SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing YP_002827150.1 NCBI__GCF_000018545.1:YP_002827150.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P0A6L4 N-acetylneuraminate lyase; AcNeu lyase; NAL; Neu5Ac lyase; N-acetylneuraminate pyruvate-lyase; N-acetylneuraminic acid aldolase; NALase; Sialate lyase; Sialic acid aldolase; Sialic acid lyase; EC 4.1.3.3 from Escherichia coli (strain K12) (see 5 papers)
31% identity, 79% coverage: 1:236/300 of query aligns to 1:235/297 of P0A6L4

query
sites
P0A6L4
M
|
M
A
 
A
H
 
T
D
 
N
L
 
L
R
 
R
S
 
-
A
 
-
L
 
-
T
 
-
G
 
G
I
 
V
S
 
M
G
 
A
I
 
A
L
 
L
V
 
L
T
 
T
P
 
P
Y
 
F
D
 
D
A
 
Q
K
 
Q
G
 
Q
E
 
A
I
 
L
D
 
D
P
 
K
A
 
A
R
 
S
Q
 
L
K
 
R
A
 
R
I
 
L
V
 
V
D
 
Q
K
 
F
A
 
N
I
 
I
A
 
Q
A
 
Q
G
 
G
V
 
I
Q
 
D
I
 
G
L
 
L
V
 
Y
A
 
V
N
 
G
G
 
G
N
x
S
T
|
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
Y
 
F
A
 
V
L
 
Q
T
 
S
I
 
L
E
 
S
E
 
E
A
 
R
E
 
E
I
 
Q
M
 
V
V
 
L
R
 
E
A
 
I
A
 
V
A
 
A
E
 
E
H
 
E
V
 
A
A
 
K
G
 
G
R
 
K
V
 
I
P
 
K
L
 
L
L
 
I
A
 
A
G
 
H
V
 
V
G
 
G
-
 
C
R
 
V
G
 
S
V
 
T
R
 
A
D
 
E
A
 
S
C
 
Q
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
R
 
A
N
 
S
S
 
A
R
 
K
A
 
R
A
 
Y
G
 
G
A
 
F
A
 
D
A
 
A
L
 
V
M
 
S
I
 
A
H
 
V
Q
 
T
P
 
P
-
 
F
P
x
Y
D
 
Y
P
 
P
F
 
F
S
 
S
A
 
F
P
 
E
R
 
E
G
 
H
L
 
-
V
 
C
D
 
D
Y
 
H
V
 
Y
K
 
R
A
 
A
V
 
I
S
 
I
D
 
D
A
 
S
A
 
A
E
 
D
G
 
G
L
 
L
P
 
P
T
 
M
V
 
V
L
 
V
Y
|
Y
-
 
N
-
 
I
-
 
P
-
 
A
L
|
L
R
 
S
N
 
G
D
 
V
A
 
K
I
 
L
G
 
T
I
 
L
K
 
D
A
 
Q
I
 
I
R
 
N
E
 
T
L
 
L
C
 
V
E
 
T
L
 
L
P
 
P
S
 
G
V
 
V
I
 
G
G
 
A
V
 
L
K
|
K
W
 
-
A
 
Q
T
|
T
P
 
S
N
 
G
P
 
D
L
 
L
K
 
Y
L
 
Q
A
 
M
E
 
E
A
 
Q
I
 
I
G
 
R
A
 
R
T
 
E
D
 
H
P
 
P
G
 
D
I
 
L
V
 
V
W
 
L
V
 
Y
G
 
N
G
|
G
L
 
Y
A
x
D
E
|
E
V
 
I
W
 
F
A
 
A
P
 
S
A
 
G
F
 
L
Y
 
L
A
 
A
V
 
-
G
 
G
A
 
A
R
 
D
G
 
G
F
 
G
T
 
I
S
 
G
G
x
S
L
 
T
I
 
Y
N
 
N
V
 
I
W
 
M
P
 
G
Q
 
W
R
 
R
S
 
Y
V
 
Q
A
 
G
I
 
I
H
 
V
A
 
K
A
 
A
L
 
L
E
 
K
E
 
E
G
 
G
D
 
D
Y
 
I
R
 
Q
E
 
T
A
 
A
N
 
Q
R
 
K
L
 
L

Sites not aligning to the query:

3lbcD D-sialic acid aldolase complexed with l-arabinose
31% identity, 79% coverage: 1:236/300 of query aligns to 1:235/296 of 3lbcD

query
sites
3lbcD
M
 
M
A
 
A
H
 
T
D
 
N
L
 
L
R
 
R
S
 
-
A
 
-
L
 
-
T
 
-
G
 
G
I
 
V
S
 
M
G
 
A
I
 
A
L
 
L
V
 
L
T
 
T
P
 
P
Y
 
F
D
 
D
A
 
Q
K
 
Q
G
 
Q
E
 
A
I
 
L
D
 
D
P
 
K
A
 
A
R
 
S
Q
 
L
K
 
R
A
 
R
I
 
L
V
 
V
D
 
Q
K
 
F
A
 
N
I
 
I
A
 
Q
A
 
Q
G
 
G
V
 
I
Q
 
D
I
 
G
L
 
L
V
 
Y
A
 
V
N
 
G
G
 
G
N
x
S
T
 
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
Y
 
F
A
 
V
L
 
Q
T
 
S
I
 
L
E
 
S
E
 
E
A
 
R
E
 
E
I
 
Q
M
 
V
V
 
L
R
 
E
A
 
I
A
 
V
A
 
A
E
 
E
H
 
E
V
 
A
A
 
K
G
 
G
R
 
K
V
 
I
P
 
K
L
 
L
L
 
I
A
 
A
G
 
H
V
 
V
G
 
G
-
 
C
R
 
V
G
 
S
V
 
T
R
 
A
D
 
E
A
 
S
C
 
Q
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
R
 
A
N
 
S
S
 
A
R
 
K
A
 
R
A
 
Y
G
 
G
A
 
F
A
 
D
A
 
A
L
 
V
M
 
S
I
 
A
H
 
V
Q
 
T
P
 
P
-
 
F
P
x
Y
D
 
Y
P
 
P
F
 
F
S
 
S
A
 
F
P
 
E
R
 
E
G
 
H
L
 
-
V
 
C
D
 
D
Y
 
H
V
 
Y
K
 
R
A
 
A
V
 
I
S
 
I
D
 
D
A
 
S
A
 
A
E
 
D
G
 
G
L
 
L
P
 
P
T
 
M
V
 
V
L
 
V
Y
|
Y
-
 
N
-
 
I
-
 
P
-
 
A
L
|
L
R
 
S
N
 
G
D
 
V
A
 
K
I
 
L
G
 
T
I
 
L
K
 
D
A
 
Q
I
 
I
R
 
N
E
 
T
L
 
L
C
 
V
E
 
T
L
 
L
P
 
P
S
 
G
V
 
V
I
 
G
G
 
A
V
 
L
K
|
K
W
 
-
A
 
Q
T
 
T
P
 
S
N
 
G
P
x
D
L
 
L
K
x
Y
L
 
Q
A
 
M
E
 
E
A
 
Q
I
 
I
G
 
R
A
 
R
T
 
E
D
 
H
P
 
P
G
 
D
I
 
L
V
 
V
W
 
L
V
 
Y
G
 
N
G
 
G
L
 
Y
A
 
D
E
 
E
V
 
I
W
 
F
A
 
A
P
 
S
A
 
G
F
 
L
Y
 
L
A
 
A
V
 
-
G
 
G
A
 
A
R
 
D
G
 
G
F
 
G
T
x
I
S
 
G
G
 
S
L
 
T
I
 
Y
N
 
N
V
 
I
W
 
M
P
 
G
Q
 
W
R
 
R
S
 
Y
V
 
Q
A
 
G
I
 
I
H
 
V
A
 
K
A
 
A
L
 
L
E
 
K
E
 
E
G
 
G
D
 
D
Y
 
I
R
 
Q
E
 
T
A
 
A
N
 
Q
R
 
K
L
 
L

8u8wA Crystal structure of n-acetylneuraminate lyase (nana) from klebsiella aerogenes (pyruvate and halides bound)
31% identity, 77% coverage: 7:236/300 of query aligns to 4:236/297 of 8u8wA

query
sites
8u8wA
S
 
S
A
 
H
L
 
L
T
 
R
G
 
G
I
 
V
S
 
M
G
 
P
I
x
A
L
 
L
V
 
L
T
 
T
P
 
P
Y
 
F
D
 
D
A
 
A
K
 
Q
G
 
Q
E
 
N
I
 
I
D
 
D
P
 
R
A
 
A
R
 
S
Q
 
L
K
 
R
A
 
R
I
 
L
V
 
V
D
 
R
K
 
F
A
 
N
I
 
I
A
 
E
A
 
Q
G
 
G
V
 
V
Q
 
D
I
 
G
L
 
V
V
 
Y
A
 
V
N
 
G
G
|
G
N
x
S
T
|
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
Y
 
F
A
 
V
L
 
Q
T
 
S
I
 
L
E
 
S
E
 
E
A
 
R
E
 
E
I
 
E
M
 
V
V
 
L
R
 
E
A
 
I
A
 
V
A
 
A
E
 
E
H
 
E
V
 
A
A
 
K
G
 
G
R
 
K
V
 
I
P
 
T
L
 
L
L
 
I
A
 
A
G
 
H
V
 
V
G
 
G
-
 
C
R
 
V
G
 
S
V
 
T
R
 
A
D
 
E
A
 
S
C
 
Q
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
R
 
A
N
 
A
S
 
A
R
 
K
A
 
R
A
 
Y
G
 
G
A
 
F
A
 
D
A
 
A
L
 
V
M
 
-
I
 
-
H
 
-
Q
 
S
P
 
A
P
 
V
D
 
T
P
 
P
F
 
F
S
 
Y
A
 
Y
P
 
P
R
 
F
G
 
S
L
 
F
-
 
E
-
 
E
-
 
H
V
 
C
D
 
D
Y
 
H
V
 
Y
K
 
R
A
 
A
V
 
I
S
 
I
D
 
D
A
 
S
A
 
A
E
 
D
G
 
G
L
 
I
P
 
P
T
 
M
V
 
V
L
 
V
Y
|
Y
-
 
N
-
 
I
-
 
P
-
 
A
L
 
L
R
 
S
N
 
G
D
 
V
A
 
K
I
 
L
G
 
T
I
 
L
K
 
E
A
 
Q
I
 
I
R
 
N
E
 
Q
L
 
L
C
 
V
E
 
T
L
 
L
P
 
P
S
 
G
V
 
V
I
 
G
G
 
A
V
 
L
K
|
K
W
 
Q
A
 
-
T
 
T
P
 
S
N
 
G
P
 
D
L
 
L
K
 
Y
L
 
Q
A
 
M
E
 
E
A
 
Q
I
 
I
G
 
R
A
 
R
T
 
A
D
 
H
P
 
P
G
 
E
I
 
L
V
 
V
W
 
L
V
 
Y
G
 
N
G
 
G
L
 
Y
A
 
D
E
 
E
V
 
I
W
 
F
A
 
A
P
 
S
A
 
G
F
 
L
Y
 
L
A
 
A
V
 
-
G
 
G
A
 
A
R
 
D
G
 
G
F
 
G
T
 
I
S
 
G
G
 
S
L
 
T
I
 
Y
N
 
N
V
 
I
W
 
M
P
 
A
Q
 
W
R
 
R
S
 
Y
V
 
L
A
 
G
I
 
I
H
 
V
A
 
Q
A
 
A
L
 
L
E
 
K
E
 
E
G
 
G
D
 
D
Y
 
T
R
 
A
E
 
K
A
 
A
N
 
Q
R
 
Q
L
 
L

5hwnB Crystal structure of keto-deoxy-d-galactarate dehydratase complexed with pyruvate (see paper)
28% identity, 91% coverage: 5:276/300 of query aligns to 6:280/310 of 5hwnB

query
sites
5hwnB
L
 
I
R
 
K
S
 
T
A
 
A
L
 
L
-
 
G
T
 
S
G
 
G
I
 
L
S
 
L
G
 
S
I
x
F
L
 
P
V
 
V
T
 
T
P
 
H
Y
 
F
D
 
D
A
 
A
K
 
E
G
 
G
E
 
R
I
 
F
D
 
A
P
 
A
A
 
D
R
 
S
Q
 
Y
K
 
R
A
 
E
I
 
H
V
 
V
D
 
E
K
 
W
A
 
L
I
 
A
A
 
G
A
 
Y
G
 
K
V
 
A
Q
 
P
I
 
V
L
 
L
V
 
F
A
 
A
N
 
A
G
 
G
N
x
G
T
|
T
G
 
G
E
 
E
F
 
F
Y
 
F
A
 
S
L
 
L
T
 
K
I
 
P
E
 
D
E
 
E
A
 
I
E
 
P
I
 
T
M
 
I
V
 
V
R
 
-
A
 
A
A
 
A
A
 
A
E
 
K
H
 
E
V
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
E
V
 
T
P
 
A
L
 
I
L
 
V
A
 
S
G
 
G
V
 
C
G
 
G
R
 
Y
G
 
G
V
 
T
R
 
E
D
 
I
A
 
A
C
 
V
R
 
D
L
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
S
S
 
V
R
 
E
A
 
K
A
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
D
A
 
G
L
 
I
M
 
L
I
 
L
H
 
-
Q
 
L
P
 
P
P
 
H
D
 
Y
P
x
L
F
 
I
S
 
D
A
 
A
P
 
P
R
 
Q
-
 
E
G
 
G
L
 
L
V
 
Y
D
 
A
Y
 
H
V
 
I
K
 
K
A
 
K
V
 
V
S
 
C
D
 
Q
A
 
S
A
 
V
E
 
-
G
 
G
L
 
I
P
 
G
T
 
V
V
 
M
L
 
V
Y
|
Y
L
 
N
R
 
R
-
 
D
N
 
N
D
 
S
A
 
V
I
 
L
G
 
Q
I
 
A
K
 
D
A
 
T
I
 
L
R
 
A
E
 
R
L
 
L
C
 
C
-
 
D
E
 
E
L
 
C
P
 
P
S
 
N
V
 
L
I
 
V
G
 
G
V
 
F
K
|
K
W
 
D
A
 
G
T
 
T
P
 
G
N
 
D
P
 
I
L
 
G
K
 
L
L
 
V
A
 
R
E
 
Q
A
 
I
I
 
T
G
 
A
A
 
K
T
 
M
D
 
G
P
 
D
G
 
R
I
 
L
V
 
M
W
 
Y
V
 
L
G
 
G
G
 
G
L
 
M
-
 
P
-
 
T
A
 
A
E
 
E
V
 
L
W
 
F
A
 
A
P
 
E
A
 
A
F
 
Y
Y
 
L
A
 
G
V
 
A
G
 
G
A
 
F
R
 
T
G
 
T
F
 
Y
T
x
S
S
 
S
G
 
A
L
 
V
I
 
F
N
 
N
V
 
F
W
 
V
P
 
P
Q
 
G
R
 
L
S
 
A
V
 
N
A
 
E
I
 
F
H
 
Y
A
 
A
A
 
A
L
 
L
E
 
R
E
 
A
G
 
G
D
 
E
Y
 
R
R
 
A
E
 
T
A
 
C
N
 
E
R
 
R
-
 
I
L
 
L
I
 
V
A
 
D
R
 
F
M
 
F
R
 
Y
A
 
P
F
 
F
E
 
M
D
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
-
E
 
N
E
 
R
M
 
A
N
 
K
G
 
G
T
 
Y
N
 
A
V
 
V
T
 
S
G
 
A
V
 
V
K
 
K
A
 
A
A
 
G
L
 
V
A
 
R
A
 
L
I
 
Q
G
 
G
Y
 
F
D
 
N
C
 
A
G
 
G
A
 
P
T
 
V
R
 
R
P
 
A
P
 
P

4ur8A Crystal structure of keto-deoxy-d-galactarate dehydratase complexed with 2-oxoadipic acid (see paper)
28% identity, 91% coverage: 3:276/300 of query aligns to 4:280/304 of 4ur8A

query
sites
4ur8A
H
 
E
D
 
Q
L
 
I
R
 
K
S
 
T
A
 
A
L
 
L
-
 
G
T
 
S
G
 
G
I
 
L
S
 
L
G
 
S
I
x
F
L
 
P
V
 
V
T
 
T
P
 
H
Y
 
F
D
 
D
A
 
A
K
 
E
G
 
G
E
 
R
I
 
F
D
 
A
P
 
A
A
 
D
R
 
S
Q
 
Y
K
 
R
A
 
E
I
 
H
V
 
V
D
 
E
K
 
W
A
 
L
I
 
A
A
 
G
A
 
Y
G
 
K
V
 
A
Q
 
P
I
 
V
L
 
L
V
 
F
A
 
A
N
 
A
G
 
G
N
x
G
T
|
T
G
 
G
E
 
E
F
 
F
Y
 
F
A
 
S
L
 
L
T
 
K
I
 
P
E
 
D
E
 
E
A
 
I
E
 
P
I
 
T
M
 
I
V
 
V
R
 
-
A
 
A
A
 
A
A
 
A
E
 
K
H
 
E
V
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
E
V
 
T
P
 
A
L
 
I
L
 
V
A
 
S
G
 
G
V
 
C
G
 
G
R
 
Y
G
 
G
V
 
T
R
 
E
D
 
I
A
 
A
C
 
V
R
 
D
L
 
I
A
 
A
R
 
R
N
 
S
S
 
V
R
 
E
A
 
K
A
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
D
A
 
G
L
 
I
M
 
L
I
 
L
H
 
-
Q
 
L
P
 
P
P
 
H
D
 
Y
P
x
L
F
 
I
S
 
D
A
 
A
P
 
P
R
 
Q
-
 
E
G
 
G
L
 
L
V
 
Y
D
 
A
Y
 
H
V
 
I
K
 
K
A
 
K
V
 
V
S
 
C
D
 
Q
A
 
S
A
 
V
E
 
-
G
 
G
L
 
I
P
 
G
T
 
V
V
 
M
L
 
V
Y
|
Y
L
 
N
R
 
R
-
 
D
N
 
N
D
 
S
A
 
V
I
 
L
G
 
Q
I
 
A
K
 
D
A
 
T
I
 
L
R
 
A
E
 
R
L
 
L
C
 
C
-
 
D
E
 
E
L
 
C
P
 
P
S
 
N
V
 
L
I
 
V
G
 
G
V
 
F
K
|
K
W
 
D
A
 
G
T
 
T
P
 
G
N
 
D
P
 
I
L
 
G
K
 
L
L
 
V
A
 
R
E
 
Q
A
 
I
I
 
T
G
 
A
A
 
K
T
 
M
D
 
G
P
 
D
G
 
R
I
 
L
V
 
M
W
 
Y
V
 
L
G
 
G
G
 
G
L
 
M
-
 
P
-
 
T
A
 
A
E
 
E
V
 
L
W
 
F
A
 
A
P
 
E
A
 
A
F
 
Y
Y
 
L
A
 
G
V
 
A
G
 
G
A
 
F
R
 
T
G
 
T
F
 
Y
T
x
S
S
 
S
G
 
A
L
 
V
I
 
F
N
 
N
V
 
F
W
 
V
P
 
P
Q
 
G
R
 
L
S
 
A
V
 
N
A
 
E
I
 
F
H
 
Y
A
 
A
A
 
A
L
 
L
E
 
R
E
 
A
G
 
G
D
 
E
Y
 
R
R
 
A
E
 
T
A
 
C
N
 
E
R
 
R
-
 
I
L
 
L
I
 
V
A
 
D
R
 
F
M
 
F
R
 
Y
A
 
P
F
 
F
E
 
M
D
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
-
E
 
N
E
 
R
M
 
A
N
 
K
G
 
G
T
 
Y
N
 
A
V
 
V
T
 
S
G
 
A
V
 
V
K
 
K
A
 
A
A
 
G
L
 
V
A
 
R
A
 
L
I
 
Q
G
 
G
Y
 
F
D
 
N
C
 
A
G
 
G
A
 
P
T
 
V
R
 
R
P
 
A
P
 
P

1fdzA N-acetylneuraminate lyase in complex with pyruvate via borohydride reduction (see paper)
31% identity, 76% coverage: 9:236/300 of query aligns to 2:232/292 of 1fdzA

query
sites
1fdzA
L
 
L
T
 
R
G
 
G
I
 
V
S
 
M
G
 
A
I
 
A
L
 
L
V
 
L
T
 
T
P
 
P
Y
 
F
D
 
D
A
 
Q
K
 
Q
G
 
Q
E
 
A
I
 
L
D
 
D
P
 
K
A
 
A
R
 
S
Q
 
L
K
 
R
A
 
R
I
 
L
V
 
V
D
 
Q
K
 
F
A
 
N
I
 
I
A
 
Q
A
 
Q
G
 
G
V
 
I
Q
 
D
I
 
G
L
 
L
V
x
Y
A
 
V
N
 
G
G
|
G
N
x
S
T
|
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
Y
 
F
A
 
V
L
 
Q
T
 
S
I
 
L
E
 
S
E
 
E
A
 
R
E
 
E
I
 
Q
M
 
V
V
 
L
R
 
E
A
 
I
A
 
V
A
 
A
E
 
E
H
 
E
V
 
G
A
 
K
G
 
G
R
 
K
V
 
I
P
 
K
L
 
L
L
 
I
A
 
A
G
 
H
V
 
V
G
 
G
-
 
C
R
 
V
G
 
T
V
 
T
R
 
A
D
 
E
A
 
S
C
 
Q
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
R
 
A
N
 
S
S
 
A
R
 
K
A
 
R
A
 
Y
G
 
G
A
 
F
A
 
D
A
 
A
L
 
V
M
 
S
I
 
A
H
 
V
Q
 
T
P
 
P
-
 
F
P
x
Y
D
 
Y
P
 
P
F
 
F
S
 
S
A
 
F
P
 
E
R
 
E
G
 
H
L
 
-
V
 
C
D
 
D
Y
 
H
V
 
Y
K
 
R
A
 
A
V
 
I
S
 
I
D
 
D
A
 
S
A
 
A
E
 
D
G
 
G
L
 
L
P
 
P
T
 
M
V
 
V
L
 
V
Y
|
Y
-
 
N
-
 
I
-
 
P
-
 
A
L
|
L
R
 
S
N
 
G
D
 
V
A
 
K
I
 
L
G
 
T
I
 
L
K
 
D
A
 
Q
I
 
I
R
 
N
E
 
T
L
 
L
C
 
V
E
 
T
L
 
L
P
 
P
S
 
G
V
 
V
I
 
G
G
 
A
V
 
L
K
|
K
W
 
-
A
 
Q
T
 
T
P
 
S
N
 
G
P
 
D
L
 
L
K
 
Y
L
 
Q
A
 
M
E
 
E
A
 
Q
I
 
I
G
 
R
A
 
R
T
 
E
D
 
H
P
 
P
G
 
D
I
 
L
V
 
V
W
 
L
V
 
Y
G
 
N
G
 
G
L
 
Y
A
 
D
E
 
E
V
 
I
W
 
F
A
 
A
P
 
S
A
 
G
F
 
L
Y
 
L
A
 
A
V
 
-
G
 
G
A
 
A
R
 
D
G
 
G
F
 
G
T
x
I
S
 
G
G
 
S
L
 
T
I
 
Y
N
 
N
V
 
I
W
 
M
P
 
G
Q
 
W
R
 
R
S
 
Y
V
 
Q
A
 
G
I
 
I
H
 
V
A
 
K
A
 
A
L
 
L
E
 
K
E
 
E
G
 
G
D
 
D
Y
 
I
R
 
Q
E
 
T
A
 
A
N
 
Q
R
 
K
L
 
L

1fdyA N-acetylneuraminate lyase in complex with hydroxypyruvate (see paper)
31% identity, 76% coverage: 9:236/300 of query aligns to 2:232/292 of 1fdyA

query
sites
1fdyA
L
 
L
T
 
R
G
 
G
I
 
V
S
 
M
G
 
A
I
 
A
L
 
L
V
 
L
T
 
T
P
 
P
Y
 
F
D
 
D
A
 
Q
K
 
Q
G
 
Q
E
 
A
I
 
L
D
 
D
P
 
K
A
 
A
R
 
S
Q
 
L
K
 
R
A
 
R
I
 
L
V
 
V
D
 
Q
K
 
F
A
 
N
I
 
I
A
 
Q
A
 
Q
G
 
G
V
 
I
Q
 
D
I
 
G
L
 
L
V
x
Y
A
 
V
N
 
G
G
|
G
N
x
S
T
|
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
Y
 
F
A
 
V
L
 
Q
T
 
S
I
 
L
E
 
S
E
 
E
A
 
R
E
 
E
I
 
Q
M
 
V
V
 
L
R
 
E
A
 
I
A
 
V
A
 
A
E
 
E
H
 
E
V
 
G
A
 
K
G
 
G
R
 
K
V
 
I
P
 
K
L
 
L
L
 
I
A
 
A
G
 
H
V
 
V
G
 
G
-
 
C
R
 
V
G
 
T
V
 
T
R
 
A
D
 
E
A
 
S
C
 
Q
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
R
 
A
N
 
S
S
 
A
R
 
K
A
 
R
A
 
Y
G
 
G
A
 
F
A
 
D
A
 
A
L
 
V
M
 
S
I
 
A
H
 
V
Q
 
T
P
 
P
-
 
F
P
x
Y
D
 
Y
P
 
P
F
 
F
S
 
S
A
 
F
P
 
E
R
 
E
G
 
H
L
 
-
V
 
C
D
 
D
Y
 
H
V
 
Y
K
 
R
A
 
A
V
 
I
S
 
I
D
 
D
A
 
S
A
 
A
E
 
D
G
 
G
L
 
L
P
 
P
T
 
M
V
 
V
L
 
V
Y
|
Y
-
 
N
-
 
I
-
 
P
-
 
A
L
|
L
R
 
S
N
 
G
D
 
V
A
 
K
I
 
L
G
 
T
I
 
L
K
 
D
A
 
Q
I
 
I
R
 
N
E
 
T
L
 
L
C
 
V
E
 
T
L
 
L
P
 
P
S
 
G
V
 
V
I
 
G
G
 
A
V
 
L
K
|
K
W
 
-
A
 
Q
T
 
T
P
 
S
N
 
G
P
 
D
L
 
L
K
 
Y
L
 
Q
A
 
M
E
 
E
A
 
Q
I
 
I
G
 
R
A
 
R
T
 
E
D
 
H
P
 
P
G
 
D
I
 
L
V
 
V
W
 
L
V
 
Y
G
 
N
G
 
G
L
 
Y
A
 
D
E
 
E
V
 
I
W
 
F
A
 
A
P
 
S
A
 
G
F
 
L
Y
 
L
A
 
A
V
 
-
G
 
G
A
 
A
R
 
D
G
 
G
F
 
G
T
x
I
S
 
G
G
 
S
L
 
T
I
 
Y
N
 
N
V
 
I
W
 
M
P
 
G
Q
 
W
R
 
R
S
 
Y
V
 
Q
A
 
G
I
 
I
H
 
V
A
 
K
A
 
A
L
 
L
E
 
K
E
 
E
G
 
G
D
 
D
Y
 
I
R
 
Q
E
 
T
A
 
A
N
 
Q
R
 
K
L
 
L

2wpbA Crystal structure of the e192n mutant of e. Coli n-acetylneuraminic acid lyase in complex with pyruvate and the inhibitor (2r,3r)-2,3,4- trihydroxy-n,n-dipropylbutanamide in space group p21 crystal form i (see paper)
30% identity, 77% coverage: 7:236/300 of query aligns to 8:240/302 of 2wpbA

query
sites
2wpbA
S
 
T
A
 
N
L
 
L
T
 
R
G
 
G
I
 
V
S
 
M
G
 
A
I
 
A
L
 
L
V
 
L
T
 
T
P
 
P
Y
 
F
D
 
D
A
 
Q
K
 
Q
G
 
Q
E
 
A
I
 
L
D
 
D
P
 
K
A
 
A
R
 
S
Q
 
L
K
 
R
A
 
R
I
 
L
V
 
V
D
 
Q
K
 
F
A
 
N
I
 
I
A
 
Q
A
 
Q
G
 
G
V
 
I
Q
 
D
I
 
G
L
 
L
V
 
Y
A
 
V
N
 
G
G
 
G
N
x
S
T
 
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
Y
 
F
A
 
V
L
 
Q
T
 
S
I
 
L
E
 
S
E
 
E
A
 
R
E
 
E
I
 
Q
M
 
V
V
 
L
R
 
E
A
 
I
A
 
V
A
 
A
E
 
E
H
 
E
V
 
A
A
 
K
G
 
G
R
 
K
V
 
I
P
 
K
L
 
L
L
 
I
A
 
A
G
 
H
V
 
V
G
 
G
-
 
C
R
 
V
G
 
S
V
 
T
R
 
A
D
 
E
A
 
S
C
 
Q
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
R
 
A
N
 
S
S
 
A
R
 
K
A
 
R
A
 
Y
G
 
G
A
 
F
A
 
D
A
 
A
L
 
V
M
 
S
I
 
A
H
 
V
Q
 
T
P
 
P
-
 
F
P
x
Y
D
 
Y
P
 
P
F
 
F
S
 
S
A
 
F
P
 
E
R
 
E
G
 
H
L
 
-
V
 
C
D
 
D
Y
 
H
V
 
Y
K
 
R
A
 
A
V
 
I
S
 
I
D
 
D
A
 
S
A
 
A
E
 
D
G
 
G
L
 
L
P
 
P
T
 
M
V
 
V
L
 
V
Y
|
Y
-
 
N
-
 
I
-
 
P
-
 
A
L
|
L
R
 
S
N
 
G
D
 
V
A
 
K
I
 
L
G
 
T
I
 
L
K
 
D
A
 
Q
I
 
I
R
 
N
E
 
T
L
 
L
C
 
V
E
 
T
L
 
L
P
 
P
S
 
G
V
 
V
I
 
G
G
 
A
V
 
L
K
|
K
W
 
-
A
 
Q
T
 
T
P
 
S
N
 
G
P
 
D
L
 
L
K
 
Y
L
 
Q
A
 
M
E
 
E
A
 
Q
I
 
I
G
 
R
A
 
R
T
 
E
D
 
H
P
 
P
G
 
D
I
 
L
V
 
V
W
 
L
V
 
Y
G
 
N
G
|
G
L
x
Y
A
x
D
E
x
N
V
 
I
W
 
F
A
 
A
P
 
S
A
 
G
F
 
L
Y
 
L
A
 
A
V
 
-
G
 
G
A
 
A
R
 
D
G
 
G
F
 
G
T
x
I
S
 
G
G
x
S
L
 
T
I
 
Y
N
 
N
V
 
I
W
 
M
P
 
G
Q
 
W
R
 
R
S
 
Y
V
 
Q
A
 
G
I
 
I
H
 
V
A
 
K
A
 
A
L
 
L
E
 
K
E
 
E
G
 
G
D
 
D
Y
 
I
R
 
Q
E
 
T
A
 
A
N
 
Q
R
 
K
L
 
L

4bwlA Structure of the y137a mutant of e. Coli n-acetylneuraminic acid lyase in complex with pyruvate, n-acetyl-d-mannosamine and n- acetylneuraminic acid (see paper)
29% identity, 78% coverage: 3:236/300 of query aligns to 1:237/299 of 4bwlA

query
sites
4bwlA
H
 
H
D
 
H
L
 
H
R
 
A
S
 
T
A
 
N
L
 
L
T
 
R
G
 
G
I
 
V
S
 
M
G
 
A
I
 
A
L
 
L
V
 
L
T
 
T
P
 
P
Y
 
F
D
 
D
A
 
Q
K
 
Q
G
 
Q
E
 
A
I
 
L
D
 
D
P
 
K
A
 
A
R
 
S
Q
 
L
K
 
R
A
 
R
I
 
L
V
 
V
D
 
Q
K
 
F
A
 
N
I
 
I
A
 
Q
A
 
Q
G
 
G
V
 
I
Q
 
D
I
 
G
L
 
L
V
 
Y
A
 
V
N
 
G
G
 
G
N
x
S
T
|
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
Y
 
F
A
 
V
L
 
Q
T
 
S
I
 
L
E
 
S
E
 
E
A
 
R
E
 
E
I
 
Q
M
 
V
V
 
L
R
 
E
A
 
I
A
 
V
A
 
A
E
 
E
H
 
E
V
 
A
A
 
K
G
 
G
R
 
K
V
 
I
P
 
K
L
 
L
L
 
I
A
 
A
G
 
H
V
 
V
G
 
G
-
 
C
R
 
V
G
 
S
V
 
T
R
 
A
D
 
E
A
 
S
C
 
Q
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
R
 
A
N
 
S
S
 
A
R
 
K
A
 
R
A
 
Y
G
 
G
A
 
F
A
 
D
A
 
A
L
 
V
M
 
-
I
 
-
H
 
-
Q
 
S
P
 
A
P
 
V
D
 
T
P
 
P
F
 
F
S
x
Y
A
 
Y
P
 
P
R
 
F
G
 
S
L
 
F
-
 
E
-
 
E
-
 
H
V
 
C
D
 
D
Y
 
H
V
 
Y
K
 
R
A
 
A
V
 
I
S
 
I
D
 
D
A
 
S
A
 
A
E
 
D
G
 
G
L
 
L
P
 
P
T
 
M
V
 
V
L
 
V
-
x
A
-
 
N
-
 
I
-
 
P
Y
 
A
L
|
L
R
 
S
N
 
G
D
 
V
A
 
K
I
 
L
G
 
T
I
 
L
K
 
D
A
 
Q
I
 
I
R
 
N
E
 
T
L
 
L
C
 
V
E
 
T
L
 
L
P
 
P
S
 
G
V
 
V
I
 
G
G
 
A
V
 
L
K
|
K
W
 
Q
A
 
-
T
|
T
P
 
S
N
 
G
P
 
D
L
 
L
K
 
Y
L
 
Q
A
 
M
E
 
E
A
 
Q
I
 
I
G
 
R
A
 
R
T
 
E
D
 
H
P
 
P
G
 
D
I
 
L
V
 
V
W
 
L
V
 
Y
G
 
N
G
|
G
L
x
Y
A
x
D
E
|
E
V
 
I
W
 
F
A
 
A
P
 
S
A
 
G
F
 
L
Y
 
L
A
 
A
V
 
-
G
 
G
A
 
A
R
 
D
G
 
G
F
 
G
T
x
I
S
 
G
G
x
S
L
 
T
I
 
Y
N
 
N
V
 
I
W
 
M
P
 
G
Q
 
W
R
 
R
S
 
Y
V
 
Q
A
 
G
I
 
I
H
 
V
A
 
K
A
 
A
L
 
L
E
 
K
E
 
E
G
 
G
D
 
D
Y
 
I
R
 
Q
E
 
T
A
 
A
N
 
Q
R
 
K
L
 
L

Sites not aligning to the query:

4bwlC Structure of the y137a mutant of e. Coli n-acetylneuraminic acid lyase in complex with pyruvate, n-acetyl-d-mannosamine and n- acetylneuraminic acid (see paper)
29% identity, 77% coverage: 7:236/300 of query aligns to 3:235/296 of 4bwlC

query
sites
4bwlC
S
 
T
A
 
N
L
 
L
T
 
R
G
 
G
I
 
V
S
 
M
G
 
A
I
 
A
L
 
L
V
 
L
T
 
T
P
 
P
Y
 
F
D
 
D
A
 
Q
K
 
Q
G
 
Q
E
 
A
I
 
L
D
 
D
P
 
K
A
 
A
R
 
S
Q
 
L
K
 
R
A
 
R
I
 
L
V
 
V
D
 
Q
K
 
F
A
 
N
I
 
I
A
 
Q
A
 
Q
G
 
G
V
 
I
Q
 
D
I
 
G
L
 
L
V
 
Y
A
 
V
N
 
G
G
 
G
N
x
S
T
 
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
Y
 
F
A
 
V
L
 
Q
T
 
S
I
 
L
E
 
S
E
 
E
A
 
R
E
 
E
I
 
Q
M
 
V
V
 
L
R
 
E
A
 
I
A
 
V
A
 
A
E
 
E
H
 
E
V
 
A
A
 
K
G
 
G
R
 
K
V
 
I
P
 
K
L
 
L
L
 
I
A
 
A
G
 
H
V
 
V
G
 
G
-
 
C
R
 
V
G
 
S
V
 
T
R
 
A
D
 
E
A
 
S
C
 
Q
R
 
Q
L
 
L
A
 
A
R
 
A
N
 
S
S
 
A
R
 
K
A
 
R
A
 
Y
G
 
G
A
 
F
A
 
D
A
 
A
L
 
V
M
 
-
I
 
-
H
 
-
Q
 
S
P
 
A
P
 
V
D
 
T
P
 
P
F
 
F
S
x
Y
A
 
Y
P
 
P
R
 
F
G
 
S
L
 
F
-
 
E
-
 
E
-
 
H
V
 
C
D
 
D
Y
 
H
V
 
Y
K
 
R
A
 
A
V
 
I
S
 
I
D
 
D
A
 
S
A
 
A
E
 
D
G
 
G
L
 
L
P
 
P
T
 
M
V
 
V
L
 
V
-
x
A
-
 
N
-
x
I
-
 
P
Y
 
A
L
|
L
R
 
S
N
 
G
D
 
V
A
 
K
I
 
L
G
 
T
I
 
L
K
 
D
A
 
Q
I
 
I
R
 
N
E
 
T
L
 
L
C
 
V
E
 
T
L
 
L
P
 
P
S
 
G
V
 
V
I
 
G
G
 
A
V
 
L
K
|
K
W
 
Q
A
 
-
T
|
T
P
 
S
N
 
G
P
 
D
L
 
L
K
 
Y
L
 
Q
A
 
M
E
 
E
A
 
Q
I
 
I
G
 
R
A
 
R
T
 
E
D
 
H
P
 
P
G
 
D
I
 
L
V
 
V
W
 
L
V
 
Y
G
 
N
G
|
G
L
 
Y
A
x
D
E
|
E
V
 
I
W
 
F
A
 
A
P
 
S
A
 
G
F
 
L
Y
 
L
A
 
A
V
 
-
G
 
G
A
 
A
R
 
D
G
 
G
F
 
G
T
x
I
S
 
G
G
x
S
L
 
T
I
 
Y
N
 
N
V
 
I
W
 
M
P
 
G
Q
 
W
R
 
R
S
 
Y
V
 
Q
A
 
G
I
 
I
H
 
V
A
 
K
A
 
A
L
 
L
E
 
K
E
 
E
G
 
G
D
 
D
Y
 
I
R
 
Q
E
 
T
A
 
A
N
 
Q
R
 
K
L
 
L

Sites not aligning to the query:

4dxvA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii complexed with mg and cl ions at 1.80 a resolution
28% identity, 94% coverage: 16:298/300 of query aligns to 9:290/291 of 4dxvA

query
sites
4dxvA
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
Y
 
M
D
 
L
A
 
K
K
 
D
G
 
G
E
 
G
I
 
V
D
 
D
P
 
W
A
 
K
R
 
S
Q
 
L
K
 
E
A
 
K
I
 
L
V
 
V
D
 
E
K
 
W
A
 
H
I
 
I
A
 
E
A
 
Q
G
 
G
V
 
T
Q
 
N
I
 
S
L
 
I
V
 
V
A
 
A
N
 
V
G
 
G
N
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
Y
 
S
A
 
T
L
 
L
T
 
S
I
 
M
E
 
E
E
 
E
A
 
H
E
 
T
I
 
Q
M
 
V
V
 
I
R
 
K
A
 
E
A
 
I
A
 
I
E
 
R
H
 
V
V
 
A
A
 
N
G
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
L
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
G
-
 
A
R
 
N
G
 
S
V
 
T
R
 
R
D
 
E
A
 
A
C
 
I
R
 
E
L
 
L
A
 
T
R
 
K
N
 
A
S
 
A
R
 
K
A
 
D
A
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
D
A
 
A
L
 
A
M
 
L
I
 
L
H
 
V
Q
x
T
P
 
P
P
 
Y
D
x
Y
P
 
N
F
 
K
S
 
P
A
 
T
P
 
Q
R
 
E
G
 
G
L
 
L
V
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
V
 
Y
K
 
K
A
 
A
V
 
I
S
 
A
D
 
E
A
 
A
A
 
V
E
 
E
G
 
-
L
 
L
P
 
P
T
 
L
V
 
I
L
 
L
Y
|
Y
-
x
N
-
x
V
-
x
P
-
 
G
-
x
R
-
x
T
-
 
G
-
 
V
-
 
D
L
 
L
R
 
S
N
 
N
D
 
D
A
 
T
I
 
-
G
 
-
I
 
-
K
 
-
A
 
A
I
 
V
R
 
R
E
 
-
L
 
L
C
 
A
E
 
E
L
 
I
P
 
P
S
 
N
V
 
I
I
 
V
G
 
G
V
 
I
K
|
K
W
 
D
A
 
A
T
 
T
P
 
G
N
 
D
P
 
V
L
 
P
K
 
R
L
 
G
A
 
K
E
 
A
A
 
L
I
 
I
G
 
D
A
 
A
T
 
L
D
 
N
P
 
G
G
 
K
I
 
M
-
 
A
V
 
V
W
 
Y
V
 
S
G
 
G
G
 
D
L
 
D
A
 
E
E
 
T
V
 
A
W
 
W
A
 
-
P
 
-
A
 
E
F
 
L
Y
 
M
A
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
A
R
 
D
G
 
G
F
 
N
T
x
I
S
 
S
G
 
V
L
 
T
I
 
A
N
 
N
V
 
I
W
 
A
P
 
P
Q
 
K
R
 
A
S
 
M
V
 
S
A
 
E
I
 
V
H
 
C
A
 
A
A
 
V
L
 
A
E
 
I
E
 
A
G
 
K
D
 
D
Y
 
E
R
 
Q
E
 
Q
A
 
A
N
 
K
R
 
T
L
 
L
I
 
N
A
 
N
R
 
K
M
 
I
R
 
A
A
 
N
F
 
L
E
 
H
D
 
N
I
 
I
R
 
L
A
 
F
E
 
C
E
 
E
M
 
-
N
 
-
G
 
-
T
 
S
N
 
N
V
 
P
T
 
I
G
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
W
A
 
A
L
 
L
A
 
H
A
 
E
I
 
M
G
 
G
Y
 
L
-
 
I
D
 
D
C
 
T
G
 
G
A
 
I
T
 
R
R
 
L
P
 
P
P
 
L
S
 
T
A
 
-
W
 
-
P
 
P
L
 
L
T
 
A
G
 
E
A
 
Q
Q
 
Y
Q
 
R
T
 
E
A
 
P
L
 
L
Q
 
R
D
 
N
F
 
A
I
 
L
K
 
K
S
 
D
N
 
A
G
 
G
I
 
I

3u8gA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with oxalic acid at 1.80 a resolution
28% identity, 94% coverage: 16:298/300 of query aligns to 9:290/291 of 3u8gA

query
sites
3u8gA
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
Y
 
M
D
 
L
A
 
K
K
 
D
G
 
G
E
 
G
I
 
V
D
 
D
P
 
W
A
 
K
R
 
S
Q
 
L
K
 
E
A
 
K
I
 
L
V
 
V
D
 
E
K
 
W
A
 
H
I
 
I
A
 
E
A
 
Q
G
 
G
V
 
T
Q
 
N
I
 
S
L
 
I
V
 
V
A
 
A
N
 
V
G
|
G
N
x
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
Y
 
S
A
 
T
L
 
L
T
 
S
I
 
M
E
 
E
E
 
E
A
 
H
E
 
T
I
 
Q
M
 
V
V
 
I
R
 
K
A
 
E
A
 
I
A
 
I
E
 
R
H
 
V
V
 
A
A
 
N
G
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
L
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
G
-
 
A
R
 
N
G
 
S
V
 
T
R
 
R
D
 
E
A
 
A
C
 
I
R
 
E
L
 
L
A
 
T
R
 
K
N
 
A
S
 
A
R
 
K
A
 
D
A
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
D
A
 
A
L
 
A
M
x
L
I
 
L
H
 
V
Q
 
T
P
 
P
P
 
Y
D
x
Y
P
 
N
F
 
K
S
 
P
A
 
T
P
 
Q
R
 
E
G
 
G
L
 
L
V
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
V
 
Y
K
 
K
A
 
A
V
 
I
S
 
A
D
 
E
A
 
A
A
 
V
E
 
E
G
 
-
L
 
L
P
 
P
T
 
L
V
 
I
L
 
L
Y
|
Y
-
 
N
-
 
V
-
 
P
-
 
G
-
x
R
-
 
T
-
 
G
-
 
V
-
 
D
L
 
L
R
 
S
N
 
N
D
 
D
A
 
T
I
 
-
G
 
-
I
 
-
K
 
-
A
 
A
I
 
V
R
 
R
E
 
-
L
 
L
C
 
A
E
 
E
L
 
I
P
 
P
S
 
N
V
 
I
I
 
V
G
 
G
V
 
I
K
|
K
W
 
D
A
 
A
T
 
T
P
 
G
N
 
D
P
 
V
L
 
P
K
 
R
L
 
G
A
 
K
E
 
A
A
 
L
I
 
I
G
 
D
A
 
A
T
 
L
D
 
N
P
 
G
G
 
K
I
 
M
-
 
A
V
 
V
W
 
Y
V
 
S
G
 
G
G
 
D
L
 
D
A
 
E
E
 
T
V
 
A
W
 
W
A
 
-
P
 
-
A
 
E
F
 
L
Y
 
M
A
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
A
R
 
D
G
 
G
F
 
N
T
x
I
S
 
S
G
 
V
L
 
T
I
 
A
N
 
N
V
 
I
W
 
A
P
 
P
Q
 
K
R
 
A
S
 
M
V
 
S
A
 
E
I
 
V
H
 
C
A
 
A
A
 
V
L
 
A
E
 
I
E
 
A
G
 
K
D
 
D
Y
 
E
R
 
Q
E
 
Q
A
 
A
N
 
K
R
 
T
L
 
L
I
 
N
A
 
N
R
 
K
M
 
I
R
 
A
A
 
N
F
 
L
E
 
H
D
 
N
I
 
I
R
 
L
A
 
F
E
 
C
E
 
E
M
 
-
N
 
-
G
 
-
T
 
S
N
 
N
V
 
P
T
 
I
G
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
W
A
 
A
L
 
L
A
 
H
A
 
E
I
 
M
G
 
G
Y
 
L
-
 
I
D
 
D
C
 
T
G
 
G
A
 
I
T
 
R
R
 
L
P
 
P
P
 
L
S
 
T
A
 
-
W
 
-
P
 
P
L
 
L
T
 
A
G
 
E
A
 
Q
Q
 
Y
Q
 
R
T
 
E
A
 
P
L
 
L
Q
 
R
D
 
N
F
 
A
I
 
L
K
 
K
S
 
D
N
 
A
G
 
G
I
 
I

Sites not aligning to the query:

3tdfA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with 2-ketobutanoic acid at 1.99 a resolution
28% identity, 94% coverage: 16:298/300 of query aligns to 9:290/291 of 3tdfA

query
sites
3tdfA
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
Y
 
M
D
 
L
A
 
K
K
 
D
G
 
G
E
 
G
I
 
V
D
 
D
P
 
W
A
 
K
R
 
S
Q
 
L
K
 
E
A
 
K
I
 
L
V
 
V
D
 
E
K
 
W
A
 
H
I
 
I
A
 
E
A
 
Q
G
 
G
V
 
T
Q
 
N
I
 
S
L
 
I
V
 
V
A
 
A
N
 
V
G
 
G
N
x
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
Y
 
S
A
 
T
L
 
L
T
 
S
I
 
M
E
 
E
E
 
E
A
 
H
E
 
T
I
 
Q
M
 
V
V
 
I
R
 
K
A
 
E
A
 
I
A
 
I
E
 
R
H
 
V
V
 
A
A
 
N
G
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
L
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
G
-
 
A
R
 
N
G
 
S
V
 
T
R
 
R
D
 
E
A
 
A
C
 
I
R
 
E
L
 
L
A
 
T
R
 
K
N
 
A
S
 
A
R
 
K
A
 
D
A
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
D
A
 
A
L
 
A
M
 
L
I
 
L
H
 
V
Q
 
T
P
 
P
P
 
Y
D
x
Y
P
 
N
F
 
K
S
 
P
A
 
T
P
 
Q
R
 
E
G
 
G
L
 
L
V
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
V
 
Y
K
 
K
A
 
A
V
 
I
S
 
A
D
 
E
A
 
A
A
 
V
E
 
E
G
 
-
L
 
L
P
 
P
T
 
L
V
 
I
L
 
L
Y
|
Y
-
 
N
-
 
V
-
 
P
-
 
G
-
x
R
-
 
T
-
 
G
-
 
V
-
 
D
L
 
L
R
 
S
N
 
N
D
 
D
A
 
T
I
 
-
G
 
-
I
 
-
K
 
-
A
 
A
I
 
V
R
 
R
E
 
-
L
 
L
C
 
A
E
 
E
L
 
I
P
 
P
S
 
N
V
 
I
I
 
V
G
 
G
V
 
I
K
|
K
W
 
D
A
 
A
T
 
T
P
 
G
N
 
D
P
 
V
L
 
P
K
 
R
L
 
G
A
 
K
E
 
A
A
 
L
I
 
I
G
 
D
A
 
A
T
 
L
D
 
N
P
 
G
G
 
K
I
 
M
-
 
A
V
 
V
W
 
Y
V
 
S
G
 
G
G
 
D
L
 
D
A
 
E
E
 
T
V
 
A
W
 
W
A
 
-
P
 
-
A
 
E
F
 
L
Y
 
M
A
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
A
R
 
D
G
 
G
F
 
N
T
x
I
S
 
S
G
 
V
L
 
T
I
 
A
N
 
N
V
 
I
W
 
A
P
 
P
Q
 
K
R
 
A
S
 
M
V
 
S
A
 
E
I
 
V
H
 
C
A
 
A
A
 
V
L
 
A
E
 
I
E
 
A
G
 
K
D
 
D
Y
 
E
R
 
Q
E
 
Q
A
 
A
N
 
K
R
 
T
L
 
L
I
 
N
A
 
N
R
 
K
M
 
I
R
 
A
A
 
N
F
 
L
E
 
H
D
 
N
I
 
I
R
 
L
A
 
F
E
 
C
E
 
E
M
 
-
N
 
-
G
 
-
T
 
S
N
 
N
V
 
P
T
 
I
G
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
W
A
 
A
L
 
L
A
 
H
A
 
E
I
 
M
G
 
G
Y
 
L
-
 
I
D
 
D
C
 
T
G
 
G
A
 
I
T
 
R
R
 
L
P
 
P
P
 
L
S
 
T
A
 
-
W
 
-
P
 
P
L
 
L
T
 
A
G
 
E
A
 
Q
Q
 
Y
Q
 
R
T
 
E
A
 
P
L
 
L
Q
 
R
D
 
N
F
 
A
I
 
L
K
 
K
S
 
D
N
 
A
G
 
G
I
 
I

Sites not aligning to the query:

3tceA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with 5-hydroxylysine at 2.6 a resolution
28% identity, 94% coverage: 16:298/300 of query aligns to 9:290/291 of 3tceA

query
sites
3tceA
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
Y
 
M
D
 
L
A
 
K
K
 
D
G
 
G
E
 
G
I
 
V
D
 
D
P
 
W
A
 
K
R
 
S
Q
 
L
K
 
E
A
 
K
I
 
L
V
 
V
D
 
E
K
 
W
A
 
H
I
 
I
A
 
E
A
 
Q
G
 
G
V
 
T
Q
 
N
I
 
S
L
 
I
V
 
V
A
 
A
N
 
V
G
 
G
N
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
Y
x
S
A
 
T
L
|
L
T
 
S
I
 
M
E
 
E
E
 
E
A
x
H
E
 
T
I
 
Q
M
 
V
V
 
I
R
 
K
A
 
E
A
 
I
A
 
I
E
 
R
H
 
V
V
 
A
A
 
N
G
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
L
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
G
-
 
A
R
 
N
G
 
S
V
 
T
R
 
R
D
 
E
A
 
A
C
 
I
R
 
E
L
 
L
A
 
T
R
 
K
N
 
A
S
 
A
R
 
K
A
 
D
A
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
D
A
 
A
L
 
A
M
 
L
I
 
L
H
 
V
Q
 
T
P
 
P
P
x
Y
D
x
Y
P
 
N
F
 
K
S
 
P
A
 
T
P
 
Q
R
 
E
G
 
G
L
 
L
V
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
V
 
Y
K
 
K
A
 
A
V
 
I
S
 
A
D
 
E
A
 
A
A
 
V
E
 
E
G
 
-
L
 
L
P
 
P
T
 
L
V
 
I
L
 
L
Y
|
Y
-
 
N
-
 
V
-
 
P
-
 
G
-
x
R
-
 
T
-
 
G
-
 
V
-
 
D
L
 
L
R
 
S
N
 
N
D
 
D
A
 
T
I
 
-
G
 
-
I
 
-
K
 
-
A
 
A
I
 
V
R
 
R
E
 
-
L
 
L
C
 
A
E
 
E
L
 
I
P
 
P
S
 
N
V
 
I
I
 
V
G
 
G
V
 
I
K
|
K
W
 
D
A
 
A
T
 
T
P
 
G
N
 
D
P
 
V
L
 
P
K
 
R
L
 
G
A
 
K
E
 
A
A
 
L
I
 
I
G
 
D
A
 
A
T
 
L
D
 
N
P
 
G
G
 
K
I
 
M
-
 
A
V
 
V
W
 
Y
V
 
S
G
 
G
G
 
D
L
 
D
A
 
E
E
 
T
V
 
A
W
 
W
A
 
-
P
 
-
A
 
E
F
 
L
Y
 
M
A
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
A
R
 
D
G
 
G
F
 
N
T
x
I
S
 
S
G
 
V
L
 
T
I
 
A
N
 
N
V
 
I
W
 
A
P
 
P
Q
 
K
R
 
A
S
 
M
V
 
S
A
 
E
I
 
V
H
 
C
A
 
A
A
 
V
L
 
A
E
 
I
E
 
A
G
 
K
D
 
D
Y
 
E
R
 
Q
E
 
Q
A
 
A
N
 
K
R
 
T
L
 
L
I
 
N
A
 
N
R
 
K
M
 
I
R
 
A
A
 
N
F
 
L
E
 
H
D
 
N
I
 
I
R
 
L
A
 
F
E
 
C
E
 
E
M
 
-
N
 
-
G
 
-
T
 
S
N
 
N
V
 
P
T
 
I
G
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
W
A
 
A
L
 
L
A
 
H
A
 
E
I
 
M
G
 
G
Y
 
L
-
 
I
D
 
D
C
 
T
G
 
G
A
 
I
T
 
R
R
 
L
P
 
P
P
 
L
S
 
T
A
 
-
W
 
-
P
 
P
L
 
L
T
 
A
G
 
E
A
 
Q
Q
 
Y
Q
 
R
T
 
E
A
 
P
L
 
L
Q
 
R
D
 
N
F
 
A
I
 
L
K
 
K
S
 
D
N
 
A
G
 
G
I
 
I

3rk8A Crystal structure of the chloride inhibited dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii complexed with pyruvate at 1.8 a resolution
28% identity, 94% coverage: 16:298/300 of query aligns to 9:290/291 of 3rk8A

query
sites
3rk8A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
Y
 
M
D
 
L
A
 
K
K
 
D
G
 
G
E
 
G
I
 
V
D
 
D
P
 
W
A
 
K
R
 
S
Q
 
L
K
 
E
A
 
K
I
 
L
V
 
V
D
 
E
K
 
W
A
 
H
I
 
I
A
 
E
A
 
Q
G
 
G
V
 
T
Q
 
N
I
 
S
L
 
I
V
 
V
A
 
A
N
 
V
G
 
G
N
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
Y
 
S
A
 
T
L
 
L
T
 
S
I
 
M
E
 
E
E
 
E
A
 
H
E
 
T
I
 
Q
M
 
V
V
 
I
R
 
K
A
 
E
A
 
I
A
 
I
E
 
R
H
 
V
V
 
A
A
 
N
G
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
L
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
G
-
 
A
R
 
N
G
 
S
V
 
T
R
 
R
D
 
E
A
 
A
C
 
I
R
 
E
L
 
L
A
 
T
R
 
K
N
 
A
S
 
A
R
 
K
A
 
D
A
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
D
A
 
A
L
 
A
M
 
L
I
 
L
H
 
V
Q
 
T
P
 
P
P
 
Y
D
x
Y
P
 
N
F
 
K
S
 
P
A
 
T
P
 
Q
R
 
E
G
 
G
L
 
L
V
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
V
 
Y
K
 
K
A
 
A
V
 
I
S
 
A
D
 
E
A
 
A
A
 
V
E
 
E
G
 
-
L
 
L
P
 
P
T
 
L
V
 
I
L
 
L
Y
|
Y
-
 
N
-
 
V
-
 
P
-
 
G
-
x
R
-
 
T
-
 
G
-
 
V
-
 
D
L
 
L
R
 
S
N
 
N
D
 
D
A
 
T
I
 
-
G
 
-
I
 
-
K
 
-
A
 
A
I
 
V
R
 
R
E
 
-
L
 
L
C
 
A
E
 
E
L
 
I
P
 
P
S
 
N
V
 
I
I
 
V
G
 
G
V
 
I
K
|
K
W
 
D
A
 
A
T
 
T
P
 
G
N
 
D
P
 
V
L
 
P
K
 
R
L
 
G
A
 
K
E
 
A
A
 
L
I
 
I
G
 
D
A
 
A
T
 
L
D
 
N
P
 
G
G
 
K
I
 
M
-
 
A
V
 
V
W
 
Y
V
 
S
G
|
G
G
 
D
L
 
D
A
 
E
E
 
T
V
 
A
W
 
W
A
 
-
P
 
-
A
 
E
F
 
L
Y
 
M
A
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
A
R
 
D
G
 
G
F
 
N
T
x
I
S
 
S
G
 
V
L
 
T
I
 
A
N
 
N
V
 
I
W
 
A
P
 
P
Q
 
K
R
 
A
S
 
M
V
 
S
A
 
E
I
 
V
H
 
C
A
 
A
A
 
V
L
 
A
E
 
I
E
 
A
G
 
K
D
 
D
Y
 
E
R
 
Q
E
 
Q
A
 
A
N
 
K
R
 
T
L
 
L
I
 
N
A
 
N
R
 
K
M
 
I
R
 
A
A
 
N
F
 
L
E
 
H
D
 
N
I
 
I
R
 
L
A
x
F
E
 
C
E
 
E
M
 
-
N
 
-
G
 
-
T
 
S
N
 
N
V
 
P
T
 
I
G
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
W
A
 
A
L
 
L
A
 
H
A
 
E
I
 
M
G
 
G
Y
 
L
-
 
I
D
 
D
C
 
T
G
 
G
A
 
I
T
 
R
R
 
L
P
 
P
P
 
L
S
 
T
A
 
-
W
 
-
P
 
P
L
 
L
T
 
A
G
 
E
A
 
Q
Q
 
Y
Q
 
R
T
 
E
A
 
P
L
 
L
Q
 
R
D
 
N
F
 
A
I
 
L
K
 
K
S
 
D
N
 
A
G
 
G
I
 
I

3pueB Crystal structure of the complex of dhydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with lysine at 2.6a resolution
28% identity, 94% coverage: 16:298/300 of query aligns to 9:290/291 of 3pueB

query
sites
3pueB
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
Y
 
M
D
 
L
A
 
K
K
 
D
G
 
G
E
 
G
I
 
V
D
 
D
P
 
W
A
 
K
R
 
S
Q
 
L
K
 
E
A
 
K
I
 
L
V
 
V
D
 
E
K
 
W
A
 
H
I
 
I
A
 
E
A
 
Q
G
 
G
V
 
T
Q
 
N
I
 
S
L
 
I
V
 
V
A
 
A
N
 
V
G
 
G
N
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
Y
 
S
A
 
T
L
 
L
T
 
S
I
 
M
E
 
E
E
 
E
A
 
H
E
 
T
I
 
Q
M
 
V
V
 
I
R
 
K
A
 
E
A
 
I
A
 
I
E
 
R
H
 
V
V
 
A
A
 
N
G
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
L
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
G
-
 
A
R
 
N
G
 
S
V
 
T
R
 
R
D
 
E
A
 
A
C
 
I
R
 
E
L
 
L
A
 
T
R
 
K
N
 
A
S
 
A
R
 
K
A
 
D
A
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
D
A
 
A
L
 
A
M
 
L
I
 
L
H
 
V
Q
 
T
P
 
P
P
 
Y
D
x
Y
P
 
N
F
 
K
S
 
P
A
 
T
P
 
Q
R
 
E
G
 
G
L
 
L
V
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
V
 
Y
K
 
K
A
 
A
V
 
I
S
 
A
D
 
E
A
 
A
A
 
V
E
 
E
G
 
-
L
 
L
P
 
P
T
 
L
V
 
I
L
 
L
Y
|
Y
-
 
N
-
 
V
-
 
P
-
 
G
-
x
R
-
 
T
-
 
G
-
 
V
-
 
D
L
 
L
R
 
S
N
 
N
D
 
D
A
 
T
I
 
-
G
 
-
I
 
-
K
 
-
A
 
A
I
 
V
R
 
R
E
 
-
L
 
L
C
 
A
E
 
E
L
 
I
P
 
P
S
 
N
V
 
I
I
 
V
G
 
G
V
 
I
K
|
K
W
 
D
A
 
A
T
 
T
P
 
G
N
 
D
P
 
V
L
 
P
K
 
R
L
 
G
A
 
K
E
 
A
A
 
L
I
 
I
G
 
D
A
 
A
T
 
L
D
 
N
P
 
G
G
 
K
I
 
M
-
 
A
V
 
V
W
 
Y
V
 
S
G
 
G
G
 
D
L
 
D
A
 
E
E
 
T
V
 
A
W
 
W
A
 
-
P
 
-
A
 
E
F
 
L
Y
 
M
A
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
A
R
 
D
G
 
G
F
 
N
T
x
I
S
 
S
G
 
V
L
 
T
I
 
A
N
 
N
V
 
I
W
 
A
P
 
P
Q
 
K
R
 
A
S
 
M
V
 
S
A
 
E
I
 
V
H
 
C
A
 
A
A
 
V
L
 
A
E
 
I
E
 
A
G
 
K
D
 
D
Y
 
E
R
 
Q
E
 
Q
A
 
A
N
 
K
R
 
T
L
 
L
I
 
N
A
 
N
R
 
K
M
 
I
R
 
A
A
 
N
F
 
L
E
 
H
D
 
N
I
 
I
R
 
L
A
x
F
E
 
C
E
 
E
M
 
-
N
 
-
G
 
-
T
 
S
N
|
N
V
 
P
T
 
I
G
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
W
A
 
A
L
 
L
A
 
H
A
 
E
I
 
M
G
 
G
Y
 
L
-
 
I
D
 
D
C
 
T
G
 
G
A
 
I
T
 
R
R
 
L
P
 
P
P
 
L
S
 
T
A
 
-
W
 
-
P
 
P
L
 
L
T
 
A
G
 
E
A
 
Q
Q
 
Y
Q
 
R
T
 
E
A
 
P
L
 
L
Q
 
R
D
 
N
F
 
A
I
 
L
K
 
K
S
 
D
N
 
A
G
 
G
I
 
I

Q5HG25 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; EC 4.3.3.7 from Staphylococcus aureus (strain COL) (see paper)
27% identity, 73% coverage: 11:228/300 of query aligns to 7:227/295 of Q5HG25

query
sites
Q5HG25
G
 
G
I
 
V
S
 
G
G
 
V
I
 
A
L
 
L
V
 
T
T
 
T
P
 
P
Y
 
F
D
 
-
A
 
T
K
 
N
G
 
N
E
 
K
I
 
V
D
 
N
P
 
I
A
 
E
R
 
A
Q
 
L
K
 
K
A
 
T
I
 
H
V
 
V
D
 
N
K
 
F
A
 
L
I
 
L
A
 
E
A
 
N
G
 
N
V
 
A
Q
 
Q
I
 
A
L
 
I
V
 
I
A
 
V
N
 
N
G
 
G
N
 
T
T
|
T
G
 
A
E
 
E
F
 
S
Y
 
P
A
 
T
L
 
L
T
 
T
I
 
T
E
 
D
E
 
E
A
 
K
E
 
E
I
 
R
M
 
I
V
 
L
R
 
K
A
 
T
A
 
V
A
 
I
E
 
D
H
 
L
V
 
V
A
 
D
G
 
K
R
 
R
V
 
V
P
 
P
L
 
V
L
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
G
R
 
T
G
 
N
-
 
D
V
 
T
R
 
E
D
 
K
A
 
S
C
 
I
R
 
Q
L
 
A
A
 
S
R
 
I
N
 
Q
S
 
A
R
 
K
A
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
D
A
 
A
L
 
I
M
 
M
I
 
L
H
 
I
Q
 
T
P
 
P
P
 
Y
D
 
Y
P
 
N
F
 
K
S
 
T
A
 
N
P
 
Q
R
 
R
G
 
G
L
 
L
V
 
V
D
 
K
Y
 
H
V
 
F
K
 
E
A
 
A
V
 
I
S
 
A
D
 
D
A
 
A
A
 
V
E
 
K
G
 
-
L
 
L
P
 
P
T
 
V
V
 
V
L
 
L
Y
 
Y
-
 
N
-
 
V
-
 
P
-
 
S
L
 
R
R
 
T
N
 
N
D
 
M
A
 
T
I
 
I
G
 
E
I
 
P
K
 
E
A
 
T
I
 
V
R
 
E
E
 
I
L
 
L
C
 
S
E
 
Q
L
 
H
P
 
P
S
 
Y
V
 
I
I
 
V
G
 
A
V
 
L
K
|
K
W
 
D
A
 
A
T
 
T
P
 
N
N
 
D
P
 
F
L
 
E
K
 
Y
L
 
L
A
 
E
E
 
E
A
 
V
I
 
K
G
 
K
A
 
R
T
 
I
D
 
D
P
 
T
G
 
N
I
 
S
V
 
F
W
 
A
V
 
L
G
 
Y
G
 
S
L
 
G
A
 
N
E
 
D
V
 
D
W
 
N
A
 
V
P
 
V
A
 
E
F
 
Y
Y
 
Y
A
 
Q
V
 
R
G
 
G
A
 
G
R
 
Q
G
 
G
F
 
V
T
 
I
S
 
S
G
 
V
L
 
I
I
 
A
N
 
N
V
 
V
W
 
I
P
 
P
Q
 
K
R
 
E
S
 
F
V
 
Q
A
 
A
I
 
L
H
 
Y
A
 
D
A
 
A
L
 
Q
E
 
Q
E
 
S
G
 
G

3di1B Crystal structure of the staphylococcus aureus dihydrodipicolinate synthase-pyruvate complex (see paper)
27% identity, 73% coverage: 11:228/300 of query aligns to 7:227/291 of 3di1B

query
sites
3di1B
G
 
G
I
 
V
S
 
G
G
 
V
I
x
A
L
 
L
V
 
T
T
 
T
P
 
P
Y
 
F
D
 
-
A
 
T
K
 
N
G
 
N
E
 
K
I
 
V
D
 
N
P
 
I
A
 
E
R
 
A
Q
 
L
K
 
K
A
 
T
I
 
H
V
 
V
D
 
N
K
 
F
A
 
L
I
 
L
A
 
E
A
 
N
G
 
N
V
 
A
Q
 
Q
I
 
A
L
 
I
V
 
I
A
 
V
N
 
N
G
|
G
N
x
T
T
|
T
G
 
A
E
 
E
F
 
S
Y
 
P
A
 
T
L
 
L
T
 
T
I
 
T
E
 
D
E
 
E
A
 
K
E
 
E
I
 
R
M
 
I
V
 
L
R
 
K
A
 
T
A
 
V
A
 
I
E
 
D
H
 
L
V
 
V
A
 
D
G
 
K
R
 
R
V
 
V
P
 
P
L
 
V
L
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
T
G
 
G
R
 
T
G
 
N
-
 
D
V
 
T
R
 
E
D
 
K
A
 
S
C
 
I
R
 
Q
L
 
A
A
 
S
R
 
I
N
 
Q
S
 
A
R
 
K
A
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
D
A
 
A
L
 
I
M
 
M
I
 
L
H
 
I
Q
 
T
P
 
P
P
 
Y
D
x
Y
P
 
N
F
 
K
S
 
T
A
 
N
P
 
Q
R
 
R
G
 
G
L
 
L
V
 
V
D
 
K
Y
 
H
V
 
F
K
 
E
A
 
A
V
 
I
S
 
A
D
 
D
A
 
A
A
 
V
E
 
K
G
 
-
L
 
L
P
 
P
T
 
V
V
 
V
L
 
L
Y
|
Y
-
 
N
-
 
V
-
 
P
-
 
S
L
x
R
R
 
T
N
 
N
D
 
M
A
 
T
I
 
I
G
 
E
I
 
P
K
 
E
A
 
T
I
 
V
R
 
E
E
 
I
L
 
L
C
 
S
E
 
Q
L
 
H
P
 
P
S
 
Y
V
 
I
I
 
V
G
 
A
V
 
L
K
|
K
W
 
D
A
 
A
T
 
T
P
 
N
N
 
D
P
 
F
L
 
E
K
 
Y
L
 
L
A
 
E
E
 
E
A
 
V
I
 
K
G
 
K
A
 
R
T
 
I
D
 
D
P
 
T
G
 
N
I
 
S
V
 
F
W
 
A
V
 
L
G
 
Y
G
 
S
L
 
G
A
 
N
E
 
D
V
 
D
W
 
N
A
 
V
P
 
V
A
 
E
F
 
Y
Y
 
Y
A
 
Q
V
 
R
G
 
G
A
 
G
R
 
Q
G
 
G
F
 
V
T
x
I
S
 
S
G
 
V
L
 
I
I
 
A
N
 
N
V
 
V
W
 
I
P
 
P
Q
 
K
R
 
E
S
 
F
V
 
Q
A
 
A
I
 
L
H
 
Y
A
 
D
A
 
A
L
 
Q
E
 
Q
E
 
S
G
 
G

Q8UGL3 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; EC 4.3.3.7 from Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (Agrobacterium tumefaciens (strain C58)) (see paper)
30% identity, 94% coverage: 16:298/300 of query aligns to 9:292/294 of Q8UGL3

query
sites
Q8UGL3
L
 
L
V
 
I
T
 
T
P
 
P
Y
 
F
D
 
T
A
 
D
K
 
N
G
 
G
E
 
S
I
 
V
D
 
D
P
 
E
A
 
K
R
 
A
Q
 
F
K
 
A
A
 
A
I
 
H
V
 
V
D
 
E
K
 
W
A
 
Q
I
 
I
A
 
A
A
 
E
G
 
G
V
 
S
Q
 
N
I
 
G
L
 
L
V
 
V
A
 
P
N
 
V
G
 
G
N
 
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
F
 
S
Y
x
P
A
 
T
L
 
L
T
 
S
I
 
H
E
 
D
E
 
E
A
x
H
E
 
K
I
 
R
M
 
V
V
 
V
R
 
E
A
 
L
A
 
C
A
 
I
E
 
E
H
 
V
V
 
A
A
 
A
G
 
K
R
 
R
V
 
V
P
 
P
L
 
V
L
 
I
A
 
A
G
 
G
V
 
A
G
 
G
R
 
S
G
x
N
V
 
N
R
 
T
D
 
D
-
x
E
A
 
A
C
 
I
R
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
L
N
 
H
S
 
A
R
 
Q
A
 
E
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
A
 
A
L
 
L
M
 
L
I
 
V
H
 
V
Q
 
T
P
 
P
P
x
Y
D
 
Y
P
 
N
F
 
K
S
 
P
A
 
T
P
 
Q
R
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
F
D
 
A
Y
 
H
V
 
F
K
 
S
A
 
A
V
 
V
S
 
A
D
 
E
A
 
A
A
 
V
E
 
K
G
 
-
L
 
L
P
 
P
T
 
I
V
 
V
L
 
I
Y
 
Y
-
 
N
-
 
I
-
 
P
-
 
P
-
 
R
-
 
S
-
 
V
-
 
V
-
 
D
L
 
M
R
 
S
N
 
P
D
 
E
A
 
T
I
 
M
G
 
G
-
 
A
-
 
L
I
 
V
K
 
K
A
 
A
I
 
H
R
 
K
E
 
-
L
 
-
C
 
-
E
 
-
L
 
-
P
 
-
S
 
N
V
 
I
I
 
I
G
 
G
V
 
V
K
|
K
W
 
D
A
 
A
T
 
T
P
 
G
N
 
K
P
 
L
L
 
D
K
 
R
L
 
V
A
 
S
E
 
E
A
 
Q
I
 
R
G
 
I
A
 
S
T
 
C
D
 
G
P
 
K
G
 
D
I
 
F
V
 
V
W
 
Q
V
 
L
G
 
S
G
 
G
L
 
-
A
 
E
E
 
D
V
 
G
W
 
T
A
 
A
P
 
L
A
 
G
F
 
F
Y
 
N
A
 
A
V
 
H
G
 
G
A
 
G
R
 
V
G
 
G
F
 
C
T
 
I
S
 
S
G
 
V
L
 
T
I
 
A
N
 
N
V
 
V
W
 
A
P
 
P
Q
 
R
R
 
L
S
 
C
V
 
S
A
 
E
I
 
F
H
 
Q
A
 
A
A
 
A
L
 
M
E
 
L
E
 
A
G
 
G
D
 
D
Y
 
Y
R
 
A
E
 
K
A
 
A
N
 
L
R
 
E
L
 
Y
I
 
Q
A
 
D
R
 
R
M
 
L
R
 
M
A
 
P
F
 
L
E
 
H
D
 
-
I
 
-
R
 
R
A
 
A
E
 
I
E
 
F
M
 
M
N
 
E
G
 
-
T
 
P
N
 
G
V
 
V
T
 
C
G
 
G
V
 
T
K
 
K
A
 
Y
A
 
A
L
 
L
A
 
S
A
 
K
I
 
T
G
 
R
Y
 
G
D
 
G
C
 
N
G
 
R
A
 
R
T
 
V
R
 
R
P
 
S
P
 
P
S
 
L
A
 
M
W
 
S
P
 
T
L
 
L
T
 
E
G
 
P
A
 
A
Q
 
T
Q
 
E
T
 
A
A
 
A
L
 
I
Q
 
D
D
 
A
F
 
A
I
 
L
K
 
K
S
 
H
N
 
A
G
 
G
I
 
L

1o5kA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase (tm1521) from thermotoga maritima at 1.80 a resolution
24% identity, 96% coverage: 11:298/300 of query aligns to 5:294/295 of 1o5kA

query
sites
1o5kA
G
 
G
I
 
V
S
 
G
G
 
T
I
 
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
Y
 
F
D
 
-
A
 
K
K
 
N
G
 
G
E
 
E
I
 
L
D
 
D
P
 
L
A
 
E
R
 
S
Q
 
Y
K
 
E
A
 
R
I
 
L
V
 
V
D
 
R
K
 
Y
A
 
Q
I
 
L
A
 
E
A
 
N
G
 
G
V
 
V
Q
 
N
I
 
A
L
 
L
V
 
I
A
 
V
N
 
L
G
 
G
N
x
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
F
 
S
Y
 
P
A
 
T
L
 
V
T
 
N
I
 
E
E
 
D
E
 
E
A
 
R
E
 
E
I
 
K
M
 
L
V
 
V
R
 
S
A
 
R
A
 
T
A
 
L
E
|
E
H
 
I
V
 
V
A
x
D
G
 
G
R
 
K
V
 
I
P
 
P
L
 
V
L
 
I
A
 
V
G
 
G
V
 
A
G
 
G
-
 
T
R
 
N
G
 
S
V
 
T
R
 
E
D
 
K
A
 
T
C
 
L
R
 
K
L
 
L
A
 
V
R
 
K
N
 
Q
S
 
A
R
 
E
A
 
K
A
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
N
A
 
G
L
 
V
M
 
L
I
 
V
H
 
V
Q
 
T
P
 
P
P
 
Y
D
x
Y
P
 
N
F
 
K
S
 
P
A
 
T
P
 
Q
R
 
E
G
 
G
L
 
L
V
 
Y
D
 
Q
Y
 
H
V
 
Y
K
 
K
A
 
Y
V
 
I
S
 
S
D
 
E
A
 
R
A
 
T
E
 
D
G
 
-
L
 
L
P
 
G
T
 
I
V
 
V
L
 
V
Y
|
Y
L
 
N
R
 
V
N
 
P
D
 
G
A
x
R
I
 
T
G
 
G
I
 
V
K
 
N
A
 
V
I
 
L
R
 
P
E
 
E
L
 
T
-
 
A
-
 
A
-
 
R
-
 
I
-
 
A
C
 
A
E
 
D
L
 
L
P
 
K
S
 
N
V
 
V
I
 
V
G
 
G
V
 
I
K
|
K
W
 
E
A
 
A
T
 
N
P
 
P
N
 
D
P
 
I
L
 
D
K
 
Q
L
 
I
A
 
D
E
 
R
A
 
T
I
 
V
G
 
S
A
 
L
T
 
T
D
 
K
P
 
Q
G
 
A
-
 
R
-
 
S
-
 
D
-
 
F
I
 
M
V
 
V
W
 
W
V
 
S
G
 
G
G
 
N
L
 
D
A
 
D
E
 
R
V
 
T
W
 
F
A
 
-
P
 
-
A
 
Y
F
 
L
Y
 
L
A
 
C
V
 
A
G
 
G
A
 
G
R
 
D
G
 
G
F
 
V
T
x
I
S
 
S
G
 
V
L
 
V
I
 
S
N
 
N
V
 
V
W
 
A
P
 
P
Q
 
K
R
 
Q
S
 
M
V
 
V
A
 
E
I
 
L
H
 
C
A
 
A
A
 
E
L
 
Y
E
 
F
E
 
S
G
 
G
D
 
N
Y
 
L
R
 
E
E
 
K
A
 
S
N
 
R
R
 
E
L
 
V
I
 
H
A
 
R
R
 
K
M
 
L
R
 
R
A
 
P
F
 
L
E
 
M
D
 
K
I
 
A
R
 
L
A
 
F
E
 
V
E
 
E
M
 
-
N
 
-
G
 
-
T
 
T
N
 
N
V
 
P
T
 
I
G
 
P
V
 
V
K
 
K
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
N
A
 
L
I
 
M
G
 
G
Y
 
F
D
 
I
C
 
E
G
 
N
A
 
E
T
 
L
R
 
R
P
 
L
P
 
P
S
 
L
A
 
V
W
 
-
P
 
P
L
 
A
T
 
S
G
 
E
A
 
K
Q
 
T
Q
 
V
T
 
E
A
 
L
L
 
L
Q
 
R
D
 
N
F
 
V
I
 
L
K
 
K
S
 
E
N
 
S
G
 
G
I
 
L

Query Sequence

>YP_002827150.1 NCBI__GCF_000018545.1:YP_002827150.1
MAHDLRSALTGISGILVTPYDAKGEIDPARQKAIVDKAIAAGVQILVANGNTGEFYALTI
EEAEIMVRAAAEHVAGRVPLLAGVGRGVRDACRLARNSRAAGAAALMIHQPPDPFSAPRG
LVDYVKAVSDAAEGLPTVLYLRNDAIGIKAIRELCELPSVIGVKWATPNPLKLAEAIGAT
DPGIVWVGGLAEVWAPAFYAVGARGFTSGLINVWPQRSVAIHAALEEGDYREANRLIARM
RAFEDIRAEEMNGTNVTGVKAALAAIGYDCGATRPPSAWPLTGAQQTALQDFIKSNGIRF

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory