SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing AO353_28370 FitnessBrowser__pseudo3_N2E3:AO353_28370 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 3 hits to proteins with known functional sites (download)

O87170 2-pyrone-4,6-dicarboxylate hydrolase; PDC hydrolase; 2-pyrone-4,6-dicarboxylate lactonase; EC 3.1.1.57 from Sphingobium sp. (strain NBRC 103272 / SYK-6) (see paper)
32% identity, 93% coverage: 11:274/284 of query aligns to 25:288/293 of O87170

query
sites
O87170
G
 
A
I
 
I
D
 
D
S
 
A
H
|
H
A
x
C
H
|
H
V
 
V
F
 
F
S
 
G
-
 
P
-
 
M
R
 
A
G
 
Q
L
 
F
K
 
P
L
 
F
A
 
S
A
 
P
T
 
K
R
 
A
R
 
K
Y
|
Y
A
 
L
P
 
P
D
 
-
Y
 
R
D
 
D
A
 
A
T
 
G
L
 
-
A
 
P
E
 
D
Y
 
M
L
 
L
N
 
F
H
 
A
L
 
L
S
 
R
A
 
D
H
 
H
-
 
L
G
 
G
L
 
F
S
 
A
H
 
R
G
 
N
V
 
V
L
 
I
V
 
V
Q
 
Q
P
 
A
S
|
S
F
 
C
L
 
H
G
 
G
T
 
T
D
 
D
N
 
N
S
 
A
Y
 
A
L
 
T
L
 
L
A
 
D
A
 
A
L
 
I
R
 
A
Q
 
R
V
 
A
P
 
Q
E
 
G
R
 
K
L
 
A
R
 
R
G
 
G
V
 
I
V
 
A
V
 
V
L
 
V
E
 
D
P
 
P
G
 
A
V
 
I
S
 
D
R
 
E
A
 
A
L
 
E
L
 
L
N
 
A
D
 
A
M
 
L
A
 
H
H
 
E
I
 
G
G
 
G
V
 
M
V
 
R
G
 
G
V
 
I
R
|
R
L
 
F
N
 
N
L
 
F
M
 
L
D
 
K
K
x
R
A
 
-
L
 
-
P
 
-
D
 
-
F
 
L
C
 
V
D
 
D
R
 
D
A
 
A
W
 
P
R
 
K
E
 
D
F
 
K
F
 
F
S
 
L
H
 
E
I
 
V
A
 
A
-
 
G
-
 
R
-
 
L
D
 
P
L
 
A
D
 
G
W
 
W
H
 
H
V
 
V
E
 
V
L
 
I
H
x
Y
R
 
F
E
 
E
V
 
A
K
 
D
D
 
I
L
 
L
P
 
E
A
 
E
L
 
L
I
 
R
H
 
P
Q
 
F
L
 
M
T
 
D
P
 
A
I
 
I
G
 
P
L
 
V
K
 
P
L
 
I
V
 
V
I
 
I
D
 
D
H
|
H
F
 
M
G
 
G
R
 
R
P
 
P
D
 
D
A
 
V
H
 
R
L
 
Q
-
 
G
-
 
P
-
 
D
G
 
G
I
 
A
D
 
D
Q
 
M
P
 
K
G
 
A
F
 
F
S
 
R
E
 
R
L
 
L
L
 
L
E
 
D
L
 
-
G
 
-
S
 
S
R
 
R
G
 
E
S
 
D
I
 
I
W
 
W
M
 
F
K
 
K
V
 
A
S
 
T
G
 
C
I
 
P
Y
 
D
R
 
R
L
 
L
G
 
D
G
 
P
T
 
A
P
 
G
Q
 
P
Q
 
P
N
 
W
L
 
D
N
 
D
F
 
F
A
 
A
R
 
R
S
 
S
A
 
V
L
 
A
P
 
P
L
 
L
L
 
V
E
 
A
Q
 
D
S
 
Y
F
 
-
G
 
-
L
 
A
H
 
D
Q
 
R
L
 
V
V
 
I
W
 
W
G
 
G
S
 
T
D
|
D
W
 
W
P
 
P
H
 
H
T
 
P
Q
x
N
H
 
M
E
 
Q
K
 
D
S
 
A
I
 
I
G
 
P
F
 
D
D
 
D
-
 
G
T
 
L
V
 
V
I
 
V
D
 
D
Q
 
M
R
 
I
Q
 
P
A
 
R
L
 
I
E
 
A
C
 
P
S
 
T
M
 
P
Q
 
E
L
 
L
S
 
Q
H
 
H
S
 
K
L
 
M
L
 
L
V
 
V
Q
 
T
A
 
N
P
 
P
Q
 
M
R
 
R
L
 
L
F
 
Y

4di8A Crystal structure of the d248a mutant of 2-pyrone-4,6-dicarboxylic acid hydrolase from sphingomonas paucimobilis complexed with substrate at ph 8.5 (see paper)
32% identity, 93% coverage: 11:274/284 of query aligns to 26:289/294 of 4di8A

query
sites
4di8A
G
 
A
I
 
I
D
 
D
S
 
A
H
|
H
A
 
C
H
|
H
V
 
V
F
 
F
S
 
G
-
 
P
-
 
M
R
 
A
G
 
Q
L
 
F
K
 
P
L
 
F
A
 
S
A
 
P
T
 
K
R
 
A
R
 
K
Y
|
Y
A
 
L
P
 
P
D
 
-
Y
 
R
D
 
D
A
 
A
T
 
G
L
 
-
A
 
P
E
 
D
Y
 
M
L
 
L
N
 
F
H
 
A
L
 
L
S
 
R
A
 
D
H
 
H
-
 
L
G
 
G
L
 
F
S
 
A
H
 
R
G
 
N
V
 
V
L
 
I
V
 
V
Q
 
Q
P
x
A
S
|
S
F
 
C
L
 
H
G
 
G
T
 
T
D
 
D
N
 
N
S
 
A
Y
 
A
L
 
T
L
 
L
A
 
D
A
 
A
L
 
I
R
 
A
Q
 
R
V
 
A
P
 
Q
E
 
G
R
 
K
L
 
A
R
 
R
G
 
G
V
 
I
V
 
A
V
 
V
L
 
V
E
 
D
P
 
P
G
 
A
V
 
I
S
 
D
R
 
E
A
 
A
L
 
E
L
 
L
N
 
A
D
 
A
M
 
L
A
 
H
H
 
E
I
 
G
G
 
G
V
 
M
V
 
R
G
 
G
V
 
I
R
|
R
L
 
F
N
 
N
L
 
F
M
 
L
D
 
K
K
x
R
A
 
-
L
 
-
P
 
-
D
 
-
F
x
L
C
 
V
D
 
D
R
 
D
A
 
A
W
 
P
R
 
K
E
 
D
F
 
K
F
 
F
S
 
L
H
 
E
I
 
V
A
 
A
-
 
G
-
 
R
-
 
L
D
 
P
L
 
A
D
 
G
W
 
W
H
 
H
V
 
V
E
 
V
L
 
I
H
x
Y
R
 
F
E
 
E
V
 
A
K
 
D
D
 
I
L
 
L
P
 
E
A
 
E
L
 
L
I
 
R
H
 
P
Q
 
F
L
 
M
T
 
D
P
 
A
I
 
I
G
 
P
L
 
V
K
 
P
L
 
I
V
 
V
I
 
I
D
 
D
H
|
H
F
 
M
G
 
G
R
 
R
P
 
P
D
 
D
A
 
V
H
 
R
L
 
Q
-
 
G
-
 
P
-
 
D
G
 
G
I
 
A
D
 
D
Q
 
M
P
 
K
G
 
A
F
 
F
S
 
R
E
 
R
L
 
L
L
 
L
E
 
D
L
 
-
G
 
-
S
 
S
R
 
R
G
 
E
S
 
D
I
 
I
W
 
W
M
 
F
K
 
K
V
 
A
S
 
T
G
 
C
I
 
P
Y
 
D
R
|
R
L
 
L
G
 
D
G
 
P
T
 
A
P
 
G
Q
 
P
Q
 
P
N
 
W
L
 
D
N
 
D
F
 
F
A
 
A
R
 
R
S
 
S
A
 
V
L
 
A
P
 
P
L
 
L
L
 
V
E
 
A
Q
 
D
S
 
Y
F
 
-
G
 
-
L
 
A
H
 
D
Q
 
R
L
 
V
V
 
I
W
 
W
G
 
G
S
 
T
D
x
A
W
 
W
P
 
P
H
 
H
T
 
P
Q
x
N
H
 
M
E
 
Q
K
 
D
S
 
A
I
 
I
G
 
P
F
 
D
D
 
D
-
 
G
T
 
L
V
 
V
I
 
V
D
 
D
Q
 
M
R
 
I
Q
 
P
A
 
R
L
 
I
E
 
A
C
 
P
S
 
T
M
 
P
Q
 
E
L
 
L
S
 
Q
H
 
H
S
 
K
L
 
M
L
 
L
V
 
V
Q
 
T
A
 
N
P
 
P
Q
 
M
R
 
R
L
 
L
F
 
Y

A9CEQ7 D-galactarolactone isomerase; GLI; Galactaro delta-lactone isomerase; EC 5.4.1.4 from Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (Agrobacterium tumefaciens (strain C58)) (see paper)
22% identity, 79% coverage: 50:274/284 of query aligns to 61:284/292 of A9CEQ7

query
sites
A9CEQ7
G
 
G
L
 
I
S
 
D
H
 
R
G
 
V
V
 
I
L
 
I
V
 
T
Q
 
Q
P
 
G
S
 
N
F
 
A
L
 
H
G
 
Q
T
 
R
D
 
D
N
 
N
S
 
G
Y
 
N
L
 
T
L
 
L
A
 
A
A
 
C
L
 
V
R
 
A
Q
 
E
V
 
M
P
 
G
E
 
E
R
 
A
L
 
A
R
 
H
G
 
A
V
 
V
V
 
V
V
 
I
L
 
I
E
 
D
P
 
A
G
 
T
V
 
T
S
 
T
R
 
E
A
 
K
L
 
D
L
 
M
N
 
E
D
 
K
M
 
L
A
 
T
H
 
A
I
 
A
G
 
G
V
 
T
V
 
V
G
 
G
V
 
A
R
 
R
L
 
I
N
 
M
L
 
D
M
 
L
D
 
P
K
 
G
A
 
G
L
 
A
P
 
V
D
 
N
F
 
L
C
 
S
D
 
E
R
 
L
A
 
D
W
 
A
R
 
V
E
 
D
F
 
E
F
 
R
S
 
A
H
 
H
I
 
A
A
 
A
D
 
D
L
 
-
D
 
-
W
 
W
H
 
M
V
 
V
E
 
A
L
 
V
H
 
Q
R
 
F
E
 
D
V
 
G
K
 
N
D
 
G
L
 
L
P
 
L
A
 
D
L
 
H
I
 
L
H
 
P
Q
 
R
L
 
L
T
 
Q
P
 
K
I
 
I
G
 
R
L
 
S
K
 
R
L
 
W
V
 
V
I
 
F
D
 
D
H
 
H
F
 
H
G
 
G
R
 
K
P
 
F
D
 
F
A
 
K
H
 
G
L
 
I
G
 
R
I
 
T
D
 
D
Q
 
G
P
 
P
G
 
E
F
 
M
S
 
A
E
 
A
L
 
L
L
 
L
E
 
K
L
 
L
G
 
I
S
 
D
R
 
R
G
 
G
S
 
N
I
 
L
W
 
W
M
 
F
K
 
K
V
 
F
S
 
A
G
 
G
I
 
V
Y
 
Y
R
 
E
L
 
-
G
 
-
G
 
-
T
 
S
P
 
S
Q
 
R
Q
 
K
N
 
S
L
 
W
N
 
P
F
 
Y
A
 
A
R
 
D
-
 
V
S
 
A
A
 
A
L
 
F
P
 
S
L
 
R
L
 
V
E
 
I
Q
 
A
S
 
A
F
 
H
G
 
A
L
 
P
H
 
E
Q
 
R
L
 
I
V
 
V
W
 
W
G
 
G
S
 
T
D
x
N
W
 
W
P
 
P
H
 
H
T
 
N
Q
 
S
H
 
V
E
 
R
K
 
E
S
 
T
I
 
A
G
 
A
F
 
Y
D
 
P
T
 
-
V
 
-
I
 
-
D
 
D
Q
 
D
R
 
A
Q
 
R
A
 
L
L
 
A
E
 
E
C
 
L
S
 
T
M
 
L
-
 
G
-
 
W
-
 
L
-
 
P
-
 
D
-
 
E
Q
 
A
L
 
A
S
 
R
H
 
H
S
 
R
L
 
A
L
 
L
V
 
V
Q
 
E
A
 
N
P
 
P
Q
 
E
R
 
A
L
 
L
F
 
F

Query Sequence

>AO353_28370 FitnessBrowser__pseudo3_N2E3:AO353_28370
MPDTCSTSITGIDSHAHVFSRGLKLAATRRYAPDYDATLAEYLNHLSAHGLSHGVLVQPS
FLGTDNSYLLAALRQVPERLRGVVVLEPGVSRALLNDMAHIGVVGVRLNLMDKALPDFCD
RAWREFFSHIADLDWHVELHREVKDLPALIHQLTPIGLKLVIDHFGRPDAHLGIDQPGFS
ELLELGSRGSIWMKVSGIYRLGGTPQQNLNFARSALPLLEQSFGLHQLVWGSDWPHTQHE
KSIGFDTVIDQRQALECSMQLSHSLLVQAPQRLFGFANHPRICR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory