SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing 6937151 FitnessBrowser__SB2B:6937151 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 3 hits to proteins with known functional sites (download)

P76216 N-succinylarginine dihydrolase; EC 3.5.3.23 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
57% identity, 100% coverage: 1:444/444 of query aligns to 1:441/447 of P76216

query
sites
P76216
M
 
M
K
 
N
H
 
A
F
 
W
E
 
E
A
 
V
N
 
N
F
 
F
D
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
V
G
 
G
P
 
L
T
 
T
H
 
H
N
 
H
Y
 
Y
A
 
A
G
 
G
L
 
L
S
 
S
F
 
F
G
 
G
N
 
N
V
 
E
A
 
A
S
 
S
Q
 
T
S
 
R
N
 
H
A
 
R
A
 
F
Q
 
Q
V
 
V
S
 
S
N
 
N
P
 
P
K
 
R
D
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
K
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
L
K
 
K
A
 
M
K
 
K
A
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
D
M
 
A
G
 
G
M
 
F
V
 
P
Q
 
Q
G
 
A
M
 
V
L
 
I
A
 
P
P
 
P
Q
 
H
E
 
E
R
 
R
P
 
P
D
 
F
I
 
I
H
 
P
T
 
V
L
 
L
R
 
R
R
 
Q
V
 
L
G
 
G
F
 
F
T
 
S
G
 
G
S
 
S
D
 
D
A
 
E
D
 
Q
V
 
V
L
 
L
S
 
E
Q
 
K
A
 
V
A
 
A
K
 
R
A
 
Q
S
 
A
P
 
P
V
 
H
L
 
W
L
 
L
Q
 
S
A
 
S
C
 
V
A
 
S
S
 
S
A
 
A
S
 
S
S
 
P
M
 
M
W
 
W
T
 
V
A
 
A
N
 
N
A
 
A
A
 
A
T
 
T
V
 
I
S
 
A
P
 
P
S
 
S
A
 
A
D
 
D
S
 
T
D
 
L
D
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
V
H
 
H
F
 
L
T
 
T
P
 
V
A
 
A
N
 
N
L
 
L
V
 
N
D
 
N
K
 
K
L
 
F
H
 
H
R
 
R
S
 
S
I
 
L
E
 
E
P
 
A
V
 
P
T
 
V
T
 
T
G
 
E
N
 
S
I
 
L
L
 
L
K
 
K
A
 
A
I
 
I
F
 
F
T
 
N
D
 
D
E
 
E
R
 
E
Y
 
K
F
 
F
A
 
S
H
 
V
H
 
H
Q
 
S
H
 
A
L
 
L
P
 
P
E
 
Q
H
 
V
P
 
A
H
 
L
F
 
L
G
 
G
D
 
D
E
 
E
G
 
G
A
 
A
A
 
A
N
 
N
H
 
H
T
 
N
R
 
R
L
 
L
C
 
G
H
 
G
D
 
H
Y
 
Y
G
 
G
Q
 
E
A
 
P
G
 
G
V
 
M
E
 
Q
V
 
L
F
 
F
V
 
V
Y
 
Y
G
 
G
R
 
R
S
 
E
V
 
E
A
 
G
D
 
N
L
 
D
S
 
T
R
 
R
P
 
P
A
 
S
P
 
-
V
 
-
K
 
R
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
L
 
R
E
 
E
A
 
A
S
 
S
Q
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
L
H
 
N
Q
 
Q
L
 
V
S
 
N
D
 
P
D
 
Q
R
 
Q
T
 
V
V
 
I
Y
 
F
M
 
A
Q
 
Q
Q
 
Q
N
 
N
P
 
P
D
 
D
V
 
V
I
 
I
D
 
D
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
F
 
F
H
 
H
N
 
N
D
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
A
V
 
V
G
 
S
N
 
N
Q
 
R
N
 
Q
V
 
V
L
 
L
F
 
F
Y
 
C
H
 
H
E
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
F
 
F
L
 
A
E
 
R
T
 
Q
Q
 
S
A
 
Q
K
 
L
L
 
L
A
 
A
E
 
N
I
 
L
D
 
R
K
 
A
K
 
R
M
 
V
H
 
N
G
 
G
N
 
F
M
 
M
Y
 
A
F
 
-
I
 
I
E
 
E
V
 
V
P
 
P
T
 
A
A
 
T
K
 
Q
V
 
V
S
 
S
V
 
V
Q
 
S
D
 
D
A
 
T
V
 
V
K
 
S
S
 
T
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
N
 
N
T
 
S
Q
 
Q
I
 
L
I
 
L
T
 
S
L
 
R
S
 
D
D
 
D
G
 
G
N
 
S
M
 
M
A
 
M
I
 
L
I
 
V
A
 
L
P
 
P
T
 
Q
D
 
E
C
 
C
Q
 
R
E
 
E
N
 
H
P
 
A
A
 
G
V
 
V
H
 
W
A
 
G
Y
 
Y
L
 
L
N
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
L
T
 
A
L
 
A
N
 
D
T
 
N
P
 
P
I
 
I
K
 
S
A
 
E
V
 
L
H
 
K
Y
 
V
F
 
F
D
 
D
V
 
L
K
 
R
Q
 
E
S
 
S
M
 
M
Q
 
A
N
 
N
G
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
P
A
 
A
C
|
C
L
 
L
R
 
R
L
 
L
R
 
R
V
 
V
A
 
V
M
 
L
N
 
T
E
 
E
T
 
E
E
 
E
L
 
R
A
 
R
A
 
A
V
 
V
N
 
N
P
 
P
Q
 
A
V
 
V
M
 
M
M
 
M
N
 
N
D
 
D
A
 
T
L
 
L
F
 
F
A
 
N
R
 
A
L
 
L
N
 
N
Q
 
D
W
 
W
V
 
V
D
 
D
K
 
R
H
 
Y
Y
 
Y
R
 
R
D
 
D
R
 
R
L
 
L
S
 
T
T
 
A
Q
 
A
D
 
D
L
 
L
A
 
A
D
 
D
P
 
P
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
M
 
R
E
 
E
S
 
G
R
 
R
T
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
D
E
 
V
L
 
L
T
 
S
Q
 
Q
I
 
L
M
 
L
K
 
N
L
 
L
G
 
G
S
 
S
V
 
V
Y
 
Y
Q
 
P
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R

1ynhB Crystal structure of n-succinylarginine dihydrolase, astb, bound to substrate and product, an enzyme from the arginine catabolic pathway of escherichia coli (see paper)
57% identity, 99% coverage: 4:444/444 of query aligns to 3:440/440 of 1ynhB

query
sites
1ynhB
F
 
W
E
 
E
A
 
V
N
 
N
F
 
F
D
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
V
G
 
G
P
 
L
T
 
T
H
 
H
N
 
H
Y
 
Y
A
 
A
G
|
G
L
 
L
S
|
S
F
 
F
G
 
G
N
|
N
V
 
E
A
 
A
S
|
S
Q
 
T
S
 
R
N
 
H
A
 
R
A
 
F
Q
 
Q
V
 
V
S
 
S
N
 
N
P
 
P
K
 
R
D
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
K
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
L
K
 
K
A
 
M
K
 
K
A
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
D
M
 
A
G
 
G
M
 
F
V
 
P
Q
 
Q
G
 
A
M
 
V
L
 
I
A
 
P
P
 
P
Q
 
H
E
 
E
R
 
R
P
 
P
D
 
F
I
 
I
H
 
P
T
 
V
L
 
L
R
 
R
R
 
Q
V
 
L
G
 
G
F
 
F
T
 
S
G
 
G
S
 
S
D
 
D
A
 
E
D
 
Q
V
 
V
L
 
L
S
 
E
Q
 
K
A
 
V
A
 
A
K
 
R
A
 
Q
S
 
A
P
 
P
V
 
H
L
 
W
L
 
L
Q
 
S
A
 
S
C
 
V
A
 
S
S
 
S
A
 
A
S
 
S
S
 
P
M
 
M
W
|
W
T
 
V
A
 
A
N
 
N
A
 
A
A
 
A
T
 
T
V
 
I
S
 
A
P
 
P
S
 
S
A
 
A
D
 
D
S
 
T
D
 
L
D
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
V
H
 
H
F
 
L
T
 
T
P
 
V
A
 
A
N
 
N
L
 
L
V
 
N
D
 
N
K
 
K
L
 
F
H
|
H
R
|
R
S
 
S
I
 
L
E
 
E
P
 
A
V
 
P
T
 
V
T
 
T
G
 
E
N
 
S
I
 
L
L
 
L
K
 
K
A
 
A
I
 
I
F
 
F
T
 
N
D
 
D
E
 
E
R
 
E
Y
 
K
F
 
F
A
 
S
H
 
V
H
 
H
Q
 
S
H
 
A
L
 
L
P
 
P
E
 
Q
H
 
V
P
 
A
H
 
L
F
 
L
G
 
G
D
 
D
E
 
E
G
 
G
A
 
A
A
 
A
N
 
N
H
 
H
T
 
N
R
 
R
L
 
L
C
 
G
H
 
G
D
 
H
Y
 
Y
G
 
G
Q
 
E
A
 
P
G
 
G
V
 
M
E
 
Q
V
 
L
F
 
F
V
 
V
Y
 
Y
G
 
G
R
 
R
S
 
E
V
 
E
A
 
G
D
 
N
L
 
D
S
 
T
R
 
R
P
 
P
A
 
S
P
 
-
V
 
-
K
 
R
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
R
|
R
Q
 
Q
T
 
T
L
 
R
E
 
E
A
 
A
S
 
S
Q
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
L
H
 
N
Q
 
Q
L
 
V
S
 
N
D
 
P
D
 
Q
R
 
Q
T
 
V
V
 
I
Y
 
F
M
 
A
Q
 
Q
Q
 
Q
N
 
N
P
 
P
D
 
D
V
 
V
I
 
I
D
 
D
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
F
 
F
H
 
H
N
 
N
D
 
D
V
 
V
I
 
I
A
 
A
V
 
V
G
 
S
N
 
N
Q
 
R
N
 
Q
V
 
V
L
 
L
F
 
F
Y
 
C
H
 
H
E
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
F
 
F
L
 
A
E
 
R
T
 
Q
Q
 
S
A
 
Q
K
 
L
L
 
L
A
 
A
E
 
N
I
 
L
D
 
R
K
 
A
K
 
R
M
 
V
H
 
N
G
 
G
N
 
F
M
 
M
Y
 
A
F
 
-
I
 
I
E
 
E
V
 
V
P
 
P
T
 
A
A
 
T
K
 
Q
V
 
V
S
 
S
V
 
V
Q
 
S
D
 
D
A
 
T
V
 
V
K
 
S
S
 
T
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
N
 
N
T
 
S
Q
 
Q
I
 
L
I
 
L
T
 
S
L
 
R
S
 
D
D
 
D
G
 
G
N
 
S
M
 
M
A
 
M
I
 
L
I
 
V
A
 
L
P
 
P
T
 
Q
D
 
E
C
 
C
Q
 
R
E
 
E
N
 
H
P
 
A
A
 
G
V
 
V
H
 
W
A
 
G
Y
 
Y
L
 
L
N
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
L
T
 
A
L
 
A
N
 
D
T
 
N
P
 
P
I
 
I
K
 
S
A
 
E
V
 
L
H
 
K
Y
 
V
F
 
F
D
 
D
V
 
L
K
 
R
Q
 
E
S
 
S
M
 
M
Q
 
A
N
|
N
G
|
G
G
 
G
G
 
G
P
 
P
A
 
A
C
|
C
L
 
L
R
 
R
L
 
L
R
 
R
V
 
V
A
 
V
M
 
L
N
 
T
E
 
E
T
 
E
E
 
E
L
 
R
A
 
R
A
 
A
V
 
V
N
 
N
P
 
P
Q
 
A
V
 
V
M
 
M
M
 
M
N
 
N
D
 
D
A
 
T
L
 
L
F
 
F
A
 
N
R
 
A
L
 
L
N
 
N
Q
 
D
W
 
W
V
 
V
D
 
D
K
 
R
H
 
Y
Y
 
Y
R
 
R
D
 
D
R
 
R
L
 
L
S
 
T
T
 
A
Q
 
A
D
 
D
L
 
L
A
 
A
D
 
D
P
 
P
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
M
 
R
E
 
E
S
 
G
R
 
R
T
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
D
E
 
V
L
 
L
T
 
S
Q
 
Q
I
 
L
M
 
L
K
 
N
L
 
L
G
 
G
S
 
S
V
 
V
Y
 
Y
Q
 
P
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R

1yniA Crystal structure of n-succinylarginine dihydrolase, astb, bound to substrate and product, an enzyme from the arginine catabolic pathway of escherichia coli (see paper)
57% identity, 99% coverage: 4:444/444 of query aligns to 3:440/440 of 1yniA

query
sites
1yniA
F
 
W
E
 
E
A
 
V
N
 
N
F
 
F
D
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
V
G
 
G
P
 
L
T
 
T
H
 
H
N
 
H
Y
 
Y
A
|
A
G
|
G
L
 
L
S
|
S
F
 
F
G
 
G
N
|
N
V
 
E
A
 
A
S
|
S
Q
 
T
S
 
R
N
 
H
A
 
R
A
 
F
Q
 
Q
V
 
V
S
 
S
N
 
N
P
 
P
K
 
R
D
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
K
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
L
K
 
K
A
 
M
K
 
K
A
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
D
M
 
A
G
 
G
M
 
F
V
 
P
Q
 
Q
G
 
A
M
 
V
L
 
I
A
 
P
P
 
P
Q
 
H
E
 
E
R
 
R
P
 
P
D
 
F
I
 
I
H
 
P
T
 
V
L
 
L
R
 
R
R
 
Q
V
 
L
G
 
G
F
 
F
T
 
S
G
 
G
S
 
S
D
 
D
A
 
E
D
 
Q
V
 
V
L
 
L
S
 
E
Q
 
K
A
 
V
A
 
A
K
 
R
A
 
Q
S
 
A
P
 
P
V
 
H
L
 
W
L
 
L
Q
 
S
A
 
S
C
 
V
A
 
S
S
 
S
A
 
A
S
 
S
S
 
P
M
 
M
W
|
W
T
 
V
A
 
A
N
|
N
A
 
A
A
 
A
T
 
T
V
 
I
S
 
A
P
 
P
S
 
S
A
 
A
D
 
D
S
 
T
D
 
L
D
 
D
G
 
G
K
 
K
L
 
V
H
 
H
F
 
L
T
 
T
P
 
V
A
 
A
N
 
N
L
 
L
V
 
N
D
 
N
K
 
K
L
 
F
H
 
H
R
|
R
S
 
S
I
 
L
E
 
E
P
 
A
V
 
P
T
 
V
T
 
T
G
 
E
N
 
S
I
 
L
L
 
L
K
 
K
A
 
A
I
 
I
F
 
F
T
 
N
D
 
D
E
 
E
R
 
E
Y
 
K
F
 
F
A
 
S
H
 
V
H
 
H
Q
 
S
H
 
A
L
 
L
P
 
P
E
 
Q
H
 
V
P
 
A
H
 
L
F
 
L
G
 
G
D
 
D
E
 
E
G
 
G
A
 
A
A
 
A
N
 
N
H
 
H
T
 
N
R
 
R
L
 
L
C
 
G
H
 
G
D
 
H
Y
 
Y
G
 
G
Q
 
E
A
 
P
G
 
G
V
 
M
E
 
Q
V
 
L
F
 
F
V
 
V
Y
 
Y
G
 
G
R
 
R
S
 
E
V
 
E
A
 
G
D
 
N
L
 
D
S
 
T
R
 
R
P
 
P
A
 
S
P
 
-
V
 
-
K
 
R
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
R
|
R
Q
 
Q
T
 
T
L
 
R
E
 
E
A
 
A
S
 
S
Q
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
L
H
 
N
Q
 
Q
L
 
V
S
 
N
D
 
P
D
 
Q
R
 
Q
T
 
V
V
 
I
Y
 
F
M
 
A
Q
 
Q
Q
 
Q
N
 
N
P
 
P
D
 
D
V
 
V
I
 
I
D
 
D
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
F
 
F
H
|
H
N
 
N
D
|
D
V
 
V
I
 
I
A
 
A
V
 
V
G
 
S
N
 
N
Q
 
R
N
 
Q
V
 
V
L
 
L
F
 
F
Y
 
C
H
 
H
E
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
F
 
F
L
 
A
E
 
R
T
 
Q
Q
 
S
A
 
Q
K
 
L
L
 
L
A
 
A
E
 
N
I
 
L
D
 
R
K
 
A
K
 
R
M
 
V
H
 
N
G
 
G
N
 
F
M
 
M
Y
 
A
F
 
-
I
 
I
E
 
E
V
 
V
P
 
P
T
 
A
A
 
T
K
 
Q
V
 
V
S
 
S
V
 
V
Q
 
S
D
 
D
A
 
T
V
 
V
K
 
S
S
 
T
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
N
 
N
T
 
S
Q
 
Q
I
 
L
I
 
L
T
 
S
L
 
R
S
 
D
D
 
D
G
 
G
N
 
S
M
 
M
A
 
M
I
 
L
I
 
V
A
 
L
P
 
P
T
 
Q
D
 
E
C
 
C
Q
 
R
E
 
E
N
 
H
P
 
A
A
 
G
V
 
V
H
 
W
A
 
G
Y
 
Y
L
 
L
N
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
L
T
 
A
L
 
A
N
 
D
T
 
N
P
 
P
I
 
I
K
 
S
A
 
E
V
 
L
H
 
K
Y
 
V
F
 
F
D
 
D
V
 
L
K
 
R
Q
 
E
S
 
S
M
 
M
Q
 
A
N
|
N
G
 
G
G
 
G
G
 
G
P
 
P
A
 
A
C
x
S
L
 
L
R
 
R
L
 
L
R
 
R
V
 
V
A
 
V
M
 
L
N
 
T
E
 
E
T
 
E
E
 
E
L
 
R
A
 
R
A
 
A
V
 
V
N
 
N
P
 
P
Q
 
A
V
 
V
M
 
M
M
 
M
N
 
N
D
 
D
A
 
T
L
 
L
F
 
F
A
 
N
R
 
A
L
 
L
N
 
N
Q
 
D
W
 
W
V
 
V
D
 
D
K
 
R
H
 
Y
Y
 
Y
R
 
R
D
 
D
R
 
R
L
 
L
S
 
T
T
 
A
Q
 
A
D
 
D
L
 
L
A
 
A
D
 
D
P
 
P
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
M
 
R
E
 
E
S
 
G
R
 
R
T
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
D
E
 
V
L
 
L
T
 
S
Q
 
Q
I
 
L
M
 
L
K
 
N
L
 
L
G
 
G
S
 
S
V
 
V
Y
 
Y
Q
 
P
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R

Query Sequence

>6937151 FitnessBrowser__SB2B:6937151
MKHFEANFDGLVGPTHNYAGLSFGNVASQSNAAQVSNPKDAAKQGLKKAKALADMGMVQG
MLAPQERPDIHTLRRVGFTGSDADVLSQAAKASPVLLQACASASSMWTANAATVSPSADS
DDGKLHFTPANLVDKLHRSIEPVTTGNILKAIFTDERYFAHHQHLPEHPHFGDEGAANHT
RLCHDYGQAGVEVFVYGRSVADLSRPAPVKYPARQTLEASQAVARLHQLSDDRTVYMQQN
PDVIDQGVFHNDVIAVGNQNVLFYHEQAFLETQAKLAEIDKKMHGNMYFIEVPTAKVSVQ
DAVKSYLFNTQIITLSDGNMAIIAPTDCQENPAVHAYLNELVTLNTPIKAVHYFDVKQSM
QNGGGPACLRLRVAMNETELAAVNPQVMMNDALFARLNQWVDKHYRDRLSTQDLADPQLL
MESRTALDELTQIMKLGSVYQFQR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory