SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF3464 FitnessBrowser__WCS417:GFF3464 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
40% identity, 86% coverage: 33:297/307 of query aligns to 3:268/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
I
 
I
G
 
G
A
 
L
S
 
V
F
 
I
Q
 
S
E
 
T
I
 
L
N
 
N
N
|
N
P
 
P
Y
x
F
F
|
F
V
 
V
T
 
T
M
 
L
K
 
K
N
 
N
A
 
G
L
 
A
E
 
E
E
 
E
A
 
K
G
 
A
A
 
K
T
 
E
I
 
L
G
 
G
A
 
Y
K
 
K
L
 
I
I
 
I
I
 
V
T
 
E
D
 
D
A
 
S
R
 
Q
H
 
N
D
 
D
V
 
S
S
 
S
K
 
K
Q
 
E
V
 
L
S
 
S
D
 
N
V
 
V
E
 
E
D
 
D
M
 
L
L
 
I
Q
 
Q
K
 
Q
G
 
K
I
 
V
D
 
D
I
 
V
L
 
L
L
 
L
I
 
I
N
 
N
P
 
P
T
 
V
D
 
D
S
 
S
V
 
D
G
 
A
V
 
V
Q
 
V
S
 
T
A
 
A
V
 
I
K
 
K
S
 
E
A
 
A
H
 
N
A
 
S
A
 
K
G
 
N
V
 
I
V
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
T
V
 
I
D
|
D
A
x
R
Q
 
S
A
 
A
D
 
N
-
 
G
G
 
G
P
 
D
L
 
V
D
 
V
S
 
C
F
 
H
V
 
I
G
 
A
S
 
S
K
 
D
N
 
N
F
 
V
D
 
K
A
 
G
G
 
G
F
 
E
Q
 
M
A
 
A
C
 
A
E
 
E
Y
 
F
L
 
I
A
 
A
K
 
K
N
 
A
I
 
L
G
 
K
D
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
I
 
V
A
 
V
I
 
E
L
 
L
D
 
E
G
 
G
I
 
I
-
 
P
A
 
G
V
 
A
V
 
S
P
x
A
I
 
A
L
 
R
E
 
D
R
|
R
V
 
G
R
 
K
G
 
G
C
 
F
K
 
D
E
 
E
A
 
A
V
 
I
A
 
A
K
 
K
H
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
I
V
 
V
S
 
A
I
 
K
Q
 
Q
N
 
A
G
 
A
K
 
D
Q
x
F
E
 
D
R
 
R
D
 
S
Q
 
K
A
 
G
L
 
L
T
 
S
V
 
V
T
 
M
E
 
E
N
 
N
M
 
I
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
Q
P
 
P
T
 
K
L
 
I
K
 
D
G
 
A
I
 
V
F
 
F
S
 
A
V
 
Q
N
|
N
D
 
D
N
 
E
G
 
M
S
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
I
S
 
K
A
 
A
I
 
I
E
 
E
A
 
A
S
 
A
G
 
N
L
 
R
D
 
Q
-
 
G
V
 
I
K
 
I
L
 
V
V
 
V
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
A
 
T
P
 
E
E
 
D
A
 
A
I
 
L
K
 
K
A
 
A
I
 
I
Q
 
K
K
 
E
P
 
-
G
 
-
S
 
G
K
 
K
F
 
M
I
 
A
A
 
A
T
 
T
S
 
I
A
 
A
Q
|
Q
Y
 
Q
P
 
P
R
 
-
D
 
-
Q
 
A
I
 
L
R
 
M
L
 
G
A
 
S
L
 
L
G
 
G
I
 
V
A
 
E
L
 
M
A
 
A
R
 
D
K
 
K
W
 
Y
-
 
L
-
 
K
G
 
G
A
 
E
Q
 
K
V
 
I
P
 
P
A
 
N
T
 
F
L
 
I
P
 
P
V
 
A
D
 
E
I
 
L
T
 
K
L
 
L
I
 
I

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
36% identity, 90% coverage: 29:305/307 of query aligns to 2:287/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
K
 
K
P
 
P
I
 
-
R
 
Q
I
 
I
G
 
A
A
 
L
S
 
L
F
 
M
Q
x
K
E
 
T
I
 
L
N
 
S
N
|
N
P
 
E
Y
|
Y
F
 
F
V
 
I
T
 
S
M
 
M
K
 
R
N
 
Q
A
 
G
L
 
A
E
 
E
E
 
E
A
 
T
G
 
A
A
 
K
T
 
Q
I
 
K
G
 
D
A
 
I
K
 
D
L
 
L
I
 
I
I
 
V
T
 
Q
D
 
V
A
 
A
-
 
E
R
 
K
H
 
E
D
 
D
V
 
S
S
 
T
K
 
E
Q
 
Q
-
 
L
V
 
V
S
 
G
D
 
L
V
 
V
E
 
E
D
 
N
M
 
M
L
 
I
Q
 
A
K
 
K
G
 
K
I
 
V
D
 
D
I
 
A
L
 
I
L
 
I
I
 
V
N
 
T
P
 
P
T
 
N
D
 
D
S
 
S
V
 
I
G
 
A
V
 
F
Q
 
I
S
 
P
A
 
A
V
 
F
K
 
Q
S
 
K
A
 
A
H
 
E
A
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
I
V
 
I
A
 
D
V
 
L
D
|
D
-
 
V
-
 
R
-
 
L
-
 
D
-
 
A
-
 
K
-
 
A
A
 
A
Q
 
E
A
 
A
D
 
A
G
 
G
P
 
L
L
 
K
D
 
F
S
 
N
F
 
Y
V
 
V
G
 
G
S
 
V
K
 
D
N
 
N
F
 
F
D
 
N
A
 
G
G
 
G
F
 
Y
Q
 
L
A
 
E
C
 
A
E
 
K
Y
 
N
L
 
L
A
 
A
K
 
E
N
 
A
I
 
I
G
 
G
D
 
K
K
 
K
G
 
G
N
 
N
I
 
V
A
 
A
I
 
I
L
 
L
D
 
E
G
 
G
I
 
I
A
 
P
V
 
G
V
 
V
P
 
D
I
x
N
L
 
G
E
 
E
-
 
Q
R
|
R
V
 
K
R
 
G
G
 
G
C
 
A
K
 
L
E
 
K
A
 
A
V
 
F
A
 
A
K
 
E
H
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
I
V
 
V
S
 
A
I
 
S
Q
 
Q
N
 
S
G
 
A
K
 
N
Q
x
W
E
 
E
R
 
T
D
 
E
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
T
 
N
V
 
V
T
 
T
E
 
T
N
 
N
M
 
I
L
 
L
Q
 
T
A
 
A
Q
 
N
P
 
P
T
 
N
L
 
I
K
 
N
G
 
G
I
 
I
F
 
F
S
 
A
V
 
A
N
 
N
D
 
D
N
 
N
G
 
M
S
 
A
L
 
I
G
 
G
A
 
A
L
 
V
S
 
T
A
 
A
I
 
V
E
 
E
A
 
N
S
 
A
G
 
G
L
 
L
D
 
A
V
 
G
K
 
K
-
 
V
L
 
L
V
 
V
S
 
S
-
 
G
V
 
Y
D
|
D
G
 
G
A
 
I
P
 
P
E
 
L
A
 
A
I
 
I
K
 
E
A
 
Y
I
 
V
Q
 
K
K
 
Q
P
 
-
G
 
-
S
 
G
K
 
K
F
 
M
I
 
Q
A
 
N
T
 
T
S
 
I
A
 
D
Q
|
Q
Y
 
L
P
 
P
R
 
K
D
 
K
Q
 
Q
I
 
V
R
 
A
L
 
I
A
 
A
L
 
I
G
 
E
I
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
K
R
 
Q
K
 
I
W
 
N
G
 
K
A
 
Q
Q
 
E
V
 
I
P
 
P
A
 
S
T
 
V
L
 
Y
P
 
Y
V
 
V
D
 
D
I
 
P
T
 
V
L
 
V
I
 
V
D
 
D
Q
 
K
A
 
E
K
 
Q
A
 
S
K
 
K
D
 
N
F
 
Y

1dbpA Identical mutations at corresponding positions in two homologous proteins with non-identical effects (see paper)
37% identity, 84% coverage: 40:297/307 of query aligns to 11:268/271 of 1dbpA

query
sites
1dbpA
I
 
L
N
 
N
N
|
N
P
 
P
Y
x
F
F
 
F
V
 
V
T
 
S
M
 
L
K
 
K
N
 
D
A
 
G
L
 
A
E
 
Q
E
 
K
A
 
E
G
 
A
A
 
D
T
 
K
I
 
L
G
 
G
A
 
Y
K
 
N
L
 
L
I
 
V
I
 
V
T
 
L
D
 
D
A
 
S
R
 
Q
H
 
N
D
 
N
V
 
P
S
 
A
K
 
K
Q
 
E
V
 
L
S
 
A
D
 
N
V
 
V
E
 
Q
D
 
D
M
 
L
L
 
T
Q
 
V
K
 
R
G
 
G
I
 
T
D
 
K
I
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
I
N
 
N
P
 
P
T
 
T
D
 
D
S
 
S
V
 
D
G
 
A
V
 
V
Q
 
D
S
 
N
A
 
A
V
 
V
K
 
K
S
 
M
A
 
A
H
 
N
A
 
Q
A
 
A
G
 
N
V
 
I
V
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
T
V
 
L
D
|
D
A
x
R
Q
 
Q
A
 
A
-
 
T
D
 
K
G
 
G
P
 
E
L
 
V
D
 
V
S
 
S
F
 
H
V
 
I
G
 
A
S
 
S
K
 
D
N
 
N
F
 
V
D
 
L
A
 
G
G
 
G
F
 
K
Q
 
I
A
 
A
C
 
G
E
 
D
Y
 
Y
L
 
I
A
 
A
K
 
K
N
 
K
I
 
A
G
 
G
D
 
E
K
 
G
G
 
A
N
 
K
I
 
V
A
 
I
I
 
E
L
 
L
D
 
Q
G
 
G
I
 
I
A
 
A
-
 
G
V
 
T
V
 
S
P
 
A
I
 
A
L
 
R
E
 
E
R
|
R
V
 
G
R
 
E
G
 
G
C
 
F
K
 
Q
E
 
Q
A
 
A
V
 
V
A
 
A
K
 
A
H
 
H
P
 
K
D
 
-
I
 
F
K
 
N
I
 
V
V
 
L
S
 
A
I
 
S
Q
 
Q
N
 
P
G
 
A
K
 
D
Q
x
F
E
 
D
R
 
R
D
 
I
Q
 
K
A
 
G
L
 
L
T
 
N
V
 
V
T
 
M
E
 
Q
N
 
N
M
 
L
L
 
L
Q
 
T
A
 
A
Q
 
H
P
 
P
T
 
D
L
 
V
K
 
Q
G
 
A
I
 
V
F
 
F
S
 
A
V
 
Q
N
|
N
D
 
D
N
 
E
G
 
M
S
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
L
S
 
R
A
 
A
I
 
L
E
 
Q
A
 
T
S
 
A
G
 
G
L
 
K
-
 
S
D
 
D
V
 
V
K
 
M
L
 
V
V
 
V
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
A
 
T
P
 
P
E
 
D
A
 
G
I
 
E
K
 
K
A
 
A
I
 
V
Q
 
N
K
 
D
P
 
-
G
 
-
S
 
G
K
 
K
F
 
L
I
 
A
A
 
A
T
 
T
S
 
I
A
 
A
Q
 
Q
Y
 
L
P
 
P
R
 
-
D
 
D
Q
 
Q
I
 
I
R
 
G
L
 
-
A
 
A
L
 
K
G
 
G
I
 
V
A
 
E
L
 
T
A
 
A
R
 
D
K
 
K
-
 
V
-
 
L
W
 
K
G
 
G
A
 
E
Q
 
K
V
 
V
P
 
Q
A
 
A
T
 
K
L
 
Y
P
 
P
V
 
V
D
 
D
I
 
L
T
 
K
L
 
L
I
 
V

4zjpA Structure of an abc-transporter solute binding protein (sbp_ipr025997) from actinobacillus succinogenes (asuc_0197, target efi-511067) with bound beta-d-ribopyranose
34% identity, 87% coverage: 33:299/307 of query aligns to 5:270/270 of 4zjpA

query
sites
4zjpA
I
 
I
G
 
A
A
 
L
S
 
T
F
 
V
Q
 
S
E
 
T
I
 
L
N
 
D
N
|
N
P
 
P
Y
x
F
F
|
F
V
 
V
T
 
S
M
 
L
K
 
K
N
 
D
A
 
G
L
 
A
E
 
Q
E
 
K
A
 
K
G
 
A
A
 
T
T
 
E
I
 
L
G
 
G
A
 
Y
K
 
K
L
 
L
I
 
V
I
 
V
T
 
L
D
 
D
A
 
S
R
 
Q
H
 
N
D
 
D
V
 
P
S
 
S
K
 
K
Q
 
E
V
 
L
S
 
S
D
 
N
V
 
V
E
 
E
D
 
D
M
 
L
L
 
T
Q
 
V
K
 
R
G
 
G
I
 
A
D
 
K
I
 
V
L
 
L
L
 
L
I
 
I
N
 
N
P
 
P
T
 
T
D
 
D
S
 
S
V
 
A
G
 
A
V
 
V
Q
 
S
S
 
N
A
 
A
V
 
V
K
 
A
S
 
I
A
 
A
H
 
N
A
 
R
A
 
N
G
 
K
V
 
I
V
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
T
V
 
L
D
|
D
-
x
R
A
 
G
Q
 
A
A
 
A
D
 
K
G
 
G
P
 
E
L
 
V
D
 
V
S
 
S
F
 
H
V
 
I
G
 
A
S
 
S
K
 
D
N
 
N
F
 
V
D
 
A
A
 
G
G
 
G
F
 
K
Q
 
M
A
 
A
C
 
G
E
 
D
Y
 
F
L
 
I
A
 
A
K
 
Q
N
 
K
I
 
L
G
 
G
D
 
D
K
 
G
G
 
A
N
 
K
I
 
V
A
 
I
I
 
Q
L
 
L
D
 
E
G
 
G
I
 
L
A
 
A
-
 
G
V
 
T
V
 
S
P
 
A
I
 
A
L
 
R
E
 
E
R
|
R
V
 
G
R
 
E
G
 
G
C
 
F
K
 
K
E
 
Q
A
 
A
V
 
I
A
 
E
K
 
A
H
 
H
P
 
K
D
 
-
I
 
F
K
 
D
I
 
V
V
 
L
S
 
A
I
 
S
Q
 
Q
N
 
P
G
 
A
K
 
D
Q
x
F
E
 
D
R
 
R
D
 
T
Q
 
K
A
 
G
L
 
L
T
 
N
V
 
V
T
 
T
E
 
E
N
 
N
M
 
L
L
 
L
Q
 
A
A
 
S
Q
 
K
P
 
G
T
 
S
L
 
V
K
 
Q
G
 
A
I
 
I
F
 
F
S
 
A
V
 
Q
N
|
N
D
 
D
N
 
E
G
 
M
S
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
L
S
 
R
A
 
A
I
 
I
E
 
S
A
 
A
S
 
A
G
 
G
L
 
K
D
 
K
V
 
V
K
 
L
L
 
V
V
 
V
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
A
 
T
P
 
E
E
 
D
A
 
G
I
 
V
K
 
K
A
 
A
I
 
V
Q
 
K
K
 
S
P
 
-
G
 
-
S
 
G
K
 
K
F
 
L
I
 
A
A
 
A
T
 
T
S
 
V
A
 
A
Q
|
Q
Y
 
Q
P
 
P
R
 
-
D
 
-
Q
 
E
I
 
L
R
 
I
L
 
G
A
 
S
L
 
L
G
 
G
I
 
V
A
 
E
L
 
T
A
 
A
R
 
D
K
 
K
W
 
I
-
 
L
-
 
K
G
 
G
A
 
E
Q
 
K
V
 
V
P
 
D
A
 
A
T
 
K
L
 
I
P
 
P
V
 
V
D
 
A
I
 
L
T
 
K
L
 
V
I
 
V
D
 
T
Q
 
E

7e7mC Crystal structure analysis of the streptococcus agalactiae ribose binding protein rbsb
32% identity, 92% coverage: 27:307/307 of query aligns to 5:284/284 of 7e7mC

query
sites
7e7mC
A
 
S
A
 
A
K
 
K
P
 
D
I
 
L
R
 
K
I
 
L
G
 
G
A
 
V
S
 
S
F
 
I
Q
 
S
E
 
T
I
 
T
N
 
N
N
|
N
P
 
P
Y
|
Y
F
|
F
V
 
V
T
 
A
M
 
M
K
 
K
N
 
D
A
 
G
L
 
I
E
 
D
E
 
K
A
 
Y
G
 
A
A
 
S
T
 
N
I
 
K
G
 
K
A
 
I
K
 
S
L
 
I
I
 
K
I
 
V
T
 
A
D
 
D
A
 
A
R
 
Q
H
 
D
D
 
D
V
 
A
S
 
A
K
 
R
Q
 
Q
V
 
A
S
 
D
D
 
D
V
 
V
E
 
Q
D
 
N
M
 
F
L
 
I
Q
 
S
K
 
Q
G
 
N
I
 
V
D
 
D
I
 
A
L
 
I
L
 
L
I
 
I
N
 
N
P
 
P
T
 
V
D
 
D
S
 
S
V
 
K
G
 
A
V
 
I
Q
 
V
S
 
T
A
 
A
V
 
I
K
 
K
S
 
S
A
 
A
H
 
N
A
 
N
A
 
A
G
 
N
V
 
I
V
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
L
V
 
M
D
|
D
A
x
R
Q
 
G
A
 
S
D
 
E
-
 
G
G
 
G
P
 
K
L
 
V
D
 
L
S
 
T
F
 
T
V
 
V
G
 
A
S
 
S
K
 
D
N
 
N
F
 
V
D
 
A
A
 
A
G
 
G
F
 
K
Q
 
M
A
 
A
C
 
A
E
 
D
Y
 
Y
L
 
A
A
 
V
K
 
K
N
 
K
I
 
L
G
 
G
D
 
K
K
 
K
G
 
A
N
 
K
I
 
A
A
 
F
I
 
E
L
 
L
D
 
S
G
 
G
I
 
V
-
 
P
A
 
G
V
 
A
V
 
S
P
 
A
I
 
T
L
 
V
E
 
D
R
|
R
V
 
G
R
 
K
G
 
G
C
 
F
K
 
-
E
 
H
A
 
S
V
 
V
A
 
A
K
 
K
H
 
S
P
 
K
D
 
-
I
 
L
K
 
D
I
 
M
V
 
L
S
 
S
I
 
S
Q
 
Q
N
 
S
G
 
A
K
 
N
Q
x
F
E
 
D
R
 
R
D
 
A
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
N
V
 
T
T
 
T
E
 
Q
N
 
N
M
 
M
L
 
I
Q
 
Q
A
 
G
Q
 
H
P
 
K
T
 
D
L
 
V
K
 
Q
G
 
I
I
 
I
F
 
F
S
 
A
V
 
Q
N
|
N
D
 
D
N
 
E
G
 
M
S
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
A
S
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
K
A
 
S
S
 
A
G
 
G
L
 
L
-
 
Q
D
 
N
V
 
V
K
 
L
L
 
I
V
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
A
 
Q
P
 
P
E
 
D
A
 
A
I
 
H
K
 
D
A
 
A
I
 
I
Q
 
K
K
 
K
P
 
-
G
 
-
S
 
G
K
 
D
F
 
I
I
 
S
A
 
A
T
 
T
S
 
I
A
 
A
Q
|
Q
Y
 
Q
P
 
P
R
 
A
D
 
K
Q
 
M
I
 
G
R
 
E
L
 
I
A
 
A
L
 
I
G
 
Q
I
 
A
A
 
A
L
 
I
A
 
D
R
 
Y
K
 
Y
W
 
K
G
 
G
A
 
K
Q
 
K
V
 
V
P
 
E
A
 
K
T
 
E
L
 
T
P
 
I
V
 
S
D
 
P
I
 
I
T
 
Y
L
 
L
I
 
V
D
 
T
Q
 
K
A
 
D
K
 
N
A
 
V
K
 
E
D
 
K
F
 
Y
S
 
N
W
 
W

2fn8A Thermotoga maritima ribose binding protein ribose bound form (see paper)
32% identity, 84% coverage: 40:297/307 of query aligns to 11:278/292 of 2fn8A

query
sites
2fn8A
I
 
L
N
 
N
N
|
N
P
 
P
Y
x
W
F
|
F
V
 
V
T
 
V
M
 
L
K
 
A
N
 
E
A
 
T
L
 
A
E
 
K
E
 
Q
A
 
R
G
 
A
A
 
E
T
 
Q
I
 
L
G
 
G
A
 
Y
K
 
E
L
 
A
I
 
T
I
 
I
T
 
F
D
 
D
A
 
S
R
 
Q
H
 
N
D
 
D
V
 
T
S
 
A
K
 
K
Q
 
E
V
 
S
S
 
A
D
 
H
V
 
F
E
 
D
D
 
A
M
 
I
L
 
I
Q
 
A
K
 
A
G
 
G
I
 
Y
D
 
D
I
 
A
L
 
I
L
 
I
I
 
F
N
 
N
P
 
P
T
 
T
D
 
D
S
 
A
V
 
D
G
 
G
V
 
S
Q
 
I
S
 
A
A
 
N
V
 
V
K
 
K
S
 
R
A
 
A
H
 
K
A
 
E
A
 
A
G
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
V
V
 
F
A
 
C
V
 
V
D
|
D
A
x
R
-
 
G
-
 
I
Q
 
N
A
 
A
D
 
R
G
 
G
P
 
L
L
 
A
D
 
V
S
 
A
F
 
Q
V
 
I
G
 
Y
S
 
S
K
 
D
N
 
N
F
 
Y
D
 
Y
A
 
G
G
 
G
F
 
V
Q
 
L
A
 
M
C
 
G
E
 
E
Y
 
Y
L
 
F
A
 
V
K
 
K
N
 
F
I
 
L
G
 
K
D
 
E
K
 
K
G
 
Y
N
 
P
I
 
D
A
 
A
-
 
K
-
 
E
-
 
I
-
 
P
-
 
Y
-
 
A
-
 
E
I
 
L
L
 
L
D
 
G
G
 
I
I
 
L
A
 
S
V
 
A
V
 
Q
P
 
P
I
 
T
L
 
W
E
 
D
R
|
R
V
 
S
R
 
N
G
 
G
C
 
F
K
 
H
E
 
S
A
 
V
V
 
V
A
 
D
K
 
Q
H
 
Y
P
 
P
D
 
E
I
 
F
K
 
K
I
 
M
V
 
V
S
 
A
I
 
Q
Q
 
Q
N
 
S
G
 
A
K
 
E
Q
x
F
E
 
D
R
 
R
D
 
D
Q
 
T
A
 
A
L
 
Y
T
 
K
V
 
V
T
 
T
E
 
E
N
 
Q
M
 
I
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
H
P
 
P
T
 
E
L
 
I
K
 
K
G
 
A
I
 
I
F
 
W
S
 
C
V
 
G
N
|
N
D
 
D
N
 
A
G
 
M
S
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
M
S
 
K
A
 
A
I
 
C
E
 
E
A
 
A
S
 
A
G
 
G
-
 
R
L
 
T
D
 
D
V
 
I
K
 
Y
L
 
I
V
 
F
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
A
 
A
P
 
E
E
 
D
A
 
V
I
 
I
K
 
N
A
 
A
I
 
I
Q
 
-
K
 
K
P
 
E
G
 
G
S
 
K
K
 
Q
F
 
I
I
 
V
A
 
A
T
 
T
S
 
I
A
 
M
Q
|
Q
Y
 
F
P
 
P
R
 
K
D
 
L
Q
 
M
I
 
A
R
 
R
L
 
L
A
 
A
L
 
V
G
 
E
I
 
W
A
 
A
L
 
D
A
 
Q
R
 
Y
K
 
L
W
 
R
G
 
G
A
 
E
Q
 
R
-
 
S
V
 
F
P
 
P
A
 
E
T
 
I
L
 
V
P
 
P
V
 
V
D
 
T
I
 
V
T
 
E
L
 
L
I
 
V

4irxA Crystal structure of caulobacter myo-inositol binding protein bound to myo-inositol (see paper)
33% identity, 78% coverage: 36:274/307 of query aligns to 14:259/296 of 4irxA

query
sites
4irxA
S
 
S
F
 
F
Q
 
N
E
 
D
I
 
L
N
 
S
N
x
Q
P
 
P
Y
x
F
F
 
F
V
 
V
T
 
A
M
 
M
K
 
R
N
 
R
A
 
E
L
 
L
E
 
E
E
 
D
A
 
E
G
 
A
A
 
A
T
 
K
I
 
L
G
 
G
A
 
V
K
 
K
L
 
V
I
 
Q
I
 
V
T
 
L
D
 
D
A
 
A
R
 
Q
H
 
N
D
 
N
V
 
S
S
 
S
K
 
K
Q
 
Q
V
 
I
S
 
S
D
 
D
V
 
L
E
 
Q
D
 
A
M
 
A
L
 
A
Q
 
V
K
 
Q
G
 
G
I
 
A
D
 
K
I
 
V
L
 
V
L
 
I
I
 
V
N
 
A
P
 
P
T
 
T
D
 
D
S
 
S
V
 
K
G
 
A
V
 
L
Q
 
A
S
 
G
A
 
A
V
 
A
K
 
D
S
 
D
A
 
L
H
 
V
A
 
E
A
 
Q
G
 
G
V
 
V
V
 
A
V
 
V
V
 
I
A
 
S
V
 
V
D
|
D
A
x
R
Q
 
N
A
 
I
D
 
A
G
 
G
P
 
G
L
 
K
D
 
T
S
 
A
-
 
V
-
 
P
F
 
H
V
 
V
G
 
G
S
 
A
K
 
D
N
 
N
F
 
V
D
 
A
A
 
G
G
 
G
F
 
R
Q
 
A
A
 
M
C
 
A
E
 
D
Y
 
W
L
 
V
A
 
V
K
 
K
N
 
T
I
 
Y
G
 
P
D
 
A
K
 
G
G
 
A
N
 
R
I
 
V
A
 
V
I
 
V
L
 
I
-
 
T
D
x
N
G
x
D
I
 
P
A
 
G
V
 
S
V
 
S
P
x
S
I
 
S
L
 
I
E
 
E
R
|
R
V
 
V
R
 
K
G
 
G
C
 
V
K
 
H
E
 
D
A
 
G
V
 
L
A
 
A
K
 
A
-
 
G
H
 
G
P
 
P
D
 
A
I
 
F
K
 
K
I
 
I
V
 
V
S
 
T
I
 
E
Q
 
Q
N
 
T
G
 
A
K
 
N
Q
x
S
E
 
K
R
 
R
D
 
D
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
T
 
T
E
 
Q
N
 
N
M
 
I
L
 
L
Q
 
T
A
 
S
Q
 
M
-
 
R
-
 
D
-
 
T
-
 
P
P
 
P
T
 
D
L
 
V
K
 
-
G
 
-
I
 
I
F
 
L
S
 
C
V
 
L
N
|
N
D
 
D
N
 
D
G
 
M
S
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
A
L
 
L
S
 
E
A
 
A
I
 
V
E
 
R
A
 
A
S
 
A
G
 
G
L
 
L
D
 
D
-
 
S
-
 
A
-
 
K
V
 
V
K
 
K
L
 
V
V
 
I
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
A
A
 
I
P
 
P
E
 
E
A
 
A
I
 
L
K
 
A
A
 
R
I
 
I
Q
 
K
K
 
-
P
 
-
G
 
A
S
 
G
K
 
E
F
 
M
I
 
V
A
 
A
T
 
T
S
 
V
A
 
E
Q
|
Q
Y
 
N
P
 
P
R
 
G
D
 
L
Q
 
Q
I
 
I
R
 
R
L
 
T
A
 
A
L
 
L

A0QYB5 D-threitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
30% identity, 88% coverage: 12:281/307 of query aligns to 13:284/349 of A0QYB5

query
sites
A0QYB5
A
 
A
V
 
T
S
 
A
I
 
L
T
 
G
L
 
L
G
 
G
T
 
L
A
 
T
A
 
A
P
 
C
A
 
G
F
 
A
A
 
G
D
 
D
A
 
P
A
 
A
-
 
A
-
 
N
-
 
S
K
 
D
P
 
T
I
 
T
R
 
R
I
 
I
G
 
G
A
 
V
S
 
T
F
 
V
Q
x
Y
E
 
D
I
 
M
N
 
S
N
 
S
P
 
-
Y
 
F
F
 
I
V
 
T
T
 
A
M
 
G
K
 
K
N
 
E
A
 
G
L
 
M
E
 
D
E
 
A
A
 
Y
G
 
A
A
 
K
T
 
D
I
 
N
G
 
N
A
 
I
K
 
E
L
 
L
I
 
I
I
 
W
T
 
N
D
 
S
A
 
A
R
 
N
H
 
L
D
 
D
V
 
V
S
 
S
K
 
T
Q
 
Q
V
 
A
S
 
S
D
 
Q
V
 
V
E
 
D
D
 
S
M
 
M
L
 
I
Q
 
N
K
 
Q
G
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
A
L
 
I
L
 
I
I
 
V
N
 
V
P
 
P
T
 
V
D
 
Q
S
 
A
V
 
D
G
 
S
V
 
L
Q
 
A
S
 
P
A
 
Q
V
 
V
K
 
A
S
 
S
A
 
A
H
 
K
A
 
A
A
 
K
G
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
L
V
 
V
A
 
P
V
 
V
D
x
N
A
 
A
Q
 
A
A
 
L
D
 
D
G
 
S
P
 
K
-
 
D
L
 
I
D
 
A
S
 
G
F
 
N
V
 
V
G
 
Q
S
 
P
K
 
D
N
 
D
F
 
V
D
 
A
A
 
A
G
 
G
F
 
A
Q
 
Q
A
 
E
C
 
M
E
 
Q
Y
 
M
L
 
M
A
 
A
K
 
D
N
 
R
I
 
L
G
 
G
D
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
A
 
V
I
 
I
L
 
L
D
 
Q
G
 
G
-
 
P
I
 
L
A
 
G
V
 
Q
V
 
S
P
 
G
I
 
E
L
 
L
E
 
D
R
|
R
V
 
S
R
 
K
G
 
G
C
 
I
K
 
E
E
 
Q
A
 
V
V
 
L
A
 
A
K
 
K
H
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
V
 
L
S
 
A
I
 
K
Q
 
D
N
 
T
G
 
A
K
 
N
Q
 
W
E
 
K
R
 
R
D
 
D
Q
 
E
A
 
A
L
 
V
T
 
N
V
 
K
T
 
M
E
 
K
N
 
N
M
 
W
L
 
I
Q
 
S
A
 
G
-
 
F
Q
 
G
P
 
P
T
 
Q
L
 
I
K
 
D
G
 
G
I
 
V
F
 
V
S
 
A
V
 
Q
N
|
N
D
 
D
N
 
D
G
 
M
S
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
L
S
 
Q
A
 
A
I
 
L
E
 
K
A
 
E
S
 
S
G
 
G
-
 
R
L
 
T
D
 
G
V
 
V
K
 
P
L
 
I
V
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
A
 
I
P
 
E
E
 
D
A
 
G
I
 
L
K
 
N
A
 
A
I
 
V
Q
 
K
K
 
S
P
 
-
G
 
-
S
 
G
K
 
D
F
 
F
I
 
I
A
 
G
T
 
T
S
 
S
A
 
L
Q
|
Q
Y
 
-
P
 
-
R
 
N
D
 
G
Q
 
T
I
 
V
R
 
E
L
 
L
A
 
A
L
 
A
G
 
G
I
 
L
A
 
A
L
 
V
A
 
A
R
 
N
K
 
R

4rsmA Crystal structure of carbohydrate transporter msmeg_3599 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510970, in complex with d-threitol (see paper)
31% identity, 81% coverage: 32:281/307 of query aligns to 4:252/315 of 4rsmA

query
sites
4rsmA
R
 
R
I
 
I
G
 
G
A
 
V
S
 
T
F
 
V
Q
x
Y
E
 
D
I
 
M
N
 
S
N
 
S
P
 
-
Y
 
F
F
 
I
V
 
T
T
 
A
M
 
G
K
 
K
N
 
E
A
 
G
L
 
M
E
 
D
E
 
A
A
 
Y
G
 
A
A
 
K
T
 
D
I
 
N
G
 
N
A
 
I
K
 
E
L
 
L
I
 
I
I
 
W
T
 
N
D
 
S
A
 
A
R
 
N
H
 
L
D
 
D
V
 
V
S
 
S
K
 
T
Q
 
Q
V
 
A
S
 
S
D
 
Q
V
 
V
E
 
D
D
 
S
M
 
M
L
 
I
Q
 
N
K
 
Q
G
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
A
L
 
I
L
 
I
I
 
V
N
 
V
P
 
P
T
 
V
D
 
Q
S
 
A
V
 
D
G
 
S
V
 
L
Q
 
A
S
 
P
A
 
Q
V
 
V
K
 
A
S
 
S
A
 
A
H
 
K
A
 
A
A
 
K
G
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
L
V
 
V
A
 
P
V
 
V
D
x
N
A
 
A
Q
 
A
A
 
L
D
 
D
G
 
S
P
 
K
-
 
D
L
 
I
D
 
A
S
 
G
F
 
N
V
 
V
G
 
Q
S
 
P
K
 
D
N
 
D
F
 
V
D
 
A
A
 
A
G
 
G
F
 
A
Q
 
Q
A
 
E
C
 
M
E
 
Q
Y
 
M
L
 
M
A
 
A
K
 
D
N
 
R
I
 
L
G
 
G
D
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
A
 
V
I
 
I
L
 
L
D
 
Q
G
 
G
-
 
P
I
 
L
A
 
G
V
 
Q
V
 
S
P
 
G
I
 
E
L
 
L
E
 
D
R
|
R
V
 
S
R
 
K
G
 
G
C
 
I
K
 
E
E
 
Q
A
 
V
V
 
L
A
 
A
K
 
K
H
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
V
 
L
S
 
A
I
 
K
Q
 
D
N
 
T
G
 
A
K
 
N
Q
x
W
E
 
K
R
 
R
D
 
D
Q
 
E
A
 
A
L
 
V
T
 
N
V
 
K
T
 
M
E
 
K
N
 
N
M
 
W
L
 
I
Q
 
S
A
 
G
-
 
F
Q
 
G
P
 
P
T
 
Q
L
 
I
K
 
D
G
 
G
I
 
V
F
 
V
S
 
A
V
 
Q
N
|
N
D
 
D
N
 
D
G
 
M
S
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
L
S
 
Q
A
 
A
I
 
L
E
 
K
A
 
E
S
 
S
G
 
G
-
 
R
L
 
T
D
 
G
V
 
V
K
 
P
L
 
I
V
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
A
 
I
P
 
E
E
 
D
A
 
G
I
 
L
K
 
N
A
 
A
I
 
V
Q
 
K
K
 
S
P
 
-
G
 
-
S
 
G
K
 
D
F
 
F
I
 
I
A
 
G
T
 
T
S
 
S
A
 
L
Q
|
Q
Y
 
-
P
 
-
R
 
N
D
 
G
Q
 
T
I
 
V
R
 
E
L
 
L
A
 
A
L
 
A
G
 
G
I
 
L
A
 
A
L
 
V
A
 
A
R
 
N
K
 
R

A0QYB3 Xylitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
31% identity, 81% coverage: 32:279/307 of query aligns to 36:282/349 of A0QYB3

query
sites
A0QYB3
R
 
R
I
 
I
G
 
G
A
 
V
S
 
T
F
 
V
Q
x
Y
E
 
D
I
 
M
N
 
S
N
 
S
P
 
-
Y
 
F
F
 
I
V
 
T
T
 
E
M
 
G
K
 
K
N
 
E
A
 
G
L
 
M
E
 
D
E
 
T
A
 
Y
G
 
A
A
 
K
T
 
A
I
 
N
G
 
N
A
 
I
K
 
E
L
 
L
I
 
V
I
 
W
T
 
N
D
 
S
A
 
A
R
 
N
H
 
N
D
 
D
V
 
V
S
 
S
K
 
T
Q
 
Q
V
 
A
S
 
S
D
 
Q
V
 
V
E
 
D
D
 
S
M
 
L
L
 
I
Q
 
N
K
 
Q
G
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
A
L
 
I
L
 
I
I
 
V
N
 
V
P
 
P
T
 
V
-
 
Q
-
 
A
D
 
D
S
 
S
V
 
L
G
 
G
V
 
P
Q
 
Q
S
 
-
A
 
-
V
 
V
K
 
A
S
 
S
A
 
A
H
 
K
A
 
S
A
 
K
G
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
L
V
 
L
A
 
A
V
 
V
D
x
N
A
 
A
Q
 
A
A
 
L
D
 
E
G
 
T
P
 
P
-
 
D
L
 
L
D
 
A
S
 
G
F
 
N
V
 
V
G
 
Q
S
 
P
K
 
D
N
 
D
F
 
V
D
 
A
A
 
A
G
 
G
F
 
A
Q
 
Q
A
 
E
C
 
M
E
 
Q
Y
 
M
L
 
M
A
 
A
K
 
D
N
 
R
I
 
L
G
 
G
D
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
A
 
V
I
 
I
L
 
L
D
 
Q
G
 
G
-
 
P
I
 
L
A
 
G
V
 
G
V
 
S
P
 
G
I
 
E
L
 
I
E
 
N
R
|
R
V
 
G
R
 
K
G
 
G
C
 
I
K
 
D
E
 
Q
A
 
V
V
 
L
A
 
A
K
 
K
H
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
V
 
L
S
 
A
I
 
K
Q
 
D
N
 
T
G
 
A
K
 
N
Q
 
W
E
 
K
R
 
R
D
 
D
Q
 
E
A
 
A
L
 
V
T
 
N
V
 
K
T
 
M
E
 
K
N
 
N
M
 
W
L
 
I
Q
 
S
A
 
S
-
 
F
Q
 
G
P
 
P
T
 
Q
L
 
I
K
 
D
G
 
G
I
 
V
F
 
V
S
 
A
V
 
Q
N
|
N
D
 
D
N
 
D
G
 
M
S
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
L
S
 
Q
A
 
A
I
 
L
-
 
K
E
 
E
A
 
A
S
 
G
G
 
R
L
 
T
D
 
G
V
 
V
K
 
P
L
 
I
V
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
A
 
I
P
 
E
E
 
D
A
 
G
I
 
L
K
 
N
A
 
A
I
 
V
Q
 
K
K
 
S
P
 
-
G
 
-
S
 
G
K
 
D
F
 
F
I
 
I
A
 
G
T
 
T
S
 
S
A
 
L
Q
|
Q
Y
 
-
P
 
-
R
 
N
D
 
G
Q
 
T
I
 
V
R
 
E
L
 
L
A
 
S
L
 
A
G
 
G
I
 
L
A
 
A
L
 
V
A
 
A

4rs3A Crystal structure of carbohydrate transporter a0qyb3 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with xylitol (see paper)
31% identity, 81% coverage: 32:279/307 of query aligns to 3:249/315 of 4rs3A

query
sites
4rs3A
R
 
R
I
 
I
G
 
G
A
 
V
S
 
T
F
 
V
Q
x
Y
E
 
D
I
 
M
N
 
S
N
 
S
P
 
-
Y
 
F
F
 
I
V
 
T
T
x
E
M
 
G
K
 
K
N
 
E
A
 
G
L
 
M
E
 
D
E
 
T
A
 
Y
G
 
A
A
 
K
T
 
A
I
 
N
G
 
N
A
 
I
K
 
E
L
 
L
I
 
V
I
 
W
T
 
N
D
 
S
A
 
A
R
 
N
H
 
N
D
 
D
V
 
V
S
 
S
K
 
T
Q
 
Q
V
 
A
S
 
S
D
 
Q
V
 
V
E
 
D
D
 
S
M
 
L
L
 
I
Q
 
N
K
 
Q
G
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
A
L
 
I
L
 
I
I
 
V
N
 
V
P
 
P
T
 
V
-
 
Q
-
 
A
D
 
D
S
 
S
V
 
L
G
 
G
V
 
P
Q
 
Q
S
 
-
A
 
-
V
 
V
K
 
A
S
 
S
A
 
A
H
 
K
A
 
S
A
 
K
G
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
L
V
 
L
A
 
A
V
 
V
D
x
N
A
 
A
Q
 
A
A
 
L
D
 
E
G
 
T
P
 
P
-
 
D
L
 
L
D
 
A
S
 
G
F
 
N
V
 
V
G
 
Q
S
 
P
K
 
D
N
 
D
F
 
V
D
 
A
A
 
A
G
 
G
F
 
A
Q
 
Q
A
 
E
C
 
M
E
 
Q
Y
 
M
L
 
M
A
 
A
K
 
D
N
 
R
I
 
L
G
 
G
D
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
A
 
V
I
 
I
L
 
L
D
 
Q
G
 
G
-
 
P
I
 
L
A
 
G
V
 
G
V
 
S
P
 
G
I
 
E
L
 
I
E
 
N
R
|
R
V
 
G
R
 
K
G
 
G
C
 
I
K
 
D
E
 
Q
A
 
V
V
 
L
A
 
A
K
 
K
H
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
V
 
L
S
 
A
I
 
K
Q
 
D
N
 
T
G
 
A
K
 
N
Q
x
W
E
 
K
R
 
R
D
 
D
Q
 
E
A
 
A
L
 
V
T
 
N
V
 
K
T
 
M
E
 
K
N
 
N
M
 
W
L
 
I
Q
 
S
A
 
S
-
 
F
Q
 
G
P
 
P
T
 
Q
L
 
I
K
 
D
G
 
G
I
 
V
F
 
V
S
 
A
V
 
Q
N
|
N
D
 
D
N
 
D
G
 
M
S
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
L
S
 
Q
A
 
A
I
 
L
-
 
K
E
 
E
A
 
A
S
 
G
G
 
R
L
 
T
D
 
G
V
 
V
K
 
P
L
 
I
V
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
A
 
I
P
x
E
E
 
D
A
 
G
I
 
L
K
 
N
A
 
A
I
 
V
Q
 
K
K
 
S
P
 
-
G
 
-
S
 
G
K
 
D
F
 
F
I
 
I
A
 
G
T
 
T
S
 
S
A
 
L
Q
|
Q
Y
 
-
P
 
-
R
 
N
D
 
G
Q
 
T
I
 
V
R
 
E
L
 
L
A
 
S
L
 
A
G
 
G
I
 
L
A
 
A
L
 
V
A
 
A

5hkoA Crystal structure of abc transporter solute binding protein msmeg_3598 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with l-sorbitol
31% identity, 81% coverage: 32:279/307 of query aligns to 3:249/314 of 5hkoA

query
sites
5hkoA
R
 
R
I
 
I
G
 
G
A
 
V
S
 
T
F
x
V
Q
x
Y
E
 
D
I
 
M
N
 
S
N
 
S
P
 
-
Y
 
F
F
 
I
V
 
T
T
x
E
M
 
G
K
 
K
N
 
E
A
 
G
L
 
M
E
 
D
E
 
T
A
 
Y
G
 
A
A
 
K
T
 
A
I
 
N
G
 
N
A
 
I
K
 
E
L
 
L
I
 
V
I
 
W
T
 
N
D
 
S
A
 
A
R
 
N
H
 
N
D
|
D
V
 
V
S
|
S
K
 
T
Q
 
Q
V
 
A
S
 
S
D
 
Q
V
 
V
E
 
D
D
 
S
M
 
L
L
 
I
Q
 
N
K
 
Q
G
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
A
L
 
I
L
 
I
I
 
V
N
 
V
P
 
P
T
 
V
-
 
Q
-
 
A
D
 
D
S
 
S
V
 
L
G
 
G
V
 
P
Q
 
Q
S
 
-
A
 
-
V
 
V
K
 
A
S
 
S
A
 
A
H
 
K
A
 
S
A
 
K
G
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
L
V
 
L
A
 
A
V
 
V
D
x
N
A
|
A
Q
 
A
A
 
L
D
 
E
G
 
T
P
 
P
-
 
D
L
 
L
D
 
A
S
 
G
F
 
N
V
 
V
G
 
Q
S
 
P
K
 
D
N
 
D
F
 
V
D
 
A
A
 
A
G
 
G
F
 
A
Q
 
Q
A
 
E
C
 
M
E
 
Q
Y
 
M
L
 
M
A
 
A
K
 
D
N
 
R
I
 
L
G
 
G
D
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
I
 
I
A
 
V
I
 
I
L
 
L
D
 
Q
G
 
G
-
 
P
I
 
L
A
 
G
V
 
G
V
 
S
P
 
G
I
 
E
L
 
I
E
 
N
R
|
R
V
 
G
R
 
K
G
 
G
C
 
I
K
 
D
E
 
Q
A
 
V
V
 
L
A
 
A
K
 
K
H
 
Y
P
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
I
 
V
V
 
L
S
 
A
I
 
K
Q
 
D
N
 
T
G
 
A
K
 
N
Q
x
W
E
 
K
R
 
R
D
 
D
Q
 
E
A
 
A
L
 
V
T
 
N
V
 
K
T
 
M
E
 
K
N
 
N
M
 
W
L
 
I
Q
 
S
A
 
S
-
 
F
Q
 
G
P
 
P
T
 
Q
L
 
I
K
 
D
G
 
G
I
 
V
F
 
V
S
 
A
V
 
Q
N
|
N
D
 
D
N
 
D
G
 
M
S
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
L
S
 
Q
A
 
A
I
 
L
-
 
K
E
 
E
A
 
A
S
 
G
G
 
R
L
 
T
D
 
G
V
 
V
K
 
P
L
 
I
V
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
A
 
I
P
x
E
E
 
D
A
 
G
I
 
L
K
 
N
A
 
A
I
 
V
Q
 
K
K
 
S
P
 
-
G
 
-
S
 
G
K
 
D
F
 
F
I
 
I
A
 
G
T
 
T
S
 
S
A
 
L
Q
|
Q
Y
 
-
P
 
-
R
 
N
D
 
G
Q
 
T
I
 
V
R
 
E
L
 
L
A
 
S
L
 
A
G
 
G
I
 
L
A
 
A
L
 
V
A
 
A

4yo7A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from bacillus halodurans c-125 (bh2323, target efi- 511484) with bound myo-inositol
27% identity, 85% coverage: 33:294/307 of query aligns to 9:274/287 of 4yo7A

query
sites
4yo7A
I
 
I
G
 
G
A
 
V
S
 
S
F
 
I
Q
 
S
E
 
N
I
 
L
N
x
D
N
 
-
P
 
E
Y
 
F
F
 
L
V
 
T
T
 
Y
M
 
M
K
 
Q
N
 
D
A
 
A
L
 
M
E
 
K
E
 
E
A
 
E
G
 
A
A
 
A
T
 
N
I
 
Y
-
 
P
G
 
D
A
 
F
K
 
E
L
 
F
I
 
I
I
 
F
T
 
S
D
 
D
A
 
A
R
 
Q
H
 
N
D
 
D
V
 
S
S
 
T
K
 
Q
Q
 
Q
V
 
M
S
 
A
D
 
Q
V
 
V
E
 
E
D
 
N
M
 
F
L
 
I
Q
 
S
K
 
R
G
 
N
I
 
V
D
 
D
I
 
A
L
 
I
L
 
I
I
 
V
N
 
N
P
 
P
T
 
V
D
 
D
S
 
T
V
 
T
G
 
S
V
 
A
Q
 
V
S
 
D
A
 
I
V
 
V
K
 
N
S
 
M
A
 
V
H
 
N
A
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
I
V
 
I
A
 
I
V
 
A
D
x
N
A
x
R
Q
 
T
A
 
F
D
 
D
G
 
G
-
 
V
-
 
D
P
 
Q
L
 
A
D
 
T
S
 
A
F
 
F
V
 
V
G
 
G
S
 
S
K
 
E
N
 
S
F
 
I
D
 
Q
A
 
S
G
 
G
F
 
L
Q
 
L
A
 
Q
C
 
M
E
 
E
Y
 
E
L
 
V
A
 
A
K
 
K
N
 
L
I
 
L
G
 
N
D
 
N
K
 
E
G
 
G
N
 
N
I
 
I
A
 
A
I
 
I
L
 
M
D
 
D
G
 
G
-
 
E
I
 
L
A
 
G
V
 
H
V
 
E
P
 
A
I
 
Q
L
 
I
E
 
M
R
|
R
V
 
T
R
 
E
G
 
G
C
 
N
K
 
K
E
 
Q
A
 
I
V
 
I
A
 
E
K
 
E
H
 
H
P
 
D
D
 
G
I
 
L
K
 
E
I
 
V
V
 
V
S
 
L
I
 
Q
Q
 
G
N
 
T
G
 
A
K
 
K
Q
 
F
E
 
D
R
 
R
D
 
S
Q
 
E
A
 
G
L
 
M
T
 
R
V
 
L
T
 
M
E
 
E
N
 
N
M
 
W
L
 
L
Q
 
N
A
 
S
Q
 
G
P
 
T
T
 
E
L
 
I
K
 
D
G
 
A
I
 
V
F
 
V
S
 
A
V
 
N
N
|
N
D
 
D
N
 
E
G
 
M
S
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
I
S
 
L
A
 
A
I
 
L
E
 
E
A
 
A
S
 
V
G
 
G
L
 
K
-
x
L
-
 
D
D
 
D
V
|
V
K
 
I
L
 
V
V
 
A
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
A
A
 
T
P
 
P
E
 
A
A
 
A
I
 
L
K
 
E
A
 
A
I
 
M
Q
 
K
K
 
E
P
 
-
G
 
-
S
 
G
K
 
K
F
 
L
I
 
D
A
 
V
T
 
T
S
 
V
A
 
F
Q
|
Q
Y
 
D
P
 
A
R
 
K
D
 
G
Q
 
Q
I
 
G
R
 
A
L
 
T
A
 
S
L
 
V
G
 
K
I
 
V
A
 
A
L
 
V
A
 
Q
R
 
A
K
 
A
W
 
N
G
 
G
A
 
E
Q
 
D
V
 
V
P
 
E
-
 
D
A
 
A
T
 
M
L
 
I
P
 
P
V
 
Y
D
 
E
I
 
L

6hbdA Crystal structure of msmeg_1712 from mycobacterium smegmatis in complex with beta-d-galactofuranose (see paper)
30% identity, 67% coverage: 47:251/307 of query aligns to 23:235/305 of 6hbdA

query
sites
6hbdA
T
 
S
M
 
I
K
 
K
N
 
S
A
 
A
L
 
A
E
 
E
E
 
E
A
 
A
G
 
G
A
 
V
T
 
N
I
 
-
G
 
-
A
 
-
K
 
-
L
 
L
I
 
K
I
 
F
T
 
A
D
 
D
A
 
A
R
 
N
H
 
G
D
 
E
V
 
Q
S
 
E
K
 
K
Q
 
Q
V
 
I
S
 
S
D
 
A
V
 
I
E
 
R
D
 
S
M
 
F
L
 
I
Q
 
Q
K
 
Q
G
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
V
L
 
I
L
 
A
I
 
F
N
 
S
P
 
P
T
 
V
D
 
V
S
 
R
V
 
T
G
 
G
V
 
W
Q
x
D
S
 
A
A
 
V
V
 
L
K
 
Q
S
 
E
A
 
T
H
 
K
A
 
N
A
 
A
G
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
V
V
 
I
-
 
L
-
 
T
-
x
D
-
x
R
A
 
A
V
 
V
D
 
D
A
 
T
Q
 
Q
A
x
D
D
 
T
G
 
D
P
 
V
L
 
Y
D
 
K
S
 
T
F
 
F
V
 
I
G
 
G
S
 
A
K
 
D
N
x
F
F
 
I
D
 
E
A
 
E
G
 
G
F
 
R
Q
 
R
A
 
A
C
 
G
E
 
Q
Y
 
W
L
 
V
A
 
A
K
 
D
N
 
Q
I
 
Y
G
 
A
D
 
S
K
 
A
G
 
T
-
 
G
-
 
P
-
 
V
N
 
N
I
 
I
A
 
V
I
 
Q
L
 
L
D
 
E
G
 
G
I
 
T
-
 
T
A
 
G
V
 
A
V
x
D
P
 
P
I
 
A
L
 
I
E
x
D
R
|
R
V
 
K
R
 
T
G
 
G
C
 
F
K
 
A
E
 
E
A
 
G
V
 
I
A
 
S
K
 
K
H
 
N
P
 
P
D
 
N
I
 
L
K
 
K
I
 
I
V
 
V
S
 
A
I
 
S
Q
 
Q
N
 
T
G
 
G
K
 
D
Q
x
F
E
 
T
R
 
R
D
 
S
Q
 
G
A
 
G
L
 
K
T
 
Q
V
 
V
T
 
M
E
 
E
N
 
A
M
 
F
L
 
L
Q
 
K
A
 
S
Q
 
T
P
 
P
T
 
Q
L
 
I
K
 
D
G
 
V
I
 
V
F
 
F
S
 
A
V
 
Q
N
 
N
D
 
D
N
 
D
G
 
M
S
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
M
S
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
A
 
A
S
 
A
-
 
G
-
 
K
-
 
K
-
 
P
G
 
G
L
 
T
D
 
D
V
 
I
K
 
K
L
 
I
V
 
V
S
 
A
V
 
V
D
|
D
G
 
A
A
 
T
P
 
H
E
 
D
A
 
G
I
 
M
K
 
Q
A
 
A
I
 
L

Sites not aligning to the query:

6hyhA Crystal structure of msmeg_1712 from mycobacterium smegmatis in complex with beta-d-fucofuranose (see paper)
30% identity, 67% coverage: 47:251/307 of query aligns to 22:234/304 of 6hyhA

query
sites
6hyhA
T
 
S
M
 
I
K
 
K
N
 
S
A
 
A
L
 
A
E
 
E
E
 
E
A
 
A
G
 
G
A
 
V
T
 
N
I
 
-
G
 
-
A
 
-
K
 
-
L
 
L
I
 
K
I
 
F
T
 
A
D
 
D
A
 
A
R
 
N
H
 
G
D
 
E
V
 
Q
S
 
E
K
 
K
Q
 
Q
V
 
I
S
 
S
D
 
A
V
 
I
E
 
R
D
 
S
M
 
F
L
 
I
Q
 
Q
K
 
Q
G
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
V
L
 
I
L
 
A
I
 
F
N
 
S
P
 
P
T
 
V
D
 
V
S
 
R
V
 
T
G
 
G
V
 
W
Q
x
D
S
 
A
A
 
V
V
 
L
K
 
Q
S
 
E
A
 
T
H
 
K
A
 
N
A
 
A
G
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
V
V
 
I
-
 
L
-
 
T
-
x
D
-
x
R
A
 
A
V
 
V
D
 
D
A
 
T
Q
 
Q
A
x
D
D
 
T
G
 
D
P
 
V
L
 
Y
D
 
K
S
 
T
F
 
F
V
 
I
G
 
G
S
 
A
K
 
D
N
x
F
F
 
I
D
 
E
A
 
E
G
 
G
F
 
R
Q
 
R
A
 
A
C
 
G
E
 
Q
Y
 
W
L
 
V
A
 
A
K
 
D
N
 
Q
I
 
Y
G
 
A
D
 
S
K
 
A
G
 
T
-
 
G
-
 
P
-
 
V
N
 
N
I
 
I
A
 
V
I
 
Q
L
 
L
D
 
E
G
 
G
I
 
T
-
 
T
A
 
G
V
 
A
V
x
D
P
|
P
I
 
A
L
 
I
E
x
D
R
|
R
V
 
K
R
 
T
G
 
G
C
 
F
K
 
A
E
 
E
A
 
G
V
 
I
A
 
S
K
 
K
H
 
N
P
 
P
D
 
N
I
 
L
K
 
K
I
 
I
V
 
V
S
 
A
I
 
S
Q
 
Q
N
 
T
G
 
G
K
 
D
Q
x
F
E
 
T
R
 
R
D
 
S
Q
 
G
A
 
G
L
 
K
T
 
Q
V
 
V
T
 
M
E
 
E
N
 
A
M
 
F
L
 
L
Q
 
K
A
 
S
Q
 
T
P
 
P
T
 
Q
L
 
I
K
 
D
G
 
V
I
 
V
F
 
F
S
 
A
V
 
Q
N
|
N
D
 
D
N
 
D
G
 
M
S
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
M
S
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
A
 
A
S
 
A
-
 
G
-
 
K
-
 
K
-
 
P
G
 
G
L
 
T
D
 
D
V
 
I
K
 
K
L
 
I
V
 
V
S
 
A
V
 
V
D
|
D
G
 
A
A
 
T
P
 
H
E
 
D
A
 
G
I
 
M
K
 
Q
A
 
A
I
 
L

Sites not aligning to the query:

6hbmA Crystal structure of msmeg_1712 from mycobacterium smegmatis in complex with alpha-l-arabinofuranose (see paper)
30% identity, 67% coverage: 47:251/307 of query aligns to 22:234/304 of 6hbmA

query
sites
6hbmA
T
 
S
M
 
I
K
 
K
N
 
S
A
 
A
L
 
A
E
 
E
E
 
E
A
 
A
G
 
G
A
 
V
T
 
N
I
 
-
G
 
-
A
 
-
K
 
-
L
 
L
I
 
K
I
 
F
T
 
A
D
 
D
A
 
A
R
 
N
H
 
G
D
 
E
V
 
Q
S
 
E
K
 
K
Q
 
Q
V
 
I
S
 
S
D
 
A
V
 
I
E
 
R
D
 
S
M
 
F
L
 
I
Q
 
Q
K
 
Q
G
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
V
L
 
I
L
 
A
I
 
F
N
 
S
P
 
P
T
 
V
D
 
V
S
 
R
V
 
T
G
 
G
V
 
W
Q
x
D
S
 
A
A
 
V
V
 
L
K
 
Q
S
 
E
A
 
T
H
 
K
A
 
N
A
 
A
G
 
G
V
 
I
V
 
P
V
 
V
V
 
I
-
 
L
-
 
T
-
x
D
-
x
R
A
 
A
V
 
V
D
 
D
A
 
T
Q
 
Q
A
x
D
D
 
T
G
 
D
P
 
V
L
 
Y
D
 
K
S
 
T
F
 
F
V
 
I
G
 
G
S
 
A
K
 
D
N
 
F
F
 
I
D
 
E
A
 
E
G
 
G
F
 
R
Q
 
R
A
 
A
C
 
G
E
 
Q
Y
 
W
L
 
V
A
 
A
K
 
D
N
 
Q
I
 
Y
G
 
A
D
 
S
K
 
A
G
 
T
-
 
G
-
 
P
-
 
V
N
 
N
I
 
I
A
 
V
I
 
Q
L
 
L
D
 
E
G
 
G
I
 
T
-
 
T
A
 
G
V
 
A
V
 
D
P
 
P
I
 
A
L
 
I
E
 
D
R
|
R
V
 
K
R
 
T
G
 
G
C
 
F
K
 
A
E
 
E
A
 
G
V
 
I
A
 
S
K
 
K
H
 
N
P
 
P
D
 
N
I
 
L
K
 
K
I
 
I
V
 
V
S
 
A
I
 
S
Q
 
Q
N
 
T
G
 
G
K
 
D
Q
 
F
E
 
T
R
 
R
D
 
S
Q
 
G
A
 
G
L
 
K
T
 
Q
V
 
V
T
 
M
E
 
E
N
 
A
M
 
F
L
 
L
Q
 
K
A
 
S
Q
 
T
P
 
P
T
 
Q
L
 
I
K
 
D
G
 
V
I
 
V
F
 
F
S
 
A
V
 
Q
N
|
N
D
 
D
N
 
D
G
 
M
S
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
M
S
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
A
 
A
S
 
A
-
 
G
-
 
K
-
 
K
-
 
P
G
 
G
L
 
T
D
 
D
V
 
I
K
 
K
L
 
I
V
 
V
S
 
A
V
 
V
D
|
D
G
 
A
A
 
T
P
 
H
E
 
D
A
 
G
I
 
M
K
 
Q
A
 
A
I
 
L

Sites not aligning to the query:

4ry9B Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein veis_2079 from verminephrobacter eiseniae ef01-2, target efi-511009, a complex with d-talitol
31% identity, 86% coverage: 31:295/307 of query aligns to 3:283/297 of 4ry9B

query
sites
4ry9B
I
 
F
R
 
K
I
 
I
G
 
G
A
 
V
S
 
S
F
 
M
Q
x
K
E
 
T
I
 
L
N
 
S
N
 
A
P
 
P
Y
|
Y
F
|
F
V
 
A
T
 
A
M
 
Q
K
 
M
N
 
E
A
 
A
L
 
A
E
 
K
E
 
A
A
 
R
G
 
G
A
 
K
T
 
E
I
 
L
G
 
G
A
 
Y
K
 
E
L
 
V
I
 
L
I
 
A
T
 
T
D
 
D
A
 
A
R
 
Q
H
 
G
D
 
K
V
 
L
S
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
V
 
I
S
 
S
D
 
D
V
 
V
E
 
E
D
 
D
M
 
L
L
 
V
Q
 
T
K
 
R
G
 
G
I
 
V
D
 
K
I
 
L
L
 
L
L
 
I
I
 
I
N
 
N
P
 
P
T
 
A
D
|
D
S
|
S
V
 
E
G
 
G
V
 
L
Q
 
V
S
 
N
A
 
A
V
 
V
K
 
N
S
 
N
A
 
A
H
 
S
A
 
A
A
 
N
G
 
G
V
 
V
V
 
K
V
 
V
V
 
V
A
 
V
V
 
I
D
|
D
A
x
S
Q
x
T
A
 
L
D
 
N
G
 
-
P
 
P
L
 
R
D
 
A
S
 
N
F
 
F
V
 
V
G
 
T
-
 
Q
-
 
V
-
 
Q
S
 
S
K
 
S
N
 
N
F
 
S
D
 
I
A
 
N
G
 
G
F
 
A
Q
 
L
A
 
V
C
 
G
E
 
H
Y
 
W
L
 
V
A
 
I
K
 
E
N
 
E
I
 
V
G
 
G
D
 
N
K
 
K
G
 
S
-
 
L
N
 
K
I
 
I
A
 
A
I
 
L
L
 
L
D
 
S
G
 
G
I
 
E
A
 
K
V
 
G
V
x
N
P
|
P
I
 
V
L
 
G
E
 
Q
R
 
E
V
x
R
R
 
R
-
 
L
-
 
G
-
 
V
-
 
L
-
 
S
G
 
G
C
 
I
K
 
I
E
 
E
A
 
A
V
 
Q
A
 
L
K
 
R
-
 
K
-
 
F
-
 
G
H
 
K
P
 
A
D
 
D
I
 
L
K
 
T
I
 
V
V
 
V
S
 
G
I
 
Q
Q
 
G
N
 
W
G
 
G
K
 
H
Q
x
W
E
 
N
R
 
D
D
 
E
Q
 
G
A
 
G
L
 
L
T
 
K
V
 
A
T
 
M
E
 
E
N
 
D
M
 
L
L
 
L
Q
 
V
A
 
A
Q
 
N
P
 
K
T
 
D
L
 
I
K
 
N
G
 
M
I
 
V
F
 
L
S
 
G
V
 
E
N
|
N
D
 
D
N
 
S
G
 
M
S
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
R
S
 
R
A
 
A
I
 
I
E
 
E
A
 
S
S
 
A
G
 
G
L
 
R
D
 
T
V
 
G
K
 
I
L
 
L
V
 
L
-
 
V
-
 
A
S
 
A
V
 
A
D
|
D
G
 
A
A
 
Q
P
 
K
E
 
E
A
 
A
I
 
L
K
 
A
A
 
L
I
 
I
Q
 
K
K
 
Q
P
 
-
G
 
-
S
 
G
K
 
K
F
 
Y
I
 
G
A
 
V
T
 
T
S
 
G
A
 
L
Q
 
N
Y
 
D
P
 
P
R
 
A
D
 
L
Q
 
V
I
 
A
R
 
R
L
 
T
A
 
A
-
 
I
-
 
D
L
 
L
G
 
G
I
 
V
A
 
K
L
 
V
A
 
V
R
 
K
K
 
G
W
 
E
G
 
V
A
 
K
Q
 
D
V
 
V
P
 
P
A
 
K
-
 
Q
-
 
T
-
 
L
T
 
T
L
 
T
P
 
P
V
 
A
D
 
A
I
 
I
T
 
T

4ry9A Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein veis_2079 from verminephrobacter eiseniae ef01-2, target efi-511009, a complex with d-talitol
31% identity, 86% coverage: 31:295/307 of query aligns to 3:283/297 of 4ry9A

query
sites
4ry9A
I
 
F
R
 
K
I
 
I
G
 
G
A
 
V
S
 
S
F
 
M
Q
x
K
E
 
T
I
 
L
N
 
S
N
 
A
P
 
P
Y
|
Y
F
|
F
V
 
A
T
 
A
M
 
Q
K
 
M
N
 
E
A
 
A
L
 
A
E
 
K
E
 
A
A
 
R
G
 
G
A
 
K
T
 
E
I
 
L
G
 
G
A
 
Y
K
 
E
L
 
V
I
 
L
I
 
A
T
 
T
D
 
D
A
 
A
R
 
Q
H
 
G
D
 
K
V
 
L
S
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
V
 
I
S
 
S
D
 
D
V
 
V
E
 
E
D
 
D
M
 
L
L
 
V
Q
 
T
K
 
R
G
 
G
I
 
V
D
 
K
I
 
L
L
 
L
L
 
I
I
 
I
N
 
N
P
 
P
T
 
A
D
 
D
S
 
S
V
 
E
G
 
G
V
 
L
Q
 
V
S
 
N
A
 
A
V
 
V
K
 
N
S
 
N
A
 
A
H
 
S
A
 
A
A
 
N
G
 
G
V
 
V
V
 
K
V
 
V
V
 
V
A
 
V
V
 
I
D
|
D
A
x
S
Q
 
T
A
 
L
D
 
N
G
 
-
P
 
P
L
 
R
D
 
A
S
 
N
F
 
F
V
 
V
G
 
T
-
 
Q
-
 
V
-
 
Q
S
 
S
K
 
S
N
 
N
F
 
S
D
 
I
A
 
N
G
 
G
F
 
A
Q
 
L
A
 
V
C
 
G
E
 
H
Y
 
W
L
 
V
A
 
I
K
 
E
N
 
E
I
 
V
G
 
G
D
 
N
K
 
K
G
 
S
-
 
L
N
 
K
I
 
I
A
 
A
I
 
L
L
 
L
D
 
S
G
 
G
I
 
E
A
 
K
V
 
G
V
x
N
P
 
P
I
 
V
L
 
G
E
 
Q
R
 
E
V
x
R
R
 
R
-
 
L
-
 
G
-
 
V
-
 
L
-
 
S
G
 
G
C
 
I
K
 
I
E
 
E
A
 
A
V
 
Q
A
 
L
K
 
R
-
 
K
-
 
F
-
 
G
H
 
K
P
 
A
D
 
D
I
 
L
K
 
T
I
 
V
V
 
V
S
 
G
I
 
Q
Q
 
G
N
 
W
G
 
G
K
 
H
Q
x
W
E
 
N
R
 
D
D
 
E
Q
 
G
A
 
G
L
 
L
T
 
K
V
 
A
T
 
M
E
 
E
N
 
D
M
 
L
L
 
L
Q
 
V
A
 
A
Q
 
N
P
 
K
T
 
D
L
 
I
K
 
N
G
 
M
I
 
V
F
 
L
S
 
G
V
 
E
N
|
N
D
 
D
N
 
S
G
 
M
S
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
R
S
 
R
A
 
A
I
 
I
E
 
E
A
 
S
S
 
A
G
 
G
L
 
R
D
 
T
V
 
G
K
 
I
L
 
L
V
 
L
-
 
V
-
 
A
S
 
A
V
 
A
D
|
D
G
 
A
A
 
Q
P
 
K
E
 
E
A
 
A
I
 
L
K
 
A
A
 
L
I
 
I
Q
 
K
K
 
Q
P
 
-
G
 
-
S
 
G
K
 
K
F
 
Y
I
 
G
A
 
V
T
 
T
S
 
G
A
 
L
Q
 
N
Y
 
D
P
 
P
R
 
A
D
 
L
Q
 
V
I
 
A
R
 
R
L
 
T
A
 
A
-
 
I
-
 
D
L
 
L
G
 
G
I
 
V
A
 
K
L
 
V
A
 
V
R
 
K
K
 
G
W
 
E
G
 
V
A
 
K
Q
 
D
V
 
V
P
 
P
A
 
K
-
 
Q
-
 
T
-
 
L
T
 
T
L
 
T
P
 
P
V
 
A
D
 
A
I
 
I
T
 
T

1rpjA Crystal structure of d-allose binding protein from escherichia coli (see paper)
29% identity, 85% coverage: 37:298/307 of query aligns to 8:282/288 of 1rpjA

query
sites
1rpjA
F
 
L
Q
x
K
E
 
T
I
 
L
N
 
S
N
|
N
P
 
P
Y
x
F
F
 
W
V
 
V
T
 
D
M
 
M
K
 
K
N
 
K
A
 
G
L
 
I
E
 
E
E
 
D
A
 
E
G
 
A
A
 
K
T
 
T
I
 
L
G
 
G
A
 
V
K
 
S
L
 
V
I
 
D
I
 
I
-
 
F
-
 
A
T
 
S
D
 
P
A
 
S
R
x
E
H
 
G
D
 
D
V
 
F
S
 
Q
K
 
S
Q
 
Q
V
 
L
S
 
Q
D
 
L
V
 
F
E
 
E
D
 
D
M
 
L
L
 
S
Q
 
N
K
 
K
G
 
N
I
 
Y
D
 
K
I
 
G
L
 
I
L
 
A
I
 
F
N
 
A
P
 
P
T
 
L
D
 
S
S
 
S
V
 
V
G
 
N
V
 
L
Q
 
V
S
 
M
A
 
P
V
 
V
K
 
A
S
 
R
A
 
A
H
 
W
A
 
K
A
 
K
G
 
G
V
 
I
V
 
Y
V
 
L
V
 
V
A
 
N
V
 
L
D
|
D
A
 
E
Q
 
K
A
 
I
D
 
D
-
 
M
-
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
K
-
 
A
-
 
G
G
 
G
P
 
N
L
 
V
D
 
E
S
 
A
F
 
F
V
 
V
G
 
T
S
 
T
K
 
D
N
 
N
F
 
V
D
 
A
A
 
V
G
 
G
F
 
A
Q
 
K
A
 
G
C
 
A
E
 
S
Y
 
F
L
 
I
A
 
I
K
 
D
N
 
K
I
 
L
G
 
G
-
 
A
D
 
E
K
 
G
G
 
G
N
 
E
I
 
V
A
 
A
I
 
I
L
 
I
D
 
E
G
 
G
I
 
K
A
 
A
V
 
G
V
 
N
P
 
A
I
x
S
L
 
G
E
 
E
-
 
A
R
|
R
V
 
R
R
 
N
G
 
G
C
 
A
K
 
T
E
 
E
A
 
A
V
 
F
A
 
K
K
 
K
H
 
A
P
 
S
D
 
Q
I
 
I
K
 
K
I
 
L
V
 
V
S
 
A
I
 
S
Q
 
Q
N
 
P
G
 
A
K
 
D
Q
x
W
E
 
D
R
 
R
D
 
I
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
D
V
 
V
T
 
A
E
 
T
N
 
N
M
 
V
L
 
L
Q
 
Q
A
 
R
Q
 
N
P
 
P
T
 
N
L
 
I
K
 
K
G
 
A
I
 
I
F
 
Y
S
 
C
V
 
A
N
|
N
D
 
D
N
 
T
G
 
M
S
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
V
L
 
A
S
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
A
A
 
N
S
 
A
G
 
G
L
 
K
D
 
T
V
 
G
K
 
K
-
 
V
-
 
L
L
 
V
V
 
V
S
 
G
V
 
T
D
|
D
G
 
G
A
 
I
P
 
P
E
 
E
A
 
A
I
 
R
K
 
K
A
 
M
I
 
V
Q
 
E
K
 
-
P
 
-
G
 
A
S
 
G
K
 
Q
F
 
M
I
 
T
A
 
A
T
 
T
S
 
V
A
 
A
Q
|
Q
Y
 
N
P
 
P
R
 
A
D
 
D
Q
 
I
I
 
G
R
 
A
L
 
T
A
 
G
L
 
L
G
 
K
I
 
L
A
 
M
L
 
V
-
 
D
A
 
A
R
 
E
K
 
K
W
 
S
G
 
G
A
 
K
Q
 
V
V
 
I
P
 
P
A
 
L
T
 
D
L
 
K
P
 
A
V
 
P
D
 
E
I
 
F
T
 
K
L
 
L
I
 
V
D
 
D

1gudA Hinge-bending motion of d-allose binding protein from escherichia coli: three open conformations (see paper)
29% identity, 85% coverage: 37:298/307 of query aligns to 8:282/288 of 1gudA

query
sites
1gudA
F
 
L
Q
 
K
E
 
T
I
 
L
N
 
S
N
 
N
P
 
P
Y
 
F
F
 
W
V
 
V
T
 
D
M
 
M
K
 
K
N
 
K
A
 
G
L
 
I
E
 
E
E
 
D
A
 
E
G
 
A
A
 
K
T
 
T
I
 
L
G
 
G
A
 
V
K
 
S
L
 
V
I
x
D
I
 
I
-
 
F
-
 
A
T
 
S
D
 
P
A
 
S
R
 
E
H
 
G
D
 
D
V
 
F
S
 
Q
K
 
S
Q
 
Q
V
 
L
S
 
Q
D
 
L
V
 
F
E
 
E
D
 
D
M
 
L
L
 
S
Q
 
N
K
 
K
G
 
N
I
 
Y
D
 
K
I
 
G
L
 
I
L
 
A
I
 
F
N
 
A
P
 
P
T
 
L
D
 
S
S
 
S
V
 
V
G
 
N
V
 
L
Q
 
V
S
 
M
A
 
P
V
 
V
K
 
A
S
 
R
A
 
A
H
 
W
A
 
K
A
 
K
G
 
G
V
 
I
V
 
Y
V
 
L
V
 
V
A
 
N
V
 
L
D
 
D
A
 
E
Q
 
K
A
 
I
D
 
D
-
 
M
-
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
K
-
 
A
-
 
G
G
 
G
P
 
N
L
 
V
D
 
E
S
 
A
F
 
F
V
 
V
G
 
T
S
 
T
K
 
D
N
 
N
F
 
V
D
 
A
A
 
V
G
 
G
F
 
A
Q
 
K
A
 
G
C
 
A
E
 
S
Y
 
F
L
 
I
A
 
I
K
 
D
N
 
K
I
 
L
G
 
G
-
 
A
D
 
E
K
 
G
G
 
G
N
 
E
I
 
V
A
 
A
I
 
I
L
 
I
D
 
E
G
 
G
I
 
K
A
 
A
V
 
G
V
 
N
P
 
A
I
 
S
L
 
G
E
 
E
-
 
A
R
 
R
V
 
R
R
 
N
G
 
G
C
 
A
K
 
T
E
 
E
A
 
A
V
 
F
A
 
K
K
 
K
H
 
A
P
 
S
D
 
Q
I
 
I
K
 
K
I
 
L
V
 
V
S
 
A
I
 
S
Q
 
Q
N
 
P
G
 
A
K
 
D
Q
 
W
E
 
D
R
 
R
D
 
I
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
D
V
 
V
T
 
A
E
 
T
N
 
N
M
 
V
L
 
L
Q
 
Q
A
 
R
Q
 
N
P
 
P
T
 
N
L
 
I
K
 
K
G
 
A
I
 
I
F
 
Y
S
 
C
V
 
A
N
 
N
D
 
D
N
 
T
G
 
M
S
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
V
L
 
A
S
 
Q
A
 
A
I
 
V
E
 
A
A
 
N
S
 
A
G
 
G
L
 
K
D
 
T
V
 
G
K
 
K
-
 
V
-
 
L
L
 
V
V
 
V
S
 
G
V
 
T
D
 
D
G
 
G
A
 
I
P
 
P
E
 
E
A
 
A
I
 
R
K
 
K
A
 
M
I
 
V
Q
 
E
K
 
-
P
 
-
G
 
A
S
 
G
K
 
Q
F
 
M
I
 
T
A
 
A
T
 
T
S
 
V
A
 
A
Q
 
Q
Y
 
N
P
 
P
R
 
A
D
 
D
Q
 
I
I
 
G
R
 
A
L
 
T
A
 
G
L
 
L
G
 
K
I
 
L
A
 
M
L
 
V
-
 
D
A
 
A
R
 
E
K
 
K
W
 
S
G
 
G
A
 
K
Q
 
V
V
 
I
P
 
P
A
 
L
T
 
D
L
 
K
P
 
A
V
 
P
D
 
E
I
 
F
T
 
K
L
 
L
I
 
V
D
 
D

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>GFF3464 FitnessBrowser__WCS417:GFF3464
MKMLPKTLCLLAVSITLGTAAPAFADAAKPIRIGASFQEINNPYFVTMKNALEEAGATIG
AKLIITDARHDVSKQVSDVEDMLQKGIDILLINPTDSVGVQSAVKSAHAAGVVVVAVDAQ
ADGPLDSFVGSKNFDAGFQACEYLAKNIGDKGNIAILDGIAVVPILERVRGCKEAVAKHP
DIKIVSIQNGKQERDQALTVTENMLQAQPTLKGIFSVNDNGSLGALSAIEASGLDVKLVS
VDGAPEAIKAIQKPGSKFIATSAQYPRDQIRLALGIALARKWGAQVPATLPVDITLIDQA
KAKDFSW

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory