SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing YP_004144858.1 NCBI__GCF_000185905.1:YP_004144858.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 15 hits to proteins with known functional sites (download)

3votA Crystal structure of l-amino acid ligase from bacillus licheniformis (see paper)
23% identity, 82% coverage: 56:389/406 of query aligns to 57:400/411 of 3votA

query
sites
3votA
D
 
E
N
 
D
L
 
E
D
 
E
A
 
A
L
 
A
I
 
M
R
 
D
E
 
V
C
 
V
S
 
R
Q
 
Q
L
 
T
R
 
F
A
 
V
T
 
E
Y
 
F
D
 
P
I
 
F
A
 
D
G
 
G
I
 
V
T
 
M
S
 
T
S
 
L
A
 
F
E
|
E
P
 
P
F
 
A
C
 
L
A
 
P
K
 
F
V
 
T
G
 
A
K
 
K
L
 
A
C
 
A
R
 
E
H
 
A
F
 
L
D
 
N
L
 
L
P
 
P
G
 
G
P
 
L
D
 
P
P
 
F
T
 
T
S
 
T
I
 
M
E
 
E
R
 
N
C
 
C
C
 
R
D
 
N
K
|
K
F
 
N
V
 
K
Q
 
T
R
 
R
Q
 
S
L
 
I
L
 
L
A
 
Q
E
 
Q
A
 
N
G
 
G
V
 
L
P
 
N
I
 
T
P
 
P
A
 
V
Y
 
F
R
 
H
V
 
E
A
 
F
T
 
H
N
 
T
V
 
L
A
 
A
D
 
D
V
 
L
E
 
E
S
 
N
S
 
R
A
 
-
A
 
-
E
 
K
I
 
L
G
 
S
L
 
Y
P
 
P
V
 
L
I
 
V
L
 
V
K
|
K
P
 
P
A
 
V
V
 
N
G
 
G
T
x
V
G
 
-
S
 
-
Q
 
-
G
 
-
V
 
V
R
 
R
L
 
V
-
x
D
C
 
D
R
 
R
N
 
K
I
x
E
H
 
L
E
 
E
L
 
E
A
 
A
E
 
V
H
 
R
T
 
K
T
 
V
Y
 
E
L
 
A
L
 
V
G
 
N
G
 
Q
K
 
R
H
 
D
I
 
L
W
 
N
R
 
R
-
 
F
-
 
V
-
 
H
S
 
G
P
 
K
P
 
T
R
 
G
I
 
I
L
 
V
V
 
A
E
|
E
E
 
Q
F
|
F
A
x
I
E
 
D
G
 
G
P
 
P
H
x
E
Y
 
F
I
 
A
T
 
I
H
 
E
V
 
T
M
 
L
G
 
S
H
 
I
E
 
Q
-
 
G
-
 
N
-
 
V
-
 
H
V
 
V
I
 
L
G
 
S
I
 
I
E
 
G
A
 
Y
A
 
K
D
 
G
F
 
N
D
 
S
R
 
K
P
 
G
P
 
P
H
 
F
F
|
F
V
 
E
F
 
E
R
 
G
G
 
V
G
 
Y
I
 
I
F
 
A
P
 
P
A
 
A
P
 
Q
L
 
L
T
 
K
D
 
E
D
 
E
E
 
T
H
 
R
K
 
L
R
 
A
I
 
I
I
 
V
D
 
K
T
 
E
S
 
V
L
 
T
S
 
G
C
 
A
L
 
V
Q
 
S
A
 
A
L
 
L
S
 
G
L
 
I
G
 
H
W
 
Q
G
 
G
P
 
P
T
 
A
C
 
H
I
 
T
E
|
E
L
 
L
R
|
R
W
 
L
T
 
D
K
 
K
C
 
D
G
 
G
-
 
T
P
 
P
V
 
Y
V
 
V
I
|
I
E
|
E
V
 
V
N
 
G
P
 
A
R
 
R
L
 
I
G
 
G
G
 
G
-
 
S
G
 
G
P
 
V
E
 
S
H
 
H
-
 
Y
-
 
I
I
 
V
Q
 
K
L
 
E
A
 
S
Y
 
T
G
 
G
I
 
I
D
 
N
L
 
F
-
 
M
-
 
Q
-
 
L
-
 
V
I
 
L
T
 
Q
E
 
N
H
 
A
I
 
L
K
 
K
L
 
P
V
 
L
T
 
E
G
 
S
D
 
S
E
 
E
W
 
F
D
 
E
L
 
G
R
 
E
K
 
I
R
 
R
H
 
P
S
 
V
E
 
R
I
 
T
A
 
A
G
 
G
W
 
N
R
 
Y
N
 
I
L
 
I
L
 
P
P
 
V
D
 
Q
H
 
G
E
 
S
G
 
G
T
 
T
L
 
F
D
 
E
W
 
K
I
 
I
D
 
D
D
 
G
G
 
L
S
 
E
R
 
E
A
 
V
A
 
K
A
 
Q
V
 
R
P
 
Q
G
 
E
V
 
V
A
 
K
E
 
R
I
 
V
K
 
F
L
 
Q
W
 
F
V
 
M
K
 
R
P
 
R
K
 
G
M
 
A
P
 
K
I
 
I
V
 
L
R
 
P
K
 
Y
G
 
P
D
 
H
Y
 
F
L
 
S
D
 
G
S
 
Y
M
 
P
G
 
G
Y
 
F
V
 
I
I
 
L
A
 
T
F
 
S
S
 
H
R
 
H
S
 
S
H
 
Y
T
 
E
R
 
E
T
 
C
E
 
E
A
 
A
I
 
F
L
 
Y
Q
 
R
S
 
E

2yw2A Crystal structure of gar synthetase from aquifex aeolicus in complex with atp (see paper)
23% identity, 47% coverage: 93:282/406 of query aligns to 85:289/423 of 2yw2A

query
sites
2yw2A
R
 
R
H
 
G
F
 
L
D
 
K
L
 
I
P
 
F
G
 
G
P
 
P
D
 
N
P
 
K
T
 
E
S
 
A
I
 
A
E
 
K
R
 
L
C
 
E
C
 
G
D
 
S
K
|
K
F
 
A
V
 
F
Q
 
A
R
 
K
Q
 
T
L
 
F
L
 
M
A
 
K
E
 
K
A
 
Y
G
 
G
V
 
I
P
 
P
I
 
T
P
 
A
A
 
R
Y
 
Y
R
 
E
V
 
V
A
 
F
T
 
T
N
 
D
V
 
F
A
 
E
D
 
K
V
 
A
E
 
K
S
 
E
S
 
Y
A
 
V
A
 
E
E
 
K
I
 
V
G
 
G
L
 
A
P
 
P
V
 
I
I
 
V
L
 
V
K
|
K
P
 
A
A
 
D
V
 
G
G
 
L
T
 
A
G
 
A
S
x
G
Q
 
K
G
|
G
V
x
A
R
 
V
L
 
V
C
 
C
R
 
E
N
 
T
I
 
V
H
 
E
E
 
K
L
 
A
A
 
I
E
 
E
H
 
T
T
 
L
T
 
D
Y
 
R
L
 
F
L
 
L
G
 
N
G
 
K
K
 
K
H
 
I
I
 
F
W
 
G
R
 
K
S
 
S
P
 
S
P
 
E
R
 
R
I
 
V
L
 
V
V
 
I
E
|
E
E
 
E
F
|
F
A
x
L
E
 
E
G
 
G
P
 
E
H
x
E
-
 
A
-
 
S
Y
 
Y
I
 
I
T
 
V
H
 
M
V
 
I
M
 
N
G
 
G
H
 
D
E
 
R
V
 
Y
I
 
V
G
 
P
I
 
L
E
 
P
A
 
T
A
 
S
-
 
Q
-
 
D
-
 
H
-
x
K
-
 
R
-
 
L
-
 
L
D
 
D
F
 
E
D
 
D
R
 
K
P
 
G
P
 
P
H
x
N
F
 
T
V
 
G
F
 
G
R
 
M
G
 
G
G
 
A
I
 
Y
F
 
S
P
 
P
A
 
T
P
 
P
L
 
V
T
 
I
D
 
N
D
 
E
E
 
E
-
 
V
-
 
E
-
 
K
-
 
R
-
 
I
H
 
R
K
 
E
R
 
E
I
 
I
I
 
V
D
 
E
T
 
R
S
 
V
L
 
I
S
 
K
C
 
G
L
 
L
Q
 
K
A
 
E
L
 
E
S
 
G
L
 
I
G
 
Y
W
 
Y
-
 
R
G
 
G
P
 
F
T
 
L
C
 
Y
I
 
A
E
 
G
L
 
L
R
 
M
W
 
I
T
 
T
K
 
K
C
 
E
G
 
G
P
 
P
V
 
K
V
 
V
I
x
L
E
 
E
V
 
F
N
 
N
P
 
V
R
|
R
L
 
L
G
 
G

Sites not aligning to the query:

3ax6A Crystal structure of n5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide synthetase from thermotoga maritima
27% identity, 65% coverage: 18:280/406 of query aligns to 15:248/360 of 3ax6A

query
sites
3ax6A
M
 
M
Y
 
M
V
 
T
Q
 
L
A
 
E
A
 
A
Q
 
K
R
 
K
L
 
M
G
 
G
L
 
F
H
 
Y
P
 
V
I
 
I
T
 
V
L
 
L
S
 
D
T
 
P
D
 
T
P
 
P
-
 
R
T
 
S
Q
 
P
Y
 
A
D
 
G
Y
 
Q
L
 
V
A
 
A
T
 
D
R
 
E
S
 
Q
I
 
I
D
 
V
A
 
A
V
 
G
R
 
F
I
 
F
D
 
D
T
 
S
D
 
E
N
 
R
L
 
I
D
 
E
A
 
D
L
 
L
I
 
V
R
 
K
E
 
G
C
 
S
S
 
D
Q
 
V
L
 
-
R
 
-
A
 
T
T
 
T
Y
 
Y
D
 
D
I
 
L
A
 
E
G
 
H
I
 
I
T
 
D
S
 
V
S
 
Q
A
 
T
E
 
-
P
 
-
F
 
-
C
 
-
A
 
-
K
 
-
V
 
L
G
 
K
K
 
K
L
 
L
C
 
Y
R
 
N
H
 
E
F
 
G
D
 
Y
L
 
K
P
 
I
G
 
H
P
 
P
D
 
S
P
 
P
T
 
Y
S
 
T
I
 
L
E
 
E
R
 
I
C
 
I
C
 
Q
D
 
D
K
|
K
F
 
F
V
 
V
Q
 
Q
R
 
K
Q
 
E
L
 
F
L
 
L
A
 
K
E
 
K
A
 
N
G
 
G
V
 
I
P
 
P
I
 
V
P
 
P
A
 
E
Y
 
Y
R
 
K
V
 
L
A
 
-
T
 
-
N
 
-
V
 
V
A
 
K
D
 
D
V
 
L
E
 
E
S
 
S
S
 
D
A
 
V
A
 
R
E
 
E
I
 
F
G
 
G
L
 
F
P
 
P
V
 
V
I
x
V
L
 
Q
K
|
K
P
 
A
A
 
R
V
 
K
G
 
G
T
 
-
G
 
-
S
 
-
Q
 
-
G
 
G
V
 
V
R
 
F
L
 
I
C
 
I
R
 
K
N
 
N
I
 
E
H
 
K
E
 
D
L
 
L
A
 
E
-
 
N
-
 
A
-
 
I
E
 
K
H
 
G
T
 
E
T
 
T
Y
 
Y
L
 
L
L
 
-
G
 
-
G
 
-
K
 
-
H
 
-
I
 
-
W
 
-
R
 
-
S
 
-
P
 
-
P
 
-
R
 
-
I
 
-
L
 
-
V
 
-
E
|
E
E
 
E
F
|
F
A
x
V
E
 
E
G
 
I
P
 
E
H
 
K
Y
x
E
I
 
L
T
 
A
H
 
V
V
 
M
M
 
V
G
 
A
H
 
R
E
 
N
V
 
E
I
 
K
G
 
G
I
 
-
E
 
E
A
 
I
A
 
A
D
 
C
F
 
Y
D
 
-
R
 
-
P
 
P
P
 
V
H
 
V
F
 
E
V
 
M
F
 
Y
R
 
D
G
 
T
G
 
V
I
 
I
F
 
A
P
 
P
A
 
A
P
 
R
L
 
I
T
 
E
D
 
E
D
 
K
E
 
Y
H
 
S
K
 
K
R
 
I
I
 
A
I
 
R
D
 
E
T
 
I
S
 
A
L
 
T
S
 
S
C
 
V
L
 
V
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
S
 
E
L
 
-
G
 
G
W
 
V
G
 
G
P
 
I
T
 
F
C
 
G
I
 
I
E
|
E
L
 
M
R
x
F
W
 
L
T
 
T
K
 
K
C
 
Q
G
 
G
P
 
E
V
 
I
V
 
L
I
 
V
-
x
N
E
|
E
V
 
I
N
 
A
P
 
P
R
 
R

Sites not aligning to the query:

3vmmA Crystal structure of bacd, an l-amino acid dipeptide ligase from bacillus subtilis (see paper)
25% identity, 59% coverage: 59:296/406 of query aligns to 85:345/471 of 3vmmA

query
sites
3vmmA
D
 
E
A
 
E
L
 
V
I
 
V
R
 
E
E
 
Q
C
 
I
S
 
V
Q
 
K
L
 
V
R
 
A
A
 
E
T
 
M
Y
 
F
D
 
G
I
 
A
A
 
D
G
 
A
I
 
I
T
 
T
S
 
T
S
 
N
A
 
N
E
|
E
P
 
L
F
 
F
C
 
I
A
 
A
K
 
P
V
 
M
G
 
A
K
 
K
L
 
A
C
 
C
R
 
E
H
 
R
F
 
L
D
 
G
L
 
L
P
 
R
G
 
G
P
 
A
D
 
G
P
 
V
T
 
Q
S
 
A
I
 
A
E
 
E
R
 
N
C
 
A
C
 
R
D
 
D
K
|
K
F
 
N
V
 
K
Q
 
M
R
 
R
Q
 
D
L
 
A
L
 
F
A
 
N
E
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
K
I
 
S
P
 
I
A
 
K
Y
 
N
R
 
K
V
 
R
A
 
V
T
 
T
N
 
T
V
 
L
A
 
E
D
 
D
V
 
F
E
 
R
S
 
A
S
 
A
A
 
L
A
 
E
E
 
E
I
 
I
G
 
G
L
 
T
P
 
P
V
 
L
I
|
I
L
 
L
K
|
K
P
 
P
A
 
T
V
 
Y
G
 
L
T
x
A
G
x
S
S
|
S
Q
 
I
G
 
G
V
 
V
R
 
T
L
 
L
C
 
I
R
 
T
N
 
D
I
 
T
H
 
E
-
 
T
-
 
A
-
 
E
-
 
D
E
 
E
L
 
F
A
 
N
E
 
R
H
 
V
T
 
N
T
 
D
Y
 
Y
L
 
L
L
 
K
G
 
S
-
 
I
-
 
N
-
 
V
G
 
P
K
 
K
H
 
A
I
 
V
W
 
T
R
 
F
S
 
E
P
 
A
P
 
P
R
 
-
I
 
F
L
 
I
V
 
A
E
 
E
E
 
E
F
|
F
A
x
L
E
 
Q
G
 
G
P
 
E
H
 
Y
-
 
G
-
 
D
-
 
W
Y
 
Y
I
 
Q
T
 
T
H
 
E
V
 
G
M
 
Y
G
 
S
H
 
-
E
 
D
V
 
Y
I
 
I
G
 
S
I
 
I
E
 
E
A
 
G
-
 
I
-
 
M
-
 
A
-
 
D
-
 
G
-
 
E
-
 
Y
-
 
F
-
 
P
-
 
I
A
 
A
D
 
I
F
 
H
D
 
D
R
 
K
P
 
T
P
 
P
H
x
Q
-
 
I
-
 
G
F
|
F
V
 
T
F
x
E
R
 
T
G
 
S
G
 
H
I
 
I
F
 
T
P
 
P
A
 
S
P
 
I
L
 
L
T
 
D
D
 
E
D
 
E
E
 
A
H
 
K
K
 
K
R
 
K
I
 
I
I
 
V
D
 
E
T
 
A
S
 
A
L
 
K
S
 
K
C
 
A
L
 
N
Q
 
E
A
 
G
L
 
L
S
 
G
L
 
L
G
 
Q
W
 
N
G
 
C
P
 
A
T
 
T
C
x
H
I
 
T
E
|
E
L
 
I
R
 
K
W
 
L
T
 
M
K
 
K
C
 
N
-
 
R
G
 
E
P
 
P
V
 
G
V
 
L
I
|
I
E
|
E
V
 
S
N
 
A
P
 
A
R
|
R
L
 
F
G
 
A
G
|
G
G
 
W
P
 
N
E
 
M
-
 
I
-
 
P
H
 
N
I
 
I
Q
 
K
L
 
K
A
 
V
Y
 
F
G
 
G
I
 
L
D
 
D
L
 
M

Sites not aligning to the query:

P39641 Alanine--anticapsin ligase; ATP-dependent dipeptide ligase; Bacilysin synthetase; L-Ala-L-amino acid dipeptide ligase; L-alanine--L-anticapsin ligase; L-amino acid ligase; Lal; EC 6.3.2.49 from Bacillus subtilis (strain 168) (see 2 papers)
25% identity, 59% coverage: 59:296/406 of query aligns to 86:346/472 of P39641

query
sites
P39641
D
 
E
A
 
E
L
 
V
I
 
V
R
 
E
E
 
Q
C
 
I
S
 
V
Q
 
K
L
 
V
R
 
A
A
 
E
T
 
M
Y
 
F
D
 
G
I
 
A
A
 
D
G
 
A
I
 
I
T
 
T
S
 
T
S
 
N
A
 
N
E
|
E
P
 
L
F
 
F
C
 
I
A
 
A
K
 
P
V
 
M
G
 
A
K
 
K
L
 
A
C
 
C
R
 
E
H
 
R
F
 
L
D
 
G
L
 
L
P
 
R
G
 
G
P
 
A
D
 
G
P
 
V
T
 
Q
S
 
A
I
 
A
E
 
E
R
 
N
C
 
A
C
 
R
D
 
D
K
|
K
F
 
N
V
 
K
Q
 
M
R
 
R
Q
 
D
L
 
A
L
 
F
A
 
N
E
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
K
I
 
S
P
 
I
A
 
K
Y
 
N
R
 
K
V
 
R
A
 
V
T
 
T
N
 
T
V
 
L
A
 
E
D
 
D
V
 
F
E
 
R
S
 
A
S
 
A
A
 
L
A
 
E
E
 
E
I
 
I
G
 
G
L
 
T
P
 
P
V
 
L
I
 
I
L
 
L
K
|
K
P
 
P
A
 
T
V
 
Y
G
x
L
T
 
A
G
x
S
S
|
S
Q
 
I
G
 
G
V
 
V
R
 
T
L
 
L
C
 
I
R
 
T
N
 
D
I
 
T
H
 
E
-
 
T
-
 
A
-
 
E
-
 
D
E
 
E
L
 
F
A
 
N
E
 
R
H
 
V
T
 
N
T
 
D
Y
 
Y
L
 
L
L
 
K
G
 
S
-
 
I
-
 
N
-
 
V
G
 
P
K
 
K
H
 
A
I
 
V
W
 
T
R
 
F
S
 
E
P
 
A
P
 
P
R
 
-
I
 
F
L
 
I
V
 
A
E
|
E
E
|
E
F
|
F
A
x
L
E
 
Q
G
 
G
P
 
E
H
 
Y
-
 
G
-
 
D
-
 
W
Y
 
Y
I
 
Q
T
 
T
H
 
E
V
 
G
M
 
Y
G
 
S
H
 
-
E
 
D
V
 
Y
I
 
I
G
 
S
I
 
I
E
 
E
A
 
G
-
 
I
-
 
M
-
 
A
-
 
D
-
 
G
-
 
E
-
 
Y
-
 
F
-
 
P
-
 
I
A
 
A
D
 
I
F
 
H
D
 
D
R
 
K
P
 
T
P
 
P
H
x
Q
-
 
I
-
 
G
F
 
F
V
 
T
F
x
E
R
 
T
G
 
S
G
 
H
I
 
I
F
 
T
P
 
P
A
 
S
P
 
I
L
 
L
T
 
D
D
 
E
D
 
E
E
 
A
H
 
K
K
 
K
R
 
K
I
 
I
I
 
V
D
 
E
T
 
A
S
 
A
L
 
K
S
 
K
C
 
A
L
 
N
Q
 
E
A
 
G
L
 
L
S
 
G
L
 
L
G
 
Q
W
 
N
G
 
C
P
 
A
T
 
T
C
x
H
I
x
T
E
|
E
L
 
I
R
 
K
W
 
L
T
 
M
K
 
K
C
 
N
-
 
R
G
 
E
P
 
P
V
 
G
V
 
L
I
 
I
E
|
E
V
 
S
N
 
A
P
 
A
R
|
R
L
x
F
G
x
A
G
|
G
G
x
W
P
 
N
E
 
M
-
 
I
-
 
P
H
 
N
I
 
I
Q
 
K
L
 
K
A
 
V
Y
 
F
G
 
G
I
 
L
D
 
D
L
 
M

Sites not aligning to the query:

3wo0A Crystal structure of bacillus subtilis ywfe, an l-amino acid ligase, with bound adp-mg-ala (see paper)
25% identity, 59% coverage: 59:296/406 of query aligns to 83:343/465 of 3wo0A

query
sites
3wo0A
D
 
E
A
 
E
L
 
V
I
 
V
R
 
E
E
 
Q
C
 
I
S
 
V
Q
 
K
L
 
V
R
 
A
A
 
E
T
 
M
Y
 
F
D
 
G
I
 
A
A
 
D
G
 
A
I
 
I
T
 
T
S
 
T
S
 
N
A
 
N
E
 
E
P
 
L
F
 
F
C
 
I
A
 
A
K
 
P
V
 
M
G
 
A
K
 
K
L
 
A
C
 
C
R
 
E
H
 
R
F
 
L
D
 
G
L
 
L
P
 
R
G
 
G
P
 
A
D
 
G
P
 
V
T
 
Q
S
 
A
I
 
A
E
 
E
R
 
N
C
 
A
C
 
R
D
 
D
K
|
K
F
 
N
V
 
K
Q
 
M
R
 
R
Q
 
D
L
 
A
L
 
F
A
 
N
E
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
K
I
 
S
P
 
I
A
 
K
Y
 
N
R
 
K
V
 
R
A
 
V
T
 
T
N
 
T
V
 
L
A
 
E
D
 
D
V
 
F
E
 
R
S
 
A
S
 
A
A
 
L
A
 
E
E
 
E
I
 
I
G
 
G
L
 
T
P
 
P
V
 
L
I
|
I
L
 
L
K
|
K
P
 
P
A
 
T
V
 
Y
G
 
L
T
x
A
G
x
S
S
|
S
Q
 
I
G
 
G
V
 
V
R
 
T
L
 
L
C
 
I
R
 
T
N
 
D
I
 
T
H
 
E
-
 
T
-
 
A
-
 
E
-
 
D
E
 
E
L
 
F
A
 
N
E
 
R
H
 
V
T
 
N
T
 
D
Y
 
Y
L
 
L
L
 
K
G
 
S
-
 
I
-
 
N
-
 
V
G
 
P
K
 
K
H
 
A
I
 
V
W
 
T
R
 
F
S
 
E
P
 
A
P
 
P
R
 
-
I
 
F
L
 
I
V
 
A
E
|
E
E
 
E
F
|
F
A
x
L
E
 
Q
G
 
G
P
 
E
H
 
Y
-
 
G
-
 
D
-
 
W
Y
 
Y
I
 
Q
T
 
T
H
 
E
V
 
G
M
 
Y
G
 
S
H
 
-
E
 
D
V
 
Y
I
 
I
G
 
S
I
 
I
E
 
E
A
 
G
-
 
I
-
 
M
-
 
A
-
 
D
-
 
G
-
 
E
-
 
Y
-
 
F
-
 
P
-
 
I
A
 
A
D
 
I
F
 
H
D
 
D
R
 
K
P
 
T
P
 
P
H
x
Q
-
 
I
-
 
G
F
|
F
V
 
T
F
x
E
R
 
T
G
 
S
G
 
H
I
 
I
F
 
T
P
 
P
A
 
S
P
 
I
L
 
L
T
 
D
D
 
E
D
 
E
E
 
A
H
 
K
K
 
K
R
 
K
I
 
I
I
 
V
D
 
E
T
 
A
S
 
A
L
 
K
S
 
K
C
 
A
L
 
N
Q
 
E
A
 
G
L
 
L
S
 
G
L
 
L
G
 
Q
W
 
N
G
 
C
P
 
A
T
 
T
C
x
H
I
 
T
E
|
E
L
 
I
R
 
K
W
 
L
T
 
M
K
 
K
C
 
N
-
 
R
G
 
E
P
 
P
V
 
G
V
 
L
I
|
I
E
|
E
V
 
S
N
 
A
P
 
A
R
|
R
L
 
F
G
 
A
G
|
G
G
 
W
P
 
N
E
 
M
-
 
I
-
 
P
H
 
N
I
 
I
Q
 
K
L
 
K
A
 
V
Y
 
F
G
 
G
I
 
L
D
 
D
L
 
M

3tw6B Structure of rhizobium etli pyruvate carboxylase t882a with the allosteric activator, acetyl coenzyme-a (see paper)
25% identity, 62% coverage: 57:306/406 of query aligns to 70:323/1129 of 3tw6B

query
sites
3tw6B
N
 
S
L
 
I
D
 
D
A
 
E
L
 
V
I
 
I
R
 
R
-
 
V
-
 
A
E
 
K
C
 
L
S
 
S
Q
 
G
L
 
A
R
 
D
A
 
A
T
 
I
Y
 
H
D
 
P
I
 
G
A
 
Y
G
 
G
I
 
L
T
 
L
S
 
S
S
 
E
A
 
S
E
 
P
P
 
E
F
 
F
-
 
V
-
 
D
-
 
A
C
 
C
A
 
N
K
 
K
V
 
A
G
 
G
K
 
I
L
 
I
C
 
-
R
 
-
H
 
-
F
 
-
D
 
-
L
 
F
P
 
I
G
 
G
P
 
P
D
 
K
P
 
A
T
 
D
S
 
T
I
 
M
E
 
R
R
 
Q
C
 
L
C
 
G
D
 
N
K
|
K
F
 
V
V
 
A
Q
 
A
R
 
R
Q
 
N
L
 
L
L
 
A
A
 
I
E
 
S
A
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
I
 
V
-
 
V
P
 
P
A
 
A
Y
 
-
R
 
-
V
 
-
A
 
T
T
 
E
N
 
P
V
 
L
A
 
A
D
 
E
V
 
V
E
 
A
S
 
K
S
 
M
A
 
A
A
 
A
E
 
A
I
 
I
G
 
G
L
 
Y
P
 
P
V
 
V
I
 
M
L
 
L
K
|
K
P
 
A
A
 
S
V
 
W
G
 
G
T
x
G
G
 
G
S
x
G
Q
 
R
G
 
G
V
x
M
R
 
R
L
 
V
C
 
I
R
 
R
N
 
S
I
 
E
H
 
A
E
 
D
L
 
L
A
 
A
E
 
K
H
 
E
T
 
V
T
 
T
Y
 
E
L
 
A
L
 
K
G
 
R
G
 
E
K
 
A
H
 
M
I
 
A
W
 
A
R
 
F
S
 
G
P
 
K
P
 
D
R
 
E
I
 
V
L
 
Y
V
 
L
E
|
E
E
 
K
F
x
L
A
x
V
E
 
E
G
 
R
P
 
A
H
 
R
Y
x
H
I
 
V
T
 
E
H
 
S
V
 
Q
M
 
I
G
 
L
H
 
G
E
 
D
V
 
T
I
 
H
G
 
G
I
 
N
E
 
V
A
 
V
A
 
H
D
 
L
F
 
F
D
 
E
R
 
R
P
 
D
P
 
C
H
 
S
F
 
V
V
x
Q
F
 
R
R
|
R
G
x
N
G
 
Q
I
 
K
F
 
V
-
 
V
-
 
E
-
 
R
-
 
A
P
 
P
A
 
A
P
 
P
-
 
Y
L
 
L
T
 
S
D
 
E
D
 
A
E
 
Q
H
 
R
K
 
Q
R
 
E
I
 
L
I
 
A
D
 
A
T
 
Y
S
 
S
L
 
L
S
 
K
C
 
I
L
 
A
Q
 
G
A
 
A
L
 
T
S
 
N
L
 
Y
G
 
I
W
 
G
G
 
A
P
 
G
T
|
T
C
 
V
I
x
E
E
 
Y
L
|
L
R
 
M
W
 
D
T
 
A
K
 
D
C
 
T
G
 
G
P
 
K
V
 
F
-
 
Y
V
 
F
I
 
I
E
|
E
V
 
V
N
|
N
P
 
P
R
|
R
L
 
I
G
 
Q
G
 
V
G
x
E
P
 
H
E
 
T
H
 
V
I
 
T
Q
 
E
L
 
V
A
 
V
Y
 
T
G
 
G
I
 
I
D
 
D
L
 
I
I
 
V
T
 
K
E
 
A
H
 
Q
I
 
I
K
 
H
L
 
I
V
 
L
T
 
D
G
 
G

Sites not aligning to the query:

3vpdA Lysx from thermus thermophilus complexed with amp-pnp (see paper)
30% identity, 44% coverage: 102:278/406 of query aligns to 80:251/281 of 3vpdA

query
sites
3vpdA
P
 
P
T
 
E
S
 
V
I
 
I
E
 
E
R
 
A
C
 
C
C
 
G
D
 
D
K
 
K
F
 
W
V
 
A
Q
 
T
R
 
S
Q
 
V
L
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
L
P
 
P
I
 
Q
P
 
P
A
 
K
Y
 
T
R
 
A
V
 
L
A
 
A
T
 
T
N
 
D
V
 
R
A
 
E
D
 
E
V
 
A
E
 
L
S
 
R
S
 
L
A
 
M
A
 
E
E
 
A
I
 
F
G
 
G
L
 
Y
P
 
P
V
 
V
I
x
V
L
 
L
K
|
K
P
 
P
A
 
V
V
 
I
G
 
G
T
 
S
G
x
W
S
x
G
Q
 
-
G
 
-
V
 
-
R
 
R
L
 
L
C
x
L
R
 
A
N
 
K
I
 
V
H
 
T
E
 
D
-
 
R
-
 
A
-
 
A
-
 
A
-
 
E
-
 
A
L
 
L
A
 
L
E
 
E
H
 
H
T
 
K
T
 
E
Y
 
V
L
 
L
L
 
G
G
 
G
G
 
F
K
 
Q
H
 
H
I
 
-
W
 
-
R
 
-
S
 
-
P
 
-
P
 
Q
R
 
L
I
 
F
L
 
Y
V
 
I
E
x
Q
E
 
E
F
 
Y
A
x
V
E
 
E
G
x
K
P
 
P
-
 
G
-
 
R
H
x
D
Y
 
I
I
 
R
T
 
V
H
 
F
V
 
V
M
 
V
G
 
G
H
 
E
E
 
R
V
 
A
I
 
I
G
 
-
I
 
-
E
 
-
A
 
A
A
 
A
D
 
I
F
 
Y
D
x
R
R
 
R
P
 
S
P
 
A
H
 
H
F
x
W
V
 
I
-
x
T
-
 
N
-
 
T
F
 
A
R
 
R
G
 
G
G
 
G
I
 
Q
F
 
A
P
 
E
-
 
N
A
 
C
P
 
P
L
 
L
T
 
T
D
 
E
D
 
E
E
 
I
H
 
A
K
 
R
R
 
-
I
 
-
I
 
-
D
 
-
T
 
-
S
 
-
L
 
L
S
 
S
C
 
V
L
 
G
Q
 
A
A
 
A
L
 
E
S
 
A
L
 
V
G
 
G
W
 
G
G
 
G
P
 
V
T
 
V
C
 
A
I
 
V
E
 
D
L
 
L
R
x
F
W
 
E
T
 
S
K
 
E
C
 
R
G
 
G
P
 
L
V
 
L
V
 
V
I
 
N
E
|
E
V
 
V
N
 
N

Sites not aligning to the query:

7lgmA Cyanophycin synthetase from a. Baylyi dsm587 with atp (see paper)
35% identity, 18% coverage: 99:172/406 of query aligns to 206:279/719 of 7lgmA

query
sites
7lgmA
G
 
G
P
 
T
D
 
S
P
 
H
T
 
I
S
 
A
I
 
V
E
 
E
R
 
I
C
 
A
C
 
G
D
 
D
K
 
K
F
 
N
V
 
V
Q
 
C
R
 
N
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
A
 
Q
E
 
D
A
 
L
G
 
G
V
 
L
P
 
P
I
 
V
P
 
P
A
 
K
Y
 
Q
R
 
R
V
 
V
A
 
V
T
 
Y
N
 
D
V
 
I
A
 
D
D
 
D
V
 
A
E
 
V
S
 
R
S
 
A
A
 
A
A
 
R
E
 
R
I
 
V
G
 
G
L
 
F
P
 
P
V
 
V
I
x
V
L
 
L
K
 
K
P
 
P
A
 
L
V
 
D
G
 
G
T
 
N
G
 
H
S
 
G
Q
x
R
G
 
G
V
 
V
R
 
S
L
 
V
C
 
N
R
 
L
N
 
T
I
 
T
H
 
D
E
 
E
L
 
A
A
 
V
E
 
E

Sites not aligning to the query:

Q5LUF3 Propionyl-CoA carboxylase alpha chain; EC 6.4.1.3 from Ruegeria pomeroyi (strain ATCC 700808 / DSM 15171 / DSS-3) (Silicibacter pomeroyi) (see paper)
21% identity, 74% coverage: 20:321/406 of query aligns to 18:333/681 of Q5LUF3

query
sites
Q5LUF3
V
 
I
Q
 
K
A
 
T
A
 
A
Q
 
R
R
 
K
L
 
M
G
 
G
L
 
I
H
 
S
P
 
T
I
 
V
T
 
A
L
 
I
S
 
Y
T
 
S
D
 
D
P
 
A
T
 
D
Q
 
K
Y
 
Q
D
 
A
Y
 
L
L
 
H
A
 
V
T
 
Q
R
 
M
S
 
A
I
 
D
D
 
E
A
 
A
V
 
V
R
 
H
I
 
I
D
 
G
-
 
P
-
 
P
-
 
P
-
 
A
-
 
N
-
 
Q
-
 
S
-
 
Y
-
 
I
-
 
V
T
 
I
D
 
D
N
 
K
L
 
V
D
 
M
A
 
A
L
 
A
I
 
I
R
 
R
E
 
-
C
 
A
S
 
T
Q
 
G
L
 
A
R
 
Q
A
 
A
T
 
V
Y
 
H
D
 
P
I
 
G
A
 
Y
G
 
G
I
 
F
T
 
L
S
 
S
S
 
E
A
 
N
E
 
S
P
 
K
F
 
F
C
 
A
A
 
E
K
 
A
V
 
L
G
 
E
K
 
A
L
 
E
C
 
G
R
 
V
H
 
I
F
 
F
D
 
-
L
 
-
P
 
V
G
 
G
P
 
P
D
 
P
P
 
K
T
 
G
S
 
A
I
 
I
E
 
E
R
 
A
C
 
M
C
 
G
D
 
D
K
 
K
F
 
I
V
 
T
Q
 
S
R
 
K
Q
 
K
L
 
I
L
 
A
A
 
Q
E
 
E
A
 
A
G
 
N
V
 
V
P
 
S
-
 
T
I
 
V
P
 
P
A
 
G
Y
 
Y
R
 
M
V
 
G
A
 
L
T
 
I
N
 
E
V
 
D
A
 
A
D
 
D
V
 
E
E
 
A
S
 
V
S
 
K
-
 
I
A
 
S
A
 
N
E
 
Q
I
 
I
G
 
G
L
 
Y
P
 
P
V
 
V
I
 
M
L
 
I
K
 
K
P
 
A
A
 
S
V
 
A
G
 
G
T
 
G
G
 
G
S
 
G
Q
 
K
G
 
G
V
 
M
R
 
R
L
 
I
C
 
A
R
 
W
N
 
N
I
 
D
H
 
Q
E
 
E
L
 
A
A
 
R
E
 
E
H
 
G
T
 
F
T
 
Q
Y
 
S
L
 
S
L
 
K
G
 
N
G
 
E
K
 
A
H
 
A
I
 
N
W
 
S
R
 
F
S
 
G
P
 
D
P
 
D
R
 
R
I
 
I
L
 
F
V
 
I
E
 
E
E
 
K
F
 
F
A
 
V
E
 
T
G
 
Q
P
 
P
H
 
R
Y
 
H
I
 
I
-
 
E
-
 
I
-
 
Q
-
 
V
-
 
L
-
 
C
-
 
D
T
 
S
H
 
H
V
 
G
M
 
N
G
 
G
H
 
I
E
 
-
V
 
Y
I
 
L
G
 
G
I
 
E
E
 
R
A
 
E
A
 
C
D
 
S
F
 
I
D
 
Q
R
 
R
P
 
R
P
 
N
H
 
Q
F
 
K
V
 
V
F
 
V
R
 
E
G
 
E
G
 
A
I
 
-
F
 
-
P
 
P
A
 
S
P
 
P
L
 
F
T
 
L
D
 
D
D
 
E
E
 
A
H
 
T
K
 
R
R
 
R
I
 
A
I
 
M
-
 
G
D
 
E
T
 
Q
S
 
A
L
 
V
S
 
A
C
 
L
L
 
A
Q
 
K
A
 
A
L
 
V
S
 
G
L
 
Y
G
 
A
W
 
S
G
 
A
P
 
G
T
 
T
C
 
V
I
 
E
E
 
F
L
 
I
R
 
V
W
 
D
T
 
G
K
 
Q
C
 
K
G
 
N
P
 
F
V
 
Y
V
 
F
I
 
L
E
 
E
V
 
M
N
 
N
P
 
T
R
 
R
L
 
L
G
 
Q
G
 
V
G
 
E
P
 
H
E
 
P
H
 
V
I
 
T
Q
 
E
L
 
L
A
 
I
Y
 
T
G
 
G
I
 
V
D
 
D
L
 
L
I
 
V
T
 
E
E
 
Q
H
 
M
I
 
I
K
 
R
L
 
V
V
 
A
T
 
A
G
 
G
D
 
E
E
 
P
W
 
L
D
 
S
L
 
I
R
 
T
K
 
Q
R
 
G
H
 
D
S
 
V
E
 
K
I
 
L
A
 
T
G
 
G
W
 
W

Sites not aligning to the query:

2vqdA Crystal structure of biotin carboxylase from pseudomonas aeruginosa complexed with ampcp (see paper)
23% identity, 56% coverage: 95:320/406 of query aligns to 100:332/447 of 2vqdA

query
sites
2vqdA
F
 
F
D
 
T
L
 
F
P
 
V
G
 
G
P
 
P
D
 
T
P
 
A
T
 
E
S
 
V
I
 
I
E
 
R
R
 
L
C
 
M
C
 
G
D
 
D
K
|
K
F
 
V
V
 
S
Q
 
A
R
 
K
Q
 
D
L
 
A
L
 
M
A
 
K
E
 
R
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
I
 
T
P
 
V
A
 
P
Y
 
G
R
 
S
V
 
D
A
 
G
T
 
P
N
 
L
V
 
P
A
 
E
D
 
D
V
 
E
E
 
E
S
 
T
S
 
A
-
 
L
-
 
A
-
 
I
A
 
A
A
 
R
E
 
E
I
 
V
G
 
G
L
 
Y
P
 
P
V
 
V
I
|
I
L
 
I
K
|
K
P
 
A
A
 
A
V
 
G
G
 
G
T
x
G
G
 
G
S
x
G
Q
 
R
G
 
G
V
 
M
R
 
R
L
 
V
C
 
V
R
 
Y
N
 
D
I
 
E
H
 
S
E
 
E
L
 
L
A
 
I
E
 
K
H
 
S
T
 
A
T
 
K
Y
 
L
L
 
T
L
 
R
G
 
T
G
 
E
K
 
A
H
 
G
I
 
A
W
 
A
R
 
F
S
 
G
P
 
N
P
|
P
R
 
M
I
 
V
L
 
Y
V
 
L
E
 
E
E
 
K
F
|
F
A
x
L
E
 
T
G
 
N
P
 
P
H
 
R
Y
x
H
I
 
V
-
 
E
-
 
V
-
 
Q
-
 
V
-
 
L
T
 
S
H
 
D
V
 
G
M
 
Q
G
 
G
H
 
N
E
 
A
V
 
I
-
 
H
I
 
L
G
 
G
I
 
D
E
 
R
A
 
D
A
 
C
D
 
S
F
 
L
D
x
Q
R
 
R
P
x
R
P
x
H
H
 
Q
F
 
K
V
 
V
F
 
I
R
 
E
G
 
E
G
 
A
I
 
-
F
 
-
P
 
P
A
 
A
P
 
P
L
 
G
T
 
I
D
 
D
D
 
E
E
 
K
H
 
A
K
 
R
R
 
Q
I
 
-
I
 
-
D
 
E
T
 
V
S
 
F
L
 
A
S
 
R
C
 
C
L
 
V
Q
 
Q
A
 
A
-
 
C
L
 
I
S
 
E
L
 
I
G
 
G
W
 
Y
-
 
R
G
 
G
P
 
A
T
 
G
C
x
T
I
 
F
E
|
E
L
 
F
R
x
L
W
 
Y
T
 
E
K
 
N
C
 
G
G
 
R
P
 
F
V
 
Y
V
 
F
I
 
I
E
|
E
V
 
M
N
|
N
P
 
T
R
|
R
L
 
V
G
 
Q
G
 
V
G
x
E
P
 
H
E
 
P
H
 
V
I
 
S
Q
 
E
L
 
M
A
 
V
Y
 
T
G
 
G
I
 
V
D
 
D
L
 
I
I
 
V
T
 
K
E
 
E
H
 
M
I
 
L
K
 
R
L
 
I
V
 
A
T
 
S
G
 
G
D
 
E
E
 
K
W
 
L
D
 
S
L
 
I
R
 
R
K
 
Q
R
 
E
H
 
D
S
 
V
E
 
V
I
 
I
A
 
R
G
 
G

Sites not aligning to the query:

P9WPQ3 Biotin-dependent 3-methylcrotonyl-coenzyme A carboxylase alpha1 subunit; EC 6.3.4.14 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
22% identity, 74% coverage: 20:320/406 of query aligns to 18:334/654 of P9WPQ3

query
sites
P9WPQ3
V
 
I
Q
 
R
A
 
T
A
 
L
Q
 
R
R
 
R
L
 
L
G
 
G
L
 
I
H
 
R
P
 
S
I
 
V
T
 
A
L
 
V
S
 
Y
T
 
S
D
 
D
P
 
P
T
 
D
Q
 
V
Y
 
D
D
 
A
Y
 
R
L
 
H
A
 
V
T
 
L
R
 
E
S
 
A
I
 
D
D
 
A
A
 
A
V
 
V
R
 
R
I
 
L
D
 
G
-
 
P
-
 
A
-
 
P
-
 
A
-
 
R
-
 
E
-
 
S
-
 
Y
-
 
L
-
 
D
-
 
I
T
 
G
D
 
K
N
 
V
L
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
A
I
 
A
R
 
R
E
 
T
C
 
G
S
 
A
Q
 
Q
L
 
-
R
 
-
A
 
A
T
 
I
Y
 
H
D
 
P
I
 
G
A
 
Y
G
 
G
I
 
F
T
 
L
S
 
A
S
 
E
A
 
N
E
 
A
P
 
D
F
 
F
C
 
A
A
 
A
K
 
A
V
 
C
G
 
E
K
 
R
L
 
A
C
 
R
R
 
V
H
 
V
F
 
F
D
 
-
L
 
-
P
 
L
G
 
G
P
 
P
D
 
P
P
 
A
T
 
R
S
 
A
I
 
I
E
 
E
R
 
V
C
 
M
C
 
G
D
 
D
K
 
K
F
 
I
V
 
A
Q
 
A
R
 
K
Q
 
N
L
 
A
L
 
V
A
 
A
E
 
A
A
 
F
G
 
D
V
 
V
P
 
P
I
 
V
P
 
V
A
 
P
Y
 
G
R
 
V
V
 
A
A
 
R
T
 
A
N
 
G
V
 
L
A
 
T
D
 
D
-
 
D
-
 
A
V
 
L
E
 
V
S
 
T
S
 
A
A
 
A
A
 
A
E
 
E
I
 
V
G
 
G
L
 
Y
P
 
P
V
 
V
I
 
L
L
 
I
K
 
K
P
 
P
A
 
S
V
 
A
G
 
G
T
 
G
G
 
G
S
 
G
Q
 
K
G
 
G
V
 
M
R
 
R
L
 
L
C
 
V
R
 
Q
N
 
D
I
 
P
H
 
A
E
 
R
L
 
L
A
 
P
E
 
E
H
 
A
T
 
L
T
 
V
Y
 
S
L
 
A
L
 
R
G
 
R
G
 
E
K
 
A
H
 
M
I
 
S
W
 
S
R
 
F
S
 
G
P
 
D
P
 
D
R
 
T
I
 
L
L
 
F
V
 
L
E
 
E
E
 
R
F
 
F
A
 
V
E
 
L
G
 
R
P
 
P
H
 
R
Y
 
H
I
 
I
-
 
E
-
 
V
-
 
Q
-
 
V
-
 
L
T
 
A
H
 
D
V
 
A
M
 
H
G
 
G
H
 
N
E
 
V
V
 
V
-
 
H
I
 
L
G
 
G
I
 
E
E
 
R
A
 
E
A
 
C
D
 
S
F
 
L
D
 
Q
R
 
R
P
 
R
P
 
H
H
 
Q
F
 
K
V
 
V
F
 
I
R
 
E
G
 
E
G
 
A
I
 
-
F
 
-
P
 
P
A
 
S
P
 
P
L
 
L
T
 
L
D
 
D
D
 
P
E
 
Q
H
 
T
K
 
R
R
 
E
I
 
R
I
 
I
D
 
G
T
 
V
S
 
A
L
 
-
S
 
A
C
 
C
L
 
N
Q
 
T
A
 
A
L
 
R
S
 
C
L
 
V
G
 
D
W
 
Y
-
 
V
G
 
G
P
 
A
T
 
G
C
 
T
I
 
V
E
 
E
L
 
F
R
 
I
W
 
V
T
 
S
K
 
A
C
 
Q
G
 
R
P
 
P
-
 
D
-
 
E
-
 
F
V
 
F
V
 
F
I
 
M
E
 
E
V
 
M
N
 
N
P
 
T
R
 
R
L
 
L
G
 
Q
G
 
V
G
 
E
P
 
H
E
 
P
H
 
V
I
 
T
Q
 
E
L
 
A
A
 
I
Y
 
T
G
 
G
I
 
L
D
 
D
L
 
L
I
 
V
T
 
E
E
 
W
H
 
Q
I
 
L
K
 
R
L
 
V
V
 
G
T
 
A
G
 
G
D
 
E
E
x
K
W
 
L
D
 
G
L
 
F
R
 
A
K
 
Q
R
 
N
H
 
D
S
 
I
E
 
E
I
 
L
A
 
R
G
 
G

3ouzA Crystal structure of biotin carboxylase-adp complex from campylobacter jejuni
27% identity, 57% coverage: 76:306/406 of query aligns to 86:321/445 of 3ouzA

query
sites
3ouzA
G
 
G
I
 
F
T
 
L
S
 
S
S
 
E
A
 
N
E
 
Q
P
 
N
F
 
F
-
 
V
-
 
E
-
 
I
C
 
C
A
 
A
K
 
K
V
 
-
G
 
-
K
 
-
L
 
-
C
 
-
R
 
H
H
 
N
F
 
I
D
 
K
L
 
F
P
 
I
G
 
G
P
 
P
D
 
S
P
 
V
T
 
E
S
 
A
I
 
M
E
 
N
R
 
L
C
 
M
C
 
S
D
 
D
K
|
K
F
 
S
V
 
K
Q
 
A
R
 
K
Q
 
Q
L
 
V
L
 
M
A
 
Q
E
 
R
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
-
 
V
I
 
I
P
 
P
A
 
G
Y
 
S
R
 
D
V
 
G
A
 
A
T
 
L
N
 
A
V
 
G
A
 
A
D
 
E
V
 
A
E
 
A
S
 
K
S
 
K
-
 
L
A
 
A
A
 
K
E
 
E
I
 
I
G
 
G
L
 
Y
P
 
P
V
 
V
I
|
I
L
 
L
K
|
K
P
 
A
A
 
A
V
 
A
G
 
G
T
x
G
G
|
G
S
x
G
Q
 
R
G
 
G
V
x
M
R
 
R
L
 
V
C
 
V
R
 
E
N
 
N
I
 
E
H
 
K
E
 
D
L
 
L
A
 
E
E
 
K
H
 
A
T
 
Y
T
 
W
Y
 
S
L
 
A
L
 
E
G
 
S
G
 
E
K
 
A
H
 
M
I
 
T
W
 
A
R
 
F
S
 
G
P
 
D
P
 
G
R
 
T
I
 
M
L
 
Y
V
 
M
E
|
E
E
 
K
F
x
Y
A
x
I
E
 
Q
G
 
N
P
 
P
H
 
R
Y
x
H
I
 
I
-
 
E
T
 
V
H
 
Q
V
 
V
M
 
I
G
 
G
H
 
D
E
 
S
V
 
F
-
 
G
-
 
N
-
 
V
-
 
I
-
 
H
I
 
V
G
 
G
I
 
E
E
 
R
A
 
D
A
 
C
D
 
S
F
 
M
D
x
Q
R
 
R
P
 
R
P
 
H
H
 
Q
F
x
K
V
 
L
F
 
I
R
 
E
G
 
E
G
 
S
I
 
-
F
 
-
P
 
P
A
 
A
P
 
I
L
 
L
T
 
L
D
 
D
D
 
E
E
 
K
H
 
T
K
 
R
-
 
T
R
 
R
I
 
L
I
 
H
D
 
E
T
 
T
S
 
A
L
 
I
S
 
K
C
 
A
L
 
A
Q
 
K
A
 
A
L
 
I
S
 
G
L
 
Y
G
 
E
W
 
G
G
 
A
P
 
G
T
|
T
C
 
F
I
x
E
E
 
F
L
|
L
R
 
V
W
 
D
T
 
K
K
 
N
C
 
L
G
 
D
P
 
F
V
 
Y
V
 
F
I
 
I
E
|
E
V
 
M
N
|
N
P
 
T
R
 
R
L
 
L
G
 
-
G
 
-
G
 
Q
P
x
V
E
|
E
H
 
H
I
 
C
-
 
V
-
 
S
Q
 
E
L
 
M
A
 
V
Y
 
S
G
 
G
I
 
I
D
 
D
L
 
I
I
 
I
T
 
E
E
 
Q
H
 
M
I
 
I
K
 
K
L
 
V
V
 
A
T
 
E
G
 
G

Sites not aligning to the query:

3ouuA Crystal structure of biotin carboxylase-beta-gamma-atp complex from campylobacter jejuni
26% identity, 57% coverage: 76:306/406 of query aligns to 87:322/446 of 3ouuA

query
sites
3ouuA
G
 
G
I
 
F
T
 
L
S
 
S
S
 
E
A
 
N
E
 
Q
P
 
N
F
 
F
-
 
V
-
 
E
-
 
I
C
 
C
A
 
A
K
 
K
V
 
-
G
 
-
K
 
-
L
 
-
C
 
-
R
 
H
H
 
N
F
 
I
D
 
K
L
 
F
P
 
I
G
 
G
P
 
P
D
 
S
P
 
V
T
 
E
S
 
A
I
 
M
E
 
N
R
 
L
C
 
M
C
 
S
D
 
D
K
|
K
F
 
S
V
 
K
Q
 
A
R
 
K
Q
 
Q
L
 
V
L
 
M
A
 
Q
E
 
R
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
-
 
V
I
 
I
P
 
P
A
 
G
Y
 
S
R
 
D
V
 
G
A
 
A
T
 
L
N
 
A
V
 
G
A
 
A
D
 
E
V
 
A
E
 
A
S
 
K
S
 
K
-
 
L
A
 
A
A
 
K
E
 
E
I
 
I
G
 
G
L
 
Y
P
 
P
V
 
V
I
|
I
L
 
L
K
|
K
P
 
A
A
 
A
V
 
A
G
 
G
T
x
G
G
|
G
S
x
G
Q
 
R
G
 
G
V
x
M
R
 
R
L
 
V
C
 
V
R
 
E
N
 
N
I
 
E
H
 
K
E
 
D
L
 
L
A
 
E
E
 
-
H
 
-
T
 
-
T
 
-
Y
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
-
G
 
-
K
 
K
H
 
A
I
 
Y
W
 
W
R
 
S
S
 
A
P
 
E
P
 
S
R
 
E
I
 
A
L
 
M
-
 
T
-
 
A
-
 
F
-
 
G
-
 
D
-
 
G
-
 
T
-
 
M
-
 
Y
V
 
M
E
|
E
E
 
K
F
x
Y
A
x
I
E
 
Q
G
 
N
P
 
P
H
 
R
Y
x
H
I
 
I
-
 
E
T
 
V
H
 
Q
V
 
V
M
 
I
G
 
G
H
 
D
E
 
S
V
 
F
-
 
G
-
 
N
-
 
V
-
 
I
-
 
H
I
 
V
G
 
G
I
 
E
E
 
R
A
 
D
A
 
C
D
 
S
F
 
M
D
x
Q
R
 
R
P
 
R
P
x
H
H
 
Q
F
x
K
V
 
L
F
 
I
R
 
E
G
 
E
G
 
S
I
 
-
F
 
-
P
 
P
A
 
A
P
 
I
L
 
L
T
 
L
D
 
D
D
 
E
E
 
K
H
 
T
K
 
R
-
 
T
R
 
R
I
 
L
I
 
H
D
 
E
T
 
T
S
 
A
L
 
I
S
 
K
C
 
A
L
 
A
Q
 
K
A
 
A
L
 
I
S
 
G
L
 
Y
G
 
E
W
 
G
G
 
A
P
 
G
T
|
T
C
 
F
I
x
E
E
 
F
L
|
L
R
 
V
W
 
D
T
 
K
K
 
N
C
 
L
G
 
D
P
 
F
V
 
Y
V
 
F
I
 
I
E
|
E
V
 
M
N
|
N
P
 
T
R
 
R
L
 
L
G
 
-
G
 
-
G
 
Q
P
x
V
E
|
E
H
 
H
I
 
C
-
 
V
-
 
S
Q
 
E
L
 
M
A
 
V
Y
 
S
G
 
G
I
 
I
D
 
D
L
 
I
I
 
I
T
 
E
E
 
Q
H
 
M
I
 
I
K
 
K
L
 
V
V
 
A
T
 
E
G
 
G

Sites not aligning to the query:

7kctA Crystal structure of the hydrogenobacter thermophilus 2-oxoglutarate carboxylase (ogc) biotin carboxylase (bc) domain dimer in complex with adenosine 5'-diphosphate magnesium salt (mgadp), adenosine 5'- diphosphate (adp, and bicarbonate anion (hydrogen carbonate/hco3-) (see paper)
26% identity, 60% coverage: 76:317/406 of query aligns to 84:326/453 of 7kctA

query
sites
7kctA
G
 
G
I
 
F
T
 
L
S
 
A
S
 
E
A
 
N
E
 
E
P
 
H
F
 
F
C
 
A
A
 
-
K
 
-
V
 
-
G
 
-
K
 
R
L
 
L
C
 
C
-
 
E
-
 
E
R
 
K
H
 
G
F
 
I
D
 
T
L
 
F
P
 
I
G
 
G
P
 
P
D
 
H
P
 
W
T
 
K
S
 
V
I
 
I
E
 
E
R
 
L
C
 
M
C
 
G
D
|
D
K
|
K
F
 
A
V
x
R
Q
 
S
R
 
K
Q
 
E
L
 
V
L
 
M
A
 
K
E
 
R
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
-
 
T
I
 
V
P
 
P
A
 
G
Y
 
S
R
 
D
-
 
G
V
 
I
A
 
L
T
 
K
N
 
D
V
 
V
A
 
E
D
 
E
V
 
A
E
 
K
S
 
R
S
 
I
A
 
A
A
 
K
E
 
E
I
 
I
G
 
G
L
 
Y
P
 
P
V
 
V
I
x
L
L
 
L
K
|
K
P
 
A
A
 
S
V
 
A
G
 
G
T
x
G
G
|
G
S
x
G
Q
 
R
G
 
G
V
x
I
R
 
R
L
 
I
C
 
C
R
 
R
N
 
N
I
 
E
H
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
V
E
 
R
H
 
N
-
 
Y
-
 
E
T
 
N
T
 
A
Y
 
Y
L
 
N
L
 
E
G
 
A
G
 
V
K
 
K
H
 
A
I
 
F
W
 
G
R
 
R
S
 
G
P
 
D
P
 
-
R
 
-
I
 
L
L
 
L
V
 
L
E
|
E
E
 
K
F
x
Y
A
x
I
E
 
E
G
 
N
P
 
P
H
 
K
Y
x
H
I
 
I
T
 
E
-
 
F
H
 
Q
V
 
V
M
 
L
G
 
G
H
 
D
E
 
K
V
 
Y
-
 
G
-
 
N
-
 
V
-
 
I
-
 
H
I
 
L
G
 
G
I
 
E
E
 
R
A
 
D
A
 
C
D
 
S
F
 
I
D
x
Q
R
 
R
P
 
R
P
 
N
H
x
Q
F
x
K
V
 
L
F
 
V
R
 
E
G
 
-
G
 
-
I
 
I
F
 
A
P
 
P
A
 
S
P
 
L
L
 
L
T
 
L
D
 
T
D
 
P
E
 
E
H
 
Q
K
 
R
R
 
E
I
 
Y
I
 
Y
D
 
G
T
 
-
S
 
S
L
 
L
S
 
V
C
 
V
L
 
K
Q
 
A
A
 
A
L
 
K
S
 
E
L
 
I
G
 
G
-
 
Y
W
 
Y
G
 
S
P
 
A
T
 
G
C
 
T
I
 
M
E
|
E
L
 
F
R
x
I
W
 
A
T
 
D
K
 
E
C
 
K
G
 
G
P
 
N
V
 
L
-
 
Y
V
 
F
I
 
I
E
|
E
V
 
M
N
|
N
P
 
T
R
|
R
L
 
I
G
x
Q
G
x
V
G
x
E
P
 
H
E
 
P
H
 
V
I
 
T
Q
 
E
L
 
M
A
 
I
Y
 
T
G
 
G
I
 
V
D
 
D
L
 
I
I
 
V
T
 
K
E
 
W
H
 
Q
I
 
I
K
 
R
L
 
I
V
 
A
T
 
A
G
 
G
D
 
E
E
 
-
W
 
-
D
 
-
L
 
-
R
 
R
K
 
L
R
 
R
H
 
Y
S
 
S
E
 
Q

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>YP_004144858.1 NCBI__GCF_000185905.1:YP_004144858.1
MARRSLILVEAGRSNGLMYVQAAQRLGLHPITLSTDPTQYDYLATRSIDAVRIDTDNLDA
LIRECSQLRATYDIAGITSSAEPFCAKVGKLCRHFDLPGPDPTSIERCCDKFVQRQLLAE
AGVPIPAYRVATNVADVESSAAEIGLPVILKPAVGTGSQGVRLCRNIHELAEHTTYLLGG
KHIWRSPPRILVEEFAEGPHYITHVMGHEVIGIEAADFDRPPHFVFRGGIFPAPLTDDEH
KRIIDTSLSCLQALSLGWGPTCIELRWTKCGPVVIEVNPRLGGGPEHIQLAYGIDLITEH
IKLVTGDEWDLRKRHSEIAGWRNLLPDHEGTLDWIDDGSRAAAVPGVAEIKLWVKPKMPI
VRKGDYLDSMGYVIAFSRSHTRTEAILQSAVELINWSITPFPPVSE

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory