SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 16471 FitnessBrowser__Keio:16471 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 3 hits to proteins with known functional sites (download)

P00926 D-serine dehydratase; D-serine deaminase; DSD; EC 4.3.1.18 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
100% identity, 100% coverage: 1:442/442 of query aligns to 1:442/442 of P00926

query
sites
P00926
M
 
M
E
 
E
N
 
N
A
 
A
K
 
K
M
 
M
N
 
N
S
 
S
L
 
L
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
Y
 
Y
P
 
P
L
 
L
V
 
V
K
 
K
D
 
D
L
 
L
V
 
V
A
 
A
L
 
L
K
 
K
E
 
E
T
 
T
T
 
T
W
 
W
F
 
F
N
 
N
P
 
P
G
 
G
T
 
T
T
 
T
S
 
S
L
 
L
A
 
A
E
 
E
G
 
G
L
 
L
P
 
P
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
T
E
 
E
Q
 
Q
D
 
D
V
 
V
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
H
 
H
A
 
A
R
 
R
L
 
L
S
 
S
R
 
R
F
 
F
A
 
A
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
K
 
K
A
 
A
F
 
F
P
 
P
E
 
E
T
 
T
A
 
A
A
 
A
T
 
T
G
 
G
G
 
G
I
 
I
I
 
I
E
 
E
S
 
S
E
 
E
L
 
L
V
 
V
A
 
A
I
 
I
P
 
P
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
K
 
K
R
 
R
L
 
L
E
 
E
K
 
K
E
 
E
Y
 
Y
Q
 
Q
Q
 
Q
P
 
P
I
 
I
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
L
 
L
K
 
K
K
 
K
D
 
D
S
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
I
 
I
S
 
S
G
 
G
S
 
S
I
 
I
K
|
K
A
 
A
R
 
R
G
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
L
 
L
A
 
A
H
 
H
A
 
A
E
 
E
K
 
K
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
L
T
 
T
L
 
L
D
 
D
D
 
D
D
 
D
Y
 
Y
S
 
S
K
 
K
L
 
L
L
 
L
S
 
S
P
 
P
E
 
E
F
 
F
K
 
K
Q
 
Q
F
 
F
F
 
F
S
 
S
Q
 
Q
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
A
 
A
V
 
V
G
 
G
S
 
S
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
S
I
 
I
G
 
G
I
 
I
M
 
M
S
 
S
A
 
A
R
 
R
I
 
I
G
 
G
F
 
F
K
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
V
H
 
H
M
 
M
S
 
S
A
 
A
D
 
D
A
 
A
R
 
R
A
 
A
W
 
W
K
 
K
K
 
K
A
 
A
K
 
K
L
 
L
R
 
R
S
 
S
H
 
H
G
 
G
V
 
V
T
 
T
V
 
V
V
 
V
E
 
E
Y
 
Y
E
 
E
Q
 
Q
D
 
D
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
 
E
G
 
G
R
 
R
K
 
K
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
S
 
S
D
 
D
P
 
P
N
 
N
C
 
C
F
 
F
F
 
F
I
 
I
D
 
D
D
 
D
E
 
E
N
 
N
S
 
S
R
 
R
T
 
T
L
 
L
F
 
F
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
S
 
S
V
 
V
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
R
 
R
L
 
L
K
 
K
A
 
A
Q
 
Q
F
 
F
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
R
 
R
I
 
I
V
 
V
D
 
D
A
 
A
D
 
D
N
 
N
P
 
P
L
 
L
F
 
F
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
C
 
C
G
 
G
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
P
G
 
G
G
 
G
V
 
V
A
 
A
F
 
F
G
 
G
L
 
L
K
 
K
L
 
L
A
 
A
F
 
F
G
 
G
D
 
D
H
 
H
V
 
V
H
 
H
C
 
C
F
 
F
F
 
F
A
 
A
E
 
E
P
 
P
T
 
T
H
 
H
S
 
S
P
 
P
C
 
C
M
 
M
L
 
L
L
 
L
G
 
G
V
 
V
H
 
H
T
 
T
G
 
G
L
 
L
H
 
H
D
 
D
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
D
 
D
I
 
I
G
 
G
I
 
I
D
 
D
N
 
N
L
 
L
T
 
T
A
 
A
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
L
A
 
A
V
 
V
G
 
G
R
 
R
A
 
A
S
 
S
G
 
G
F
 
F
V
 
V
G
 
G
R
 
R
A
 
A
M
 
M
E
 
E
R
 
R
L
 
L
L
 
L
D
 
D
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
T
 
T
L
 
L
S
 
S
D
 
D
Q
 
Q
T
 
T
M
 
M
Y
 
Y
D
 
D
M
 
M
L
 
L
G
 
G
W
 
W
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
E
 
E
E
 
E
G
 
G
I
 
I
R
 
R
L
 
L
E
 
E
P
 
P
S
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
G
 
G
M
 
M
A
 
A
G
 
G
P
 
P
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
C
 
C
A
 
A
S
 
S
V
 
V
S
 
S
Y
 
Y
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
H
 
H
G
 
G
F
 
F
S
 
S
A
 
A
E
 
E
Q
 
Q
L
 
L
R
 
R
N
 
N
T
 
T
T
 
T
H
 
H
L
 
L
V
 
V
W
 
W
A
 
A
T
 
T
G
 
G
G
 
G
G
 
G
M
 
M
V
 
V
P
 
P
E
 
E
E
 
E
E
 
E
M
 
M
N
 
N
Q
 
Q
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
K
 
K
G
 
G
R
 
R

3ss7X Crystal structure of holo d-serine dehydratase from escherichia coli at 1.55 a resolution (see paper)
100% identity, 99% coverage: 6:442/442 of query aligns to 1:437/437 of 3ss7X

query
sites
3ss7X
M
 
M
N
 
N
S
 
S
L
 
L
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
Y
 
Y
P
 
P
L
 
L
V
 
V
K
 
K
D
 
D
L
 
L
V
 
V
A
 
A
L
 
L
K
 
K
E
 
E
T
 
T
T
 
T
W
 
W
F
 
F
N
 
N
P
 
P
G
 
G
T
 
T
T
 
T
S
 
S
L
 
L
A
 
A
E
 
E
G
 
G
L
 
L
P
 
P
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
T
E
 
E
Q
 
Q
D
 
D
V
 
V
Q
 
Q
D
 
D
A
 
A
H
 
H
A
 
A
R
 
R
L
 
L
S
 
S
R
 
R
F
 
F
A
 
A
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
K
 
K
A
 
A
F
 
F
P
 
P
E
 
E
T
 
T
A
 
A
A
 
A
T
 
T
G
 
G
G
 
G
I
 
I
I
 
I
E
 
E
S
 
S
E
 
E
L
 
L
V
 
V
A
 
A
I
 
I
P
 
P
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
K
 
K
R
 
R
L
 
L
E
 
E
K
 
K
E
 
E
Y
 
Y
Q
 
Q
Q
 
Q
P
 
P
I
 
I
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
L
 
L
K
 
K
K
 
K
D
 
D
S
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
P
I
 
I
S
 
S
G
 
G
S
 
S
I
 
I
K
|
K
A
 
A
R
 
R
G
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
L
 
L
A
 
A
H
 
H
A
 
A
E
 
E
K
 
K
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
L
T
 
T
L
 
L
D
 
D
D
 
D
D
 
D
Y
 
Y
S
 
S
K
 
K
L
 
L
L
 
L
S
 
S
P
 
P
E
 
E
F
 
F
K
 
K
Q
 
Q
F
 
F
F
 
F
S
 
S
Q
 
Q
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
A
 
A
V
 
V
G
 
G
S
 
S
T
 
T
G
 
G
N
|
N
L
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
S
I
 
I
G
 
G
I
 
I
M
 
M
S
 
S
A
 
A
R
 
R
I
 
I
G
 
G
F
 
F
K
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
V
H
 
H
M
 
M
S
 
S
A
 
A
D
 
D
A
 
A
R
 
R
A
 
A
W
 
W
K
 
K
K
 
K
A
 
A
K
 
K
L
 
L
R
 
R
S
 
S
H
 
H
G
 
G
V
 
V
T
 
T
V
 
V
V
 
V
E
 
E
Y
 
Y
E
 
E
Q
 
Q
D
 
D
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
 
E
G
 
G
R
 
R
K
 
K
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
S
 
S
D
 
D
P
 
P
N
 
N
C
 
C
F
 
F
F
 
F
I
 
I
D
 
D
D
 
D
E
 
E
N
 
N
S
 
S
R
 
R
T
 
T
L
 
L
F
 
F
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
S
 
S
V
 
V
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
R
 
R
L
 
L
K
 
K
A
 
A
Q
 
Q
F
 
F
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
R
 
R
I
 
I
V
 
V
D
 
D
A
 
A
D
 
D
N
 
N
P
 
P
L
 
L
F
 
F
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
C
 
C
G
|
G
V
|
V
G
|
G
G
 
G
G
|
G
P
|
P
G
 
G
G
 
G
V
 
V
A
 
A
F
 
F
G
 
G
L
 
L
K
 
K
L
 
L
A
 
A
F
 
F
G
 
G
D
 
D
H
 
H
V
 
V
H
 
H
C
 
C
F
 
F
F
 
F
A
 
A
E
 
E
P
 
P
T
 
T
H
 
H
S
 
S
P
 
P
C
 
C
M
 
M
L
 
L
L
 
L
G
 
G
V
 
V
H
 
H
T
 
T
G
 
G
L
 
L
H
 
H
D
 
D
Q
 
Q
I
 
I
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
D
 
D
I
 
I
G
 
G
I
 
I
D
 
D
N
 
N
L
 
L
T
 
T
A
 
A
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
L
A
 
A
V
 
V
G
 
G
R
 
R
A
 
A
S
 
S
G
 
G
F
 
F
V
 
V
G
 
G
R
 
R
A
 
A
M
 
M
E
 
E
R
 
R
L
 
L
L
 
L
D
 
D
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
T
 
T
L
 
L
S
 
S
D
 
D
Q
 
Q
T
 
T
M
 
M
Y
 
Y
D
 
D
M
 
M
L
 
L
G
 
G
W
 
W
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
E
 
E
E
 
E
G
 
G
I
 
I
R
 
R
L
 
L
E
|
E
P
 
P
S
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
G
 
G
M
 
M
A
 
A
G
 
G
P
 
P
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
C
 
C
A
 
A
S
 
S
V
 
V
S
 
S
Y
 
Y
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
H
 
H
G
 
G
F
 
F
S
 
S
A
 
A
E
 
E
Q
 
Q
L
 
L
R
 
R
N
 
N
T
 
T
T
 
T
H
 
H
L
 
L
V
 
V
W
 
W
A
 
A
T
|
T
G
 
G
G
 
G
G
 
G
M
 
M
V
 
V
P
 
P
E
 
E
E
 
E
E
 
E
M
 
M
N
 
N
Q
 
Q
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
K
 
K
G
 
G
R
 
R

3r0xA Crystal structure of selenomethionine incorporated apo d-serine deaminase from salmonella tyhimurium (see paper)
89% identity, 100% coverage: 1:440/442 of query aligns to 1:438/438 of 3r0xA

query
sites
3r0xA
M
 
M
E
 
E
N
 
N
A
 
-
K
 
-
M
 
I
N
 
Q
S
 
K
L
 
L
I
 
I
A
 
A
Q
 
R
Y
 
Y
P
 
P
L
 
L
V
 
V
K
 
E
D
 
D
L
 
L
V
 
V
A
 
A
L
 
L
K
 
K
E
 
E
T
 
T
T
 
T
W
 
W
F
 
F
N
 
N
P
 
P
G
 
G
T
 
A
T
 
T
S
 
S
L
 
L
A
 
A
E
 
Q
G
 
G
L
 
L
P
 
P
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
T
E
 
E
Q
 
Q
D
 
D
V
 
V
Q
 
N
D
 
A
A
 
A
H
 
H
A
 
D
R
 
R
L
 
L
S
 
A
R
 
R
F
 
F
A
 
A
P
 
P
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
K
 
K
A
 
A
F
 
F
P
 
P
E
 
Q
T
 
T
A
 
A
A
 
A
T
 
A
G
 
G
G
 
G
I
 
M
I
 
I
E
 
E
S
 
S
E
 
D
L
 
V
V
 
V
A
 
A
I
 
I
P
 
P
A
 
A
M
 
M
Q
 
Q
K
 
K
R
 
R
L
 
L
E
 
E
K
 
K
E
 
E
Y
 
Y
Q
 
G
Q
 
Q
P
 
T
I
 
I
S
 
N
G
 
G
Q
 
E
L
 
M
L
 
L
L
 
L
K
 
K
K
 
K
D
 
D
S
 
S
H
 
H
L
 
L
P
 
A
I
 
I
S
 
S
G
 
G
S
 
S
I
 
I
K
 
K
A
 
A
R
 
R
G
 
G
G
 
G
I
 
I
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
L
 
L
A
 
T
H
 
H
A
 
A
E
 
E
K
 
K
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
L
T
 
T
L
 
T
D
 
D
D
 
D
D
 
D
Y
 
Y
S
 
S
K
 
V
L
 
L
L
 
L
S
 
S
P
 
P
E
 
E
F
 
F
K
 
K
Q
 
Q
F
 
F
F
 
F
S
 
S
Q
 
Q
Y
 
Y
S
 
S
I
 
I
A
 
A
V
 
V
G
 
G
S
 
S
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
G
 
G
L
 
L
S
 
S
I
 
I
G
 
G
I
 
I
M
 
M
S
 
S
A
 
A
R
 
C
I
 
I
G
 
G
F
 
F
K
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
V
H
 
H
M
 
M
S
 
S
A
 
A
D
 
D
A
 
A
R
 
R
A
 
A
W
 
W
K
 
K
K
 
K
A
 
A
K
 
K
L
 
L
R
 
R
S
 
S
H
 
H
G
 
G
V
 
V
T
 
T
V
 
V
V
 
V
E
 
E
Y
 
Y
E
 
E
Q
 
D
D
 
D
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
A
 
A
V
 
V
E
 
E
E
 
Q
G
 
G
R
 
R
K
 
K
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
S
 
S
D
 
D
P
 
P
N
 
N
C
 
C
F
 
F
F
 
F
I
 
I
D
 
D
D
 
D
E
 
E
N
 
N
S
 
S
R
 
R
T
 
T
L
 
L
F
 
F
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
S
 
A
V
 
V
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
R
 
R
L
 
L
K
 
K
A
 
A
Q
 
Q
F
 
F
A
 
A
Q
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
R
 
R
I
 
V
V
 
V
D
 
D
A
 
A
D
 
S
N
 
H
P
 
P
L
 
L
F
 
F
V
 
V
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
C
|
C
G
|
G
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
P
G
 
G
G
 
G
V
 
V
A
 
A
F
 
F
G
 
G
L
 
L
K
 
K
L
 
L
A
 
A
F
 
F
G
 
G
D
 
D
H
 
N
V
 
V
H
 
H
C
 
C
F
 
F
F
 
F
A
 
A
E
|
E
P
 
P
T
 
T
H
 
H
S
|
S
P
 
P
C
|
C
M
 
M
L
 
L
L
 
L
G
 
G
V
 
V
H
 
Y
T
 
T
G
 
G
L
 
L
H
 
H
D
 
D
Q
 
A
I
 
I
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
D
 
D
I
 
I
G
 
G
I
 
I
D
 
D
N
 
N
L
 
L
T
 
T
A
 
A
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
|
L
A
 
A
V
|
V
G
 
G
R
 
R
A
 
A
S
 
S
G
 
G
F
 
F
V
 
V
G
 
G
R
 
R
A
 
A
M
 
M
E
 
E
R
 
R
L
 
L
L
 
L
D
 
D
G
 
G
F
 
L
Y
 
Y
T
 
T
L
 
L
S
 
D
D
 
D
Q
 
Q
T
 
T
M
 
M
Y
 
Y
D
 
D
M
 
M
L
 
L
G
 
G
W
 
W
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
E
 
E
E
 
E
G
 
G
I
 
I
R
 
R
L
 
L
E
 
E
P
 
P
S
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
G
 
G
M
 
M
A
 
A
G
 
G
P
 
P
Q
 
Q
R
 
R
V
 
I
C
 
C
A
 
A
S
 
S
V
 
V
S
 
A
Y
 
Y
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
H
 
H
G
 
G
F
 
F
S
 
S
A
 
Q
E
 
T
Q
 
Q
L
 
L
R
 
G
N
 
N
T
 
A
T
 
T
H
 
H
L
 
L
V
 
V
W
 
W
A
 
A
T
 
T
G
 
G
G
 
G
G
 
G
M
 
M
V
 
V
P
 
P
E
 
E
E
 
D
E
 
E
M
 
M
N
 
E
Q
 
Q
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
K
 
K

Query Sequence

>16471 FitnessBrowser__Keio:16471
MENAKMNSLIAQYPLVKDLVALKETTWFNPGTTSLAEGLPYVGLTEQDVQDAHARLSRFA
PYLAKAFPETAATGGIIESELVAIPAMQKRLEKEYQQPISGQLLLKKDSHLPISGSIKAR
GGIYEVLAHAEKLALEAGLLTLDDDYSKLLSPEFKQFFSQYSIAVGSTGNLGLSIGIMSA
RIGFKVTVHMSADARAWKKAKLRSHGVTVVEYEQDYGVAVEEGRKAAQSDPNCFFIDDEN
SRTLFLGYSVAGQRLKAQFAQQGRIVDADNPLFVYLPCGVGGGPGGVAFGLKLAFGDHVH
CFFAEPTHSPCMLLGVHTGLHDQISVQDIGIDNLTAADGLAVGRASGFVGRAMERLLDGF
YTLSDQTMYDMLGWLAQEEGIRLEPSALAGMAGPQRVCASVSYQQMHGFSAEQLRNTTHL
VWATGGGMVPEEEMNQYLAKGR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory