GapMind for Amino acid biosynthesis

 

L-valine biosynthesis

Analysis of pathway val in 206 genomes

Genome Best path
Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Acidovorax sp. GW101-3H11 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Algiphilus aromaticivorans DG1253 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Alicycliphilus denitrificans K601 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Alkalihalobacterium alkalinitrilicum DSM 22532 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Allochromatium vinosum DSM 180 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Ammonifex degensii KC4 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Anaerobutyricum hallii DSM 3353 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Aquimarina longa SW024 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Archaeoglobus veneficus SNP6 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Arcobacter nitrofigilis DSM 7299 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Azoarcus olearius BH72 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Azohydromonas australica DSM 1124 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Azorhizobium caulinodans ORS 571 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Azospirillum brasilense Sp245 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Azospirillum sp. B510 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Beijerinckia mobilis UQM 1969 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bradyrhizobium sp. BTAi1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Brevundimonas sp. GW460-12-10-14-LB2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Burkholderia phytofirmans PsJN ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Burkholderia vietnamiensis G4 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Calditerrivibrio nitroreducens DSM 19672 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Caminibacter mediatlanticus TB-2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Carboxydothermus pertinax Ug1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Caulobacter crescentus NA1000 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Cereibacter sphaeroides ATCC 17029 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Chlorobaculum parvum NCIB 8327 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Chlorobaculum tepidum TLS ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Chlorobium limicola DSM 245 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Chlorobium phaeobacteroides BS1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Clostridium acetobutylicum ATCC 824 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Clostridium kluyveri DSM 555 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Clostridium tyrobutyricum FAM22553 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Crocosphaera subtropica ATCC 51142 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Cupriavidus basilensis FW507-4G11 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Dechloromonas agitata is5 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Dechlorosoma suillum PS ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Dehalococcoides mccartyi 195 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Denitrovibrio acetiphilus DSM 12809 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Derxia gummosa DSM 723 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfacinum hydrothermale DSM 13146 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfacinum infernum DSM 9756 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfarculus baarsii DSM 2075 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfatibacillum aliphaticivorans DSM 15576 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfatiglans anilini DSM 4660 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfitobacterium hafniense DCB-2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfobacca acetoxidans DSM 11109 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfobacter vibrioformis DSM 8776 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfogranum mediterraneum DSM 13871 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulforamulus ruminis DSM 2154 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfoscipio geothermicus DSM 3669 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfotalea psychrophila LSv54 ilvI, ilvH, ilvC*, ilvD?, ilvE
Desulfovibrio oxyclinae DSM 11498 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD?, ilvE
Desulfovibrio vulgaris Hildenborough JW710 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfurobacterium atlanticum DSM 15668 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfuromonas acetexigens DSM 1397 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfuromusa kysingii DSM 7343 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Dinoroseobacter shibae DFL-12 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Dyella japonica UNC79MFTsu3.2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Echinicola vietnamensis KMM 6221, DSM 17526 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Escherichia coli BW25113 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Ferroglobus placidus DSM 10642 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Frankia alni ACN14a ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Geobacter metallireducens GS-15 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Geotalea uraniireducens Rf4 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Halococcus hamelinensis 100A6 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Haloechinothrix alba DSM 45207 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Haloferax volcanii DS2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Haloglycomyces albus DSM 45210 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Halomonas desiderata SP1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Halorhodospira halophila SL1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Heliomicrobium modesticaldum Ice1 Ice1; ATCC 51547 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Herbaspirillum autotrophicum IAM 14942 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD*, ilvE
Herbaspirillum seropedicae SmR1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Hippea alviniae EP5-r ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Hydrogenophaga taeniospiralis CCUG 15921 NBRC 102512 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Hydrogenovibrio halophilus DSM 15072 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Hydrogenovibrio kuenenii DSM 12350 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Hydrogenovibrio marinus DSM 11271 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Hyphomicrobium sulfonivorans WDL6 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Klebsiella michiganensis M5al ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Klebsiella variicola At-22 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Kyrpidia tusciae DSM 2912 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Leptospirillum ferrooxidans C2-3 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Lysobacter soli OAE881 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Magnetospirillum magneticum AMB-1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Malonomonas rubra DSM 5091 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Maridesulfovibrio bastinii DSM 16055 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Maridesulfovibrio zosterae DSM 11974 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Marinobacter adhaerens HP15 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Mesorhizobium ciceri biovar biserrulae WSM1271 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanobacterium lacus AL-21 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanococcus aeolicus Nankai-3 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanococcus maripaludis C5 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanosarcina acetivorans C2A ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanosarcina mazei Go1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanospirillum lacunae Ki8-1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylobacterium nodulans ORS 2060 ilvI, ilvH, ilvC?, ilvD, ilvE
Methylobacterium sp. 4-46 Apr-46 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylocapsa acidiphila B2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylocapsa aurea KYG ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylocella silvestris BL2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylococcus capsulatus str. Bath ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylocystis bryophila S285 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methyloferula stellata AR4 AR4T ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylohalobius crimeensis 10Ki ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylomonas methanica MC09 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylosarcina fibrata AML-C10 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylotuvimicrobium alcaliphilum 20Z ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylovulum miyakonense HT12 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Mucilaginibacter yixingensis DSM 26809 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Mycolicibacterium vanbaalenii PYR-1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Nitratifractor salsuginis DSM 16511 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Nitratiruptor tergarcus DSM 16512 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Nitriliruptor alkaliphilus DSM 45188 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Nitrosopumilus maritimus SCM1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Nocardioides dokdonensis FR1436 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Nocardiopsis lucentensis DSM 44048 ilvI?, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133; PCC 73102 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Oleispira antarctica RB-8 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Paraburkholderia atlantica CCGE1002 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Paraburkholderia bryophila 376MFSha3.1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Paraburkholderia phymatum STM815 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Paucidesulfovibrio gracilis DSM 16080 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pedobacter sp. GW460-11-11-14-LB5 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pelobacter propionicus DSM 2379 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Persephonella marina EX-H1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Phaeacidiphilus oryzae TH49 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Phaeobacter inhibens BS107 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Polaromonas naphthalenivorans CJ2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Prosthecochloris aestuarii DSM 271 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudarthrobacter sulfonivorans Ar51 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas benzenivorans DSM 8628 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas fluorescens FW300-N1B4 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas fluorescens FW300-N2C3 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas fluorescens FW300-N2E2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas fluorescens FW300-N2E3 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas fluorescens GW456-L13 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas putida KT2440 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas simiae WCS417 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas stutzeri RCH2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pyrolobus fumarii 1A ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhizobium etli CFN 42 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhizobium johnstonii 3841 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhizorhabdus wittichii RW1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodanobacter denitrificans FW104-10B01 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodomicrobium vannielii ATCC 17100 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodopseudomonas palustris CGA009 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodospirillum centenum SW SW; ATCC 51521 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Roseburia faecis M72 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Saccharomonospora cyanea NA-134 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sedimenticola selenatireducens DSM 17993 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Shewanella amazonensis SB2B ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Shewanella loihica PV-4 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Shewanella oneidensis MR-1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Shewanella sp. ANA-3 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sinorhizobium fredii NGR234 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sinorhizobium medicae WSM419 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sinorhizobium meliloti 1021 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sphingomonas koreensis DSMZ 15582 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Stenotrophomonas chelatiphaga DSM 21508 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Steroidobacter denitrificans DSM 18526 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Stutzerimonas stutzeri A1501 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sulfuricurvum kujiense DSM 16994 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sulfurihydrogenibium azorense Az-Fu1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sulfurihydrogenibium subterraneum DSM 15120 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sulfurimonas denitrificans DSM 1251 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sulfuritalea hydrogenivorans sk43H DSM 22779 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sulfurivirga caldicuralii DSM 17737 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Synechococcus elongatus PCC 7942 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Teredinibacter turnerae T7901 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thauera aminoaromatica S2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thermithiobacillus tepidarius DSM 3134 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thermoanaerobacter kivui LKT-1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thermocrinis albus DSM 14484 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thermodesulforhabdus norvegica DSM 9990 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thermomonospora curvata DSM 43183 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thermovibrio ammonificans HB-1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thermus aquaticus YT-1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thioalkalivibrio denitrificans ALJD ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thioalkalivibrio halophilus HL17 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thioalkalivibrio paradoxus ARh 1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thioalkalivibrio thiocyanodenitrificans ARhD 1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thiohalomonas denitrificans HLD2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thiohalospira halophila DSM 15071 HL 3 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thiomicrorhabdus arctica DSM 13458 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thiomicrorhabdus chilensis DSM 12352 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thiomicrospira cyclica ALM1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thiomicrospira microaerophila ASL8-2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thiomicrospira pelophila DSM 1534 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thiothrix lacustris DSM 21227 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Tistlia consotensis USBA 355 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Trichlorobacter lovleyi SZ ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Trichodesmium erythraeum IMS101 Annotated Metagenome-Assembled Genome ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Trichormus variabilis ATCC 29413 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Xanthobacter autotrophicus Py2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Xanthomonas campestris pv. campestris strain 8004 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Xenophilus azovorans DSM 13620 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE

Confidence: high confidence medium confidence low confidence
? – known gap: despite the lack of a good candidate for this step, this organism (or a related organism) performs the pathway

This GapMind analysis is from Jul 25 2024. The underlying query database was built on Jul 25 2024.

Links

Downloads

Related tools

About GapMind

Each pathway is defined by a set of rules based on individual steps or genes. Candidates for each step are identified by using ublast (a fast alternative to protein BLAST) against a database of manually-curated proteins (most of which are experimentally characterized) or by using HMMer with enzyme models (usually from TIGRFam). Ublast hits may be split across two different proteins.

A candidate for a step is "high confidence" if either:

where "other" refers to the best ublast hit to a sequence that is not annotated as performing this step (and is not "ignored").

Otherwise, a candidate is "medium confidence" if either:

Other blast hits with at least 50% coverage are "low confidence."

Steps with no high- or medium-confidence candidates may be considered "gaps." For the typical bacterium that can make all 20 amino acids, there are 1-2 gaps in amino acid biosynthesis pathways. For diverse bacteria and archaea that can utilize a carbon source, there is a complete high-confidence catabolic pathway (including a transporter) just 38% of the time, and there is a complete medium-confidence pathway 63% of the time. Gaps may be due to:

GapMind relies on the predicted proteins in the genome and does not search the six-frame translation. In most cases, you can search the six-frame translation by clicking on links to Curated BLAST for each step definition (in the per-step page).

For more information, see:

If you notice any errors or omissions in the step descriptions, or any questionable results, please let us know

by Morgan Price, Arkin group, Lawrence Berkeley National Laboratory