SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Ac3H11_2062 FitnessBrowser__acidovorax_3H11:Ac3H11_2062 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 13 hits to proteins with known functional sites (download)

5dvjA Crystal structure of galactose complexed periplasmic glucose binding protein (ppgbp) from p. Putida csv86 (see paper)
57% identity, 95% coverage: 21:414/416 of query aligns to 1:393/396 of 5dvjA

query
sites
5dvjA
S
 
N
A
 
P
G
 
G
E
 
T
V
 
V
E
 
D
V
 
V
L
 
L
H
 
H
Y
x
W
W
|
W
T
 
T
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
|
E
A
 
A
K
 
K
S
 
A
V
 
V
A
 
E
E
 
T
L
 
L
K
 
K
K
 
Q
I
 
Q
M
 
I
Q
 
Q
G
 
K
K
 
D
G
 
G
H
 
F
T
 
I
W
 
W
R
 
K
D
 
D
F
 
N
A
 
A
V
 
V
A
 
A
G
 
G
G
|
G
G
|
G
G
 
G
D
 
A
S
 
A
A
 
A
M
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
L
K
 
K
S
 
T
R
 
R
V
 
A
I
 
I
S
 
S
G
 
G
N
 
N
P
 
P
P
 
P
S
 
S
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
T
 
I
K
|
K
G
 
G
P
 
P
A
 
D
I
 
I
Q
 
Q
E
 
E
W
 
W
A
 
G
S
 
A
E
 
L
G
 
G
V
 
L
L
 
L
A
 
T
N
 
E
M
 
L
D
 
D
T
 
D
L
 
V
A
 
A
K
 
A
A
 
A
E
 
N
K
 
K
W
 
W
D
 
D
E
 
D
L
 
L
L
 
L
P
 
P
K
 
R
V
 
Q
V
 
V
A
 
A
D
 
D
V
 
I
M
 
M
K
 
K
Y
 
Y
K
 
D
G
 
G
A
 
H
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
V
P
 
P
V
 
V
N
 
N
V
 
I
H
 
H
R
 
R
V
 
V
N
 
N
W
 
W
M
 
L
W
 
W
G
 
I
S
 
N
S
 
P
E
 
Q
A
 
V
L
 
F
K
 
D
K
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
-
A
 
A
A
 
K
M
 
V
P
 
P
K
 
T
T
 
T
W
 
L
D
 
D
E
 
E
F
 
L
F
 
F
A
 
A
A
 
A
A
 
A
D
 
D
K
 
K
L
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
F
V
 
I
P
 
P
V
 
L
A
 
A
H
 
H
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
N
 
P
W
 
W
Q
 
Q
D
 
D
F
 
S
T
 
T
T
 
V
F
 
F
E
 
E
S
 
D
V
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
S
V
 
I
G
 
L
G
 
G
A
 
P
K
 
K
F
 
G
Y
 
Y
Q
 
H
D
 
A
A
 
A
L
 
F
V
 
V
K
 
D
L
 
L
D
 
D
N
 
E
T
 
K
A
 
T
L
 
L
T
 
T
S
 
G
D
 
P
T
 
Q
M
 
M
K
 
T
K
 
E
S
 
A
L
 
F
E
 
A
T
 
T
F
 
L
R
 
K
R
 
R
I
 
L
K
 
G
G
 
T
Y
 
Y
T
 
M
D
 
D
P
 
P
G
 
N
A
 
R
P
 
A
G
 
G
R
 
R
D
 
D
W
|
W
N
 
N
L
 
I
A
 
A
T
 
A
A
 
A
M
 
E
L
 
V
I
 
I
Q
 
N
G
 
G
K
 
K
A
 
A
G
 
G
F
 
M
Q
 
Q
L
 
I
M
 
M
G
 
G
D
 
D
W
|
W
A
 
A
K
 
K
G
 
S
E
 
E
F
 
W
L
 
S
A
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
K
A
 
V
P
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
D
F
 
Y
L
 
Q
C
 
C
A
 
V
A
 
A
A
 
F
P
 
P
G
 
G
S
 
T
A
 
Q
N
 
G
A
 
S
F
 
F
T
 
A
F
 
Y
N
 
N
V
 
I
D
|
D
S
 
S
F
 
L
I
 
A
L
 
M
F
 
F
K
 
K
L
 
L
K
 
K
D
 
D
A
 
A
A
 
N
A
 
D
Q
 
I
K
 
K
A
 
A
Q
 
Q
S
 
N
D
 
D
L
 
L
A
 
A
S
 
K
S
 
V
I
 
A
M
 
L
S
 
E
P
 
P
A
 
E
F
 
F
Q
 
Q
E
 
T
V
 
V
F
 
F
N
 
N
L
 
Q
N
 
N
K
|
K
G
 
G
S
 
S
I
 
L
P
 
P
V
 
V
R
 
R
A
 
Q
G
 
D
Q
 
M
P
 
D
M
 
M
D
 
S
K
 
K
F
 
F
D
 
D
D
 
A
C
 
C
A
 
T
K
 
Q
A
 
K
S
 
S
A
 
A
K
 
A
D
 
D
F
 
F
V
 
K
D
 
E
T
 
A
A
 
A
K
 
K
S
 
G
G
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
Q
P
 
P
S
 
S
A
 
M
A
 
A
H
|
H
G
 
N
M
 
M
A
 
A
I
 
T
A
 
T
P
 
L
A
 
A
T
 
V
E
 
Q
G
 
G
A
 
A
I
 
I
K
 
F
D
 
D
V
 
V
V
 
V
S
 
T
Q
 
N
F
 
F
W
 
L
N
 
N
D
 
D
D
 
P
K
 
Q
V
 
A
S
 
E
V
 
P
A
 
A
D
 
T
A
 
A
M
 
V
K
 
K
K
 
Q
I
 
L
A
 
N
A
 
A
A
 
A
A
 
I
K
 
K

5dviA High resolution crystal structure of glucose complexed periplasmic glucose binding protein (ppgbp) from p. Putida csv86 (see paper)
57% identity, 95% coverage: 21:414/416 of query aligns to 1:393/396 of 5dviA

query
sites
5dviA
S
 
N
A
 
P
G
 
G
E
 
T
V
 
V
E
 
D
V
 
V
L
 
L
H
 
H
Y
x
W
W
|
W
T
 
T
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
|
E
A
 
A
K
 
K
S
 
A
V
 
V
A
 
E
E
 
T
L
 
L
K
 
K
K
 
Q
I
 
Q
M
 
I
Q
 
Q
G
 
K
K
 
D
G
 
G
H
 
F
T
 
I
W
 
W
R
 
K
D
 
D
F
 
N
A
 
A
V
 
V
A
 
A
G
 
G
G
 
G
G
|
G
G
 
G
D
 
A
S
 
A
A
 
A
M
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
L
K
 
K
S
 
T
R
 
R
V
 
A
I
 
I
S
 
S
G
 
G
N
 
N
P
 
P
P
 
P
S
 
S
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
T
 
I
K
|
K
G
 
G
P
 
P
A
 
D
I
 
I
Q
 
Q
E
 
E
W
 
W
A
 
G
S
 
A
E
 
L
G
 
G
V
 
L
L
 
L
A
 
T
N
 
E
M
 
L
D
 
D
T
 
D
L
 
V
A
 
A
K
 
A
A
 
A
E
 
N
K
 
K
W
 
W
D
 
D
E
 
D
L
 
L
L
 
L
P
 
P
K
 
R
V
 
Q
V
 
V
A
 
A
D
 
D
V
 
I
M
 
M
K
 
K
Y
 
Y
K
 
D
G
 
G
A
 
H
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
V
P
 
P
V
 
V
N
 
N
V
 
I
H
 
H
R
 
R
V
 
V
N
 
N
W
 
W
M
 
L
W
 
W
G
 
I
S
 
N
S
 
P
E
 
Q
A
 
V
L
 
F
K
 
D
K
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
-
A
 
A
A
 
K
M
 
V
P
 
P
K
 
T
T
 
T
W
 
L
D
 
D
E
 
E
F
 
L
F
 
F
A
 
A
A
 
A
A
 
A
D
 
D
K
 
K
L
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
F
V
 
I
P
 
P
V
 
L
A
 
A
H
 
H
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
N
 
P
W
 
W
Q
 
Q
D
 
D
F
 
S
T
 
T
T
 
V
F
 
F
E
 
E
S
 
D
V
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
S
V
 
I
G
 
L
G
 
G
A
 
P
K
 
K
F
 
G
Y
 
Y
Q
 
H
D
 
A
A
 
A
L
 
F
V
 
V
K
 
D
L
 
L
D
 
D
N
 
E
T
 
K
A
 
T
L
 
L
T
 
T
S
 
G
D
 
P
T
 
Q
M
 
M
K
 
T
K
 
E
S
 
A
L
 
F
E
 
A
T
 
T
F
 
L
R
 
K
R
 
R
I
 
L
K
 
G
G
 
T
Y
 
Y
T
 
M
D
 
D
P
 
P
G
 
N
A
 
R
P
 
A
G
 
G
R
 
R
D
 
D
W
 
W
N
 
N
L
 
I
A
 
A
T
 
A
A
 
A
M
 
E
L
 
V
I
 
I
Q
 
N
G
 
G
K
 
K
A
 
A
G
 
G
F
 
M
Q
 
Q
L
 
I
M
 
M
G
 
G
D
 
D
W
|
W
A
 
A
K
 
K
G
 
S
E
 
E
F
 
W
L
 
S
A
 
A
A
 
A
G
 
G
K
 
K
A
 
V
P
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
D
F
 
Y
L
 
Q
C
 
C
A
 
V
A
 
A
A
 
F
P
 
P
G
 
G
S
 
T
A
 
Q
N
 
G
A
 
S
F
 
F
T
 
A
F
 
Y
N
|
N
V
 
I
D
|
D
S
 
S
F
 
L
I
 
A
L
 
M
F
 
F
K
 
K
L
 
L
K
 
K
D
 
D
A
 
A
A
 
N
A
 
D
Q
 
I
K
 
K
A
 
A
Q
 
Q
S
 
N
D
 
D
L
 
L
A
 
A
S
 
K
S
 
V
I
 
A
M
 
L
S
 
E
P
 
P
A
 
E
F
 
F
Q
 
Q
E
 
T
V
 
V
F
 
F
N
 
N
L
 
Q
N
 
N
K
|
K
G
 
G
S
 
S
I
 
L
P
 
P
V
 
V
R
 
R
A
 
Q
G
 
D
Q
 
M
P
 
D
M
 
M
D
 
S
K
 
K
F
 
F
D
 
D
D
 
A
C
 
C
A
 
T
K
 
Q
A
 
K
S
 
S
A
 
A
K
 
A
D
 
D
F
 
F
V
 
K
D
 
E
T
 
A
A
 
A
K
 
K
S
 
G
G
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
Q
P
 
P
S
 
S
A
 
M
A
 
A
H
|
H
G
 
N
M
 
M
A
 
A
I
 
T
A
 
T
P
 
L
A
 
A
T
 
V
E
 
Q
G
 
G
A
 
A
I
 
I
K
 
F
D
 
D
V
 
V
V
 
V
S
 
T
Q
 
N
F
 
F
W
 
L
N
 
N
D
 
D
D
 
P
K
 
Q
V
 
A
S
 
E
V
 
P
A
 
A
D
 
T
A
 
A
M
 
V
K
 
K
K
 
Q
I
 
L
A
 
N
A
 
A
A
 
A
A
 
I
K
 
K

8hqqA Crystal structure of the glucose-binding protein sar11_0769 from "candidatus pelagibacter ubique" htcc1062 bound to glucose
52% identity, 91% coverage: 22:401/416 of query aligns to 2:383/398 of 8hqqA

query
sites
8hqqA
A
 
A
G
 
P
E
 
K
V
 
A
E
 
E
V
 
V
L
 
L
H
 
H
Y
x
W
W
 
W
T
 
T
S
 
G
G
 
G
G
 
G
E
|
E
A
 
A
K
 
K
S
 
A
V
 
L
A
 
K
E
 
V
L
 
L
K
 
Q
K
 
D
I
 
E
M
 
F
Q
 
A
G
 
A
K
 
Q
G
 
N
H
 
G
T
 
V
W
 
W
R
 
L
D
 
D
F
 
M
A
 
P
V
 
V
A
 
S
G
 
G
G
 
G
G
|
G
G
 
G
D
 
D
S
 
A
A
 
A
M
 
M
T
 
Q
V
 
T
L
 
L
K
 
K
S
 
A
R
 
R
V
 
I
I
 
V
S
 
A
G
 
N
N
 
D
P
 
A
P
 
P
S
 
A
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
T
 
I
K
|
K
G
 
G
P
 
P
A
 
T
I
 
I
Q
 
Q
E
 
E
W
 
Y
A
 
D
S
 
E
E
 
E
G
 
G
V
 
V
L
 
V
A
 
A
-
 
P
-
 
Y
N
 
N
M
 
I
D
 
D
T
 
A
L
 
V
A
 
A
K
 
K
A
 
K
E
 
E
K
 
G
W
 
W
D
 
D
E
 
N
L
 
L
L
 
L
P
 
S
K
 
K
V
 
Q
V
 
V
A
 
A
D
 
S
V
 
H
M
 
M
K
 
K
Y
 
C
K
 
D
G
 
D
-
 
G
-
 
K
A
 
A
Y
 
Y
V
 
C
A
 
A
A
 
A
P
 
P
V
 
V
N
 
N
V
 
I
H
|
H
R
 
R
V
 
I
N
 
D
W
 
W
M
 
I
W
 
W
G
 
A
S
 
N
S
 
K
E
 
K
A
 
V
L
 
L
K
 
D
K
 
S
A
 
N
G
 
G
V
 
I
A
 
K
A
 
-
M
 
M
P
 
P
K
 
S
T
 
T
W
 
W
D
 
A
E
 
E
F
 
F
F
 
N
A
 
A
A
 
A
A
 
A
D
 
D
K
 
K
L
 
L
K
 
Q
A
 
A
A
 
N
G
 
G
L
 
I
V
 
I
P
 
P
V
 
L
A
 
A
H
 
H
G
 
G
G
 
S
Q
 
Q
N
 
P
W
 
W
Q
 
Q
D
 
D
F
 
A
T
 
T
T
 
V
F
 
F
E
 
E
S
 
A
V
 
V
V
 
A
L
 
L
G
 
G
V
 
V
G
 
G
G
 
G
A
 
N
K
 
D
F
 
F
Y
 
Y
Q
 
R
D
 
K
A
 
A
L
 
F
V
 
V
K
 
D
L
 
L
D
 
D
N
 
A
T
 
A
A
 
T
L
 
L
T
 
G
S
 
G
D
 
S
T
 
T
M
 
M
K
 
T
K
 
K
S
 
V
L
 
F
E
 
D
T
 
Q
F
 
M
R
 
R
R
 
K
I
 
L
K
 
K
G
 
G
Y
 
Y
T
 
T
D
 
D
P
 
A
G
 
G
A
 
S
P
 
P
G
 
G
R
 
R
D
 
D
W
 
W
N
 
N
L
 
V
A
 
A
T
 
T
A
 
G
M
 
M
L
 
V
I
 
M
Q
 
E
G
 
G
K
 
K
A
 
A
G
 
A
F
 
F
Q
 
Q
L
 
I
M
 
M
G
 
G
D
 
D
W
|
W
A
 
A
K
 
K
G
 
G
E
 
E
F
 
F
L
 
A
A
 
A
A
 
N
G
 
N
K
 
M
A
 
A
P
 
P
G
 
G
K
 
K
D
 
D
F
 
Y
L
 
I
C
 
C
A
 
A
A
 
P
A
 
T
P
 
P
G
 
-
S
 
S
A
 
N
N
 
N
A
 
G
F
 
Y
T
 
L
F
 
Y
N
 
N
V
 
V
D
|
D
S
 
S
F
 
F
I
 
I
L
 
F
F
 
Y
K
 
K
L
 
V
K
 
K
D
 
G
A
 
K
A
 
D
A
 
K
Q
 
V
K
 
E
A
 
G
Q
 
Q
S
 
K
D
 
L
L
 
L
A
 
A
S
 
S
S
 
L
I
 
M
M
 
M
S
 
G
P
 
K
A
 
N
F
 
F
Q
 
Q
E
 
K
V
 
V
F
 
F
N
 
N
L
 
I
N
 
Y
K
|
K
G
 
G
S
 
S
I
 
I
P
 
P
V
 
A
R
 
R
A
 
L
G
 
D
Q
 
V
P
 
S
M
 
M
D
 
D
K
 
E
F
 
F
D
 
D
D
 
M
C
 
C
A
 
A
K
 
K
A
 
K
S
 
S
A
 
N
K
 
A
D
 
D
F
 
L
V
 
K
D
 
T
T
 
A
A
 
G
K
 
S
S
 
K
G
 
G
G
 
G
L
 
L
V
 
L
P
 
P
S
 
S
A
 
F
A
 
A
H
|
H
G
 
G
M
 
M
A
 
A
I
 
L
A
 
R
P
 
L
A
 
A
T
 
Q
E
 
K
G
 
G
A
 
A
I
 
I
K
 
Q
D
 
D
V
 
V
V
 
V
S
 
T
Q
 
E
F
 
H
W
 
F
N
 
N
D
 
S
D
 
N
K
 
M
V
 
S
S
 
S

4r2bA Crystal structure of sugar transporter oant_3817 from ochrobactrum anthropi, target efi-510528, with bound glucose
48% identity, 94% coverage: 25:414/416 of query aligns to 7:392/395 of 4r2bA

query
sites
4r2bA
V
 
V
E
 
E
V
 
V
L
 
L
H
 
H
Y
x
W
W
 
W
T
 
T
S
 
A
G
 
G
G
 
G
E
|
E
A
 
A
K
 
A
S
 
A
V
 
L
A
 
D
E
 
V
L
 
L
K
 
K
K
 
K
I
 
D
M
 
L
Q
 
E
G
 
K
K
 
K
G
 
G
H
 
I
T
 
S
W
 
W
R
 
T
D
 
D
F
 
M
A
 
P
V
 
V
A
 
A
G
 
G
G
|
G
G
|
G
G
 
G
D
 
T
S
 
E
A
 
A
M
 
M
T
 
T
V
 
V
L
 
L
K
 
R
S
 
A
R
 
R
V
 
V
I
 
T
S
 
A
G
 
G
N
 
N
P
 
A
P
 
P
S
 
T
A
 
A
A
 
V
Q
 
Q
T
 
M
K
 
L
G
 
G
P
 
F
A
 
D
I
 
I
Q
 
R
E
 
D
W
 
W
A
 
A
S
 
E
E
 
Q
G
 
G
V
 
A
L
 
L
A
 
G
N
 
N
M
 
L
D
 
D
T
 
E
L
 
I
A
 
A
K
 
N
A
 
K
E
 
E
K
 
G
W
 
W
D
 
E
E
 
K
L
 
V
L
 
I
P
 
P
K
 
A
V
 
P
V
 
L
A
 
Q
D
 
E
V
 
F
M
 
A
K
 
K
Y
 
Y
K
 
D
G
 
G
A
 
H
Y
 
W
V
 
I
A
 
A
A
 
A
P
 
P
V
 
V
N
 
N
V
 
V
H
|
H
R
 
S
V
 
T
N
 
N
W
 
W
M
 
M
W
 
W
G
 
I
S
 
N
S
 
K
E
 
A
A
 
A
L
 
L
K
 
D
K
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
-
A
 
G
A
 
K
M
 
E
P
 
P
K
 
T
T
 
N
W
 
W
D
 
D
E
 
E
F
 
L
F
 
I
A
 
A
A
 
L
A
 
L
D
 
D
K
 
K
L
 
F
K
 
K
A
 
E
A
 
Q
G
 
G
L
 
I
V
 
T
P
 
P
V
 
I
A
 
A
H
 
H
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
N
 
P
W
 
W
Q
 
Q
D
 
D
F
 
A
T
 
T
T
 
I
F
 
F
E
 
D
S
 
A
V
 
V
V
 
V
L
 
L
G
 
S
V
 
F
G
 
-
G
 
G
A
 
T
K
 
D
F
 
F
Y
 
Y
Q
 
K
D
 
K
A
 
A
L
 
F
V
 
I
K
 
D
L
 
L
D
 
D
N
 
P
T
 
E
A
 
T
L
 
L
T
 
G
S
 
S
D
 
D
T
 
T
M
 
M
K
 
K
K
 
Q
S
 
A
L
 
F
E
 
D
T
 
R
F
 
M
R
 
T
R
 
K
I
 
L
K
 
R
G
 
S
Y
 
Y
T
 
V
D
 
D
P
 
D
G
 
N
A
 
F
P
 
S
G
 
G
R
 
R
D
 
D
W
|
W
N
 
N
L
 
L
A
 
A
T
 
S
A
 
A
M
 
M
L
 
V
I
 
I
Q
 
E
G
 
G
K
 
K
A
 
A
G
 
G
F
 
L
Q
 
Q
L
 
F
M
 
M
G
 
G
D
 
D
W
|
W
A
 
A
K
 
K
G
 
G
E
 
E
F
 
F
L
 
V
A
 
K
A
 
A
G
 
G
K
 
K
A
 
K
P
 
P
G
 
G
K
 
E
D
 
D
F
 
F
L
 
V
C
 
C
A
 
M
A
 
R
A
 
Y
P
 
P
G
 
G
S
 
T
A
 
Q
N
 
G
A
 
A
F
 
I
T
 
T
F
 
F
N
 
N
V
 
S
D
|
D
S
 
M
F
 
F
I
 
A
L
 
M
F
 
F
K
 
K
L
 
V
K
 
S
D
 
E
A
 
D
A
 
K
A
 
V
Q
 
-
K
 
P
A
 
A
Q
 
Q
S
 
L
D
 
E
L
 
M
A
 
A
S
 
S
S
 
A
I
 
I
M
 
E
S
 
S
P
 
P
A
 
T
F
 
F
Q
 
Q
E
 
S
V
 
A
F
 
F
N
 
N
L
 
V
N
 
V
K
|
K
G
 
G
S
 
S
I
 
A
P
 
P
V
 
A
R
 
R
A
 
T
G
 
D
Q
 
V
P
 
P
M
 
D
D
 
T
K
 
D
F
 
F
D
 
D
D
 
A
C
 
C
A
 
G
K
 
K
A
 
K
S
 
A
A
 
I
K
 
A
D
 
D
F
 
E
V
 
K
D
 
E
T
 
A
A
 
S
K
 
E
S
 
K
G
 
G
G
 
T
L
 
M
V
 
L
P
 
G
S
 
S
A
 
M
A
 
A
H
|
H
G
 
G
M
 
Y
A
 
A
I
 
N
A
 
P
P
 
A
A
 
A
T
 
V
E
 
K
G
 
N
A
 
A
I
 
I
K
 
Y
D
 
D
V
 
V
V
 
V
S
 
T
Q
 
R
F
 
Q
W
 
F
N
 
N
D
 
-
D
 
G
K
 
Q
V
 
L
S
 
S
V
 
S
A
 
E
D
 
D
A
 
A
M
 
V
K
 
K
K
 
E
I
 
L
A
 
V
A
 
S
A
 
A
A
 
V
K
 
E

2b3fA Thermus thermophilus glucose/galactose binding protein bound with galactose (see paper)
32% identity, 87% coverage: 24:383/416 of query aligns to 2:355/392 of 2b3fA

query
sites
2b3fA
E
 
K
V
 
L
E
 
E
V
 
I
L
 
F
H
 
S
Y
x
W
W
|
W
T
 
-
S
 
A
G
 
G
G
 
D
E
|
E
A
 
G
K
 
P
S
 
A
V
 
L
A
 
E
E
 
A
L
 
L
K
 
I
K
 
R
I
 
L
M
 
Y
Q
 
K
G
 
Q
K
 
K
-
 
Y
-
 
P
G
 
G
H
 
V
T
 
E
W
 
V
R
 
I
D
 
N
F
 
A
A
 
T
V
 
V
A
 
T
G
 
G
G
|
G
G
x
A
G
 
G
D
 
V
S
 
N
A
 
A
M
 
R
T
 
A
V
 
V
L
 
L
K
 
K
S
 
T
R
 
R
V
 
M
I
 
L
S
 
G
G
 
G
N
 
D
P
 
P
P
 
P
S
 
D
A
 
T
A
 
F
Q
 
Q
T
 
V
K
x
H
G
 
A
-
 
G
-
 
M
P
 
E
A
 
L
I
 
I
Q
 
G
E
 
T
W
 
W
A
 
V
S
 
V
E
 
A
G
 
N
V
 
R
L
 
M
A
 
E
N
 
D
M
 
L
D
 
S
T
 
A
L
 
L
A
 
F
K
 
R
A
 
Q
E
 
E
K
 
G
W
 
W
D
 
L
E
 
Q
L
 
A
L
 
F
P
 
P
K
 
K
V
 
G
V
 
L
A
 
I
D
 
D
V
 
L
M
 
I
K
 
S
Y
 
Y
K
 
K
G
 
G
A
 
G
Y
 
I
V
 
W
A
 
S
A
 
V
P
 
P
V
 
V
N
 
N
V
 
I
H
 
H
R
 
R
V
 
S
N
 
N
W
 
V
M
 
M
W
 
W
G
 
Y
S
 
L
S
 
P
E
 
A
A
 
K
L
 
L
K
 
K
K
 
G
A
 
W
G
 
G
V
 
V
A
 
N
A
 
P
M
 
-
P
 
P
K
 
R
T
 
T
W
 
W
D
 
D
E
 
K
F
 
F
F
 
L
A
 
A
A
 
T
A
 
C
D
 
Q
K
 
T
L
 
L
K
 
K
A
 
Q
A
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
E
P
 
A
V
 
P
A
 
L
H
 
A
G
 
L
G
 
G
Q
 
E
N
 
N
W
 
W
Q
 
T
D
 
Q
F
 
Q
T
 
H
T
 
L
F
 
W
E
 
E
S
 
S
V
 
V
V
 
A
L
 
L
G
 
A
V
 
V
G
 
L
G
 
G
A
 
P
K
 
-
F
 
-
Y
 
-
Q
 
-
D
 
D
A
 
D
L
 
W
V
 
N
K
 
N
L
 
L
D
 
W
N
 
N
T
 
G
A
 
K
L
 
L
-
 
K
-
 
F
T
 
T
S
 
D
D
 
P
T
 
K
M
 
A
K
 
V
K
 
R
S
 
A
L
 
W
E
 
E
T
 
V
F
 
F
R
 
G
R
 
R
I
 
V
K
 
L
G
 
D
Y
 
C
T
 
A
D
 
N
P
 
K
G
 
D
A
 
A
P
 
A
G
 
G
R
 
L
D
 
S
W
 
W
N
 
Q
L
 
Q
A
 
A
T
 
V
A
 
D
M
 
R
L
 
V
I
 
V
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
G
 
A
F
 
F
Q
 
N
L
 
I
M
 
M
G
 
G
D
 
D
W
|
W
A
 
A
K
 
A
G
 
G
E
 
Y
F
 
M
L
 
T
A
 
T
A
 
T
G
 
L
K
 
K
A
 
L
-
 
K
P
 
P
G
 
G
K
 
T
D
 
D
F
 
F
L
 
A
C
 
W
A
 
A
A
 
P
A
 
S
P
 
P
G
 
G
S
 
T
A
 
Q
N
 
G
A
 
V
F
 
F
T
 
M
F
 
M
N
 
L
V
 
S
D
|
D
S
 
S
F
 
F
I
 
G
L
 
L
F
 
-
K
 
-
L
 
P
K
 
K
D
 
G
A
 
A
A
 
K
A
 
N
Q
 
R
K
 
Q
A
 
N
Q
 
A
S
 
I
D
 
N
L
 
W
A
 
L
S
 
R
S
 
L
I
 
V
M
 
G
S
 
S
P
 
K
A
 
E
F
 
G
Q
 
Q
E
 
D
V
 
T
F
 
S
N
 
N
L
 
P
N
 
L
K
|
K
G
 
G
S
 
S
I
 
I
P
 
A
V
 
A
R
 
R
A
 
L
G
 
D
Q
 
S
P
 
D
M
 
P
D
 
S
K
 
K
F
 
Y
D
 
N
D
 
A
C
 
Y
A
 
G
K
 
Q
A
 
S
S
 
A
A
 
M
K
 
R
D
 
D
F
 
W
V
 
-
D
 
-
T
 
-
A
 
-
K
 
R
S
 
S
G
 
N
G
 
R
L
 
I
V
 
V
P
 
G
S
 
S
A
 
L
A
 
V
H
|
H
G
 
G
M
 
-
A
 
A
I
 
V
A
 
A
P
 
P
A
 
E
T
 
S

2b3bC Thermus thermophilus glucose/galactose binding protein with bound glucose (see paper)
32% identity, 87% coverage: 24:383/416 of query aligns to 2:355/392 of 2b3bC

query
sites
2b3bC
E
 
K
V
 
L
E
 
E
V
 
I
L
 
F
H
 
S
Y
x
W
W
 
W
T
 
-
S
 
A
G
 
G
G
 
D
E
|
E
A
 
G
K
 
P
S
 
A
V
 
L
A
 
E
E
 
A
L
 
L
K
 
I
K
 
R
I
 
L
M
 
Y
Q
 
K
G
 
Q
K
 
K
-
 
Y
-
 
P
G
 
G
H
 
V
T
 
E
W
 
V
R
 
I
D
 
N
F
 
A
A
 
T
V
 
V
A
 
T
G
 
G
G
 
G
G
x
A
G
 
G
D
 
V
S
 
N
A
 
A
M
 
R
T
 
A
V
 
V
L
 
L
K
 
K
S
 
T
R
 
R
V
 
M
I
 
L
S
 
G
G
 
G
N
 
D
P
 
P
P
 
P
S
 
D
A
 
T
A
 
F
Q
 
Q
T
 
V
K
x
H
G
 
A
-
 
G
-
 
M
P
 
E
A
 
L
I
 
I
Q
 
G
E
 
T
W
 
W
A
 
V
S
 
V
E
 
A
G
 
N
V
 
R
L
 
M
A
 
E
N
 
D
M
 
L
D
 
S
T
 
A
L
 
L
A
 
F
K
 
R
A
 
Q
E
 
E
K
 
G
W
 
W
D
 
L
E
 
Q
L
 
A
L
 
F
P
 
P
K
 
K
V
 
G
V
 
L
A
 
I
D
 
D
V
 
L
M
 
I
K
 
S
Y
 
Y
K
 
K
G
 
G
A
 
G
Y
 
I
V
 
W
A
 
S
A
 
V
P
 
P
V
 
V
N
 
N
V
 
I
H
 
H
R
 
R
V
 
S
N
 
N
W
 
V
M
 
M
W
 
W
G
 
Y
S
 
L
S
 
P
E
 
A
A
 
K
L
 
L
K
 
K
K
 
G
A
 
W
G
 
G
V
 
V
A
 
N
A
 
P
M
 
-
P
 
P
K
 
R
T
 
T
W
 
W
D
 
D
E
 
K
F
 
F
F
 
L
A
 
A
A
 
T
A
 
C
D
 
Q
K
 
T
L
 
L
K
 
K
A
 
Q
A
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
E
P
 
A
V
 
P
A
 
L
H
 
A
G
 
L
G
 
G
Q
 
E
N
 
N
W
 
W
Q
 
T
D
 
Q
F
 
Q
T
 
H
T
 
L
F
 
W
E
 
E
S
 
S
V
 
V
V
 
A
L
 
L
G
 
A
V
 
V
G
 
L
G
 
G
A
 
P
K
 
-
F
 
-
Y
 
-
Q
 
-
D
 
D
A
 
D
L
 
W
V
 
N
K
 
N
L
 
L
D
 
W
N
 
N
T
 
G
A
 
K
L
 
L
-
 
K
-
 
F
T
 
T
S
 
D
D
 
P
T
 
K
M
 
A
K
 
V
K
 
R
S
 
A
L
 
W
E
 
E
T
 
V
F
 
F
R
 
G
R
 
R
I
 
V
K
 
L
G
 
D
Y
 
C
T
 
A
D
 
N
P
 
K
G
 
D
A
 
A
P
 
A
G
 
G
R
 
L
D
 
S
W
 
W
N
 
Q
L
 
Q
A
 
A
T
 
V
A
 
D
M
 
R
L
 
V
I
 
V
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
G
 
A
F
 
F
Q
 
N
L
 
I
M
 
M
G
 
G
D
 
D
W
|
W
A
 
A
K
 
A
G
 
G
E
 
Y
F
 
M
L
 
T
A
 
T
A
 
T
G
 
L
K
 
K
A
 
L
-
 
K
P
 
P
G
 
G
K
 
T
D
 
D
F
 
F
L
 
A
C
 
W
A
 
A
A
 
P
A
 
S
P
 
P
G
 
G
S
 
T
A
 
Q
N
 
G
A
 
V
F
 
F
T
 
M
F
 
M
N
 
L
V
 
S
D
|
D
S
 
S
F
 
F
I
 
G
L
 
L
F
 
-
K
 
-
L
 
P
K
 
K
D
 
G
A
 
A
A
 
K
A
 
N
Q
 
R
K
 
Q
A
 
N
Q
 
A
S
 
I
D
 
N
L
 
W
A
 
L
S
 
R
S
 
L
I
 
V
M
 
G
S
 
S
P
 
K
A
 
E
F
 
G
Q
 
Q
E
 
D
V
 
T
F
 
S
N
 
N
L
 
P
N
 
L
K
|
K
G
 
G
S
 
S
I
 
I
P
 
A
V
 
A
R
 
R
A
 
L
G
 
D
Q
 
S
P
 
D
M
 
P
D
 
S
K
 
K
F
 
Y
D
 
N
D
 
A
C
 
Y
A
 
G
K
 
Q
A
 
S
S
 
A
A
 
M
K
 
R
D
 
D
F
 
W
V
 
-
D
 
-
T
 
-
A
 
-
K
 
R
S
 
S
G
 
N
G
 
R
L
 
I
V
 
V
P
 
G
S
 
S
A
 
L
A
 
V
H
|
H
G
 
G
M
 
-
A
 
A
I
 
V
A
 
A
P
 
P
A
 
E
T
 
S

2b3bA Thermus thermophilus glucose/galactose binding protein with bound glucose (see paper)
32% identity, 87% coverage: 24:383/416 of query aligns to 2:355/392 of 2b3bA

query
sites
2b3bA
E
 
K
V
 
L
E
 
E
V
 
I
L
 
F
H
 
S
Y
x
W
W
|
W
T
 
-
S
 
A
G
 
G
G
 
D
E
|
E
A
 
G
K
 
P
S
 
A
V
 
L
A
 
E
E
 
A
L
 
L
K
 
I
K
 
R
I
 
L
M
 
Y
Q
 
K
G
 
Q
K
 
K
-
 
Y
-
 
P
G
 
G
H
 
V
T
 
E
W
 
V
R
 
I
D
 
N
F
 
A
A
 
T
V
 
V
A
 
T
G
 
G
G
 
G
G
x
A
G
 
G
D
 
V
S
 
N
A
 
A
M
 
R
T
 
A
V
 
V
L
 
L
K
 
K
S
 
T
R
 
R
V
 
M
I
 
L
S
 
G
G
 
G
N
 
D
P
 
P
P
 
P
S
 
D
A
 
T
A
 
F
Q
 
Q
T
 
V
K
x
H
G
 
A
-
 
G
-
 
M
P
 
E
A
 
L
I
 
I
Q
 
G
E
 
T
W
 
W
A
 
V
S
 
V
E
 
A
G
 
N
V
 
R
L
 
M
A
 
E
N
 
D
M
 
L
D
 
S
T
 
A
L
 
L
A
 
F
K
 
R
A
 
Q
E
 
E
K
 
G
W
 
W
D
 
L
E
 
Q
L
 
A
L
 
F
P
 
P
K
 
K
V
 
G
V
 
L
A
 
I
D
 
D
V
 
L
M
 
I
K
 
S
Y
 
Y
K
 
K
G
 
G
A
 
G
Y
 
I
V
 
W
A
 
S
A
 
V
P
 
P
V
 
V
N
 
N
V
 
I
H
 
H
R
 
R
V
 
S
N
 
N
W
 
V
M
 
M
W
 
W
G
 
Y
S
 
L
S
 
P
E
 
A
A
 
K
L
 
L
K
 
K
K
 
G
A
 
W
G
 
G
V
 
V
A
 
N
A
 
P
M
 
-
P
 
P
K
 
R
T
 
T
W
 
W
D
 
D
E
 
K
F
 
F
F
 
L
A
 
A
A
 
T
A
 
C
D
 
Q
K
 
T
L
 
L
K
 
K
A
 
Q
A
 
K
G
 
G
L
 
L
V
 
E
P
 
A
V
 
P
A
 
L
H
 
A
G
 
L
G
 
G
Q
 
E
N
 
N
W
 
W
Q
 
T
D
 
Q
F
 
Q
T
 
H
T
 
L
F
 
W
E
 
E
S
 
S
V
 
V
V
 
A
L
 
L
G
 
A
V
 
V
G
 
L
G
 
G
A
 
P
K
 
-
F
 
-
Y
 
-
Q
 
-
D
 
D
A
 
D
L
 
W
V
 
N
K
 
N
L
 
L
D
 
W
N
 
N
T
 
G
A
 
K
L
 
L
-
 
K
-
 
F
T
 
T
S
 
D
D
 
P
T
 
K
M
 
A
K
 
V
K
 
R
S
 
A
L
 
W
E
 
E
T
 
V
F
 
F
R
 
G
R
 
R
I
 
V
K
 
L
G
 
D
Y
 
C
T
 
A
D
 
N
P
 
K
G
 
D
A
 
A
P
 
A
G
 
G
R
 
L
D
 
S
W
 
W
N
 
Q
L
 
Q
A
 
A
T
 
V
A
 
D
M
 
R
L
 
V
I
 
V
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
G
 
A
F
 
F
Q
 
N
L
 
I
M
 
M
G
 
G
D
 
D
W
|
W
A
 
A
K
 
A
G
 
G
E
 
Y
F
 
M
L
 
T
A
 
T
A
 
T
G
 
L
K
 
K
A
 
L
-
 
K
P
 
P
G
 
G
K
 
T
D
 
D
F
 
F
L
 
A
C
 
W
A
 
A
A
 
P
A
 
S
P
 
P
G
 
G
S
 
T
A
 
Q
N
 
G
A
 
V
F
 
F
T
 
M
F
 
M
N
 
L
V
 
S
D
|
D
S
 
S
F
 
F
I
 
G
L
 
L
F
 
-
K
 
-
L
 
P
K
 
K
D
 
G
A
 
A
A
 
K
A
 
N
Q
 
R
K
 
Q
A
 
N
Q
 
A
S
 
I
D
 
N
L
 
W
A
 
L
S
 
R
S
 
L
I
 
V
M
 
G
S
 
S
P
 
K
A
 
E
F
 
G
Q
 
Q
E
 
D
V
 
T
F
 
S
N
 
N
L
 
P
N
 
L
K
|
K
G
 
G
S
 
S
I
 
I
P
 
A
V
 
A
R
 
R
A
 
L
G
 
D
Q
 
S
P
 
D
M
 
P
D
 
S
K
 
K
F
 
Y
D
 
N
D
 
A
C
 
Y
A
 
G
K
 
Q
A
 
S
S
 
A
A
 
M
K
 
R
D
 
D
F
 
W
V
 
-
D
 
-
T
 
-
A
 
-
K
 
R
S
 
S
G
 
N
G
 
R
L
 
I
V
 
V
P
 
G
S
 
S
A
 
L
A
 
V
H
|
H
G
 
G
M
 
-
A
 
A
I
 
V
A
 
A
P
 
P
A
 
E
T
 
S

3oo6A Crystal structures and biochemical characterization of the bacterial solute receptor acbh reveal an unprecedented exclusive substrate preference for b-d-galactopyranose (see paper)
26% identity, 52% coverage: 73:287/416 of query aligns to 50:261/390 of 3oo6A

query
sites
3oo6A
S
 
S
R
 
N
V
 
Y
I
 
L
S
 
Q
G
 
G
N
 
T
P
 
P
P
 
D
S
 
S
A
 
L
A
 
A
Q
 
T
-
 
W
T
 
F
K
 
A
G
 
G
P
 
Y
A
x
R
I
 
L
Q
 
Q
E
 
F
W
 
F
A
 
A
S
 
A
E
 
Q
G
 
G
V
 
L
L
 
L
A
 
T
N
 
P
M
 
I
D
 
D
T
 
D
L
 
V
A
 
-
K
 
-
A
 
-
E
 
-
K
 
-
W
 
W
D
 
D
E
 
K
L
 
I
L
 
-
P
 
G
K
 
G
V
 
T
V
 
F
A
 
N
D
 
D
V
 
A
M
 
A
K
 
K
-
 
S
-
 
L
-
 
S
-
 
K
-
 
G
Y
 
L
K
 
D
G
 
G
A
 
H
Y
 
Y
V
 
Y
A
 
L
A
 
V
P
 
P
V
 
L
N
 
-
V
 
-
H
 
Y
R
 
N
V
x
Y
N
 
P
W
|
W
M
 
V
W
 
V
G
 
F
S
 
Y
S
 
N
E
 
K
A
 
S
L
 
V
K
 
F
K
 
Q
A
 
S
G
 
K
V
 
G
A
 
Y
A
 
E
M
 
V
P
 
P
K
 
A
T
 
S
W
 
W
D
 
E
E
 
A
F
 
F
F
 
I
A
 
A
A
 
L
A
 
A
D
 
R
K
 
K
L
 
M
K
 
Q
A
 
S
A
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
V
P
 
P
V
 
L
A
 
A
H
 
F
G
 
A
G
 
D
Q
 
K
N
 
D
-
 
G
W
|
W
Q
 
P
D
 
A
F
 
L
T
 
G
T
 
T
F
 
F
E
 
D
S
 
I
V
 
L
V
 
N
L
 
L
G
 
R
V
 
I
G
 
N
G
 
G
A
 
Y
K
 
D
F
 
-
Y
 
Y
Q
 
H
D
 
I
A
 
K
L
 
L
V
 
M
K
 
K
L
 
H
D
 
E
N
 
-
T
 
V
A
 
P
L
 
W
T
 
T
S
 
D
D
 
P
T
 
G
M
 
V
K
 
T
K
 
K
S
 
V
L
 
F
E
 
D
T
 
Q
F
 
W
R
 
R
R
 
E
I
 
L
K
 
A
G
 
A
Y
 
Y
T
 
Q
D
 
Q
P
 
K
G
 
G
A
 
A
P
 
N
G
 
G
R
 
R
D
 
T
W
 
W
N
 
Q
L
 
D
A
 
A
T
 
A
A
 
K
M
 
A
L
 
L
I
 
E
Q
 
N
G
 
K
K
 
Q
A
 
A
G
 
G
F
 
M
Q
 
M
L
 
F
M
 
Q
G
 
G
D
 
S
W
 
N
A
 
Q
K
 
V
G
 
A
E
 
A
F
 
N
L
 
Y
A
 
S
A
 
A
G
 
K
K
 
N
A
 
L
P
 
P
G
 
D
K
 
L
D
 
D
F
 
F
L
 
F
C
 
V
A
 
F
A
 
P
A
 
A

Sites not aligning to the query:

7ehqA Chitin oligosaccharide binding protein (see paper)
28% identity, 51% coverage: 71:281/416 of query aligns to 55:266/406 of 7ehqA

query
sites
7ehqA
L
 
L
K
 
K
S
 
A
R
 
E
V
 
M
I
 
A
S
 
A
G
 
G
N
 
K
P
 
P
P
 
P
S
 
Q
A
 
I
A
 
F
Q
 
N
T
 
L
K
x
F
G
 
G
P
 
G
A
 
A
-
 
D
I
 
T
Q
 
Q
E
 
N
W
 
Y
A
 
A
S
 
K
E
 
A
G
 
G
V
 
H
L
 
L
A
 
L
N
 
P
M
 
L
D
 
N
T
 
D
L
 
I
A
 
L
K
 
K
A
 
E
-
 
L
-
 
G
-
 
L
-
 
E
E
 
D
K
 
K
W
 
F
D
 
F
E
 
E
L
 
L
L
 
R
P
 
E
K
 
F
V
 
T
V
 
V
A
 
-
D
 
-
V
 
-
M
 
-
K
 
-
Y
 
-
K
 
D
G
 
G
A
 
K
Y
 
I
V
 
Y
A
 
G
A
 
L
P
 
P
V
 
-
N
 
E
V
 
A
H
 
G
R
x
F
V
 
V
N
 
E
W
 
G
M
 
F
W
 
Y
G
 
Y
S
 
N
S
 
T
E
 
K
A
 
L
L
 
F
K
 
A
K
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
T
A
 
S
M
 
A
P
 
P
K
 
K
T
 
T
W
 
W
D
 
D
E
 
E
F
 
F
F
 
T
A
 
K
A
 
A
A
 
L
D
 
E
K
 
A
L
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
K
G
 
N
L
 
I
V
 
T
P
 
P
V
 
I
A
 
A
H
 
L
G
 
G
-
 
G
-
 
G
-
 
S
G
 
G
Q
 
D
N
 
G
W
|
W
Q
 
A
D
 
I
F
 
N
T
 
M
T
 
L
F
 
A
E
 
N
S
 
S
V
 
L
V
 
F
L
 
V
G
 
A
V
 
T
G
 
A
G
 
G
A
 
P
K
 
E
F
 
-
Y
 
A
Q
 
Q
D
 
E
A
 
G
L
 
F
V
 
A
K
 
K
L
 
-
D
 
-
N
 
-
T
 
-
A
 
G
L
 
T
T
 
T
S
 
K
D
 
W
T
 
T
M
 
D
K
 
P
K
 
A
S
 
V
L
 
L
E
 
D
T
 
G
F
 
F
R
 
K
R
 
R
I
 
L
-
 
K
-
 
D
-
 
L
-
 
K
-
 
D
K
 
K
G
 
G
Y
 
Y
T
 
I
D
 
D
P
 
P
G
 
N
A
 
V
P
 
L
G
 
G
R
 
L
D
 
K
W
 
Y
N
 
S
L
 
E
A
 
G
T
 
Q
A
 
A
M
 
K
L
 
F
I
 
Y
Q
 
T
G
 
G
K
 
Q
A
 
A
G
 
A
F
 
M
Q
 
L
L
 
F
M
 
D
G
 
G
D
 
S
W
|
W
A
 
A
K
 
T
G
 
S
E
 
A
F
 
I
L
 
L
A
 
D
A
 
K
G
 
D
K
 
K
A
 
S
P
 
T
G
 
V
K
 
K
D
 
D

Sites not aligning to the query:

3vxcA Crystal structure of xylobiose-bxle complex from streptomyces thermoviolaceus opc-520
31% identity, 38% coverage: 159:318/416 of query aligns to 138:320/398 of 3vxcA

query
sites
3vxcA
P
 
P
K
 
T
T
 
T
W
 
W
D
 
D
E
 
Q
F
 
L
F
 
L
A
 
D
A
 
N
A
 
V
D
 
A
K
 
K
L
 
L
K
 
K
A
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
V
V
 
T
P
 
P
V
 
F
A
 
A
H
 
L
G
 
G
G
 
G
-
 
V
Q
 
E
N
 
I
W
|
W
Q
 
P
D
 
E
F
 
L
T
 
M
T
 
W
F
 
L
E
 
E
S
 
Y
V
 
L
V
 
V
L
 
D
G
 
R
V
 
I
G
 
G
G
 
G
A
 
P
K
 
Q
F
 
V
Y
 
F
Q
 
-
D
 
D
A
 
K
L
 
I
V
 
R
K
 
N
L
 
G
D
 
D
N
 
A
T
 
S
A
 
G
L
 
W
T
 
G
S
 
D
D
 
P
T
 
A
M
 
V
K
 
L
K
 
K
S
 
A
L
 
A
E
 
Q
T
 
T
F
 
V
R
 
K
R
 
Q
I
 
L
K
 
-
G
 
-
Y
 
-
T
 
V
D
 
D
P
 
E
G
 
G
A
 
A
P
 
F
G
 
G
R
 
K
D
 
G
W
 
F
N
 
S
L
 
S
-
 
V
-
 
S
-
 
Y
-
 
N
-
 
N
-
 
G
-
 
G
A
 
A
T
 
P
A
 
A
M
 
L
L
 
L
I
 
A
Q
 
K
G
 
G
K
 
K
A
 
A
G
 
G
F
 
M
Q
 
H
L
 
L
M
 
M
G
 
G
D
 
S
W
|
W
A
 
E
K
 
Y
G
 
S
E
 
T
F
 
Q
L
 
L
A
 
-
A
 
-
G
 
G
K
 
K
A
 
F
P
 
P
G
 
D
-
 
F
-
 
A
-
 
K
K
 
K
D
 
D
F
 
L
L
 
G
C
 
W
A
 
C
A
 
A
A
 
F
P
 
P
G
 
S
-
 
F
-
 
E
-
 
G
-
 
G
-
 
A
-
 
G
-
 
D
-
 
I
-
 
R
-
 
N
-
 
V
-
 
V
-
 
G
-
 
N
-
 
P
-
 
C
-
x
N
-
 
Y
-
 
W
S
 
S
A
 
V
N
 
N
A
 
A
F
 
R
T
 
T
F
 
G
N
 
N
V
 
K
D
 
D
S
 
G
F
 
A
I
 
I
L
 
A
F
 
F
K
 
-
L
 
L
K
 
R
D
 
D
A
 
C
A
 
A
A
 
S
Q
 
E
K
 
A
A
 
Y
Q
 
T
S
 
K
D
 
D
L
 
L

Sites not aligning to the query:

4g68A Biochemical and structural insights into xylan utilization by the thermophilic bacteriumcaldanaerobius polysaccharolyticus (see paper)
26% identity, 50% coverage: 64:273/416 of query aligns to 41:249/392 of 4g68A

query
sites
4g68A
G
x
N
D
 
D
S
 
A
A
 
Y
M
x
K
T
 
T
V
 
K
L
 
I
K
 
K
S
 
A
R
 
A
V
 
I
I
 
A
S
 
A
G
 
N
N
 
E
P
 
A
P
 
P
S
 
D
A
 
I
A
 
F
Q
 
Q
T
 
T
-
x
W
K
 
A
G
 
G
P
 
G
A
 
F
I
 
S
Q
 
Q
E
 
P
W
 
F
A
 
V
S
 
E
E
 
A
G
 
G
V
 
K
L
 
V
A
 
L
N
 
Q
M
 
L
D
 
D
T
 
S
L
 
Y
A
 
L
K
 
N
A
 
D
E
 
G
K
 
T
W
 
K
D
 
D
E
 
Q
L
 
L
L
 
L
P
 
P
K
 
G
V
 
S
V
 
F
A
 
-
D
 
D
V
 
N
M
 
V
K
 
T
Y
 
Y
K
 
N
G
 
G
A
 
K
Y
 
I
V
 
Y
A
 
G
A
 
I
P
 
P
V
 
F
N
 
D
V
 
-
H
 
Q
R
x
Q
V
 
A
N
 
S
W
 
V
M
 
L
W
 
Y
G
 
I
S
 
N
S
 
K
E
 
E
A
 
L
L
 
F
K
 
D
K
 
K
A
 
Y
G
 
N
V
 
V
A
 
K
A
 
-
M
 
V
P
 
P
K
 
T
T
 
T
W
 
F
D
 
S
E
 
E
F
 
L
F
 
I
A
 
D
A
 
A
A
 
I
D
 
K
K
 
T
L
 
F
K
 
K
A
 
S
A
 
K
G
 
G
L
 
V
V
 
T
P
 
P
V
 
F
A
 
A
H
 
L
G
 
G
G
 
E
Q
 
K
N
 
D
-
 
E
W
|
W
Q
 
P
D
 
G
F
 
M
T
x
W
T
 
Y
F
 
Y
E
 
D
S
 
M
V
 
I
V
 
A
L
 
L
G
 
R
V
 
E
G
 
G
G
 
G
A
 
V
K
 
Q
F
 
L
Y
 
T
Q
 
R
D
 
D
A
 
A
L
 
L
-
 
N
-
 
G
-
 
K
V
 
A
K
 
S
L
 
F
D
 
D
N
 
N
T
 
Q
A
 
A
L
 
F
T
 
T
S
 
-
D
 
D
T
 
A
M
 
A
K
 
Q
K
 
K
S
 
L
L
 
Q
E
 
D
T
 
M
F
 
V
R
 
N
R
 
A
I
 
-
K
 
-
G
 
G
Y
 
A
T
 
F
D
 
D
P
 
S
G
 
G
A
 
F
P
 
M
G
 
G
R
 
L
D
 
T
W
x
R
N
 
D
L
 
E
A
 
A
T
 
T
A
 
A
M
 
E
L
 
F
I
 
N
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
A
 
A
G
 
A
F
 
M
Q
 
Y
L
 
F
M
 
G
G
 
G
D
 
N
W
x
F
A
 
D
K
 
A
G
 
A
E
 
A
F
 
F
L
 
V
A
 
S

Sites not aligning to the query:

4c1tA Structure of the xylo-oligosaccharide specific solute binding protein from bifidobacterium animalis subsp. Lactis bl-04 in complex with arabinoxylotriose (see paper)
28% identity, 35% coverage: 126:269/416 of query aligns to 105:251/396 of 4c1tA

query
sites
4c1tA
Y
 
F
K
 
D
G
 
G
A
 
K
Y
 
V
V
 
Y
A
 
G
A
 
V
P
 
P
V
 
V
N
 
S
V
 
V
H
 
E
R
 
P
V
 
-
N
 
G
W
 
G
M
 
M
W
 
W
G
 
Y
S
 
S
S
 
K
E
 
D
A
 
L
L
 
F
K
 
K
K
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
V
A
 
S
A
 
D
M
 
V
P
 
P
K
 
A
T
 
T
W
 
Y
D
 
E
E
 
E
F
 
L
F
 
L
A
 
A
A
 
D
A
 
A
D
 
K
K
 
K
L
 
L
K
 
K
A
 
D
A
 
S
G
 
G
L
 
T
V
 
D
P
 
A
V
 
I
A
 
A
H
 
L
G
 
G
G
 
A
Q
 
K
N
 
D
-
 
A
W
|
W
Q
 
P
D
 
A
F
 
A
T
x
H
T
 
W
F
 
Y
E
 
Y
S
 
W
V
 
L
V
 
V
L
 
L
G
 
R
V
 
E
G
 
C
G
 
S
A
 
P
K
 
E
F
 
V
Y
 
Y
Q
 
D
D
 
K
A
 
S
L
 
V
V
 
Q
K
 
D
L
 
H
D
 
D
N
 
F
T
 
S
A
 
N
L
 
A
T
 
C
S
 
W
D
 
V
T
 
N
M
 
A
K
 
G
K
 
K
S
 
K
L
 
L
E
 
Q
T
 
E
F
 
L
R
 
K
R
 
D
I
 
L
K
 
K
G
 
V
Y
 
F
T
 
N
D
 
D
-
 
G
-
 
F
-
 
L
P
 
T
G
 
T
A
 
T
P
 
A
G
x
Q
R
 
Q
D
 
G
W
 
A
N
 
N
L
 
S
A
 
S
T
 
A
A
 
G
M
 
L
L
 
L
I
 
A
Q
 
N
G
 
H
K
 
K
A
 
A
G
 
A
F
 
M
Q
 
E
L
 
L
M
 
M
G
 
G
D
 
A
W
|
W
A
 
E
K
 
P
G
 
G

Sites not aligning to the query:

1eljA The crystal structure of liganded maltodextrin-binding protein from pyrococcus furiosus (see paper)
25% identity, 49% coverage: 71:275/416 of query aligns to 50:239/380 of 1eljA

query
sites
1eljA
L
 
L
K
 
K
S
 
A
R
 
A
V
 
I
I
 
P
S
 
T
G
 
G
N
 
Q
P
 
G
P
 
P
S
 
D
A
 
L
A
 
F
Q
 
I
T
 
W
K
 
A
G
 
H
P
x
D
A
x
W
I
 
I
Q
 
G
E
 
K
W
 
F
A
 
A
S
 
E
E
 
A
G
 
G
V
 
L
L
 
L
A
 
E
N
 
P
M
 
I
D
 
D
T
 
E
L
 
Y
A
 
V
K
 
T
A
 
E
E
 
D
K
 
L
W
 
L
D
 
N
E
 
E
L
 
F
L
 
A
P
 
P
K
 
-
V
 
M
V
 
A
A
 
Q
D
 
D
V
 
A
M
 
M
K
 
Q
Y
 
Y
K
 
K
G
 
G
A
 
H
Y
 
Y
V
 
Y
A
 
A
A
 
L
P
 
P
V
 
F
N
 
A
V
 
A
H
x
E
R
 
T
V
 
V
N
 
A
W
 
I
M
 
I
W
 
Y
G
 
N
S
 
-
S
 
-
E
 
-
A
 
-
L
 
-
K
 
-
K
 
K
A
 
E
G
 
M
V
 
V
A
 
S
A
 
E
M
 
P
P
 
P
K
 
K
T
 
T
W
 
F
D
 
D
E
 
E
F
 
M
F
 
K
A
 
A
A
 
I
A
 
M
D
 
E
K
 
K
L
 
Y
K
 
Y
A
 
D
A
 
P
G
 
A
L
 
-
V
 
-
P
 
-
V
 
N
A
 
E
H
 
K
G
 
Y
G
 
G
Q
 
I
N
 
A
W
 
W
Q
 
P
D
 
I
F
x
N
T
 
A
T
x
Y
F
 
F
E
 
I
S
 
S
V
 
A
V
 
I
L
 
A
G
 
Q
V
 
A
G
 
F
G
 
G
A
 
G
K
 
Y
F
 
Y
Y
 
F
Q
 
D
D
 
D
A
 
-
L
 
-
V
 
-
K
 
K
L
 
T
D
 
E
N
 
Q
T
 
P
A
 
G
L
 
L
-
 
D
T
 
K
S
 
P
D
 
E
T
 
T
M
 
I
K
 
E
K
 
G
S
 
F
L
 
K
E
 
F
T
 
F
F
 
F
R
 
T
R
 
E
I
 
I
K
 
W
G
 
P
Y
 
Y
T
 
M
D
 
-
P
 
-
G
 
-
A
 
A
P
 
P
G
 
T
R
 
G
D
 
D
W
 
Y
N
 
N
L
 
T
A
 
Q
T
 
Q
A
 
S
M
 
I
L
 
F
I
 
L
Q
 
E
G
 
G
K
 
R
A
 
A
G
 
P
F
 
M
Q
 
M
L
 
V
M
 
N
G
 
G
D
 
P
W
|
W
A
 
S
K
 
I
G
 
N
E
 
D
F
 
V
L
 
K
A
 
K
A
 
A
G
 
G

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>Ac3H11_2062 FitnessBrowser__acidovorax_3H11:Ac3H11_2062
MWKMTKIAAVAVGLAAAMSASAGEVEVLHYWTSGGEAKSVAELKKIMQGKGHTWRDFAVA
GGGGDSAMTVLKSRVISGNPPSAAQTKGPAIQEWASEGVLANMDTLAKAEKWDELLPKVV
ADVMKYKGAYVAAPVNVHRVNWMWGSSEALKKAGVAAMPKTWDEFFAAADKLKAAGLVPV
AHGGQNWQDFTTFESVVLGVGGAKFYQDALVKLDNTALTSDTMKKSLETFRRIKGYTDPG
APGRDWNLATAMLIQGKAGFQLMGDWAKGEFLAAGKAPGKDFLCAAAPGSANAFTFNVDS
FILFKLKDAAAQKAQSDLASSIMSPAFQEVFNLNKGSIPVRAGQPMDKFDDCAKASAKDF
VDTAKSGGLVPSAAHGMAIAPATEGAIKDVVSQFWNDDKVSVADAMKKIAAAAKTK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory