SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF2570 FitnessBrowser__Marino:GFF2570 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 3 hits to proteins with known functional sites (download)

2a5hB 2.1 angstrom x-ray crystal structure of lysine-2,3-aminomutase from clostridium subterminale sb4, with michaelis analog (l-alpha-lysine external aldimine form of pyridoxal-5'-phosphate). (see paper)
33% identity, 95% coverage: 13:342/346 of query aligns to 10:338/410 of 2a5hB

query
sites
2a5hB
L
 
V
S
 
S
D
 
D
H
 
A
E
 
D
Q
 
W
R
 
N
S
 
D
W
 
W
Q
 
R
Q
 
W
L
 
Q
L
 
V
S
 
R
G
 
N
A
 
R
V
 
I
T
 
E
S
 
T
P
 
V
K
 
E
E
 
E
L
 
L
L
 
K
R
 
K
R
 
Y
L
 
I
E
 
P
L
 
L
P
 
T
E
 
K
E
 
E
P
 
E
W
 
E
L
 
-
A
 
E
G
 
G
A
 
V
E
 
A
Q
 
Q
G
 
C
H
 
V
R
 
K
L
 
S
F
 
L
Q
 
R
I
 
M
R
 
A
V
 
I
P
 
T
E
 
P
P
 
Y
F
 
Y
L
 
L
N
 
S
R
 
L
M
 
I
E
 
D
K
 
P
G
 
N
N
 
D
P
 
P
A
 
N
D
 
D
P
 
P
L
 
V
L
 
R
R
 
K
Q
 
Q
V
 
A
L
 
I
P
 
P
L
 
T
A
 
A
D
 
L
E
 
E
A
 
L
G
 
N
H
 
K
A
 
A
P
 
A
G
 
A
F
 
D
V
 
L
S
 
E
D
 
D
P
 
P
L
|
L
E
 
H
E
 
E
S
 
D
G
 
T
A
 
D
I
 
S
A
 
P
T
 
V
T
 
P
G
 
G
L
 
L
I
x
T
R
 
H
K
x
R
Y
|
Y
R
 
P
S
 
D
R
|
R
A
 
V
L
|
L
L
 
L
M
 
L
V
 
I
T
 
T
G
 
D
Q
 
M
C
|
C
A
 
S
I
 
M
N
 
Y
C
|
C
R
 
R
Y
x
H
C
|
C
F
x
T
R
|
R
R
 
R
H
 
R
F
 
F
P
 
A
Y
 
G
D
 
Q
E
 
S
Q
 
D
R
 
D
L
 
S
S
 
M
P
 
P
H
 
M
D
 
E
R
 
R
-
 
I
Q
 
D
R
 
K
V
 
A
I
 
I
D
 
D
V
 
Y
L
 
I
G
 
R
A
 
N
S
 
T
P
 
P
E
 
Q
I
 
V
N
 
R
E
 
D
V
 
V
I
x
L
F
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
D
 
D
P
 
A
L
 
L
A
 
L
V
 
V
N
 
S
D
 
D
R
 
E
L
 
T
L
 
L
S
 
E
Q
 
Y
W
 
I
A
 
I
S
 
A
A
 
K
I
 
L
S
 
R
G
 
E
I
 
I
P
 
P
H
 
H
I
 
V
R
 
E
R
 
I
L
 
V
R
|
R
L
 
I
H
x
G
T
 
S
R
|
R
L
 
T
P
 
P
V
 
V
V
 
V
I
 
L
P
 
P
Q
 
Q
R
 
R
V
 
I
C
 
T
D
 
P
E
 
E
L
 
L
L
 
V
K
 
N
W
 
M
L
 
L
S
 
K
T
 
K
T
 
Y
P
 
H
L
 
-
Q
 
P
V
 
V
V
 
W
I
 
L
V
 
N
L
 
T
H
|
H
I
 
F
N
 
N
H
 
H
P
 
P
A
 
N
E
 
E
I
 
I
D
 
T
G
 
E
P
 
E
T
 
S
R
 
T
R
 
R
A
 
A
L
 
C
G
 
Q
Y
 
L
L
 
L
R
 
A
A
 
D
A
 
A
G
 
G
A
 
V
T
 
P
L
 
L
L
 
G
N
 
N
Q
|
Q
S
 
S
V
|
V
I
 
L
L
 
L
R
 
R
G
 
G
V
 
V
N
 
N
D
 
D
R
 
C
T
 
V
A
 
H
V
 
V
L
 
M
E
 
K
E
 
E
L
 
L
S
 
V
E
 
N
T
 
K
L
 
L
F
 
V
D
 
K
A
 
I
G
 
R
V
 
V
L
 
R
P
 
P
Y
|
Y
Y
|
Y
L
 
I
H
x
Y
A
 
Q
F
x
C
D
|
D
P
 
L
V
 
S
T
 
L
G
 
G
A
 
L
H
 
E
H
 
H
F
 
F
D
 
R
V
 
T
S
 
P
D
 
V
D
 
S
E
 
K
A
 
G
R
 
I
N
 
E
L
 
I
V
 
I
R
 
E
E
 
G
L
 
L
L
 
R
A
 
G
R
 
H
L
 
T
P
 
S
G
 
G
F
 
Y
L
 
C
V
 
V
P
 
P
K
 
T
L
 
F
V
 
V
R
 
V
E
x
D
E
 
A
P
 
P
G
 
G
K
 
G
E
 
G
S
 
G
K
|
K
T
 
T
P
 
P
I
 
V

Sites not aligning to the query:

Q9XBQ8 L-lysine 2,3-aminomutase; LAM; KAM; EC 5.4.3.2 from Clostridium subterminale (see paper)
33% identity, 95% coverage: 13:342/346 of query aligns to 12:340/416 of Q9XBQ8

query
sites
Q9XBQ8
L
 
V
S
 
S
D
 
D
H
 
A
E
 
D
Q
 
W
R
 
N
S
 
D
W
 
W
Q
 
R
Q
 
W
L
 
Q
L
 
V
S
 
R
G
 
N
A
 
R
V
 
I
T
 
E
S
 
T
P
 
V
K
 
E
E
 
E
L
 
L
L
 
K
R
 
K
R
 
Y
L
 
I
E
 
P
L
 
L
P
 
T
E
 
K
E
 
E
P
 
E
W
 
E
L
 
-
A
 
E
G
 
G
A
 
V
E
 
A
Q
 
Q
G
 
C
H
 
V
R
 
K
L
 
S
F
 
L
Q
 
R
I
 
M
R
 
A
V
 
I
P
 
T
E
 
P
P
 
Y
F
 
Y
L
 
L
N
 
S
R
 
L
M
 
I
E
 
D
K
 
P
G
 
N
N
 
D
P
 
P
A
 
N
D
 
D
P
 
P
L
 
V
L
 
R
R
 
K
Q
 
Q
V
 
A
L
 
I
P
 
P
L
 
T
A
 
A
D
 
L
E
|
E
A
 
L
G
 
N
H
 
K
A
 
A
P
 
A
G
 
A
F
 
D
V
 
L
S
 
E
D
|
D
P
 
P
L
 
L
E
 
H
E
 
E
S
 
D
G
 
T
A
 
D
I
 
S
A
 
P
T
 
V
T
 
P
G
 
G
L
 
L
I
 
T
R
 
H
K
 
R
Y
 
Y
R
 
P
S
 
D
R
 
R
A
 
V
L
 
L
L
 
L
M
 
L
V
 
I
T
 
T
G
 
D
Q
 
M
C
 
C
A
 
S
I
 
M
N
 
Y
C
 
C
R
|
R
Y
 
H
C
 
C
F
 
T
R
|
R
R
|
R
H
x
R
F
 
F
P
 
A
Y
 
G
D
 
Q
E
 
S
Q
 
D
R
 
D
L
 
S
S
 
M
P
 
P
H
 
M
D
 
E
R
 
R
-
 
I
Q
 
D
R
 
K
V
 
A
I
 
I
D
 
D
V
 
Y
L
 
I
G
 
R
A
 
N
S
 
T
P
 
P
E
 
Q
I
 
V
N
 
R
E
x
D
V
 
V
I
 
L
F
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
D
|
D
P
 
A
L
 
L
A
 
L
V
 
V
N
 
S
D
 
D
R
 
E
L
 
T
L
 
L
S
 
E
Q
 
Y
W
 
I
A
 
I
S
 
A
A
 
K
I
 
L
S
 
R
G
 
E
I
 
I
P
 
P
H
 
H
I
 
V
R
 
E
R
 
I
L
 
V
R
 
R
L
 
I
H
 
G
T
 
S
R
 
R
L
 
T
P
 
P
V
 
V
V
 
V
I
 
L
P
 
P
Q
 
Q
R
 
R
V
 
I
C
 
T
D
 
P
E
 
E
L
 
L
L
 
V
K
 
N
W
 
M
L
 
L
S
 
K
T
 
K
T
 
Y
P
 
H
L
 
-
Q
 
P
V
 
V
V
 
W
I
 
L
V
 
N
L
 
T
H
 
H
I
 
F
N
 
N
H
 
H
P
 
P
A
 
N
E
|
E
I
 
I
D
 
T
G
 
E
P
 
E
T
 
S
R
 
T
R
 
R
A
 
A
L
 
C
G
 
Q
Y
 
L
L
 
L
R
 
A
A
 
D
A
 
A
G
 
G
A
 
V
T
 
P
L
 
L
L
 
G
N
 
N
Q
 
Q
S
 
S
V
 
V
I
 
L
L
 
L
R
 
R
G
 
G
V
 
V
N
 
N
D
 
D
R
 
C
T
 
V
A
 
H
V
 
V
L
 
M
E
 
K
E
 
E
L
 
L
S
 
V
E
 
N
T
 
K
L
 
L
F
 
V
D
 
K
A
 
I
G
 
R
V
 
V
L
 
R
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
L
 
I
H
 
Y
A
 
Q
F
 
C
D
|
D
P
 
L
V
 
S
T
 
L
G
 
G
A
 
L
H
 
E
H
 
H
F
 
F
D
 
R
V
 
T
S
 
P
D
 
V
D
 
S
E
 
K
A
 
G
R
 
I
N
 
E
L
 
I
V
 
I
R
 
E
E
 
G
L
 
L
L
 
R
A
 
G
R
 
H
L
 
T
P
 
S
G
 
G
F
 
Y
L
 
C
V
 
V
P
 
P
K
 
T
L
 
F
V
 
V
R
 
V
E
x
D
E
 
A
P
 
P
G
 
G
K
 
G
E
 
G
S
 
G
K
 
K
T
 
T
P
 
P
I
 
V

O34676 L-lysine 2,3-aminomutase; LAM; KAM; EC 5.4.3.2 from Bacillus subtilis (strain 168) (see paper)
31% identity, 92% coverage: 20:339/346 of query aligns to 28:346/471 of O34676

query
sites
O34676
S
 
D
W
 
W
Q
 
L
Q
 
W
L
 
Q
L
 
L
S
 
T
G
 
H
A
 
T
V
 
V
T
 
R
S
 
T
P
 
L
K
 
D
E
 
D
L
 
L
L
 
K
R
 
K
R
 
V
L
 
I
E
 
N
L
 
L
P
 
T
E
 
E
E
 
D
P
 
-
W
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
A
 
E
E
 
E
Q
 
E
G
 
G
H
 
V
R
 
R
L
 
I
F
 
S
Q
 
T
I
 
K
R
 
T
V
 
I
P
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
I
E
 
T
P
 
P
F
 
Y
L
 
Y
-
 
A
N
 
S
R
 
L
M
 
M
E
 
D
K
 
P
G
 
D
N
 
N
P
 
P
A
 
R
D
 
C
P
 
P
L
 
V
L
 
R
R
 
M
Q
 
Q
V
 
S
L
 
V
P
 
P
L
 
L
A
 
S
D
 
E
E
 
E
A
 
M
G
 
H
H
 
K
A
 
T
P
 
K
G
 
Y
F
 
D
V
 
L
S
 
E
D
 
D
P
 
P
L
 
L
E
 
H
E
 
E
S
 
D
G
 
E
A
 
D
I
 
S
A
 
P
T
 
V
T
 
P
G
 
G
L
 
L
I
 
T
R
 
H
K
 
R
Y
 
Y
R
 
P
S
 
D
R
 
R
A
 
V
L
 
L
L
 
F
M
 
L
V
 
V
T
 
T
G
 
N
Q
 
Q
C
 
C
A
 
S
I
 
M
N
 
Y
C
 
C
R
 
R
Y
 
Y
C
 
C
F
 
T
R
 
R
R
 
R
H
 
R
F
 
F
P
 
S
Y
 
G
D
 
Q
E
 
I
Q
 
G
R
 
M
L
 
G
S
 
V
P
 
P
H
 
K
D
 
K
R
 
Q
-
 
L
Q
 
D
R
 
A
V
 
A
I
 
I
D
 
A
V
 
Y
L
 
I
G
 
R
A
 
E
S
 
T
P
 
P
E
 
E
I
 
I
N
 
R
E
 
D
V
 
C
I
 
L
F
 
I
S
 
S
G
 
G
G
 
G
D
 
D
P
 
G
L
 
L
A
 
L
V
 
I
N
 
N
D
 
D
R
 
Q
L
 
I
L
 
L
S
 
E
Q
 
Y
W
 
I
A
 
L
S
 
K
A
 
E
I
 
L
S
 
R
G
 
S
I
 
I
P
 
P
H
 
H
I
 
L
R
 
E
R
 
V
L
 
I
R
 
R
L
 
I
H
 
G
T
 
T
R
 
R
L
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
V
I
 
F
P
 
P
Q
 
Q
R
 
R
V
 
I
C
 
T
D
 
D
-
 
H
-
 
L
-
 
C
E
 
E
L
 
I
L
 
L
K
 
K
-
 
K
-
 
Y
-
 
H
-
 
P
-
 
V
W
 
W
L
 
L
S
 
N
T
 
T
T
 
-
P
 
-
L
 
-
Q
 
-
V
 
-
V
 
-
I
 
-
V
 
-
L
 
-
H
 
H
I
 
F
N
 
N
H
 
T
P
 
S
A
 
I
E
 
E
I
 
M
D
 
T
G
 
E
P
 
E
T
 
S
R
 
V
R
 
E
A
 
A
L
 
C
G
 
E
Y
 
K
L
 
L
R
 
V
A
 
N
A
 
A
G
 
G
A
 
V
T
 
P
L
 
V
L
 
G
N
 
N
Q
 
Q
S
 
A
V
 
V
I
 
V
L
 
L
R
 
A
G
 
G
V
 
I
N
 
N
D
 
D
R
 
S
T
 
V
A
 
P
V
 
I
L
 
M
E
 
K
E
 
K
L
 
L
S
 
M
E
 
H
T
 
D
L
 
L
F
 
V
D
x
K
A
 
I
G
 
R
V
 
V
L
 
R
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
L
 
I
H
 
Y
A
 
Q
F
 
C
D
 
D
P
 
L
V
 
S
T
 
E
G
 
G
A
 
I
H
 
G
H
 
H
F
 
F
D
 
R
V
 
A
S
 
P
D
 
V
D
 
S
E
 
K
A
 
G
R
 
L
N
 
E
L
 
I
V
 
I
R
 
E
E
 
G
L
 
L
L
 
R
A
 
G
R
 
H
L
 
T
P
 
S
G
 
G
F
 
Y
L
 
A
V
 
V
P
 
P
K
 
T
L
 
F
V
 
V
R
 
V
E
 
D
E
 
A
P
 
P
G
 
G
K
 
G
E
 
G
S
 
G
K
|
K

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>GFF2570 FitnessBrowser__Marino:GFF2570
MIQRTPARIEAHLSDHEQRSWQQLLSGAVTSPKELLRRLELPEEPWLAGAEQGHRLFQIR
VPEPFLNRMEKGNPADPLLRQVLPLADEAGHAPGFVSDPLEESGAIATTGLIRKYRSRAL
LMVTGQCAINCRYCFRRHFPYDEQRLSPHDRQRVIDVLGASPEINEVIFSGGDPLAVNDR
LLSQWASAISGIPHIRRLRLHTRLPVVIPQRVCDELLKWLSTTPLQVVIVLHINHPAEID
GPTRRALGYLRAAGATLLNQSVILRGVNDRTAVLEELSETLFDAGVLPYYLHAFDPVTGA
HHFDVSDDEARNLVRELLARLPGFLVPKLVREEPGKESKTPINLLP

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory