SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Echvi_0300 FitnessBrowser__Cola:Echvi_0300 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4yerA Crystal structure of an abc transporter atp-binding protein (tm_1403) from thermotoga maritima msb8 at 2.35 a resolution
35% identity, 74% coverage: 5:230/305 of query aligns to 7:234/285 of 4yerA

query
sites
4yerA
V
 
V
K
 
E
E
 
N
L
 
L
S
 
V
K
 
K
Y
 
K
Y
x
F
G
 
G
Q
 
D
Q
x
F
R
 
E
A
 
A
L
 
V
K
 
K
E
 
G
V
 
V
S
 
S
F
 
F
T
 
S
A
 
V
E
 
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
E
V
 
I
L
 
F
G
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
T
 
T
M
 
I
K
 
H
I
 
M
A
 
L
A
 
T
G
 
T
Y
 
L
L
 
L
L
 
K
P
 
P
D
 
T
G
 
S
G
 
G
D
 
K
V
 
A
L
 
W
V
 
V
N
 
A
G
 
G
V
 
H
S
 
D
V
 
V
M
 
L
D
 
K
H
 
E
P
 
P
Q
 
R
E
 
E
V
 
V
S
 
R
K
 
R
M
 
K
I
 
I
G
 
G
Y
 
I
L
 
V
P
 
F
E
 
Q
H
 
D
N
 
Q
P
 
S
L
 
L
Y
 
D
L
 
R
E
 
E
M
 
L
Y
 
T
V
 
A
R
 
Y
E
 
E
F
 
N
L
 
M
S
 
Y
F
 
I
M
 
H
A
 
G
G
 
K
L
 
I
Y
 
Y
Q
 
G
L
 
Y
K
 
G
G
 
G
K
 
E
K
 
K
A
 
L
K
 
K
A
 
K
R
 
R
I
 
I
D
 
L
G
 
E
V
 
L
V
 
L
E
 
E
A
 
F
C
 
V
G
 
E
L
 
L
G
 
L
D
 
E
E
 
F
Q
 
K
H
 
D
K
 
K
K
 
P
I
 
V
G
 
K
A
x
T
L
x
F
S
|
S
K
 
G
G
 
G
Y
 
M
R
 
A
Q
 
R
R
 
R
V
 
L
G
 
E
L
 
I
A
 
A
K
 
R
A
 
S
L
 
L
V
 
I
H
 
H
D
 
E
P
 
P
A
 
E
V
 
V
I
 
L
I
 
F
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
I
G
 
G
L
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
H
Q
 
T
L
 
R
V
 
A
D
 
H
I
 
M
R
 
W
K
 
E
L
 
Y
I
 
I
K
 
S
S
 
K
I
 
M
S
 
K
A
 
K
E
 
E
K
 
H
-
 
N
-
 
M
T
 
T
L
 
I
V
 
F
L
 
L
S
 
T
T
 
T
H
 
H
V
 
Y
M
 
M
Q
 
D
E
 
E
V
 
A
E
 
E
A
 
Q
L
 
L
C
 
A
E
 
D
K
 
R
V
 
V
V
 
A
I
 
I
I
 
I
H
 
D
Q
 
H
G
 
G
N
 
K
V
 
I
V
 
I
S
 
A
Q
 
L
D
 
G
L
 
T
L
 
P
A
 
T
N
 
E
L
 
L
K
 
K
S
 
R
D
 
M
N
 
V
S
 
G
E
 
K
M
 
E
V
 
I
L
 
I
Y
 
Y
L
 
V

P34358 ABC transporter ced-7; Cell death protein 7 from Caenorhabditis elegans (see 2 papers)
35% identity, 69% coverage: 5:213/305 of query aligns to 548:758/1704 of P34358

query
sites
P34358
V
 
V
K
 
R
E
 
N
L
 
L
S
 
V
K
 
K
Y
 
I
Y
 
W
G
 
S
Q
 
T
-
 
T
-
 
G
Q
 
E
R
 
R
A
 
A
L
 
V
K
 
D
E
 
G
V
 
L
S
 
S
F
 
L
T
 
R
A
 
A
E
 
V
K
 
R
G
 
G
Q
 
Q
V
 
C
L
 
S
G
 
I
F
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
H
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
T
 
T
M
 
F
K
 
S
I
 
S
A
 
I
A
 
A
G
 
G
Y
 
I
L
 
I
L
 
R
P
 
P
D
 
T
G
 
N
G
 
G
D
 
R
V
 
I
L
 
T
V
 
I
N
 
C
G
 
G
V
 
Y
S
 
D
V
 
V
M
 
G
D
 
N
H
 
E
P
 
P
Q
 
G
E
 
E
V
 
T
S
 
R
K
 
R
M
 
H
I
 
I
G
 
G
Y
 
M
L
 
C
P
 
P
E
 
Q
H
 
Y
N
 
N
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
L
 
D
E
 
Q
M
 
L
Y
 
T
V
 
V
R
 
S
E
|
E
F
 
H
L
 
L
S
 
K
F
 
L
M
 
V
A
 
Y
G
 
G
L
 
L
Y
 
K
Q
 
G
L
 
A
K
 
R
G
 
E
K
 
K
K
 
D
A
 
F
K
 
K
A
 
Q
R
 
D
I
 
M
D
 
K
G
 
R
V
 
L
V
 
L
E
 
S
A
 
D
C
 
V
G
 
K
L
 
L
G
 
D
D
 
F
E
 
K
Q
 
E
H
 
N
K
 
E
K
 
K
I
 
A
G
 
V
A
 
N
L
 
L
S
 
S
K
 
G
G
 
G
Y
 
M
R
 
K
Q
 
R
R
 
K
V
 
L
G
 
C
L
 
V
A
 
C
K
 
M
A
 
A
L
 
L
V
 
I
H
 
G
D
 
D
P
 
S
A
 
E
V
 
V
I
 
V
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
A
G
 
G
L
 
M
D
 
D
P
 
P
N
 
G
Q
 
A
L
 
R
V
 
Q
D
 
D
I
 
V
R
 
Q
K
 
K
L
 
L
I
 
V
K
 
E
S
 
R
I
 
E
S
 
K
A
 
A
E
 
N
K
 
R
T
 
T
L
 
I
V
 
L
L
 
L
S
 
T
T
 
T
H
 
H
V
 
Y
M
 
M
Q
 
D
E
 
E
V
 
A
E
 
E
A
 
R
L
 
L
C
 
G
E
 
D
K
 
W
V
 
V
V
 
F
I
 
I
I
 
M
H
 
S
Q
 
H
G
 
G
N
 
K
V
 
L
V
 
V
S
 
A
Q
 
S

Sites not aligning to the query:

F1MWM0 Retinal-specific phospholipid-transporting ATPase ABCA4; ATP-binding cassette sub-family A member 4; RIM ABC transporter; RIM protein; RmP; Retinal-specific ATP-binding cassette transporter; EC 7.6.2.1 from Bos taurus (Bovine) (see 2 papers)
36% identity, 68% coverage: 5:210/305 of query aligns to 931:1138/2281 of F1MWM0

query
sites
F1MWM0
V
 
V
K
 
K
E
 
N
L
 
L
S
 
V
K
 
K
Y
 
I
-
 
F
-
 
E
-
 
P
Y
 
Y
G
 
G
Q
 
R
Q
 
P
R
 
-
A
 
A
L
 
V
K
 
D
E
 
R
V
 
L
S
 
N
F
 
I
T
 
T
A
 
F
E
 
Y
K
 
E
G
 
S
Q
 
Q
V
 
I
L
 
T
G
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
H
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
T
 
T
M
 
L
K
 
S
I
 
I
A
 
M
A
 
T
G
 
G
Y
 
L
L
 
L
L
 
P
P
 
P
D
 
T
G
 
S
G
 
G
D
 
T
V
 
V
L
 
L
V
 
V
N
 
G
G
 
G
V
 
K
S
 
D
V
 
I
M
 
E
D
 
T
H
 
N
P
 
L
Q
 
D
E
 
A
V
 
I
S
 
R
K
 
Q
M
 
S
I
 
L
G
 
G
Y
 
M
L
 
C
P
 
P
E
 
Q
H
 
H
N
 
N
P
 
I
L
 
L
Y
 
F
L
 
H
E
 
H
M
 
L
Y
 
T
V
 
V
R
 
A
E
 
E
F
 
H
L
 
I
S
 
L
F
 
F
M
 
Y
A
 
A
G
 
-
L
 
-
Y
 
-
Q
 
Q
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
R
-
 
S
-
 
W
-
 
D
K
 
K
A
 
A
K
 
Q
A
 
L
R
 
E
I
 
M
D
 
E
G
 
A
V
 
M
V
 
L
E
 
E
A
 
D
C
 
T
G
 
G
L
 
L
G
 
H
D
 
H
E
 
K
Q
 
R
H
 
N
K
 
E
K
 
E
I
 
A
G
 
Q
A
 
D
L
 
L
S
 
S
K
 
G
G
 
G
Y
 
V
R
 
Q
Q
 
R
R
 
K
V
 
L
G
 
S
L
 
V
A
 
A
K
 
I
A
 
A
L
 
F
V
 
V
H
 
G
D
 
D
P
 
A
A
 
K
V
 
V
I
 
V
I
 
V
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
S
G
 
G
L
 
V
D
 
D
P
 
P
N
 
Y
Q
 
S
L
 
R
V
 
R
D
 
S
I
 
I
R
 
W
K
 
D
L
 
L
I
 
L
K
 
L
S
 
K
I
 
Y
S
 
R
A
 
S
E
 
G
K
 
R
T
 
T
L
 
I
V
 
I
L
 
M
S
 
S
T
 
T
H
 
H
V
 
H
M
 
M
Q
 
D
E
 
E
V
 
A
E
 
D
A
 
I
L
 
L
C
 
G
E
 
D
K
 
R
V
 
I
V
 
A
I
 
I
I
 
I
H
 
S
Q
 
Q
G
 
G
N
 
R
V
 
L

Sites not aligning to the query:

7m1qA Human abca4 structure in complex with n-ret-pe (see paper)
36% identity, 65% coverage: 12:210/305 of query aligns to 816:1014/1911 of 7m1qA

query
sites
7m1qA
Y
 
Y
G
 
G
Q
 
T
Q
 
P
R
 
L
A
 
P
L
 
W
K
 
Y
E
 
F
V
 
L
S
 
N
F
 
I
T
 
T
A
 
F
E
 
Y
K
 
E
G
 
N
Q
 
Q
V
 
I
L
 
T
G
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
H
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
T
 
T
M
 
L
K
 
S
I
 
I
A
 
L
A
 
T
G
 
G
Y
 
L
L
 
L
L
 
P
P
 
P
D
 
T
G
 
S
G
 
G
D
 
T
V
 
V
L
 
L
V
 
V
N
 
G
G
 
G
V
 
R
S
 
D
V
 
I
M
 
E
D
 
T
H
 
S
P
 
L
Q
 
D
E
 
A
V
 
V
S
 
R
K
 
Q
M
 
S
I
 
L
G
 
G
Y
 
M
L
 
C
P
 
P
E
 
Q
H
 
H
N
 
N
P
 
I
L
 
L
Y
 
F
L
 
H
E
 
H
M
 
L
Y
 
T
V
 
V
R
 
A
E
 
E
F
 
H
L
 
M
S
 
L
F
 
F
M
 
Y
A
 
A
G
 
-
L
 
-
Y
 
-
Q
 
Q
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
-
 
S
-
 
Q
-
 
E
K
 
E
A
 
A
K
 
Q
A
 
L
R
 
E
I
 
M
D
 
E
G
 
A
V
 
M
V
 
L
E
 
E
A
 
D
C
 
T
G
 
G
L
 
L
G
 
H
D
 
H
E
 
K
Q
 
R
H
 
N
K
 
E
K
 
E
I
 
A
G
 
Q
A
 
D
L
 
L
S
 
S
K
 
G
G
 
G
Y
 
M
R
 
Q
Q
 
R
R
 
K
V
 
L
G
 
S
L
 
V
A
 
A
K
 
I
A
 
A
L
 
F
V
 
V
H
 
G
D
 
D
P
 
A
A
 
K
V
 
V
I
 
V
I
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
S
G
 
G
L
 
V
D
 
D
P
 
P
N
 
Y
Q
 
S
L
 
R
V
 
R
D
 
S
I
 
I
R
 
W
K
 
D
L
 
L
I
 
L
K
 
L
S
 
K
I
 
Y
S
 
R
A
 
S
E
 
G
K
 
R
T
 
T
L
 
I
V
 
I
L
 
M
S
 
S
T
 
T
H
 
H
V
 
H
M
 
M
Q
 
D
E
 
E
V
 
A
E
 
D
A
 
L
L
 
L
C
 
G
E
 
D
K
 
R
V
 
I
V
 
A
I
 
I
I
 
I
H
 
A
Q
 
Q
G
 
G
N
 
R
V
 
L

Sites not aligning to the query:

8f5bA Human abca4 structure in complex with amp-pnp
36% identity, 68% coverage: 5:210/305 of query aligns to 723:930/1924 of 8f5bA

query
sites
8f5bA
V
 
V
K
 
K
E
 
N
L
 
L
S
 
V
K
 
K
Y
 
I
Y
 
F
-
 
E
-
 
P
G
 
C
Q
 
G
Q
 
R
R
 
P
A
 
A
L
 
V
K
 
D
E
 
R
V
 
L
S
 
N
F
 
I
T
 
T
A
 
F
E
 
Y
K
 
E
G
 
N
Q
 
Q
V
 
I
L
 
T
G
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
H
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
T
 
T
M
 
L
K
 
S
I
 
I
A
 
L
A
 
T
G
 
G
Y
 
L
L
 
L
L
 
P
P
 
P
D
 
T
G
 
S
G
 
G
D
 
T
V
 
V
L
 
L
V
 
V
N
 
G
G
 
G
V
 
R
S
 
D
V
 
I
M
 
E
D
 
T
H
 
S
P
 
L
Q
 
D
E
 
A
V
 
V
S
 
R
K
 
Q
M
 
S
I
 
L
G
 
G
Y
 
M
L
 
C
P
 
P
E
x
Q
H
 
H
N
 
N
P
 
I
L
 
L
Y
 
F
L
 
H
E
 
H
M
 
L
Y
 
T
V
 
V
R
 
A
E
 
E
F
 
H
L
 
M
S
 
L
F
 
F
M
 
Y
A
 
A
G
 
-
L
 
-
Y
 
-
Q
 
Q
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
-
 
S
-
 
Q
-
 
E
K
 
E
A
 
A
K
 
Q
A
 
L
R
 
E
I
 
M
D
 
E
G
 
A
V
 
M
V
 
L
E
 
E
A
 
D
C
 
T
G
 
G
L
 
L
G
 
H
D
 
H
E
 
K
Q
 
R
H
 
N
K
 
E
K
 
E
I
 
A
G
 
Q
A
x
D
L
 
L
S
 
S
K
 
G
G
 
G
Y
 
M
R
 
Q
Q
 
R
R
 
K
V
 
L
G
 
S
L
 
V
A
 
A
K
 
I
A
 
A
L
 
F
V
 
V
H
 
G
D
 
D
P
 
A
A
 
K
V
 
V
I
 
V
I
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
S
G
 
G
L
 
V
D
 
D
P
 
P
N
 
Y
Q
 
S
L
 
R
V
 
R
D
 
S
I
 
I
R
 
W
K
 
D
L
 
L
I
 
L
K
 
L
S
 
K
I
 
Y
S
 
R
A
 
S
E
 
G
K
 
R
T
 
T
L
 
I
V
 
I
L
 
M
S
 
S
T
 
T
H
 
H
V
 
H
M
 
M
Q
 
D
E
 
E
V
 
A
E
 
D
A
 
L
L
 
L
C
 
G
E
 
D
K
 
R
V
 
I
V
 
A
I
 
I
I
 
I
H
 
A
Q
 
Q
G
 
G
N
 
R
V
 
L

Sites not aligning to the query:

7e7oA Cryo-em structure of human abca4 in nrpe-bound state (see paper)
37% identity, 64% coverage: 17:210/305 of query aligns to 824:1017/2003 of 7e7oA

query
sites
7e7oA
A
 
A
L
 
V
K
 
D
E
 
R
V
 
L
S
 
N
F
 
I
T
 
T
A
 
F
E
 
Y
K
 
E
G
 
N
Q
 
Q
V
 
I
L
 
T
G
 
A
F
 
F
L
 
L
G
 
G
P
 
H
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
T
 
T
M
 
L
K
 
S
I
 
I
A
 
L
A
 
T
G
 
G
Y
 
L
L
 
L
L
 
P
P
 
P
D
 
T
G
 
S
G
 
G
D
 
T
V
 
V
L
 
L
V
 
V
N
 
G
G
 
G
V
 
R
S
 
D
V
 
I
M
 
E
D
 
T
H
 
S
P
 
L
Q
 
D
E
 
A
V
 
V
S
 
R
K
 
Q
M
 
S
I
 
L
G
 
G
Y
 
M
L
 
C
P
 
P
E
 
Q
H
 
H
N
 
N
P
 
I
L
 
L
Y
 
F
L
 
H
E
 
H
M
 
L
Y
 
T
V
 
V
R
 
A
E
 
E
F
 
H
L
 
M
S
 
L
F
 
F
M
 
Y
A
 
A
G
 
-
L
 
-
Y
 
-
Q
 
Q
L
 
L
K
 
K
G
 
G
K
 
K
-
 
S
-
 
Q
-
 
E
K
 
E
A
 
A
K
 
Q
A
 
L
R
 
E
I
 
M
D
 
E
G
 
A
V
 
M
V
 
L
E
 
E
A
 
D
C
 
T
G
 
G
L
 
L
G
 
H
D
 
H
E
 
K
Q
 
R
H
 
N
K
 
E
K
 
E
I
 
A
G
 
Q
A
 
D
L
 
L
S
 
S
K
 
G
G
 
G
Y
 
M
R
 
Q
Q
 
R
R
 
K
V
 
L
G
 
S
L
 
V
A
 
A
K
 
I
A
 
A
L
 
F
V
 
V
H
 
G
D
 
D
P
 
A
A
 
K
V
 
V
I
 
V
I
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
S
 
S
G
 
G
L
 
V
D
 
D
P
 
P
N
 
Y
Q
 
S
L
 
R
V
 
R
D
 
S
I
 
I
R
 
W
K
 
D
L
 
L
I
 
L
K
 
L
S
 
K
I
 
Y
S
 
R
A
 
S
E
 
G
K
 
R
T
 
T
L
 
I
V
 
I
L
 
M
S
 
S
T
 
T
H
 
H
V
 
H
M
 
M
Q
 
D
E
 
E
V
 
A
E
 
D
A
 
L
L
 
L
C
 
G
E
 
D
K
 
R
V
 
I
V
 
A
I
 
I
I
 
I
H
 
A
Q
 
Q
G
 
G
N
 
R
V
 
L

Sites not aligning to the query:

P78363 Retinal-specific phospholipid-transporting ATPase ABCA4; ATP-binding cassette sub-family A member 4; RIM ABC transporter; RIM proteinv; RmP; Retinal-specific ATP-binding cassette transporter; Stargardt disease protein; EC 7.6.2.1 from Homo sapiens (Human) (see 43 papers)
36% identity, 68% coverage: 5:210/305 of query aligns to 931:1138/2273 of P78363

query
sites
P78363
V
|
V
K
|
K
E
x
N
L
|
L
S
x
V
K
|
K
Y
x
I
Y
x
F
G
x
E
Q
x
P
-
x
C
-
x
G
Q
x
R
R
x
P
A
|
A
L
x
V
K
x
D
E
x
R
V
x
L
S
x
N
F
x
I
T
|
T
A
x
F
E
x
Y
K
x
E
G
x
N
Q
|
Q
V
x
I
L
x
T
G
x
A
F
|
F
L
|
L
G
|
G
P
x
H
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
T
|
T
M
x
L
K
x
S
I
|
I
A
x
L
A
x
T
G
|
G
Y
x
L
L
|
L
L
x
P
P
|
P
D
x
T
G
x
S
G
|
G
D
x
T
V
|
V
L
|
L
V
|
V
N
x
G
G
|
G
V
x
R
S
x
D
V
x
I
M
x
E
D
x
T
H
x
S
P
x
L
Q
x
D
E
x
A
V
|
V
S
x
R
K
x
Q
M
x
S
I
x
L
G
|
G
Y
x
M
L
x
C
P
|
P
E
x
Q
H
|
H
N
|
N
P
x
I
L
|
L
Y
x
F
L
x
H
E
x
H
M
x
L
Y
x
T
V
|
V
R
x
A
E
|
E
F
x
H
L
x
M
S
x
L
F
|
F
M
x
Y
A
|
A
G
 
-
L
 
-
Y
 
-
Q
|
Q
L
|
L
K
|
K
G
|
G
K
|
K
-
x
S
-
x
Q
-
x
E
K
x
E
A
|
A
K
x
Q
A
x
L
R
x
E
I
x
M
D
x
E
G
x
A
V
x
M
V
x
L
E
|
E
A
x
D
C
x
T
G
|
G
L
|
L
G
x
H
D
x
H
E
x
K
Q
x
R
H
x
N
K
x
E
K
x
E
I
x
A
G
x
Q
A
x
D
L
|
L
S