SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF362 Psest_0363 tripartite ATP-independent periplasmic transporter solute receptor, DctP family to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4xfeA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from pseudomonas putida f1 (pput_1203), target efi-500184, with bound d- glucuronate
79% identity, 93% coverage: 25:323/323 of query aligns to 1:299/306 of 4xfeA

query
sites
4xfeA
M
 
L
T
 
D
L
 
I
K
 
K
I
 
F
A
 
A
E
 
E
I
|
I
H
|
H
P
 
P
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
T
 
T
V
 
V
V
 
V
A
 
A
M
 
E
E
 
Q
N
 
N
L
 
M
G
 
G
K
 
K
K
 
K
L
 
L
E
 
E
T
 
Q
A
 
A
T
 
S
N
 
N
G
 
G
E
 
D
I
 
I
K
 
T
S
 
F
R
 
K
M
 
M
F
 
F
A
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
L
 
L
G
 
G
S
 
S
E
|
E
K
 
K
E
 
E
V
 
V
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
T
 
A
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
V
Q
 
Q
L
 
M
T
 
T
R
|
R
V
 
V
S
|
S
L
 
L
G
 
G
S
 
I
V
 
V
G
 
G
P
 
P
V
 
V
V
 
V
P
 
P
A
 
D
T
 
V
N
 
N
V
 
V
F
 
F
N
 
N
M
 
M
P
 
P
F
 
F
V
 
V
F
 
F
R
 
R
D
 
D
I
 
H
D
 
D
H
 
H
M
 
M
R
 
R
K
 
K
V
 
I
V
 
I
D
 
D
G
 
G
E
 
E
I
 
I
G
 
G
Q
 
Q
E
 
E
I
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
K
I
 
I
T
 
T
N
 
N
S
 
S
D
 
D
F
 
F
N
 
N
M
 
L
V
 
V
G
 
A
L
 
L
A
 
A
W
 
W
M
 
M
E
 
D
A
 
G
G
 
G
S
 
S
R
|
R
S
 
S
L
 
I
Y
 
Y
T
 
T
K
 
K
K
 
K
P
 
P
I
 
V
R
 
R
R
 
S
I
 
L
E
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
M
 
M
K
 
K
I
 
I
R
|
R
V
 
V
I
x
Q
G
 
G
N
 
N
P
 
P
L
 
L
F
 
F
I
 
I
D
 
D
T
 
M
L
 
M
N
 
N
A
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
G
N
 
N
G
 
G
I
 
I
A
 
A
M
 
M
D
 
D
T
|
T
G
 
G
E
 
E
I
 
I
F
 
F
S
 
S
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
S
 
T
G
 
G
V
 
V
I
 
I
D
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
E
N
|
N
N
|
N
S
 
P
P
 
P
T
|
T
L
 
L
L
 
L
E
 
E
H
 
H
N
 
N
H
 
H
F
 
F
R
 
Q
V
 
S
A
 
A
K
 
K
H
 
Y
Y
 
Y
T
 
T
Q
 
L
T
 
T
H
 
G
H
 
H
L
 
L
I
 
I
L
 
L
P
 
P
E
|
E
P
 
P
L
 
V
L
 
V
M
 
M
S
 
S
K
 
K
D
 
T
T
 
T
W
 
W
N
 
N
K
 
K
L
 
L
S
 
T
P
 
P
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
A
 
V
T
 
L
V
 
V
K
 
K
K
 
K
L
 
V
A
 
A
K
 
R
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
L
 
M
E
 
E
E
 
E
R
 
R
D
 
A
L
 
L
W
 
W
V
 
D
A
 
A
K
 
K
E
 
S
T
 
A
A
 
A
S
 
S
N
 
E
E
 
E
K
 
K
L
 
L
K
 
K
A
 
A
E
 
A
G
 
G
V
 
V
E
 
E
F
 
F
I
 
I
E
 
T
V
 
V
D
 
D
T
 
K
K
 
K
P
 
P
F
 
F
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
A
 
A
P
 
S
V
 
V
R
 
R
E
 
E
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
Q
 
Q
F
 
Y
A
 
A
E
 
D
L
 
L
I
 
M
K
 
K
R
 
R
I
 
I
E
 
D
A
 
A
V
 
V
Q
 
Q

4x04A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from citrobacter koseri (cko_04899, target efi-510094) with bound d- glucuronate
50% identity, 92% coverage: 26:323/323 of query aligns to 3:301/301 of 4x04A

query
sites
4x04A
T
 
V
L
 
I
K
 
K
I
 
A
A
 
A
E
 
D
I
x
V
H
|
H
P
 
P
A
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
T
 
N
V
 
V
V
 
V
A
 
A
M
 
V
E
 
Q
N
 
K
L
 
M
G
 
G
K
 
E
K
 
K
L
 
L
E
 
K
T
 
Q
A
 
Q
T
 
T
N
 
D
G
 
G
E
 
K
I
 
L
K
 
E
S
 
I
R
 
K
M
 
V
F
 
F
A
 
P
G
 
G
G
 
G
V
 
V
L
 
L
G
 
G
S
 
D
E
|
E
K
 
K
E
 
Q
V
 
M
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
T
 
A
Q
 
Q
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
I
Q
 
D
L
 
M
T
 
I
R
|
R
V
 
V
S
|
S
L
 
M
G
 
A
S
 
P
V
 
V
G
 
A
P
 
A
V
 
I
V
 
L
P
 
P
A
 
D
T
 
I
N
 
E
V
 
V
F
 
F
N
 
T
M
 
L
P
 
P
F
 
Y
V
 
V
F
 
F
R
 
R
D
 
D
I
 
E
D
 
D
H
 
H
M
 
M
R
 
H
K
 
K
V
 
I
V
 
I
D
 
D
G
 
G
E
 
D
I
 
I
G
 
G
Q
 
K
E
 
S
I
 
I
L
 
G
D
 
D
A
 
K
I
 
L
T
 
T
N
 
N
S
 
N
-
 
P
D
 
K
F
 
S
N
 
R
M
 
L
V
 
V
G
 
F
L
 
L
A
 
G
W
 
W
M
 
M
E
 
D
A
x
S
G
 
G
S
 
T
R
|
R
S
 
N
L
 
L
Y
 
I
T
 
T
K
 
K
K
 
N
P
 
P
I
 
V
R
 
E
R
 
K
I
 
P
E
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
H
G
 
G
M
 
M
K
 
K
I
 
I
R
|
R
V
 
V
I
x
Q
G
 
G
N
 
S
P
 
P
L
 
V
F
 
A
I
 
L
D
 
D
T
 
T
L
 
L
N
 
K
A
 
D
M
 
M
G
 
G
A
 
A
N
 
N
G
 
S
I
 
V
A
 
A
M
 
M
D
 
G
T
x
V
G
 
S
E
 
E
I
 
V
F
 
F
S
 
S
A
 
G
L
 
M
Q
 
Q
S
 
T
G
 
G
V
 
V
I
 
I
D
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
E
N
|
N
N
|
N
S
 
P
P
 
P
T
|
T
L
 
F
L
 
V
E
 
A
H
 
H
N
 
N
H
 
Y
F
 
M
R
 
P
V
 
V
A
 
A
K
 
K
H
 
N
Y
 
Y
T
 
T
Q
 
L
T
 
S
H
 
G
H
 
H
L
 
F
I
 
I
L
 
T
P
 
P
E
|
E
P
 
M
L
 
L
L
 
L
M
 
Y
S
 
S
K
 
K
D
 
V
T
 
K
W
 
W
N
 
D
K
 
K
L
 
L
S
 
T
P
 
A
E
 
D
Q
 
E
Q
 
Q
A
 
Q
T
 
K
V
 
I
K
 
L
K
 
T
L
 
L
A
 
A
K
 
R
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
L
 
F
E
 
E
E
 
Q
R
 
R
D
 
K
L
 
L
W
 
W
V
 
D
A
 
A
K
 
Y
E
 
N
T
 
Q
A
 
E
S
 
A
N
 
L
E
 
A
K
 
K
L
 
M
K
 
K
A
 
A
E
 
G
G
 
G
V
 
V
E
 
Q
F
 
F
I
 
H
E
 
E
V
 
I
D
 
D
T
 
K
K
 
A
P
 
Y
F
 
F
Y
 
V
D
 
K
A
 
A
T
 
T
A
 
E
P
 
P
V
 
V
R
 
R
E
 
A
K
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
A
 
E
Q
 
K
F
 
H
A
 
Q
E
 
A
L
 
L
I
 
M
K
 
K
R
 
A
I
 
I
E
 
A
A
 
D
V
 
V
Q
 
Q

4x8rA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from rhodobacter sphaeroides (rsph17029_2138, target efi-510205) with bound glucuronate
42% identity, 93% coverage: 25:323/323 of query aligns to 4:304/304 of 4x8rA

query
sites
4x8rA
M
 
V
T
 
T
L
 
L
K
 
R
I
 
S
A
 
S
E
 
D
I
x
T
H
|
H
P
 
P
A
 
D
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
T
 
T
V
 
V
V
 
E
A
 
G
M
 
V
E
 
K
N
 
F
L
 
M
G
 
A
K
 
E
K
 
R
L
 
A
E
 
K
T
 
E
A
 
L
T
 
S
N
 
N
G
 
G
E
 
R
I
 
I
K
 
C
S
 
I
R
 
E
M
 
V
F
 
F
A
 
P
G
 
S
G
 
S
V
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
E
E
|
E
K
 
K
E
 
D
V
 
T
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
T
 
T
Q
 
Q
I
 
F
G
 
G
A
 
V
V
 
I
Q
 
D
L
 
M
T
 
V
R
|
R
V
 
A
S
|
S
L
 
F
G
 
G
S
 
S
V
 
F
G
 
N
P
 
D
V
 
I
V
 
V
P
 
P
A
 
E
T
 
A
N
 
Q
V
 
L
F
 
L
N
 
S
M
 
L
P
 
P
F
 
Y
V
 
L
F
 
F
R
 
R
D
 
S
I
 
E
D
 
E
H
 
H
M
 
L
R
 
H
K
x
N
V
 
V
V
 
M
D
 
D
G
 
G
E
 
P
I
 
I
G
|
G
Q
 
D
E
 
E
I
 
L
L
 
A
D
 
K
A
 
A
I
 
F
T
x
E
N
 
A
S
 
K
D
 
D
F
 
-
N
 
-
M
 
L
V
 
I
G
 
A
L
 
V
A
 
A
W
 
Y
M
 
Y
E
 
D
A
 
G
G
 
G
S
 
S
R
|
R
S
 
S
L
 
F
Y
 
Y
-
 
N
T
 
S
K
 
Q
K
 
K
P
 
P
I
 
I
R
 
T
R
 
K
I
 
V
E
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
M
 
M
K
 
K
I
 
F
R
|
R
V
 
V
I
x
M
G
 
Q
N
 
S
P
 
D
L
 
V
F
 
F
I
 
V
D
 
D
T
 
M
L
 
M
N
 
S
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
G
 
A
I
 
T
A
 
P
M
 
M
D
 
P
T
x
Y
G
 
G
E
 
E
I
 
V
F
 
Y
S
 
S
A
 
S
L
 
I
Q
 
Q
S
 
T
G
 
G
V
 
V
I
 
I
D
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
E
N
|
N
N
|
N
S
 
W
P
 
P
T
x
S
L
 
Y
L
 
D
E
 
S
H
 
S
N
 
G
H
 
H
F
 
F
R
 
E
V
 
V
A
 
A
K
 
K
H
 
Y
Y
 
Y
T
 
T
Q
 
L
T
 
D
H
 
Q
H
 
H
L
 
L
I
 
M
L
 
V
P
 
P
E
|
E
P
x
L
L
 
V
L
 
A
M
 
I
S
 
S
K
 
K
D
 
I
T
 
K
W
 
W
N
 
D
K
 
A
L
 
L
S
 
S
P
 
P
E
 
E
Q
 
D
Q
 
Q
A
 
Q
T
 
V
V
 
L
K
 
R
K
 
Q
L
 
A
A
 
A
K
 
E
E
 
E
A
 
S
Q
 
E
L
 
P
E
 
V
E
 
Q
R
 
R
D
 
K
L
 
L
W
 
W
V
 
A
A
 
E
K
 
Q
E
 
E
T
 
K
A
 
A
S
 
S
N
 
E
E
 
E
K
 
K
L
 
V
K
 
V
A
 
A
E
 
S
G
 
G
V
 
A
E
 
E
F
 
V
I
 
V
-
 
R
E
 
E
V
 
I
D
 
D
T
 
K
K
 
T
P
 
P
F
 
F
Y
 
I
D
 
E
A
 
A
T
 
M
A
 
A
P
 
P
V
 
V
R
 
Y
E
 
E
K
 
K
Y
 
Y
-
 
V
-
 
T
G
 
K
A
 
S
Q
 
E
F
 
Y
A
 
Q
E
 
D
L
 
L
I
 
V
K
 
K
R
 
R
I
 
I
E
 
Q
A
 
E
V
 
T
Q
 
Q

4n8yA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from bradyrhizobium sp. Btai1 b (bbta_0128), target efi-510056 (bbta_0128), complex with alpha/beta-d-galacturonate (see paper)
43% identity, 91% coverage: 27:320/323 of query aligns to 3:298/300 of 4n8yA

query
sites
4n8yA
L
 
F
K
 
R
I
 
S
A
 
A
E
 
D
I
x
V
H
|
H
P
 
P
A
 
A
G
 
D
Y
 
Y
P
 
P
T
 
T
V
 
V
V
 
E
A
 
A
M
 
V
E
 
K
N
 
F
L
 
M
G
 
G
K
 
K
K
 
Q
L
 
L
E
 
A
T
 
A
A
 
A
T
 
S
N
 
G
G
 
G
E
 
K
I
 
L
K
 
G
S
 
V
R
 
K
M
 
V
F
 
F
A
 
P
G
 
N
G
 
G
V
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
S
E
|
E
K
 
K
E
 
D
V
 
T
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
T
 
L
Q
 
K
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
L
Q
 
D
L
 
M
T
 
M
R
|
R
V
 
I
S
x
N
L
 
S
G
 
S
S
 
P
V
 
L
G
 
N
P
 
N
V
 
F
V
 
V
P
 
P
A
 
E
T
 
T
N
 
V
V
 
A
F
 
L
N
 
C
M
 
L
P
 
P
F
 
F
V
 
V
F
 
F
R
 
R
D
 
D
I
 
T
D
 
Q
H
 
H
M
 
M
R
 
R
K
 
N
V
 
V
V
 
L
D
 
D
G
 
G
E
 
P
I
 
I
G
 
G
Q
 
D
E
 
E
I
 
I
L
 
L
D
 
A
A
 
A
I
 
M
T
 
E
N
 
P
S
 
A
D
 
-
F
 
-
N
 
G
M
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
A
W
 
Y
M
 
Y
E
 
D
A
x
S
G
 
G
S
 
A
R
|
R
S
 
S
L
 
I
Y
 
Y
T
 
T
-
 
V
K
 
K
K
 
A
P
 
P
I
 
V
R
 
K
R
 
S
I
 
L
E
 
A
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
I
 
I
R
|
R
V
 
V
I
x
Q
G
 
Q
N
 
S
P
 
D
L
 
L
F
 
W
I
 
V
D
 
G
T
 
M
L
 
I
N
 
Q
A
 
S
M
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
G
 
P
I
 
T
A
 
P
M
 
M
D
 
P
T
x
Y
G
 
G
E
 
E
I
 
V
F
 
Y
S
 
T
A
 
A
L
 
L
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
V
 
L
I
 
V
D
 
D
G
 
A
A
 
A
E
 
E
N
|
N
N
|
N
S
 
W
P
 
P
T
x
S
L
 
Y
L
 
E
E
 
S
H
 
S
N
 
R
H
 
H
F
 
F
R
 
E
V
 
A
A
 
A
K
 
K
H
 
F
Y
 
Y
T
 
N
Q
 
I
T
 
T
H
 
E
H
 
H
L
 
S
I
 
L
L
 
A
P
 
P
E
|
E
P
 
V
L
 
L
L
 
V
M
 
M
S
 
S
K
 
K
D
 
K
T
 
V
W
 
W
N
 
D
K
 
T
L
 
L
S
 
S
P
 
K
E
 
E
Q
 
D
Q
 
Q
A
 
A
T
 
L
V
 
V
K
 
R
K
 
K
L
 
A
A
 
A
K
 
K
E
 
D
A
 
S
Q
 
V
L
 
P
E
 
V
E
 
M
R
 
R
D
 
K
L
 
L
W
 
W
V
 
D
A
 
E
K
 
R
E
 
E
T
 
Q
A
 
A
S
 
S
N
 
R
E
 
K
K
 
A
L
 
V
K
 
E
A
 
A
E
 
A
G
 
G
V
 
V
E
 
Q
F
 
V
I
 
V
E
 
T
V
 
V
D
 
A
T
 
N
K
 
K
P
 
Q
-
 
E
F
 
F
Y
 
V
D
 
D
A
 
A
T
 
M
A
 
K
P
 
P
V
 
V
R
 
Y
E
 
Q
K
 
K
Y
 
F
G
 
A
A
 
G
-
 
D
-
 
E
Q
 
K
F
 
L
A
 
S
E
 
S
L
 
L
I
 
V
K
 
K
R
 
R
I
 
I
E
 
Q

4ovrA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from xanthobacter autotrophicus py2, target efi-510329, with bound beta-d- galacturonate (see paper)
42% identity, 90% coverage: 30:321/323 of query aligns to 6:297/298 of 4ovrA

query
sites
4ovrA
A
 
A
E
 
D
I
x
V
H
x
Q
P
 
P
A
 
A
G
 
D
Y
 
Y
P
 
P
T
 
T
V
 
V
V
 
K
A
 
A
M
 
V
E
 
Q
N
 
S
L
 
M
G
 
S
K
 
D
K
 
E
L
 
L
E
 
N
T
 
K
A
 
E
T
 
T
N
 
N
G
 
G
E
 
K
I
 
I
K
 
S
S
 
I
R
 
K
M
 
V
F
 
F
A
 
P
G
 
N
G
 
S
V
 
Q
L
 
L
G
 
G
S
 
S
E
|
E
K
 
K
E
 
D
V
 
T
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
T
 
V
Q
 
K
I
 
L
G
 
G
A
 
A
V
 
L
Q
 
D
L
 
F
T
 
I
R
|
R
V
 
I
S
x
N
L
 
S
G
 
G
S
 
T
V
 
L
G
 
N
P
 
T
V
 
V
V
 
C
P
 
P
A
 
A
T
 
M
N
 
T
V
 
V
F
 
P
N
 
V
M
 
L
P
 
P
F
 
F
V
 
L
F
 
F
R
 
R
D
 
D
I
 
K
D
 
A
H
 
H
M
 
M
R
 
R
K
 
A
V
 
V
V
 
L
D
 
D
G
 
G
E
 
P
I
 
I
G
 
G
Q
 
D
E
 
E
I
 
I
L
 
L
D
 
A
A
 
D
I
 
C
T
 
A
N
 
S
S
 
H
D
 
-
F
 
-
N
 
G
M
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
A
 
A
W
 
F
M
 
Y
E
 
D
A
x
S
G
 
G
S
 
A
R
|
R
S
 
S
L
 
F
Y
 
Y
T
 
A
K
 
T
K
 
T
P
 
P
I
 
I
R
 
R
R
 
K
I
 
L
E
 
E
D
 
D
L
 
L
K
 
K
G
 
G
M
 
K
K
 
K
I
 
I
R
|
R
V
 
V
I
x
Q
G
 
Q
N
 
S
P
 
D
L
 
I
F
 
W
I
 
V
D
 
S
T
 
M
L
 
M
N
 
K
A
 
L
M
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
G
 
A
I
 
T
A
 
P
M
 
M
D
 
P
T
x
A
G
 
G
E
 
E
I
 
V
F
 
F
S
 
T
A
 
G
L
 
L
Q
 
K
S
 
S
G
 
G
V
 
L
I
 
I
D
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
E
N
|
N
N
|
N
S
 
W
P
 
P
T
x
S
L
 
Y
L
 
D
E
 
N
H
 
F
N
 
H
H
 
H
F
 
Y
R
 
E
V
 
A
A
 
A
K
 
K
H
 
N
Y
 
Y
T
 
S
Q
 
L
T
 
S
H
 
E
H
 
H
L
 
S
I
 
M
L
 
A
P
 
P
E
|
E
P
 
V
L
 
L
L
 
L
M
 
I
S
 
S
K
 
K
D
 
R
T
 
V
W
 
F
N
 
D
K
 
S
L
 
F
S
 
T
P
 
P
E
 
E
Q
 
E
Q
 
Q
A
 
V
T
 
Q
V
 
V
K
 
R
K
 
K
L
 
A
A
 
A
K
 
K
E
 
N
A
 
S
Q
 
V
L
 
G
E
 
Y
E
 
M
R
 
R
D
 
Q
L
 
L
W
 
W
V
 
D
A
 
A
K
 
M
E
 
E
T
 
I
A
 
S
S
 
S
N
 
R
E
 
E
K
 
K
L
 
V
K
 
E
A
 
K
E
 
A
G
 
G
V
 
V
E
 
E
F
 
V
I
 
I
E
 
T
V
 
I
D
 
D
T
 
K
K
 
A
P
 
P
F
 
F
Y
 
Q
D
 
A
A
 
A
T
 
V
A
 
Q
P
 
P
V
 
L
R
 
Y
E
 
D
K
 
Q
Y
 
F
-
 
V
-
 
T
G
 
D
A
 
P
Q
 
K
F
 
L
A
 
K
E
 
D
L
 
M
I
 
I
K
 
T
R
 
R
I
 
I
E
 
K
A
 
A

Q128M1 Solute-binding protein Bpro_3107 from Polaromonas sp. (strain JS666 / ATCC BAA-500) (see paper)
42% identity, 89% coverage: 23:308/323 of query aligns to 29:313/330 of Q128M1

query
sites
Q128M1
H
 
Q
A
 
A
M
 
T
T
 
E
L
 
F
K
 
R
I
 
S
A
 
A
E
 
D
I
 
T
H
|
H
P
 
N
A
 
A
G
 
D
-
 
D
Y
 
Y
P
 
P
T
 
T
V
 
V
V
 
A
A
 
A
M
 
V
E
 
K
N
 
Y
L
 
M
G
 
G
K
 
E
K
 
L
L
 
L
E
 
E
T
 
K
A
 
K
T
 
S
N
 
G
G
 
G
E
 
K
I
 
H
K
 
K
S
 
I
R
 
K
M
 
V
F
 
F
A
 
N
G
 
K
G
 
Q
V
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
S
E
|
E
K
 
K
E
 
E
V
 
T
I
 
I
E
 
D
Q
 
Q
T
 
V
Q
 
K
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
L
Q
 
D
L
 
F
T
 
T
R
|
R
V
 
V
S
 
N
L
 
V
G
 
G
S
 
P
V
 
M
G
 
N
P
 
A
V
 
I
V
 
C
P
 
P
A
 
L
T
 
T
N
 
Q
V
 
V
F
 
P
N
 
T
M
 
M
P
 
P
F
 
F
V
 
L
F
 
F
R
 
S
D
 
S
I
 
I
D
 
A
H
 
H
M
 
M
R
 
R
K
 
K
V
 
S
V
 
L
D
 
D
G
 
G
E
 
P
I
 
V
G
 
G
Q
 
D
E
 
E
I
 
I
L
 
L
D
 
K
A
 
S
I
 
C
T
 
E
N
 
S
S
 
A
D
 
G
F
 
F
N
 
-
M
 
-
V
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
A
W
 
F
M
 
Y
E
 
D
A
 
S
G
 
G
S
 
A
R
|
R
S
 
S
L
 
I
Y
 
Y
T
 
A
K
 
K
K
 
K
P
 
P
I
 
I
R
 
R
R
 
T
I
 
V
E
 
A
D
 
D
L
 
A
K
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
I
 
I
R
|
R
V
|
V
I
x
Q
G
 
Q
N
 
S
P
 
D
L
 
L
F
 
W
I
 
V
D
 
A
T
 
L
L
 
V
N
 
S
A
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
A
N
 
N
G
 
A
I
 
T
A
 
P
M
 
M
D
 
P
T
x
Y
G
 
G
E
 
E
I
 
V
F
 
Y
S
 
T
A
 
G
L
 
L
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
V
 
L
I
 
I
D
 
D
G
 
A
A
 
A
E
 
E
N
|
N
N
 
N
S
 
I
P
 
P
T
x
S
L
 
F
L
 
D
E
 
T
H
 
A
N
 
K
H
 
H
F
 
V
R
 
E
V
 
A
A
 
V
K
 
K
H
 
V
Y
 
Y
T
 
S
Q
 
K
T
 
T
H
 
E
H
 
H
L
 
S
I
 
M
L
 
A
P
 
P
E
|
E
P
 
I
L
 
L
L
 
V
M
 
M
S
 
S
K
 
K
D
 
I
T
 
I
W
 
Y
N
 
D
K
 
K
L
 
L
S
 
P
P
 
K
E
 
A
Q
 
E
Q
 
Q
A
 
D
T
 
M
V
 
I
K
 
R
K
 
A
L
 
A
A
 
A
K
 
K
E
 
E
A
 
S
Q
 
V
L
 
A
E
 
F
E
 
E
R
 
R
D
 
Q
L
 
K
W
 
W
V
 
D
A
 
E
K
 
Q
E
 
E
T
 
A
A
 
K
S
 
S
N
 
L
E
 
A
K
 
N
L
 
V
K
 
K
A
 
A
E
 
A
G
 
G
V
 
A
E
 
E
F
 
I
I
 
V
E
 
E
V
 
V
D
 
D
T
 
K
K
 
K
P
 
S
F
 
F
Y
 
Q
D
 
A
A
 
V
T
 
M
A
 
G
P
 
P
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
K
 
K
Y
 
F

4mhfA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp. Js666 (bpro_3107), target efi-510173, with bound alpha/beta d-glucuronate, space group p21 (see paper)
42% identity, 87% coverage: 27:308/323 of query aligns to 3:283/301 of 4mhfA

query
sites
4mhfA
L
 
F
K
 
R
I
 
S
A
 
A
E
 
D
I
x
T
H
|
H
P
 
N
A
 
A
G
 
D
-
 
D
Y
 
Y
P
 
P
T
 
T
V
 
V
V
 
A
A
 
A
M
 
V
E
 
K
N
 
Y
L
 
M
G
 
G
K
 
E
K
 
L
L
 
L
E
 
E
T
 
K
A
 
K
T
 
S
N
 
G
G
 
G
E
 
K
I
 
H
K
 
K
S
 
I
R
 
K
M
 
V
F
 
F
A
 
N
G
 
K
G
 
Q
V
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
S
E
|
E
K
 
K
E
 
E
V
 
T
I
 
I
E
 
D
Q
 
Q
T
 
V
Q
 
K
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
L
Q
 
D
L
 
F
T
 
T
R
|
R
V
 
V
S
x
N
L
 
V
G
 
G
S
 
P
V
 
M
G
 
N
P
 
A
V
 
I
V
 
C
P
 
P
A
 
L
T
 
T
N
 
Q
V
 
V
F
 
P
N
 
T
M
 
M
P
 
P
F
 
F
V
 
L
F
 
F
R
 
S
D
 
S
I
 
I
D
 
A
H
 
H
M
 
M
R
 
R
K
 
K
V
 
S
V
 
L
D
 
D
G
 
G
E
 
P
I
 
V
G
 
G
Q
 
D
E
 
E
I
 
I
L
 
L
D
 
K
A
 
S
I
 
C
T
 
E
N
 
S
S
 
A
D
 
G
F
 
F
N
 
-
M
 
-
V
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
A
W
 
F
M
 
Y
E
 
D
A
x
S
G
 
G
S
 
A
R
|
R
S
 
S
L
 
I
Y
 
Y
T
 
A
K
 
K
K
 
K
P
 
P
I
 
I
R
 
R
R
 
T
I
 
V
E
 
A
D
 
D
L
 
A
K
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
I
 
I
R
|
R
V
 
V
I
x
Q
G
 
Q
N
 
S
P
 
D
L
 
L
F
 
W
I
 
V
D
 
A
T
 
L
L
 
V
N
 
S
A
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
A
N
 
N
G
 
A
I
 
T
A
 
P
M
 
M
D
 
P
T
x
Y
G
 
G
E
 
E
I
 
V
F
 
Y
S
 
T
A
 
G
L
 
L
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
V
 
L
I
 
I
D
 
D
G
 
A
A
 
A
E
 
E
N
|
N
N
|
N
S
 
I
P
 
P
T
x
S
L
 
F
L
 
D
E
 
T
H
 
A
N
 
K
H
 
H
F
 
V
R
 
E
V
 
A
A
 
V
K
 
K
H
 
V
Y
 
Y
T
 
S
Q
 
K
T
 
T
H
 
E
H
 
H
L
 
S
I
 
M
L
 
A
P
 
P
E
|
E
P
 
I
L
 
L
L
 
V
M
 
M
S
 
S
K
 
K
D
 
I
T
 
I
W
 
Y
N
 
D
K
 
K
L
 
L
S
 
P
P
 
K
E
 
A
Q
 
E
Q
 
Q
A
 
D
T
 
M
V
 
I
K
 
R
K
 
A
L
 
A
A
 
A
K
 
K
E
 
E
A
 
S
Q
 
V
L
 
A
E
 
F
E
 
E
R
 
R
D
 
Q
L
 
K
W
 
W
V
 
D
A
 
E
K
 
Q
E
 
E
T
 
A
A
 
K
S
 
S
N
 
L
E
 
A
K
 
N
L
 
V
K
 
K
A
 
A
E
 
A
G
 
G
V
 
A
E
 
E
F
 
I
I
 
V
E
 
E
V
 
V
D
 
D
T
 
K
K
 
K
P
 
S
F
 
F
Y
 
Q
D
 
A
A
 
V
T
 
M
A
 
G
P
 
P
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
K
 
K
Y
 
F

4mijA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp. Js666 (bpro_3107), target efi-510173, with bound alpha/beta d-galacturonate, space group p21 (see paper)
42% identity, 87% coverage: 27:308/323 of query aligns to 3:283/302 of 4mijA

query
sites
4mijA
L
 
F
K
 
R
I
 
S
A
 
A
E
 
D
I
x
T
H
|
H
P
 
N
A
 
A
G
 
D
-
 
D
Y
 
Y
P
 
P
T
 
T
V
 
V
V
 
A
A
 
A
M
 
V
E
 
K
N
 
Y
L
 
M
G
 
G
K
 
E
K
 
L
L
 
L
E
 
E
T
 
K
A
 
K
T
 
S
N
 
G
G
 
G
E
 
K
I
 
H
K
 
K
S
 
I
R
 
K
M
 
V
F
 
F
A
 
N
G
 
K
G
 
Q
V
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
S
E
|
E
K
 
K
E
 
E
V
 
T
I
 
I
E
 
D
Q
 
Q
T
 
V
Q
 
K
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
L
Q
 
D
L
 
F
T
 
T
R
|
R
V
 
V
S
x
N
L
 
V
G
 
G
S
 
P
V
 
M
G
 
N
P
 
A
V
 
I
V
 
C
P
 
P
A
 
L
T
 
T
N
 
Q
V
 
V
F
 
P
N
 
T
M
 
M
P
 
P
F
 
F
V
 
L
F
 
F
R
 
S
D
 
S
I
 
I
D
 
A
H
 
H
M
 
M
R
 
R
K
 
K
V
 
S
V
 
L
D
 
D
G
 
G
E
 
P
I
 
V
G
 
G
Q
 
D
E
 
E
I
 
I
L
 
L
D
 
K
A
 
S
I
 
C
T
 
E
N
 
S
S
 
A
D
 
G
F
 
F
N
 
-
M
 
-
V
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
A
W
 
F
M
 
Y
E
 
D
A
x
S
G
 
G
S
 
A
R
|
R
S
 
S
L
 
I
Y
 
Y
T
 
A
K
 
K
K
 
K
P
 
P
I
 
I
R
 
R
R
 
T
I
 
V
E
 
A
D
 
D
L
 
A
K
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
I
 
I
R
|
R
V
 
V
I
x
Q
G
 
Q
N
 
S
P
 
D
L
 
L
F
 
W
I
 
V
D
 
A
T
 
L
L
 
V
N
 
S
A
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
A
N
 
N
G
 
A
I
 
T
A
 
P
M
 
M
D
 
P
T
x
Y
G
 
G
E
 
E
I
 
V
F
 
Y
S
 
T
A
 
G
L
 
L
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
V
 
L
I
 
I
D
 
D
G
 
A
A
 
A
E
 
E
N
|
N
N
|
N
S
 
I
P
 
P
T
x
S
L
 
F
L
 
D
E
 
T
H
 
A
N
 
K
H
 
H
F
 
V
R
 
E
V
 
A
A
 
V
K
 
K
H
 
V
Y
 
Y
T
 
S
Q
 
K
T
 
T
H
 
E
H
 
H
L
 
S
I
 
M
L
 
A
P
 
P
E
|
E
P
 
I
L
 
L
L
 
V
M
 
M
S
 
S
K
 
K
D
 
I
T
 
I
W
 
Y
N
 
D
K
 
K
L
 
L
S
 
P
P
 
K
E
 
A
Q
 
E
Q
 
Q
A
 
D
T
 
M
V
 
I
K
 
R
K
 
A
L
 
A
A
 
A
K
 
K
E
 
E
A
 
S
Q
 
V
L
 
A
E
 
F
E
 
E
R
 
R
D
 
Q
L
 
K
W
 
W
V
 
D
A
 
E
K
 
Q
E
 
E
T
 
A
A
 
K
S
 
S
N
 
L
E
 
A
K
 
N
L
 
V
K
 
K
A
 
A
E
 
A
G
 
G
V
 
A
E
 
E
F
 
I
I
 
V
E
 
E
V
 
V
D
 
D
T
 
K
K
 
K
P
 
S
F
 
F
Y
 
Q
D
 
A
A
 
V
T
 
M
A
 
G
P
 
P
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
K
 
K
Y
 
F

4p3lA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from chromohalobacter salexigens dsm 3043 (csal_2479), target efi-510085, with bound glucuronate, spg p6122 (see paper)
37% identity, 90% coverage: 32:323/323 of query aligns to 8:299/303 of 4p3lA

query
sites
4p3lA
I
|
I
H
|
H
P
 
P
A
 
P
G
 
S
Y
 
Y
P
 
P
T
 
N
V
 
G
V
 
K
A
 
A
M
 
L
E
 
E
N
 
S
L
 
F
G
 
A
K
 
K
K
 
E
L
 
V
E
 
A
T
 
E
A
 
K
T
 
T
N
 
E
G
 
G
E
 
R
I
 
V
K
 
E
S
 
P
R
 
K
M
 
V
F
 
Y
A
 
H
G
 
N
G
 
A
V
 
V
L
 
L
G
 
G
S
 
D
E
x
Q
K
 
P
E
 
D
V
 
A
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
T
 
T
Q
 
R
I
 
S
G
 
G
A
 
A
V
 
L
Q
 
D
L
 
F
T
 
A
R
 
N
V
 
F
S
x
N
L
 
M
G
 
G
S
 
P
V
 
M
G
 
G
P
 
P
V
 
I
V
 
V
P
 
P
A
 
A
T
 
A
N
 
N
V
 
V
F
 
L
N
 
S
M
 
L
P
 
P
F
 
F
V
 
I
F
 
F
R
 
K
D
 
S
I
 
P
D
 
D
H
 
D
M
 
M
R
 
Y
K
 
R
V
 
I
V
 
M
D
 
D
G
 
G
E
 
E
I
 
I
G
 
G
Q
 
E
E
 
R
I
 
F
L
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
L
T
 
A
N
 
E
S
 
K
D
 
-
F
 
-
N
 
N
M
 
L
V
 
I
G
 
V
L
 
L
A
 
S
W
 
W
M
 
F
E
 
G
A
 
S
G
 
G
S
 
A
R
|
R
S
 
S
L
 
L
Y
 
Y
-
 
N
T
 
T
K
 
D
K
 
H
P
 
P
I
 
V
R
 
E
R
 
T
I
 
P
E
 
D
D
 
D
L
 
V
K
 
E
G
 
G
M
 
L
K
 
K
I
 
V
R
|
R
V
 
V
I
x
M
G
 
N
N
 
N
P
 
D
L
 
L
F
 
Y
I
 
V
D
 
Q
T
 
M
L
 
I
N
 
D
A
 
E
M
 
M
G
 
G
A
 
G
N
 
N
G
 
A
I
 
T
A
 
P
M
 
M
D
 
A
T
x
Y
G
 
G
E
 
E
I
 
V
F
 
Y
S
 
Q
A
 
S
L
 
L
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
V
 
V
I
 
I
D
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
E
N
|
N
N
|
N
S
 
Y
P
 
P
T
x
S
L
 
Y
L
 
E
E
 
S
H
 
S
N
 
G
H
 
H
F
 
Y
R
 
E
V
 
V
A
 
A
K
 
N
H
 
Y
Y
 
Y
T
 
S
Q
 
L
T
 
T
H
 
E
H
 
H
L
 
L
I
 
I
L
 
L
P
 
P
E
|
E
P
 
C
L
 
L
L
 
C
M
 
V
S
 
A
K
 
K
D
 
A
T
 
S
W
 
W
N
 
E
K
 
E
L
 
L
S
 
S
P
 
E
E
 
K
Q
 
D
Q
 
R
A
 
Q
T
 
A
V
 
I
K
 
R
K
 
E
L
 
A
A
 
A
K
 
E
E
 
D
A
 
A
Q
 
A
L
 
K
E
 
E
E
 
Q
R
 
R
D
 
A
L
 
L
W
 
W
V
 
E
A
 
E
K
 
G
E
 
V
T
 
Q
A
 
A
S
 
S
N
 
K
E
 
Q
K
 
K
L
 
I
K
 
L
A
 
D
E
 
A
G
 
G
V
 
V
E
 
K
F
 
I
I
 
N
E
 
E
V
 
V
D
 
D
T
 
D
K
 
K
P
 
S
F
 
A
Y
 
F
D
 
Q
A
 
A
T
 
K
-
 
M
A
 
Q
P
 
P
V
 
I
R
 
Y
E
 
D
K
 
Q
Y
 
F
G
 
V
A
 
Q
Q
 
E
F
 
H
A
 
P
E
 
E
L
 
L
I
 
E
K
 
S
R
 
L
I
 
V
E
 
T
A
 
D
V
 
I
Q
 
Q

Q0B2F6 Solute-binding protein Bamb_6123 from Burkholderia ambifaria (strain ATCC BAA-244 / AMMD) (Burkholderia cepacia (strain AMMD)) (see paper)
36% identity, 99% coverage: 5:323/323 of query aligns to 9:328/328 of Q0B2F6

query
sites
Q0B2F6
R
 
R
K
 
T
L
 
A
L
 
L
V
 
A
T
 
V
A
 
A
L
 
L
P
 
M
F
 
A
A
 
G
F
 
F
C
 
A
I
 
M
S
 
S
G
 
-
L
 
-
A
 
A
H
 
Q
A
 
A
M
 
R
T
 
V
L
 
F
K
 
R
I
 
S
A
 
A
E
 
D
I
 
V
H
|
H
P
 
G
A
 
D
G
 
S
Y
 
F
P
 
P
T
 
T
V
 
N
V
 
M
A
 
A
M
 
V
E
 
K
N
 
F
L
 
M
G
 
G
K
 
D
K
 
E
L
 
L
E
 
S
T
 
K
A
 
L
T
 
T
N
 
G
G
 
G
E
 
K
I
 
D
K
 
S
S
 
I
R
 
K
M
 
V
F
 
F
A
 
G
G
 
N
G
 
S
V
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
S
E
|
E
K
 
K
E
 
D
V
 
T
I
 
V
E
 
D
Q
 
Q
T
 
V
Q
 
R
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
I
Q
 
D
L
 
M
T
 
A
R
|
R
V
 
V
S
 
N
L
 
G
G
 
A
S
 
S
V
 
F
G
 
N
P
 
E
V
 
I
V
 
V
P
 
P
A
 
E
T
 
S
N
 
L
V
 
I
F
 
P
N
 
S
M
 
F
P
 
P
F
 
F
V
 
L
F
 
F
R
 
R
D
 
D
I
 
V
D
 
D
H
 
H
M
 
F
R
 
R
K
 
K
V
 
A
V
 
M
D
 
Y
G
 
G
E
 
P
I
 
A
G
 
G
Q
 
Q
E
 
K
I
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
F
T
 
A
N
 
A
S
 
K
D
 
-
F
 
-
N
 
G
M
 
M
V
 
I
G
 
A
L
 
L
A
 
T
W
 
F
M
 
Y
E
 
E
A
 
S
G
 
G
S
 
A
R
|
R
S
 
S
L
 
I
Y
 
Y
T
 
A
K
 
K
K
 
R
P
 
P
I
 
V
R
 
R
R
 
T
I
 
P
E
 
A
D
 
D
L
 
M
K
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
I
 
V
R
 
R
V
 
V
I
 
Q
G
 
P
N
 
S
P
 
D
L
 
L
F
 
M
I
 
V
D
 
D
T
 
E
L
 
I
N
 
R
A
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
G
N
 
T
G
 
P
I
 
T
A
 
P
M
 
M
D
 
P
T
 
F
G
 
A
E
 
E
I
 
V
F
 
Y
S
 
T
A
 
G
L
 
L
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
V
 
L
I
 
V
D
 
D
G
 
A
A
 
A
E
 
E
N
|
N
N
 
N
S
 
L
P
 
P
T
 
S
L
 
Y
L
 
E
E
 
E
H
 
T
N
 
K
H
 
H
F
 
F
R
 
E
V
 
V
A
 
A
K
 
P
H
 
D
Y
 
Y
T
 
S
Q
 
E
T
 
T
H
 
Q
H
 
H
L
 
A
I
 
M
L
 
T
P
 
P
E
|
E
P
 
V
L
 
L
L
 
V
M
 
F
S
 
S
K
 
K
D
 
K
T
 
I
W
 
W
N
 
D
K
 
T
L
 
L
S
 
S
P
 
P
E
 
Q
Q
 
E
Q
 
Q
A
 
A
T
 
A
V
 
I
K
 
R
K
 
K
L
 
A
A
 
A
K
 
A
E
 
D
A
 
S
Q
 
V
L
 
P
E
 
Y
E
 
Y
R
 
Q
D
 
K
L
 
L
W
 
W
V
 
T
A
 
A
K
 
R
E
 
E
T
 
A
A
 
S
S
 
A
N
 
Q
E
 
Q
K
 
A
L
 
V
K
 
T
A
 
K
E
 
G
G
 
G
V
 
A
E
 
N
F
 
I
I
 
L
-
 
P
-
 
A
-
 
A
E
 
Q
V
 
V
D
 
D
T
 
R
K
 
A
P
 
A
F
 
F
Y
 
V
D
 
K
A
 
A
T
 
M
A
 
Q
P
 
P
V
 
L
R
 
W
E
 
T
K
 
K
Y
 
Y
-
 
E
-
 
K
G
 
T
A
 
P
Q
 
Q
F
 
M
A
 
K
E
 
Q
L
 
I
I
 
V
K
 
D
R
 
E
I
 
I
E
 
E
A
 
A
V
 
T
Q
 
K

4pf8A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from sulfitobacter sp. Nas-14.1 (target efi-510299) with bound beta-d- galacturonate (see paper)
42% identity, 88% coverage: 32:315/323 of query aligns to 7:290/300 of 4pf8A

query
sites
4pf8A
I
|
I
H
|
H
P
 
V
A
 
E
G
 
D
Y
 
Y
P
 
P
T
 
V
V
 
S
V
 
H
A
 
G
M
 
M
E
 
E
N
 
A
L
 
F
G
 
M
K
 
E
K
 
E
L
 
V
E
 
T
T
 
E
A
 
K
T
 
T
N
 
G
G
 
G
E
 
E
I
 
I
K
 
K
S
 
G
R
 
K
M
 
V
F
 
F
A
 
H
G
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
L
G
 
G
S
 
S
E
x
Q
K
 
P
E
 
D
V
 
A
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
T
 
L
Q
 
R
I
 
L
G
 
G
A
 
I
V
 
M
Q
 
D
L
 
F
T
 
G
R
 
V
V
 
F
S
|
S
L
 
L
G
 
G
S
 
P
V
 
M
G
 
G
P
 
Q
V
 
A
V
 
V
P
 
P
A
 
A
T
 
T
N
 
N
V
 
V
F
 
V
N
 
S
M
 
L
P
 
P
F
 
F
V
 
V
F
 
F
R
 
K
D
 
S
I
 
V
D
 
P
H
 
Q
M
 
M
R
 
Y
K
 
E
V
 
L
V
 
M
D
 
D
G
 
G
E
 
E
I
 
P
G
 
G
Q
 
A
E
 
A
I
 
L
L
 
G
D
 
K
A
 
A
I
 
L
T
 
E
N
 
E
S
 
K
D
 
-
F
 
-
N
 
G
M
 
I
V
 
V
G
 
A
L
 
L
A
 
G
W
 
Y
M
 
Y
E
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
A
R
|
R
S
 
S
L
 
F
Y
 
Y
T
 
N
K
 
S
-
 
V
K
 
K
P
 
P
I
 
I
R
 
N
R
 
T
I
 
P
E
 
E
D
 
D
L
 
V
K
 
Q
G
 
G
M
 
M
K
 
K
I
 
V
R
|
R
V
 
V
I
x
M
G
 
N
N
 
N
P
 
D
L
 
L
F
 
F
I
 
V
D
 
G
T
 
M
L
 
I
N
 
E
A
 
S
M
 
M
G
 
G
A
 
G
N
 
N
G
 
A
I
 
T
A
 
P
M
 
M
D
 
A
T
x
F
G
 
A
E
 
E
I
 
V
F
 
Y
S
 
Q
A
 
S
L
 
I
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
V
 
V
I
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
E
N
|
N
N
|
N
S
 
P
P
 
P
T
x
S
L
 
Y
L
 
E
E
 
S
H
 
T
N
 
S
H
 
H
F
 
F
R
 
E
V
 
V
A
 
A
K
 
K
H
 
Y
Y
 
Y
T
 
S
Q
 
L
T
 
T
H
 
Q
H
 
H
L
 
L
I
 
I
L
 
I
P
 
P
E
|
E
P
 
C
L
 
L
L
 
C
M
 
M
S
 
S
K
 
K
D
 
K
T
 
T
W
 
F
N
 
D
K
 
G
L
 
L
S
 
T
P
 
P
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
A
 
E
T
 
I
V
 
V
K
 
K
K
 
T
L
 
A
A
 
G
K
 
K
E
 
N
A
 
S
Q
 
T
L
 
D
E
 
L
E
 
Q
R
 
R
D
 
K
L
 
L
W
 
W
V
 
G
A
 
E
K
 
R
E
 
E
T
 
A
A
 
A
S
 
S
N
 
M
E
 
K
K
 
I
L
 
I
K
 
M
A
 
D
E
 
G
G
 
G
V
 
V
E
 
E
F
 
V
I
 
N
E
 
E
V
 
I
-
 
A
D
 
D
T
 
K
K
 
S
P
 
A
F
 
F
Y
 
Q
D
 
E
A
 
A
T
 
M
A
 
V
P
 
P
V
 
V
R
 
Y
E
 
E
K
 
K
Y
 
Y
G
 
L
A
 
A
Q
 
A
F
 
N
A
 
P
E
 
E
L
 
M

4n17A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from burkholderia ambifaria (bam_6123), target efi-510059, with bound beta-d-galacturonate (see paper)
36% identity, 91% coverage: 27:321/323 of query aligns to 3:300/301 of 4n17A

query
sites
4n17A
L
 
F
K
 
R
I
 
S
A
 
A
E
 
D
I
x
V
H
|
H
P
 
G
A
 
D
G
 
S
Y
 
F
P
 
P
T
 
T
V
 
N
V
 
M
A
 
A
M
 
V
E
 
K
N
 
F
L
 
M
G
 
G
K
 
D
K
 
E
L
 
L
E
 
S
T
 
K
A
 
L
T
 
T
N
 
G
G
 
G
E
 
K
I
 
D
K
 
S
S
 
I
R
 
K
M
 
V
F
 
F
A
 
G
G
 
N
G
 
S
V
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
S
E
|
E
K
 
K
E
 
D
V
 
T
I
 
V
E
 
D
Q
 
Q
T
 
V
Q
 
R
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
I
Q
 
D
L
 
M
T
 
A
R
|
R
V
 
V
S
x
N
L
 
G
G
 
A
S
 
S
V
 
F
G
 
N
P
 
E
V
 
I
V
 
V
P
 
P
A
 
E
T
 
S
N
 
L
V
 
I
F
 
P
N
 
S
M
 
F
P
 
P
F
 
F
V
 
L
F
 
F
R
 
R
D
 
D
I
 
V
D
 
D
H
 
H
M
 
F
R
 
R
K
 
K
V
 
A
V
 
M
D
 
Y
G
 
G
E
 
P
I
 
A
G
 
G
Q
 
Q
E
 
K
I
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
F
T
 
A
N
 
A
S
 
K
D
 
-
F
 
-
N
 
G
M
 
M
V
 
I
G
 
A
L
 
L
A
 
T
W
 
F
M
 
Y
E
 
E
A
 
S
G
 
G
S
 
A
R
|
R
S
 
S
L
 
I
Y
 
Y
T
 
A
K
 
K
K
 
R
P
 
P
I
 
V
R
 
R
R
 
T
I
 
P
E
 
A
D
 
D
L
 
M
K
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
I
 
V
R
|
R
V
 
V
I
x
Q
G
 
P
N
 
S
P
 
D
L
 
L
F
 
M
I
 
V
D
 
D
T
 
E
L
 
I
N
 
R
A
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
G
N
 
T
G
 
P
I
 
T
A
 
P
M
 
M
D
 
P
T
x
F
G
 
A
E
 
E
I
 
V
F
 
Y
S
 
T
A
 
G
L
 
L
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
V
 
L
I
 
V
D
 
D
G
 
A
A
 
A
E
 
E
N
|
N
N
 
N
S
 
L
P
 
P
T
x
S
L
 
Y
L
 
E
E
 
E
H
 
T
N
 
K
H
 
H
F
 
F
R
 
E
V
 
V
A
 
A
K
 
P
H
 
D
Y
 
Y
T
 
S
Q
 
E
T
 
T
H
 
Q
H
 
H
L
 
A
I
 
M
L
 
T
P
 
P
E
|
E
P
 
V
L
 
L
L
 
V
M
 
F
S
 
S
K
 
K
D
 
K
T
 
I
W
 
W
N
 
D
K
 
T
L
 
L
S
 
S
P
 
P
E
 
Q
Q
 
E
Q
 
Q
A
 
A
T
 
A
V
 
I
K
 
R
K
 
K
L
 
A
A
 
A
K
 
A
E
 
D
A
 
S
Q
 
V
L
 
P
E
 
Y
E
 
Y
R
 
Q
D
 
K
L
 
L
W
 
W
V
 
T
A
 
A
K
 
R
E
 
E
T
 
A
A
 
S
S
 
A
N
 
Q
E
 
Q
K
 
A
L
 
V
K
 
T
A
 
K
E
 
G
G
 
G
V
 
A
E
 
N
F
 
I
I
 
L
-
 
P
-
 
A
-
 
A
E
 
Q
V
 
V
D
 
D
T
 
R
K
 
A
P
 
A
F
 
F
Y
 
V
D
 
K
A
 
A
T
 
M
A
 
Q
P
 
P
V
 
L
R
 
W
E
 
T
K
 
K
Y
 
Y
-
 
E
-
 
K
G
 
T
A
 
P
Q
 
Q
F
 
M
A
 
K
E
 
Q
L
 
I
I
 
V
K
 
D
R
 
E
I
 
I
E
 
E
A
 
A

4n15A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from burkholderia ambifaria (bam_6123), target efi-510059, with bound beta-d-glucuronate (see paper)
36% identity, 91% coverage: 27:321/323 of query aligns to 3:300/301 of 4n15A

query
sites
4n15A
L
 
F
K
 
R
I
 
S
A
 
A
E
 
D
I
x
V
H
|
H
P
 
G
A
 
D
G
 
S
Y
 
F
P
 
P
T
 
T
V
 
N
V
 
M
A
 
A
M
 
V
E
 
K
N
 
F
L
 
M
G
 
G
K
 
D
K
 
E
L
 
L
E
 
S
T
 
K
A
 
L
T
 
T
N
 
G
G
 
G
E
 
K
I
 
D
K
 
S
S
 
I
R
 
K
M
 
V
F
 
F
A
 
G
G
 
N
G
 
S
V
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
S
E
|
E
K
 
K
E
 
D
V
 
T
I
 
V
E
 
D
Q
 
Q
T
 
V
Q
 
R
I
 
I
G
 
G
A
 
A
V
 
I
Q
 
D
L
 
M
T
 
A
R
|
R
V
 
V
S
x
N
L
 
G
G
 
A
S
 
S
V
 
F
G
 
N
P
 
E
V
 
I
V
 
V
P
 
P
A
 
E
T
 
S
N
 
L
V
 
I
F
 
P
N
 
S
M
 
F
P
 
P
F
 
F
V
 
L
F
 
F
R
 
R
D
 
D
I
 
V
D
 
D
H
 
H
M
 
F
R
 
R
K
 
K
V
 
A
V
 
M
D
 
Y
G
 
G
E
 
P
I
 
A
G
 
G
Q
 
Q
E
 
K
I
 
I
L
 
L
D
 
D
A
 
A
I
 
F
T
 
A
N
 
A
S
 
K
D
 
-
F
 
-
N
 
G
M
 
M
V
 
I
G
 
A
L
 
L
A
 
T
W
 
F
M
 
Y
E
 
E
A
 
S
G
 
G
S
 
A
R
|
R
S
 
S
L
 
I
Y
 
Y
T
 
A
K
 
K
K
 
R
P
 
P
I
 
V
R
 
R
R
 
T
I
 
P
E
 
A
D
 
D
L
 
M
K
 
K
G
 
G
M
 
L
K
 
K
I
 
V
R
|
R
V
 
V
I
x
Q
G
 
P
N
 
S
P
 
D
L
 
L
F
 
M
I
 
V
D
 
D
T
 
E
L
 
I
N
 
R
A
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
G
N
 
T
G
 
P
I
 
T
A
 
P
M
 
M
D
 
P
T
x
F
G
 
A
E
 
E
I
 
V
F
 
Y
S
 
T
A
 
G
L
 
L
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
V
 
L
I
 
V
D
 
D
G
 
A
A
 
A
E
 
E
N
|
N
N
 
N
S
 
L
P
 
P
T
x
S
L
 
Y
L
 
E
E
 
E
H
 
T
N
 
K
H
 
H
F
 
F
R
 
E
V
 
V
A
 
A
K
 
P
H
 
D
Y
 
Y
T
 
S
Q
 
E
T
 
T
H
 
Q
H
 
H
L
 
A
I
 
M
L
 
T
P
 
P
E
|
E
P
 
V
L
 
L
L
 
V
M
 
F
S
 
S
K
 
K
D
 
K
T
 
I
W
 
W
N
 
D
K
 
T
L
 
L
S
 
S
P
 
P
E
 
Q
Q
 
E
Q
 
Q
A
 
A
T
 
A
V
 
I
K
 
R
K
 
K
L
 
A
A
 
A
K
 
A
E
 
D
A
 
S
Q
 
V
L
 
P
E
 
Y
E
 
Y
R
 
Q
D
 
K
L
 
L
W
 
W
V
 
T
A
 
A
K
 
R
E
 
E
T
 
A
A
 
S
S
 
A
N
 
Q
E
 
Q
K
 
A
L
 
V
K
 
T
A
 
K
E
 
G
G
 
G
V
 
A
E
 
N
F
 
I
I
 
L
-
 
P
-
 
A
-
 
A
E
 
Q
V
 
V
D
 
D
T
 
R
K
 
A
P
 
A
F
 
F
Y
 
V
D
 
K
A
 
A
T
 
M
A
 
Q
P
 
P
V
 
L
R
 
W
E
 
T
K
 
K
Y
 
Y
-
 
E
-
 
K
G
 
T
A
 
P
Q
 
Q
F
 
M
A
 
K
E
 
Q
L
 
I
I
 
V
K
 
D
R
 
E
I
 
I
E
 
E
A
 
A

4ovqA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from roseobacter denitrificans, target efi-510230, with bound beta-d- glucuronate (see paper)
42% identity, 90% coverage: 32:323/323 of query aligns to 8:299/302 of 4ovqA

query
sites
4ovqA
I
|
I
H
|
H
P
 
V
A
 
D
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
T
 
N
V
 
T
V
 
V
A
 
A
M
 
M
E
 
D
N
 
K
L
 
F
G
 
A
K
 
E
K
 
L
L
 
L
E
 
A
T
 
V
A
 
K
T
 
T
N
 
G
G
 
G
E
 
E
I
 
Y
K
 
T
S
 
L
R
 
Q
M
 
M
F
 
F
A
 
H
G
 
G
G
 
G
V
 
T
L
 
L
G
 
G
S
 
S
E
x
Q
K
 
P
E
 
D
V
 
A
I
 
I
E
 
E
Q
 
Q
T
 
V
Q
 
R
I
 
A
G
 
G
A
 
A
V
 
L
Q
 
E
L
 
I
T
 
G
R
 
N
V
 
F
S
x
N
L
 
L
G
 
G
S
 
P
V
 
I
G
 
G
P
 
P
V
 
L
V
 
V
P
 
P
A
 
A
T
 
A
N
 
N
V
 
V
F
 
V
N
 
S
M
 
L
P
 
P
F
 
F
V
 
I
F
 
F
R
 
K
D
 
D
I
 
V
D
 
P
H
 
H
M
 
M
R
 
F
K
 
R
V
 
V
V
 
L
D
 
D
G
 
G
E
 
E
I
 
A
G
 
G
Q
 
K
E
 
I
I
 
I
L
 
-
D
 
-
A
 
A
I
 
A
T
 
G
N
 
M
S
 
A
D
 
E
F
 
K
N
 
G
M
 
I
V
 
Q
G
 
P
L
 
L
A
 
A
W
 
W
M
 
Y
E
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
A
R
|
R
S
 
S
L
 
F
Y
 
Y
T
 
N
-
 
G
K
 
E
K
 
K
P
 
P
I
 
I
R
 
N
R
 
T
I
 
P
E
 
A
D
 
D
L
 
V
K
 
E
G
 
G
M
 
M
K
 
K
I
 
V
R
|
R
V
 
V
I
x
M
G
 
N
N
 
N
P
 
E
L
 
L
F
 
F
I
 
T
D
 
G
T
 
M
L
 
I
N
 
A
A
 
E
M
 
L
G
 
G
A
 
G
N
 
N
G
 
P
I
 
S
A
 
P
M
 
M
D
 
A
T
x
F
G
 
A
E
 
E
I
 
V
F
 
Y
S
 
Q
A
 
A
L
 
L
Q
 
K
S
 
T
G
 
G
V
 
V
I
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
A
E
 
E
N
|
N
N
|
N
S
 
W
P
 
P
T
x
S
L
 
Y
L
 
E
E
 
S
H
 
T
N
 
G
H
 
H
F
 
F
R
 
E
V
 
V
A
 
A
K
 
G
H
 
F
Y
 
Y
T
 
S
Q
 
L
T
 
S
H
 
Q
H
 
H
L
 
L
I
 
I
L
 
I
P
 
P
E
|
E
P
 
C
L
 
I
L
 
C
M
 
I
S
 
N
K
 
I
D
 
G
T
 
T
W
 
F
N
 
N
K
 
A
L
 
L
S
 
S
P
 
D
E
 
E
Q
 
M
Q
 
K
A
 
T
T
 
A
V
 
V
K
 
L
K
 
E
L
 
A
A
 
A
K
 
Q
E
 
E
A
 
S
Q
 
A
L
 
L
E
 
Y
E
 
Q
R
 
R
D
 
D
L
 
L
W
 
W
V
 
N
A
 
K
K
 
R
E
 
E
T
 
A
A
 
A
S
 
S
N
 
R
E
 
A
K
 
A
L
 
V
K
 
E
A
 
A
E
 
A
G
 
G
V
 
V
E
 
V
F
 
V
I
 
N
E
 
E
V
 
I
-
 
A
D
 
D
T
 
K
K
 
A
P
 
P
F
 
F
Y
 
Q
D
 
A
A
 
A
T
 
M
A
 
A
P
 
P
V
 
V
R
 
Y
E
 
E
K
 
A
Y
 
Y
G
 
F
A
 
E
Q
 
A
F
 
N
A
 
P
E
 
D
L
 
L
I
 
R
K
 
P
R
 
L
I
 
V
E
 
E
A
 
L
V
 
I
Q
 
Q

4pddA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp js666 (bpro_0088, target efi-510167) bound to d- erythronate (see paper)
34% identity, 92% coverage: 27:323/323 of query aligns to 4:301/303 of 4pddA

query
sites
4pddA
L
 
L
K
 
K
I
 
I
A
 
G
E
 
Y
I
x
T
H
 
P
P
 
P
A
 
K
G
 
D
Y
 
S
P
 
H
T
x
Y
V
 
G
V
 
V
A
 
G
M
 
A
E
 
T
N
 
T
L
 
F
G
 
C
K
 
D
K
 
E
L
 
V
E
 
E
T
 
K
A
 
G
T
 
T
N
 
Q
G
 
E
E
 
R
I
 
Y
K
 
K
S
 
C
R
 
Q
M
 
H
F
 
F
A
 
P
G
 
S
G
 
S
V
 
A
L
 
L
G
 
G
S
 
G
E
|
E
K
 
R
E
 
E
V
 
M
I
 
I
E
 
E
Q
 
S
T
 
V
Q
 
Q
I
 
L
G
 
G
A
 
T
V
 
Q
Q
 
D
L
 
L
T
 
V
R
 
N
V
 
T
S
|
S
L
 
T
G
 
G
S
 
P
V
 
L
G
 
G
P
 
N
V
 
F
V
 
V
P
 
P
A
 
E
T
 
T
N
 
R
V
 
I
F
 
V
N
 
D
M
 
I
P
 
P
F
 
F
V
 
L
F
 
F
R
 
R
D
 
D
I
 
Y
D
 
E
H
 
H
M
 
A
R
 
R
K
 
K
V
 
V
V
 
M
D
 
D
G
 
G
E
 
A
I
 
I
G
 
G
Q
 
Q
E
 
D
I
 
L
L
 
L
D
 
K
A
 
K
I
 
M
T
 
Q
N
 
A
S
 
K
D
 
-
F
 
-
N
 
G
M
 
L
V
 
I
G
 
G
L
 
L
A
 
A
W
 
W
M
 
T
E
 
E
A
x
N
G
 
G
S
 
F
R
|
R
S
 
H
L
 
M
Y
 
T
-
 
N
T
 
S
K
 
K
K
 
R
P
 
P
I
 
I
R
 
L
R
 
Q
I
 
A
E
 
S
D
 
D
L
 
A
K
 
A
G
 
G
M
 
L
K
 
K
I
 
V
R
|
R
V
 
T
I
x
M
G
 
E
N
 
N
P
 
K
L
 
V
F
 
H
I
 
M
D
 
D
T
 
G
L
 
Y
N
 
K
A
 
T
M
 
F
G
 
G
A
 
L
N
 
L
G
 
P<