SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing GFF789 FitnessBrowser__Marino:GFF789 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P0A8N5 Lysine--tRNA ligase, heat inducible; Lysyl-tRNA synthetase; LysRS; EC 6.1.1.6 from Escherichia coli (strain K12) (see 2 papers)
61% identity, 95% coverage: 14:501/511 of query aligns to 16:504/505 of P0A8N5

query
sites
P0A8N5
N
 
N
K
 
D
L
 
E
I
 
L
A
 
R
E
 
N
R
 
R
R
 
R
A
 
E
K
 
K
L
 
L
S
 
A
E
 
A
M
 
L
R
 
R
D
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
N
 
V
A
 
A
F
 
F
P
 
P
N
 
N
D
 
D
F
 
F
R
 
R
R
 
R
D
 
D
A
 
H
T
 
T
A
 
S
A
 
D
E
 
Q
L
 
L
Q
 
H
A
 
E
K
 
E
Y
 
F
G
 
D
E
 
A
K
 
K
T
 
D
K
 
N
E
 
Q
E
 
E
L
 
L
E
 
E
S
 
S
L
 
L
G
 
N
I
 
I
K
 
E
V
 
V
A
 
S
I
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
M
 
M
M
 
M
-
 
T
-
 
R
-
 
R
-
 
I
L
 
M
D
 
G
R
 
K
K
 
A
A
 
S
F
 
F
K
 
V
V
 
T
V
 
L
Q
 
Q
D
 
D
M
 
V
T
 
G
G
 
G
R
 
R
I
 
I
Q
 
Q
I
 
L
Y
 
Y
A
 
V
S
 
A
K
 
R
D
 
D
-
 
S
-
 
L
-
 
P
-
 
E
-
 
G
V
 
V
Q
 
Y
K
 
N
D
 
D
T
 
Q
-
 
F
K
|
K
H
 
K
W
 
W
D
 
D
L
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
A
R
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
F
K
 
K
S
 
T
G
 
Q
K
 
T
G
 
G
D
 
E
L
 
L
Y
 
S
V
 
I
T
 
H
M
 
C
D
 
T
E
 
E
Y
 
L
V
 
R
L
 
L
L
 
L
T
 
T
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
D
K
|
K
H
 
F
K
 
H
G
 
G
L
 
L
T
 
Q
D
 
D
T
 
Q
E
 
E
A
 
V
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
H
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
V
 
L
D
 
D
L
 
L
M
 
I
V
 
A
N
 
N
E
 
D
D
 
K
S
 
S
R
 
R
R
 
Q
V
 
T
F
 
F
Y
 
V
A
 
V
R
 
R
S
 
S
K
 
K
I
 
I
I
 
L
S
 
A
A
 
A
M
 
I
R
 
R
Q
 
Q
Y
 
F
F
 
M
T
 
V
D
 
A
R
 
R
D
 
G
F
 
F
M
 
M
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
M
 
M
L
 
M
Q
 
Q
V
 
V
I
 
I
P
 
P
G
 
G
G
 
G
A
 
A
T
 
S
A
 
A
R
 
R
P
 
P
F
 
F
V
 
I
T
 
T
H
 
H
H
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
G
 
D
I
 
L
D
 
D
M
 
M
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
 
E
L
 
L
F
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
E
 
E
R
 
R
V
 
V
F
 
F
E
 
E
I
 
I
N
 
N
R
 
R
N
 
N
F
 
F
R
 
R
N
 
N
E
 
E
G
 
G
L
 
I
S
 
S
T
 
V
R
 
R
H
 
H
N
 
N
P
 
P
E
 
E
F
 
F
T
 
T
M
 
M
V
 
M
E
 
E
F
 
L
Y
 
Y
Q
 
M
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
N
 
H
D
 
D
L
 
L
M
 
I
D
 
E
L
 
L
T
 
T
E
 
E
D
 
S
M
 
L
L
 
F
R
 
R
T
 
T
I
 
L
T
 
A
Q
 
Q
K
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
G
T
 
T
T
 
T
T
 
K
V
 
V
V
 
T
N
 
Y
S
 
G
R
 
E
T
 
H
L
 
V
A
 
-
D
 
-
G
 
-
S
 
-
E
 
-
E
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
-
Y
 
F
D
 
D
F
 
F
G
 
G
K
 
K
T
 
P
F
 
F
E
 
E
R
 
K
L
 
L
T
 
T
V
 
M
V
 
R
D
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
K
R
 
K
Y
 
Y
N
 
R
P
 
P
D
 
E
I
 
T
K
 
D
P
 
M
E
 
A
Q
 
D
L
 
L
A
 
D
D
 
N
D
 
F
A
 
D
S
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
A
V
 
L
A
 
A
K
 
E
D
 
S
L
 
I
G
 
G
I
 
I
H
 
T
L
 
V
K
 
E
E
 
K
G
 
S
W
 
W
G
 
G
L
 
L
G
 
G
K
 
R
V
 
I
Q
 
V
I
 
T
E
 
E
I
 
I
F
 
F
E
 
D
A
 
E
T
 
V
A
 
A
E
 
E
H
 
A
R
 
H
L
 
L
M
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
I
 
I
T
 
T
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
K
 
A
E
 
E
V
 
V
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
R
 
R
C
 
R
K
 
N
D
 
D
S
 
V
N
 
N
P
 
P
F
 
E
V
 
I
T
 
T
E
 
D
R
 
R
F
 
F
E
 
E
F
 
F
F
 
F
V
 
I
G
 
G
G
 
G
R
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
G
N
 
N
G
 
G
F
 
F
S
 
S
E
 
E
L
 
L
N
 
N
D
 
D
A
 
A
E
 
E
D
 
D
Q
 
Q
A
 
A
E
 
E
R
 
R
F
 
F
Q
 
Q
A
 
E
Q
 
Q
V
 
V
A
 
N
E
 
A
K
 
K
D
 
A
A
 
A
G
 
G
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
M
F
 
F
Y
 
Y
D
 
D
E
 
E
D
 
D
Y
 
Y
V
 
V
M
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
A
G
 
G
E
 
L
G
 
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
D
 
D
R
 
R
L
 
M
A
 
I
M
 
M
L
 
L
L
 
F
T
 
T
N
 
N
S
 
S
P
 
H
S
 
T
I
 
I
R
 
R
D
 
D
V
 
V
I
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
A
 
A
M
 
M
R
 
R
P
 
P
E
 
Q

Sites not aligning to the query:

1bbuA Lysyl-tRNA synthetase (lyss) complexed with lysine (see paper)
61% identity, 95% coverage: 14:500/511 of query aligns to 5:486/486 of 1bbuA

query
sites
1bbuA
N
 
N
K
 
N
L
 
E
I
 
L
A
 
K
E
 
T
R
 
R
R
 
R
A
 
E
K
 
K
L
 
L
S
 
A
E
 
N
M
 
L
R
 
R
D
 
E
Q
 
Q
G
 
G
N
 
I
A
 
A
F
 
F
P
 
P
N
 
N
D
 
D
F
 
F
R
 
R
R
 
R
D
 
D
A
 
H
T
 
T
A
 
S
A
 
D
E
 
Q
L
 
L
Q
 
H
A
 
A
K
 
E
Y
 
F
G
 
D
E
 
G
K
 
K
T
 
E
K
 
N
E
 
E
E
 
E
L
 
L
E
 
E
S
 
A
L
 
L
G
 
N
I
 
I
K
 
E
V
 
V
A
 
A
I
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
M
 
M
M
 
M
-
 
T
-
 
R
-
 
R
-
 
I
L
 
M
D
 
G
R
 
K
K
 
A
A
 
S
F
 
F
K
 
V
V
 
T
V
 
L
Q
 
Q
D
 
D
M
 
V
T
 
G
G
 
G
R
 
R
I
 
I
Q
 
Q
I
 
L
Y
 
Y
A
 
V
S
 
A
K
 
R
D
 
D
-
 
D
-
 
L
-
 
P
-
 
E
-
 
G
-
 
V
V
 
Y
Q
 
N
K
 
E
D
 
Q
T
 
F
K
 
K
H
 
K
W
 
W
D
 
D
L
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
L
G
 
G
V
 
A
R
 
K
G
 
G
T
 
K
L
 
L
S
 
F
K
 
K
S
 
T
G
 
K
K
 
T
G
 
G
D
 
E
L
 
L
Y
 
S
V
 
I
T
 
H
M
 
C
D
 
T
E
 
E
Y
 
L
V
 
R
L
 
L
L
 
L
T
 
T
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
D
K
 
-
H
 
-
K
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
-
D
 
D
T
 
Q
E
 
E
A
 
A
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
H
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
V
 
L
D
 
D
L
 
L
M
 
I
V
 
S
N
 
N
E
 
D
D
 
E
S
 
S
R
 
R
R
 
N
V
 
T
F
 
F
Y
 
K
A
 
V
R
 
R
S
 
S
K
 
Q
I
 
I
I
 
L
S
 
S
A
 
G
M
 
I
R
 
R
Q
 
Q
Y
 
F
F
 
M
T
 
V
D
 
N
R
 
R
D
 
G
F
 
F
M
 
M
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
M
 
M
L
 
M
Q
 
Q
V
 
V
I
 
I
P
 
P
G
 
G
G
|
G
A
 
A
T
 
A
A
 
A
R
 
R
P
 
P
F
 
F
V
 
I
T
 
T
H
 
H
H
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
G
 
D
I
 
L
D
 
D
M
 
M
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
|
E
L
 
L
F
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
E
 
E
R
 
R
V
 
V
F
 
F
E
 
E
I
 
I
N
 
N
R
 
R
N
 
N
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
L
 
I
S
 
S
T
 
V
R
|
R
H
|
H
N
 
N
P
 
P
E
 
E
F
 
F
T
 
T
M
 
M
V
 
M
E
|
E
F
 
L
Y
|
Y
Q
 
M
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
N
 
K
D
 
D
L
 
L
M
 
I
D
 
E
L
 
L
T
 
T
E
 
E
D
 
S
M
 
L
L
 
F
R
 
R
T
 
T
I
 
L
T
 
A
Q
 
Q
K
 
D
V
 
I
L
 
L
G
 
G
T
 
K
T
 
T
T
 
E
V
 
V
V
 
-
N
 
-
S
 
-
R
 
-
T
 
T
L
 
Y
A
 
G
D
 
D
G
 
-
S
 
-
E
 
-
E
 
-
T
 
-
V
 
V
E
 
T
Y
 
L
D
 
D
F
 
F
G
 
G
K
 
K
T
 
P
F
 
F
E
 
E
R
 
K
L
 
L
T
 
T
V
 
M
V
 
R
D
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
K
R
 
K
Y
 
Y
N
 
R
P
 
P
D
 
E
I
 
T
K
 
D
P
 
M
E
 
A
Q
 
D
L
 
L
A
 
D
D
 
N
D
 
F
A
 
D
S
 
S
A
 
A
R
 
K
Q
 
A
V
 
I
A
 
A
K
 
E
D
 
S
L
 
I
G
 
G
I
 
I
H
 
H
L
 
V
K
 
E
E
 
K
G
 
S
W
 
W
G
 
G
L
 
L
G
 
G
K
 
R
V
 
I
Q
 
V
I
 
T
E
 
E
I
 
I
F
 
F
E
 
E
A
 
E
T
 
V
A
 
A
E
 
E
H
 
A
R
 
H
L
 
L
M
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
I
 
I
T
 
T
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
K
 
A
E
 
E
V
 
V
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
R
 
R
C
 
R
K
 
N
D
 
D
S
 
V
N
 
N
P
 
P
F
 
E
V
 
I
T
 
T
E
 
D
R
 
R
F
 
F
E
 
E
F
 
F
F
 
F
V
 
I
G
 
G
G
 
G
R
 
R
E
|
E
I
 
I
A
 
G
N
|
N
G
 
G
F
|
F
S
 
S
E
|
E
L
 
L
N
 
N
D
 
D
A
 
A
E
 
E
D
 
D
Q
 
Q
A
 
A
E
 
Q
R
 
R
F
 
F
Q
 
L
A
 
D
Q
 
Q
V
 
V
A
 
A
E
 
A
K
 
K
D
 
D
A
 
A
G
 
G
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
M
F
 
F
Y
 
Y
D
 
D
E
 
E
D
 
D
Y
 
Y
V
 
V
M
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
H
G
 
G
L
 
L
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
A
G
|
G
E
 
L
G
|
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
D
 
D
R
|
R
L
 
M
A
 
V
M
 
M
L
 
L
L
 
F
T
 
T
N
 
N
S
 
S
P
 
H
S
 
T
I
 
I
R
 
R
D
 
D
V
 
V
I
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
A
 
A
M
 
M
R
 
R
P
 
P

1e24A Lysyl-tRNA synthetase (lysu) hexagonal form complexed with lysine and atp and mn2+ (see paper)
61% identity, 95% coverage: 14:500/511 of query aligns to 5:485/485 of 1e24A

query
sites
1e24A
N
 
N
K
 
D
L
 
E
I
 
L
A
 
R
E
 
N
R
 
R
R
 
R
A
 
E
K
 
K
L
 
L
S
 
A
E
 
A
M
 
L
R
 
R
D
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
N
 
V
A
 
A
F
 
F
P
 
P
N
 
N
D
 
D
F
 
F
R
 
R
R
 
R
D
 
D
A
 
H
T
 
T
A
 
S
A
 
D
E
 
Q
L
 
L
Q
 
H
A
 
E
K
 
E
Y
 
F
G
 
D
E
 
A
K
 
K
T
 
D
K
 
N
E
 
Q
E
 
E
L
 
L
E
 
E
S
 
S
L
 
L
G
 
N
I
 
I
K
 
E
V
 
V
A
 
S
I
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
M
 
M
M
 
M
-
 
T
-
 
R
-
 
R
-
 
I
L
 
M
D
 
G
R
 
K
K
 
A
A
 
S
F
 
F
K
 
V
V
 
T
V
 
L
Q
 
Q
D
 
D
M
 
V
T
 
G
G
 
G
R
 
R
I
 
I
Q
 
Q
I
 
L
Y
 
Y
A
 
V
S
 
A
K
 
R
D
 
D
-
 
S
-
 
L
-
 
P
-
 
E
-
 
G
V
 
V
Q
 
Y
K
 
N
D
 
D
T
 
Q
-
 
F
K
 
K
H
 
K
W
 
W
D
 
D
L
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
A
R
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
F
K
 
K
S
 
T
G
 
Q
K
 
T
G
 
G
D
 
E
L
 
L
Y
 
S
V
 
I
T
 
H
M
 
C
D
 
T
E
 
E
Y
 
L
V
 
R
L
 
L
L
 
L
T
 
T
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
-
K
 
-
H
 
-
K
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
-
D
 
D
T
 
Q
E
 
E
A
 
V
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
H
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
V
 
L
D
 
D
L
 
L
M
 
I
V
 
A
N
 
N
E
 
D
D
 
K
S
 
S
R
 
R
R
 
Q
V
 
T
F
 
F
Y
 
V
A
 
V
R
 
R
S
 
S
K
 
K
I
 
I
I
 
L
S
 
A
A
 
A
M
 
I
R
 
R
Q
 
Q
Y
 
F
F
 
M
T
 
V
D
 
A
R
 
R
D
 
G
F
 
F
M
 
M
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
M
 
M
L
 
M
Q
 
Q
V
 
V
I
 
I
P
 
P
G
 
G
G
|
G
A
 
A
T
 
S
A
 
A
R
 
R
P
 
P
F
 
F
V
 
I
T
 
T
H
 
H
H
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
G
 
D
I
 
L
D
 
D
M
 
M
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
|
E
L
 
L
F
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
E
 
E
R
 
R
V
 
V
F
 
F
E
 
E
I
 
I
N
 
N
R
 
R
N
 
N
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
L
 
I
S
 
S
T
 
V
R
|
R
H
|
H
N
|
N
P
 
P
E
 
E
F
|
F
T
 
T
M
|
M
V
 
M
E
|
E
F
 
L
Y
|
Y
Q
 
M
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
N
 
H
D
 
D
L
 
L
M
 
I
D
 
E
L
 
L
T
 
T
E
 
E
D
 
S
M
 
L
L
 
F
R
 
R
T
 
T
I
 
L
T
 
A
Q
 
Q
K
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
G
T
 
T
T
 
T
T
 
K
V
 
V
V
 
T
N
 
Y
S
 
G
R
 
E
T
 
H
L
 
V
A
 
-
D
 
-
G
 
-
S
 
-
E
 
-
E
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
-
Y
 
F
D
 
D
F
 
F
G
 
G
K
 
K
T
 
P
F
 
F
E
 
E
R
 
K
L
 
L
T
 
T
V
 
M
V
 
R
D
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
K
R
 
K
Y
 
Y
N
 
R
P
 
P
D
 
E
I
 
T
K
 
D
P
 
M
E
 
A
Q
 
D
L
 
L
A
 
D
D
 
N
D
 
F
A
 
D
S
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
A
V
 
L
A
 
A
K
 
E
D
 
S
L
 
I
G
 
G
I
 
I
H
 
T
L
 
V
K
 
E
E
 
K
G
 
S
W
 
W
G
 
G
L
 
L
G
 
G
K
 
R
V
 
I
Q
 
V
I
 
T
E
 
E
I
 
I
F
 
F
E
 
D
A
 
E
T
 
V
A
 
A
E
 
E
H
 
A
R
 
H
L
 
L
M
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
I
 
I
T
 
T
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
K
 
A
E
 
E
V
 
V
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
R
 
R
C
 
R
K
 
N
D
 
D
S
 
V
N
 
N
P
 
P
F
 
E
V
 
I
T
 
T
E
 
D
R
 
R
F
 
F
E
|
E
F
 
F
F
 
F
V
 
I
G
 
G
G
 
G
R
 
R
E
|
E
I
|
I
A
 
G
N
|
N
G
 
G
F
|
F
S
 
S
E
|
E
L
 
L
N
 
N
D
 
D
A
 
A
E
 
E
D
 
D
Q
 
Q
A
 
A
E
 
E
R
 
R
F
 
F
Q
 
Q
A
 
E
Q
 
Q
V
 
V
A
 
N
E
 
A
K
 
K
D
 
A
A
 
A
G
 
G
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
M
F
 
F
Y
 
Y
D
 
D
E
 
E
D
 
D
Y
 
Y
V
 
V
M
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
A
G
|
G
E
 
L
G
|
G
I
 
I
G
|
G
I
 
I
D
 
D
R
|
R
L
 
M
A
 
I
M
 
M
L
 
L
L
 
F
T
 
T
N
 
N
S
 
S
P
 
H
S
 
T
I
 
I
R
 
R
D
 
D
V
 
V
I
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
A
 
A
M
 
M
R
 
R
P
 
P

1e22A Lysyl-tRNA synthetase (lysu) hexagonal form complexed with lysine and the non-hydrolysable atp analogue amp-pcp (see paper)
61% identity, 95% coverage: 14:500/511 of query aligns to 5:485/485 of 1e22A

query
sites
1e22A
N
 
N
K
 
D
L
 
E
I
 
L
A
 
R
E
 
N
R
 
R
R
 
R
A
 
E
K
 
K
L
 
L
S
 
A
E
 
A
M
 
L
R
 
R
D
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
N
 
V
A
 
A
F
 
F
P
 
P
N
 
N
D
 
D
F
 
F
R
 
R
R
 
R
D
 
D
A
 
H
T
 
T
A
 
S
A
 
D
E
 
Q
L
 
L
Q
 
H
A
 
E
K
 
E
Y
 
F
G
 
D
E
 
A
K
 
K
T
 
D
K
 
N
E
 
Q
E
 
E
L
 
L
E
 
E
S
 
S
L
 
L
G
 
N
I
 
I
K
 
E
V
 
V
A
 
S
I
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
M
 
M
M
 
M
-
 
T
-
 
R
-
 
R
-
 
I
L
 
M
D
 
G
R
 
K
K
 
A
A
 
S
F
 
F
K
 
V
V
 
T
V
 
L
Q
 
Q
D
 
D
M
 
V
T
 
G
G
 
G
R
 
R
I
 
I
Q
 
Q
I
 
L
Y
 
Y
A
 
V
S
 
A
K
 
R
D
 
D
-
 
S
-
 
L
-
 
P
-
 
E
-
 
G
V
 
V
Q
 
Y
K
 
N
D
 
D
T
 
Q
-
 
F
K
 
K
H
 
K
W
 
W
D
 
D
L
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
A
R
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
F
K
 
K
S
 
T
G
 
Q
K
 
T
G
 
G
D
 
E
L
 
L
Y
 
S
V
 
I
T
 
H
M
 
C
D
 
T
E
 
E
Y
 
L
V
 
R
L
 
L
L
 
L
T
 
T
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
-
K
 
-
H
 
-
K
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
-
D
 
D
T
 
Q
E
 
E
A
 
V
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
H
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
V
 
L
D
 
D
L
 
L
M
 
I
V
 
A
N
 
N
E
 
D
D
 
K
S
 
S
R
 
R
R
 
Q
V
 
T
F
 
F
Y
 
V
A
 
V
R
 
R
S
 
S
K
 
K
I
 
I
I
 
L
S
 
A
A
 
A
M
 
I
R
 
R
Q
 
Q
Y
 
F
F
 
M
T
 
V
D
 
A
R
 
R
D
 
G
F
 
F
M
 
M
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
M
 
M
L
 
M
Q
 
Q
V
 
V
I
 
I
P
 
P
G
 
G
G
|
G
A
 
A
T
 
S
A
 
A
R
 
R
P
 
P
F
 
F
V
 
I
T
 
T
H
 
H
H
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
G
 
D
I
 
L
D
 
D
M
 
M
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
|
E
L
 
L
F
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
E
 
E
R
 
R
V
 
V
F
 
F
E
 
E
I
 
I
N
 
N
R
 
R
N
 
N
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
L
 
I
S
 
S
T
 
V
R
|
R
H
|
H
N
|
N
P
 
P
E
 
E
F
|
F
T
 
T
M
|
M
V
 
M
E
|
E
F
 
L
Y
|
Y
Q
 
M
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
N
 
H
D
 
D
L
 
L
M
 
I
D
 
E
L
 
L
T
 
T
E
 
E
D
 
S
M
 
L
L
 
F
R
 
R
T
 
T
I
 
L
T
 
A
Q
 
Q
K
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
G
T
 
T
T
 
T
T
 
K
V
 
V
V
 
T
N
 
Y
S
 
G
R
 
E
T
 
H
L
 
V
A
 
-
D
 
-
G
 
-
S
 
-
E
 
-
E
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
-
Y
 
F
D
 
D
F
 
F
G
 
G
K
 
K
T
 
P
F
 
F
E
 
E
R
 
K
L
 
L
T
 
T
V
 
M
V
 
R
D
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
K
R
 
K
Y
 
Y
N
 
R
P
 
P
D
 
E
I
 
T
K
 
D
P
 
M
E
 
A
Q
 
D
L
 
L
A
 
D
D
 
N
D
 
F
A
 
D
S
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
A
V
 
L
A
 
A
K
 
E
D
 
S
L
 
I
G
 
G
I
 
I
H
 
T
L
 
V
K
 
E
E
 
K
G
 
S
W
 
W
G
 
G
L
 
L
G
 
G
K
 
R
V
 
I
Q
 
V
I
 
T
E
 
E
I
 
I
F
 
F
E
 
D
A
 
E
T
 
V
A
 
A
E
 
E
H
 
A
R
 
H
L
 
L
M
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
I
 
I
T
 
T
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
K
 
A
E
 
E
V
 
V
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
R
 
R
C
 
R
K
 
N
D
 
D
S
 
V
N
 
N
P
 
P
F
 
E
V
 
I
T
 
T
E
 
D
R
 
R
F
 
F
E
|
E
F
 
F
F
 
F
V
 
I
G
 
G
G
 
G
R
 
R
E
|
E
I
|
I
A
 
G
N
|
N
G
 
G
F
|
F
S
 
S
E
|
E
L
 
L
N
 
N
D
 
D
A
 
A
E
 
E
D
 
D
Q
 
Q
A
 
A
E
 
E
R
 
R
F
 
F
Q
 
Q
A
 
E
Q
 
Q
V
 
V
A
 
N
E
 
A
K
 
K
D
 
A
A
 
A
G
 
G
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
M
F
 
F
Y
 
Y
D
 
D
E
 
E
D
 
D
Y
 
Y
V
 
V
M
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
A
G
|
G
E
 
L
G
|
G
I
 
I
G
|
G
I
 
I
D
 
D
R
|
R
L
 
M
A
 
I
M
 
M
L
 
L
L
 
F
T
 
T
N
 
N
S
 
S
P
 
H
S
 
T
I
 
I
R
 
R
D
 
D
V
 
V
I
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
A
 
A
M
 
M
R
 
R
P
 
P

1e1tA Lysyl-tRNA synthetase (lysu) hexagonal form complexed with the lysyl_adenylate intermediate (see paper)
61% identity, 95% coverage: 14:500/511 of query aligns to 5:485/485 of 1e1tA

query
sites
1e1tA
N
 
N
K
 
D
L
 
E
I
 
L
A
 
R
E
 
N
R
 
R
R
 
R
A
 
E
K
 
K
L
 
L
S
 
A
E
 
A
M
 
L
R
 
R
D
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
N
 
V
A
 
A
F
 
F
P
 
P
N
 
N
D
 
D
F
 
F
R
 
R
R
 
R
D
 
D
A
 
H
T
 
T
A
 
S
A
 
D
E
 
Q
L
 
L
Q
 
H
A
 
E
K
 
E
Y
 
F
G
 
D
E
 
A
K
 
K
T
 
D
K
 
N
E
 
Q
E
 
E
L
 
L
E
 
E
S
 
S
L
 
L
G
 
N
I
 
I
K
 
E
V
 
V
A
 
S
I
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
M
 
M
M
 
M
-
 
T
-
 
R
-
 
R
-
 
I
L
 
M
D
 
G
R
 
K
K
 
A
A
 
S
F
 
F
K
 
V
V
 
T
V
 
L
Q
 
Q
D
 
D
M
 
V
T
 
G
G
 
G
R
 
R
I
 
I
Q
 
Q
I
 
L
Y
 
Y
A
 
V
S
 
A
K
 
R
D
 
D
-
 
S
-
 
L
-
 
P
-
 
E
-
 
G
V
 
V
Q
 
Y
K
 
N
D
 
D
T
 
Q
-
 
F
K
 
K
H
 
K
W
 
W
D
 
D
L
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
A
R
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
F
K
 
K
S
 
T
G
 
Q
K
 
T
G
 
G
D
 
E
L
 
L
Y
 
S
V
 
I
T
 
H
M
 
C
D
 
T
E
 
E
Y
 
L
V
 
R
L
 
L
L
 
L
T
 
T
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
-
K
 
-
H
 
-
K
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
-
D
 
D
T
 
Q
E
 
E
A
 
V
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
H
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
V
 
L
D
 
D
L
 
L
M
 
I
V
 
A
N
 
N
E
 
D
D
 
K
S
 
S
R
 
R
R
 
Q
V
 
T
F
 
F
Y
 
V
A
 
V
R
 
R
S
 
S
K
 
K
I
 
I
I
 
L
S
 
A
A
 
A
M
 
I
R
 
R
Q
 
Q
Y
 
F
F
 
M
T
 
V
D
 
A
R
 
R
D
 
G
F
 
F
M
 
M
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
M
 
M
L
 
M
Q
 
Q
V
 
V
I
 
I
P
 
P
G
 
G
G
|
G
A
 
A
T
 
S
A
 
A
R
 
R
P
 
P
F
 
F
V
 
I
T
 
T
H
 
H
H
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
G
 
D
I
 
L
D
 
D
M
 
M
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
|
E
L
 
L
F
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
E
 
E
R
 
R
V
 
V
F
 
F
E
 
E
I
 
I
N
 
N
R
 
R
N
 
N
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
L
 
I
S
 
S
T
 
V
R
|
R
H
|
H
N
|
N
P
 
P
E
 
E
F
|
F
T
 
T
M
|
M
V
 
M
E
|
E
F
 
L
Y
|
Y
Q
 
M
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
N
 
H
D
 
D
L
 
L
M
 
I
D
 
E
L
 
L
T
 
T
E
 
E
D
 
S
M
 
L
L
 
F
R
 
R
T
 
T
I
 
L
T
 
A
Q
 
Q
K
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
G
T
 
T
T
 
T
T
 
K
V
 
V
V
 
T
N
 
Y
S
 
G
R
 
E
T
 
H
L
 
V
A
 
-
D
 
-
G
 
-
S
 
-
E
 
-
E
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
-
Y
 
F
D
 
D
F
 
F
G
 
G
K
 
K
T
 
P
F
 
F
E
 
E
R
 
K
L
 
L
T
 
T
V
 
M
V
 
R
D
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
K
R
 
K
Y
 
Y
N
 
R
P
 
P
D
 
E
I
 
T
K
 
D
P
 
M
E
 
A
Q
 
D
L
 
L
A
 
D
D
 
N
D
 
F
A
 
D
S
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
A
V
 
L
A
 
A
K
 
E
D
 
S
L
 
I
G
 
G
I
 
I
H
 
T
L
 
V
K
 
E
E
 
K
G
 
S
W
 
W
G
 
G
L
 
L
G
 
G
K
 
R
V
 
I
Q
 
V
I
 
T
E
 
E
I
 
I
F
 
F
E
 
D
A
 
E
T
 
V
A
 
A
E
 
E
H
 
A
R
 
H
L
 
L
M
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
I
 
I
T
 
T
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
K
 
A
E
 
E
V
 
V
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
R
 
R
C
 
R
K
 
N
D
 
D
S
 
V
N
 
N
P
 
P
F
 
E
V
 
I
T
 
T
E
 
D
R
 
R
F
 
F
E
|
E
F
 
F
F
 
F
V
 
I
G
 
G
G
 
G
R
 
R
E
|
E
I
|
I
A
 
G
N
|
N
G
 
G
F
|
F
S
 
S
E
|
E
L
 
L
N
 
N
D
 
D
A
 
A
E
 
E
D
 
D
Q
 
Q
A
 
A
E
 
E
R
 
R
F
 
F
Q
 
Q
A
 
E
Q
 
Q
V
 
V
A
 
N
E
 
A
K
 
K
D
 
A
A
 
A
G
 
G
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
M
F
 
F
Y
 
Y
D
 
D
E
 
E
D
 
D
Y
 
Y
V
 
V
M
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
A
G
|
G
E
 
L
G
|
G
I
 
I
G
|
G
I
 
I
D
 
D
R
|
R
L
 
M
A
 
I
M
 
M
L
 
L
L
 
F
T
 
T
N
 
N
S
 
S
P
 
H
S
 
T
I
 
I
R
 
R
D
 
D
V
 
V
I
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
A
 
A
M
 
M
R
 
R
P
 
P

5yzxA Crystal structure of e.Coli lysu t146d mutant
61% identity, 95% coverage: 14:500/511 of query aligns to 4:484/484 of 5yzxA

query
sites
5yzxA
N
 
N
K
 
D
L
 
E
I
 
L
A
 
R
E
 
N
R
 
R
R
 
R
A
 
E
K
 
K
L
 
L
S
 
A
E
 
A
M
 
L
R
 
R
D
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
N
 
V
A
 
A
F
 
F
P
 
P
N
 
N
D
 
D
F
 
F
R
 
R
R
 
R
D
 
D
A
 
H
T
 
T
A
 
S
A
 
D
E
 
Q
L
 
L
Q
 
H
A
 
E
K
 
E
Y
 
F
G
 
D
E
 
A
K
 
K
T
 
D
K
 
N
E
 
Q
E
 
E
L
 
L
E
 
E
S
 
S
L
 
L
G
 
N
I
 
I
K
 
E
V
 
V
A
 
S
I
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
M
 
M
M
 
M
-
 
T
-
 
R
-
 
R
-
 
I
L
 
M
D
 
G
R
 
K
K
 
A
A
 
S
F
 
F
K
 
V
V
 
T
V
 
L
Q
 
Q
D
 
D
M
 
V
T
 
G
G
 
G
R
 
R
I
 
I
Q
 
Q
I
 
L
Y
 
Y
A
 
V
S
 
A
K
 
R
D
 
D
-
 
S
-
 
L
-
 
P
-
 
E
-
 
G
V
 
V
Q
 
Y
K
 
N
D
 
D
T
 
Q
-
 
F
K
 
K
H
 
K
W
 
W
D
 
D
L
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
A
R
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
F
K
 
K
S
 
T
G
 
Q
K
 
T
G
 
G
D
 
E
L
 
L
Y
 
S
V
 
I
T
 
H
M
 
C
D
 
T
E
 
E
Y
 
L
V
 
R
L
 
L
L
 
L
T
 
D
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
-
K
 
-
H
 
-
K
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
-
D
 
D
T
 
Q
E
 
E
A
 
V
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
H
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
V
 
L
D
 
D
L
 
L
M
 
I
V
 
A
N
 
N
E
 
D
D
 
K
S
 
S
R
 
R
R
 
Q
V
 
T
F
 
F
Y
 
V
A
 
V
R
 
R
S
 
S
K
 
K
I
 
I
I
 
L
S
 
A
A
 
A
M
 
I
R
 
R
Q
 
Q
Y
 
F
F
 
M
T
 
V
D
 
A
R
 
R
D
 
G
F
 
F
M
 
M
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
M
 
M
L
 
M
Q
 
Q
V
 
V
I
 
I
P
 
P
G
 
G
G
 
G
A
 
A
T
 
S
A
 
A
R
 
R
P
 
P
F
 
F
V
 
I
T
 
T
H
 
H
H
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
G
 
D
I
 
L
D
 
D
M
 
M
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
 
E
L
 
L
F
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
E
 
E
R
 
R
V
 
V
F
 
F
E
 
E
I
 
I
N
 
N
R
 
R
N
 
N
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
L
 
I
S
 
S
T
 
V
R
 
R
H
|
H
N
|
N
P
 
P
E
 
E
F
|
F
T
 
T
M
|
M
V
 
M
E
 
E
F
 
L
Y
 
Y
Q
 
M
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
N
 
H
D
 
D
L
 
L
M
 
I
D
 
E
L
 
L
T
 
T
E
 
E
D
 
S
M
 
L
L
 
F
R
 
R
T
 
T
I
 
L
T
 
A
Q
 
Q
K
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
G
T
 
T
T
 
T
T
 
K
V
 
V
V
 
T
N
 
Y
S
 
G
R
 
E
T
 
H
L
 
V
A
 
-
D
 
-
G
 
-
S
 
-
E
 
-
E
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
-
Y
 
F
D
 
D
F
 
F
G
 
G
K
 
K
T
 
P
F
 
F
E
 
E
R
 
K
L
 
L
T
 
T
V
 
M
V
 
R
D
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
K
R
 
K
Y
 
Y
N
 
R
P
 
P
D
 
E
I
 
T
K
 
D
P
 
M
E
 
A
Q
 
D
L
 
L
A
 
D
D
 
N
D
 
F
A
 
D
S
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
A
V
 
L
A
 
A
K
 
E
D
 
S
L
 
I
G
 
G
I
 
I
H
 
T
L
 
V
K
 
E
E
 
K
G
 
S
W
 
W
G
 
G
L
 
L
G
 
G
K
 
R
V
 
I
Q
 
V
I
 
T
E
 
E
I
 
I
F
 
F
E
x
D
A
 
E
T
 
V
A
 
A
E
 
E
H
 
A
R
 
H
L
 
L
M
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
I
 
I
T
 
T
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
K
 
A
E
 
E
V
 
V
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
R
 
R
C
 
R
K
 
N
D
 
D
S
 
V
N
 
N
P
 
P
F
 
E
V
 
I
T
 
T
E
 
D
R
 
R
F
 
F
E
|
E
F
 
F
F
 
F
V
 
I
G
 
G
G
 
G
R
 
R
E
|
E
I
|
I
A
 
G
N
|
N
G
 
G
F
 
F
S
 
S
E
 
E
L
 
L
N
 
N
D
 
D
A
 
A
E
 
E
D
 
D
Q
 
Q
A
 
A
E
 
E
R
 
R
F
 
F
Q
 
Q
A
 
E
Q
 
Q
V
 
V
A
 
N
E
 
A
K
 
K
D
 
A
A
 
A
G
 
G
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
M
F
 
F
Y
 
Y
D
 
D
E
 
E
D
 
D
Y
 
Y
V
 
V
M
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
A
G
 
G
E
 
L
G
 
G
I
 
I
G
|
G
I
 
I
D
 
D
R
|
R
L
 
M
A
 
I
M
 
M
L
 
L
L
 
F
T
 
T
N
 
N
S
 
S
P
 
H
S
 
T
I
 
I
R
 
R
D
 
D
V
 
V
I
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
A
 
A
M
 
M
R
 
R
P
 
P

1e1oA Lysyl-tRNA synthetase (lysu) hexagonal form, complexed with lysine (see paper)
61% identity, 95% coverage: 14:500/511 of query aligns to 5:484/484 of 1e1oA

query
sites
1e1oA
N
 
N
K
 
D
L
 
E
I
 
L
A
 
R
E
 
N
R
 
R
R
 
R
A
 
E
K
 
K
L
 
L
S
 
A
E
 
A
M
 
L
R
 
R
D
 
Q
Q
 
Q
G
 
G
N
 
V
A
 
A
F
 
F
P
 
P
N
 
N
D
 
D
F
 
F
R
 
R
R
 
R
D
 
D
A
 
H
T
 
T
A
 
S
A
 
D
E
 
Q
L
 
L
Q
 
H
A
 
E
K
 
E
Y
 
F
G
 
D
E
 
A
K
 
K
T
 
D
K
 
N
E
 
Q
E
 
E
L
 
L
E
 
E
S
 
S
L
 
L
G
 
N
I
 
I
K
 
E
V
 
V
A
 
S
I
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
M
 
M
M
 
M
-
 
T
-
 
R
-
 
R
-
 
I
L
 
M
D
 
G
R
 
K
K
 
A
A
 
S
F
 
F
K
 
V
V
 
T
V
 
L
Q
 
Q
D
 
D
M
 
V
T
 
G
G
 
G
R
 
R
I
 
I
Q
 
Q
I
 
L
Y
 
Y
A
 
V
S
 
A
K
 
R
D
 
D
-
 
S
-
 
L
-
 
P
-
 
E
-
 
G
V
 
V
Q
 
Y
K
 
N
D
 
D
T
 
Q
-
 
F
K
 
K
H
 
K
W
 
W
D
 
D
L
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
A
R
 
R
G
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
F
K
 
K
S
 
T
G
 
Q
K
 
T
G
 
G
D
 
E
L
 
L
Y
 
S
V
 
I
T
 
H
M
 
C
D
 
T
E
 
E
Y
 
L
V
 
R
L
 
L
L
 
L
T
 
T
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
-
K
 
-
H
 
-
K
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
-
D
 
D
T
 
Q
E
 
E
A
 
V
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
H
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
V
 
L
D
 
D
L
 
L
M
 
I
V
 
A
N
 
N
E
 
D
D
 
K
S
 
S
R
 
R
R
 
Q
V
 
T
F
 
F
Y
 
V
A
 
V
R
 
R
S
 
S
K
 
K
I
 
I
I
 
L
S
 
A
A
 
A
M
 
I
R
 
R
Q
 
Q
Y
 
F
F
 
M
T
 
V
D
 
A
R
 
R
D
 
G
F
 
F
M
 
M
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
M
 
M
L
 
M
Q
 
Q
V
 
V
I
 
I
P
 
P
G
 
G
G
|
G
A
 
A
T
 
S
A
 
A
R
 
R
P
 
P
F
 
F
V
 
I
T
 
T
H
 
H
H
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
G
 
D
I
 
L
D
 
D
M
 
M
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
|
E
L
 
L
F
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
E
 
E
R
 
R
V
 
V
F
 
F
E
 
E
I
 
I
N
 
N
R
 
R
N
 
N
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
L
 
I
S
 
S
T
 
V
R
 
-
H
|
H
N
 
N
P
 
P
E
 
E
F
 
F
T
 
T
M
 
M
V
 
M
E
|
E
F
 
L
Y
|
Y
Q
 
M
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
N
 
H
D
 
D
L
 
L
M
 
I
D
 
E
L
 
L
T
 
T
E
 
E
D
 
S
M
 
L
L
 
F
R
 
R
T
 
T
I
 
L
T
 
A
Q
 
Q
K
 
E
V
 
V
L
 
L
G
 
G
T
 
T
T
 
T
T
 
K
V
 
V
V
 
T
N
 
Y
S
 
G
R
 
E
T
 
H
L
 
V
A
 
-
D
 
-
G
 
-
S
 
-
E
 
-
E
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
-
Y
 
F
D
 
D
F
 
F
G
 
G
K
 
K
T
 
P
F
 
F
E
 
E
R
 
K
L
 
L
T
 
T
V
 
M
V
 
R
D
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
K
R
 
K
Y
 
Y
N
 
R
P
 
P
D
 
E
I
 
T
K
 
D
P
 
M
E
 
A
Q
 
D
L
 
L
A
 
D
D
 
N
D
 
F
A
 
D
S
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
A
V
 
L
A
 
A
K
 
E
D
 
S
L
 
I
G
 
G
I
 
I
H
 
T
L
 
V
K
 
E
E
 
K
G
 
S
W
 
W
G
 
G
L
 
L
G
 
G
K
 
R
V
 
I
Q
 
V
I
 
T
E
 
E
I
 
I
F
 
F
E
 
D
A
 
E
T
 
V
A
 
A
E
 
E
H
 
A
R
 
H
L
 
L
M
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
I
 
I
T
 
T
E
 
E
Y
 
Y
P
 
P
K
 
A
E
 
E
V
 
V
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
R
 
R
C
 
R
K
 
N
D
 
D
S
 
V
N
 
N
P
 
P
F
 
E
V
 
I
T
 
T
E
 
D
R
 
R
F
 
F
E
 
E
F
 
F
F
 
F
V
 
I
G
 
G
G
 
G
R
 
R
E
|
E
I
 
I
A
 
G
N
|
N
G
 
G
F
|
F
S
 
S
E
|
E
L
 
L
N
 
N
D
 
D
A
 
A
E
 
E
D
 
D
Q
 
Q
A
 
A
E
 
E
R
 
R
F
 
F
Q
 
Q
A
 
E
Q
 
Q
V
 
V
A
 
N
E
 
A
K
 
K
D
 
A
A
 
A
G
 
G
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
M
F
 
F
Y
 
Y
D
 
D
E
 
E
D
 
D
Y
 
Y
V
 
V
M
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
A
G
|
G
E
 
L
G
|
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
D
 
D
R
|
R
L
 
M
A
 
I
M
 
M
L
 
L
L
 
F
T
 
T
N
 
N
S
 
S
P
 
H
S
 
T
I
 
I
R
 
R
D
 
D
V
 
V
I
 
I
L
 
L
F
 
F
P
 
P
A
 
A
M
 
M
R
 
R
P
 
P

4ex5A Crystal structure of lysyl-tRNA synthetase lysrs from burkholderia thailandensis bound to lysine (see paper)
56% identity, 95% coverage: 13:499/511 of query aligns to 1:485/486 of 4ex5A

query
sites
4ex5A
D
 
E
N
 
N
K
 
Q
L
 
I
I
 
V
A
 
A
E
 
E
R
 
R
R
 
R
A
 
D
K
 
K
L
 
L
S
 
R
E
 
A
M
 
L
R
 
R
D
 
D
Q
 
Q
G
 
G
N
 
I
A
 
A
F
 
Y
P
 
P
N
 
N
D
 
D
F
 
F
R
 
Q
R
 
P
D
 
T
A
 
H
T
 
H
A
 
A
A
 
A
E
 
D
L
 
L
Q
 
Q
A
 
T
K
 
A
Y
 
Y
G
 
A
E
 
D
K
 
A
T
 
D
K
 
K
E
 
E
E
 
A
L
 
L
E
 
E
S
 
A
L
 
K
G
 
S
I
 
L
K
 
E
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
G
 
G
R
 
R
M
 
M
M
 
M
L
 
L
D
 
K
R
 
R
-
 
V
-
 
M
-
 
G
-
 
K
K
 
A
A
 
S
F
 
F
K
 
A
V
 
T
V
 
V
Q
 
Q
D
 
D
M
 
G
T
 
S
G
 
G
R
 
Q
I
 
I
Q
 
Q
I
 
F
Y
 
F
A
 
V
S
 
T
-
 
P
K
 
A
D
 
D
V
 
V
Q
 
G
K
 
A
D
 
E
T
 
T
-
 
Y
-
 
D
-
 
A
-
 
F
K
 
K
H
 
K
W
 
W
D
 
D
L
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
V
G
 
A
V
 
A
R
 
R
G
 
G
T
 
V
L
 
L
S
 
F
K
 
R
S
 
T
G
 
N
K
 
K
G
 
G
D
 
E
L
 
L
Y
 
S
V
 
V
T
 
K
M
 
C
D
 
T
E
 
Q
Y
 
L
V
 
R
L
 
L
L
 
L
T
 
A
K
 
K
S
 
A
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
D
K
 
-
H
 
-
K
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
-
D
 
D
T
 
Q
E
 
E
A
 
T
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
H
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
V
 
V
D
 
D
L
 
L
M
 
I
V
 
V
N
 
T
E
 
P
D
 
E
S
 
T
R
 
R
R
 
T
V
 
T
F
 
F
Y
 
R
A
 
A
R
 
R
S
 
T
K
 
K
I
 
A
I
 
I
S
 
A
A
 
S
M
 
I
R
 
R
Q
 
K
Y
 
F
F
 
M
T
 
G
D
 
D
R
 
A
D
 
D
F
 
F
M
 
M
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
M
 
M
L
 
L
Q
 
H
V
 
P
I
 
I
P
 
P
G
 
G
G
 
G
A
 
A
T
 
A
A
 
A
R
 
K
P
 
P
F
 
F
V
 
V
T
 
T
H
 
H
H
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
G
 
D
I
 
M
D
 
E
M
 
M
Y
 
F
L
 
L
R
 
R
I
 
I
A
 
A
P
 
P
E
|
E
L
 
L
F
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
I
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
E
 
E
R
 
R
V
 
V
F
 
F
E
 
E
I
 
I
N
 
N
R
 
R
N
 
N
F
 
F
R
|
R
N
 
N
E
|
E
G
 
G
L
 
V
S
 
S
T
 
P
R
|
R
H
|
H
N
 
N
P
 
P
E
 
E
F
 
F
T
 
T
M
 
M
V
 
M
E
|
E
F
 
F
Y
|
Y
Q
 
A
A
 
A
Y
 
Y
A
 
T
D
 
D
Y
 
Y
N
 
R
D
 
W
L
 
L
M
 
M
D
 
D
L
 
F
T
 
T
E
 
E
D
 
R
M
 
L
L
 
I
R
 
R
T
 
Q
I
 
A
T
 
A
Q
 
V
K
 
D
V
 
A
L
 
L
G
 
G
T
 
T
T
 
A
T
 
T
V
 
I
V
 
-
N
 
-
S
 
-
R
 
-
T
 
-
L
 
-
A
 
-
D
 
-
G
 
-
S
 
Q
E
 
Y
E
 
Q
T
 
G
V
 
R
E
 
E
Y
 
L
D
 
D
F
 
L
G
 
A
K
 
Q
T
 
P
F
 
F
E
 
H
R
 
R
L
 
L
T
 
T
V
 
I
V
 
T
D
 
Q
A
 
A
I
 
I
L
 
Q
R
 
K
Y
 
Y
N
 
A
P
 
P
D
 
S
I
 
Y
K
 
T
P
 
D
E
 
G
Q
 
Q
L
 
L
A
 
S
D
 
D
D
 
D
A
 
A
S
 
F
A
 
L
R
 
R
Q
 
S
V
 
E
A
 
L
K
 
K
D
 
R
L
 
L
G
 
G
I
 
V
H
 
D
L
 
V
K
 
T
E
 
Q
-
 
P
-
 
A
-
 
F
-
 
L
G
 
N
W
 
A
G
 
G
L
 
I
G
 
G
K
 
A
V
 
L
Q
 
Q
I
 
L
E
 
A
I
 
L
F
 
F
E
 
E
A
 
E
T
 
T
A
 
A
E
 
E
H
 
A
R
 
Q
L
 
L
M
 
W
Q
 
E
P
 
P
T
 
T
F
 
F
I
 
I
T
 
I
E
 
D
Y
 
Y
P
 
P
K
 
I
E
 
E
V
 
V
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
R
 
R
C
 
E
K
 
S
D
 
D
S
 
T
N
 
V
P
 
A
F
 
G
V
 
I
T
 
T
E
 
E
R
 
R
F
 
F
E
 
E
F
 
L
F
 
F
V
 
I
G
 
T
G
 
G
R
 
R
E
|
E
I
 
I
A
 
A
N
|
N
G
 
G
F
|
F
S
 
S
E
|
E
L
 
L
N
 
N
D
 
D
A
 
P
E
 
E
D
 
D
Q
 
Q
A
 
A
E
 
A
R
 
R
F
 
F
Q
 
K
A
 
K
Q
 
Q
V
 
V
A
 
E
E
 
Q
K
 
K
D
 
D
A
 
A
G
 
G
D
 
D
D
 
E
E
 
E
A
 
A
M
 
M
F
 
F
Y
 
F
D
 
D
E
 
A
D
 
D
Y
 
Y
V
 
I
M
 
R
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
L
 
M
P
 
P
P
 
P
T
 
T
A
 
G
G
|
G
E
 
C
G
|
G
I
 
I
G
 
G
I
 
I
D
 
D
R
|
R
L
 
L
A
 
V
M
 
M
L
 
L
L
 
L
T
 
T
N
 
D
S
 
S
P
 
P
S
 
T
I
 
I
R
 
R
D
 
D
V
 
V
I
 
L
L
 
L
F
 
F
P
 
P
A
 
H
M
 
L
R
 
R

6wbdB Crystal structure of lysyl-tRNA synthetase from stenotrophomonas maltophilia with bound l-lysine
55% identity, 96% coverage: 12:500/511 of query aligns to 1:485/485 of 6wbdB

query
sites
6wbdB
E
 
D
D
 
E
N
 
N
K
 
K
L
 
L
I
 
I
A
 
A
E
 
E
R
 
R
R
 
R
A
 
E
K
 
K
L
 
L
S
 
K
E
 
A
M
 
L
R
 
R
D
 
G
Q
 
Q
G
 
G
N
 
I
A
 
A
F
 
Y
P
 
P
N
 
N
D
 
D
F
 
F
R
 
R
R
 
R
D
 
E
A
 
D
T
 
F
A
 
A
A
 
G
E
 
R
L
 
L
Q
 
Q
A
 
E
K
 
E
Y
 
F
G
 
A
E
 
D
K
 
A
-
 
E
-
 
T
-
 
W
T
 
T
K
 
A
E
 
E
E
 
A
L
 
L
E
 
E
S
 
G
L
 
N
G
 
G
I
 
R
K
 
Q
V
 
V
A
 
K
I
 
M
A
 
A
G
 
G
R
 
R
M
 
L
M
 
M
L
 
A
D
 
K
R
 
R
-
 
I
-
 
M
-
 
G
-
 
K
K
 
A
A
 
S
F
 
F
K
 
A
V
 
Q
V
 
I
Q
 
Q
D
 
D
M
 
E
T
 
S
G
 
G
R
 
R
I
 
I
Q
 
Q
I
 
L
Y
 
F
A
 
L
S
 
Q
K
 
G
D
 
A
V
 
V
Q
 
L
K
 
G
D
 
D
T
 
A
-
 
Y
-
 
T
-
 
A
-
 
F
K
 
K
H
 
G
W
 
W
D
 
D
L
 
V
G
 
G
D
 
D
I
 
I
V
 
I
G
 
A
V
 
V
R
 
E
G
 
G
T
 
G
L
 
L
S
 
T
K
 
R
S
 
T
G
 
K
K
 
T
G
 
G
D
 
E
L
 
L
Y
 
S
V
 
V
T
 
K
M
 
A
D
 
E
E
 
S
Y
 
I
V
 
R
L
 
L
L
 
L
T
 
T
K
 
K
S
 
S
L
 
L
R
 
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
E
 
D
K
 
-
H
 
-
K
 
-
G
 
-
L
 
-
T
 
-
D
 
D
T
 
V
E
 
E
A
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
R
 
R
H
 
Q
R
 
R
Y
 
Y
V
 
V
D
 
D
L
 
L
M
 
I
V
 
V
N
 
T
E
 
P
D
 
E
S
 
S
R
 
R
R
 
A
V
 
V
F
 
F
Y
 
I
A
 
K
R
 
R
S
 
S
K
 
K
I
 
I
I
 
I
S
 
R
A
 
A
M
 
M
R
 
R
Q
 
A
Y
 
W
F
 
L
T
 
D
D
 
N
R
 
R
D
 
D
F
 
F
M
 
L
E
 
E
V
 
V
E
 
E
T
 
T
P
 
P
M
 
M
L
 
M
Q
 
H
V
 
Y
I
 
I
P
 
P
G
 
G
G
 
G
A
 
A
T
 
A
A
 
A
R
 
K
P
 
P
F
 
F
V
 
T
T
 
T
H
 
H
H
 
H
N
 
N
A
 
A
L
 
L
G
 
D
I
 
L
D
 
D
M
 
L
Y
 
Y
L
 
L
R
 
R
I
 
V
A
 
A
P
 
P
E
|
E
L
 
L
F
 
Y
L
 
L
K
 
K
R
 
R
L
 
L
V
 
T
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
L
E
 
E
R
 
R
V
 
V
F
 
Y
E
 
E
I
 
I
N
 
N
R
 
R
N
 
N
F
 
F
R
 
R
N
 
N
E
 
E
G
 
G
L
 
V
S
 
S
T
 
T
R
 
R
H
 
H
N
 
N
P
 
P
E
 
E
F
 
F
T
 
T
M
 
M
V
 
M
E
|
E
F
 
L
Y
|
Y
Q
 
E
A
 
A
Y
 
Y
A
 
A
D
 
T
Y
 
Y
N
 
N
D
 
E
L
 
I
M
 
M
D
 
D
L
 
L
T
 
T
E
 
E
D
 
G
M
 
V
L
 
I
R
 
R
T
 
D
I
 
V
T
 
A
Q
 
K
K
 
A
V
 
V
L
 
N
G
 
G
T
 
G
T
 
T
T
 
E
V
 
V
V
 
E
N
 
-
S
 
-
R
 
-
T
 
-
L
 
-
A
 
W
D
 
D
G
 
G
S
 
A
E
 
K
E
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
-
Y
 
I
D
 
D
F
 
L
G
 
G
K
 
P
T
 
A
F
 
F
E
 
R
R
 
R
L
 
W
T
 
R
V
 
M
V
 
D
D
 
E
A
 
A
I
 
V
L
 
R
R
 
H
Y
 
H
N
 
N
P
 
P
D
 
E
I
 
I
K
 
S
P
 
A
E
 
A
Q
 
D
L
 
C
A
 
T
D
 
D
D
 
R
A
 
D
S
 
A
A
 
L
R
 
L
Q
 
R
V
 
H
A
 
C
K
 
E
D
 
R
L
 
L
G
 
K
I
 
I
H
 
R
L
 
V
K
 
K
E
 
P
G
 
S
W
 
Y
G
 
G
L
 
W
G
 
G
K
 
K
V
 
L
Q
 
L
I
 
L
E
 
E
I
 
I
F
 
F
E
 
E
A
 
A
T
 
T
A
 
V
E
 
E
H
 
H
R
 
T
L
 
L
M
 
I
Q
 
Q
P
 
P
T
 
T
F
 
F
I
 
I
T
 
T
E
 
D
Y
 
H
P
 
P
K
 
V
E
 
E
V
 
V
S
 
S
P
 
P
L
 
L
A
 
A
R
 
R
C
 
A
K
 
N
D
 
D
S
 
N
N
 
D
P
 
P
F
 
G
V
 
Y
T
 
T
E
 
D
R
 
R
F
 
F
E
 
E
F
 
L
F
 
F
V
 
V
G
 
N
G
 
G
R
 
K
E
 
E
I
 
L
A
 
A
N
|
N
G
 
G
F
|
F
S
 
S
E
|
E
L
 
L
N
 
N
D
 
D
A
 
P
E
 
E
D
 
D
Q
 
Q
A
 
A
E
 
Q
R
 
R
F
 
F
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
Q
V
 
V
A
 
A
E
 
A
K
 
K
D
 
E
A
 
G
G
 
G
D
 
D
D
 
D
E
 
E
A
 
A
M
 
M
F
 
H
Y
 
Y
D
 
D
E
 
A
D
 
D
Y
 
Y
V
 
I
M
 
R
A
 
A
L
 
L
E
 
E
Y
 
Y
G
 
G
L
 
M
P
 
A
P
 
P
T
 
T
A
 
G
G
 
G
E
 
L
G
|
G
I
 
I
G
 
G
I
 
V
D
 
D
R
 
R
L
 
L
A
 
V
M
 
M
L
 
L
L
 
L
T
 
T
N
 
G
S
 
S
P
 
S
S
 
S
I
 
I
R
 
R
D
 
D
V
 
V
I
 
L
L
 
L
F
 
F
P
 
P
A
 
Y
M
 
M
R
 
R
P
 
P

3e9iA Lysyl-tRNA synthetase from bacillus stearothermophilus complexed with l-lysine hydroxamate-amp (see paper)
49% identity, 95% coverage: 12:499/511 of query aligns to 1:483/484 of 3e9iA

query
sites
3e9iA
E
 
E
D
 
L
N
 
N
K
 
D
L
 
Q
I
 
L
A
 
R
E
 
V
R
 
R
R
 
R
A
 
E
K
 
K
L
 
L
S
 
K
E
 
K
M
 
I
R
 
E
D
 
E
Q
 
L
G
 
G
-
 
V
N
 
D
A
 
P
F
 
F
P
 
G
N
 
K
D
 
R
F
 
F
R
 
E
R
 
R
D
 
T
A
 
H
T
 
K
A
 
A
A
 
E
E
 
E
L
 
L
Q
 
F
A
 
E
K
 
L
Y
 
Y
G
 
G
E
 
D
K
 
L
T
 
S
K
 
K
E
 
E
E
 
E
L
 
L
E
 
E
S
 
E
L
 
Q
G
 
Q
I
 
I
K
 
E
V
 
V
A
 
A
I
 
V
A
 
A
G