SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing AZOBR_RS01310 FitnessBrowser__azobra:AZOBR_RS01310 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2e37C Structure of tt0471 protein from thermus thermophilus
65% identity, 97% coverage: 1:304/313 of query aligns to 1:304/310 of 2e37C

query
sites
2e37C
M
 
M
K
 
K
V
 
V
G
 
G
I
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
S
G
|
G
A
x
M
V
|
V
G
 
G
A
 
S
T
 
A
A
 
T
G
 
A
F
 
Y
A
 
A
M
 
L
V
 
A
M
 
L
S
 
L
G
 
G
A
 
V
A
 
A
S
 
R
E
 
E
V
 
V
V
 
V
L
 
L
V
 
V
D
|
D
M
x
L
N
 
D
E
 
R
K
 
K
L
 
L
A
 
A
A
 
Q
A
 
A
Q
 
H
A
 
A
Q
 
E
D
 
D
I
 
I
A
 
L
H
 
H
A
 
A
V
 
T
P
 
P
F
 
F
A
 
A
R
 
H
A
 
P
A
 
V
Q
 
W
V
 
V
R
 
R
H
 
A
G
 
G
G
 
S
Y
 
Y
A
 
G
A
 
D
L
 
L
A
 
E
G
 
G
A
 
A
G
 
R
V
 
A
V
 
V
V
 
V
L
 
L
A
 
A
A
|
A
G
|
G
V
|
V
A
 
A
Q
 
Q
R
 
R
P
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
R
|
R
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
E
 
D
R
 
R
N
 
N
A
 
A
A
 
Q
V
|
V
F
 
F
G
 
A
A
 
Q
I
 
V
I
 
V
P
 
P
A
 
R
V
 
V
L
 
L
A
 
E
A
 
A
A
 
A
P
 
P
D
 
E
A
 
A
I
 
V
L
 
L
L
 
L
V
 
V
A
 
A
T
 
T
N
 
N
P
 
P
L
 
V
D
 
D
V
 
V
M
 
M
T
 
T
Q
 
Q
I
 
V
A
 
A
T
 
Y
R
 
R
I
 
L
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
P
 
P
S
 
G
R
 
R
V
 
V
I
 
V
G
 
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
I
 
I
L
 
L
D
|
D
T
 
T
A
 
A
R
|
R
F
 
F
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
E
R
 
Y
L
 
L
G
 
R
V
 
V
T
 
A
P
 
P
K
 
Q
S
 
S
V
 
V
H
 
H
A
 
A
H
 
Y
V
 
V
V
 
L
G
 
G
E
 
E
H
|
H
G
 
G
D
 
D
S
 
S
E
 
E
V
 
V
L
 
L
L
 
V
W
 
W
S
 
S
G
 
S
A
 
A
T
 
Q
V
 
V
A
 
G
C
 
G
L
 
V
P
 
P
V
 
L
D
 
L
R
 
E
G
 
F
A
 
A
E
 
E
R
 
A
L
 
R
K
 
G
R
 
R
P
 
A
L
 
L
T
 
S
A
 
P
E
 
E
D
 
D
R
 
R
A
 
A
A
 
R
I
 
I
D
 
D
E
 
E
G
 
G
V
 
V
R
 
R
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
H
 
R
I
 
I
I
 
I
D
 
E
G
 
G
K
 
K
G
 
G
H
x
A
T
|
T
A
 
Y
F
 
Y
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
A
G
 
G
L
 
L
S
 
A
R
 
R
I
 
L
V
 
V
A
 
R
A
 
A
I
 
I
A
 
L
G
 
T
D
 
D
E
 
E
R
 
K
A
 
G
V
 
V
L
 
Y
T
 
T
C
 
V
S
 
S
I
 
A
L
 
F
N
 
T
D
 
P
E
 
E
V
 
V
L
 
E
G
 
G
V
 
V
P
 
L
D
 
E
V
 
V
A
 
S
L
 
L
S
 
S
L
 
L
P
 
P
R
 
R
V
 
I
I
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
L
 
E
E
 
G
T
 
T
V
 
V
M
 
Y
P
 
P
D
 
S
L
 
L
S
 
S
E
 
P
E
 
E
E
 
E
A
 
R
A
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
R
R
 
R
S
 
S
A
 
A
E
 
E
I
 
I
L
 
L
K
 
K
E
 
E
A
 
A

Q5SJA1 L-lactate dehydrogenase; L-LDH; EC 1.1.1.27 from Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (see paper)
65% identity, 97% coverage: 1:304/313 of query aligns to 1:304/310 of Q5SJA1

query
sites
Q5SJA1
M
 
M
K
 
K
V
 
V
G
 
G
I
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
S
G
 
G
A
x
M
V
|
V
G
 
G
A
 
S
T
 
A
A
 
T
G
 
A
F
 
Y
A
 
A
M
 
L
V
 
A
M
 
L
S
 
L
G
 
G
A
 
V
A
 
A
S
 
R
E
 
E
V
 
V
V
 
V
L
 
L
V
 
V
D
|
D
M
 
L
N
 
D
E
 
R
K
 
K
L
 
L
A
 
A
A
 
Q
A
 
A
Q
 
H
A
 
A
Q
 
E
D
 
D
I
 
I
A
 
L
H
 
H
A
 
A
V
 
T
P
 
P
F
 
F
A
 
A
R
 
H
A
 
P
A
 
V
Q
 
W
V
 
V
R
 
R
H
 
A
G
 
G
G
 
S
Y
|
Y
A
 
G
A
 
D
L
 
L
A
 
E
G
 
G
A
 
A
G
 
R
V
 
A
V
 
V
V
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
A
G
|
G
V
|
V
A
 
A
Q
 
Q
R
 
R
P
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
E
 
D
R
 
R
N
 
N
A
 
A
A
 
Q
V
 
V
F
 
F
G
 
A
A
 
Q
I
 
V
I
 
V
P
 
P
A
 
R
V
 
V
L
 
L
A
 
E
A
 
A
A
 
A
P
 
P
D
 
E
A
 
A
I
 
V
L
 
L
L
 
L
V
 
V
A
|
A
T
|
T
N
|
N
P
 
P
L
 
V
D
 
D
V
 
V
M
 
M
T
 
T
Q
 
Q
I
 
V
A
 
A
T
 
Y
R
 
R
I
 
L
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
P
 
P
S
 
G
R
 
R
V
 
V
I
 
V
G
 
G
S
|
S
G
 
G
T
 
T
I
 
I
L
 
L
D
 
D
T
 
T
A
 
A
R
 
R
F
 
F
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
E
R
 
Y
L
 
L
G
 
R
V
 
V
T
 
A
P
 
P
K
 
Q
S
 
S
V
 
V
H
 
H
A
 
A
H
 
Y
V
 
V
V
 
L
G
 
G
E
 
E
H
 
H
G
 
G
D
 
D
S
 
S
E
 
E
V
 
V
L
 
L
L
 
V
W
 
W
S
 
S
G
 
S
A
 
A
T
 
Q
V
 
V
A
 
G
C
 
G
L
 
V
P
 
P
V
 
L
D
 
L
R
 
E
G
 
F
A
 
A
E
 
E
R
 
A
L
 
R
K
 
G
R
 
R
P
 
A
L
 
L
T
 
S
A
 
P
E
 
E
D
 
D
R
 
R
A
 
A
A
 
R
I
 
I
D
 
D
E
 
E
G
 
G
V
 
V
R
 
R
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
H
 
R
I
 
I
I
 
I
D
 
E
G
 
G
K
 
K
G
 
G
H
 
A
T
 
T
A
 
Y
F
 
Y
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
A
G
 
G
L
 
L
S
 
A
R
 
R
I
 
L
V
 
V
A
 
R
A
 
A
I
 
I
A
 
L
G
 
T
D
 
D
E
 
E
R
 
K
A
 
G
V
 
V
L
 
Y
T
 
T
C
 
V
S
 
S
I
 
A
L
 
F
N
 
T
D
 
P
E
 
E
V
 
V
L
 
E
G
 
G
V
 
V
P
 
L
D
 
E
V
 
V
A
 
S
L
 
L
S
 
S
L
 
L
P
 
P
R
 
R
V
 
I
I
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
L
 
E
E
 
G
T
 
T
V
 
V
M
 
Y
P
 
P
D
 
S
L
 
L
S
 
S
E
 
P
E
 
E
E
 
E
A
 
R
A
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
R
R
 
R
S
 
S
A
 
A
E
 
E
I
 
I
L
 
L
K
 
K
E
 
E
A
 
A

3vphA L-lactate dehydrogenase from thermus caldophilus gk24 complexed with oxamate, nadh and fbp (see paper)
65% identity, 97% coverage: 1:304/313 of query aligns to 1:304/310 of 3vphA

query
sites
3vphA
M
 
M
K
 
K
V
 
V
G
 
G
I
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
S
G
|
G
A
x
M
V
|
V
G
 
G
A
 
S
T
 
A
A
 
T
G
 
A
F
 
Y
A
 
A
M
 
L
V
 
A
M
 
L
S
 
L
G
 
G
A
 
V
A
 
A
S
 
R
E
 
E
V
 
V
V
 
V
L
 
L
V
 
V
D
|
D
M
x
L
N
 
D
E
 
R
K
 
K
L
 
L
A
 
A
A
 
Q
A
 
A
Q
 
H
A
 
A
Q
 
E
D
 
D
I
 
I
A
 
L
H
 
H
A
 
A
V
 
T
P
 
P
F
 
F
A
 
A
R
 
H
A
 
P
A
 
V
Q
 
W
V
 
V
R
 
R
H
 
A
G
 
G
G
 
S
Y
|
Y
A
 
G
A
 
D
L
 
L
A
 
E
G
 
G
A
 
A
G
 
R
V
 
A
V
 
V
V
 
V
L
 
L
A
 
A
A
|
A
G
|
G
V
 
V
A
 
A
Q
 
Q
R
 
R
P
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
R
|
R
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
E
 
D
R
 
R
N
 
N
A
 
A
A
 
Q
V
 
V
F
 
F
G
 
A
A
 
Q
I
x
V
I
 
V
P
 
P
A
 
R
V
 
V
L
 
L
A
 
E
A
 
A
A
 
A
P
 
P
D
 
E
A
 
A
I
 
V
L
 
L
L
 
L
V
 
V
A
|
A
T
 
T
N
|
N
P
 
P
L
 
V
D
 
D
V
 
V
M
 
M
T
 
T
Q
 
Q
I
 
V
A
 
A
T
 
Y
R
 
R
I
 
L
S
 
S
G
 
A
L
 
L
P
 
P
P
 
P
S
 
G
R
 
R
V
 
V
I
 
V
G
 
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
I
 
I
L
 
L
D
|
D
T
 
T
A
 
A
R
|
R
F
 
F
R
|
R
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
E
R
 
H
L
 
L
G
 
R
V
 
V
T
 
A
P
 
P
K
x
Q
S
 
S
V
 
V
H
|
H
A
 
A
H
x
Y
V
 
V
V
 
L
G
 
G
E
 
E
H
|
H
G
 
G
D
 
D
S
 
S
E
 
E
V
 
V
L
 
L
L
 
V
W
 
W
S
 
S
G
 
S
A
 
A
T
 
Q
V
 
V
A
 
G
C
 
G
L
 
V
P
 
P
V
 
L
D
 
L
R
 
E
G
 
F
A
 
A
E
 
E
R
 
A
L
 
R
K
 
G
R
 
R
P
 
A
L
 
L
T
 
S
A
 
P
E
 
E
D
 
D
R
 
R
A
 
A
A
 
R
I
 
I
D
 
D
E
 
E
G
 
G
V
 
V
R
 
R
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
H
 
R
I
 
I
I
 
I
D
 
E
G
 
G
K
 
K
G
 
G
H
 
A
T
|
T
A
 
Y
F
 
Y
G
 
G
I
|
I
G
 
G
G
 
A
G
 
G
L
 
L
S
 
A
R
 
R
I
 
L
V
 
V
A
 
R
A
 
A
I
 
I
A
 
L
G
 
T
D
 
D
E
 
E
R
 
K
A
 
G
V
 
V
L
 
Y
T
 
T
C
 
V
S
 
S
I
 
A
L
 
F
N
 
T
D
 
P
E
 
E
V
 
V
L
 
E
G
 
G
V
 
V
P
 
L
D
 
E
V
 
V
A
 
S
L
 
L
S
 
S
L
 
L
P
 
P
R
 
R
V
 
I
I
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
L
 
E
E
 
G
T
 
T
V
 
V
M
 
Y
P
 
P
D
 
S
L
 
L
S
 
S
E
 
P
E
 
E
E
 
E
A
 
R
A
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
R
R
 
R
S
 
S
A
 
A
E
 
E
I
 
I
L
 
L
K
 
K
E
 
E
A
 
A

P06150 L-lactate dehydrogenase; L-LDH; EC 1.1.1.27 from Thermus caldophilus (see 2 papers)
65% identity, 97% coverage: 1:304/313 of query aligns to 1:304/310 of P06150

query
sites
P06150
M
 
M
K
 
K
V
 
V
G
 
G
I
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
S
G
 
G
A
x
M
V
|
V
G
 
G
A
 
S
T
 
A
A
 
T
G
 
A
F
 
Y
A
 
A
M
 
L
V
 
A
M
 
L
S
 
L
G
 
G
A
 
V
A
 
A
S
 
R
E
 
E
V
 
V
V
 
V
L
 
L
V
 
V
D
|
D
M
 
L
N
 
D
E
 
R
K
 
K
L
 
L
A
 
A
A
 
Q
A
 
A
Q
 
H
A
 
A
Q
 
E
D
 
D
I
 
I
A
x
L
H
|
H
A
 
A
V
 
T
P
 
P
F
 
F
A
 
A
R
 
H
A
 
P
A
 
V
Q
 
W
V
 
V
R
 
R
H
 
A
G
 
G
G
 
S
Y
|
Y
A
 
G
A
 
D
L
 
L
A
 
E
G
 
G
A
 
A
G
 
R
V
 
A
V
 
V
V
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
A
G
|
G
V
|
V
A
 
A
Q
 
Q
R
 
R
P
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
E
 
D
R
 
R
N
 
N
A
 
A
A
 
Q
V
 
V
F
 
F
G
 
A
A
 
Q
I
 
V
I
 
V
P
 
P
A
 
R
V
 
V
L
 
L
A
 
E
A
 
A
A
 
A
P
 
P
D
 
E
A
 
A
I
 
V
L
 
L
L
 
L
V
 
V
A
|
A
T
|
T
N
|
N
P
 
P
L
 
V
D
 
D
V
 
V
M
 
M
T
 
T
Q
 
Q
I
 
V
A
 
A
T
 
Y
R
 
R
I
 
L
S
 
S
G
 
A
L
 
L
P
 
P
P
 
P
S
 
G
R
 
R
V
 
V
I
 
V
G
 
G
S
|
S
G
 
G
T
 
T
I
 
I
L
 
L
D
 
D
T
 
T
A
 
A
R
 
R
F
 
F
R
|
R
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
D
x
E
R
 
H
L
 
L
G
 
R
V
 
V
T
 
A
P
 
P
K
 
Q
S
 
S
V
 
V
H
|
H
A
 
A
H
 
Y
V
 
V
V
 
L
G
 
G
E
 
E
H
 
H
G
 
G
D
 
D
S
 
S
E
 
E
V
 
V
L
 
L
L
 
V
W
 
W
S
 
S
G
 
S
A
 
A
T
 
Q
V
 
V
A
 
G
C
 
G
L
 
V
P
 
P
V
 
L
D
 
L
R
 
E
G
 
F
A
 
A
E
 
E
R
 
A
L
x
R
K
 
G
R
 
R
P
 
A
L
 
L
T
 
S
A
 
P
E
 
E
D
 
D
R
 
R
A
 
A
A
 
R
I
 
I
D
 
D
E
 
E
G
 
G
V
 
V
R
 
R
R
 
R
A
|
A
A
 
A
Y
 
Y
H
 
R
I
 
I
I
 
I
D
 
E
G
 
G
K
 
K
G
 
G
H
 
A
T
 
T
A
 
Y
F
 
Y
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
A
G
 
G
L
 
L
S
 
A
R
 
R
I
 
L
V
 
V
A
 
R
A
 
A
I
 
I
A
 
L
G
 
T
D
 
D
E
 
E
R
 
K
A
 
G
V
 
V
L
 
Y
T
 
T
C
 
V
S
 
S
I
 
A
L
 
F
N
 
T
D
 
P
E
 
E
V
 
V
L
 
E
G
 
G
V
 
V
P
 
L
D
 
E
V
 
V
A
 
S
L
 
L
S
 
S
L
 
L
P
 
P
R
 
R
V
 
I
I
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
L
 
E
E
 
G
T
 
T
V
 
V
M
 
Y
P
 
P
D
 
S
L
 
L
S
 
S
E
 
P
E
 
E
E
 
E
A
 
R
A
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
R
R
 
R
S
 
S
A
 
A
E
 
E
I
 
I
L
 
L
K
 
K
E
 
E
A
 
A

3zznA 5-mutant (r79w, r151a, e279a, e299a,e313a) lactate-dehydrogenase from thermus thermophillus (see paper)
65% identity, 97% coverage: 1:304/313 of query aligns to 1:304/310 of 3zznA

query
sites
3zznA
M
 
M
K
 
K
V
 
V
G
 
G
I
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
S
G
|
G
A
 
M
V
|
V
G
 
G
A
 
S
T
 
A
A
 
T
G
 
A
F
 
Y
A
 
A
M
 
L
V
 
A
M
 
L
S
 
L
G
 
G
A
 
V
A
 
A
S
 
R
E
 
E
V
 
V
V
 
V
L
 
L
V
 
V
D
|
D
M
x
L
N
 
D
E
 
R
K
 
K
L
 
L
A
 
A
A
 
Q
A
 
A
Q
 
H
A
 
A
Q
 
E
D
 
D
I
 
I
A
 
L
H
 
H
A
 
A
V
 
T
P
 
P
F
 
F
A
 
A
R
 
H
A
 
P
A
 
V
Q
 
W
V
 
V
R
 
W
H
 
A
G
 
G
G
 
S
Y
 
Y
A
 
G
A
 
D
L
 
L
A
 
E
G
 
G
A
 
A
G
 
R
V
 
A
V
 
V
V
 
V
L
 
L
A
 
A
A
|
A
G
|
G
V
 
V
A
 
A
Q
 
Q
R
 
R
P
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
R
|
R
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
E
 
D
R
 
R
N
 
N
A
 
A
A
 
Q
V
 
V
F
 
F
G
 
A
A
 
Q
I
 
V
I
 
V
P
 
P
A
 
R
V
 
V
L
 
L
A
 
E
A
 
A
A
 
A
P
 
P
D
 
E
A
 
A
I
 
V
L
 
L
L
 
L
V
 
V
A
 
A
T
 
T
N
 
N
P
 
P
L
 
V
D
 
D
V
 
V
M
 
M
T
 
T
Q
 
Q
I
 
V
A
 
A
T
 
Y
R
 
A
I
 
L
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
P
 
P
S
 
G
R
 
R
V
 
V
I
 
V
G
 
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
I
 
I
L
 
L
D
|
D
T
 
T
A
 
A
R
|
R
F
 
F
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
E
R
 
Y
L
 
L
G
 
R
V
 
V
T
 
A
P
 
P
K
 
Q
S
 
S
V
 
V
H
 
H
A
 
A
H
 
Y
V
 
V
V
 
L
G
 
G
E
 
E
H
|
H
G
 
G
D
 
D
S
 
S
E
 
E
V
 
V
L
 
L
L
 
V
W
 
W
S
 
S
G
 
S
A
 
A
T
 
Q
V
 
V
A
 
G
C
 
G
L
 
V
P
 
P
V
 
L
D
 
L
R
 
E
G
 
F
A
 
A
E
 
E
R
 
A
L
 
R
K
 
G
R
 
R
P
 
A
L
 
L
T
 
S
A
 
P
E
 
E
D
 
D
R
 
R
A
 
A
A
 
R
I
 
I
D
 
D
E
 
E
G
 
G
V
 
V
R
 
R
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
H
 
R
I
 
I
I
 
I
D
 
E
G
 
G
K
 
K
G
 
G
H
 
A
T
 
T
A
 
Y
F
 
Y
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
A
G
 
G
L
 
L
S
 
A
R
 
R
I
 
L
V
 
V
A
 
R
A
 
A
I
 
I
A
 
L
G
 
T
D
 
D
E
 
E
R
 
K
A
 
G
V
 
V
L
 
Y
T
 
T
C
 
V
S
 
S
I
 
A
L
 
F
N
 
T
D
 
P
E
 
E
V
 
V
L
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
L
D
 
E
V
 
V
A
 
S
L
 
L
S
 
S
L
 
L
P
 
P
R
 
R
V
 
I
I
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
L
 
A
E
 
G
T
 
T
V
 
V
M
 
Y
P
 
P
D
 
S
L
 
L
S
 
S
E
 
P
E
 
E
E
 
E
A
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
R
R
 
R
S
 
S
A
 
A
E
 
E
I
 
I
L
 
L
K
 
K
E
 
E
A
 
A

2xxbA Penta-mutant of thermus thermophilus lactate dehydrogenase, complex with amp
65% identity, 97% coverage: 1:304/313 of query aligns to 1:304/310 of 2xxbA

query
sites
2xxbA
M
 
M
K
 
K
V
 
V
G
 
G
I
 
I
V
 
V
G
|
G
A
 
S
G
|
G
A
x
M
V
 
V
G
 
G
A
 
S
T
 
A
A
 
T
G
 
A
F
 
Y
A
 
A
M
 
L
V
 
A
M
 
L
S
 
L
G
 
G
A
 
V
A
 
A
S
 
R
E
 
E
V
 
V
V
 
V
L
 
L
V
 
V
D
|
D
M
x
L
N
 
D
E
 
R
K
 
K
L
 
L
A
 
A
A
 
Q
A
 
A
Q
 
H
A
 
A
Q
 
E
D
 
D
I
 
I
A
 
L
H
 
H
A
 
A
V
 
T
P
 
P
F
 
F
A
 
A
R
 
H
A
 
P
A
 
V
Q
 
W
V
 
V
R
 
W
H
 
A
G
 
G
G
 
S
Y
|
Y
A
 
G
A
 
D
L
 
L
A
 
E
G
 
G
A
 
A
G
 
R
V
 
A
V
 
V
V
 
V
L
 
L
A
 
A
A
|
A
G
|
G
V
 
V
A
 
A
Q
 
Q
R
 
R
P
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
R
|
R
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
E
 
D
R
 
R
N
 
N
A
 
A
A
 
Q
V
 
V
F
 
F
G
 
A
A
 
Q
I
 
V
I
 
V
P
 
P
A
 
R
V
 
V
L
 
L
A
 
E
A
 
A
A
 
A
P
 
P
D
 
E
A
 
A
I
 
V
L
 
L
L
 
L
V
 
V
A
 
A
T
 
T
N
 
N
P
 
P
L
 
V
D
 
D
V
 
V
M
 
M
T
 
T
Q
 
Q
I
 
V
A
 
A
T
 
Y
R
 
A
I
 
L
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
P
 
P
S
 
G
R
 
R
V
 
V
I
 
V
G
 
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
I
 
I
L
 
L
D
|
D
T
 
T
A
 
A
R
|
R
F
 
F
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
E
R
 
Y
L
 
L
G
 
R
V
 
V
T
 
A
P
 
P
K
 
Q
S
 
S
V
 
V
H
 
H
A
 
A
H
 
Y
V
 
V
V
 
L
G
 
G
E
 
E
H
|
H
G
 
G
D
 
D
S
 
S
E
 
E
V
 
V
L
 
L
L
 
V
W
 
W
S
 
S
G
 
S
A
 
A
T
 
Q
V
 
V
A
 
G
C
 
G
L
 
V
P
 
P
V
 
L
D
 
L
R
 
E
G
 
F
A
 
A
E
 
E
R
 
A
L
 
R
K
 
G
R
 
R
P
 
A
L
 
L
T
 
S
A
 
P
E
 
E
D
 
D
R
 
R
A
 
A
A
 
R
I
 
I
D
 
D
E
 
E
G
 
G
V
 
V
R
 
R
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
H
 
R
I
 
I
I
 
I
D
 
E
G
 
G
K
 
K
G
 
G
H
 
A
T
 
T
A
 
Y
F
 
Y
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
A
G
 
G
L
 
L
S
 
A
R
 
R
I
 
L
V
 
V
A
 
R
A
 
A
I
 
I
A
 
L
G
 
T
D
 
D
E
 
E
R
 
K
A
 
G
V
 
V
L
 
Y
T
 
T
C
 
V
S
 
S
I
 
A
L
 
F
N
 
T
D
 
P
E
 
E
V
 
V
L
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
L
D
 
E
V
 
V
A
 
S
L
 
L
S
 
S
L
 
L
P
 
P
R
 
R
V
 
I
I
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
L
 
A
E
 
G
T
 
T
V
 
V
M
 
Y
P
 
P
D
 
S
L
 
L
S
 
S
E
 
P
E
 
E
E
 
E
A
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
R
R
 
R
S
 
S
A
 
A
E
 
E
I
 
I
L
 
L
K
 
K
E
 
E
A
 
A

1a5zA Lactate dehydrogenase from thermotoga maritima (tmldh) (see paper)
45% identity, 98% coverage: 1:308/313 of query aligns to 1:307/312 of 1a5zA

query
sites
1a5zA
M
 
M
K
 
K
V
 
I
G
 
G
I
 
I
V
 
V
G
|
G
A
 
L
G
|
G
A
x
R
V
|
V
G
 
G
A
 
S
T
 
S
A
 
T
G
 
A
F
 
F
A
 
A
M
 
L
V
 
L
M
 
M
S
 
K
G
 
G
A
 
F
A
 
A
S
 
R
E
 
E
V
 
M
V
 
V
L
 
L
V
 
I
D
|
D
M
x
V
N
 
D
E
 
K
K
 
K
L
 
R
A
 
A
A
x
E
A
 
G
Q
 
D
A
 
A
Q
 
L
D
 
D
I
 
L
A
 
I
H
 
H
A
 
G
V
 
T
P
 
P
F
 
F
A
 
T
R
 
R
A
 
R
A
 
A
Q
 
N
V
 
I
R
x
Y
H
 
A
G
 
G
G
x
D
Y
 
Y
A
 
A
A
x
D
L
 
L
A
 
K
G
 
G
A
 
S
G
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
I
L
 
V
A
 
A
A
|
A
G
|
G
V
 
V
A
 
P
Q
 
Q
R
 
K
P
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
R
|
R
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
E
 
G
R
 
R
N
 
N
A
 
A
A
 
R
V
 
V
F
 
M
G
 
K
A
 
E
I
 
I
I
 
A
P
 
R
A
 
N
V
 
V
L
 
S
A
 
K
A
 
Y
A
 
A
P
 
P
D
 
D
A
 
S
I
 
I
L
 
V
L
 
I
V
 
V
A
 
V
T
|
T
N
|
N
P
 
P
L
 
V
D
 
D
V
 
V
M
 
L
T
 
T
Q
 
Y
I
 
F
A
 
F
T
 
L
R
 
K
I
 
E
S
 
S
G
 
G
L
 
M
P
 
D
P
 
P
S
 
R
R
 
K
V
 
V
I
 
F
G
 
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
I
 
V
L
 
L
D
|
D
T
 
T
A
 
A
R
|
R
F
 
L
R
|
R
A
 
T
L
 
L
L
 
I
A
 
A
D
 
Q
R
 
H
L
 
C
G
 
G
V
 
F
T
 
S
P
 
P
K
 
R
S
|
S
V
 
V
H
|
H
A
 
V
H
 
Y
V
 
V
V
 
I
G
 
G
E
 
E
H
|
H
G
 
G
D
 
D
S
 
S
E
 
E
V
 
V
L
 
P
L
 
V
W
 
W
S
 
S
G
 
G
A
 
A
T
 
M
V
 
I
A
x
G
C
 
G
L
 
I
P
 
P
V
 
L
D
 
Q
R
 
N
G
 
M
A
 
C
E
 
Q
R
 
V
L
 
C
K
 
Q
R
 
K
P
 
-
L
 
C
T
 
D
A
 
S
E
 
K
D
 
I
R
 
L
A
 
E
A
 
N
I
 
F
D
 
A
E
 
E
G
 
K
V
 
T
R
 
K
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
H
 
E
I
 
I
I
 
I
D
 
E
G
 
R
K
 
K
G
 
G
H
x
A
T
|
T
A
 
H
F
 
Y
G
 
A
I
 
I
G
 
A
G
 
L
G
 
A
L
 
V
S
 
A
R
 
D
I
 
I
V
 
V
A
 
E
A
 
S
I
 
I
A
 
F
G
 
F
D
 
D
E
 
E
R
 
K
A
 
R
V
 
V
L
 
L
T
 
T
C
 
L
S
 
S
I
 
V
L
 
Y
N
 
L
D
 
E
E
 
D
V
 
Y
L
 
L
G
 
G
V
 
V
P
 
K
D
 
D
V
 
L
A
 
C
L
 
I
S
 
S
L
 
V
P
 
P
R
 
V
V
 
T
I
 
L
G
 
G
A
 
K
G
 
H
G
 
G
V
 
V
L
 
E
E
 
R
T
 
I
V
 
L
M
 
E
P
 
L
D
 
N
L
 
L
S
 
N
E
 
E
E
 
E
E
 
E
A
 
L
A
 
E
A
 
A
L
 
F
K
 
R
R
 
K
S
 
S
A
 
A
E
 
S
I
 
I
L
 
L
K
 
K
E
 
N
A
 
A
V
 
I
T
 
N
S
 
E
V
 
I

P16115 L-lactate dehydrogenase; L-LDH; EC 1.1.1.27 from Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8) (see paper)
45% identity, 98% coverage: 1:308/313 of query aligns to 1:307/319 of P16115

query
sites
P16115
M
 
M
K
 
K
V
 
I
G
 
G
I
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
L
G
 
G
A
x
R
V
|
V
G
 
G
A
 
S
T
 
S
A
 
T
G
 
A
F
 
F
A
 
A
M
 
L
V
 
L
M
 
M
S
 
K
G
 
G
A
 
F
A
 
A
S
 
R
E
 
E
V
 
M
V
 
V
L
 
L
V
 
I
D
|
D
M
 
V
N
 
D
E
 
K
K
 
K
L
 
R
A
 
A
A
 
E
A
 
G
Q
 
D
A
 
A
Q
 
L
D
 
D
I
 
L
A
 
I
H
 
H
A
 
G
V
 
T
P
 
P
F
 
F
A
 
T
R
 
R
A
 
R
A
 
A
Q
 
N
V
 
I
R
 
Y
H
 
A
G
 
G
G
 
D
Y
 
Y
A
 
A
A
 
D
L
 
L
A
 
K
G
 
G
A
 
S
G
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
I
L
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
V
A
 
P
Q
 
Q
R
 
K
P
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Q
 
Q
L
 
L
L
 
L
E
 
G
R
 
R
N
 
N
A
 
A
A
 
R
V
 
V
F
 
M
G
 
K
A
 
E
I
 
I
I
 
A
P
 
R
A
 
N
V
 
V
L
 
S
A
 
K
A
 
Y
A
 
A
P
 
P
D
 
D
A
 
S
I
 
I
L
 
V
L
 
I
V
 
V
A
 
V
T
 
T
N
 
N
P
 
P
L
 
V
D
 
D
V
 
V
M
 
L
T
 
T
Q
 
Y
I
 
F
A
 
F
T
 
L
R
 
K
I
 
E
S
 
S
G
 
G
L
 
M
P
 
D
P
 
P
S
 
R
R
 
K
V
 
V
I
 
F
G
 
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
I
 
V
L
 
L
D
 
D
T
 
T
A
 
A
R
 
R
F
 
L
R
 
R
A
 
T
L
 
L
L
 
I
A
 
A
D
 
Q
R
 
H
L
 
C
G
 
G
V
 
F
T
 
S
P
 
P
K
 
R
S
 
S
V
 
V
H
|
H
A
 
V
H
 
Y
V
 
V
V
 
I
G
 
G
E
 
E
H
 
H
G
 
G
D
 
D
S
 
S
E
 
E
V
 
V
L
 
P
L
 
V
W
 
W
S
 
S
G
 
G
A
 
A
T
 
M
V
 
I
A
 
G
C
 
G
L
 
I
P
 
P
V
 
L
D
 
Q
R
 
N
G
 
M
A
 
C
E
 
Q
R
 
I
L
 
C
K
 
Q
R
 
K
P
 
-
L
 
C
T
 
D
A
 
S
E
 
K
D
 
I
R
 
L
A
 
E
A
 
N
I
 
F
D
 
A
E
 
E
G
 
K
V
 
T
R
 
K
R
 
R
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
H
 
E
I
 
I
I
 
I
D
 
E
G
 
R
K
 
K
G
 
G
H
 
A
T
 
T
A
 
H
F
 
Y
G
 
A
I
 
I
G
 
A
G
 
L
G
 
A
L
 
V
S
 
A
R
 
D
I
 
I
V
 
V
A
 
E
A
 
S
I
 
I
A
 
F
G
 
F
D
 
D
E
 
E
R
 
K
A
 
R
V
 
V
L
 
L
T
 
T
C
 
L
S
 
S
I
 
V
L
 
Y
N
 
L
D
 
E
E
 
D
V
 
Y
L
 
L
G
 
G
V
 
V
P
 
K
D
 
D
V
 
L
A
 
C
L
 
I
S
 
S
L
 
V
P
 
P
R
 
V
V
 
T
I
 
L
G
 
G
A
 
K
G
 
H
G
 
G
V
 
V
L
 
E
E
 
R
T
 
I
V
 
L
M
 
E
P
 
L
D
 
N
L
 
L
S
 
N
E
 
E
E
 
E
E
 
E
A
 
L
A
 
E
A
 
A
L
 
F
K
 
R
R
 
K
S
 
S
A
 
A
E
 
S
I
 
I
L
 
L
K
 
K
E
 
N
A
 
A
V
 
I
T
 
N
S
 
E
V
 
I

4ln1B Crystal structure of l-lactate dehydrogenase from bacillus cereus atcc 14579 complexed with calcium, nysgrc target 029452
43% identity, 98% coverage: 2:308/313 of query aligns to 14:320/321 of 4ln1B

query
sites
4ln1B
K
 
R
V
 
V
G
 
V
I
 
L
V
 
V
G
 
G
A
 
T
G
 
G
A
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
C
T
 
S
A
 
Y
G
 
A
F
 
Y
A
 
C
M
 
M
V
 
I
M
 
N
S
 
Q
G
 
A
A
 
V
A
 
A
S
 
E
E
 
E
V
 
F
V
 
V
L
 
L
V
 
V
D
 
D
M
 
V
N
 
N
E
 
E
K
 
A
L
 
K
A
 
A
A
 
E
A
 
G
Q
 
E
A
 
A
Q
 
M
D
 
D
I
 
L
A
 
S
H
 
H
A
 
A
V
 
V
P
 
P
F
 
F
A
 
A
R
 
P
A
 
A
-
 
P
A
 
T
Q
 
R
V
 
V
R
 
W
H
 
K
G
 
G
G
 
S
Y
 
Y
A
 
E
A
 
D
L
 
C
A
 
K
G
 
D
A
 
A
G
x
D
V
 
L
V
 
V
V
 
V
L
 
I
A
 
T
A
 
A
G
 
G
V
 
L
A
 
P
Q
 
Q
R
 
K
P
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
R
|
R
L
 
L
Q
 
D
L
 
L
L
 
V
E
 
E
R
 
K
N
 
N
A
 
A
A
 
K
V
 
I
F
 
F
G
 
K
A
 
Q
I
 
I
I
 
V
P
 
R
A
 
S
V
 
I
L
 
M
A
 
D
A
 
S
A
 
G
P
 
F
D
 
D
A
 
G
I
 
I
L
 
F
L
 
L
V
 
I
A
 
A
T
 
T
N
 
N
P
 
P
L
 
V
D
 
D
V
 
I
M
 
L
T
 
T
Q
 
Y
I
 
V
A
 
T
T
 
W
R
 
K
I
 
E
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
P
 
K
S
 
E
R
 
R
V
 
V
I
 
I
G
 
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
I
 
T
L
 
L
D
|
D
T
 
S
A
 
A
R
|
R
F
 
F
R
 
R
A
 
Y
L
 
M
L
 
L
A
 
G
D
 
E
R
 
Y
L
 
F
G
 
D
V
 
I
T
 
G
P
 
P
K
 
H
S
 
N
V
 
I
H
 
H
A
 
A
H
 
Y
V
 
I
V
 
I
G
 
G
E
 
E
H
|
H
G
 
G
D
 
D
S
 
T
E
 
E
V
 
L
L
 
P
L
 
V
W
 
W
S
 
S
G
 
H
A
 
V
T
 
S
V
 
V
A
 
G
C
 
I
L
 
Q
P
 
K
V
 
L
D
 
Q
R
 
T
G
 
L
A
 
L
E
 
E
R
 
K
L
 
-
K
 
D
R
 
N
P
 
T
L
 
Y
T
 
N
A
 
Q
E
 
E
D
 
D
R
 
L
A
 
D
A
 
K
I
 
I
D
 
F
E
 
I
G
 
N
V
 
V
R
 
R
R
 
D
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
H
 
H
I
 
I
I
 
I
D
 
E
G
 
R
K
 
K
G
 
G
H
 
A
T
 
T
A
 
Y
F
 
Y
G
 
G
I
 
I
G
 
G
G
 
M
G
 
S
L
 
L
S
 
L
R
 
R
I
 
V
V
 
T
A
 
K
A
 
A
I
 
I
A
 
L
G
 
N
D
 
D
E
 
E
R
 
N
A
 
S
V
 
V
L
 
L
T
 
T
C
 
V
S
 
S
I
 
A
L
 
Y
N
 
L
D
 
E
E
 
G
V
 
Q
L
 
Y
G
 
G
V
 
Q
P
 
K
D
 
D
V
 
V
A
 
Y
L
 
I
S
 
G
L
 
V
P
 
P
R
 
A
V
 
V
I
 
L
G
 
N
A
 
R
G
 
G
G
 
G
V
 
V
L
 
R
E
 
E
T
 
I
V
 
L
M
 
E
P
 
V
D
 
E
L
 
L
S
 
S
E
 
E
E
 
D
E
 
E
A
 
E
A
 
L
A
 
K
L
 
F
K
 
D
R
 
H
S
 
S
A
 
V
E
 
Q
I
 
V
L
 
L
K
 
K
E
 
E
A
 
T
V
 
M
T
 
A
S
 
P
V
 
V

Sites not aligning to the query:

P13714 L-lactate dehydrogenase; L-LDH; EC 1.1.1.27 from Bacillus subtilis (strain 168) (see paper)
41% identity, 96% coverage: 2:303/313 of query aligns to 7:308/320 of P13714

query
sites
P13714
K
 
K
V
 
V
G
 
A
I
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
x
F
V
|
V
G
 
G
A
 
S
T
 
S
A
 
Y
G
 
A
F
 
F
A
 
A
M
 
L
V
 
I
M
 
N
S
 
Q
G
 
G
A
 
I
A
 
T
S
 
D
E
 
E
V
 
L
V
 
V
L
 
V
V
 
I
D
|
D
M
 
V
N
 
N
E
 
K
K
 
E
L
 
K
A
 
A
A
 
M
A
 
G
Q
 
D
A
 
V
Q
 
M
D
 
D
I
 
L
A
 
N
H
 
H
A
 
G
V
 
K
P
 
A
F
 
F
A
 
A
-
 
P
R
 
Q
A
 
P
A
 
V
Q
 
K
V
 
T
R
 
S
H
 
Y
G
 
G
G
 
T
Y
 
Y
A
 
E
A
 
D
L
 
C
A
 
K
G
 
D
A
 
A
G
 
D
V
 
I
V
 
V
V
 
C
L
 
I
A
 
C
A
 
A
G
|
G
V
x
A
A
 
N
Q
 
Q
R
 
K
P
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Q
 
E
L
 
L
L
 
V
E
 
E
R
 
K
N
 
N
A
 
L
A
 
K
V
 
I
F
 
F
G
 
K
A
 
G
I
 
I
I
 
V
P
 
S
A
 
E
V
 
V
L
 
M
A
 
A
A
 
S
A
 
G
P
 
F
D
 
D
A
 
G
I
 
I
L
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
A
T
 
T
N
 
N
P
 
P
L
 
V
D
 
D
V
 
I
M
 
L
T
 
T
Q
 
Y
I
 
A
A
 
T
T
 
W
R
 
K
I
 
F
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
P
 
K
S
 
E
R
 
R
V
 
V
I
 
I
G
 
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
I
 
T
L
 
L
D
 
D
T
 
S
A
 
A
R
 
R
F
 
F
R
|
R
A
 
F
L
 
M
L
 
L
A
 
S
D
 
E
R
 
Y
L
 
F
G
 
G
V
 
A
T
 
A
P
 
P
K
x
Q
S
x
N
V
|
V
H
|
H
A
|
A
H
 
H
V
 
I
V
 
I
G
 
G
E
 
E
H
 
H
G
 
G
D
 
D
S
 
T
E
 
E
V
 
L
L
 
P
L
 
V
W
 
W
S
 
S
G
 
H
A
 
A
T
 
N
V
 
V
A
 
G
C
 
G
L
 
V
P
 
P
V
 
V
D
 
S
R
 
E
G
 
L
A
 
V
E
 
E
R
 
K
L
 
-
K
 
N
R
 
D
P
 
A
L
 
Y
T
 
K
A
 
Q
E
 
E
D
 
E
R
 
L
A
 
D
A
 
Q
I
 
I
D
 
V
E
 
D
G
 
D
V
 
V
R
 
K
R
 
N
A
 
A
A
 
A
Y
|
Y
H
 
H
I
 
I
I
 
I
D
 
E
G
 
K
K
 
K
G
 
G
H
 
A
T
 
T
A
 
Y
F
 
Y
G
 
G
I
 
V
G
 
A
G
 
M
G
 
S
L
 
L
S
 
A
R
 
R
I
 
I
V
 
T
A
 
K
A
 
A
I
 
I
A
 
L
G
 
H
D
 
N
E
 
E
R
 
N
A
 
S
V
 
I
L
 
L
T
 
T
C
 
V
S
 
S
I
 
T
L
 
Y
N
 
L
D
 
D
E
 
G
V
 
Q
L
 
Y
G
 
G
V
 
A
P
 
D
D
 
D
V
 
V
A
 
Y
L
 
I
S
 
G
L
 
V
P
 
P
R
 
A
V
 
V
I
 
V
G
 
N
A
 
R
G
 
G
G
 
G
V
 
I
L
 
A
E
 
G
T
 
I
V
 
T
M
 
E
P
 
L
D
 
N
L
 
L
S
 
N
E
 
E
E
 
K
E
 
E
A
 
K
A
 
E
A
 
Q
L
 
F
K
 
L
R
 
H
S
 
S
A
 
A
E
 
G
I
 
V
L
 
L
K
 
K
E
 
N

1ldnA Structure of a ternary complex of an allosteric lactate dehydrogenase from bacillus stearothermophilus at 2.5 angstroms resolution (see paper)
43% identity, 96% coverage: 2:302/313 of query aligns to 8:308/316 of 1ldnA

query
sites
1ldnA
K
 
R
V
 
V
G
 
V
I
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
|
G
A
x
F
V
|
V
G
 
G
A
 
A
T
 
S
A
 
Y
G
 
V
F
 
F
A
 
A
M
 
L
V
 
M
M
 
N
S
 
Q
G
 
G
A
 
I
A
 
A
S
 
D
E
 
E
V
 
I
V
 
V
L
 
L
V
 
I
D
|
D
M
x
A
N
 
N
E
 
E
K
 
S
L
 
K
A
 
A
A
 
I
A
 
G
Q
 
D
A
 
A
Q
 
M
D
 
D
I
 
F
A
 
N
H
 
H
A
 
G
V
 
K
P
 
V
F
 
F
A
 
A
-
 
P
R
 
K
A
 
P
A
 
V
Q
 
D
V
 
I
R
 
W
H
 
H
G
 
G
G
 
D
Y
 
Y
A
 
D
A
 
D
L
 
C
A
 
R
G
 
D
A
 
A
G
 
D
V
 
L
V
 
V
V
 
V
L
 
I
A
x
C
A
|
A
G
|
G
V
x
A
A
x
N
Q
 
Q
R
 
K
P
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
R
|
R
L
 
L
Q
 
D
L
 
L
L
 
V
E
 
D
R
 
K
N
 
N
A
 
I
A
 
A
V
 
I
F
 
F
G
 
R
A
 
S
I
 
I
I
 
V
P
 
E
A
 
S
V
 
V
L
 
M
A
 
A
A
 
S
A
 
G
P
 
F
D
 
Q
A
 
G
I
 
L
L
 
F
L
 
L
V
 
V
A
|
A
T
 
T
N
|
N
P
 
P
L
 
V
D
 
D
V
 
I
M
 
L
T
 
T
Q
 
Y
I
 
A
A
 
T
T
 
W
R
 
K
I
 
F
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
P
 
H
S
 
E
R
 
R
V
 
V
I
 
I
G
 
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
I
 
I
L
 
L
D
|
D
T
 
T
A
 
A
R
|
R
F
 
F
R
 
R
A
 
F
L
 
L
L
 
L
A
 
G
D
 
E
R
 
Y
L
 
F
G
 
S
V
 
V
T
 
A
P
 
P
K
x
Q
S
x
N
V
 
V
H
|
H
A
 
A
H
 
Y
V
 
I
V
 
I
G
 
G
E
 
E
H
|
H
G
 
G
D
 
D
S
 
T
E
 
E
V
 
L
L
 
P
L
 
V
W
 
W
S
 
S
G
 
Q
A
 
A
T
 
Y
V
 
I
A
 
G
C
 
V
L
 
M
P
 
P
V
 
I
D
 
R
R
 
K
G
 
L
A
 
V
E
 
E
R
 
S
L
 
-
K
 
K
R
 
G
P
 
E
L
 
E
T
 
A
A
 
Q
E
 
K
D
 
D
R
 
L
A
 
E
A
 
R
I
 
I
D
 
F
E
 
V
G
 
N
V
 
V
R
 
R
R
 
D
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
H
 
Q
I
 
I
I
 
I
D
 
E
G
 
K
K
 
K
G
 
G
H
 
A
T
|
T
A
 
Y
F
 
Y
G
 
G
I
|
I
G
 
A
G
 
M
G
 
G
L
 
L
S
 
A
R
 
R
I
 
V
V
 
T
A
 
R
A
 
A
I
 
I
A
 
L
G
 
H
D
 
N
E
 
E
R
 
N
A
 
A
V
 
I
L
 
L
T
 
T
C
 
V
S
 
S
I
 
A
L
 
Y
N
 
L
D
 
D
E
 
G
V
 
L
L
 
Y
G
 
G
V
 
E
P
 
R
D
 
D
V
 
V
A
 
Y
L
 
I
S
 
G
L
 
V
P
 
P
R
 
A
V
 
V
I
 
I
G
 
N
A
 
R
G
 
N
G
 
G
V
 
I
L
 
R
E
 
E
T
 
V
V
 
I
M
 
E
P
 
I
D
 
E
L
 
L
S
 
N
E
 
D
E
 
D
E
 
E
A
 
K
A
 
N
A
 
R
L
 
F
K
 
H
R
 
H
S
 
S
A
 
A
E
 
A
I
 
T
L
 
L
K
 
K

P00344 L-lactate dehydrogenase; L-LDH; EC 1.1.1.27 from Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) (see 3 papers)
43% identity, 96% coverage: 2:302/313 of query aligns to 8:308/317 of P00344

query
sites
P00344
K
 
R
V
 
V
G
 
V
I
 
V
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
x
F
V
|
V
G
 
G
A
 
A
T
 
S
A
 
Y
G
 
V
F
 
F
A
 
A
M
 
L
V
 
M
M
 
N
S
 
Q
G
 
G
A
 
I
A
 
A
S
 
D
E
 
E
V
 
I
V
 
V
L
 
L
V
 
I
D
|
D
M
 
A
N
 
N
E
 
E
K
 
S
L
 
K
A
 
A
A
 
I
A
 
G
Q
 
D
A
 
A
Q
 
M
D
 
D
I
 
F
A
 
N
H
 
H
A
 
G
V
 
K
P
 
V
F
 
F
A
 
A
-
 
P
R
 
K
A
 
P
A
 
V
Q
 
D
V
 
I
R
 
W
H
 
H
G
 
G
G
 
D
Y
 
Y
A
 
D
A
 
D
L
 
C
A
 
R
G
 
D
A
 
A
G
 
D
V
 
L
V
 
V
V
 
V
L
 
I
A
 
C
A
 
A
G
 
G
V
 
A
A
 
N
Q
 
Q
R
 
K
P
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Q
 
D
L
 
L
L
 
V
E
 
D
R
 
K
N
 
N
A
 
I
A
 
A
V
 
I
F
 
F
G
 
R
A
 
S
I
 
I
I
 
V
P
 
E
A
 
S
V
 
V
L
 
M
A
 
A
A
 
S
A
 
G
P
 
F
D
 
Q
A
 
G
I
 
L
L
 
F
L
 
L
V
 
V
A
|
A
T
|
T
N
|
N
P
 
P
L
 
V
D
 
D
V
 
I
M
 
L
T
 
T
Q
 
Y
I
 
A
A
 
T
T
 
W
R
 
K
I
 
F
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
P
 
H
S
 
E
R
 
R
V
 
V
I
 
I
G
 
G
S
|
S
G
 
G
T
 
T
I
 
I
L
 
L
D
 
D
T
 
T
A
 
A
R
 
R
F
 
F
R
|
R
A
 
F
L
 
L
L
 
L
A
 
G
D
 
E
R
 
Y
L
 
F
G
 
S
V
 
V
T
 
A
P
 
P
K
x
Q
S
x
N
V
|
V
H
|
H
A
 
A
H
 
Y
V
 
I
V
 
I
G
 
G
E
 
E
H
 
H
G
 
G
D
 
D
S
 
T
E
 
E
V
 
L
L
 
P
L
 
V
W
 
W
S
 
S
G
 
Q
A
 
A
T
 
Y
V
 
I
A
 
G
C
 
V
L
 
M
P
 
P
V
 
I
D
 
R
R
 
K
G
 
L
A
 
V
E
 
E
R
 
S
L
 
-
K
 
K
R
 
G
P
 
E
L
 
E
T
 
A
A
 
Q
E
 
K
D
 
D
R
 
L
A
 
E
A
 
R
I
 
I
D
 
F
E
 
V
G
 
N
V
 
V
R
 
R
R
 
D
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
H
 
Q
I
 
I
I
 
I
D
 
E
G
 
K
K
 
K
G
 
G
H
 
A
T
 
T
A
 
Y
F
 
Y
G
 
G
I
 
I
G
 
A
G
 
M
G
 
G
L
 
L
S
 
A
R
 
R
I
 
V
V
 
T
A
 
R
A
 
A
I
 
I
A
 
L
G
 
H
D
 
N
E
 
E
R
 
N
A
 
A
V
 
I
L
 
L
T
 
T
C
 
V
S
 
S
I
 
A
L
 
Y
N
 
L
D
 
D
E
 
G
V
 
L
L
 
Y
G
 
G
V
 
E
P
 
R
D
 
D
V
 
V
A
 
Y
L
 
I
S
 
G
L
 
V
P
 
P
R
 
A
V
 
V
I
 
I
G
 
N
A
 
R
G
 
N
G
 
G
V
 
I
L
 
R
E
 
E
T
 
V
V
 
I
M
 
E
P
 
I
D
 
E
L
 
L
S
 
N
E
 
D
E
 
D
E
 
E
A
 
K
A
 
N
A
 
R
L
 
F
K
 
H
R
 
H
S
 
S
A
 
A
E
 
A
I
 
T
L
 
L
K
 
K

3pqdB Crystal structure of l-lactate dehydrogenase from bacillus subtilis complexed with fbp and NAD+
41% identity, 96% coverage: 2:303/313 of query aligns to 4:305/312 of 3pqdB

query
sites
3pqdB
K
 
K
V
 
V
G
 
A
I
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
A
 
F
V
 
V
G
 
G
A
 
S
T
 
S
A
 
Y
G
 
A
F
 
F
A
 
A
M
 
L
V
 
I
M
 
N
S
 
Q
G
 
G
A
 
I
A
 
T
S
 
D
E
 
E
V
 
L
V
 
V
L
 
V
V
 
I
D
 
D
M
 
V
N
 
N
E
 
K
K
 
E
L
 
K
A
 
A
A
 
M
A
 
G
Q
 
D
A
 
V
Q
 
M
D
 
D
I
 
L
A
 
N
H
 
H
A
 
G
V
 
K
P
 
A
F
 
F
A
 
A
-
 
P
R
 
Q
A
 
P
A
 
V
Q
 
K
V
 
T
R
 
S
H
 
Y
G
 
G
G
 
T
Y
 
Y
A
 
E
A
 
D
L
 
C
A
 
K
G
 
D
A
 
A
G
 
D
V
 
I
V
 
V
V
 
C
L
 
I
A
 
C
A
 
A
G
 
G
V
 
A
A
 
N
Q
 
Q
R
 
K
P
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
R
 
R
L
 
L
Q
 
E
L
 
L
L
 
V
E
 
E
R
 
K
N
 
N
A
 
L
A
 
K
V
 
I
F
 
F
G
 
K
A
 
G
I
 
I
I
 
V
P
 
S
A
 
E
V
 
V
L
 
M
A
 
A
A
 
S
A
 
G
P
 
F
D
 
D
A
 
G
I
 
I
L
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
A
T
 
T
N
 
N
P
 
P
L
 
V
D
 
D
V
 
I
M
 
L
T
 
T
Q
 
Y
I
 
A
A
 
T
T
 
W
R
 
K
I
 
F
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
P
 
K
S
 
E
R
 
R
V
 
V
I
 
I
G
 
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
I
 
T
L
 
L
D
|
D
T
 
S
A
 
A
R
|
R
F
 
F
R
|
R
A
 
F
L
 
M
L
 
L
A
 
S
D
 
E
R
 
Y
L
 
F
G
 
G
V
 
A
T
 
A
P
 
P
K
x
Q
S
x
N
V
 
V
H
|
H
A
 
A
H
 
H
V
 
I
V
 
I
G
 
G
E
 
E
H
|
H
G
 
G
D
 
D
S
 
T
E
 
E
V
 
L
L
 
P
L
 
V
W
 
W
S
 
S
G
 
H
A
 
A
T
 
N
V
 
V
A
 
G
C
 
G
L
 
V
P
 
P
V
 
V
D
 
S
R
 
E
G
 
L
A
 
V
E
 
E
R
 
K
L
 
-
K
 
N
R
 
D
P
 
A
L
 
Y
T
 
K
A
 
Q
E
 
E
D
 
E
R
 
L
A
 
D
A
 
Q
I
 
I
D
 
V
E
 
D
G
 
D
V
 
V
R
 
K
R
 
N
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
H
 
H
I
 
I
I
 
I
D
 
E
G
 
K
K
 
K
G
 
G
H
 
A
T
 
T
A
 
Y
F
 
Y
G
 
G
I
 
V
G
 
A
G
 
M
G
 
S
L
 
L
S
 
A
R
 
R
I
 
I
V
 
T
A
 
K
A
 
A
I
 
I
A
 
L
G
 
H
D
 
N
E
 
E
R
 
N
A
 
S
V
 
I
L
 
L
T
 
T
C
 
V
S
 
S
I
 
T
L
 
Y
N
 
L
D
 
D
E
 
G
V
 
Q
L
 
Y
G
 
G
V
 
A
P
 
D
D
 
D
V
 
V
A
 
Y
L
 
I
S
 
G
L
 
V
P
 
P
R
 
A
V
 
V
I
 
V
G
 
N
A
 
R
G
 
G
G
 
G
V
 
I
L
 
A
E
 
G
T
 
I
V
 
T
M
 
E
P
 
L
D
 
N
L
 
L
S
 
N
E
 
E
E
 
K
E
 
E
A
 
K
A
 
E
A
 
Q
L
 
F
K
 
L
R
 
H
S
 
S
A
 
A
E
 
G
I
 
V
L
 
L
K
 
K
E
 
N

8ab3A Crystal structure of the lactate dehydrogenase of cyanobacterium aponinum in complex with oxamate, nadh and fbp. (see paper)
41% identity, 97% coverage: 5:309/313 of query aligns to 25:330/330 of 8ab3A

query
sites
8ab3A
I
 
I
V
 
I
G
 
G
A
 
L
G
|
G
A
x
Q
V
|
V
G
 
G
A
 
L
T
 
A
A
 
C
G
 
A
F
 
Y
A
 
S
M
 
M
V
 
L
M
 
I
S
 
Q
G
 
D
A
 
C
A
 
F
S
 
D
E
 
E
V
 
L
V
 
V
L
 
L
V
 
Q
D
|
D
M
x
I
N
 
A
E
 
S
K
 
D
L
 
K
A
 
L
A
 
E
A
 
G
Q
 
E
A
 
V
Q
 
M
D
 
D
I
 
F
A
 
S
H
 
H
A
 
G
V
 
M
P
 
P
F
 
F
A
 
I
R
 
P
A
 
P
A
 
T
Q
 
D
V
 
I
R
 
K
H
 
A
G
 
G
G
 
T
Y
 
I
A
 
A
A
 
N
L
 
E
A
 
G
-
 
R
G
 
N
A
 
A
G
 
D
V
 
I
V
 
V
V
 
I
L
 
I
A
x
T
A
|
A
G
|
G
V
|
V
A
|
A
Q
 
Q
R
 
K
P
 
E
G
 
G
E
 
E
T
 
S
R
 
R
L
 
L
Q
 
S
L
 
L
L
 
L
E
 
E
R
 
R
N
 
N
A
 
I
A
 
A
V
 
I
F
 
Y
G
 
K
A
 
K
I
 
I
I
 
L
P
 
A
A
 
D
V
 
V
L
 
V
A
 
K
A
 
Y
A
 
C
P
 
P
D
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
I
L
 
L
V
 
V
A
x
V
T
 
T
N
|
N
P
 
P
L
 
V
D
 
D
V
 
I
M
 
M
T
 
T
Q
 
Y
I
 
A
A
 
T
T
 
L
R
 
K
I
 
I
S
 
T
G
 
G
L
 
F
P
 
P
P
 
S
S
 
S
R
 
R
V
 
I
I
 
I
G
 
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
I
 
V
L
 
L
D
 
D
T
 
T
A
 
A
R
 
R
F
 
F
R
|
R
A
 
T
L
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
K
R
 
E
L
 
M
G
 
D
V
 
I
T
 
D
P
 
P
K
x
R
S
 
S
V
 
V
H
|
H
A
 
A
H
 
Y
V
 
I
V
 
I
G
 
G
E
 
E
H
|
H
G
 
G
D
 
D
S
 
S
E
 
E
V
 
V
L
 
P
L
 
V
W
 
W
S
 
S
G
 
T
A
 
A
T
 
N
V
 
V
-
 
G
-
 
G
-
 
M
-
 
K
-
 
L
-
 
V
-
 
P
-
 
N
-
 
T
-
 
W
A
 
A
C
 
D
L
 
L
P
 
P
V
 
E
D
 
D
R
 
E
G
 
K
A
 
A
E
 
T
R
 
-
L
 
-
K
 
-
R
 
-
P
 
-
L
 
-
T
 
-
A
 
-
E
 
-
D
 
-
R
 
L
A
 
S
A
 
G
I
 
I
D
 
F
E
 
Q
G
 
K
V
 
V
R
 
Q
R
 
N
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
H
 
D
I
 
I
I
 
I
D
 
K
G
 
L
K
 
K
G
 
G
H
 
Y
T
 
T
A
 
S
F
 
Y
G
 
A
I
|
I
G
 
G
G
 
L
G
 
A
L
 
T
S
 
T
R
 
D
I
 
I
V
 
V
A
 
K
A
 
A
I
 
I
A
 
L
G
 
N
D
 
S
E
 
Q
R
 
E
A
 
R
V
 
I
L
 
L
T
 
T
C
 
V
S
 
S
I
 
G
L
 
L
N
 
M
D
 
T
E
 
G
V
 
M
L
 
Y
G
 
G
V
 
I
P
 
E
D
 
D
V
 
V
A
 
C
L
 
L
S
 
S
L
 
I
P
 
P
R
 
R
V
 
V
I
 
V
G
 
S
A
 
E
G
 
R
G
 
G
V
 
I
L
 
I
E
 
K
T
 
T
V
 
V
M
 
N
P
 
L
D
 
T
L
 
L
S
 
S
E
 
E
E
 
D
E
 
E
A
 
E
A
 
K
A
 
L
L
 
L
K
 
Q
R
 
Q
S
 
S
A
 
A
E
 
K
I
 
M
L
 
L
K
 
K
E
 
E
A
 
V
V
 
F
T
 
D
S
 
K
V
 
I
E
 
N

Q5HJD7 L-lactate dehydrogenase 1; L-LDH 1; EC 1.1.1.27 from Staphylococcus aureus (strain COL)
41% identity, 99% coverage: 2:310/313 of query aligns to 8:315/317 of Q5HJD7

query
sites
Q5HJD7
K
 
K
V
 
V
G
 
V
I
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
N
G
 
G
A
|
A
V
|
V
G
 
G
A
 
S
T
 
S
A
 
Y
G
 
A
F
 
F
A
 
S
M
 
L
V
 
V
M
 
N
S
 
Q
G
 
S
A
 
I
A
 
V
S
 
D
E
 
E
V
 
L
V
 
V
L
 
I
V
 
I
D
|
D
M
 
L
N
 
D
E
 
T
K
 
E
L
 
K
A
 
V
A
 
R
A
 
G
Q
 
D
A
 
V
Q
 
M
D
 
D
I
 
L
A
 
K
H
 
H
A
 
A
V
 
T
P
 
P
F
 
Y
A
 
S
-
 
P
R
 
T
A
 
T
A
 
V
Q
 
R
V
 
V
R
 
K
H
 
A
G
 
G
G
 
E
Y
 
Y
A
 
S
A
 
D
L
 
C
A
 
H
G
 
D
A
 
A
G
 
D
V
 
L
V
 
V
V
 
V
L
 
I
A
 
C
A
 
A
G
|
G
V
x
A
A
 
A
Q
 
Q
R
 
K
P
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
R
|
R
L
 
L
Q
 
D
L
 
L
L
 
V
E
 
S
R
 
K
N
 
N
A
 
L
A
 
K
V
 
I
F
 
F
G
 
K
A
 
S
I
 
I
I
 
V
P
 
G
A
 
E
V
 
V
L
 
M
A
 
A
A
 
S
A
 
K
P
 
F
D
 
D
A
 
G
I
 
I
L
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
A
T
 
T
N
 
N
P
 
P
L
 
V
D
 
D
V
 
I
M
 
L
T
 
A
Q
 
Y
I
 
A
A
 
T
T
 
W
R
 
K
I
 
F
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
P
 
K
S
 
E
R
 
R
V
 
V
I
 
I
G
 
G
S
|
S
G
 
G
T
 
T
I
 
I
L
 
L
D
 
D
T
 
S
A
 
A
R
 
R
F
 
F
R
 
R
A
 
L
L
 
L
L
 
L
A
 
S
D
 
E
R
 
A
L
 
F
G
 
D
V
 
V
T
 
A
P
 
P
K
 
R
S
 
S
V
 
V
H
 
D
A
 
A
H
 
Q
V
 
I
V
 
I
G
 
G
E
 
E
H
 
H
G
 
G
D
 
D
S
 
T
E
 
E
V
 
L
L
 
P
L
 
V
W
 
W
S
 
S
G
 
H
A
 
A
T
 
N
V
 
I
A
 
A
C
 
G
L
 
Q
P
 
P
V
 
L
D
 
K
R
 
T
G
 
L
A
 
L
E
 
E
R
 
-
L
 
-
K
 
Q
R
 
R
P
 
P
L
 
-
T
 
-
A
 
-
E
 
E
D
 
G
R
 
K
A
 
A
A
 
Q
I
 
I
D
 
E
E
 
Q
-
 
I
-
 
F
-
 
V
G
 
Q
V
 
T
R
 
R
R
 
D
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
H
 
D
I
 
I
I
 
I
D
 
Q
G
 
A
K
 
K
G
 
G
H
 
A
T
|
T
A
 
Y
F
 
Y
G
 
G
I
 
V
G
 
A
G
 
M
G
 
G
L
 
L
S
 
A
R
 
R
I
 
I
V
 
T
A
 
E
A
 
A
I
 
I
A
 
F
G
 
R
D
 
N
E
 
E
R
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
L
T
 
T
C
 
V
S
 
S
I
 
A
L
 
L
N
 
L
D
 
E
E
 
G
V
 
E
L
 
Y
G
 
E
V
 
E
P
 
E
D
 
D
V
 
V
A
 
Y
L
 
I
S
 
G
L
 
V
P
 
P
R
 
A
V
 
V
I
 
I
G
 
N
A
 
R
G
 
N
G
 
G
V
 
I
L
 
R
E
 
N
T
 
V
V
 
V
M
 
E
P
 
I
D
 
P
L
 
L
S
 
N
E
 
D
E
 
E
E
 
E
A
 
Q
A
 
S
A
 
K
L
 
F
K
 
A
R
 
H
S
 
S
A
 
A
E
 
K
I
 
T
L
 
L
K
 
K
E
 
D
A
 
I
V
 
M
T
 
A
S
 
E
V
 
A
E
 
E
K
 
E

3h3jB Crystal structure of lactate dehydrogenase mutant (a85r) from staphylococcus aureus complexed with NAD and pyruvate
40% identity, 99% coverage: 2:310/313 of query aligns to 5:312/314 of 3h3jB

query
sites
3h3jB
K
 
K
V
 
V
G
 
V
I
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
N
G
|
G
A
|
A
V
|
V
G
 
G
A
 
S
T
 
S
A
 
Y
G
 
A
F
 
F
A
 
S
M
 
L
V
 
V
M
 
N
S
 
Q
G
 
S
A
 
I
A
 
V
S
 
D
E
 
E
V
 
L
V
 
V
L
 
I
V
 
I
D
|
D
M
x
L
N
 
D
E
 
T
K
 
E
L
 
K
A
 
V
A
 
R
A
 
G
Q
 
D
A
 
V
Q
 
M
D
 
D
I
 
L
A
 
K
H
 
H
A
 
A
V
 
T
P
 
P
F
 
Y
A
 
S
-
 
P
R
 
T
A
 
T
A
 
V
Q
 
R
V
 
V
R
 
K
H
 
A
G
 
G
G
 
E
Y
 
Y
A
 
S
A
 
D
L
 
C
A
 
H
G
 
D
A
 
A
G
 
D
V
 
L
V
 
V
V
 
V
L
 
I
A
x
C
A
|
A
G
|
G
V
x
A
A
x
R
Q
 
Q
R
 
K
P
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
R
|
R
L
 
L
Q
 
D
L
 
L
L
 
V
E
 
S
R
 
K
N
 
N
A
 
L
A
 
K
V
 
I
F
 
F
G
 
K
A
 
S
I
 
I
I
 
V
P
 
G
A
 
E
V
 
V
L
 
M
A
 
A
A
 
S
A
 
K
P
 
F
D
 
D
A
 
G
I
 
I
L
 
F
L
 
L
V
 
V
A
|
A
T
 
T
N
|
N
P
 
P
L
 
V
D
 
D
V
 
I
M
 
L
T
 
A
Q
 
Y
I
 
A
A
 
T
T
 
W
R
 
K
I
 
F
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
P
 
K
S
 
E
R
 
R
V
 
V
I
 
I
G
 
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
I
 
I
L
|
L
D
|
D
T
 
S
A
 
A
R
|
R
F
 
F
R
 
R
A
 
L
L
 
L
L
 
L
A
 
S
D
 
E
R
 
A
L
 
F
G
 
D
V
 
V
T
 
A
P
 
P
K
 
R
S
 
S
V
 
V
H
 
D
A
 
A
H
 
Q
V
 
I
V
 
I
G
 
G
E
 
E
H
|
H
G
 
G
D
 
D
S
 
T
E
 
E
V
 
L
L
 
P
L
 
V
W
 
W
S
 
S
G
 
H
A
 
A
T
 
N
V
 
I
A
 
A
C
 
G
L
 
Q
P
 
P
V
 
L
D
 
K
R
 
T
G
 
L
A
 
L
E
 
E
R
 
-
L
 
-
K
 
Q
R
 
R
P
 
P
L
 
-
T
 
-
A
 
-
E
 
E
D
 
G
R
 
K
A
 
A
A
 
Q
I
 
I
D
 
E
E
 
Q
-
 
I
-
 
F
-
 
V
G
 
Q
V
 
T
R
 
R
R
 
D
A
 
A
A
|
A
Y
 
Y
H
 
D
I
 
I
I
 
I
D
 
Q
G
 
A
K
 
K
G
 
G
H
 
A
T
|
T
A
 
Y
F
 
Y
G
 
G
I
x
V
G
 
A
G
 
M
G
 
G
L
 
L
S
 
A
R
 
R
I
 
I
V
 
T
A
 
E
A
 
A
I
 
I
A
 
F
G
 
R
D
 
N
E
 
E
R
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
L
T
 
T
C
 
V
S
 
S
I
 
A
L
 
L
N
 
L
D
 
E
E
 
G
V
 
E
L
 
Y
G
 
E
V
 
E
P
 
E
D
 
D
V
 
V
A
 
Y
L
 
I
S
 
G
L
 
V
P
 
P
R
 
A
V
 
V
I
 
I
G
 
N
A
 
R
G
 
N
G
 
G
V
 
I
L
 
R
E
 
N
T
 
V
V
 
V
M
 
E
P
 
I
D
 
P
L
 
L
S
 
N
E
 
D
E
 
E
E
 
E
A
 
Q
A
 
S
A
 
K
L
 
F
K
 
A
R
 
H
S
 
S
A
 
A
E
 
K
I
 
T
L
 
L
K
 
K
E
 
D
A
 
I
V
 
M
T
 
A
S
 
E
V
 
A
E
 
E
K
 
E

3wswA Crystal structure of minor l-lactate dehydrogenase from enterococcus mundtii in the ligands-bound form (see paper)
41% identity, 98% coverage: 2:308/313 of query aligns to 5:311/316 of 3wswA

query
sites
3wswA
K
 
K
V
 
V
G
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
T
G
|
G
A
x
F
V
|
V
G
 
G
A
 
T
T
 
S
A
 
I
G
 
A
F
 
Y
A
 
A
M
 
M
V
 
I
M
 
N
S
 
Q
G
 
G
A
 
V
A
 
A
S
 
N
E
 
E
V
 
L
V
 
V
L
 
L
V
 
I
D
|
D
M
x
V
N
 
N
E
 
Q
K
 
E
L
 
K
A
 
A
A
 
E
A
 
G
Q
 
E
A
 
A
Q
 
L
D
 
D
I
 
L
A
 
L
H
 
D
A
 
G
V
 
M
P
 
A
F
 
W
A
 
G
-
 
E
R
 
K
A
 
N
A
 
V
Q
 
S
V
 
V
R
 
W
H
 
S
G
 
G
G
 
T
Y
 
Y
A
 
E
A
 
E
L
 
C
A
 
Q
G
 
D
A
 
A
G
 
N
V
 
L
V
 
V
V
 
I
L
 
L
A
x
T
A
|
A
G
|
G
V
 
V
A
 
N
Q
 
Q
R
 
K
P
 
P
G
 
G
E
 
Q
T
 
T
R
|
R
L
 
L
Q
 
D
L
 
L
L
 
V
E
 
K
R
 
T
N
 
N
A
 
A
A
 
T
V
x
I
F
 
T
G
 
R
A
 
Q
I
 
I
I
 
V
P
 
K
A
 
E
V
 
V
L
 
M
A
 
A
A
 
S
A
 
G
P
 
F
D
 
D
A
 
G
I
 
I
L
 
F
L
 
V
V
 
V
A
|
A
T
x
S
N
|
N
P
 
P
L
 
V
D
 
D
V
 
I
M
 
L
T
 
T
Q
 
Y
I
 
L
A
 
T
T
 
W
R
 
Q
I
 
E
S
 
S
G
 
G
L
 
L
P
 
P
P
 
A
S
 
S
R
 
R
V
 
V
I
 
V
G
 
G
S
 
T
G
 
G
T
 
T
I
 
T
L
|
L
D
|
D
T
 
T
A
 
T
R
|
R
F
 
F
R
|
R
A
 
K
L
 
E
L
 
I
A
 
A
D
 
L
R
 
K
L
 
L
G
 
A
V
 
V
T
 
D
P
 
P
K
x
R
S
 
S
V
 
V
H
|
H
A
 
G
H
 
Y
V
 
I
V
 
L
G
 
G
E
 
E
H
|
H
G
 
G
D
 
D
S
 
S
E
 
E
V
 
V
L
 
A
L
 
A
W
 
W
S
 
S
G
 
H
A
 
T
T
 
T
V
 
V
A
 
G
C
 
G
L
 
K
P
 
P
V
 
I
D
 
M
R
 
E
G
 
Y
A
 
V
E
 
E
R
 
K
L
 
D
K
 
H
R
 
R
P
 
-
L
 
L
T
 
E
A
 
E
E
 
N
D
 
D
R
 
L
A
 
T
A
 
V
I
 
L
D
 
A
E
 
D
G
 
K
V
 
V
R
 
K
R
 
N
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
H
 
E
I
 
I
I
 
I
D
 
D
G
 
R
K
 
K
G
 
K
H
 
A
T
 
T
A
 
Y
F
 
Y
G
 
G
I
|
I
G
 
G
G
 
M
G
 
S
L
 
T
S
 
T
R
 
R
I
 
I
V
 
V
A
 
K
A
 
A
I
 
I
A
 
L
G
 
N
D
 
N
E
 
E
R
 
Q
A
 
A
V
 
V
L
 
L
T
 
P
C
 
V
S
 
S
-
 
A
I
 
Y
L
 
L
N
 
N
D
 
G
E
 
E
V
 
-
L
 
Y
G
 
G
V
 
E
P
 
E
D
 
D
V
 
I
A
 
F
L
 
T
S
 
G
L
 
V
P
 
P
R
 
S
V
 
I
I
 
V
G
 
D
A
 
E
G
 
N
G
 
G
V
 
V
L
 
R
E
 
E
T
 
I
V
 
I
M
 
D
P
 
L
D
 
S
L
 
I
S
 
T
E
 
P
E
 
Q
E
 
E
A
 
K
A
 
A
A
 
M
L
 
F
K
 
H
R
 
Q
S
 
S
A
 
V
E
 
S
I
 
E
L
 
L
K
 
K
E
 
A
A
 
V
V
 
L
T
 
D
S
 
T
V
 
V

6j9tB Complex structure of lactobacillus casei lactate dehydrogenase with fructose-1,6-bisphosphate
39% identity, 98% coverage: 2:307/313 of query aligns to 9:313/316 of 6j9tB

query
sites
6j9tB
K
 
K
V
 
V
G
 
I
I
 
L
V
 
V
G
 
G
A
 
D
G
 
G
A
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
S
T
 
S
A
 
Y
G
 
A
F
 
Y
A
 
A
M
 
M
V
 
V
M
 
L
S
 
Q
G
 
G
A
 
I
A
 
A
S
 
Q
E
 
E
V
 
I
V
 
G
L
 
I
V
 
V
D
 
D
M
 
I
N
 
F
E
 
K
K
 
D
L
 
K
A
 
T
A
 
K
A
 
G
Q
 
D
A
 
A
Q
 
I
D
 
D
I
 
L
A
 
S
H
 
N
A
 
A
V
 
L
P
 
P
F
 
F
A
 
T
R
 
S
A
 
P
A
 
K
Q
 
K
V
 
I
R
 
Y
H
 
S
G
 
A
G
 
E
Y
 
Y
A
 
S
A
 
D
L
 
A
A
 
K
G
 
D
A
 
A
G
 
D
V
 
L
V
 
V
V
 
V
L
 
I
A
 
T
A
 
A
G
 
G
V
 
A
A
 
P
Q
 
Q
R
 
K
P
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
R
|
R
L
 
L
Q
 
D
L
 
L
L
 
V
E
 
N
R
 
K
N
 
N
A
 
L
A
 
K
V
 
I
F
 
L
G
 
K
A
 
S
I
 
I
I
 
V
P
 
D
A
 
P
V
 
I
L
 
V
A
 
D
A
 
S
A
 
G
P
 
F
D
 
N
A
 
G
I
 
I
L
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
A
T
 
A
N
 
N
P
 
P
L
 
V
D
 
D
V
 
I
M
 
L
T
 
T
Q
 
Y
I
 
A
A
 
T
T
 
W
R
 
K
I
 
L
S
 
S
G
 
G
L
 
F
P
 
P
P
 
K
S
 
N
R
 
R
V
 
V
I
 
V
G
 
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
I
 
S
L
 
L
D
|
D
T
 
T
A
 
A
R
|
R
F
 
F
R
|
R
A
 
Q
L
 
S
L
 
I
A
 
A
D
 
E
R
 
M
L
 
V
G
 
N
V
 
V
T
 
D
P
 
A
K
x
R
S
 
S
V
 
V
H
|
H
A
 
A
H
 
Y
V
 
I
V
 
M
G
 
G
E
 
E
H
|
H
G
 
G
D
 
D
S
 
T
E
 
E
V
 
F
L
 
P
L
 
V
W
 
W
S
 
S
G
 
H
A
 
A
T
 
N
V
 
I
A
 
G
C
 
G
L
 
V
P
 
T
V
 
I
D
 
-
R
 
-
G
 
-
A
 
A
E
 
E
R
 
W
L
 
V
K
 
K
-
 
A
R
 
H
P
 
P
L
 
E
T
 
I
A
 
K
E
 
E
D
 
D
R
 
K
-
 
L
A
 
V
A
 
K
I
 
M
D
 
F
E
 
E
G
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
D
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
H
 
E
I
 
I
I
 
I
D
 
K
G
 
L
K
 
K
G
 
G
H
 
A
T
 
T
A
 
F
F
 
Y
G
 
G
I
 
I
G
 
A
G
 
T
G
 
A
L
 
L
S
 
A
R
 
R
I
 
I
V
 
S
A
 
K
A
 
A
I
 
I
A
 
L
G
 
N
D
 
D
E
 
E
R
 
N
A
 
A
V
 
V
L
 
L
T
 
P
C
 
L
S
 
S
I
 
V
L
 
Y
N
 
M
D
 
D
E
 
G
V
 
Q
L
 
Y
G
 
G
V
 
L
P
 
N
D
 
D
V
 
I
A
 
Y
L
 
I
S
 
G
L
 
T
P
 
P
R
 
A
V
 
V
I
 
I
G
 
N
A
 
R
G
 
N
G
 
G
V
 
I
L
 
Q
E
 
N
T
 
I
V
 
L
M
 
E
P
 
I
D
 
P
L
 
L
S
 
T
E
 
D
E
 
H
E
 
E
A
 
E
A
 
E
A
 
S
L
 
M
K
 
Q
R
 
K
S
 
S
A
 
A
E
 
S
I
 
Q
L
 
L
K
 
K
E
 
K
A
 
V
V
 
L
T
 
T
S
 
D

P00343 L-lactate dehydrogenase; L-LDH; EC 1.1.1.27 from Lacticaseibacillus casei (Lactobacillus casei) (see 3 papers)
39% identity, 98% coverage: 2:307/313 of query aligns to 11:315/326 of P00343

query
sites
P00343
K
 
K
V
 
V
G
 
I
I
 
L
V
 
V
G
 
G
A
 
D
G
 
G
A
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
S
T
 
S
A
 
Y
G
 
A
F
 
Y
A
 
A
M
 
M
V
 
V
M
 
L
S
 
Q
G
 
G
A
 
I
A
 
A
S
 
Q
E
 
E
V
 
I
V
 
G
L
 
I
V
 
V
D
 
D
M
 
I
N
 
F
E
 
K
K
 
D
L
 
K
A
 
T
A
 
K
A
 
G
Q
 
D
A
 
A
Q
 
I
D
 
D
I
 
L
A
 
S
H
 
N
A
 
A
V
 
L
P
 
P
F
 
F
A
 
T
R
 
S
A
 
P
A
 
K
Q
 
K
V
 
I
R
 
Y
H
 
S
G
 
A
G
 
E
Y
 
Y
A
 
S
A
 
D
L
 
A
A
 
K
G
 
D
A
 
A
G
 
D
V
 
L
V
 
V
V
 
V
L
 
I
A
 
T
A
 
A
G
 
G
V
 
A
A
 
P
Q
 
Q
R
 
K
P
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
R
|
R
L
 
L
Q
 
D
L
 
L
L
 
V
E
 
N
R
 
K
N
 
N
A
 
L
A
 
K
V
 
I
F
 
L
G
 
K
A
 
S
I
 
I
I
 
V
P
 
D
A
 
P
V
 
I
L
 
V
A
 
D
A
 
S
A
 
G
P
 
F
D
 
N
A
 
G
I
 
I
L
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
A
T
 
A
N
 
N
P
 
P
L
 
V
D
 
D
V
 
I
M
 
L
T
 
T
Q
 
Y
I
 
A
A
 
T
T
 
W
R
 
K
I
 
L
S
 
S
G
 
G
L
 
F
P
 
P
P
 
K
S
 
N
R
 
R
V
 
V
I
 
V
G
 
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
I
 
S
L
 
L
D
 
D
T
 
T
A
 
A
R
 
R
F
 
F
R
|
R
A
 
Q
L
 
S
L
 
I
A
 
A
D
 
E
R
 
M
L
 
V
G
 
N
V
 
V
T
 
D
P
 
A
K
x
R
S
|
S
V
|
V
H
|
H
A
 
A
H
 
Y
V
 
I
V
 
M
G
 
G
E
 
E
H
 
H
G
 
G
D
 
D
S
 
T
E
 
E
V
 
F
L
 
P
L
 
V
W
 
W
S
 
S
G
 
H
A
 
A
T
 
N
V
 
I
A
 
G
C
 
G
L
 
V
P
 
T
V
 
I
D
 
-
R
 
-
G
 
-
A
 
A
E
 
E
R
 
W
L
 
V
K
 
K
-
 
A
R
 
H
P
 
P
L
 
E
T
 
I
A
 
K
E
 
E
D
 
D
R
 
K
-
 
L
A
 
V
A
 
K
I
 
M
D
 
F
E
 
E
G
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
D
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
H
 
E
I
 
I
I
 
I
D
 
K
G
 
L
K
 
K
G
 
G
H
 
A
T
|
T
A
 
F
F
 
Y
G
 
G
I
 
I
G
 
A
G
 
T
G
 
A
L
 
L
S
 
A
R
 
R
I
 
I
V
 
S
A
 
K
A
 
A
I
 
I
A
 
L
G
 
N
D
 
D
E
 
E
R
 
N
A
 
A
V
 
V
L
 
L
T
 
P
C
 
L
S
 
S
I
 
V
L
 
Y
N
 
M
D
 
D
E
 
G
V
 
Q
L
 
Y
G
 
G
V
 
L
P
 
N
D
 
D
V
 
I
A
 
Y
L
 
I
S
 
G
L
 
T
P
 
P
R
 
A
V
 
V
I
 
I
G
 
N
A
 
R
G
 
N
G
 
G
V
 
I
L
 
Q
E
 
N
T
 
I
V
 
L
M
 
E
P
 
I
D
 
P
L
 
L
S
 
T
E
 
D
E
 
H
E
 
E
A
 
E
A
 
E
A
 
S
L
 
M
K
 
Q
R
 
K
S
 
S
A
 
A
E
 
S
I
 
Q
L
 
L
K
 
K
E
 
K
A
 
V
V
 
L
T
 
T
S
 
D

Sites not aligning to the query:

1llcA Structure determination of the allosteric l-lactate dehydrogenase from lactobacillus casei at 3.0 angstroms resolution
39% identity, 98% coverage: 2:307/313 of query aligns to 10:314/320 of 1llcA

query
sites
1llcA
K
 
K
V
 
V
G
 
I
I
 
L
V
 
V
G
 
G
A
 
D
G
 
G
A
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
S
T
 
S
A
 
Y
G
 
A
F
 
F
A
 
A
M
 
M
V
 
V
M
 
L
S
 
Q
G
 
G
A
 
I
A
 
A
S
 
Q
E
 
E
V
 
I
V
 
G
L
 
I
V
 
V
D
 
D
M
 
I
N
 
F
E
 
K
K
 
D
L
 
K
A
 
T
A
 
K
A
 
G
Q
 
D
A
 
A
Q
 
I
D
 
D
I
 
L
A
 
S
H
 
N
A
 
A
V
 
L
P
 
P
F
 
F
A
 
T
R
 
S
A
 
P
A
 
K
Q
 
K
V
 
I
R
 
Y
H
 
S
G
 
A
G
 
E
Y
 
Y
A
 
S
A
 
D
L
 
A
A
 
K
G
 
D
A
 
A
G
 
D
V
 
L
V
 
V
V
 
V
L
 
I
A
 
T
A
 
A
G
 
G
V
 
A
A
 
P
Q
 
K
R
 
Q
P
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
R
|
R
L
 
L
Q
 
D
L
 
L
L
 
V
E
 
N
R
 
K
N
 
N
A
 
L
A
 
K
V
 
I
F
 
L
G
 
K
A
 
S
I
 
I
I
 
V
P
 
D
A
 
P
V
 
I
L
 
V
A
 
D
A
 
S
A
 
G
P
 
F
D
 
N
A
 
L
I
 
I
L
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
A
T
 
A
N
 
N
P
 
P
L
 
V
D
 
D
V
 
I
M
 
L
T
 
T
Q
 
Y
I
 
A
A
 
T
T
 
W
R
 
K
I
 
L
S
 
S
G
 
G
L
 
F
P
 
P
P
 
K
S
 
N
R
 
R
V
 
V
I
 
V
G
 
G
S
 
S
G
 
G
T
 
T
I
 
S
L
 
L
D
|
D
T
|
T
A
 
A
R
|
R
F
 
F
R
|
R
A
 
Q
L
 
S
L
 
I
A
 
A
D
 
E
R
 
M
L
 
V
G
 
N
V
 
V
T
 
D
P
 
A
K
 
R
S
 
S
V
 
V
H
|
H
A
 
A
H
x
Y
V
 
I
V
 
M
G
 
G
E
 
E
H
|
H
G
 
G
D
 
D
S
 
T
E
 
E
V
 
F
L
 
P
L
 
V
W
 
W
S
 
S
G
 
H
A
 
A
T
 
N
V
 
I
A
 
G
C
 
G
L
 
V
P
 
T
V
 
I
D
 
-
R
 
-
G
 
-
A
 
A
E
 
E
R
 
W
L
 
V
K
 
K
-
 
A
R
 
H
P
 
P
L
 
E
T
 
I
A
 
K
E
 
E
D
 
D
R
 
K
-
 
L
A
 
V
A
 
K
I
 
M
D
 
F
E
 
E
G
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
D
A
 
A
A
 
A
Y
 
Y
H
 
E
I
 
I
I
 
I
D
 
K
G
 
L
K
 
K
G
 
G
H
 
A
T
 
T
A
 
F
F
 
Y
G
 
G
I
 
I
G
 
A
G
 
T
G
 
A
L
 
L
S
 
A
R
|
R
I
 
I
V
 
S
A
 
K
A
 
A
I
 
I
A
 
L
G
 
N
D
 
D
E
 
E
R
 
N
A
 
A
V
|
V
L
|
L
T
 
P
C
 
L
S
 
S
I
 
V
L
 
Y
N
 
M
D
 
D
E
 
G
V
 
Q
L
 
Y
G
 
G
V
 
I
P
 
N
D
 
D
V
 
L
A
 
Y
L
 
I
S
 
G
L
 
T
P
 
P
R
 
A
V
 
V
I
 
I
G
 
N
A
 
R
G
 
N
G
 
G
V
 
I
L
 
Q
E
 
N
T
 
I
V
 
L
M
 
E
P
 
I
D
 
P
L
 
L
S
 
T
E
 
D
E
 
H
E
 
E
A
 
E
A
 
E
A
 
S
L
 
M
K
 
Q
R
 
K
S
 
S
A
 
A
E
 
S
I
 
Q
L
 
L
K
 
K
E
 
K
A
 
V
V
 
L
T
 
T
S
 
D

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>AZOBR_RS01310 FitnessBrowser__azobra:AZOBR_RS01310
MKVGIVGAGAVGATAGFAMVMSGAASEVVLVDMNEKLAAAQAQDIAHAVPFARAAQVRHG
GYAALAGAGVVVLAAGVAQRPGETRLQLLERNAAVFGAIIPAVLAAAPDAILLVATNPLD
VMTQIATRISGLPPSRVIGSGTILDTARFRALLADRLGVTPKSVHAHVVGEHGDSEVLLW
SGATVACLPVDRGAERLKRPLTAEDRAAIDEGVRRAAYHIIDGKGHTAFGIGGGLSRIVA
AIAGDERAVLTCSILNDEVLGVPDVALSLPRVIGAGGVLETVMPDLSEEEAAALKRSAEI
LKEAVTSVEKSLP

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory