GapMind for Amino acid biosynthesis

 

L-valine biosynthesis

Analysis of pathway val in 276 genomes

Genome Best path
Acidovorax caeni R-24608 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Actinokineospora bangkokensis 44EHW ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Actinomyces timonensis 7400942 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Algiphilus aromaticivorans DG1253 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Algoriphagus aquaeductus T4 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Algoriphagus machipongonensis PR1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Alicyclobacillus ferrooxydans TC-34 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Alishewanella agri BL06 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Alistipes indistinctus YIT 12060 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Alistipes shahii WAL 8301 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Alkalitalea saponilacus SC/BZ-SP2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Amantichitinum ursilacus IGB-41 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Amphibacillus jilinensis Y1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Amphritea japonica JAMM 1866 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Amycolatopsis halophila YIM 93223 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Amycolatopsis xylanica CPCC 202699 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Aquimarina agarilytica ZC1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Aquimarina longa SW024 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Aquimarina macrocephali JAMB N27 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Archaeoglobus sulfaticallidus PM70-1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Arcticibacter svalbardensis MN12-7 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Ardenticatena maritima 110S ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Arenimonas metalli CF5-1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Arenitalea lutea P7-3-5 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Azospirillum humicireducens SgZ-5 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Azospirillum thiophilum BV-S ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bacillus altitudinis 41KF2b ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bacillus coahuilensis m4-4 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bacillus cytotoxicus NVH 391-98 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bacillus horneckiae 1P01SC ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bacillus okhensis Kh10-101 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bacillus safensis FO-36b ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bacillus velezensis CBMB205 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bacteroides clarus YIT 12056 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bacteroides faecis MAJ27 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bacteroides fluxus YIT 12057 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bacteroides oleiciplenus YIT 12058 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Barnesiella intestinihominis YIT 11860 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Belnapia rosea CPCC 100156 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bizionia argentinensis JUB59 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bradyrhizobium diazoefficiens USDA110 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Brevibacterium jeotgali SJ5-8 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Brucella inopinata BO1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Brucella microti CCM 4915 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Bryobacter aggregatus MPL3 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Caldicellulosiruptor hydrothermalis 108 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Caldicellulosiruptor kronotskyensis 2002 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Carboxydothermus pertinax Ug1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Catellicoccus marimammalium M35/04/3 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Chromobacterium vaccinii MWU205 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Chryseobacterium angstadtii KM ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Chryseobacterium arthrosphaerae CC-VM-7 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Chryseobacterium viscerum 687B-08 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Cloacibacillus porcorum CL-84 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Cobetia crustatorum JO1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Collimonas arenae Ter10 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Collimonas pratensis Ter91 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Collinsella tanakaei YIT 12063 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Coprobacter fastidiosus NSB1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Corynebacterium deserti GIMN1.010 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Corynebacterium frankenforstense ST18 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Corynebacterium lactis RW2-5 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Croceitalea dokdonensis DOKDO 023 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Cronobacter condimenti 1330 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Cronobacter muytjensii ATCC 51329 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Cronobacter universalis NCTC 9529 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfatitalea tepidiphila S28bF ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Desulfotomaculum hydrothermale Lam5 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Dethiosulfovibrio salsuginis USBA 82 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Devosia chinhatensis IPL18 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Devriesea agamarum IMP2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Dialister succinatiphilus YIT 11850 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Dietzia timorensis ID05-A0528 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Dokdonella koreensis DS-123 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Domibacillus robiginosus WS 4628 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Duganella sacchari Sac-22 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Dyadobacter tibetensis Y620-1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Dyella jiangningensis SBZ3-12 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Endozoicomonas montiporae CL-33 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Enterococcus termitis LMG 8895 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Enterorhabdus caecimuris B7 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Epibacterium ulvae U95 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Erythrobacter gangjinensis K7-2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Erythrobacter marinus HWDM-33 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Ethanoligenens harbinense YUAN-3 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Fervidicella metallireducens AeB ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Fibrella aestuarina BUZ 2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Flammeovirga pacifica WPAGA1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Flaviramulus ichthyoenteri Th78 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Flavobacterium beibuense F44-8 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Flavobacterium glycines Gm-149 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Flavobacterium sp. LM5 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Flavobacterium ummariense DS-12 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Frischella perrara PEB0191 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Galbibacter marinus ck-I2-15 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Gallaecimonas xiamenensis 3-C-1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Geobacter daltonii FRC-32 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Gillisia marina CBA3202 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Gracilibacillus halophilus YIM-C55.5 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Granulicella mallensis MP5ACTX8 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Granulicella tundricola MP5ACTX9 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Hafnia paralvei ATCC 29927 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Haladaptatus cibarius D43 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Halioglobus japonicus S1-36 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Halobacillus alkaliphilus FP5 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Halococcus hamelinensis 100A6 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Halomonas salina B6 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Halomonas smyrnensis AAD6 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Halomonas stevensii S18214 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Halomonas titanicae BH1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Halomonas xinjiangensis TRM 0175 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Halopiger salifodinae KCY07-B2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Halostagnicola larsenii XH-48 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Haloterrigena daqingensis JX313 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Herbaspirillum aquaticum IEH 4430 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Hippea alviniae EP5-r ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Hippea jasoniae Mar08-272r ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Hoeflea phototrophica DFL-43 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Hyphomicrobium nitrativorans NL23 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Imtechella halotolerans K1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Indibacter alkaliphilus LW1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Jannaschia aquimarina GSW-M26 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Jeotgalibacillus soli P9 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Kangiella geojedonensis YCS-5 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Knoellia flava TL1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Kocuria flava HO-9041 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Kocuria turfanensis HO-9042 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Laceyella sediminis RHA1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Lacinutrix algicola AKS293 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Lacinutrix himadriensis E4-9a ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Lacinutrix mariniflava AKS432 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Lactobacillus curieae CCTCC M 2011381 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Lactobacillus delbrueckii ZN7a-9 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Lactobacillus hokkaidonensis LOOC260 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Lactobacillus oryzae SG293 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Lactobacillus pobuzihii E100301 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Lactobacillus shenzhenensis LY-73 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Lactobacillus silagei IWT126 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Leeuwenhoekiella blandensis MED217 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Lentibacillus jeotgali Grbi ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Limnohabitans curvus MWH-C5 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Limnohabitans parvus II-B4 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Listeria fleischmannii LU2006-1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Luteimonas huabeiensis HB2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Luteipulveratus mongoliensis MN07-A0370 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Lutibaculum baratangense AMV1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Lysobacter daejeonensis GH1-9 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Magnetovibrio blakemorei MV-1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Marinicella litoralis KMM 3900 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Mariniradius saccharolyticus AK6 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Marinobacter algicola DG893 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Marinobacter guineae M3B ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Marinobacter psychrophilus 20041 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Marinomonas arctica 328 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Marivita geojedonensis DPG-138 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Martelella endophytica YC6887 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Megamonas funiformis YIT 11815 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Mesorhizobium ciceri WSM1271 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanobacterium arcticum M2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanobacterium veterum MK4 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanocella arvoryzae MRE50 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanococcus aeolicus Nankai-3 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanoculleus horonobensis T10 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanolinea tarda NOBI-1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanosarcina soligelidi SMA-21 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanospirillum lacunae Ki8-1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methanospirillum stamsii Pt1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylibium petroleiphilum PM1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylobacterium gossipiicola Gh-105 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylocapsa aurea KYG ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Methylotenera versatilis 301 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Microbacterium profundi Shh49 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Microvirga lotononidis WSM3557 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Moritella dasanensis ArB 0140 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Mucilaginibacter gossypii Gh-67 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Mucilaginibacter gossypiicola Gh-48 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Mucilaginibacter mallensis MP1X4 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Nafulsella turpanensis ZLM-10 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Natronomonas moolapensis 8.8.11 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Nautilia profundicola AmH ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Neiella marina J221 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Neptunomonas antarctica S3-22 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Nocardioides daejeonensis MJ31 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Nocardioides dokdonensis FR1436 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Nocardiopsis baichengensis YIM 90130 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Nocardiopsis gilva YIM 90087 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Novosphingobium barchaimii LL02 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Novosphingobium fuchskuhlense FNE08-7 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Novosphingobium lindaniclasticum LE124 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Oceanisphaera arctica V1-41 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Ochrobactrum rhizosphaerae PR17 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Ochrobactrum thiophenivorans DSM 7216 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Oscillibacter ruminantium GH1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Paenisporosarcina indica PN2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Palaeococcus pacificus DY20341 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Paludibacter propionicigenes WB4 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pandoraea thiooxydans ATSB16 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pantoea rwandensis LMG 26275 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pedobacter arcticus A12 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Photobacterium gaetbulicola Gung47 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Photobacterium jeanii R-40508 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Phyllobacterium brassicacearum STM 196 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Phyllobacterium endophyticum PEPV15 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Phyllobacterium leguminum ORS 1419 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Planktomarina temperata RCA23 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Planococcus halocryophilus Or1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pleomorphomonas diazotrophica R5-392 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Polaribacter dokdonensis DSW-5 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pontibacillus litoralis JSM 072002 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pontibacter lucknowensis DM9 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pontibacter ramchanderi LP43 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pontimonas salivibrio CL-TW6 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Porphyrobacter dokdonensis DSW-74 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudoalteromonas arctica A 37-1-2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas baetica a390 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas litoralis 2SM5 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudomonas taeanensis MS-3 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Pseudovibrio axinellae Ad2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Psychrobacter arcticus 273-4 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Psychrobacter cryohalolentis K5 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Psychromonas ingrahamii 37 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Psychromonas ossibalaenae JAMM 0738 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhizobium freirei PRF 81 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhizobium grahamii CCGE 502 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhizobium subbaraonis JC85 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodanobacter denitrificans 2APBS1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodobacter johrii JA192 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodobacter maris JA276 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodobacter ovatus JA234 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodobacter viridis JA737 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodococcus qingshengii djl-6-2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rhodopseudomonas pseudopalustris DSM 123 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Roseateles aquatilis CCUG 48205 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Roseivirga spongicola UST030701-084 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Rubrivirga marina SAORIC-28 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Ruegeria conchae TW15 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Saccharomonospora marina XMU15 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Salinicoccus carnicancri Crm ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Serinicoccus profundi MCCC 1A05965 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Shewanella halifaxensis HAW-EB4 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Skermanella stibiiresistens SB22 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Snodgrassella alvi wkB2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sphaerochaeta globosa Buddy ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sphaerochaeta pleomorpha Grapes ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sphingobium baderi LL03 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sphingobium czechense LL01 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sphingobium quisquiliarum P25 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sphingomonas histidinilytica UM2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sphingomonas indica Dd16 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sphingomonas laterariae LNB2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sphingopyxis indica DS15 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sphingopyxis terrae UI2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sporolactobacillus vineae SL153 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Streptacidiphilus oryzae TH49 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Streptococcus anginosus CCUG 39159 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Streptococcus massiliensis 4401825 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Streptococcus oralis 7747 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Streptococcus oralis AZ_3a ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Streptomyces kebangsaanensis SUK12 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Succinatimonas hippei YIT 12066 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Sulfurimonas gotlandica GD1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Tatumella morbirosei LMG 23360 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thauera humireducens SgZ-1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thermoactinomyces daqus H-18 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thermobifida halotolerans YIM 90462 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thermodesulfovibrio aggregans TGE-P1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thermophagus xiamenensis HS1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thermovenabulum gondwanense R270 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thioclava dalianensis DLFJ1-1 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Thiohalospira halophila HL 3 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Tistlia consotensis USBA 355 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Vagococcus penaei CD276 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Verminephrobacter eiseniae EF01-2 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Weissella oryzae SG25 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Williamsia sterculiae CPCC 203464 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE
Yersinia intermedia Y228 ilvI, ilvH, ilvC, ilvD, ilvE

Confidence: high confidence medium confidence low confidence
? – known gap: despite the lack of a good candidate for this step, this organism (or a related organism) performs the pathway

This GapMind analysis is from Jul 26 2024. The underlying query database was built on Jul 25 2024.

Links

Downloads

Related tools

About GapMind

Each pathway is defined by a set of rules based on individual steps or genes. Candidates for each step are identified by using ublast (a fast alternative to protein BLAST) against a database of manually-curated proteins (most of which are experimentally characterized) or by using HMMer with enzyme models (usually from TIGRFam). Ublast hits may be split across two different proteins.

A candidate for a step is "high confidence" if either:

where "other" refers to the best ublast hit to a sequence that is not annotated as performing this step (and is not "ignored").

Otherwise, a candidate is "medium confidence" if either:

Other blast hits with at least 50% coverage are "low confidence."

Steps with no high- or medium-confidence candidates may be considered "gaps." For the typical bacterium that can make all 20 amino acids, there are 1-2 gaps in amino acid biosynthesis pathways. For diverse bacteria and archaea that can utilize a carbon source, there is a complete high-confidence catabolic pathway (including a transporter) just 38% of the time, and there is a complete medium-confidence pathway 63% of the time. Gaps may be due to:

GapMind relies on the predicted proteins in the genome and does not search the six-frame translation. In most cases, you can search the six-frame translation by clicking on links to Curated BLAST for each step definition (in the per-step page).

For more information, see:

If you notice any errors or omissions in the step descriptions, or any questionable results, please let us know

by Morgan Price, Arkin group, Lawrence Berkeley National Laboratory