SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 209218 MicrobesOnline__882:209218 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2q7vA Crystal structure of deinococcus radiodurans thioredoxin reductase (see paper)
45% identity, 50% coverage: 272:562/579 of query aligns to 7:304/313 of 2q7vA

query
sites
2q7vA
E
 
D
T
 
Y
D
 
D
L
 
V
L
 
V
V
 
I
L
 
I
G
 
G
A
 
G
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
L
 
L
S
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
I
Y
 
Y
A
 
T
E
 
G
R
 
R
S
 
A
G
 
Q
L
 
L
A
 
S
T
 
T
V
 
L
V
 
I
L
 
L
D
x
E
K
|
K
G
 
G
I
 
M
V
x
P
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
V
x
I
T
 
A
V
 
W
T
 
S
P
 
E
V
x
E
V
 
V
E
 
E
N
|
N
Y
 
F
P
 
P
G
 
G
F
 
F
A
 
P
D
 
E
-
 
P
I
 
I
A
 
A
G
 
G
I
 
M
K
 
E
L
 
L
V
 
A
E
 
Q
V
 
R
L
 
M
S
 
H
S
 
Q
H
 
Q
A
 
A
R
 
E
Q
 
K
Y
 
F
A
 
G
T
 
A
-
 
K
-
 
V
-
 
E
I
 
M
R
 
D
E
|
E
N
x
V
E
 
Q
G
 
G
V
 
V
-
 
Q
-
 
H
D
 
D
D
 
A
I
 
T
K
 
S
L
 
H
G
 
P
R
 
Y
R
 
P
I
 
F
E
 
T
V
 
V
H
 
R
T
 
G
P
 
Y
R
 
N
N
 
G
V
 
E
F
 
Y
L
 
R
A
 
A
R
 
K
A
 
A
V
 
V
L
 
I
F
 
L
A
 
A
T
|
T
G
|
G
A
 
A
Q
 
D
W
 
P
R
 
R
K
 
K
L
 
L
D
 
G
V
 
I
P
 
P
G
 
G
E
 
E
D
 
D
R
 
N
F
 
F
Y
 
W
G
 
G
K
 
K
G
 
G
V
 
V
S
 
S
Y
 
T
C
|
C
A
 
A
S
 
T
C
|
C
D
|
D
G
 
G
F
 
F
V
 
F
Y
 
Y
R
 
K
G
 
G
R
 
K
K
 
K
V
 
V
A
 
V
V
 
V
V
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
N
 
D
T
 
A
A
 
A
L
 
V
T
 
E
D
 
E
A
 
G
L
 
M
H
 
F
L
 
L
R
 
T
N
 
K
L
 
F
G
 
A
V
 
D
E
 
E
V
 
V
T
 
T
V
 
V
I
 
I
H
 
H
R
 
R
R
 
R
D
 
D
T
 
T
F
 
L
R
 
R
A
 
A
E
 
N
K
 
K
A
 
V
L
 
A
Q
 
Q
-
 
A
D
 
R
S
 
A
L
 
F
T
 
A
R
 
N
E
 
P
G
 
K
I
 
M
P
 
K
V
 
F
I
 
I
W
 
W
N
 
D
A
 
T
V
 
A
V
 
V
E
 
E
E
 
E
V
 
I
M
 
Q
G
 
G
D
 
A
T
 
D
E
 
S
V
 
V
R
 
S
G
 
G
V
 
V
R
 
K
L
 
L
R
 
R
D
 
N
T
 
L
K
 
K
T
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
V
R
 
S
D
 
E
V
 
L
P
 
A
F
 
T
D
 
D
G
 
G
V
 
V
F
 
F
V
 
I
A
 
F
I
 
I
G
 
G
H
 
H
V
 
V
P
 
P
N
 
N
S
 
T
E
 
A
Q
 
F
A
 
V
A
 
K
D
 
D
L
 
T
G
 
-
V
 
V
D
 
S
L
 
L
E
 
R
P
 
D
D
 
D
G
 
G
S
 
Y
I
 
V
K
 
D
V
 
V
D
 
R
R
 
D
H
 
E
M
 
I
R
 
Y
T
 
T
N
 
N
I
 
I
P
 
P
R
 
M
V
 
L
Y
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
V
I
 
S
G
 
D
G
 
Y
V
 
I
-
 
Y
R
 
R
Q
|
Q
I
x
L
V
 
A
T
 
T
A
x
S
V
 
V
G
 
G
S
 
A
G
 
G
A
 
T
T
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
M

7aawA Thioredoxin reductase from bacillus cereus (see paper)
41% identity, 50% coverage: 274:564/579 of query aligns to 8:301/315 of 7aawA

query
sites
7aawA
D
 
D
L
 
V
L
 
V
V
 
I
L
 
I
G
|
G
A
 
A
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
L
 
M
S
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
V
Y
 
Y
A
 
T
E
 
S
R
|
R
S
 
A
G
 
N
L
 
L
A
 
S
T
 
T
V
 
L
V
 
M
L
 
L
D
x
E
K
x
R
G
 
G
I
 
I
V
 
P
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
V
 
M
T
 
A
V
 
N
T
|
T
P
 
E
V
x
D
V
 
V
E
 
E
N
|
N
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
F
 
Y
A
 
E
D
 
S
I
 
I
A
 
L
G
 
G
I
 
P
K
 
D
L
 
L
V
 
S
E
 
N
V
 
K
L
 
M
S
 
F
S
 
E
H
 
H
A
 
A
R
 
K
Q
x
K
Y
x
F
A
 
G
T
 
A
I
 
E
R
 
Y
E
 
A
N
 
Y
E
x
G
G
 
D
V
|
V
D
 
K
D
 
E
I
 
V
K
 
I
L
 
D
G
 
G
R
 
K
R
 
E
I
 
Y
E
 
K
-
 
T
V
 
I
H
 
I
T
 
A
P
 
G
R
 
K
N
 
K
V
 
E
F
 
Y
L
 
K
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
I
L
 
I
F
 
V
A
|
A
T
x
S
G
|
G
A
 
A
Q
 
E
W
 
Y
R
 
K
K
 
K
L
 
I
D
 
G
V
 
V
P
|
P
G
|
G
E
 
E
D
 
T
R
x
E
F
 
L
Y
 
G
G
|
G
K
 
R
G
|
G
V
|
V
S
 
S
Y
 
Y
C
 
C
A
 
A
S
 
V
C
|
C
D
 
D
G
 
G
F
 
A
V
 
F
Y
x
F
R
 
K
G
 
G
R
 
K
K
 
E
V
 
L
A
 
I
V
 
V
V
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
N
 
D
T
 
S
A
 
A
L
 
V
T
 
E
D
 
E
A
 
G
L
 
V
H
 
F
L
 
L
R
 
T
N
 
R
L
 
F
G
 
A
V
 
S
E
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
I
I
 
V
H
 
H
R
 
R
R
 
R
D
 
D
T
 
T
F
 
L
R
 
R
A
 
A
E
 
Q
K
 
K
A
 
I
L
 
L
Q
 
Q
D
 
D
-
 
R
S
 
A
L
 
F
T
 
Q
R
 
N
E
 
E
G
 
K
I
 
V
P
 
D
V
 
F
I
 
I
W
 
W
N
 
N
A
 
H
V
 
T
V
 
I
E
 
K
E
|
E
V
 
I
M
x
N
-
 
E
G
 
A
D
 
S
T
 
G
E
 
K
V
 
V
R
 
G
G
 
S
V
 
V
R
 
T
L
 
L
R
 
V
D
 
D
T
 
V
K
 
N
T
 
S
G
 
G
E
 
E
T
 
E
R
 
K
D
 
E
V
 
V
P
 
K
F
 
T
D
 
D
G
 
G
V
 
V
F
 
F
V
 
V
A
 
Y
I
 
I
G
 
G
H
 
M
V
 
L
P
 
P
N
 
L
S
 
S
E
 
K
Q
 
P
A
 
F
A
 
V
D
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
I
D
 
T
L
 
N
E
 
E
P
 
-
D
 
N
G
 
G
S
 
Y
I
 
L
K
 
E
V
 
T
D
 
N
R
 
E
H
 
R
M
 
M
R
 
E
T
 
T
N
 
K
I
 
I
P
 
P
R
 
G
V
 
I
Y
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
V
I
 
R
G
 
E
G
 
K
-
 
M
V
 
L
R
 
R
Q
|
Q
I
|
I
V
 
V
T
 
T
A
 
A
V
 
T
G
 
G
S
 
D
G
 
G
A
 
S
T
 
I
A
 
A
A
 
A
L
 
Q
S
 
S
A
 
A

7aawB Thioredoxin reductase from bacillus cereus (see paper)
41% identity, 50% coverage: 274:564/579 of query aligns to 5:298/311 of 7aawB

query
sites
7aawB
D
 
D
L
 
V
L
 
V
V
 
I
L
 
I
G
|
G
A
 
A
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
L
 
M
S
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
V
Y
 
Y
A
 
T
E
 
S
R
 
R
S
 
A
G
 
N
L
 
L
A
 
S
T
 
T
V
 
L
V
 
M
L
 
L
D
x
E
K
x
R
G
 
G
I
 
I
V
 
P
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
V
 
M
T
 
A
V
 
N
T
|
T
P
 
E
V
x
D
V
 
V
E
|
E
N
|
N
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
F
 
Y
A
 
E
D
 
S
I
 
I
A
 
L
G
 
G
I
 
P
K
 
D
L
 
L
V
 
S
E
 
N
V
 
K
L
 
M
S
 
F
S
 
E
H
 
H
A
 
A
R
 
K
Q
 
K
Y
 
F
A
 
G
T
 
A
I
 
E
R
 
Y
E
 
A
N
 
Y
E
x
G
G
x
D
V
|
V
D
 
K
D
 
E
I
 
V
K
 
I
L
 
D
G
 
G
R
 
K
R
 
E
I
 
Y
E
 
K
-
 
T
V
 
I
H
 
I
T
 
A
P
 
G
R
 
K
N
 
K
V
 
E
F
 
Y
L
 
K
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
I
L
 
I
F
 
V
A
 
A
T
x
S
G
|
G
A
 
A
Q
 
E
W
x
Y
R
 
K
K
 
K
L
 
I
D
 
G
V
 
V
P
 
P
G
 
G
E
 
E
D
 
T
R
 
E
F
 
L
Y
 
G
G
|
G
K
 
R
G
|
G
V
 
V
S
 
S
Y
 
Y
C
 
C
A
 
A
S
 
V
C
|
C
D
|
D
G
 
G
F
x
A
V
x
F
Y
x
F
R
 
K
G
 
G
R
 
K
K
 
E
V
 
L
A
 
I
V
 
V
V
 
I
G
 
G
G
|
G
G
|
G
N
x
D
T
x
S
A
 
A
L
 
V
T
x
E
D
 
E
A
 
G
L
 
V
H
 
F
L
 
L
R
 
T
N
 
R
L
 
F
G
 
A
V
 
S
E
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
I
I
 
V
H
|
H
R
|
R
R
|
R
D
 
D
T
 
T
F
 
L
R
|
R
A
 
A
E
 
Q
K
 
K
A
 
I
L
 
L
Q
 
Q
D
 
D
-
 
R
S
 
A
L
 
F
T
 
Q
R
 
N
E
 
E
G
 
K
I
 
V
P
 
D
V
 
F
I
 
I
W
 
W
N
 
N
A
 
H
V
 
T
V
 
I
E
 
K
E
 
E
V
 
I
M
 
N
-
 
E
G
 
A
D
 
S
T
 
G
E
 
K
V
 
V
R
 
G
G
 
S
V
 
V
R
 
T
L
 
L
R
 
V
D
 
D
T
 
V
K
 
N
T
 
S
G
 
G
E
 
E
T
 
E
R
 
K
D
 
E
V
 
V
P
 
K
F
 
T
D
 
D
G
 
G
V
 
V
F
 
F
V
 
V
A
 
Y
I
|
I
G
 
G
H
 
M
V
 
L
P
 
P
N
 
L
S
 
S
E
 
K
Q
 
P
A
 
F
A
 
V
D
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
I
D
 
T
L
 
N
E
 
E
P
 
-
D
 
N
G
 
G
S
 
Y
I
 
L
K
 
E
V
 
T
D
 
N
R
 
E
H
 
R
M
 
M
R
 
E
T
 
T
N
 
K
I
 
I
P
 
P
R
 
G
V
 
I
Y
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
V
I
 
R
G
 
E
G
 
K
V
 
M
-
 
L
R
 
R
Q
|
Q
I
|
I
V
 
V
T
 
T
A
 
A
V
 
T
G
 
G
S
 
D
G
 
G
A
 
S
T
 
I
A
 
A
A
 
A
L
 
Q
S
 
S
A
 
A

5mh4A Crystal structure of lactococcus lactis thioredoxin reductase (fr conformation) (see paper)
40% identity, 51% coverage: 274:566/579 of query aligns to 3:298/303 of 5mh4A

query
sites
5mh4A
D
 
D
L
 
V
L
 
V
V
 
I
L
 
I
G
 
G
A
 
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
L
 
M
S
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
M
Y
 
Y
A
 
T
E
 
A
R
 
R
S
 
S
G
 
E
L
 
M
A
 
K
T
 
T
V
 
L
V
 
L
L
 
L
D
x
E
K
x
R
G
 
G
I
x
V
V
x
P
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
V
x
M
T
 
N
V
 
N
T
|
T
P
 
A
V
x
E
V
 
I
E
 
E
N
|
N
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
F
 
Y
A
 
E
D
 
T
I
 
I
A
 
M
G
 
G
-
 
P
-
 
E
-
 
L
-
 
S
I
 
M
K
 
K
L
 
M
V
 
A
E
 
E
V
 
P
L
 
L
S
 
E
-
 
G
-
 
L
-
 
G
-
 
V
S
 
E
H
 
N
A
 
A
R
 
Y
Q
x
G
Y
 
F
A
x
V
T
 
T
I
 
G
R
 
I
E
 
E
N
 
D
E
 
H
G
 
G
V
 
-
D
 
-
D
 
D
I
 
Y
K
 
K
L
 
-
G
 
-
R
 
-
R
 
-
I
 
-
E
 
K
V
 
I
H
 
I
T
 
T
P
 
E
R
 
D
N
 
D
V
 
E
F
 
F
L
 
I
A
 
T
R
 
K
A
 
S
V
 
I
L
 
I
F
 
I
A
 
A
T
|
T
G
|
G
A
 
A
Q
 
N
W
 
H
R
 
R
K
 
K
L
 
L
D
 
E
V
 
I
P
 
P
G
 
G
E
 
E
D
 
E
R
 
E
F
 
Y
Y
 
G
G
 
A
K
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
Y
 
Y
C
|
C
A
 
A
S
 
V
C
|
C
D
|
D
G
 
G
F
 
A
V
 
F
Y
 
F
R
 
R
G
 
N
R
 
Q
K
 
E
V
 
I
A
 
L
V
 
V
V
x
I
G
|
G
G
|
G
G
|
G
N
x
D
T
x
S
A
 
A
L
 
V
T
x
E
D
x
E
A
 
A
L
 
L
H
 
Y
L
 
L
R
 
T
N
 
R
L
 
F
G
 
G
V
 
Q
E
 
S
V
 
V
T
 
T
V
 
I
I
 
M
H
|
H
R
|
R
R
|
R
D
 
D
T
 
K
F
 
L
R
|
R
A
 
A
E
 
Q
K
 
E
A
 
I
L
 
I
Q
 
Q
D
 
Q
-
 
R
S
 
A
L
 
F
T
 
K
R
 
E
E
 
E
G
 
K
I
 
I
P
 
N
V
 
F
I
 
I
W
 
W
N
 
D
A
 
S
V
 
V
V
 
P
E
 
M
E
 
E
V
 
I
M
 
K
G
 
G
-
 
D
D
 
D
T
 
K
E
 
K
V
 
I
R
 
Q
G
 
S
V
 
V
R
 
V
L
 
Y
R
 
K
D
 
N
T
 
V
K
 
K
T
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
V
R
 
T
D
 
E
V
 
K
P
 
A
F
 
F
D
 
G
G
 
G
V
 
I
F
 
F
V
 
I
A
 
Y
I
x
V
G
|
G
H
 
L
V
 
D
P
 
P
N
x
V
S
 
A
E
 
E
Q
x
F
A
 
V
A
 
S
D
 
D
L
 
L
G
 
G
V
 
I
D
 
T
L
 
D
E
 
E
P
 
A
D
 
-
G
 
G
S
 
W
I
 
I
K
 
I
V
 
T
D
 
D
R
 
D
H
 
H
M
 
M
R
 
R
T
 
T
N
 
N
I
 
I
P
 
P
R
 
G
V
 
I
Y
 
F
A
 
A
A
 
V
G
|
G
D
|
D
V
 
V
-
 
R
I
 
Q
G
 
K
G
 
D
V
 
F
R
|
R
Q
|
Q
I
|
I
V
 
T
T
 
T
A
 
A
V
 
V
G
 
G
S
 
D
G
 
G
A
 
A
T
 
Q
A
 
A
A
 
A
L
 
Q
S
 
E
A
 
A
F
 
Y
E
 
K

5uwyA The crystal structure of thioredoxin reductase from streptococcus pyogenes mgas5005
40% identity, 51% coverage: 274:569/579 of query aligns to 6:304/306 of 5uwyA

query
sites
5uwyA
D
 
D
L
 
T
L
 
L
V
 
I
L
 
I
G
 
G
A
 
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
L
 
M
S
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
L
Y
 
Y
A
 
A
E
 
A
R
 
R
S
 
S
G
 
N
L
 
L
A
 
S
T
 
V
V
 
A
V
 
I
L
 
I
D
x
E
K
x
Q
G
 
G
I
 
A
V
 
P
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
V
 
M
T
 
N
V
 
N
T
|
T
P
 
F
V
 
D
V
 
I
E
 
E
N
|
N
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
F
 
Y
A
 
D
D
 
H
I
 
I
A
 
S
G
 
G
-
 
P
-
 
E
-
 
L
-
 
A
I
 
M
K
 
K
L
 
M
V
 
Y
E
 
E
V
 
P
L
 
L
S
 
E
S
 
K
H
 
F
A
 
N
R
 
V
Q
 
E
-
 
N
-
 
I
Y
 
Y
A
 
G
T
 
I
I
x
V
R
 
Q
E
 
K
N
 
I
E
 
E
G
 
N
V
 
F
D
 
G
D
 
D
I
 
Y
K
 
K
L
 
C
G
 
-
R
 
-
R
 
-
I
 
-
E
 
-
V
 
V
H
 
L
T
 
T
P
 
E
R
 
D
N
 
A
V
 
S
F
 
Y
L
 
E
A
 
A
R
 
K
A
 
T
V
 
V
L
 
I
F
 
I
A
 
A
T
|
T
G
|
G
A
 
A
Q
 
K
W
x
Y
R
 
R
K
 
V
L
 
L
D
 
G
V
 
V
P
 
P
G
 
G
E
 
E
D
 
E
R
 
Y
F
 
Y
Y
 
T
G
 
S
K
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
Y
 
Y
C
 
C
A
 
A
S
 
V
C
|
C
D
 
D
G
 
G
F
 
A
V
 
F
Y
 
F
R
 
R
G
 
D
R
 
Q
K
 
D
V
 
L
A
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
N
 
D
T
 
S
A
 
A
L
 
V
T
 
E
D
 
E
A
 
A
L
 
I
H
 
Y
L
 
L
R
 
T
N
 
Q
L
 
F
G
 
A
V
 
K
E
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
V
I
 
V
H
 
H
R
 
R
R
 
R
D
 
D
T
 
Q
F
 
L
R
 
R
A
 
A
E
 
Q
K
 
K
A
 
I
L
 
L
Q
 
Q
D
 
D
-
 
R
S
 
A
L
 
F
T
 
A
R
 
N
E
 
D
G
 
K
I
 
V
P
 
D
V
 
F
I
 
I
W
 
W
N
 
D
A
 
S
V
 
V
V
 
V
E
 
K
E
 
E
V
 
I
M
 
Q
G
 
G
-
 
N
D
 
D
T
 
I
E
 
K
V
 
V
R
 
S
G
 
N
V
 
V
R
 
L
L
 
I
R
 
E
D
 
N
T
 
V
K
 
K
T
 
T
G
 
G
E
 
Q
T
 
V
R
 
T
D
 
D
V
 
H
P
 
A
F
 
F
D
 
G
G
 
G
V
 
V
F
 
F
V
 
I
A
 
Y
I
 
V
G
 
G
H
 
M
V
 
N
P
 
P
N
x
V
S
 
T
E
 
G
Q
 
M
A
 
V
A
 
K
D
 
D
L
 
L
G
 
E
V
 
I
D
 
-
L
 
T
E
 
D
P
 
S
D
 
E
G
 
G
S
 
W
I
 
I
K
 
I
V
 
T
D
 
D
R
 
D
H
 
H
M
 
M
R
 
R
T
 
T
N
 
S
I
 
I
P
 
P
R
 
G
V
 
I
Y
 
F
A
 
A
A
 
I
G
|
G
D
|
D
V
 
V
-
 
R
I
 
Q
G
 
K
G
 
D
V
 
L
R
 
R
Q
|
Q
I
|
I
V
 
T
T
 
T
A
 
A
V
 
V
G
 
G
S
 
D
G
 
G
A
 
A
T
 
I
A
 
A
A
 
G
L
 
Q
S
 
G
A
 
V
F
 
Y
E
 
H
D
 
Y
L
 
L
Q
 
E

3ctyB Crystal structure of t. Acidophilum thioredoxin reductase (see paper)
41% identity, 51% coverage: 274:567/579 of query aligns to 6:302/305 of 3ctyB

query
sites
3ctyB
D
 
D
L
 
V
L
 
V
V
 
I
L
x
V
G
|
G
A
 
A
G
 
G
P
 
A
A
|
A
G
 
G
L
 
F
S
 
S
A
 
A
A
 
A
I
 
V
Y
 
Y
A
 
A
E
 
A
R
 
R
S
 
S
G
 
G
L
 
F
A
 
S
T
 
V
V
 
A
V
 
I
L
 
L
D
|
D
K
|
K
G
 
A
I
 
V
V
x
A
G
 
G
G
|
G
Q
x
L
V
x
T
T
 
A
V
 
E
T
x
A
P
|
P
V
x
L
V
 
V
E
 
E
N
|
N
Y
 
Y
P
 
L
G
 
G
F
 
F
A
 
K
D
 
S
I
 
I
A
 
V
G
 
G
I
 
S
K
 
E
L
 
L
V
 
A
E
 
K
V
 
L
L
 
F
S
 
A
S
 
D
H
 
H
A
 
A
R
 
A
Q
 
N
Y
 
Y
A
 
A
T
 
K
I
 
I
R
 
R
E
 
E
N
 
G
E
 
V
G
 
E
V
|
V
D
 
R
D
 
S
I
 
I
K
 
K
L
 
K
G
 
T
R
 
Q
R
 
G
-
 
G
I
 
F
E
 
D
V
 
I
H
 
E
T
 
T
P
 
N
R
 
D
N
 
D
V
 
T
F
 
Y
L
 
H
A
 
A
R
 
K
A
 
Y
V
 
V
L
 
I
F
 
I
A
 
T
T
|
T
G
|
G
A
 
T
Q
 
T
W
 
H
R
 
K
K
 
H
L
 
L
D
 
G
V
 
V
P
 
K
G
 
G
E
 
E
D
 
S
R
 
E
F
 
Y
Y
 
F
G
 
G
K
 
K
G
 
G
V
 
T
S
 
S
Y
 
Y
C
|
C
A
 
S
S
 
T
C
|
C
D
|
D
G
 
G
F
 
Y
V
 
L
Y
 
F
R
 
K
G
 
G
R
 
K
K
 
R
V
 
V
A
 
V
V
 
T
V
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
N
 
N
T
x
S
A
 
G
L
 
A
T
 
I
D
 
A
A
 
A
L
 
I
H
 
S
L
 
M
R
 
S
N
 
E
L
 
Y
G
 
V
V
 
K
E
 
N
V
 
V
T
 
T
V
 
I
I
 
I
H
 
E
R
 
Y
R
 
M
D
 
P
T
 
K
F
 
Y
R
 
M
A
 
C
E
 
E
K
 
N
A
 
A
L
 
Y
Q
 
V
D
 
Q
S
 
E
L
 
I
T
 
K
R
 
K
E
 
R
G
 
N
I
 
I
P
 
P
V
 
Y
I
 
I
W
 
M
N
 
N
A
 
A
V
 
Q
V
 
V
E
 
T
E
 
E
V
 
I
M
 
V
G
 
G
D
 
D
-
 
G
T
 
K
E
 
K
V
 
V
R
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
K
L
 
Y
R
 
K
D
 
D
T
 
R
K
 
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
E
R
 
K
D
 
L
V
 
I
P
 
E
F
 
T
D
 
D
G
 
G
V
 
V
F
 
F
V
 
I
A
 
Y
I
 
V
G
 
G
H
 
L
V
 
I
P
 
P
N
x
Q
S
 
T
E
 
S
Q
 
F
A
 
L
A
 
K
D
 
D
L
 
S
G
 
G
V
 
V
D
 
K
L
 
L
E
 
D
P
 
E
D
 
R
G
 
G
S
 
Y
I
 
I
K
 
V
V
 
V
D
 
D
R
 
S
H
 
R
M
 
Q
R
 
R
T
 
T
N
 
S
I
 
V
P
 
P
R
 
G
V
 
V
Y
 
Y
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
V
I
 
T
-
 
S
G
 
G
G
 
N
V
 
F
R
x
A
Q
|
Q
I
|
I
V
 
A
T
 
S
A
 
A
V
 
V
G
 
G
S
 
D
G
 
G
A
 
C
T
 
K
A
 
A
A
 
A
L
 
L
S
 
S
A
 
L
F
 
Y
E
 
S
D
 
D

P9WHH1 Thioredoxin reductase; TR; TRXR; EC 1.8.1.9 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see 2 papers)
41% identity, 53% coverage: 274:579/579 of query aligns to 16:320/335 of P9WHH1

query
sites
P9WHH1
D
 
D
L
 
V
L
 
I
V
 
V
L
 
I
G
 
G
A
x
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
L
 
Y
S
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
L
Y
|
Y
A
 
A
E
 
A
R
 
R
S
 
A
G
 
Q
L
 
L
A
 
A
T
 
P
V
 
L
V
 
V
L
 
F
D
x
E
K
x
G
G
x
T
I
x
S
V
x
F
G
|
G
G
|
G
Q
x
A
V
 
L
T
 
M
V
 
T
T
 
T
P
 
T
V
 
D
V
 
V
E
 
E
N
|
N
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
F
 
F
A
 
R
D
 
N
-
 
G
I
 
I
A
 
T
G
 
G
I
 
P
K
 
E
L
 
L
V
 
M
E
 
D
V
 
E
L
 
M
S
 
R
S
 
E
H
 
Q
A
 
A
R
 
L
Q
 
R
Y
 
F
A
 
G
T
 
A
I
 
D
R
 
L
E
 
R
N
 
M
E
 
E
G
 
D
V
|
V
D
 
E
D
 
S
I
 
V
K
 
S
L
 
L
G
 
H
R
 
G
R
 
P
I
 
L
E
 
K
-
 
S
-
 
V
V
 
V
H
 
T
T
 
A
P
 
D
R
 
G
N
 
Q
V
 
T
F
 
H
L
 
R
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
V
L
 
I
F
 
L
A
 
A
T
 
M
G
 
G
A
 
A
Q
 
A
W
 
A
R
 
R
K
 
Y
L
 
L
D
 
Q
V
 
V
P
 
P
G
 
G
E
 
E
D
 
Q
R
 
E
F
 
L
Y
 
L
G
 
G
K
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
Y
 
S
C
|
C
A
 
A
S
 
T
C
|
C
D
 
D
G
 
G
F
 
F
V
 
F
Y
 
F
R
 
R
G
 
D
R
 
Q
K
 
D
V
 
I
A
 
A
V
 
V
V
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
N
 
D
T
x
S
A
 
A
L
 
M
T
 
E
D
 
E
A
 
A
L
 
T
H
 
F
L
 
L
R
 
T
N
 
R
L
 
F
G
 
A
V
 
R
E
 
S
V
 
V
T
 
T
V
 
L
I
 
V
H
|
H
R
 
R
R
 
R
D
 
D
T
 
E
F
 
F
R
|
R
A
 
A
E
 
S
K
 
K
A
 
I
L
 
M
Q
 
L
D
 
D
-
 
R
S
 
A
L
 
R
T
 
N
R
 
N
E
 
D
G
 
K
I
 
I
P
 
R
V
 
F
I
 
L
W
 
T
N
 
N
A
 
H
V
 
T
V
 
V
E
 
V
E
 
A
V
 
V
M
 
D
G
 
G
D
 
D
T
 
T
E
 
T
V
 
V
R
 
T
G
 
G
V
 
L
R
 
R
L
 
V
R
 
R
D
 
D
T
 
T
K
 
N
T
 
T
G
 
G
E
 
A
T
 
E
R
 
T
D
 
T
V
 
L
P
 
P
F
 
V
D
 
T
G
 
G
V
 
V
F
 
F
V
 
V
A
 
A
I
|
I
G
 
G
H
 
H
V
 
E
P
 
P
N
 
R
S
 
S
E
 
G
Q
 
L
A
 
V
A
 
R
D
 
E
L
 
-
G
 
A
V
 
I
D
 
D
L
 
V
E
 
D
P
 
P
D
 
D
G
 
G
S
x
Y
I
 
V
K
 
L
V
 
V
D
 
Q
-
 
G
R
 
R
H
 
T
M
 
T
R
 
S
T
 
T
N
 
S
I
 
L
P
 
P
R
 
G
V
 
V
Y
 
F
A
 
A
A
 
A
G
 
G
D
|
D
V
 
L
I
 
V
G
 
D
-
 
R
G
 
T
V
 
Y
R
|
R
Q
|
Q
I
x
A
V
|
V
T
 
T
A
 
A
V
 
A
G
 
G
S
 
S
G
 
G
A
 
C
T
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
I
S
 
D
A
 
A
F
 
-
E
 
-
D
 
-
L
 
-
Q
 
-
Q
 
-
P
 
E
R
 
R
W
 
W
K
 
L
K
 
A
D
 
E
K
 
H
S
 
A
A
 
A

2a87A Crystal structure of m. Tuberculosis thioredoxin reductase (see paper)
41% identity, 53% coverage: 274:579/579 of query aligns to 7:311/313 of 2a87A

query
sites
2a87A
D
 
D
L
 
V
L
 
I
V
 
V
L
 
I
G
|
G
A
x
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
L
 
Y
S
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
L
Y
 
Y
A
 
A
E
 
A
R
 
R
S
 
A
G
 
Q
L
 
L
A
 
A
T
 
P
V
 
L
V
 
V
L
x
F
D
x
E
K
x
G
G
 
T
I
 
S
V
x
F
G
|
G
G
|
G
Q
x
A
V
x
L
T
 
M
V
 
T
T
|
T
P
 
T
V
x
D
V
|
V
E
 
E
N
|
N
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
F
 
F
A
 
R
D
 
N
-
 
G
I
 
I
A
 
T
G
 
G
I
 
P
K
 
E
L
 
L
V
 
M
E
 
D
V
 
E
L
 
M
S
 
R
S
 
E
H
 
Q
A
 
A
R
 
L
Q
 
R
Y
 
F
A
 
G
T
 
A
I
 
D
R
 
L
E
 
R
N
 
M
E
 
E
G
x
D
V
|
V
D
 
E
D
 
S
I
 
V
K
 
S
L
 
L
G
 
H
R
 
G
R
 
P
I
 
L
E
 
K
-
 
S
-
 
V
V
 
V
H
 
T
T
 
A
P
 
D
R
 
G
N
 
Q
V
 
T
F
 
H
L
 
R
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
V
L
 
I
F
 
L
A
 
A
T
x
M
G
 
G
A
 
A
Q
 
A
W
 
A
R
 
R
K
 
Y
L
|
L
D
 
Q
V
 
V
P
 
P
G
 
G
E
 
E
D
 
Q
R
 
E
F
 
L
Y
 
L
G
 
G
K
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
Y
 
S
C
|
C
A
 
A
S
 
T
C
|
C
D
|
D
G
 
G
F
 
F
V
 
F
Y
 
F
R
 
R
G
 
D
R
 
Q
K
 
D
V
 
I
A
 
A
V
 
V
V
 
I
G
 
G
G
 
G
G
|
G
N
x
D
T
x
S
A
 
A
L
 
M
T
 
E
D
 
E
A
 
A
L
 
T
H
 
F
L
 
L
R
 
T
N
 
R
L
 
F
G
 
A
V
 
R
E
 
S
V
 
V
T
 
T
V
 
L
I
 
V
H
|
H
R
|
R
R
|
R
D
 
D
T
 
E
F
 
F
R
|
R
A
 
A
E
 
S
K
 
K
A
 
I
L
 
M
Q
 
L
D
 
D
-
 
R
S
 
A
L
 
R
T
 
N
R
 
N
E
 
D
G
 
K
I
 
I
P
 
R
V
 
F
I
 
L
W
 
T
N
 
N
A
 
H
V
 
T
V
 
V
E
 
V
E
 
A
V
 
V
M
 
D
G
 
G
D
 
D
T
 
T
E
 
T
V
 
V
R
 
T
G
 
G
V
 
L
R
 
R
L
 
V
R
 
R
D
 
D
T
 
T
K
 
N
T
 
T
G
 
G
E
 
A
T
 
E
R
 
T
D
 
T
V
 
L
P
 
P
F
 
V
D
 
T
G
 
G
V
 
V
F
 
F
V
 
V
A
 
A
I
|
I
G
 
G
H
 
H
V
 
E
P
 
P
N
 
R
S
 
S
E
 
G
Q
 
L
A
 
V
A
 
R
D
 
E
L
 
-
G
 
A
V
 
I
D
 
D
L
 
V
E
 
D
P
 
P
D
 
D
G
 
G
S
x
Y
I
 
V
K
 
L
V
 
V
D
 
Q
-
 
G
R
 
R
H
 
T
M
 
T
R
 
S
T
 
T
N
 
S
I
 
L
P
 
P
R
 
G
V
 
V
Y
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
L
I
 
V
G
 
D
-
x
R
G
 
T
V
 
Y
R
|
R
Q
|
Q
I
x
A
V
|
V
T
 
T
A
 
A
V
 
A
G
 
G
S
 
S
G
 
G
A
 
C
T
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
I
S
 
D
A
 
A
F
 
-
E
 
-
D
 
-
L
 
-
Q
 
-
Q
 
-
P
 
E
R
 
R
W
 
W
K
 
L
K
 
A
D
 
E
K
 
H
S
 
A
A
 
A

P0A9P4 Thioredoxin reductase; TRXR; EC 1.8.1.9 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
44% identity, 51% coverage: 272:564/579 of query aligns to 6:310/321 of P0A9P4

query
sites
P0A9P4
E
 
H
T
 
S
D
 
K
L
 
L
L
 
L
V
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
S
G
 
G
P
 
P
A
 
A
G
 
G
L
 
Y
S
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
V
Y
 
Y
A
 
A
E
 
A
R
 
R
S
 
A
G
 
N
L
 
L
A
 
Q
T
 
P
V
 
V
V
 
L
L
 
I
D
x
T
K
x
G
G
x
M
I
x
E
V
x
K
G
|
G
G
|
G
Q
|
Q
V
 
L
T
 
T
V
 
T
T
 
T
P
 
T
V
 
E
V
 
V
E
 
E
N
 
N
Y
 
W
P
 
P
G
 
G
F
 
D
-
 
P
A
 
N
D
 
D
I
 
L
A
 
T
G
 
G
I
 
P
K
 
L
L
 
L
V
 
M
E
 
E
V
 
R
L
 
M
S
 
H
S
 
E
H
 
H
A
 
A
R
 
T
Q
 
K
Y
 
F
A
 
E
T
 
T
I
 
E
R
 
I
E
 
I
N
 
F
E
 
D
G
 
H
V
 
I
D
 
N
D
 
K
I
 
V
K
 
D
L
 
L
G
 
Q
R
 
N
R
 
R
-
 
P
I
 
F
E
 
R
V
 
L
H
 
N
T
 
G
P
 
D
R
 
N
N
 
G
V
 
E
F
 
Y
L
 
T
A
 
C
R
 
D
A
 
A
V
 
L
L
 
I
F
 
I
A
 
A
T
 
T
G
 
G
A
 
A
Q
 
S
W
 
A
R
 
R
K
 
Y
L
 
L
D
 
G
V
 
L
P
 
P
G
 
S
E
 
E
D
 
E
R
 
A
F
 
F
Y
 
K
G
 
G
K
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
Y
 
A
C
|
C
A
 
A
S
 
T
C
|
C
D
 
D
G
 
G
F
 
F
V
 
F
Y
 
Y
R
 
R
G
 
N
R
 
Q
K
 
K
V
 
V
A
 
A
V
 
V
V
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
N
 
N
T
 
T
A
 
A
L
 
V
T
 
E
D
 
E
A
 
A
L
 
L
H
 
Y
L
 
L
R
 
S
N
 
N
L
 
I
G
 
A
V
 
S
E
 
E
V
 
V
T
 
H
V
 
L
I
 
I
H
 
H
R
 
R
R
 
R
D
 
D
T
 
G
F
 
F
R
 
R
A
 
A
E
 
E
K
 
K
A
 
I
-
 
L
-
 
I
-
 
K
-
 
R
L
 
L
Q
 
M
D
 
D
S
 
K
L
 
V
T
 
E
R
 
N
E
 
G
G
 
N
I
 
I
P
 
I
V
 
L
I
 
H
W
 
T
N
 
N
A
 
R
V
 
T
V
 
L
E
 
E
E
 
E
V
 
V
M
 
T
G
 
G
D
 
D
T
 
Q
E
 
M
-
 
G
V
 
V
R
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
R
L
 
L
R
 
R
D
 
D
T
 
T
K
 
Q
T
 
N
G
 
S
-
 
D
-
 
N
-
 
I
E
 
E
T
 
S
R
 
L
D
 
D
V
 
V
P
 
A
F
 
-
D
 
-
G
 
G
V
 
L
F
 
F
V
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
G
H
 
H
V
 
S
P
 
P
N
 
N
S
 
T
E
 
-
Q
 
A
A
 
I
A
 
F
D
 
E
L
 
G
G
 
Q
V
 
L
D
 
E
L
 
L
E
 
E
P
 
-
D
 
N
G
 
G
S
 
Y
I
 
I
K
 
K
V
 
V
D
 
Q
R
 
S
H
 
G
M
 
I
-
 
H
-
 
G
-
 
N
-
 
A
-
 
T
R
 
Q
T
 
T
N
 
S
I
 
I
P
 
P
R
 
G
V
 
V
Y
 
F
A
 
A
A
 
A
G
 
G
D
|
D
V
|
V
I
x
M
G
x
D
G
x
H
V
x
I
-
x
Y
R
|
R
Q
|
Q
I
x
A
V
 
I
T
 
T
A
 
S
V
 
A
G
 
G
S
 
T
G
 
G
A
 
C
T
 
M
A
 
A
A
 
A
L
 
L
S
 
D
A
 
A

Sites not aligning to the query:

4gcmB Crystal structure of a thioredoxine reductase (trxb) from staphylococcus aureus subsp. Aureus mu50 at 1.80 a resolution
39% identity, 51% coverage: 274:570/579 of query aligns to 6:305/309 of 4gcmB

query
sites
4gcmB
D
 
D
L
 
I
L
 
A
V
 
I
L
 
I
G
|
G
A
 
A
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
L
 
M
S
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
V
Y
 
Y
A
 
A
E
 
S
R
 
R
S
 
A
G
 
N
L
 
L
A
 
K
T
 
T
V
 
V
V
 
M
L
 
I
D
x
E
K
x
R
G
 
G
I
 
I
V
 
P
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
V
 
M
T
 
A
V
 
N
T
|
T
P
 
E
V
 
E
V
 
V
E
 
E
N
|
N
Y
 
F
P
 
P
G
 
G
F
 
F
A
 
E
D
 
M
I
 
I
A
 
T
G
 
G
I
 
P
K
 
D
L
 
L
V
 
S
E
 
T
V
 
K
L
 
M
S
 
F
S
 
E
H
 
H
A
 
A
R
 
K
Q
 
K
Y
 
F
A
 
G
T
 
A
I
 
V
R
 
Y
E
 
Q
N
 
Y
E
 
G
G
x
D
V
x
I
D
 
K
D
 
S
I
 
V
K
 
E
-
 
D
L
 
K
G
 
G
R
 
E
R
 
Y
I
 
K
E
 
V
V
 
I
H
 
N
T
 
F
P
 
G
R
 
N
N
 
K
V
 
E
F
 
L
L
 
T
A
 
A
R
 
K
A
 
A
V
 
V
L
 
I
F
 
I
A
 
A
T
|
T
G
|
G
A
 
A
Q
 
E
W
 
Y
R
 
K
K
 
K
L
x
I
D
 
G
V
 
V
P
 
P
G
 
G
E
 
E
D
 
Q
R
 
E
F
 
L
Y
 
G
G
 
G
K
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
Y
 
Y
C
|
C
A
 
A
S
 
V
C
|
C
D
|
D
G
 
G
F
 
A
V
 
F
Y
 
F
R
 
K
G
 
N
R
 
K
K
 
R
V
 
L
A
 
F
V
 
V
V
 
I
G
 
G
G
|
G
G
|
G
N
x
D
T
x
S
A
 
A
L
 
V
T
x
E
D
 
E
A
 
G
L
 
T
H
 
F
L
 
L
R
 
T
N
 
K
L
 
F
G
 
A
V
 
D
E
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
I
I
 
V
H
 
H
R
|
R
R
|
R
D
 
D
T
 
E
F
 
L
R
|
R
A
 
A
E
x
Q
K
 
R
A
 
I
L
 
L
Q
 
Q
D
 
D
-
 
R
S
 
A
L
 
F
T
 
K
R
 
N
E
 
D
G
 
K
I
 
I
P
 
D
V
 
F
I
 
I
W
 
W
N
 
S
A
 
H
V
 
T
V
 
L
E
 
K
E
 
S
V
 
I
M
 
N
-
 
E
G
 
K
D
 
D
T
 
G
E
 
K
V
 
V
R
 
G
G
 
S
V
 
V
R
 
T
L
 
L
R
 
T
D
 
S
T
 
T
K
 
K
T
 
D
G
 
G
E
 
S
T
 
E
R
 
E
D
 
T
V
 
H
P
 
E
F
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
V
F
 
F
V
 
I
A
 
Y
I
|
I
G
 
G
H
 
M
V
 
K
P
 
P
N
 
L
S
 
T
E
 
A
Q
 
P
A
 
F
A
 
K
D
 
D
L
 
L
G
 
G
V
 
I
D
 
T
L
 
N
E
 
D
P
 
V
D
 
-
G
 
G
S
 
Y
I
 
I
K
 
V
V
 
T
D
 
K
R
 
D
H
 
D
M
 
M
R
 
T
T
 
T
N
 
S
I
 
V
P
 
P
R
 
G
V
 
I
Y
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
V
-
 
R
I
 
D
G
 
K
G
 
G
V
 
L
R
 
R
Q
|
Q
I
|
I
V
 
V
T
 
T
A
 
A
V
 
T
G
 
G
S
 
D
G
 
G
A
 
S
T
 
I
A
 
A
A
 
A
L
 
Q
S
 
S
A
 
A
F
 
A
E
 
E
D
 
Y
L
 
I
Q
 
E
Q
 
H

5u63B Crystal structure of putative thioredoxin reductase from haemophilus influenzae
41% identity, 52% coverage: 264:564/579 of query aligns to 1:312/319 of 5u63B

query
sites
5u63B
S
 
S
D
 
N
A
 
A
G
 
M
V
 
S
E
 
D
V
 
I
T
 
K
E
 
H
T
 
A
D
 
K
L
 
L
L
 
L
V
 
I
L
 
L
G
|
G
A
x
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
L
 
Y
S
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
I
Y
 
Y
A
 
A
E
 
A
R
 
R
S
 
A
G
 
N
L
 
L
A
 
K
T
 
P
V
 
V
V
 
L
L
 
V
D
x
T
K
x
G
G
 
L
I
x
Q
V
 
Q
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
V
x
L
T
 
T
V
 
T
T
|
T
P
 
D
V
 
E
V
 
I
E
 
E
N
|
N
Y
 
W
P
 
P
G
 
G
-
 
D
F
 
F
A
 
E
D
 
M
I
 
T
A
 
T
G
 
G
I
 
S
K
 
G
L
 
L
V
 
M
E
 
Q
V
 
R
L
 
M
S
 
L
S
 
Q
H
 
H
A
 
A
R
 
E
Q
 
K
Y
 
F
A
 
E
T
 
T
I
 
E
R
 
I
E
 
V
N
 
F
E
 
D
G
x
H
V
x
I
D
 
N
D
 
R
I
 
V
K
 
D
L
 
L
G
 
S
R
 
S
R
 
R
-
 
P
I
 
F
E
 
K
V
 
L
H
 
F
T
 
G
P
 
D
R
 
V
N
 
Q
V
 
N
F
 
F
L
 
T
A
 
C
R
 
D
A
 
A
V
 
L
L
 
I
F
 
I
A
|
A
T
|
T
G
|
G
A
 
A
Q
 
S
W
 
A
R
|
R
K
 
Y
L
 
I
D
 
G
V
 
L
P
 
P
G
 
S
E
 
E
D
 
E
R
 
N
F
 
Y
Y
 
K
G
 
G
K
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
Y
 
A
C
|
C
A
 
A
S
 
T
C
|
C
D
|
D
G
 
G
F
 
F
V
 
F
Y
 
Y
R
 
R
G
 
N
R
 
K
K
 
P
V
 
V
A
 
G
V
 
V
V
 
I
G
 
G
G
|
G
G
 
G
N
 
N
T
 
T
A
 
A
L
 
V
T
 
E
D
 
E
A
 
A
L
 
L
H
 
Y
L
 
L
R
 
A
N
 
N
L
 
I
G
 
A
V
 
S
E
 
T
V
 
V
T
 
H
V
 
L
I
 
I
H
|
H
R
|
R
R
|
R
D
 
D
T
 
S
F
 
F
R
 
R
A
 
A
E
 
E
K
 
K
A
 
I
L
 
L
Q
 
I
D
 
D
S
 
R
L
 
L
T
 
Y
R
 
K
-
 
K
-
 
V
-
 
E
E
 
E
G
 
G
I
 
K
P
 
I
V
 
V
I
 
L
W
 
H
-
 
T
N
 
D
A
 
R
V
 
T
V
 
L
E
 
D
E
 
E
V
 
V
M
 
L
G
 
G
D
 
D
T
 
N
E
 
M
-
 
G
V
 
V
R
 
T
G
 
G
V
 
L
R
 
R
L
 
L
R
 
A
D
 
N
T
 
T
K
 
K
T
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
K
R
 
E
D
 
E
V
 
L
P
 
K
F
 
L
D
 
D
G
 
G
V
 
L
F
 
F
V
 
V
A
 
A
I
|
I
G
|
G
H
|
H
V
 
S
P
 
P
N
 
N
S
 
T
E
 
E
Q
 
I
A
 
F
A
 
Q
D
 
G
L
 
-
G
 
-
V
 
-
D
 
Q
L
 
L
E
 
E
-
 
L
P
 
N
D
 
N
G
 
G
S
 
Y
I
 
I
K
 
V
V
 
V
D
 
K
R
 
S
H
 
G
M
 
L
-
 
D
-
 
G
-
 
N
-
 
A
-
 
T
R
 
A
T
 
T
N
 
S
I
 
V
P
 
E
R
 
G
V
 
V
Y
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
V
I
 
M
G
 
D
-
 
H
G
 
N
V
 
Y
R
|
R
Q
|
Q
I
x
A
V
 
I
T
 
T
A
x
S
V
 
A
G
 
G
S
 
T
G
 
G
A
 
C
T
 
M
A
 
A
A
 
A
L
 
L
S
 
D
A
 
A

1f6mA Crystal structure of a complex between thioredoxin reductase, thioredoxin, and the NADP+ analog, aadp+ (see paper)
43% identity, 51% coverage: 272:564/579 of query aligns to 5:309/320 of 1f6mA

query
sites
1f6mA
E
 
H
T
 
S
D
 
K
L
 
L
L
 
L
V
 
I
L
 
L
G
|
G
A
x
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
L
 
Y
S
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
V
Y
 
Y
A
 
A
E
 
A
R
 
R
S
 
A
G
 
N
L
 
L
A
 
Q
T
 
P
V
 
V
V
 
L
L
 
I
D
x
T
K
x
G
G
 
M
I
x
E
V
 
K
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
V
x
L
T
 
T
V
 
T
T
|
T
P
 
T
V
 
E
V
|
V
E
 
E
N
|
N
Y
 
W
P
 
P
G
 
G
F
 
D
-
 
P
A
 
N
D
 
D
I
 
L
A
 
T
G
 
G
I
 
P
K
 
L
L
 
L
V
 
M
E
 
E
V
 
R
L
 
M
S
 
H
S
 
E
H
 
H
A
 
A
R
 
T
Q
 
K
Y
 
F
A
 
E
T
 
T
I
 
E
R
 
I
E
 
I
N
 
F
E
 
D
G
x
H
V
x
I
D
 
N
D
 
K
I
 
V
K
 
D
L
 
L
G
 
Q
R
 
N
R
 
R
-
 
P
I
 
F
E
 
R
V
 
L
H
 
N
T
 
G
P
 
D
R
 
N
N
 
G
V
 
E
F
 
Y
L
 
T
A
 
C
R
 
D
A
 
A
V
 
L
L
 
I
F
 
I
A
|
A
T
|
T
G
|
G
A
 
A
Q
 
S
W
 
A
R
 
R
K
 
Y
L
|
L
D
 
G
V
 
L
P
 
P
G
 
S
E
 
E
D
 
E
R
 
A
F
 
F
Y
 
K
G
 
G
K
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
Y
 
A
C
x
S
A
 
A
S
 
T
C
|
C
D
|
D
G
 
G
F
 
F
V
 
F
Y
 
Y
R
 
R
G
 
N
R
 
Q
K
 
K
V
 
V
A
 
A
V
 
V
V
 
I
G
 
G
G
|
G
G
|
G
N
|
N
T
|
T
A
 
A
L
 
V
T
x
E
D
 
E
A
 
A
L
 
L
H
 
Y
L
 
L
R
 
S
N
 
N
L
 
I
G
 
A
V
 
S
E
 
E
V
 
V
T
 
H
V
 
L
I
 
I
H
|
H
R
|
R
R
|
R
D
 
D
T
 
G
F
 
F
R
|
R
A
 
A
E
 
E
K
 
K
A
 
I
-
 
L
-
 
I
-
 
K
-
 
R
L
 
L
Q
 
M
D
 
D
S
 
K
L
 
V
T
 
E
R
 
N
E
 
G
G
 
N
I
 
I
P
 
I
V
 
L
I
 
H
W
 
T
N
 
N
A
 
R
V
 
T
V
 
L
E
 
E
E
 
E
V
 
V
M
 
T
G
 
G
D
 
D
T
 
Q
E
 
M
-
 
G
V
 
V
R
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
R
L
 
L
R
 
R
D
 
D
T
 
T
K
 
Q
T
 
N
G
 
S
-
 
D
-
 
N
-
 
I
E
 
E
T
 
S
R
 
L
D
 
D
V
 
V
P
 
A
F
 
-
D
 
-
G
 
G
V
 
L
F
 
F
V
 
V
A
 
A
I
|
I
G
|
G
H
|
H
V
 
S
P
 
P
N
 
N
S
 
T
E
 
-
Q
 
A
A
 
I
A
 
F
D
 
E
L
 
G
G
 
Q
V
 
L
D
 
E
L
 
L
E
 
E
P
 
-
D
 
N
G
 
G
S
 
Y
I
 
I
K
 
K
V
 
V
D
 
Q
R
 
S
H
 
G
M
 
I
-
 
H
-
 
G
-
 
N
-
 
A
-
 
T
R
 
Q
T
 
T
N
 
S
I
 
I
P
 
P
R
 
G
V
 
V
Y
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
V
I
 
M
G
 
D
G
 
H
V
 
I
-
 
Y
R
|
R
Q
|
Q
I
x
A
V
 
I
T
 
T
A
x
S
V
 
A
G
 
G
S
 
T
G
 
G
A
 
C
T
 
M
A
 
A
A
 
A
L
 
L
S
 
D
A
 
A

1tdfA Crystal structure of escherichia coli thioredoxin reductase refined at 2 angstrom resolution: implications for a large conformational change during catalysis (see paper)
43% identity, 51% coverage: 272:564/579 of query aligns to 5:309/316 of 1tdfA

query
sites
1tdfA
E
 
H
T
 
S
D
 
K
L
 
L
L
 
L
V
 
I
L
 
L
G
|
G
A
x
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
L
 
Y
S
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
V
Y
 
Y
A
 
A
E
 
A
R
 
R
S
 
A
G
 
N
L
 
L
A
 
Q
T
 
P
V
 
V
V
 
L
L
 
I
D
x
T
K
x
G
G
 
M
I
x
E
V
 
K
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
V
x
L
T
 
T
V
 
T
T
|
T
P
 
T
V
 
E
V
|
V
E
 
E
N
|
N
Y
 
W
P
 
P
G
 
G
F
 
D
-
 
P
A
 
N
D
 
D
I
 
L
A
 
T
G
 
G
I
 
P
K
 
L
L
 
L
V
 
M
E
 
E
V
 
R
L
 
M
S
 
H
S
 
E
H
 
H
A
 
A
R
 
T
Q
 
K
Y
 
F
A
 
E
T
 
T
I
 
E
R
 
I
E
 
I
N
 
F
E
 
D
G
x
H
V
x
I
D
 
N
D
 
K
I
 
V
K
 
D
L
 
L
G
 
Q
R
 
N
R
 
R
-
 
P
I
 
F
E
 
R
V
 
L
H
 
N
T
 
G
P
 
D
R
 
N
N
 
G
V
 
E
F
 
Y
L
 
T
A
 
C
R
 
D
A
 
A
V
 
L
L
 
I
F
 
I
A
|
A
T
|
T
G
 
G
A
 
A
Q
 
S
W
 
A
R
 
R
K
 
Y
L
|
L
D
 
G
V
 
L
P
 
P
G
 
S
E
 
E
D
 
E
R
 
A
F
 
F
Y
 
K
G
 
G
K
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
Y
 
A
C
|
C
A
 
A
S
 
T
C
x
S
D
|
D
G
 
G
F
 
F
V
 
F
Y
 
Y
R
 
R
G
 
N
R
 
Q
K
 
K
V
 
V
A
 
A
V
 
V
V
x
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
N
 
N
T
|
T
A
 
A
L
 
V
T
x
E
D
 
E
A
 
A
L
 
L
H
 
Y
L
 
L
R
 
S
N
 
N
L
 
I
G
 
A
V
 
S
E
 
E
V
 
V
T
 
H
V
 
L
I
 
I
H
|
H
R
|
R
R
 
R
D
 
D
T
 
G
F
 
F
R
|
R
A
 
A
E
|
E
K
 
K
A
 
I
-
 
L
-
 
I
-
 
K
-
 
R
L
 
L
Q
 
M
D
 
D
S
 
K
L
 
V
T
 
E
R
 
N
E
 
G
G
 
N
I
 
I
P
 
I
V
 
L
I
 
H
W
 
T
N
 
N
A
 
R
V
 
T
V
 
L
E
 
E
E
 
E
V
 
V
M
 
T
G
 
G
D
 
D
T
 
Q
E
 
M
-
 
G
V
 
V
R
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
R
L
 
L
R
 
R
D
 
D
T
 
T
K
 
Q
T
 
N
G
 
S
-
 
D
-
 
N
-
 
I
E
 
E
T
 
S
R
 
L
D
 
D
V
 
V
P
 
A
F
 
-
D
 
-
G
 
G
V
 
L
F
 
F
V
 
V
A
 
A
I
|
I
G
|
G
H
 
H
V
 
S
P
 
P
N
 
N
S
 
T
E
 
-
Q
 
A
A
 
I
A
 
F
D
 
E
L
 
G
G
 
Q
V
 
L
D
 
E
L
 
L
E
 
E
P
 
-
D
 
N
G
 
G
S
 
Y
I
 
I
K
 
K
V
 
V
D
 
Q
R
 
S
H
 
G
M
 
I
-
 
H
-
 
G
-
 
N
-
 
A
-
 
T
R
 
Q
T
 
T
N
 
S
I
 
I
P
 
P
R
 
G
V
 
V
Y
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
V
I
 
M
G
 
D
G
x
H
V
 
I
-
 
Y
R
|
R
Q
|
Q
I
x
A
V
 
I
T
 
T
A
x
S
V
 
A
G
 
G
S
 
T
G
 
G
A
 
C
T
 
M
A
 
A
A
 
A
L
 
L
S
 
D
A
 
A

8ccmA Crystal structure of mycobacterium smegmatis thioredoxin reductase in complex with compound 2-06
41% identity, 53% coverage: 274:577/579 of query aligns to 4:305/305 of 8ccmA

query
sites
8ccmA
D
 
D
L
 
V
L
 
I
V
 
I
L
x
I
G
|
G
A
x
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
L
 
Y
S
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
I
Y
 
Y
A
 
A
E
 
A
R
 
R
S
 
A
G
 
Q
L
 
L
A
 
K
T
 
P
V
 
L
V
 
V
L
 
F
D
x
E
K
x
G
G
 
T
I
x
Q
V
 
F
G
 
G
G
|
G
Q
x
A
V
x
L
T
 
M
V
 
T
T
|
T
P
 
T
V
 
E
V
 
V
E
 
E
N
|
N
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
F
 
F
A
 
R
D
 
E
-
 
G
I
 
I
A
 
T
G
 
G
I
 
P
K
 
E
L
 
L
V
 
M
E
 
D
V
 
Q
L
 
M
S
 
R
S
 
E
H
 
Q
A
 
A
R
 
L
Q
 
R
Y
 
F
A
 
G
T
 
A
I
 
D
R
 
L
E
 
R
N
 
M
E
 
E
G
x
D
V
|
V
D
 
D
D
 
A
I
 
V
K
 
Q
L
 
L
-
 
E
G
 
G
R
 
P
R
 
V
I
 
K
E
 
T
V
 
V
H
 
V
T
 
V
P
 
G
R
 
D
N
 
E
V
 
T
F
 
H
L
 
Q
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
V
L
 
I
F
 
L
A
 
A
T
x
M
G
|
G
A
 
A
Q
 
A
W
 
A
R
|
R
K
x
H
L
|
L
D
 
G
V
 
V
P
 
P
G
 
G
E
 
E
D
 
E
R
 
A
F
 
L
Y
 
T
G
 
G
K
 
M
G
 
G
V
 
V
S
 
S
Y
x
T
C
 
C
A
 
A
S
 
T
C
|
C
D
 
D
G
 
G
F
 
F
V
 
F
Y
 
F
R
 
R
G
 
D
R
 
Q
K
 
D
V
 
I
A
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
N
 
D
T
 
S
A
 
A
L
 
M
T
 
E
D
 
E
A
 
A
L
 
T
H
 
F
L
 
L
R
 
T
N
 
R
L
 
F
G
 
A
V
 
R
E
 
S
V
 
V
T
 
T
V
 
L
I
 
I
H
 
H
R
|
R
R
 
R
D
 
D
T
 
E
F
 
F
R
 
R
A
 
A
E
 
S
K
 
K
-
 
I
A
 
M
L
 
L
Q
 
E
D
 
R
S
 
A
L
 
R
T
 
A
R
 
N
E
 
E
G
 
K
I
 
I
P
 
T
V
 
F
I
 
L
W
 
T
N
 
N
A
 
T
V
x
E
V
x
I
E
 
T
E
 
Q
V
 
I
M
 
E
G
 
G
D
 
D
T
 
P
E
 
K
V
 
V
R
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
R
L
 
L
R
 
R
D
 
D
T
 
T
K
 
V
T
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
E
R
 
S
D
 
K
V
 
L
P
 
D
F
 
V
D
 
T
G
 
G
V
 
V
F
 
F
V
 
V
A
 
A
I
|
I
G
 
G
H
 
H
V
 
D
P
 
P
N
 
R
S
 
S
E
 
E
Q
 
L
A
 
V
A
 
R
D
 
G
L
 
Q
G
 
-
V
 
V
D
 
E
L
 
L
E
 
D
P
 
D
D
 
E
G
 
G
S
 
Y
I
 
V
K
 
K
V
 
V
D
 
Q
-
 
G
R
 
R
H
 
T
M
 
T
R
 
Y
T
 
T
N
 
S
I
 
L
P
 
D
R
 
G
V
 
V
Y
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
L
I
 
V
G
 
D
G
 
H
V
 
T
-
 
Y
R
|
R
Q
|
Q
I
x
A
V
 
I
T
 
T
A
|
A
V
 
A
G
 
G
S
 
S
G
 
G
A
 
C
T
 
A
A
 
A
A
 
S
L
 
I
S
 
D
A
 
A
F
 
-
E
 
-
D
 
-
L
 
-
Q
 
-
Q
 
-
P
 
E
R
 
R
W
 
W
K
 
L
K
 
A
D
 
E
K
 
Q

8cclA Crystal structure of mycobacterium smegmatis thioredoxin reductase in complex with fragment f2x-entry a09
41% identity, 53% coverage: 274:577/579 of query aligns to 4:305/305 of 8cclA

query
sites
8cclA
D
 
D
L
 
V
L
 
I
V
 
I
L
x
I
G
|
G
A
x
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
L
 
Y
S
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
I
Y
 
Y
A
 
A
E
 
A
R
 
R
S
 
A
G
 
Q
L
 
L
A
 
K
T
 
P
V
 
L
V
 
V
L
 
F
D
x
E
K
x
G
G
 
T
I
x
Q
V
 
F
G
 
G
G
|
G
Q
x
A
V
x
L
T
 
M
V
 
T
T
|
T
P
 
T
V
 
E
V
 
V
E
 
E
N
|
N
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
F
 
F
A
 
R
D
 
E
-
 
G
I
 
I
A
 
T
G
 
G
I
 
P
K
 
E
L
 
L
V
 
M
E
 
D
V
 
Q
L
 
M
S
 
R
S
 
E
H
 
Q
A
 
A
R
 
L
Q
 
R
Y
 
F
A
 
G
T
 
A
I
 
D
R
 
L
E
 
R
N
 
M
E
 
E
G
x
D
V
|
V
D
 
D
D
 
A
I
 
V
K
 
Q
L
 
L
-
 
E
G
 
G
R
 
P
R
 
V
I
 
K
E
 
T
V
 
V
H
 
V
T
 
V
P
 
G
R
 
D
N
 
E
V
 
T
F
 
H
L
 
Q
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
V
L
 
I
F
 
L
A
 
A
T
x
M
G
|
G
A
 
A
Q
 
A
W
 
A
R
 
R
K
 
H
L
|
L
D
 
G
V
 
V
P
 
P
G
 
G
E
 
E
D
 
E
R
 
A
F
 
L
Y
 
T
G
 
G
K
 
M
G
 
G
V
 
V
S
 
S
Y
x
T
C
 
C
A
 
A
S
 
T
C
|
C
D
 
D
G
 
G
F
 
F
V
 
F
Y
 
F
R
 
R
G
 
D
R
 
Q
K
 
D
V
 
I
A
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
N
 
D
T
 
S
A
 
A
L
 
M
T
 
E
D
 
E
A
 
A
L
 
T
H
 
F
L
 
L
R
 
T
N
 
R
L
 
F
G
 
A
V
 
R
E
 
S
V
 
V
T
 
T
V
 
L
I
 
I
H
 
H
R
|
R
R
 
R
D
 
D
T
 
E
F
 
F
R
 
R
A
 
A
E
 
S
K
 
K
-
 
I
A
 
M
L
 
L
Q
 
E
D
 
R
S
 
A
L
 
R
T
 
A
R
 
N
E
 
E
G
 
K
I
 
I
P
 
T
V
 
F
I
 
L
W
 
T
N
 
N
A
 
T
V
x
E
V
x
I
E
 
T
E
 
Q
V
 
I
M
 
E
G
 
G
D
 
D
T
 
P
E
 
K
V
 
V
R
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
R
L
 
L
R
 
R
D
 
D
T
 
T
K
 
V
T
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
E
R
 
S
D
 
K
V
 
L
P
 
D
F
 
V
D
 
T
G
 
G
V
 
V
F
 
F
V
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
G
H
 
H
V
 
D
P
 
P
N
 
R
S
 
S
E
 
E
Q
 
L
A
 
V
A
 
R
D
 
G
L
 
Q
G
 
-
V
 
V
D
 
E
L
 
L
E
 
D
P
 
D
D
 
E
G
 
G
S
 
Y
I
 
V
K
 
K
V
 
V
D
 
Q
-
 
G
R
 
R
H
 
T
M
 
T
R
 
Y
T
 
T
N
 
S
I
 
L
P
 
D
R
 
G
V
 
V
Y
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
L
I
 
V
G
 
D
G
 
H
V
 
T
-
 
Y
R
|
R
Q
|
Q
I
x
A
V
 
I
T
 
T
A
|
A
V
 
A
G
 
G
S
 
S
G
 
G
A
 
C
T
 
A
A
 
A
A
 
S
L
 
I
S
 
D
A
 
A
F
 
-
E
 
-
D
 
-
L
 
-
Q
 
-
Q
 
-
P
 
E
R
 
R
W
 
W
K
 
L
K
 
A
D
 
E
K
 
Q

8cckA Crystal structure of mycobacterium smegmatis thioredoxin reductase in complex with fragment f2x-entry h07
41% identity, 53% coverage: 274:577/579 of query aligns to 4:305/305 of 8cckA

query
sites
8cckA
D
 
D
L
 
V
L
 
I
V
 
I
L
 
I
G
|
G
A
x
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
L
 
Y
S
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
I
Y
 
Y
A
 
A
E
 
A
R
 
R
S
 
A
G
 
Q
L
 
L
A
 
K
T
 
P
V
 
L
V
 
V
L
 
F
D
x
E
K
x
G
G
 
T
I
x
Q
V
 
F
G
 
G
G
|
G
Q
x
A
V
x
L
T
 
M
V
 
T
T
|
T
P
 
T
V
 
E
V
 
V
E
 
E
N
|
N
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
F
 
F
A
 
R
D
 
E
-
 
G
I
 
I
A
 
T
G
 
G
I
 
P
K
 
E
L
 
L
V
 
M
E
 
D
V
 
Q
L
 
M
S
 
R
S
 
E
H
 
Q
A
 
A
R
 
L
Q
 
R
Y
 
F
A
 
G
T
 
A
I
 
D
R
 
L
E
 
R
N
 
M
E
 
E
G
x
D
V
|
V
D
 
D
D
 
A
I
 
V
K
 
Q
L
 
L
-
 
E
G
 
G
R
 
P
R
 
V
I
 
K
E
 
T
V
 
V
H
 
V
T
 
V
P
 
G
R
 
D
N
 
E
V
 
T
F
 
H
L
 
Q
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
V
L
 
I
F
 
L
A
 
A
T
x
M
G
|
G
A
 
A
Q
 
A
W
 
A
R
|
R
K
x
H
L
|
L
D
 
G
V
 
V
P
 
P
G
 
G
E
 
E
D
 
E
R
 
A
F
 
L
Y
 
T
G
 
G
K
 
M
G
 
G
V
 
V
S
 
S
Y
x
T
C
 
C
A
 
A
S
 
T
C
|
C
D
 
D
G
 
G
F
 
F
V
 
F
Y
 
F
R
 
R
G
 
D
R
 
Q
K
 
D
V
 
I
A
 
V
V
 
V
V
|
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
N
 
D
T
 
S
A
 
A
L
 
M
T
 
E
D
 
E
A
 
A
L
 
T
H
 
F
L
 
L
R
 
T
N
 
R
L
 
F
G
 
A
V
 
R
E
 
S
V
 
V
T
 
T
V
 
L
I
 
I
H
 
H
R
|
R
R
 
R
D
 
D
T
 
E
F
 
F
R
 
R
A
 
A
E
 
S
K
 
K
-
 
I
A
 
M
L
 
L
Q
 
E
D
 
R
S
 
A
L
 
R
T
 
A
R
 
N
E
 
E
G
 
K
I
 
I
P
 
T
V
 
F
I
 
L
W
 
T
N
 
N
A
 
T
V
x
E
V
x
I
E
 
T
E
 
Q
V
 
I
M
 
E
G
 
G
D
 
D
T
 
P
E
 
K
V
 
V
R
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
R
L
 
L
R
 
R
D
 
D
T
 
T
K
 
V
T
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
E
R
 
S
D
 
K
V
 
L
P
 
D
F
 
V
D
 
T
G
 
G
V
 
V
F
 
F
V
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
G
H
 
H
V
 
D
P
 
P
N
 
R
S
 
S
E
 
E
Q
 
L
A
 
V
A
 
R
D
 
G
L
 
Q
G
 
-
V
 
V
D
 
E
L
 
L
E
 
D
P
 
D
D
 
E
G
 
G
S
 
Y
I
 
V
K
 
K
V
 
V
D
 
Q
-
 
G
R
 
R
H
 
T
M
 
T
R
 
Y
T
 
T
N
 
S
I
 
L
P
 
D
R
 
G
V
 
V
Y
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
L
I
 
V
G
 
D
G
 
H
V
 
T
-
 
Y
R
|
R
Q
|
Q
I
x
A
V
 
I
T
 
T
A
|
A
V
 
A
G
 
G
S
 
S
G
 
G
A
 
C
T
 
A
A
 
A
A
 
S
L
 
I
S
 
D
A
 
A
F
 
-
E
 
-
D
 
-
L
 
-
Q
 
-
Q
 
-
P
 
E
R
 
R
W
 
W
K
 
L
K
 
A
D
 
E
K
 
Q

8ccjA Crystal structure of mycobacterium smegmatis thioredoxin reductase in complex with NADPH
41% identity, 53% coverage: 274:577/579 of query aligns to 4:305/305 of 8ccjA

query
sites
8ccjA
D
 
D
L
 
V
L
 
I
V
 
I
L
x
I
G
|
G
A
x
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
L
 
Y
S
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
I
Y
 
Y
A
 
A
E
 
A
R
 
R
S
 
A
G
 
Q
L
 
L
A
 
K
T
 
P
V
 
L
V
 
V
L
 
F
D
x
E
K
x
G
G
 
T
I
x
Q
V
 
F
G
 
G
G
|
G
Q
x
A
V
x
L
T
 
M
V
 
T
T
|
T
P
 
T
V
 
E
V
 
V
E
 
E
N
|
N
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
F
 
F
A
 
R
D
 
E
-
 
G
I
 
I
A
 
T
G
 
G
I
 
P
K
 
E
L
 
L
V
 
M
E
 
D
V
 
Q
L
 
M
S
 
R
S
 
E
H
 
Q
A
 
A
R
 
L
Q
 
R
Y
 
F
A
 
G
T
 
A
I
 
D
R
 
L
E
 
R
N
 
M
E
 
E
G
x
D
V
|
V
D
 
D
D
 
A
I
 
V
K
 
Q
L
 
L
-
 
E
G
 
G
R
 
P
R
 
V
I
 
K
E
 
T
V
 
V
H
 
V
T
 
V
P
 
G
R
 
D
N
 
E
V
 
T
F
 
H
L
 
Q
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
V
L
 
I
F
 
L
A
 
A
T
x
M
G
|
G
A
 
A
Q
 
A
W
 
A
R
 
R
K
 
H
L
 
L
D
 
G
V
 
V
P
 
P
G
 
G
E
 
E
D
 
E
R
 
A
F
 
L
Y
 
T
G
 
G
K
 
M
G
 
G
V
 
V
S
 
S
Y
x
T
C
 
C
A
 
A
S
 
T
C
|
C
D
 
D
G
 
G
F
 
F
V
 
F
Y
 
F
R
 
R
G
 
D
R
 
Q
K
 
D
V
 
I
A
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
G
G
|
G
G
|
G
N
x
D
T
x
S
A
 
A
L
 
M
T
x
E
D
 
E
A
 
A
L
 
T
H
 
F
L
 
L
R
 
T
N
 
R
L
 
F
G
 
A
V
 
R
E
 
S
V
 
V
T
 
T
V
 
L
I
 
I
H
|
H
R
|
R
R
|
R
D
 
D
T
 
E
F
 
F
R
|
R
A
 
A
E
 
S
K
 
K
-
 
I
A
 
M
L
 
L
Q
 
E
D
 
R
S
 
A
L
 
R
T
 
A
R
 
N
E
 
E
G
 
K
I
 
I
P
 
T
V
 
F
I
 
L
W
 
T
N
 
N
A
 
T
V
 
E
V
 
I
E
 
T
E
 
Q
V
 
I
M
 
E
G
 
G
D
 
D
T
 
P
E
 
K
V
 
V
R
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
R
L
 
L
R
 
R
D
 
D
T
 
T
K
 
V
T
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
E
R
 
S
D
 
K
V
 
L
P
 
D
F
 
V
D
 
T
G
 
G
V
 
V
F
 
F
V
 
V
A
 
A
I
|
I
G
 
G
H
 
H
V
 
D
P
 
P
N
 
R
S
 
S
E
 
E
Q
 
L
A
 
V
A
 
R
D
 
G
L
 
Q
G
 
-
V
 
V
D
 
E
L
 
L
E
 
D
P
 
D
D
 
E
G
 
G
S
 
Y
I
 
V
K
 
K
V
 
V
D
 
Q
-
 
G
R
 
R
H
 
T
M
 
T
R
 
Y
T
 
T
N
 
S
I
 
L
P
 
D
R
 
G
V
 
V
Y
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
L
I
 
V
G
 
D
G
 
H
V
 
T
-
 
Y
R
|
R
Q
|
Q
I
x
A
V
 
I
T
 
T
A
|
A
V
 
A
G
 
G
S
 
S
G
 
G
A
 
C
T
 
A
A
 
A
A
 
S
L
 
I
S
 
D
A
 
A
F
 
-
E
 
-
D
 
-
L
 
-
Q
 
-
Q
 
-
P
 
E
R
 
R
W
 
W
K
 
L
K
 
A
D
 
E
K
 
Q

5uthA Crystal structure of thioredoxin reductase from mycobacterium smegmatis in complex with fad
41% identity, 53% coverage: 274:577/579 of query aligns to 5:306/306 of 5uthA

query
sites
5uthA
D
 
D
L
 
V
L
 
I
V
 
I
L
x
I
G
|
G
A
x
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
L
 
Y
S
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
I
Y
 
Y
A
 
A
E
 
A
R
 
R
S
 
A
G
 
Q
L
 
L
A
 
K
T
 
P
V
 
L
V
 
V
L
x
F
D
x
E
K
x
G
G
 
T
I
x
Q
V
 
F
G
 
G
G
|
G
Q
x
A
V
x
L
T
 
M
V
 
T
T
 
T
P
 
T
V
 
E
V
 
V
E
 
E
N
|
N
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
F
 
F
A
 
R
D
 
E
-
 
G
I
 
I
A
 
T
G
 
G
I
 
P
K
 
E
L
 
L
V
 
M
E
 
D
V
 
Q
L
 
M
S
 
R
S
 
E
H
 
Q
A
 
A
R
 
L
Q
 
R
Y
 
F
A
 
G
T
 
A
I
 
D
R
 
L
E
 
R
N
 
M
E
 
E
G
x
D
V
|
V
D
 
D
D
 
A
I
 
V
K
 
Q
L
 
L
-
 
E
G
 
G
R
 
P
R
 
V
I
 
K
E
 
T
V
 
V
H
 
V
T
 
V
P
 
G
R
 
D
N
 
E
V
 
T
F
 
H
L
 
Q
A
 
A
R
 
R
A
 
A
V
 
V
L
 
I
F
 
L
A
 
A
T
x
M
G
|
G
A
 
A
Q
 
A
W
 
A
R
 
R
K
 
H
L
 
L
D
 
G
V
 
V
P
 
P
G
 
G
E
 
E
D
 
E
R
 
A
F
 
L
Y
 
T
G
 
G
K
 
M
G
 
G
V
 
V
S
 
S
Y
 
T
C
|
C
A
 
A
S
 
T
C
|
C
D
|
D
G
 
G
F
 
F
V
 
F
Y
 
F
R
 
R
G
 
D
R
 
Q
K
 
D
V
 
I
A
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
N
 
D
T
 
S
A
 
A
L
 
M
T
 
E
D
 
E
A
 
A
L
 
T
H
 
F
L
 
L
R
 
T
N
 
R
L
 
F
G
 
A
V
 
R
E
 
S
V
 
V
T
 
T
V
 
L
I
 
I
H
 
H
R
 
R
R
 
R
D
 
D
T
 
E
F
 
F
R
 
R
A
 
A
E
 
S
K
 
K
-
 
I
A
 
M
L
 
L
Q
 
E
D
 
R
S
 
A
L
 
R
T
 
A
R
 
N
E
 
E
G
 
K
I
 
I
P
 
T
V
 
F
I
 
L
W
 
T
N
 
N
A
 
T
V
 
E
V
 
I
E
 
T
E
 
Q
V
 
I
M
 
E
G
 
G
D
 
D
T
 
P
E
 
K
V
 
V
R
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
R
L
 
L
R
 
R
D
 
D
T
 
T
K
 
V
T
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
E
R
 
S
D
 
K
V
 
L
P
 
D
F
 
V
D
 
T
G
 
G
V
 
V
F
 
F
V
 
V
A
 
A
I
 
I
G
 
G
H
 
H
V
 
D
P
 
P
N
 
R
S
 
S
E
 
E
Q
 
L
A
 
V
A
 
R
D
 
G
L
 
Q
G
 
-
V
 
V
D
 
E
L
 
L
E
 
D
P
 
D
D
 
E
G
 
G
S
 
Y
I
 
V
K
 
K
V
 
V
D
 
Q
-
 
G
R
 
R
H
 
T
M
 
T
R
 
Y
T
 
T
N
 
S
I
 
L
P
 
D
R
 
G
V
 
V
Y
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
L
I
 
V
G
 
D
G
 
H
V
 
T
-
 
Y
R
|
R
Q
|
Q
I
x
A
V
 
I
T
 
T
A
|
A
V
 
A
G
 
G
S
 
S
G
 
G
A
 
C
T
 
A
A
 
A
A
 
S
L
 
I
S
 
D
A
 
A
F
 
-
E
 
-
D
 
-
L
 
-
Q
 
-
Q
 
-
P
 
E
R
 
R
W
 
W
K
 
L
K
 
A
D
 
E
K
 
Q

3f8rA Crystal structure of sulfolobus solfataricus thioredoxin reductase b3 in complex with two NADP molecules (see paper)
38% identity, 50% coverage: 274:565/579 of query aligns to 8:302/308 of 3f8rA

query
sites
3f8rA
D
 
D
L
 
V
L
 
I
V
 
I
L
x
V
G
|
G
A
x
L
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
A
L
 
Y
S
 
G
A
 
A
A
 
A
I
 
L
Y
 
Y
A
 
S
E
 
A
R
 
R
S
 
Y
G
 
M
L
 
L
A
 
K
T
 
T
V
 
L
V
 
V
L
 
I
D
 
G
K
x
E
G
 
-
I
x
T
V
 
P
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
V
 
L
T
 
T
V
 
E
T
 
A
P
 
G
V
 
I
V
 
V
E
 
D
N
 
D
Y
 
Y
P
 
L
G
 
G
F
 
L
A
 
I
D
 
E
I
 
I
A
 
Q
G
 
A
I
 
S
K
 
D
L
 
M
V
 
I
E
 
K
V
 
V
L
 
F
S
 
N
S
 
K
H
 
H
A
 
I
R
 
E
Q
 
K
Y
 
Y
A
 
E
T
 
V
I
 
P
R
 
V
E
 
L
N
 
L
E
 
D
G
x
I
V
|
V
D
 
E
D
 
K
I
 
I
K
 
E
L
 
-
G
 
N
R
 
R
R
 
E
I
 
F
E
 
V
V
 
V
H
 
K
T
 
T
P
 
K
R
 
R
N
 
K
-
 
G
V
 
E
F
 
F
L
 
K
A
 
A
R
 
D
A
 
S
V
 
V
L
 
I
F
 
L
A
x
G
T
x
I
G
|
G
A
 
V
Q
 
K
W
 
R
R
|
R
K
 
K
L
|
L
D
 
G
V
 
V
P
 
P
G
 
G
E
 
E
D
 
Q
R
 
E
F
 
F
Y
 
A
G
 
G
K
 
R
G
 
G
V
 
I
S
 
S
Y
 
Y
C
|
C
A
 
S
S
 
V
C
|
C
D
|
D
G
 
A
F
 
P
V
 
L
Y
 
F
R
 
K
G
 
N
R
 
R
K
 
V
V
 
V
A
 
A
V
 
V
V
 
I
G
 
G
G
 
G
G
 
G
N
x
D
T
x
S
A
 
A
L
 
L
T
x
E
D
 
G
A
 
A
L
 
E
H
 
I
L
 
L
R
 
S
N
 
S
L
 
Y
G
 
S
V
 
T
E
 
K
V
 
V
T
 
Y
V
 
L
I
 
I
H
 
H
R
|
R
R
|
R
D
 
D
T
 
T
F
 
F
R
 
K
A
 
A
E
 
Q
K
 
P
A
 
I
L
x
Y
Q
 
V
D
 
E
S
 
T
L
 
V
T
 
K
R
 
K
E
 
K
-
 
P
G
 
N
I
 
V
P
 
E
V
 
F
I
 
V
W
 
L
N
 
N
A
 
S
V
 
V
V
 
V
E
 
K
E
 
E
V
 
I
M
 
K
G
 
G
D
 
D
T
 
K
E
 
V
V
 
V
R
 
K
G
 
Q
V
 
V
R
 
V
L
 
V
R
 
E
D
 
N
T
 
L
K
 
K
T
 
T
G
 
G
E
 
E
T
 
I
R
 
K
D
 
E
V
 
L
P
 
N
F
 
V
D
 
N
G
 
G
V
 
V
F
 
F
V
 
I
A
 
E
I
|
I
G
 
G
H
 
F
V
 
D
P
 
P
N
 
P
S
 
T
E
 
D
Q
 
F
A
 
A
A
 
K
D
 
S
L
 
N
G
 
G
V
 
I
D
 
E
L
 
T
E
 
D
P
 
T
D
 
N
G
 
G
S
 
Y
I
 
I
K
 
K
V
 
V
D
 
D
R
 
E
H
 
W
M
 
M
R
 
R
T
 
T
N
 
S
I
 
V
P
 
P
R
 
G
V
 
V
Y
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
C
I
 
T
G
 
S
-
 
A
-
 
W
-
x
L
G
|
G
V
 
F
R
|
R
Q
 
Q
I
 
V
V
 
I
T
 
T
A
 
A
V
 
V
G
 
A
S
 
Q
G
 
G
A
 
A
T
 
V
A
 
A
A
 
A
L
 
T
S
 
S
A
 
A
F
 
Y

5vt3B High resolution structure of thioredoxin-disulfide reductase from vibrio vulnificus cmcp6 in complex with NADP and fad
40% identity, 52% coverage: 265:564/579 of query aligns to 1:311/319 of 5vt3B

query
sites
5vt3B
D
 
N
A
 
A
G
 
M
V
 
S
E
 
D
V
 
M
T
 
K
E
 
H
T
 
S
D
 
K
L
 
L
L
 
L
V
 
I
L
 
L
G
|
G
A
x
S
G
|
G
P
|
P
A
|
A
G
 
G
L
 
Y
S
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
V
Y
 
Y
A
 
A
E
 
A
R
 
R
S
 
A
G
 
N
L
 
L
A
 
N
T
 
P
V
 
V
V
 
L
L
 
I
D
x
T
K
x
G
G
 
M
I
x
Q
V
 
Q
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
V
x
L
T
 
T
V
 
T
T
|
T
P
 
T
V
 
E
V
 
V
E
 
E
N
|
N
Y
 
W
P
 
P
G
 
G
F
 
D
A
 
P
D
 
E
-
 
G
I
 
L
A
 
T
G
 
G
I
 
P
K
 
G
L
 
L
V
 
M
E
 
D
V
 
R
L
 
M
S
 
K
S
 
E
H
 
H
A
 
A
R
 
E
Q
 
R
Y
 
F
A
 
E
T
 
T
I
 
E
R
 
I
E
 
I
N
 
F
E
 
D
G
x
H
V
x
I
D
 
N
D
 
E
I
 
V
K
 
D
L
 
F
G
 
S
R
 
T
R
 
R
-
 
P
I
 
F
E
 
V
V
 
L
H
 
K
T
 
G
P
 
D
R
 
A
N
 
A
V
 
S
F
 
Y
L
 
S
A
 
C
R
 
D
A
 
A
V
 
L
L
 
I
F
 
I
A
x
S
T
|
T
G
|
G
A
 
A
Q
 
S
W
 
A
R
 
K
K
 
Y
L
|
L
D
 
G
V
 
L
P
 
E
G
 
S
E
 
E
D
 
E
R
 
A
F
 
F
Y
 
K
G
 
G
K
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
Y
 
A
C
|
C
A
 
A
S
 
T
C
|
C
D
|
D
G
 
G
F
 
F
V
 
F
Y
 
Y
R
 
R
G
 
N
R
 
Q
K
 
K
V
 
V
A
 
A
V
 
V
V
 
V
G
 
G
G
|
G
G
|
G
N
|
N
T
|
T
A
 
A
L
 
V
T
x
E
D
 
E
A
 
A
L
 
L
H
 
Y
L
 
L
R
 
S
N
 
N
L
 
I
G
 
A
V
 
A
E
 
E
V
 
V
T
 
H
V
 
L
I
 
I
H
|
H
R
|
R
R
|
R
D
 
D
T
 
S
F
 
F
R
|
R
A
 
A
E
 
E
K
 
K
A
 
I
-
 
L
-
 
I
-
 
N
-
 
R
L
 
L
Q
 
M
D
 
D
S
 
K
L
 
V
T
 
Q
R
 
N
E
 
G
G
 
N
I
 
I
P
 
V
V
 
L
I
 
H
W
 
T
N
 
D
A
 
R
V
 
V
V
 
L
E
 
D
E
 
E
V
 
V
M
 
L
G
 
G
D
 
D
T
 
E
E
 
M
-
 
G
V
 
V
R
 
T
G
 
G
V
 
V
R
 
R
L
 
L
R
 
K
D
 
D
T
 
V
K
 
K
T
 
T
G
 
G
E
 
G
T
 
T
R
 
E
D
 
E
V
 
L
P
 
D
F
 
V
D
 
M
G
 
G
V
 
A
F
 
F
V
 
I
A
 
A
I
|
I
G
|
G
H
|
H
V
 
S
P
 
P
N
 
N
S
 
T
E
 
-
Q
 
Q
A
 
I
A
 
F
D
 
Q
L
 
G
G
 
Q
V
 
L
D
 
D
L
 
M
E
 
K
P
 
-
D
 
D
G
 
G
S
 
Y
I
 
I
K
 
L
V
 
V
D
 
K
R
 
S
H
 
G
M
 
L
-
 
E
-
 
G
-
 
N
-
 
A
-
 
T
R
 
Q
T
 
T
N
 
S
I
 
V
P
 
E
R
 
G
V
 
I
Y
 
F
A
 
A
A
 
A
G
|
G
D
|
D
V
 
V
I
 
M
G
 
D
-
 
H
G
 
N
V
 
Y
R
|
R
Q
|
Q
I
x
A
V
 
I
T
 
T
A
x
S
V
 
A
G
 
G
S
 
T
G
 
G
A
 
C
T
 
M
A
 
A
A
 
A
L
 
L
S
 
D
A
 
A

Query Sequence

>209218 MicrobesOnline__882:209218
MSGLFKKKETAAQAADTQTQTPTPEAHEWLIPEEGRDQLQKVFAGLPGDVTIEVYTGGDP
KNLFDDYARRFVADLALLAPRIKPAFHGLDSDMARKRGVTLSPTLLFNPEEYRIRFTGAP
LGEEARAFIEAIFLVSARTSGLSQAAKTILAQLDGARSPRVFSSPGCPYCPAQCANAIKC
AIERPDLVSAECVNADEFPDLSARYGVGSVPHTQFDESYKGIGLMPEERFVVELVALKDA
ERWLNEHAAKGGAHGAGTGQGAGSDAGVEVTETDLLVLGAGPAGLSAAIYAERSGLATVV
LDKGIVGGQVTVTPVVENYPGFADIAGIKLVEVLSSHARQYATIRENEGVDDIKLGRRIE
VHTPRNVFLARAVLFATGAQWRKLDVPGEDRFYGKGVSYCASCDGFVYRGRKVAVVGGGN
TALTDALHLRNLGVEVTVIHRRDTFRAEKALQDSLTREGIPVIWNAVVEEVMGDTEVRGV
RLRDTKTGETRDVPFDGVFVAIGHVPNSEQAADLGVDLEPDGSIKVDRHMRTNIPRVYAA
GDVIGGVRQIVTAVGSGATAALSAFEDLQQPRWKKDKSA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory