GapMind for Amino acid biosynthesis

 

L-valine biosynthesis

Analysis of pathway val in 201 genomes

Genome Best path
Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Acidovorax sp. GW101-3H11 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Algiphilus aromaticivorans DG1253 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Alicycliphilus denitrificans K601 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Alkalihalobacterium alkalinitrilicum DSM 22532 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Allochromatium vinosum DSM 180 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Ammonifex degensii KC4 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Anaerobutyricum hallii DSM 3353 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Aquimarina longa SW024 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Archaeoglobus veneficus SNP6 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Arcobacter nitrofigilis DSM 7299 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Azoarcus olearius BH72 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Azohydromonas australica DSM 1124 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Azorhizobium caulinodans ORS 571 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Azospirillum brasilense Sp245 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Azospirillum sp. B510 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Beijerinckia indica ATCC 9039 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Beijerinckia mobilis UQM 1969 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Billgrantia desiderata SP1 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Bradyrhizobium sp. BTAi1 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Brevundimonas sp. GW460-12-10-14-LB2 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Burkholderia phytofirmans PsJN ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Burkholderia vietnamiensis G4 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Calditerrivibrio nitroreducens DSM 19672 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Caminibacter mediatlanticus TB-2 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Carboxydothermus pertinax Ug1 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Caulobacter crescentus NA1000 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Cereibacter sphaeroides ATCC 17029 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Chlorobaculum parvum NCIB 8327 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Chlorobaculum tepidum TLS ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Chlorobium limicola DSM 245 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Chlorobium phaeobacteroides BS1 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Clostridium acetobutylicum ATCC 824 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Clostridium kluyveri DSM 555 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Clostridium tyrobutyricum FAM22553 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Crocosphaera subtropica ATCC 51142 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Cupriavidus basilensis FW507-4G11 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Dechloromonas agitata is5 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Dechlorosoma suillum PS ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Dehalococcoides mccartyi 195 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Denitrovibrio acetiphilus DSM 12809 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Derxia gummosa DSM 723 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfacinum hydrothermale DSM 13146 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfacinum infernum DSM 9756 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfarculus baarsii DSM 2075 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfatibacillum aliphaticivorans DSM 15576 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfatiglans anilini DSM 4660 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfitobacterium hafniense DCB-2 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfobacca acetoxidans DSM 11109 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfobacter vibrioformis DSM 8776 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfogranum mediterraneum DSM 13871 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Desulforamulus ruminis DSM 2154 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfoscipio geothermicus DSM 3669 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfotalea psychrophila LSv54 ilvH, ilvI, ilvC*, ilvD?, ilvE
Desulfovibrio oxyclinae DSM 11498 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD?, ilvE
Desulfovibrio vulgaris Hildenborough JW710 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfurobacterium atlanticum DSM 15668 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfuromonas acetexigens ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfuromusa kysingii DSM 7343 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Dinoroseobacter shibae DFL-12 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Dyella japonica UNC79MFTsu3.2 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Echinicola vietnamensis KMM 6221, DSM 17526 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Escherichia coli BW25113 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Ferroglobus placidus DSM 10642 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Frankia alni ACN14a ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Geobacter metallireducens GS-15 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Geotalea uraniireducens Rf4 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Halococcus hamelinensis 100A6 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Haloechinothrix alba DSM 45207 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Haloferax volcanii DS2 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Haloglycomyces albus DSM 45210 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Halorhodospira halophila SL1 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Heliomicrobium modesticaldum Ice1; ATCC 51547 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Herbaspirillum autotrophicum IAM 14942 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD*, ilvE
Herbaspirillum seropedicae SmR1 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Hippea alviniae EP5-r ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Hydrogenophaga taeniospiralis NBRC 102512 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Hydrogenovibrio halophilus DSM 15072 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Hydrogenovibrio kuenenii DSM 12350 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Hydrogenovibrio marinus DSM 11271 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Hyphomicrobium sulfonivorans WDL6 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Klebsiella michiganensis M5al ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Klebsiella variicola At-22 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Kyrpidia tusciae DSM 2912 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Leptospirillum ferrooxidans C2-3 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Magnetospirillum magneticum AMB-1 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Malonomonas rubra DSM 5091 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Maridesulfovibrio bastinii DSM 16055 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Maridesulfovibrio zosterae DSM 11974 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Marinobacter adhaerens HP15 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Mesorhizobium ciceri WSM1271 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Methanobacterium lacus AL-21 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Methanococcus aeolicus Nankai-3 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Methanococcus maripaludis C5 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Methanosarcina acetivorans C2A ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Methanosarcina mazei Go1 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Methanospirillum lacunae Ki8-1 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Methanothermobacter thermautotrophicus Delta H ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Methylobacterium nodulans ORS 2060 ilvH, ilvI, ilvC?, ilvD, ilvE
Methylobacterium sp. 4-46 Apr-46 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Methylocapsa acidiphila B2 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Methylocapsa aurea KYG ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Methylocella silvestris BL2 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Methylococcus capsulatus Bath ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Methylocystis bryophila S285 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Methyloferula stellata AR4T ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Methylohalobius crimeensis 10Ki ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Methylomonas methanica MC09 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Methylosarcina fibrata AML-C10 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Methylotuvimicrobium alcaliphilum 20Z ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Methylovulum miyakonense HT12 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Mycolicibacterium vanbaalenii PYR-1 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Nitratifractor salsuginis DSM 16511 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Nitratiruptor tergarcus DSM 16512 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Nitriliruptor alkaliphilus DSM 45188 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Nocardioides dokdonensis FR1436 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Nocardiopsis lucentensis DSM 44048 ilvH, ilvI?, ilvC, ilvD, ilvE
Nostoc punctiforme ATCC 29133; PCC 73102 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Oleispira antarctica ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Paraburkholderia atlantica CCGE1002 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Paraburkholderia bryophila 376MFSha3.1 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Paraburkholderia phymatum STM815 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Paucidesulfovibrio gracilis DSM 16080 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Pedobacter sp. GW460-11-11-14-LB5 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Pelobacter propionicus DSM 2379 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Persephonella marina EX-H1 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Phaeacidiphilus oryzae TH49 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Phaeobacter inhibens BS107 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Polaromonas naphthalenivorans CJ2 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Prosthecochloris aestuarii DSM 271 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudarthrobacter sulfonivorans Ar51 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas benzenivorans DSM 8628 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas fluorescens FW300-N1B4 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas fluorescens FW300-N2C3 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas fluorescens FW300-N2E2 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas fluorescens FW300-N2E3 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas fluorescens GW456-L13 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas putida KT2440 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas simiae WCS417 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas stutzeri RCH2 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Pyrolobus fumarii 1A ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Rhizobium etli CFN 42 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Rhizobium johnstonii 3841 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Rhizobium leguminosarum WSM1325 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Rhizorhabdus wittichii RW1 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodanobacter denitrificans FW104-10B01 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodomicrobium vannielii ATCC 17100 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodopseudomonas palustris CGA009 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodospirillum centenum SW; ATCC 51521 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Roseburia faecis M72 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Saccharomonospora cyanea NA-134 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Sedimenticola selenatireducens DSM 17993 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Shewanella amazonensis SB2B ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Shewanella loihica PV-4 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Shewanella oneidensis MR-1 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Shewanella sp. ANA-3 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Sinorhizobium fredii NGR234 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Sinorhizobium medicae WSM419 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Sinorhizobium meliloti 1021 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Sphingomonas koreensis DSMZ 15582 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Stenotrophomonas chelatiphaga DSM 21508 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Steroidobacter denitrificans DSM 18526 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Stutzerimonas stutzeri A1501 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Sulfuricurvum kujiense DSM 16994 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Sulfurihydrogenibium azorense Az-Fu1 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Sulfurihydrogenibium subterraneum DSM 15120 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Sulfurimonas denitrificans DSM 1251 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Sulfuritalea hydrogenivorans DSM 22779 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Sulfurivirga caldicuralii DSM 17737 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Synechococcus elongatus PCC 7942 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Teredinibacter turnerae T7901 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Thauera aminoaromatica S2 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Thermithiobacillus tepidarius DSM 3134 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Thermocrinis albus DSM 14484 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Thermodesulforhabdus norvegica DSM 9990 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Thermomonospora curvata DSM 43183 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Thermovibrio ammonificans HB-1 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Thermus aquaticus YT-1 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Thioalkalivibrio denitrificans ALJD ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Thioalkalivibrio halophilus HL17 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Thioalkalivibrio paradoxus ARh 1 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Thioalkalivibrio thiocyanodenitrificans ARhD 1 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Thiohalomonas denitrificans HLD2 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Thiohalospira halophila HL 3 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Thiomicrorhabdus arctica DSM 13458 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Thiomicrorhabdus chilensis DSM 12352 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Thiomicrospira cyclica ALM1 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Thiomicrospira microaerophila ASL8-2 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Thiomicrospira pelophila DSM 1534 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Thiothrix lacustris DSM 21227 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Tistlia consotensis USBA 355 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Trichlorobacter lovleyi SZ ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Trichodesmium erythraeum IMS101 Annotated Metagenome-Assembled Genome ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Trichormus variabilis ATCC 29413 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Xanthobacter autotrophicus Py2 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE
Xenophilus azovorans DSM 13620 ilvH, ilvI, ilvC, ilvD, ilvE

Confidence: high confidence medium confidence low confidence
? – known gap: despite the lack of a good candidate for this step, this organism (or a related organism) performs the pathway

This GapMind analysis is from Apr 09 2024. The underlying query database was built on Apr 09 2024.

Links

Downloads

Related tools

About GapMind

Each pathway is defined by a set of rules based on individual steps or genes. Candidates for each step are identified by using ublast (a fast alternative to protein BLAST) against a database of manually-curated proteins (most of which are experimentally characterized) or by using HMMer with enzyme models (usually from TIGRFam). Ublast hits may be split across two different proteins.

A candidate for a step is "high confidence" if either:

where "other" refers to the best ublast hit to a sequence that is not annotated as performing this step (and is not "ignored").

Otherwise, a candidate is "medium confidence" if either:

Other blast hits with at least 50% coverage are "low confidence."

Steps with no high- or medium-confidence candidates may be considered "gaps." For the typical bacterium that can make all 20 amino acids, there are 1-2 gaps in amino acid biosynthesis pathways. For diverse bacteria and archaea that can utilize a carbon source, there is a complete high-confidence catabolic pathway (including a transporter) just 38% of the time, and there is a complete medium-confidence pathway 63% of the time. Gaps may be due to:

GapMind relies on the predicted proteins in the genome and does not search the six-frame translation. In most cases, you can search the six-frame translation by clicking on links to Curated BLAST for each step definition (in the per-step page).

For more information, see:

If you notice any errors or omissions in the step descriptions, or any questionable results, please let us know

by Morgan Price, Arkin group, Lawrence Berkeley National Laboratory