SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 16769 FitnessBrowser__Keio:16769 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

P0AFM2 Glycine betaine/proline betaine-binding periplasmic protein; GBBP from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
100% identity, 100% coverage: 1:330/330 of query aligns to 1:330/330 of P0AFM2

query
sites
P0AFM2
M
|
M
R
|
R
H
|
H
S
|
S
V
|
V
L
|
L
F
|
F
A
|
A
T
|
T
A
|
A
F
|
F
A
|
A
T
|
T
L
|
L
I
|
I
S
|
S
T
|
T
Q
|
Q
T
|
T
F
|
F
A
|
A
A
 
A
D
 
D
L
 
L
P
 
P
G
 
G
K
 
K
G
 
G
I
 
I
T
 
T
V
 
V
N
 
N
P
 
P
V
 
V
Q
 
Q
S
 
S
T
 
T
I
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
E
T
 
T
F
 
F
Q
 
Q
T
 
T
L
 
L
L
 
L
V
 
V
S
 
S
R
 
R
A
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
K
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
V
 
V
N
 
N
K
 
K
P
 
P
S
 
S
E
 
E
V
 
V
D
 
D
Y
 
Y
N
 
N
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
S
 
S
L
 
L
A
 
A
S
 
S
G
 
G
D
 
D
A
 
A
T
 
T
F
 
F
T
 
T
A
 
A
V
 
V
N
 
N
W
|
W
T
 
T
P
 
P
L
 
L
H
|
H
D
 
D
N
 
N
M
 
M
Y
 
Y
E
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
D
 
D
K
 
K
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
R
 
R
E
 
E
G
 
G
V
 
V
F
 
F
V
 
V
N
 
N
G
 
G
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
I
 
I
D
 
D
K
 
K
K
 
K
T
 
T
A
 
A
D
 
D
Q
 
Q
Y
 
Y
K
 
K
I
 
I
T
 
T
N
 
N
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
K
 
K
D
 
D
P
 
P
K
 
K
I
 
I
A
 
A
K
 
K
L
 
L
F
 
F
D
 
D
T
 
T
N
 
N
G
 
G
D
 
D
G
 
G
K
 
K
A
 
A
D
 
D
L
 
L
T
 
T
G
 
G
C
|
C
N
 
N
P
 
P
G
 
G
W
|
W
G
|
G
C
|
C
E
 
E
G
 
G
A
 
A
I
 
I
N
 
N
H
 
H
Q
 
Q
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
E
 
E
L
 
L
T
 
T
N
 
N
T
 
T
V
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
N
Q
 
Q
G
 
G
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
M
 
M
M
 
M
A
 
A
D
 
D
T
 
T
I
 
I
S
 
S
R
 
R
Y
 
Y
K
 
K
E
 
E
G
 
G
K
 
K
P
 
P
V
 
V
F
 
F
Y
 
Y
Y
 
Y
T
 
T
W
 
W
T
 
T
P
 
P
Y
 
Y
W
 
W
V
 
V
S
 
S
N
 
N
E
 
E
L
 
L
K
 
K
P
 
P
G
 
G
K
 
K
D
 
D
V
 
V
V
 
V
W
 
W
L
 
L
Q
 
Q
V
 
V
P
 
P
F
 
F
S
 
S
A
 
A
L
 
L
P
 
P
G
 
G
D
 
D
K
 
K
N
 
N
A
 
A
D
 
D
T
 
T
K
 
K
L
 
L
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
N
 
N
Y
 
Y
G
 
G
F
 
F
P
 
P
V
 
V
S
 
S
T
 
T
M
 
M
H
 
H
I
 
I
V
 
V
A
 
A
N
 
N
K
 
K
A
 
A
W
 
W
A
 
A
E
 
E
K
 
K
N
 
N
P
 
P
A
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
K
L
 
L
F
 
F
A
 
A
I
 
I
M
 
M
Q
 
Q
L
 
L
P
 
P
V
 
V
A
 
A
D
 
D
I
 
I
N
 
N
A
 
A
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
I
 
I
M
 
M
H
 
H
D
 
D
G
 
G
K
 
K
A
 
A
S
 
S
E
 
E
G
 
G
D
 
D
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
H
 
H
V
 
V
D
 
D
G
 
G
W
 
W
I
 
I
K
 
K
A
 
A
H
 
H
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
F
 
F
D
 
D
G
 
G
W
 
W
V
 
V
N
 
N
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
K
 
K

1r9qA Structure analysis of prox in complex with proline betaine (see paper)
100% identity, 94% coverage: 22:330/330 of query aligns to 1:309/309 of 1r9qA

query
sites
1r9qA
A
 
A
D
 
D
L
 
L
P
 
P
G
 
G
K
 
K
G
 
G
I
 
I
T
 
T
V
 
V
N
 
N
P
 
P
V
 
V
Q
 
Q
S
 
S
T
 
T
I
 
I
T
 
T
E
 
E
E
 
E
T
 
T
F
 
F
Q
 
Q
T
 
T
L
 
L
L
 
L
V
 
V
S
 
S
R
 
R
A
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
K
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
V
 
V
N
 
N
K
 
K
P
 
P
S
 
S
E
 
E
V
 
V
D
 
D
Y
|
Y
N
 
N
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
S
 
S
L
 
L
A
 
A
S
 
S
G
 
G
D
 
D
A
 
A
T
 
T
F
 
F
T
 
T
A
 
A
V
 
V
N
 
N
W
|
W
T
 
T
P
 
P
L
|
L
H
|
H
D
 
D
N
 
N
M
 
M
Y
 
Y
E
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
D
 
D
K
 
K
K
 
K
F
 
F
Y
 
Y
R
 
R
E
 
E
G
 
G
V
 
V
F
 
F
V
 
V
N
 
N
G
 
G
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
I
 
I
D
 
D
K
 
K
K
 
K
T
 
T
A
 
A
D
 
D
Q
 
Q
Y
 
Y
K
 
K
I
 
I
T
 
T
N
 
N
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
L
 
L
K
 
K
D
 
D
P
 
P
K
 
K
I
 
I
A
 
A
K
 
K
L
 
L
F
 
F
D
 
D
T
 
T
N
 
N
G
 
G
D
 
D
G
 
G
K
 
K
A
 
A
D
 
D
L
 
L
T
 
T
G
 
G
C
 
C
N
 
N
P
 
P
G
 
G
W
|
W
G
|
G
C
|
C
E
 
E
G
 
G
A
 
A
I
 
I
N
 
N
H
 
H
Q
 
Q
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
E
 
E
L
 
L
T
 
T
N
 
N
T
 
T
V
 
V
T
 
T
H
 
H
N
 
N
Q
 
Q
G
 
G
N
 
N
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
M
 
M
M
 
M
A
 
A
D
 
D
T
 
T
I
 
I
S
 
S
R
 
R
Y
 
Y
K
 
K
E
 
E
G
 
G
K
 
K
P
 
P
V
 
V
F
 
F
Y
 
Y
Y
 
Y
T
 
T
W
|
W
T
 
T
P
 
P
Y
 
Y
W
 
W
V
 
V
S
 
S
N
 
N
E
 
E
L
 
L
K
 
K
P
 
P
G
 
G
K
 
K
D
 
D
V
 
V
V
 
V
W
 
W
L
 
L
Q
 
Q
V
 
V
P
 
P
F
 
F
S
 
S
A
 
A
L
 
L
P
 
P
G
 
G
D
 
D
K
 
K
N
 
N
A
 
A
D
 
D
T
 
T
K
 
K
L
 
L
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
N
 
N
Y
 
Y
G
 
G
F
 
F
P
 
P
V
 
V
S
 
S
T
 
T
M
 
M
H
 
H
I
 
I
V
 
V
A
 
A
N
 
N
K
 
K
A
 
A
W
 
W
A
 
A
E
 
E
K
 
K
N
 
N
P
 
P
A
 
A
A
 
A
A
 
A
K
 
K
L
 
L
F
 
F
A
 
A
I
 
I
M
 
M
Q
 
Q
L
 
L
P
 
P
V
 
V
A
 
A
D
 
D
I
 
I
N
 
N
A
 
A
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
I
 
I
M
 
M
H
 
H
D
 
D
G
 
G
K
 
K
A
 
A
S
 
S
E
 
E
G
 
G
D
 
D
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
H
 
H
V
 
V
D
 
D
G
 
G
W
 
W
I
 
I
K
 
K
A
 
A
H
 
H
Q
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
F
 
F
D
 
D
G
 
G
W
 
W
V
 
V
N
 
N
E
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
K
 
K

Query Sequence

>16769 FitnessBrowser__Keio:16769
MRHSVLFATAFATLISTQTFAADLPGKGITVNPVQSTITEETFQTLLVSRALEKLGYTVN
KPSEVDYNVGYTSLASGDATFTAVNWTPLHDNMYEAAGGDKKFYREGVFVNGAAQGYLID
KKTADQYKITNIAQLKDPKIAKLFDTNGDGKADLTGCNPGWGCEGAINHQLAAYELTNTV
THNQGNYAAMMADTISRYKEGKPVFYYTWTPYWVSNELKPGKDVVWLQVPFSALPGDKNA
DTKLPNGANYGFPVSTMHIVANKAWAEKNPAAAKLFAIMQLPVADINAQNAIMHDGKASE
GDIQGHVDGWIKAHQQQFDGWVNEALAAQK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory