SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing H281DRAFT_03220 FitnessBrowser__Burk376:H281DRAFT_03220 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

Q1JUQ0 L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase; L-KDA dehydratase; 2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase; L-2-keto-3-deoxyarabinonate dehydratase; EC 4.2.1.43 from Azospirillum brasilense (see paper)
72% identity, 97% coverage: 11:310/310 of query aligns to 10:309/309 of Q1JUQ0

query
sites
Q1JUQ0
R
 
R
G
 
G
V
 
I
F
 
F
P
 
P
V
 
V
A
 
V
P
 
P
T
 
T
I
 
T
F
 
F
D
 
A
D
 
D
A
 
T
G
 
G
Q
 
E
L
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
A
G
 
S
Q
 
Q
K
 
K
R
 
R
C
 
A
I
 
V
D
 
D
F
 
F
M
 
M
I
 
I
D
 
D
A
 
A
G
 
G
S
 
S
N
 
D
G
 
G
L
 
L
C
 
C
I
 
I
L
 
L
A
 
A
N
 
N
F
 
F
S
 
S
E
 
E
Q
 
Q
F
 
F
A
 
A
L
 
I
S
 
T
D
 
D
E
 
D
E
 
E
R
 
R
E
 
D
T
 
V
L
 
L
M
 
T
H
 
R
V
 
T
V
 
I
L
 
L
E
 
E
H
 
H
V
 
V
A
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
I
V
 
V
T
 
T
T
 
T
T
 
S
H
 
H
F
 
Y
S
 
S
S
 
T
H
 
Q
Q
 
V
C
 
C
A
 
A
E
 
A
R
 
R
S
 
S
R
 
L
R
 
R
A
 
A
Q
 
Q
A
 
Q
A
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
M
 
M
V
 
V
M
 
M
I
 
A
M
 
M
P
 
P
P
 
P
Y
 
Y
H
 
H
G
 
G
A
 
A
T
 
T
I
 
F
R
 
R
I
 
V
G
 
P
E
 
E
R
 
A
G
 
Q
I
 
I
E
 
F
E
 
E
F
 
F
Y
 
Y
R
 
A
T
 
R
V
 
V
S
 
S
D
 
D
A
 
A
I
 
I
D
 
A
I
 
I
P
 
P
I
 
I
M
 
M
I
 
V
Q
|
Q
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
 
A
S
 
S
G
 
G
T
 
T
P
 
A
L
 
L
S
 
S
A
 
A
P
 
P
F
 
F
L
 
L
A
 
A
R
 
R
M
 
M
A
 
A
N
 
R
E
 
E
I
 
I
E
 
E
H
 
Q
V
 
V
S
 
A
Y
 
Y
F
 
F
K
 
K
I
 
I
E
 
E
V
 
T
P
 
P
Q
 
G
A
 
A
A
 
A
N
 
N
K
 
K
L
 
L
R
 
R
E
 
E
L
 
L
I
 
I
Q
 
R
L
 
L
G
 
G
G
 
G
D
 
D
A
 
A
I
 
I
V
 
E
G
 
G
P
 
P
W
 
W
D
 
D
G
 
G
E
 
E
E
 
E
A
 
A
I
 
I
T
 
T
L
 
L
M
 
L
A
 
A
D
 
D
L
 
L
D
 
H
A
 
A
G
 
G
A
 
A
T
 
T
G
 
G
S
 
A
M
 
M
T
 
T
G
 
G
G
 
G
G
 
G
Y
 
F
A
 
P
D
 
D
G
 
G
I
 
I
R
 
R
L
 
P
I
 
I
V
 
L
D
 
E
A
 
A
Y
 
W
A
 
R
A
 
E
G
 
G
D
 
R
T
 
H
E
 
D
A
 
D
A
 
A
A
 
Y
A
 
A
H
 
R
Y
 
Y
Q
 
Q
Q
 
A
W
 
W
L
 
L
P
 
P
L
 
L
I
 
I
N
 
N
Y
 
H
E
 
E
N
 
N
R
 
R
Q
 
Q
G
 
S
G
 
G
L
 
I
A
 
L
S
 
T
C
 
A
K
 
K
A
 
A
L
 
L
M
 
M
K
 
R
E
 
E
G
 
G
G
 
G
V
 
V
I
 
I
R
 
A
S
 
S
D
 
E
A
 
R
V
 
P
R
 
R
H
 
H
P
 
P
L
 
M
P
 
P
A
 
E
M
 
L
H
 
H
P
 
P
A
 
D
T
 
T
R
 
R
E
 
A
G
 
E
L
 
L
L
 
L
K
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
R
 
R
L
 
L
D
 
D
P
 
P
L
 
L
V
 
V
L
 
L
R
 
R
W
 
W
A
 
A
H
 
H

Sites not aligning to the query:

3na8A Crystal structure of a putative dihydrodipicolinate synthetase from pseudomonas aeruginosa
29% identity, 90% coverage: 8:286/310 of query aligns to 1:275/291 of 3na8A

query
sites
3na8A
A
 
A
A
 
S
M
 
I
R
 
H
G
 
G
V
 
I
F
 
I
P
 
G
V
 
Y
A
 
T
P
 
I
T
 
T
I
 
P
F
 
F
D
 
A
D
 
A
A
 
D
G
 
G
Q
 
G
L
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
P
G
 
A
Q
 
L
K
 
G
R
 
R
C
 
S
I
 
I
D
 
E
F
 
R
M
 
L
I
 
I
D
 
D
A
 
G
G
 
G
S
 
V
N
 
H
G
 
A
L
 
I
C
 
A
I
 
P
L
 
L
A
 
G
N
x
S
F
 
T
S
 
G
E
 
E
Q
 
G
F
 
A
A
 
Y
L
 
L
S
 
S
D
 
D
E
 
P
E
 
E
R
 
W
E
 
D
T
 
E
L
 
V
M
 
V
H
 
D
V
 
F
V
 
T
L
 
L
E
 
K
H
 
T
V
 
V
A
 
A
G
 
H
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
T
I
 
I
V
 
V
T
 
S
T
 
V
T
 
S
H
 
D
F
 
L
S
 
T
S
 
T
H
 
A
Q
 
K
C
 
T
A
 
V
E
 
R
R
 
R
S
 
A
R
 
Q
R
 
F
A
 
A
Q
 
E
A
 
S
A
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
E
M
 
A
V
 
V
M
 
M
I
 
V
M
 
L
P
 
P
P
 
I
Y
 
S
H
x
Y
G
 
-
A
 
-
T
 
-
I
 
W
R
 
K
I
 
L
G
 
N
E
 
E
R
 
A
G
 
E
I
 
V
E
 
F
E
 
Q
F
 
H
Y
 
Y
R
 
R
T
 
A
V
 
V
S
 
G
D
 
E
A
 
A
I
 
I
D
 
G
I
 
V
P
 
P
I
 
V
M
 
M
I
 
L
Q
x
Y
D
 
N
A
 
N
P
 
P
-
 
G
V
x
T
S
 
S
G
 
G
T
 
I
P
 
D
L
 
M
S
 
S
A
 
V
P
 
E
F
 
L
L
 
I
A
 
L
R
 
R
M
 
I
A
x
V
N
 
R
E
 
E
I
x
V
E
x
D
H
 
N
V
|
V
S
 
T
Y
 
M
F
 
V
K
|
K
I
 
E
E
 
S
V
 
T
P
 
G
-
 
D
-
 
I
Q
 
Q
A
 
R
A
 
M
N
 
H
K
 
K
L
 
L
R
 
R
E
 
L
L
 
L
I
 
-
Q
 
-
L
 
-
G
 
-
G
 
G
D
 
E
A
 
G
I
 
R
V
 
V
G
 
P
P
 
F
W
 
Y
D
 
N
G
 
G
E
 
C
E
 
N
A
 
P
I
 
L
T
 
A
L
 
L
M
 
E
A
 
A
D
 
F
L
 
V
D
 
-
A
 
A
G
 
G
A
 
A
T
 
K
G
 
G
-
 
W
-
x
C
-
 
S
-
 
A
-
 
A
-
 
P
-
 
N
-
 
L
-
 
I
-
 
P
S
 
T
M
 
L
T
 
N
G
 
G
G
 
Q
G
 
L
Y
 
Y
A
 
-
D
 
-
G
 
-
I
 
-
R
 
-
L
 
-
I
 
-
V
 
-
D
 
Q
A
 
A
Y
 
V
A
 
L
A
 
D
G
 
G
D
 
D
T
 
L
E
 
E
A
 
K
A
 
A
A
 
R
A
 
A
H
 
L
Y
 
F
Q
 
Y
Q
 
R
W
 
Q
L
 
L
P
 
P
L
 
L
I
 
L
N
 
D
Y
 
F
E
 
I
N
 
L
R
 
R
Q
 
R
G
 
G
G
 
L
L
 
P
A
 
T
S
 
T
C
 
I
K
 
K
A
 
A
L
 
G
M
 
L
K
 
G
E
 
L
G
 
S
G
 
G
V
 
-
I
 
L
R
 
E
S
 
V
D
 
G
A
 
A
V
 
P
R
 
R
H
 
L
P
 
P
L
 
V
P
 
Q
A
 
A
M
 
L

4ptnA Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein in complex with magnesium cation coordinated l-glyceraldehyde (see paper)
28% identity, 78% coverage: 8:249/310 of query aligns to 1:242/298 of 4ptnA

query
sites
4ptnA
A
 
A
A
 
L
M
 
F
R
 
T
G
 
G
V
 
I
F
 
I
P
 
P
V
x
P
A
 
V
P
 
S
T
 
T
I
 
I
F
 
F
D
 
T
D
 
A
A
 
D
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
D
 
D
L
 
K
E
 
P
G
 
G
Q
 
T
K
 
A
R
 
A
C
 
L
I
 
I
D
 
D
F
 
D
M
 
L
I
 
I
D
 
K
A
 
A
G
 
G
S
 
V
N
 
D
G
 
G
L
 
L
C
 
F
I
 
F
L
 
L
A
 
G
N
x
S
F
x
G
S
 
G
E
 
E
Q
 
F
F
 
S
A
 
Q
L
 
L
S
 
G
D
 
A
E
 
E
E
 
E
R
 
R
E
 
K
T
 
A
L
 
I
M
 
A
H
 
R
V
 
F
V
 
A
L
 
I
E
 
D
H
 
H
V
 
V
A
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
L
V
 
I
T
 
G
T
 
T
T
 
G
H
 
G
F
 
T
S
 
N
S
 
A
H
 
R
Q
 
E
C
 
T
A
 
I
E
 
E
R
 
L
S
 
S
R
 
Q
R
 
H
A
 
A
Q
 
Q
A
 
Q
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
M
 
G
V
 
I
M
 
V
I
 
V
M
 
I
P
 
N
P
 
P
Y
 
Y
H
x
Y
G
 
W
A
 
-
T
 
-
I
 
-
R
 
K
I
 
V
G
 
S
E
 
E
R
 
A
G
 
N
I
 
L
E
 
I
E
 
R
F
 
Y
Y
 
F
R
 
E
T
 
Q
V
 
V
S
 
A
D
 
D
A
 
S
I
 
V
D
 
T
I
 
L
P
 
P
I
 
V
M
 
M
I
 
L
Q
x
Y
D
 
N
A
 
F
P
 
P
-
 
A
V
x
L
S
 
T
G
 
G
T
 
Q
P
 
D
L
 
L
S
 
T
A
 
P
P
 
A
F
 
L
L
 
V
A
 
K
R
 
T
M
 
L
A
 
A
N
 
D
E
 
S
I
 
R
E
 
S
H
 
N
V
 
I
S
 
I
Y
 
G
F
 
I
K
|
K
I
 
D
E
 
T
V
 
I
P
 
D
Q
 
S
A
 
V
A
 
A
N
 
H
K
 
-
L
 
L
R
 
R
E
 
S
L
 
M
I
 
I
Q
 
H
L
 
T
G
 
V
G
 
K
D
 
G
A
 
A
-
 
H
-
 
P
-
 
H
-
 
F
-
 
T
I
 
V
V
 
L
G
 
C
P
x
G
W
x
Y
D
 
D
G
 
D
E
 
H
E
 
L
A
 
F
I
 
N
T
 
T
L
 
L
M
 
L
A
 
L
D
 
G
L
 
G
D
 
D
A
 
G
G
 
A
A
x
I
T
 
S
G
x
A
S
 
S
M
 
-
T
 
-
G
 
-
G
 
G
G
 
N
Y
 
F
A
 
A
D
 
P
G
 
Q
I
 
V
R
 
S
L
 
V
-
 
N
I
 
L
V
 
L
D
 
K
A
 
A
Y
 
W
A
 
R
A
 
D
G
 
G
D
 
D
T
 
V
E
 
A
A
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
G
H
 
Y
Y
 
H
Q
 
Q
Q
 
T
W
 
L
L
 
L

4onvA Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein in complex with 2- keto-3-deoxy gluconate
28% identity, 78% coverage: 8:249/310 of query aligns to 1:242/298 of 4onvA

query
sites
4onvA
A
 
A
A
 
L
M
 
F
R
 
T
G
 
G
V
 
I
F
 
I
P
 
P
V
x
P
A
 
V
P
 
S
T
 
T
I
 
I
F
 
F
D
 
T
D
 
A
A
 
D
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
D
 
D
L
 
K
E
 
P
G
 
G
Q
 
T
K
 
A
R
 
A
C
 
L
I
 
I
D
 
D
F
 
D
M
 
L
I
 
I
D
 
K
A
 
A
G
 
G
S
 
V
N
 
D
G
 
G
L
 
L
C
x
F
I
 
F
L
 
L
A
x
G
N
x
S
F
 
G
S
 
G
E
 
E
Q
 
F
F
 
S
A
 
Q
L
 
L
S
 
G
D
 
A
E
 
E
E
 
E
R
 
R
E
 
K
T
 
A
L
 
I
M
 
A
H
 
R
V
 
F
V
 
A
L
 
I
E
 
D
H
 
H
V
 
V
A
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
L
V
 
I
T
 
G
T
 
T
T
 
G
H
 
G
F
 
T
S
 
N
S
 
A
H
 
R
Q
 
E
C
 
T
A
 
I
E
 
E
R
 
L
S
 
S
R
 
Q
R
 
H
A
 
A
Q
 
Q
A
 
Q
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
M
 
G
V
 
I
M
 
V
I
 
V
M
 
I
P
 
N
P
 
P
Y
 
Y
H
x
Y
G
 
W
A
 
-
T
 
-
I
 
-
R
 
K
I
 
V
G
 
S
E
 
E
R
 
A
G
 
N
I
 
L
E
 
I
E
 
R
F
 
Y
Y
 
F
R
 
E
T
 
Q
V
 
V
S
 
A
D
 
D
A
 
S
I
 
V
D
 
T
I
 
L
P
 
P
I
 
V
M
 
M
I
 
L
Q
x
Y
D
 
N
A
 
F
P
 
P
-
 
A
V
x
L
S
 
T
G
 
G
T
 
Q
P
 
D
L
 
L
S
 
T
A
 
P
P
 
A
F
 
L
L
 
V
A
 
K
R
 
T
M
 
L
A
 
A
N
 
D
E
 
S
I
 
R
E
 
S
H
 
N
V
 
I
S
 
I
Y
 
G
F
 
I
K
|
K
I
 
D
E
 
T
V
 
I
P
 
D
Q
 
S
A
 
V
A
 
A
N
 
H
K
 
-
L
 
L
R
 
R
E
 
S
L
 
M
I
 
I
Q
 
H
L
 
T
G
 
V
G
 
K
D
 
G
A
 
A
-
 
H
-
 
P
-
 
H
-
 
F
-
 
T
I
 
V
V
 
L
G
 
C
P
x
G
W
x
Y
D
 
D
G
 
D
E
 
H
E
 
L
A
 
F
I
 
N
T
 
T
L
 
L
M
 
L
A
 
L
D
 
G
L
 
G
D
 
D
A
 
G
G
 
A
A
x
I
T
x
S
G
 
A
S
 
S
M
 
-
T
 
-
G
 
-
G
 
G
G
 
N
Y
 
F
A
 
A
D
 
P
G
 
Q
I
 
V
R
 
S
L
 
V
-
 
N
I
 
L
V
 
L
D
 
K
A
 
A
Y
 
W
A
 
R
A
 
D
G
 
G
D
 
D
T
 
V
E
 
A
A
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
G
H
 
Y
Y
 
H
Q
 
Q
Q
 
T
W
 
L
L
 
L

4oe7D Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein, in complex with aldol condensed product of pyruvate and glyoxal
28% identity, 78% coverage: 8:249/310 of query aligns to 1:242/298 of 4oe7D

query
sites
4oe7D
A
 
A
A
 
L
M
 
F
R
 
T
G
 
G
V
 
I
F
 
I
P
 
P
V
x
P
A
 
V
P
 
S
T
 
T
I
 
I
F
 
F
D
 
T
D
 
A
A
 
D
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
D
 
D
L
 
K
E
 
P
G
 
G
Q
 
T
K
 
A
R
 
A
C
 
L
I
 
I
D
 
D
F
 
D
M
 
L
I
 
I
D
 
K
A
 
A
G
 
G
S
 
V
N
 
D
G
 
G
L
 
L
C
 
F
I
 
F
L
 
L
A
x
G
N
x
S
F
x
G
S
 
G
E
 
E
Q
 
F
F
 
S
A
 
Q
L
 
L
S
 
G
D
 
A
E
 
E
E
 
E
R
 
R
E
 
K
T
 
A
L
 
I
M
 
A
H
 
R
V
 
F
V
 
A
L
 
I
E
 
D
H
 
H
V
 
V
A
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
L
V
 
I
T
 
G
T
 
T
T
 
G
H
 
G
F
 
T
S
 
N
S
 
A
H
 
R
Q
 
E
C
 
T
A
 
I
E
 
E
R
 
L
S
 
S
R
 
Q
R
 
H
A
 
A
Q
 
Q
A
 
Q
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
M
 
G
V
 
I
M
 
V
I
 
V
M
 
I
P
 
N
P
 
P
Y
 
Y
H
x
Y
G
 
W
A
 
-
T
 
-
I
 
-
R
 
K
I
 
V
G
 
S
E
 
E
R
 
A
G
 
N
I
 
L
E
 
I
E
 
R
F
 
Y
Y
 
F
R
 
E
T
 
Q
V
 
V
S
 
A
D
 
D
A
 
S
I
 
V
D
 
T
I
 
L
P
 
P
I
 
V
M
 
M
I
 
L
Q
x
Y
D
 
N
A
x
F
P
 
P
-
 
A
V
x
L
S
 
T
G
 
G
T
 
Q
P
 
D
L
 
L
S
 
T
A
 
P
P
 
A
F
 
L
L
 
V
A
 
K
R
 
T
M
 
L
A
 
A
N
 
D
E
 
S
I
 
R
E
 
S
H
 
N
V
 
I
S
 
I
Y
 
G
F
 
I
K
|
K
I
 
D
E
x
T
V
 
I
P
 
D
Q
 
S
A
 
V
A
 
A
N
 
H
K
 
-
L
 
L
R
 
R
E
 
S
L
 
M
I
 
I
Q
 
H
L
 
T
G
 
V
G
 
K
D
 
G
A
 
A
-
 
H
-
 
P
-
 
H
-
 
F
-
 
T
I
 
V
V
 
L
G
 
C
P
x
G
W
 
Y
D
 
D
G
 
D
E
 
H
E
 
L
A
 
F
I
 
N
T
 
T
L
 
L
M
 
L
A
 
L
D
 
G
L
 
G
D
 
D
A
 
G
G
 
A
A
x
I
T
 
S
G
 
A
S
 
S
M
 
-
T
 
-
G
 
-
G
 
G
G
 
N
Y
 
F
A
 
A
D
 
P
G
 
Q
I
 
V
R
 
S
L
 
V
-
 
N
I
 
L
V
 
L
D
 
K
A
 
A
Y
 
W
A
 
R
A
 
D
G
 
G
D
 
D
T
 
V
E
 
A
A
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
G
H
 
Y
Y
 
H
Q
 
Q
Q
 
T
W
 
L
L
 
L

4oe7B Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein, in complex with aldol condensed product of pyruvate and glyoxal
28% identity, 78% coverage: 8:249/310 of query aligns to 1:242/298 of 4oe7B

query
sites
4oe7B
A
 
A
A
 
L
M
 
F
R
 
T
G
 
G
V
 
I
F
 
I
P
 
P
V
x
P
A
 
V
P
 
S
T
 
T
I
 
I
F
 
F
D
 
T
D
 
A
A
 
D
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
D
 
D
L
 
K
E
 
P
G
 
G
Q
 
T
K
 
A
R
 
A
C
 
L
I
 
I
D
 
D
F
 
D
M
 
L
I
 
I
D
 
K
A
 
A
G
 
G
S
 
V
N
 
D
G
 
G
L
 
L
C
 
F
I
 
F
L
 
L
A
x
G
N
x
S
F
x
G
S
 
G
E
 
E
Q
 
F
F
 
S
A
 
Q
L
 
L
S
 
G
D
 
A
E
 
E
E
 
E
R
 
R
E
 
K
T
 
A
L
 
I
M
 
A
H
 
R
V
 
F
V
 
A
L
 
I
E
 
D
H
 
H
V
 
V
A
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
L
V
 
I
T
 
G
T
 
T
T
 
G
H
 
G
F
 
T
S
 
N
S
 
A
H
 
R
Q
 
E
C
 
T
A
 
I
E
 
E
R
 
L
S
 
S
R
 
Q
R
 
H
A
 
A
Q
 
Q
A
 
Q
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
M
 
G
V
 
I
M
 
V
I
 
V
M
 
I
P
 
N
P
 
P
Y
 
Y
H
x
Y
G
 
W
A
 
-
T
 
-
I
 
-
R
 
K
I
 
V
G
 
S
E
 
E
R
 
A
G
 
N
I
 
L
E
 
I
E
 
R
F
 
Y
Y
 
F
R
 
E
T
 
Q
V
 
V
S
 
A
D
 
D
A
 
S
I
 
V
D
 
T
I
 
L
P
 
P
I
 
V
M
 
M
I
 
L
Q
x
Y
D
 
N
A
x
F
P
 
P
-
 
A
V
x
L
S
 
T
G
 
G
T
 
Q
P
 
D
L
 
L
S
 
T
A
 
P
P
 
A
F
 
L
L
 
V
A
 
K
R
 
T
M
 
L
A
 
A
N
 
D
E
 
S
I
 
R
E
 
S
H
 
N
V
 
I
S
 
I
Y
 
G
F
 
I
K
|
K
I
 
D
E
x
T
V
 
I
P
 
D
Q
 
S
A
 
V
A
 
A
N
 
H
K
 
-
L
 
L
R
 
R
E
 
S
L
 
M
I
 
I
Q
 
H
L
 
T
G
 
V
G
 
K
D
 
G
A
 
A
-
 
H
-
 
P
-
 
H
-
 
F
-
 
T
I
 
V
V
 
L
G
 
C
P
x
G
W
 
Y
D
 
D
G
 
D
E
 
H
E
 
L
A
 
F
I
 
N
T
 
T
L
 
L
M
 
L
A
 
L
D
 
G
L
 
G
D
 
D
A
 
G
G
 
A
A
x
I
T
 
S
G
 
A
S
 
S
M
 
-
T
 
-
G
 
-
G
 
G
G
 
N
Y
 
F
A
 
A
D
 
P
G
 
Q
I
 
V
R
 
S
L
 
V
-
 
N
I
 
L
V
 
L
D
 
K
A
 
A
Y
 
W
A
 
R
A
 
D
G
 
G
D
 
D
T
 
V
E
 
A
A
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
G
H
 
Y
Y
 
H
Q
 
Q
Q
 
T
W
 
L
L
 
L

4oe7A Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein, in complex with aldol condensed product of pyruvate and glyoxal
28% identity, 78% coverage: 8:249/310 of query aligns to 1:242/298 of 4oe7A

query
sites
4oe7A
A
 
A
A
 
L
M
 
F
R
 
T
G
 
G
V
 
I
F
 
I
P
 
P
V
x
P
A
 
V
P
 
S
T
 
T
I
 
I
F
 
F
D
 
T
D
 
A
A
 
D
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
D
 
D
L
 
K
E
 
P
G
 
G
Q
 
T
K
 
A
R
 
A
C
 
L
I
 
I
D
 
D
F
 
D
M
 
L
I
 
I
D
 
K
A
 
A
G
 
G
S
 
V
N
 
D
G
 
G
L
 
L
C
 
F
I
 
F
L
 
L
A
x
G
N
x
S
F
x
G
S
 
G
E
 
E
Q
 
F
F
 
S
A
 
Q
L
 
L
S
 
G
D
 
A
E
 
E
E
 
E
R
 
R
E
 
K
T
 
A
L
 
I
M
 
A
H
 
R
V
 
F
V
 
A
L
 
I
E
 
D
H
 
H
V
 
V
A
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
L
V
 
I
T
 
G
T
 
T
T
 
G
H
 
G
F
 
T
S
 
N
S
 
A
H
 
R
Q
 
E
C
 
T
A
 
I
E
 
E
R
 
L
S
 
S
R
 
Q
R
 
H
A
 
A
Q
 
Q
A
 
Q
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
M
 
G
V
 
I
M
 
V
I
 
V
M
 
I
P
 
N
P
 
P
Y
 
Y
H
x
Y
G
 
W
A
 
-
T
 
-
I
 
-
R
 
K
I
 
V
G
 
S
E
 
E
R
 
A
G
 
N
I
 
L
E
 
I
E
 
R
F
 
Y
Y
 
F
R
 
E
T
 
Q
V
 
V
S
 
A
D
 
D
A
 
S
I
 
V
D
 
T
I
 
L
P
 
P
I
 
V
M
 
M
I
 
L
Q
x
Y
D
 
N
A
 
F
P
 
P
-
 
A
V
x
L
S
 
T
G
 
G
T
 
Q
P
 
D
L
 
L
S
 
T
A
 
P
P
 
A
F
 
L
L
 
V
A
 
K
R
 
T
M
 
L
A
 
A
N
 
D
E
 
S
I
 
R
E
 
S
H
 
N
V
 
I
S
 
I
Y
 
G
F
 
I
K
|
K
I
 
D
E
 
T
V
 
I
P
 
D
Q
 
S
A
 
V
A
 
A
N
 
H
K
 
-
L
 
L
R
 
R
E
 
S
L
 
M
I
 
I
Q
 
H
L
 
T
G
 
V
G
 
K
D
 
G
A
 
A
-
 
H
-
 
P
-
 
H
-
 
F
-
 
T
I
 
V
V
 
L
G
 
C
P
 
G
W
 
Y
D
 
D
G
 
D
E
 
H
E
 
L
A
 
F
I
 
N
T
 
T
L
 
L
M
 
L
A
 
L
D
 
G
L
 
G
D
 
D
A
 
G
G
 
A
A
x
I
T
 
S
G
 
A
S
 
S
M
 
-
T
 
-
G
 
-
G
 
G
G
 
N
Y
 
F
A
 
A
D
 
P
G
 
Q
I
 
V
R
 
S
L
 
V
-
 
N
I
 
L
V
 
L
D
 
K
A
 
A
Y
 
W
A
 
R
A
 
D
G
 
G
D
 
D
T
 
V
E
 
A
A
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
G
H
 
Y
Y
 
H
Q
 
Q
Q
 
T
W
 
L
L
 
L

3nevA Crystal structure of yage, a prophage protein from e. Coli k12 in complex with kdgal (see paper)
28% identity, 78% coverage: 8:249/310 of query aligns to 1:242/298 of 3nevA

query
sites
3nevA
A
 
A
A
 
L
M
 
F
R
 
T
G
 
G
V
 
I
F
 
I
P
 
P
V
x
P
A
 
V
P
 
S
T
 
T
I
 
I
F
 
F
D
 
T
D
 
A
A
 
D
G
 
G
Q
 
Q
L
 
L
D
 
D
L
 
K
E
 
P
G
 
G
Q
 
T
K
 
A
R
 
A
C
 
L
I
 
I
D
 
D
F
 
D
M
 
L
I
 
I
D
 
K
A
 
A
G
 
G
S
 
V
N
 
D
G
 
G
L
 
L
C
 
F
I
 
F
L
 
L
A
x
G
N
x
S
F
x
G
S
 
G
E
 
E
Q
 
F
F
 
S
A
 
Q
L
 
L
S
 
G
D
 
A
E
 
E
E
 
E
R
 
R
E
 
K
T
 
A
L
 
I
M
 
A
H
 
R
V
 
F
V
 
A
L
 
I
E
 
D
H
 
H
V
 
V
A
 
D
G
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
L
V
 
I
T
 
G
T
 
T
T
 
G
H
 
G
F
 
T
S
 
N
S
 
A
H
 
R
Q
 
E
C
 
T
A
 
I
E
 
E
R
 
L
S
 
S
R
 
Q
R
 
H
A
 
A
Q
 
Q
A
 
Q
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
M
 
G
V
 
I
M
 
V
I
 
V
M
 
I
P
 
N
P
 
P
Y
 
Y
H
x
Y
G
 
W
A
 
-
T
 
-
I
 
-
R
 
K
I
 
V
G
 
S
E
 
E
R
 
A
G
 
N
I
 
L
E
 
I
E
 
R
F
 
Y
Y
 
F
R
 
E
T
 
Q
V
 
V
S
 
A
D
 
D
A
 
S
I
 
V
D
 
T
I
 
L
P
 
P
I
 
V
M
 
M
I
 
L
Q
x
Y
D
 
N
A
x
F
P
 
P
-
 
A
V
x
L
S
 
T
G
 
G
T
 
Q
P
 
D
L
 
L
S
 
T
A
 
P
P
 
A
F
 
L
L
 
V
A
 
K
R
 
T
M
 
L
A
 
A
N
 
D
E
 
S
I
 
R
E
 
S
H
 
N
V
 
I
S
 
I
Y
 
G
F
 
I
K
|
K
I
 
D
E
x
T
V
 
I
P
 
D
Q
 
S
A
 
V
A
 
A
N
 
H
K
 
-
L
 
L
R
 
R
E
 
S
L
 
M
I
 
I
Q
 
H
L
 
T
G
 
V
G
 
K
D
 
G
A
 
A
-
 
H
-
 
P
-
 
H
-
 
F
-
 
T
I
 
V
V
 
L
G
 
C
P
x
G
W
 
Y
D
 
D
G
 
D
E
 
H
E
 
L
A
 
F
I
 
N
T
 
T
L
 
L
M
 
L
A
 
L
D
 
G
L
 
G
D
 
D
A
 
G
G
 
A
A
x
I
T
 
S
G
x
A
S
 
S
M
 
-
T
 
-
G
 
-
G
 
G
G
 
N
Y
 
F
A
 
A
D
 
P
G
 
Q
I
 
V
R
 
S
L
 
V
-
 
N
I
 
L
V
 
L
D
 
K
A
 
A
Y
 
W
A
 
R
A
 
D
G
 
G
D
 
D
T
 
V
E
 
A
A
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
G
H
 
Y
Y
 
H
Q
 
Q
Q
 
T
W
 
L
L
 
L

1o5kA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase (tm1521) from thermotoga maritima at 1.80 a resolution
25% identity, 94% coverage: 10:299/310 of query aligns to 3:290/295 of 1o5kA

query
sites
1o5kA
M
 
F
R
 
R
G
 
G
V
 
V
F
 
G
P
 
T
V
 
A
A
 
I
P
 
V
T
 
T
I
 
P
F
 
F
D
 
K
D
 
N
A
 
-
G
 
G
Q
 
E
L
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
G
 
S
Q
 
Y
K
 
E
R
 
R
C
 
L
I
 
V
D
 
R
F
 
Y
M
 
Q
I
 
L
D
 
E
A
 
N
G
 
G
S
 
V
N
 
N
G
 
A
L
 
L
C
 
I
I
 
V
L
 
L
A
 
G
N
x
T
F
 
T
S
 
G
E
 
E
Q
 
S
F
 
P
A
 
T
L
 
V
S
 
N
D
 
E
E
 
D
E
 
E
R
 
R
E
 
E
T
 
K
L
 
L
M
 
V
H
 
S
V
 
R
V
 
T
L
 
L
E
|
E
H
 
I
V
 
V
A
x
D
G
 
G
R
 
K
V
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
V
 
V
T
 
G
T
 
A
T
 
G
H
 
T
F
 
N
S
 
S
S
 
T
H
 
E
Q
 
K
C
 
T
A
 
L
E
 
K
R
 
L
S
 
V
R
 
K
R
 
Q
A
 
A
Q
 
E
A
 
K
A
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
N
M
 
G
V
 
V
M
 
L
I
 
V
M
 
V
P
 
T
P
 
P
Y
 
Y
H
x
Y
G
 
N
A
 
-
T
 
-
I
 
-
R
 
K
I
 
P
G
 
T
E
 
Q
R
 
E
G
 
G
I
 
L
E
 
Y
E
 
Q
F
 
H
Y
 
Y
R
 
K
T
 
Y
V
 
I
S
 
S
D
 
E
A
 
R
I
 
T
D
 
D
I
 
L
P
 
G
I
 
I
M
 
V
I
 
V
Q
x
Y
D
 
N
A
 
V
P
 
P
-
 
G
V
x
R
S
 
T
G
 
G
T
 
V
P
 
N
L
 
V
S
 
L
A
 
P
P
 
E
F
 
T
L
 
A
A
 
A
R
 
R
M
 
I
A
 
A
N
 
A
E
 
D
I
 
L
E
 
K
H
 
N
V
 
V
S
 
V
Y
 
G
F
 
I
K
|
K
I
 
E
E
 
A
V
 
N
P
 
P
-
 
D
-
 
I
-
 
D
Q
 
Q
A
 
I
A
 
D
N
 
R
K
 
T
L
 
V
R
 
S
E
 
L
L
 
T
I
 
K
Q
 
Q
L
 
A
G
 
R
G
 
S
D
 
D
A
 
F
I
 
M
V
 
V
G
 
-
P
 
-
W
 
W
D
 
S
G
 
G
E
 
N
E
 
D
A
 
D
I
 
R
T
 
T
L
 
F
M
 
Y
A
 
L
D
 
-
L
 
L
D
 
C
A
 
A
G
 
G
A
 
G
T
 
D
G
 
G
-
 
V
-
x
I
S
 
S
M
 
V
T
 
V
G
 
S
G
 
N
G
 
V
Y
 
A
A
 
P
D
 
K
G
 
Q
I
 
M
R
 
V
L
 
E
I
 
L
V
 
C
D
 
A
A
 
E
Y
 
Y
A
 
F
A
 
S
G
 
G
D
 
N
T
 
L
E
 
E
A
 
K
A
 
S
A
 
R
A
 
E
H
 
V
Y
 
H
Q
 
R
Q
 
K
W
 
L
L
 
R
P
 
P
L
 
L
I
 
M
N
 
K
Y
 
A
E
 
L
N
 
F
R
 
V
Q
 
E
G
 
T
G
 
N
L
 
P
A
 
I
S
 
P
C
 
V
K
 
K
A
 
A
L
 
A
M
 
L
K
 
N
E
 
L
G
 
M
G
 
G
V
 
F
I
 
I
R
 
E
S
 
N
D
 
E
A
 
-
V
 
L
R
 
R
H
 
L
P
 
P
L
 
L
P
 
V
A
 
P
M
 
A
H
 
S
P
 
E
A
 
K
T
 
T
R
 
V
E
 
E
G
 
L
L
 
L
L
 
R
K
 
N
I
 
V
A
 
L
R
 
K

Q9X1K9 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; EC 4.3.3.7 from Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8) (see paper)
25% identity, 94% coverage: 10:299/310 of query aligns to 2:289/294 of Q9X1K9

query
sites
Q9X1K9
M
 
F
R
 
R
G
 
G
V
 
V
F
 
G
P
 
T
V
 
A
A
 
I
P
 
V
T
 
T
I
 
P
F
 
F
D
 
K
D
 
N
A
 
-
G
 
G
Q
 
E
L
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
E
G
 
S
Q
 
Y
K
 
E
R
 
R
C
 
L
I
 
V
D
 
R
F
 
Y
M
 
Q
I
 
L
D
 
E
A
 
N
G
 
G
S
 
V
N
 
N
G
 
A
L
 
L
C
 
I
I
 
V
L
 
L
A
 
G
N
 
T
F
 
T
S
 
G
E
 
E
Q
 
S
F
 
P
A
 
T
L
 
V
S
 
N
D
 
E
E
 
D
E
 
E
R
 
R
E
 
E
T
 
K
L
 
L
M
 
V
H
 
S
V
 
R
V
 
T
L
 
L
E
 
E
H
 
I
V
 
V
A
 
D
G
 
G
R
 
K
V
 
I
P
 
P
V
 
V
I
 
I
V
 
V
T
 
G
T
 
A
T
 
G
H
 
T
F
 
N
S
 
S
S
 
T
H
 
E
Q
 
K
C
 
T
A
 
L
E
 
K
R
 
L
S
 
V
R
 
K
R
 
Q
A
 
A
Q
 
E
A
 
K
A
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
N
M
 
G
V
 
V
M
 
L
I
 
V
M
 
V
P
 
T
P
 
P
Y
 
Y
H
 
Y
G
 
N
A
 
-
T
 
-
I
 
-
R
 
K
I
 
P
G
 
T
E
 
Q
R
 
E
G
 
G
I
 
L
E
 
Y
E
 
Q
F
 
H
Y
 
Y
R
 
K
T
 
Y
V
 
I
S
 
S
D
 
E
A
 
R
I
 
T
D
 
D
I
 
L
P
 
G
I
 
I
M
 
V
I
 
V
Q
 
Y
D
 
N
A
 
V
P
 
P
-
 
G
V
 
R
S
 
T
G
 
G
T
 
V
P
 
N
L
 
V
S
 
L
A
 
P
P
 
E
F
 
T
L
 
A
A
 
A
R
 
R
M
 
I
A
 
A
N
 
A
E
 
D
I
 
L
E
 
K
H
 
N
V
 
V
S
 
V
Y
 
G
F
 
I
K
 
K
I
 
E
E
 
A
V
 
N
P
 
P
-
x
D
-
x
I
-
x
D
Q
 
Q
A
 
I
A
 
D
N
 
R
K
 
T
L
 
V
R
 
S
E
 
L
L
 
T
I
 
K
Q
 
Q
L
 
A
G
 
R
G
 
S
D
 
D
A
 
F
I
 
M
V
 
V
G
 
-
P
 
-
W
 
W
D
 
S
G
 
G
E
 
N
E
 
D
A
 
D
I
 
R
T
 
T
L
 
F
M
 
Y
A
 
L
D
 
-
L
 
L
D
 
C
A
 
A
G
 
G
A
 
G
T
 
D
G
 
G
-
 
V
-
 
I
S
 
S
M
 
V
T
 
V
G
 
S
G
 
N
G
 
V
Y
 
A
A
 
P
D
 
K
G
 
Q
I
 
M
R
 
V
L
 
E
I
 
L
V
 
C
D
 
A
A
 
E
Y
 
Y
A
 
F
A
 
S
G
 
G
D
 
N
T
 
L
E
 
E
A
 
K
A
 
S
A
 
R
A
 
E
H
 
V
Y
 
H
Q
 
R
Q
 
K
W
 
L
L
 
R
P
 
P
L
 
L
I
 
M
N
 
K
Y
 
A
E
 
L
N
 
F
R
 
V
Q
 
E
G
 
T
G
 
N
L
 
P
A
 
I
S
 
P
C
 
V
K
 
K
A
 
A
L
 
A
M
 
L
K
 
N
E
 
L
G
 
M
G
 
G
V
 
F
I
 
I
R
 
E
S
 
N
D
 
E
A
 
-
V
 
L
R
 
R
H
 
L
P
 
P
L
 
L
P
 
V
A
 
P
M
 
A
H
 
S
P
 
E
A
 
K
T
 
T
R
 
V
E
 
E
G
 
L
L
 
L
L
 
R
K
 
N
I
 
V
A
 
L
R
 
K

3l21B The crystal structure of a dimeric mutant of dihydrodipicolinate synthase (dapa, rv2753c) from mycobacterium tuberculosis - dhdps- a204r
26% identity, 82% coverage: 19:273/310 of query aligns to 16:264/295 of 3l21B

query
sites
3l21B
T
 
T
I
 
P
F
 
F
D
 
S
D
 
G
A
 
D
G
 
G
Q
 
S
L
 
L
D
 
D
L
 
T
E
 
A
G
 
T
Q
 
A
K
 
A
R
 
R
C
 
L
I
 
A
D
 
N
F
 
H
M
 
L
I
 
V
D
 
D
A
 
Q
G
 
G
S
 
C
N
 
D
G
 
G
L
 
L
C
 
V
I
 
V
L
 
S
A
 
G
N
x
T
F
 
T
S
 
G
E
 
E
Q
 
S
F
 
P
A
 
T
L
 
T
S
 
T
D
 
D
E
 
G
E
 
E
R
 
K
E
 
I
T
 
E
L
 
L
M
 
L
H
 
R
V
 
A
V
 
V
L
 
L
E
 
E
H
 
A
V
 
V
A
 
G
G
 
D
R
 
R
V
 
A
P
 
R
V
 
V
I
 
I
V
 
A
T
 
G
T
 
A
T
 
G
H
 
T
F
 
Y
S
 
D
S
 
T
H
 
A
Q
 
H
C
 
S
A
 
I
E
 
R
R
 
L
S
 
A
R
 
K
R
 
A
A
 
C
Q
 
A
A
 
A
A
 
E
G
 
G
A
 
A
A
 
H
M
 
G
V
 
L
M
 
L
I
 
V
M
 
V
P
 
T
P
 
P
Y
 
Y
H
x
Y
G
 
S
A
 
-
T
 
-
I
 
-
R
 
K
I
 
P
G
 
P
E
 
Q
R
 
R
G
 
G
I
 
L
E
 
Q
E
 
A
F
 
H
Y
 
F
R
 
T
T
 
A
V
 
V
S
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
T
D
 
E
I
 
L
P
 
P
I
 
M
M
 
L
I
 
L
Q
x
Y
D
 
D
A
 
I
P
 
P
-
 
G
V
x
R
S
 
S
G
 
A
T
 
V
P
 
P
L
 
I
S
 
E
A
 
P
P
 
D
F
 
T
L
 
I
A
 
R
R
 
A
M
 
L
A
 
A
N
 
S
E
 
H
I
 
P
E
 
N
H
 
I
V
 
V
S
 
G
Y
 
-
F
 
-
K
 
-
I
 
-
E
 
-
V
 
V
P
x
K
Q
 
D
A
 
A
A
 
K
N
 
A
K
 
D
L
 
L
R
 
H
E
 
S
L
 
G
I
 
A
Q
 
Q
L
 
I
G
 
M
G
 
A
D
 
D
A
 
T
I
 
G
V
 
L
G
 
A
P
 
Y
W
 
Y
D
 
S
G
 
G
E
 
D
E
 
D
A
 
A
I
 
L
T
 
N
L
 
L
M
 
P
A
 
W
D
 
-
L
 
L
D
 
R
A
 
M
G
 
G
A
 
A
T
|
T
G
 
G
-
 
F
-
x
I
S
 
S
M
 
V
T
 
I
G
 
A
G
 
H
G
 
L
Y
 
A
A
 
A
D
 
G
G
 
Q
I
 
L
R
 
R
L
 
E
I
 
L
V
x
L
D
 
S
A
 
A
Y
 
F
A
 
G
A
 
S
G
 
G
D
 
D
T
 
I
E
 
A
A
 
T
A
 
A
A
 
R
A
 
K
H
 
I
Y
 
N
Q
 
I
Q
 
A
W
 
V
L
 
A
P
 
P
L
 
L
I
 
C
N
 
N
Y
 
A
E
 
M
N
 
S
R
 
R
Q
 
L
G
 
G
G
 
G
L
 
V
A
 
T
S
 
L
C
 
S
K
 
K
A
 
A
L
 
G
M
 
L
K
 
R
E
 
L
G
 
Q
G
 
G
V
 
I

P9WP25 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; EC 4.3.3.7 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
26% identity, 82% coverage: 19:273/310 of query aligns to 21:269/300 of P9WP25

query
sites
P9WP25
T
 
T
I
 
P
F
 
F
D
 
S
D
 
G
A
 
D
G
 
G
Q
 
S
L
 
L
D
 
D
L
 
T
E
 
A
G
 
T
Q
 
A
K
 
A
R
 
R
C
 
L
I
 
A
D
 
N
F
 
H
M
 
L
I
 
V
D
 
D
A
 
Q
G
 
G
S
 
C
N
 
D
G
 
G
L
 
L
C
 
V
I
 
V
L
 
S
A
 
G
N
 
T
F
 
T
S
 
G
E
 
E
Q
 
S
F
 
P
A
 
T
L
 
T
S
 
T
D
 
D
E
 
G
E
 
E
R
 
K
E
 
I
T
 
E
L
 
L
M
 
L
H
 
R
V
 
A
V
 
V
L
 
L
E
 
E
H
 
A
V
 
V
A
 
G
G
 
D
R
 
R
V
 
A
P
 
R
V
 
V
I
 
I
V
 
A
T
 
G
T
 
A
T
 
G
H
 
T
F
 
Y
S
 
D
S
 
T
H
 
A
Q
 
H
C
 
S
A
 
I
E
 
R
R
 
L
S
 
A
R
 
K
R
 
A
A
 
C
Q
 
A
A
 
A
A
 
E
G
 
G
A
 
A
A
 
H
M
 
G
V
 
L
M
 
L
I
 
V
M
 
V
P
 
T
P
 
P
Y
 
Y
H
 
Y
G
 
S
A
 
-
T
 
-
I
 
-
R
 
K
I
 
P
G
 
P
E
 
Q
R
 
R
G
 
G
I
 
L
E
 
Q
E
 
A
F
 
H
Y
 
F
R
 
T
T
 
A
V
 
V
S
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
T
D
 
E
I
 
L
P
 
P
I
 
M
M
 
L
I
 
L
Q
 
Y
D
 
D
A
 
I
P
 
P
-
 
G
V
 
R
S
 
S
G
 
A
T
 
V
P
 
P
L
 
I
S
 
E
A
 
P
P
 
D
F
 
T
L
 
I
A
 
R
R
 
A
M
 
L
A
 
A
N
 
S
E
 
H
I
 
P
E
 
N
H
 
I
V
 
V
S
 
G
Y
 
-
F
 
-
K
 
-
I
 
-
E
 
-
V
 
V
P
x
K
Q
 
D
A
 
A
A
 
K
N
 
A
K
 
D
L
 
L
R
 
H
E
 
S
L
 
G
I
 
A
Q
 
Q
L
 
I
G
 
M
G
 
A
D
 
D
A
 
T
I
 
G
V
 
L
G
 
A
P
 
Y
W
 
Y
D
 
S
G
 
G
E
 
D
E
 
D
A
 
A
I
 
L
T
 
N
L
 
L
M
 
P
A
 
W
D
 
-
L
 
L
D
x
A
A
 
M
G
 
G
A
 
A
T
 
T
G
 
G
-
 
F
-
 
I
S
 
S
M
 
V
T
 
I
G
 
A
G
 
H
G
 
L
Y
 
A
A
 
A
D
 
G
G
 
Q
I
 
L
R
 
R
L
 
E
I
 
L
V
 
L
D
 
S
A
 
A
Y
 
F
A
 
G
A
 
S
G
 
G
D
 
D
T
 
I
E
 
A
A
 
T
A
 
A
A
 
R
A
 
K
H
 
I
Y
 
N
Q
 
I
Q
 
A
W
 
V
L
 
A
P
 
P
L
 
L
I
 
C
N
 
N
Y
 
A
E
 
M
N
 
S
R
 
R
Q
 
L
G
 
G
G
 
G
L
 
V
A
 
T
S
 
L
C
 
S
K
 
K
A
 
A
L
 
G
M
 
L
K
 
R
E
 
L
G
 
Q
G
 
G
V
 
I

1xxxA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase (dapa, rv2753c) from mycobacterium tuberculosis (see paper)
26% identity, 82% coverage: 19:273/310 of query aligns to 17:265/296 of 1xxxA

query
sites
1xxxA
T
 
T
I
 
P
F
 
F
D
 
S
D
 
G
A
 
D
G
 
G
Q
 
S
L
 
L
D
 
D
L
 
T
E
 
A
G
 
T
Q
 
A
K
 
A
R
 
R
C
 
L
I
 
A
D
 
N
F
 
H
M
 
L
I
 
V
D
 
D
A
 
Q
G
 
G
S
 
C
N
 
D
G
 
G
L
 
L
C
 
V
I
 
V
L
 
S
A
 
G
N
x
T
F
 
T
S
 
G
E
 
E
Q
 
S
F
 
P
A
 
T
L
 
T
S
 
T
D
 
D
E
 
G
E
 
E
R
 
K
E
 
I
T
 
E
L
 
L
M
 
L
H
 
R
V
 
A
V
 
V
L
 
L
E
 
E
H
 
A
V
 
V
A
 
G
G
 
D
R
 
R
V
 
A
P
 
R
V
 
V
I
 
I
V
 
A
T
 
G
T
 
A
T
 
G
H
 
T
F
 
Y
S
 
D
S
 
T
H
 
A
Q
 
H
C
 
S
A
 
I
E
 
R
R
 
L
S
 
A
R
 
K
R
 
A
A
 
C
Q
 
A
A
 
A
A
 
E
G
 
G
A
 
A
A
 
H
M
 
G
V
 
L
M
 
L
I
 
V
M
 
V
P
 
T
P
 
P
Y
 
Y
H
x
Y
G
 
S
A
 
-
T
 
-
I
 
-
R
 
K
I
 
P
G
 
P
E
 
Q
R
 
R
G
 
G
I
 
L
E
 
Q
E
 
A
F
 
H
Y
 
F
R
 
T
T
 
A
V
 
V
S
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
T
D
 
E
I
 
L
P
 
P
I
 
M
M
 
L
I
 
L
Q
x
Y
D
 
D
A
 
I
P
 
P
-
 
G
V
x
R
S
 
S
G
 
A
T
 
V
P
 
P
L
 
I
S
 
E
A
 
P
P
 
D
F
 
T
L
 
I
A
 
R
R
 
A
M
 
L
A
|
A
N
 
S
E
x
H
I
 
P
E
 
N
H
x
I
V
 
V
S
 
G
Y
 
-
F
 
-
K
 
-
I
 
-
E
 
-
V
 
V
P
x
K
Q
 
D
A
 
A
A
 
K
N
 
A
K
 
D
L
 
L
R
 
H
E
 
S
L
 
G
I
 
A
Q
 
Q
L
 
I
G
 
M
G
 
A
D
 
D
A
 
T
I
 
G
V
 
L
G
 
A
P
 
Y
W
 
Y
D
 
S
G
 
G
E
 
D
E
 
D
A
 
A
I
 
L
T
 
N
L
 
L
M
 
P
A
 
W
D
 
-
L
 
L
D
 
A
A
 
M
G
 
G
A
 
A
T
 
T
G
 
G
-
 
F
-
x
I
S
 
S
M
 
V
T
 
I
G
 
A
G
 
H
G
 
L
Y
 
A
A
 
A
D
 
G
G
 
Q
I
 
L
R
 
R
L
 
E
I
 
L
V
 
L
D
 
S
A
 
A
Y
 
F
A
 
G
A
 
S
G
 
G
D
 
D
T
 
I
E
 
A
A
 
T
A
 
A
A
 
R
A
 
K
H
 
I
Y
 
N
Q
 
I
Q
 
A
W
 
V
L
 
A
P
 
P
L
 
L
I
 
C
N
 
N
Y
 
A
E
 
M
N
 
S
R
 
R
Q
 
L
G
 
G
G
 
G
L
 
V
A
 
T
S
 
L
C
 
S
K
 
K
A
 
A
L
 
G
M
 
L
K
 
R
E
 
L
G
 
Q
G
 
G
V
 
I

5j5dA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from mycobacterium tuberculosis in complex with alpha-ketopimelic acid (see paper)
26% identity, 82% coverage: 19:273/310 of query aligns to 18:266/297 of 5j5dA

query
sites
5j5dA
T
 
T
I
 
P
F
 
F
D
 
S
D
 
G
A
 
D
G
 
G
Q
 
S
L
 
L
D
 
D
L
 
T
E
 
A
G
 
T
Q
 
A
K
 
A
R
 
R
C
 
L
I
 
A
D
 
N
F
 
H
M
 
L
I
 
V
D
 
D
A
 
Q
G
 
G
S
 
C
N
 
D
G
 
G
L
 
L
C
 
V
I
 
V
L
 
S
A
 
G
N
x
T
F
x
T
S
 
G
E
 
E
Q
 
S
F
 
P
A
 
T
L
 
T
S
 
T
D
 
D
E
 
G
E
 
E
R
 
K
E
 
I
T
 
E
L
 
L
M
 
L
H
 
R
V
 
A
V
 
V
L
 
L
E
 
E
H
 
A
V
 
V
A
 
G
G
 
D
R
 
R
V
 
A
P
 
R
V
 
V
I
 
I
V
 
A
T
 
G
T
 
A
T
 
G
H
 
T
F
 
Y
S
 
D
S
 
T
H
 
A
Q
 
H
C
 
S
A
 
I
E
 
R
R
 
L
S
 
A
R
 
K
R
 
A
A
 
C
Q
 
A
A
 
A
A
 
E
G
 
G
A
 
A
A
 
H
M
 
G
V
 
L
M
 
L
I
 
V
M
 
V
P
 
T
P
 
P
Y
 
Y
H
x
Y
G
 
S
A
 
-
T
 
-
I
 
-
R
 
K
I
 
P
G
 
P
E
 
Q
R
 
R
G
 
G
I
 
L
E
 
Q
E
 
A
F
 
H
Y
 
F
R
 
T
T
 
A
V
 
V
S
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
T
D
 
E
I
 
L
P
 
P
I
 
M
M
 
L
I
 
L
Q
x
Y
D
 
D
A
 
I
P
 
P
-
 
G
V
x
R
S
 
S
G
 
A
T
 
V
P
 
P
L
 
I
S
 
E
A
 
P
P
 
D
F
 
T
L
 
I
A
 
R
R
 
A
M
 
L
A
 
A
N
 
S
E
 
H
I
 
P
E
 
N
H
 
I
V
 
V
S
 
G
Y
 
-
F
 
-
K
 
-
I
 
-
E
 
-
V
 
V
P
x
K
Q
 
D
A
 
A
A
 
K
N
 
A
K
 
D
L
 
L
R
 
H
E
 
S
L
 
G
I
 
A
Q
 
Q
L
 
I
G
 
M
G
 
A
D
 
D
A
 
T
I
 
G
V
 
L
G
 
A
P
 
Y
W
 
Y
D
 
S
G
|
G
E
 
D
E
 
D
A
 
A
I
 
L
T
 
N
L
 
L
M
 
P
A
 
W
D
 
-
L
 
L
D
 
A
A
 
M
G
 
G
A
 
A
T
 
T
G
 
G
-
 
F
-
x
I
S
 
S
M
 
V
T
 
I
G
 
A
G
 
H
G
 
L
Y
 
A
A
 
A
D
 
G
G
 
Q
I
 
L
R
 
R
L
 
E
I
 
L
V
 
L
D
 
S
A
 
A
Y
 
F
A
 
G
A
 
S
G
 
G
D
 
D
T
 
I
E
 
A
A
 
T
A
 
A
A
 
R
A
 
K
H
 
I
Y
 
N
Q
 
I
Q
 
A
W
 
V
L
 
A
P
 
P
L
 
L
I
 
C
N
 
N
Y
 
A
E
 
M
N
 
S
R
 
R
Q
 
L
G
 
G
G
 
G
L
 
V
A
 
T
S
 
L
C
 
S
K
 
K
A
 
A
L
 
G
M
 
L
K
 
R
E
 
L
G
 
Q
G
 
G
V
 
I

Sites not aligning to the query:

4i7wA Agrobacterium tumefaciens dhdps with lysine and pyruvate
27% identity, 92% coverage: 10:294/310 of query aligns to 2:283/294 of 4i7wA

query
sites
4i7wA
M
 
F
R
 
K
G
 
G
V
 
S
F
 
I
P
 
P
V
 
A
A
 
L
P
 
I
T
 
T
I
 
P
F
 
F
D
 
T
D
 
D
A
 
N
G
 
G
Q
 
A
L
 
V
D
 
D
L
 
E
E
 
Q
G
 
A
Q
 
F
K
 
A
R
 
A
C
 
H
I
 
V
D
 
E
F
 
W
M
 
Q
I
 
I
D
 
A
A
 
E
G
 
G
S
 
S
N
 
N
G
 
G
L
 
L
C
 
V
I
 
P
L
 
V
A
 
G
N
x
T
F
 
T
S
 
G
E
 
E
Q
x
S
F
x
P
A
 
T
L
|
L
S
 
S
D
 
H
E
 
D
E
 
E
R
x
H
E
 
K
T
 
R
L
 
V
M
 
V
H
 
E
V
 
L
V
 
C
L
 
I
E
 
E
H
 
V
V
 
A
A
 
A
G
 
K
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
I
V
 
A
T
 
G
T
 
A
T
 
G
H
 
S
F
x
N
S
 
N
S
 
T
H
 
D
Q
x
E
C
 
A
A
 
I
E
 
E
R
 
L
S
 
A
R
 
L
R
 
H
A
 
A
Q
 
Q
A
 
D
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
M
 
A
V
 
L
M
 
L
I
 
V
M
 
V
P
 
T
P
 
P
Y
|
Y
H
x
Y
G
 
N
A
 
-
T
 
-
I
 
-
R
 
K
I
 
P
G
 
T
E
 
Q
R
 
K
G
 
G
I
 
L
E
 
F
E
 
A
F
 
H
Y
 
F
R
 
S
T
 
A
V
 
V
S
 
A
D
 
E
A
 
A
I
 
V
D
 
K
I
 
L
P
 
P
I
 
I
M
 
V
I
 
I
Q
x
Y
D
 
N
A
 
I
P
 
P
-
 
P
-
x
R
-
 
S
-
 
V
V
 
V
S
 
D
G
 
M
T
 
S
P
 
P
L
 
E
S
 
T
A
 
M
P
 
G
F
 
A
L
 
L
A
 
V
R
 
K
M
 
A
A
 
H
N
 
K
E
 
N
I
 
I
E
 
-
H
 
-
V
 
-
S
 
-
Y
 
-
F
 
-
K
 
-
I
 
V
E
 
G
V
 
V
P
x
K
Q
 
D
A
 
A
A
 
T
N
 
G
K
 
K
L
 
L
-
 
D
-
 
R
-
 
V
-
 
S
R
 
E
E
 
Q
L
 
R
I
 
I
Q
 
S
L
 
C
G
 
G
G
 
K
D
 
D
A
 
F
I
 
I
V
 
-
G
 
-
P
 
Q
W
 
L
D
 
S
G
 
G
E
 
E
E
 
D
A
 
S
I
 
T
T
 
A
L
 
L
M
 
G
A
 
F
D
 
N
L
 
A
D
 
H
A
 
G
G
 
G
A
 
V
T
 
G
G
 
C
S
x
I
M
 
S
T
 
V
G
 
S
G
 
A
G
 
N
Y
 
V
A
 
A
D
 
P
G
 
-
I
 
-
R
 
R
L
 
L
I
 
C
V
 
S
D
 
E
-
 
F
-
 
Q
-
 
A
A
 
A
Y
 
M
A
 
L
A
 
A
G
 
G
D
 
D
T
 
Y
E
 
A
A
 
K
A
 
A
A
 
L
A
 
E
H
 
Y
Y
 
Q
Q
 
D
Q
 
R
W
 
L
L
 
M
P
 
P
L
 
L
I
 
H
N
 
R
Y
 
A
E
 
I
N
 
F
R
 
M
Q
 
E
G
 
P
G
 
G
L
 
V
A
 
C
S
 
G
C
 
T
K
 
K
-
 
Y
A
 
A
L
 
L
M
 
S
K
 
K
E
 
T
G
 
R
G
 
G
V
 
C
I
 
N
R
 
R
S
 
K
D
 
-
A
 
-
V
 
V
R
 
R
H
 
S
P
 
P
L
 
L
-
 
M
P
 
S
A
 
T
M
 
L
H
 
E
P
 
P
A
 
A
T
 
T
R
 
E
E
 
A
G
 
A
L
 
I

3di1B Crystal structure of the staphylococcus aureus dihydrodipicolinate synthase-pyruvate complex (see paper)
24% identity, 40% coverage: 25:147/310 of query aligns to 19:138/291 of 3di1B

query
sites
3di1B
G
 
N
Q
 
K
L
 
V
D
 
N
L
 
I
E
 
E
G
 
A
Q
 
L
K
 
K
R
 
T
C
 
H
I
 
V
D
 
N
F
 
F
M
 
L
I
 
L
D
 
E
A
 
N
G
 
N
S
 
A
N
 
Q
G
 
A
L
 
I
C
 
I
I
 
V
L
 
N
A
x
G
N
x
T
F
x
T
S
 
A
E
 
E
Q
 
S
F
 
P
A
 
T
L
 
L
S
 
T
D
 
T
E
 
D
E
 
E
R
 
K
E
 
E
T
 
R
L
 
I
M
 
L
H
 
K
V
 
T
V
 
V
L
 
I
E
 
D
H
 
L
V
 
V
A
 
D
G
 
K
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
I
V
 
A
T
 
G
T
 
T
T
 
G
H
 
T
F
 
N
S
 
D
S
 
T
H
 
E
Q
 
K
C
 
S
A
 
I
E
 
Q
R
 
A
S
 
S
R
 
I
R
 
Q
A
 
A
Q
 
K
A
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
D
M
 
A
V
 
I
M
 
M
I
 
L
M
 
I
P
 
T
P
 
P
Y
 
Y
H
x
Y
G
 
N
A
 
K
T
 
T
I
 
-
R
 
-
I
 
-
G
 
N
E
 
Q
R
 
R
G
 
G
I
 
L
E
 
V
E
 
K
F
 
H
Y
 
F
R
 
E
T
 
A
V
 
I
S
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
V
D
 
K
I
 
L
P
 
P
I
 
V
M
 
V
I
 
L
Q
x
Y
D
 
N
A
 
V
P
 
P

Sites not aligning to the query:

Q5HG25 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; EC 4.3.3.7 from Staphylococcus aureus (strain COL) (see paper)
24% identity, 40% coverage: 25:147/310 of query aligns to 19:138/295 of Q5HG25

query
sites
Q5HG25
G
 
N
Q
 
K
L
 
V
D
 
N
L
 
I
E
 
E
G
 
A
Q
 
L
K
 
K
R
 
T
C
 
H
I
 
V
D
 
N
F
 
F
M
 
L
I
 
L
D
 
E
A
 
N
G
 
N
S
 
A
N
 
Q
G
 
A
L
 
I
C
 
I
I
 
V
L
 
N
A
 
G
N
 
T
F
x
T
S
 
A
E
 
E
Q
 
S
F
 
P
A
 
T
L
 
L
S
 
T
D
 
T
E
 
D
E
 
E
R
 
K
E
 
E
T
 
R
L
 
I
M
 
L
H
 
K
V
 
T
V
 
V
L
 
I
E
 
D
H
 
L
V
 
V
A
 
D
G
 
K
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
I
V
 
A
T
 
G
T
 
T
T
 
G
H
 
T
F
 
N
S
 
D
S
 
T
H
 
E
Q
 
K
C
 
S
A
 
I
E
 
Q
R
 
A
S
 
S
R
 
I
R
 
Q
A
 
A
Q
 
K
A
 
A
A
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
D
M
 
A
V
 
I
M
 
M
I
 
L
M
 
I
P
 
T
P
 
P
Y
 
Y
H
 
Y
G
 
N
A
 
K
T
 
T
I
 
-
R
 
-
I
 
-
G
 
N
E
 
Q
R
 
R
G
 
G
I
 
L
E
 
V
E
 
K
F
 
H
Y
 
F
R
 
E
T
 
A
V
 
I
S
 
A
D
 
D
A
 
A
I
 
V
D
 
K
I
 
L
P
 
P
I
 
V
M
 
V
I
 
L
Q
 
Y
D
 
N
A
 
V
P
 
P

Sites not aligning to the query:

Q8UGL3 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; EC 4.3.3.7 from Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (Agrobacterium tumefaciens (strain C58)) (see paper)
27% identity, 92% coverage: 10:294/310 of query aligns to 2:283/294 of Q8UGL3

query
sites
Q8UGL3
M
 
F
R
 
K
G
 
G
V
 
S
F
 
I
P
 
P
V
 
A
A
 
L
P
 
I
T
 
T
I
 
P
F
 
F
D
 
T
D
 
D
A
 
N
G
 
G
Q
 
S
L
 
V
D
 
D
L
 
E
E
 
K
G
 
A
Q
 
F
K
 
A
R
 
A
C
 
H
I
 
V
D
 
E
F
 
W
M
 
Q
I
 
I
D
 
A
A
 
E
G
 
G
S
 
S
N
 
N
G
 
G
L
 
L
C
 
V
I
 
P
L
 
V
A
 
G
N
 
T
F
x
T
S
 
G
E
 
E
Q
 
S
F
x
P
A
 
T
L
 
L
S
 
S
D
 
H
E
 
D
E
 
E
R
x
H
E
 
K
T
 
R
L
 
V
M
 
V
H
 
E
V
 
L
V
 
C
L
 
I
E
 
E
H
 
V
V
 
A
A
 
A
G
 
K
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
I
V
 
A
T
 
G
T
 
A
T
 
G
H
 
S
F
x
N
S
 
N
S
 
T
H
 
D
Q
x
E
C
 
A
A
 
I
E
 
E
R
 
L
S
 
A
R
 
L
R
 
H
A
 
A
Q
 
Q
A
 
E
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
M
 
A
V
 
L
M
 
L
I
 
V
M
 
V
P
 
T
P
 
P
Y
|
Y
H
 
Y
G
 
N
A
 
-
T
 
-
I
 
-
R
 
K
I
 
P
G
 
T
E
 
Q
R
 
K
G
 
G
I
 
L
E
 
F
E
 
A
F
 
H
Y
 
F
R
 
S
T
 
A
V
 
V
S
 
A
D
 
E
A
 
A
I
 
V
D
 
K
I
 
L
P
 
P
I
 
I
M
 
V
I
 
I
Q
 
Y
D
 
N
A
 
I
P
 
P
-
 
P
-
 
R
-
 
S
-
 
V
V
 
V
S
 
D
G
 
M
T
 
S
P
 
P
L
 
E
S
 
T
A
 
M
P
 
G
F
 
A
L
 
L
A
 
V
R
 
K
M
 
A
A
 
H
N
 
K
E
 
N
I
 
I
E
 
-
H
 
-
V
 
-
S
 
-
Y
 
-
F
 
-
K
 
-
I
 
I
E
 
G
V
 
V
P
x
K
Q
 
D
A
 
A
A
 
T
N
 
G
K
 
K
L
 
L
-
 
D
-
 
R
-
 
V
-
 
S
R
 
E
E
 
Q
L
 
R
I
 
I
Q
 
S
L
 
C
G
 
G
G
 
K
D
 
D
A
 
F
I
 
V
V
 
-
G
 
-
P
 
Q
W
 
L
D
 
S
G
 
G
E
 
E
E
 
D
A
 
G
I
 
T
T
 
A
L
 
L
M
 
G
A
 
F
D
 
N
L
 
A
D
 
H
A
 
G
G
 
G
A
 
V
T
 
G
G
 
C
S
 
I
M
 
S
T
 
V
G
 
T
G
 
A
G
 
N
Y
 
V
A
 
A
D
 
P
G
 
-
I
 
-
R
 
R
L
 
L
I
 
C
V
 
S
D
 
E
-
 
F
-
 
Q
-
 
A
A
 
A
Y
 
M
A
 
L
A
 
A
G
 
G
D
 
D
T
 
Y
E
 
A
A
 
K
A
 
A
A
 
L
A
 
E
H
 
Y
Y
 
Q
Q
 
D
Q
 
R
W
 
L
L
 
M
P
 
P
L
 
L
I
 
H
N
 
R
Y
 
A
E
 
I
N
 
F
R
 
M
Q
 
E
G
 
P
G
 
G
L
 
V
A
 
C
S
 
G
C
 
T
K
 
K
-
 
Y
A
 
A
L
 
L
M
 
S
K
 
K
E
 
T
G
 
R
G
 
G
V
 
G
I
 
N
R
 
R
S
 
R
D
 
-
A
 
-
V
 
V
R
 
R
H
 
S
P
 
P
L
 
L
-
 
M
P
 
S
A
 
T
M
 
L
H
 
E
P
 
P
A
 
A
T
 
T
R
 
E
E
 
A
G
 
A
L
 
I

3qfeA Crystal structures of a putative dihydrodipicolinate synthase family protein from coccidioides immitis
26% identity, 74% coverage: 12:241/310 of query aligns to 9:233/305 of 3qfeA

query
sites
3qfeA
G
 
G
V
 
I
F
 
W
P
 
C
V
 
P
A
 
A
P
 
V
T
 
T
I
 
F
F
 
F
D
 
D
D
 
S
-
 
K
A
 
T
G
 
D
Q
 
T
L
 
L
D
 
D
L
 
L
E
 
A
G
 
S
Q
 
Q
K
 
E
R
 
R
C
 
Y
I
 
Y
D
 
A
F
 
Y
M
 
L
I
 
A
D
 
R
A
 
S
G
 
G
S
 
L
N
 
T
G
 
G
L
 
L
C
 
V
I
 
I
L
 
L
A
 
G
N
 
T
F
 
N
S
 
A
E
 
E
Q
 
A
F
 
F
A
 
L
L
 
L
S
 
T
D
 
R
E
 
E
E
 
E
R
 
R
E
 
A
T
 
Q
L
 
L
M
 
I
H
 
A
V
 
T
V
 
A
L
 
R
E
 
K
H
 
A
V
 
V
A
 
G
G
 
P
R
 
D
V
 
F
P
 
P
V
 
I
I
 
M
V
 
A
T
 
G
T
 
V
T
 
G
H
 
A
F
 
H
S
 
S
S
 
T
H
 
R
Q
 
Q
C
 
V
A
 
L
E
 
E
R
 
H
S
 
I
R
 
N
R
 
D
A
 
A
Q
 
S
A
 
V
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
N
M
 
Y
V
 
V
M
 
L
I
 
V
M
 
L
P
 
P
P
 
P
Y
 
A
H
 
Y
G
 
A
A
 
T
T
 
T
I
 
P
R
 
P
I
 
V
G
 
-
E
 
-
R
 
-
G
 
-
I
 
I
E
 
K
E
 
S
F
 
F
Y
 
F
R
 
D
T
 
D
V
 
V
S
 
S
D
 
C
A
 
Q
I
 
S
D
 
P
I
 
L
P
 
P
I
 
V
M
 
V
I
 
I
Q
 
Y
D
 
N
A
 
F
P
 
P
V
 
-
S
 
-
G
 
G
T
 
I
P
 
D
L
 
L
S
 
D
A
 
S
P
 
D
F
 
M
L
 
I
A
 
T
R
 
T
M
 
I
A
 
A
N
 
R
E
 
K
I
 
N
E
 
P
H
 
N
V
 
V
S
 
V
Y
 
G
F
 
V
K
 
K
I
 
L
E
 
T
V
 
C
P
 
-
Q
 
A
A
 
S
A
 
V
N
 
G
K
 
K
L
 
I
R
 
T
E
 
R
L
 
L
I
 
A
Q
 
A
L
 
T
G
 
L
G
 
P
D
 
P
A
 
A
I
 
A
V
 
F
G
 
S
P
 
V
W
 
F
D
 
G
G
 
G
E
 
Q
E
 
S
A
 
D
I
 
F
T
 
-
L
 
L
M
 
I
A
 
G
D
 
G
L
 
L
D
 
S
A
 
V
G
 
G
A
 
S
T
 
A
G
 
G
S
 
C
M
 
I
T
 
A
G
 
A
G
 
F
G
 
A
-
 
N
-
 
V
Y
 
F
A
 
P
D
 
K
G
 
T
I
 
V
R
 
S
L
 
K
I
 
I
V
 
Y
D
 
E
A
 
L
Y
 
Y
A
 
K
A
 
A
G
 
G
D
 
K
T
 
V
E
 
D
A
 
Q
A
 
A

Sites not aligning to the query:

Q07607 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; Protein MosA; EC 4.3.3.7 from Rhizobium meliloti (Ensifer meliloti) (Sinorhizobium meliloti) (see paper)
25% identity, 90% coverage: 13:292/310 of query aligns to 10:279/292 of Q07607

query
sites
Q07607
V
 
V
F
 
T
P
 
P
V
 
F
A
 
A
P
 
D
T
 
D
I
 
R
F
 
I
D
 
D
D
 
E
A
 
V
G
 
A
Q
 
L
L
 
H
D
 
D
L
 
L
E
 
-
G
 
-
Q
 
-
K
 
-
R
 
-
C
 
-
I
 
V
D
 
E
F
 
W
M
 
Q
I
 
I
D
 
E
A
 
E
G
 
G
S
 
S
N
 
F
G
 
G
L
 
L
C
 
V
I
 
P
L
 
C
A
 
G
N
 
T
F
 
T
S
 
G
E
 
E
Q
 
S
F
 
P
A
 
T
L
 
L
S
 
S
D
 
K
E
 
S
E
 
E
R
 
H
E
 
E
T
 
Q
L
 
V
M
 
V
H
 
E
V
 
I
V
 
T
L
 
I
E
 
K
H
 
T
V
 
A
A
 
N
G
 
G
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
I
 
I
V
 
A
T
 
G
T
 
A
T
 
G
H
 
S
F
 
N
S
 
S
S
 
T
H
 
A
Q
 
E
C
 
A
A
 
I
E
 
A
R
 
F
S
 
V
R
 
R
R
 
H
A
 
A
Q
 
Q
A
 
N
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
M
 
G
V
 
V
M
 
L
I
 
I
M
 
V
P
 
S
P
 
P
Y
 
Y
H
 
Y
G
 
N
A
 
-
T
 
-
I
 
-
R
 
K
I
 
P
G
 
T
E
 
Q
R
 
E
G
 
G
I
 
I
E
 
Y
E
 
Q
F
 
H
Y
 
F
R
 
K
T
 
A
V
 
I
S
 
D
D
 
A
A
 
A
I
 
S
D
 
T
I
 
I
P
 
P
I
 
I
M
 
I
I
 
V
Q
 
Y
D
 
N
A
 
I
P
 
P
-
 
G
V
 
R
S
 
S
G
 
A
T
 
I
P
 
E
L
 
I
S
 
H
A
 
V
P
 
E
F
 
T
L
 
L
A
 
A
R
 
R
M
 
I
A
 
F
N
 
E
E
 
D
I
 
C
E
 
P
H
 
N
V
 
V
S
 
K
Y
 
G
F
 
V
K
|
K
I
 
D
E
 
A
V
 
T
P
 
G
Q
 
N
A
 
L
A
 
L
N
 
R
K
 
P
L
 
S
R
 
L
E
 
E
L
 
R
I
 
M
Q
 
A
L
 
C
G
 
G
G
 
E
D
 
D
A
 
-
I
 
-
V
 
-
G
 
-
P
 
-
W
 
-
D
 
-
G
 
-
E
 
-
E
 
-
A
 
-
I
 
F
T
 
N
L
 
L
M
 
L
A
 
T
D
 
G
L
 
E
D
 
D
A
 
G
G
 
T
A
 
A
T
 
L
G
 
G
S
 
Y
M
 
M
T
 
A
G
 
H
G
 
G
G
 
G
Y
 
H
A
 
G
D
 
-
G
 
C
I
 
I
R
 
S
L
 
V
I
 
T
V
 
A
D
 
N
A
 
V
Y
 
A
A
 
P
A
 
A
-
 
L
-
 
C
-
 
A
-
 
D
-
 
F
-
 
Q
-
 
Q
-
 
A
-
 
C
-
 
L
-
 
N
G
 
G
D
 
D
T
 
F
E
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
L
A
 
K
H
 
L
Y
 
Q
Q
 
D
Q
 
R
W
 
L
L
 
M
P
 
P
L
 
L
I
 
H
N
 
R
Y
 
A
E
 
L
N
 
F
R
 
L
Q
 
E
G
 
T
G
 
N
L
 
P
A
 
A
S
 
G
C
 
A
K
 
K
A
 
Y
L
 
A
M
 
L
K
 
Q
E
 
R
G
 
L
G
 
G
V
 
R
I
 
M
R
 
R
S
 
G
D
 
D
A
 
-
V
 
L
R
 
R
H
 
L
P
 
P
L
 
L
P
 
V
A
 
T
M
 
I
H
 
S
P
 
P
A
 
S
T
 
F
R
 
Q
E
 
E

Query Sequence

>H281DRAFT_03220 FitnessBrowser__Burk376:H281DRAFT_03220
MNRPVNPAAMRGVFPVAPTIFDDAGQLDLEGQKRCIDFMIDAGSNGLCILANFSEQFALS
DEERETLMHVVLEHVAGRVPVIVTTTHFSSHQCAERSRRAQAAGAAMVMIMPPYHGATIR
IGERGIEEFYRTVSDAIDIPIMIQDAPVSGTPLSAPFLARMANEIEHVSYFKIEVPQAAN
KLRELIQLGGDAIVGPWDGEEAITLMADLDAGATGSMTGGGYADGIRLIVDAYAAGDTEA
AAAHYQQWLPLINYENRQGGLASCKALMKEGGVIRSDAVRHPLPAMHPATREGLLKIARR
LDPLVLRWAH

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory