GapMind for Amino acid biosynthesis

 

L-isoleucine biosynthesis

Analysis of pathway ile in 276 genomes

Genome Best path
Acidovorax caeni R-24608 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Actinokineospora bangkokensis 44EHW cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Actinomyces timonensis 7400942 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Algiphilus aromaticivorans DG1253 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Algoriphagus aquaeductus T4 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Algoriphagus machipongonensis PR1 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Alicyclobacillus ferrooxydans TC-34 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Alishewanella agri BL06 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Alistipes indistinctus YIT 12060 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Alistipes shahii WAL 8301 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Alkalitalea saponilacus SC/BZ-SP2 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Amantichitinum ursilacus IGB-41 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Amphibacillus jilinensis Y1 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Amphritea japonica JAMM 1866 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Amycolatopsis halophila YIM 93223 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Amycolatopsis xylanica CPCC 202699 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Aquimarina agarilytica ZC1 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Aquimarina longa SW024 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Aquimarina macrocephali JAMB N27 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Archaeoglobus sulfaticallidus PM70-1 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Arcticibacter svalbardensis MN12-7 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Ardenticatena maritima 110S cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Arenimonas metalli CF5-1 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Arenitalea lutea P7-3-5 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Azospirillum humicireducens SgZ-5 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Azospirillum thiophilum BV-S cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bacillus altitudinis 41KF2b ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bacillus coahuilensis m4-4 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bacillus cytotoxicus NVH 391-98 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bacillus horneckiae 1P01SC ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bacillus okhensis Kh10-101 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bacillus safensis FO-36b ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bacillus velezensis CBMB205 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bacteroides clarus YIT 12056 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bacteroides faecis MAJ27 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bacteroides fluxus YIT 12057 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bacteroides oleiciplenus YIT 12058 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Barnesiella intestinihominis YIT 11860 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Belnapia rosea CPCC 100156 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bizionia argentinensis JUB59 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bradyrhizobium diazoefficiens USDA110 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Brevibacterium jeotgali SJ5-8 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Brucella inopinata BO1 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Brucella microti CCM 4915 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bryobacter aggregatus MPL3 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Caldicellulosiruptor hydrothermalis 108 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Caldicellulosiruptor kronotskyensis 2002 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Carboxydothermus pertinax Ug1 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Catellicoccus marimammalium M35/04/3 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Chromobacterium vaccinii MWU205 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Chryseobacterium angstadtii KM ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Chryseobacterium arthrosphaerae CC-VM-7 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Chryseobacterium viscerum 687B-08 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Cloacibacillus porcorum CL-84 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Cobetia crustatorum JO1 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Collimonas arenae Ter10 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Collimonas pratensis Ter91 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Collinsella tanakaei YIT 12063 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Coprobacter fastidiosus NSB1 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Corynebacterium deserti GIMN1.010 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Corynebacterium frankenforstense ST18 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Corynebacterium lactis RW2-5 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Croceitalea dokdonensis DOKDO 023 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Cronobacter condimenti 1330 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Cronobacter muytjensii ATCC 51329 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Cronobacter universalis NCTC 9529 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfatitalea tepidiphila S28bF ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfotomaculum hydrothermale Lam5 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Dethiosulfovibrio salsuginis USBA 82 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Devosia chinhatensis IPL18 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Devriesea agamarum IMP2 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Dialister succinatiphilus YIT 11850 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Dietzia timorensis ID05-A0528 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Dokdonella koreensis DS-123 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Domibacillus robiginosus WS 4628 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Duganella sacchari Sac-22 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Dyadobacter tibetensis Y620-1 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Dyella jiangningensis SBZ3-12 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Endozoicomonas montiporae CL-33 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Enterococcus termitis LMG 8895 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Enterorhabdus caecimuris B7 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Epibacterium ulvae U95 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Erythrobacter gangjinensis K7-2 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Erythrobacter marinus HWDM-33 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Ethanoligenens harbinense YUAN-3 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Fervidicella metallireducens AeB ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Fibrella aestuarina BUZ 2 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Flammeovirga pacifica WPAGA1 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Flaviramulus ichthyoenteri Th78 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Flavobacterium beibuense F44-8 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Flavobacterium glycines Gm-149 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Flavobacterium sp. LM5 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Flavobacterium ummariense DS-12 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Frischella perrara PEB0191 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Galbibacter marinus ck-I2-15 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Gallaecimonas xiamenensis 3-C-1 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Geobacter daltonii FRC-32 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Gillisia marina CBA3202 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Gracilibacillus halophilus YIM-C55.5 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Granulicella mallensis MP5ACTX8 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Granulicella tundricola MP5ACTX9 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Hafnia paralvei ATCC 29927 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Haladaptatus cibarius D43 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Halioglobus japonicus S1-36 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Halobacillus alkaliphilus FP5 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Halococcus hamelinensis 100A6 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Halomonas salina B6 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Halomonas smyrnensis AAD6 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Halomonas stevensii S18214 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Halomonas titanicae BH1 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Halomonas xinjiangensis TRM 0175 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Halopiger salifodinae KCY07-B2 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Halostagnicola larsenii XH-48 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Haloterrigena daqingensis JX313 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Herbaspirillum aquaticum IEH 4430 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Hippea alviniae EP5-r ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Hippea jasoniae Mar08-272r ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Hoeflea phototrophica DFL-43 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Hyphomicrobium nitrativorans NL23 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Imtechella halotolerans K1 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Indibacter alkaliphilus LW1 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Jannaschia aquimarina GSW-M26 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Jeotgalibacillus soli P9 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Kangiella geojedonensis YCS-5 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Knoellia flava TL1 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Kocuria flava HO-9041 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Kocuria turfanensis HO-9042 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Laceyella sediminis RHA1 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Lacinutrix algicola AKS293 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Lacinutrix himadriensis E4-9a ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Lacinutrix mariniflava AKS432 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Lactobacillus curieae CCTCC M 2011381 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Lactobacillus delbrueckii ZN7a-9 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Lactobacillus hokkaidonensis LOOC260 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Lactobacillus oryzae SG293 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Lactobacillus pobuzihii E100301 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Lactobacillus shenzhenensis LY-73 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Lactobacillus silagei IWT126 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Leeuwenhoekiella blandensis MED217 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Lentibacillus jeotgali Grbi cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Limnohabitans curvus MWH-C5 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Limnohabitans parvus II-B4 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Listeria fleischmannii LU2006-1 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Luteimonas huabeiensis HB2 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Luteipulveratus mongoliensis MN07-A0370 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Lutibaculum baratangense AMV1 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Lysobacter daejeonensis GH1-9 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Magnetovibrio blakemorei MV-1 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Marinicella litoralis KMM 3900 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Mariniradius saccharolyticus AK6 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Marinobacter algicola DG893 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Marinobacter guineae M3B ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Marinobacter psychrophilus 20041 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Marinomonas arctica 328 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Marivita geojedonensis DPG-138 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Martelella endophytica YC6887 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Megamonas funiformis YIT 11815 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Mesorhizobium ciceri WSM1271 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanobacterium arcticum M2 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanobacterium veterum MK4 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanocella arvoryzae MRE50 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanococcus aeolicus Nankai-3 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanoculleus horonobensis T10 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanolinea tarda NOBI-1 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanosarcina soligelidi SMA-21 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanospirillum lacunae Ki8-1 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanospirillum stamsii Pt1 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylibium petroleiphilum PM1 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylobacterium gossipiicola Gh-105 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylocapsa aurea KYG cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylotenera versatilis 301 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Microbacterium profundi Shh49 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Microvirga lotononidis WSM3557 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Moritella dasanensis ArB 0140 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Mucilaginibacter gossypii Gh-67 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Mucilaginibacter gossypiicola Gh-48 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Mucilaginibacter mallensis MP1X4 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Nafulsella turpanensis ZLM-10 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Natronomonas moolapensis 8.8.11 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Nautilia profundicola AmH cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Neiella marina J221 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Neptunomonas antarctica S3-22 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Nocardioides daejeonensis MJ31 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Nocardioides dokdonensis FR1436 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Nocardiopsis baichengensis YIM 90130 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Nocardiopsis gilva YIM 90087 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Novosphingobium barchaimii LL02 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Novosphingobium fuchskuhlense FNE08-7 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Novosphingobium lindaniclasticum LE124 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Oceanisphaera arctica V1-41 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Ochrobactrum rhizosphaerae PR17 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Ochrobactrum thiophenivorans DSM 7216 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Oscillibacter ruminantium GH1 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Paenisporosarcina indica PN2 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Palaeococcus pacificus DY20341 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Paludibacter propionicigenes WB4 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pandoraea thiooxydans ATSB16 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pantoea rwandensis LMG 26275 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pedobacter arcticus A12 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Photobacterium gaetbulicola Gung47 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Photobacterium jeanii R-40508 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Phyllobacterium brassicacearum STM 196 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Phyllobacterium endophyticum PEPV15 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Phyllobacterium leguminum ORS 1419 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Planktomarina temperata RCA23 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Planococcus halocryophilus Or1 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pleomorphomonas diazotrophica R5-392 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Polaribacter dokdonensis DSW-5 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pontibacillus litoralis JSM 072002 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pontibacter lucknowensis DM9 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pontibacter ramchanderi LP43 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pontimonas salivibrio CL-TW6 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Porphyrobacter dokdonensis DSW-74 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudoalteromonas arctica A 37-1-2 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas baetica a390 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas litoralis 2SM5 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas taeanensis MS-3 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudovibrio axinellae Ad2 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Psychrobacter arcticus 273-4 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Psychrobacter cryohalolentis K5 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Psychromonas ingrahamii 37 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Psychromonas ossibalaenae JAMM 0738 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhizobium freirei PRF 81 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhizobium grahamii CCGE 502 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhizobium subbaraonis JC85 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodanobacter denitrificans 2APBS1 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodobacter johrii JA192 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodobacter maris JA276 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodobacter ovatus JA234 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodobacter viridis JA737 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodococcus qingshengii djl-6-2 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodopseudomonas pseudopalustris DSM 123 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Roseateles aquatilis CCUG 48205 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Roseivirga spongicola UST030701-084 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rubrivirga marina SAORIC-28 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Ruegeria conchae TW15 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Saccharomonospora marina XMU15 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Salinicoccus carnicancri Crm cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Serinicoccus profundi MCCC 1A05965 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Shewanella halifaxensis HAW-EB4 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Skermanella stibiiresistens SB22 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Snodgrassella alvi wkB2 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sphaerochaeta globosa Buddy cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sphaerochaeta pleomorpha Grapes cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sphingobium baderi LL03 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sphingobium czechense LL01 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sphingobium quisquiliarum P25 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sphingomonas histidinilytica UM2 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sphingomonas indica Dd16 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sphingomonas laterariae LNB2 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sphingopyxis indica DS15 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sphingopyxis terrae UI2 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sporolactobacillus vineae SL153 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Streptacidiphilus oryzae TH49 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Streptococcus anginosus CCUG 39159 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Streptococcus massiliensis 4401825 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Streptococcus oralis 7747 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Streptococcus oralis AZ_3a ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Streptomyces kebangsaanensis SUK12 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Succinatimonas hippei YIT 12066 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sulfurimonas gotlandica GD1 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Tatumella morbirosei LMG 23360 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thauera humireducens SgZ-1 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thermoactinomyces daqus H-18 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thermobifida halotolerans YIM 90462 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thermodesulfovibrio aggregans TGE-P1 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thermophagus xiamenensis HS1 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thermovenabulum gondwanense R270 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thioclava dalianensis DLFJ1-1 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thiohalospira halophila HL 3 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Tistlia consotensis USBA 355 cimA, leuC, leuD, leuB, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Vagococcus penaei CD276 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Verminephrobacter eiseniae EF01-2 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Weissella oryzae SG25 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Williamsia sterculiae CPCC 203464 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Yersinia intermedia Y228 ilvA, ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE

Confidence: high confidence medium confidence low confidence
? – known gap: despite the lack of a good candidate for this step, this organism (or a related organism) performs the pathway

This GapMind analysis is from Jul 26 2024. The underlying query database was built on Jul 25 2024.

Links

Downloads

Related tools

About GapMind

Each pathway is defined by a set of rules based on individual steps or genes. Candidates for each step are identified by using ublast (a fast alternative to protein BLAST) against a database of manually-curated proteins (most of which are experimentally characterized) or by using HMMer with enzyme models (usually from TIGRFam). Ublast hits may be split across two different proteins.

A candidate for a step is "high confidence" if either:

where "other" refers to the best ublast hit to a sequence that is not annotated as performing this step (and is not "ignored").

Otherwise, a candidate is "medium confidence" if either:

Other blast hits with at least 50% coverage are "low confidence."

Steps with no high- or medium-confidence candidates may be considered "gaps." For the typical bacterium that can make all 20 amino acids, there are 1-2 gaps in amino acid biosynthesis pathways. For diverse bacteria and archaea that can utilize a carbon source, there is a complete high-confidence catabolic pathway (including a transporter) just 38% of the time, and there is a complete medium-confidence pathway 63% of the time. Gaps may be due to:

GapMind relies on the predicted proteins in the genome and does not search the six-frame translation. In most cases, you can search the six-frame translation by clicking on links to Curated BLAST for each step definition (in the per-step page).

For more information, see:

If you notice any errors or omissions in the step descriptions, or any questionable results, please let us know

by Morgan Price, Arkin group, Lawrence Berkeley National Laboratory