SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing BWI76_RS26550 FitnessBrowser__Koxy:BWI76_RS26550 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 1 hits to proteins with known functional sites (download)

Q9FMF7 Dicarboxylate transporter 2.1, chloroplastic; AtpDCT1; Glutamate/malate translocator from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see paper)
34% identity, 99% coverage: 5:464/464 of query aligns to 95:562/563 of Q9FMF7

query
sites
Q9FMF7
K
 
K
L
 
L
L
 
I
P
 
P
I
 
L
I
 
I
F
 
L
F
 
S
P
 
I
-
 
S
-
 
V
-
 
G
-
 
L
V
 
I
L
 
L
F
 
R
W
 
F
I
 
A
I
 
V
P
 
P
H
 
V
P
 
P
E
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
T
A
 
P
P
 
Q
T
 
G
W
 
W
H
 
Q
M
 
L
V
 
L
G
 
S
I
 
I
Y
 
F
L
 
L
A
 
S
M
 
T
L
 
I
C
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
V
L
 
L
R
 
S
P
 
P
F
 
L
T
 
P
D
 
V
A
 
G
V
 
A
I
 
W
M
 
A
L
 
F
I
 
I
I
 
G
L
 
L
G
 
T
F
 
-
A
 
A
S
 
S
L
 
I
V
 
V
-
 
T
-
 
K
-
 
T
L
 
L
D
 
S
P
 
F
A
 
S
P
 
A
L
 
A
F
 
F
A
 
S
G
 
A
F
 
F
G
 
T
S
 
S
P
 
E
M
 
V
V
 
I
W
 
W
F
 
L
I
 
I
I
 
V
S
 
I
A
 
S
F
 
F
I
 
F
I
 
F
C
 
A
K
 
R
A
 
G
F
 
F
V
 
V
I
 
K
T
 
T
G
 
G
L
 
L
G
 
G
K
 
D
R
 
R
I
 
I
A
 
A
Y
 
T
L
 
Y
L
 
F
L
 
V
K
 
K
R
 
W
Y
 
L
G
|
G
K
 
K
N
 
S
T
 
T
L
 
L
T
 
G
L
 
L
G
 
S
Y
 
Y
L
 
G
M
 
L
M
 
T
V
 
L
T
 
S
D
 
E
T
 
A
V
 
L
L
 
I
A
 
A
P
 
P
A
 
A
T
 
M
G
 
P
S
 
S
N
 
T
M
 
T
S
 
A
R
 
R
S
 
A
G
 
G
G
 
G
I
 
I
T
 
F
Y
 
L
P
 
P
I
 
I
F
 
I
R
 
K
N
 
S
I
 
L
A
 
S
E
 
L
A
 
S
L
 
A
G
 
G
S
 
S
K
 
K
P
 
P
D
 
N
D
 
D
G
 
S
S
 
S
-
 
S
R
 
R
K
 
K
I
 
L
G
 
G
A
 
S
Y
 
Y
L
 
L
T
 
I
I
 
Q
L
 
S
M
 
Q
Y
 
F
V
 
Q
V
 
C
S
 
A
M
 
G
G
 
N
T
 
S
S
 
S
S
 
A
L
 
L
F
 
F
L
 
L
T
 
T
G
 
A
M
 
A
A
 
A
T
 
Q
N
 
N
S
 
L
I
 
L
T
 
C
V
 
L
S
 
K
L
 
L
A
 
A
N
 
E
E
 
E
I
 
L
-
 
G
M
 
V
K
 
V
V
 
I
N
 
S
L
 
N
E
 
P
W
 
W
M
 
V
T
 
S
W
 
W
F
 
F
K
 
K
A
 
A
A
 
A
V
 
S
V
 
L
P
 
P
A
 
A
G
 
I
L
 
I
V
 
S
L
 
L
L
 
L
L
 
C
A
 
T
P
 
P
W
 
L
I
 
I
L
 
L
Y
 
Y
K
 
K
I
 
L
Y
 
Y
A
 
P
P
 
P
E
 
E
L
 
T
K
 
K
V
 
D
I
 
T
D
 
P
N
 
E
V
 
A
N
 
P
E
 
G
I
 
I
A
 
A
E
 
A
K
 
T
G
 
K
L
 
L
C
 
K
E
 
Q
L
 
M
G
 
G
P
 
P
V
 
V
K
 
T
R
 
K
E
 
N
E
 
E
K
 
W
L
 
I
L
 
M
I
 
V
V
 
G
F
 
T
F
 
M
I
 
L
L
 
L
G
 
A
V
 
V
L
 
T
G
 
L
W
 
W
M
 
I
T
 
C
G
 
G
S
 
E
I
 
T
T
 
L
G
 
G
I
 
I
A
 
P
F
 
S
I
 
V
P
 
V
V
 
A
G
 
A
L
 
M
A
 
I
F
 
G
L
 
L
A
 
S
C
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
V
F
 
L
G
 
G
V
 
V
L
 
L
S
 
N
W
 
W
N
 
D
D
 
D
V
 
C
V
 
L
S
 
S
E
 
E
K
 
K
S
 
S
A
 
A
W
 
W
Q
 
D
T
 
T
F
 
L
V
 
A
W
 
W
Y
 
F
G
 
A
A
 
V
F
 
L
Y
 
V
G
 
G
C
 
M
A
 
A
V
 
G
A
 
Q
L
 
L
S
 
T
K
 
N
G
 
L
G
 
G
F
 
V
Y
 
V
V
 
T
F
 
W
L
 
M
V
 
S
D
 
D
V
 
C
I
 
V
K
 
A
N
 
K
Y
 
V
L
 
L
D
 
Q
L
 
S
S
 
L
H
 
S
L
 
L
N
 
S
E
 
W
I
 
P
S
 
A
A
 
A
I
 
F
A
 
G
V
 
L
L
 
L
V
 
Q
F
 
A
I
 
A
S
 
Y
L
 
F
A
 
F
V
 
I
R
 
H
Y
 
Y
F
 
L
F
 
F
V
 
A
S
 
S
N
 
Q
S
 
T
A
 
G
F
 
H
V
 
V
V
 
G
S
 
A
F
 
L
Y
 
F
P
 
S
V
 
A
L
 
F
F
 
L
T
 
A
L
 
M
G
 
H
M
 
I
T
 
A
T
 
A
Q
 
G
A
 
V
H
 
P
P
 
G
M
 
I
Y
 
L
V
 
A
A
 
A
L
 
L
S
 
A
L
 
L
A
 
A
F
 
Y
S
 
N
A
 
T
G
 
N
Y
 
L
G
 
F
A
 
G
L
 
A
L
 
L
T
 
T
H
 
H
Y
 
Y
G
 
S
N
 
S
G
 
G
A
 
Q
G
 
A
V
 
A
F
 
V
T
 
Y
F
 
Y
S
 
G
S
 
A
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
P
 
D
Q
 
L
K
 
P
T
 
D
F
 
V
W
 
F
M
 
K
L
 
I
G
 
G
T
 
F
I
 
V
M
 
M
V
 
A
V
 
T
V
 
I
N
 
N
V
 
A
L
 
I
I
 
I
F
 
W
F
 
G
L
 
V
I
 
V
G
 
G
I
 
T
P
 
F
Y
 
W
W
 
W
K
 
K
F
 
F
I
 
L
G
 
G
I
 
L

Query Sequence

>BWI76_RS26550 FitnessBrowser__Koxy:BWI76_RS26550
MLYLKLLPIIFFPVLFWIIPHPEGVAAPTWHMVGIYLAMLCGLVLRPFTDAVIMLIILGF
ASLVLDPAPLFAGFGSPMVWFIISAFIICKAFVITGLGKRIAYLLLKRYGKNTLTLGYLM
MVTDTVLAPATGSNMSRSGGITYPIFRNIAEALGSKPDDGSRKIGAYLTILMYVVSMGTS
SLFLTGMATNSITVSLANEIMKVNLEWMTWFKAAVVPAGLVLLLAPWILYKIYAPELKVI
DNVNEIAEKGLCELGPVKREEKLLIVFFILGVLGWMTGSITGIAFIPVGLAFLACLLLFG
VLSWNDVVSEKSAWQTFVWYGAFYGCAVALSKGGFYVFLVDVIKNYLDLSHLNEISAIAV
LVFISLAVRYFFVSNSAFVVSFYPVLFTLGMTTQAHPMYVALSLAFSAGYGALLTHYGNG
AGVFTFSSGYVPQKTFWMLGTIMVVVNVLIFFLIGIPYWKFIGI

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory