SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 202575 FitnessBrowser__MR1:202575 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

A0A0H2VFI8 Energy-dependent translational throttle protein EttA; Translational regulatory factor EttA; EC 3.6.1.- from Escherichia coli O6:H1 (strain CFT073 / ATCC 700928 / UPEC) (see paper)
80% identity, 100% coverage: 1:555/555 of query aligns to 1:555/555 of A0A0H2VFI8

query
sites
A0A0H2VFI8
M
 
M
A
 
A
Q
 
Q
F
 
F
V
 
V
Y
 
Y
S
 
T
M
 
M
L
 
H
R
 
R
V
 
V
G
 
G
K
 
K
V
 
V
V
 
V
P
 
P
P
 
P
K
 
K
K
 
R
Q
 
H
I
 
I
L
 
L
K
 
K
D
 
N
I
 
I
S
 
S
L
 
L
S
 
S
F
 
F
F
 
F
P
 
P
G
 
G
A
 
A
K
 
K
I
 
I
G
 
G
V
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
L
N
 
N
G
 
G
S
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
I
 
I
M
 
M
A
 
A
G
 
G
I
 
I
D
 
D
T
 
K
E
 
D
I
 
I
E
 
E
G
 
G
E
 
E
A
 
A
R
 
R
P
 
P
M
 
Q
P
 
P
G
 
D
L
 
I
K
 
K
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
E
 
E
P
 
P
K
 
Q
L
 
L
D
 
N
P
 
P
N
 
E
Q
 
H
T
 
T
V
 
V
R
 
R
E
 
E
A
 
S
I
 
I
E
 
E
E
 
E
A
 
A
V
 
V
S
 
S
E
 
E
A
 
V
K
 
V
N
 
N
A
 
A
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
D
 
D
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
A
 
A
A
 
L
Y
 
Y
A
 
A
E
 
D
P
 
P
D
 
D
A
 
A
D
 
D
F
 
F
D
 
D
A
 
K
L
 
L
A
 
A
K
 
A
E
 
E
Q
 
Q
G
 
G
E
 
R
L
 
L
E
 
E
A
 
E
I
 
I
I
 
I
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
H
D
 
D
A
 
G
H
 
H
N
 
N
L
 
L
D
 
N
N
 
V
I
 
Q
L
 
L
E
 
E
R
 
R
A
 
A
A
 
A
N
 
D
A
 
A
L
 
L
R
 
R
L
 
L
P
 
P
D
 
D
W
 
W
D
 
D
E
 
A
K
 
K
I
 
I
E
 
A
V
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
R
 
R
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
L
C
 
C
R
 
R
L
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
E
K
 
K
P
 
P
E
 
D
M
 
M
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
N
 
N
H
 
H
L
 
L
D
 
D
A
 
A
E
 
E
S
 
S
V
 
V
A
 
A
W
 
W
L
 
L
E
 
E
H
 
R
F
 
F
L
 
L
Q
 
H
E
 
D
Y
 
F
A
 
E
G
 
G
T
 
T
V
 
V
V
 
V
A
 
A
I
 
I
T
 
T
H
 
H
D
 
D
R
 
R
Y
 
Y
F
 
F
L
 
L
D
 
D
N
 
N
A
 
V
A
 
A
G
 
G
W
 
W
I
 
I
L
 
L
E
 
E
L
 
L
D
 
D
R
 
R
G
 
G
E
 
E
G
 
G
I
 
I
P
 
P
W
 
W
E
 
E
G
 
G
N
 
N
Y
 
Y
S
 
S
S
 
S
W
 
W
L
 
L
E
 
E
Q
 
Q
K
 
K
D
 
D
A
 
Q
R
 
R
L
 
L
K
 
A
Q
 
Q
E
 
E
S
 
A
A
 
S
A
 
Q
E
 
E
S
 
A
A
 
A
R
 
R
Q
 
R
K
 
K
T
 
S
I
 
I
A
 
E
K
 
K
E
 
E
L
 
L
E
 
E
W
 
W
V
 
V
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
A
 
T
K
 
K
G
 
G
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
K
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
A
R
 
R
M
 
L
A
 
A
R
 
R
F
 
F
E
 
E
E
 
E
L
 
L
N
 
N
T
 
S
N
 
T
D
 
E
Y
 
Y
Q
 
Q
K
 
K
R
 
R
N
 
N
E
 
E
T
 
T
N
 
N
E
 
E
L
 
L
F
 
F
I
 
I
P
 
P
P
 
P
G
 
G
P
 
P
R
 
R
L
 
L
G
 
G
D
 
D
K
 
K
V
 
V
I
 
L
E
 
E
V
 
V
N
 
S
N
 
N
L
 
L
T
 
R
K
 
K
S
 
S
Y
 
Y
G
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
L
L
 
L
I
 
I
D
 
D
N
 
S
L
 
L
S
 
S
F
 
F
S
 
S
V
 
I
P
 
P
K
 
K
G
 
G
A
 
A
I
 
I
V
 
V
G
 
G
I
 
I
I
 
I
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
F
 
F
R
 
R
M
 
M
L
 
I
S
 
S
G
 
G
S
 
Q
E
 
E
Q
 
Q
P
 
P
D
 
D
S
 
S
G
 
G
S
 
T
I
 
I
E
 
T
L
 
L
G
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
Q
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
S
V
 
V
E
 
D
Q
 
Q
F
 
F
R
 
R
D
 
D
S
 
S
M
 
M
N
 
D
D
 
N
K
 
S
N
 
K
T
 
T
I
 
V
W
 
W
Q
 
E
E
 
E
I
 
V
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
L
D
 
D
I
 
I
M
 
M
R
 
K
I
 
I
N
 
G
N
 
N
M
 
T
E
 
E
I
 
M
P
 
P
S
 
S
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
R
 
R
F
 
F
N
 
N
F
 
F
R
 
K
G
 
G
G
 
V
D
 
D
Q
 
Q
Q
 
G
K
 
K
I
 
R
I
 
V
G
 
G
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
G
R
 
R
V
 
L
H
 
H
L
 
L
A
 
A
K
 
K
L
 
L
L
 
L
Q
 
Q
A
 
V
G
 
G
G
 
G
N
 
N
V
 
M
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
N
 
N
D
 
D
L
 
L
D
 
D
V
 
I
E
 
E
T
 
T
L
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
L
E
 
E
E
 
N
A
 
A
I
 
L
L
 
L
E
 
E
F
 
F
P
 
P
G
 
G
C
 
C
A
 
A
M
 
M
V
 
V
I
 
I
S
 
S
H
 
H
D
 
D
R
 
R
W
 
W
F
 
F
L
 
L
D
 
D
R
 
R
I
 
I
A
 
A
T
 
T
H
 
H
I
 
I
L
 
L
D
 
D
Y
 
Y
R
 
Q
D
 
D
E
 
E
G
 
G
Q
 
K
V
 
V
N
 
E
F
 
F
Y
 
F
E
 
E
G
 
G
N
 
N
Y
 
F
T
 
T
E
 
E
Y
 
Y
S
 
E
A
 
E
W
 
Y
L
 
K
K
 
K
N
 
R
T
 
T
Y
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
A
V
 
L
E
 
E
P
 
P
H
 
K
R
 
R
L
 
I
K
 
K
Y
 
Y
K
 
K
R
 
R
M
 
I
T
 
A
K
 
K

P0A9W3 Energy-dependent translational throttle protein EttA; Translational regulatory factor EttA; EC 3.6.1.- from Escherichia coli (strain K12) (see 4 papers)
80% identity, 100% coverage: 1:555/555 of query aligns to 1:555/555 of P0A9W3

query
sites
P0A9W3
M
|
M
A
 
A
Q
 
Q
F
 
F
V
 
V
Y
 
Y
S
 
T
M
 
M
L
 
H
R
 
R
V
 
V
G
 
G
K
 
K
V
 
V
V
 
V
P
 
P
P
 
P
K
 
K
K
 
R
Q
 
H
I
 
I
L
 
L
K
 
K
D
 
N
I
 
I
S
 
S
L
 
L
S
 
S
F
 
F
F
 
F
P
 
P
G
 
G
A
 
A
K
 
K
I
 
I
G
 
G
V
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
L
N
 
N
G
 
G
S
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
I
 
I
M
 
M
A
 
A
G
 
G
I
 
I
D
 
D
T
 
K
E
 
D
I
 
I
E
 
E
G
 
G
E
 
E
A
 
A
R
 
R
P
 
P
M
 
Q
P
 
P
G
 
D
L
 
I
K
 
K
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
E
 
E
P
 
P
K
 
Q
L
 
L
D
 
N
P
 
P
N
 
E
Q
 
H
T
 
T
V
 
V
R
 
R
E
 
E
A
 
S
I
 
I
E
 
E
E
 
E
A
 
A
V
 
V
S
|
S
E
|
E
A
x
V
K
x
V
N
|
N
A
|
A
L
|
L
K
|
K
R
|
R
L
|
L
D
|
D
E
|
E
V
|
V
Y
|
Y
A
|
A
A
x
L
Y
|
Y
A
|
A
E
x
D
P
|
P
D
|
D
A
|
A
D
|
D
F
|
F
D
|
D
A
x
K
L
|
L
A
|
A
K
x
A
E
|
E
Q
|
Q
G
|
G
E
x
R
L
|
L
E
|
E
A
x
E
I
|
I
I
|
I
Q
|
Q
A
|
A
Q
x
H
D
|
D
A
x
G
H
|
H
N
|
N
L
 
L
D
 
N
N
 
V
I
 
Q
L
 
L
E
 
E
R
 
R
A
 
A
A
 
A
N
 
D
A
 
A
L
 
L
R
 
R
L
 
L
P
 
P
D
 
D
W
 
W
D
 
D
E
 
A
K
 
K
I
 
I
E
 
A
V
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
R
 
R
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
L
C
 
C
R
 
R
L
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
E
K
 
K
P
 
P
E
 
D
M
 
M
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
N
 
N
H
 
H
L
 
L
D
 
D
A
 
A
E
 
E
S
 
S
V
 
V
A
 
A
W
 
W
L
 
L
E
 
E
H
 
R
F
 
F
L
 
L
Q
 
H
E
 
D
Y
 
F
A
 
E
G
 
G
T
 
T
V
 
V
V
 
V
A
 
A
I
 
I
T
 
T
H
 
H
D
 
D
R
 
R
Y
 
Y
F
 
F
L
 
L
D
 
D
N
 
N
A
 
V
A
 
A
G
 
G
W
 
W
I
 
I
L
 
L
E
 
E
L
 
L
D
 
D
R
 
R
G
 
G
E
 
E
G
 
G
I
 
I
P
 
P
W
 
W
E
 
E
G
|
G
N
|
N
Y
|
Y
S
|
S
S
|
S
W
|
W
L
|
L
E
|
E
Q
|
Q
K
|
K
D
|
D
A
x
Q
R
|
R
L
|
L
K
x
A
Q
|
Q
E
|
E
S
x
A
A
x
S
A
x
Q
E
|
E
S
x
A
A
|
A
R
|
R
Q
x
R
K
|
K
T
x
S
I
|
I
A
x
E
K
|
K
E
|
E
L
|
L
E
|
E
W
|
W
V
|
V
R
|
R
Q
|
Q
G
|
G
A
x
T
K
|
K
G
|
G
R
|
R
Q
|
Q
S
|
S
K
|
K
G
|
G
K
|
K
A
|
A
R
|
R
M
x
L
A
|
A
R
|
R
F
|
F
E
|
E
E
|
E
L
|
L
N
|
N
T
x
S
N
x
T
D
x
E
Y
|
Y
Q
|
Q
K
|
K
R
|
R
N
|
N
E
|
E
T
|
T
N
|
N
E
|
E
L
|
L
F
|
F
I
|
I
P
|
P
P
|
P
G
|
G
P
|
P
R
|
R
L
|
L
G
|
G
D
|
D
K
|
K
V
 
V
I
 
L
E
 
E
V
 
V
N
 
S
N
 
N
L
 
L
T
 
R
K
 
K
S
 
S
Y
 
Y
G
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
L
L
 
L
I
 
I
D
 
D
N
 
D
L
 
L
S
 
S
F
 
F
S
 
S
V
 
I
P
 
P
K
 
K
G
 
G
A
 
A
I
 
I
V
 
V
G
 
G
I
 
I
I
 
I
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
F
 
F
R
 
R
M
 
M
L
 
I
S
 
S
G
 
G
S
 
Q
E
 
E
Q
 
Q
P
 
P
D
 
D
S
 
S
G
 
G
S
 
T
I
 
I
E
 
T
L
 
L
G
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
Q
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
S
V
 
V
E
 
D
Q
 
Q
F
 
F
R
 
R
D
 
D
S
 
S
M
 
M
N
 
D
D
 
N
K
 
S
N
 
K
T
 
T
I
 
V
W
 
W
Q
 
E
E
 
E
I
 
V
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
L
D
 
D
I
 
I
M
 
M
R
 
K
I
 
I
N
 
G
N
 
N
M
 
T
E
 
E
I
 
M
P
 
P
S
 
S
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
R
 
R
F
 
F
N
 
N
F
 
F
R
 
K
G
 
G
G
 
V
D
 
D
Q
 
Q
Q
 
G
K
 
K
I
 
R
I
 
V
G
 
G
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
G
R
 
R
V
 
L
H
 
H
L
 
L
A
 
A
K
 
K
L
 
L
L
 
L
Q
 
Q
A
 
V
G
 
G
G
 
G
N
 
N
V
 
M
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
N
 
N
D
 
D
L
 
L
D
 
D
V
 
I
E
 
E
T
 
T
L
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
L
E
 
E
E
 
N
A
 
A
I
 
L
L
 
L
E
 
E
F
 
F
P
 
P
G
 
G
C
 
C
A
 
A
M
 
M
V
 
V
I
 
I
S
 
S
H
 
H
D
 
D
R
 
R
W
 
W
F
 
F
L
 
L
D
 
D
R
 
R
I
 
I
A
 
A
T
 
T
H
 
H
I
 
I
L
 
L
D
 
D
Y
 
Y
R
 
Q
D
 
D
E
 
E
G
 
G
Q
 
K
V
 
V
N
 
E
F
 
F
Y
 
F
E
 
E
G
 
G
N
 
N
Y
 
F
T
 
T
E
 
E
Y
 
Y
S
 
E
A
 
E
W
 
Y
L
 
K
K
 
K
N
 
R
T
 
T
Y
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
A
V
 
L
E
 
E
P
 
P
H
 
K
R
 
R
L
 
I
K
 
K
Y
 
Y
K
 
K
R
 
R
M
 
I
T
 
A
K
 
K

3j5sD Etta binds to ribosome exit site and regulates translation by restricting ribosome and tRNA dynamics (see paper)
80% identity, 100% coverage: 2:555/555 of query aligns to 1:554/554 of 3j5sD

query
sites
3j5sD
A
 
A
Q
 
Q
F
|
F
V
 
V
Y
 
Y
S
 
T
M
 
M
L
x
H
R
 
R
V
 
V
G
 
G
K
 
K
V
 
V
V
 
V
P
 
P
P
 
P
K
 
K
K
 
R
Q
 
H
I
 
I
L
 
L
K
 
K
D
 
N
I
 
I
S
 
S
L
 
L
S
|
S
F
 
F
F
 
F
P
 
P
G
 
G
A
 
A
K
 
K
I
 
I
G
 
G
V
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
L
N
 
N
G
 
G
S
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
R
I
 
I
M
 
M
A
 
A
G
 
G
I
 
I
D
 
D
T
 
K
E
 
D
I
 
I
E
 
E
G
 
G
E
 
E
A
 
A
R
|
R
P
 
P
M
 
Q
P
 
P
G
 
D
L
 
I
K
 
K
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
E
 
E
P
 
P
K
 
Q
L
 
L
D
 
N
P
 
P
N
 
E
Q
 
H
T
 
T
V
 
V
R
 
R
E
 
E
A
 
S
I
 
I
E
 
E
E
 
E
A
 
A
V
 
V
S
 
S
E
 
E
A
 
V
K
 
V
N
 
N
A
 
A
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
D
 
D
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
A
 
A
A
 
L
Y
 
Y
A
 
A
E
 
D
P
 
P
D
 
D
A
 
A
D
 
D
F
 
F
D
 
D
A
 
K
L
 
L
A
 
A
K
 
A
E
 
E
Q
 
Q
G
 
G
E
 
R
L
 
L
E
 
E
A
 
E
I
 
I
I
 
I
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
H
D
 
D
A
 
G
H
 
H
N
 
N
L
 
L
D
x
N
N
x
V
I
x
Q
L
 
L
E
 
E
R
|
R
A
|
A
A
 
A
N
 
D
A
|
A
L
 
L
R
 
R
L
 
L
P
 
P
D
 
D
W
 
W
D
 
D
E
 
A
K
 
K
I
 
I
E
 
A
V
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
R
 
R
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
L
C
 
C
R
 
R
L
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
E
K
 
K
P
 
P
E
 
D
M
 
M
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
N
 
N
H
 
H
L
 
L
D
 
D
A
 
A
E
 
E
S
 
S
V
 
V
A
 
A
W
 
W
L
 
L
E
 
E
H
x
R
F
|
F
L
 
L
Q
 
H
E
 
D
Y
 
F
A
x
E
G
 
G
T
 
T
V
 
V
V
 
V
A
 
A
I
 
I
T
 
T
H
 
H
D
 
D
R
 
R
Y
 
Y
F
 
F
L
 
L
D
 
D
N
 
N
A
 
V
A
 
A
G
 
G
W
 
W
I
 
I
L
 
L
E
 
E
L
 
L
D
 
D
R
 
R
G
 
G
E
 
E
G
 
G
I
 
I
P
 
P
W
|
W
E
 
E
G
 
G
N
 
N
Y
 
Y
S
 
S
S
 
S
W
 
W
L
 
L
E
 
E
Q
 
Q
K
 
K
D
 
D
A
 
Q
R
 
R
L
 
L
K
 
A
Q
|
Q
E
 
E
S
 
A
A
 
S
A
x
Q
E
 
E
S
 
A
A
 
A
R
 
R
Q
 
R
K
 
K
T
 
S
I
 
I
A
 
E
K
 
K
E
 
E
L
 
L
E
 
E
W
 
W
V
 
V
R
|
R
Q
|
Q
G
 
G
A
 
T
K
 
K
G
 
G
R
 
R
Q
 
Q
S
 
S
K
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
A
R
 
R
M
 
L
A
 
A
R
 
R
F
 
F
E
 
E
E
 
E
L
 
L
N
 
N
T
 
S
N
 
T
D
 
E
Y
 
Y
Q
 
Q
K
 
K
R
 
R
N
 
N
E
 
E
T
 
T
N
 
N
E
 
E
L
 
L
F
 
F
I
 
I
P
 
P
P
 
P
G
 
G
P
 
P
R
 
R
L
 
L
G
|
G
D
|
D
K
 
K
V
 
V
I
 
L
E
 
E
V
 
V
N
 
S
N
 
N
L
 
L
T
 
R
K
 
K
S
 
S
Y
 
Y
G
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
L
L
 
L
I
 
I
D
 
D
N
 
D
L
 
L
S
 
S
F
 
F
S
 
S
V
 
I
P
 
P
K
 
K
G
 
G
A
 
A
I
 
I
V
 
V
G
 
G
I
 
I
I
 
I
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
F
 
F
R
 
R
M
 
M
L
 
I
S
 
S
G
 
G
S
 
Q
E
 
E
Q
 
Q
P
 
P
D
 
D
S
 
S
G
 
G
S
 
T
I
 
I
E
 
T
L
 
L
G
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
Q
 
K
L
 
L
A
 
A
S
 
S
V
 
V
E
 
D
Q
 
Q
F
 
F
R
 
R
D
 
D
S
 
S
M
 
M
N
 
D
D
 
N
K
 
S
N
 
K
T
 
T
I
 
V
W
 
W
Q
 
E
E
 
E
I
 
V
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
L
D
 
D
I
 
I
M
 
M
R
 
K
I
 
I
N
 
G
N
 
N
M
 
T
E
 
E
I
 
M
P
 
P
S
 
S
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
R
 
R
F
 
F
N
 
N
F
 
F
R
 
K
G
 
G
G
 
V
D
 
D
Q
 
Q
Q
 
G
K
 
K
I
 
R
I
 
V
G
 
G
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
G
R
 
R
V
 
L
H
 
H
L
 
L
A
 
A
K
 
K
L
 
L
L
 
L
Q
 
Q
A
 
V
G
 
G
G
 
G
N
 
N
V
 
M
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
N
 
N
D
 
D
L
 
L
D
 
D
V
 
I
E
 
E
T
 
T
L
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
L
E
 
E
E
 
N
A
 
A
I
 
L
L
 
L
E
 
E
F
 
F
P
 
P
G
 
G
C
 
C
A
 
A
M
 
M
V
 
V
I
 
I
S
 
S
H
 
H
D
 
D
R
 
R
W
 
W
F
 
F
L
 
L
D
 
D
R
 
R
I
 
I
A
 
A
T
 
T
H
 
H
I
 
I
L
 
L
D
 
D
Y
 
Y
R
 
Q
D
 
D
E
 
E
G
 
G
Q
 
K
V
 
V
N
 
E
F
 
F
Y
 
F
E
 
E
G
 
G
N
 
N
Y
 
F
T
 
T
E
 
E
Y
 
Y
S
 
E
A
 
E
W
 
Y
L
 
K
K
 
K
N
 
R
T
 
T
Y
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
A
V
 
L
E
 
E
P
 
P
H
 
K
R
 
R
L
 
I
K
 
K
Y
 
Y
K
 
K
R
 
R
M
 
I
T
 
A
K
 
K

P9WQK3 Energy-dependent translational throttle protein EttA; Translational regulatory factor EttA; EC 3.6.1.- from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
52% identity, 100% coverage: 1:555/555 of query aligns to 1:557/558 of P9WQK3

query
sites
P9WQK3
M
 
M
A
 
A
Q
 
E
F
 
F
V
 
I
Y
 
Y
S
 
T
M
 
M
L
 
K
R
 
K
V
 
V
G
 
R
K
 
K
V
 
A
V
 
-
P
 
H
P
 
G
K
 
D
K
 
K
Q
 
V
I
 
I
L
 
L
K
 
D
D
 
D
I
 
V
S
 
T
L
 
L
S
 
S
F
 
F
F
 
Y
P
 
P
G
 
G
A
 
A
K
 
K
I
 
I
G
 
G
V
 
V
L
 
V
G
 
G
L
 
P
N
 
N
G
 
G
S
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
S
L
 
V
L
 
L
R
 
R
I
 
I
M
 
M
A
 
A
G
 
G
I
 
L
D
 
D
T
 
K
E
 
P
I
 
N
E
 
N
G
 
G
E
 
D
A
 
A
R
 
F
P
 
L
M
 
A
P
 
T
G
 
G
L
 
A
K
 
T
I
 
V
G
 
G
Y
 
I
L
 
L
P
 
Q
Q
 
Q
E
 
E
P
 
P
K
 
P
L
 
L
D
 
N
P
 
E
N
 
D
Q
 
K
T
 
T
V
 
V
R
 
R
E
 
G
A
 
N
I
 
V
E
 
E
E
 
E
A
 
G
V
 
M
S
 
G
E
 
D
A
 
I
K
 
K
N
 
I
A
 
K
L
 
L
K
 
D
R
 
R
L
 
F
D
 
N
E
 
E
V
 
V
Y
 
A
A
 
E
A
 
L
Y
 
M
A
 
A
E
 
-
P
 
-
D
 
-
A
 
T
D
 
D
F
 
Y
-
 
T
D
 
D
A
 
E
L
 
L
A
 
M
K
 
E
E
 
E
Q
 
M
G
 
G
E
 
R
L
 
L
E
 
Q
A
 
E
I
 
E
I
 
L
Q
 
D
A
 
H
Q
 
A
D
 
D
A
 
A
H
 
W
N
 
D
L
 
L
D
 
D
N
 
A
I
 
Q
L
 
L
E
 
E
R
 
Q
A
 
A
A
 
M
N
 
D
A
 
A
L
 
L
R
 
R
L
 
C
P
 
P
D
 
P
W
 
A
D
 
D
E
 
E
K
 
P
I
 
V
E
 
T
V
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
R
 
R
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
L
C
 
C
R
 
K
L
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
S
K
 
K
P
 
P
E
 
D
M
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
N
 
N
H
 
H
L
 
L
D
 
D
A
 
A
E
 
E
S
 
S
V
 
V
A
 
Q
W
 
W
L
 
L
E
 
E
H
 
Q
F
 
H
L
 
L
Q
 
A
E
 
S
Y
 
Y
A
 
P
G
 
G
T
 
A
V
 
I
V
 
L
A
 
A
I
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
R
 
R
Y
 
Y
F
 
F
L
 
L
D
 
D
N
 
N
A
 
V
A
 
A
G
 
E
W
 
W
I
 
I
L
 
L
E
 
E
L
 
L
D
 
D
R
 
R
G
 
G
E
 
R
G
 
A
I
 
Y
P
 
P
W
 
Y
E
 
E
G
 
G
N
 
N
Y
 
Y
S
 
S
S
 
T
W
 
Y
L
 
L
E
 
E
Q
 
K
K
 
K
D
 
A
A
 
E
R
 
R
L
 
L
K
 
A
Q
 
V
E
 
Q
S
 
G
A
 
R
A
 
K
E
 
D
S
 
A
A
 
K
R
 
L
Q
 
Q
K
 
K
T
 
R
I
 
L
A
 
T
K
 
E
E
 
E
L
 
L
E
 
A
W
 
W
V
 
V
R
 
R
Q
 
S
G
 
G
A
 
A
K
 
K
G
 
A
R
 
R
Q
 
Q
S
 
A
K
 
K
G
 
S
K
 
K
A
 
A
R
 
R
M
 
L
A
 
Q
R
 
R
F
 
Y
E
 
E
E
 
E
L
 
M
N
 
A
T
 
A
N
 
E
D
 
A
Y
 
E
Q
 
K
K
 
T
R
 
R
N
 
K
-
 
L
E
 
D
T
 
F
N
 
E
E
 
E
L
 
I
F
 
Q
I
 
I
P
 
P
P
 
V
G
 
G
P
 
P
R
 
R
L
 
L
G
 
G
D
 
N
K
 
V
V
 
V
I
 
V
E
 
E
V
 
V
N
 
D
N
 
H
L
 
L
T
 
D
K
 
K
S
 
G
Y
 
Y
G
 
D
D
 
G
R
 
R
V
 
A
L
 
L
I
 
I
D
x
K
N
 
D
L
 
L
S
 
S
F
 
F
S
 
S
V
 
L
P
 
P
K
 
R
G
 
N
A
 
G
I
 
I
V
 
V
G
 
G
I
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
V
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
L
F
 
F
R
 
K
M
 
T
L
 
I
S
 
V
G
 
G
S
 
L
E
 
E
Q
 
T
P
 
P
D
 
D
S
 
S
G
 
G
S
 
S
I
 
V
E
 
K
L
 
V
G
 
G
E
 
E
T
 
T
V
 
V
Q
 
K
L
 
L
A
 
S
S
 
Y
V
 
V
E
 
D
Q
 
Q
F
 
A
R
 
R
D
 
A
S
 
G
M
 
I
N
 
D
D
 
P
K
 
R
N
 
K
T
 
T
I
 
V
W
 
W
Q
 
E
E
 
V
I
 
V
S
 
S
G
 
D
G
 
G
Q
 
L
D
 
D
I
 
Y
M
 
I
R
 
Q
I
 
V
N
 
G
N
 
Q
M
 
T
E
 
E
I
 
V
P
 
P
S
 
S
R
 
R
A
 
A
Y
 
Y
V
 
V
G
 
S
R
 
A
F
 
F
N
 
G
F
 
F
R
 
K
G
 
G
G
 
P
D
 
D
Q
 
Q
Q
 
Q
K
 
K
I
 
P
I
 
A
G
 
G
T
 
V
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
N
R
 
R
V
 
L
H
 
N
L
 
L
A
 
A
K
 
L
L
 
T
L
 
L
Q
 
K
A
 
Q
G
 
G
G
 
G
N
 
N
V
 
L
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
N
 
N
D
 
D
L
 
L
D
 
D
V
 
V
E
 
E
T
 
T
L
 
L
R
 
G
A
 
S
L
 
L
E
 
E
E
 
N
A
 
A
I
 
L
L
 
L
E
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
C
 
C
A
 
A
M
 
V
V
 
V
I
 
I
S
 
S
H
 
H
D
 
D
R
 
R
W
 
W
F
 
F
L
 
L
D
 
D
R
 
R
I
 
T
A
 
C
T
 
T
H
 
H
I
 
I
L
 
L
-
 
A
-
 
W
-
 
E
-
 
G
D
 
D
Y
 
D
R
 
D
D
 
N
E
 
E
G
 
A
Q
 
K
V
 
W
N
 
F
F
 
W
Y
 
F
E
 
E
G
 
G
N
 
N
Y
 
F
T
 
G
E
 
A
Y
 
Y
S
 
E
A
 
E
W
 
N
L
 
K
K
 
V
N
 
E
T
 
R
Y
 
L
G
 
G
A
 
V
D
 
D
V
 
A
V
 
A
E
 
R
P
 
P
H
 
H
R
 
R
L
 
V
K
 
T
Y
 
H
K
 
R
R
 
K
M
 
L
T
 
T
K
 
R

7mscx 70SIC in complex with MtbEttA at Pre_R0 state (see paper)
53% identity, 95% coverage: 2:530/555 of query aligns to 1:531/547 of 7mscx

query
sites
7mscx
A
 
A
Q
x
E
F
|
F
V
 
I
Y
 
Y
S
 
T
M
 
M
L
 
K
R
 
K
V
 
V
G
 
R
K
 
K
V
 
A
V
 
-
P
x
H
P
 
G
K
 
D
K
 
K
Q
 
V
I
 
I
L
 
L
K
 
D
D
 
D
I
 
V
S
 
T
L
 
L
S
 
S
F
 
F
F
x
Y
P
 
P
G
 
G
A
 
A
K
 
K
I
 
I
G
 
G
V
 
V
L
 
V
G
 
G
L
 
P
N
|
N
G
 
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
x
S
L
 
V
L
 
L
R
 
R
I
 
I
M
 
M
A
 
A
G
 
G
I
 
L
D
 
D
T
 
K
E
 
P
I
 
N
E
 
N
G
 
G
E
 
D
A
 
A
R
 
F
P
 
L
M
 
A
P
 
T
G
 
G
L
 
A
K
 
T
I
 
V
G
 
G
Y
 
I
L
 
L
P
 
Q
Q
|
Q
E
 
E
P
 
P
K
 
P
L
 
L
D
 
N
P
 
E
N
 
D
Q
 
K
T
 
T
V
 
V
R
 
R
E
 
G
A
 
N
I
 
V
E
 
E
E
 
E
A
 
G
V
 
M
S
 
G
E
 
D
A
 
I
K
 
K
N
 
I
A
 
K
L
 
L
K
 
D
R
 
R
L
 
F
D
 
N
E
 
E
V
 
V
Y
 
A
A
 
E
A
 
L
Y
 
M
A
 
A
E
 
-
P
 
-
D
 
-
A
 
T
D
 
D
F
 
Y
-
 
T
D
 
D
A
 
E
L
 
L
A
 
M
K
 
E
E
 
E
Q
 
M
G
 
G
E
 
R
L
 
L
E
 
Q
A
 
E
I
 
E
I
 
L
Q
 
D
A
 
H
Q
 
A
D
 
D
A
 
A
H
 
W
N
 
D
L
 
L
D
 
D
N
 
A
I
 
Q
L
 
L
E
 
E
R
x
Q
A
 
A
A
 
M
N
 
D
A
 
A
L
 
L
R
 
R
L
 
C
P
 
P
D
 
P
W
 
A
D
 
D
E
 
E
K
 
P
I
 
V
E
 
T
V
x
N
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
 
E
R
 
R
R
 
R
R
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
L
C
 
C
R
 
K
L
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
S
K
 
K
P
 
P
E
 
D
M
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
N
 
N
H
 
H
L
 
L
D
 
D
A
 
A
E
 
E
S
 
S
V
 
V
A
 
Q
W
 
W
L
 
L
E
 
E
H
 
Q
F
 
H
L
 
L
Q
 
A
E
 
S
Y
 
Y
A
 
P
G
 
G
T
 
A
V
 
I
V
 
L
A
 
A
I
 
V
T
 
T
H
|
H
D
 
D
R
 
R
Y
 
Y
F
 
F
L
 
L
D
 
D
N
 
N
A
 
V
A
 
A
G
 
E
W
 
W
I
 
I
L
 
L
E
 
E
L
 
L
D
 
D
R
 
R
G
 
G
E
 
R
G
 
A
I
 
Y
P
 
P
W
 
Y
E
 
E
G
 
G
N
 
N
Y
 
Y
S
 
S
S
 
T
W
 
Y
L
 
L
E
 
E
Q
 
K
K
 
K
D
 
A
A
 
E
R
 
R
L
 
L
K
 
A
Q
 
V
E
 
Q
S
 
G
A
x
R
A
x
K
E
 
D
S
 
A
A
x
K
R
 
L
Q
 
Q
K
 
K
T
 
R
I
 
L
A
 
T
K
 
E
E
 
E
L
 
L
E
 
A
W
 
W
V
 
V
R
|
R
Q
x
S
G
 
G
A
 
A
K
|
K
G
x
A
R
|
R
Q
|
Q
S
 
A
K
 
K
G
x
S
K
|
K
A
|
A
R
|
R
M
 
L
A
 
Q
R
|
R
F
 
Y
E
 
E
E
 
E
L
 
M
N
 
A
T
 
A
N
 
E
D
 
A
Y
 
E
Q
 
K
K
 
T
R
|
R
N
 
K
-
 
L
E
 
D
T
 
F
N
 
E
E
 
E
L
 
I
F
 
Q
I
 
I
P
 
P
P
 
V
G
 
G
P
 
P
R
|
R
L
 
L
G
|
G
D
x
N
K
 
V
V
 
V
I
 
V
E
 
E
V
 
V
N
 
D
N
 
H
L
 
L
T
 
D
K
 
K
S
 
G
Y
|
Y
G
 
D
D
 
G
R
|
R
V
 
A
L
 
L
I
 
I
D
 
K
N
 
D
L
 
L
S
 
S
F
 
F
S
 
S
V
 
L
P
 
P
K
 
R
G
 
N
A
 
G
I
 
I
V
 
V
G
 
G
I
 
V
I
 
I
G
 
G
A
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
V
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
L
F
 
F
R
 
K
M
 
T
L
 
I
S
 
V
G
 
G
S
 
L
E
 
E
Q
 
T
P
 
P
D
 
D
S
 
S
G
 
G
S
 
S
I
 
V
E
 
K
L
 
V
G
 
G
E
 
E
T
|
T
V
 
V
Q
 
K
L
 
L
A
 
S
S
 
Y
V
 
V
E
 
D
Q
 
Q
F
 
A
R
 
R
D
 
A
S
 
G
M
 
I
N
 
D
D
 
P
K
 
R
N
 
K
T
 
T
I
 
V
W
 
W
Q
 
E
E
 
V
I
 
V
S
 
S
G
 
D
G
 
G
Q
 
L
D
|
D
I
x
Y
M
 
I
R
 
Q
I
 
V
N
 
G
N
 
Q
M
 
T
E
 
E
I
 
V
P
 
P
S
 
S
R
|
R
A
|
A
Y
 
Y
V
 
V
G
 
S
R
 
A
F
 
F
N
 
G
F
 
F
R
 
K
G
 
G
G
 
P
D
 
D
Q
 
Q
Q
 
Q
K
|
K
I
 
P
I
 
A
G
 
G
T
 
V
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
|
E
R
 
R
N
 
N
R
 
R
V
 
L
H
 
N
L
 
L
A
 
A
K
 
L
L
 
T
L
 
L
Q
 
K
A
 
Q
G
 
G
G
 
G
N
 
N
V
 
L
L
 
I
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
N
 
N
D
 
D
L
 
L
D
 
D
V
 
V
E
 
E
T
 
T
L
 
L
R
 
G
A
 
S
L
 
L
E
 
E
E
 
N
A
 
A
I
 
L
L
 
L
E
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
C
 
C
A
 
A
M
 
V
V
 
V
I
 
I
S
 
S
H
|
H
D
 
D
R
 
R
W
 
W
F
 
F
L
 
L
D
 
D
R
 
R
I
 
T
A
 
C
T
 
T
H
 
H
I
 
I
L
 
L
-
 
A
-
 
W
-
 
E
-
 
G
D
 
D
Y
 
D
R
 
D
D
 
N
E
 
E
G
 
A
Q
 
K
V
 
W
N
 
F
F
 
W
Y
 
F
E
 
E
G
 
G
N
 
N
Y
 
F
T
 
G
E
 
A
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

P43672 ATP-binding protein Uup; EC 3.6.1.- from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
32% identity, 91% coverage: 21:527/555 of query aligns to 18:523/635 of P43672

query
sites
P43672
I
 
L
L
 
L
K
 
D
D
 
N
I
 
A
S
 
E
L
 
L
S
 
H
F
 
I
F
 
E
P
 
D
G
 
N
A
 
E
K
 
R
I
 
V
G
 
C
V
 
L
L
 
V
G
 
G
L
 
R
N
 
N
G
 
G
S
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
M
R
 
K
I
 
I
M
 
L
-
 
N
-
 
R
-
 
E
A
 
Q
G
 
G
I
 
L
D
 
D
T
 
-
E
 
-
I
 
-
E
 
D
G
 
G
E
 
R
A
 
I
R
 
I
P
 
Y
M
 
E
P
 
Q
G
 
D
L
 
L
K
 
I
I
 
V
G
 
A
Y
 
R
L
 
L
P
 
Q
Q
 
Q
E
 
D
P
 
P
K
 
P
L
 
R
D
 
N
P
 
V
N
 
E
Q
 
G
T
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
A
 
F
I
 
V
E
 
A
E
 
E
A
 
G
V
 
I
S
 
E
E
 
E
A
 
Q
K
 
A
N
 
E
A
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
Y
D
 
H
E
 
D
V
 
I
Y
 
S
A
 
R
A
 
L
Y
 
V
A
 
M
E
 
N
P
 
-
D
 
-
A
 
-
D
 
-
F
 
-
D
 
D
A
 
P
L
 
S
A
 
E
K
 
K
E
 
N
Q
 
L
G
 
N
E
 
E
L
 
L
E
 
A
A
 
K
I
 
V
I
 
Q
Q
 
E
A
 
Q
Q
 
L
D
 
D
A
 
H
H
 
H
N
 
N
L
 
L
D
 
W
N
 
Q
I
 
L
L
 
E
E
 
N
R
 
R
A
 
I
A
 
N
N
 
E
A
 
V
L
 
L
R
 
A
L
 
Q
P
 
L
D
 
G
W
 
L
D
 
D
E
 
P
K
 
N
I
 
V
E
 
A
V
 
L
-
 
S
-
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
W
R
 
L
R
 
R
R
 
K
V
 
A
A
 
A
I
 
L
C
 
G
R
 
R
L
 
A
L
 
L
L
 
V
E
 
S
K
 
N
P
 
P
E
 
R
M
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
|
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
N
 
N
H
 
H
L
 
L
D
 
D
A
 
I
E
 
E
S
 
T
V
 
I
A
 
D
W
 
W
L
 
L
E
 
E
H
 
G
F
 
F
L
 
L
Q
 
K
E
 
T
Y
 
F
A
 
N
G
 
G
T
 
T
V
 
I
V
 
I
A
 
F
I
 
I
T
 
S
H
 
H
D
 
D
R
 
R
Y
 
S
F
 
F
L
 
I
D
 
R
N
 
N
A
 
M
A
 
A
G
 
T
W
 
R
I
 
I
L
 
V
E
 
D
L
 
L
D
 
D
R
 
R
G
 
G
E
 
K
G
 
L
I
 
V
P
 
T
W
 
Y
E
 
P
G
 
G
N
 
N
Y
 
Y
S
 
D
S
 
Q
W
 
Y
L
 
L
E
 
L
Q
 
E
K
 
K
D
 
E
A
 
E
R
 
A
L
 
L
K
 
R
Q
 
V
E
 
E
S
 
E
A
 
L
A
 
Q
E
 
N
S
 
A
A
 
E
R
 
F
Q
 
D
K
 
R
T
 
K
I
 
L
A
 
A
K
 
Q
E
 
E
L
 
E
E
 
V
W
 
W
V
 
I
R
 
R
Q
 
Q
G
 
G
A
 
I
K
 
K
G
 
A
R
 
R
Q
 
R
S
 
T
K
 
R
G
 
N
K
 
E
A
 
G
R
 
R
M
 
V
A
 
R
R
 
A
F
 
L
E
 
K
E
 
A
L
 
M
N
 
R
T
 
R
N
x
E
D
x
R
Y
x
G
Q
x
E
K
x
R
R
|
R
N
x
E
E
 
V
-
 
M
-
 
G
T
 
T
N
 
A
E
 
K
L
 
M
F
 
Q
I
 
V
P
 
E
P
 
E
G
 
A
P
 
S
R
 
R
L
 
S
G
 
G
D
 
K
K
 
I
V
 
V
I
 
F
E
 
E
V
 
M
N
 
E
N
 
D
L
 
V
T
 
C
K
 
Y
S
 
Q
Y
 
V
G
 
N
D
 
G
R
 
K
V
 
Q
L
 
L
I
 
V
D
 
K
N
 
D
L
 
F
S
 
S
F
 
A
S
 
Q
V
 
V
P
 
L
K
 
R
G
 
G
A
 
D
I
 
K
V
 
I
G
 
A
I
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
L
F
 
L
R
 
K
M
 
L
L
 
M
S
 
L
G
 
G
S
 
Q
E
 
L
Q
 
Q
P
 
A
D
 
D
S
 
S
G
 
G
S
 
R
I
 
I
E
 
H
L
 
V
G
 
G
E
 
T
T
 
K
V
 
L
Q
 
E
L
 
V
A
 
A
S
 
Y
V
 
F
E
 
D
Q
 
Q
F
 
H
R
 
R
D
 
A
S
 
E
M
 
L
N
 
D
D
 
P
K
 
D
N
 
K
T
 
T
I
 
V
W
 
M
Q
 
D
E
 
N
I
 
L
S
 
A
G
 
E
G
 
G
Q
 
K
D
 
Q
I
 
E
M
 
V
R
 
M
I
 
V
N
 
N
N
 
G
M
 
K
E
 
P
I
 
R
P
 
H
S
 
V
R
 
L
A
 
G
Y
 
Y
V
 
L
G
 
Q
R
 
D
F
 
F
N
 
L
F
 
F
R
 
H
G
 
P
G
 
K
D
 
R
Q
 
A
Q
 
M
K
 
T
I
 
P
I
 
V
G
 
R
T
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
N
R
 
R
V
 
L
H
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
R
L
 
L
L
 
F
Q
 
L
A
 
K
G
 
P
G
 
S
N
 
N
V
 
L
L
 
L
L
 
I
L
 
L
D
|
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
N
 
N
D
 
D
L
 
L
D
 
D
V
 
V
E
 
E
T
 
T
L
 
L
R
 
E
A
 
L
L
 
L
E
 
E
E
 
E
A
 
L
I
 
I
L
 
D
E
 
S
F
 
Y
P
 
Q
G
 
G
C
 
T
A
 
V
M
 
L
V
 
L
I
 
V
S
 
S
H
 
H
D
 
D
R
 
R
W
 
Q
F
 
F
L
 
V
D
 
D
R
 
N
I
 
T
A
 
V
T
 
T
H
 
E
I
 
C
L
 
W
D
 
I
Y
 
F
R
 
E
D
 
G
E
 
G
G
 
G
Q
 
K
V
 
I
N
 
G
F
 
R
Y
 
Y
E
 
V
G
 
G
N
 
G
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

A0A0H2VBH0 Probable ATP-binding protein YheS from Escherichia coli O6:H1 (strain CFT073 / ATCC 700928 / UPEC) (see paper)
32% identity, 96% coverage: 4:537/555 of query aligns to 2:522/637 of A0A0H2VBH0

query
sites
A0A0H2VBH0
F
 
I
V
 
V
Y
 
F
S
 
S
M
 
S
L
 
L
R
 
Q
V
 
I
G
 
R
K
 
R
V
 
G
V
 
V
P
 
-
P
 
-
K
 
-
K
 
R
Q
 
V
I
 
L
L
 
L
K
 
D
D
 
N
I
 
A
S
 
T
L
 
A
S
 
T
F
 
I
F
 
N
P
 
P
G
 
G
A
 
Q
K
 
K
I
 
V
G
 
G
V
 
L
L
 
V
G
 
G
L
 
K
N
 
N
G
 
G
S
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
A
I
 
L
M
 
L
A
 
K
G
 
N
I
 
-
D
 
E
T
 
I
E
 
S
I
 
A
E
 
D
G
 
G
E
 
G
A
 
S
R
 
Y
P
 
T
M
 
F
P
 
P
G
 
G
-
 
S
L
 
W
K
 
Q
I
 
L
G
 
A
Y
 
W
L
 
V
P
 
N
Q
 
Q
E
 
E
P
 
T
K
 
P
L
 
A
D
 
L
P
 
P
N
 
-
Q
 
-
T
 
-
V
 
-
R
 
-
E
 
Q
A
 
A
I
 
A
E
 
L
E
 
E
A
 
Y
V
 
V
S
 
I
E
 
D
A
 
G
K
 
D
N
 
R
A
 
E
L
 
Y
K
 
R
R
 
Q
L
 
L
D
 
-
E
 
E
V
 
A
Y
 
Q
A
 
L
A
 
H
Y
 
D
A
 
A
E
 
N
P
 
E
D
 
R
A
 
N
D
 
D
F
 
G
D
 
H
A
 
A
L
 
I
A
 
A
K
 
T
E
 
I
Q
 
H
G
 
G
E
 
K
L
 
L
E
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
-
Q
 
-
A
 
-
Q
 
-
D
 
D
A
 
A
H
 
W
N
 
S
L
 
-
D
 
-
N
 
-
I
 
I
L
 
R
E
 
S
R
 
R
A
 
A
A
 
A
N
 
S
A
 
L
L
 
L
R
 
H
-
 
G
L
 
L
P
 
G
D
 
F
W
 
S
D
 
N
E
 
E
K
 
Q
I
 
L
E
 
E
V
 
R
-
 
P
-
 
V
-
 
S
-
 
D
L
 
F
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
W
R
 
R
R
 
M
R
 
R
V
 
L
A
 
N
I
 
L
C
 
A
R
 
Q
L
 
A
L
 
L
L
 
I
E
 
C
K
 
R
P
 
S
E
 
D
M
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
N
 
N
H
 
H
L
 
L
D
 
D
A
 
L
E
 
D
S
 
A
V
 
V
A
 
I
W
 
W
L
 
L
E
 
E
H
 
K
F
 
W
L
 
L
Q
 
K
E
 
S
Y
 
Y
A
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
L
V
 
I
A
 
L
I
 
I
T
 
S
H
 
H
D
 
D
R
 
R
Y
 
D
F
 
F
L
 
L
D
 
D
N
 
P
A
 
I
A
 
V
G
 
D
W
 
K
I
 
I
L
 
I
E
 
H
L
 
I
D
 
E
R
 
Q
G
 
Q
E
 
S
G
 
M
I
 
F
P
 
E
W
 
Y
E
 
T
G
 
G
N
 
N
Y
 
Y
S
 
S
S
 
S
W
 
F
L
 
E
E
 
V
Q
 
Q
K
 
R
D
 
A
A
 
T
R
 
R
L
 
L
K
 
A
Q
 
Q
E
 
Q
S
 
Q
A
 
A
A
 
M
E
 
Y
S
 
E
A
 
S
R
 
Q
Q
 
Q
K
 
E
T
 
R
I
 
V
A
 
A
K
 
H
E
 
L
L
 
Q
E
 
S
W
 
Y
V
 
I
-
 
D
-
 
R
-
 
F
-
 
R
R
 
A
Q
 
K
G
 
A
A
 
T
K
 
K
G
 
A
R
 
K
Q
 
Q
S
 
A
K
 
Q
G
 
S
K
 
R
A
 
I
R
 
K
M
 
M
A
 
L
R
 
E
F
 
R
E
 
M
E
 
E
L
 
L
N
 
I
T
 
A
N
 
P
D
 
A
Y
 
H
Q
 
V
K
 
D
R
 
-
N
 
N
E
 
P
T
 
F
N
 
R
E
 
F
L
 
S
F
 
F
I
 
R
P
 
A
P
 
P
G
 
-
P
 
E
R
 
S
L
 
L
G
 
P
D
 
N
K
 
P
V
 
L
I
 
L
E
 
K
V
 
M
N
 
E
N
 
K
L
 
V
T
 
S
K
 
A
S
 
G
Y
 
Y
G
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
I
L
 
I
I
 
L
D
 
D
N
 
S
L
 
I
S
 
K
F
 
L
S
 
N
V
 
L
P
 
V
K
 
P
G
 
G
A
 
S
I
 
R
V
 
I
G
 
G
I
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
R
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
F
 
I
R
 
K
M
 
L
L
 
L
S
 
A
G
 
G
S
 
E
E
 
L
Q
 
A
P
 
P
D
 
V
S
 
S
G
 
G
S
 
E
I
 
I
E
 
G
L
 
L
G
 
A
E
 
K
T
 
G
V
 
I
Q
 
K
L
 
L
A
 
G
S
 
Y
V
 
F
E
 
A
Q
 
Q
F
 
-
R
 
-
D
 
-
S
 
-
M
 
-
N
 
H
D
 
Q
K
 
L
N
 
E
T
 
Y
I
 
L
W
 
R
Q
 
A
E
 
D
I
 
E
S
 
S
G
 
P
G
 
L
Q
 
Q
D
 
H
I
 
L
M
 
A
R
 
R
I
 
L
N
 
A
N
 
P
M
 
Q
E
 
E
I
 
L
P
 
E
S
 
Q
-
 
K
-
 
L
R
 
R
A
 
D
Y
 
Y
V
 
L
G
 
G
R
 
G
F
 
F
N
 
G
F
 
F
R
 
Q
G
 
G
G
 
D
D
 
K
Q
 
V
Q
 
T
K
 
E
I
 
E
I
 
T
G
 
R
T
 
R
L
 
F
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
K
N
 
A
R
 
R
V
 
L
H
 
V
L
 
L
A
 
A
K
 
L
L
 
I
L
 
V
Q
 
W
A
 
Q
G
 
R
G
 
P
N
 
N
V
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
N
 
N
D
 
H
L
 
L
D
 
D
V
 
L
E
 
D
T
 
M
L
 
R
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
E
 
T
E
 
E
A
 
A
I
 
L
L
 
I
E
 
E
F
 
F
P
 
E
G
 
G
C
 
A
A
 
L
M
 
V
V
 
V
I
 
V
S
 
S
H
 
H
D
 
D
R
 
R
W
 
H
F
 
L
L
 
L
D
 
-
R
 
R
I
 
S
A
 
T
T
 
T
H
 
D
I
 
D
L
 
L
D
 
Y
Y
 
L
R
 
V
D
 
H
E
 
D
G
 
R
Q
 
K
V
 
V
N
 
E
F
 
P
Y
 
F
E
 
D
G
 
G
N
 
D
Y
 
L
T
 
E
E
 
D
Y
 
Y
S
 
Q
A
 
Q
W
 
W
L
 
L
K
 
S
N
 
D
T
 
V

P63389 Probable ATP-binding protein YheS from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
32% identity, 96% coverage: 4:537/555 of query aligns to 2:522/637 of P63389

query
sites
P63389
F
 
I
V
 
V
Y
 
F
S
 
S
M
 
S
L
 
L
R
 
Q
V
 
I
G
 
R
K
 
R
V
 
G
V
 
V
P
 
-
P
 
-
K
 
-
K
 
R
Q
 
V
I
 
L
L
 
L
K
 
D
D
 
N
I
 
A
S
 
T
L
 
A
S
 
T
F
 
I
F
 
N
P
 
P
G
 
G
A
 
Q
K
 
K
I
 
V
G
 
G
V
 
L
L
 
V
G
 
G
L
 
K
N
 
N
G
 
G
S
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
A
I
 
L
M
 
L
A
 
K
G
 
N
I
 
-
D
 
E
T
 
I
E
 
S
I
 
A
E
 
D
G
 
G
E
 
G
A
 
S
R
 
Y
P
 
T
M
 
F
P
 
P
G
 
G
-
 
S
L
 
W
K
 
Q
I
 
L
G
 
A
Y
 
W
L
 
V
P
 
N
Q
 
Q
E
 
E
P
 
T
K
 
P
L
 
A
D
 
L
P
 
P
N
 
-
Q
 
-
T
 
-
V
 
-
R
 
-
E
 
Q
A
 
A
I
 
A
E
 
L
E
 
E
A
 
Y
V
 
V
S
 
I
E
 
D
A
 
G
K
 
D
N
 
R
A
 
E
L
 
Y
K
 
R
R
 
Q
L
 
L
D
 
-
E
 
E
V
 
A
Y
 
Q
A
 
L
A
 
H
Y
 
D
A
 
A
E
 
N
P
 
E
D
 
R
A
 
N
D
 
D
F
 
G
D
 
H
A
 
A
L
 
I
A
 
A
K
 
T
E
 
I
Q
 
H
G
 
G
E
 
K
L
 
L
E
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
-
Q
 
-
A
 
-
Q
 
-
D
 
D
A
 
A
H
 
W
N
 
S
L
 
-
D
 
-
N
 
-
I
 
I
L
 
R
E
 
S
R
 
R
A
 
A
A
 
A
N
 
S
A
 
L
L
 
L
R
 
H
-
 
G
L
 
L
P
 
G
D
 
F
W
 
S
D
 
N
E
 
E
K
 
Q
I
 
L
E
 
E
V
 
R
-
 
P
-
 
V
-
 
S
-
 
D
L
 
F
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
W
R
 
R
R
 
M
R
 
R
V
 
L
A
 
N
I
 
L
C
 
A
R
 
Q
L
 
A
L
 
L
L
 
I
E
 
C
K
 
R
P
 
S
E
 
D
M
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
N
 
N
H
 
H
L
 
L
D
 
D
A
 
L
E
 
D
S
 
A
V
 
V
A
 
I
W
 
W
L
 
L
E
 
E
H
 
K
F
 
W
L
 
L
Q
 
K
E
 
S
Y
 
Y
A
 
Q
G
 
G
T
 
T
V
 
L
V
 
I
A
 
L
I
 
I
T
 
S
H
 
H
D
 
D
R
 
R
Y
 
D
F
 
F
L
 
L
D
 
D
N
 
P
A
 
I
A
 
V
G
 
D
W
 
K
I
 
I
L
 
I
E
 
H
L
 
I
D
 
E
R
 
Q
G
 
Q
E
 
S
G
 
M
I
 
F
P
 
E
W
 
Y
E
 
T
G
 
G
N
 
N
Y
 
Y
S
 
S
S
 
S
W
 
F
L
 
E
E
 
V
Q
 
Q
K
 
R
D
 
A
A
 
T
R
 
R
L
 
L
K
 
A
Q
 
Q
E
 
Q
S
 
Q
A
 
A
A
 
M
E
 
Y
S
 
E
A
 
S
R
 
Q
Q
 
Q
K
 
E
T
 
R
I
 
V
A
 
A
K
 
H
E
 
L
L
 
Q
E
 
S
W
 
Y
V
 
I
-
 
D
-
 
R
-
 
F
-
 
R
R
 
A
Q
 
K
G
 
A
A
 
T
K
 
K
G
 
A
R
 
K
Q
 
Q
S
 
A
K
 
Q
G
 
S
K
 
R
A
 
I
R
 
K
M
 
M
A
 
L
R
 
E
F
 
R
E
 
M
E
 
E
L
 
L
N
 
I
T
 
A
N
 
P
D
 
A
Y
 
H
Q
 
V
K
 
D
R
 
-
N
 
N
E
 
P
T
 
F
N
 
R
E
 
F
L
 
S
F
 
F
I
 
R
P
 
A
P
 
P
G
 
-
P
 
E
R
 
S
L
 
L
G
 
P
D
 
N
K
 
P
V
 
L
I
 
L
E
 
K
V
 
M
N
 
E
N
 
K
L
 
V
T
 
S
K
 
A
S
 
G
Y
 
Y
G
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
I
L
 
I
I
 
L
D
 
D
N
 
S
L
 
I
S
 
K
F
 
L
S
 
N
V
 
L
P
 
V
K
 
P
G
 
G
A
 
S
I
 
R
V
 
I
G
 
G
I
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
R
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
F
 
I
R
 
K
M
 
L
L
 
L
S
 
A
G
 
G
S
 
E
E
 
L
Q
 
A
P
 
P
D
 
V
S
 
S
G
 
G
S
 
E
I
 
I
E
 
G
L
 
L
G
 
A
E
 
K
T
 
G
V
 
I
Q
 
K
L
 
L
A
 
G
S
 
Y
V
 
F
E
 
A
Q
 
Q
F
 
-
R
 
-
D
 
-
S
 
-
M
 
-
N
 
H
D
 
Q
K
 
L
N
 
E
T
 
Y
I
 
L
W
 
R
Q
 
A
E
 
D
I
 
E
S
 
S
G
 
P
G
 
I
Q
 
Q
D
 
H
I
 
L
M
 
A
R
 
R
I
 
L
N
 
A
N
 
P
M
 
Q
E
 
E
I
 
L
P
 
E
S
 
Q
-
 
K
-
 
L
R
 
R
A
 
D
Y
 
Y
V
 
L
G
 
G
R
 
G
F
 
F
N
 
G
F
 
F
R
 
Q
G
 
G
G
 
D
D
 
K
Q
 
V
Q
 
T
K
 
E
I
 
E
I
 
T
G
 
R
T
 
R
L
 
F
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
K
N
 
A
R
 
R
V
 
L
H
 
V
L
 
L
A
 
A
K
 
L
L
 
I
L
 
V
Q
 
W
A
 
Q
G
 
R
G
 
P
N
 
N
V
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
N
 
N
D
 
H
L
 
L
D
 
D
V
 
L
E
 
D
T
 
M
L
 
R
R
 
Q
A
 
A
L
 
L
E
 
T
E
 
E
A
 
A
I
 
L
L
 
I
E
 
E
F
 
F
P
 
E
G
 
G
C
 
A
A
 
L
M
 
V
V
 
V
I
 
V
S
 
S
H
 
H
D
 
D
R
 
R
W
 
H
F
 
L
L
 
L
D
 
-
R
 
R
I
 
S
A
 
T
T
 
T
H
 
D
I
 
D
L
 
L
D
 
Y
Y
 
L
R
 
V
D
 
H
E
 
D
G
 
R
Q
 
K
V
 
V
N
 
E
F
 
P
Y
 
F
E
 
D
G
 
G
N
 
D
Y
 
L
T
 
E
E
 
D
Y
 
Y
S
 
Q
A
 
Q
W
 
W
L
 
L
K
 
S
N
 
D
T
 
V

8buu9 50S ribosomal protein L13 (see paper)
29% identity, 92% coverage: 19:530/555 of query aligns to 19:516/573 of 8buu9

query
sites
8buu9
K
 
R
Q
 
K
I
 
V
L
 
L
K
 
Q
D
 
N
I
 
L
S
 
H
L
 
F
S
x
E
F
 
I
F
x
K
P
 
N
G
 
G
A
 
D
K
 
R
I
 
I
G
 
G
V
 
L
L
 
V
G
 
G
L
 
Y
N
|
N
G
|
G
S
 
T
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
L
L
 
A
R
 
N