SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF4165 FitnessBrowser__WCS417:GFF4165 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 7 hits to proteins with known functional sites (download)

5abpA Substrate specificity and affinity of a protein modulated by bound water molecules (see paper)
60% identity, 92% coverage: 24:324/326 of query aligns to 2:302/305 of 5abpA

query
sites
5abpA
V
 
L
K
 
K
I
 
L
G
 
G
F
 
F
L
 
L
V
 
V
K
|
K
Q
 
Q
A
 
P
E
 
E
E
|
E
P
 
P
W
|
W
F
 
F
Q
 
Q
T
 
T
E
 
E
W
 
W
A
 
K
F
 
F
A
 
A
E
 
D
K
 
K
A
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
D
Q
 
L
G
 
G
F
 
F
T
 
E
V
 
V
I
 
I
K
 
K
I
 
I
A
 
A
V
 
V
P
 
P
D
 
D
G
 
G
E
 
E
K
 
K
T
 
T
L
 
L
S
 
N
A
 
A
I
 
I
D
 
D
T
 
S
L
 
L
A
 
A
A
 
A
N
 
S
G
 
G
A
 
A
K
 
K
G
 
G
F
 
F
V
 
V
I
 
I
C
 
C
P
 
T
P
 
P
D
 
D
V
 
P
S
 
K
L
 
L
G
 
G
P
 
S
A
 
A
I
 
I
M
 
V
A
 
A
K
 
K
A
 
A
K
 
R
L
 
G
N
 
Y
N
 
D
L
 
M
K
 
K
V
 
V
L
 
I
A
 
A
V
 
V
D
|
D
D
|
D
R
 
Q
F
 
F
V
 
V
D
 
N
A
 
A
K
 
K
G
 
G
K
 
K
P
 
P
M
 
M
E
 
D
D
 
T
V
 
V
P
 
P
Y
 
L
V
 
V
G
 
M
L
 
M
D
 
A
A
 
A
Y
 
T
K
 
K
I
 
I
G
 
G
Q
 
E
K
 
R
Q
 
Q
G
 
G
E
 
Q
A
 
E
M
 
L
A
 
Y
T
 
K
E
 
E
A
 
M
K
 
Q
H
 
K
R
 
R
N
 
G
W
 
W
D
 
D
W
 
V
K
 
K
D
 
E
T
 
S
Y
 
A
A
 
V
V
 
M
I
 
A
N
 
I
T
 
T
F
 
A
D
 
N
E
 
E
L
 
L
E
 
D
T
 
T
G
 
A
K
 
R
K
 
R
R
|
R
T
 
T
D
 
T
G
 
G
S
 
S
V
 
M
E
 
D
G
 
A
L
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
F
P
 
P
A
 
E
D
 
K
H
 
Q
I
 
I
L
 
Y
F
 
Q
S
 
V
A
 
P
Q
 
T
K
 
K
T
 
S
L
 
N
D
 
D
V
 
I
P
 
P
G
 
G
S
 
A
M
 
F
D
 
D
A
 
A
T
 
A
N
 
N
S
 
S
A
 
M
L
 
L
V
 
V
K
 
Q
L
 
H
P
 
P
S
 
E
G
 
-
A
 
V
K
 
K
N
 
H
L
 
W
I
 
L
I
 
I
G
 
V
G
 
G
M
|
M
N
 
N
D
 
D
S
 
S
T
 
T
V
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
V
R
 
R
A
 
A
T
 
T
E
 
E
S
 
G
A
 
Q
G
 
G
F
 
F
K
 
K
A
 
A
A
 
A
N
 
D
V
 
I
I
 
I
G
 
G
V
 
I
G
 
G
I
 
I
N
|
N
G
 
G
T
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
V
E
 
S
E
 
E
L
 
L
K
 
S
K
 
K
S
 
A
D
 
Q
-
 
A
T
 
T
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
G
 
G
S
 
S
M
 
L
L
 
L
L
 
P
S
 
S
P
 
P
D
 
D
A
 
V
S
 
H
G
 
G
Y
 
Y
K
 
K
T
 
S
A
 
S
S
 
E
A
 
M
M
 
L
F
 
Y
E
 
N
W
 
W
V
 
V
T
 
A
Q
 
K
G
 
D
T
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
P
K
 
K
F
 
F
T
 
T
A
 
E
L
 
V
D
 
T
N
 
D
V
 
V
T
 
V
L
 
L
I
 
I
T
 
T
R
 
R
A
 
D
N
 
N
F
 
F
K
 
K
E
 
E
E
 
E
L
 
L
S
 
E
K
 
K
I
 
K
G
 
G
L
 
L

1abfA Substrate specificity and affinity of a protein modulated by bound water molecules (see paper)
60% identity, 92% coverage: 24:324/326 of query aligns to 2:302/305 of 1abfA

query
sites
1abfA
V
 
L
K
 
K
I
 
L
G
 
G
F
 
F
L
 
L
V
 
V
K
|
K
Q
 
Q
A
 
P
E
 
E
E
|
E
P
 
P
W
|
W
F
 
F
Q
 
Q
T
 
T
E
 
E
W
 
W
A
 
K
F
 
F
A
 
A
E
 
D
K
 
K
A
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
D
Q
 
L
G
 
G
F
 
F
T
 
E
V
 
V
I
 
I
K
 
K
I
 
I
A
 
A
V
 
V
P
 
P
D
 
D
G
 
G
E
 
E
K
 
K
T
 
T
L
 
L
S
 
N
A
 
A
I
 
I
D
 
D
T
 
S
L
 
L
A
 
A
A
 
A
N
 
S
G
 
G
A
 
A
K
 
K
G
 
G
F
 
F
V
 
V
I
 
I
C
 
C
P
 
T
P
 
P
D
 
D
V
 
P
S
 
K
L
 
L
G
 
G
P
 
S
A
 
A
I
 
I
M
 
V
A
 
A
K
 
K
A
 
A
K
 
R
L
 
G
N
 
Y
N
 
D
L
 
M
K
 
K
V
 
V
L
 
I
A
 
A
V
 
V
D
 
D
D
|
D
R
 
Q
F
 
F
V
 
V
D
 
N
A
 
A
K
 
K
G
 
G
K
 
K
P
 
P
M
 
M
E
 
D
D
 
T
V
 
V
P
 
P
Y
 
L
V
 
V
G
 
M
L
 
M
D
 
A
A
 
A
Y
 
T
K
 
K
I
 
I
G
 
G
Q
 
E
K
 
R
Q
 
Q
G
 
G
E
 
Q
A
 
E
M
 
L
A
 
Y
T
 
K
E
 
E
A
 
M
K
 
Q
H
 
K
R
 
R
N
 
G
W
 
W
D
 
D
W
 
V
K
 
K
D
 
E
T
 
S
Y
 
A
A
 
V
V
 
M
I
 
A
N
 
I
T
 
T
F
 
A
D
 
N
E
 
E
L
 
L
E
 
D
T
 
T
G
 
A
K
 
R
K
 
R
R
|
R
T
 
T
D
 
T
G
 
G
S
 
S
V
 
M
E
 
D
G
 
A
L
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
F
P
 
P
A
 
E
D
 
K
H
 
Q
I
 
I
L
 
Y
F
 
Q
S
 
V
A
 
P
Q
 
T
K
 
K
T
 
S
L
 
N
D
 
D
V
 
I
P
 
P
G
 
G
S
 
A
M
 
F
D
 
D
A
 
A
T
 
A
N
 
N
S
 
S
A
 
M
L
 
L
V
 
V
K
 
Q
L
 
H
P
 
P
S
 
E
G
 
-
A
 
V
K
 
K
N
 
H
L
 
W
I
 
L
I
 
I
G
 
V
G
 
G
M
|
M
N
|
N
D
 
D
S
 
S
T
 
T
V
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
V
R
 
R
A
 
A
T
 
T
E
 
E
S
 
G
A
 
Q
G
 
G
F
 
F
K
 
K
A
 
A
A
 
A
N
 
D
V
 
I
I
 
I
G
 
G
V
 
I
G
 
G
I
 
I
N
|
N
G
 
G
T
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
V
E
 
S
E
 
E
L
 
L
K
 
S
K
 
K
S
 
A
D
 
Q
-
 
A
T
 
T
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
G
 
G
S
 
S
M
 
L
L
 
L
L
 
P
S
 
S
P
 
P
D
 
D
A
 
V
S
 
H
G
 
G
Y
 
Y
K
 
K
T
 
S
A
 
S
S
 
E
A
 
M
M
 
L
F
 
Y
E
 
N
W
 
W
V
 
V
T
 
A
Q
 
K
G
 
D
T
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
P
K
 
K
F
 
F
T
 
T
A
 
E
L
 
V
D
 
T
N
 
D
V
 
V
T
 
V
L
 
L
I
 
I
T
 
T
R
 
R
A
 
D
N
 
N
F
 
F
K
 
K
E
 
E
E
 
E
L
 
L
S
 
E
K
 
K
I
 
K
G
 
G
L
 
L

1abeA Novel stereospecificity of the l-arabinose-binding protein (see paper)
60% identity, 92% coverage: 24:324/326 of query aligns to 2:302/305 of 1abeA

query
sites
1abeA
V
 
L
K
 
K
I
 
L
G
 
G
F
 
F
L
 
L
V
 
V
K
|
K
Q
 
Q
A
 
P
E
 
E
E
|
E
P
 
P
W
|
W
F
 
F
Q
 
Q
T
 
T
E
 
E
W
 
W
A
 
K
F
 
F
A
 
A
E
 
D
K
 
K
A
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
D
Q
 
L
G
 
G
F
 
F
T
 
E
V
 
V
I
 
I
K
 
K
I
 
I
A
 
A
V
 
V
P
 
P
D
 
D
G
 
G
E
 
E
K
 
K
T
 
T
L
 
L
S
 
N
A
 
A
I
 
I
D
 
D
T
 
S
L
 
L
A
 
A
A
 
A
N
 
S
G
 
G
A
 
A
K
 
K
G
 
G
F
 
F
V
 
V
I
 
I
C
 
C
P
 
T
P
 
P
D
 
D
V
 
P
S
 
K
L
 
L
G
 
G
P
 
S
A
 
A
I
 
I
M
 
V
A
 
A
K
 
K
A
 
A
K
 
R
L
 
G
N
 
Y
N
 
D
L
 
M
K
 
K
V
 
V
L
 
I
A
 
A
V
 
V
D
 
D
D
|
D
R
 
Q
F
 
F
V
 
V
D
 
N
A
 
A
K
 
K
G
 
G
K
 
K
P
 
P
M
 
M
E
 
D
D
 
T
V
 
V
P
 
P
Y
 
L
V
 
V
G
 
M
L
 
M
D
 
A
A
 
A
Y
 
T
K
 
K
I
 
I
G
 
G
Q
 
E
K
 
R
Q
 
Q
G
 
G
E
 
Q
A
 
E
M
 
L
A
 
Y
T
 
K
E
 
E
A
 
M
K
 
Q
H
 
K
R
 
R
N
 
G
W
 
W
D
 
D
W
 
V
K
 
K
D
 
E
T
 
S
Y
 
A
A
 
V
V
 
M
I
 
A
N
 
I
T
 
T
F
 
A
D
 
N
E
 
E
L
 
L
E
 
D
T
 
T
G
 
A
K
 
R
K
 
R
R
|
R
T
 
T
D
 
T
G
 
G
S
 
S
V
 
M
E
 
D
G
 
A
L
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
F
P
 
P
A
 
E
D
 
K
H
 
Q
I
 
I
L
 
Y
F
 
Q
S
 
V
A
 
P
Q
 
T
K
 
K
T
 
S
L
 
N
D
 
D
V
 
I
P
 
P
G
 
G
S
 
A
M
 
F
D
 
D
A
 
A
T
 
A
N
 
N
S
 
S
A
 
M
L
 
L
V
 
V
K
 
Q
L
 
H
P
 
P
S
 
E
G
 
-
A
 
V
K
 
K
N
 
H
L
 
W
I
 
L
I
 
I
G
 
V
G
 
G
M
|
M
N
 
N
D
 
D
S
 
S
T
 
T
V
 
V
L
 
L
G
 
G
G
 
G
V
 
V
R
 
R
A
 
A
T
 
T
E
 
E
S
 
G
A
 
Q
G
 
G
F
 
F
K
 
K
A
 
A
A
 
A
N
 
D
V
 
I
I
 
I
G
 
G
V
 
I
G
 
G
I
 
I
N
|
N
G
 
G
T
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
V
E
 
S
E
 
E
L
 
L
K
 
S
K
 
K
S
 
A
D
 
Q
-
 
A
T
 
T
G
 
G
F
 
F
Y
 
Y
G
 
G
S
 
S
M
 
L
L
 
L
L
 
P
S
 
S
P
 
P
D
 
D
A
 
V
S
 
H
G
 
G
Y
 
Y
K
 
K
T
 
S
A
 
S
S
 
E
A
 
M
M
 
L
F
 
Y
E
 
N
W
 
W
V
 
V
T
 
A
Q
 
K
G
 
D
T
 
V
E
 
E
P
 
P
A
 
P
K
 
K
F
 
F
T
 
T
A
 
E
L
 
V
D
 
T
N
 
D
V
 
V
T
 
V
L
 
L
I
 
I
T
 
T
R
 
R
A
 
D
N
 
N
F
 
F
K
 
K
E
 
E
E
 
E
L
 
L
S
 
E
K
 
K
I
 
K
G
 
G
L
 
L

4kzkA The structure of the periplasmic l-arabinose binding protein from burkholderia thailandensis
46% identity, 92% coverage: 24:324/326 of query aligns to 1:301/301 of 4kzkA

query
sites
4kzkA
V
 
V
K
 
K
I
 
I
G
 
G
F
 
F
L
 
V
V
 
V
K
|
K
Q
 
Q
A
 
P
E
 
D
E
x
D
P
 
P
W
|
W
F
 
F
Q
 
Q
T
 
D
E
 
E
W
 
W
A
 
R
F
 
F
A
 
A
E
 
E
K
 
Q
A
 
A
G
 
A
K
 
K
D
 
D
Q
 
K
G
 
H
F
 
F
T
 
T
V
 
L
I
 
V
K
 
K
I
 
I
A
 
A
V
 
A
P
 
P
D
 
S
G
 
G
E
 
E
K
 
K
T
 
V
L
 
S
S
 
T
A
 
A
I
 
L
D
 
D
T
 
S
L
 
L
A
 
A
A
 
A
N
 
Q
G
 
K
A
 
A
K
 
Q
G
 
G
F
 
V
V
 
I
I
 
I
C
 
C
P
 
A
P
 
P
D
 
D
V
 
V
S
 
K
L
 
L
G
 
G
P
 
P
A
 
G
I
 
I
M
 
A
A
 
A
K
 
K
A
 
A
K
 
K
L
 
R
N
 
Y
N
 
G
L
 
M
K
 
K
V
 
L
L
 
M
A
 
S
V
 
V
D
|
D
D
|
D
R
 
Q
F
 
L
V
 
V
D
 
D
A
 
G
K
 
R
G
 
G
K
 
A
P
 
P
M
 
L
E
 
A
D
 
D
V
 
V
P
 
P
Y
 
H
V
 
M
G
 
G
L
 
I
D
 
S
A
 
A
Y
 
Y
K
 
R
I
 
I
G
 
G
Q
 
R
K
 
Q
Q
 
V
G
 
G
E
 
D
A
 
A
M
 
I
A
 
A
T
 
A
E
 
E
A
 
A
K
 
K
H
 
R
R
 
R
N
 
G
W
 
W
D
 
N
W
 
P
K
 
A
D
 
E
T
 
V
Y
 
G
A
 
V
V
 
L
I
 
R
N
 
L
T
 
A
F
 
Y
D
 
D
E
 
Q
L
 
L
E
 
P
T
 
T
G
 
A
K
 
R
K
 
E
R
|
R
T
 
T
D
 
T
G
 
G
S
 
A
V
 
V
E
 
D
G
 
A
L
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
F
P
 
A
A
 
A
D
 
A
H
 
N
I
 
V
L
 
V
F
 
D
S
 
A
A
 
P
Q
 
E
K
 
M
T
 
T
L
 
A
D
 
D
V
 
T
P
 
E
G
 
G
S
 
A
M
 
F
D
 
N
A
 
A
T
 
A
N
 
N
S
 
I
A
 
A
L
 
F
V
 
T
K
 
K
L
 
H
P
 
-
S
 
R
G
 
N
A
 
F
K
 
R
N
 
H
L
 
W
I
 
V
I
 
A
G
 
F
G
 
G
M
 
S
N
|
N
D
 
D
S
 
D
T
 
T
V
 
T
L
 
V
G
 
G
G
 
A
V
 
V
R
 
R
A
 
A
T
 
G
E
 
E
S
 
G
A
 
R
G
 
G
F
 
I
K
 
G
A
 
T
A
 
D
N
 
D
V
 
M
I
 
I
G
 
A
V
 
V
G
 
G
I
 
I
N
|
N
G
 
G
T
 
S
D
 
Q
-
 
V
A
 
A
I
 
L
E
 
N
E
 
E
L
 
F
-
 
A
K
 
K
K
 
P
S
 
K
D
 
P
T
 
T
G
 
G
F
 
F
Y
 
F
G
 
G
S
 
S
M
 
I
L
 
L
L
 
L
S
 
N
P
 
P
D
 
R
A
 
L
S
 
H
G
 
G
Y
 
Y
K
 
D
T
 
T
A
 
S
S
 
V
A
 
N
M
 
M
F
 
Y
E
 
D
W
 
W
V
 
I
T
 
T
Q
 
Q
G
 
N
T
 
R
E
 
T
P
 
P
A
 
P
K
 
P
F
 
L
T
 
V
A
 
-
L
 
L
D
 
T
N
 
S
V
 
G
T
 
T
L
 
L
I
 
I
T
 
T
R
 
R
A
 
A
N
 
N
F
 
E
K
 
K
E
 
T
E
 
A
L
 
R
S
 
A
K
 
Q
I
 
L
G
 
G
L
 
L

P39325 Galactofuranose-binding protein YtfQ from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
26% identity, 98% coverage: 1:321/326 of query aligns to 1:312/318 of P39325

query
sites
P39325
M
|
M
F
x
W
K
|
K
K
x
R
T
x
L
L
|
L
G
x
I
T
x
V
L
x
S
A
|
A
L
x
V
A
x
S
M
x
A
A
|
A
F
x
M
S
|
S
S
|
S
V
x
M
A
|
A
L
|
L
A
|
A
E
 
A
E
 
P
V
 
L
K
 
T
I
 
V
G
 
G
F
 
F
L
 
S
V
 
Q
K
 
V
Q
 
G
A
 
S
E
|
E
E
x
S
P
x
G
W
|
W
F
x
R
Q
 
A
T
 
A
E
 
E
W
 
T
A
 
N
F
 
V
A
 
A
E
 
K
K
 
S
A
 
E
G
 
A
K
 
E
D
 
K
Q
 
R
G
 
G
F
 
I
T
 
T
V
 
-
I
 
L
K
 
K
I
 
I
A
 
A
V
 
-
P
 
-
D
 
D
G
 
G
-
 
Q
-
 
Q
-
 
K
-
 
Q
E
 
E
K
 
N
T
 
Q
L
 
I
S
 
K
A
 
A
I
 
V
D
 
R
T
 
S
L
 
F
A
 
V
A
 
A
N
 
Q
G
 
G
A
 
V
K
 
D
G
 
A
F
 
I
V
 
F
I
 
I
C
 
A
P
 
P
P
 
V
D
 
V
V
 
A
S
 
T
L
 
G
G
 
W
P
 
E
A
 
P
I
 
V
M
 
L
A
 
K
K
 
E
A
 
A
K
 
K
L
 
D
N
 
A
N
 
E
L
 
I
K
 
P
V
 
V
L
 
F
A
 
L
V
 
L
D
|
D
D
 
-
R
|
R
F
 
S
V
 
I
D
 
D
A
 
V
K
 
K
G
 
D
K
 
K
P
 
S
M
 
L
E
 
Y
D
 
-
V
 
M
P
 
T
Y
 
T
V
 
V
G
 
T
L
 
A
D
 
D
A
 
N
Y
 
I
K
 
L
I
 
E
G
 
G
Q
 
K
K
 
L
Q
 
I
G
 
G
E
 
D
A
 
W
M
 
L
A
 
V
T
 
K
E
 
E
A
 
V
K
 
N
H
 
G
R
 
K
N
 
P
W
x
C
D
 
N
W
 
V
K
 
V
D
 
E
T
 
L
Y
 
Q
A
 
G
V
 
T
I
 
V
N
 
G
T
 
A
F
 
S
D
 
V
E
 
A
L
 
I
E
 
D
T
 
-
G
 
-
K
 
-
K
 
-
R
|
R
T
 
K
D
 
K
G
 
G
S
 
F
V
 
A
E
 
E
G
 
A
L
 
I
K
 
K
A
 
N
A
 
A
G
 
-
L
 
-
P
 
P
A
 
N
D
 
I
H
 
K
I
 
I
L
 
I
F
 
R
S
 
S
A
 
Q
Q
 
S
K
 
G
T
 
D
L
 
F
D
 
T
V
 
R
P
 
S
G
 
K
S
 
G
M
 
K
D
 
E
A
 
V
T
 
M
N
 
E
S
 
S
A
 
-
L
 
F
V
 
I
K
 
K
L
 
A
P
 
E
S
 
N
G
 
N
A
 
G
K
 
K
N
 
N
L
 
I
-
x
C
I
 
M
I
 
V
G
 
Y
G
 
A
M
 
H
N
|
N
D
 
D
S
 
D
T
 
M
V
 
V
L
 
I
G
 
G
G
 
A
V
 
I
R
 
Q
A
 
A
T
 
I
E
 
K
S
 
E
A
 
A
G
 
G
F
 
L
K
 
K
A
 
P
A
 
G
N
 
K
V
 
D
I
 
I
G
 
L
V
 
T
G
 
G
I
 
-
N
 
-
G
 
S
T
 
I
D
|
D
A
 
G
I
 
V
E
 
P
E
 
D
L
 
I
K
 
Y
K
 
K
S
 
A
-
 
M
-
 
M
D
 
D
T
 
G
G
 
E
F
 
A
Y
 
N
G
 
A
S
 
S
M
 
V
L
 
E
L
 
L
S
 
T
P
 
P
D
 
N
A
 
M
S
 
A
G
 
G
Y
 
-
K
 
P
T
 
A
A
 
F
S
 
D
A
 
A
M
 
L
F
 
E
E
 
K
W
 
Y
V
 
K
T
 
K
Q
 
D
G
 
G
T
 
T
E
 
M
P
 
P
A
 
E
K
 
K
F
 
L
T
 
T
A
 
-
L
 
L
D
 
T
N
 
K
V
 
S
T
 
T
L
 
L
I
 
Y
T
 
L
R
 
P
A
 
D
N
 
T
F
 
A
K
 
K
E
 
E
E
 
E
L
 
L
S
 
E
K
 
K

5kwsA Crystal structure of galactose binding protein from yersinia pestis in the complex with beta d glucose
26% identity, 61% coverage: 63:261/326 of query aligns to 44:240/307 of 5kwsA

query
sites
5kwsA
D
 
D
G
 
Q
E
 
S
K
 
K
T
 
Q
L
 
N
S
 
D
A
 
Q
I
 
I
D
 
D
T
 
V
L
 
L
A
 
L
A
 
A
N
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
G
 
A
F
 
L
V
 
A
I
 
I
C
 
N
P
 
L
P
 
V
D
 
D
V
 
P
S
 
A
L
 
A
G
 
A
P
 
P
A
 
V
I
 
V
M
 
I
A
 
D
K
 
K
A
 
A
K
 
R
L
 
S
N
 
N
N
 
D
L
 
I
K
 
P
V
 
I
L
 
V
A
 
F
V
 
Y
D
x
N
D
x
K
R
 
E
F
 
P
V
 
S
D
 
R
A
 
K
K
 
A
G
 
L
K
 
D
P
 
S
M
 
Y
E
 
D
D
 
K
V
 
A
P
 
Y
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
L
 
T
D
 
D
A
 
S
Y
 
K
K
 
E
I
 
S
G
 
G
Q
 
V
K
 
I
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
A
 
L
M
 
I
A
 
A
T
 
K
E
 
H
A
 
W
K
 
Q
-
 
A
H
 
N
R
 
P
N
 
E
W
 
W
D
|
D
W
 
L
K
x
N
D
 
K
T
x
D
Y
 
G
A
x
K
V
 
I
I
x
Q
N
 
F
T
 
V
F
 
L
D
 
L
E
 
K
L
 
G
E
 
E
T
 
P
G
 
G
-
x
H
-
 
P
-
x
D
-
 
A
K
 
E
K
 
A
R
|
R
T
 
T
D
 
T
G
 
Y
S
 
V
V
 
I
E
 
K
G
 
T
L
 
L
K
 
N
A
 
E
A
 
K
G
 
G
L
 
L
P
 
P
A
 
T
D
 
Q
H
 
Q
I
 
L
L
 
Q
F
 
L
S
 
D
A
 
T
Q
 
A
-
 
M
-
x
W
K
 
D
T
 
T
L
 
A
D
 
Q
V
 
A
P
 
K
G
 
D
S
 
K
M
 
M
D
 
D
A
 
A
T
 
W
N
 
L
S
 
S
A
 
G
L
 
-
V
 
-
K
 
-
L
 
-
P
 
P
S
 
N
G
 
A
A
 
N
K
 
K
N
 
I
L
x
E
I
 
V
I
 
V
G
 
I
G
 
A
M
 
N
N
|
N
D
 
D
S
 
A
T
 
M
V
 
A
L
 
M
G
 
G
G
 
A
V
 
V
R
 
E
A
 
A
T
 
-
E
 
-
S
 
-
A
 
-
G
 
-
F
 
L
K
 
K
A
 
A
A
 
H
N
 
N
V
 
K
I
 
T
G
 
S
V
 
V
G
 
P
I
 
V
N
 
F
G
 
G
T
 
V
D
|
D
A
 
A
I
 
L
E
 
P
E
 
E

Sites not aligning to the query:

2vk2A Crystal structure of a galactofuranose binding protein (see paper)
25% identity, 91% coverage: 26:321/326 of query aligns to 4:290/296 of 2vk2A

query
sites
2vk2A
I
 
V
G
 
G
F
 
F
L
 
S
V
 
Q
K
 
V
Q
 
G
A
 
S
E
|
E
E
x
S
P
 
G
W
 
W
F
x
R
Q
 
A
T
 
A
E
 
E
W
 
T
A
 
N
F
 
V
A
 
A
E
 
K
K
 
S
A
 
E
G
 
A
K
 
E
D
 
K
Q
 
R
G
 
G
F
 
I
T
 
T
V
 
-
I
 
L
K
 
K
I
 
I
A
 
A
V
 
-
P
 
-
D
 
D
G
 
G
-
 
Q
-
 
Q
-
 
K
-
 
Q
E
 
E
K
 
N
T
 
Q
L
 
I
S
 
K
A
 
A
I
 
V
D
 
R
T
 
S
L
 
F
A
 
V
A
 
A
N
 
Q
G
 
G
A
 
V
K
 
D
G
 
A
F
 
I
V
 
F
I
 
I
C
 
A
P
 
P
P
 
V
D
 
V
V
 
A
S
 
T
L
 
G
G
 
W
P
 
E
A
 
P
I
 
V
M
 
L
A
 
K
K
 
E
A
 
A
K
 
K
L
 
D
N
 
A
N
 
E
L
 
I
K
 
P
V
 
V
L
 
F
A
 
L
V
 
L
D
|
D
D
 
-
R
|
R
F
 
S
V
 
I
D
 
D
A
 
V
K
 
K
G
 
D
K
 
K
P
 
S
M
 
L
E
 
Y
D
 
-
V
 
M
P
 
T
Y
 
T
V
 
V
G
 
T
L
 
A
D
 
D
A
 
N
Y
 
I
K
 
L
I
 
E
G
 
G
Q
 
K
K
 
L
Q
 
I
G
 
G
E
 
D
A
 
W
M
 
L
A
 
V
T
 
K
E
 
E
A
 
V
K
 
N
H
 
G
R
 
K
N
 
P
W
 
C
D
 
N
W
 
V
K
 
V
D
 
E
T
 
L
Y
 
Q
A
 
G
V
 
T
I
 
V
N
 
G
T
 
A
F
 
S
D
 
V
E
 
A
L
 
I
E
 
D
T
 
-
G
 
-
K
 
-
K
 
-
R
|
R
T
 
K
D
 
K
G
 
G
S
 
F
V
 
A
E
 
E
G
 
A
L
 
I
K
 
K
A
 
N
A
 
A
G
 
-
L
 
-
P
 
P
A
 
N
D
 
I
H
 
K
I
 
I
L
 
I
F
 
R
S
 
S
A
 
Q
Q
 
S
K
 
G
T
 
D
L
x
F
D
 
T
V
 
R
P
 
S
G
 
K
S
 
G
M
 
K
D
 
E
A
 
V
T
 
M
N
 
E
S
 
S
A
 
-
L
 
F
V
 
I
K
 
K
L
 
A
P
 
E
S
 
N
G
 
N
A
 
G
K
 
K
N
 
N
L
 
I
-
 
C
I
 
M
I
 
V
G
 
Y
G
 
A
M
 
H
N
|
N
D
 
D
S
 
D
T
 
M
V
 
V
L
 
I
G
 
G
G
 
A
V
 
I
R
 
Q
A
 
A
T
 
I
E
 
K
S
 
E
A
 
A
G
 
G
F
 
L
K
 
K
A
 
P
A
 
G
N
 
K
V
 
D
I
 
I
G
 
L
V
 
T
G
 
G
I
 
-
N
 
-
G
 
S
T
 
I
D
|
D
A
 
G
I
 
V
E
 
P
E
 
D
L
 
I
K
 
Y
K
 
K
S
 
A
-
 
M
-
 
M
D
 
D
T
 
G
G
 
E
F
 
A
Y
 
N
G
 
A
S
 
S
M
 
V
L
 
E
L
|
L
S
 
T
P
 
P
D
 
N
A
 
M
S
 
A
G
 
G
Y
 
-
K
 
P
T
 
A
A
 
F
S
 
D
A
 
A
M
 
L
F
 
E
E
 
K
W
 
Y
V
 
K
T
 
K
Q
 
D
G
 
G
T
 
T
E
 
M
P
 
P
A
 
E
K
 
K
F
 
L
T
 
T
A
 
-
L
 
L
D
 
T
N
 
K
V
 
S
T
 
T
L
 
L
I
 
Y
T
 
L
R
 
P
A
 
D
N
 
T
F
 
A
K
 
K
E
 
E
E
 
E
L
 
L
S
 
E
K
 
K

Query Sequence

>GFF4165 FitnessBrowser__WCS417:GFF4165
MFKKTLGTLALAMAFSSVALAEEVKIGFLVKQAEEPWFQTEWAFAEKAGKDQGFTVIKIA
VPDGEKTLSAIDTLAANGAKGFVICPPDVSLGPAIMAKAKLNNLKVLAVDDRFVDAKGKP
MEDVPYVGLDAYKIGQKQGEAMATEAKHRNWDWKDTYAVINTFDELETGKKRTDGSVEGL
KAAGLPADHILFSAQKTLDVPGSMDATNSALVKLPSGAKNLIIGGMNDSTVLGGVRATES
AGFKAANVIGVGINGTDAIEELKKSDTGFYGSMLLSPDASGYKTASAMFEWVTQGTEPAK
FTALDNVTLITRANFKEELSKIGLWK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory