SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF1582 FitnessBrowser__Phaeo:GFF1582 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 18 hits to proteins with known functional sites (download)

1q8jA Cobalamin-dependent methionine synthase (1-566) from thermotoga maritima (cd2+, hcy, methyltetrahydrofolate complex) (see paper)
38% identity, 70% coverage: 12:257/353 of query aligns to 307:540/559 of 1q8jA

query
sites
1q8jA
T
 
S
A
 
K
I
 
L
L
 
V
G
 
T
F
 
F
D
 
D
E
 
H
P
 
-
F
 
F
C
 
V
V
 
V
I
 
I
G
 
G
E
|
E
R
 
R
I
 
I
N
 
N
P
 
P
T
 
A
G
 
G
R
 
R
K
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
W
A
 
A
E
 
E
L
 
M
E
 
Q
A
 
K
G
 
G
D
 
N
F
 
E
S
 
E
T
 
I
V
 
V
E
 
I
K
 
K
D
 
E
A
 
A
L
 
K
A
 
T
Q
 
Q
V
 
V
M
 
E
A
 
K
G
 
G
A
 
A
N
 
E
I
 
V
L
 
L
D
 
D
I
 
V
N
 
N
A
 
F
G
 
G
V
 
I
V
 
-
Y
 
-
N
 
-
S
 
-
N
 
-
P
 
-
N
 
-
P
 
E
N
 
S
E
 
Q
T
 
I
E
 
D
P
 
V
P
 
R
L
 
Y
M
 
V
T
 
E
K
 
K
I
 
I
V
 
V
E
 
Q
L
 
T
V
 
L
Q
 
P
G
 
Y
L
 
V
T
 
S
D
 
N
T
 
V
P
 
P
L
 
L
C
 
S
I
 
L
D
|
D
S
 
I
S
 
Q
V
 
N
P
 
V
G
 
D
A
 
L
L
 
T
E
 
E
A
 
R
G
 
A
L
 
L
Q
 
R
A
 
A
A
 
Y
E
 
P
G
 
G
R
 
R
P
 
S
L
 
L
L
 
F
N
|
N
S
 
S
V
 
A
T
 
K
G
 
V
E
 
D
E
 
E
E
 
E
R
 
E
L
 
L
E
 
E
H
 
M
V
 
K
L
 
I
P
 
N
L
 
L
V
 
L
K
 
K
K
 
K
Y
 
Y
-
 
G
-
 
G
N
 
T
V
 
L
P
 
I
V
 
V
V
 
L
A
 
L
I
 
M
S
 
G
N
 
K
D
 
D
D
 
V
T
 
P
G
 
K
I
 
S
S
 
F
E
 
E
D
 
E
P
 
R
D
 
K
V
 
E
R
 
Y
F
 
F
A
 
E
V
 
K
A
 
A
K
 
L
K
 
K
I
 
I
V
 
L
E
 
E
R
 
R
A
 
-
A
 
H
D
 
D
F
 
F
G
 
-
I
 
-
P
 
-
A
 
S
H
 
D
D
 
R
I
 
V
V
 
I
V
 
F
D
|
D
P
 
P
L
 
G
V
 
V
M
 
L
P
 
P
I
 
L
G
 
G
A
 
A
M
 
E
A
 
G
T
 
K
A
 
P
G
 
-
Q
 
V
Q
 
E
V
 
V
F
 
L
A
 
K
L
 
T
V
 
I
R
 
E
R
 
F
L
 
I
R
 
S
E
 
S
E
 
K
L
 
-
G
 
G
V
 
F
N
 
N
T
 
T
T
 
T
C
 
V
G
|
G
A
 
L
S
 
S
N
|
N
V
 
L
S
 
S
F
|
F
G
 
G
L
 
L
P
 
P
N
 
D
R
|
R
H
 
S
G
 
Y
I
 
Y
N
 
N
N
 
T
A
 
A
F
 
F
L
 
L
P
 
V
M
 
L
A
 
G
M
 
I
G
 
S
A
 
K
G
 
G
M
 
L
T
 
S
S
 
S
A
 
A
I
|
I
M
 
M
N
 
N
P
 
P
V
 
L

3bofA Cobalamin-dependent methionine synthase (1-566) from thermotoga maritima complexed with zn2+ and homocysteine (see paper)
38% identity, 70% coverage: 12:257/353 of query aligns to 307:540/560 of 3bofA

query
sites
3bofA
T
 
S
A
 
K
I
 
L
L
 
V
G
 
T
F
 
F
D
 
D
E
 
H
P
 
-
F
 
F
C
 
V
V
 
V
I
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
I
N
 
N
P
 
P
T
 
A
G
 
G
R
 
R
K
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
W
A
 
A
E
 
E
L
 
M
E
 
Q
A
 
K
G
 
G
D
 
N
F
 
E
S
 
E
T
 
I
V
 
V
E
 
I
K
 
K
D
 
E
A
 
A
L
 
K
A
 
T
Q
 
Q
V
 
V
M
 
E
A
 
K
G
 
G
A
 
A
N
 
E
I
 
V
L
 
L
D
 
D
I
 
V
N
 
N
A
 
F
G
 
G
V
 
I
V
 
-
Y
 
-
N
 
-
S
 
-
N
 
-
P
 
-
N
 
-
P
 
E
N
 
S
E
 
Q
T
 
I
E
 
D
P
 
V
P
 
R
L
 
Y
M
 
V
T
 
E
K
 
K
I
 
I
V
 
V
E
 
Q
L
 
T
V
 
L
Q
 
P
G
 
Y
L
 
V
T
 
S
D
 
N
T
 
V
P
 
P
L
 
L
C
 
S
I
 
L
D
 
D
S
 
I
S
 
Q
V
 
N
P
 
V
G
 
D
A
 
L
L
 
T
E
 
E
A
 
R
G
 
A
L
 
L
Q
 
R
A
 
A
A
 
Y
E
 
P
G
 
G
R
 
R
P
 
S
L
 
L
L
 
F
N
 
N
S
 
S
V
 
A
T
 
K
G
 
V
E
 
D
E
 
E
E
 
E
R
 
E
L
 
L
E
 
E
H
 
M
V
 
K
L
 
I
P
 
N
L
 
L
V
 
L
K
 
K
K
 
K
Y
 
Y
-
 
G
-
 
G
N
 
T
V
 
L
P
 
I
V
 
V
V
 
L
A
 
L
I
 
M
S
 
G
N
 
K
D
 
D
D
 
V
T
 
P
G
 
K
I
 
S
S
 
F
E
 
E
D
 
E
P
 
R
D
 
K
V
 
E
R
 
Y
F
 
F
A
 
E
V
 
K
A
 
A
K
 
L
K
 
K
I
 
I
V
 
L
E
 
E
R
 
R
A
 
-
A
 
H
D
 
D
F
 
F
G
 
-
I
 
-
P
 
-
A
 
S
H
 
D
D
 
R
I
 
V
V
 
I
V
 
F
D
 
D
P
 
P
L
 
G
V
 
V
M
 
L
P
 
P
I
 
L
G
 
G
A
 
A
M
 
E
A
 
G
T
 
K
A
 
P
G
 
-
Q
 
V
Q
 
E
V
 
V
F
 
L
A
 
K
L
 
T
V
 
I
R
 
E
R
 
F
L
 
I
R
 
S
E
 
S
E
 
K
L
 
-
G
 
G
V
 
F
N
 
N
T
 
T
T
 
T
C
 
V
G
 
G
A
 
L
S
 
S
N
 
N
V
 
L
S
 
S
F
 
F
G
 
G
L
 
L
P
 
P
N
 
D
R
 
R
H
 
S
G
 
Y
I
 
Y
N
 
N
N
 
T
A
 
A
F
 
F
L
 
L
P
 
V
M
 
L
A
 
G
M
 
I
G
 
S
A
 
K
G
 
G
M
 
L
T
 
S
S
 
S
A
 
A
I
 
I
M
 
M
N
 
N
P
 
P
V
 
L

Sites not aligning to the query:

4o1eA Structure of a methyltransferase component in complex with mthf involved in o-demethylation (see paper)
36% identity, 67% coverage: 23:257/353 of query aligns to 7:234/271 of 4o1eA

query
sites
4o1eA
V
 
I
I
 
I
G
 
G
E
|
E
R
x
K
I
 
I
N
 
N
-
 
G
-
 
T
-
x
I
P
 
P
T
 
S
G
 
V
R
 
K
K
 
K
K
 
A
L
 
I
A
 
-
A
 
-
E
 
-
L
 
-
E
 
E
A
 
A
G
 
K
D
 
D
F
 
E
S
 
K
T
 
L
V
 
I
E
 
R
K
 
D
D
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
R
Q
 
Q
V
 
S
M
 
E
A
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
D
I
 
Y
L
 
I
D
 
D
I
 
V
N
 
C
A
 
A
G
 
-
V
 
-
V
 
-
Y
 
-
N
 
S
S
 
T
N
 
S
P
 
P
N
 
-
P
 
-
N
 
-
E
 
E
T
 
L
E
 
E
P
 
V
P
 
E
L
 
T
M
 
L
T
 
Q
K
 
W
I
 
L
V
 
M
E
 
D
L
 
I
V
 
V
Q
 
Q
G
 
E
L
 
A
T
 
T
D
 
D
T
 
T
P
 
P
L
 
L
C
 
C
I
 
I
D
 
D
S
 
S
S
 
P
V
 
N
P
 
P
G
 
R
A
 
A
L
 
I
E
 
Q
A
 
Q
G
 
V
L
 
L
Q
 
L
A
 
Y
A
 
A
E
 
K
G
 
R
R
 
P
P
 
G
L
 
L
L
 
I
N
|
N
S
 
S
V
 
V
T
 
S
G
 
L
E
 
E
E
 
G
E
 
D
R
 
K
L
 
C
E
 
E
H
 
V
V
 
I
L
 
F
P
 
P
L
 
L
V
 
I
K
 
Q
K
 
G
Y
 
T
N
 
S
V
 
W
P
 
Q
V
 
V
V
 
I
A
 
A
I
 
L
S
 
T
N
 
C
D
 
D
D
 
N
T
 
S
G
 
G
I
 
I
S
 
P
E
 
Q
D
 
D
P
 
V
D
 
Q
V
 
S
R
 
R
F
 
V
A
 
E
V
 
I
A
 
A
K
 
Q
K
 
A
I
 
L
V
 
V
E
 
E
R
 
K
A
 
A
A
 
Q
D
 
S
F
 
Y
G
 
D
I
 
I
P
 
A
A
 
Q
H
 
E
D
 
R
I
 
I
V
 
H
V
 
I
D
|
D
P
 
P
L
 
L
V
 
V
M
 
I
P
 
A
I
 
L
G
 
S
A
 
A
M
 
D
A
 
N
T
 
G
A
 
A
G
 
L
Q
 
L
Q
 
K
V
 
F
F
 
A
A
 
E
L
 
A
V
 
T
R
 
R
R
 
Q
L
 
I
R
 
K
E
 
A
E
 
N
L
 
Y
-
 
P
G
 
M
V
 
I
N
 
N
T
 
V
T
 
T
C
 
S
G
 
G
A
 
L
S
 
S
N
 
N
V
 
I
S
 
S
F
 
F
G
 
G
L
 
M
P
 
P
N
 
L
R
 
R
H
x
K
G
 
V
I
 
V
N
 
N
N
 
Q
A
 
N
F
 
F
L
 
L
P
 
T
M
 
L
A
 
A
M
 
M
G
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
M
T
 
D
S
 
S
A
 
A
I
|
I
M
 
L
N
x
D
P
 
P
V
 
L

Sites not aligning to the query:

4o1fA Structure of a methyltransferase component in complex with thf involved in o-demethylation (see paper)
36% identity, 67% coverage: 23:257/353 of query aligns to 4:230/267 of 4o1fA

query
sites
4o1fA
V
 
I
I
 
I
G
 
G
E
|
E
R
x
K
I
 
I
N
 
N
-
 
G
-
 
T
-
 
I
P
 
P
T
 
S
G
 
V
R
 
K
K
 
K
K
 
A
L
 
I
A
 
-
A
 
-
E
 
-
L
 
-
E
 
E
A
 
A
G
 
K
D
 
D
F
 
E
S
 
K
T
 
L
V
 
I
E
 
R
K
 
D
D
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
R
Q
 
Q
V
 
S
M
 
E
A
 
A
G
 
G
A
 
A
N
 
D
I
 
Y
L
 
I
D
 
D
I
 
V
N
 
C
A
 
A
G
 
-
V
 
-
V
 
-
Y
 
-
N
 
S
S
 
T
N
 
S
P
 
P
N
 
-
P
 
-
N
 
-
E
 
E
T
 
L
E
 
E
P
 
V
P
 
E
L
 
T
M
 
L
T
 
Q
K
 
W
I
 
L
V
 
M
E
 
D
L
 
I
V
 
V
Q
 
Q
G
 
E
L
 
A
T
 
T
D
 
D
T
 
T
P
 
P
L
 
L
C
 
C
I
 
I
D
 
D
S
 
S
S
 
P
V
 
N
P
 
P
G
 
R
A
 
A
L
 
I
E
 
Q
A
 
Q
G
 
V
L
 
L
Q
 
L
A
 
Y
A
 
A
E
 
K
G
 
R
R
 
P
P
 
G
L
 
L
L
 
I
N
|
N
S
 
S
V
 
V
T
 
S
G
 
L
E
 
E
E
 
G
E
 
D
R
 
K
L
 
C
E
 
E
H
 
V
V
 
I
L
 
F
P
 
P
L
 
L
V
 
I
K
 
Q
K
 
G
Y
 
-
N
 
T
V
 
W
P
 
Q
V
 
V
V
 
I
A
 
A
I
 
L
S
 
T
N
 
C
D
 
D
D
 
N
T
 
S
G
 
G
I
 
I
S
 
P
E
 
Q
D
 
D
P
 
V
D
 
Q
V
 
S
R
 
R
F
 
V
A
 
E
V
 
I
A
 
A
K
 
Q
K
 
A
I
 
L
V
 
V
E
 
E
R
 
K
A
 
A
A
 
Q
D
 
S
F
 
Y
G
 
D
I
 
I
P
 
A
A
 
Q
H
 
E
D
 
R
I
 
I
V
 
H
V
 
I
D
|
D
P
 
P
L
 
L
V
 
V
M
 
I
P
 
A
I
 
L
G
 
S
A
 
A
M
 
D
A
 
N
T
 
G
A
 
A
G
 
L
Q
 
L
Q
 
K
V
 
F
F
 
A
A
 
E
L
 
A
V
 
T
R
 
R
R
 
Q
L
 
I
R
 
K
E
 
A
E
 
N
L
 
Y
-
 
P
G
 
M
V
 
I
N
 
N
T
 
V
T
 
T
C
 
S
G
 
G
A
 
L
S
 
S
N
 
N
V
 
I
S
 
S
F
 
F
G
 
G
L
 
M
P
 
P
N
 
L
R
 
R
H
 
K
G
 
V
I
 
V
N
 
N
N
 
Q
A
 
N
F
 
F
L
 
L
P
 
T
M
 
L
A
 
A
M
 
M
G
 
F
A
 
A
G
 
G
M
 
M
T
 
D
S
 
S
A
 
A
I
|
I
M
 
L
N
x
D
P
 
P
V
 
L

2yckX Methyltransferase bound with tetrahydrofolate (see paper)
32% identity, 66% coverage: 21:254/353 of query aligns to 11:238/272 of 2yckX

query
sites
2yckX
F
 
F
C
 
I
V
 
M
I
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
I
N
 
N
P
 
G
T
x
M
G
x
F
R
 
K
K
 
D
K
 
I
L
 
R
A
 
E
A
 
A
E
 
I
L
 
L
E
 
N
A
 
K
G
 
-
D
 
D
F
 
P
S
 
R
T
 
P
V
 
I
E
 
Q
K
 
E
D
 
W
A
 
A
L
 
R
A
 
R
Q
 
Q
V
 
A
M
 
E
A
 
K
G
 
G
A
 
A
N
 
H
I
 
Y
L
 
L
D
 
D
I
 
V
N
 
N
A
 
T
G
 
G
V
 
-
V
 
-
Y
 
-
N
 
-
S
 
-
N
 
-
P
 
-
N
 
-
P
 
P
N
 
T
E
 
A
T
 
D
E
 
D
P
 
P
-
 
V
P
 
R
L
 
V
M
 
M
T
 
E
K
 
W
I
 
L
V
 
V
E
 
K
L
 
T
V
 
I
Q
 
Q
G
 
E
L
 
V
T
 
V
D
 
D
T
 
L
P
 
P
L
 
C
C
 
C
I
 
L
D
|
D
S
 
S
S
 
T
V
 
N
P
 
P
G
 
D
A
 
A
L
 
I
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
Q
 
K
A
 
V
A
 
H
E
 
R
G
 
G
R
 
H
P
 
A
L
 
M
L
 
I
N
|
N
S
 
S
V
 
T
T
 
S
G
 
A
E
 
D
E
 
Q
E
 
W
R
 
K
L
 
M
E
 
D
H
 
I
V
 
F
L
 
F
P
 
P
L
 
M
V
 
A
K
 
K
K
 
K
Y
 
Y
N
 
E
V
 
A
P
 
A
V
 
I
V
 
I
A
 
G
I
 
L
S
 
T
N
 
M
D
 
N
D
 
E
T
 
K
G
 
G
I
 
V
S
 
P
E
 
K
D
 
D
P
 
A
D
 
N
V
 
D
R
 
R
F
 
S
A
 
Q
V
 
L
A
 
A
K
 
M
K
 
E
I
 
L
V
 
V
E
 
A
R
 
N
A
 
A
A
 
D
D
 
A
F
 
H
G
 
G
I
 
I
P
 
P
A
 
M
H
 
T
D
 
E
I
 
L
V
 
Y
V
 
I
D
|
D
P
 
P
L
 
L
V
 
I
M
 
L
P
 
P
I
 
V
G
 
N
A
 
V
M
 
A
A
 
Q
T
 
E
A
 
H
G
 
A
Q
 
V
Q
 
E
V
 
V
F
 
L
A
 
E
L
 
T
V
 
I
R
 
R
R
 
Q
L
 
I
R
 
K
E
 
-
E
 
-
L
 
L
G
 
M
V
 
A
N
 
N
-
 
P
-
 
A
-
 
P
-
 
R
T
 
T
T
 
V
C
 
L
G
|
G
A
 
L
S
 
S
N
|
N
V
 
V
S
 
S
F
x
Q
G
x
K
L
 
C
P
 
P
N
 
D
R
|
R
H
 
P
G
 
L
I
 
I
N
 
N
N
 
R
A
 
T
F
 
Y
L
 
L
P
 
V
M
 
M
A
 
A
M
 
M
G
 
T
A
 
A
G
 
G
M
 
L
T
 
D
S
 
A
A
 
A
I
|
I
M
 
M

2ycjA Methyltransferase bound with methyltetrahydrofolate (see paper)
32% identity, 66% coverage: 21:254/353 of query aligns to 10:237/271 of 2ycjA

query
sites
2ycjA
F
 
F
C
 
I
V
 
M
I
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
I
N
 
N
P
 
G
T
x
M
G
x
F
R
 
K
K
 
D
K
 
I
L
 
R
A
 
E
A
 
A
E
 
I
L
 
L
E
 
N
A
 
K
G
 
-
D
 
D
F
 
P
S
 
R
T
 
P
V
 
I
E
 
Q
K
 
E
D
 
W
A
 
A
L
 
R
A
 
R
Q
 
Q
V
 
A
M
 
E
A
 
K
G
 
G
A
 
A
N
 
H
I
 
Y
L
 
L
D
 
D
I
 
V
N
 
N
A
 
T
G
 
G
V
 
-
V
 
-
Y
 
-
N
 
-
S
 
-
N
 
-
P
 
-
N
 
-
P
 
P
N
 
T
E
 
A
T
 
D
E
 
D
P
 
P
-
 
V
P
 
R
L
 
V
M
 
M
T
 
E
K
 
W
I
 
L
V
 
V
E
 
K
L
 
T
V
 
I
Q
 
Q
G
 
E
L
 
V
T
 
V
D
 
D
T
 
L
P
 
P
L
 
C
C
 
C
I
 
L
D
|
D
S
 
S
S
 
T
V
 
N
P
 
P
G
 
D
A
 
A
L
 
I
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
Q
 
K
A
 
V
A
 
H
E
 
R
G
 
G
R
 
H
P
 
A
L
 
M
L
 
I
N
|
N
S
 
S
V
 
T
T
 
S
G
 
A
E
 
D
E
 
Q
E
 
W
R
 
K
L
 
M
E
 
D
H
 
I
V
 
F
L
 
F
P
 
P
L
 
M
V
 
A
K
 
K
K
 
K
Y
 
Y
N
 
E
V
 
A
P
 
A
V
 
I
V
 
I
A
 
G
I
 
L
S
 
T
N
 
M
D
 
N
D
 
E
T
 
K
G
 
G
I
 
V
S
 
P
E
 
K
D
 
D
P
 
A
D
 
N
V
 
D
R
 
R
F
 
S
A
 
Q
V
 
L
A
 
A
K
 
M
K
 
E
I
 
L
V
 
V
E
 
A
R
 
N
A
 
A
A
 
D
D
 
A
F
 
H
G
 
G
I
 
I
P
 
P
A
 
M
H
 
T
D
 
E
I
 
L
V
 
Y
V
 
I
D
|
D
P
 
P
L
 
L
V
 
I
M
 
L
P
 
P
I
 
V
G
 
N
A
 
V
M
 
A
A
 
Q
T
 
E
A
 
H
G
 
A
Q
 
V
Q
 
E
V
 
V
F
 
L
A
 
E
L
 
T
V
 
I
R
 
R
R
 
Q
L
 
I
R
 
K
E
 
-
E
 
-
L
 
L
G
 
M
V
 
A
N
 
N
-
 
P
-
 
A
-
 
P
-
 
R
T
 
T
T
 
V
C
 
L
G
|
G
A
 
L
S
 
S
N
|
N
V
 
V
S
 
S
F
x
Q
G
 
K
L
 
C
P
 
P
N
 
D
R
|
R
H
 
P
G
 
L
I
 
I
N
 
N
N
 
R
A
 
T
F
 
Y
L
 
L
P
 
V
M
 
M
A
 
A
M
 
M
G
 
T
A
 
A
G
 
G
M
 
L
T
 
D
S
 
A
A
 
A
I
|
I
M
 
M

2yciX Methyltransferase native (see paper)
32% identity, 66% coverage: 21:254/353 of query aligns to 10:237/271 of 2yciX

query
sites
2yciX
F
 
F
C
 
I
V
 
M
I
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
I
N
 
N
P
 
G
T
 
M
G
 
F
R
 
K
K
 
D
K
 
I
L
 
R
A
 
E
A
 
A
E
 
I
L
 
L
E
 
N
A
 
K
G
 
-
D
 
D
F
 
P
S
 
R
T
 
P
V
 
I
E
 
Q
K
 
E
D
 
W
A
 
A
L
 
R
A
 
R
Q
 
Q
V
 
A
M
 
E
A
 
K
G
 
G
A
 
A
N
 
H
I
 
Y
L
 
L
D
 
D
I
 
V
N
 
N
A
 
T
G
 
G
V
 
-
V
 
-
Y
 
-
N
 
-
S
 
-
N
 
-
P
 
-
N
 
-
P
 
P
N
 
T
E
 
A
T
 
D
E
 
D
P
 
P
-
 
V
P
 
R
L
 
V
M
 
M
T
 
E
K
 
W
I
 
L
V
 
V
E
 
K
L
 
T
V
 
I
Q
 
Q
G
 
E
L
 
V
T
 
V
D
 
D
T
 
L
P
 
P
L
 
C
C
 
C
I
 
L
D
 
D
S
 
S
S
 
T
V
 
N
P
 
P
G
 
D
A
 
A
L
 
I
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
Q
 
K
A
 
V
A
 
H
E
 
R
G
 
G
R
 
H
P
 
A
L
 
M
L
 
I
N
 
N
S
 
S
V
 
T
T
 
S
G
 
A
E
 
D
E
 
Q
E
 
W
R
 
K
L
 
M
E
 
D
H
 
I
V
 
F
L
 
F
P
 
P
L
 
M
V
 
A
K
 
K
K
 
K
Y
 
Y
N
 
E
V
 
A
P
 
A
V
 
I
V
 
I
A
 
G
I
 
L
S
 
T
N
 
M
D
 
N
D
 
E
T
 
K
G
 
G
I
 
V
S
 
P
E
 
K
D
 
D
P
 
A
D
 
N
V
 
D
R
 
R
F
 
S
A
 
Q
V
 
L
A
 
A
K
 
M
K
 
E
I
 
L
V
 
V
E
 
A
R
 
N
A
 
A
A
 
D
D
 
A
F
 
H
G
 
G
I
 
I
P
 
P
A
 
M
H
 
T
D
 
E
I
 
L
V
 
Y
V
 
I
D
 
D
P
 
P
L
 
L
V
 
I
M
 
L
P
 
P
I
 
V
G
 
N
A
 
V
M
 
A
A
 
Q
T
 
E
A
 
H
G
 
A
Q
 
V
Q
 
E
V
 
V
F
 
L
A
 
E
L
 
T
V
 
I
R
 
R
R
 
Q
L
 
I
R
 
K
E
 
-
E
 
-
L
 
L
G
 
M
V
 
A
N
 
N
-
 
P
-
 
A
-
 
P
-
 
R
T
 
T
T
 
V
C
 
L
G
 
G
A
 
L
S
 
S
N
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
Q
G
x
K
L
 
C
P
 
P
N
 
D
R
|
R
H
 
P
G
 
L
I
 
I
N
 
N
N
 
R
A
 
T
F
 
Y
L
 
L
P
 
V
M
 
M
A
 
A
M
 
M
G
 
T
A
 
A
G
 
G
M
 
L
T
 
D
S
 
A
A
 
A
I
 
I
M
 
M

4djfA Crystal structure of folate-bound corrinoid iron-sulfur protein (cfesp) in complex with its methyltransferase (metr), co-crystallized with folate and ti(iii) citrate reductant (see paper)
31% identity, 77% coverage: 23:293/353 of query aligns to 3:259/262 of 4djfA

query
sites
4djfA
V
 
I
I
 
I
G
 
G
E
|
E
R
 
R
I
 
I
N
 
N
P
 
G
T
x
M
-
x
F
G
 
G
R
 
D
K
 
I
K
 
K
L
 
R
A
 
A
A
 
-
E
 
-
L
 
I
E
 
Q
A
 
E
G
 
R
D
 
D
F
 
P
S
 
A
T
 
P
V
 
V
E
 
Q
K
 
E
D
 
W
A
 
A
L
 
R
A
 
R
Q
 
Q
V
 
E
M
 
E
A
 
G
G
 
G
A
 
A
N
 
R
I
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
L
N
 
N
A
 
V
G
 
G
V
 
P
V
 
A
Y
 
V
N
 
Q
S
 
D
N
 
K
P
 
V
N
 
S
P
 
A
N
 
-
E
 
-
T
 
-
E
 
-
P
 
-
P
 
-
L
 
-
M
 
M
T
 
E
K
 
W
I
 
L
V
 
V
E
 
E
L
 
V
V
 
T
Q
 
Q
G
 
E
L
 
V
T
 
S
D
 
N
T
 
L
P
 
T
L
 
L
C
 
C
I
 
L
D
|
D
S
 
S
S
 
T
V
 
N
P
 
I
G
 
K
A
 
A
L
 
I
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
Q
 
K
A
 
K
A
 
C
E
 
K
G
 
N
R
 
R
P
 
A
L
 
M
L
 
I
N
|
N
S
 
S
V
 
T
T
 
N
G
 
A
E
 
E
E
 
R
E
 
E
R
 
K
L
 
V
E
 
E
H
 
K
V
 
L
L
 
F
P
 
P
L
 
L
V
 
A
K
 
V
K
 
E
Y
 
H
N
 
G
V
 
A
P
 
A
V
 
L
V
 
I
A
 
G
I
 
L
S
 
T
N
 
M
D
 
N
D
 
K
T
 
T
G
 
G
I
 
I
S
 
P
E
 
K
D
 
D
P
 
S
D
 
D
V
 
T
R
 
R
F
 
L
A
 
A
V
 
F
A
 
A
K
 
M
K
 
E
I
 
L
V
 
V
E
 
A
R
 
A
A
 
A
A
 
D
D
 
E
F
 
F
G
 
G
I
 
L
P
 
P
A
 
M
H
 
E
D
 
D
I
 
L
V
 
Y
V
 
I
D
|
D
P
 
P
L
 
L
V
 
I
M
 
L
P
 
P
I
 
A
G
 
N
A
x
V
M
 
A
A
 
Q
T
 
D
A
 
H
G
 
A
Q
 
P
Q
 
E
V
 
V
F
 
L
A
 
K
L
 
T
V
 
L
R
 
Q
R
 
Q
L
 
I
R
 
K
-
 
M
-
 
L
E
 
A
E
 
D
L
 
P
G
 
A
V
 
P
N
 
K
T
 
T
T
 
V
C
 
L
G
 
G
A
 
L
S
|
S
N
|
N
V
 
V
S
 
S
F
x
Q
G
x
N
L
 
C
P
 
Q
N
 
N
R
|
R
H
 
P
G
 
L
I
 
I
N
 
N
N
 
R
A
 
T
F
 
F
L
 
L
P
 
A
M
 
M
A
 
A
M
 
M
G
 
A
A
 
C
G
|
G
M
 
L
T
x
D
S
 
A
A
 
A
I
 
I
M
 
A
N
 
D
P
 
A
V
 
-
A
 
-
L
 
-
P
 
-
I
 
-
T
 
C
Q
 
D
K
 
E
K
 
A
I
 
L
A
 
I
E
 
E
K
 
T
K
 
A
A
 
A
E
 
T
V
 
A
E
 
E
A
 
-
A
 
-
G
 
-
I
 
I
I
 
L
L
 
L
P
 
N
E
 
Q
G
 
T
M
 
V
E
 
Y
D
 
C
E
 
D
A
 
S
F
 
F
V
 
V
Q
 
K
M
 
M
F
 
F

4djeA Crystal structure of folate-bound corrinoid iron-sulfur protein (cfesp) in complex with its methyltransferase (metr), co-crystallized with folate (see paper)
31% identity, 77% coverage: 23:293/353 of query aligns to 3:259/262 of 4djeA

query
sites
4djeA
V
 
I
I
 
I
G
 
G
E
|
E
R
 
R
I
 
I
N
 
N
P
 
G
T
x
M
-
x
F
G
 
G
R
 
D
K
 
I
K
 
K
L
 
R
A
 
A
A
 
-
E
 
-
L
 
I
E
 
Q
A
 
E
G
 
R
D
 
D
F
 
P
S
 
A
T
 
P
V
 
V
E
 
Q
K
 
E
D
 
W
A
 
A
L
 
R
A
 
R
Q
 
Q
V
 
E
M
 
E
A
 
G
G
 
G
A
 
A
N
 
R
I
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
L
N
 
N
A
 
V
G
 
G
V
 
P
V
 
A
Y
 
V
N
 
Q
S
 
D
N
 
K
P
 
V
N
 
S
P
 
A
N
 
-
E
 
-
T
 
-
E
 
-
P
 
-
P
 
-
L
 
-
M
 
M
T
 
E
K
 
W
I
 
L
V
 
V
E
 
E
L
 
V
V
 
T
Q
 
Q
G
 
E
L
 
V
T
 
S
D
 
N
T
 
L
P
 
T
L
 
L
C
 
C
I
 
L
D
|
D
S
 
S
S
 
T
V
 
N
P
 
I
G
 
K
A
 
A
L
 
I
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
Q
 
K
A
 
K
A
 
C
E
 
K
G
 
N
R
 
R
P
 
A
L
 
M
L
 
I
N
|
N
S
 
S
V
 
T
T
 
N
G
 
A
E
 
E
E
 
R
E
 
E
R
 
K
L
 
V
E
 
E
H
 
K
V
 
L
L
 
F
P
 
P
L
 
L
V
 
A
K
 
V
K
 
E
Y
 
H
N
 
G
V
 
A
P
 
A
V
 
L
V
 
I
A
 
G
I
 
L
S
 
T
N
 
M
D
 
N
D
 
K
T
 
T
G
 
G
I
 
I
S
 
P
E
 
K
D
 
D
P
 
S
D
 
D
V
 
T
R
 
R
F
 
L
A
 
A
V
 
F
A
 
A
K
 
M
K
 
E
I
 
L
V
 
V
E
 
A
R
 
A
A
 
A
A
 
D
D
 
E
F
 
F
G
 
G
I
 
L
P
 
P
A
 
M
H
 
E
D
 
D
I
 
L
V
 
Y
V
 
I
D
|
D
P
 
P
L
 
L
V
 
I
M
 
L
P
 
P
I
 
A
G
 
N
A
x
V
M
 
A
A
 
Q
T
 
D
A
 
H
G
 
A
Q
 
P
Q
 
E
V
 
V
F
 
L
A
 
K
L
 
T
V
 
L
R
 
Q
R
 
Q
L
 
I
R
 
K
-
 
M
-
 
L
E
 
A
E
 
D
L
 
P
G
 
A
V
 
P
N
 
K
T
 
T
T
 
V
C
 
L
G
|
G
A
 
L
S
|
S
N
|
N
V
 
V
S
 
S
F
 
Q
G
x
N
L
 
C
P
 
Q
N
 
N
R
|
R
H
 
P
G
 
L
I
 
I
N
 
N
N
 
R
A
 
T
F
 
F
L
 
L
P
 
A
M
 
M
A
 
A
M
 
M
G
 
A
A
 
C
G
|
G
M
 
L
T
x
D
S
 
A
A
 
A
I
 
I
M
 
A
N
 
D
P
 
A
V
 
-
A
 
-
L
 
-
P
 
-
I
 
-
T
 
C
Q
 
D
K
 
E
K
 
A
I
 
L
A
 
I
E
 
E
K
 
T
K
 
A
A
 
A
E
 
T
V
 
A
E
 
E
A
 
-
A
 
-
G
 
-
I
 
I
I
 
L
L
 
L
P
 
N
E
 
Q
G
 
T
M
 
V
E
 
Y
D
 
C
E
 
D
A
 
S
F
 
F
V
 
V
Q
 
K
M
 
M
F
 
F

4djdA Crystal structure of folate-free corrinoid iron-sulfur protein (cfesp) in complex with its methyltransferase (metr) (see paper)
31% identity, 77% coverage: 23:293/353 of query aligns to 3:259/262 of 4djdA

query
sites
4djdA
V
 
I
I
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
I
N
 
N
P
 
G
T
 
M
-
 
F
G
 
G
R
 
D
K
 
I
K
 
K
L
 
R
A
 
A
A
 
-
E
 
-
L
 
I
E
 
Q
A
 
E
G
 
R
D
 
D
F
 
P
S
 
A
T
 
P
V
 
V
E
 
Q
K
 
E
D
 
W
A
 
A
L
 
R
A
 
R
Q
 
Q
V
 
E
M
 
E
A
 
G
G
 
G
A
 
A
N
 
R
I
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
L
N
 
N
A
 
V
G
 
G
V
 
P
V
 
A
Y
 
V
N
 
Q
S
 
D
N
 
K
P
 
V
N
 
S
P
 
A
N
 
-
E
 
-
T
 
-
E
 
-
P
 
-
P
 
-
L
 
-
M
 
M
T
 
E
K
 
W
I
 
L
V
 
V
E
 
E
L
 
V
V
 
T
Q
 
Q
G
 
E
L
 
V
T
 
S
D
 
N
T
 
L
P
 
T
L
 
L
C
 
C
I
 
L
D
 
D
S
 
S
S
 
T
V
 
N
P
 
I
G
 
K
A
 
A
L
 
I
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
Q
 
K
A
 
K
A
 
C
E
 
K
G
 
N
R
 
R
P
 
A
L
 
M
L
 
I
N
 
N
S
 
S
V
 
T
T
 
N
G
 
A
E
 
E
E
 
R
E
 
E
R
 
K
L
 
V
E
 
E
H
 
K
V
 
L
L
 
F
P
 
P
L
 
L
V
 
A
K
 
V
K
 
E
Y
 
H
N
 
G
V
 
A
P
 
A
V
 
L
V
 
I
A
 
G
I
 
L
S
 
T
N
 
M
D
 
N
D
 
K
T
 
T
G
 
G
I
 
I
S
 
P
E
 
K
D
 
D
P
 
S
D
 
D
V
 
T
R
 
R
F
 
L
A
 
A
V
 
F
A
 
A
K
 
M
K
 
E
I
 
L
V
 
V
E
 
A
R
 
A
A
 
A
A
 
D
D
 
E
F
 
F
G
 
G
I
 
L
P
 
P
A
 
M
H
 
E
D
 
D
I
 
L
V
 
Y
V
 
I
D
 
D
P
 
P
L
 
L
V
 
I
M
 
L
P
 
P
I
 
A
G
 
N
A
 
V
M
 
A
A
 
Q
T
 
D
A
 
H
G
 
A
Q
 
P
Q
 
E
V
 
V
F
 
L
A
 
K
L
 
T
V
 
L
R
 
Q
R
 
Q
L
 
I
R
 
K
-
 
M
-
 
L
E
 
A
E
 
D
L
 
P
G
 
A
V
 
P
N
 
K
T
 
T
T
 
V
C
 
L
G
 
G
A
 
L
S
 
S
N
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
Q
G
 
N
L
 
C
P
 
Q
N
 
N
R
 
R
H
 
P
G
 
L
I
 
I
N
 
N
N
 
R
A
 
T
F
 
F
L
 
L
P
 
A
M
 
M
A
 
A
M
 
M
G
 
A
A
 
C
G
|
G
M
 
L
T
x
D
S
 
A
A
 
A
I
 
I
M
 
A
N
 
D
P
 
A
V
 
-
A
 
-
L
 
-
P
 
-
I
 
-
T
 
C
Q
 
D
K
 
E
K
 
A
I
 
L
A
 
I
E
 
E
K
 
T
K
 
A
A
 
A
E
 
T
V
 
A
E
 
E
A
 
-
A
 
-
G
 
-
I
 
I
I
 
L
L
 
L
P
 
N
E
 
Q
G
 
T
M
 
V
E
 
Y
D
 
C
E
 
D
A
 
S
F
 
F
V
 
V
Q
 
K
M
 
M
F
 
F

2e7fA 5-methyltetrahydrofolate corrinoid/iron sulfur protein methyltransferase complexed with methyltetrahydrofolate to 2.2 angsrom resolution (see paper)
31% identity, 77% coverage: 23:293/353 of query aligns to 3:259/262 of 2e7fA

query
sites
2e7fA
V
 
I
I
 
I
G
 
G
E
|
E
R
 
R
I
 
I
N
 
N
P
 
G
T
x
M
-
x
F
G
 
G
R
 
D
K
 
I
K
 
K
L
 
R
A
 
A
A
 
-
E
 
-
L
 
I
E
 
Q
A
 
E
G
 
R
D
 
D
F
 
P
S
 
A
T
 
P
V
 
V
E
 
Q
K
 
E
D
 
W
A
 
A
L
 
R
A
 
R
Q
 
Q
V
 
E
M
 
E
A
 
G
G
 
G
A
 
A
N
 
R
I
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
L
N
 
N
A
 
V
G
 
G
V
 
P
V
 
A
Y
 
V
N
 
Q
S
 
D
N
 
K
P
 
V
N
 
S
P
 
A
N
 
-
E
 
-
T
 
-
E
 
-
P
 
-
P
 
-
L
 
-
M
 
M
T
 
E
K
 
W
I
 
L
V
 
V
E
 
E
L
 
V
V
 
T
Q
 
Q
G
 
E
L
 
V
T
 
S
D
 
N
T
 
L
P
 
T
L
 
L
C
 
C
I
 
L
D
|
D
S
 
S
S
 
T
V
 
N
P
 
I
G
 
K
A
 
A
L
 
I
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
Q
 
K
A
 
K
A
 
C
E
 
K
G
 
N
R
 
R
P
 
A
L
 
M
L
 
I
N
|
N
S
 
S
V
 
T
T
 
N
G
 
A
E
 
E
E
 
R
E
 
E
R
 
K
L
 
V
E
 
E
H
 
K
V
 
L
L
 
F
P
 
P
L
 
L
V
 
A
K
 
V
K
 
E
Y
 
H
N
 
G
V
 
A
P
 
A
V
 
L
V
 
I
A
 
G
I
 
L
S
 
T
N
 
M
D
 
N
D
 
K
T
 
T
G
 
G
I
 
I
S
 
P
E
 
K
D
 
D
P
 
S
D
 
D
V
 
T
R
 
R
F
 
L
A
 
A
V
 
F
A
 
A
K
 
M
K
 
E
I
 
L
V
 
V
E
 
A
R
 
A
A
 
A
A
 
D
D
 
E
F
 
F
G
 
G
I
 
L
P
 
P
A
 
M
H
 
E
D
 
D
I
 
L
V
 
Y
V
 
I
D
|
D
P
 
P
L
 
L
V
 
I
M
 
L
P
 
P
I
 
A
G
 
N
A
 
V
M
 
A
A
 
Q
T
 
D
A
 
H
G
 
A
Q
 
P
Q
 
E
V
 
V
F
 
L
A
 
K
L
 
T
V
 
L
R
 
Q
R
 
Q
L
 
I
R
 
K
-
 
M
-
 
L
E
 
A
E
 
D
L
 
P
G
 
A
V
 
P
N
 
K
T
 
T
T
 
V
C
 
L
G
|
G
A
 
L
S
|
S
N
|
N
V
 
V
S
 
S
F
x
Q
G
 
N
L
 
C
P
 
Q
N
 
N
R
|
R
H
 
P
G
 
L
I
 
I
N
 
N
N
 
R
A
 
T
F
 
F
L
 
L
P
 
A
M
 
M
A
 
A
M
 
M
G
 
A
A
 
C
G
|
G
M
 
L
T
x
D
S
 
A
A
 
A
I
|
I
M
 
A
N
 
D
P
 
A
V
 
-
A
 
-
L
 
-
P
 
-
I
 
-
T
 
C
Q
 
D
K
 
E
K
 
A
I
 
L
A
 
I
E
 
E
K
 
T
K
 
A
A
 
A
E
 
T
V
 
A
E
 
E
A
 
-
A
 
-
G
 
-
I
 
I
I
 
L
L
 
L
P
 
N
E
 
Q
G
 
T
M
 
V
E
 
Y
D
 
C
E
 
D
A
 
S
F
 
F
V
 
V
Q
 
K
M
 
M
F
 
F

Q46389 5-methyltetrahydrofolate:corrinoid/iron-sulfur protein co-methyltransferase; 5-methyltetrahydrofolate corrinoid/iron sulfur protein methyltransferase; MeTr; EC 2.1.1.258 from Moorella thermoacetica (Clostridium thermoaceticum) (see 2 papers)
31% identity, 77% coverage: 23:293/353 of query aligns to 3:259/262 of Q46389

query
sites
Q46389
V
 
I
I
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
I
N
 
N
P
 
G
T
 
M
-
 
F
G
 
G
R
 
D
K
 
I
K
 
K
L
 
R
A
 
A
A
 
-
E
 
-
L
 
I
E
 
Q
A
 
E
G
 
R
D
 
D
F
 
P
S
 
A
T
 
P
V
 
V
E
 
Q
K
 
E
D
 
W
A
 
A
L
 
R
A
 
R
Q
 
Q
V
 
E
M
 
E
A
 
G
G
 
G
A
 
A
N
 
R
I
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
L
N
 
N
A
 
V
G
 
G
V
 
P
V
 
A
Y
 
V
N
 
Q
S
 
D
N
 
K
P
 
V
N
 
S
P
 
A
N
 
-
E
 
-
T
 
-
E
 
-
P
 
-
P
 
-
L
 
-
M
 
M
T
 
E
K
 
W
I
 
L
V
 
V
E
 
E
L
 
V
V
 
T
Q
 
Q
G
 
E
L
 
V
T
 
S
D
 
N
T
 
L
P
 
T
L
 
L
C
 
C
I
 
L
D
 
D
S
 
S
S
 
T
V
 
N
P
 
I
G
 
K
A
 
A
L
 
I
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
Q
 
K
A
 
K
A
 
C
E
 
K
G
 
N
R
 
R
P
 
A
L
 
M
L
 
I
N
|
N
S
 
S
V
 
T
T
 
N
G
 
A
E
 
E
E
 
R
E
 
E
R
 
K
L
 
V
E
 
E
H
 
K
V
 
L
L
 
F
P
 
P
L
 
L
V
 
A
K
 
V
K
 
E
Y
 
H
N
 
G
V
 
A
P
 
A
V
 
L
V
 
I
A
 
G
I
 
L
S
 
T
N
 
M
D
 
N
D
 
K
T
 
T
G
 
G
I
 
I
S
 
P
E
 
K
D
 
D
P
 
S
D
 
D
V
 
T
R
 
R
F
 
L
A
 
A
V
 
F
A
 
A
K
 
M
K
 
E
I
 
L
V
 
V
E
 
A
R
 
A
A
 
A
A
 
D
D
 
E
F
 
F
G
 
G
I
 
L
P
 
P
A
 
M
H
 
E
D
 
D
I
 
L
V
 
Y
V
 
I
D
|
D
P
 
P
L
 
L
V
 
I
M
 
L
P
 
P
I
 
A
G
 
N
A
 
V
M
 
A
A
 
Q
T
 
D
A
 
H
G
 
A
Q
 
P
Q
 
E
V
 
V
F
 
L
A
 
K
L
 
T
V
 
L
R
 
Q
R
 
Q
L
 
I
R
x
K
-
 
M
-
 
L
E
 
A
E
 
D
L
 
P
G
 
A
V
 
P
N
 
K
T
 
T
T
 
V
C
 
L
G
 
G
A
 
L
S
 
S
N
|
N
V
 
V
S
 
S
F
x
Q
G
 
N
L
 
C
P
 
Q
N
 
N
R
|
R
H
 
P
G
 
L
I
 
I
N
 
N
N
 
R
A
 
T
F
 
F
L
 
L
P
 
A
M
 
M
A
 
A
M
 
M
G
 
A
A
 
C
G
|
G
M
 
L
T
x
D
S
 
A
A
 
A
I
 
I
M
 
A
N
 
D
P
 
A
V
 
-
A
 
-
L
 
-
P
 
-
I
 
-
T
 
C
Q
 
D
K
 
E
K
 
A
I
 
L
A
 
I
E
 
E
K
 
T
K
 
A
A
 
A
E
 
T
V
 
A
E
 
E
A
 
-
A
 
-
G
 
-
I
 
I
I
 
L
L
 
L
P
 
N
E
 
Q
G
 
T
M
 
V
E
 
Y
D
 
C
E
 
D
A
 
S
F
 
F
V
 
V
Q
 
K
M
 
M
F
 
F

8g3hA Structure of cobalamin-dependent methionine synthase (meth) in a resting state (see paper)
33% identity, 69% coverage: 21:263/353 of query aligns to 332:578/841 of 8g3hA

query
sites
8g3hA
F
 
L
C
 
L
V
 
L
I
 
V
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
L
N
 
N
P
 
A
T
 
T
G
 
G
R
 
S
K
 
K
K
 
R
L
 
F
A
 
R
A
 
E
E
 
L
L
 
L
E
 
F
A
 
A
G
 
G
D
 
D
F
 
L
S
 
E
T
 
G
V
 
I
E
 
L
K
 
A
D
 
L
A
 
A
L
 
Q
A
 
E
Q
 
Q
V
 
V
M
 
A
A
 
E
G
 
G
A
 
A
N
 
H
I
 
V
L
 
L
D
 
D
I
 
L
N
 
S
A
 
-
G
 
-
V
 
-
V
 
V
Y
 
A
N
 
W
S
 
T
N
 
G
P
 
R
N
 
D
P
 
E
N
 
L
E
 
E
T
 
D
E
 
M
P
 
K
P
 
R
L
 
V
M
 
L
T
 
S
K
 
K
I
 
-
V
 
-
E
 
-
L
 
L
V
 
A
Q
 
T
G
 
G
L
 
V
T
 
T
D
 
-
T
 
V
P
 
P
L
 
F
C
 
M
I
 
V
D
 
D
S
 
S
S
 
T
V
 
S
P
 
P
G
 
E
A
 
V
L
 
M
E
 
E
A
 
E
G
 
A
L
 
L
Q
 
K
A
 
R
A
 
L
E
 
P
G
 
G
R
 
R
P
 
A
L
 
I
L
 
L
N
 
N
S
 
S
V
 
A
T
 
N
G
 
L
E
 
E
E
 
D
-
 
G
-
 
L
E
 
E
R
 
K
L
 
F
E
 
D
H
 
R
V
 
V
L
 
A
P
 
S
L
 
L
V
 
A
K
 
K
K
 
A
Y
 
H
N
 
G
V
 
A
P
 
A
V
 
L
V
 
V
A
 
A
I
 
L
S
 
A
N
 
I
D
 
D
D
 
E
T
 
E
G
 
G
I
 
M
S
 
A
E
 
K
D
 
T
P
 
R
D
 
V
V
 
K
R
 
K
F
 
V
A
 
E
V
 
V
A
 
A
K
 
L
K
 
R
I
 
M
V
 
Y
E
 
E
R
 
R
A
 
L
A
 
T
D
 
E
-
 
H
F
 
H
G
 
G
I
 
L
P
 
R
A
 
P
H
 
E
D
 
D
I
 
L
V
 
L
V
 
F
D
 
D
P
 
L
L
 
L
V
 
T
M
 
F
P
 
P
I
 
I
-
 
T
-
 
Q
G
 
G
A
 
D
M
 
E
A
 
E
T
 
T
-
 
R
-
 
P
A
 
L
G
 
A
Q
 
R
Q
 
E
V
 
T
F
 
L
A
 
L
L
 
A
V
 
L
R
 
E
R
 
E
L
 
L
R
 
R
E
 
E
E
 
R
L
 
L
-
 
P
G
 
G
V
 
V
N
 
G
T
 
F
T
 
V
C
 
L
G
 
G
A
 
V
S
 
S
N
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
F
G
 
G
L
 
L
-
 
K
-
 
P
P
 
K
N
 
A
R
 
R
H
 
R
G
 
V
I
 
L
N
 
N
N
 
S
A
 
V
F
 
F
L
 
L
P
 
D
M
 
E
A
 
A
M
 
R
G
 
K
A
 
K
G
 
G
M
 
L
T
 
T
S
 
A
A
 
A
I
 
I
M
 
V
N
 
D
P
 
A
-
 
G
V
 
K
A
 
I
L
 
L
P
 
P
I
 
I
T
 
S
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

5vooA Methionine synthase folate-binding domain with methyltetrahydrofolate from thermus thermophilus hb8 (see paper)
33% identity, 69% coverage: 21:263/353 of query aligns to 2:248/282 of 5vooA

query
sites
5vooA
F
 
L
C
 
F
V
 
L
I
 
V
G
 
G
E
|
E
R
|
R
I
 
L
N
 
N
P
 
A
T
 
T
G
|
G
R
x
S
K
|
K
K
 
R
L
 
F
A
 
R
A
 
E
E
 
M
L
 
L
E
 
F
A
 
A
G
 
R
D
 
D
F
 
L
S
 
E
T
 
G
V
 
I
E
 
L
K
 
A
D
 
L
A
 
A
L
 
R
A
 
E
Q
 
Q
V
 
V
M
 
E
A
 
E
G
 
G
A
 
A
N
 
H
I
 
A
L
 
L
D
 
D
I
 
L
N
 
S
A
 
-
G
 
-
V
 
V
V
 
A
Y
 
W
N
 
T
S
 
G
N
 
R
P
 
-
N
 
-
P
 
-
N
 
D
E
 
E
T
 
L
E
 
E
P
 
-
P
 
D
L
 
L
M
 
R
T
 
W
K
 
L
I
 
L
V
 
P
E
 
H
L
 
L
V
 
A
Q
 
T
G
 
A
L
 
L
T
 
T
D
 
-
T
 
V
P
 
P
L
 
V
C
 
M
I
 
V
D
|
D
S
 
S
S
 
T
V
 
S
P
 
P
G
 
E
A
 
A
L
 
M
E
 
E
A
 
L
G
 
A
L
 
L
Q
 
K
A
 
Y
A
 
L
E
 
P
G
 
G
R
 
R
P
 
V
L
 
L
L
 
L
N
|
N
S
 
S
V
 
A
T
 
N
G
 
L
E
 
E
E
 
D
-
 
G
-
 
L
E
 
E
R
 
R
L
 
F
E
 
D
H
 
R
V
 
V
L
 
A
P
 
S
L
 
L
V
 
A
K
 
K
K
 
A
Y
 
H
N
 
G
V
 
A
P
 
A
V
 
L
V
 
V
A
 
V
I
 
L
S
 
A
N
 
I
D
 
D
D
 
E
T
 
K
G
 
G
I
 
M
S
 
A
E
 
K
D
 
T
P
 
R
D
 
E
V
 
E
R
 
K
F
 
V
A
 
R
V
 
V
A
 
A
K
 
L
K
 
R
I
 
M
V
 
Y
E
 
E
R
 
R
A
 
L
A
 
T
D
 
E
-
 
H
F
 
H
G
 
G
I
 
L
P
 
R
A
 
P
H
 
E
D
 
D
I
 
L
V
 
L
V
 
F
D
|
D
P
 
L
L
 
L
V
 
T
M
 
F
P
 
P
I
 
I
G
 
T
-
 
Q
-
 
G
-
 
D
-
 
E
-
 
E
A
 
S
M
 
R
A
 
P
T
 
L
A
 
A
G
 
K
Q
 
E
Q
 
T
V
 
L
F
 
L
A
 
A
L
 
M
V
 
-
R
 
E
R
 
E
L
 
L
R
 
R
E
 
E
E
 
R
L
 
L
-
 
P
G
 
G
V
 
V
N
 
G
T
 
F
T
 
V
C
 
L
G
|
G
A
 
V
S
 
S
N
|
N
V
 
V
S
 
S
F
|
F
G
 
G
L
 
L
P
 
K
-
 
P
-
 
R
N
 
A
R
|
R
H
 
R
G
 
V
I
 
L
N
 
N
N
 
S
A
 
V
F
 
F
L
 
L
P
 
D
M
 
E
A
 
A
M
 
R
G
 
K
A
 
R
G
 
G
M
 
L
T
 
T
S
 
A
A
 
A
I
|
I
M
 
V
N
 
D
P
 
A
-
 
G
V
 
K
A
 
I
L
 
L
P
 
P
I
 
I
T
 
S
Q
 
Q

Q99707 Methionine synthase; MS; 5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase; Cobalamin-dependent methionine synthase; Vitamin-B12 dependent methionine synthase; EC 2.1.1.13 from Homo sapiens (Human) (see 6 papers)
29% identity, 68% coverage: 21:261/353 of query aligns to 371:619/1265 of Q99707

query
sites
Q99707
F
 
F
C
 
V
V
 
N
I
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
C
N
 
N
P
 
V
T
 
A
G
|
G
R
x
S
K
x
R
K
 
K
L
 
F
A
 
A
A
 
K
E
 
L
L
 
I
E
 
M
A
 
A
G
 
G
D
 
N
F
 
Y
S
 
E
T
 
E
V
 
A
E
 
L
K
 
C
D
 
V
A
 
A
L
 
K
A
 
V
Q
 
Q
V
 
V
M
 
E
A
 
M
G
 
G
A
 
A
N
 
Q
I
 
V
L
 
L
D
 
D
I
 
V
N
 
N
A
 
M
G
 
D
V
 
-
V
 
-
Y
 
-
N
 
-
S
 
-
N
 
-
P
 
-
N
 
D
P
 
G
N
 
M
E
 
L
T
 
D
E
 
G
P
 
P
P
 
S
L
 
A
M
 
M
T
 
T
K
 
R
I
 
F
V
 
C
E
 
N
L
 
L
V
 
I
Q
 
A
G
 
S
L
 
E
T
 
P
D
 
D
-
 
I
-
 
A
-
 
K
T
 
V
P
 
P
L
 
L
C
 
C
I
 
I
D
|
D
S
 
S
S
 
S
V
 
N
P
 
F
G
 
A
A
 
V
L
 
I
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
Q
 
K
A
 
C
A
 
C
E
 
Q
G
 
G
R
 
K
P
 
C
L
 
I
L
 
V
N
|
N
S
 
S
V
 
I
T
 
S
-
 
L
-
 
K
-
 
E
G
 
G
E
 
E
E
 
D
E
 
D
R
 
F
L
 
L
E
 
E
H
 
K
V
 
A
L
 
R
P
 
K
L
 
-
V
 
I
K
 
K
K
 
K
Y
 
Y
N
 
G
V
 
A
P
 
A
V
 
M
V
 
V
A
 
V
I
 
M
S
 
A
N
 
F
D
 
D
D
 
E
T
 
E
G
 
G
I
 
Q
S
 
A
E
 
T
D
 
E
P
 
T
D
 
D
V
 
T
R
 
K
F
 
I
A
 
R
V
 
V
A
 
C
K
 
T
K
 
R
I
 
A
V
 
Y
E
 
H
-
 
L
R
 
L
A
 
V
A
 
K
D
 
K
F
 
L
G
 
G
I
 
F
P
 
N
A
 
P
H
 
N
D
 
D
I
 
I
V
 
I
V
 
F
D
|
D
P
 
P
L
 
N
V
 
I
M
 
L
P
 
T
I
 
I
G
 
G
A
 
T
M
 
-
A
 
G
T
 
M
A
 
E
G
 
E
Q
 
H
Q
 
N
V
 
L
F
 
Y
A
 
A
L
 
I
-
 
N
-
 
F
-
 
I
-
 
H
-
 
A
V
 
T
R
 
K
R
 
V
L
 
I
R
 
K
E
 
E
E
 
T
L
 
L
-
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
R
T
 
I
T
 
S
C
 
G
G
 
G
A
 
L
S
 
S
N
|
N
V
 
L
S
 
S
F
 
F
G
 
S
L
 
F
P
x
R
N
 
G
-
 
M
-
 
E
-
 
A
-
 
I
R
|
R
H
 
E
G
 
A
I
 
M
N
 
H
N
 
G
A
 
V
F
 
F
L
 
L
P
 
Y
M
 
H
A
 
A
M
 
I
G
 
K
A
 
S
G
 
G
M
 
M
T
 
D
S
 
M
A
 
G
I
 
I
M
 
V
N
 
N
P
 
A
V
 
G
A
 
N
L
 
L
P
 
P
I
 
V

Sites not aligning to the query:

4cczA Crystal structure of human 5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, the homocysteine and folate binding domains
29% identity, 68% coverage: 21:261/353 of query aligns to 331:579/611 of 4cczA

query
sites
4cczA
F
 
F
C
 
V
V
 
N
I
 
I
G
 
G
E
|
E
R
 
R
I
 
C
N
 
N
P
 
V
T
 
A
G
|
G
R
 
S
K
x
R
K
 
K
L
 
F
A
 
A
A
 
K
E
 
L
L
 
I
E
 
M
A
 
A
G
 
G
D
 
N
F
 
Y
S
 
E
T
 
E
V
 
A
E
 
L
K
 
C
D
 
V
A
 
A
L
 
K
A
 
V
Q
 
Q
V
 
V
M
 
E
A
 
M
G
 
G
A
 
A
N
 
Q
I
 
V
L
 
L
D
 
D
I
 
V
N
 
N
A
 
M
G
 
-
V
 
-
V
 
-
Y
 
-
N
 
-
S
 
-
N
 
-
P
 
D
N
 
D
P
 
G
N
 
M
E
 
L
T
 
D
E
 
G
P
 
P
P
 
S
L
 
A
M
 
M
T
 
T
K
 
R
I
 
F
V
 
C
E
 
N
L
 
L
V
 
I
Q
 
A
G
 
S
-
 
E
-
 
P
-
 
D
L
 
I
T
 
A
D
 
K
T
 
V
P
 
P
L
 
L
C
 
C
I
 
I
D
 
D
S
 
S
S
 
S
V
 
N
P
 
F
G
 
A
A
 
V
L
 
I
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
Q
 
K
A
 
C
A
 
C
E
 
Q
G
 
G
R
 
K
P
 
C
L
 
I
L
 
V
N
|
N
S
 
S
V
 
I
T
 
S
-
 
L
-
 
K
-
 
E
G
 
G
E
 
E
E
 
D
E
 
D
R
 
F
L
 
L
E
 
E
H
 
K
V
 
A
L
 
R
P
 
K
L
 
-
V
 
I
K
 
K
K
 
K
Y
 
Y
N
 
G
V
 
A
P
 
A
V
 
M
V
 
V
A
 
V
I
x
M
S
 
A
N
 
F
D
 
D
D
 
E
T
 
E
G
 
G
I
 
Q
S
 
A
E
 
T
D
 
E
P
 
T
D
 
D
V
 
T
R
 
K
F
 
I
A
 
R
V
 
V
A
 
C
K
 
T
K
 
R
I
 
A
V
 
Y
E
 
H
-
 
L
R
 
L
A
 
V
A
 
K
D
 
K
F
 
L
G
 
G
I
 
F
P
 
N
A
 
P
H
 
N
D
 
D
I
 
I
V
 
I
V
 
F
D
|
D
P
 
P
L
 
N
V
 
I
M
 
L
P
 
T
I
 
I
G
 
G
A
 
T
M
 
-
A
 
G
T
 
M
A
 
E
G
 
E
Q
 
H
Q
 
N
V
 
L
F
 
Y
A
 
A
L
 
I
-
 
N
-
 
F
-
 
I
-
 
H
-
 
A
V
 
T
R
 
K
R
 
V
L
 
I
R
 
K
E
 
E
E
 
T
L
 
L
-
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
R
T
 
I
T
 
S
C
 
G
G
|
G
A
 
L
S
|
S
N
|
N
V
 
L
S
 
S
F
|
F
G
 
S
L
 
F
P
x
R
N
 
G
-
 
M
-
 
E
-
 
A
-
 
I
R
|
R
H
 
E
G
 
A
I
 
M
N
 
H
N
 
G
A
 
V
F
 
F
L
 
L
P
 
Y
M
 
H
A
 
A
M
 
I
G
 
K
A
 
S
G
 
G
M
 
M
T
 
D
S
 
M
A
 
G
I
 
I
M
 
V
N
 
N
P
 
A
V
 
G
A
 
N
L
 
L
P
 
P
I
 
V

P13009 Methionine synthase; 5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase; Methionine synthase, vitamin-B12-dependent; MS; EC 2.1.1.13 from Escherichia coli (strain K12) (see 5 papers)
27% identity, 74% coverage: 15:274/353 of query aligns to 350:617/1227 of P13009

query
sites
P13009
L
 
I
G
 
G
F
 
E
D
 
D
E
 
S
P
 
L
F
 
F
C
 
V
V
 
N
I
 
V
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
T
N
 
N
P
 
V
T
 
T
G
 
G
R
 
S
K
 
A
K
 
K
L
 
F
A
 
K
A
 
R
E
 
L
L
 
I
E
 
K
A
 
E
G
 
E
D
 
K
F
 
Y
S
 
S
T
 
E
V
 
A
E
 
L
K
 
D
D
 
V
A
 
A
L
 
R
A
 
Q
Q
 
Q
V
 
V
M
 
E
A
 
N
G
 
G
A
 
A
N
 
Q
I
 
I
L
 
I
D
 
D
I
 
I
N
 
N
A
 
M
G
 
-
V
 
-
V
 
-
Y
 
-
N
 
-
S
 
-
N
 
D
P
 
E
N
 
G
P
 
M
N
 
L
E
 
D
T
 
A
E
 
E
P
 
A
P
 
A
L
 
-
M
 
M
T
 
V
K
 
R
I
 
F
V
 
L
E
 
N
L
 
L
V
 
I
Q
 
A
G
 
G
L
 
E
T
 
P
D
 
D
-
 
I
-
 
A
-
 
R
T
 
V
P
 
P
L
 
I
C
 
M
I
 
I
D
 
D
S
 
S
S
 
S
V
 
K
P
 
W
G
 
D
A
 
V
L
 
I
E
 
E
A
 
K
G
 
G
L
 
L
Q
 
K
A
 
C
A
 
I
E
 
Q
G
 
G
R
 
K
P
 
G
L
 
I
L
 
V
N
 
N
S
 
S
V
 
I
T
 
S
G
 
M
E
 
K
E
 
E
-
 
G
-
 
V
E
 
D
R
 
A
L
 
F
E
 
I
H
 
H
V
 
H
L
 
A
P
 
K
L
 
L
V
 
L
K
 
R
K
 
R
Y
 
Y
N
 
G
V
 
A
P
 
A
V
 
V
V
 
V
A
 
V
I
 
M
S
 
A
N
 
F
D
 
D
D
 
E
T
 
Q
G
 
G
I
 
Q
S
 
A
E
 
D
D
 
T
P
 
R
D
 
A
V
 
R
R
 
K
F
 
I
A
 
E
V
 
I
A
 
C
K
 
R
K
 
R
I
 
A
V
 
Y
E
 
K
-
 
I
R
 
L
A
 
T
A
 
E
D
 
E
F
 
V
G
 
G
I
 
F
P
 
P
A
 
P
H
 
E
D
 
D
I
 
I
V
 
I
V
 
F
D
 
D
P
 
P
L
 
N
V
 
I
M
 
F
P
 
A
I
 
V
G
 
A
A
 
T
-
 
G
-
 
I
-
 
E
-
 
E
M
 
H
A
 
N
T
 
N
A
 
Y
G
 
A
Q
 
Q
Q
 
D
V
 
F
F
 
I
A
 
G
L
 
A
V
 
C
R
 
E
R
 
D
L
 
I
R
 
K
E
 
R
E
 
E
L
 
L
-
 
P
G
 
H
V
 
A
N
 
L
T
 
I
T
 
S
C
 
G
G
 
G
A
 
V
S
 
S
N
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
F
G
 
S
L
 
F
-
 
R
-
 
G
-
 
N
-
 
D
P
 
P
N
 
V
R
 
R
H
 
E
G
 
A
I
 
I
N
 
H
N
 
A
A
 
V
F
 
F
L
 
L
P
 
Y
M
 
Y
A
 
A
M
 
I
G
 
R
A
 
N
G
 
G
M
 
M
T
 
D
S
 
M
A
 
G
I
 
I
M
 
V
N
 
N
P
 
A
V
 
G
A
 
Q
L
 
L
P
 
A
I
 
I
T
 
Y
Q
 
D
K
 
D
K
 
L
I
 
P
A
 
A
E
 
E
K
 
L
K
 
R
A
 
D
E
 
A
V
 
V
E
 
E

Sites not aligning to the query:

3k13C Structure of the pterin-binding domain metr of 5- methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase from bacteroides thetaiotaomicron
28% identity, 67% coverage: 21:256/353 of query aligns to 4:247/287 of 3k13C

query
sites
3k13C
F
 
F
C
 
V
V
 
N
I
 
I
G
 
G
E
|
E
R
 
R
I
 
C
N
 
N
P
 
V
T
 
A
G
|
G
R
 
S
K
x
R
K
 
K
L
 
F
A
 
L
A
 
R
E
 
L
L
 
V
E
 
N
A
 
E
G
 
K
D
 
K
F
 
Y
S
 
D
T
 
E
V
 
A
E
 
L
K
 
S
D
 
I
A
 
A
L
 
R
A
 
Q
Q
 
Q
V
 
V
M
 
E
A
 
D
G
 
G
A
 
A
N
 
L
I
 
V
L
 
I
D
 
D
I
 
V
N
 
N
A
 
M
G
 
-
V
 
-
V
 
-
Y
 
-
N
 
D
S
 
D
N
 
G
P
 
L
N
 
L
P
 
D
N
 
A
E
 
R
T
 
T
E
 
E
P
 
-
P
 
-
L
 
-
M
 
M
T
 
T
K
 
T
I
 
F
V
 
L
E
 
N
L
 
L
V
 
I
Q
 
M
G
 
S
-
 
E
-
 
P
-
 
E
L
 
I
T
 
A
D
 
R
T
 
V
P
 
P
L
 
V
C
 
M
I
 
I
D
 
D
S
 
S
S
 
S
V
 
K
P
 
W
G
 
E
A
 
V
L
 
I
E
 
E
A
 
A
G
 
G
L
 
L
Q
 
K
A
 
C
A
 
L
E
 
Q
G
 
G
R
 
K
P
 
S
L
 
I
L
 
V
N
|
N
S
 
S
V
 
I
T
 
S
-
 
L
-
 
K
-
 
E
G
 
G
E
 
E
E
 
E
E
 
V
R
 
F
L
 
L
E
 
E
H
 
H
V
 
A
L
 
-
P
 
R
L
 
I
V
 
I
K
 
K
K
 
Q
Y
 
Y
N
 
G
V
 
A
P
 
A
V
 
T
V
 
V
A
 
V
I
 
M
S
 
A
N
 
F
D
 
D
D
 
E
T
 
K
G
 
G
I
 
Q
S
 
A
E
 
D
D
 
T
P
 
A
D
 
A
V
 
R
R
 
K
F
 
I
A
 
E
V
 
V
A
 
C
K
 
E
K
 
R
I
 
A
V
 
Y
E
 
R
R
 
L
A
 
L
A
 
V
D
 
D
-
 
K
F
 
V
G
 
G
I
 
F
P
 
N
A
 
P
H
 
H
D
 
D
I
 
I
V
 
I
V
 
F
D
|
D
P
 
P
L
 
N
V
 
V
M
 
L
P
 
A
I
 
V
G
 
-
A
 
A
M
 
T
A
 
G
T
 
I
A
 
E
G
 
E
Q
 
H
Q
 
N
V
 
N
F
 
Y
A
 
A
L
 
V
-
 
D
-
 
F
-
 
I
-
 
E
-
 
A
V
 
T
R
 
G
R
 
W
L
 
I
R
 
R
E
 
K
E
 
N
L
 
L
-
 
P
G
 
G
V
 
A
N
 
H
T
 
V
T
 
S
C
 
G
G
|
G
A
 
V
S
|
S
N
|
N
V
 
L
S
 
S
F
 
F
G
 
S
L
 
F
P
x
R
N
 
G
-
 
N
-
 
N
-
 
Y
-
 
I
R
|
R
H
 
E
G
 
A
I
 
M
N
 
H
N
 
A
A
 
V
F
 
F
L
 
L
P
 
Y
M
 
H
A
 
A
M
 
I
G
 
Q
A
 
Q
G
 
G
M
 
M
T
 
D
S
 
M
A
 
G
I
|
I
M
 
V
N
 
N
P
 
P

Query Sequence

>GFF1582 FitnessBrowser__Phaeo:GFF1582
MTRTVVESKTKTAILGFDEPFCVIGERINPTGRKKLAAELEAGDFSTVEKDALAQVMAGA
NILDINAGVVYNSNPNPNETEPPLMTKIVELVQGLTDTPLCIDSSVPGALEAGLQAAEGR
PLLNSVTGEEERLEHVLPLVKKYNVPVVAISNDDTGISEDPDVRFAVAKKIVERAADFGI
PAHDIVVDPLVMPIGAMATAGQQVFALVRRLREELGVNTTCGASNVSFGLPNRHGINNAF
LPMAMGAGMTSAIMNPVALPITQKKIAEKKAEVEAAGIILPEGMEDEAFVQMFGLGSTKP
RAGKEMEAIRAANLLTNNDPHGGEWIKANKEPAKEGEEGRGRGGRAGGRRRRA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory