GapMind for Amino acid biosynthesis

 

L-isoleucine biosynthesis

Analysis of pathway ile in 206 genomes

Genome Best path
Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Acidovorax sp. GW101-3H11 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Algiphilus aromaticivorans DG1253 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Alicycliphilus denitrificans K601 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Alkalihalobacterium alkalinitrilicum DSM 22532 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Allochromatium vinosum DSM 180 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Ammonifex degensii KC4 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Anaerobutyricum hallii DSM 3353 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Aquimarina longa SW024 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Archaeoglobus veneficus SNP6 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Arcobacter nitrofigilis DSM 7299 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Azoarcus olearius BH72 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Azohydromonas australica DSM 1124 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Azorhizobium caulinodans ORS 571 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Azospirillum brasilense Sp245 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Azospirillum sp. B510 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Beijerinckia mobilis UQM 1969 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bradyrhizobium sp. BTAi1 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Brevundimonas sp. GW460-12-10-14-LB2 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Burkholderia phytofirmans PsJN ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Burkholderia vietnamiensis G4 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Calditerrivibrio nitroreducens DSM 19672 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Caminibacter mediatlanticus TB-2 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Carboxydothermus pertinax Ug1 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Caulobacter crescentus NA1000 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Cereibacter sphaeroides ATCC 17029 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Chlorobaculum parvum NCIB 8327 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Chlorobaculum tepidum TLS cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Chlorobium limicola DSM 245 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Chlorobium phaeobacteroides BS1 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Clostridium acetobutylicum ATCC 824 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Clostridium kluyveri DSM 555 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Clostridium tyrobutyricum FAM22553 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Crocosphaera subtropica ATCC 51142 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Cupriavidus basilensis FW507-4G11 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Dechloromonas agitata is5 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Dechlorosoma suillum PS ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Dehalococcoides mccartyi 195 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Denitrovibrio acetiphilus DSM 12809 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Derxia gummosa DSM 723 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfacinum hydrothermale DSM 13146 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfacinum infernum DSM 9756 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfarculus baarsii DSM 2075 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfatibacillum aliphaticivorans DSM 15576 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfatiglans anilini DSM 4660 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfitobacterium hafniense DCB-2 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfobacca acetoxidans DSM 11109 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfobacter vibrioformis DSM 8776 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfogranum mediterraneum DSM 13871 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulforamulus ruminis DSM 2154 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfoscipio geothermicus DSM 3669 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfotalea psychrophila LSv54 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC*, ilvD?, ilvE
Desulfovibrio oxyclinae DSM 11498 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD?, ilvE
Desulfovibrio vulgaris Hildenborough JW710 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfurobacterium atlanticum DSM 15668 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfuromonas acetexigens DSM 1397 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfuromusa kysingii DSM 7343 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Dinoroseobacter shibae DFL-12 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Dyella japonica UNC79MFTsu3.2 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Echinicola vietnamensis KMM 6221, DSM 17526 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Escherichia coli BW25113 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Ferroglobus placidus DSM 10642 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Frankia alni ACN14a cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Geobacter metallireducens GS-15 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Geotalea uraniireducens Rf4 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Halococcus hamelinensis 100A6 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Haloechinothrix alba DSM 45207 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Haloferax volcanii DS2 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Haloglycomyces albus DSM 45210 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Halomonas desiderata SP1 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Halorhodospira halophila SL1 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Heliomicrobium modesticaldum Ice1 Ice1; ATCC 51547 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Herbaspirillum autotrophicum IAM 14942 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD*, ilvE
Herbaspirillum seropedicae SmR1 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Hippea alviniae EP5-r ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Hydrogenophaga taeniospiralis CCUG 15921 NBRC 102512 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Hydrogenovibrio halophilus DSM 15072 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Hydrogenovibrio kuenenii DSM 12350 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Hydrogenovibrio marinus DSM 11271 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Hyphomicrobium sulfonivorans WDL6 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Klebsiella michiganensis M5al ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Klebsiella variicola At-22 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Kyrpidia tusciae DSM 2912 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Leptospirillum ferrooxidans C2-3 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Lysobacter soli OAE881 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Magnetospirillum magneticum AMB-1 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Malonomonas rubra DSM 5091 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Maridesulfovibrio bastinii DSM 16055 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Maridesulfovibrio zosterae DSM 11974 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Marinobacter adhaerens HP15 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Mesorhizobium ciceri biovar biserrulae WSM1271 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanobacterium lacus AL-21 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanococcus aeolicus Nankai-3 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanococcus maripaludis C5 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanosarcina acetivorans C2A cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanosarcina mazei Go1 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanospirillum lacunae Ki8-1 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylobacterium nodulans ORS 2060 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC?, ilvD, ilvE
Methylobacterium sp. 4-46 Apr-46 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylocapsa acidiphila B2 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylocapsa aurea KYG cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylocella silvestris BL2 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylococcus capsulatus str. Bath ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylocystis bryophila S285 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methyloferula stellata AR4 AR4T cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylohalobius crimeensis 10Ki cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylomonas methanica MC09 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylosarcina fibrata AML-C10 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylotuvimicrobium alcaliphilum 20Z cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylovulum miyakonense HT12 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Mucilaginibacter yixingensis DSM 26809 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Mycolicibacterium vanbaalenii PYR-1 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Nitratifractor salsuginis DSM 16511 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Nitratiruptor tergarcus DSM 16512 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Nitriliruptor alkaliphilus DSM 45188 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Nitrosopumilus maritimus SCM1 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Nocardioides dokdonensis FR1436 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Nocardiopsis lucentensis DSM 44048 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI?, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133; PCC 73102 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Oleispira antarctica RB-8 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Paraburkholderia atlantica CCGE1002 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Paraburkholderia bryophila 376MFSha3.1 ilvA*, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Paraburkholderia phymatum STM815 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Paucidesulfovibrio gracilis DSM 16080 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pedobacter sp. GW460-11-11-14-LB5 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pelobacter propionicus DSM 2379 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Persephonella marina EX-H1 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Phaeacidiphilus oryzae TH49 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Phaeobacter inhibens BS107 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Polaromonas naphthalenivorans CJ2 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Prosthecochloris aestuarii DSM 271 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudarthrobacter sulfonivorans Ar51 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas benzenivorans DSM 8628 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas fluorescens FW300-N1B4 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas fluorescens FW300-N2C3 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas fluorescens FW300-N2E2 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas fluorescens FW300-N2E3 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas fluorescens GW456-L13 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas putida KT2440 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas simiae WCS417 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas stutzeri RCH2 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pyrolobus fumarii 1A cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhizobium etli CFN 42 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhizobium johnstonii 3841 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhizorhabdus wittichii RW1 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodanobacter denitrificans FW104-10B01 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodomicrobium vannielii ATCC 17100 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodopseudomonas palustris CGA009 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodospirillum centenum SW SW; ATCC 51521 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Roseburia faecis M72 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Saccharomonospora cyanea NA-134 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sedimenticola selenatireducens DSM 17993 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Shewanella amazonensis SB2B ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Shewanella loihica PV-4 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Shewanella oneidensis MR-1 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Shewanella sp. ANA-3 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sinorhizobium fredii NGR234 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sinorhizobium medicae WSM419 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sinorhizobium meliloti 1021 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sphingomonas koreensis DSMZ 15582 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Stenotrophomonas chelatiphaga DSM 21508 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Steroidobacter denitrificans DSM 18526 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Stutzerimonas stutzeri A1501 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sulfuricurvum kujiense DSM 16994 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sulfurihydrogenibium azorense Az-Fu1 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sulfurihydrogenibium subterraneum DSM 15120 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sulfurimonas denitrificans DSM 1251 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sulfuritalea hydrogenivorans sk43H DSM 22779 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sulfurivirga caldicuralii DSM 17737 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Synechococcus elongatus PCC 7942 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Teredinibacter turnerae T7901 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thauera aminoaromatica S2 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thermithiobacillus tepidarius DSM 3134 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thermoanaerobacter kivui LKT-1 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thermocrinis albus DSM 14484 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thermodesulforhabdus norvegica DSM 9990 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thermomonospora curvata DSM 43183 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thermovibrio ammonificans HB-1 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thermus aquaticus YT-1 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thioalkalivibrio denitrificans ALJD ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thioalkalivibrio halophilus HL17 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thioalkalivibrio paradoxus ARh 1 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thioalkalivibrio thiocyanodenitrificans ARhD 1 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thiohalomonas denitrificans HLD2 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thiohalospira halophila DSM 15071 HL 3 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thiomicrorhabdus arctica DSM 13458 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thiomicrorhabdus chilensis DSM 12352 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thiomicrospira cyclica ALM1 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thiomicrospira microaerophila ASL8-2 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thiomicrospira pelophila DSM 1534 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thiothrix lacustris DSM 21227 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Tistlia consotensis USBA 355 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Trichlorobacter lovleyi SZ ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Trichodesmium erythraeum IMS101 Annotated Metagenome-Assembled Genome cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Trichormus variabilis ATCC 29413 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE?
Xanthobacter autotrophicus Py2 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Xanthomonas campestris pv. campestris strain 8004 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Xenophilus azovorans DSM 13620 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE

Confidence: high confidence medium confidence low confidence
? – known gap: despite the lack of a good candidate for this step, this organism (or a related organism) performs the pathway

This GapMind analysis is from Jul 25 2024. The underlying query database was built on Jul 25 2024.

Links

Downloads

Related tools

About GapMind

Each pathway is defined by a set of rules based on individual steps or genes. Candidates for each step are identified by using ublast (a fast alternative to protein BLAST) against a database of manually-curated proteins (most of which are experimentally characterized) or by using HMMer with enzyme models (usually from TIGRFam). Ublast hits may be split across two different proteins.

A candidate for a step is "high confidence" if either:

where "other" refers to the best ublast hit to a sequence that is not annotated as performing this step (and is not "ignored").

Otherwise, a candidate is "medium confidence" if either:

Other blast hits with at least 50% coverage are "low confidence."

Steps with no high- or medium-confidence candidates may be considered "gaps." For the typical bacterium that can make all 20 amino acids, there are 1-2 gaps in amino acid biosynthesis pathways. For diverse bacteria and archaea that can utilize a carbon source, there is a complete high-confidence catabolic pathway (including a transporter) just 38% of the time, and there is a complete medium-confidence pathway 63% of the time. Gaps may be due to:

GapMind relies on the predicted proteins in the genome and does not search the six-frame translation. In most cases, you can search the six-frame translation by clicking on links to Curated BLAST for each step definition (in the per-step page).

For more information, see:

If you notice any errors or omissions in the step descriptions, or any questionable results, please let us know

by Morgan Price, Arkin group, Lawrence Berkeley National Laboratory