SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 3608583 Dshi_1977 Extracellular ligand-binding receptor (RefSeq) to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 15 hits to proteins with known functional sites (download)

3ip9A Structure of atu2422-gaba receptor in complex with gaba (see paper)
28% identity, 63% coverage: 43:307/420 of query aligns to 18:272/348 of 3ip9A

query
sites
3ip9A
W
 
F
G
 
G
K
 
A
P
 
Q
I
 
I
A
 
Q
A
 
K
T
 
G
A
 
A
Q
 
E
F
 
Q
A
 
A
V
 
A
D
 
K
Q
 
D
V
 
I
N
 
N
E
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
I
N
 
N
G
 
G
C
 
E
Q
 
Q
I
 
I
E
 
K
M
 
I
V
 
V
L
 
L
R
 
G
D
 
D
T
 
D
Q
 
V
V
 
S
D
 
D
P
 
P
K
 
K
V
 
Q
G
 
G
V
 
I
D
 
S
A
 
V
A
 
A
K
 
N
A
 
K
L
 
F
V
 
V
D
 
-
L
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
V
R
 
K
V
 
F
L
 
V
L
 
V
G
 
G
A
 
H
V
x
F
S
x
N
S
|
S
G
 
G
V
 
V
S
 
S
M
 
I
P
 
P
I
 
-
L
 
A
T
 
S
S
 
E
V
 
V
T
 
Y
L
 
A
P
 
E
A
 
N
G
 
G
V
 
I
M
 
L
Q
 
E
M
 
I
S
 
T
C
 
P
C
x
A
S
x
A
S
x
T
S
 
N
T
 
P
A
 
V
F
 
F
T
 
T
Q
 
E
L
 
-
A
 
-
A
 
-
E
 
-
G
 
-
K
 
-
T
 
-
E
 
R
G
 
G
L
 
L
W
 
W
-
 
N
-
 
T
F
 
F
R
 
R
T
 
T
F
 
C
A
 
G
T
 
R
S
 
D
G
 
D
V
 
Q
Q
 
Q
A
 
G
A
 
G
M
 
I
G
 
A
A
 
G
K
 
K
V
 
Y
A
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
H
G
 
-
Y
 
F
K
 
K
-
 
D
-
 
A
S
 
K
V
 
V
A
 
A
I
 
I
F
 
I
Y
 
H
K
 
D
N
 
K
D
 
T
D
 
P
W
x
Y
G
 
G
Q
 
Q
D
 
G
I
 
L
G
 
A
K
 
D
L
 
E
V
 
T
A
 
K
A
 
K
D
 
A
L
 
A
E
 
N
A
 
A
L
 
A
G
 
G
I
 
V
E
 
T
V
 
E
T
 
V
G
 
M
S
 
Y
V
 
E
A
 
G
L
 
V
N
 
N
D
 
V
G
 
G
Q
 
D
P
 
K
S
 
D
Y
 
F
R
 
S
A
 
A
E
 
L
V
 
I
T
 
S
E
 
K
A
 
M
L
 
K
Q
 
E
G
 
A
Q
 
G
P
 
V
E
 
S
A
 
I
I
 
I
Y
 
Y
L
 
W
A
 
G
L
 
G
Y
 
L
P
 
H
K
 
T
E
 
E
G
 
A
I
 
G
A
 
L
A
 
I
V
 
I
R
 
R
E
 
Q
W
 
A
L
 
A
S
 
D
L
 
Q
G
 
G
G
 
L
T
 
K
Q
 
A
N
 
K
M
 
L
I
 
V
V
 
S
A
 
G
N
x
D
S
x
G
L
 
I
K
 
V
S
 
S
D
 
N
E
 
E
F
 
L
A
 
A
E
 
S
N
 
I
V
 
A
G
 
G
L
 
D
Q
 
A
F
 
V
L
 
E
G
 
G
-
 
T
-
 
L
N
 
N
T
 
T
L
 
F
G
 
G
T
 
P
D
 
D
T
 
P
A
 
-
S
 
T
P
 
L
R
 
R
A
 
P
E
 
E
S
 
N
A
 
K
D
 
E
A
 
-
F
 
-
V
 
-
T
 
-
R
 
-
Y
 
L
T
 
V
E
 
E
R
 
K
F
 
F
E
 
K
S
 
A
A
 
A
P
 
G
T
 
F
G
 
N
P
 
P

Sites not aligning to the query:

3ip7A Structure of atu2422-gaba receptor in complex with valine (see paper)
28% identity, 63% coverage: 43:307/420 of query aligns to 18:272/348 of 3ip7A

query
sites
3ip7A
W
 
F
G
 
G
K
 
A
P
 
Q
I
 
I
A
 
Q
A
 
K
T
 
G
A
 
A
Q
 
E
F
 
Q
A
 
A
V
 
A
D
 
K
Q
 
D
V
 
I
N
 
N
E
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
I
N
 
N
G
 
G
C
 
E
Q
 
Q
I
 
I
E
 
K
M
 
I
V
 
V
L
 
L
R
 
G
D
 
D
T
 
D
Q
 
V
V
 
S
D
 
D
P
 
P
K
 
K
V
 
Q
G
 
G
V
 
I
D
 
S
A
 
V
A
 
A
K
 
N
A
 
K
L
 
F
V
 
V
D
 
-
L
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
V
R
 
K
V
 
F
L
 
V
L
 
V
G
 
G
A
 
H
V
x
F
S
x
N
S
|
S
G
|
G
V
 
V
S
 
S
M
 
I
P
 
P
I
 
-
L
 
A
T
 
S
S
 
E
V
 
V
T
 
Y
L
 
A
P
 
E
A
 
N
G
 
G
V
 
I
M
 
L
Q
 
E
M
 
I
S
 
T
C
 
P
C
x
A
S
x
A
S
x
T
S
 
N
T
 
P
A
 
V
F
 
F
T
 
T
Q
 
E
L
 
-
A
 
-
A
 
-
E
 
-
G
 
-
K
 
-
T
 
-
E
 
R
G
 
G
L
 
L
W
 
W
-
 
N
-
 
T
F
 
F
R
 
R
T
 
T
F
 
C
A
 
G
T
 
R
S
 
D
G
 
D
V
 
Q
Q
 
Q
A
 
G
A
 
G
M
 
I
G
 
A
A
 
G
K
 
K
V
 
Y
A
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
H
G
 
-
Y
 
F
K
 
K
-
 
D
-
 
A
S
 
K
V
 
V
A
 
A
I
 
I
F
 
I
Y
 
H
K
 
D
N
 
K
D
x
T
D
x
P
W
x
Y
G
 
G
Q
 
Q
D
 
G
I
 
L
G
 
A
K
 
D
L
 
E
V
 
T
A
 
K
A
 
K
D
 
A
L
 
A
E
 
N
A
 
A
L
 
A
G
 
G
I
 
V
E
 
T
V
 
E
T
 
V
G
 
M
S
 
Y
V
 
E
A
 
G
L
 
V
N
 
N
D
 
V
G
 
G
Q
 
D
P
 
K
S
 
D
Y
 
F
R
 
S
A
 
A
E
 
L
V
 
I
T
 
S
E
 
K
A
 
M
L
 
K
Q
 
E
G
 
A
Q
 
G
P
 
V
E
 
S
A
 
I
I
 
I
Y
 
Y
L
 
W
A
 
G
L
 
G
Y
x
L
P
 
H
K
 
T
E
 
E
G
 
A
I
 
G
A
 
L
A
 
I
V
 
I
R
 
R
E
 
Q
W
 
A
L
 
A
S
 
D
L
 
Q
G
 
G
G
 
L
T
 
K
Q
 
A
N
 
K
M
 
L
I
 
V
V
 
S
A
 
G
N
x
D
S
x
G
L
 
I
K
 
V
S
 
S
D
 
N
E
 
E
F
 
L
A
 
A
E
 
S
N
 
I
V
 
A
G
 
G
L
 
D
Q
 
A
F
 
V
L
 
E
G
 
G
-
 
T
-
 
L
N
 
N
T
 
T
L
 
F
G
 
G
T
 
P
D
 
D
T
 
P
A
 
-
S
 
T
P
 
L
R
 
R
A
 
P
E
 
E
S
 
N
A
 
K
D
 
E
A
 
-
F
 
-
V
 
-
T
 
-
R
 
-
Y
 
L
T
 
V
E
 
E
R
 
K
F
 
F
E
 
K
S
 
A
A
 
A
P
 
G
T
 
F
G
 
N
P
 
P

Sites not aligning to the query:

3ip6A Structure of atu2422-gaba receptor in complex with proline (see paper)
28% identity, 63% coverage: 43:307/420 of query aligns to 18:272/348 of 3ip6A

query
sites
3ip6A
W
 
F
G
 
G
K
 
A
P
 
Q
I
 
I
A
 
Q
A
 
K
T
 
G
A
 
A
Q
 
E
F
 
Q
A
 
A
V
 
A
D
 
K
Q
 
D
V
 
I
N
 
N
E
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
I
N
 
N
G
 
G
C
 
E
Q
 
Q
I
 
I
E
 
K
M
 
I
V
 
V
L
 
L
R
 
G
D
 
D
T
 
D
Q
 
V
V
 
S
D
 
D
P
 
P
K
 
K
V
 
Q
G
 
G
V
 
I
D
 
S
A
 
V
A
 
A
K
 
N
A
 
K
L
 
F
V
 
V
D
 
-
L
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
V
R
 
K
V
 
F
L
 
V
L
 
V
G
 
G
A
 
H
V
x
F
S
x
N
S
|
S
G
 
G
V
 
V
S
 
S
M
 
I
P
 
P
I
 
-
L
 
A
T
 
S
S
 
E
V
 
V
T
 
Y
L
 
A
P
 
E
A
 
N
G
 
G
V
 
I
M
 
L
Q
 
E
M
 
I
S
 
T
C
 
P
C
x
A
S
x
A
S
x
T
S
 
N
T
 
P
A
 
V
F
 
F
T
 
T
Q
 
E
L
 
-
A
 
-
A
 
-
E
 
-
G
 
-
K
 
-
T
 
-
E
 
R
G
 
G
L
 
L
W
 
W
-
 
N
-
 
T
F
 
F
R
 
R
T
 
T
F
 
C
A
 
G
T
 
R
S
 
D
G
 
D
V
 
Q
Q
 
Q
A
 
G
A
 
G
M
 
I
G
 
A
A
 
G
K
 
K
V
 
Y
A
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
H
G
 
-
Y
 
F
K
 
K
-
 
D
-
 
A
S
 
K
V
 
V
A
 
A
I
 
I
F
 
I
Y
 
H
K
 
D
N
 
K
D
 
T
D
 
P
W
x
Y
G
 
G
Q
 
Q
D
 
G
I
 
L
G
 
A
K
 
D
L
 
E
V
 
T
A
 
K
A
 
K
D
 
A
L
 
A
E
 
N
A
 
A
L
 
A
G
 
G
I
 
V
E
 
T
V
 
E
T
 
V
G
 
M
S
 
Y
V
 
E
A
 
G
L
 
V
N
 
N
D
 
V
G
 
G
Q
 
D
P
 
K
S
 
D
Y
 
F
R
 
S
A
 
A
E
 
L
V
 
I
T
 
S
E
 
K
A
 
M
L
 
K
Q
 
E
G
 
A
Q
 
G
P
 
V
E
 
S
A
 
I
I
 
I
Y
 
Y
L
 
W
A
 
G
L
 
G
Y
 
L
P
 
H
K
 
T
E
 
E
G
 
A
I
 
G
A
 
L
A
 
I
V
 
I
R
 
R
E
 
Q
W
 
A
L
 
A
S
 
D
L
 
Q
G
 
G
G
 
L
T
 
K
Q
 
A
N
 
K
M
 
L
I
 
V
V
 
S
A
 
G
N
x
D
S
x
G
L
 
I
K
 
V
S
 
S
D
 
N
E
 
E
F
 
L
A
 
A
E
 
S
N
 
I
V
 
A
G
 
G
L
 
D
Q
 
A
F
 
V
L
 
E
G
 
G
-
 
T
-
 
L
N
 
N
T
 
T
L
 
F
G
 
G
T
 
P
D
 
D
T
 
P
A
 
-
S
 
T
P
 
L
R
 
R
A
 
P
E
 
E
S
 
N
A
 
K
D
 
E
A
 
-
F
 
-
V
 
-
T
 
-
R
 
-
Y
 
L
T
 
V
E
 
E
R
 
K
F
 
F
E
 
K
S
 
A
A
 
A
P
 
G
T
 
F
G
 
N
P
 
P

Sites not aligning to the query:

3ip5A Structure of atu2422-gaba receptor in complex with alanine (see paper)
28% identity, 63% coverage: 43:307/420 of query aligns to 18:272/348 of 3ip5A

query
sites
3ip5A
W
 
F
G
 
G
K
 
A
P
 
Q
I
 
I
A
 
Q
A
 
K
T
 
G
A
 
A
Q
 
E
F
 
Q
A
 
A
V
 
A
D
 
K
Q
 
D
V
 
I
N
 
N
E
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
I
N
 
N
G
 
G
C
 
E
Q
 
Q
I
 
I
E
 
K
M
 
I
V
 
V
L
 
L
R
 
G
D
 
D
T
 
D
Q
 
V
V
 
S
D
 
D
P
 
P
K
 
K
V
 
Q
G
 
G
V
 
I
D
 
S
A
 
V
A
 
A
K
 
N
A
 
K
L
 
F
V
 
V
D
 
-
L
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
V
R
 
K
V
 
F
L
 
V
L
 
V
G
 
G
A
 
H
V
x
F
S
x
N
S
|
S
G
 
G
V
 
V
S
 
S
M
 
I
P
 
P
I
 
-
L
 
A
T
 
S
S
 
E
V
 
V
T
 
Y
L
 
A
P
 
E
A
 
N
G
 
G
V
 
I
M
 
L
Q
 
E
M
 
I
S
 
T
C
 
P
C
x
A
S
x
A
S
x
T
S
 
N
T
 
P
A
 
V
F
 
F
T
 
T
Q
 
E
L
 
-
A
 
-
A
 
-
E
 
-
G
 
-
K
 
-
T
 
-
E
 
R
G
 
G
L
 
L
W
 
W
-
 
N
-
 
T
F
 
F
R
 
R
T
 
T
F
 
C
A
 
G
T
 
R
S
 
D
G
 
D
V
 
Q
Q
 
Q
A
 
G
A
 
G
M
 
I
G
 
A
A
 
G
K
 
K
V
 
Y
A
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
H
G
 
-
Y
 
F
K
 
K
-
 
D
-
 
A
S
 
K
V
 
V
A
 
A
I
 
I
F
 
I
Y
 
H
K
 
D
N
 
K
D
 
T
D
 
P
W
x
Y
G
 
G
Q
 
Q
D
 
G
I
 
L
G
 
A
K
 
D
L
 
E
V
 
T
A
 
K
A
 
K
D
 
A
L
 
A
E
 
N
A
 
A
L
 
A
G
 
G
I
 
V
E
 
T
V
 
E
T
 
V
G
 
M
S
 
Y
V
 
E
A
 
G
L
 
V
N
 
N
D
 
V
G
 
G
Q
 
D
P
 
K
S
 
D
Y
 
F
R
 
S
A
 
A
E
 
L
V
 
I
T
 
S
E
 
K
A
 
M
L
 
K
Q
 
E
G
 
A
Q
 
G
P
 
V
E
 
S
A
 
I
I
 
I
Y
 
Y
L
 
W
A
 
G
L
 
G
Y
 
L
P
 
H
K
 
T
E
 
E
G
 
A
I
 
G
A
 
L
A
 
I
V
 
I
R
 
R
E
 
Q
W
 
A
L
 
A
S
 
D
L
 
Q
G
 
G
G
 
L
T
 
K
Q
 
A
N
 
K
M
 
L
I
 
V
V
 
S
A
 
G
N
x
D
S
 
G
L
 
I
K
 
V
S
 
S
D
 
N
E
 
E
F
 
L
A
 
A
E
 
S
N
 
I
V
 
A
G
 
G
L
 
D
Q
 
A
F
 
V
L
 
E
G
 
G
-
 
T
-
 
L
N
 
N
T
 
T
L
 
F
G
 
G
T
 
P
D
 
D
T
 
P
A
 
-
S
 
T
P
 
L
R
 
R
A
 
P
E
 
E
S
 
N
A
 
K
D
 
E
A
 
-
F
 
-
V
 
-
T
 
-
R
 
-
Y
 
L
T
 
V
E
 
E
R
 
K
F
 
F
E
 
K
S
 
A
A
 
A
P
 
G
T
 
F
G
 
N
P
 
P

3ipcA Structure of atu2422-gaba f77a mutant receptor in complex with leucine (see paper)
28% identity, 63% coverage: 43:307/420 of query aligns to 18:272/348 of 3ipcA

query
sites
3ipcA
W
x
F
G
 
G
K
 
A
P
 
Q
I
 
I
A
 
Q
A
 
K
T
 
G
A
 
A
Q
 
E
F
 
Q
A
 
A
V
 
A
D
 
K
Q
 
D
V
 
I
N
 
N
E
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
I
N
 
N
G
 
G
C
 
E
Q
 
Q
I
 
I
E
 
K
M
 
I
V
 
V
L
 
L
R
 
G
D
 
D
T
 
D
Q
 
V
V
 
S
D
 
D
P
 
P
K
 
K
V
 
Q
G
 
G
V
 
I
D
 
S
A
 
V
A
 
A
K
 
N
A
 
K
L
 
F
V
 
V
D
 
-
L
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
V
R
 
K
V
 
F
L
 
V
L
 
V
G
 
G
A
 
H
V
x
A
S
x
N
S
|
S
G
 
G
V
 
V
S
 
S
M
 
I
P
 
P
I
 
-
L
 
A
T
 
S
S
 
E
V
 
V
T
 
Y
L
 
A
P
 
E
A
 
N
G
 
G
V
 
I
M
 
L
Q
 
E
M
 
I
S
 
T
C
 
P
C
x
A
S
x
A
S
x
T
S
 
N
T
 
P
A
 
V
F
 
F
T
 
T
Q
 
E
L
 
-
A
 
-
A
 
-
E
 
-
G
 
-
K
 
-
T
 
-
E
 
R
G
 
G
L
 
L
W
 
W
-
 
N
-
 
T
F
 
F
R
 
R
T
 
T
F
 
C
A
 
G
T
 
R
S
 
D
G
 
D
V
 
Q
Q
 
Q
A
 
G
A
 
G
M
 
I
G
 
A
A
 
G
K
 
K
V
 
Y
A
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
H
G
 
-
Y
 
F
K
 
K
-
 
D
-
 
A
S
 
K
V
 
V
A
 
A
I
 
I
F
 
I
Y
 
H
K
 
D
N
 
K
D
 
T
D
 
P
W
x
Y
G
 
G
Q
 
Q
D
 
G
I
 
L
G
 
A
K
 
D
L
 
E
V
 
T
A
 
K
A
 
K
D
 
A
L
 
A
E
 
N
A
 
A
L
 
A
G
 
G
I
 
V
E
 
T
V
 
E
T
 
V
G
 
M
S
 
Y
V
 
E
A
 
G
L
 
V
N
 
N
D
 
V
G
 
G
Q
 
D
P
 
K
S
 
D
Y
 
F
R
 
S
A
 
A
E
 
L
V
 
I
T
 
S
E
 
K
A
 
M
L
 
K
Q
 
E
G
 
A
Q
 
G
P
 
V
E
 
S
A
 
I
I
 
I
Y
 
Y
L
 
W
A
 
G
L
 
G
Y
 
L
P
 
H
K
 
T
E
 
E
G
 
A
I
 
G
A
 
L
A
 
I
V
 
I
R
 
R
E
 
Q
W
 
A
L
 
A
S
 
D
L
 
Q
G
 
G
G
 
L
T
 
K
Q
 
A
N
 
K
M
 
L
I
 
V
V
 
S
A
 
G
N
x
D
S
x
G
L
 
I
K
 
V
S
 
S
D
 
N
E
 
E
F
 
L
A
 
A
E
 
S
N
 
I
V
 
A
G
 
G
L
 
D
Q
 
A
F
 
V
L
 
E
G
 
G
-
 
T
-
 
L
N
 
N
T
 
T
L
 
F
G
 
G
T
 
P
D
 
D
T
 
P
A
 
-
S
 
T
P
 
L
R
 
R
A
 
P
E
 
E
S
 
N
A
 
K
D
 
E
A
 
-
F
 
-
V
 
-
T
 
-
R
 
-
Y
 
L
T
 
V
E
 
E
R
 
K
F
 
F
E
 
K
S
 
A
A
 
A
P
 
G
T
 
F
G
 
N
P
 
P

Sites not aligning to the query:

4n0qB Crystal structure of an abc transporter, substrate-binding protein from brucella melitensis 16m in complex with l-leucine using a crystal grown in a crystal former (microlytic)
26% identity, 53% coverage: 33:255/420 of query aligns to 5:223/345 of 4n0qB

query
sites
4n0qB
I
 
I
G
 
G
A
 
V
V
 
I
L
 
A
P
 
P
T
 
L
S
 
T
-
 
G
-
 
P
-
 
V
V
 
A
D
 
A
W
x
F
G
 
G
K
 
D
P
 
Q
I
 
V
A
 
K
A
 
K
T
 
G
A
 
A
Q
 
E
F
 
T
A
 
A
V
 
V
D
 
E
Q
 
V
V
 
I
N
 
N
E
 
K
A
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
I
N
 
K
G
 
G
C
 
E
Q
 
K
I
 
V
E
 
V
M
 
L
V
 
K
L
 
F
R
 
A
D
 
D
T
 
D
Q
 
A
V
 
G
D
 
E
P
 
P
K
 
K
V
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
S
A
 
A
A
 
A
K
 
N
A
 
Q
L
 
I
V
 
V
D
 
G
L
 
-
D
 
D
G
 
G
V
 
I
R
 
K
V
 
F
L
 
V
L
 
V
G
 
G
A
 
L
V
|
V
S
x
T
S
x
T
G
 
G
V
 
V
S
 
A
M
 
V
P
 
P
I
 
V
L
 
-
T
 
S
S
 
D
V
 
V
T
 
L
L
 
S
P
 
E
A
 
N
G
 
G
V
 
V
M
 
L
Q
 
M
M
 
V
S
 
T
C
 
P
C
x
T
S
x
A
S
x
T
S
 
G
T
 
P
A
 
D
F
 
L
T
 
T
Q
 
A
L
 
R
A
 
G
A
 
L
E
 
E
G
 
N
K
 
-
T
 
-
E
 
-
G
 
-
L
 
-
W
 
V
F
 
F
R
 
R
T
 
T
F
 
C
A
 
G
T
 
R
S
 
D
G
 
G
V
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
-
 
E
A
 
V
M
 
M
G
 
A
A
 
D
K
 
Y
V
 
V
A
 
L
A
 
K
D
 
N
R
 
M
G
 
K
Y
 
D
K
 
K
S
 
K
V
 
V
A
 
A
I
 
V
F
 
I
Y
 
H
K
 
D
N
 
K
D
 
G
D
 
A
W
x
Y
G
 
G
Q
 
K
D
 
G
I
 
L
G
 
A
K
 
D
L
 
A
V
 
F
A
 
K
A
 
A
D
 
A
L
 
I
E
 
N
A
 
K
L
 
G
G
 
G
I
 
I
E
 
T
V
 
E
T
 
V
G
 
H
S
 
Y
V
 
D
A
 
S
L
 
V
N
 
T
D
 
P
G
 
G
Q
 
D
P
 
K
S
 
D
Y
 
F
R
 
S
A
 
A
E
 
L
V
 
V
T
 
T
E
 
K
A
 
L
L
 
K
Q
 
S
G
 
A
Q
 
G
P
 
A
E
 
E
A
 
V
I
 
V
Y
 
Y
L
 
F
A
 
G
L
 
G
Y
|
Y
P
 
H
K
 
A
E
 
E
G
 
G
I
 
G
A
 
L
A
 
L
V
 
S
R
 
R
E
 
Q
W
 
-
L
 
L
S
 
H
L
 
D
G
 
A
G
 
G
T
 
M
Q
 
Q
N
 
A
M
 
L
I
 
V
V
 
L

Sites not aligning to the query:

3td9A Crystal structure of a leucine binding protein livk (tm1135) from thermotoga maritima msb8 at 1.90 a resolution
24% identity, 87% coverage: 30:393/420 of query aligns to 1:331/350 of 3td9A

query
sites
3td9A
T
 
V
T
 
V
K
 
K
I
 
I
G
 
A
A
 
V
V
 
I
L
 
L
P
 
P
T
 
M
S
 
T
-
 
G
-
 
G
-
 
I
V
 
S
D
 
A
W
x
F
G
 
G
K
 
R
P
 
M
I
 
V
A
 
W
A
 
E
T
 
G
A
 
I
Q
 
Q
F
 
I
A
 
A
V
 
H
D
 
E
Q
 
-
V
 
-
N
 
-
E
 
E
A
 
K
G
 
P
G
 
T
V
 
V
N
 
L
G
 
G
C
 
E
Q
 
E
I
 
V
E
 
E
M
 
L
V
 
V
L
 
L
R
 
L
D
 
D
T
 
T
Q
 
R
V
 
S
D
 
E
P
 
K
K
 
T
V
 
E
G
 
A
V
 
A
D
 
N
A
 
A
A
 
A
K
 
A
A
 
R
L
 
A
V
 
I
D
 
D
L
 
K
D
 
E
G
 
K
V
 
V
R
 
L
V
 
A
L
 
I
L
 
I
G
 
G
A
 
E
V
|
V
S
x
A
S
|
S
G
 
A
V
 
H
S
 
S
M
 
L
-
 
A
-
 
I
-
 
A
P
 
P
I
 
I
L
 
A
T
 
E
S
 
E
V
 
N
T
 
K
L
 
V
P
 
P
A
 
-
G
 
-
V
 
-
M
 
-
Q
 
-
M
 
M
S
 
V
C
 
T
C
 
P
S
x
A
S
|
S
S
x
T
T
 
N
A
 
P
F
 
L
T
 
V
Q
 
-
L
 
-
A
 
-
A
 
-
E
 
-
G
 
-
K
 
-
T
 
T
E
 
Q
G
 
G
L
 
R
W
 
K
F
 
F
R
 
V
T
 
S
-
 
R
-
 
V
-
 
C
F
 
F
A
 
I
T
 
D
S
 
P
G
 
F
V
 
Q
Q
 
G
A
 
A
A
 
A
M
 
M
G
 
A
A
 
V
K
 
F
V
 
A
A
 
Y
A
 
K
D
 
N
R
 
L
G
 
G
Y
 
A
K
 
K
S
 
R
V
 
V
A
 
V
I
 
V
F
 
F
Y
 
T
K
 
D
-
 
V
N
 
E
D
 
Q
D
 
D
W
x
Y
G
 
S
Q
 
V
D
 
G
I
 
L
G
 
S
K
 
N
L
 
F
V
 
F
A
 
I
A
 
N
D
 
K
L
 
F
E
 
T
A
 
E
L
 
L
G
 
G
I
 
G
E
 
Q
V
 
V
T
 
K
G
 
-
S
 
R
V
 
V
A
 
F
L
 
F
N
 
R
D
 
S
G
 
G
Q
 
D
P
 
Q
S
 
D
Y
 
F
R
 
S
A
 
A
E
 
Q
V
 
L
T
 
S
E
 
V
A
 
A
L
 
M
Q
 
S
G
 
F
Q
 
N
P
 
P
E
 
D
A
 
A
I
 
I
Y
 
Y
L
 
I
A
 
T
L
 
G
Y
|
Y
P
 
Y
K
 
P
E
 
E
G
 
I
I
 
A
A
 
L
A
 
I
V
 
S
R
 
R
E
 
Q
W
 
A
L
 
R
S
 
Q
L
 
L
G
 
G
G
 
F
T
 
T
Q
 
G
N
 
Y
M
 
I
I
 
L
V
 
A
A
 
G
N
x
D
S
x
G
L
 
A
K
 
D
S
 
A
D
 
P
E
 
E
F
 
L
A
 
I
E
 
E
N
 
-
V
 
I
G
 
G
L
 
G
Q
 
E
F
 
A
L
 
V
G
 
E
N
 
G
T
 
L
L
 
L
G
 
F
T
 
T
D
 
T
T
x
H
A
 
Y
S
 
H
P
 
P
R
 
K
A
 
A
E
 
A
S
 
S
-
 
N
-
 
P
-
 
V
A
 
A
D
 
K
A
 
K
F
 
F
V
 
V
T
 
E
R
 
V
Y
 
Y
T
 
K
E
 
E
R
 
K
F
 
Y
E
 
G
S
 
K
A
 
E
P
 
P
T
 
A
G
 
A
P
x
L
G
 
N
L
 
-
A
 
A
N
 
L
S
 
G
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
Y
M
 
M
I
 
V
A
 
L
L
 
L
L
 
D
A
 
A
M
 
I
Q
 
E
A
 
R
A
 
A
G
 
G
E
 
-
G
 
S
A
 
F
S
 
D
G
 
R
A
 
E
E
 
K
I
 
I
A
 
A
A
 
E
Q
 
E
V
 
I
G
 
R
R
 
K
V
 
T
T
 
R
N
 
N
P
 
-
E
 
-
G
 
-
T
 
-
P
 
-
I
 
-
S
 
-
A
 
-
D
 
-
G
 
-
A
 
-
G
 
-
F
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
-
V
 
-
E
 
-
V
 
-
L
 
-
S
 
-
S
 
-
G
 
-
G
 
-
D
 
-
V
 
-
F
 
-
Y
 
F
Q
 
N
G
 
G
A
 
A
T
 
S
G
 
G
N
 
I
V
 
I
Q
 
N
F
 
I
D
 
D
E
 
E
N
 
N
G
 
G
D
 
D
V
 
A
S
 
I
A
 
K
P
 
S
A
 
V
V
 
V
I
 
V

4mlcA Abc transporter substrate-binding protein fromdesulfitobacterium hafniense
27% identity, 36% coverage: 52:201/420 of query aligns to 23:166/336 of 4mlcA

query
sites
4mlcA
Q
 
E
F
 
L
A
 
A
V
 
V
D
 
Q
Q
 
E
V
 
I
N
 
N
E
 
E
A
 
Q
G
 
G
G
 
G
V
 
V
N
 
Q
G
 
G
C
 
R
Q
 
K
I
 
L
E
 
S
M
 
L
V
 
V
L
 
K
R
 
A
D
 
D
T
 
D
Q
 
E
V
 
A
D
 
E
P
 
L
K
 
E
V
 
K
G
 
G
V
 
L
D
 
A
A
 
I
A
 
A
K
 
Q
A
 
A
L
 
F
V
 
A
D
 
D
L
 
N
D
 
A
G
 
G
V
 
I
R
 
Q
V
 
A
L
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
H
V
 
R
S
 
N
S
 
S
G
 
F
V
 
I
S
 
S
M
 
I
P
 
P
I
 
A
L
 
-
T
 
A
S
 
S
V
 
I
T
 
Y
L
 
D
P
 
Q
A
 
A
G
 
G
V
 
L
M
 
V
Q
 
M
M
 
L
S
 
S
C
 
P
C
 
A
S
 
S
S
 
T
S
 
S
T
 
P
A
 
D
F
 
L
T
 
T
Q
 
D
L
 
-
A
 
-
A
 
-
E
 
H
G
 
G
K
 
Y
T
 
I
E
 
H
G
 
-
L
 
-
W
 
V
F
 
F
R
 
R
T
 
N
F
 
I
A
 
P
T
 
S
S
 
D
G
 
Q
V
 
E
Q
 
I
A
 
A
A
 
R
M
 
Q
G
 
L
A
 
A
K
 
I
V
 
Y
A
 
L
A
 
A
D
 
E
R
 
Q
G
 
G
Y
 
H
K
x
E
S
 
R
V
 
M
A
 
V
I
 
I
F
 
Y
Y
 
Y
K
 
T
N
 
D
D
 
D
D
 
S
W
 
Y
G
 
G
Q
 
N
D
 
G
I
 
L
G
 
A
K
 
N
L
 
A
V
 
F
A
 
E
A
 
D
D
 
Y
L
 
A
E
 
R
A
 
A
L
 
Q
G
|
G
I
 
I
E
 
T
V
 
I
T
 
V

4q6bA Crystal structure of abc transporter substrate-binding protein fromdesulfitobacterium hafniense complex with leu
27% identity, 36% coverage: 52:201/420 of query aligns to 23:166/335 of 4q6bA

query
sites
4q6bA
Q
 
E
F
 
L
A
 
A
V
 
V
D
 
Q
Q
 
E
V
 
I
N
 
N
E
 
E
A
 
Q
G
 
G
G
 
G
V
 
V
N
 
Q
G
 
G
C
 
R
Q
 
K
I
 
L
E
 
S
M
 
L
V
 
V
L
 
K
R
 
A
D
 
D
T
 
D
Q
 
E
V
 
A
D
 
E
P
 
L
K
 
E
V
 
K
G
 
G
V
 
L
D
 
A
A
 
I
A
 
A
K
 
Q
A
 
A
L
 
F
V
 
A
D
 
D
L
 
N
D
 
A
G
 
G
V
 
I
R
 
Q
V
 
A
L
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
H
V
x
R
S
x
N
S
|
S
G
 
F
V
 
I
S
 
S
M
 
I
P
 
P
I
 
A
L
 
-
T
 
A
S
 
S
V
 
I
T
 
Y
L
 
D
P
 
Q
A
 
A
G
 
G
V
 
L
M
 
V
Q
 
M
M
 
L
S
 
S
C
 
P
C
x
A
S
|
S
S
x
T
S
 
S
T
 
P
A
 
D
F
 
L
T
 
T
Q
 
D
L
 
-
A
 
-
A
 
-
E
 
H
G
 
G
K
 
Y
T
 
I
E
 
H
G
 
-
L
 
-
W
 
V
F
 
F
R
 
R
T
 
N
F
 
I
A
 
P
T
 
S
S
 
D
G
 
Q
V
 
E
Q
 
I
A
 
A
A
 
R
M
 
Q
G
 
L
A
 
A
K
 
I
V
 
Y
A
 
L
A
 
A
D
 
E
R
 
Q
G
 
G
Y
 
H
K
 
E
S
 
R
V
 
M
A
 
V
I
 
I
F
 
Y
Y
 
Y
K
 
T
N
 
D
D
 
D
D
 
S
W
 
Y
G
 
G
Q
 
N
D
 
G
I
 
L
G
 
A
K
 
N
L
 
A
V
 
F
A
 
E
A
 
D
D
 
Y
L
 
A
E
 
R
A
 
A
L
 
Q
G
 
G
I
 
I
E
 
T
V
 
I
T
 
V

Sites not aligning to the query:

4gnrA 1.0 angstrom resolution crystal structure of the branched-chain amino acid transporter substrate binding protein livj from streptococcus pneumoniae str. Canada mdr_19a in complex with isoleucine
24% identity, 71% coverage: 51:347/420 of query aligns to 26:313/348 of 4gnrA

query
sites
4gnrA
A
 
A
Q
 
Q
F
 
L
A
 
A
V
 
V
D
 
D
Q
 
E
V
 
I
N
 
N
E
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
I
N
 
D
G
 
G
C
 
K
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
M
 
V
V
 
V
L
 
D
R
 
K
D
 
D
T
 
N
Q
 
K
V
 
S
D
 
E
P
 
T
K
 
A
V
 
E
G
 
A
V
 
A
D
 
S
A
 
V
A
 
T
K
 
T
A
 
N
L
 
L
V
 
V
D
 
T
L
 
Q
D
 
S
G
 
K
V
 
V
R
 
S
V
 
A
L
 
V
L
 
V
G
 
G
A
 
P
V
x
A
S
x
T
S
|
S
G
 
G
V
 
A
S
 
T
M
 
A
P
 
A
I
 
-
L
 
A
T
 
V
S
 
A
V
 
N
T
 
A
L
 
T
P
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
V
M
 
P
Q
 
L
M
 
I
S
 
S
C
 
P
C
x
S
S
x
A
S
x
T
S
 
Q
T
 
D
A
 
G
F
 
L
T
 
T
Q
 
K
L
 
-
A
 
-
A
 
-
E
 
-
G
 
-
K
 
G
T
 
Q
E
 
D
G
 
Y
L
 
L
W
 
F
F
 
I
R
 
G
T
 
T
F
 
F
A
 
Q
T
 
D
S
 
S
G
 
F
V
 
Q
Q
 
G
A
 
K
A
 
I
M
 
I
G
 
S
A
 
N
K
 
Y
V
 
V
A
 
S
A
 
E
D
 
K
R
 
L
G
 
N
Y
 
A
K
 
K
S
 
K
V
 
V
A
 
V
I
 
L
F
 
Y
Y
 
T
K
 
D
N
 
N
-
 
A
D
 
S
D
 
D
W
x
Y
G
 
A
Q
 
K
D
 
G
I
 
I
G
 
A
K
 
K
L
 
S
V
 
F
A
 
-
A
 
-
D
 
-
L
 
R
E
 
E
A
 
S
L
 
Y
G
 
K
I
 
G
E
 
E
V
 
I
T
 
V
G
 
A
S
 
D
V
 
E
A
 
T
L
 
F
N
 
V
D
 
A
G
 
G
Q
 
D
P
 
T
S
 
D
Y
 
F
R
 
Q
A
 
A
E
 
A
V
 
L
T
 
T
E
 
K
A
 
M
L
 
K
Q
 
G
G
 
K
Q
 
D
P
 
F
E
 
D
A
 
A
I
 
I
Y
 
V
L
 
V
A
 
P
L
 
G
Y
|
Y
P
 
Y
K
 
N
E
 
E
G
 
A
I
 
G
A
 
K
A
 
I
V
 
V
R
 
N
E
 
Q
W
 
A
L
 
R
S
 
G
L
 
M
G
 
G
G
 
I
T
 
D
Q
 
K
N
 
P
M
 
I
I
 
V
V
 
G
A
 
G
N
x
D
S
x
G
L
 
F
K
 
N
S
 
G
D
 
E
E
 
E
F
 
F
A
 
V
E
 
Q
N
 
Q
V
 
A
G
 
T
L
 
A
Q
 
E
F
 
K
L
 
A
G
 
S
N
 
N
T
 
I
L
 
Y
-
 
F
-
 
I
-
 
S
G
 
G
T
 
F
D
 
S
T
 
T
A
 
T
S
 
V
P
 
E
R
 
V
A
 
S
E
 
A
S
 
K
A
 
A
D
 
K
A
 
A
F
 
F
V
 
L
T
 
D
R
 
A
Y
 
Y
T
 
R
E
 
A
R
 
K
F
 
Y
E
 
N
S
 
E
A
 
E
P
 
P
-
 
S
T
 
T
G
x
F
P
 
A
G
 
A
L
 
L
A
 
A
N
 
-
S
 
-
Y
 
Y
D
 
D
A
 
S
T
 
-
M
 
-
I
 
V
A
 
H
L
 
L
L
 
V
A
 
A
M
 
N
Q
 
A
A
 
A
A
 
K
G
 
G
E
 
A
G
 
K
A
 
N
S
 
S
G
 
G
A
 
-
E
 
E
I
 
I
A
 
K
A
 
D
Q
 
N
V
 
L
G
 
A
R
 
K
V
 
T
T
 
K
N
 
D
P
 
F
E
 
E
G
 
G

Sites not aligning to the query:

1uskA L-leucine-binding protein with leucine bound (see paper)
21% identity, 67% coverage: 33:315/420 of query aligns to 8:267/345 of 1uskA

query
sites
1uskA
I
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
M
L
 
S
P
 
G
T
 
P
S
 
I
V
 
A
D
 
Q
W
|
W
G
 
G
K
 
D
P
 
M
I
 
E
A
 
F
A
 
N
T
 
G
A
 
A
Q
 
R
F
 
Q
A
 
A
V
 
I
D
 
K
Q
 
D
V
 
I
N
 
N
E
 
A
A
 
K
G
 
G
G
 
G
V
 
I
N
 
K
G
 
G
C
 
D
Q
 
K
I
 
L
E
 
V
M
 
G
V
 
V
L
 
E
R
 
Y
D
 
D
T
 
D
Q
 
A
V
 
C
D
 
D
P
 
P
K
 
K
V
 
Q
G
 
A
V
 
V
D
 
A
A
 
V
A
 
A
K
 
N
A
 
K
L
 
I
V
 
V
D
 
N
L
 
-
D
 
D
G
 
G
V
 
I
R
 
K
V
 
Y
L
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
H
V
x
L
S
x
C
S
|
S
G
 
S
V
 
S
S
 
T
M
 
Q
P
 
P
I
 
-
L
 
A
T
 
S
S
 
D
V
 
I
T
 
Y
L
 
E
P
 
D
A
 
E
G
 
G
V
 
I
M
 
L
Q
 
M
M
 
I
S
 
S
C
 
P
C
x
G
S
x
A
S
x
T
S
 
N
T
 
P
A
 
E
F
 
L
T
 
T
Q
 
Q
L
 
R
A
 
G
A
 
Y
E
 
Q
G
 
-
K
 
-
T
 
-
E
 
-
G
 
-
L
 
H
W
 
I
F
 
M
R
 
R
T
 
T
F
 
A
A
 
G
T
 
L
S
 
D
G
 
S
V
 
S
Q
 
Q
A
 
G
A
 
P
M
 
T
G
 
A
A
 
A
K
 
K
V
 
Y
A
 
I
A
 
L
D
 
E
R
 
T
-
 
V
G
 
K
Y
 
P
K
 
Q
S
 
R
V
 
I
A
 
A
I
 
I
F
 
I
Y
 
H
K
 
D
N
 
K
D
 
Q
D
 
Q
W
x
Y
G
 
G
Q
 
E
D
 
G
I
 
L
G
 
A
K
 
R
L
 
S
V
 
V
A
 
Q
A
 
D
D
 
G
L
 
L
E
 
K
A
 
A
L
 
A
G
 
N
I
 
A
E
 
N
V
 
V
T
 
V
G
 
F
S
 
F
V
 
D
A
 
G
L
 
I
N
 
T
D
 
A
G
 
G
Q
 
E
P
 
K
S
 
D
Y
 
F
R
 
S
A
 
A
E
 
L
V
 
I
T
 
A
E
 
R
A
 
L
L
 
K
Q
 
K
G
 
E
Q
 
N
P
 
I
E
 
D
A
 
F
I
 
V
Y
 
Y
L
 
Y
A
 
G
L
 
G
Y
|
Y
P
 
Y
K
 
P
E
 
E
G
 
M
I
 
G
A
 
Q
A
 
M
V
 
L
R
 
R
E
 
Q
W
 
A
L
 
R
S
 
S
L
 
V
G
 
G
-
 
L
G
 
K
T
 
T
Q
 
Q
N
 
F
M
 
M
I
 
-
V
 
-
A
 
-
N
 
-
S
 
-
L
 
-
K
 
-
S
 
-
D
 
-
E
 
-
F
 
G
A
 
P
E
|
E
N
x
G
V
 
V
G
 
G
L
 
N
Q
 
A
F
 
S
L
 
L
G
 
S
N
 
N
T
 
I
L
 
A
G
 
G
T
 
-
D
 
-
T
 
-
A
 
-
S
 
-
P
 
-
R
 
-
A
 
-
E
 
D
S
 
A
A
 
A
D
 
E
A
 
G
F
 
M
V
 
L
T
 
V
R
 
T
Y
 
M
T
 
P
E
 
K
R
 
R
F
 
Y
E
 
D
S
 
Q
A
 
D
P
 
P
T
 
A
G
 
N
P
 
Q
G
 
G
L
 
I
A
 
V
N
 
D
S
 
A
Y
 
L
D
 
K
A
 
A

Sites not aligning to the query:

1usiA L-leucine-binding protein with phenylalanine bound (see paper)
21% identity, 67% coverage: 33:315/420 of query aligns to 8:267/345 of 1usiA

query
sites
1usiA
I
 
V
G
 
G
A
 
A
V
 
M
L
 
S
P
 
G
T
 
P
S
 
I
V
 
A
D
 
Q
W
|
W
G
 
G
K
 
D
P
 
M
I
 
E
A
 
F
A
 
N
T
 
G
A
 
A
Q
 
R
F
 
Q
A
 
A
V
 
I
D
 
K
Q
 
D
V
 
I
N
 
N
E
 
A
A
 
K
G
 
G
G
 
G
V
 
I
N
 
K
G
 
G
C
 
D
Q
 
K
I
 
L
E
 
V
M
 
G
V
 
V
L
 
E
R
 
Y
D
 
D
T
 
D
Q
 
A
V
 
C
D
 
D
P
 
P
K
 
K
V
 
Q
G
 
A
V
 
V
D
 
A
A
 
V
A
 
A
K
 
N
A
 
K
L
 
I
V
 
V
D
 
N
L
 
-
D
 
D
G
 
G
V
 
I
R
 
K
V
 
Y
L
 
V
L
 
I
G
 
G
A
 
H
V
x
L
S
x
C
S
|
S
G
 
S
V
 
S
S
 
T
M
 
Q
P
 
P
I
 
-
L
 
A
T
 
S
S
 
D
V
 
I
T
 
Y
L
 
E
P
 
D
A
 
E
G
 
G
V
 
I
M
 
L
Q
 
M
M
 
I
S
 
S
C
 
P
C
x
G
S
x
A
S
x
T
S
 
N
T
 
P
A
 
E
F
 
L
T
 
T
Q
 
Q
L
 
R
A
 
G
A
 
Y
E
 
Q
G
 
-
K
 
-
T
 
-
E
 
-
G
 
-
L
 
H
W
 
I
F
 
M
R
 
R
T
 
T
F
 
A
A
 
G
T
 
L
S
 
D
G
 
S
V
 
S
Q
 
Q
A
 
G
A
 
P
M
 
T
G
 
A
A
 
A
K
 
K
V
 
Y
A
 
I
A
 
L
D
 
E
R
 
T
-
 
V
G
 
K
Y
 
P
K
 
Q
S
 
R
V
 
I
A
 
A
I
 
I
F
 
I
Y
 
H
K
 
D
N
 
K
D
 
Q
D
 
Q
W
x
Y
G
 
G
Q
 
E
D
 
G
I
 
L
G
 
A
K
 
R
L
 
S
V
 
V
A
 
Q
A
 
D
D
 
G
L
 
L
E
 
K
A
 
A
L
 
A
G
 
N
I
 
A
E
 
N
V
 
V
T
 
V
G
 
F
S
 
F
V
 
D
A
 
G
L
 
I
N
 
T
D
 
A
G
 
G
Q
 
E
P
 
K
S
 
D
Y
 
F
R
 
S
A
 
A
E
 
L
V
 
I
T
 
A
E
 
R
A
 
L
L
 
K
Q
 
K
G
 
E
Q
 
N
P
 
I
E
 
D
A
 
F
I
 
V
Y
 
Y
L
 
Y
A
 
G
L
 
G
Y
|
Y
P
 
Y
K
 
P
E
 
E
G
 
M
I
 
G
A
 
Q
A
 
M
V
 
L
R
 
R
E
 
Q
W
 
A
L
 
R
S
 
S
L
 
V
G
 
G
-
 
L
G
 
K
T
 
T
Q
 
Q
N
 
F
M
 
M
I
 
-
V
 
-
A
 
-
N
 
-
S
 
-
L
 
-
K
 
-
S
 
-
D
 
-
E
 
-
F
 
G
A
 
P
E
|
E
N
x
G
V
 
V
G
 
G
L
 
N
Q
 
A
F
 
S
L
 
L
G
 
S
N
 
N
T
 
I
L
 
A
G
 
G
T
 
-
D
 
-
T
 
-
A
 
-
S
 
-
P
 
-
R
 
-
A
 
-
E
 
D
S
 
A
A
 
A
D
 
E
A
 
G
F
 
M
V
 
L
T
 
V
R
 
T
Y
 
M
T
 
P
E
 
K
R
 
R
F
 
Y
E
 
D
S
 
Q
A
 
D
P
 
P
T
 
A
G
 
N
P
 
Q
G
 
G
L
 
I
A
 
V
N
 
D
S
 
A
Y
 
L
D
 
K
A
 
A

Sites not aligning to the query:

4q6wA Crystal structure of periplasmic binding protein type 1 from bordetella pertussis tohama i complexed with 3-hydroxy benzoic acid
24% identity, 74% coverage: 28:337/420 of query aligns to 1:329/376 of 4q6wA

query
sites
4q6wA
A
 
A
C
 
D
T
 
T
T
 
I
K
 
K
I
 
I
G
 
G
-
 
M
-
 
T
-
 
S
A
 
A
V
 
L
L
 
T
P
 
G
T
 
P
S
 
Y
V
 
N
D
 
E
W
x
F
G
 
G
K
 
E
P
 
G
I
 
N
A
 
R
A
 
R
T
 
A
A
 
V
Q
 
E
F
 
L
A
 
A
V
 
V
D
 
E
Q
 
Q
V
 
W
N
 
N
E
 
A
A
 
K
G
 
G
G
 
G
V
 
I
N
 
N
G
 
G
C
 
K
Q
 
K
I
 
I
E
 
E
M
 
I
-
 
A
V
 
M
L
 
L
R
 
L
D
 
D
T
 
D
Q
 
Q
V
 
L
D
 
N
P
 
P
K
 
D
V
 
R
G
 
A
V
 
V
D
 
Q
A
 
N
A
 
I
K
 
R
A
 
A
L
 
I
V
 
L
D
 
D
L
 
N
D
 
K
G
 
D
V
 
I
R
 
V
V
 
G
L
 
I
L
 
I
G
 
G
A
 
P
V
 
A
S
x
G
S
|
S
G
 
G
V
 
P
S
 
M
M
 
L
P
 
A
I
 
V
L
 
I
T
 
D
S
 
M
V
 
V
T
 
Q
L
 
A
P
 
-
A
 
D
G
 
G
V
 
R
M
 
P
Q
 
Y
M
 
M
S
 
N
C
 
P
C
x
I
S
x
A
S
x
Q
S
 
T
T
 
P
A
 
V
F
 
V
T
 
T
-
 
Y
-
 
P
-
 
G
Q
 
E
L
 
K
A
 
T
A
 
G
E
 
E
G
 
K
K
 
P
T
 
R
E
 
P
G
 
N
L
 
V
W
 
F
F
 
S
R
 
F
T
 
A
F
 
L
A
 
Q
T
 
N
S
 
D
G
 
I
V
 
E
Q
 
A
A
 
V
A
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
E
K
 
Y
V
 
L
A
 
A
A
 
-
D
 
-
R
 
K
G
 
K
Y
 
F
K
 
K
S
 
R
V
 
V
A
 
G
I
 
I
F
 
I
Y
 
H
K
 
E
N
 
S
D
 
T
D
 
A
W
x
Y
G
 
G
-
 
V
Q
 
T
D
 
G
I
 
V
G
 
D
K
 
Y
L
 
L
V
 
A
A
 
A
A
 
S
D
 
I
L
 
A
E
 
K
A
 
N
L
 
G
G
 
G
I
 
A
E
 
K
V
 
P
T
 
V
G
 
A
S
 
T
V
 
D
A
 
S
L
 
Y
N
 
N
D
 
Q
G
 
G
Q
 
A
P
 
Q
S
 
D
Y
 
M
R
 
T
A
 
A
E
 
Q
V
 
V
T
 
A
E
 
R
A
 
M
L
 
K
Q
 
R
G
 
A
Q
 
N
P
 
V
E
 
D
A
 
A
I
 
I
Y
 
A
L
 
A
A
 
I
L
 
G
Y
x
L
P
 
G
K
 
K
E
 
D
G
 
L
I
 
A
A
 
V
A
 
L
V
 
R
R
 
R
E
 
T
W
 
M
L
 
A
S
 
R
L
 
L
G
 
N
G
 
V
T
 
N
Q
 
V
N
 
P
M
 
L
I
 
A
V
 
A
A
 
S
N
 
N
S
x
G
L
 
A
K
 
L
S
 
G
D
 
Q
E
 
P
F
 
Y
A
 
Q
E
 
E
N
 
G
V
 
A
G
 
G
L
 
E
Q
 
L
F
 
T
L
 
L
G
 
G
N
 
-
T
 
T
L
 
L
G
 
G
T
 
T
-
 
M
-
 
I
-
 
G
-
 
A
-
 
F
-
 
G
-
 
N
D
 
P
T
 
M
A
 
R
S
 
A
P
 
P
R
 
A
A
 
A
E
 
D
S
 
F
A
 
A
D
 
K
A
 
A
F
 
Y
V
 
K
T
 
A
R
 
K
Y
 
Y
-
 
G
T
 
T
E
 
D
R
 
R
-
 
W
F
 
W
E
 
G
S
 
N
A
 
D
P
 
P
T
 
E
G
 
N
P
 
P
G
 
Q
L
 
L
-
 
F
-
 
M
-
 
A
-
x
I
-
 
S
-
 
V
A
 
S
N
 
N
S
 
G
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
A
M
 
N
I
 
I
A
 
L
L
 
F
L
 
E
A
 
G
M
 
I
Q
 
R
A
 
L
A
 
A
G
 
N
E
 
S
G
 
T
A
 
D
S
 
P
G
 
K
A
 
A
E
 
V
I
 
I
A
 
A
A
 
A

4rv5A The crystal structure of a solute-binding protein from anabaena variabilis atcc 29413 in complex with pyruvic acid
21% identity, 72% coverage: 43:346/420 of query aligns to 18:310/364 of 4rv5A

query
sites
4rv5A
W
 
L
G
 
G
K
 
Q
P
 
E
I
 
Q
A
 
V
A
 
A
T
 
G
A
 
A
Q
 
K
F
 
I
A
 
A
V
 
E
D
 
K
Q
 
Y
V
 
F
N
 
N
E
 
D
A
 
K
G
 
G
G
 
G
V
 
V
N
 
N
G
 
G
C
 
T
Q
 
P
I
 
I
E
 
K
M
 
L
V
 
I
L
 
F
R
 
Q
D
 
D
T
 
T
Q
 
A
V
 
G
D
 
D
P
 
E
K
 
A
V
 
G
G
 
T
V
 
I
D
 
N
A
 
A
A
 
F
K
 
Q
A
 
T
L
 
L
V
 
I
D
 
N
L
 
K
D
 
D
G
 
K
V
 
V
R
 
V
V
 
G
L
 
I
L
 
V
G
 
G
A
 
P
V
x
T
S
x
L
S
|
S
G
 
Q
V
 
Q
S
 
A
M
 
F
-
 
S
-
 
A
-
 
N
P
 
P
I
 
I
L
 
A
T
 
E
S
 
R
V
 
A
T
 
K
L
 
V
P
 
P
A
 
V
G
 
-
V
 
-
M
 
-
Q
 
-
M
 
V
S
 
G
C
 
P
C
x
S
S
x
N
S
x
T
S
 
A
T
 
K
A
 
G
F
 
I
T
x
P
Q
 
E
L
 
I
A
x
G
A
 
D
E
 
Y
G
x
V
K
 
A
T
 
R
E
 
V
G
 
S
L
 
A
W
 
P
F
 
V
R
 
S
T
 
V
F
 
V
A
 
A
T
 
P
S
 
N
G
 
S
V
 
V
Q
 
K
A
 
A
A
 
A
M
 
L
G
 
-
A
 
-
K
 
-
V
 
-
A
 
K
A
 
Q
D
 
N
R
 
P
G
 
N
Y
 
I
K
 
K
S
 
K
V
 
V
A
 
A
I
 
V
F
 
F
Y
 
F
-
 
A
K
 
Q
N
 
N
D
 
D
D
 
A
W
x
F
G
 
S
Q
 
K
D
 
S
I
 
E
G
 
T
K
 
E
L
 
I
V
 
F
A
 
Q
A
 
Q
D
 
T
L
 
V
E
 
K
A
 
D
L
 
Q
G
 
G
I
 
L
E
 
E
V
 
L
T
 
V
G
 
T
S
 
V
V
 
Q
A
 
K
L
 
F
N
 
Q
D
 
T
G
 
T
Q
 
D
P
 
T
S
 
D
Y
 
F
R
 
Q
A
 
S
E
 
Q
V
 
A
T
 
T
E
 
N
A
 
A
L
 
I
Q
 
N
G
 
L
Q
 
K
P
 
P
E
 
D
A
 
L
I
 
V
Y
 
I
L
 
I
A
 
S
L
 
G
Y
 
L
P
 
A
K
 
A
E
 
D
G
 
G
I
 
G
A
 
N
A
 
L
V
 
V
R
 
R
E
 
Q
W
 
L
L
 
R
S
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
Y
T
 
Q
Q
 
G
N
 
A
M
 
I
I
 
I
V
 
G
A
 
G
N
|
N
S
 
G
L
 
L
K
 
N
-
 
T
S
 
S
D
 
N
E
 
V
F
 
F
A
 
A
E
 
-
N
 
-
V
 
V
G
 
C
L
 
K
Q
 
A
F
 
L
L
 
C
G
 
D
N
 
G
T
 
V
L
 
L
G
 
I
T
 
A
D
 
Q
T
 
A
A
 
Y
S
 
S
P
 
P
R
 
E
-
 
Y
-
 
T
A
 
G
E
 
E
S
 
I
A
 
N
D
 
K
A
 
A
F
 
F
V
 
R
T
 
Q
R
 
A
Y
 
Y
T
 
V
E
 
D
R
 
Q
F
 
Y
E
 
K
S
 
K
A
 
E
P
 
P
T
 
-
G
 
-
P
 
P
G
 
Q
L
 
F
A
 
S
N
 
A
S
 
Q
Y
 
-
D
 
-
A
 
-
T
 
-
M
 
-
I
 
-
A
 
A
L
 
F
L
 
A
A
 
A
M
 
V
Q
 
Q
A
 
V
A
 
Y
G
 
V
E
 
E
G
 
S
A
 
L
S
 
K
G
 
A
A
 
L
E
 
D
I
 
T
A
 
K
A
 
N
Q
 
K
V
 
V
G
 
S
R
 
K
V
 
I
T
 
Q
N
 
L
P
 
P
E
 
E

Sites not aligning to the query:

4obbA The crystal structure of a solute-binding protein from anabaena variabilis atcc 29413 in complex with (3s)-3-methyl-2-oxopentanoic acid.
21% identity, 72% coverage: 43:346/420 of query aligns to 18:310/364 of 4obbA

query
sites
4obbA
W
x
L
G
 
G
K
 
Q
P
 
E
I
 
Q
A
 
V
A
 
A
T
 
G
A
 
A
Q
 
K
F
 
I
A
 
A
V
 
E
D
 
K
Q
 
Y
V
 
F
N
 
N
E
 
D
A
 
K
G
 
G
G
 
G
V
 
V
N
 
N
G
 
G
C
 
T
Q
 
P
I
 
I
E
 
K
M
 
L
V
 
I
L
 
F
R
 
Q
D
 
D
T
 
T
Q
 
A
V
 
G
D
 
D
P
 
E
K
 
A
V
 
G
G
 
T
V
 
I
D
 
N
A
 
A
A
 
F
K
 
Q
A
 
T
L
 
L
V
 
I
D
 
N
L
 
K
D
 
D
G
 
K
V
 
V
R
 
V
V
 
G
L
 
I
L
 
V
G
 
G
A
 
P
V
x
T
S
x
L
S
|
S
G
 
Q
V
 
Q
S
 
A
M
 
F
-
 
S
-
 
A
-
 
N
P
 
P
I
 
I
L
 
A
T
 
E
S
 
R
V
 
A
T
 
K
L
 
V
P
 
P
A
 
V
G
 
-
V
 
-
M
 
-
Q
 
-
M
 
V
S
 
G
C
 
P
C
x
S
S
x
N
S
x
T
S
 
A
T
 
K
A
 
G
F
 
I
T
x
P
Q
 
E
L
 
I
A
x
G
A
 
D
E
 
Y
G
x
V
K
 
A
T
 
R
E
 
V
G
 
S
L
 
A
W
 
P
F
 
V
R
 
S
T
 
V
F
 
V
A
 
A
T
 
P
S
 
N
G
 
S
V
 
V
Q
 
K
A
 
A
A
 
A
M
 
L
G
 
-
A
 
-
K
 
-
V
 
-
A
 
K
A
 
Q
D
 
N
R
 
P
G
 
N
Y
 
I
K
 
K
S
 
K
V
 
V
A
 
A
I
 
V
F
 
F
Y
 
F
-
 
A
K
 
Q
N
 
N
D
 
D
D
 
A
W
x
F
G
 
S
Q
 
K
D
 
S
I
 
E
G
 
T
K
 
E
L
 
I
V
 
F
A
 
Q
A
 
Q
D
 
T
L
 
V
E
 
K
A
 
D
L
 
Q
G
 
G
I
 
L
E
 
E
V
 
L
T
 
V
G
 
T
S
 
V
V
 
Q
A
 
K
L
 
F
N
 
Q
D
 
T
G
 
T
Q
 
D
P
 
T
S
 
D
Y
 
F
R
 
Q
A
 
S
E
 
Q
V
 
A
T
 
T
E
 
N
A
 
A
L
 
I
Q
 
N
G
 
L
Q
 
K
P
 
P
E
 
D
A
 
L
I
 
V
Y
 
I
L
 
I
A
 
S
L
 
G
Y
 
L
P
 
A
K
 
A
E
 
D
G
 
G
I
 
G
A
 
N
A
 
L
V
 
V
R
 
R
E
 
Q
W
 
L
L
 
R
S
 
E
L
 
L
G
 
G
G
 
Y
T
 
Q
Q
 
G
N
 
A
M
 
I
I
 
I
V
 
G
A
 
G
N
|
N
S
x
G
L
 
L
K
 
N
-
 
T
S
 
S
D
 
N
E
 
V
F
 
F
A
 
A
E
 
-
N
 
-
V
 
V
G
 
C
L
 
K
Q
 
A
F
 
L
L
 
C
G
 
D
N
 
G
T
 
V
L
 
L
G
 
I
T
 
A
D
 
Q
T
 
A
A
 
Y
S
 
S
P
 
P
R
 
E
-
 
Y
-
 
T
A
 
G
E
 
E
S
 
I
A
 
N
D
 
K
A
 
A
F
 
F
V
 
R
T
 
Q
R
 
A
Y
 
Y
T
 
V
E
 
D
R
 
Q
F
 
Y
E
 
K
S
 
K
A
 
E
P
 
P
T
 
-
G
 
-
P
 
P
G
 
Q
L
x
F
A
 
S
N
 
A
S
 
Q
Y
 
-
D
 
-
A
 
-
T
 
-
M
 
-
I
 
-
A
 
A
L
 
F
L
 
A
A
 
A
M
 
V
Q
 
Q
A
 
V
A
 
Y
G
 
V
E
 
E
G
 
S
A
 
L
S
 
K
G
 
A
A
 
L
E
 
D
I
 
T
A
 
K
A
 
N
Q
 
K
V
 
V
G
 
S
R
 
K
V
 
I
T
 
Q
N
 
L
P
 
P
E
 
E

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>3608583 Dshi_1977 Extracellular ligand-binding receptor (RefSeq)
MKTTTLARTGLMLGAALGVLVTAGAASACTTKIGAVLPTSVDWGKPIAATAQFAVDQVNE
AGGVNGCQIEMVLRDTQVDPKVGVDAAKALVDLDGVRVLLGAVSSGVSMPILTSVTLPAG
VMQMSCCSSSTAFTQLAAEGKTEGLWFRTFATSGVQAAMGAKVAADRGYKSVAIFYKNDD
WGQDIGKLVAADLEALGIEVTGSVALNDGQPSYRAEVTEALQGQPEAIYLALYPKEGIAA
VREWLSLGGTQNMIVANSLKSDEFAENVGLQFLGNTLGTDTASPRAESADAFVTRYTERF
ESAPTGPGLANSYDATMIALLAMQAAGEGASGAEIAAQVGRVTNPEGTPISADGAGFAAA
VEVLSSGGDVFYQGATGNVQFDENGDVSAPAVIWSFTEEGITEQEYISLDEVNAFMASLK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory