SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing YP_428806.1 NCBI__GCF_000013085.1:YP_428806.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
50% identity, 96% coverage: 8:243/246 of query aligns to 3:238/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
S
 
S
T
 
D
P
 
I
L
 
V
L
 
L
A
 
E
I
 
V
R
 
Q
G
 
S
L
 
L
D
 
H
V
 
V
R
 
Y
Y
|
Y
G
 
G
P
 
A
V
 
I
V
 
H
A
 
A
L
 
I
S
 
K
D
 
G
V
 
I
S
 
D
I
 
L
D
 
K
V
 
V
H
 
P
E
 
R
G
 
G
E
 
Q
A
 
I
V
 
V
A
 
T
L
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
L
R
 
S
T
 
A
I
 
I
S
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
V
R
 
R
P
 
A
T
 
Q
A
 
K
G
 
G
D
 
K
I
 
I
L
 
I
Y
 
F
A
 
N
G
 
G
D
 
Q
S
 
D
V
 
I
R
 
T
G
 
N
L
 
K
S
 
P
A
 
A
E
 
H
A
 
V
I
 
I
L
 
N
R
 
R
R
 
M
G
 
G
I
 
I
A
 
A
H
 
L
C
 
V
P
 
P
E
|
E
G
 
G
R
 
R
R
 
R
L
 
I
F
 
F
G
 
P
S
 
E
L
 
L
T
 
T
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
L
R
 
M
L
 
M
G
 
G
A
 
A
A
 
Y
T
 
N
R
 
R
R
 
K
D
 
D
A
 
K
K
 
E
A
 
G
V
 
I
A
 
K
R
 
R
D
 
D
L
 
L
A
 
E
H
 
W
I
 
I
E
 
F
S
 
S
L
 
L
F
 
F
P
 
P
I
 
R
L
 
L
A
 
K
E
 
E
R
 
R
R
 
L
K
 
K
Q
 
Q
V
 
L
S
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
V
 
L
A
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
V
 
L
M
 
M
A
 
S
A
 
R
P
 
P
K
 
K
V
 
L
L
 
L
M
 
M
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
S
L
 
L
G
 
G
V
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
I
I
 
L
T
 
V
K
 
S
M
 
E
I
 
V
F
 
F
S
 
E
R
 
V
L
 
I
A
 
Q
E
 
K
M
 
I
K
 
N
A
 
Q
A
 
E
G
 
G
T
 
T
T
 
T
L
 
I
L
 
L
L
 
L
V
 
V
E
 
E
Q
 
Q
N
 
N
V
 
A
K
 
L
L
 
G
A
 
A
L
 
L
S
 
K
L
 
V
A
 
A
D
 
H
R
 
Y
A
 
G
Y
 
Y
V
 
V
L
 
L
R
 
E
T
 
T
G
 
G
K
 
Q
V
 
I
A
 
V
L
 
L
S
 
E
G
 
G
A
 
K
A
 
A
A
 
S
E
 
E
L
 
L
A
 
L
D
 
D
D
 
N
P
 
E
R
 
M
V
 
V
F
 
R
Q
 
K
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
30% identity, 91% coverage: 21:243/246 of query aligns to 14:253/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
Y
x
F
G
 
G
P
 
E
V
x
F
V
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
D
D
 
G
V
 
V
S
 
S
I
 
I
D
 
S
V
 
V
H
 
N
E
 
K
G
 
G
E
 
D
A
 
V
V
 
T
A
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
R
 
N
T
 
V
I
 
I
S
 
T
G
 
G
L
 
F
L
 
L
R
 
K
P
 
A
T
 
D
A
 
E
G
 
G
D
 
R
I
 
V
L
 
Y
Y
 
F
A
 
E
G
 
N
D
 
K
S
 
D
V
 
I
R
 
T
G
 
N
L
 
K
S
 
E
A
 
P
E
 
A
A
 
E
I
 
L
L
 
Y
R
 
H
R
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
V
H
 
R
C
 
T
P
 
F
E
 
Q
G
 
T
R
 
P
R
 
Q
L
 
P
F
 
L
G
 
K
S
 
E
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
R
 
L
L
 
I
G
 
G
A
 
E
A
 
I
T
 
C
R
 
P
R
 
G
D
 
E
A
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
Y
-
 
K
K
 
K
A
 
W
V
 
I
A
 
P
R
 
K
D
 
E
L
 
E
A
 
E
H
 
M
I
 
V
E
 
E
S
 
K
L
 
A
F
 
F
P
 
K
I
 
I
L
 
L
-
 
E
-
 
F
-
 
L
-
 
K
-
 
L
A
 
S
E
 
H
R
 
L
R
 
Y
K
 
D
Q
 
R
V
 
K
S
 
A
G
 
G
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
M
 
L
V
 
V
A
 
E
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
V
 
L
M
 
M
A
 
T
A
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
M
L
 
I
M
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
I
L
 
A
G
 
G
V
 
V
A
 
A
P
 
P
L
 
G
I
 
L
T
 
A
K
 
H
M
 
D
I
 
I
F
 
F
S
 
N
R
 
H
L
 
V
A
 
L
E
 
E
M
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
K
G
 
G
T
 
I
T
 
T
L
 
F
L
 
L
L
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
V
 
L
K
 
D
L
 
I
A
 
V
L
 
L
S
 
N
L
 
Y
A
 
I
D
 
D
R
 
H
A
 
L
Y
 
Y
V
 
V
L
 
M
R
 
F
T
 
N
G
 
G
K
 
Q
V
 
I
A
 
I
L
 
A
S
 
E
G
 
G
A
 
R
A
 
G
A
 
E
E
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
L
 
V
A
 
L
D
 
S
D
 
D
P
 
P
R
 
K
V
 
V
F
 
V
Q
 
E
A
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
30% identity, 91% coverage: 21:243/246 of query aligns to 14:253/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
Y
x
F
G
 
G
P
 
E
V
x
F
V
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
D
D
 
G
V
 
V
S
 
S
I
 
I
D
 
S
V
 
V
H
 
C
E
 
K
G
 
G
E
 
D
A
 
V
V
 
T
A
 
L
L
 
I
I
 
I
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
R
 
N
T
 
V
I
 
I
S
 
T
G
 
G
L
 
F
L
 
L
R
 
K
P
 
A
T
 
D
A
 
E
G
 
G
D
 
R
I
 
V
L
 
Y
Y
 
F
A
 
E
G
 
N
D
 
K
S
 
D
V
 
I
R
 
T
G
 
N
L
 
K
S
 
E
A
 
P
E
 
A
A
 
E
I
 
L
L
 
Y
R
 
H
R
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
V
H
 
R
C
 
T
P
 
F
E
 
Q
G
 
T
R
 
P
R
 
Q
L
 
P
F
 
L
G
 
K
S
 
E
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
R
 
L
L
 
I
G
 
G
A
 
E
A
 
I
T
 
N
R
 
P
R
 
G
D
 
E
A
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
Y
-
 
K
K
 
K
A
 
W
V
 
I
A
 
P
R
 
K
D
 
E
L
 
E
A
 
E
H
 
M
I
 
V
E
 
E
S
 
K
L
 
A
F
 
F
P
 
K
I
 
I
L
 
L
-
 
E
-
 
F
-
 
L
-
 
K
-
 
L
A
 
S
E
 
H
R
 
L
R
 
Y
K
 
D
Q
 
R
V
 
K
S
 
A
G
 
G
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
M
 
L
V
 
V
A
 
E
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
V
 
L
M
 
M
A
 
T
A
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
M
L
 
I
M
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
I
L
 
A
G
 
G
V
 
V
A
 
A
P
 
P
L
 
G
I
 
L
T
 
A
K
 
H
M
 
D
I
 
I
F
 
F
S
 
N
R
 
H
L
 
V
A
 
L
E
 
E
M
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
K
G
 
G
T
 
I
T
 
T
L
 
F
L
 
L
L
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
V
 
L
K
 
D
L
 
I
A
 
V
L
 
L
S
 
N
L
 
Y
A
 
I
D
 
D
R
 
H
A
 
L
Y
 
Y
V
 
V
L
 
M
R
 
F
T
 
N
G
 
G
K
 
Q
V
 
I
A
 
I
L
 
A
S
 
E
G
 
G
A
 
R
A
 
G
A
 
E
E
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
L
 
V
A
 
L
D
 
S
D
 
D
P
 
P
R
 
K
V
 
V
F
 
V
Q
 
E
A
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
34% identity, 88% coverage: 27:243/246 of query aligns to 18:235/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
L
 
V
S
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
I
 
L
D
 
T
V
 
V
H
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
A
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
T
L
 
F
R
 
Y
T
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
L
 
I
L
 
V
R
 
P
P
 
R
T
 
D
A
 
A
G
 
G
D
 
N
I
 
I
L
 
I
Y
 
I
A
 
D
G
 
D
D
 
D
S
 
D
V
 
I
R
 
S
G
 
L
L
 
L
S
 
P
A
 
L
E
 
H
A
 
A
I
 
R
L
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
H
 
Y
C
 
L
P
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
L
 
I
F
 
F
G
x
R
S
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
-
 
M
-
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
R
 
D
L
 
L
G
 
S
A
 
A
A
 
E
T
 
Q
R
 
R
R
 
E
D
 
D
A
 
R
K
 
A
A
 
N
V
 
E
A
 
L
R
 
M
D
 
E
L
 
E
A
 
F
H
 
H
I
 
I
E
 
E
S
 
H
L
 
L
F
 
-
P
 
-
I
 
-
L
 
-
A
 
-
E
 
-
R
 
-
R
 
R
K
 
D
Q
 
S
V
x
M
S
x
G
G
x
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
V
 
V
A
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
L
M
 
A
A
 
A
A
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
V
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
I
 
S
T
 
V
K
 
I
M
 
D
I
 
I
F
 
K
S
 
R
R
 
I
L
 
I
A
 
E
E
 
H
M
 
L
K
 
R
A
 
D
A
 
S
G
 
G
T
 
L
T
 
G
L
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
V
 
V
K
 
R
L
 
E
A
 
T
L
 
L
S
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
R
 
S
T
 
Q
G
 
G
K
 
H
V
 
L
A
 
I
L
 
A
S
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
A
 
L
D
 
Q
D
 
D
P
 
E
R
 
H
V
 
V
F
 
K
Q
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
34% identity, 88% coverage: 27:243/246 of query aligns to 18:235/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
L
 
V
S
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
I
 
L
D
 
T
V
 
V
H
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
A
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
R
 
Y
T
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
L
 
I
L
 
V
R
 
P
P
 
R
T
 
D
A
 
A
G
 
G
D
 
N
I
 
I
L
 
I
Y
 
I
A
 
D
G
 
D
D
 
D
S
 
D
V
 
I
R
 
S
G
 
L
L
 
L
S
 
P
A
 
L
E
 
H
A
 
A
I
 
R
L
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
H
 
Y
C
 
L
P
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
L
 
I
F
 
F
G
 
R
S
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
-
 
M
-
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
R
 
D
L
 
L
G
 
S
A
 
A
A
 
E
T
 
Q
R
 
R
R
 
E
D
 
D
A
 
R
K
 
A
A
 
N
V
 
E
A
 
L
R
 
M
D
 
E
L
 
E
A
 
F
H
 
H
I
 
I
E
 
E
S
 
H
L
 
L
F
 
-
P
 
-
I
 
-
L
 
-
A
 
-
E
 
-
R
 
-
R
 
R
K
 
D
Q
 
S
V
 
M
S
 
G
G
 
Q
T
x
S
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
|
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
V
 
V
A
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
L
M
 
A
A
 
A
A
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
V
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
I
 
S
T
 
V
K
 
I
M
 
D
I
 
I
F
 
K
S
 
R
R
 
I
L
 
I
A
 
E
E
 
H
M
 
L
K
 
R
A
 
D
A
 
S
G
 
G
T
 
L
T
 
G
L
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
V
 
V
K
 
R
L
 
E
A
 
T
L
 
L
S
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
R
 
S
T
 
Q
G
 
G
K
 
H
V
 
L
A
 
I
L
 
A
S
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
A
 
L
D
 
Q
D
 
D
P
 
E
R
 
H
V
 
V
F
 
K
Q
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
34% identity, 88% coverage: 27:243/246 of query aligns to 18:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
L
 
V
S
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
I
 
L
D
 
T
V
 
V
H
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
A
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
R
 
Y
T
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
L
 
I
L
 
V
R
 
P
P
 
R
T
 
D
A
 
A
G
 
G
D
 
N
I
 
I
L
 
I
Y
 
I
A
 
D
G
 
D
D
 
D
S
 
D
V
 
I
R
 
S
G
 
L
L
 
L
S
 
P
A
 
L
E
 
H
A
 
A
I
 
R
L
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
H
 
Y
C
 
L
P
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
L
 
I
F
 
F
G
 
R
S
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
-
 
M
-
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
R
 
D
L
 
L
G
 
S
A
 
A
A
 
E
T
 
Q
R
 
R
R
 
E
D
 
D
A
 
R
K
 
A
A
 
N
V
 
E
A
 
L
R
 
M
D
 
E
L
 
E
A
 
F
H
 
H
I
 
I
E
 
E
S
 
H
L
 
L
F
 
-
P
 
-
I
 
-
L
 
-
A
 
-
E
 
-
R
 
-
R
 
R
K
 
D
Q
 
S
V
 
M
S
 
G
G
 
Q
T
x
S
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
V
 
V
A
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
L
M
 
A
A
 
A
A
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
|
G
V
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
I
 
S
T
 
V
K
 
I
M
 
D
I
 
I
F
 
K
S
 
R
R
 
I
L
 
I
A
 
E
E
 
H
M
 
L
K
 
R
A
 
D
A
 
S
G
 
G
T
 
L
T
 
G
L
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
V
 
V
K
 
R
L
 
E
A
 
T
L
 
L
S
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
R
 
S
T
 
Q
G
 
G
K
 
H
V
 
L
A
 
I
L
 
A
S
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
A
 
L
D
 
Q
D
 
D
P
 
E
R
 
H
V
 
V
F
 
K
Q
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
34% identity, 88% coverage: 27:243/246 of query aligns to 19:236/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
L
 
V
S
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
I
 
L
D
 
T
V
 
V
H
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
A
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
R
 
Y
T
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
L
 
I
L
 
V
R
 
P
P
 
R
T
 
D
A
 
A
G
 
G
D
 
N
I
 
I
L
 
I
Y
 
I
A
 
D
G
 
D
D
 
D
S
 
D
V
 
I
R
 
S
G
 
L
L
 
L
S
 
P
A
 
L
E
 
H
A
 
A
I
 
R
L
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
H
 
Y
C
 
L
P
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
L
 
I
F
 
F
G
 
R
S
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
-
 
M
-
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
R
 
D
L
 
L
G
 
S
A
 
A
A
 
E
T
 
Q
R
 
R
R
 
E
D
 
D
A
 
R
K
 
A
A
 
N
V
 
E
A
 
L
R
 
M
D
 
E
L
 
E
A
 
F
H
 
H
I
 
I
E
 
E
S
 
H
L
 
L
F
 
-
P
 
-
I
 
-
L
 
-
A
 
-
E
 
-
R
 
-
R
 
R
K
 
D
Q
 
S
V
 
M
S
 
G
G
 
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
V
 
V
A
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
L
M
 
A
A
 
A
A
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
V
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
I
 
S
T
 
V
K
 
I
M
 
D
I
 
I
F
 
K
S
 
R
R
 
I
L
 
I
A
 
E
E
 
H
M
 
L
K
 
R
A
 
D
A
 
S
G
 
G
T
 
L
T
 
G
L
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
V
 
V
K
 
R
L
 
E
A
 
T
L
 
L
S
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
R
 
S
T
 
Q
G
 
G
K
 
H
V
 
L
A
 
I
L
 
A
S
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
A
 
L
D
 
Q
D
 
D
P
 
E
R
 
H
V
 
V
F
 
K
Q
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
34% identity, 88% coverage: 27:242/246 of query aligns to 18:234/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
L
 
V
S
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
I
 
L
D
 
T
V
 
V
H
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
A
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
R
 
Y
T
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
L
 
I
L
 
V
R
 
P
P
 
R
T
 
D
A
 
A
G
 
G
D
 
N
I
 
I
L
 
I
Y
 
I
A
 
D
G
 
D
D
 
D
S
 
D
V
 
I
R
 
S
G
 
L
L
 
L
S
 
P
A
x
L
E
x
H
A
 
A
I
 
R
L
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
H
 
Y
C
 
L
P
|
P
E
x
Q
G
 
E
R
x
A
R
x
S
L
 
I
F
|
F
G
x
R
S
x
R
L
|
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
-
 
M
-
 
A
-
x
V
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
R
 
D
L
 
L
G
 
S
A
 
A
A
 
E
T
 
Q
R
 
R
R
 
E
D
 
D
A
 
R
K
 
A
A
 
N
V
 
E
A
 
L
R
 
M
D
 
E
L
 
E
A
 
F
H
 
H
I
 
I
E
 
E
S
 
H
L
 
L
F
 
-
P
 
-
I
 
-
L
 
-
A
 
-
E
 
-
R
 
-
R
 
R
K
 
D
Q
 
S
V
 
M
S
 
G
G
x
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
V
 
V
A
 
E
L
 
I
A
 
A
R
|
R
A
 
A
V
 
L
M
 
A
A
 
A
A
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
V
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
I
 
S
T
 
V
K
 
I
M
 
D
I
 
I
F
 
K
S
 
R
R
 
I
L
 
I
A
 
E
E
 
H
M
 
L
K
 
R
A
 
D
A
 
S
G
 
G
T
 
L
T
 
G
L
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
V
 
V
K
 
R
L
 
E
A
 
T
L
 
L
S
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
R
 
S
T
 
Q
G
 
G
K
 
H
V
 
L
A
 
I
L
 
A
S
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
A
 
L
D
 
Q
D
 
D
P
 
E
R
 
H
V
 
V
F
 
K
Q
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
34% identity, 88% coverage: 27:242/246 of query aligns to 18:234/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
L
 
V
S
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
I
 
L
D
 
T
V
 
V
H
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
A
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
R
 
Y
T
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
L
 
I
L
 
V
R
 
P
P
 
R
T
 
D
A
 
A
G
 
G
D
 
N
I
 
I
L
 
I
Y
 
I
A
 
D
G
 
D
D
 
D
S
 
D
V
 
I
R
 
S
G
 
L
L
 
L
S
 
P
A
 
L
E
 
H
A
 
A
I
 
R
L
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
H
 
Y
C
 
L
P
 
P
E
x
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
L
 
I
F
 
F
G
 
R
S
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
-
 
M
-
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
R
 
D
L
 
L
G
 
S
A
 
A
A
 
E
T
 
Q
R
 
R
R
 
E
D
 
D
A
 
R
K
 
A
A
 
N
V
 
E
A
 
L
R
 
M
D
 
E
L
 
E
A
 
F
H
 
H
I
 
I
E
 
E
S
 
H
L
 
L
F
 
-
P
 
-
I
 
-
L
 
-
A
 
-
E
 
-
R
 
-
R
 
R
K
 
D
Q
 
S
V
 
M
S
 
G
G
 
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
V
 
V
A
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
L
M
 
A
A
 
A
A
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
V
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
I
 
S
T
 
V
K
 
I
M
 
D
I
 
I
F
 
K
S
 
R
R
 
I
L
 
I
A
 
E
E
 
H
M
 
L
K
 
R
A
 
D
A
 
S
G
 
G
T
 
L
T
 
G
L
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
V
 
V
K
 
R
L
 
E
A
 
T
L
 
L
S
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
R
 
S
T
 
Q
G
 
G
K
 
H
V
 
L
A
 
I
L
 
A
S
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
A
 
L
D
 
Q
D
 
D
P
 
E
R
 
H
V
 
V
F
 
K
Q
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
34% identity, 87% coverage: 27:241/246 of query aligns to 18:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
L
 
V
S
 
E
D
 
D
V
 
V
S
 
S
I
 
L
D
 
T
V
 
V
H
 
N
E
 
S
G
 
G
E
 
E
A
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
R
 
Y
T
 
M
I
 
V
S
 
V
G
 
G
L
 
I
L
 
V
R
 
P
P
 
R
T
 
D
A
 
A
G
 
G
D
 
N
I
 
I
L
 
I
Y
 
I
A
 
D
G
 
D
D
 
D
S
 
D
V
 
I
R
 
S
G
 
L
L
 
L
S
 
P
A
 
L
E
 
H
A
 
A
I
 
R
L
 
A
R
 
R
R
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
H
 
Y
C
 
L
P
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
L
 
I
F
|
F
G
x
R
S
x
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
-
 
M
-
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
R
 
D
L
 
L
G
 
S
A
 
A
A
 
E
T
 
Q
R
 
R
R
 
E
D
 
D
A
 
R
K
 
A
A
 
N
V
 
E
A
 
L
R
 
M
D
 
E
L
 
E
A
 
F
H
 
H
I
 
I
E
 
E
S
 
H
L
 
L
F
 
-
P
 
-
I
 
-
L
 
-
A
 
-
E
 
-
R
 
-
R
 
R
K
 
D
Q
 
S
V
 
M
S
 
G
G
 
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
V
 
V
A
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
L
M
 
A
A
 
A
A
 
N
P
 
P
K
 
K
V
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
V
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
I
 
S
T
 
V
K
 
I
M
 
D
I
 
I
F
 
K
S
 
R
R
 
I
L
 
I
A
 
E
E
 
H
M
 
L
K
 
R
A
 
D
A
 
S
G
 
G
T
 
L
T
 
G
L
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
V
 
V
K
 
R
L
 
E
A
 
T
L
 
L
S
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
R
 
S
T
 
Q
G
 
G
K
 
H
V
 
L
A
 
I
L
 
A
S
 
H
G
 
G
A
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
A
 
L
D
 
Q
D
 
D
P
 
E
R
 
H
V
 
V
F
 
K
Q
 
R
A
 
V
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

5x40A Structure of a cbio dimer bound with amppcp (see paper)
37% identity, 92% coverage: 9:234/246 of query aligns to 2:230/280 of 5x40A

query
sites
5x40A
T
 
T
P
 
P
L
 
I
L
 
L
A
 
A
I
 
A
R
 
E
G
 
A
L
 
L
D
 
T
V
 
Y
R
 
A
Y
x
F
-
 
P
G
 
G
P
 
G
V
|
V
V
 
K
A
|
A
L
 
L
S
 
D
D
 
D
V
 
L
S
 
S
I
 
L
D
 
A
V
 
V
H
 
P
E
 
K
G
 
G
E
 
E
A
 
S
V
 
L
A
 
A
L
 
I
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
L
T
 
H
I
 
L
S
 
N
G
 
G
L
 
T
L
 
L
R
 
R
P
 
P
T
 
Q
A
 
S
G
 
G
D
 
R
I
 
V
L
 
L
Y
 
L
A
 
G
G
 
G
D
 
T
S
 
A
V
 
T
R
 
-
G
 
G
L
 
H
S
 
S
A
 
R
E
 
K
A
 
D
I
 
L
L
 
T
-
 
G
-
 
W
-
 
R
-
 
R
R
 
R
R
 
V
G
 
G
I
 
L
A
 
V
H
 
L
C
x
Q
P
 
D
E
 
A
G
 
D
R
 
D
R
 
Q
L
 
L
F
 
F
G
 
A
S
 
T
L
 
-
T
 
T
V
 
V
E
 
F
E
 
E
N
 
D
L
 
V
R
 
S
L
 
F
G
 
G
A
 
P
A
 
L
T
 
N
R
 
L
R
 
G
D
 
L
A
 
S
K
 
E
A
 
A
V
 
E
A
 
A
R
 
R
D
 
-
L
 
-
A
 
A
H
 
R
I
 
V
E
 
E
S
 
E
L
 
A
F
 
L
P
 
A
I
 
A
L
 
L
A
 
S
-
 
I
-
 
S
E
 
D
R
 
L
R
 
R
K
 
D
Q
 
R
V
 
P
S
 
T
G
x
H
T
x
M
L
|
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
x
Q
Q
 
K
Q
 
R
M
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
G
A
 
A
V
 
V
M
 
A
A
 
M
A
 
R
P
 
P
K
 
E
V
 
V
L
 
L
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
x
Q
P
 
P
S
 
T
L
 
A
G
 
G
V
 
L
A
 
D
P
 
L
L
 
A
I
 
G
T
 
T
K
 
E
M
 
Q
I
 
L
F
 
L
S
 
T
R
 
L
L
 
L
A
 
R
E
 
G
M
 
L
K
 
R
A
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
M
T
 
T
L
 
L
L
 
V
L
 
F
V
 
S
E
 
T
Q
x
H
N
 
D
V
 
V
K
 
E
L
 
L
A
 
A
L
 
A
S
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
R
A
 
V
Y
 
A
V
 
L
L
 
F
R
 
R
T
 
T
G
 
G
K
 
R
V
 
V
A
 
L
L
 
A
S
 
E
G
 
G
A
 
A
A
 
A
A
 
E
E
 
A
L
 
V
A
 
L
D
 
S
D
 
D

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
32% identity, 91% coverage: 21:243/246 of query aligns to 12:235/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
Y
 
Y
G
 
K
P
 
K
V
 
R
V
 
K
A
 
V
L
 
V
S
 
S
D
 
D
V
 
V
S
 
S
I
 
L
D
 
Q
V
 
V
H
 
E
E
 
S
G
 
G
E
 
Q
A
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
S
L
 
F
R
 
Y
T
 
M
I
 
I
S
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
V
R
 
A
P
 
R
T
 
D
A
 
E
G
 
G
D
 
T
I
 
I
L
 
T
Y
 
I
A
 
D
G
 
D
D
 
N
S
 
D
V
 
I
R
 
S
G
 
I
L
 
L
S
 
P
A
 
M
E
 
H
A
 
S
I
 
R
L
 
S
R
 
R
R
 
M
G
 
G
I
 
I
A
 
G
H
 
Y
C
 
L
P
 
P
E
 
Q
G
 
E
R
 
A
R
 
S
L
 
I
F
 
F
G
 
R
S
 
K
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
E
E
 
D
N
 
N
L
 
I
R
 
M
L
 
A
G
 
V
A
 
L
A
 
Q
T
 
T
R
 
R
R
 
E
D
 
E
A
 
L
K
 
T
A
 
H
V
x
E
A
 
E
R
 
R
D
 
Q
-
x
D
-
 
K
L
 
L
A
 
E
H
 
D
I
 
L
E
 
L
S
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
A
 
Q
E
 
H
R
 
I
R
 
R
K
 
K
Q
 
S
V
 
A
S
 
G
G
 
M
T
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
V
 
V
A
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
L
M
 
A
A
 
A
A
 
N
P
 
P
K
 
Q
V
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
V
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
I
 
S
T
 
V
K
 
I
M
 
D
I
 
I
F
 
K
S
 
K
R
 
I
L
 
I
A
 
E
E
 
H
M
 
L
K
 
R
A
 
D
A
 
R
G
 
G
T
 
L
T
 
G
L
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
V
 
V
K
 
R
L
 
E
A
 
T
L
 
L
S
 
D
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
K
A
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
R
 
S
T
 
Q
G
 
G
K
 
R
V
 
L
A
 
I
L
 
A
S
 
E
G
 
G
A
 
T
A
 
P
A
 
Q
E
 
D
L
 
V
A
 
L
D
 
N
D
 
N
P
 
E
R
 
Q
V
 
V
F
 
K
Q
 
Q
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
32% identity, 92% coverage: 10:236/246 of query aligns to 1:228/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
P
 
P
L
 
I
L
 
I
A
 
R
I
 
I
R
 
R
G
 
N
L
 
L
D
 
H
V
 
K
R
 
W
Y
x
F
G
 
G
P
 
P
V
 
L
V
 
H
A
x
V
L
 
L
S
 
K
D
 
G
V
 
I
S
 
H
I
 
L
D
 
E
V
 
V
H
 
A
E
 
P
G
 
G
E
 
E
A
 
K
V
 
L
A
 
V
L
 
I
I
 
I
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
R
 
R
T
 
T
I
 
I
S
 
N
G
 
R
L
 
L
L
 
E
R
 
D
P
 
F
T
 
Q
A
 
E
G
 
G
D
 
E
I
 
V
L
 
V
Y
 
V
A
 
D
G
 
G
D
 
L
S
 
S
V
 
V
R
 
K
G
 
D
L
 
D
S
 
R
A
 
A
E
 
L
A
 
R
I
 
E
L
 
I
R
 
R
R
 
R
G
 
E
I
 
V
A
 
G
H
 
M
C
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
Q
R
 
F
R
 
N
L
 
L
F
 
F
G
 
P
S
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
R
 
T
L
 
L
G
 
A
A
 
P
A
 
M
T
 
R
R
 
V
R
 
R
D
 
R
A
 
W
-
 
P
-
 
R
-
 
E
K
 
K
A
 
A
V
 
E
A
 
K
R
 
K
D
 
A
L
 
L
A
 
E
H
 
L
I
 
L
E
 
E
S
 
R
L
 
V
F
 
-
P
 
G
I
 
I
L
 
L
A
 
D
E
 
Q
R
 
A
R
 
R
K
 
K
Q
 
-
V
 
Y
S
 
P
G
 
A
T
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
L
M
 
A
A
 
M
A
 
E
P
 
P
K
 
K
V
 
I
L
 
M
M
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
L
 
S
G
 
A
V
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
E
I
 
M
T
 
V
K
 
G
M
 
E
I
 
V
F
 
L
S
 
D
R
 
V
L
 
M
A
 
R
E
 
D
M
 
L
K
 
A
A
 
Q
A
 
G
G
 
G
T
 
M
T
 
T
L
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
V
 
M
K
 
G
L
 
F
A
 
A
L
 
R
S
 
E
L
 
V
A
 
A
D
 
D
R
 
R
A
 
V
Y
 
V
V
 
F
L
 
M
R
 
D
T
 
G
G
 
G
K
 
Q
V
 
I
A
 
V
L
 
E
S
 
E
G
 
G
A
 
R
A
 
P
A
 
E
E
 
E
L
 
I
A
 
F
D
 
T
D
 
R
P
 
P
R
 
K

Q8IUA7 ATP-binding cassette sub-family A member 9; EC 7.6.2.- from Homo sapiens (Human) (see 2 papers)
33% identity, 83% coverage: 24:228/246 of query aligns to 497:700/1624 of Q8IUA7

query
sites
Q8IUA7
V
 
V
V
 
E
A
 
A
L
 
L
S
 
K
D
 
G
V
 
V
S
 
V
I
 
F
D
 
D
V
 
I
H
 
Y
E
 
E
G
 
G
E
 
Q
A
 
I
V
 
T
A
 
A
L
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
H
N
 
S
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
N
T
 
I
I
 
L
S
 
S
G
 
G
L
 
L
L
 
S
R
 
V
P
 
P
T
 
T
A
 
S
G
 
G
D
 
S
I
 
V
L
 
T
Y
 
V
A
 
Y
G
 
N
D
 
H
S
 
T
V
 
L
R
 
S
G
 
R
L
 
M
S
 
A
A
 
D
E
 
I
A
 
E
I
 
N
L
 
I
R
 
S
R
 
K
G
 
F
I
 
T
A
 
G
H
 
F
C
 
C
P
 
P
E
 
Q
G
 
S
R
 
N
R
 
V
L
 
Q
F
 
F
G
 
G
S
 
F
L
 
L
T
 
T
V
 
V
E
 
K
E
 
E
N
 
N
L
 
L
R
 
R
L
 
L
G
 
F
A
 
A
A
 
K
T
 
I
R
 
K
-
 
G
-
 
I
-
 
L
-
 
P
-
 
H
-
 
E
-
 
V
-
 
E
R
 
K
D
 
E
A
 
V
K
 
Q
A
 
R
V
 
V
A
 
V
R
 
Q
D
 
E
L
 
L
A
 
-
H
 
E
I
 
M
E
 
E
S
 
N
L
 
I
F
 
Q
P
 
D
I
 
I
L
 
L
A
 
A
E
 
Q
R
 
-
R
 
-
K
 
-
Q
 
-
V
 
-
S
 
-
G
 
-
T
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
N
Q
 
R
M
 
K
V
 
L
A
 
T
L
 
F
A
 
G
R
 
I
A
 
A
V
 
I
M
 
L
A
 
G
A
 
D
P
 
P
K
 
Q
V
 
V
L
 
L
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
L
 
A
G
 
G
V
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
L
I
 
S
T
 
R
K
 
H
M
 
R
I
 
I
F
 
W
S
 
N
R
 
L
L
 
L
A
 
K
E
 
E
M
 
G
K
 
K
A
 
-
A
 
S
G
 
D
T
 
R
T
 
V
L
 
I
L
 
L
L
 
F
V
 
S
E
 
T
Q
 
Q
N
 
F
V
 
I
K
 
D
L
 
E
A
 
A
L
 
D
S
 
I
L
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
R
A
 
K
Y
 
V
V
 
F
L
 
I
R
 
S
T
 
N
G
 
G
K
 
K
V
 
L
A
 
K
L
 
C
S
 
A
G
 
G
A
 
S
A
 
S

Sites not aligning to the query:

7ahhC Opua inhibited inward-facing, sbd docked (see paper)
30% identity, 96% coverage: 1:235/246 of query aligns to 22:254/382 of 7ahhC

query
sites
7ahhC
M
 
M
T
 
V
D
 
E
R
 
K
L
 
G
S
 
E
P
 
P
S
 
K
T
 
N
P
 
E
L
 
I
L
 
L
A
 
K
I
 
-
R
 
-
G
 
-
L
 
-
D
 
-
V
 
-
R
 
K
Y
 
T
G
 
G
P
 
A
V
x
T
V
|
V
A
x
G
L
 
V
S
 
Y
D
 
D
V
 
T
S
 
N
I
 
F
D
 
E
V
 
I
H
 
N
E
 
E
G
 
G
E
 
E
A
 
I
V
 
F
A
 
V
L
 
I
I
 
M
G
 
G
A
 
L
N
 
S
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
T
 
L
I
 
L
S
 
N
G
 
R
L
 
L
L
 
I
R
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
S
G
 
G
D
 
K
I
 
I
L
 
F
Y
 
I
A
 
D
G
 
N
D
 
Q
S
 
D
V
 
V
R
 
A
G
 
T
L
 
L
S
 
N
A
 
K
E
 
E
A
 
D
I
 
L
L
 
L
-
 
Q
-
 
V
-
 
R
R
 
R
R
 
K
G
 
T
I
 
M
A
 
S
H
 
M
C
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
N
R
 
F
R
 
G
L
 
L
F
 
F
G
 
P
S
 
H
L
 
R
T
 
T
V
 
I
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
T
R
 
E
L
 
Y
G
 
G
A
 
L
A
 
E
T
 
V
R
 
Q
R
 
N
D
 
V
A
 
P
K
 
K
A
 
E
V
 
E
A
 
R
R
 
R
D
 
K
L
 
R
A
 
A
H
 
E
I
 
K
E
 
A
S
 
L
L
 
D
F
 
N
P
 
A
I
 
N
L
 
L
A
 
L
E
 
D
R
 
F
R
 
K
K
 
D
Q
 
Q
V
 
Y
S
 
P
G
 
K
T
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
M
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
V
 
V
A
 
G
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
L
M
 
A
A
 
N
A
 
D
P
 
P
K
 
E
V
 
I
L
 
L
M
 
L
L
 
M
D
|
D
E
|
E
P
 
A
S
 
F
L
 
S
G
 
A
V
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
L
I
 
I
T
 
R
K
 
R
M
 
E
I
 
M
F
 
Q
S
 
D
R
 
E
L
 
L
A
 
L
E
 
E
M
 
L
K
 
Q
A
 
A
A
 
K
-
 
F
G
 
Q
T
 
K
T
 
T
L
 
I
L
 
I
L
 
F
V
 
V
E
 
S
Q
 
H
N
 
D
V
 
L
K
 
N
L
 
E
A
 
A
L
 
L
S
 
R
L
 
I
A
 
G
D
 
D
R
 
R
A
 
I
Y
 
A
V
 
I
L
 
M
R
 
K
T
 
D
G
 
G
K
 
K
V
 
I
A
 
M
L
 
Q
S
 
I
G
 
G
A
 
T
A
 
G
A
 
E
E
 
E
L
 
I
A
 
L
D
 
T
D
 
N
P
 
P

Sites not aligning to the query:

7aheC Opua inhibited inward facing (see paper)
30% identity, 96% coverage: 1:235/246 of query aligns to 22:254/382 of 7aheC

query
sites
7aheC
M
 
M
T
 
V
D
 
E
R
 
K
L
 
G
S
 
E
P
 
P
S
 
K
T
 
N
P
 
E
L
 
I
L
 
L
A
 
K
I
 
-
R
 
-
G
 
-
L
 
-
D
 
-
V
 
-
R
 
K
Y
 
T
G
 
G
P
 
A
V
 
T
V
 
V
A
 
G
L
 
V
S
 
Y
D
 
D
V
 
T
S
 
N
I
 
F
D
 
E
V
 
I
H
 
N
E
 
E
G
 
G
E
 
E
A
 
I
V
 
F
A
 
V
L
 
I
I
 
M
G
 
G
A
 
L
N
 
S
G
 
G
A
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
T
 
L
I
 
L
S
 
N
G
 
R
L
 
L
L
 
I
R
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
S
G
 
G
D
 
K
I
 
I
L
 
F
Y
 
I
A
 
D
G
 
N
D
 
Q
S
 
D
V
 
V
R
 
A
G
 
T
L
 
L
S
 
N
A
 
K
E
 
E
A
 
D
I
 
L
L
 
L
-
 
Q
-
 
V
-
 
R
R
 
R
R
 
K
G
 
T
I
 
M
A
 
S
H
 
M
C
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
N
R
 
F
R
 
G
L
 
L
F
 
F
G
 
P
S
 
H
L
 
R
T
 
T
V
 
I
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
T
R
 
E
L
 
Y
G
 
G
A
 
L
A
 
E
T
 
V
R
 
Q
R
 
N
D
 
V
A
 
P
K
 
K
A
 
E
V
 
E
A
 
R
R
 
R
D
 
K
L
 
R
A
 
A
H
 
E
I
 
K
E
 
A
S
 
L
L
 
D
F
 
N
P
 
A
I
 
N
L
 
L
A
 
L
E
 
D
R
 
F
R
 
K
K
 
D
Q
 
Q
V
 
Y
S
 
P
G
 
K
T
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
M
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
V
 
V
A
 
G
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
L
M
 
A
A
 
N
A
 
D
P
 
P
K
 
E
V
 
I
L
 
L
M
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
A
S
 
F
L
 
S
G
 
A
V
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
L
I
 
I
T
 
R
K
 
R
M
 
E
I
 
M
F
 
Q
S
 
D
R
 
E
L
 
L
A
 
L
E
 
E
M
 
L
K
 
Q
A
 
A
A
 
K
-
 
F
G
 
Q
T
 
K
T
 
T
L
 
I
L
 
I
L
 
F
V
 
V
E
 
S
Q
 
H
N
 
D
V
 
L
K
 
N
L
 
E
A
 
A
L
 
L
S
 
R
L
 
I
A
 
G
D
 
D
R
 
R
A
 
I
Y
 
A
V
 
I
L
 
M
R
 
K
T
 
D
G
 
G
K
 
K
V
 
I
A
 
M
L
 
Q
S
 
I
G
 
G
A
 
T
A
 
G
A
 
E
E
 
E
L
 
I
A
 
L
D
 
T
D
 
N
P
 
P

Sites not aligning to the query:

P68187 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK; EC 7.5.2.1 from Escherichia coli (strain K12) (see 5 papers)
35% identity, 91% coverage: 21:244/246 of query aligns to 13:236/371 of P68187

query
sites
P68187
Y
 
W
G
 
G
P
 
E
V
 
V
V
 
V
A
 
V
L
 
S
S
 
K
D
 
D
V
 
I
S
 
N
I
 
L
D
 
D
V
 
I
H
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
A
 
F
V
 
V
A
 
V
L
 
F
I
 
V
G
 
G
A
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
T
 
M
I
 
I
S
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
E
R
 
T
P
 
I
T
 
T
A
 
S
G
 
G
D
 
D
I
 
-
L
 
L
Y
 
F
A
 
I
G
 
G
D
 
E
S
 
K
V
 
R
R
 
M
G
 
N
L
 
D
S
 
T
A
 
P
E
 
P
A
 
A
I
 
-
L
 
-
R
 
E
R
 
R
G
 
G
I
 
V
A
 
G
H
 
M
C
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
S
R
 
Y
R
x
A
L
 
L
F
 
Y
G
 
P
S
 
H
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
A
E
 
E
N
 
N
-
 
M
-
 
S
-
 
F
-
 
G
L
 
L
R
 
K
L
 
L
G
 
A
A
 
G
A
 
A
T
x
K
R
 
K
R
 
E
D
 
V
A
 
I
K
 
N
A
 
Q
V
 
R
A
x
V
R
 
N
D
 
Q
L
x
V
A
 
A
H
x
E
I
 
V
E
 
L
S
 
Q
L
 
L
F
x
A
P
 
H
I
 
L
L
 
L
A
 
D
E
 
R
R
 
K
R
 
P
K
 
K
Q
 
-
V
 
-
S
 
-
G
 
-
T
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
|
G
E
 
Q
Q
 
R
Q
 
Q
M
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
V
 
L
M
 
V
A
 
A
A
 
E
P
 
P
K
 
S
V
 
V
L
 
F
M
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
P
-
 
L
-
 
S
S
 
N
L
 
L
G
 
D
V
 
A
A
 
A
P
 
L
L
 
R
I
 
V
T
 
Q
K
 
M
M
 
R
I
 
I
-
 
E
F
 
I
S
 
S
R
 
R
L
 
L
A
 
H
E
 
-
M
 
-
K
 
K
A
 
R
A
 
L
G
 
G
T
 
R
T
 
T
L
 
M
L
 
I
L
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
D
V
 
Q
K
 
V
L
 
E
A
 
A
L
 
M
S
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
K
A
 
I
Y
 
V
V
 
V
L
 
L
R
 
D
T
 
A
G
 
G
K
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
Q
S
 
V
G
 
G
A
 
K
A
 
P
A
 
L
E
 
E
L
 
L
A
 
Y
D
 
H
D
 
Y
P
 
P
-
 
A
-
 
D
R
|
R
V
 
F
F
 
V
Q
 
A
A
 
G
Y
 
F
L
 
I
G
 
G
A
 
S

Sites not aligning to the query:

1q12A Crystal structure of the atp-bound e. Coli malk (see paper)
35% identity, 91% coverage: 21:244/246 of query aligns to 10:233/367 of 1q12A

query
sites
1q12A
Y
x
W
G
 
G
P
 
E
V
 
V
V
 
V
A
 
V
L
 
S
S
 
K
D
 
D
V
 
I
S
 
N
I
 
L
D
 
D
V
 
I
H
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
A
 
F
V
 
V
A
 
V
L
 
F
I
 
V
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
T
 
M
I
 
I
S
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
E
R
 
T
P
 
I
T
 
T
A
 
S
G
 
G
D
 
D
I
 
-
L
 
L
Y
 
F
A
 
I
G
 
G
D
 
E
S
 
K
V
 
R
R
 
M
G
 
N
L
 
D
S
 
T
A
 
P
E
 
P
A
 
A
I
 
-
L
 
-
R
 
E
R
 
R
G
 
G
I
 
V
A
 
G
H
 
M
C
 
V
P
 
F
E
 
Q
G
 
S
R
 
Y
R
 
A
L
 
L
F
 
Y
G
 
P
S
 
H
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
A
E
 
E
N
 
N
-
 
M
-
 
S
-
 
F
-
 
G
L
 
L
R
 
K
L
 
L
G
 
A
A
 
G
A
 
A
T
 
K
R
 
K
R
 
E
D
 
V
A
 
I
K
 
N
A
 
Q
V
 
R
A
 
V
R
 
N
D
 
Q
L
 
V
A
 
A
H
 
E
I
 
V
E
 
L
S
 
Q
L
 
L
F
 
A
P
 
H
I
 
L
L
 
L
A
 
D
E
x
R
R
 
K
R
 
P
K
 
K
Q
 
-
V
 
-
S
 
-
G
 
-
T
x
A
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
x
Q
Q
 
R
Q
 
Q
M
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
V
 
L
M
 
V
A
 
A
A
 
E
P
 
P
K
 
S
V
 
V
L
 
F
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
-
 
L
-
 
S
S
 
N
L
 
L
G
 
D
V
 
A
A
 
A
P
 
L
L
 
R
I
 
V
T
 
Q
K
 
M
M
 
R
I
 
I
-
 
E
F
 
I
S
 
S
R
 
R
L
 
L
A
 
H
E
 
-
M
 
-
K
 
K
A
 
R
A
 
L
G
 
G
T
 
R
T
 
T
L
 
M
L
 
I
L
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
D
V
 
Q
K
 
V
L
 
E
A
 
A
L
 
M
S
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
K
A
 
I
Y
 
V
V
 
V
L
 
L
R
 
D
T
 
A
G
 
G
K
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
Q
S
 
V
G
 
G
A
 
K
A
 
P
A
 
L
E
 
E
L
 
L
A
 
Y
D
 
H
D
 
Y
P
 
P
-
 
A
-
 
D
R
 
R
V
 
F
F
 
V
Q
 
A
A
 
G
Y
 
F
L
 
I
G
 
G
A
 
S

3puyA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to amp-pnp after crystal soaking of the pretranslocation state (see paper)
35% identity, 91% coverage: 21:244/246 of query aligns to 12:235/371 of 3puyA

query
sites
3puyA
Y
x
W
G
 
G
P
 
E
V
 
V
V
 
V
A
 
V
L
 
S
S
 
K
D
 
D
V
 
I
S
 
N
I
 
L
D
 
D
V
 
I
H
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
A
 
F
V
 
V
A
 
V
L
 
F
I
 
V
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
T
 
M
I
 
I
S
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
E
R
 
T
P
 
I
T
 
T
A
 
S
G
 
G
D
 
D
I
 
-
L
 
L
Y
 
F
A
 
I
G
 
G
D
 
E
S
 
K
V
 
R
R
 
M
G
 
N
L
 
D
S
 
T
A
 
P
E
 
P
A
 
A
I
 
-
L
 
-
R
 
E
R
 
R
G
 
G
I
 
V
A
 
G
H
 
M
C
 
V
P
 
F
E
x
Q
G
 
S
R
 
Y
R
 
A
L
 
L
F
 
Y
G
 
P
S
 
H
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
A
E
 
E
N
 
N
-
 
M
-
 
S
-
 
F
-
 
G
L
 
L
R
 
K
L
 
L
G
 
A
A
 
G
A
 
A
T
 
K
R
 
K
R
 
E
D
 
V
A
 
I
K
 
N
A
 
Q
V
 
R
A
 
V
R
 
N
D
 
Q
L
 
V
A
 
A
H
 
E
I
 
V
E
 
L
S
 
Q
L
 
L
F
 
A
P
 
H
I
 
L
L
 
L
A
 
D
E
x
R
R
 
K
R
 
P
K
 
K
Q
 
-
V
 
-
S
 
-
G
 
-
T
x
A
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
x
Q
Q
 
R
Q
 
Q
M
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
V
 
L
M
 
V
A
 
A
A
 
E
P
 
P
K
 
S
V
 
V
L
 
F
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
-
 
L
-
 
S
S
 
N
L
 
L
G
 
D
V
 
A
A
 
A
P
 
L
L
 
R
I
 
V
T
 
Q
K
 
M
M
 
R
I
 
I
-
 
E
F
 
I
S
 
S
R
 
R
L
 
L
A
 
H
E
 
-
M
 
-
K
 
K
A
 
R
A
 
L
G
 
G
T
 
R
T
 
T
L
 
M
L
 
I
L
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
x
H
N
 
D
V
 
Q
K
 
V
L
 
E
A
 
A
L
 
M
S
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
K
A
 
I
Y
 
V
V
 
V
L
 
L
R
 
D
T
 
A
G
 
G
K
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
Q
S
 
V
G
 
G
A
 
K
A
 
P
A
 
L
E
 
E
L
 
L
A
 
Y
D
 
H
D
 
Y
P
 
P
-
 
A
-
 
D
R
 
R
V
 
F
F
 
V
Q
 
A
A
 
G
Y
 
F
L
 
I
G
 
G
A
 
S

3puxA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-bef3 (see paper)
35% identity, 91% coverage: 21:244/246 of query aligns to 12:235/371 of 3puxA

query
sites
3puxA
Y
x
W
G
 
G
P
 
E
V
 
V
V
 
V
A
 
V
L
 
S
S
 
K
D
 
D
V
 
I
S
 
N
I
 
L
D
 
D
V
 
I
H
 
H
E
 
E
G
 
G
E
 
E
A
 
F
V
 
V
A
 
V
L
 
F
I
 
V
G
 
G
A
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
T
 
M
I
 
I
S
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
E
R
 
T
P
 
I
T
 
T
A
 
S
G
 
G
D
 
D
I
 
-
L
 
L
Y
 
F
A
 
I
G
 
G
D
 
E
S
 
K
V
 
R
R
 
M
G
 
N
L
 
D
S
 
T
A
 
P
E
 
P
A
 
A
I
 
-
L
 
-
R
 
E
R
 
R
G
 
G
I
 
V
A
 
G
H
 
M
C
 
V
P
 
F
E
x
Q
G
 
S
R
 
Y
R
 
A
L
 
L
F
 
Y
G
 
P
S
 
H
L
 
L
T
 
S
V
 
V
E
 
A
E
 
E
N
 
N
-
 
M
-
 
S
-
 
F
-
 
G
L
 
L
R
 
K
L
 
L
G
 
A
A
 
G
A
 
A
T
 
K
R
 
K
R
 
E
D
 
V
A
 
I
K
 
N
A
 
Q
V
 
R
A
 
V
R
 
N
D
 
Q
L
 
V
A
 
A
H
 
E
I
 
V
E
 
L
S
 
Q
L
 
L
F
 
A
P
 
H
I
 
L
L
 
L
A
 
D
E
x
R
R
 
K
R
 
P
K
 
K
Q
 
-
V
 
-
S
 
-
G
 
-
T
 
A
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
x
Q
Q
 
R
Q
 
Q
M
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
T
V
 
L
M
 
V
A
 
A
A
 
E
P
 
P
K
 
S
V
 
V
L
 
F
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
-
 
L
-
 
S
S
 
N
L
 
L
G
 
D
V
 
A
A
 
A
P
 
L
L
 
R
I
 
V
T
 
Q
K
 
M
M
 
R
I
 
I
-
 
E
F
 
I
S
 
S
R
 
R
L
 
L
A
 
H
E
 
-
M
 
-
K
 
K
A
 
R
A
 
L
G
 
G
T
 
R
T
 
T
L
 
M
L
 
I
L
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
x
H
N
 
D
V
 
Q
K
 
V
L
 
E
A
 
A
L
 
M
S
 
T
L
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
K
A
 
I
Y
 
V
V
 
V
L
 
L
R
 
D
T
 
A
G
 
G
K
 
R
V
 
V
A
 
A
L
 
Q
S
 
V
G
 
G
A
 
K
A
 
P
A
 
L
E
 
E
L
 
L
A
 
Y
D
 
H
D
 
Y
P
 
P
-
 
A
-
 
D
R
 
R
V
 
F
F
 
V
Q
 
A
A
 
G
Y
 
F
L
 
I
G
 
G
A
 
S

Query Sequence

>YP_428806.1 NCBI__GCF_000013085.1:YP_428806.1
MTDRLSPSTPLLAIRGLDVRYGPVVALSDVSIDVHEGEAVALIGANGAGKSTLLRTISGL
LRPTAGDILYAGDSVRGLSAEAILRRGIAHCPEGRRLFGSLTVEENLRLGAATRRDAKAV
ARDLAHIESLFPILAERRKQVSGTLSGGEQQMVALARAVMAAPKVLMLDEPSLGVAPLIT
KMIFSRLAEMKAAGTTLLLVEQNVKLALSLADRAYVLRTGKVALSGAAAELADDPRVFQA
YLGATE

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory