-
A
 
-
I
 
-
A
 
A
Y
 
F
L
 
A
M
 
A
T
 
V
D
 
Q
W
 
V
L
 
Y
V
 
V
Q
 
E
A
 
S
L
 
L
E
 
K
A
 
A

Sites not aligning to the query:

4oatA The crystal structure of a solute-binding protein (n280d mutant) from anabaena variabilis atcc 29413 in complex with isoleucine.
22% identity, 77% coverage: 33:331/390 of query aligns to 1:296/364 of 4oatA

query
sites
4oatA
D
 
N
E
 
T
I
 
I
I
 
P
I
 
I
G
 
G
T
 
I
H
 
A
L
 
L
D
 
A
L
 
Q
S
 
T
G
 
S
P
 
N
V
 
V
A
 
A
A
 
L
A
 
L
M
 
G
P
 
Q
P
 
E
L
 
Q
V
 
V
A
 
A
G
 
G
I
 
A
Q
 
K
T