SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_169717338.1 NCBI__GCF_002252445.1:WP_169717338.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2x7xA Fructose binding periplasmic domain of hybrid two component system bt1754 (see paper)
35% identity, 60% coverage: 24:226/338 of query aligns to 2:201/301 of 2x7xA

query
sites
2x7xA
Y
 
F
K
 
R
I
 
I
G
 
G
L
 
V
S
 
A
N
 
Q
G
 
C
W
 
S
V
 
D
G
x
D
S
 
S
E
 
-
W
|
W
R
|
R
T
 
H
Q
 
K
M
 
M
I
 
N
D
 
D
E
 
E
A
 
I
K
 
L
E
 
R
A
 
E
A
 
A
A
 
M
K
 
F
W
 
Y
K
 
N
E
 
-
R
 
-
G
 
G
V
 
V
D
 
S
V
 
V
E
 
E
V
 
I
V
 
-
V
 
-
Q
 
R
S
 
S
A
 
A
N
 
G
V
 
D
D
 
D
V
 
N
P
 
S
G
 
K
Q
 
Q
I
 
A
A
 
E
Q
 
D
V
 
V
R
 
H
N
 
Y
F
 
F
I
 
M
S
 
D
Q
 
E
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
L
I
 
L
I
 
I
I
 
I
N
 
S
P
 
A
N
 
N
S
 
E
P
 
A
T
 
A
A
 
P
F
 
M
D
 
T
P
 
P
I
 
I
F
 
V
K
 
E
Q
 
E
A
 
A
A
 
Y
Q
 
Q
K
 
K
D
 
G
I
 
I
L
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
L
T
 
V
D
|
D
A
x
R
E
 
K
V
 
I
-
 
L
S
 
S
S
 
D
K
 
K
D
 
Y
A
 
T
I
 
A
Y
 
Y
I
 
I
G
 
G
I
 
A
D
 
D
Q
 
N
T
 
Y
D
 
E
Y
 
I
G
 
G
R
 
R
K
 
S
G
 
V
G
 
G
E
 
N
W
 
Y
L
 
I
A
 
A
K
 
S
T
 
S
L
 
L
D
 
K
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
A
 
E
I
 
L
N
 
T
G
 
G
V
 
L
A
 
S
G
 
G
H
 
S
P
 
T
A
x
P
N
 
A
Q
 
M
M
 
E
R
|
R
V
 
H
D
 
Q
G
 
G
Y
 
F
K
 
M
D
 
A
A
 
A
F
 
I
K
 
S
N
 
K
Y
 
F
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
L
I
 
I
N
 
D
E
 
K
V
 
A
N
 
D
A
 
A
N
 
A
W
|
W
D
 
E
Q
 
R
A
 
G
Q
 
P
G
 
A
Q
 
E
Q
 
I
A
 
E
M
 
M
Q
 
D
N
 
S
L
 
M
L
 
L
A
 
R
T
 
R
Y
 
H
P
 
P
D
 
K
I
 
I
N
 
D
G
 
A
V
 
V
Y
 
Y
V
 
A
Q
 
H
-
x
N
D
 
D
G
x
R
M
 
I
A
 
A
A
 
P
G
 
G
A
 
A
W
 
Y
R
 
Q
S
 
A

Sites not aligning to the query:

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
33% identity, 66% coverage: 48:269/338 of query aligns to 22:242/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
A
 
A
A
 
E
A
 
E
K
 
K
W
 
A
K
 
K
E
 
E
R
 
L
G
 
G
V
 
Y
D
 
-
V
 
-
E
 
K
V
 
I
V
 
I
V
 
V
Q
 
E
S
 
D
A
 
S
N
 
Q
V
 
N
D
 
D
V
 
S
P
 
S
G
 
K
Q
 
E
I
 
L
A
 
S
Q
 
N
V
 
V
R
 
E
N
 
D
F
 
L
I
 
I
S
 
Q
Q
 
Q
G
 
K
V
 
V
D
 
D
A
 
V
I
 
L
I
 
L
I
 
I
N
 
N
P
 
P
N
 
V
S
 
D
P
 
S
T
 
D
A
 
A
F
 
V
D
 
V
P
 
T
I
 
A
F
 
I
K
 
K
Q
 
E
A
 
A
A
 
N
Q
 
S
K
 
K
D
 
N
I
 
I
L
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
T
T
 
I
D
|
D
A
x
R
E
 
S
V
 
A
S
 
N
S
 
G
K
 
G
D
 
D
A
 
V
I
 
V
-
 
C
Y
 
H
I
 
I
G
 
A
I
 
S
D
 
D
Q
 
N
T
 
V
D
 
K
Y
 
G
G
 
G
R
 
E
K
 
M
G
 
A
G
 
A
E
 
E
W
 
F
L
 
I
A
 
A
K
 
K
T
 
A
L
 
L
D
 
K
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
V
V
 
V
A
 
E
I
 
L
N
 
E
G
 
G
V
 
I
A
 
P
G
 
G
H
 
A
P
 
S
A
|
A
N
 
A
Q
 
R
M
 
D
R
|
R
V
 
G
D
 
K
G
 
G
Y
 
F
K
 
D
D
 
E
A
 
A
F
 
I
K
 
A
N
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
I
I
 
V
N
 
A
E
 
K
V
 
Q
N
 
A
A
 
A
N
 
D
W
x
F
D
 
D
Q
 
R
A
 
S
Q
 
K
G
 
G
Q
 
L
Q
 
S
A
 
V
M
 
M
Q
 
E
N
 
N
L
 
I
L
 
L
A
 
Q
T
 
A
Y
 
Q
P
 
P
D
 
K
I
 
I
N
 
D
G
 
A
V
 
V
Y
 
F
V
 
A
Q
 
Q
-
x
N
D
 
D
G
 
E
M
 
M
A
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
A
W
 
I
R
 
K
S
 
A
I
 
I
I
 
E
D
 
A
A
 
A
K
 
N
K
 
R
T
 
Q
D
 
G
S
 
I
I
 
I
A
 
V
A
 
V
T
 
G
G
 
F
E
x
D
I
 
G
R
 
T
K
 
E
D
 
D
F
 
A
L
 
L
D
 
K
L
 
A
W
 
I
K
 
K
N
 
E
D
 
G
K
 
K
L
 
M
N
 
A
S
 
A
G
 
T
A
 
I
A
 
A
V
 
-
N
x
Q
P
 
Q
P
 
P
G
 
A
V
 
L
M
 
M
A
 
G
S
 
S

Sites not aligning to the query:

4pe6B Crystal structure of abc transporter solute binding protein from thermobispora bispora dsm 43833
29% identity, 69% coverage: 26:259/338 of query aligns to 4:237/324 of 4pe6B

query
sites
4pe6B
I
 
I
G
 
A
L
 
L
S
 
S
N
 
N
G
 
G
W
 
F
V
 
I
G
 
G
S
 
N
E
 
G
W
|
W
R
|
R
T
 
Q
Q
 
T
M
 
M
I
 
I
D
 
A
E
 
K
A
 
F
K
 
E
E
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
K
K
 
Q
W
 
A
K
 
Q
E
 
A
R
 
D
G
 
G
V
 
L
-
 
I
-
 
G
D
 
K
V
 
Y
E
 
K
V
 
V
V
 
V
V
 
N
Q
 
A
S
 
P
A
 
G
N
 
N
V
 
N
D
 
S
V
 
A
P
 
T
G
 
E
Q
 
Q
I
 
V
A
 
A
Q
 
Q
V
 
I
R
 
K
N
 
S
F
 
L
I
 
L
S
 
L
Q
 
Q
G
 
K
V
 
P
D
 
D
A
 
A
I
 
L
I
 
L
I
 
I
N
 
N
P
 
P
N
 
A
S
 
S
P
 
P
T
 
T
A
 
A
F
 
L
D
 
Q
P
 
P
I
 
V
F
 
I
K
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
A
 
C
Q
 
D
K
 
A
D
 
G
I
 
V
L
 
K
V
 
V
I
 
V
A
 
V
T
 
F
D
|
D
A
 
S
E
 
A
V
 
I
S
 
D
S
 
A
K
 
P
D
 
C
A
 
A
I
 
Y
Y
 
I
I
 
L
G
 
Q
I
 
N
D
 
S
Q
x
F
T
 
V
D
 
D
Y
x
W
G
 
A
R
 
T
K
 
Y
G
 
A
G
 
A
E
 
K
W
 
P
L
 
V
A
 
L
K
 
E
T
 
S
L
 
I
D
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
V
V
 
I
A
 
V
I
 
V
N
 
R
G
 
G
V
 
V
A
 
V
G
 
G
H
 
S
P
 
Q
A
 
P
N
 
E
Q
 
A
M
 
E
R
 
M
V
 
Y
D
 
E
G
 
T
Y
 
T
K
 
K
D
 
K
A
 
I
F
 
L
K
 
A
N
 
E
Y
 
Y
P
 
P
D
 
Q
I
 
V
K
 
K
I
 
T
I
 
V
N
 
A
E
 
T
V
 
V
N
 
T
A
 
G
N
 
M
W
 
C
D
 
D
Q
 
G
A
 
A
Q
 
T
G
 
A
Q
 
Q
Q
 
K
A
 
A
M
 
V
Q
 
L
N
 
G
L
 
V
L
 
L
A
 
P
T
 
S
Y
 
V
P
 
S
D
 
T
I
 
V
N
 
D
G
 
A
V
 
V
Y
 
-
V
 
I
Q
 
G
D
 
C
G
 
G
M
 
D
A
 
G
A
 
Y
G
 
G
A
 
V
W
 
A
R
 
Q
S
 
A
I
 
F
I
 
A
D
 
T
A
 
A
K
 
G
K
 
K
T
 
P
D
 
I
S
 
P
I
 
-
A
 
A
A
 
V
T
 
T
G
 
F
E
 
E
I
 
T
R
 
N
K
 
G
D
 
R
F
 
A
L
 
L
D
 
S
L
 
Y
W
 
W
K
 
K
N
 
D
D
 
N
K
 
K
L
 
I
N
 
D
S
 
N
G
 
G
A
 
S

Sites not aligning to the query:

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
31% identity, 64% coverage: 25:240/338 of query aligns to 4:224/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
K
 
Q
I
 
I
G
 
A
L
 
L
S
 
L
N
 
M
G
x
K
W
 
T
V
 
L
G
 
S
S
x
N
E
 
E
W
x
Y
R
 
F
T
 
I
Q
 
S
M
 
M
I
 
R
D
 
Q
E
 
G
A
 
A
K
 
E
E
 
E
A
 
T
A
 
A
A
 
-
K
 
-
W
 
-
K
 
K
E
 
Q
R
 
K
G
 
D
V
 
I
D
 
D
V
 
L
E
 
I
V
 
V
V
 
Q
V
 
V
Q
 
A
S
 
E
A
 
K
N
 
E
V
 
D
D
 
S
V
 
T
P
 
E
G
 
Q
Q
 
L
I
 
V
A
 
G
Q
 
L
V
 
V
R
 
E
N
 
N
F
 
M
I
 
I
S
 
A
Q
 
K
G
 
K
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
I
 
V
N
 
T
P
 
P
N
 
N
S
 
D
P
 
S
T
 
I
A
 
A
F
 
F
D
 
I
P
 
P
I
 
A
F
 
F
K
 
Q
Q
 
K
A
 
A
A
 
E
Q
 
K
K
 
A
D
 
G
I
 
I
L
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
D
T
 
L
D
|
D
A
 
V
E
 
R
V
 
L
S
 
D
S
 
A
K
 
K
D
 
A
A
 
A
I
 
E
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
L
-
 
K
-
 
F
-
 
N
Y
 
Y
I
 
V
G
 
G
I
 
V
D
 
D
Q
 
N
T
 
F
D
 
N
Y
 
G
G
 
G
R
 
Y
K
 
L
G
 
E
G
 
A
E
 
K
W
 
N
L
 
L
A
 
A
K
 
E
T
 
A
L
 
I
D
 
G
G
 
K
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
V
V
 
A
A
 
I
I
 
L
N
 
E
G
 
G
V
 
I
A
 
P
G
 
G
H
 
V
P
 
D
A
x
N
N
 
G
Q
 
E
M
 
Q
R
|
R
V
 
K
D
 
G
G
 
G
Y
 
A
K
 
L
D
 
K
A
 
A
F
 
F
K
 
A
N
 
E
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
I
I
 
V
N
 
A
E
 
S
V
 
Q
N
 
S
A
 
A
N
 
N
W
|
W
D
 
E
Q
 
T
A
 
E
Q
 
Q
G
 
A
Q
 
L
Q
 
N
A
 
V
M
 
T
Q
 
T
N
 
N
L
 
I
L
 
L
A
 
T
T
 
A
Y
 
N
P
 
P
D
 
N
I
 
I
N
 
N
G
 
G
V
 
I
Y
 
F
-
 
A
V
 
A
Q
 
N
D
 
D
G
 
N
M
 
M
A
 
A
A
 
I
G
 
G
A
 
A
W
 
V
R
 
T
S
 
A
I
 
V
I
 
E
D
 
N
A
 
A
K
 
G
K
 
L
T
 
A
D
 
G
S
 
K
I
 
V
A
 
L
A
 
V
T
 
S
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6hyhA Crystal structure of msmeg_1712 from mycobacterium smegmatis in complex with beta-d-fucofuranose (see paper)
29% identity, 75% coverage: 23:274/338 of query aligns to 1:261/304 of 6hyhA

query
sites
6hyhA
S
 
A
Y
 
L
K
 
T
I
 
L
G
 
G
L
 
F
S
 
A
N
 
Q
G
 
V
W
 
G
V
 
A
G
x
E
S
|
S
E
 
G
W
 
W
R
|
R
T
 
T
Q
 
A
M
 
N
I
 
T
D
 
E
E
 
S
A
 
I
K
 
K
E
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
-
K
 
-
W
 
-
K
 
E
E
 
E
R
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
N
V
 
L
E
 
K
V
 
F
V
 
A
V
 
-
Q
 
-
S
 
D
A
 
A
N
 
N
V
 
G
D
 
E
V
 
Q
P
 
E
G
 
K
Q
 
Q
I
 
I
A
 
S
Q
 
A
V
 
I
R
 
R
N
 
S
F
 
F
I
 
I
S
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
V
I
 
I
I
 
A
I
 
F
N
 
S
P
 
P
N
 
V
S
 
V
P
 
R
T
 
T
A
 
G
F
 
W
D
|
D
P
 
A
I
 
V
F
 
L
K
 
Q
Q
 
E
A
 
T
A
 
K
Q
 
N
K
 
A
D
 
G
I
 
I
L
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
L
T
 
T
D
|
D
A
x
R
E
 
A
V
 
V
S
 
D
S
 
T
K
 
Q
D
|
D
A
 
T
-
 
D
-
 
V
-
 
Y
-
 
K
I
 
T
Y
 
F
I
 
I
G
 
G
I
 
A
D
 
D
Q
x
F
T
 
I
D
 
E
Y
 
E
G
 
G
R
 
R
K
 
R
G
 
A
G
 
G
E
 
Q
W
 
W
L
 
V
A
 
A
-
 
D
-
 
Q
-
 
Y
K
 
A
T
 
S
L
 
A
D
 
T
G
 
G
K
 
P
G
 
V
N
 
N
V
 
I
V
 
V
A
 
Q
I
 
L
N
 
E
G
 
G
V
 
T
A
 
T
G
 
G
H
 
A
P
x
D
A
x
P
N
 
A
Q
 
I
M
x
D
R
|
R
V
 
K
D
 
T
G
 
G
Y
 
F
K
 
A
D
 
E
A
 
G
F
 
I
K
 
S
N
 
K
Y
 
N
P
 
P
D
 
N
I
 
L
K
 
K
I
 
I
I
 
V
N
 
A
E
 
S
V
 
Q
N
 
T
A
 
G
N
 
D
W
x
F
D
 
T
Q
 
R
A
 
S
Q
 
G
G
 
G
Q
 
K
Q
 
Q
A
 
V
M
 
M
Q
 
E
N
 
A
L
 
F
L
 
L
A
 
K
T
 
S
Y
 
T
P
 
P
D
 
Q
I
 
I
N
 
D
G
 
V
V
 
V
Y
 
F
V
 
A
Q
 
Q
-
x
N
D
 
D
G
 
D
M
 
M
A
 
G
A
 
L
G
 
G
A
 
A
W
 
M
R
 
E
S
 
A
I
 
I
I
 
E
D
 
A
A
 
A
K
 
G
K
 
K
-
 
K
-
 
P
-
 
G
T
 
T
D
 
D
S
 
I
I
 
K
A
 
I
A
 
V
T
 
A
G
 
V
E
x
D
I
 
A
R
 
T
K
 
H
D
 
D
F
 
G
L
 
M
D
 
Q
L
 
A
W
 
L
K
 
A
N
 
D
D
 
G
K
 
K
L
 
F
N
 
N
S
 
Y
G
 
I
A
 
V
A
x
E
V
 
C
N
 
N
P
 
P
-
 
L
-
 
L
-
 
G
P
 
P
G
 
E
V
 
L
M
 
M
A
 
D
S
 
L
A
 
A
L
 
K
N
 
K
V
 
V
A
 
A

Sites not aligning to the query:

6hbmA Crystal structure of msmeg_1712 from mycobacterium smegmatis in complex with alpha-l-arabinofuranose (see paper)
29% identity, 75% coverage: 23:274/338 of query aligns to 1:261/304 of 6hbmA

query
sites
6hbmA
S
 
A
Y
 
L
K
 
T
I
 
L
G
 
G
L
 
F
S
 
A
N
 
Q
G
 
V
W
 
G
V
 
A
G
x
E
S
|
S
E
 
G
W
 
W
R
 
R
T
 
T
Q
 
A
M
 
N
I
 
T
D
 
E
E
 
S
A
 
I
K
 
K
E
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
-
K
 
-
W
 
-
K
 
E
E
 
E
R
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
N
V
 
L
E
 
K
V
 
F
V
 
A
V
 
-
Q
 
-
S
 
D
A
 
A
N
 
N
V
 
G
D
 
E
V
 
Q
P
 
E
G
 
K
Q
 
Q
I
 
I
A
 
S
Q
 
A
V
 
I
R
 
R
N
 
S
F
 
F
I
 
I
S
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
V
I
 
I
I
 
A
I
 
F
N
 
S
P
 
P
N
 
V
S
 
V
P
 
R
T
 
T
A
 
G
F
 
W
D
|
D
P
 
A
I
 
V
F
 
L
K
 
Q
Q
 
E
A
 
T
A
 
K
Q
 
N
K
 
A
D
 
G
I
 
I
L
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
L
T
 
T
D
|
D
A
x
R
E
 
A
V
 
V
S
 
D
S
 
T
K
 
Q
D
|
D
A
 
T
-
 
D
-
 
V
-
 
Y
-
 
K
I
 
T
Y
 
F
I
 
I
G
 
G
I
 
A
D
 
D
Q
 
F
T
 
I
D
 
E
Y
 
E
G
 
G
R
 
R
K
 
R
G
 
A
G
 
G
E
 
Q
W
 
W
L
 
V
A
 
A
-
 
D
-
 
Q
-
 
Y
K
 
A
T
 
S
L
 
A
D
 
T
G
 
G
K
 
P
G
 
V
N
 
N
V
 
I
V
 
V
A
 
Q
I
 
L
N
 
E
G
 
G
V
 
T
A
 
T
G
 
G
H
 
A
P
 
D
A
 
P
N
 
A
Q
 
I
M
 
D
R
|
R
V
 
K
D
 
T
G
 
G
Y
 
F
K
 
A
D
 
E
A
 
G
F
 
I
K
 
S
N
 
K
Y
 
N
P
 
P
D
 
N
I
 
L
K
 
K
I
 
I
I
 
V
N
 
A
E
 
S
V
 
Q
N
 
T
A
 
G
N
 
D
W
 
F
D
 
T
Q
 
R
A
 
S
Q
 
G
G
 
G
Q
 
K
Q
 
Q
A
 
V
M
 
M
Q
 
E
N
 
A
L
 
F
L
 
L
A
 
K
T
 
S
Y
 
T
P
 
P
D
 
Q
I
 
I
N
 
D
G
 
V
V
 
V
Y
 
F
V
 
A
Q
 
Q
-
x
N
D
 
D
G
 
D
M
 
M
A
 
G
A
 
L
G
 
G
A
 
A
W
 
M
R
 
E
S
 
A
I
 
I
I
 
E
D
 
A
A
 
A
K
 
G
K
 
K
-
 
K
-
 
P
-
 
G
T
 
T
D
 
D
S
 
I
I
 
K
A
 
I
A
 
V
T
 
A
G
 
V
E
x
D
I
 
A
R
 
T
K
 
H
D
 
D
F
 
G
L
 
M
D
 
Q
L
 
A
W
 
L
K
 
A
N
 
D
D
 
G
K
 
K
L
 
F
N
 
N
S
 
Y
G
 
I
A
 
V
A
x
E
V
 
C
N
 
N
P
 
P
-
 
L
-
 
L
-
 
G
P
 
P
G
 
E
V
 
L
M
 
M
A
 
D
S
 
L
A
 
A
L
 
K
N
 
K
V
 
V
A
 
A

Sites not aligning to the query:

6hbdA Crystal structure of msmeg_1712 from mycobacterium smegmatis in complex with beta-d-galactofuranose (see paper)
29% identity, 75% coverage: 23:274/338 of query aligns to 2:262/305 of 6hbdA

query
sites
6hbdA
S
 
A
Y
 
L
K
 
T
I
 
L
G
 
G
L
 
F
S
 
A
N
 
Q
G
 
V
W
 
G
V
 
A
G
x
E
S
|
S
E
 
G
W
 
W
R
|
R
T
 
T
Q
 
A
M
 
N
I
 
T
D
 
E
E
 
S
A
 
I
K
 
K
E
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
-
K
 
-
W
 
-
K
 
E
E
 
E
R
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
N
V
 
L
E
 
K
V
 
F
V
 
A
V
 
-
Q
 
-
S
 
D
A
 
A
N
 
N
V
 
G
D
 
E
V
 
Q
P
 
E
G
 
K
Q
 
Q
I
 
I
A
 
S
Q
 
A
V
 
I
R
 
R
N
 
S
F
 
F
I
 
I
S
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
V
I
 
I
I
 
A
I
 
F
N
 
S
P
 
P
N
 
V
S
 
V
P
 
R
T
 
T
A
 
G
F
 
W
D
|
D
P
 
A
I
 
V
F
 
L
K
 
Q
Q
 
E
A
 
T
A
 
K
Q
 
N
K
 
A
D
 
G
I
 
I
L
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
L
T
 
T
D
|
D
A
x
R
E
 
A
V
 
V
S
 
D
S
 
T
K
 
Q
D
|
D
A
 
T
-
 
D
-
 
V
-
 
Y
-
 
K
I
 
T
Y
 
F
I
 
I
G
 
G
I
 
A
D
 
D
Q
x
F
T
 
I
D
 
E
Y
 
E
G
 
G
R
 
R
K
 
R
G
 
A
G
 
G
E
 
Q
W
 
W
L
 
V
A
 
A
-
 
D
-
 
Q
-
 
Y
K
 
A
T
 
S
L
 
A
D
 
T
G
 
G
K
 
P
G
 
V
N
 
N
V
 
I
V
 
V
A
 
Q
I
 
L
N
 
E
G
 
G
V
 
T
A
 
T
G
 
G
H
 
A
P
x
D
A
 
P
N
 
A
Q
 
I
M
x
D
R
|
R
V
 
K
D
 
T
G
 
G
Y
 
F
K
 
A
D
 
E
A
 
G
F
 
I
K
 
S
N
 
K
Y
 
N
P
 
P
D
 
N
I
 
L
K
 
K
I
 
I
I
 
V
N
 
A
E
 
S
V
 
Q
N
 
T
A
 
G
N
 
D
W
x
F
D
 
T
Q
 
R
A
 
S
Q
 
G
G
 
G
Q
 
K
Q
 
Q
A
 
V
M
 
M
Q
 
E
N
 
A
L
 
F
L
 
L
A
 
K
T
 
S
Y
 
T
P
 
P
D
 
Q
I
 
I
N
 
D
G
 
V
V
 
V
Y
 
F
V
 
A
Q
 
Q
-
 
N
D
 
D
G
 
D
M
 
M
A
 
G
A
 
L
G
 
G
A
 
A
W
 
M
R
 
E
S
 
A
I
 
I
I
 
E
D
 
A
A
 
A
K
 
G
K
 
K
-
 
K
-
 
P
-
 
G
T
 
T
D
 
D
S
 
I
I
 
K
A
 
I
A
 
V
T
 
A
G
 
V
E
x
D
I
 
A
R
 
T
K
 
H
D
 
D
F
 
G
L
 
M
D
 
Q
L
 
A
W
 
L
K
 
A
N
 
D
D
 
G
K
 
K
L
 
F
N
 
N
S
 
Y
G
 
I
A
 
V
A
x
E
V
 
C
N
 
N
P
 
P
-
 
L
-
 
L
-
 
G
P
 
P
G
 
E
V
 
L
M
 
M
A
 
D
S
 
L
A
 
A
L
 
K
N
 
K
V
 
V
A
 
A

Sites not aligning to the query:

5ocpA The periplasmic binding protein component of the arabinose abc transporter from shewanella sp. Ana-3 bound to alpha and beta-l- arabinofuranose
33% identity, 61% coverage: 26:230/338 of query aligns to 3:209/302 of 5ocpA

query
sites
5ocpA
I
 
V
G
 
G
L
 
F
S
 
S
N
 
Q
G
 
-
W
 
-
V
 
V
G
 
G
S
 
S
E
|
E
-
x
S
-
 
G
W
|
W
R
|
R
T
 
T
Q
 
S
M
 
F
I
 
S
D
 
E
E
 
A
A
 
V
K
 
K
E
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
A
K
 
E
W
 
A
K
 
K
E
 
Q
R
 
R
G
 
G
V
 
I
D
 
D
V
 
L
E
 
K
V
 
F
V
 
A
V
 
-
Q
 
-
S
 
D
A
 
A
N
 
Q
V
 
Q
D
 
K
V
 
Q
P
 
E
G
 
N
Q
 
Q
I
 
I
A
 
K
Q
 
A
V
 
V
R
 
R
N
 
S
F
 
F
I
 
I
S
 
A
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
I
 
I
N
 
A
P
 
P
N
 
V
S
 
V
P
 
E
T
 
T
A
 
G
F
 
W
D
 
K
P
 
P
I
 
V
F
 
L
K
 
K
Q
 
E
A
 
A
A
 
K
Q
 
R
K
 
A
D
 
K
I
 
I
L
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
I
T
 
V
D
|
D
A
x
R
E
 
N
V
 
I
S
 
K
S
 
V
K
 
D
D
 
D
-
 
D
-
 
S
-
 
L
-
 
F
A
 
L
I
 
T
Y
 
R
I
 
I
G
 
A
I
 
S
D
 
D
Q
 
F
T
 
S
D
 
E
Y
 
E
G
 
G
R
 
R
K
 
K
G
 
I
G
 
G
E
 
Q
W
 
W
L
 
L
A
 
M
K
 
D
T
 
K
L
 
T
D
 
Q
G
 
G
K
 
N
G
 
C
N
 
D
V
 
I
V
 
A
A
 
E
I
 
L
N
 
Q
G
 
G
V
 
T
A
 
V
G
 
G
H
 
A
P
 
T
A
 
A
N
 
A
Q
 
I
M
 
D
R
|
R
V
 
A
D
 
A
G
 
G
Y
 
F
K
 
N
D
 
Q
A
 
V
F
 
I
K
 
A
N
 
N
Y
 
Y
P
 
P
D
 
N
I
 
A
K
 
K
I
 
I
I
 
V
N
 
R
E
 
S
V
 
Q
N
 
T
A
 
G
N
 
E
W
x
F
D
 
T
Q
 
R
A
 
A
Q
 
K
G
 
G
Q
 
K
Q
 
E
A
 
V
M
 
M
Q
 
E
N
 
G
L
 
F
L
 
L
A
 
K
T
 
A
Y
 
Q
-
 
N
-
 
G
P
 
Q
D
 
P
I
 
L
N
 
C
G
 
A
V
 
V
Y
 
W
V
 
S
Q
 
H
-
x
N
D
 
D
G
 
E
M
 
M
A
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
A
W
 
V
R
 
Q
S
 
A
I
 
I
I
 
K
D
 
E
A
 
A

Sites not aligning to the query:

A0QYB5 D-threitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
29% identity, 84% coverage: 5:287/338 of query aligns to 10:295/349 of A0QYB5

query
sites
A0QYB5
L
 
I
L
 
A
S
 
S
A
 
A
V
 
T
A
 
A
V
 
L
-
 
G
L
 
L
G
 
G
L
 
L
T
 
T
A
 
A
F
 
C
-
 
G
-
 
A
-
 
G
-
 
D
-
 
P
S
 
A
A
 
A
H
 
N
A
 
S
E
 
D
S
 
T
Y
 
T
K
 
R
I
 
I
G
 
G
L
 
V
S
 
T
N
 
V
G
x
Y
W
 
D
V
 
M
G
 
S
S
 
S
E
 
-
W
 
-
R
 
-
T
 
-
Q
 
-
M
 
F
I
 
I
D
 
T
E
 
A
A
 
G
K
 
K
E
 
E
A
 
G
A
 
M
A
 
D
K
 
A
W
 
Y
K
 
A
E
 
K
R
 
D
G
 
N
V
 
-
D
 
N
V
 
I
E
 
E
V
 
L
V
 
I
V
 
W
Q
 
N
S
 
S
A
 
A
N
 
N
V
 
L
D
 
D
V
 
V
P
 
S
G
 
T
Q
 
Q
I
 
A
A
 
S
Q
 
Q
V
 
V
R
 
D
N
 
S
F
 
M
I
 
I
S
 
N
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
I
 
V
N
 
V
P
 
P
N
 
V
S
 
Q
P
 
A
T
 
D
A
 
S
F
 
L
D
 
A
P
 
P
I
 
Q
F
 
V
K
 
A
Q
 
S
A
 
A
A
 
K
Q
 
A
K
 
K
D
 
G
I
 
I
L
 
P
V
 
L
I
 
V
A
 
P
T
 
V
D
x
N
A
 
A
E
 
A
V
 
L
S
 
D
S
 
S
K
 
K
D
 
D
-
 
I
A
 
A
I
 
G
Y
 
N
I
 
V
G
 
Q
I
 
P
D
 
D
Q
 
D
T
 
V
D
 
A
Y
 
A
G
 
G
R
 
A
K
 
Q
G
 
E
G
 
M
E
 
Q
W
 
M
L
 
M
A
 
A
K
 
D
T
 
R
L
 
L
D
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
A
 
I
I
 
L
N
 
Q
G
 
G
V
 
P
A
 
L
G
 
G
H
 
Q
P
 
S
A
 
G
N
 
E
Q
 
L
M
 
D
R
|
R
V
 
S
D
 
K
G
 
G
Y
 
I
K
 
E
D
 
Q
A
 
V
F
 
L
K
 
A
N
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
I
 
L
N
 
A
E
 
K
V
 
D
N
 
T
A
 
A
N
 
N
W
 
W
D
 
K
Q
 
R
A
 
D
Q
 
E
G
 
A
Q
 
V
Q
 
N
A
 
K
M
 
M
Q
 
K
N
 
N
L
 
W
L
 
I
A
 
S
T
 
G
Y
 
F
-
 
G
P
 
P
D
 
Q
I
 
I
N
 
D
G
 
G
V
 
V
Y
 
V
V
 
A
Q
 
Q
-
x
N
D
 
D
G
 
D
M
 
M
A
 
G
A
 
L
G
 
G
A
 
A
W
 
L
R
 
Q
S
 
A
I
 
L
I
 
K
D
 
E
A
 
S
K
 
G
K
 
R
T
 
T
D
 
G
S
 
V
I
 
P
A
 
I
A
 
V
T
 
G
G
 
I
E
x
D
I
 
G
R
 
I
K
 
E
D
 
D
F
 
G
L
 
L
D
 
N
L
 
A
W
 
V
K
 
K
N
 
S
D
 
G
K
 
D
L
 
F
N
 
I
S
 
G
G
 
T
A
 
S
A
 
L
V
x
Q
N
 
N
P
 
G
P
 
T
G
 
V
V
 
E
M
 
L
A
 
A
S
 
A
A
 
G
L
 
L
N
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
N
L
 
R
K
 
L
L
 
A
Q
 
K
G
 
G
K
 
E
E
 
P
F
 
V
K
 
N
E
 
K
E
 
E
P
 
P

P39325 Galactofuranose-binding protein YtfQ from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
33% identity, 68% coverage: 1:230/338 of query aligns to 1:234/318 of P39325

query
sites
P39325
M
|
M
T
x
W
K
|
K
G
x
R
L
|
L
L
|
L
S
x
I
A
x
V
V
x
S
A
|
A
V
|
V
L
x
S
G
x
A
L
x
A
T
x
M
A
x
S
F
x
S
S
x
M
A
|
A
H
x
L
A
|
A
E
 
A
S
 
P
Y
 
L
K
 
T
I
 
V
G
 
G
L
 
F
S
 
S
N
 
Q
G
 
-
W
 
-
V
 
V
G
 
G
S
 
S
E
|
E
-
x
S
-
x
G
W
|
W
R
|
R
T
 
A
Q
 
A
M
 
E
I
 
T
D
 
N
E
 
V
A
 
A
K
 
K
E
 
S
A
 
E
A
 
A
A
 
E
K
 
K
W
 
-
K
 
-
E
 
-
R
 
R
G
 
G
V
 
I
D
 
T
V
 
L
E
 
K
V
 
I
V
 
A
V
 
-
Q
 
-
S
 
D
A
 
G
N
 
Q
V
 
Q
D
 
K
V
 
Q
P
 
E
G
 
N
Q
 
Q
I
 
I
A
 
K
Q
 
A
V
 
V
R
 
R
N
 
S
F
 
F
I
 
V
S
 
A
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
F
I
 
I
N
 
A
P
 
P
N
 
V
S
 
V
P
 
A
T
 
T
A
 
G
F
 
W
D
 
E
P
 
P
I
 
V
F
 
L
K
 
K
Q
 
E
A
 
A
A
 
K
Q
 
D
K
 
A
D
 
E
I
 
I
L
 
P
V
 
V
I
 
F
A
 
L
T
 
L
D
|
D
A
x
R
E
 
S
V
 
I
S
 
D
S
 
V
K
 
K
D
 
D
-
 
K
A
 
S
I
 
L
Y
 
Y
-
 
M
-
 
T
-
 
T
I
 
V
G
 
T
I
 
A
D
 
D
Q
 
N
T
 
I
D
 
L
Y
 
E
G
 
G
R
 
K
K
 
L
G
 
I
G
 
G
E
 
D
W
 
W
L
 
L
A
 
V
K
 
K
T
 
E
L
 
V
D
 
N
G
 
G
K
 
K
-
 
P
G
x
C
N
 
N
V
 
V
V
 
V
A
 
E
I
 
L
N
 
Q
G
 
G
V
 
T
A
 
V
G
 
G
H
 
A
P
 
S
A
 
V
N
 
A
Q
 
I
M
 
D
R
|
R
V
 
K
D
 
K
G
 
G
Y
 
F
K
 
A
D
 
E
A
 
A
F
 
I
K
 
K
N
 
N
Y
 
A
P
 
P
D
 
N
I
 
I
K
 
K
I
 
I
I
 
I
N
 
R
E
 
S
V
 
Q
N
 
S
A
 
G
N
 
D
W
 
F
D
 
T
Q
 
R
A
 
S
Q
 
K
G
 
G
Q
 
K
Q
 
E
A
 
V
M
 
M
Q
 
E
N
 
S
L
 
F
L
 
I
A
 
K
T
 
A
Y
 
E
-
 
N
-
 
N
-
 
G
P
 
K
D
 
N
I
 
I
N
x
C
G
 
M
V
 
V
Y
 
Y
V
 
A
Q
 
H
-
x
N
D
 
D
G
 
D
M
 
M
A
 
V
A
 
I
G
 
G
A
 
A
W
 
I
R
 
Q
S
 
A
I
 
I
I
 
K
D
 
E
A
 
A

Sites not aligning to the query:

4yo7A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from bacillus halodurans c-125 (bh2323, target efi- 511484) with bound myo-inositol
29% identity, 74% coverage: 36:285/338 of query aligns to 18:267/287 of 4yo7A

query
sites
4yo7A
E
 
E
W
 
F
R
 
L
T
 
T
Q
 
Y
M
 
M
I
 
Q
D
 
D
E
 
A
A
 
M
K
 
K
E
 
E
A
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
N
W
 
Y
K
 
P
E
 
-
R
 
-
G
 
-
V
 
-
D
 
D
V
 
F
E
 
E
V
 
F
V
 
I
V
 
F
Q
 
S
S
 
D
A
 
A
N
 
Q
V
 
N
D
 
D
V
 
S
P
 
T
G
 
Q
Q
 
Q
I
 
M
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
R
 
E
N
 
N
F
 
F
I
 
I
S
 
S
Q
 
R
G
 
N
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
I
 
V
N
 
N
P
 
P
N
 
V
S
 
D
P
 
T
T
 
T
A
 
S
F
 
A
D
 
V
P
 
D
I
 
I
F
 
V
K
 
N
Q
 
M
A
 
V
A
 
N
Q
 
D
K
 
A
D
 
G
I
 
I
L
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
I
T
 
A
D
x
N
A
x
R
E
 
T
V
 
F
S
 
D
S
 
G
K
 
V
D
 
D
-
 
Q
-
 
A
A
 
T
I
 
A
Y
 
F
I
 
V
G
 
G
I
 
S
D
 
E
Q
 
S
T
 
I
D
 
Q
Y
 
S
G
 
G
R
 
L
K
 
L
G
 
Q
G
 
M
E
 
E
W
 
E
L
 
V
A
 
A
K
 
K
T
 
L
L
 
L
D
 
N
G
 
N
K
 
E
G
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
A
A
 
I
I
 
M
N
 
D
G
 
G
V
 
E
A
 
L
G
 
G
H
 
H
P
 
E
A
 
A
N
 
Q
Q
 
I
M
 
M
R
|
R
V
 
T
D
 
E
G
 
G
Y
 
N
K
 
K
D
 
Q
A
 
I
F
 
I
K
 
E
N
 
E
Y
 
H
P
 
D
D
 
G
I
 
L
K
 
E
I
 
V
I
 
V
N
 
L
E
 
Q
V
 
G
N
 
T
A
 
A
N
 
K
W
 
F
D
 
D
Q
 
R
A
 
S
Q
 
E
G
 
G
Q
 
M
Q
 
R
A
 
L
M
 
M
Q
 
E
N
 
N
L
 
W
L
 
L
A
 
N
T
 
S
Y
 
G
P
 
T
D
 
E
I
 
I
N
 
D
G
 
A
V
 
V
Y
 
V
V
 
A
-
 
N
Q
x
N
D
 
D
G
 
E
M
 
M
A
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
A
W
 
I
R
 
L
S
 
A
I
 
L
I
 
E
D
 
A
A
 
V
K
 
G
K
 
K
T
x
L
D
 
D
S
 
D
I
x
V
A
 
I
A
 
V
T
 
A
G
 
G
-
 
I
E
x
D
I
 
A
R
 
T
K
 
P
D
 
A
F
 
A
L
 
L
D
 
E
L
 
A
W
 
M
K
 
K
N
 
E
D
 
G
K
 
K
L
 
L
N
 
D
S
 
V
G
 
T
A
 
V
A
 
F
V
x
Q
N
 
D
P
 
A
P
 
K
G
 
G
V
 
Q
M
 
G
A
 
A
S
 
T
A
 
S
L
 
V
N
 
K
V
 
V
A
 
A
V
 
V
L
 
Q
K
 
A
L
 
A
Q
 
N
G
 
G
K
 
E
E
 
D
F
 
V
K
 
E
E
 
D

Sites not aligning to the query:

4rs3A Crystal structure of carbohydrate transporter a0qyb3 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with xylitol (see paper)
30% identity, 74% coverage: 39:287/338 of query aligns to 12:262/315 of 4rs3A

query
sites
4rs3A
T
 
S
Q
 
S
M
 
F
I
 
I
D
 
T
E
|
E
A
 
G
K
 
K
E
 
E
A
 
G
A
 
M
A
 
D
K
 
T
W
 
Y
K
 
A
E
 
-
R
 
K
G
 
A
V
 
N
D
 
N
V
 
I
E
 
E
V
 
L
V
 
V
V
 
W
Q
 
N
S
 
S
A
 
A
N
 
N
V
 
N
D
 
D
V
 
V
P
 
S
G
 
T
Q
 
Q
I
 
A
A
 
S
Q
 
Q
V
 
V
R
 
D
N
 
S
F
 
L
I
 
I
S
 
N
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
I
 
V
N
 
V
P
 
P
N
 
V
S
 
Q
P
 
A
T
 
D
A
 
S
F
 
L
D
 
G
P
 
P
I
 
Q
F
 
V
K
 
A
Q
 
S
A
 
A
A
 
K
Q
 
S
K
 
K
D
 
G
I
 
I
L
 
P
V
 
L
I
 
L
A
 
A
T
 
V
D
x
N
A
 
A
E
 
A
V
 
L
S
 
E
S
 
T
K
 
P
D
 
D
-
 
L
A
 
A
I
 
G
Y
 
N
I
 
V
G
 
Q
I
 
P
D
 
D
Q
 
D
T
 
V
D
 
A
Y
 
A
G
 
G
R
 
A
K
 
Q
G
 
E
G
 
M
E
 
Q
W
 
M
L
 
M
A
 
A
K
 
D
T
 
R
L
 
L
D
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
A
 
I
I
 
L
N
 
Q
G
 
G
V
 
P
A
 
L
G
 
G
H
 
G
P
 
S
A
 
G
N
 
E
Q
 
I
M
 
N
R
|
R
V
 
G
D
 
K
G
 
G
Y
 
I
K
 
D
D
 
Q
A
 
V
F
 
L
K
 
A
N
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
I
 
L
N
 
A
E
 
K
V
 
D
N
 
T
A
 
A
N
 
N
W
|
W
D
 
K
Q
 
R
A
 
D
Q
 
E
G
 
A
Q
 
V
Q
 
N
A
 
K
M
 
M
Q
 
K
N
 
N
L
 
W
L
 
I
A
 
S
T
 
S
Y
 
F
-
 
G
P
 
P
D
 
Q
I
 
I
N
 
D
G
 
G
V
 
V
Y
 
V
V
 
A
Q
 
Q
-
x
N
D
 
D
G
 
D
M
 
M
A
 
G
A
 
L
G
 
G
A
 
A
W
 
L
R
 
Q
S
 
A
I
 
L
I
 
K
D
 
E
A
 
A
K
 
G
K
 
R
T
 
T
D
 
G
S
 
V
I
 
P
A
 
I
A
 
V
T
 
G
G
 
I
E
x
D
I
 
G
R
 
I
K
x
E
D
 
D
F
 
G
L
 
L
D
 
N
L
 
A
W
 
V
K
 
K
N
 
S
D
 
G
K
 
D
L
 
F
N
 
I
S
 
G
G
 
T
A
 
S
A
 
L
V
x
Q
N
 
N
P
 
G
P
 
T
G
 
V
V
 
E
M
 
L
A
 
S
S
 
A
A
 
G
L
 
L
N
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
D
L
 
A
K
 
L
L
 
V
Q
 
K
G
 
G
K
 
E
E
 
D
F
 
V
K
 
K
E
 
T
E
 
D
P
 
P

Sites not aligning to the query:

5hkoA Crystal structure of abc transporter solute binding protein msmeg_3598 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with l-sorbitol
30% identity, 74% coverage: 39:287/338 of query aligns to 12:262/314 of 5hkoA

query
sites
5hkoA
T
 
S
Q
 
S
M
 
F
I
 
I
D
 
T
E
|
E
A
 
G
K
 
K
E
 
E
A
 
G
A
 
M
A
 
D
K
 
T
W
 
Y
K
 
A
E
 
-
R
 
K
G
 
A
V
 
N
D
 
N
V
 
I
E
 
E
V
 
L
V
 
V
V
 
W
Q
 
N
S
 
S
A
 
A
N
 
N
V
 
N
D
|
D
V
 
V
P
x
S
G
 
T
Q
 
Q
I
 
A
A
 
S
Q
 
Q
V
 
V
R
 
D
N
 
S
F
 
L
I
 
I
S
 
N
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
I
 
V
N
 
V
P
 
P
N
 
V
S
 
Q
P
 
A
T
 
D
A
 
S
F
 
L
D
 
G
P
 
P
I
 
Q
F
 
V
K
 
A
Q
 
S
A
 
A
A
 
K
Q
 
S
K
 
K
D
 
G
I
 
I
L
 
P
V
 
L
I
 
L
A
 
A
T
 
V
D
x
N
A
|
A
E
 
A
V
 
L
S
 
E
S
 
T
K
 
P
D
 
D
-
 
L
A
 
A
I
 
G
Y
 
N
I
 
V
G
 
Q
I
 
P
D
 
D
Q
 
D
T
 
V
D
 
A
Y
 
A
G
 
G
R
 
A
K
 
Q
G
 
E
G
 
M
E
 
Q
W
 
M
L
 
M
A
 
A
K
 
D
T
 
R
L
 
L
D
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
A
 
I
I
 
L
N
 
Q
G
 
G
V
 
P
A
 
L
G
 
G
H
 
G
P
 
S
A
 
G
N
 
E
Q
 
I
M
 
N
R
|
R
V
 
G
D
 
K
G
 
G
Y
 
I
K
 
D
D
 
Q
A
 
V
F
 
L
K
 
A
N
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
I
 
L
N
 
A
E
 
K
V
 
D
N
 
T
A
 
A
N
 
N
W
|
W
D
 
K
Q
 
R
A
 
D
Q
 
E
G
 
A
Q
 
V
Q
 
N
A
 
K
M
 
M
Q
 
K
N
 
N
L
 
W
L
 
I
A
 
S
T
 
S
Y
 
F
-
 
G
P
 
P
D
 
Q
I
 
I
N
 
D
G
 
G
V
 
V
Y
 
V
V
 
A
Q
 
Q
-
x
N
D
 
D
G
 
D
M
 
M
A
 
G
A
 
L
G
 
G
A
 
A
W
 
L
R
 
Q
S
 
A
I
 
L
I
 
K
D
 
E
A
 
A
K
 
G
K
 
R
T
 
T
D
 
G
S
 
V
I
 
P
A
 
I
A
 
V
T
 
G
G
 
I
E
x
D
I
 
G
R
 
I
K
x
E
D
 
D
F
 
G
L
 
L
D
 
N
L
 
A
W
 
V
K
 
K
N
 
S
D
 
G
K
 
D
L
 
F
N
 
I
S
 
G
G
 
T
A
 
S
A
 
L
V
x
Q
N
 
N
P
 
G
P
 
T
G
 
V
V
 
E
M
 
L
A
 
S
S
 
A
A
 
G
L
 
L
N
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
D
L
 
A
K
 
L
L
 
V
Q
 
K
G
 
G
K
 
E
E
 
D
F
 
V
K
 
K
E
 
T
E
 
D
P
 
P

Sites not aligning to the query:

A0QYB3 Xylitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
30% identity, 74% coverage: 39:287/338 of query aligns to 45:295/349 of A0QYB3

query
sites
A0QYB3
T
 
S
Q
 
S
M
 
F
I
 
I
D
 
T
E
 
E
A
 
G
K
 
K
E
 
E
A
 
G
A
 
M
A
 
D
K
 
T
W
 
Y
K
 
A
E
 
-
R
 
K
G
 
A
V
 
N
D
 
N
V
 
I
E
 
E
V
 
L
V
 
V
V
 
W
Q
 
N
S
 
S
A
 
A
N
 
N
V
 
N
D
 
D
V
 
V
P
 
S
G
 
T
Q
 
Q
I
 
A
A
 
S
Q
 
Q
V
 
V
R
 
D
N
 
S
F
 
L
I
 
I
S
 
N
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
I
 
V
N
 
V
P
 
P
N
 
V
S
 
Q
P
 
A
T
 
D
A
 
S
F
 
L
D
 
G
P
 
P
I
 
Q
F
 
V
K
 
A
Q
 
S
A
 
A
A
 
K
Q
 
S
K
 
K
D
 
G
I
 
I
L
 
P
V
 
L
I
 
L
A
 
A
T
 
V
D
x
N
A
 
A
E
 
A
V
 
L
S
 
E
S
 
T
K
 
P
D
 
D
-
 
L
A
 
A
I
 
G
Y
 
N
I
 
V
G
 
Q
I
 
P
D
 
D
Q
 
D
T
 
V
D
 
A
Y
 
A
G
 
G
R
 
A
K
 
Q
G
 
E
G
 
M
E
 
Q
W
 
M
L
 
M
A
 
A
K
 
D
T
 
R
L
 
L
D
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
A
 
I
I
 
L
N
 
Q
G
 
G
V
 
P
A
 
L
G
 
G
H
 
G
P
 
S
A
 
G
N
 
E
Q
 
I
M
 
N
R
|
R
V
 
G
D
 
K
G
 
G
Y
 
I
K
 
D
D
 
Q
A
 
V
F
 
L
K
 
A
N
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
I
 
L
N
 
A
E
 
K
V
 
D
N
 
T
A
 
A
N
 
N
W
 
W
D
 
K
Q
 
R
A
 
D
Q
 
E
G
 
A
Q
 
V
Q
 
N
A
 
K
M
 
M
Q
 
K
N
 
N
L
 
W
L
 
I
A
 
S
T
 
S
Y
 
F
-
 
G
P
 
P
D
 
Q
I
 
I
N
 
D
G
 
G
V
 
V
Y
 
V
V
 
A
Q
 
Q
-
x
N
D
 
D
G
 
D
M
 
M
A
 
G
A
 
L
G
 
G
A
 
A
W
 
L
R
 
Q
S
 
A
I
 
L
I
 
K
D
 
E
A
 
A
K
 
G
K
 
R
T
 
T
D
 
G
S
 
V
I
 
P
A
 
I
A
 
V
T
 
G
G
 
I
E
x
D
I
 
G
R
 
I
K
 
E
D
 
D
F
 
G
L
 
L
D
 
N
L
 
A
W
 
V
K
 
K
N
 
S
D
 
G
K
 
D
L
 
F
N
 
I
S
 
G
G
 
T
A
 
S
A
 
L
V
x
Q
N
 
N
P
 
G
P
 
T
G
 
V
V
 
E
M
 
L
A
 
S
S
 
A
A
 
G
L
 
L
N
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
D
L
 
A
K
 
L
L
 
V
Q
 
K
G
 
G
K
 
E
E
 
D
F
 
V
K
 
K
E
 
T
E
 
D
P
 
P

Sites not aligning to the query:

4rsmA Crystal structure of carbohydrate transporter msmeg_3599 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510970, in complex with d-threitol (see paper)
30% identity, 68% coverage: 58:287/338 of query aligns to 31:263/315 of 4rsmA

query
sites
4rsmA
D
 
N
V
 
I
E
 
E
V
 
L
V
 
I
V
 
W
Q
 
N
S
 
S
A
 
A
N
 
N
V
 
L
D
 
D
V
 
V
P
 
S
G
 
T
Q
 
Q
I
 
A
A
 
S
Q
 
Q
V
 
V
R
 
D
N
 
S
F
 
M
I
 
I
S
 
N
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
I
 
V
N
 
V
P
 
P
N
 
V
S
 
Q
P
 
A
T
 
D
A
 
S
F
 
L
D
 
A
P
 
P
I
 
Q
F
 
V
K
 
A
Q
 
S
A
 
A
A
 
K
Q
 
A
K
 
K
D
 
G
I
 
I
L
 
P
V
 
L
I
 
V
A
 
P
T
 
V
D
x
N
A
 
A
E
 
A
V
 
L
S
 
D
S
 
S
K
 
K
D
 
D
-
 
I
A
 
A
I
 
G
Y
 
N
I
 
V
G
 
Q
I
 
P
D
 
D
Q
 
D
T
 
V
D
 
A
Y
 
A
G
 
G
R
 
A
K
 
Q
G
 
E
G
 
M
E
 
Q
W
 
M
L
 
M
A
 
A
K
 
D
T
 
R
L
 
L
D
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
A
 
I
I
 
L
N
 
Q
G
 
G
V
 
P
A
 
L
G
 
G
H
 
Q
P
 
S
A
 
G
N
 
E
Q
 
L
M
 
D
R
|
R
V
 
S
D
 
K
G
 
G
Y
 
I
K
 
E
D
 
Q
A
 
V
F
 
L
K
 
A
N
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
I
 
L
N
 
A
E
 
K
V
 
D
N
 
T
A
 
A
N
 
N
W
|
W
D
 
K
Q
 
R
A
 
D
Q
 
E
G
 
A
Q
 
V
Q
 
N
A
 
K
M
 
M
Q
 
K
N
 
N
L
 
W
L
 
I
A
 
S
T
 
G
Y
 
F
-
 
G
P
 
P
D
 
Q
I
 
I
N
 
D
G
 
G
V
 
V
Y
 
V
V
 
A
Q
 
Q
-
x
N
D
 
D
G
 
D
M
 
M
A
 
G
A
 
L
G
 
G
A
 
A
W
 
L
R
 
Q
S
 
A
I
 
L
I
 
K
D
 
E
A
 
S
K
 
G
K
 
R
T
 
T
D
 
G
S
 
V
I
 
P
A
 
I
A
 
V
T
 
G
G
 
I
E
x
D
I
 
G
R
 
I
K
 
E
D
 
D
F
 
G
L
 
L
D
 
N
L
 
A
W
 
V
K
 
K
N
 
S
D
 
G
K
 
D
L
 
F
N
 
I
S
 
G
G
 
T
A
 
S
A
 
L
V
x
Q
N
 
N
P
 
G
P
 
T
G
 
V
V
 
E
M
 
L
A
 
A
S
 
A
A
 
G
L
 
L
N
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
N
L
 
R
K
 
L
L
 
A
Q
 
K
G
 
G
K
 
E
E
 
P
F
 
V
K
 
N
E
 
K
E
 
E
P
 
P

Sites not aligning to the query:

2vk2A Crystal structure of a galactofuranose binding protein (see paper)
33% identity, 61% coverage: 26:230/338 of query aligns to 4:212/296 of 2vk2A

query
sites
2vk2A
I
 
V
G
 
G
L
 
F
S
 
S
N
 
Q
G
 
-
W
 
-
V
 
V
G
 
G
S
 
S
E
|
E
-
x
S
-
 
G
W
 
W
R
|
R
T
 
A
Q
 
A
M
 
E
I
 
T
D
 
N
E
 
V
A
 
A
K
 
K
E
 
S
A
 
E
A
 
A
A
 
E
K
 
K
W
 
-
K
 
-
E
 
-
R
 
R
G
 
G
V
 
I
D
 
T
V
 
L
E
 
K
V
 
I
V
 
A
V
 
-
Q
 
-
S
 
D
A
 
G
N
 
Q
V
 
Q
D
 
K
V
 
Q
P
 
E
G
 
N
Q
 
Q
I
 
I
A
 
K
Q
 
A
V
 
V
R
 
R
N
 
S
F
 
F
I
 
V
S
 
A
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
F
I
 
I
N
 
A
P
 
P
N
 
V
S
 
V
P
 
A
T
 
T
A
 
G
F
 
W
D
 
E
P
 
P
I
 
V
F
 
L
K
 
K
Q
 
E
A
 
A
A
 
K
Q
 
D
K
 
A
D
 
E
I
 
I
L
 
P
V
 
V
I
 
F
A
 
L
T
 
L
D
|
D
A
x
R
E
 
S
V
 
I
S
 
D
S
 
V
K
 
K
D
 
D
-
 
K
A
 
S
I
 
L
Y
 
Y
-
 
M
-
 
T
-
 
T
I
 
V
G
 
T
I
 
A
D
 
D
Q
 
N
T
 
I
D
 
L
Y
 
E
G
 
G
R
 
K
K
 
L
G
 
I
G
 
G
E
 
D
W
 
W
L
 
L
A
 
V
K
 
K
T
 
E
L
 
V
D
 
N
G
 
G
K
 
K
-
 
P
G
 
C
N
 
N
V
 
V
V
 
V
A
 
E
I
 
L
N
 
Q
G
 
G
V
 
T
A
 
V
G
 
G
H
 
A
P
 
S
A
 
V
N
 
A
Q
 
I
M
 
D
R
|
R
V
 
K
D
 
K
G
 
G
Y
 
F
K
 
A
D
 
E
A
 
A
F
 
I
K
 
K
N
 
N
Y
 
A
P
 
P
D
 
N
I
 
I
K
 
K
I
 
I
I
 
I
N
 
R
E
 
S
V
 
Q
N
 
S
A
 
G
N
 
D
W
x
F
D
 
T
Q
 
R
A
 
S
Q
 
K
G
 
G
Q
 
K
Q
 
E
A
 
V
M
 
M
Q
 
E
N
 
S
L
 
F
L
 
I
A
 
K
T
 
A
Y
 
E
-
 
N
-
 
N
-
 
G
P
 
K
D
 
N
I
 
I
N
 
C
G
 
M
V
 
V
Y
 
Y
V
 
A
Q
 
H
-
x
N
D
 
D
G
 
D
M
 
M
A
 
V
A
 
I
G
 
G
A
 
A
W
 
I
R
 
Q
S
 
A
I
 
I
I
 
K
D
 
E
A
 
A

Sites not aligning to the query:

1dbpA Identical mutations at corresponding positions in two homologous proteins with non-identical effects (see paper)
30% identity, 48% coverage: 73:234/338 of query aligns to 46:208/271 of 1dbpA

query
sites
1dbpA
Q
 
E
I
 
L
A
 
A
Q
 
N
V
 
V
R
 
Q
N
 
D
F
 
L
I
 
T
S
 
V
Q
 
R
G
 
G
V
 
T
D
 
K
A
 
I
I
 
L
I
 
L
I
 
I
N
 
N
P
 
P
N
 
T
S
 
D
P
 
S
T
 
D
A
 
A
F
 
V
D
 
D
P
 
N
I
 
A
F
 
V
K
 
K
Q
 
M
A
 
A
A
 
N
Q
 
Q
K
 
A
D
 
N
I
 
I
L
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
T
T
 
L
D
|
D
A
x
R
E
 
Q
V
 
A
S
 
T
S
 
K
K
 
G
D
 
E
A
 
V
I
 
V
-
 
S
Y
 
H
I
 
I
G
 
A
I
 
S
D
 
D
Q
 
N
T
 
V
D
 
L
Y
 
G
G
 
G
R
 
K
K
 
I
G
 
A
G
 
G
E
 
D
W
 
Y
L
 
I
A
 
A
K
 
K
T
 
K
L
 
A
D
 
G
G
 
E
K
 
G
G
 
A
N
 
K
V
 
V
V
 
I
A
 
E
I
 
L
N
 
Q
G
 
G
V
 
I
A
 
A
G
 
G
H
 
T
P
 
S
A
 
A
N
 
A
Q
 
R
M
 
E
R
|
R
V
 
G
D
 
E
G
 
G
Y
 
F
K
 
Q
D
 
Q
A
 
A
F
 
V
K
 
A
N
 
A
Y
 
H
P
 
K
D
 
-
I
 
F
K
 
N
I
 
V
I
 
L
N
 
A
E
 
S
V
 
Q
N
 
P
A
 
A
N
 
D
W
x
F
D
 
D
Q
 
R
A
 
I
Q
 
K
G
 
G
Q
 
L
Q
 
N
A
 
V
M
 
M
Q
 
Q
N
 
N
L
 
L
L
 
L
A
 
T
T
 
A
Y
 
H
P
 
P
D
 
D
I
 
V
N
 
Q
G
 
A
V
 
V
Y
 
F
V
 
A
Q
 
Q
-
x
N
D
 
D
G
 
E
M
 
M
A
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
A
W
 
L
R
 
R
S
 
A
I
 
L
I
 
Q
D
 
T
A
 
A
K
 
G
K
 
K
T
 
S
D
 
D

Sites not aligning to the query:

5hqjA Crystal structure of abc transporter solute binding protein b1g1h7 from burkholderia graminis c4d1m, target efi-511179, in complex with d-arabinose
27% identity, 62% coverage: 73:282/338 of query aligns to 51:266/289 of 5hqjA

query
sites
5hqjA
Q
 
Q
I
 
V
A
 
Q
Q
 
I
V
 
I
R
 
E
N
 
D
F
 
L
I
 
I
S
 
S
Q
 
R
G
 
H
V
 
V
D
 
D
A
 
G
I
 
I
I
 
A
I
 
I
N
 
S
P
 
V
N
 
N
S
 
E
P
 
P
T
 
K
A
 
S
F
 
V
D
 
E
P
 
S
I
 
V
F
 
M
K
 
K
Q
 
R
A
 
A
A
 
E
Q
 
Q
K
 
S
D
 
G
I
 
I
L
 
K
V
 
V
I
 
L
A
 
T
T
 
Y
D
|
D
A
 
S
E
 
D
V
 
S
-
 
P
S
 
K
S
 
S
K
 
G
D
 
R
A
 
S
I
 
M
Y
 
Y
I
 
I
G
 
G
I
 
T
D
 
N
Q
 
N
T
 
E
D
 
Q
Y
 
A
G
 
G
R
 
A
K
 
T
G
 
M
G
 
A
E
 
E
W
 
T
L
 
M
A
 
G
K
 
K
T
 
A
L
 
L
D
 
N
G
 
G
K
 
Q
G
 
G
N
 
E
V
 
V
V
 
A
A
 
I
I
 
I
N
 
T
G
 
G
V
 
Q
A
 
L
G
 
G
H
 
A
P
 
V
A
x
N
N
 
L
Q
 
N
M
 
E
R
|
R
V
 
I
D
 
A
G
 
G
Y
 
I
K
 
K
D
 
K
A
 
G
F
 
L
K
 
A
N
 
K
Y
 
Y
P
 
P
D
 
G
I
 
I
K
 
K
I
 
V
I
 
V
N
 
E
E
 
T
V
 
Q
N
 
G
A
 
T
N
 
D
W
 
D
D
 
D
Q
 
L
A
 
A
Q
 
R
G
 
G
Q
 
V
Q
 
S
A
 
V
M
 
V
Q
 
E
N
 
T
L
 
T
L
 
L
A
 
R
T
 
A
Y
 
H
P
 
P
D
 
N
I
 
L
N
 
K
G
 
G
V
 
I
Y
 
F
V
 
G
Q
 
V
D
x
S
G
x
Q
M
 
V
A
 
G
A
 
G
G
 
P
A
 
A
W
 
V
R
 
A
S
 
K
I
 
V
I
 
L
D
 
N
A
 
T
K
 
R
K
 
E
T
 
F
D
 
G
S
 
A
I
 
M
A
 
K
A
 
G
T
 
K
G
 
L
E
 
E
I
 
V
R
 
L
K
 
A
-
 
F
-
x
D
D
 
D
F
 
L
L
 
P
D
 
D
L
 
T
W
 
L
K
 
K
-
 
G
-
 
L
N
 
K
D
 
D
K
 
G
L
 
Y
N
 
I
S
 
Q
G
 
G
A
 
I
A
 
M
V
 
V
N
x
Q
P
 
R
P
 
P
G
 
V
V
 
T
M
 
M
A
 
G
S
 
S
-
 
L
A
 
A
L
 
V
N
 
D
V
 
H
A
 
L
V
 
V
L
 
A
K
 
Q
L
 
I
Q
 
Q
G
 
G
K
 
Q
E
 
E

Sites not aligning to the query:

3c6qC Apo and ligand-bound form of a thermophilic glucose/xylose binding protein
33% identity, 51% coverage: 50:220/338 of query aligns to 24:196/305 of 3c6qC

query
sites
3c6qC
A
 
A
K
 
A
W
 
G
K
 
K
E
 
A
R
 
L
G
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
T
E
 
K
V
 
F
V
 
F
V
 
V
Q
 
P
S
 
Q
A
 
-
N
 
K
V
 
C
D
 
D
V
 
I
P
 
N
G
 
A
Q
 
Q
I
 
L
A
 
Q
Q
 
M
V
 
L
R
 
E
N
 
S
F
 
F
I
 
I
S
 
A
Q
 
E
G
 
G
V
 
V
D
 
N
A
 
G
I
 
I
I
 
A
I
 
I
N
 
A
P
 
P
N
 
S
S
 
D
P
 
P
T
 
T
A
 
A
F
 
V
D
 
I
P
 
P
I
 
T
F
 
I
K
 
K
Q
 
K
A
 
A
A
 
L
Q
 
E
K
 
M
D
 
G
I
 
I
L
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
T
T
 
L
D
|
D
A
 
T
E
 
D
V
 
S
S
 
P
-
 
D
S
 
S
K
 
G
D
 
R
A
 
Y
I
 
V
Y
 
Y
I
 
I
G
 
G
I
 
T
D
 
D
Q
 
N
T
 
Y
D
 
Q
Y
 
A
G
 
G
R
 
Y
K
 
T
G
 
A
G
 
G
E
 
L
W
 
I
L
 
M
A
 
K
K
 
E
T
 
L
L
 
L
D
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
K
V
 
V
V
 
V
A
 
I
I
 
G
N
 
T
G
 
G
V
 
S
A
 
L
G
 
T
H
 
A
P
 
M
A
x
N
N
 
S
Q
 
L
M
 
Q
R
|
R
V
 
I
D
 
Q
G
 
G
Y
 
F
K
 
K
D
 
D
A
 
A
F
 
I
K
 
K
N
 
D
Y
 
-
P
 
S
D
 
E
I
 
I
K
 
E
I
 
I
I
 
V
N
 
D
E
 
I
V
 
L
N
 
N
A
 
D
N
 
C
W
x
E
D
 
D
Q
 
G
A
 
A