SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_237353339.1 NCBI__GCF_000092045.1:WP_237353339.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 11 hits to proteins with known functional sites (download)

7dqxE Crystal structure of xanthine dehydrogenase family protein
34% identity, 96% coverage: 1:193/201 of query aligns to 94:287/293 of 7dqxE

query
sites
7dqxE
M
 
L
H
 
S
E
 
E
A
 
A
M
 
A
H
 
A
H
 
W
V
x
I
T
x
A
H
 
H
M
 
P
T
 
Q
V
x
I
R
 
R
N
 
N
R
 
R
G
|
G
T
|
T
F
 
I
G
|
G
G
|
G
S
|
S
V
 
L
A
|
A
H
 
H
A
 
A
D
 
D
P
 
A
A
 
A
T
x
A
E
|
E
M
 
L
P
 
P
M
 
V
M
 
V
T
 
L
R
 
L
F
 
A
L
 
L
G
 
D
G
 
A
T
 
Y
V
 
V
I
 
T
A
 
A
S
 
Q
S
 
S
Q
 
L
R
 
Q
G
 
G
R
 
E
R
 
R
E
 
K
I
 
I
P
 
P
A
 
L
A
 
K
D
 
E
F
 
L
F
 
L
V
 
V
G
 
S
S
 
H
L
 
F
V
 
V
N
 
S
S
 
S
L
 
I
E
 
L
P
 
P
D
 
G
E
 
E
F
 
L
V
x
I
I
 
V
R
 
E
V
 
V
E
 
N
L
 
V
D
 
P
A
 
Q
M
 
L
R
 
P
P
 
H
D
 
G
A
 
S
G
 
G
W
 
A
G
 
A
F
 
F
E
 
D
E
 
E
F
 
F
A
 
S
K
 
R
R
 
R
H
 
H
G
 
G
D
 
D
F
x
Y
A
 
A
L
 
I
A
 
G
C
 
G
F
 
-
A
 
A
T
 
A
T
 
S
L
 
L
H
 
V
C
 
T
V
 
L
D
 
D
-
 
E
-
 
Q
G
 
G
R
 
K
A
 
C
S
 
S
D
 
R
V
 
A
R
 
R
V
 
I
G
 
T
M
 
V
M
 
L
G
 
G
V
 
G
G
 
G
E
 
S
T
 
T
P
 
A
L
 
I
R
 
R
L
 
C
E
 
Q
E
 
E
I
 
A
E
 
E
G
 
N
I
 
I
I
 
L
E
 
I
G
 
D
T
 
S
D
 
T
V
 
L
S
 
S
E
 
S
P
 
H
A
 
D
L
 
I
D
 
A
T
 
A
V
 
A
A
 
A
D
 
H
R
 
A
L
 
A
A
 
V
G
 
Q
I
 
G
L
 
L
T
 
D
P
 
P
N
 
V
T
 
P
D
 
T
I
 
V
H
 
H
A
 
G
S
 
S
A
 
A
D
 
Q
Y
 
Y
R
 
R
R
 
A
H
 
Q
L
 
V
S
 
I
G
 
R
V
 
T
L
 
M
A
 
V
K
 
E
R
 
R
A
 
T
R
 
L
R
 
A
A
 
K
A
 
A
W
 
L
S
 
H
R
 
R
A
 
A

Sites not aligning to the query:

1t3qC Crystal structure of quinoline 2-oxidoreductase from pseudomonas putida 86 (see paper)
36% identity, 92% coverage: 1:184/201 of query aligns to 93:274/285 of 1t3qC

query
sites
1t3qC
M
 
L
H
 
P
E
 
K
A
 
V
M
 
L
H
 
A
H
 
H
V
|
V
T
x
A
H
 
H
M
 
Q
T
 
A
V
|
V
R
 
R
N
 
N
R
 
R
G
 
G
T
|
T
F
 
L
G
 
G
G
|
G
S
|
S
V
 
L
A
|
A
H
 
H
A
 
A
D
 
D
P
 
A
A
 
G
T
x
A
E
|
E
M
 
M
P
 
P
M
 
F
M
 
L
T
 
M
R
 
A
F
 
T
L
 
L
G
 
G
G
 
A
T
 
T
V
 
M
I
 
Y
A
 
I
S
 
A
S
 
S
Q
 
S
R
 
A
G
 
G
R
 
V
R
 
R
E
 
S
I
 
V
P
 
S
A
 
A
A
 
T
D
 
D
F
 
F
F
 
M
V
 
K
G
 
G
S
 
H
L
 
Y
V
 
F
N
 
T
S
 
D
L
 
L
E
 
E
P
 
A
D
 
G
E
 
E
F
 
V
V
x
L
I
 
V
R
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
I
D
 
P
A
 
I
M
 
-
R
 
-
P
 
P
D
 
A
A
 
L
G
 
H
W
 
W
G
 
E
F
 
F
E
 
D
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
K
 
R
R
 
R
H
 
K
G
 
G
D
 
D
F
x
Y
A
 
A
L
 
L
A
 
V
C
 
M
F
 
A
A
 
A
T
 
A
T
 
G
L
 
L
H
 
S
C
 
M
V
 
Q
D
 
G
G
 
G
R
 
R
A
 
C
S
 
V
D
 
A
V
 
A
R
 
R
V
 
I
G
 
A
M
 
L
M
 
G
G
 
A
V
 
V
G
 
E
E
 
E
T
 
R
P
 
A
L
 
H
R
 
Q
L
 
A
E
 
I
E
 
R
I
 
A
E
 
N
G
 
D
I
 
F
I
 
L
E
 
V
G
 
G
T
 
K
D
 
V
V
 
I
S
 
D
E
 
E
P
 
S
A
 
T
L
 
A
D
 
A
T
 
T
V
 
A
A
 
A
D
 
E
R
 
L
L
 
A
A
 
T
G
 
E
I
 
G
L
 
L
T
 
E
P
 
P
N
 
R
T
 
S
D
 
D
I
 
I
H
 
H
A
 
G
S
 
S
A
 
R
D
 
D
Y
 
L
R
 
R
R
 
L
H
 
S
L
 
L
S
 
A
G
 
K
V
 
A
L
 
I
A
 
T
K
 
Q
R
 
R

Sites not aligning to the query:

1ffuC Carbon monoxide dehydrogenase from hydrogenophaga pseudoflava which lacks the mo-pyranopterin moiety of the molybdenum cofactor (see paper)
32% identity, 96% coverage: 1:192/201 of query aligns to 94:285/287 of 1ffuC

query
sites
1ffuC
M
 
L
H
 
A
E
 
E
A
 
A
M
 
A
H
 
K
H
 
L
V
x
I
T
x
A
H
 
D
M
 
P
T
 
Q
V
 
V
R
 
R
N
 
N
R
 
R
G
|
G
T
|
T
F
 
I
G
 
G
G
|
G
S
x
D
V
 
I
A
|
A
H
 
H
A
 
G
D
 
D
P
 
P
A
 
G
T
x
N
E
x
D
M
 
H
P
 
P
M
 
A
M
 
L
T
 
S
R
 
I
F
 
A
L
 
V
G
 
E
G
 
A
T
 
H
V
 
F
I
 
V
A
 
L
S
 
E
S
 
G
Q
 
P
R
 
N
G
 
G
R
 
R
R
 
R
E
 
T
I
 
V
P
 
P
A
 
A
A
 
D
D
 
G
F
 
F
F
 
F
V
 
L
G
 
G
S
 
T
L
 
Y
V
 
M
N
 
T
S
 
L
L
|
L
E
 
E
P
 
E
D
 
N
E
 
E
F
x
V
V
x
M
I
 
V
R
 
E
V
 
I
E
 
R
L
 
V
D
 
P
A
 
A
M
 
F
R
 
A
P
 
A
D
 
G
A
 
T
G
 
G
W
 
W
G
 
A
F
 
Y
E
 
E
E
 
K
F
 
L
A
 
K
K
 
R
R
 
K
H
 
T
G
 
G
D
 
D
F
x
W
A
 
A
L
 
T
A
 
A
C
 
G
F
 
C
A
 
A
T
 
V
T
 
V
L
 
M
H
 
R
C
 
K
V
 
S
D
 
G
G
 
G
R
 
T
A
 
V
S
 
S
D
 
H
V
 
I
R
 
R
V
 
I
G
 
A
M
 
L
M
 
T
G
 
N
V
 
V
G
 
A
E
 
P
T
 
T
P
 
A
L
 
L
R
 
R
L
 
A
E
 
E
E
 
A
I
 
A
E
 
E
G
 
A
I
 
A
I
 
L
E
 
L
G
 
G
T
 
K
D
 
A
V
 
F
S
 
T
E
 
K
P
 
E
A
 
A
L
 
V
D
 
Q
T
 
A
V
 
A
A
 
A
D
 
D
R
 
A
L
 
A
A
 
I
G
 
A
I
 
I
L
 
C
T
 
E
P
 
P
N
 
A
T
 
E
D
 
D
I
 
L
H
 
R
A
 
G
S
 
D
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
R
 
K
R
 
T
H
 
A
L
 
M
S
 
A
G
 
G
V
 
Q
L
 
M
A
 
V
K
 
K
R
 
R
A
 
A
R
 
L
R
 
N
A
 
A
A
 
A
W
 
W
S
 
A
R
 
R

Sites not aligning to the query:

P19920 Carbon monoxide dehydrogenase medium chain; CO dehydrogenase subunit M; CO-DH M; EC 1.2.5.3 from Afipia carboxidovorans (strain ATCC 49405 / DSM 1227 / KCTC 32145 / OM5) (Oligotropha carboxidovorans) (see 2 papers)
30% identity, 91% coverage: 13:195/201 of query aligns to 106:288/288 of P19920

query
sites
P19920
V
 
I
R
 
R
N
 
Y
R
 
M
G
 
G
T
|
T
F
x
I
G
|
G
G
|
G
S
x
N
V
 
A
A
 
A
H
 
N
A
 
G
D
 
D
P
 
P
A
 
G
T
 
N
E
 
D
M
 
M
P
 
P
M
 
A
M
 
L
T
 
M
R
 
Q
F
 
C
L
 
L
G
 
G
G
 
A
T
 
A
V
 
Y
I
 
E
A
 
L
S
 
T
S
 
G
Q
 
P
R
 
E
G
 
G
R
 
A
R
 
R
E
 
I
I
 
V
P
 
A
A
 
A
A
 
R
D
 
D
F
 
Y
F
 
Y
V
 
Q
G
 
G
S
 
A
L
 
Y
V
 
F
N
 
T
S
 
A
L
 
I
E
 
E
P
 
P
D
 
G
E
 
E
F
 
L
V
 
L
I
 
T
R
 
A
V
 
I
E
 
R
L
 
I
D
 
P
A
 
V
M
 
P
R
 
P
P
 
T
D
 
G
A
 
H
G
 
G
W
 
Y
G
 
A
F
 
Y
E
 
E
E
 
K
F
 
L
A
 
K
K
 
R
R
 
K
H
 
I
G
 
G
D
 
D
F
 
Y
A
 
A
L
 
T
A
 
A
C
 
A
F
 
A
A
 
A
T
 
V
T
 
V
L
 
L
H
 
T
C
 
M
V
 
S
D
 
G
G
 
G
R
 
K
A
 
C
S
 
V
D
 
T
V
 
A
R
 
S
V
 
I
G
 
G
M
 
L
M
 
T
G
 
N
V
 
V
G
 
A
E
 
N
T
 
T
P
 
P
L
 
L
R
 
W
L
 
A
E
 
E
E
 
E
I
 
A
E
 
G
G
 
K
I
 
V
I
 
L
E
 
V
G
 
G
T
 
T
D
 
A
V
 
L
S
 
D
E
 
K
P
 
P
A
 
A
L
 
L
D
 
D
T
 
K
V
 
A
A
 
V
D
 
A
R
 
L
L
 
A
A
 
E
G
 
A
I
 
I
L
 
T
T
 
A
P
 
P
N
 
A
T
 
S
D
 
D
I
 
G
H
 
R
A
 
G
S
 
P
A
 
A
D
 
E
Y
 
Y
R
 
R
R
 
T
H
 
K
L
 
M
S
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
M
A
 
L
K
 
R
R
 
R
A
 
A
R
 
V
R
 
E
A
 
R
A
 
A
W
 
K
S
 
A
R
 
R
A
 
A
N
 
K
H
 
N

Sites not aligning to the query:

1n5wC Crystal structure of the cu,mo-co dehydrogenase (codh); oxidized form (see paper)
30% identity, 91% coverage: 13:194/201 of query aligns to 106:287/287 of 1n5wC

query
sites
1n5wC
V
 
I
R
 
R
N
 
Y
R
 
M
G
 
G
T
 
T
F
 
I
G
 
G
G
 
G
S
x
N
V
 
A
A
 
A
H
 
N
A
 
G
D
 
D
P
 
P
A
 
G
T
x
N
E
x
D
M
 
M
P
 
P
M
 
A
M
 
L
T
 
M
R
 
Q
F
 
C
L
 
L
G
 
G
G
 
A
T
 
A
V
 
Y
I
 
E
A
 
L
S
 
T
S
 
G
Q
 
P
R
 
E
G
 
G
R
 
A
R
 
R
E
 
I
I
 
V
P
 
A
A
 
A
A
 
R
D
 
D
F
 
Y
F
 
Y
V
 
Q
G
 
G
S
 
A
L
 
Y
V
 
F
N
 
T
S
 
A
L
 
I
E
 
E
P
 
P
D
 
G
E
 
E
F
 
L
V
 
L
I
 
T
R
 
A
V
 
I
E
 
R
L
 
I
D
 
P
A
 
V
M
 
P
R
 
P
P
 
T
D
 
G
A
 
H
G
 
G
W
 
Y
G
 
A
F
 
Y
E
 
E
E
 
K
F
 
L
A
 
K
K
 
R
R
 
K
H
 
I
G
 
G
D
 
D
F
x
Y
A
 
A
L
 
T
A
 
A
C
 
A
F
 
A
A
 
A
T
 
V
T
 
V
L
 
L
H
 
T
C
 
M
V
 
S
D
 
G
G
 
G
R
 
K
A
 
C
S
 
V
D
 
T
V
 
A
R
 
S
V
 
I
G
 
G
M
 
L
M
 
T
G
 
N
V
 
V
G
 
A
E
 
N
T
 
T
P
 
P
L
 
L
R
 
W
L
 
A
E
 
E
E
 
E
I
 
A
E
 
G
G
 
K
I
 
V
I
 
L
E
 
V
G
 
G
T
 
T
D
 
A
V
 
L
S
 
D
E
 
K
P
 
P
A
 
A
L
 
L
D
 
D
T
 
K
V
 
A
A
 
V
D
 
A
R
 
L
L
 
A
A
 
E
G
 
A
I
 
I
L
 
T
T
 
A
P
 
P
N
 
A
T
 
S
D
 
D
I
 
G
H
 
R
A
 
G
S
 
P
A
 
A
D
 
E
Y
 
Y
R
 
R
R
 
T
H
 
K
L
 
M
S
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
M
A
 
L
K
 
R
R
 
R
A
 
A
R
 
V
R
 
E
A
 
R
A
 
A
W
 
K
S
 
A
R
 
R
A
 
A
N
 
K

Sites not aligning to the query:

8uemB The cryoem structure of the high affinity carbon monoxide dehydrogenase from mycobacterium smegmatis (see paper)
30% identity, 90% coverage: 12:192/201 of query aligns to 107:286/289 of 8uemB

query
sites
8uemB
T
 
V
V
 
V
R
 
R
N
 
N
R
 
R
G
|
G
T
|
T
F
 
L
G
 
G
G
|
G
S
|
S
V
 
L
A
x
C
H
 
Q
A
 
A
D
 
D
P
 
P
A
 
A
T
x
E
E
x
D
M
 
L
P
 
T
M
 
T
M
 
V
T
 
C
R
 
T
F
 
I
L
 
L
G
 
G
G
 
A
T
 
V
V
 
C
I
 
L
A
 
A
S
 
R
S
 
G
Q
 
P
R
 
G
G
 
G
R
 
E
R
 
R
E
 
E
I
 
I
P
 
G
A
 
I
A
 
D
D
 
D
F
 
F
F
 
L
V
 
V
G
 
G
S
 
P
L
 
Y
V
 
E
N
 
T
S
 
A
L
 
L
E
 
A
P
 
H
D
 
N
E
 
E
F
x
M
V
x
L
I
 
V
R
 
E
V
 
V
E
 
R
L
 
I
D
 
-
A
 
P
M
 
V
R
 
R
P
 
H
D
 
R
A
 
T
G
 
S
W
 
S
G
 
A
F
 
Y
E
 
A
E
x
K
F
 
V
A
 
E
K
 
R
R
 
R
H
 
V
G
|
G
D
 
D
F
x
W
A
 
A
L
 
V
A
 
T
C
 
A
F
 
A
A
 
G
T
 
A
T
 
Q
L
 
V
H
 
T
C
 
L
V
 
D
D
 
G
G
 
D
R
 
S
A
 
I
S
 
V
D
 
A
V
 
A
R
 
R
V
 
V
G
 
G
M
 
L
M
 
T
G
 
A
V
 
V
G
 
N
E
 
P
T
 
D
P
 
P
L
 
D
R
 
A
L
 
L
E
 
R
E
 
A
I
 
L
E
 
A
G
 
D
I
 
D
I
 
L
E
 
I
G
 
G
T
 
K
D
 
P
V
 
A
S
 
T
E
 
E
P
 
E
A
 
T
L
 
F
D
 
A
T
 
A
V
 
A
A
 
G
D
 
E
R
 
L
L
 
A
A
 
V
G
 
Q
I
 
A
L
 
C
T
 
E
P
 
P
N
 
V
T
 
T
D
 
D
I
 
T
H
 
R
A
 
G
S
 
S
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
R
 
K
R
 
R
H
 
H
L
 
L
S
 
A
G
 
R
V
 
E
L
 
L
A
 
T
K
 
I
R
 
R
A
 
T
R
 
M
R
 
R
A
 
T
A
 
A
W
 
V
S
 
E
R
 
R

Sites not aligning to the query:

4zohB Crystal structure of glyceraldehyde oxidoreductase (see paper)
26% identity, 92% coverage: 1:185/201 of query aligns to 88:268/274 of 4zohB

query
sites
4zohB
M
 
L
H
 
S
E
 
E
A
 
T
M
 
A
H
 
S
H
 
N
V
x
I
T
x
G
H
 
D
M
 
P
T
 
Q
V
|
V
R
 
R
N
 
N
R
 
M
G
 
G
T
|
T
F
 
I
G
 
G
G
|
G
S
|
S
V
 
I
A
x
S
H
 
H
A
 
L
D
 
D
P
 
P
A
 
S
T
x
A
E
x
D
M
 
Y
P
 
P
M
 
A
M
 
A
T
 
L
R
 
I
F
 
A
L
 
M
G
 
D
G
 
A
T
 
K
V
 
V
I
 
K
A
 
I
S
 
T
S
 
S
Q
 
R
R
 
K
G
 
G
R
 
D
R
 
R
E
 
V
I
 
V
P
 
N
A
 
F
A
 
K
D
 
S
F
 
F
F
 
A
V
 
K
G
 
D
S
 
M
L
 
F
V
 
T
N
 
P
S
 
D
L
 
L
E
 
N
P
 
P
D
 
G
E
 
E
F
x
L
V
|
V
I
 
T
R
 
E
V
 
I
E
 
Q
L
 
V
D
 
P
A
 
T
M
 
F
R
 
E
P
 
-
D
 
G
A
 
Y
G
 
K
W
 
F
G
 
S
F
 
Y
E
 
Q
E
 
K
F
 
L
A
 
E
K
 
R
R
 
R
H
 
A
G
 
G
D
|
D
F
|
F
A
 
A
L
 
I
A
 
V
C
 
G
F
 
V
A
 
A
T
 
L
T
 
L
L
 
L
H
 
K
C
 
L
V
 
S
D
 
G
G
 
D
R
 
V
A
 
I
S
 
E
D
 
D
V
 
V
R
 
R
V
 
I
G
 
G
M
 
L
M
 
T
G
 
A
V
 
V
G
 
N
E
 
N
T
 
V
P
 
A
L
 
V
R
 
R
L
 
A
E
 
K
E
 
G
I
 
A
E
 
E
G
 
E
I
 
E
I
 
L
E
 
L
G
 
G
T
 
K
D
 
R
V
 
L
S
 
N
E
 
D
P
 
E
A
 
I
L
 
I
D
 
E
T
 
K
V
 
A
A
 
A
D
 
T
R
 
R
L
 
A
A
 
M
G
 
E
I
 
S
L
 
A
T
 
N
P
 
P
N
 
T
T
 
S
D
 
-
I
 
-
H
 
-
A
 
G
S
 
S
A
 
A
D
 
E
Y
|
Y
R
 
K
R
 
K
H
 
K
L
 
M
S
 
V
G
 
K
V
 
V
L
 
L
A
 
T
K
 
K
R
 
R
A
 
A

Sites not aligning to the query:

2w54A Crystal structure of xanthine dehydrogenase from rhodobacter capsulatus in complex with bound inhibitor pterin-6-aldehyde (see paper)
28% identity, 87% coverage: 13:187/201 of query aligns to 263:436/450 of 2w54A

query
sites
2w54A
V
 
V
R
 
R
N
 
Q
R
 
V
G
x
A
T
|
T
F
 
I
G
 
G
G
|
G
S
x
N
V
 
I
A
|
A
H
x
N
A
 
G
D
 
S
P
 
P
A
 
I
T
x
G
E
x
D
M
 
G
P
 
P
M
 
P
M
 
A
T
 
L
R
 
I
F
 
A
L
 
M
G
 
G
G
 
A
T
 
S
V
 
L
I
 
T
A
 
L
S
 
R
S
 
R
Q
 
G
R
 
Q
G
 
E
R
 
R
R
 
R
E
 
R
I
 
M
P
 
P
A
 
L
A
 
E
D
 
D
F
 
F
F
 
F
V
 
L
G
 
E
S
 
Y
L
 
R
V
 
K
N
 
Q
S
 
D
L
x
R
E
 
R
P
 
P
D
 
G
E
 
E
F
 
F
V
|
V
I
 
E
R
 
S
V
 
V
E
 
T
L
 
L
D
 
P
A
 
K
M
 
S
R
 
A
P
 
P
D
 
-
A
 
-
G
 
G
W
 
L
G
 
R
F
 
C
E
 
Y
E
 
K
F
 
L
A
 
S
K
 
K
R
 
R
H
 
F
G
 
D
-
x
Q
D
 
D
F
 
I
A
 
S
L
 
A
A
 
V
C
 
C
F
 
G
A
 
C
T
 
L
T
 
N
L
 
L
H
 
T
C
 
L
V
 
K
D
 
G
G
 
S
R
 
K
A
 
I
S
 
E
D
 
T
V
 
A
R
 
R
V
 
I
G
 
A
M
 
F
M
 
G
G
 
G
V
 
M
G
 
A
E
 
G
T
 
V
P
 
P
L
 
K
R
 
R
L
 
A
E
 
A
E
 
A
I
 
F
E
 
E
G
 
A
I
 
A
I
 
L
E
 
I
G
 
G
T
 
Q
D
 
D
V
 
F
S
 
R
E
 
E
P
 
D
A
 
T
L
 
I
D
 
A
T
 
A
V
 
A
A
 
L
D
 
P
R
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
Q
I
 
D
L
 
F
T
 
T
P
 
P
N
 
L
T
 
S
D
 
D
I
 
M
H
 
R
A
 
A
S
 
S
A
 
A
D
 
A
Y
 
Y
R
 
R
R
 
M
H
 
N
L
 
A
S
 
A
G
 
Q
V
 
A
L
 
M
A
 
A
K
 
L
R
 
R
A
 
Y
R
 
V
R
 
R

Sites not aligning to the query:

1jroA Crystal structure of xanthine dehydrogenase from rhodobacter capsulatus (see paper)
28% identity, 87% coverage: 13:187/201 of query aligns to 263:436/450 of 1jroA

query
sites
1jroA
V
 
V
R
 
R
N
 
Q
R
 
V
G
 
A
T
|
T
F
 
I
G
 
G
G
|
G
S
x
N
V
 
I
A
|
A
H
 
N
A
 
G
D
 
S
P
 
P
A
 
I
T
x
G
E
x
D
M
 
G
P
 
P
M
 
P
M
 
A
T
 
L
R
 
I
F
 
A
L
 
M
G
 
G
G
 
A
T
 
S
V
 
L
I
 
T
A
 
L
S
 
R
S
 
R
Q
 
G
R
 
Q
G
 
E
R
 
R
R
 
R
E
 
R
I
 
M
P
 
P
A
 
L
A
 
E
D
 
D
F
 
F
F
 
F
V
 
L
G
 
E
S
 
Y
L
 
R
V
 
K
N
 
Q
S
 
D
L
x
R
E
 
R
P
 
P
D
 
G
E
 
E
F
 
F
V
|
V
I
 
E
R
 
S
V
 
V
E
 
T
L
 
L
D
 
P
A
 
K
M
 
S
R
 
A
P
 
P
D
 
-
A
 
-
G
 
G
W
 
L
G
 
R
F
 
C
E
 
Y
E
 
K
F
 
L
A
 
S
K
 
K
R
 
R
H
 
F
G
 
D
-
 
Q
D
 
D
F
 
I
A
 
S
L
 
A
A
 
V
C
 
C
F
 
G
A
 
C
T
 
L
T
 
N
L
 
L
H
 
T
C
 
L
V
 
K
D
 
G
G
 
S
R
 
K
A
 
I
S
 
E
D
 
T
V
 
A
R
 
R
V
 
I
G
 
A
M
 
F
M
 
G
G
 
G
V
 
M
G
 
A
E
 
G
T
 
V
P
 
P
L
 
K
R
 
R
L
 
A
E
 
A
E
 
A
I
 
F
E
 
E
G
 
A
I
 
A
I
 
L
E
 
I
G
 
G
T
 
Q
D
 
D
V
 
F
S
 
R
E
 
E
P
 
D
A
 
T
L
 
I
D
 
A
T
 
A
V
 
A
A
 
L
D
 
P
R
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
Q
I
 
D
L
 
F
T
 
T
P
 
P
N
 
L
T
 
S
D
 
D
I
 
M
H
 
R
A
 
A
S
 
S
A
 
A
D
 
A
Y
 
Y
R
 
R
R
 
M
H
 
N
L
 
A
S
 
A
G
 
Q
V
 
A
L
 
M
A
 
A
K
 
L
R
 
R
A
 
Y
R
 
V
R
 
R

Sites not aligning to the query:

3hrdG Crystal structure of nicotinate dehydrogenase (see paper)
29% identity, 73% coverage: 1:146/201 of query aligns to 93:243/292 of 3hrdG

query
sites
3hrdG
M
 
L
H
 
Y
E
 
K
A
 
A
M
 
A
H
 
S
H
 
Q
V
|
V
T
x
G
H
 
S
M
 
P
T
 
Q
V
x
I
R
 
R
N
 
N
R
 
L
G
 
G
T
|
T
F
 
I
G
 
G
G
|
G
S
x
N
V
 
L
A
x
S
H
x
T
A
 
S
D
 
S
P
 
V
A
 
A
T
x
G
E
x
D
M
 
G
P
 
V
M
 
S
M
 
A
T
 
M
R
 
T
F
 
T
L
 
L
G
 
D
G
 
A
T
 
T
V
 
V
I
 
V
A
 
L
S
 
E
S
 
S
Q
 
V
R
 
R
G
 
G
R
 
T
R
 
R
E
 
Q
I
 
M
P
 
K
A
 
L
A
 
T
D
 
D
F
 
F
F
 
F
V
 
D
G
 
G
S
 
E
L
 
G
V
 
F
-
 
K
-
 
R
-
 
R
N
 
N
S
 
A
L
 
L
E
 
E
P
 
A
D
 
D
E
 
E
F
x
I
V
x
M
I
 
T
R
 
E
V
 
V
E
 
I
L
 
I
D
 
D
A
 
-
M
 
-
R
 
R
P
 
P
D
 
D
A
 
A
-
 
H
-
 
S
G
 
A
W
 
S
G
 
A
F
 
F
E
 
Y
E
 
K
F
 
L
A
 
A
K
 
K
R
 
R
H
 
K
G
 
S
D
 
-
F
 
L
A
 
A
L
 
I
A
 
S
C
 
V
F
 
I
A
 
G
T
 
G
T
 
G
L
 
M
H
 
A
C
 
V
-
 
K
V
 
V
D
 
D
G
 
D
R
 
A
A
 
G
S
 
V
D
 
C
V
 
T
R
 
W
V
 
A
G
 
S
M
 
M
M
 
R
G
 
G
-
 
G
-
 
C
V
 
I
G
 
G
E
 
R
T
 
Y
P
 
P
L
 
L
R
 
H
L
 
F
E
 
K
E
 
Q
I
 
A
E
 
E
G
 
E
I
 
M
I
 
L
E
 
V
G
 
G
T
 
A
D
 
P
V
 
L
S
 
T

Sites not aligning to the query:

Q0QLF4 Nicotinate dehydrogenase FAD-subunit; NDH; Nicotinic acid hydroxylase FAD-subunit; NAH; EC 1.17.1.5 from Eubacterium barkeri (Clostridium barkeri) (see paper)
29% identity, 73% coverage: 1:146/201 of query aligns to 93:243/296 of Q0QLF4

query
sites
Q0QLF4
M
 
L
H
 
Y
E
 
K
A
 
A
M
 
A
H
 
S
H
 
Q
V
 
V
T
x
G
H
 
S
M
 
P
T
 
Q
V
 
I
R
 
R
N
 
N
R
 
L
G
 
G
T
|
T
F
x
I
G
|
G
G
|
G
S
x
N
V
 
L
A
 
S
H
 
T
A
 
S
D
 
S
P
 
V
A
 
A
T
 
G
E
x
D
M
 
G
P
 
V
M
 
S
M
 
A
T
 
M
R
 
T
F
 
T
L
 
L
G
 
D
G
 
A
T
 
T
V
 
V
I
 
V
A
 
L
S
 
E
S
 
S
Q
 
V
R
 
R
G
 
G
R
 
T
R
 
R
E
 
Q
I
 
M
P
 
K
A
 
L
A
 
T
D
 
D
F
 
F
F
 
F
V
 
D
G
 
G
S
 
E
L
 
G
V
 
F
-
 
K
-
 
R
-
x
R
N
 
N
S
 
A
L
 
L
E
 
E
P
 
A
D
 
D
E
 
E
F
 
I
V
x
M
I
 
T
R
 
E
V
 
V
E
 
I
L
 
I
D
 
D
A
 
-
M
 
-
R
 
R
P
 
P
D
 
D
A
 
A
-
 
H
-
 
S
G
 
A
W
 
S
G
 
A
F
 
F
E
 
Y
E
x
K
F
 
L
A
 
A
K
 
K
R
 
R
H
 
K
G
 
S
D
 
-
F
 
L
A
 
A
L
 
I
A
 
S
C
 
V
F
 
I
A
 
G
T
 
G
T
 
G
L
 
M
H
 
A
C
 
V
-
 
K
V
 
V
D
 
D
G
 
D
R
 
A
A
 
G
S
 
V
D
 
C
V
 
T
R
 
W
V
 
A
G
 
S
M
 
M
M
 
R
G
 
G
-
 
G
-
 
C
V
 
I
G
 
G
E
 
R
T
 
Y
P
 
P
L
 
L
R
 
H
L
 
F
E
 
K
E
 
Q
I
 
A
E
 
E
G
 
E
I
 
M
I
 
L
E
 
V
G
 
G
T
 
A
D
 
P
V
 
L
S
 
T

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_237353339.1 NCBI__GCF_000092045.1:WP_237353339.1
MHEAMHHVTHMTVRNRGTFGGSVAHADPATEMPMMTRFLGGTVIASSQRGRREIPAADFF
VGSLVNSLEPDEFVIRVELDAMRPDAGWGFEEFAKRHGDFALACFATTLHCVDGRASDVR
VGMMGVGETPLRLEEIEGIIEGTDVSEPALDTVADRLAGILTPNTDIHASADYRRHLSGV
LAKRARRAAWSRANHERLQAR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory