SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing AZOBR_RS02325 FitnessBrowser__azobra:AZOBR_RS02325 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P23847 Dipeptide-binding protein; DBP; Periplasmic dipeptide transport protein from Escherichia coli (strain K12) (see 4 papers)
32% identity, 78% coverage: 10:402/503 of query aligns to 3:425/535 of P23847

query
sites
P23847
L
x
I
A
x
S
I
x
L
T
x
K
M
x
K
G
x
S
A
x
G
V
x
M
L
|
L
G
x
K
L
|
L
A
x
G
G
x
L
A
x
S
L
|
L
V
|
V
A
|
A
G
x
M
P
x
T
V
|
V
L
x
A
A
|
A
Q
x
S
T
x
V
A
x
Q
P
x
A
R
 
K
T
 
T
D
 
-
L
 
L
V
 
V
V
 
Y
G
x
C
M
 
S
R
 
E
L
 
G
E
 
S
P
 
P
P
 
E
H
 
G
L
 
F
D
 
N
P
 
P
T
 
Q
A
 
L
G
 
F
A
x
T
A
x
S
A
x
G
A
 
T
I
 
T
D
 
Y
E
 
D
V
 
A
T
 
S
Y
 
S
A
 
V
N
 
P
L
 
L
Y
 
Y
E
 
N
P
 
R
L
 
L
T
 
V
R
 
E
I
 
F
D
 
K
-
 
I
A
 
G
E
 
T
G
 
T
K
 
E
V
 
V
V
 
I
P
 
P
G
 
G
L
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
K
W
 
W
E
 
E
V
 
V
S
 
S
A
 
E
D
 
D
G
 
G
L
 
K
T
 
T
Y
 
Y
T
 
T
F
 
F
H
 
H
L
 
L
R
 
R
K
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
F
 
W
H
 
H
D
 
D
G
 
N
S
 
K
D
 
E
-
 
F
-
 
K
-
 
P
-
 
T
-
 
R
-
 
E
A
 
L
D
 
N
S
 
A
A
 
D
D
 
D
V
 
V
T
 
V
F
 
F
S
 
S
L
 
F
D
 
D
R
 
R
A
 
Q
R
 
K
G
 
N
A
 
A
E
 
Q
S
 
N
-
 
P
-
 
Y
-
 
H
-
 
K
-
 
V
V
 
S
N
 
G
A
 
G
Q
 
S
K
 
Y
G
 
E
Y
 
Y
F
 
F
A
 
E
A
 
G
-
 
M
-
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
E
-
 
L
I
 
I
A
 
S
G
 
E
V
 
V
E
 
K
A
 
K
P
 
V
D
 
D
A
 
D
R
 
N
T
 
T
V
 
V
V
 
Q
V
 
F
T
 
V
L
 
L
S
 
T
R
 
R
P
 
P
D
 
E
G
 
A
L
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
A
H
 
D
M
 
L
A
 
A
S
 
M
G
 
D
D
 
F
A
 
A
A
 
S
I
 
I
V
 
L
A
 
S
P
 
K
E
 
E
S
 
Y
A
 
A
G
 
D
A
 
A
N
 
M
K
 
M
Q
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
T
-
 
P
-
 
E
-
 
K
-
 
L
-
 
D
-
 
L
T
 
N
P
 
P
V
 
I
G
 
G
T
 
T
G
 
G
P
 
P
F
 
F
K
 
Q
F
 
L
E
 
Q
R
 
Q
W
 
Y
V
 
Q
A
 
K
G
 
D
D
 
S
R
 
R
V
 
I
V
 
R
L
 
Y
V
 
K
R
 
A
N
 
F
P
 
D
D
 
G
Y
 
Y
D
 
W
G
 
G
P
 
T
K
 
K
P
 
P
A
 
Q
L
 
I
E
 
D
R
 
T
V
 
L
T
 
V
F
 
F
R
 
S
F
 
I
I
 
T
S
 
P
D
 
D
P
 
A
A
 
S
A
 
V
Q
 
R
V
 
Y
A
 
A
A
 
K
L
 
L
K
 
Q
A
 
K
G
 
N
D
 
E
I
x
C
D
 
Q
S
 
V
F
 
M
P
 
P
Q
 
-
F
 
Y
D
 
P
T
 
N
Y
 
P
E
 
A
A
 
D
L
 
I
P
 
A
Q
 
R
F
 
M
R
 
K
D
 
Q
D
 
D
G
 
K
A
 
S
F
 
I
T
 
N
V
 
L
M
 
M
V
 
E
G
 
M
T
 
P
T
 
G
E
 
L
G
 
N
E
 
V
T
 
G
I
 
Y
L
 
L
G
 
S
T
 
Y
N
 
N
N
 
V
A
 
Q
R
 
K
K
 
K
P
 
P
F
 
L
D
 
D
D
 
D
V
 
V
R
 
K
V
 
V
R
 
R
R
 
Q
A
 
A
M
 
L
A
 
T
H
 
Y
A
 
A
I
 
V
D
 
N
R
 
K
K
 
D
T
 
A
L
 
I
I
 
I
D
 
K
G
 
A
V
 
V
L
 
Y
F
 
Q
G
 
G
N
 
A
G
 
G
A
 
V
A
 
S
I
 
A
G
 
K
S
 
N
H
 
L
F
 
I
P
 
P
P
 
P
H
 
T
R
 
M
A
 
W
G
 
G
Y
 
Y
V
 
N
D
 
D
L
 
D
T
 
V
G
 
Q
L
 
D
Y
 
Y
P
 
T
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
D
 
E
K
 
K
A
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
P
 
E
D
 
K
G
 
G
F
 
F
E
 
S
T
 
I
T
 
D
L
 
L
-
 
W
-
 
A
-
 
M
-
 
P
-
 
V
R
 
Q
L
x
R
P
|
P
P
x
Y
P
 
N
I
 
P
Y
 
N
A
 
A
R
 
R
R
 
R
S
 
M
G
 
A
E
 
E
L
 
M
I
 
I
A
 
Q
A
 
A
M
 
D
L
 
W
A
 
A
E
 
K
V
 
V
G
 
G
I
 
V
R
 
Q
V
 
A
K
 
K
I
 
I
E
 
V
P
 
T
M
 
Y
E
 
E
W
 
W
A
 
G
P
 
E
W
 
Y
L
 
L
E
 
K
Q
 
R
V
 
A
F
 
K
K
 
D
G
 
G
K
 
E

Sites not aligning to the query:

1dppA Dipeptide binding protein complex with glycyl-l-leucine (see paper)
32% identity, 72% coverage: 39:402/503 of query aligns to 3:397/507 of 1dppA

query
sites
1dppA
L
 
L
V
 
V
V
 
Y
G
 
C
M
 
S
R
 
E
L
 
G
E
 
S
P
 
P
P
 
E
H
 
G
L
 
F
D
 
N
P
 
P
T
 
Q
A
 
L
G
 
F
A
x
T
A
x
S
A
 
G
A
 
T
I
 
T
D
 
Y
E
 
D
V
 
A
T
 
S
Y
 
S
A
 
V
N
 
P
L
 
L
Y
 
Y
E
 
N
P
 
R
L
 
L
T
 
V
R
 
E
I
 
F
D
 
K
-
 
I
A
 
G
E
 
T
G
 
T
K
 
E
V
 
V
V
 
I
P
 
P
G
 
G
L
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
K
W
 
W
E
 
E
V
 
V
S
 
S
A
 
E
D
 
D
G
 
G
L
 
K
T
 
T
Y
 
Y
T
 
T
F
 
F
H
 
H
L
 
L
R
 
R
K
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
F
 
W
H
 
H
D
 
D
G
 
N
S
 
K
D
 
E
-
 
F
-
 
K
-
 
P
-
 
T
-
 
R
-
 
E
A
 
L
D
 
N
S
 
A
A
 
D
D
 
D
V
 
V
T
 
V
F
 
F
S
 
S
L
 
F
D
 
D
R
 
R
A
 
Q
R
 
K
G
 
N
A
 
A
E
 
Q
S
 
N
-
 
P
-
 
Y
-
 
H
-
 
K
-
 
V
V
 
S
N
 
G
A
 
G
Q
 
S
K
 
Y
G
 
E
Y
|
Y
F
 
F
A
 
E
A
 
G
-
 
M
-
 
G
-
 
L
-
 
P
-
 
E
-
 
L
I
 
I
A
 
S
G
 
E
V
 
V
E
 
K
A
 
K
P
 
V
D
 
D
A
 
D
R
 
N
T
 
T
V
 
V
V
 
Q
V
 
F
T
 
V
L
 
L
S
 
T
R
 
R
P
 
P
D
 
E
G
 
A
L
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
A
H
 
D
M
 
L
A
 
A
S
 
M
G
 
D
D
 
F
A
 
A
A
 
S
I
 
I
V
 
L
A
 
S
P
 
K
E
 
E
S
 
Y
A
 
A
G
 
D
A
 
A
N
 
M
K
 
M
Q
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
T
-
 
P
-
 
E
-
 
K
-
 
L
-
 
D
-
 
L
T
 
N
P
 
P
V
 
I
G
 
G
T
 
T
G
 
G
P
 
P
F
 
F
K
 
Q
F
 
L
E
 
Q
R
 
Q
W
 
Y
V
 
Q
A
 
K
G
 
D
D
 
S
R
 
R
V
 
I
V
 
R
L
 
Y
V
 
K
R
 
A
N
 
F
P
 
D
D
 
G
Y
 
Y
D
 
W
G
 
G
P
 
T
K
 
K
P
 
P
A
 
Q
L
 
I
E
 
D
R
 
T
V
 
L
T
 
V
F
 
F
R
 
S
F
 
I
I
 
T
S
 
P
D
 
D
P
 
A
A
 
S
A
 
V
Q
 
R
V
 
Y
A
 
A
A
 
K
L
 
L
K
 
Q
A
 
K
G
 
N
D
 
E
I
 
C
D
 
Q
S
 
V
F
 
M
P
 
P
Q
 
-
F
 
Y
D
 
P
T
 
N
Y
 
P
E
 
A
A
 
D
L
 
I
P
 
A
Q
 
R
F
 
M
R
 
K
D
 
Q
D
 
D
G
 
K
A
 
S
F
 
I
T
 
N
V
 
L
M
 
M
V
 
E
G
 
M
T
 
P
T
 
G
E
 
L
G
 
N
E
 
V
T
 
G
I
 
Y
L
 
L
G
 
S
T
 
Y
N
 
N
N
 
V
A
 
Q
R
 
K
K
 
K
P
 
P
F
 
L
D
 
D
D
 
D
V
 
V
R
 
K
V
 
V
R
 
R
R
 
Q
A
 
A
M
 
L
A
 
T
H
 
Y
A
 
A
I
 
V
D
 
N
R
 
K
K
 
D
T
 
A
L
 
I
I
 
I
D
 
K
G
 
A
V
 
V
L
 
Y
F
 
Q
G
 
G
N
 
A
G
 
G
A
 
V
A
 
S
I
 
A
G
 
K
S
 
N
H
 
L
F
 
I
P
 
P
P
 
P
H
 
T
R
 
M
A
 
W
G
 
G
Y
 
Y
V
 
N
D
 
D
L
 
D
T
 
V
G
 
Q
L
 
D
Y
 
Y
P
 
T
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
D
 
E
K
 
K
A
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
P
 
E
D
 
K
G
 
G
F
 
F
E
 
S
T
 
I
T
 
D
L
 
L
-
 
W
-
 
A
-
 
M
-
 
P
-
 
V
R
 
Q
L
x
R
P
 
P
P
x
Y
P
 
N
I
 
P
Y
 
N
A
 
A
R
 
R
R
 
R
S
 
M
G
 
A
E
 
E
L
 
M
I
 
I
A
 
Q
A
 
A
M
 
D
L
 
W
A
 
A
E
 
K
V
 
V
G
 
G
I
 
V
R
 
Q
V
 
A
K
 
K
I
 
I
E
 
V
P
 
T
M
 
Y
E
 
E
W
 
W
A
 
G
P
 
E
W
 
Y
L
 
L
E
 
K
Q
 
R
V
 
A
F
 
K
K
 
D
G
 
G
K
 
E

Sites not aligning to the query:

6hlxA Structure of the pbp agaa in complex with agropinic acid from a.Tumefacien r10 (see paper)
35% identity, 74% coverage: 39:409/503 of query aligns to 3:376/491 of 6hlxA

query
sites
6hlxA
L
 
L
V
 
Y
V
 
F
G
 
G
M
 
L
R
 
S
L
 
G
E
 
E
P
 
P
P
 
S
H
 
T
L
 
L
D
 
D
P
 
T
T
 
V
A
 
V
G
 
Q
A
 
P
A
x
G
A
 
T
A
 
S
I
 
G
D
 
R
E
 
T
V
 
V
T
 
K
Y
 
L
A
 
A
N
 
-
L
 
I
Y
 
H
E
 
R
P
 
G
L
 
L
T
 
V
R
 
N
I
 
Y
D
 
G
A
 
I
E
 
D
G
 
G
K
 
K
V
 
I
V
 
S
P
 
P
G
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
S
W
 
Y
E
|
E
V
 
V
S
 
S
A
 
P
D
 
D
G
 
A
L
 
K
T
 
E
Y
 
F
T
 
T
F
 
F
H
|
H
L
 
L
R
 
R
K
 
Q
G
 
-
A
 
A
K
 
K
F
 
F
H
 
H
D
 
D
G
 
G
S
 
T
D
 
T
A
 
V
D
 
T
S
 
S
A
 
A
D
 
D
V
 
V
T
 
K
F
 
A
S
 
S
L
 
L
D
 
E
R
 
R
A
 
I
R
 
L
G
 
D
A
 
P
E
 
K
S
 
G
V
 
K
N
 
A
A
 
S
Q
 
F
K
 
R
G
 
N
Y
 
E
F
 
L
A
 
S
A
 
S
I
 
I
A
 
S
G
 
K
V
 
I
E
 
E
A
 
T
P
 
P
D
 
D
A
 
E
R
 
K
T
 
T
V
 
V
V
 
K
V
 
L
T
 
T
L
 
L
S
 
S
R
 
T
P
 
P
D
 
S
G
 
V
L
 
A
F
 
M
L
 
I
F
 
D
H
 
Y
M
 
L
A
 
A
S
 
L
G
 
P
D
 
E
A
 
S
A
 
V
I
 
I
V
 
V
-
 
P
-
 
A
-
 
A
-
 
W
A
 
L
P
 
A
E
 
K
S
 
N
A
 
A
G
 
D
A
 
N
N
 
P
K
 
N
Q
 
A
T
 
A
P
 
P
V
 
V
G
 
G
T
 
A
G
 
G
P
 
P
F
 
F
K
 
K
F
 
F
E
 
A
R
 
G
W
 
W
V
 
T
A
 
R
G
 
G
D
 
R
R
x
E
V
 
I
V
 
T
L
 
V
V
 
K
R
 
K
N
 
F
P
 
D
D
 
D
-
 
Y
Y
 
Y
D
 
K
G
 
K
P
 
G
K
 
K
P
 
P
A
 
D
L
 
L
E
 
D
R
 
E
V
 
V
T
x
H
F
 
Y
R
 
V
F
 
F
I
 
Y
S
 
S
D
 
D
P
 
E
A
 
N
A
 
T
Q
 
R
V
 
V
A
 
N
A
 
A
L
 
L
K
 
K
A
 
S
G
 
G
D
 
D
I
 
V
D
|
D
S
 
I
F
 
I
P
 
D
Q
x
Y
F
 
V
D
 
P
T
 
A
Y
 
K
E
 
D
A
 
A
L
 
A
P
 
D
Q
 
I
F
 
A
R
 
K
D
 
-
D
 
-
G
 
G
A
 
P
F
 
E
T
 
T
V
 
Q
M
 
L
V
 
L
G
 
R
T
 
N
T
 
T
E
 
G
G
 
P
E
 
F
T
 
M
I
 
G
L
 
L
G
x
Q
T
 
F
N
 
N
N
 
T
A
 
K
R
 
F
K
 
E
P
 
P
F
 
F
D
 
S
D
 
K
V
 
P
R
 
E
V
 
V
R
 
R
R
 
Q
A
 
A
M
 
I
A
 
A
H
 
Y
A
 
A
I
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
S
T
 
A
L
 
I
I
 
I
D
 
N
G
 
T
V
 
A
L
 
F
F
 
N
G
 
G
N
 
L
G
 
G
A
 
S
A
 
P
I
 
I
-
 
F
G
 
G
S
 
I
H
 
A
F
 
I
P
 
P
P
 
K
H
 
G
R
 
Y
A
 
M
G
 
G
Y
 
Y
V
 
S
D
 
D
L
 
A
T
 
K
G
 
A
L
 
N
Y
 
Y
-
 
F
P
 
S
Y
 
H
D
 
H
P
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
E
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
Y
P
 
P
D
 
N
G
 
G
F
 
F
E
 
E
T
 
V
T
 
R
L
 
L
R
 
-
L
 
L
P
 
A
P
 
T
P
 
S
I
 
Q
Y
|
Y
A
 
S
R
x
F
R
x
Q
S
 
Q
G
 
N
E
 
T
L
 
A
I
 
I
A
 
A
-
 
I
-
 
Q
A
 
S
M
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
K
V
 
I
G
 
G
I
 
I
R
 
K
V
 
V
K
 
K
I
 
L
E
 
D
P
 
L
M
 
P
E
 
D
W
|
W
A
 
A
P
 
S
W
x
R
L
 
M
E
 
A
Q
 
K
V
 
A
F
 
S
K
 
T
G
 
G
K
 
-
D
 
D
Y
 
Y
D
 
D
L
 
F
T
 
T
L
 
V
I
 
M

Sites not aligning to the query:

6ofqA Abc transporter-associated periplasmic binding protein dppa from helicobacter pylori in complex with peptide stsa (see paper)
30% identity, 80% coverage: 63:465/503 of query aligns to 35:474/512 of 6ofqA

query
sites
6ofqA
V
 
V
T
 
A
Y
 
T
A
 
G
N
 
N
L
 
I
Y
 
Y
E
 
D
P
 
T
L
 
L
T
 
V
R
 
Q
I
 
F
D
 
K
-
 
Y
A
 
G
E
 
T
G
 
T
K
 
E
V
 
I
V
 
E
P
 
P
G
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
T
K
 
S
W
 
W
E
 
D
V
 
I
S
 
S
A
 
P
D
 
D
G
 
G
L
 
L
T
 
V
Y
 
Y
T
 
T
F
 
F
H
 
H
L
 
L
R
 
R
K
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
Y
F
 
F
H
 
H
D
 
Q
G
 
T
S
 
K
-
 
Y
-
 
W
-
 
N
-
 
K
-
 
K
-
 
V
D
 
E
A
 
F
D
 
S
S
 
A
A
 
K
D
 
D
V
 
V
T
 
L
F
 
F
S
 
S
L
 
F
D
 
E
R
 
R
A
 
Q
R
 
M
-
 
D
-
 
K
-
 
A
-
 
K
-
 
R
-
 
Y
-
 
Y
-
 
S
-
 
P
G
 
G
A
 
A
E
 
K
S
 
S
V
 
Y
N
 
K
A
x
Y
Q
 
W
K
 
E
G
 
G
Y
 
M
F
 
G
A
 
M
A
 
S
-
 
H
-
 
I
I
 
I
A
 
K
G
 
S
V
 
I
E
 
E
A
 
A
P
 
L
D
 
D
A
 
D
R
 
Y
T
 
T
V
 
I
V
 
R
V
 
F
T
 
T
L
 
L
S
 
N
R
 
G
P
 
P
D
 
E
G
 
A
L
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
A
H
 
N
M
 
L
A
 
G
S
 
M
G
 
D
D
 
F
A
 
L
A
 
S
I
 
I
V
 
L
A
 
S
P
 
K
E
 
D
S
 
Y
A
 
A
G
 
D
A
 
Y
N
 
L
K
 
E
Q
 
Q
T
 
N
-
 
N
-
 
K
-
 
K
-
 
D
-
 
E
-
 
L
-
 
A
-
 
K
-
 
K
P
 
P
V
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
P
 
P
F
 
F
K
 
K
F
 
F
E
 
F
R
 
L
W
 
W
V
 
N
A
 
K
G
 
D
D
 
E
R
 
K
V
 
I
V
 
I
L
 
L
V
 
L
R
 
K
N
 
N
P
 
Q
D
 
D
Y
 
Y
D
 
W
G
 
G
P
 
P
K
 
K
P
 
A
A
 
Y
L
 
L
E
 
D
R
 
K
V
 
V
T
 
V
F
 
V
R
 
R
F
 
T
I
 
I
S
 
P
D
 
N
P
 
S
A
 
S
A
 
T
Q
 
R
V
 
A
A
 
L
A
 
A
L
 
L
K
 
R
A
 
T
G
 
G
D
 
E
I
 
I
-
 
M
-
 
L
-
 
M
-
 
T
-
 
G
D
 
P
S
 
N
F
 
L
P
 
N
Q
 
E
F
 
V
D
 
E
T
 
Q
Y
 
L
E
 
E
A
 
K
L
 
L
P
 
P
Q
 
N
F
 
I
R
 
V
D
 
V
D
 
D
G
 
K
A
 
S
F
 
A
T
 
G
V
 
L
M
 
L
V
 
A
G
 
-
T
 
-
T
 
-
E
 
-
G
 
-
E
 
-
T
 
S
I
 
W
L
 
L
G
 
S
T
 
L
N
 
N
N
 
T
A
 
Q
R
 
K
K
 
K
P
 
Y
F
 
F
D
 
N
D
 
N
V
 
P
R
 
L
V
 
V
R
 
R
R
 
L
A
 
A
M
 
I
A
 
N
H
 
H
A
 
A
I
 
I
D
 
N
R
 
V
K
 
D
T
 
D
L
 
Y
I
 
I
D
 
K
G
 
V
V
 
I
L
 
Y
F
 
E
G
 
G
N
 
F
G
 
A
A
 
Q
A
 
K
I
 
M
G
 
V
S
 
N
H
 
P
F
 
F
P
 
P
P
 
P
H
 
T
R
 
I
A
 
W
G
 
G
Y
 
Y
V
 
N
D
 
Y
L
 
N
T
 
I
G
 
K
L
 
P
Y
 
Y
P
 
E
Y
 
Y
D
 
D
P
 
L
D
 
K
K
 
K
A
 
A
K
 
K
A
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
K
E
 
Q
A
 
A
G
 
G
L
 
Y
P
 
P
D
 
N
G
 
G
F
 
F
E
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
I
R
 
-
L
 
F
P
 
T
P
 
T
P
 
S
I
 
T
Y
 
R
A
 
N
R
 
P
R
 
K
S
 
G
G
 
A
E
 
V
L
 
F
I
 
I
A
 
Q
A
 
A
M
 
S
L
 
L
A
 
A
E
 
K
V
 
I
G
 
G
I
 
I
R
 
D
V
 
V
K
 
K
I
 
I
E
 
E
P
 
V
M
 
Y
E
 
E
W
|
W
A
 
G
P
 
A
W
 
Y
L
 
L
E
 
K
Q
 
R
V
 
T
F
 
G
K
 
L
G
 
G
K
 
-
D
 
E
Y
 
H
D
 
E
L
 
M
T
 
A
L
 
F
I
 
A
A
x
G
H
x
W
T
x
M
E
 
A
P
x
D
L
 
I
D
 
-
I
 
-
D
 
-
I
 
-
Y
 
-
G
 
A
R
 
D
P
 
P
D
 
D
Y
 
N
Y
 
F
F
 
L
N
 
Y
-
 
T
-
 
L
-
 
W
-
 
S
-
 
K
-
 
Q
-
 
A
-
 
A
-
 
S
-
 
A
-
 
I
-
 
P
-
 
T
-
 
Q
-
 
N
-
 
G
-
 
S
-
 
F
Y
 
Y
R
 
K
S
 
S
E
 
D
R
 
A
F
 
F
N
 
S
A
 
D
V
 
L
G
 
L
A
 
I
E
 
K
L
 
A
D
 
K
R
 
R
T
 
V
Q
 
S
D
 
D
P
 
Q
A
 
K
K
 
E
R
 
R
N
 
E
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
G
 
L
E
 
K
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
E
I
 
I
L
 
I
A
 
H
E
 
K
D
 
D
A
 
A

Sites not aligning to the query:

5f1qA Crystal structure of periplasmic dipeptide transport protein from yersinia pestis
30% identity, 77% coverage: 80:465/503 of query aligns to 45:470/513 of 5f1qA

query
sites
5f1qA
K
 
E
V
 
I
V
 
E
P
 
P
G
 
S
L
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
R
W
 
W
E
 
E
V
 
V
S
 
S
A
 
E
D
 
D
G
 
G
L
 
K
T
 
T
Y
 
Y
T
 
T
F
 
F
H
 
Y
L
 
L
R
 
R
K
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
F
 
W
H
 
Q
D
 
D
G
 
N
S
 
K
D
 
D
A
 
F
-
 
K
-
 
P
-
 
T
-
 
R
-
 
D
-
 
F
D
 
N
S
 
A
A
 
D
D
 
D
V
 
V
T
 
I
F
 
Y
S
 
S
L
 
F
D
 
M
R
 
R
A
 
Q
R
 
K
-
 
D
-
 
D
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
Y
-
 
H
-
 
K
-
 
V
-
 
S
-
 
G
G
 
G
A
 
S
E
 
Y
S
 
E
V
x
Y
N
 
F
A
 
Q
Q
 
G
K
 
M
G
 
G
Y
 
M
F
 
G
A
 
D
A
 
L
I
 
I
A
 
T
G
 
N
V
 
V
E
 
V
A
 
K
P
 
V
D
 
D
A
 
D
R
 
N
T
 
T
V
 
V
V
 
R
V
 
F
T
 
E
L
 
L
S
 
T
R
 
R
P
 
P
D
 
E
G
 
S
L
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
A
H
 
D
M
 
L
A
 
A
S
 
M
G
 
D
D
 
F
A
 
A
A
 
S
I
 
I
V
 
L
A
 
S
P
 
A
E
 
E
-
 
Y
-
 
A
-
 
D
-
 
N
-
 
M
-
 
L
S
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
T
N
 
P
K
 
E
Q
 
K
-
 
V
-
 
D
-
 
L
T
 
N
P
 
P
V
 
I
G
 
G
T
 
T
G
 
G
P
 
P
F
 
F
K
 
Q
F
 
L
E
 
Q
R
 
Q
W
 
Y
V
 
Q
A
 
K
G
 
D
D
 
S
R
 
R
V
 
I
V
 
L
L
 
Y
V
 
K
R
 
A
N
 
F
P
 
P
D
 
G
Y
 
F
D
 
W
G
 
G
P
 
T
K
 
K
P
 
P
A
 
K
L
 
I
E
 
D
R
 
R
V
 
L
T
 
V
F
 
F
R
 
S
F
 
I
I
 
T
S
 
P
D
 
D
P
 
A
A
 
S
A
 
V
Q
 
R
V
 
Y
A
 
A
A
 
K
L
 
L
K
 
Q
A
 
K
G
 
N
D
 
E
I
 
C
D
 
Q
S
 
I
F
 
M
P
 
P
Q
 
-
F
 
Y
D
 
P
T
 
N
Y
 
P
E
 
A
A
 
D
L
 
I
P
 
A
Q
 
R
F
 
M
R
 
K
D
 
E
D
 
D
G
 
K
A
 
T
F
 
I
T
 
N
V
 
L
M
 
M
V
 
E
G
 
Q
T
 
P
T
 
G
E
 
L
G
 
N
E
 
V
T
 
G
I
 
Y
L
 
L
G
 
S
T
 
F
N
 
N
N
 
I
A
 
E
R
 
K
K
 
K
P
 
P
F
 
L
D
 
D
D
 
N
V
 
L
R
 
K
V
 
V
R
 
R
R
 
Q
A
 
A
M
 
L
A
 
T
H
 
M
A
 
A
I
 
V
D
 
N
R
 
K
K
 
D
T
 
A
L
 
I
I
 
I
D
 
D
G
 
A
V
 
V
L
 
Y
F
 
Q
G
 
G
N
 
A
G
 
G
A
 
Q
A
 
A
I
 
A
G
 
K
S
 
N
H
 
L
F
 
I
P
 
P
P
 
P
H
 
T
R
 
M
A
 
W
G
 
G
Y
 
Y
V
 
N
D
 
D
L
 
D
T
 
V
G
 
K
L
 
D
Y
 
Y
P
 
A
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
D
 
A
K
 
K
A
 
A
K
 
K
A
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
P
 
P
D
 
D
G
 
G
F
 
F
E
 
S
T
 
I
T
 
D
L
 
L
-
 
W
-
 
A
-
 
M
-
 
P
-
 
V
R
 
Q
L
x
R
P
 
P
P
x
Y
P
 
N
I
 
P
Y
 
N
A
 
A
R
 
R
R
 
R
S
 
M
G
 
A
E
 
E
L
 
M
I
 
I
A
 
Q
A
 
S
M
 
D
L
 
W
A
 
A
E
 
K
V
 
I
G
 
G
I
 
V
R
 
K
V
 
A
K
 
K
I
 
I
E
 
V
P
 
T
M
 
Y
E
 
E
W
|
W
A
 
G
P
 
E
W
 
Y
L
 
L
E
 
K
Q
 
R
V
 
A
F
 
K
K
 
D
G
 
G
K
 
-
D
 
E
Y
 
H
D
 
E
L
 
T
T
 
V
L
 
M
I
x
M
A
 
G
H
x
W
T
|
T
-
 
G
-
x
D
-
 
N
-
 
G
E
 
D
P
 
P
-
 
D
-
 
N
-
 
F
-
 
F
-
 
A
-
 
T
-
 
L
L
 
F
D
 
S
I
 
C
D
 
D
I
 
A
Y
 
A
G
 
K
R
 
Q
P
 
G
D
 
S
Y
 
N
Y
|
Y
F
 
S
N
 
K
Y
 
W
R
 
C
S
 
Y
E
 
K
R
 
P
F
 
F
N
 
E
A
 
D
V
 
L
G
 
I
A
 
Q
E
 
P
L
 
A
D
 
R
R
 
A
T
 
E
Q
 
A
D
 
D
P
 
H
A
 
D
K
 
K
R
 
R
N
 
V
A
 
A
L
 
L
Y
 
Y
G
 
K
E
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
V
I
 
V
L
 
M
A
 
N
E
 
E
D
 
Q
A
 
A

Sites not aligning to the query:

3m8uA Crystal structure of glutathione-binding protein a (gbpa) from haemophilus parasuis sh0165 in complex with glutathione disulfide (gssg) (see paper)
31% identity, 77% coverage: 81:465/503 of query aligns to 47:470/508 of 3m8uA

query
sites
3m8uA
V
 
I
V
 
E
P
 
P
G
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
S
W
 
W
E
 
T
V
 
V
S
 
S
A
 
D
D
 
D
G
 
G
L
 
L
T
 
T
Y
 
Y
T
 
T
F
 
F
H
 
N
L
 
L
R
 
R
K
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
F
 
F
H
 
H
D
 
S
G
 
N
S
 
K
-
 
E
-
 
F
-
 
T
-
 
P
-
 
S
-
 
R
D
 
D
A
 
F
D
 
N
S
 
A
A
 
D
D
 
D
V
 
V
T
 
V
F
 
F
S
 
S
L
 
F
D
 
Q
R
 
R
A
 
Q
R
 
L
G
 
D
A
 
P
E
 
N
S
 
H
-
 
P
-
 
Y
V
 
H
N
 
N
A
 
V
Q
 
S
K
 
K
G
 
A
-
 
T
-
 
Y
-
 
P
Y
 
Y
F
 
F
A
 
K
A
 
A
-
 
M
-
 
K
-
 
F
-
 
S
-
 
T
-
 
L
I
 
L
A
 
K
G
 
S
V
 
V
E
 
E
A
 
K
P
 
V
D
 
D
A
 
M
R
 
H
T
 
T
V
 
V
V
 
K
V
 
I
T
 
T
L
 
L
S
 
N
R
 
R
P
 
Q
D
 
D
G
 
A
L
 
T
F
 
F
L
 
L
F
 
A
H
 
S
M
 
L
A
 
G
S
 
M
G
 
D
D
 
F
A
 
I
A
 
S
I
 
I
V
 
Y
A
 
S
P
 
A
E
 
E
S
 
Y
A
 
A
-
 
D
-
 
K
-
 
M
-
 
L
G
 
A
A
 
A
N
 
G
K
 
K
-
 
P
-
 
E
-
 
T
-
 
I
-
 
D
Q
 
T
T
 
T
P
 
P
V
 
I
G
 
G
T
 
T
G
 
G
P
 
P
F
 
F
K
 
L
F
 
F
E
 
A
R
 
G
W
 
Y
V
 
Q
A
 
V
G
 
D
D
 
Q
R
 
K
V
 
S
V
 
R
L
 
Y
V
 
L
R
 
A
N
 
H
P
 
K
D
 
E
Y
 
Y
D
 
W
G
 
K
P
 
G
K
 
K
P
 
A
A
 
D
L
 
I
E
 
D
R
 
R
V
 
L
T
 
I
F
 
F
R
 
E
F
 
I
I
 
V
S
 
P
D
 
D
P
 
A
A
 
T
A
 
A
Q
 
R
V
 
Y
A
 
A
A
 
K
L
 
L
K
 
Q
A
 
A
G
 
G
D
 
A
I
 
C
D
 
D
S
 
-
F
 
L
P
 
I
Q
 
D
F
|
F
D
 
P
T
 
N
Y
 
A
E
 
A
A
 
D
L
 
L
P
 
E
Q
 
K
F
 
M
R
 
K
D
 
T
D
 
D
G
 
P
A
 
K
F
 
V
T
 
N
V
 
L
M
 
H
V
 
S
G
 
Q
T
 
S
T
 
G
E
 
L
G
 
N
E
 
I
T
 
A
I
 
Y
L
 
I
G
 
A
T
 
F
N
 
N
N
 
T
A
 
E
R
 
K
K
 
A
P
 
P
F
 
F
D
 
D
D
 
N
V
 
V
R
 
K
V
 
V
R
 
R
R
 
Q
A
 
A
M
 
L
A
 
N
H
 
Y
A
 
A
I
 
V
D
 
D
R
 
K
K
 
N
T
 
A
L
 
I
I
 
I
D
 
D
G
 
A
V
 
V
L
 
Y
F
 
R
G
 
G
N
 
A
G
 
G
A
 
V
A
 
A
I
 
A
G
 
K
S
 
N
H
 
P
F
 
L
P
 
P
P
 
P
H
 
T
R
 
I
A
 
W
G
 
G
Y
 
Y
V
 
N
D
 
N
L
 
E
T
 
I
G
 
T
L
 
G
Y
 
Y
P
 
E
Y
 
Y
D
 
S
P
 
P
D
 
E
K
 
K
A
 
A
K
 
K
A
 
Q
L
 
L
L
 
L
A
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
F
P
 
E
D
 
N
G
 
G
F
 
F
E
 
E
T
 
T
T
 
D
L
 
I
R
 
W
L
 
V
P
 
Q
P
 
P
P
 
V
I
 
V
Y
x
R
A
|
A
-
x
S
-
 
N
-
 
P
-
 
N
-
 
P
R
 
R
R
 
R
S
 
M
G
 
A
E
 
E
L
 
L
I
 
V
A
 
Q
A
 
S
M
 
D
L
 
W
A
 
E
E
 
K
V
 
V
G
 
G
I
 
V
R
 
K
V
 
S
K
 
K
I
 
L
E
 
V
P
 
S
M
 
Y
E
 
E
W
 
W
A
 
G
P
 
D
W
 
Y
L
 
I
E
 
K
Q
 
R
V
 
T
F
 
K
K
 
A
G
 
G
K
 
E
D
 
L
Y
 
T
D
 
A
L
 
G
T
 
T
L
 
Y
I
x
G
A
x
W
H
x
S
T
 
G
E
x
D
P
 
N
L
 
G
D
 
D
I
 
P
D
 
D
I
 
N
Y
 
F
G
 
L
R
 
S
P
 
P
D
 
L
Y
 
F
-
 
G
-
 
S
-
 
E
-
 
N
-
 
V
-
 
G
-
 
N
-
 
S
-
 
N
Y
 
Y
F
 
A
N
 
R
Y
 
F
R
 
K
S
 
N
E
 
P
R
 
E
F
 
L
N
 
D
A
 
A
V
 
L
G
 
L
A
 
H
E
 
K
L
 
A
D
 
V
R
 
G
T
 
L
Q
 
S
D
 
D
P
 
K
A
 
A
K
 
E
R
 
R
N
 
A
A
 
K
L
 
I
Y
 
Y
G
 
E
E
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
V
I
 
L
L
 
L
A
 
K
E
 
E
D
 
Q
A
 
A

Sites not aligning to the query:

6tfxB Structure in p21 form of the pbp/sbp moaa in complex with mannopinic acid from a.Tumefacien r10 (see paper)
30% identity, 86% coverage: 36:466/503 of query aligns to 2:452/494 of 6tfxB

query
sites
6tfxB
R
 
K
T
 
T
D
 
E
L
 
L
V
 
S
V
 
M
G
 
G
M
 
V
R
 
A
L
 
S
E
 
E
P
 
D
-
 
V
P
 
T
H
 
T
L
 
L
D
 
D
P
 
P
T
 
H
A
 
F
G
 
-
A
 
A
A
x
T
A
x
T
A
x
T
I
 
S
D
 
D
E
x
R
V
 
T
T
 
L
Y
 
V
A
 
S
N
 
Y
L
 
I
Y
 
Y
E
 
G
P
 
A
L
 
L
T
 
V
R
 
R
I
 
F
D
 
-
A
 
A
E
 
P
G
 
G
K
 
S
V
 
A
V
 
N
P
 
P
G
 
S
-
 
S
-
 
I
-
 
E
-
 
A
-
 
D
L
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
S
W
 
W
E
 
E
V
 
S
S
 
N
A
 
A
D
 
D
G
 
Q
L
 
L
T
 
V
Y
 
W
T
 
T
F
 
F
H
 
K
L
 
L
R
 
R
K
 
P
G
 
D
A
 
V
K
 
K
F
 
W
H
 
Q
D
 
G
G
 
G
-
 
Y
S
 
G
D
 
N
A
 
V
D
 
T
S
 
A
A
 
D
D
 
D
V
 
V
T
 
V
F
 
F
S
 
S
L
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
A
R
 
R
G
 
D
A
 
P
E
 
K
S
 
R
V
 
-
N
 
S
A
 
A
Q
 
F
K
 
S
G
 
G
Y
 
D
F
 
Y
A
 
A
A
 
A
I
 
I
A
 
Q
G
 
K
V
 
V
E
 
E
A
 
A
P
 
V
D
 
D
A
 
A
R
 
K
T
 
T
V
 
V
V
 
R
V
 
I
T
 
T
L
 
L
S
 
T
R
 
R
P
 
R
D
 
V
G
 
P
L
 
S
F
 
L
L
 
L
F
 
A
H
 
L
M
 
L
A
 
S
S
 
N
G
 
F
D
 
S
A
 
G
A
 
G
I
 
F
V
 
I
A
 
I
P
 
P
E
 
K
S
 
K
A
 
A
G
 
F
A
 
K
N
 
E
-
 
R
-
 
G
-
 
D
-
 
D
-
 
F
K
 
K
Q
 
R
T
 
R
P
 
P
V
 
V
G
 
G
T
 
F
G
 
G
P
 
P
F
 
F
K
 
Q
F
 
V
E
 
E
R
 
S
W
 
I
V
 
Q
A
 
P
G
 
G
D
 
Q
R
 
S
V
 
V
V
 
T
L
 
L
V
 
T
R
 
A
N
 
N
P
 
A
D
 
E
Y
 
Y
D
 
F
G
 
R
P
 
G
K
 
K
P
 
P
A
 
K
L
 
L
E
 
S
R
 
K
V
 
I
T
 
S
F
 
Y
R
 
R
F
 
F
I
 
L
S
 
N
D
 
N
P
 
E
A
 
A
A
 
A
Q
 
R
V
 
D
A
 
L
A
 
A
L
 
F
K
 
E
A
 
S
G
 
G
D
 
E
I
 
L
D
 
D
S
 
V
F
 
E
P
 
Q
Q
 
G
F
 
N
D
x
Q
T
 
D
Y
 
Q
E
 
R
A
 
W
L
 
L
P
 
Q
Q
 
R
F
 
L
R
 
T
D
 
A
D
 
N
G
 
P
A
 
E
F
 
N
T
 
V
V
 
V
M
 
D
V
 
T
G
 
I
T
 
E
T
 
P
E
 
A
G
x
E
E
 
L
T
x
N
I
 
L
L
 
L
G
 
H
T
 
I
N
 
N
N
 
I
A
 
T
R
 
K
K
 
P
P
 
P
F
 
F
D
 
N
D
 
D
V
 
I
R
 
R
V
 
V
R
 
R
R
 
Q
A
 
A
M
 
L
A
 
A
H
 
H
A
 
T
I
 
V
D
 
N
R
 
A
K
 
A
T
 
Q
L
 
I
I
 
A
D
 
K
G
 
Y
V
x
R
L
 
G
F
 
E
G
 
R
N
 
V
G
 
N
A
 
R
A
 
A
I
 
V
G
 
P
S
 
S
H
 
V
F
 
I
P
 
P
P
 
S
H
 
N
R
 
N
A
 
L
G
 
G
Y
 
F
V
 
D
D
 
P
L
 
D
T
 
A
G
 
G
L
 
V
Y
 
L
P
 
N
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
D
 
A
K
 
Q
A
 
S
K
 
K
A
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
A
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
F
P
 
P
D
 
N
G
 
G
F
 
V
E
 
T
T
 
V
T
 
T
L
 
M
R
 
V
L
 
A
P
 
S
P
 
Q
P
 
L
I
 
P
Y
x
G
A
x
L
R
 
E
R
 
S
S
 
L
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
I
 
I
A
 
Q
A
 
A
M
 
Q
L
 
V
A
 
A
E
 
E
V
 
G
G
 
G
I
 
F
R
 
T
V
 
L
K
 
N
I
 
L
E
 
Q
P
 
P
M
 
V
E
 
E
W
x
H
A
 
A
P
 
A
W
 
W
L
x
H
E
 
Q
Q
 
M
V
 
I
-
 
R
-
 
K
-
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
P
-
 
I
-
 
V
-
 
L
-
x
Y
-
x
G
-
 
A
-
 
A
-
x
R
F
 
F
K
 
P
G
 
I
K
 
A
D
 
D
Y
 
Y
D
 
Y
L
 
L
T
 
T
L
 
Q
I
 
F
A
 
Y
H
 
H
T
 
S
E
 
A
P
 
-
L
 
-
D
 
-
I
 
-
D
 
S
I
 
E
Y
 
I
G
 
G
R
 
K
P
 
P
D
 
T
Y
 
Q
Y
 
V
F
 
V
N
 
N
Y
 
F
R
 
S
S
 
H
E
x
C
R
 
N
F
 
V
N
 
A
A
 
D
V
 
K
G
 
Q
A
 
I
E
 
E
L
 
A
D
 
A
R
 
R
T
 
T
Q
 
E
-
 
T
D
 
D
P
 
P
A
 
N
K
 
K
R
 
Q
N
 
I
A
 
E
L
 
L
Y
 
W
G
 
K
E
 
E
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
K
I
 
L
L
 
I
A
 
V
E
 
S
D
 
N
A
 
V
V
x
C

Sites not aligning to the query:

6tfsA Structure in p3212 form of the pbp/sbp moaa in complex with glucopinic acid from a.Tumefacien r10 (see paper)
30% identity, 86% coverage: 36:466/503 of query aligns to 2:452/493 of 6tfsA

query
sites
6tfsA
R
 
K
T
 
T
D
 
E
L
 
L
V
 
S
V
 
M
G
 
G
M
 
V
R
 
A
L
 
S
E
 
E
P
 
D
-
 
V
P
 
T
H
 
T
L
 
L
D
 
D
P
 
P
T
 
H
A
 
F
G
 
-
A
 
A
A
x
T
A
 
T
A
x
T
I
 
S
D
 
D
E
x
R
V
 
T
T
 
L
Y
 
V
A
 
S
N
 
Y
L
 
I
Y
 
Y
E
 
G
P
 
A
L
 
L
T
 
V
R
 
R
I
 
F
D
 
-
A
 
A
E
 
P
G
 
G
K
 
S
V
 
A
V
 
N
P
 
P
G
 
S
-
 
S
-
 
I
-
 
E
-
 
A
-
 
D
L
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
S
W
 
W
E
 
E
V
 
S
S
 
N
A
 
A
D
 
D
G
 
Q
L
 
L
T
 
V
Y
 
W
T
 
T
F
 
F
H
 
K
L
 
L
R
 
R
K
 
P
G
 
D
A
 
V
K
 
K
F
 
W
H
 
Q
D
 
G
G
 
G
-
 
Y
S
 
G
D
 
N
A
 
V
D
 
T
S
 
A
A
 
D
D
 
D
V
 
V
T
 
V
F
 
F
S
 
S
L
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
A
R
 
R
G
 
D
A
 
P
E
 
K
S
 
R
V
 
-
N
 
S
A
 
A
Q
 
F
K
 
S
G
 
G
Y
 
D
F
 
Y
A
 
A
A
 
A
I
 
I
A
 
Q
G
 
K
V
 
V
E
 
E
A
 
A
P
 
V
D
 
D
A
 
A
R
 
K
T
 
T
V
 
V
V
 
R
V
 
I
T
 
T
L
 
L
S
 
T
R
 
R
P
 
R
D
 
V
G
 
P
L
 
S
F
 
L
L
 
L
F
 
A
H
 
L
M
 
L
A
 
S
S
 
N
G
 
F
D
 
S
A
 
G
A
 
G
I
 
F
V
 
I
A
 
I
P
 
P
E
 
K
S
 
K
A
 
A
G
 
F
A
 
K
N
 
E
-
 
R
-
 
G
-
 
D
-
 
D
-
 
F
K
 
K
Q
 
R
T
 
R
P
 
P
V
 
V
G
 
G
T
 
F
G
 
G
P
 
P
F
 
F
K
 
Q
F
 
V
E
 
E
R
 
S
W
 
I
V
 
Q
A
 
P
G
 
G
D
 
Q
R
 
S
V
 
V
V
 
T
L
 
L
V
 
T
R
 
A
N
 
N
P
 
A
D
 
E
Y
 
Y
D
 
F
G
 
R
P
 
G
K
 
K
P
 
P
A
 
K
L
 
L
E
 
S
R
 
K
V
 
I
T
 
S
F
 
Y
R
 
R
F
 
F
I
 
L
S
 
N
D
 
N
P
 
E
A
 
A
A
 
A
Q
 
R
V
 
D
A
 
L
A
 
A
L
 
F
K
 
E
A
 
S
G
 
G
D
 
E
I
 
L
D
 
D
S
 
V
F
 
E
P
 
Q
Q
 
G
F
 
N
D
x
Q
T
 
D
Y
 
Q
E
 
R
A
 
W
L
 
L
P
 
Q
Q
 
R
F
 
L
R
 
T
D
 
A
D
 
N
G
 
P
A
 
E
F
 
N
T
 
V
V
 
V
M
 
D
V
 
T
G
 
I
T
 
E
T
 
P
E
 
A
G
x
E
E
 
L
T
x
N
I
 
L
L
 
L
G
 
H
T
 
I
N
 
N
N
 
I
A
 
T
R
 
K
K
 
P
P
 
P
F
 
F
D
 
N
D
 
D
V
 
I
R
 
R
V
 
V
R
 
R
R
 
Q
A
 
A
M
 
L
A
 
A
H
 
H
A
 
T
I
 
V
D
 
N
R
 
A
K
 
A
T
 
Q
L
 
I
I
 
A
D
 
K
G
 
Y
V
x
R
L
 
G
F
 
E
G
 
R
N
 
V
G
 
N
A
 
R
A
 
A
I
 
V
G
 
P
S
 
S
H
 
V
F
 
I
P
 
P
P
 
S
H
 
N
R
 
N
A
 
L
G
 
G
Y
 
F
V
 
D
D
 
P
L
 
D
T
 
A
G
 
G
L
 
V
Y
 
L
P
 
N
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
D
 
A
K
 
Q
A
 
S
K
 
K
A
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
A
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
F
P
 
P
D
 
N
G
 
G
F
 
V
E
 
T
T
 
V
T
 
T
L
 
M
R
 
V
L
 
A
P
 
S
P
 
Q
P
x
L
I
 
P
Y
x
G
A
 
L
R
 
E
R
 
S
S
 
L
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
I
 
I
A
 
Q
A
 
A
M
 
Q
L
 
V
A
 
A
E
 
E
V
 
G
G
 
G
I
 
F
R
 
T
V
 
L
K
 
N
I
 
L
E
 
Q
P
 
P
M
 
V
E
 
E
W
x
H
A
 
A
P
 
A
W
 
W
L
x
H
E
 
Q
Q
 
M
V
 
I
-
 
R
-
 
K
-
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
P
-
 
I
-
 
V
-
 
L
-
x
Y
-
x
G
-
 
A
-
 
A
-
x
R
F
 
F
K
 
P
G
 
I
K
 
A
D
 
D
Y
 
Y
D
 
Y
L
 
L
T
 
T
L
 
Q
I
 
F
A
 
Y
H
 
H
T
 
S
E
 
A
P
 
-
L
 
-
D
 
-
I
 
-
D
 
S
I
 
E
Y
 
I
G
 
G
R
 
K
P
 
P
D
 
T
Y
 
Q
Y
 
V
F
 
V
N
 
N
Y
 
F
R
 
S
S
 
H
E
 
C
R
 
N
F
 
V
N
 
A
A
 
D
V
 
K
G
 
Q
A
 
I
E
 
E
L
 
A
D
 
A
R
 
R
T
 
T
Q
 
E
-
 
T
D
 
D
P
 
P
A
 
N
K
 
K
R
 
Q
N
 
I
A
 
E
L
 
L
Y
 
W
G
 
K
E
 
E
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
K
I
 
L
L
 
I
A
 
V
E
 
S
D
 
N
A
 
V
V
 
C

Sites not aligning to the query:

6tfqA Structure in p3212 form of the pbp/sbp moaa in complex with mannopinic acid from a.Tumefacien r10 (see paper)
30% identity, 86% coverage: 36:466/503 of query aligns to 2:452/493 of 6tfqA

query
sites
6tfqA
R
 
K
T
 
T
D
 
E
L
 
L
V
 
S
V
 
M
G
 
G
M
 
V
R
 
A
L
 
S
E
|
E
P
 
D
-
 
V
P
 
T
H
 
T
L
 
L
D
 
D
P
 
P
T
 
H
A
 
F
G
 
-
A
 
A
A
x
T
A
x
T
A
x
T
I
 
S
D
 
D
E
x
R
V
 
T
T
 
L
Y
 
V
A
 
S
N
 
Y
L
 
I
Y
 
Y
E
 
G
P
 
A
L
 
L
T
 
V
R
 
R
I
 
F
D
 
-
A
 
A
E
 
P
G
 
G
K
 
S
V
 
A
V
 
N
P
 
P
G
 
S
-
 
S
-
 
I
-
 
E
-
 
A
-
 
D
L
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
S
W
 
W
E
 
E
V
 
S
S
 
N
A
 
A
D
 
D
G
 
Q
L
 
L
T
 
V
Y
 
W
T
 
T
F
 
F
H
 
K
L
 
L
R
 
R
K
 
P
G
 
D
A
 
V
K
 
K
F
 
W
H
 
Q
D
 
G
G
 
G
-
 
Y
S
 
G
D
 
N
A
 
V
D
 
T
S
 
A
A
 
D
D
 
D
V
 
V
T
 
V
F
 
F
S
 
S
L
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
A
R
 
R
G
 
D
A
 
P
E
 
K
S
 
R
V
 
-
N
 
S
A
 
A
Q
 
F
K
 
S
G
 
G
Y
 
D
F
 
Y
A
 
A
A
 
A
I
 
I
A
 
Q
G
 
K
V
 
V
E
 
E
A
 
A
P
 
V
D
 
D
A
 
A
R
 
K
T
 
T
V
 
V
V
 
R
V
 
I
T
 
T
L
 
L
S
 
T
R
 
R
P
 
R
D
 
V
G
 
P
L
 
S
F
 
L
L
 
L
F
 
A
H
 
L
M
 
L
A
 
S
S
 
N
G
 
F
D
 
S
A
 
G
A
 
G
I
 
F
V
 
I
A
 
I
P
 
P
E
 
K
S
 
K
A
 
A
G
 
F
A
 
K
N
 
E
-
 
R
-
 
G
-
 
D
-
 
D
-
 
F
K
 
K
Q
 
R
T
 
R
P
 
P
V
 
V
G
 
G
T
 
F
G
 
G
P
 
P
F
 
F
K
 
Q
F
 
V
E
 
E
R
 
S
W
 
I
V
 
Q
A
 
P
G
 
G
D
 
Q
R
 
S
V
 
V
V
 
T
L
 
L
V
 
T
R
 
A
N
 
N
P
 
A
D
 
E
Y
 
Y
D
 
F
G
 
R
P
 
G
K
 
K
P
 
P
A
 
K
L
 
L
E
 
S
R
 
K
V
 
I
T
 
S
F
 
Y
R
 
R
F
 
F
I
 
L
S
x
N
D
x
N
P
 
E
A
 
A
A
 
A
Q
 
R
V
 
D
A
 
L
A
 
A
L
 
F
K
 
E
A
 
S
G
 
G
D
 
E
I
 
L
D
 
D
S
 
V
F
 
E
P
 
Q
Q
 
G
F
 
N
D
x
Q
T
 
D
Y
 
Q
E
 
R
A
 
W
L
 
L
P
 
Q
Q
 
R
F
 
L
R
 
T
D
 
A
D
 
N
G
 
P
A
 
E
F
 
N
T
 
V
V
 
V
M
 
D
V
 
T
G
 
I
T
 
E
T
 
P
E
 
A
G
x
E
E
 
L
T
x
N
I
 
L
L
 
L
G
 
H
T
 
I
N
 
N
N
 
I
A
 
T
R
 
K
K
 
P
P
 
P
F
 
F
D
 
N
D
 
D
V
 
I
R
 
R
V
 
V
R
 
R
R
 
Q
A
 
A
M
 
L
A
 
A
H
 
H
A
 
T
I
 
V
D
 
N
R
 
A
K
 
A
T
 
Q
L
 
I
I
 
A
D
 
K
G
 
Y
V
x
R
L
 
G
F
 
E
G
 
R
N
 
V
G
 
N
A
 
R
A
 
A
I
 
V
G
 
P
S
 
S
H
 
V
F
 
I
P
 
P
P
 
S
H
 
N
R
 
N
A
 
L
G
 
G
Y
 
F
V
 
D
D
 
P
L
 
D
T
 
A
G
 
G
L
 
V
Y
 
L
P
 
N
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
D
 
A
K
 
Q
A
 
S
K
 
K
A
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
A
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
F
P
 
P
D
 
N
G
 
G
F
 
V
E
 
T
T
 
V
T
 
T
L
 
M
R
 
V
L
 
A
P
 
S
P
 
Q
P
x
L
I
 
P
Y
x
G
A
x
L
R
 
E
R
 
S
S
 
L
G
 
A
E
 
Q
L
 
L
I
 
I
A
 
Q
A
 
A
M
 
Q
L
 
V
A
 
A
E
 
E
V
 
G
G
 
G
I
 
F
R
 
T
V
 
L
K
 
N
I
 
L
E
 
Q
P
 
P
M
 
V
E
 
E
W
x
H
A
 
A
P
 
A
W
 
W
L
x
H
E
 
Q
Q
 
M
V
 
I
-
 
R
-
 
K
-
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
P
-
 
I
-
 
V
-
 
L
-
x
Y
-
x
G
-
 
A
-
 
A
-
x
R
F
 
F
K
 
P
G
 
I
K
 
A
D
 
D
Y
 
Y
D
 
Y
L
 
L
T
 
T
L
 
Q
I
 
F
A
 
Y
H
 
H
T
 
S
E
 
A
P
 
-
L
 
-
D
 
-
I
 
-
D
 
S
I
 
E
Y
 
I
G
 
G
R
 
K
P
 
P
D
 
T
Y
 
Q
Y
 
V
F
 
V
N
 
N
Y
 
F
R
 
S
S
 
H
E
 
C
R
 
N
F
 
V
N
 
A
A
 
D
V
 
K
G
 
Q
A
 
I
E
 
E
L
 
A
D
 
A
R
 
R
T
 
T
Q
 
E
-
 
T
D
 
D
P
 
P
A
 
N
K
 
K
R
 
Q
N
 
I
A
 
E
L
 
L
Y
 
W
G
 
K
E
 
E
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
K
I
 
L
L
 
I
A
 
V
E
 
S
D
 
N
A
 
V
V
 
C

Sites not aligning to the query:

1uqwA Crystal structure of ylib protein from escherichia coi
29% identity, 90% coverage: 38:488/503 of query aligns to 4:473/487 of 1uqwA

query
sites
1uqwA
D
 
D
L
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
A
M
 
V
R
 
G
L
 
S
E
 
N
P
 
F
P
 
T
H
 
T
L
 
L
D
 
D
P
 
P
T
 
Y
A
 
-
G
 
D
A
 
A
A
 
N
A
 
D
A
 
T
I
 
L
D
 
S
E
 
Q
V
 
A
T
 
V
Y
 
A
A
 
K
N
 
S
L
 
F
Y
 
Y
E
 
Q
P
 
G
L
 
L
T
 
F
R
 
G
I
 
L
D
 
D
A
 
K
E
 
E
G
 
M
K
 
K
V
 
L
V
 
K
P
 
N
G
 
V
L
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
S
W
 
Y
E
 
T
V
 
V
S
 
S
A
 
D
D
 
D
G
 
G
L
 
I
T
 
T
Y
 
Y
T
 
T
F
 
V
H
 
K
L
 
L
R
 
R
K
 
E
G
 
G
A
 
I
K
 
K
F
 
F
H
 
Q
D
 
D
G
 
G
S
 
T
D
 
D
A
 
F
D
 
N
S
 
A
A
 
A
D
 
A
V
 
V
T
 
K
F
 
A
S
 
N
L
 
L
D
 
D
R
 
R
A
 
A
R
 
S
G
 
D
A
 
P
E
 
A
S
 
N
V
 
H
N
 
L
A
 
K
Q
 
R
K
 
H
G
 
N
Y
 
L
F
 
Y
A
 
K
A
 
N
I
 
I
A
 
A
G
 
K
V
 
T
E
 
E
A
 
A
P
 
I
D
 
D
A
 
P
R
 
T
T
 
T
V
 
V
V
 
K
V
 
I
T
 
T
L
 
L
S
 
K
R
 
Q
P
 
P
D
 
F
G
 
S
L
 
A
F
 
F
L
 
I
F
 
N
H
 
I
M
 
L
A
 
A
S
 
H
G
 
P
D
 
A
A
 
T
A
 
A
I
 
M
V
 
I
A
 
S
P
 
P
E
 
A
S
 
A
A
 
L
G
 
E
A
 
K
N
 
Y
K
 
G
Q
 
K
T
 
E
-
 
I
-
 
G
-
 
F
-
 
Y
P
 
P
V
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
P
 
P
F
 
Y
K
 
E
F
 
L
E
 
D
R
 
T
W
 
W
V
 
N
A
 
Q
G
 
T
D
 
D
R
 
F
V
 
V
V
 
K
L
 
V
V
 
K
R
 
K
N
 
F
P
 
A
D
 
G
Y
 
Y
D
 
W
G
 
Q
P
 
P
K
 
G
-
 
L
P
 
P
A
 
K
L
 
L
E
 
D
R
 
S
V
 
I
T
 
T
F
 
W
R
 
R
F
 
P
I
 
V
S
 
A
D
 
D
P
 
N
A
 
N
A
 
T
Q
 
R
V
 
A
A
 
A
A
 
M
L
 
L
K
 
Q
A
 
T
G
 
G
D
 
E
I
 
A
D
 
Q
-
 
F
S
 
A
F
 
F
P
 
P
Q
 
-
F
 
-
D
 
I
T
 
P
Y
 
Y
E
 
E
A
 
Q
L
 
A
P
 
T
Q
 
L
F
 
L
R
 
E
D
 
K
D
 
N
G
 
K
A
 
N
F
 
I
T
x
E
V
 
L
M
 
M
V
 
A
G
 
S
T
 
P
T
 
S
E
 
I
G
 
M
E
 
Q
T
 
R
I
 
Y
L
 
I
G
 
S
T
 
M
N
 
N
N
 
V
A
 
T
R
 
Q
K
 
K
P
 
P
F
 
F
D
 
D
D
 
N
V
 
P
R
 
K
V
 
V
R
 
R
R
 
E
A
 
A
M
 
L
A
 
N
H
 
Y
A
 
A
I
 
I
D
 
N
R
 
R
K
 
P
T
 
A
L
 
L
I
 
V
D
 
K
G
 
-
V
 
V
L
 
A
F
 
F
G
 
A
N
 
G
G
 
Y
A
 
A
A
 
T
I
 
P
G
 
A
S
 
T
H
 
G
F
 
V
P
 
V
P
 
P
H
 
P
R
 
S
A
 
I
G
 
A
Y
 
Y
V
 
A
D
 
Q
L
 
S
T
 
Y
G
 
K
L
 
P
Y
 
W
P
 
P
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
D
 
V
K
 
K
A
 
A
K
 
R
A
 
E
L
 
L
L
 
L
A
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
Y
P
 
P
D
 
N
G
 
G
F
 
F
E
 
S
T
 
T
T
 
T
L
 
L
-
 
W
R
 
S
L
 
S
P
x
H
P
 
N
P
x
H
I
 
S
Y
 
T
A
 
A
R
 
Q
R
 
K
S
 
V
G
 
L
E
 
Q
L
 
F
I
 
T
A
 
Q
A
 
Q
M
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
Q
V
 
V
G
 
G
I
 
I
R
 
K
V
 
A
K
 
Q
I
 
V
E
 
T
P
 
A
M
 
M
E
 
D
W
 
A
A
 
G
P
 
Q
W
 
R
L
 
A
E
 
A
Q
 
E
V
 
V
F
 
E
-
 
G
K
 
K
G
 
G
K
 
Q
D
 
K
Y
 
E
D
 
S
L
 
G
T
 
V
L
 
R
I
 
M
A
 
F
H
 
Y
T
 
T
-
 
G
-
 
W
-
 
S
-
 
A
-
 
S
-
 
T
-
 
G
-
 
E
-
 
A
-
 
D
-
 
W
-
 
A
-
 
L
E
 
S
P
 
P
L
 
L
D
 
-
I
 
F
D
 
A
I
 
S
Y
 
Q
G
 
N
R
 
W
P
 
P
D
 
P
Y
 
T
Y
 
L
F
 
F
N
 
N
-
 
T
-
 
A
-
 
F
Y
 
Y
R
 
S
S
 
N
E
 
K
R
 
Q
F
 
V
N
 
D
A
 
D
V
 
F
G
 
L
A
 
A
E
 
Q
L
 
A
D
 
L
R
 
K
T
 
T
Q
 
N
D
 
D
P
 
P
A
 
A
K
 
E
R
 
K
N
 
T
A
 
R
L
 
L
Y
 
Y
G
 
K
E
 
A
Q
 
A
Q
 
Q
R
 
D
I
 
I
L
 
I
A
 
W
E
 
Q
D
 
E
A
 
S
V
 
P
N
 
W
G
 
I
F
 
P
L
 
L
F
 
V
M
 
V
L
 
E
P
 
K
S
 
L
A
 
V
T
 
S
V
 
A
Q
x
H
K
 
S
S
 
K
A
 
N
V
 
L
Q
 
T
G
 
G
M
 
F
W
 
W
V
 
I

7kz9A Crystal structure of pseudomonas sp. Pdc86 substrate-binding protein aapf in complex with a signaling molecule heheaa (see paper)
29% identity, 90% coverage: 39:489/503 of query aligns to 4:465/478 of 7kz9A

query
sites
7kz9A
L
 
L
V
 
T
V
 
I
G
 
G
M
 
C
R
 
R
L
 
E
E
 
D
P
 
S
P
 
T
H
 
T
L
 
F
D
 
D
P
 
P
T
 
I
A
 
K
G
 
S
A
|
A
A
 
Q
A
x
N
A
 
R
I
 
-
D
 
D
E
 
T
V
 
W
T
 
V
Y
 
F
A
 
A
N
 
N
L
 
V
Y
 
Y
E
 
D
P
 
T
L
 
L
T
 
V
R
 
R
I
 
V
D
 
D
A
 
N
E
 
L
G
 
G
-
 
T
K
 
K
V
 
M
V
 
E
P
 
P
G
 
G
L
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
S
W
 
W
E
 
D
V
 
I
S
 
S
A
 
K
D
 
D
G
 
G
L
 
L
T
 
T
Y
 
Y
T
 
T
F
 
F
H
 
K
L
 
L
R
 
R
K
 
E
G
 
-
A
 
A
K
 
K
F
 
F
H
 
S
D
 
D
G
 
G
S
 
S
D
 
P
A
 
I
D
 
T
S
 
A
A
 
E
D
 
D
V
 
A
T
 
A
F
 
F
S
 
S
L
 
L
D
 
L
R
 
R
A
 
I
R
 
R
G
 
D
A
 
N
E
 
K
S
 
A
V
 
-
N
 
S
A
 
L
Q
 
W
K
 
S
G
 
D
Y
 
P
F
 
F
A
 
S
A
 
L
I
 
I
A
 
N
G
 
T
V
 
A
E
 
K
A
 
A
P
 
T
D
 
D
A
 
P
R
 
K
T
 
T
V
 
L
V
 
V
V
 
V
T
 
T
L
 
L
S
 
K
R
 
T
P
 
P
D
 
A
G
 
V
L
 
A
F
 
F
L
 
L
F
 
S
H
 
Q
M
 
L
A
 
A
S
 
S
G
 
P
D
 
T
A
 
V
A
 
S
I
 
I
V
 
L
A
 
S
P
 
E
E
 
K
S
 
A
A
 
M
-
 
T
-
 
K
-
 
M
-
 
G
-
 
E
G
 
D
A
 
A
N
 
Y
K
 
A
Q
 
E
T
 
N
P
 
P
V
 
V
G
 
T
T
 
S
G
 
G
P
 
A
F
 
F
K
 
T
F
 
V
E
 
D
R
 
E
W
 
W
V
 
R
A
 
K
G
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
V
V
 
I
L
 
L
V
 
K
R
 
K
N
 
N
P
 
P
D
 
N
Y
 
F
-
 
W
D
 
Q
G
 
A
P
 
K
K
 
N
P
 
V
A
 
S
L
 
L
E
 
D
R
 
G
V
 
V
T
 
E
F
 
W
R
 
V
F
 
S
I
 
V
S
 
T
D
 
D
P
 
D
A
 
N
A
 
T
Q
 
R
V
 
M
A
 
R
A
 
M
L
 
V
K
 
Q
A
 
N
G
 
N
D
 
E
I
 
L
D
 
D
S
 
T
F
 
-
P
 
A
Q
 
I
F
 
F
D
 
V
T
 
P
Y
 
F
E
 
S
A
 
R
L
 
V
P
 
E
Q
 
E
F
 
L
R
 
K
D
 
K
D
 
D
G
 
K
A
 
N
F
 
V
T
 
V
V
 
I
M
 
H
V
 
S
G
 
D
T
 
P
T
 
S
E
 
T
G
 
R
E
 
E
T
 
D
I
 
H
L
 
L
G
 
L
T
 
I
N
 
N
N
 
H
A
 
E
R
 
H
K
 
G
P
 
L
F
 
L
D
 
A
D
 
K
V
 
P
R
 
E
V
 
V
R
 
R
R
 
Q
A
 
A
M
 
L
A
 
D
H
 
M
A
 
A
I
 
I
D
 
D
R
 
K
K
 
Q
T
 
S
L
 
L
I
 
V
D
 
K
G
 
T
V
 
A
L
 
T
F
 
Y
G
 
G
N
 
Q
G
 
G
A
 
T
A
 
V
I
 
A
G
 
Y
S
 
S
H
 
Y
F
 
I
P
 
P
P
 
K
H
 
G
R
 
S
A
 
L
G
 
Y
Y
 
H
V
 
Y
D
 
A
L
 
N
T
 
N
G
 
L
L
 
Q
Y
 
R
P
 
P
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
D
 
A
K
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
A
E
 
D
A
 
A
G
 
G
L
 
A
P
 
K
D
 
D
G
 
-
F
 
-
E
 
-
T
 
-
T
 
-
L
 
L
R
 
K
L
 
L
P
 
N
P
 
Y
P
 
V
I
 
V
Y
 
N
A
 
A
R
 
G
R
 
N
S
 
E
G
 
A
E
 
D
-
 
E
-
 
Q
-
 
I
-
 
A
-
 
V
L
 
I
I
 
I
A
 
K
A
 
D
M
 
Q
L
 
L
A
 
A
E
 
K
V
 
V
G
 
G
I
 
V
R
 
T
V
 
A
-
 
N
-
 
L
-
 
Q
K
 
K
I
 
V
E
 
D
P
 
P
M
 
T
E
 
Q
W
 
-
A
 
-
P
 
S
W
 
W
L
 
-
E
 
-
Q
 
Q
V
 
M
F
 
L
K
 
V
G
 
D
K
 
G
D
 
T
Y
 
Y
D
 
D
L
 
I
T
 
S
L
 
V
I
 
M
A
x
Y
H
x
W
T
|
T
-
 
N
E
x
D
P
 
I
L
 
L
D
 
D
I
 
P
D
 
D
-
x
Q
-
 
K
-
 
T
-
 
T
-
 
F
I
 
V
Y
 
L
G
 
G
R
 
H
-
 
D
-
 
T
-
 
N
P
 
Q
D
 
N
Y
 
Y
Y
 
M
F
 
T
N
 
R
Y
 
Y
R
 
K
S
 
N
E
 
D
R
 
Q
F
 
V
N
 
K
A
 
A
V
 
L
G
 
V
A
 
A
E
 
A
L
 
A
D
 
R
R
 
I
T
 
E
Q
 
A
D
 
D
P
 
P
A
 
A
K
 
K
R
 
R
N
 
E
A
 
Q
L
 
M
Y
 
Y
G
 
I
E
 
D
Q
 
L
Q
 
Q
R
 
K
I
 
L
L
 
A
A
 
K
E
 
Q
D
 
D
A
 
V
V
 
N
N
 
W
G
 
I
F
 
D
L
 
L
F
 
Y
M
 
Y
L
 
S
P
 
P
S
 
Y
A
 
I
T
 
N
V
 
I
Q
 
S
K
 
R
S
 
K
A
 
N
V
 
V
Q
 
S
G
 
N
M
 
F
W
 
L
V
 
Q
N
 
N

8upiA Structure of a periplasmic peptide binding protein from mesorhizobium sp. Ap09 bound to aminoserine
36% identity, 64% coverage: 69:389/503 of query aligns to 40:375/510 of 8upiA

query
sites
8upiA
Y
 
Y
E
 
E
P
 
P
L
 
G
T
 
T
R
 
T
I
 
-
D
 
-
A
 
-
E
 
-
G
 
-
K
 
N
V
 
L
V
 
K
P
 
P
G
 
D
L
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
S
W
 
Y
E
 
E
V
 
I
S
 
S
A
 
P
D
 
D
G
 
G
L
 
K
T
 
T
Y
 
F
T
 
T
F
 
F
H
 
K
L
 
L
R
 
R
K
 
H
G
 
G
A
 
V
K
 
K
F
 
F
H
 
H
D
 
N
G
 
G
S
 
R
D
 
E
A
 
M
D
 
T
S
 
A
A
 
D
D
 
D
V
 
V
T
 
K
F
 
Y
S
 
S
L
 
L
D
 
D
R
 
R
A
 
V
R
 
T
G
 
N
A
 
P
E
 
K
S
 
T
V
 
Q
N
 
S
A
 
P
Q
 
G
K
 
A
G
 
G
Y
 
F
F
 
F
A
 
G
A
 
S
I
 
I
-
 
K
-
 
G
-
 
Y
-
 
D
-
 
D
-
 
V
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
K
-
 
A
-
 
T
-
 
S
-
 
L
A
 
S
G
 
G
V
 
V
E
 
T
A
 
V
P
 
V
D
 
D
A
 
P
R
 
Y
T
 
T
V
 
V
V
 
K
V
 
F
T
 
E
L
 
L
S
 
T
R
 
R
P
 
P
D
 
D
G
 
A
L
 
T
F
 
F
L
 
L
F
 
H
H
 
V
M
 
M
A
 
A
S
 
I
G
 
N
D
 
F
A
 
S
A
 
H
I
 
V
V
 
V
A
 
P
P
 
K
E
 
E
S
 
E
A
 
V
-
 
E
-
 
K
-
 
Y
G
 
G
A
 
A
N
 
D
-
 
F
K
 
G
Q
 
K
T
 
H
P
 
P
V
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
P
 
A
F
 
F
K
 
K
F
 
L
E
 
A
R
 
E
W
 
W
V
 
T
A
 
L
G
 
G
D
 
Q
R
 
R
V
 
I
V
 
V
L
 
F
V
 
E
R
 
R
N
 
N
P
 
P
D
 
D
Y
 
Y
-
 
W
D
 
H
G
 
K
P
 
G
K
 
L
P
 
P
A
 
H
L
 
L
E
 
D
R
 
K
V
 
I
T
 
T
F
 
F
R
 
E
F
 
I
I
 
G
S
 
Q
D
 
E
P
 
P
A
 
I
A
 
V
Q
 
A
V
 
L
A
 
L
A
 
R
L
 
L
K
 
Q
A
 
K
G
 
G
D
 
E
I
 
I
-
 
D
-
 
V
-
 
P
-
 
G
D
 
D
S
 
G
F
 
I
P
 
P
-
 
P
-
 
A
Q
 
K
F
 
F
D
 
Q
T
 
E
Y
 
V
E
 
M
A
 
A
L
 
D
P
 
P
Q
 
E
F
 
Q
R
 
K
D
 
-
D
 
-
G
 
-
A
 
-
F
 
A
T
 
R
V
 
V
M
 
V
V
 
E
G
 
G
T
 
G
T
 
Q
E
 
L
G
 
H
E
 
T
T
 
G
I
 
Y
L
 
V
G
 
T
T
 
M
N
 
N
N
 
T
A
 
T
R
 
M
K
 
A
P
 
P
F
 
F
D
 
D
D
 
N
V
 
V
R
 
K
V
 
V
R
 
R
R
 
Q
A
 
A
M
 
V
A
 
N
H
 
M
A
 
A
I
 
I
D
 
N
R
 
K
K
 
A
T
 
R
L
 
I
I
 
I
D
 
Q
G
 
-
V
 
I
L
 
I
F
 
N
G
 
G
N
 
R
G
 
A
A
 
V
A
 
P
I
 
A
G
 
N
S
 
Q
H
 
P
F
 
L
P
 
P
P
 
P
H
 
S
R
 
M
A
 
P
G
 
G
Y
 
Y
V
 
D
D
 
K
L
 
E
T
 
Y
G
 
K
L
 
G
Y
 
Y
P
 
P
Y
 
Y
D
 
D
P
 
V
D
 
A
K
 
K
A
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
A
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
H
P
 
P
D
 
D
G
 
G
F
 
F
E
 
E
T
 
T
T
 
Q
L
 
L
R
 
F
L
 
A
P
 
M
P
 
N
P
 
T
I
 
D
Y
 
P
A
 
N
R
 
P
R
 
R
S
 
I
G
 
A
E
 
Q
L
 
A
I
 
I
A
 
Q
A
 
Q
M
 
D
L
 
L
A
 
A
E
 
A
V
 
I
G
 
G
I
 
I
R
 
K
V
 
A
K
 
S
I
 
I
E
 
Q
P
 
S
M
 
L

Sites not aligning to the query:

1xocA The structure of the oligopeptide-binding protein, appa, from bacillus subtilis in complex with a nonapeptide. (see paper)
29% identity, 72% coverage: 38:398/503 of query aligns to 7:389/504 of 1xocA

query
sites
1xocA
D
 
D
L
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
M
 
S
R
 
I
L
 
G
E
 
E
P
 
P
P
 
T
-
 
L
-
 
F
-
 
N
H
 
S
L
 
L
D
 
Y
P
 
S
T
|
T
A
x
D
G
x
D
A
 
A
A
 
S
A
x
T
A
 
D
I
 
I
D
 
E
E
 
N
V
 
M
T
 
-
Y
 
-
A
 
-
N
 
-
L
 
L
Y
 
Y
E
 
S
P
 
F
L
 
L
T
 
T
R
 
K
I
 
T
D
 
D
A
 
E
E
 
K
G
 
L
K
 
N
V
 
V
V
 
K
P
 
L
G
 
S
L
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
S
W
 
I
E
 
K
V
 
E
S
 
L
A
 
D
D
 
G
G
 
G
L
 
L
T
 
A
Y
 
Y
T
 
D
F
 
V
H
 
K
L
 
I
R
 
K
K
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
F
 
F
H
 
H
D
 
D
G
 
G
S
 
K
D
 
E
A
 
L
D
 
T
S
 
A
A
 
D
D
 
D
V
 
V
T
 
V
F
 
F
S
 
T
L
 
Y
D
 
S
R
 
V
A
 
P
R
 
L
G
 
S
A
 
K
E
 
D
S
 
Y
V
 
K
N
 
G
A
 
E
Q
x
R
K
 
G
G
 
S
Y
 
T
F
 
Y
A
 
E
A
 
M
I
 
L
A
 
K
G
 
S
V
 
V
E
 
E
A
 
K
P
 
K
D
 
G
A
 
D
R
 
Y
T
 
E
V
 
V
V
 
L
V
 
F
T
 
K
L
 
L
S
 
K
R
 
Y
P
 
K
D
 
D
G
 
G
L
 
N
F
 
F
L
 
Y
F
 
N
H
x
N
M
 
A
A
 
L
S
x
D
-
x
S
-
 
T
-
 
A
-
 
I
-
 
L
-
 
P
-
 
K
-
 
H
-
 
I
-
 
L
G
 
G
D
 
N
A
 
V
A
 
P
I
 
I
V
 
A
A
 
D
P
 
L
E
 
E
S
 
E
A
 
N
G
 
E
A
 
F
N
 
N
K
 
R
Q
 
K
T
 
K
P
 
P
V
 
I
G
 
G
T
 
S
G
 
G
P
 
P
F
 
F
K
 
K
F
 
F
E
 
K
R
 
E
W
 
W
V
 
K
A
 
Q
G
 
G
D
 
Q
R
 
Y
V
 
I
V
 
K
L
 
L
V
 
E
R
 
A
N
 
N
P
 
D
D
 
D
Y
 
Y
D
 
F
G
 
E
P
 
G
K
 
R
P
 
P
A
 
Y
L
 
L
E
 
D
R
 
T
V
 
V
T
 
T
F
 
Y
R
 
K
F
 
V
I
 
I
S
 
P
D
 
D
P
 
A
A
 
N
A
 
A
Q
 
A
V
 
E
A
 
A
A
 
Q
L
 
L
K
 
Q
A
 
A
G
 
G
D
 
D
I
 
I
D
 
N
S
 
F
F
 
F
-
 
N
-
 
V
P
 
P
Q
 
A
F
 
T
D
 
D
T
 
-
Y
 
Y
E
 
K
A
 
T
L
 
A
P
 
E
Q
 
K
F
 
F
R
 
N
D
 
N
D
 
-
G
 
-
A
 
-
F
 
L
T
 
K
V
 
I
M
 
V
V
 
T
G
 
D
T
 
L
T
x
A
E
 
L
G
x
S
E
 
Y
T
 
V
I
 
Y
L
 
I
G
 
G
T
 
W
N
 
N
N
 
E
A
 
K
R
 
N
K
 
E
P
 
L
F
 
F
D
 
K
D
 
D
V
 
K
R
 
K
V
 
V
R
 
R
R
 
Q
A
 
A
M
 
L
A
 
T
H
 
T
A
 
A
I
 
L
D
 
D
R
 
R
K
 
E
T
 
S
L
 
I
I
 
V
D
 
S
G
 
Q
V
 
V
L
 
L
F
 
D
G
 
G
N
x
D
G
 
G
A
 
E
A
 
V
I
 
A
G
 
Y
S
 
I
H
 
P
F
 
E
P
 
S
P
 
P
H
 
L
R
 
S
A
 
W
G
 
N
Y
 
Y
-
 
P
-
 
K
-
 
D
V
 
I
D
 
D
L
 
V
T
 
P
G
 
K
L
 
-
Y
 
F
P
 
E
Y
 
Y
D
 
N
P
 
E
D
 
K
K
 
K
A
 
A
K
 
K
A
 
Q
L
 
M
L
 
L
A
 
A
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
W
P
 
K
D
 
D
-
 
T
-
x
N
-
 
G
-
x
D
-
 
G
-
 
I
-
 
L
-
x
D
-
 
K
-
 
D
-
 
G
-
 
K
G
 
K
F
 
F
E
 
S
T
 
F
T
 
T
L
 
L
R
 
K
L
 
T
P
x
N
P
 
Q
P
 
G
I
x
N
Y
 
K
A
 
V
R
|
R
R
 
E
S
 
D
-
 
I
G
 
A
E
 
V
L
 
V
I
 
V
A
 
Q
A
 
E
M
 
Q
L
 
L
A
 
K
E
 
K
V
 
I
G
 
G
I
 
I
R
 
E
V
 
V
K
 
K
I
 
T
E
 
Q
P
 
I
M
 
V
E
 
E
W
|
W
A
 
S
P
 
A
W
 
L
L
 
V
E
 
E
Q
 
Q
V
x
M

Sites not aligning to the query:

4qfpA Crystal structure of dipeptide binding protein from pseudoalteromonas sp. Sm9913 in complex with val-thr (see paper)
28% identity, 72% coverage: 39:398/503 of query aligns to 3:393/507 of 4qfpA

query
sites
4qfpA
L
 
L
V
 
V
V
 
Y
G
 
C
M
 
A
R
 
E
L
 
A
E
 
N
P
 
P
P
 
V
H
 
S
L
 
F
D
 
N
P
 
P
T
 
Q
A
 
V
G
 
T
A
x
T
A
 
T
A
x
G
A
 
S
I
 
T
D
 
I
E
 
D
V
 
I
T
 
I
Y
 
A
A
 
N
N
 
Q
L
 
L
Y
 
Y
E
 
D
P
 
R
L
 
L
T
 
I
R
 
S
I
 
I
D
 
D
-
 
P
A
 
V
E
 
T
G
 
A
K
 
E
V
 
F
V
 
K
P
 
S
G
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
T
K
 
D
W
 
W
E
 
K
V
 
I
S
 
S
A
 
K
D
 
D
G
 
G
L
 
K
T
 
S
Y
 
V
T
 
T
F
 
F
H
 
T
L
 
L
R
 
R
K
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
F
 
F
H
 
H
D
 
T
G
 
T
S
 
A
-
 
Y
-
 
F
-
 
T
-
 
P
-
 
T
-
 
R
D
 
E
A
 
F
D
 
N
S
 
A
A
 
D
D
 
D
V
 
V
T
 
I
F
 
F
S
 
T
L
 
F
D
 
S
R
 
R
A
 
L
R
 
F
G
 
D
A
 
V
E
 
Y
S
 
N
V
 
P
-
 
Y
-
 
H
-
 
F
-
 
V
-
 
G
N
 
D
A
 
A
Q
 
N
K
 
Y
G
 
P
Y
 
Y
F
 
F
A
 
Q
A
 
S
I
 
V
A
 
-
G
 
G
V
 
I
E
 
D
A
 
Q
P
 
L
D
 
I
A
 
R
R
 
K
T
 
I
V
 
V
V
 
R
V
 
V
T
 
S
-
 
D
-
 
H
-
 
Q
-
 
V
-
 
R
-
 
F
-
 
E
L
 
L
S
 
F
R
 
N
P
 
A
D
 
E
G
 
S
L
 
S
F
 
F
L
 
L
F
 
A
H
 
N
M
 
M
A
 
A
S
 
T
G
 
D
D
 
F
A
 
A
A
 
V
I
 
V
V
 
L
A
 
S
P
 
K
E
 
E
S
 
Y
A
 
A
G
 
M
A
 
A
N
 
L
K
 
K
-
 
A
-
 
N
-
 
N
-
 
Q
-
 
E
-
 
N
-
 
L
-
 
F
-
 
D
Q
 
Q
T
 
Y
P
 
P
V
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
P
 
P
F
 
Y
K
 
I
F
 
Y
E
 
K
R
 
E
W
 
Y
V
 
R
A
 
R
G
 
D
D
 
H
R
 
L
V
 
V
V
 
R
L
 
F
V
 
Y
R
 
K
N
 
N
P
 
A
D
 
D
Y
 
Y
D
 
W
G
 
K
P
 
H
K
 
E
P
 
V
A
 
A
L
 
L
E
 
E
R
 
Q
V
 
L
T
 
V
F
 
Y
R
 
D
F
 
I
I
 
T
S
 
P
D
 
N
P
 
G
A
 
T
A
 
T
Q
 
R
V
 
I
A
 
A
A
 
K
L
 
I
-
 
L
-
 
T
K
 
K
A
 
E
G
 
C
D
 
D
I
 
V
D
 
T
S
 
A
F
 
H
P
 
P
Q
 
S
F
 
S
D
 
A
T
 
Q
Y
 
L
E
 
S
A
 
I
L
 
L
P
 
A
Q
 
Q
F
 
-
R
 
R
D
 
D
D
 
D
G
 
-
A
 
-
F
 
I
T
 
N
V
 
V
M
 
E
V
 
R
G
 
E
T
 
T
T
 
N
E
 
L
G
 
N
E
 
I
T
 
G
I
 
Y
L
 
W
G
 
A
T
 
F
N
 
N
N
 
T
A
 
E
R
 
R
K
 
P
P
 
P
F
 
F
D
 
D
D
 
N
V
 
L
R
 
K
V
 
V
R
 
R
R
 
Q
A
 
A
M
 
L
A
 
V
H
 
H
A
 
A
I
 
I
D
 
D
R
 
I
K
 
E
T
 
K
L
 
I
I
 
M
D
 
Q
G
 
A
V
 
V
L
 
Y
F
 
Y
G
 
G
N
 
N
G
 
G
A
 
L
A
 
R
I
 
A
G
 
R
S
 
S
H
 
I
F
 
L
P
 
P
P
 
P
H
 
T
R
 
S
A
 
W
G
 
A
Y
 
F
V
 
E
D
 
P
L
 
Q
T
 
K
G
 
N
L
 
M
Y
 
P
P
 
I
Y
 
F
D
 
D
P
 
P
D
 
Q
K
 
L
A
 
A
K
 
K
A
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
T
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
Y
P
 
E
D
 
K
G
 
G
F
 
F
E
 
D
T
 
M
T
 
S
L
 
I
R
 
W
L
 
A
P
 
M
P
 
P
P
 
V
-
 
S
-
x
R
I
 
I
Y
|
Y
-
 
N
-
 
P
-
 
N
A
 
A
R
 
R
R
 
K
S
 
M
G
 
A
E
 
E
L
 
L
I
 
M
A
 
Q
A
 
S
M
 
D
L
 
L
A
 
R
E
 
K
V
 
I
G
 
G
I
 
V
R
 
N
V
 
V
K
 
N
I
 
I
E
 
V
P
 
E
M
 
Y
E
 
E
W
 
W
A
 
N
P
 
T
W
 
F
L
 
I
E
 
Q
Q
 
R
V
 
I

Sites not aligning to the query:

4qfoA Crystal structure of dipeptide binding protein from pseudoalteromonas sp. Sm9913 in complex with met-leu (see paper)
28% identity, 72% coverage: 39:398/503 of query aligns to 3:393/507 of 4qfoA

query
sites
4qfoA
L
 
L
V
 
V
V
 
Y
G
 
C
M
 
A
R
 
E
L
 
A
E
 
N
P
 
P
P
 
V
H
 
S
L
 
F
D
 
N
P
 
P
T
 
Q
A
 
V
G
 
T
A
x
T
A
 
T
A
x
G
A
 
S
I
 
T
D
x
I
E
 
D
V
 
I
T
 
I
Y
 
A
A
 
N
N
 
Q
L
 
L
Y
 
Y
E
 
D
P
 
R
L
 
L
T
 
I
R
 
S
I
 
I
D
 
D
-
 
P
A
 
V
E
 
T
G
 
A
K
 
E
V
 
F
V
 
K
P
 
S
G
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
T
K
 
D
W
 
W
E
 
K
V
 
I
S
 
S
A
 
K
D
 
D
G
 
G
L
 
K
T
 
S
Y
 
V
T
 
T
F
 
F
H
 
T
L
 
L
R
 
R
K
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
F
 
F
H
 
H
D
 
T
G
 
T
S
 
A
-
 
Y
-
 
F
-
 
T
-
 
P
-
 
T
-
 
R
D
 
E
A
 
F
D
 
N
S
 
A
A
 
D
D
 
D
V
 
V
T
 
I
F
 
F
S
 
T
L
 
F
D
 
S
R
 
R
A
 
L
R
 
F
G
 
D
A
 
V
E
 
Y
S
 
N
V
 
P
-
 
Y
-
 
H
-
 
F
-
 
V
-
 
G
N
 
D
A
 
A
Q
 
N
K
 
Y
G
 
P
Y
 
Y
F
 
F
A
 
Q
A
 
S
I
 
V
A
 
-
G
 
G
V
 
I
E
 
D
A
 
Q
P
 
L
D
 
I
A
 
R
R
 
K
T
 
I
V
 
V
V
 
R
V
 
V
T
 
S
-
 
D
-
 
H
-
 
Q
-
 
V
-
 
R
-
 
F
-
 
E
L
 
L
S
 
F
R
 
N
P
 
A
D
 
E
G
 
S
L
 
S
F
 
F
L
 
L
F
 
A
H
 
N
M
 
M
A
 
A
S
 
T
G
 
D
D
 
F
A
 
A
A
 
V
I
 
V
V
 
L
A
 
S
P
 
K
E
 
E
S
 
Y
A
 
A
G
 
M
A
 
A
N
 
L
K
 
K
-
 
A
-
 
N
-
 
N
-
 
Q
-
 
E
-
 
N
-
 
L
-
 
F
-
 
D
Q
 
Q
T
 
Y
P
 
P
V
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
P
 
P
F
 
Y
K
 
I
F
 
Y
E
 
K
R
 
E
W
 
Y
V
 
R
A
 
R
G
 
D
D
 
H
R
 
L
V
 
V
V
 
R
L
 
F
V
 
Y
R
 
K
N
 
N
P
 
A
D
 
D
Y
 
Y
D
 
W
G
 
K
P
 
H
K
 
E
P
 
V
A
 
A
L
 
L
E
 
E
R
 
Q
V
 
L
T
 
V
F
 
Y
R
 
D
F
 
I
I
 
T
S
 
P
D
 
N
P
 
G
A
 
T
A
 
T
Q
 
R
V
 
I
A
 
A
A
 
K
L
 
I
-
 
L
-
 
T
K
 
K
A
 
E
G
 
C
D
 
D
I
 
V
D
 
T
S
 
A
F
 
H
P
 
P
Q
 
S
F
 
S
D
 
A
T
 
Q
Y
 
L
E
 
S
A
 
I
L
 
L
P
 
A
Q
 
Q
F
 
-
R
 
R
D
 
D
D
 
D
G
 
-
A
 
-
F
 
I
T
 
N
V
 
V
M
 
E
V
 
R
G
 
E
T
 
T
T
 
N
E
 
L
G
 
N
E
 
I
T
 
G
I
 
Y
L
 
W
G
 
A
T
 
F
N
 
N
N
 
T
A
 
E
R
 
R
K
 
P
P
 
P
F
 
F
D
 
D
D
 
N
V
 
L
R
 
K
V
 
V
R
 
R
R
 
Q
A
 
A
M
 
L
A
 
V
H
 
H
A
 
A
I
 
I
D
 
D
R
 
I
K
 
E
T
 
K
L
 
I
I
 
M
D
 
Q
G
 
A
V
 
V
L
 
Y
F
 
Y
G
 
G
N
 
N
G
 
G
A
 
L
A
 
R
I
 
A
G
 
R
S
 
S
H
 
I
F
 
L
P
 
P
P
 
P
H
 
T
R
 
S
A
 
W
G
 
A
Y
 
F
V
 
E
D
 
P
L
 
Q
T
 
K
G
 
N
L
 
M
Y
 
P
P
 
I
Y
 
F
D
 
D
P
 
P
D
 
Q
K
 
L
A
 
A
K
 
K
A
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
T
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
Y
P
 
E
D
 
K
G
 
G
F
 
F
E
 
D
T
 
M
T
 
S
L
 
I
R
 
W
L
 
A
P
 
M
P
 
P
P
 
V
-
 
S
-
x
R
I
 
I
Y
|
Y
-
 
N
-
 
P
-
 
N
A
 
A
R
 
R
R
 
K
S
 
M
G
 
A
E
 
E
L
 
L
I
 
M
A
 
Q
A
 
S
M
 
D
L
 
L
A
 
R
E
 
K
V
 
I
G
 
G
I
 
V
R
 
N
V
 
V
K
 
N
I
 
I
E
 
V
P
 
E
M
 
Y
E
 
E
W
 
W
A
 
N
P
 
T
W
 
F
L
x
I
E
 
Q
Q
 
R
V
 
I

Sites not aligning to the query:

4qfnA Crystal structure of dipeptide binding protein from pseudoalteromonas sp. Sm9913 in complex with gly-glu (see paper)
28% identity, 72% coverage: 39:398/503 of query aligns to 3:393/507 of 4qfnA

query
sites
4qfnA
L
 
L
V
 
V
V
 
Y
G
 
C
M
 
A
R
 
E
L
 
A
E
 
N
P
 
P
P
 
V
H
 
S
L
 
F
D
 
N
P
 
P
T
 
Q
A
 
V
G
 
T
A
x
T
A
x
T
A
x
G
A
 
S
I
 
T
D
 
I
E
 
D
V
 
I
T
 
I
Y
 
A
A
 
N
N
 
Q
L
 
L
Y
 
Y
E
 
D
P
 
R
L
 
L
T
 
I
R
 
S
I
 
I
D
 
D
-
 
P
A
 
V
E
 
T
G
 
A
K
 
E
V
 
F
V
 
K
P
 
S
G
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
T
K
 
D
W
 
W
E
 
K
V
 
I
S
 
S
A
 
K
D
 
D
G
 
G
L
 
K
T
 
S
Y
 
V
T
 
T
F
 
F
H
 
T
L
 
L
R
 
R
K
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
F
 
F
H
 
H
D
 
T
G
 
T
S
 
A
-
 
Y
-
 
F
-
 
T
-
 
P
-
 
T
-
 
R
D
 
E
A
 
F
D
 
N
S
 
A
A
 
D
D
 
D
V
 
V
T
 
I
F
 
F
S
 
T
L
 
F
D
 
S
R
 
R
A
 
L
R
 
F
G
 
D
A
 
V
E
 
Y
S
 
N
V
 
P
-
 
Y
-
 
H
-
 
F
-
 
V
-
 
G
N
 
D
A
 
A
Q
 
N
K
 
Y
G
 
P
Y
 
Y
F
 
F
A
 
Q
A
 
S
I
 
V
A
 
-
G
 
G
V
 
I
E
 
D
A
 
Q
P
 
L
D
 
I
A
 
R
R
 
K
T
 
I
V
 
V
V
 
R
V
 
V
T
 
S
-
 
D
-
 
H
-
 
Q
-
 
V
-
 
R
-
 
F
-
 
E
L
 
L
S
 
F
R
 
N
P
 
A
D
 
E
G
 
S
L
 
S
F
 
F
L
 
L
F
 
A
H
 
N
M
 
M
A
 
A
S
 
T
G
 
D
D
 
F
A
 
A
A
 
V
I
 
V
V
 
L
A
 
S
P
 
K
E
 
E
S
 
Y
A
 
A
G
 
M
A
 
A
N
 
L
K
 
K
-
 
A
-
 
N
-
 
N
-
 
Q
-
 
E
-
 
N
-
 
L
-
 
F
-
 
D
Q
 
Q
T
 
Y
P
 
P
V
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
P
 
P
F
 
Y
K
 
I
F
 
Y
E
 
K
R
 
E
W
 
Y
V
 
R
A
 
R
G
 
D
D
 
H
R
 
L
V
 
V
V
 
R
L
 
F
V
 
Y
R
 
K
N
 
N
P
 
A
D
 
D
Y
 
Y
D
 
W
G
 
K
P
 
H
K
 
E
P
 
V
A
 
A
L
 
L
E
 
E
R
 
Q
V
 
L
T
 
V
F
 
Y
R
 
D
F
 
I
I
 
T
S
 
P
D
 
N
P
 
G
A
 
T
A
 
T
Q
 
R
V
 
I
A
 
A
A
 
K
L
 
I
-
 
L
-
 
T
K
 
K
A
 
E
G
 
C
D
 
D
I
 
V
D
 
T
S
 
A
F
 
H
P
 
P
Q
 
S
F
 
S
D
 
A
T
 
Q
Y
 
L
E
 
S
A
 
I
L
 
L
P
 
A
Q
 
Q
F
 
-
R
 
R
D
 
D
D
 
D
G
 
-
A
 
-
F
 
I
T
 
N
V
 
V
M
 
E
V
 
R
G
 
E
T
 
T
T
 
N
E
 
L
G
 
N
E
 
I
T
 
G
I
 
Y
L
 
W
G
 
A
T
 
F
N
 
N
N
 
T
A
 
E
R
 
R
K
 
P
P
 
P
F
 
F
D
 
D
D
 
N
V
 
L
R
 
K
V
 
V
R
 
R
R
 
Q
A
 
A
M
 
L
A
 
V
H
 
H
A
 
A
I
 
I
D
 
D
R
 
I
K
 
E
T
 
K
L
 
I
I
 
M
D
 
Q
G
 
A
V
 
V
L
 
Y
F
 
Y
G
 
G
N
 
N
G
 
G
A
 
L
A
 
R
I
 
A
G
 
R
S
 
S
H
 
I
F
 
L
P
 
P
P
 
P
H
 
T
R
 
S
A
 
W
G
 
A
Y
 
F
V
 
E
D
 
P
L
 
Q
T
 
K
G
 
N
L
 
M
Y
 
P
P
 
I
Y
 
F
D
 
D
P
 
P
D
 
Q
K
 
L
A
 
A
K
 
K
A
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
T
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
Y
P
 
E
D
 
K
G
 
G
F
 
F
E
 
D
T
 
M
T
 
S
L
 
I
R
 
W
L
 
A
P
 
M
P
 
P
P
 
V
-
 
S
-
x
R
I
 
I
Y
|
Y
-
 
N
-
 
P
-
 
N
A
 
A
R
 
R
R
 
K
S
 
M
G
 
A
E
 
E
L
 
L
I
 
M
A
 
Q
A
 
S
M
 
D
L
 
L
A
 
R
E
 
K
V
 
I
G
 
G
I
 
V
R
 
N
V
 
V
K
 
N
I
 
I
E
 
V
P
 
E
M
 
Y
E
 
E
W
 
W
A
 
N
P
 
T
W
 
F
L
 
I
E
 
Q
Q
 
R
V
 
I

Sites not aligning to the query:

4qflA Crystal structure of dipeptide binding protein from pseudoalteromonas sp. Sm9913 in complex with ala-phe (see paper)
28% identity, 72% coverage: 39:398/503 of query aligns to 3:393/507 of 4qflA

query
sites
4qflA
L
 
L
V
 
V
V
 
Y
G
 
C
M
 
A
R
 
E
L
 
A
E
 
N
P
 
P
P
 
V
H
 
S
L
 
F
D
 
N
P
 
P
T
 
Q
A
 
V
G
 
T
A
x
T
A
 
T
A
x
G
A
 
S
I
 
T
D
 
I
E
 
D
V
 
I
T
 
I
Y
 
A
A
 
N
N
 
Q
L
 
L
Y
 
Y
E
 
D
P
 
R
L
 
L
T
 
I
R
 
S
I
 
I
D
 
D
-
 
P
A
 
V
E
 
T
G
 
A
K
 
E
V
 
F
V
 
K
P
 
S
G
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
T
K
 
D
W
 
W
E
 
K
V
 
I
S
 
S
A
 
K
D
 
D
G
 
G
L
 
K
T
 
S
Y
 
V
T
 
T
F
 
F
H
 
T
L
 
L
R
 
R
K
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
F
 
F
H
 
H
D
 
T
G
 
T
S
 
A
-
 
Y
-
 
F
-
 
T
-
 
P
-
 
T
-
 
R
D
 
E
A
 
F
D
 
N
S
 
A
A
 
D
D
 
D
V
 
V
T
 
I
F
 
F
S
 
T
L
 
F
D
 
S
R
 
R
A
 
L
R
 
F
G
 
D
A
 
V
E
 
Y
S
 
N
V
 
P
-
 
Y
-
 
H
-
 
F
-
 
V
-
 
G
N
 
D
A
 
A
Q
 
N
K
 
Y
G
 
P
Y
 
Y
F
 
F
A
 
Q
A
 
S
I
 
V
A
 
-
G
 
G
V
 
I
E
 
D
A
 
Q
P
 
L
D
 
I
A
 
R
R
 
K
T
 
I
V
 
V
V
 
R
V
 
V
T
 
S
-
 
D
-
 
H
-
 
Q
-
 
V
-
 
R
-
 
F
-
 
E
L
 
L
S
 
F
R
 
N
P
 
A
D
 
E
G
 
S
L
 
S
F
 
F
L
 
L
F
 
A
H
 
N
M
 
M
A
 
A
S
 
T
G
 
D
D
 
F
A
 
A
A
 
V
I
 
V
V
 
L
A
 
S
P
 
K
E
 
E
S
 
Y
A
 
A
G
 
M
A
 
A
N
 
L
K
 
K
-
 
A
-
 
N
-
 
N
-
 
Q
-
 
E
-
 
N
-
 
L
-
 
F
-
 
D
Q
 
Q
T
 
Y
P
 
P
V
 
V
G
 
G
T
 
T
G
 
G
P
 
P
F
 
Y
K
 
I
F
 
Y
E
 
K
R
 
E
W
 
Y
V
 
R
A
 
R
G
 
D
D
 
H
R
 
L
V
 
V
V
 
R
L
 
F
V
 
Y
R
 
K
N
 
N
P
 
A
D
 
D
Y
 
Y
D
 
W
G
 
K
P
 
H
K
 
E
P
 
V
A
 
A
L
 
L
E
 
E
R
 
Q
V
 
L
T
 
V
F
 
Y
R
 
D
F
 
I
I
 
T
S
 
P
D
 
N
P
 
G
A
 
T
A
 
T
Q
 
R
V
 
I
A
 
A
A
 
K
L
 
I
-
 
L
-
 
T
K
 
K
A
 
E
G
 
C
D
 
D
I
 
V
D
 
T
S
 
A
F
 
H
P
 
P
Q
 
S
F
 
S
D
 
A
T
 
Q
Y
 
L
E
 
S
A
 
I
L
 
L
P
 
A
Q
 
Q
F
 
-
R
 
R
D
 
D
D
 
D
G
 
-
A
 
-
F
 
I
T
 
N
V
 
V
M
 
E
V
 
R
G
 
E
T
 
T
T
 
N
E
 
L
G
 
N
E
 
I
T
 
G
I
 
Y
L
 
W
G
 
A
T
 
F
N
 
N
N
 
T
A
 
E
R
 
R
K
 
P
P
 
P
F
 
F
D
 
D
D
 
N
V
 
L
R
 
K
V
 
V
R
 
R
R
 
Q
A
 
A
M
 
L
A
 
V
H
 
H
A
 
A
I
 
I
D
 
D
R
 
I
K
 
E
T
 
K
L
 
I
I
 
M
D
 
Q
G
 
A
V
 
V
L
 
Y
F
 
Y
G
 
G
N
 
N
G
 
G
A
 
L
A
 
R
I
 
A
G
 
R
S
 
S
H
 
I
F
 
L
P
 
P
P
 
P
H
 
T
R
 
S
A
 
W
G
 
A
Y
 
F
V
 
E
D
 
P
L
 
Q
T
 
K
G
 
N
L
 
M
Y
 
P
P
 
I
Y
 
F
D
 
D
P
 
P
D
 
Q
K
 
L
A
 
A
K
 
K
A
 
K
L
 
L
L
 
L
A
 
T
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
Y
P
 
E
D
 
K
G
 
G
F
 
F
E
 
D
T
 
M
T
 
S
L
 
I
R
 
W
L
 
A
P
 
M
P
 
P
P
 
V
-
 
S
-
x
R
I
 
I
Y
|
Y
-
 
N
-
 
P
-
 
N
A
 
A
R
 
R
R
 
K
S
 
M
G
 
A
E
 
E
L
 
L
I
 
M
A
 
Q
A
 
S
M
 
D
L
 
L
A
 
R
E
 
K
V
 
I
G
 
G
I
 
V
R
 
N
V
 
V
K
 
N
I
 
I
E
 
V
P
 
E
M
 
Y
E
 
E
W
 
W
A
 
N
P
 
T
W
 
F
L
 
I
E
 
Q
Q
 
R
V
 
I

Sites not aligning to the query:

2nooA Crystal structure of mutant nika (see paper)
31% identity, 63% coverage: 68:386/503 of query aligns to 30:370/496 of 2nooA

query
sites
2nooA
L
 
V
Y
 
Y
E
 
E
P
 
P
L
 
L
T
 
V
R
 
K
I
 
Y
D
 
Q
A
 
A
E
 
D
G
 
G
K
 
S
V
 
V
V
 
I
P
 
P
G
 
W
L
 
L
A
 
A
E
 
K
K
 
S
W
 
W
E
 
T
V
x
H
S
 
S
A
 
E
D
 
D
G
 
G
L
 
K
T
 
T
Y
 
W
T
 
T
F
 
F
H
 
T
L
 
L
R
 
R
K
 
D
G
 
D
A
 
V
K
 
K
F
 
F
H
 
S
D
 
N
G
 
G
S
 
E
-
 
P
-
 
F
D
 
D
A
 
A
D
 
E
S
 
A
A
 
A
D
 
A
V
 
E
T
 
N
F
 
F
S
 
R
-
 
A
-
 
V
L
 
L
D
 
D
R
 
N
A
 
R
R
 
Q
G
 
A
A
 
H
E
 
A
S
 
A
V
 
L
N
 
E
A
 
L
Q
 
A
K
 
N
G
 
-
Y
 
-
F
 
-
A
 
-
A
 
Q
I
 
I
A
 
V
G
 
D
V
 
V
E
 
K
A
 
A
P
 
L
D
 
S
A
 
K
R
 
T
T
 
E
V
 
L
V
 
Q
V
 
I
T
 
T
L
 
L
S
 
K
R
 
S
P
 
A
D
 
Y
G
 
Y
L
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
Q
H
 
E
M
 
L
A
 
A
-
 
L
S
 
P
G
 
A
D
 
P
A
 
F
A
 
R
I
 
F
V
 
I
A
 
A
P
 
P
E
 
-
S
 
S
A
 
Q
G
 
F
A
 
K
N
 
N
K
 
H
Q
 
E
T
 
T
-
 
M
-
 
N
-
 
G
-
 
I
-
 
K
-
 
A
P
 
P
V
 
I
G
 
G
T
 
T
G
 
G
P
 
P
F
 
W
K
 
I
F
 
L
E
 
Q
R
 
E
W
 
S
V
 
K
A
 
L
G
 
N
D
 
Q
R
 
Y
V
 
D
V
 
V
L
 
F
V
 
V
R
 
R
N
 
N
P
 
E
D
 
N
Y
 
Y
D
 
W
G
 
G
P
 
E
K
 
K
P
 
P
A
 
A
L
 
I
E
 
K
R
 
K
V
 
I
T
 
T
F
 
F
R
 
N
F
 
V
I
 
I
S
 
P
D
 
D
P
 
P
A
 
T
A
 
T
Q
 
R
V
 
A
A
 
V
A
 
A
L
 
F
K
 
E
A
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
I
D
 
D
-
 
L
-
 
L
-
 
Y
-
 
G
-
 
N
-
 
E
S
 
G
F
 
L
P
 
L
Q
 
P
F
 
L
D
 
D
T
 
T
Y
 
F
E
 
A
A
 
-
L
 
-
P
 
-
Q
 
R
F
 
F
R
 
S
D
 
Q
D
 
N
G
 
P
A
 
A
F
 
Y
T
 
H
V
 
T
M
 
Q
V
 
L
G
 
S
T
 
Q
T
 
P
E
 
I
G
 
E
E
 
T
T
 
V
I
 
M
L
 
L
G
 
A
T
 
L
N
 
N
N
 
T
A
 
A
R
 
K
K
 
A
P
 
P
F
 
T
D
 
N
D
 
E
V
 
L
R
 
A
V
 
V
R
 
R
R
 
E
A
 
A
M
 
L
A
 
N
H
 
Y
A
 
A
I
 
V
D
 
N
R
 
K
K
 
K
T
 
S
L
 
L
I
 
I
D
 
D
G
 
N
V
 
A
L
 
L
F
 
Y
G
 
G
N
 
T
G
 
Q
A
 
Q
A
 
V
I
 
A
G
 
D
S
 
T
H
 
L
F
 
F
P
 
A
P
 
P
H
 
-
R
 
S
A
 
V
G
 
P
Y
 
Y
V
 
A
D
 
N
L
 
L
T
 
-
G
 
G
L
 
L
Y
 
K
P
 
P
-
 
S
-
 
Q
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
D
 
Q
K
 
K
A
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
E
E
 
K
A
 
A
G
 
G
-
 
W
-
 
T
L
 
L
P
 
P
D
 
A
G
 
G
F
 
K
E
 
D
T
 
I
T
 
R
L
 
E
R
 
K
L
 
N
P
 
G
P
 
Q
P
 
P
I
 
L
-
 
R
-
 
I
-
 
E
-
 
L
-
 
S
-
 
F
-
 
I
-
 
G
-
 
T
-
 
D
-
 
A
Y
 
L
A
 
S
R
 
K
R
 
S
S
 
M
G
 
A
E
 
E
L
 
I
I
 
I
A
 
Q
A
 
A
M
 
D
L
 
M
A
 
R
E
 
Q
V
 
I
G
 
G
I
 
A
R
 
D
V
 
V
K
 
S
I
 
L

Sites not aligning to the query:

1zlqA Crystallographic and spectroscopic evidence for high affinity binding of fe edta (h2o)- to the periplasmic nickel transporter nika (see paper)
31% identity, 63% coverage: 68:386/503 of query aligns to 31:371/499 of 1zlqA

query
sites
1zlqA
L
 
V
Y
 
Y
E
 
E
P
 
P
L
 
L
T
 
V
R
 
K
I
 
Y
D
 
Q
A
 
A
E
 
D
G
 
G
K
 
S
V
 
V
V
 
I
P
 
P
G
 
W
L
 
L
A
 
A
E
 
K
K
 
S
W
 
W
E
 
T
V
 
H
S
 
S
A
 
E
D
 
D
G
 
G
L
 
K
T
 
T
Y
 
W
T
 
T
F
 
F
H
 
T
L
 
L
R
 
R
K
 
D
G
 
D
A
 
V
K
 
K
F
 
F
H
 
S
D
 
N
G
 
G
S
 
E
-
 
P
-
 
F
D
 
D
A
 
A
D
 
E
S
 
A
A
 
A
D
 
A
V
 
E
T
 
N
F
 
F
S
 
R
L
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
D
D
 
N
R
 
R
A
 
Q
R
|
R
G
 
H
A
 
A
E
x
W
S
 
L
V
 
E
N
 
L
A
 
A
Q
 
N
K
 
Q
G
 
-
Y
 
-
F
 
-
A
 
-
A
 
-
I
 
I
A
 
V
G
 
D
V
 
V
E
 
K
A
 
A
P
 
L
D
 
S
A
 
K
R
 
T
T
 
E
V
 
L
V
 
Q
V
 
I
T
 
T
L
 
L
S
 
K
R
 
S
P
 
A
D
 
Y
G
 
Y
L
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
Q
H
 
E
M
 
L
A
 
A
S
 
L
G
 
P
D
x
R
A
 
P
A
 
F
I
 
R
V
 
F
A
 
I
P
 
A
E
 
P
S
 
S
A
 
Q
G
 
F
A
 
K
N
 
N
K
 
H
Q
 
E
T
 
T
-
 
M
-
 
N
-
 
G
-
 
I
-
 
K
-
 
A
P
 
P
V
 
I
G
 
G
T
 
T
G
 
G
P
 
P
F
 
W
K
 
I
F
 
L
E
 
Q
R
 
E
W
 
S
V
 
K
A
 
L
G
 
N
D
 
Q
R
 
Y
V
 
D
V
 
V
L
 
F
V
 
V
R
 
R
N
 
N
P
 
E
D
 
N
Y
 
Y
D
 
W
G
 
G
P
 
E
K
 
K
P
 
P
A
 
A
L
 
I
E
 
K
R
 
K
V
 
I
T
 
T
F
 
F
R
 
N
F
 
V
I
 
I
S
 
P
D
 
D
P
 
P
A
 
T
A
 
T
Q
 
R
V
 
A
A
 
V
A
 
A
L
 
F
K
 
E
A
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
I
D
 
D
-
 
L
-
 
L
-
 
Y
-
 
G
-
 
N
-
 
E
S
 
G
F
 
L
P
 
L
Q
 
P
F
 
L
D
 
D
T
 
T
Y
 
F
E
 
A
A
 
-
L
 
-
P
 
-
Q
 
R
F
 
F
R
 
S
D
 
Q
D
 
N
G
 
P
A
 
A
F
 
Y
T
 
H
V
 
T
M
 
Q
V
 
L
G
 
S
T
 
Q
T
 
P
E
 
I
G
 
E
E
 
T
T
 
V
I
 
M
L
 
L
G
 
A
T
 
L
N
 
N
N
 
T
A
 
A
R
 
K
K
 
A
P
 
P
F
 
T
D
 
N
D
 
E
V
 
L
R
 
A
V
 
V
R
 
R
R
 
E
A
 
A
M
 
L
A
 
N
H
 
Y
A
 
A
I
 
V
D
 
N
R
 
K
K
 
K
T
 
S
L
 
L
I
 
I
D
 
D
G
 
N
V
 
A
L
 
L
F
 
Y
G
 
G
N
 
T
G
 
Q
A
 
Q
A
 
V
I
 
A
G
 
D
S
 
T
H
 
L
F
 
F
P
 
A
P
 
P
H
 
-
R
 
S
A
 
V
G
 
P
Y
 
Y
V
 
A
D
 
N
L
 
L
T
 
-
G
 
G
L
 
L
Y
 
K
P
 
P
-
 
S
-
 
Q
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
D
 
Q
K
 
K
A
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
E
E
 
K
A
 
A
G
 
G
-
 
W
-
 
T
L
 
L
P
 
P
D
 
A
G
 
G
F
 
K
E
 
D
T
 
I
T
 
R
L
 
E
R
 
K
L
 
N
P
 
G
P
 
Q
P
 
P
I
 
L
-
 
R
-
 
I
-
 
E
-
 
L
-
 
S
-
 
F
-
 
I
-
 
G
-
 
T
-
 
D
-
 
A
Y
 
L
A
 
S
R
 
K
R
 
S
S
 
M
G
 
A
E
 
E
L
 
I
I
 
I
A
 
Q
A
 
A
M
 
D
L
 
M
A
 
R
E
 
Q
V
 
I
G
 
G
I
 
A
R
 
D
V
 
V
K
 
S
I
 
L

Sites not aligning to the query:

7a0cA X-ray structure of nika from escherichia coli in complex with fe-6- me2-bpmcn (see paper)
31% identity, 63% coverage: 68:386/503 of query aligns to 32:372/498 of 7a0cA

query
sites
7a0cA
L
 
V
Y
 
Y
E
 
E
P
 
P
L
 
L
T
 
V
R
 
K
I
 
Y
D
 
Q
A
 
A
E
 
D
G
 
G
K
 
S
V
 
V
V
 
I
P
 
P
G
 
W
L
 
L
A
 
A
E
 
K
K
 
S
W
 
W
E
 
T
V
 
H
S
 
S
A
 
E
D
 
D
G
 
G
L
 
K
T
 
T
Y
 
W
T
 
T
F
 
F
H
 
T
L
 
L
R
 
R
K
 
D
G
 
D
A
 
V
K
 
K
F
 
F
H
 
S
D
 
N
G
 
G
S
 
E
-
 
P
-
 
F
D
 
D
A
 
A
D
 
E
S
 
A
A
 
A
D
 
A
V
 
E
T
 
N
F
 
F
S
 
R
L
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
D
D
 
N
R
 
R
A
 
Q
R
 
R
G
 
H
A
 
A
E
x
W
S
 
L
V
 
E
N
 
L
A
 
A
Q
 
N
K
 
Q
G
 
-
Y
 
-
F
 
-
A
 
-
A
 
-
I
 
I
A
 
V
G
 
D
V
 
V
E
 
K
A
 
A
P
 
L
D
 
S
A
 
K
R
 
T
T
 
E
V
 
L
V
 
Q
V
 
I
T
 
T
L
 
L
S
 
K
R
 
S
P
 
A
D
 
Y
G
 
Y
L
 
P
F
 
F
L
 
L
F
 
Q
H
 
E
M
 
L
A
 
A
S
 
L
G
 
P
D
x
R
A
 
P
A
 
F
I
 
R
V
 
F
A
 
I
P
 
A
E
 
P
S
 
S
A
 
Q
G
 
F
A
 
K
N
 
N
K
 
H
Q
 
E
T
 
T
-
 
M
-
 
N
-
 
G
-
 
I
-
 
K
-
 
A
P
 
P
V
 
I
G
 
G
T
 
T
G
 
G
P
 
P
F
 
W
K
 
I
F
 
L
E
 
Q
R
 
E
W
 
S
V
 
K
A
 
L
G
 
N
D
 
Q
R
 
Y
V
 
D
V
 
V
L
 
F
V
 
V
R
 
R
N
 
N
P
 
E
D
 
N
Y
 
Y
D
 
W
G
 
G
P
 
E
K
 
K
P
 
P
A
 
A
L
 
I
E
 
K
R
 
K
V
 
I
T
 
T
F
 
F
R
 
N
F
 
V
I
 
I
S
 
P
D
 
D
P
 
P
A
 
T
A
 
T
Q
 
R
V
 
A
A
 
V
A
 
A
L
 
F
K
 
E
A
 
T
G
 
G
D
 
D
I
 
I
D
 
D
-
 
L
-
 
L
-
 
Y
-
 
G
-
 
N
-
 
E
S
 
G
F
 
L
P
 
L
Q
 
P
F
 
L
D
 
D
T
 
T
Y
 
F
E
 
A
A
 
-
L
 
-
P
 
-
Q
 
R
F
 
F
R
 
S
D
 
Q
D
 
N
G
 
P
A
 
A
F
 
Y
T
 
H
V
 
T
M
 
Q
V
 
L
G
 
S
T
 
Q
T
 
P
E
 
I
G
 
E
E
 
T
T
 
V
I
 
M
L
 
L
G
 
A
T
 
L
N
 
N
N
 
T
A
 
A
R
 
K
K
 
A
P
 
P
F
 
T
D
 
N
D
 
E
V
 
L
R
 
A
V
 
V
R
 
R
R
 
E
A
 
A
M
 
L
A
 
N
H
 
Y
A
 
A
I
 
V
D
 
N
R
x
K
K
 
K
T
 
S
L
 
L
I
 
I
D
 
D
G
 
N
V
 
A
L
 
L
F
 
Y
G
 
G
N
 
T
G
 
Q
A
 
Q
A
 
V
I
 
A
G
x
D
S
 
T
H
 
L
F
 
F
P
 
A
P
 
P
H
 
-
R
 
S
A
 
V
G
 
P
Y
 
Y
V
 
A
D
 
N
L
 
L
T
 
-
G
 
G
L
 
L
Y
 
K
P
 
P
-
 
S
-
 
Q
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
D
 
Q
K
 
K
A
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
E
E
 
K
A
 
A
G
 
G
-
 
W
-
 
T
L
 
L
P
 
P
D
 
A
G
 
G
F
 
K
E
 
D
T
 
I
T
 
R
L
 
E
R
 
K
L
 
N
P
 
G
P
 
Q
P
 
P
I
 
L
-
 
R
-
 
I
-
 
E
-
 
L
-
 
S
-
 
F
-
 
I
-
 
G
-
 
T
-
 
D
-
 
A
Y
 
L
A
 
S
R
 
K
R
 
S
S
 
M
G
 
A
E
 
E
L
 
I
I
 
I
A
 
Q
A
 
A
M
 
D
L
 
M
A
 
R
E
 
Q
V
 
I
G
 
G
I
 
A
R
 
D
V
 
V
K
 
S
I
 
L

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>AZOBR_RS02325 FitnessBrowser__azobra:AZOBR_RS02325
MPNRQRRTALAITMGAVLGLAGALVAGPVLAQTAPRTDLVVGMRLEPPHLDPTAGAAAAI
DEVTYANLYEPLTRIDAEGKVVPGLAEKWEVSADGLTYTFHLRKGAKFHDGSDADSADVT
FSLDRARGAESVNAQKGYFAAIAGVEAPDARTVVVTLSRPDGLFLFHMASGDAAIVAPES
AGANKQTPVGTGPFKFERWVAGDRVVLVRNPDYDGPKPALERVTFRFISDPAAQVAALKA
GDIDSFPQFDTYEALPQFRDDGAFTVMVGTTEGETILGTNNARKPFDDVRVRRAMAHAID
RKTLIDGVLFGNGAAIGSHFPPHRAGYVDLTGLYPYDPDKAKALLAEAGLPDGFETTLRL
PPPIYARRSGELIAAMLAEVGIRVKIEPMEWAPWLEQVFKGKDYDLTLIAHTEPLDIDIY
GRPDYYFNYRSERFNAVGAELDRTQDPAKRNALYGEQQRILAEDAVNGFLFMLPSATVQK
SAVQGMWVNRPIQANDVTGVRWK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory