SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing YP_004134408.1 NCBI__GCF_000185905.1:YP_004134408.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
54% identity, 98% coverage: 1:238/242 of query aligns to 1:238/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
M
 
M
D
 
V
F
 
S
E
 
D
I
 
I
V
 
V
L
 
L
S
 
E
A
 
V
D
 
Q
R
 
S
I
 
L
V
 
H
A
 
V
R
 
Y
Y
|
Y
G
 
G
A
 
A
I
 
I
E
 
H
A
 
A
L
 
I
H
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
D
L
 
L
S
 
K
V
 
V
K
 
P
R
 
R
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
V
 
V
A
 
T
L
 
L
L
 
I
G
 
G
A
 
A
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
V
 
T
L
 
L
R
 
S
T
 
A
L
 
I
S
 
A
G
 
G
L
 
L
I
 
V
A
 
R
A
 
A
S
 
Q
S
 
K
G
 
G
N
 
K
V
 
I
R
 
I
F
 
F
L
 
N
G
 
G
E
 
Q
D
 
D
I
 
I
T
 
T
K
 
N
A
 
K
P
 
P
A
 
A
H
 
H
R
 
V
L
 
I
P
 
N
H
 
R
R
 
M
G
 
G
L
 
I
V
 
A
H
 
L
V
 
V
P
 
P
E
|
E
G
 
G
R
 
R
R
 
R
I
 
I
F
 
F
G
 
P
D
 
E
M
 
L
T
 
T
I
 
V
K
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
L
D
 
M
L
 
M
G
 
G
S
 
A
F
 
Y
T
 
N
L
 
R
A
 
K
D
 
D
D
 
K
T
 
E
E
 
G
R
 
I
R
 
K
R
 
R
R
 
D
L
 
L
D
 
E
H
 
W
V
 
I
F
 
F
E
 
S
L
 
L
F
 
F
P
 
P
I
 
R
L
 
L
A
 
K
R
 
E
R
 
R
K
 
L
N
 
K
G
 
Q
D
 
L
A
 
G
R
 
G
N
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
L
 
L
A
 
A
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
S
A
 
R
P
 
P
K
 
K
V
 
L
L
 
L
L
 
M
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
S
M
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
A
P
 
P
Q
 
I
L
 
L
I
 
V
K
 
S
E
 
E
V
 
V
M
 
F
N
 
E
I
 
V
V
 
I
Q
 
Q
R
 
K
L
 
I
N
 
N
R
 
Q
Q
 
E
G
 
G
V
 
T
T
 
T
I
 
I
L
 
L
L
 
L
V
 
V
E
 
E
Q
 
Q
N
 
N
S
 
A
K
 
L
V
 
G
A
 
A
L
 
L
K
 
K
F
 
V
A
 
A
D
 
H
Y
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
L
 
L
K
 
E
A
 
T
G
 
G
R
 
Q
I
 
I
V
 
V
L
 
L
E
 
E
G
 
G
P
 
K
G
 
A
S
 
S
E
 
E
L
 
L
A
 
L
S
 
D
N
 
N
E
 
E
A
 
M
V
 
V
I
 
R
S
 
K
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
33% identity, 96% coverage: 6:238/242 of query aligns to 4:253/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
V
 
I
L
 
L
S
 
R
A
 
T
D
 
E
R
 
N
I
 
I
V
 
V
A
 
K
R
 
Y
Y
x
F
G
 
G
A
 
E
I
x
F
E
 
K
A
 
A
L
 
L
H
 
D
G
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
I
S
 
S
V
 
V
K
 
N
R
 
K
G
 
G
Q
 
D
I
 
V
V
 
T
A
 
L
L
 
I
L
 
I
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
V
 
L
L
 
I
R
 
N
T
 
V
L
 
I
S
 
T
G
 
G
L
 
F
I
 
L
A
 
K
A
 
A
S
 
D
S
 
E
G
 
G
N
 
R
V
 
V
R
 
Y
F
 
F
L
 
E
G
 
N
E
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
T
K
 
N
A
 
K
P
 
E
A
 
P
H
 
A
R
 
E
L
 
L
P
 
Y
H
 
H
R
 
Y
G
 
G
L
 
I
V
 
V
H
 
R
V
 
T
P
 
F
E
 
Q
G
 
T
R
 
P
R
 
Q
I
 
P
F
 
L
G
 
K
D
 
E
M
 
M
T
 
T
I
 
V
K
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
D
 
L
L
 
I
G
 
G
S
 
E
F
 
I
T
 
C
-
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
Y
-
 
K
-
 
K
-
 
W
L
 
I
A
 
P
D
 
K
D
 
E
T
 
E
E
 
E
R
 
M
R
 
V
R
 
E
R
 
K
L
 
A
D
 
F
H
 
K
V
 
I
F
 
L
E
 
E
L
 
F
F
 
L
P
 
K
I
 
L
-
 
S
-
 
H
L
 
L
A
 
Y
R
 
D
R
 
R
K
 
K
N
 
A
G
 
G
D
 
E
A
 
-
R
 
-
N
 
-
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
M
 
L
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
T
A
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
I
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
P
 
P
Q
 
G
L
 
L
I
 
A
K
 
H
E
 
D
V
 
I
M
 
F
N
 
N
I
 
H
V
 
V
Q
 
L
R
 
E
L
 
L
N
 
K
R
 
A
Q
 
K
G
 
G
V
 
I
T
 
T
I
 
F
L
 
L
L
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
S
 
L
K
 
D
V
 
I
A
 
V
L
 
L
K
 
N
F
 
Y
A
 
I
D
 
D
Y
 
H
G
 
L
Y
 
Y
V
 
V
L
 
M
K
 
F
A
 
N
G
 
G
R
 
Q
I
 
I
V
 
I
L
 
A
E
 
E
G
 
G
P
 
R
G
 
G
S
 
E
E
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
L
 
V
A
 
L
S
 
S
N
 
D
E
 
P
A
 
K
V
 
V
I
 
V
S
 
E
A
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
33% identity, 96% coverage: 6:238/242 of query aligns to 4:253/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
V
 
I
L
 
L
S
 
R
A
 
T
D
 
E
R
 
N
I
 
I
V
 
V
A
 
K
R
 
Y
Y
x
F
G
 
G
A
 
E
I
x
F
E
 
K
A
 
A
L
 
L
H
 
D
G
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
I
S
 
S
V
 
V
K
 
C
R
 
K
G
 
G
Q
 
D
I
 
V
V
 
T
A
 
L
L
 
I
L
 
I
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
V
 
L
L
 
I
R
 
N
T
 
V
L
 
I
S
 
T
G
 
G
L
 
F
I
 
L
A
 
K
A
 
A
S
 
D
S
 
E
G
 
G
N
 
R
V
 
V
R
 
Y
F
 
F
L
 
E
G
 
N
E
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
T
K
 
N
A
 
K
P
 
E
A
 
P
H
 
A
R
 
E
L
 
L
P
 
Y
H
 
H
R
 
Y
G
 
G
L
 
I
V
 
V
H
 
R
V
 
T
P
 
F
E
 
Q
G
 
T
R
 
P
R
 
Q
I
 
P
F
 
L
G
 
K
D
 
E
M
 
M
T
 
T
I
 
V
K
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
D
 
L
L
 
I
G
 
G
S
 
E
F
 
I
T
 
N
-
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
Y
-
 
K
-
 
K
-
 
W
L
 
I
A
 
P
D
 
K
D
 
E
T
 
E
E
 
E
R
 
M
R
 
V
R
 
E
R
 
K
L
 
A
D
 
F
H
 
K
V
 
I
F
 
L
E
 
E
L
 
F
F
 
L
P
 
K
I
 
L
-
 
S
-
 
H
L
 
L
A
 
Y
R
 
D
R
 
R
K
 
K
N
 
A
G
 
G
D
 
E
A
 
-
R
 
-
N
 
-
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
M
 
L
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
T
A
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
M
L
 
I
L
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
I
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
P
 
P
Q
 
G
L
 
L
I
 
A
K
 
H
E
 
D
V
 
I
M
 
F
N
 
N
I
 
H
V
 
V
Q
 
L
R
 
E
L
 
L
N
 
K
R
 
A
Q
 
K
G
 
G
V
 
I
T
 
T
I
 
F
L
 
L
L
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
S
 
L
K
 
D
V
 
I
A
 
V
L
 
L
K
 
N
F
 
Y
A
 
I
D
 
D
Y
 
H
G
 
L
Y
 
Y
V
 
V
L
 
M
K
 
F
A
 
N
G
 
G
R
 
Q
I
 
I
V
 
I
L
 
A
E
 
E
G
 
G
P
 
R
G
 
G
S
 
E
E
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
L
 
V
A
 
L
S
 
S
N
 
D
E
 
P
A
 
K
V
 
V
I
 
V
S
 
E
A
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
33% identity, 96% coverage: 6:238/242 of query aligns to 2:235/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
V
 
I
L
 
L
S
 
K
A
 
A
D
 
Q
R
 
H
I
 
L
V
 
A
A
 
K
R
 
S
Y
 
Y
G
 
K
A
 
K
I
 
R
E
 
K
A
 
V
L
 
V
H
 
S
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
Q
V
 
V
K
 
E
R
 
S
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
V
 
S
L
 
F
R
 
Y
T
 
M
L
 
I
S
 
V
G
 
G
L
 
L
I
 
V
A
 
A
A
 
R
S
 
D
S
 
E
G
 
G
N
 
T
V
 
I
R
 
T
F
 
I
L
 
D
G
 
D
E
 
N
D
 
D
I
 
I
T
 
S
K
 
I
A
 
L
P
 
P
A
 
M
H
 
H
R
 
S
L
 
R
P
 
S
H
 
R
R
 
M
G
 
G
L
 
I
V
 
G
H
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
I
 
I
F
 
F
G
 
R
D
 
K
M
 
L
T
 
S
I
 
V
K
 
E
E
 
D
N
 
N
L
 
I
D
 
M
L
 
A
G
 
V
S
 
L
F
 
Q
T
 
T
L
 
R
A
 
E
D
 
E
D
 
L
T
 
T
-
 
H
-
x
E
E
 
E
R
 
R
R
 
Q
R
x
D
R
 
K
L
 
L
D
 
E
H
 
D
V
 
L
F
 
L
E
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
Q
A
 
H
R
 
I
R
 
R
K
 
K
N
 
S
G
 
A
D
 
-
A
 
G
R
 
M
N
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
A
 
N
P
 
P
K
 
Q
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
Q
 
I
L
 
S
I
 
V
K
 
I
E
 
D
V
 
I
M
 
K
N
 
K
I
 
I
V
 
I
Q
 
E
R
 
H
L
 
L
N
 
R
R
 
D
Q
 
R
G
 
G
V
 
L
T
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
S
 
V
K
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
D
F
 
V
A
 
C
D
 
E
Y
 
K
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
K
 
S
A
 
Q
G
 
G
R
 
R
I
 
L
V
 
I
L
 
A
E
 
E
G
 
G
P
 
T
G
 
P
S
 
Q
E
 
D
L
 
V
A
 
L
S
 
N
N
 
N
E
 
E
A
 
Q
V
 
V
I
 
K
S
 
Q
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
31% identity, 96% coverage: 6:238/242 of query aligns to 2:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
V
 
T
L
 
L
S
 
T
A
 
A
D
 
K
R
 
N
I
 
L
V
 
A
A
 
K
R
 
A
Y
|
Y
G
 
K
A
 
G
I
 
R
E
 
R
A
 
V
L
 
V
H
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
T
V
 
V
K
 
N
R
 
S
G
 
G
Q
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
V
 
T
L
 
F
R
 
Y
T
 
M
L
 
V
S
 
V
G
 
G
L
 
I
I
 
V
A
 
P
A
 
R
S
 
D
S
 
A
G
 
G
N
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
L
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
S
K
 
L
A
 
L
P
 
P
A
 
L
H
 
H
R
 
A
L
 
R
P
 
A
H
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
I
V
 
G
H
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
I
 
I
F
 
F
G
 
R
D
 
R
M
 
L
T
 
S
I
 
V
K
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
D
 
-
L
 
M
G
 
A
S
 
V
F
 
L
T
 
Q
L
 
I
A
 
R
D
 
D
D
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
A
T
 
E
E
 
Q
R
 
R
R
 
E
R
 
D
R
 
R
L
 
A
D
 
N
H
 
E
V
 
L
F
 
M
E
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
A
 
E
R
 
H
R
 
L
K
 
R
N
 
D
G
 
S
D
 
M
A
 
G
R
 
Q
N
x
S
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
A
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
|
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
Q
 
I
L
 
S
I
 
V
K
 
I
E
 
D
V
 
I
M
 
K
N
 
R
I
 
I
V
 
I
Q
 
E
R
 
H
L
 
L
N
 
R
R
 
D
Q
 
S
G
 
G
V
 
L
T
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
S
 
V
K
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
A
F
 
V
A
 
C
D
 
E
Y
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
K
 
S
A
 
Q
G
 
G
R
 
H
I
 
L
V
 
I
L
 
A
E
 
H
G
 
G
P
 
T
G
 
P
S
 
T
E
 
E
L
 
I
A
 
L
S
 
Q
N
 
D
E
 
E
A
 
H
V
 
V
I
 
K
S
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
31% identity, 96% coverage: 6:238/242 of query aligns to 2:235/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
V
 
T
L
 
L
S
 
T
A
 
A
D
 
K
R
 
N
I
 
L
V
 
A
A
 
K
R
 
A
Y
 
Y
G
 
K
A
 
G
I
 
R
E
 
R
A
 
V
L
 
V
H
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
T
V
 
V
K
 
N
R
 
S
G
 
G
Q
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
V
 
T
L
 
F
R
 
Y
T
 
M
L
 
V
S
 
V
G
 
G
L
 
I
I
 
V
A
 
P
A
 
R
S
 
D
S
 
A
G
 
G
N
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
L
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
S
K
 
L
A
 
L
P
 
P
A
 
L
H
 
H
R
 
A
L
 
R
P
 
A
H
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
I
V
 
G
H
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
I
 
I
F
 
F
G
x
R
D
 
R
M
 
L
T
 
S
I
 
V
K
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
D
 
-
L
 
M
G
 
A
S
 
V
F
 
L
T
 
Q
L
 
I
A
 
R
D
 
D
D
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
A
T
 
E
E
 
Q
R
 
R
R
 
E
R
 
D
R
 
R
L
 
A
D
 
N
H
 
E
V
 
L
F
 
M
E
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
A
 
E
R
 
H
R
 
L
K
 
R
N
 
D
G
 
S
D
x
M
A
x
G
R
x
Q
N
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
A
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
Q
 
I
L
 
S
I
 
V
K
 
I
E
 
D
V
 
I
M
 
K
N
 
R
I
 
I
V
 
I
Q
 
E
R
 
H
L
 
L
N
 
R
R
 
D
Q
 
S
G
 
G
V
 
L
T
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
S
 
V
K
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
A
F
 
V
A
 
C
D
 
E
Y
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
K
 
S
A
 
Q
G
 
G
R
 
H
I
 
L
V
 
I
L
 
A
E
 
H
G
 
G
P
 
T
G
 
P
S
 
T
E
 
E
L
 
I
A
 
L
S
 
Q
N
 
D
E
 
E
A
 
H
V
 
V
I
 
K
S
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
31% identity, 96% coverage: 6:238/242 of query aligns to 2:235/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
V
 
T
L
 
L
S
 
T
A
 
A
D
 
K
R
 
N
I
 
L
V
 
A
A
 
K
R
 
A
Y
|
Y
G
 
K
A
 
G
I
x
R
E
 
R
A
 
V
L
 
V
H
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
T
V
 
V
K
 
N
R
 
S
G
 
G
Q
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
V
 
T
L
 
F
R
 
Y
T
 
M
L
 
V
S
 
V
G
 
G
L
 
I
I
 
V
A
 
P
A
 
R
S
 
D
S
 
A
G
 
G
N
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
L
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
S
K
 
L
A
 
L
P
 
P
A
 
L
H
 
H
R
 
A
L
 
R
P
 
A
H
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
I
V
 
G
H
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
I
 
I
F
 
F
G
 
R
D
 
R
M
 
L
T
 
S
I
 
V
K
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
D
 
-
L
 
M
G
 
A
S
 
V
F
 
L
T
 
Q
L
 
I
A
 
R
D
 
D
D
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
A
T
 
E
E
 
Q
R
 
R
R
 
E
R
 
D
R
 
R
L
 
A
D
 
N
H
 
E
V
 
L
F
 
M
E
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
A
 
E
R
 
H
R
 
L
K
 
R
N
 
D
G
 
S
D
 
M
A
 
G
R
 
Q
N
x
S
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
|
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
A
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
Q
 
I
L
 
S
I
 
V
K
 
I
E
 
D
V
 
I
M
 
K
N
 
R
I
 
I
V
 
I
Q
 
E
R
 
H
L
 
L
N
 
R
R
 
D
Q
 
S
G
 
G
V
 
L
T
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
S
 
V
K
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
A
F
 
V
A
 
C
D
 
E
Y
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
K
 
S
A
 
Q
G
 
G
R
 
H
I
 
L
V
 
I
L
 
A
E
 
H
G
 
G
P
 
T
G
 
P
S
 
T
E
 
E
L
 
I
A
 
L
S
 
Q
N
 
D
E
 
E
A
 
H
V
 
V
I
 
K
S
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
31% identity, 96% coverage: 6:238/242 of query aligns to 3:236/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
V
 
T
L
 
L
S
 
T
A
 
A
D
 
K
R
 
N
I
 
L
V
 
A
A
 
K
R
 
A
Y
|
Y
G
 
K
A
 
G
I
x
R
E
 
R
A
x
V
L
 
V
H
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
T
V
 
V
K
 
N
R
 
S
G
 
G
Q
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
V
 
T
L
 
F
R
 
Y
T
 
M
L
 
V
S
 
V
G
 
G
L
 
I
I
 
V
A
 
P
A
 
R
S
 
D
S
 
A
G
 
G
N
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
L
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
S
K
 
L
A
 
L
P
 
P
A
 
L
H
 
H
R
 
A
L
 
R
P
 
A
H
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
I
V
 
G
H
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
I
 
I
F
 
F
G
 
R
D
 
R
M
 
L
T
 
S
I
 
V
K
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
D
 
-
L
 
M
G
 
A
S
 
V
F
 
L
T
 
Q
L
 
I
A
 
R
D
 
D
D
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
A
T
 
E
E
 
Q
R
 
R
R
 
E
R
 
D
R
 
R
L
 
A
D
 
N
H
 
E
V
 
L
F
 
M
E
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
A
 
E
R
 
H
R
 
L
K
 
R
N
 
D
G
 
S
D
 
M
A
 
G
R
 
Q
N
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
A
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
Q
 
I
L
 
S
I
 
V
K
 
I
E
 
D
V
 
I
M
 
K
N
 
R
I
 
I
V
 
I
Q
 
E
R
 
H
L
 
L
N
 
R
R
 
D
Q
 
S
G
 
G
V
 
L
T
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
S
 
V
K
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
A
F
 
V
A
 
C
D
 
E
Y
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
K
 
S
A
 
Q
G
 
G
R
 
H
I
 
L
V
 
I
L
 
A
E
 
H
G
 
G
P
 
T
G
 
P
S
 
T
E
 
E
L
 
I
A
 
L
S
 
Q
N
 
D
E
 
E
A
 
H
V
 
V
I
 
K
S
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
31% identity, 96% coverage: 6:237/242 of query aligns to 2:234/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
V
 
T
L
 
L
S
 
T
A
 
A
D
 
K
R
 
N
I
 
L
V
 
A
A
 
K
R
 
A
Y
|
Y
G
 
K
A
 
G
I
x
R
E
 
R
A
x
V
L
 
V
H
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
T
V
 
V
K
 
N
R
 
S
G
 
G
Q
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
V
 
T
L
 
F
R
 
Y
T
 
M
L
 
V
S
 
V
G
 
G
L
 
I
I
 
V
A
 
P
A
 
R
S
 
D
S
 
A
G
 
G
N
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
L
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
S
K
 
L
A
 
L
P
 
P
A
x
L
H
|
H
R
 
A
L
 
R
P
 
A
H
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
I
V
 
G
H
 
Y
V
 
L
P
|
P
E
x
Q
G
 
E
R
x
A
R
x
S
I
 
I
F
|
F
G
x
R
D
x
R
M
x
L
T
 
S
I
 
V
K
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
D
 
-
L
 
M
G
 
A
S
x
V
F
 
L
T
 
Q
L
 
I
A
 
R
D
 
D
D
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
A
T
 
E
E
 
Q
R
 
R
R
 
E
R
 
D
R
 
R
L
 
A
D
 
N
H
 
E
V
 
L
F
 
M
E
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
A
 
E
R
 
H
R
 
L
K
 
R
N
 
D
G
 
S
D
 
M
A
 
G
R
x
Q
N
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
A
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
Q
 
I
L
 
S
I
 
V
K
 
I
E
 
D
V
 
I
M
 
K
N
 
R
I
 
I
V
 
I
Q
 
E
R
 
H
L
 
L
N
 
R
R
 
D
Q
 
S
G
 
G
V
 
L
T
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
S
 
V
K
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
A
F
 
V
A
 
C
D
 
E
Y
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
K
 
S
A
 
Q
G
 
G
R
 
H
I
 
L
V
 
I
L
 
A
E
 
H
G
 
G
P
 
T
G
 
P
S
 
T
E
 
E
L
 
I
A
 
L
S
 
Q
N
 
D
E
 
E
A
 
H
V
 
V
I
 
K
S
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
31% identity, 96% coverage: 6:237/242 of query aligns to 2:234/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
V
 
T
L
 
L
S
 
T
A
 
A
D
 
K
R
 
N
I
 
L
V
 
A
A
 
K
R
 
A
Y
|
Y
G
 
K
A
 
G
I
x
R
E
 
R
A
x
V
L
 
V
H
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
T
V
 
V
K
 
N
R
 
S
G
 
G
Q
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
V
 
T
L
 
F
R
 
Y
T
 
M
L
 
V
S
 
V
G
 
G
L
 
I
I
 
V
A
 
P
A
 
R
S
 
D
S
 
A
G
 
G
N
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
L
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
S
K
 
L
A
 
L
P
 
P
A
 
L
H
 
H
R
 
A
L
 
R
P
 
A
H
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
I
V
 
G
H
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
I
 
I
F
 
F
G
 
R
D
 
R
M
 
L
T
 
S
I
 
V
K
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
D
 
-
L
 
M
G
 
A
S
 
V
F
 
L
T
 
Q
L
 
I
A
 
R
D
 
D
D
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
A
T
 
E
E
 
Q
R
 
R
R
 
E
R
 
D
R
 
R
L
 
A
D
 
N
H
 
E
V
 
L
F
 
M
E
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
A
 
E
R
 
H
R
 
L
K
 
R
N
 
D
G
 
S
D
 
M
A
 
G
R
 
Q
N
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
A
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
Q
 
I
L
 
S
I
 
V
K
 
I
E
 
D
V
 
I
M
 
K
N
 
R
I
 
I
V
 
I
Q
 
E
R
 
H
L
 
L
N
 
R
R
 
D
Q
 
S
G
 
G
V
 
L
T
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
S
 
V
K
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
A
F
 
V
A
 
C
D
 
E
Y
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
K
 
S
A
 
Q
G
 
G
R
 
H
I
 
L
V
 
I
L
 
A
E
 
H
G
 
G
P
 
T
G
 
P
S
 
T
E
 
E
L
 
I
A
 
L
S
 
Q
N
 
D
E
 
E
A
 
H
V
 
V
I
 
K
S
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
31% identity, 95% coverage: 6:236/242 of query aligns to 2:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
V
 
T
L
 
L
S
 
T
A
 
A
D
 
K
R
 
N
I
 
L
V
 
A
A
 
K
R
 
A
Y
|
Y
G
 
K
A
 
G
I
x
R
E
 
R
A
x
V
L
 
V
H
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
T
V
 
V
K
 
N
R
 
S
G
 
G
Q
 
E
I
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
V
 
T
L
 
F
R
 
Y
T
 
M
L
 
V
S
 
V
G
 
G
L
 
I
I
 
V
A
 
P
A
 
R
S
 
D
S
 
A
G
 
G
N
 
N
V
 
I
R
 
I
F
 
I
L
 
D
G
 
D
E
 
D
D
 
D
I
 
I
T
 
S
K
 
L
A
 
L
P
 
P
A
 
L
H
 
H
R
 
A
L
 
R
P
 
A
H
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
I
V
 
G
H
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
I
 
I
F
|
F
G
x
R
D
x
R
M
 
L
T
 
S
I
 
V
K
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
D
 
-
L
 
M
G
 
A
S
 
V
F
 
L
T
 
Q
L
 
I
A
 
R
D
 
D
D
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
A
T
 
E
E
 
Q
R
 
R
R
 
E
R
 
D
R
 
R
L
 
A
D
 
N
H
 
E
V
 
L
F
 
M
E
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
A
 
E
R
 
H
R
 
L
K
 
R
N
 
D
G
 
S
D
 
M
A
 
G
R
 
Q
N
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
A
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
F
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
M
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
Q
 
I
L
 
S
I
 
V
K
 
I
E
 
D
V
 
I
M
 
K
N
 
R
I
 
I
V
 
I
Q
 
E
R
 
H
L
 
L
N
 
R
R
 
D
Q
 
S
G
 
G
V
 
L
T
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
S
 
V
K
 
R
V
 
E
A
 
T
L
 
L
K
 
A
F
 
V
A
 
C
D
 
E
Y
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
K
 
S
A
 
Q
G
 
G
R
 
H
I
 
L
V
 
I
L
 
A
E
 
H
G
 
G
P
 
T
G
 
P
S
 
T
E
 
E
L
 
I
A
 
L
S
 
Q
N
 
D
E
 
E
A
 
H
V
 
V
I
 
K
S
 
R
A
 
V
Y
 
Y

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
31% identity, 93% coverage: 6:230/242 of query aligns to 1:230/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
V
 
M
L
 
I
S
 
F
A
 
V
D
 
N
R
 
D
I
 
V
V
 
Y
A
 
K
R
 
N
Y
x
F
G
 
G
A
 
S
I
 
L
E
 
E
A
x
V
L
 
L
H
 
K
G
 
G
V
 
V
S
 
T
L
 
L
S
 
K
V
 
V
K
 
N
R
 
K
G
 
G
Q
 
E
I
 
V
V
 
V
A
 
V
L
 
I
L
 
I
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
V
 
L
L
 
L
R
 
R
T
 
C
L
 
I
S
 
N
G
 
L
L
 
L
I
 
E
A
 
E
A
 
P
S
 
T
S
 
K
G
 
G
N
 
E
V
 
V
R
 
F
F
 
I
L
 
D
G
 
G
E
 
V
D
 
K
I
 
I
T
 
N
K
 
N
A
 
G
P
 
K
A
 
V
H
 
N
R
 
I
L
 
N
P
 
K
H
 
V
R
 
R
G
 
Q
L
 
K
V
 
V
-
 
G
H
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
H
R
 
F
R
 
N
I
 
L
F
 
F
G
 
P
D
 
H
M
 
L
T
 
T
I
 
A
K
 
I
E
 
E
N
 
N
L
 
I
D
 
T
L
 
L
G
 
A
S
 
P
F
 
V
T
 
K
L
 
V
A
 
K
D
 
K
D
 
M
T
 
N
E
 
K
R
 
K
R
 
E
R
 
A
R
 
E
L
 
E
D
 
L
H
 
A
V
 
V
F
 
D
E
 
L
L
 
L
F
 
A
P
 
K
I
 
V
-
 
G
L
 
L
A
 
L
R
 
D
R
 
K
K
 
K
N
 
D
G
 
Q
D
 
Y
A
 
P
R
 
I
N
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R
L
 
L
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
M
A
 
Q
P
 
P
K
 
E
V
 
V
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
T
M
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
Q
 
E
L
 
M
I
 
V
K
 
K
E
 
E
V
 
V
M
 
L
N
 
N
I
 
V
V
 
M
Q
 
K
R
 
Q
L
 
L
N
 
A
R
 
N
Q
 
E
G
 
G
V
 
M
T
 
T
I
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
x
H
N
 
E
S
 
M
K
 
G
V
 
F
A
 
A
L
 
R
K
 
E
F
 
V
A
 
G
D
 
D
Y
 
R
G
 
V
Y
 
I
V
 
F
L
 
M
K
 
D
A
 
D
G
 
G
R
 
V
I
 
I
V
 
V
L
 
E
E
 
E
G
 
G
P
 
T
G
 
P
S
 
E
E
 
E
L
 
I
-
 
F
-
 
Y
-
 
R
A
 
A
S
 
K
N
 
N
E
 
E

4yerA Crystal structure of an abc transporter atp-binding protein (tm_1403) from thermotoga maritima msb8 at 2.35 a resolution
30% identity, 92% coverage: 4:226/242 of query aligns to 2:223/285 of 4yerA

query
sites
4yerA
E
 
E
I
 
D
V
 
I
L
 
I
S
 
V
A
 
V
D
 
E
R
 
N
I
 
L
V
 
V
A
 
K
R
 
K
Y
x
F
G
 
G
A
 
D
I
x
F
E
 
E
A
 
A
L
 
V
H
 
K
G
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
F
S
 
S
V
 
V
K
 
K
R
 
K
G
 
G
Q
 
E
I
 
I
V
 
F
A
 
A
L
 
F
L
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
V
 
T
L
 
I
R
 
H
T
 
M
L
 
L
S
 
T
G
 
T
L
 
L
I
 
L
A
 
K
A
 
P
S
 
T
S
 
S
G
 
G
N
 
K
V
 
A
R
 
W
F
 
V
L
 
A
G
 
G
E
 
H
D
 
D
I
 
V
T
 
L
K
 
K
A
 
E
P
 
P
A
 
-
H
 
-
R
 
R
L
 
E
P
 
V
H
 
R
R
 
R
G
 
K
L
 
I
V
 
G
H
 
I
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
D
R
 
Q
R
 
S
I
 
L
F
 
D
G
 
R
D
 
E
M
 
L
T
 
T
I
 
A
K
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
M
D
 
Y
L
 
I
G
 
H
S
 
G
F
 
K
T
 
I
L
 
Y
A
 
G
D
 
Y
D
 
G
T
 
G
E
 
E
R
 
K
R
 
L
R
 
K
R
 
K
L
 
R
D
 
I
H
 
L
V
 
E
F
 
L
E
 
L
L
 
E
F
 
F
P
 
V
I
 
E
L
 
L
A
 
L
R
 
E
R
 
F
K
 
K
N
 
D
G
 
K
D
 
P
A
 
V
R
 
K
N
x
T
L
x
F
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
 
M
Q
 
A
Q
 
R
M
 
R
L
 
L
A
 
E
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
S
L
 
L
M
 
I
A
 
H
A
 
E
P
 
P
K
 
E
V
 
V
L
 
L
L
 
F
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
M
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
D
P
 
P
Q
 
H
L
 
T
I
 
R
K
 
A
E
 
H
V
 
M
M
 
W
N
 
E
I
 
Y
V
 
I
Q
 
S
R
 
K
L
 
M
N
 
K
R
 
K
Q
 
E
-
 
H
G
 
N
V
 
M
T
 
T
I
 
I
L
 
F
L
 
L
V
 
T
E
 
T
Q
 
H
N
 
Y
S
 
M
K
 
D
V
 
E
A
 
A
L
 
E
K
 
Q
F
 
L
A
 
A
D
 
D
Y
 
R
G
 
V
Y
 
A
V
 
I
L
 
I
K
 
D
A
 
H
G
 
G
R
 
K
I
 
I
V
 
I
L
 
A
E
 
L
G
 
G
P
 
T
G
 
P
S
 
T
E
 
E
L
 
L

6z4wA Ftse structure from streptococcus pneumoniae in complex with adp (space group p 1) (see paper)
31% identity, 90% coverage: 12:230/242 of query aligns to 9:230/230 of 6z4wA

query
sites
6z4wA
I
 
V
V
 
V
A
 
K
R
 
K
Y
|
Y
-
 
D
G
 
N
A
 
G
I
x
T
E
 
T
A
|
A
L
 
L
H
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
V
S
 
S
V
 
V
K
 
Q
R
 
P
G
 
G
Q
 
E
I
 
F
V
 
A
A
 
Y
L
 
I
L
 
V
G
 
G
A
 
P
N
 
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
V
 
F
L
 
I
R
 
R
T
 
S
L
 
L
S
 
Y
G
 
R
L
 
E
I
 
V
A
 
K
A
 
I
S
 
D
S
 
K
G
 
G
N
 
S
V
 
L
R
 
S
F
 
V
L
 
A
G
 
G
E
 
F
D
 
N
I
 
L
T
 
V
K
 
K
A
 
I
P
 
K
A
 
K
H
 
K
R
 
D
L
 
V
P
 
P
-
 
L
-
 
L
H
 
R
R
 
R
G
 
S
L
 
V
V
 
G
H
 
V
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
D
R
 
Y
R
 
K
I
 
L
F
 
L
G
 
P
D
 
K
M
 
K
T
 
T
I
 
V
K
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
I
D
 
A
L
 
Y
G
 
A
S
 
M
F
 
E
T
 
V
L
 
I
A
 
G
D
 
E
D
 
N
T
 
R
E
 
R
R
 
N
-
 
I
R
 
K
R
 
R
R
 
R
L
 
V
D
 
M
H
 
E
V
 
V
F
 
L
E
 
D
L
 
L
F
 
V
P
 
G
I
 
-
L
 
L
A
 
K
R
 
H
R
 
K
K
 
V
N
 
R
G
 
S
D
 
F
A
 
P
R
 
N
N
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
I
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
M
 
V
A
 
N
A
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
V
L
 
L
L
 
I
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
M
 
G
G
 
N
L
 
L
A
 
D
P
 
P
Q
 
D
L
 
N
I
 
S
K
 
W
E
 
E
V
 
I
M
 
M
N
 
N
I
 
L
V
 
L
Q
 
E
R
 
R
L
 
I
N
 
N
R
 
L
Q
 
Q
G
 
G
V
 
T
T
 
T
I
 
I
L
 
L
L
 
M
V
 
A
E
 
T
Q
 
H
N
 
N
S
 
S
K
 
Q
V
 
I
A
 
V
L
 
N
K
 
T
F
 
L
A
 
R
D
 
H
Y
 
R
G
 
V
Y
 
I
V
 
A
L
 
I
K
 
E
A
 
N
G
 
G
R
 
R
I
 
V
V
 
V
L
 
R
E
 
D
G
 
E
P
 
S
G
 
K
S
 
G
E
 
E
L
 
Y
A
 
G
S
 
Y
N
 
D
E
 
D

A0A0H2ZM82 Cell division ATP-binding protein FtsE from Streptococcus pneumoniae serotype 2 (strain D39 / NCTC 7466) (see paper)
31% identity, 90% coverage: 12:230/242 of query aligns to 9:230/230 of A0A0H2ZM82

query
sites
A0A0H2ZM82
I
 
V
V
 
V
A
 
K
R
 
K
Y
 
Y
-
 
D
G
 
N
A
 
G
I
 
T
E
 
T
A
 
A
L
 
L
H
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
V
S
 
S
V
 
V
K
 
Q
R
 
P
G
 
G
Q
 
E
I
 
F
V
 
A
A
 
Y
L
 
I
L
 
V
G
 
G
A
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
V
 
F
L
 
I
R
 
R
T
 
S
L
 
L
S
 
Y
G
 
R
L
 
E
I
 
V
A
 
K
A
 
I
S
 
D
S
 
K
G
 
G
N
 
S
V
 
L
R
 
S
F
 
V
L
 
A
G
 
G
E
 
F
D
 
N
I
 
L
T
 
V
K
 
K
A
 
I
P
 
K
A
 
K
H
 
K
R
 
D
L
 
V
P
 
P
-
 
L
-
 
L
H
 
R
R
 
R
G
 
S
L
 
V
V
 
G
H
 
V
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
D
R
 
Y
R
 
K
I
 
L
F
 
L
G
 
P
D
 
K
M
 
K
T
 
T
I
 
V
K
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
I
D
 
A
L
 
Y
G
 
A
S
 
M
F
 
E
T
 
V
L
 
I
A
 
G
D
 
E
D
 
N
T
 
R
E
 
R
R
 
N
-
 
I
R
 
K
R
 
R
R
 
R
L
 
V
D
 
M
H
 
E
V
 
V
F
 
L
E
 
D
L
 
L
F
 
V
P
 
G
I
 
-
L
 
L
A
 
K
R
 
H
R
 
K
K
 
V
N
 
R
G
 
S
D
 
F
A
 
P
R
 
N
N
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
I
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
M
 
V
A
 
N
A
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
V
L
 
L
L
 
I
L
 
A
D
|
D
E
|
E
P
 
P
S
 
T
M
 
G
G
 
N
L
 
L
A
 
D
P
 
P
Q
 
D
L
 
N
I
 
S
K
 
W
E
 
E
V
 
I
M
 
M
N
 
N
I
 
L
V
 
L
Q
 
E
R
 
R
L
 
I
N
 
N
R
 
L
Q
 
Q
G
 
G
V
 
T
T
 
T
I
 
I
L
 
L
L
 
M
V
 
A
E
 
T
Q
 
H
N
 
N
S
 
S
K
 
Q
V
 
I
A
 
V
L
 
N
K
 
T
F
 
L
A
 
R
D
 
H
Y
 
R
G
 
V
Y
 
I
V
 
A
L
 
I
K
 
E
A
 
N
G
 
G
R
 
R
I
 
V
V
 
V
L
 
R
E
 
D
G
 
E
P
 
S
G
 
K
S
 
G
E
 
E
L
 
Y
A
 
G
S
 
Y
N
 
D
E
 
D

6z67B Ftse structure of streptococcus pneumoniae in complex with amppnp at 2.4 a resolution (see paper)
32% identity, 86% coverage: 12:218/242 of query aligns to 9:218/229 of 6z67B

query
sites
6z67B
I
 
V
V
 
V
A
 
K
R
 
K
Y
|
Y
-
 
D
G
 
N
A
x
G
I
 
T
E
 
T
A
|
A
L
 
L
H
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
V
S
 
S
V
 
V
K
 
Q
R
 
P
G
 
G
Q
 
E
I
 
F
V
 
A
A
 
Y
L
 
I
L
 
V
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
V
 
F
L
 
I
R
 
R
T
 
S
L
 
L
S
 
Y
G
 
R
L
 
E
I
 
V
A
 
K
A
 
I
S
 
D
S
 
K
G
 
G
N
 
S
V
 
L
R
 
S
F
 
V
L
 
A
G
 
G
E
 
F
D
 
N
I
 
L
T
 
V
K
 
K
A
 
I
P
 
K
A
 
K
H
 
K
R
 
D
L
 
V
P
 
P
-
 
L
-
 
L
H
 
R
R
 
R
G
 
S
L
 
V
V
 
G
H
 
V
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
D
R
 
Y
R
 
K
I
 
L
F
 
L
G
 
P
D
 
K
M
 
K
T
 
T
I
 
V
K
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
I
D
 
A
L
 
Y
G
 
A
S
 
M
F
 
E
T
 
V
L
 
I
A
 
G
D
 
E
D
 
N
T
 
R
E
 
R
R
 
N
-
 
I
R
 
K
R
 
R
R
 
R
L
 
V
D
 
M
H
 
E
V
 
V
F
 
L
E
 
D
L
 
L
F
 
V
P
 
G
I
 
-
L
 
L
A
 
K
R
 
H
R
 
K
K
 
V
N
 
R
G
 
S
D
 
F
A
 
P
R
 
N
N
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
I
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
M
 
V
A
 
N
A
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
V
L
 
L
L
 
I
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
M
 
G
G
 
N
L
 
L
A
 
D
P
 
P
Q
 
D
L
 
N
I
 
S
K
 
W
E
 
E
V
 
I
M
 
M
N
 
N
I
 
L
V
 
L
Q
 
E
R
 
R
L
 
I
N
 
N
R
 
L
Q
 
Q
G
 
G
V
 
T
T
 
T
I
 
I
L
 
L
L
 
M
V
 
A
E
 
T
Q
 
H
N
 
N
S
 
S
K
 
Q
V
 
I
A
 
V
L
 
N
K
 
T
F
 
L
A
 
R
D
 
H
Y
 
R
G
 
V
Y
 
I
V
 
A
L
 
I
K
 
E
A
 
N
G
 
G
R
 
R
I
 
V
V
 
V

P30750 Methionine import ATP-binding protein MetN; EC 7.4.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
33% identity, 88% coverage: 18:229/242 of query aligns to 17:231/343 of P30750

query
sites
P30750
A
 
T
I
 
I
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
H
 
N
G
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
H
V
 
V
K
 
P
R
 
A
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
V
 
Y
A
 
G
L
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
A
N
x
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
V
 
L
L
 
I
R
 
R
T
 
C
L
 
V
S
 
N
G
 
L
L
 
L
I
 
E
A
 
R
A
 
P
S
 
T
S
 
E
G
 
G
N
 
S
V
 
V
R
 
L
F
 
V
L
 
D
G
 
G
E
 
Q
D
 
E
I
 
L
T
 
T
K
 
T
A
 
L
P
 
S
A
 
E
H
 
S
R
 
E
L
 
L
P
 
T
H
 
K
R
 
A
-
 
R
-
 
R
-
 
Q
-
 
I
G
 
G
L
 
M
V
 
I
-
 
F
-
 
Q
-
 
H
-
 
F
H
 
N
V
 
L
P
 
L
E
 
S
G
 
S
R
 
R
R
 
T
I
 
V
F
 
F
G
 
G
D
 
N
M
 
V
T
 
A
I
 
L
K
 
P
E
 
L
N
 
E
L
 
L
D
 
D
L
 
-
G
 
-
S
 
-
F
 
N
T
 
T
L
 
P
A
 
K
D
 
D
D
 
E
T
 
V
E
 
K
R
 
R
R
 
R
R
 
-
R
 
-
L
 
-
D
 
-
H
 
-
V
 
V
F
 
T
E
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
S
I
 
L
-
 
V
-
 
G
L
 
L
A
 
G
R
 
D
R
 
K
K
 
H
N
 
D
G
 
S
D
 
Y
A
 
P
R
 
S
N
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
S
A
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
|
E
P
 
A
S
 
T
M
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
Q
 
A
L
 
T
I
 
T
K
 
R
E
 
S
V
 
I
M
 
L
N
 
E
I
 
L
V
 
L
Q
 
K
R
 
D
L
 
I
N
 
N
R
 
R
Q
 
R
-
 
L
G
 
G
V
 
L
T
 
T
I
 
I
L
 
L
L
 
L
V
 
I
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
S
 
M
K
 
D
V
 
V
A
 
V
L
 
K
K
 
R
F
 
I
A
 
C
D
 
D
Y
 
C
G
 
V
Y
 
A
V
 
V
L
 
I
K
 
S
A
 
N
G
 
G
R
 
E
I
 
L
V
 
I
L
 
E
E
 
Q
G
 
D
P
 
T
G
 
V
S
 
S
E
 
E
L
 
V
A
 
F
S
 
S
N
 
H

Sites not aligning to the query:

P34358 ABC transporter ced-7; Cell death protein 7 from Caenorhabditis elegans (see 2 papers)
32% identity, 85% coverage: 21:226/242 of query aligns to 562:764/1704 of P34358

query
sites
P34358
A
 
A
L
 
V
H
 
D
G
 
G
V
 
L
S
 
S
L
 
L
S
 
R
V
 
A
K
 
V
R
 
R
G
 
G
Q
 
Q
I
 
C
V
 
S
A
 
I
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
H
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
V
 
T
L
 
F
R
 
S
T
 
S
L
 
I
S
 
A
G
 
G
L
 
I
I
 
I
A
 
R
A
 
P
S
 
T
S
 
N
G
 
G
N
 
R
V
 
I
R
 
T
F
 
I
L
 
C
G
 
G
E
 
Y
D
 
D
I
 
V
T
 
G
K
 
N
A
 
E
P
 
P
A
 
G
H
 
E
R
 
T
L
 
R
P
 
R
H
 
H
R
 
I
G
 
G
L
 
M
V
 
-
H
 
-
V
 
C
P
 
P
E
 
Q
G
 
Y
R
 
N
R
 
P
I
 
L
F
 
Y
G
 
D
D
 
Q
M
 
L
T
 
T
I
 
V
K
 
S
E
|
E
N
 
H
L
 
L
D
 
K
L
 
L
G
 
-
S
 
V
F
 
Y
T
 
G
L
 
L
A
 
K
D
 
G
D
 
A
T
 
R
E
 
E
R
 
K
R
 
D
R
 
F
R
 
K
L
 
Q
D
 
D
H
 
M
V
 
K
F
 
R
E
 
L
L
 
L
F
 
S
P
 
D
I
 
V
-
 
K
L
 
L
A
 
D
R
 
F
R
 
K
K
 
E
N
 
N
G
 
E
D
 
K
A
 
A
R
 
V
N
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
M
Q
 
K
Q
 
R
M
 
K
L
 
L
A
 
C
I
 
V
G
 
C
R
 
M
A
 
A
L
 
L
M
 
I
A
 
G
A
 
D
P
 
S
K
 
E
V
 
V
L
 
V
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
M
 
A
G
 
G
L
 
M
A
 
D
P
 
P
Q
 
G
L
 
A
I
 
R
K
 
Q
E
 
D
V
 
V
M
 
Q
N
 
K
I
 
L
V
 
V
Q
 
E
R
 
R
L
 
-
N
 
E
R
 
K
Q
 
A
G
 
N
V
 
R
T
 
T
I
 
I
L
 
L
L
 
L
V
 
T
E
 
T
Q
 
H
N
 
Y
S
 
M
K
 
D
V
 
E
A
 
A
L
 
E
K
 
R
F
 
L
A
 
G
D
 
D
Y
 
W
G
 
V
Y
 
F
V
 
I
L
 
M
K
 
S
A
 
H
G
 
G
R
 
K
I
 
L
V
 
V
L
 
A
E
 
S
G
 
G
P
 
T
G
 
N
S
 
Q
E
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

3tuzC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 semet soak crystal form (see paper)
32% identity, 88% coverage: 18:229/242 of query aligns to 18:232/344 of 3tuzC

query
sites
3tuzC
A
 
T
I
 
I
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
H
 
N
G
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
H
V
 
V
K
 
P
R
 
A
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
V
 
Y
A
 
G
L
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
A
N
 
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
V
 
L
L
 
I
R
 
R
T
 
C
L
 
V
S
 
N
G
 
L
L
 
L
I
 
E
A
 
R
A
 
P
S
 
T
S
 
E
G
 
G
N
 
S
V
 
V
R
 
L
F
 
V
L
 
D
G
 
G
E
 
Q
D
 
E
I
 
L
T
 
T
K
 
T
A
 
L
P
 
S
A
 
E
H
 
S
R
 
E
L
 
L
P
 
T
H
 
K
R
 
A
-
 
R
-
 
R
-
 
Q
-
 
I
G
 
G
L
 
M
V
 
I
-
 
F
-
 
Q
-
 
H
-
 
F
H
 
N
V
 
L
P
 
L
E
 
S
G
 
S
R
 
R
R
 
T
I
 
V
F
 
F
G
 
G
D
 
N
M
 
V
T
 
A
I
 
L
K
 
P
E
 
L
N
 
E
L
 
L
D
 
D
L
 
-
G
 
-
S
 
-
F
 
N
T
 
T
L
 
P
A
 
K
D
 
D
D
 
E
T
 
V
E
 
K
R
 
R
R
 
R
R
 
-
R
 
-
L
 
-
D
 
-
H
 
-
V
 
V
F
 
T
E
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
S
I
 
L
-
 
V
-
 
G
L
 
L
A
 
G
R
 
D
R
 
K
K
 
H
N
 
D
G
 
S
D
 
Y
A
 
P
R
 
S
N
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
S
A
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
S
 
T
M
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
Q
 
A
L
 
T
I
 
T
K
 
R
E
 
S
V
 
I
M
 
L
N
 
E
I
 
L
V
 
L
Q
 
K
R
 
D
L
 
I
N
 
N
R
 
R
Q
 
R
-
 
L
G
 
G
V
 
L
T
 
T
I
 
I
L
 
L
L
 
L
V
 
I
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
S
 
M
K
 
D
V
 
V
A
 
V
L
 
K
K
 
R
F
 
I
A
 
C
D
 
D
Y
 
C
G
 
V
Y
 
A
V
 
V
L
 
I
K
 
S
A
 
N
G
 
G
R
 
E
I
 
L
V
 
I
L
 
E
E
 
Q
G
 
D
P
 
T
G
 
V
S
 
S
E
 
E
L
 
V
A
 
F
S
 
S
N
 
H

Sites not aligning to the query:

3tuiC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 native crystal form (see paper)
32% identity, 88% coverage: 18:229/242 of query aligns to 18:232/344 of 3tuiC

query
sites
3tuiC
A
 
T
I
 
I
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
H
 
N
G
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
S
 
H
V
 
V
K
 
P
R
 
A
G
 
G
Q
 
Q
I
 
I
V
 
Y
A
 
G
L
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
A
N
 
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
V
 
L
L
 
I
R
 
R
T
 
C
L
 
V
S
 
N
G
 
L
L
 
L
I
 
E
A
 
R
A
 
P
S
 
T
S
 
E
G
 
G
N
 
S
V
 
V
R
 
L
F
 
V
L
 
D
G
 
G
E
 
Q
D
 
E
I
 
L
T
 
T
K
 
T
A
 
L
P
 
S
A
 
E
H
 
S
R
 
E
L
 
L
P
 
T
H
 
K
R
 
A
-
 
R
-
 
R
-
 
Q
-
 
I
G
 
G
L
 
M
V
 
I
-
 
F
-
 
Q
-
 
H
-
 
F
H
 
N
V
 
L
P
 
L
E
 
S
G
 
S
R
 
R
R
 
T
I
 
V
F
 
F
G
 
G
D
 
N
M
 
V
T
 
A
I
 
L
K
 
P
E
 
L
N
 
E
L
 
L
D
 
D
L
 
-
G
 
-
S
 
-
F
 
N
T
 
T
L
 
P
A
 
K
D
 
D
D
 
E
T
 
V
E
 
K
R
 
R
R
 
R
R
 
-
R
 
-
L
 
-
D
 
-
H
 
-
V
 
V
F
 
T
E
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
S
I
 
L
-
 
V
-
 
G
L
 
L
A
 
G
R
 
D
R
 
K
K
 
H
N
 
D
G
 
S
D
 
Y
A
 
P
R
 
S
N
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
S
A
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
S
 
T
M
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
Q
 
A
L
 
T
I
 
T
K
 
R
E
 
S
V
 
I
M
 
L
N
 
E
I
 
L
V
 
L
Q
 
K
R
 
D
L
 
I
N
 
N
R
 
R
Q
 
R
-
 
L
G
 
G
V
 
L
T
 
T
I
 
I
L
 
L
L
 
L
V
 
I
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
S
 
M
K
 
D
V
 
V
A
 
V
L
 
K
K
 
R
F
 
I
A
 
C
D
 
D
Y
 
C
G
 
V
Y
 
A
V
 
V
L
 
I
K
 
S
A
 
N
G
 
G
R
 
E
I
 
L
V
 
I
L
 
E
E
 
Q
G
 
D
P
 
T
G
 
V
S
 
S
E
 
E
L
 
V
A
 
F
S
 
S
N
 
H

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>YP_004134408.1 NCBI__GCF_000185905.1:YP_004134408.1
MDFEIVLSADRIVARYGAIEALHGVSLSVKRGQIVALLGANGAGKSTVLRTLSGLIAASS
GNVRFLGEDITKAPAHRLPHRGLVHVPEGRRIFGDMTIKENLDLGSFTLADDTERRRRLD
HVFELFPILARRKNGDARNLSGGEQQMLAIGRALMAAPKVLLLDEPSMGLAPQLIKEVMN
IVQRLNRQGVTILLVEQNSKVALKFADYGYVLKAGRIVLEGPGSELASNEAVISAYLGGV
AT

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory