SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF3754 FitnessBrowser__Marino:GFF3754 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

Q3L887 Broad-specificity linear acyl-CoA dehydrogenase FadE5; Long-chain-acyl-CoA dehydrogenase; Medium-chain-acyl-CoA dehydrogenase; Short-chain-acyl-CoA dehydrogenase; EC 1.3.8.8; EC 1.3.8.7; EC 1.3.8.1 from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
34% identity, 87% coverage: 84:681/689 of query aligns to 1:607/611 of Q3L887

query
sites
Q3L887
M
 
M
P
 
S
V
 
H
Y
 
Y
K
 
K
A
 
S
P
 
N
L
 
V
R
 
R
D
 
D
M
 
Q
K
 
V
F
 
F
L
 
N
L
 
L
N
 
F
E
 
E
V
 
V
F
 
F
D
 
-
Y
 
-
P
 
-
G
 
G
H
 
V
Y
 
D
A
 
K
T
 
V
L
 
L
T
 
G
S
 
A
G
 
D
E
 
K
-
 
F
-
 
S
N
 
D
A
 
L
T
 
D
P
 
A
D
 
D
I
 
T
V
 
A
D
 
R
A
 
E
I
 
M
L
 
L
G
 
T
E
 
E
C
 
I
G
 
A
K
 
R
F
 
L
C
 
A
E
 
E
E
 
G
V
 
P
L
 
I
S
 
A
P
 
E
L
 
S
Y
 
F
L
 
V
S
 
E
G
 
G
D
 
D
E
 
R
E
 
N
G
 
P
C
 
P
K
 
V
L
 
F
D
 
D
-
 
P
-
 
E
N
 
T
G
 
H
E
 
T
V
 
V
T
 
T
T
 
L
P
 
P
A
 
E
G
 
G
Y
 
F
R
 
K
D
 
K
A
 
S
Y
 
M
Q
 
R
Q
 
A
Y
 
L
A
 
F
M
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
W
Q
 
D
G
 
K
L
 
V
S
 
G
A
 
L
P
 
A
E
 
E
E
 
H
Y
 
L
G
 
G
G
 
G
Q
 
I
G
 
P
L
 
M
P
 
P
A
 
R
S
 
A
M
 
L
G
 
Q
L
 
W
-
 
A
L
 
L
K
 
I
Q
 
E
E
 
H
M
 
I
M
 
L
G
 
G
T
 
A
-
 
N
-
 
P
A
 
A
N
 
A
W
 
Y
P
 
M
F
 
Y
S
 
A
M
 
M
Y
 
G
P
 
P
G
 
G
L
 
-
S
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
-
M
 
M
N
 
S
T
 
E
I
 
I
F
 
F
L
 
Y
H
 
N
G
 
N
T
 
G
E
 
T
D
 
D
Q
 
E
K
 
Q
Q
 
K
T
 
K
Y
 
W
L
 
A
A
 
T
P
 
I
L
 
A
T
 
A
E
 
E
G
 
R
R
 
G
W
 
W
A
 
G
G
 
A
T
 
T
M
|
M
C
x
V
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
Q
 
D
C
 
A
G
 
G
T
x
S
D
 
D
L
 
V
G
 
G
Q
 
A
V
 
G
K
 
R
T
 
T
K
 
K
A
 
A
E
 
V
P
 
Q
Q
 
Q
A
 
P
D
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
W
R
 
H
L
 
I
T
 
E
G
 
G
T
 
V
K
 
K
I
 
R
F
 
F
I
 
I
S
x
T
S
 
S
G
 
A
D
 
D
H
 
S
D
 
D
-
 
D
L
 
L
T
 
F
E
 
E
N
 
N
I
 
I
V
 
M
H
 
H
I
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
R
 
R
L
 
P
P
 
E
D
 
G
A
 
A
P
 
G
K
 
P
G
 
G
T
|
T
R
x
K
G
 
G
I
 
L
S
 
S
L
 
L
F
 
F
I
 
F
V
 
V
P
 
P
K
 
K
F
 
F
L
 
H
P
 
F
D
 
D
-
 
H
S
 
E
N
 
T
G
 
G
D
 
E
V
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
V
V
 
F
C
 
V
G
 
T
S
 
N
L
 
V
E
 
E
K
 
H
K
 
K
M
 
M
G
 
G
I
 
L
K
 
K
A
 
V
S
 
S
A
 
A
T
 
T
C
 
C
V
 
E
L
 
L
N
 
S
F
 
L
D
 
G
G
 
Q
-
 
H
-
 
G
-
 
I
-
 
P
A
 
A
T
 
V
G
 
G
F
 
W
L
 
L
I
 
V
G
 
G
P
 
E
E
 
V
N
 
H
D
 
N
G
 
G
L
 
I
N
 
A
C
 
Q
M
 
M
F
 
F
T
 
D
F
 
V
M
 
I
N
 
E
T
 
Q
A
 
A
R
|
R
I
 
M
G
 
M
T
 
V
A
 
G
I
 
T
Q
 
K
G
 
A
V
 
I
G
 
A
P
 
T
A
 
L
E
 
S
L
 
T
S
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
W
 
N
A
 
A
L
 
L
A
 
E
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
D
 
E
R
|
R
-
 
V
-
 
Q
-
 
G
R
 
A
S
 
D
M
 
M
R
 
T
A
 
Q
L
 
M
S
 
T
G
 
D
K
|
K
K
 
T
E
 
A
P
 
P
D
 
R
Q
 
V
V
 
-
A
 
-
D
 
-
S
 
T
L
 
I
I
 
T
H
 
H
H
 
H
A
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
R
M
 
S
L
 
L
L
 
M
T
 
T
Q
 
Q
K
 
K
A
 
A
I
 
Y
A
 
A
E
 
E
G
 
G
G
 
L
R
 
R
A
 
A
M
 
I
L
 
Y
Y
 
L
Y
 
Y
A
 
T
A
 
A
R
 
T
L
 
F
A
 
Q
D
 
D
H
 
A
M
 
E
V
 
V
E
 
A
G
 
Q
F
 
A
T
 
V
E
 
H
G
 
G
-
 
V
D
 
D
E
 
G
K
 
D
K
 
L
A
 
A
D
 
A
K
 
R
Y
 
V
D
 
N
D
 
D
K
 
-
L
 
-
G
 
-
F
 
L
L
 
L
T
 
L
P
 
P
I
 
I
L
 
V
K
 
K
G
 
G
F
 
F
L
 
G
T
 
S
E
 
E
L
 
T
G
 
A
C
 
Y
E
 
A
A
 
K
A
 
L
N
 
T
L
 
E
G
 
S
V
 
L
Q
|
Q
V
x
T
F
x
L
G
|
G
G
|
G
H
 
S
G
 
G
Y
 
F
I
 
L
R
 
Q
E
 
D
H
 
Y
G
 
P
M
 
I
E
 
E
Q
 
Q
I
 
Y
V
 
I
R
 
R
D
 
D
T
 
S
R
 
K
I
 
I
A
 
D
T
 
S
L
 
L
Y
 
Y
E
|
E
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
A
I
 
I
Q
 
Q
A
 
A
L
 
Q
D
|
D
L
 
F
L
 
F
G
 
F
R
|
R
K
|
K
V
 
I
L
 
-
L
 
I
M
 
R
T
 
D
Q
 
K
G
 
G
G
 
Q
A
 
A
V
 
L
R
 
A
E
 
Y
F
 
V
T
 
A
L
 
G
N
 
E
I
 
I
A
 
E
N
 
Q
F
 
F
A
 
I
R
 
K
K
 
N
H
 
E
L
 
N
T
 
G
D
 
N
K
 
G
R
 
R
L
 
L
R
 
K
P
 
T
-
 
E
-
 
R
-
 
E
-
 
L
W
 
L
A
 
A
L
 
T
E
 
A
L
 
L
L
 
A
K
 
D
L
 
V
T
 
Q
G
 
G
Q
 
M
W
 
A
N
 
A
L
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
G
R
 
Y
I
 
L
M
 
M
L
 
A
A
 
A
A
 
Q
R
 
E
K
 
D
D
 
A
R
 
A
D
 
S
V
 
I
-
 
Y
-
 
K
V
 
V
S
 
G
S
 
L
A
 
G
S
 
S
Y
 
V
D
 
R
F
 
F
L
 
L
M
 
M
Y
 
A
S
 
V
G
 
G
Y
 
D
V
 
L
T
 
L
M
 
S
A
 
G
Y
 
W
I
 
L
W
 
L
L
 
A
R
 
R
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
I
D
 
E
K
 
K
L
 
L
D
 
D
N
 
A
G
 
G
G
 
A
E
 
T
-
 
G
E
 
A
S
 
D
T
 
K
G
 
S
F
 
F
Y
 
Y
Q
 
E
A
 
G
K
 
K
L
 
I
A
 
A
T
 
A
T
 
A
E
 
S
F
 
F
Y
 
F
F
 
A
E
 
K
R
 
N
L
 
M
L
 
L
P
 
P
R
 
L
A
 
L
Q
 
T
S
 
S
H
 
T
A
 
R
T
 
Q
S
 
I
M
 
I
L
 
E
S
 
N
P
 
L
S
 
D
K
 
N
N
 
D
L
 
V
M
 
M
Q
 
E
L
 
L
D
 
D

6ksaB Crystal structure of e447a acyl-coa dehydrogenase fade5 mutant from mycobacteria smegmatis in complex with c18coa (see paper)
34% identity, 87% coverage: 83:681/689 of query aligns to 3:607/611 of 6ksaB

query
sites
6ksaB
A
 
S
M
 
M
P
 
S
V
 
H
Y
 
Y
K
 
K
A
 
S
P
 
N
L
 
V
R
 
R
D
 
D
M
 
Q
K
 
V
F
 
F
L
 
N
L
 
L
N
 
F
E
 
E
V
 
V
F
 
F
D
 
-
Y
 
-
P
 
-
G
 
G
H
 
V
Y
 
D
A
 
K
T
 
V
L
 
L
T
 
G
S
 
A
G
 
D
E
 
K
-
 
F
-
 
S
N
 
D
A
 
L
T
 
D
P
 
A
D
 
D
I
 
T
V
 
A
D
 
R
A
 
E
I
 
M
L
 
L
G
 
T
E
 
E
C
 
I
G
 
A
K
 
R
F
 
L
C
 
A
E
 
E
E
 
G
V
 
P
L
 
I
S
 
A
P
 
E
L
 
S
Y
 
F
L
 
V
S
 
E
G
 
G
D
 
D
E
 
R
E
 
N
G
 
P
C
 
P
K
 
V
L
 
F
D
 
D
-
 
P
-
 
E
N
 
T
G
 
H
E
 
T
V
 
V
T
 
T
T
 
L
P
 
P
A
 
E
G
 
G
Y
 
F
R
 
K
D
 
K
A
 
S
Y
 
M
Q
 
R
Q
 
A
Y
 
L
A
 
F
M
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
W
Q
 
D
G
 
K
L
 
V
S
 
G
A
 
L
P
 
A
E
 
E
E
 
H
Y
 
L
G
 
G
G
 
G
Q
 
I
G
 
P
L
 
M
P
 
P
A
 
R
S
 
A
M
 
L
G
 
Q
L
x
W
-
 
A
L
 
L
K
 
I
Q
 
E
E
 
H
M
 
I
M
 
L
G
 
G
T
 
A
-
 
N
-
 
P
A
 
A
N
 
A
W
 
Y
P
 
M
F
 
Y
S
 
A
M
|
M
Y
 
G
P
 
P
G
 
G
L
 
-
S
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
-
M
|
M
N
 
S
T
 
E
I
 
I
F
 
F
L
 
Y
H
 
N
G
 
N
T
 
G
E
 
T
D
 
D
Q
 
E
K
 
Q
Q
 
K
T
 
K
Y
 
W
L
 
A
A
 
T
P
 
I
L
 
A
T
 
A
E
 
E
G
 
R
R
 
G
W
 
W
A
 
G
G
x
A
T
 
T
M
|
M
C
 
V
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
Q
 
D
C
 
A
G
|
G
T
x
S
D
 
D
L
x
V
G
 
G
Q
 
A
V
 
G
K
 
R
T
 
T
K
 
K
A
 
A
E
 
V
P
 
Q
Q
 
Q
A
 
P
D
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
W
R
 
H
L
 
I
T
 
E
G
 
G
T
 
V
K
 
K
I
 
R
F
|
F
I
|
I
S
x
T
S
 
S
G
 
A
D
 
D
H
 
S
-
 
D
D
 
D
L
 
L
T
 
F
E
 
E
N
 
N
I
 
I
V
 
M
H
 
H
I
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
R
 
R
L
 
P
P
 
E
D
 
G
A
 
A
P
 
G
K
 
P
G
 
G
T
|
T
R
x
K
G
 
G
I
 
L
S
 
S
L
 
L
F
 
F
I
 
F
V
 
V
P
 
P
K
 
K
F
 
F
L
 
H
P
 
F
D
 
D
-
 
H
S
 
E
N
 
T
G
 
G
D
 
E
V
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
V
V
 
F
C
 
V
G
 
T
S
 
N
L
 
V
E
 
E
K
 
H
K
 
K
M
 
M
G
 
G
I
 
L
K
 
K
A
 
V
S
 
S
A
 
A
T
 
T
C
 
C
V
 
E
L
 
L
N
 
S
F
 
L
D
 
G
G
 
Q
-
 
H
-
 
G
-
 
I
-
 
P
A
 
A
T
 
V
G
 
G
F
 
W
L
 
L
I
 
V
G
 
G
P
 
E
E
 
V
N
 
H
D
 
N
G
 
G
L
x
I
N
 
A
C
 
Q
M
 
M
F
|
F
T
 
D
F
 
V
M
 
I
N
 
E
T
x
Q
A
 
A
R
|
R
I
 
M
G
 
M
T
 
V
A
 
G
I
 
T
Q
 
K
G
 
A
V
 
I
G
 
A
P
 
T
A
 
L
E
 
S
L
 
T
S
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
W
 
N
A
 
A
L
 
L
A
 
E
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
D
 
E
R
|
R
-
 
V
-
 
Q
-
 
G
R
 
A
S
 
D
M
 
M
R
 
T
A
 
Q
L
 
M
S
 
T
G
 
D
K
 
K
K
 
T
E
 
A
P
 
P
D
 
R
Q
 
V
V
 
-
A
 
-
D
 
-
S
 
T
L
x
I
I
 
T
H
 
H
H
|
H
A
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
R
M
 
S
L
 
L
L
 
M
T
 
T
Q
 
Q
K
 
K
A
 
A
I
 
Y
A
 
A
E
 
E
G
 
G
G
 
L
R
 
R
A
 
A
M
 
I
L
 
Y
Y
 
L
Y
 
Y
A
 
T
A
 
A
R
 
T
L
 
F
A
 
Q
D
 
D
H
 
A
M
 
E
V
 
V
E
 
A
G
 
Q
F
 
A
T
 
V
E
x
H
G
 
G
-
 
V
D
 
D
E
 
G
K
 
D
K
 
L
A
 
A
D
 
A
K
 
R
Y
 
V
D
 
N
D
 
D
K
 
-
L
 
-
G
 
-
F
 
L
L
 
L
T
 
L
P
 
P
I
 
I
L
 
V
K
 
K
G
 
G
F
 
F
L
 
G
T
 
S
E
 
E
L
 
T
G
 
A
C
 
Y
E
 
A
A
 
K
A
 
L
N
 
T
L
 
E
G
 
S
V
 
L
Q
|
Q
V
x
T
F
 
L
G
|
G
G
|
G
H
 
S
G
 
G
Y
 
F
I
 
L
R
 
Q
E
 
D
H
 
Y
G
 
P
M
 
I
E
 
E
Q
 
Q
I
 
Y
V
 
I
R
 
R
D
 
D
T
 
S
R
 
K
I
|
I
A
 
D
T
 
S
L
 
L
Y
|
Y
E
x
A
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
A
I
|
I
Q
 
Q
A
 
A
L
 
Q
D
|
D
L
 
F
L
 
F
G
 
F
R
|
R
K
|
K
V
 
I
L
 
-
L
 
I
M
 
R
T
 
D
Q
 
K
G
 
G
G
 
Q
A
 
A
V
 
L
R
 
A
E
x
Y
F
 
V
T
 
A
L
 
G
N
x
E
I
 
I
A
 
E
N
 
Q
F
 
F
A
 
I
R
 
K
K
 
N
H
 
N
L
 
G
T
 
R
D
 
L
K
 
K
R
 
T
L
 
E
R
 
R
P
 
E
-
 
L
W
 
L
A
 
A
L
 
T
E
 
A
L
 
L
L
 
A
K
 
D
L
 
V
T
 
Q
G
 
G
Q
 
M
W
 
A
N
 
A
L
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
G
R
 
Y
I
 
L
M
 
M
L
 
A
A
 
A
A
 
Q
R
 
E
K
 
D
D
 
A
R
 
A
D
 
S
V
 
I
-
 
Y
-
 
K
V
 
V
S
 
G
S
 
L
A
 
G
S
 
S
Y
 
V
D
 
R
F
 
F
L
 
L
M
 
M
Y
 
A
S
 
V
G
 
G
Y
 
D
V
 
L
T
 
L
M
 
S
A
 
G
Y
 
W
I
 
L
W
 
L
L
 
A
R
 
R
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
I
D
 
E
K
 
K
L
 
L
D
 
D
N
 
A
G
 
G
G
 
A
E
 
T
-
 
G
E
 
A
S
 
D
T
 
K
G
 
S
F
 
F
Y
 
Y
Q
 
E
A
 
G
K
 
K
L
 
I
A
 
A
T
 
A
T
 
A
E
 
S
F
 
F
Y
 
F
F
 
A
E
 
K
R
 
N
L
 
M
L
 
L
P
 
P
R
 
L
A
 
L
Q
 
T
S
 
S
H
 
T
A
 
R
T
 
Q
S
 
I
M
 
I
L
 
E
S
 
N
P
 
L
S
 
D
K
 
N
N
 
D
L
 
V
M
 
M
Q
 
E
L
 
L
D
 
D

6lq8A Crystal structure of e447a acyl-coa dehydrogenase fade5 mutant from mycobacteria smegmatis in complex with c22coa (see paper)
34% identity, 87% coverage: 84:681/689 of query aligns to 1:603/607 of 6lq8A

query
sites
6lq8A
M
 
M
P
 
S
V
 
H
Y
 
Y
K
 
K
A
 
S
P
 
N
L
 
V
R
 
R
D
 
D
M
 
Q
K
 
V
F
 
F
L
 
N
L
 
L
N
 
F
E
 
E
V
 
V
F
 
F
D
 
-
Y
 
-
P
 
-
G
 
G
H
 
V
Y
 
D
A
 
K
T
 
V
L
 
L
T
 
G
S
 
A
G
 
D
E
 
K
-
 
F
-
 
S
N
 
D
A
 
L
T
 
D
P
 
A
D
 
D
I
 
T
V
 
A
D
 
R
A
 
E
I
 
M
L
 
L
G
 
T
E
 
E
C
 
I
G
 
A
K
 
R
F
 
L
C
 
A
E
 
E
E
 
G
V
 
P
L
 
I
S
 
A
P
 
E
L
 
S
Y
 
F
L
 
V
S
 
E
G
 
G
D
 
D
E
 
R
E
 
N
G
 
P
C
 
P
K
 
V
L
 
F
D
 
D
-
 
P
-
 
E
N
 
T
G
 
H
E
 
T
V
 
V
T
 
T
T
 
L
P
 
P
A
 
E
G
 
G
Y
 
F
R
 
K
D
 
K
A
 
S
Y
 
M
Q
 
R
Q
 
A
Y
 
L
A
 
F
M
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
W
Q
 
D
G
 
K
L
 
V
S
x
G
A
x
L
P
 
A
E
 
E
E
 
H
Y
 
L
G
 
G
G
 
G
Q
 
I
G
 
P
L
 
M
P
 
P
A
 
R
S
 
A
M
 
L
G
x
Q
L
 
W
-
 
A
L
 
L
K
 
I
Q
 
E
E
 
H
M
 
I
M
 
L
G
 
G
T
 
A
-
 
N
-
 
P
A
 
A
N
 
A
W
 
Y
P
 
M
F
 
Y
S
 
A
M
|
M
Y
 
G
P
 
P
G
|
G
L
 
-
S
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
-
M
|
M
N
 
S
T
x
E
I
|
I
F
 
F
L
 
Y
H
 
N
G
 
N
T
 
G
E
 
T
D
 
D
Q
 
E
K
 
Q
Q
 
K
T
 
K
Y
 
W
L
 
A
A
 
T
P
 
I
L
 
A
T
 
A
E
 
E
G
 
R
R
 
G
W
 
W
A
 
G
G
 
A
T
 
T
M
|
M
C
 
V
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
Q
 
D
C
 
A
G
|
G
T
x
S
D
 
D
L
x
V
G
 
G
Q
 
A
V
 
G
K
 
R
T
 
T
K
 
K
A
 
A
E
 
V
P
 
Q
Q
 
Q
A
 
P
D
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
W
R
 
H
L
 
I
T
 
E
G
 
G
T
 
V
K
 
K
I
 
R
F
|
F
I
|
I
S
x
T
S
 
S
G
 
A
D
 
D
H
 
S
-
 
D
D
 
D
L
 
L
T
 
F
E
 
E
N
 
N
I
 
I
V
 
M
H
 
H
I
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
R
 
R
L
 
P
P
 
E
D
 
G
A
 
A
P
 
G
K
 
P
G
 
G
T
|
T
R
x
K
G
 
G
I
 
L
S
 
S
L
 
L
F
 
F
I
 
F
V
 
V
P
 
P
K
 
K
F
 
F
L
 
H
P
 
F
D
 
D
-
 
H
S
 
E
N
 
T
G
 
G
D
 
E
V
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
V
V
 
F
C
 
V
G
 
T
S
 
N
L
 
V
E
 
E
K
 
H
K
 
K
M
 
M
G
 
G
I
 
L
K
 
K
A
 
V
S
 
S
A
 
A
T
 
T
C
 
C
V
 
E
L
 
L
N
 
S
F
 
L
D
 
G
G
 
Q
-
 
H
-
 
G
-
 
I
-
 
P
A
 
A
T
 
V
G
 
G
F
 
W
L
 
L
I
 
V
G
 
G
P
 
E
E
 
V
N
 
H
D
 
N
G
 
G
L
x
I
N
 
A
C
 
Q
M
 
M
F
|
F
T
 
D
F
 
V
M
 
I
N
 
E
T
x
Q
A
|
A
R
|
R
I
 
M
G
 
M
T
 
V
A
 
G
I
 
T
Q
 
K
G
 
A
V
 
I
G
 
A
P
 
T
A
 
L
E
 
S
L
 
T
S
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
W
 
N
A
 
A
L
 
L
A
 
E
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
D
 
E
R
|
R
-
 
V
-
 
Q
-
 
G
R
 
A
S
 
D
M
 
M
R
 
T
A
 
Q
L
 
M
S
 
T
G
 
D
K
 
K
K
 
T
E
 
A
P
 
P
D
 
R
Q
 
V
V
 
-
A
 
-
D
 
-
S
 
T
L
x
I
I
 
T
H
 
H
H
|
H
A
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
R
M
 
S
L
 
L
L
 
M
T
 
T
Q
 
Q
K
 
K
A
 
A
I
 
Y
A
 
A
E
 
E
G
 
G
G
 
L
R
 
R
A
 
A
M
 
I
L
 
Y
Y
 
L
Y
 
Y
A
 
T
A
 
A
R
 
T
L
 
F
A
 
Q
D
 
D
H
 
A
M
 
E
V
 
V
E
 
A
G
 
Q
F
 
A
T
 
V
E
 
H
G
 
G
-
 
V
D
 
D
E
 
G
K
 
D
K
 
L
A
 
A
D
 
A
K
 
R
Y
 
V
D
 
N
D
 
D
K
 
-
L
 
-
G
 
-
F
 
L
L
 
L
T
 
L
P
 
P
I
 
I
L
 
V
K
 
K
G
 
G
F
 
F
L
 
G
T
 
S
E
 
E
L
 
T
G
 
A
C
 
Y
E
 
A
A
 
K
A
 
L
N
 
T
L
 
E
G
 
S
V
 
L
Q
|
Q
V
x
T
F
 
L
G
|
G
G
|
G
H
 
S
G
 
G
Y
 
F
I
 
L
R
 
Q
E
 
D
H
 
Y
G
 
P
M
 
I
E
 
E
Q
 
Q
I
 
Y
V
 
I
R
 
R
D
 
D
T
 
S
R
 
K
I
|
I
A
 
D
T
 
S
L
 
L
Y
|
Y
E
x
A
G
|
G
T
|
T
T
 
T
G
 
A
I
|
I
Q
 
Q
A
 
A
L
 
Q
D
|
D
L
 
F
L
 
F
G
 
F
R
|
R
K
|
K
V
 
I
L
 
-
L
 
I
M
 
R
T
 
D
Q
 
K
G
 
G
G
 
Q
A
 
A
V
 
L
R
 
A
E
 
Y
F
 
V
T
 
A
L
 
G
N
 
E
I
 
I
A
 
E
N
 
Q
F
 
F
A
 
I
R
 
K
K
 
N
H
 
G
L
 
R
T
 
L
D
 
K
K
 
T
R
 
E
L
 
R
R
 
E
P
 
L
W
 
L
A
 
A
L
 
T
E
 
A
L
 
L
L
 
A
K
 
D
L
 
V
T
 
Q
G
 
G
Q
 
M
W
 
A
N
 
A
L
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
G
R
 
Y
I
 
L
M
 
M
L
 
A
A
 
A
A
 
Q
R
 
E
K
 
D
D
 
A
R
 
A
D
 
S
V
 
I
-
 
Y
-
 
K
V
 
V
S
 
G
S
 
L
A
 
G
S
 
S
Y
 
V
D
 
R
F
 
F
L
 
L
M
 
M
Y
 
A
S
 
V
G
 
G
Y
 
D
V
 
L
T
 
L
M
 
S
A
 
G
Y
 
W
I
 
L
W
 
L
L
 
A
R
 
R
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
I
D
 
E
K
 
K
L
 
L
D
 
D
N
 
A
G
 
G
G
 
A
E
 
T
-
 
G
E
 
A
S
 
D
T
 
K
G
 
S
F
 
F
Y
 
Y
Q
 
E
A
 
G
K
 
K
L
 
I
A
 
A
T
 
A
T
 
A
E
 
S
F
 
F
Y
 
F
F
 
A
E
 
K
R
 
N
L
 
M
L
 
L
P
 
P
R
 
L
A
 
L
Q
 
T
S
 
S
H
 
T
A
 
R
T
 
Q
S
 
I
M
 
I
L
 
E
S
 
N
P
 
L
S
 
D
K
 
N
N
 
D
L
 
V
M
 
M
Q
 
E
L
 
L
D
 
D

6lq7A Crystal structure of e447a acyl-coa dehydrogenase fade5 mutant from mycobacteria smegmatis in complex with c17coa (see paper)
34% identity, 87% coverage: 84:681/689 of query aligns to 1:603/607 of 6lq7A

query
sites
6lq7A
M
 
M
P
 
S
V
 
H
Y
 
Y
K
 
K
A
 
S
P
 
N
L
 
V
R
 
R
D
 
D
M
 
Q
K
 
V
F
 
F
L
 
N
L
 
L
N
 
F
E
 
E
V
 
V
F
 
F
D
 
-
Y
 
-
P
 
-
G
 
G
H
 
V
Y
 
D
A
 
K
T
 
V
L
 
L
T
 
G
S
 
A
G
 
D
E
 
K
-
 
F
-
 
S
N
 
D
A
 
L
T
 
D
P
 
A
D
 
D
I
 
T
V
 
A
D
 
R
A
 
E
I
 
M
L
 
L
G
 
T
E
 
E
C
 
I
G
 
A
K
 
R
F
 
L
C
 
A
E
 
E
E
 
G
V
 
P
L
 
I
S
 
A
P
 
E
L
 
S
Y
 
F
L
 
V
S
 
E
G
 
G
D
 
D
E
 
R
E
 
N
G
 
P
C
 
P
K
 
V
L
 
F
D
 
D
-
 
P
-
 
E
N
 
T
G
 
H
E
 
T
V
 
V
T
 
T
T
 
L
P
 
P
A
 
E
G
 
G
Y
 
F
R
 
K
D
 
K
A
 
S
Y
 
M
Q
 
R
Q
 
A
Y
 
L
A
 
F
M
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
W
Q
 
D
G
 
K
L
 
V
S
 
G
A
 
L
P
 
A
E
 
E
E
 
H
Y
 
L
G
 
G
G
 
G
Q
 
I
G
 
P
L
 
M
P
 
P
A
 
R
S
 
A
M
 
L
G
 
Q
L
 
W
-
 
A
L
 
L
K
 
I
Q
 
E
E
 
H
M
 
I
M
 
L
G
 
G
T
 
A
-
 
N
-
 
P
A
 
A
N
 
A
W
 
Y
P
 
M
F
 
Y
S
 
A
M
|
M
Y
 
G
P
 
P
G
 
G
L
 
-
S
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
-
M
 
M
N
 
S
T
 
E
I
 
I
F
 
F
L
 
Y
H
 
N
G
 
N
T
 
G
E
 
T
D
 
D
Q
 
E
K
 
Q
Q
 
K
T
 
K
Y
 
W
L
 
A
A
 
T
P
 
I
L
 
A
T
 
A
E
 
E
G
 
R
R
 
G
W
 
W
A
 
G
G
x
A
T
 
T
M
|
M
C
 
V
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
Q
 
D
C
 
A
G
|
G
T
x
S
D
 
D
L
x
V
G
 
G
Q
 
A
V
 
G
K
 
R
T
 
T
K
 
K
A
 
A
E
 
V
P
 
Q
Q
 
Q
A
 
P
D
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
W
R
 
H
L
 
I
T
 
E
G
 
G
T
 
V
K
 
K
I
 
R
F
|
F
I
|
I
S
x
T
S
 
S
G
 
A
D
 
D
H
 
S
-
 
D
D
 
D
L
 
L
T
 
F
E
 
E
N
 
N
I
 
I
V
 
M
H
 
H
I
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
R
 
R
L
 
P
P
 
E
D
 
G
A
 
A
P
 
G
K
 
P
G
 
G
T
|
T
R
x
K
G
 
G
I
 
L
S
 
S
L
 
L
F
 
F
I
 
F
V
 
V
P
 
P
K
 
K
F
 
F
L
 
H
P
 
F
D
 
D
-
 
H
S
 
E
N
 
T
G
 
G
D
 
E
V
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
V
V
 
F
C
 
V
G
 
T
S
 
N
L
 
V
E
 
E
K
 
H
K
 
K
M
 
M
G
 
G
I
 
L
K
 
K
A
 
V
S
 
S
A
 
A
T
 
T
C
 
C
V
 
E
L
 
L
N
 
S
F
 
L
D
 
G
G
 
Q
-
 
H
-
 
G
-
 
I
-
 
P
A
 
A
T
 
V
G
 
G
F
 
W
L
 
L
I
 
V
G
 
G
P
 
E
E
 
V
N
 
H
D
 
N
G
 
G
L
x
I
N
 
A
C
 
Q
M
 
M
F
|
F
T
 
D
F
 
V
M
 
I
N
 
E
T
x
Q
A
 
A
R
|
R
I
 
M
G
 
M
T
 
V
A
 
G
I
 
T
Q
 
K
G
 
A
V
 
I
G
 
A
P
 
T
A
 
L
E
 
S
L
 
T
S
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
W
 
N
A
 
A
L
 
L
A
 
E
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
D
 
E
R
|
R
-
 
V
-
 
Q
-
 
G
R
 
A
S
 
D
M
 
M
R
 
T
A
 
Q
L
 
M
S
 
T
G
 
D
K
 
K
K
 
T
E
 
A
P
 
P
D
 
R
Q
 
V
V
 
-
A
 
-
D
 
-
S
 
T
L
x
I
I
 
T
H
 
H
H
|
H
A
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
R
M
 
S
L
 
L
L
 
M
T
 
T
Q
 
Q
K
 
K
A
 
A
I
 
Y
A
 
A
E
 
E
G
 
G
G
 
L
R
 
R
A
 
A
M
 
I
L
 
Y
Y
 
L
Y
 
Y
A
 
T
A
 
A
R
 
T
L
 
F
A
 
Q
D
 
D
H
 
A
M
 
E
V
 
V
E
 
A
G
 
Q
F
 
A
T
 
V
E
 
H
G
 
G
-
 
V
D
 
D
E
 
G
K
 
D
K
 
L
A
 
A
D
 
A
K
 
R
Y
 
V
D
 
N
D
 
D
K
 
-
L
 
-
G
 
-
F
 
L
L
 
L
T
 
L
P
 
P
I
 
I
L
 
V
K
 
K
G
 
G
F
 
F
L
 
G
T
 
S
E
 
E
L
 
T
G
 
A
C
 
Y
E
 
A
A
 
K
A
 
L
N
 
T
L
 
E
G
 
S
V
 
L
Q
|
Q
V
x
T
F
 
L
G
|
G
G
|
G
H
 
S
G
 
G
Y
 
F
I
 
L
R
 
Q
E
 
D
H
 
Y
G
 
P
M
 
I
E
 
E
Q
 
Q
I
 
Y
V
 
I
R
 
R
D
 
D
T
 
S
R
 
K
I
|
I
A
 
D
T
 
S
L
 
L
Y
|
Y
E
x
A
G
|
G
T
|
T
T
 
T
G
 
A
I
|
I
Q
 
Q
A
 
A
L
 
Q
D
|
D
L
 
F
L
 
F
G
 
F
R
|
R
K
|
K
V
 
I
L
 
-
L
 
I
M
 
R
T
 
D
Q
 
K
G
 
G
G
 
Q
A
 
A
V
 
L
R
 
A
E
 
Y
F
 
V
T
 
A
L
 
G
N
 
E
I
 
I
A
 
E
N
 
Q
F
 
F
A
 
I
R
 
K
K
 
N
H
 
G
L
 
R
T
 
L
D
 
K
K
 
T
R
 
E
L
 
R
R
 
E
P
 
L
W
 
L
A
 
A
L
 
T
E
 
A
L
 
L
L
 
A
K
 
D
L
 
V
T
 
Q
G
 
G
Q
 
M
W
 
A
N
 
A
L
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
G
R
 
Y
I
 
L
M
 
M
L
 
A
A
 
A
A
 
Q
R
 
E
K
 
D
D
 
A
R
 
A
D
 
S
V
 
I
-
 
Y
-
 
K
V
 
V
S
 
G
S
 
L
A
 
G
S
 
S
Y
 
V
D
 
R
F
 
F
L
 
L
M
 
M
Y
 
A
S
 
V
G
 
G
Y
 
D
V
 
L
T
 
L
M
 
S
A
 
G
Y
 
W
I
 
L
W
 
L
L
 
A
R
 
R
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
I
D
 
E
K
 
K
L
 
L
D
 
D
N
 
A
G
 
G
G
 
A
E
 
T
-
 
G
E
 
A
S
 
D
T
 
K
G
 
S
F
 
F
Y
 
Y
Q
 
E
A
 
G
K
 
K
L
 
I
A
 
A
T
 
A
T
 
A
E
 
S
F
 
F
Y
 
F
F
 
A
E
 
K
R
 
N
L
 
M
L
 
L
P
 
P
R
 
L
A
 
L
Q
 
T
S
 
S
H
 
T
A
 
R
T
 
Q
S
 
I
M
 
I
L
 
E
S
 
N
P
 
L
S
 
D
K
 
N
N
 
D
L
 
V
M
 
M
Q
 
E
L
 
L
D
 
D

6lq6A Crystal structure of e447a acyl-coa dehydrogenase fade5 mutant from mycobacteria smegmatis in complex with c20coa (see paper)
34% identity, 87% coverage: 84:681/689 of query aligns to 1:603/607 of 6lq6A

query
sites
6lq6A
M
 
M
P
 
S
V
 
H
Y
 
Y
K
 
K
A
 
S
P
 
N
L
 
V
R
 
R
D
 
D
M
 
Q
K
 
V
F
 
F
L
 
N
L
 
L
N
 
F
E
 
E
V
 
V
F
 
F
D
 
-
Y
 
-
P
 
-
G
 
G
H
 
V
Y
 
D
A
 
K
T
 
V
L
 
L
T
 
G
S
 
A
G
 
D
E
 
K
-
 
F
-
 
S
N
 
D
A
 
L
T
 
D
P
 
A
D
 
D
I
 
T
V
 
A
D
 
R
A
 
E
I
 
M
L
 
L
G
 
T
E
 
E
C
 
I
G
 
A
K
 
R
F
 
L
C
 
A
E
 
E
E
 
G
V
 
P
L
 
I
S
 
A
P
 
E
L
 
S
Y
 
F
L
 
V
S
 
E
G
 
G
D
 
D
E
 
R
E
 
N
G
 
P
C
 
P
K
 
V
L
 
F
D
 
D
-
 
P
-
 
E
N
 
T
G
 
H
E
 
T
V
 
V
T
 
T
T
 
L
P
 
P
A
 
E
G
 
G
Y
 
F
R
 
K
D
 
K
A
 
S
Y
 
M
Q
 
R
Q
 
A
Y
 
L
A
 
F
M
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
W
Q
 
D
G
 
K
L
 
V
S
x
G
A
 
L
P
 
A
E
 
E
E
 
H
Y
 
L
G
 
G
G
 
G
Q
 
I
G
 
P
L
 
M
P
 
P
A
 
R
S
 
A
M
 
L
G
 
Q
L
 
W
-
 
A
L
 
L
K
 
I
Q
 
E
E
 
H
M
 
I
M
 
L
G
 
G
T
 
A
-
 
N
-
 
P
A
 
A
N
 
A
W
 
Y
P
 
M
F
 
Y
S
 
A
M
|
M
Y
 
G
P
 
P
G
|
G
L
 
-
S
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
-
M
|
M
N
 
S
T
x
E
I
 
I
F
 
F
L
 
Y
H
 
N
G
 
N
T
 
G
E
 
T
D
 
D
Q
 
E
K
 
Q
Q
 
K
T
 
K
Y
 
W
L
 
A
A
 
T
P
 
I
L
 
A
T
 
A
E
 
E
G
 
R
R
 
G
W
 
W
A
 
G
G
x
A
T
 
T
M
|
M
C
 
V
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
Q
 
D
C
 
A
G
|
G
T
x
S
D
 
D
L
x
V
G
 
G
Q
 
A
V
 
G
K
 
R
T
 
T
K
 
K
A
 
A
E
 
V
P
 
Q
Q
 
Q
A
 
P
D
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
W
R
 
H
L
 
I
T
 
E
G
 
G
T
 
V
K
 
K
I
 
R
F
|
F
I
|
I
S
x
T
S
 
S
G
 
A
D
 
D
H
 
S
-
 
D
D
 
D
L
 
L
T
 
F
E
 
E
N
 
N
I
 
I
V
 
M
H
 
H
I
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
R
 
R
L
 
P
P
 
E
D
 
G
A
 
A
P
 
G
K
 
P
G
 
G
T
|
T
R
x
K
G
 
G
I
 
L
S
 
S
L
 
L
F
 
F
I
 
F
V
 
V
P
 
P
K
 
K
F
 
F
L
 
H
P
 
F
D
 
D
-
 
H
S
 
E
N
 
T
G
 
G
D
 
E
V
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
V
V
 
F
C
 
V
G
 
T
S
 
N
L
 
V
E
 
E
K
 
H
K
 
K
M
 
M
G
 
G
I
 
L
K
 
K
A
 
V
S
 
S
A
 
A
T
|
T
C
 
C
V
 
E
L
 
L
N
 
S
F
 
L
D
 
G
G
 
Q
-
 
H
-
 
G
-
 
I
-
 
P
A
 
A
T
 
V
G
 
G
F
 
W
L
 
L
I
 
V
G
 
G
P
 
E
E
 
V
N
 
H
D
 
N
G
 
G
L
x
I
N
 
A
C
 
Q
M
 
M
F
|
F
T
 
D
F
 
V
M
 
I
N
 
E
T
x
Q
A
 
A
R
|
R
I
 
M
G
x
M
T
 
V
A
 
G
I
 
T
Q
 
K
G
 
A
V
 
I
G
 
A
P
 
T
A
 
L
E
 
S
L
 
T
S
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
W
 
N
A
 
A
L
 
L
A
 
E
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
D
 
E
R
|
R
-
 
V
-
 
Q
-
 
G
R
 
A
S
 
D
M
 
M
R
 
T
A
 
Q
L
 
M
S
 
T
G
 
D
K
 
K
K
 
T
E
 
A
P
 
P
D
 
R
Q
 
V
V
 
-
A
 
-
D
 
-
S
 
T
L
 
I
I
 
T
H
 
H
H
|
H
A
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
R
M
 
S
L
 
L
L
 
M
T
 
T
Q
 
Q
K
 
K
A
 
A
I
 
Y
A
 
A
E
 
E
G
 
G
G
 
L
R
 
R
A
 
A
M
 
I
L
 
Y
Y
 
L
Y
 
Y
A
 
T
A
 
A
R
 
T
L
 
F
A
 
Q
D
 
D
H
 
A
M
 
E
V
 
V
E
 
A
G
 
Q
F
 
A
T
 
V
E
 
H
G
 
G
-
 
V
D
 
D
E
 
G
K
 
D
K
 
L
A
 
A
D
 
A
K
 
R
Y
 
V
D
 
N
D
 
D
K
 
-
L
 
-
G
 
-
F
 
L
L
 
L
T
 
L
P
 
P
I
 
I
L
 
V
K
 
K
G
 
G
F
 
F
L
 
G
T
 
S
E
 
E
L
 
T
G
 
A
C
 
Y
E
 
A
A
 
K
A
 
L
N
 
T
L
 
E
G
 
S
V
 
L
Q
|
Q
V
x
T
F
 
L
G
|
G
G
|
G
H
 
S
G
 
G
Y
 
F
I
 
L
R
 
Q
E
 
D
H
 
Y
G
 
P
M
 
I
E
 
E
Q
 
Q
I
 
Y
V
 
I
R
 
R
D
 
D
T
 
S
R
 
K
I
|
I
A
 
D
T
 
S
L
 
L
Y
|
Y
E
x
A
G
|
G
T
|
T
T
 
T
G
 
A
I
|
I
Q
 
Q
A
 
A
L
 
Q
D
|
D
L
 
F
L
 
F
G
 
F
R
|
R
K
|
K
V
 
I
L
 
-
L
 
I
M
 
R
T
 
D
Q
 
K
G
 
G
G
 
Q
A
 
A
V
 
L
R
 
A
E
 
Y
F
 
V
T
 
A
L
 
G
N
 
E
I
 
I
A
 
E
N
 
Q
F
 
F
A
 
I
R
 
K
K
 
N
H
 
G
L
 
R
T
 
L
D
 
K
K
 
T
R
 
E
L
 
R
R
 
E
P
 
L
W
 
L
A
 
A
L
 
T
E
 
A
L
 
L
L
 
A
K
 
D
L
 
V
T
 
Q
G
 
G
Q
 
M
W
 
A
N
 
A
L
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
G
R
 
Y
I
 
L
M
 
M
L
 
A
A
 
A
A
 
Q
R
 
E
K
 
D
D
 
A
R
 
A
D
 
S
V
 
I
-
 
Y
-
 
K
V
 
V
S
 
G
S
 
L
A
 
G
S
 
S
Y
 
V
D
 
R
F
 
F
L
 
L
M
 
M
Y
 
A
S
 
V
G
 
G
Y
 
D
V
 
L
T
 
L
M
 
S
A
 
G
Y
 
W
I
 
L
W
 
L
L
 
A
R
 
R
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
I
D
 
E
K
 
K
L
 
L
D
 
D
N
 
A
G
 
G
G
 
A
E
 
T
-
 
G
E
 
A
S
 
D
T
 
K
G
 
S
F
 
F
Y
 
Y
Q
 
E
A
 
G
K
 
K
L
 
I
A
 
A
T
 
A
T
 
A
E
 
S
F
 
F
Y
 
F
F
 
A
E
 
K
R
 
N
L
 
M
L
 
L
P
 
P
R
 
L
A
 
L
Q
 
T
S
 
S
H
 
T
A
 
R
T
 
Q
S
 
I
M
 
I
L
 
E
S
 
N
P
 
L
S
 
D
K
 
N
N
 
D
L
 
V
M
 
M
Q
 
E
L
 
L
D
 
D

6lq1A Crystal structure of e447a acyl-coa dehydrogenase fade5 mutant from mycobacteria smegmatis in complex with c8coa (see paper)
34% identity, 87% coverage: 84:681/689 of query aligns to 1:603/607 of 6lq1A

query
sites
6lq1A
M
 
M
P
 
S
V
 
H
Y
 
Y
K
 
K
A
 
S
P
 
N
L
 
V
R
 
R
D
 
D
M
 
Q
K
 
V
F
 
F
L
 
N
L
 
L
N
 
F
E
 
E
V
 
V
F
 
F
D
 
-
Y
 
-
P
 
-
G
 
G
H
 
V
Y
 
D
A
 
K
T
 
V
L
 
L
T
 
G
S
 
A
G
 
D
E
 
K
-
 
F
-
 
S
N
 
D
A
 
L
T
 
D
P
 
A
D
 
D
I
 
T
V
 
A
D
 
R
A
 
E
I
 
M
L
 
L
G
 
T
E
 
E
C
 
I
G
 
A
K
 
R
F
 
L
C
 
A
E
 
E
E
 
G
V
 
P
L
 
I
S
 
A
P
 
E
L
 
S
Y
 
F
L
 
V
S
 
E
G
 
G
D
 
D
E
 
R
E
 
N
G
 
P
C
 
P
K
 
V
L
 
F
D
 
D
-
 
P
-
 
E
N
 
T
G
 
H
E
 
T
V
 
V
T
 
T
T
 
L
P
 
P
A
 
E
G
 
G
Y
 
F
R
 
K
D
 
K
A
 
S
Y
 
M
Q
 
R
Q
 
A
Y
 
L
A
 
F
M
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
W
Q
 
D
G
 
K
L
 
V
S
 
G
A
 
L
P
 
A
E
 
E
E
 
H
Y
 
L
G
 
G
G
 
G
Q
 
I
G
 
P
L
 
M
P
 
P
A
 
R
S
 
A
M
 
L
G
 
Q
L
 
W
-
 
A
L
 
L
K
 
I
Q
 
E
E
 
H
M
 
I
M
 
L
G
 
G
T
 
A
-
 
N
-
 
P
A
 
A
N
 
A
W
 
Y
P
 
M
F
 
Y
S
 
A
M
|
M
Y
 
G
P
 
P
G
 
G
L
 
-
S
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
-
M
 
M
N
 
S
T
 
E
I
 
I
F
 
F
L
 
Y
H
 
N
G
 
N
T
 
G
E
 
T
D
 
D
Q
 
E
K
 
Q
Q
 
K
T
 
K
Y
 
W
L
 
A
A
 
T
P
 
I
L
 
A
T
 
A
E
 
E
G
 
R
R
 
G
W
 
W
A
 
G
G
 
A
T
 
T
M
|
M
C
 
V
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
Q
 
D
C
 
A
G
|
G
T
x
S
D
 
D
L
x
V
G
 
G
Q
 
A
V
 
G
K
 
R
T
 
T
K
 
K
A
 
A
E
 
V
P
 
Q
Q
 
Q
A
 
P
D
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
W
R
 
H
L
 
I
T
 
E
G
 
G
T
 
V
K
 
K
I
 
R
F
|
F
I
|
I
S
x
T
S
 
S
G
 
A
D
 
D
H
 
S
-
 
D
D
 
D
L
 
L
T
 
F
E
 
E
N
 
N
I
 
I
V
 
M
H
 
H
I
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
R
 
R
L
 
P
P
 
E
D
 
G
A
 
A
P
 
G
K
 
P
G
 
G
T
|
T
R
 
K
G
 
G
I
 
L
S
 
S
L
 
L
F
 
F
I
 
F
V
 
V
P
 
P
K
 
K
F
 
F
L
 
H
P
 
F
D
 
D
-
 
H
S
 
E
N
 
T
G
 
G
D
 
E
V
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
V
V
 
F
C
 
V
G
 
T
S
 
N
L
 
V
E
 
E
K
 
H
K
 
K
M
 
M
G
 
G
I
 
L
K
 
K
A
 
V
S
 
S
A
 
A
T
|
T
C
 
C
V
 
E
L
 
L
N
 
S
F
 
L
D
 
G
G
 
Q
-
 
H
-
 
G
-
 
I
-
 
P
A
 
A
T
 
V
G
 
G
F
 
W
L
 
L
I
 
V
G
 
G
P
 
E
E
 
V
N
 
H
D
 
N
G
 
G
L
x
I
N
 
A
C
 
Q
M
 
M
F
|
F
T
 
D
F
 
V
M
 
I
N
 
E
T
 
Q
A
 
A
R
|
R
I
 
M
G
 
M
T
 
V
A
 
G
I
 
T
Q
 
K
G
 
A
V
 
I
G
 
A
P
 
T
A
 
L
E
 
S
L
 
T
S
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
W
 
N
A
 
A
L
 
L
A
 
E
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
D
 
E
R
|
R
-
 
V
-
 
Q
-
 
G
R
 
A
S
 
D
M
 
M
R
 
T
A
 
Q
L
 
M
S
 
T
G
 
D
K
 
K
K
 
T
E
 
A
P
 
P
D
 
R
Q
 
V
V
 
-
A
 
-
D
 
-
S
 
T
L
 
I
I
 
T
H
 
H
H
|
H
A
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
R
M
 
S
L
 
L
L
 
M
T
 
T
Q
 
Q
K
 
K
A
 
A
I
 
Y
A
 
A
E
 
E
G
 
G
G
 
L
R
 
R
A
 
A
M
 
I
L
 
Y
Y
 
L
Y
 
Y
A
 
T
A
 
A
R
 
T
L
 
F
A
 
Q
D
 
D
H
 
A
M
 
E
V
 
V
E
 
A
G
 
Q
F
 
A
T
 
V
E
 
H
G
 
G
-
 
V
D
 
D
E
 
G
K
 
D
K
 
L
A
 
A
D
 
A
K
 
R
Y
 
V
D
 
N
D
 
D
K
 
-
L
 
-
G
 
-
F
 
L
L
 
L
T
 
L
P
 
P
I
 
I
L
 
V
K
 
K
G
 
G
F
 
F
L
 
G
T
 
S
E
 
E
L
 
T
G
 
A
C
 
Y
E
 
A
A
 
K
A
 
L
N
 
T
L
 
E
G
 
S
V
 
L
Q
|
Q
V
x
T
F
 
L
G
|
G
G
|
G
H
 
S
G
 
G
Y
 
F
I
 
L
R
 
Q
E
 
D
H
 
Y
G
 
P
M
 
I
E
 
E
Q
 
Q
I
 
Y
V
 
I
R
 
R
D
 
D
T
 
S
R
 
K
I
|
I
A
 
D
T
 
S
L
 
L
Y
|
Y
E
x
A
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
A
I
|
I
Q
 
Q
A
 
A
L
 
Q
D
|
D
L
 
F
L
 
F
G
 
F
R
|
R
K
|
K
V
 
I
L
 
-
L
 
I
M
 
R
T
 
D
Q
 
K
G
 
G
G
 
Q
A
 
A
V
 
L
R
 
A
E
 
Y
F
 
V
T
 
A
L
 
G
N
 
E
I
 
I
A
 
E
N
 
Q
F
 
F
A
 
I
R
 
K
K
 
N
H
 
G
L
 
R
T
 
L
D
 
K
K
 
T
R
 
E
L
 
R
R
 
E
P
 
L
W
 
L
A
 
A
L
 
T
E
 
A
L
 
L
L
 
A
K
 
D
L
 
V
T
 
Q
G
 
G
Q
 
M
W
 
A
N
 
A
L
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
G
R
 
Y
I
 
L
M
 
M
L
 
A
A
 
A
A
 
Q
R
 
E
K
 
D
D
 
A
R
 
A
D
 
S
V
 
I
-
 
Y
-
 
K
V
 
V
S
 
G
S
 
L
A
 
G
S
 
S
Y
 
V
D
 
R
F
 
F
L
 
L
M
 
M
Y
 
A
S
 
V
G
 
G
Y
 
D
V
 
L
T
 
L
M
 
S
A
 
G
Y
 
W
I
 
L
W
 
L
L
 
A
R
 
R
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
I
D
 
E
K
 
K
L
 
L
D
 
D
N
 
A
G
 
G
G
 
A
E
 
T
-
 
G
E
 
A
S
 
D
T
 
K
G
 
S
F
 
F
Y
 
Y
Q
 
E
A
 
G
K
 
K
L
 
I
A
 
A
T
 
A
T
 
A
E
 
S
F
 
F
Y
 
F
F
 
A
E
 
K
R
 
N
L
 
M
L
 
L
P
 
P
R
 
L
A
 
L
Q
 
T
S
 
S
H
 
T
A
 
R
T
 
Q
S
 
I
M
 
I
L
 
E
S
 
N
P
 
L
S
 
D
K
 
N
N
 
D
L
 
V
M
 
M
Q
 
E
L
 
L
D
 
D

6lq0A Crystal structure of e447a acyl-coa dehydrogenase fade5 mutant from mycobacteria smegmatis in complex with c6coa (see paper)
34% identity, 87% coverage: 84:681/689 of query aligns to 1:603/607 of 6lq0A

query
sites
6lq0A
M
 
M
P
 
S
V
 
H
Y
 
Y
K
 
K
A
 
S
P
 
N
L
 
V
R
 
R
D
 
D
M
 
Q
K
 
V
F
 
F
L
 
N
L
 
L
N
 
F
E
 
E
V
 
V
F
 
F
D
 
-
Y
 
-
P
 
-
G
 
G
H
 
V
Y
 
D
A
 
K
T
 
V
L
 
L
T
 
G
S
 
A
G
 
D
E
 
K
-
 
F
-
 
S
N
 
D
A
 
L
T
 
D
P
 
A
D
 
D
I
 
T
V
 
A
D
 
R
A
 
E
I
 
M
L
 
L
G
 
T
E
 
E
C
 
I
G
 
A
K
 
R
F
 
L
C
 
A
E
 
E
E
 
G
V
 
P
L
 
I
S
 
A
P
 
E
L
 
S
Y
 
F
L
 
V
S
 
E
G
 
G
D
 
D
E
 
R
E
 
N
G
 
P
C
 
P
K
 
V
L
 
F
D
 
D
-
 
P
-
 
E
N
 
T
G
 
H
E
 
T
V
 
V
T
 
T
T
 
L
P
 
P
A
 
E
G
 
G
Y
 
F
R
 
K
D
 
K
A
 
S
Y
 
M
Q
 
R
Q
 
A
Y
 
L
A
 
F
M
 
D
G
 
G
G
 
G
W
 
W
Q
 
D
G
 
K
L
 
V
S
 
G
A
 
L
P
 
A
E
 
E
E
 
H
Y
 
L
G
 
G
G
 
G
Q
 
I
G
 
P
L
 
M
P
 
P
A
 
R
S
 
A
M
 
L
G
 
Q
L
 
W
-
 
A
L
 
L
K
 
I
Q
 
E
E
 
H
M
 
I
M
 
L
G
 
G
T
 
A
-
 
N
-
 
P
A
 
A
N
 
A
W
 
Y
P
 
M
F
 
Y
S
 
A
M
 
M
Y
 
G
P
 
P
G
 
G
L
 
-
S
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
-
M
 
M
N
 
S
T
 
E
I
 
I
F
 
F
L
 
Y
H
 
N
G
 
N
T
 
G
E
 
T
D
 
D
Q
 
E
K
 
Q
Q
 
K
T
 
K
Y
 
W
L
 
A
A
 
T
P
 
I
L
 
A
T
 
A
E
 
E
G
 
R
R
 
G
W
 
W
A
 
G
G
 
A
T
 
T
M
|
M
C
 
V
L
|
L
T
|
T
E
 
E
P
 
P
Q
 
D
C
 
A
G
|
G
T
x
S
D
 
D
L
x
V
G
 
G
Q
 
A
V
 
G
K
 
R
T
 
T
K
 
K
A
 
A
E
 
V
P
 
Q
Q
 
Q
A
 
P
D
 
D
G
 
G
S
 
T
Y
 
W
R
 
H
L
 
I
T
 
E
G
 
G
T
 
V
K
 
K
I
 
R
F
|
F
I
|
I
S
x
T
S
 
S
G
 
A
D
 
D
H
 
S
-
 
D
D
 
D
L
 
L
T
 
F
E
 
E
N
 
N
I
 
I
V
 
M
H
 
H
I
 
L
V
 
V
L
 
L
A
 
A
R
 
R
L
 
P
P
 
E
D
 
G
A
 
A
P
 
G
K
 
P
G
 
G
T
|
T
R
x
K
G
 
G
I
 
L
S
 
S
L
 
L
F
 
F
I
 
F
V
 
V
P
 
P
K
 
K
F
 
F
L
 
H
P
 
F
D
 
D
-
 
H
S
 
E
N
 
T
G
 
G
D
 
E
V
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
V
V
 
F
C
 
V
G
 
T
S
 
N
L
 
V
E
 
E
K
 
H
K
 
K
M
 
M
G
 
G
I
 
L
K
 
K
A
 
V
S
 
S
A
 
A
T
 
T
C
 
C
V
 
E
L
 
L
N
 
S
F
 
L
D
 
G
G
 
Q
-
 
H
-
 
G
-
 
I
-
 
P
A
 
A
T
 
V
G
 
G
F
 
W
L
 
L
I
 
V
G
 
G
P
 
E
E
 
V
N
 
H
D
 
N
G
 
G
L
x
I
N
 
A
C
 
Q
M
 
M
F
|
F
T
 
D
F
 
V
M
 
I
N
 
E
T
 
Q
A
 
A
R
|
R
I
 
M
G
x
M
T
 
V
A
 
G
I
 
T
Q
 
K
G
 
A
V
 
I
G
 
A
P
 
T
A
 
L
E
 
S
L
 
T
S
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
W
 
N
A
 
A
L
 
L
A
 
E
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
D
 
E
R
|
R
-
 
V
-
 
Q
-
 
G
R
 
A
S
 
D
M
 
M
R
 
T
A
 
Q
L
 
M
S
 
T
G
 
D
K
 
K
K
 
T
E
 
A
P
 
P
D
 
R
Q
 
V
V
 
-
A
 
-
D
 
-
S
 
T
L
x
I
I
 
T
H
 
H
H
|
H
A
 
P
D
 
D
V
 
V
R
 
R
R
 
R
M
 
S
L
 
L
L
 
M
T
 
T
Q
 
Q
K
 
K
A
 
A
I
 
Y
A
 
A
E
 
E
G
 
G
G
 
L
R
 
R
A
 
A
M
 
I
L
 
Y
Y
 
L
Y
 
Y
A
 
T
A
 
A
R
 
T
L
 
F
A
 
Q
D
 
D
H
 
A
M
 
E
V
 
V
E
 
A
G
 
Q
F
 
A
T
 
V
E
 
H
G
 
G
-
 
V
D
 
D
E
 
G
K
 
D
K
 
L
A
 
A
D
 
A
K
 
R
Y
 
V
D
 
N
D
 
D
K
 
-
L
 
-
G
 
-
F
 
L
L
 
L
T
 
L
P
 
P
I
 
I
L
 
V
K
 
K
G
 
G
F
 
F
L
 
G
T
 
S
E
 
E
L
 
T
G
 
A
C
 
Y
E
 
A
A
 
K
A
 
L
N
 
T
L
 
E
G
 
S
V
 
L
Q
|
Q
V
x
T
F
 
L
G
|
G
G
|
G
H
 
S
G
 
G
Y
 
F
I
 
L
R
 
Q
E
 
D
H
 
Y
G
 
P
M
 
I
E
 
E
Q
 
Q
I
 
Y
V
 
I
R
 
R
D
 
D
T
 
S
R
 
K
I
|
I
A
 
D
T
 
S
L
 
L
Y
|
Y
E
x
A
G
|
G
T
|
T
T
 
T
G
 
A
I
|
I
Q
 
Q
A
 
A
L
x
Q
D
|
D
L
 
F
L
 
F
G
 
F
R
|
R
K
|
K
V
 
I
L
 
-
L
 
I
M
 
R
T
 
D
Q
 
K
G
 
G
G
 
Q
A
 
A
V
 
L
R
 
A
E
 
Y
F
 
V
T
 
A
L
 
G
N
 
E
I
 
I
A
 
E
N
 
Q
F
 
F
A
 
I
R
 
K
K
 
N
H
 
G
L
 
R
T
 
L
D
 
K
K
 
T
R
 
E
L
 
R
R
 
E
P
 
L
W
 
L
A
 
A
L
 
T
E
 
A
L
 
L
L
 
A
K
 
D
L
 
V
T
 
Q
G
 
G
Q
 
M
W
 
A
N
 
A
L
 
S
L
 
L
T
 
T
V
 
G
R
 
Y
I
 
L
M
 
M
L
 
A
A
 
A
A
 
Q
R
 
E
K
 
D
D
 
A
R
 
A
D
 
S
V
 
I
-
 
Y
-
 
K
V
 
V
S
 
G
S
 
L
A
 
G
S
 
S
Y
 
V
D
 
R
F
 
F
L
 
L
M
 
M
Y
 
A
S
 
V
G
 
G
Y
 
D
V
 
L
T
 
L
M
 
S
A
 
G
Y
 
W
I
 
L
W
 
L
L
 
A
R
 
R
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
V
 
I
D
 
E
K
 
K
L
 
L
D
 
D
N
 
A
G
 
G
G
 
A
E
 
T
-
 
G
E
 
A
S
 
D
T
 
K
G
 
S
F
 
F
Y
 
Y
Q
 
E
A
 
G
K
 
K
L
 
I
A
 
A
T
 
A
T
 
A
E
 
S
F
 
F
Y
 
F
F
 
A
E
 
K
R
 
N
L
 
M
L
 
L
P
 
P
R
 
L
A
 
L
Q
 
T
S
 
S
H
 
T
A
 
R
T
 
Q
S
 
I
M
 
I
L
 
E
S
 
N
P
 
L
S
 
D
K
 
N
N
 
D
L
 
V
M
 
M
Q
 
E
L
 
L
D
 
D