SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing HSERO_RS05190 FitnessBrowser__HerbieS:HSERO_RS05190 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3uugA Crystal structure of the periplasmic sugar binding protein chve (see paper)
82% identity, 91% coverage: 33:357/357 of query aligns to 5:329/329 of 3uugA

query
sites
3uugA
V
 
V
G
 
G
V
 
I
A
 
A
M
 
M
P
 
P
T
 
T
K
 
K
S
 
S
S
 
S
A
 
A
R
|
R
W
 
W
I
 
I
A
 
D
D
 
D
G
 
G
N
 
N
N
 
N
M
 
I
V
 
V
K
 
K
V
 
Q
L
 
L
K
 
Q
E
 
E
K
 
A
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
K
T
 
T
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
Y
 
Y
A
 
A
E
 
D
D
 
D
D
 
D
I
 
I
P
 
P
N
 
N
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
M
 
M
L
 
V
T
 
T
K
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
I
A
 
A
A
 
S
I
 
I
D
 
D
G
 
G
T
 
T
T
 
T
L
 
L
T
 
S
D
 
D
V
 
V
L
 
L
Q
 
K
K
 
Q
A
 
A
A
 
G
D
 
E
K
 
Q
G
 
G
V
 
I
K
 
K
V
 
V
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
R
 
R
G
 
N
S
 
S
K
 
G
N
 
D
V
 
V
D
 
S
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
T
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
N
F
 
F
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
V
 
V
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
T
S
 
S
L
 
I
E
 
T
K
 
D
A
 
K
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
E
 
D
G
 
G
K
 
K
G
 
G
P
 
P
F
 
F
N
 
N
I
 
I
E
 
E
L
 
L
F
 
F
G
 
G
G
 
G
S
 
S
S
 
P
D
 
D
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
F
 
F
F
 
F
F
 
F
Y
 
Y
N
 
D
G
 
G
A
 
A
M
 
M
S
 
S
V
 
V
L
 
L
K
 
K
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
D
 
D
S
 
S
G
 
G
K
 
K
L
 
L
V
 
V
V
 
V
R
 
K
S
 
S
K
 
G
Q
 
Q
M
 
M
G
 
G
M
 
M
D
 
D
K
 
K
V
 
V
A
 
G
T
 
T
L
 
L
R
 
R
W
|
W
D
 
D
P
 
P
A
 
A
T
 
T
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
R
 
R
M
 
M
D
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
L
S
 
S
A
 
A
Y
 
Y
Y
 
Y
T
 
T
N
 
D
A
 
A
K
 
K
V
 
V
N
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
L
S
 
S
P
 
P
Y
|
Y
D
 
D
G
 
G
L
 
L
S
 
S
I
 
I
G
 
G
I
 
I
L
 
I
S
 
S
S
 
S
L
 
L
R
 
K
G
 
G
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
T
 
T
P
 
K
Q
 
D
Q
 
Q
P
 
P
F
 
L
P
 
P
Y
 
V
V
 
V
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
E
 
E
V
 
V
P
 
P
S
 
S
V
 
V
K
 
K
S
 
S
I
 
I
I
 
I
R
 
A
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
I
 
I
F
 
F
K
|
K
D
 
D
T
 
T
R
 
R
E
 
E
L
 
L
A
 
A
K
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
V
G
 
N
M
 
M
V
 
V
D
 
N
A
 
A
V
 
V
L
 
M
G
 
E
G
 
G
K
 
K
Q
 
E
P
 
P
Q
 
E
I
 
V
N
 
N
D
 
D
T
 
T
K
 
K
T
 
T
Y
 
Y
N
 
E
N
 
N
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
 
S
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
K
 
K
P
 
P
V
 
V
V
 
A
V
 
V
D
 
T
K
 
K
S
 
E
N
 
N
W
 
Y
K
 
K
E
 
Q
V
 
V
L
 
L
V
 
V
G
 
D
S
 
G
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
Y
T
 
K
E
 
E
A
 
D
Q
 
Q
L
 
L
K
 
K

3urmA Crystal structure of the periplasmic sugar binding protein chve (see paper)
82% identity, 91% coverage: 33:357/357 of query aligns to 5:329/329 of 3urmA

query
sites
3urmA
V
 
V
G
 
G
V
 
I
A
 
A
M
 
M
P
 
P
T
 
T
K
 
K
S
 
S
S
 
S
A
 
A
R
|
R
W
 
W
I
 
I
A
 
D
D
 
D
G
 
G
N
 
N
N
 
N
M
 
I
V
 
V
K
 
K
V
 
Q
L
 
L
K
 
Q
E
 
E
K
 
A
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
K
T
 
T
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
Y
 
Y
A
 
A
E
 
D
D
 
D
D
 
D
I
 
I
P
 
P
N
 
N
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
M
 
M
L
 
V
T
 
T
K
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
I
A
 
A
A
 
S
I
 
I
D
 
D
G
 
G
T
 
T
T
 
T
L
 
L
T
 
S
D
 
D
V
 
V
L
 
L
Q
 
K
K
 
Q
A
 
A
A
 
G
D
 
E
K
 
Q
G
 
G
V
 
I
K
 
K
V
 
V
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
R
 
R
G
 
N
S
 
S
K
 
G
N
 
D
V
 
V
D
 
S
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
T
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
N
F
 
F
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
V
 
V
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
T
S
 
S
L
 
I
E
 
T
K
 
D
A
 
K
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
E
 
D
G
 
G
K
 
K
G
 
G
P
 
P
F
 
F
N
 
N
I
 
I
E
 
E
L
 
L
F
 
F
G
 
G
G
 
G
S
 
S
S
 
P
D
 
D
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
F
 
F
F
 
F
F
 
F
Y
 
Y
N
 
D
G
 
G
A
 
A
M
 
M
S
 
S
V
 
V
L
 
L
K
 
K
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
D
 
D
S
 
S
G
 
G
K
 
K
L
 
L
V
 
V
V
 
V
R
 
K
S
 
S
K
 
G
Q
 
Q
M
 
M
G
 
G
M
 
M
D
 
D
K
 
K
V
 
V
A
 
G
T
 
T
L
 
L
R
 
R
W
|
W
D
 
D
P
 
P
A
 
A
T
 
T
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
R
 
R
M
 
M
D
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
L
S
 
S
A
 
A
Y
 
Y
Y
 
Y
T
 
T
N
 
D
A
 
A
K
 
K
V
 
V
N
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
L
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
L
 
L
S
 
S
I
 
I
G
 
G
I
 
I
L
 
I
S
 
S
S
 
S
L
 
L
R
 
K
G
 
G
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
T
 
T
P
 
K
Q
 
D
Q
 
Q
P
 
P
F
 
L
P
 
P
Y
 
V
V
 
V
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
E
 
E
V
 
V
P
 
P
S
 
S
V
 
V
K
 
K
S
 
S
I
 
I
I
 
I
R
 
A
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Y
 
Y
S
 
S
T
 
T
I
 
I
F
 
F
K
|
K
D
 
D
T
 
T
R
 
R
E
 
E
L
 
L
A
 
A
K
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
V
G
 
N
M
 
M
V
 
V
D
 
N
A
 
A
V
 
V
L
 
M
G
 
E
G
 
G
K
 
K
Q
 
E
P
 
P
Q
 
E
I
 
V
N
 
N
D
 
D
T
 
T
K
 
K
T
 
T
Y
 
Y
N
 
E
N
 
N
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
 
S
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
K
 
K
P
 
P
V
 
V
V
 
A
V
 
V
D
 
T
K
 
K
S
 
E
N
 
N
W
 
Y
K
 
K
E
 
Q
V
 
V
L
 
L
V
 
V
G
 
D
S
 
G
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
Y
T
 
K
E
 
E
A
 
D
Q
 
Q
L
 
L
K
 
K

4wwhA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from mycobacterium smegmatis (msmeg_1704, target efi- 510967) with bound d-galactose
65% identity, 92% coverage: 29:357/357 of query aligns to 1:329/329 of 4wwhA

query
sites
4wwhA
S
 
A
K
 
K
Q
 
G
L
 
T
V
 
V
G
 
G
V
 
I
A
 
A
M
 
M
P
 
P
T
 
T
K
 
K
S
 
S
S
 
S
A
 
E
R
|
R
W
 
W
I
 
V
A
 
A
D
 
D
G
 
G
N
 
Q
N
 
N
M
 
M
V
 
V
K
 
D
V
 
Q
L
 
F
K
 
K
E
 
A
K
 
F
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
D
T
 
T
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
Y
 
Y
A
 
G
E
 
D
D
 
D
D
 
V
I
 
V
P
 
Q
N
 
N
Q
 
Q
L
 
V
S
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
M
 
M
L
 
I
T
 
T
K
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
V
 
L
L
 
L
V
 
V
I
 
I
A
 
A
A
 
P
I
 
I
D
 
D
G
 
G
T
 
S
T
 
S
L
 
L
T
 
T
D
 
N
V
 
T
L
 
L
Q
 
Q
K
 
H
A
 
A
A
 
A
D
 
D
K
 
L
G
 
K
V
 
I
K
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
S
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
R
 
K
G
 
G
S
 
T
K
 
P
N
 
N
V
 
V
D
 
D
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
T
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
N
F
 
T
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
V
 
V
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
N
S
 
Y
L
 
I
E
 
V
K
 
D
A
 
T
L
 
L
G
 
G
L
 
V
K
 
A
E
 
D
G
 
G
K
 
K
G
 
G
P
 
P
F
 
F
N
 
N
I
 
L
E
 
E
L
 
L
F
 
F
G
 
A
G
 
G
S
 
S
S
 
P
D
 
D
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
F
 
T
F
 
Y
F
 
F
Y
 
F
N
 
Q
G
 
G
A
 
A
M
 
M
S
 
S
V
 
V
L
 
L
K
 
Q
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
D
 
D
S
 
S
G
 
G
K
 
K
L
 
L
V
 
V
V
 
V
R
 
K
S
 
S
K
 
G
Q
 
Q
M
 
T
G
 
T
M
 
F
D
 
D
K
 
Q
V
 
I
A
 
A
T
 
T
L
 
L
R
 
R
W
|
W
D
 
D
P
 
G
A
 
G
T
 
L
A
 
A
Q
 
Q
A
 
S
R
 
R
M
 
M
D
 
D
N
 
N
L
 
L
L
 
L
S
 
S
A
 
Q
Y
 
A
Y
 
Y
T
 
T
N
 
S
A
 
G
K
 
R
V
 
V
N
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
L
S
 
S
P
 
P
Y
 
Y
D
 
D
G
 
G
L
 
I
S
 
S
I
 
R
G
 
G
I
 
V
L
 
I
S
 
S
S
 
A
L
 
L
R
 
K
G
 
S
V
 
A
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
T
 
N
P
 
A
Q
 
A
Q
 
K
P
 
P
F
 
L
P
 
P
Y
 
I
V
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
E
 
E
V
 
L
P
 
A
S
 
S
V
 
V
K
 
K
S
 
S
I
 
I
I
 
V
R
 
A
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Y
 
T
S
 
Q
T
 
T
I
 
V
F
 
F
K
|
K
D
 
D
T
 
T
R
 
R
E
 
E
L
 
L
A
 
A
K
 
K
V
 
A
T
 
A
V
 
V
G
 
Q
M
 
E
V
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
L
G
 
T
G
 
G
K
 
G
Q
 
T
P
 
P
Q
 
Q
I
 
V
N
 
N
D
 
D
T
 
T
K
 
E
T
 
T
Y
 
Y
N
 
D
N
 
N
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
V
 
V
P
 
P
S
 
S
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
K
 
D
P
 
P
V
 
V
V
 
S
V
 
V
D
 
D
K
 
K
S
 
S
N
 
N
W
 
Y
K
 
K
E
 
K
V
 
V
L
 
L
V
 
I
G
 
D
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
Y
T
 
T
E
 
E
A
 
T
Q
 
Q
L
 
V
K
 
Q

4ys6A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from clostridium phytofermentans (cphy_1585, target efi- 511156) with bound beta-d-glucose
52% identity, 92% coverage: 31:357/357 of query aligns to 1:324/324 of 4ys6A

query
sites
4ys6A
Q
 
K
L
 
L
V
 
V
G
 
G
V
 
V
A
 
A
M
 
M
P
 
P
T
 
T
K
 
K
S
 
D
S
 
L
A
 
Q
R
|
R
W
|
W
I
 
N
A
 
Q
D
 
D
G
 
G
N
 
S
N
 
N
M
 
M
V
 
E
K
 
K
V
 
Q
L
 
L
K
 
K
E
 
D
K
 
A
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
E
T
 
V
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
Y
 
Y
A
 
A
E
 
S
D
 
N
D
 
D
I
 
V
P
 
Q
N
 
T
Q
 
Q
L
 
V
S
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
M
 
M
L
 
I
T
 
S
K
 
N
G
 
G
A
 
C
K
 
K
V
 
L
L
 
L
V
 
V
I
 
I
A
 
A
A
 
S
I
 
I
D
 
E
G
 
G
T
 
D
T
 
S
L
 
L
T
 
G
D
 
T
V
 
V
L
 
L
Q
 
A
K
 
Q
A
 
A
A
 
K
D
 
K
K
 
K
G
 
G
V
 
I
K
 
S
V
 
V
I
 
I
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
R
 
M
G
 
N
S
 
S
K
 
D
N
 
A
V
 
V
D
 
S
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
T
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
N
F
 
Y
Q
 
M
V
 
V
G
 
G
V
 
T
L
 
K
Q
 
Q
A
 
G
Q
 
E
S
 
Y
L
 
I
E
 
K
K
 
E
A
 
K
L
 
L
G
 
N
L
 
L
K
 
E
E
 
T
G
 
A
K
 
K
G
 
G
P
 
P
F
 
F
N
 
N
I
 
L
E
 
E
L
 
I
F
 
F
G
 
T
G
 
G
S
 
D
S
 
P
D
 
G
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
F
 
R
F
 
F
F
 
F
Y
 
Y
N
 
G
G
 
G
A
 
A
M
 
M
S
 
D
V
 
V
L
 
L
K
 
K
P
 
P
Y
 
Y
I
 
V
D
 
D
S
 
G
G
 
G
K
 
V
L
 
L
V
 
V
V
 
V
R
 
K
S
 
S
K
 
G
Q
 
S
M
 
V
G
 
A
M
 
F
D
 
E
K
 
K
V
 
V
A
 
A
T
 
T
L
 
A
R
 
G
W
|
W
D
 
S
P
 
T
A
 
E
T
 
T
A
 
A
Q
 
Q
A
 
N
R
 
R
M
 
M
D
 
D
N
 
A
L
 
I
L
 
I
S
 
A
A
 
S
Y
 
Y
Y
 
Y
T
 
A
N
 
D
A
 
G
-
 
T
K
 
K
V
 
L
N
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
L
S
 
C
P
 
S
Y
x
N
D
 
D
G
 
S
L
 
T
S
 
A
I
 
L
G
 
G
I
 
V
L
 
T
S
 
N
S
 
A
L
 
L
R
 
T
G
 
A
V
 
S
G
 
Y
Y
 
K
G
 
G
T
 
-
P
 
-
Q
 
-
Q
 
-
P
 
E
F
 
W
P
 
P
Y
 
I
V
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
C
E
 
D
V
 
I
P
 
A
S
 
N
V
 
V
K
 
K
S
 
N
I
 
M
I
 
L
R
 
D
G
 
G
E
 
K
Q
 
Q
Y
 
S
S
 
M
T
 
S
I
 
I
F
 
F
K
|
K
D
 
D
T
 
T
R
 
R
E
 
T
L
 
L
A
 
A
K
 
S
V
 
Q
T
 
V
V
 
V
G
 
K
M
 
M
V
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
I
L
 
M
G
 
K
G
 
G
K
 
G
Q
 
E
P
 
A
Q
 
P
I
 
V
N
 
N
D
 
D
T
 
T
K
 
K
T
 
S
Y
 
Y
N
 
D
N
 
N
G
 
G
V
 
N
K
 
G
V
 
I
V
 
V
P
 
P
S
 
S
Y
 
Y
L
 
L
L
 
C
K
 
E
P
 
P
V
 
V
V
 
F
V
 
A
D
 
D
K
 
A
S
 
T
N
 
N
W
 
Y
K
 
K
E
 
E
V
 
L
L
 
L
V
 
I
G
 
D
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
Y
T
 
T
E
 
E
A
 
D
Q
 
Q
L
 
L
K
 
K

4rxuA Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein caur_1924 from chloroflexus aurantiacus, target efi-511158, in complex with d-glucose
36% identity, 91% coverage: 29:352/357 of query aligns to 1:332/340 of 4rxuA

query
sites
4rxuA
S
 
T
K
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
-
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
I
A
 
V
M
 
L
P
 
P
T
 
T
K
 
K
S
 
D
S
x
E
A
 
P
R
|
R
W
 
W
I
 
I
A
 
Q
D
 
D
G
 
E
N
 
T
N
 
R
M
 
F
V
 
R
K
 
E
V
 
A
L
 
L
K
 
Q
E
 
Q
K
 
A
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
Q
T
 
V
D
 
E
L
 
I
Q
 
L
Y
 
F
A
 
S
E
 
Q
D
 
G
D
 
S
I
 
S
P
 
A
N
 
K
Q
 
E
L
 
K
S
 
E
Q
 
N
I
 
V
E
 
E
N
 
A
M
 
L
L
 
I
T
 
A
K
 
K
G
 
G
A
 
I
K
 
K
V
 
V
L
 
L
V
 
I
I
 
I
A
 
C
A
 
P
I
 
H
D
 
D
G
 
G
T
 
T
T
 
A
L
 
A
T
 
A
D
 
A
V
 
A
L
 
A
Q
 
E
K
 
A
A
 
A
A
 
R
D
 
A
K
 
A
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
I
 
I
A
 
S
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
R
 
R
G
 
E
S
 
T
K
 
D
N
 
A
V
 
V
D
 
D
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
V
T
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
S
F
 
I
Q
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
A
L
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
Q
S
 
Y
L
 
L
E
 
-
K
 
-
A
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
V
K
 
D
E
 
H
G
 
A
K
 
S
G
 
G
P
 
T
F
 
G
N
 
N
-
 
P
I
 
L
E
 
Y
L
 
L
F
 
Y
G
 
A
G
 
G
S
 
A
S
 
A
D
 
S
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
F
 
F
F
 
L
F
 
F
Y
 
F
N
 
E
G
 
G
A
 
A
M
 
W
S
 
K
V
 
V
L
 
L
K
 
Q
P
 
P
Y
 
K
I
 
I
D
 
A
S
 
D
G
 
G
K
 
T
L
 
F
V
 
V
V
 
I
R
 
K
S
 
N
K
 
S
Q
 
S
-
 
E
-
 
A
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
N
-
 
K
-
 
L
-
 
D
M
 
L
G
 
T
M
 
R
D
 
D
K
 
E
V
 
M
A
 
A
-
 
K
-
 
I
-
 
I
-
 
G
-
 
Q
-
 
V
T
 
T
L
 
T
R
 
N
W
|
W
D
 
D
P
 
F
A
 
N
T
 
T
A
 
A
Q
 
K
A
 
N
R
 
L
M
 
A
D
 
E
-
 
A
N
 
N
L
 
L
L
 
T
S
 
A
A
 
A
Y
 
T
Y
 
A
T
 
A
N
 
D
A
 
K
K
 
G
V
 
K
N
 
V
A
 
Y
V
 
I
L
 
L
S
 
A
P
 
P
Y
x
N
D
 
D
G
 
G
L
 
T
S
 
A
I
 
R
G
 
A
I
 
I
L
 
A
S
 
D
S
 
A
L
 
F
R
 
A
G
 
A
V
 
D
G
 
K
Y
 
D
G
 
V
T
 
T
P
 
E
Q
 
Y
Q
 
-
P
 
-
F
 
-
P
 
-
Y
 
F
V
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
E
 
E
V
 
K
P
 
A
S
 
S
V
 
V
K
 
Q
S
 
Y
I
 
I
I
 
I
R
 
D
G
 
G
E
 
R
Q
 
Q
Y
 
S
S
 
M
T
 
T
I
 
V
F
 
F
K
|
K
D
 
D
T
 
V
R
 
R
E
 
T
L
 
L
A
 
V
K
 
Q
V
 
D
T
 
A
V
 
I
G
 
K
M
 
A
V
 
A
D
 
V
A
 
A
V
 
L
L
 
L
G
 
Q
G
 
D
K
 
Q
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
E
I
 
A
N
 
R
D
 
-
T
 
-
K
 
G
T
 
T
Y
 
Y
N
 
N
N
 
N
G
 
G
V
 
K
K
 
K
V
 
D
V
 
V
P
 
P
S
 
A
Y
 
I
L
 
Q
L
 
S
K
 
P
P
 
V
V
 
V
V
 
T
V
 
V
D
 
T
K
 
R
S
 
D
N
 
N
W
 
V
K
 
R
E
 
A
V
 
A
L
 
L
V
 
I
G
 
D
S
 
S
G
 
G
Y
 
Y
Y
 
Y
T
 
S

3ma0A Closed liganded crystal structure of xylose binding protein from escherichia coli (see paper)
37% identity, 91% coverage: 33:356/357 of query aligns to 5:307/313 of 3ma0A

query
sites
3ma0A
V
 
I
G
 
G
V
 
M
A
 
A
M
 
I
P
 
D
T
 
D
K
 
L
S
 
R
S
x
L
A
 
E
R
|
R
W
 
W
I
 
Q
A
 
K
D
 
D
G
 
R
N
 
D
N
 
I
M
 
F
V
 
V
K
 
K
V
 
K
L
 
A
K
 
E
E
 
S
K
 
L
G
 
G
Y
 
A
Q
 
K
T
 
V
D
 
F
L
 
V
Q
 
Q
Y
 
S
A
 
A
E
 
N
D
 
G
D
 
N
I
 
E
P
 
E
N
 
T
Q
 
Q
L
 
M
S
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
M
 
M
L
 
I
T
 
N
K
 
R
G
 
G
A
 
V
K
 
D
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
I
A
 
I
A
 
P
I
 
Y
D
 
N
G
 
G
T
 
Q
T
 
V
L
 
L
T
 
S
D
 
N
V
 
V
L
 
V
Q
 
K
K
 
E
A
 
A
A
 
K
D
 
Q
K
 
E
G
 
G
V
 
I
K
 
K
V
 
V
I
 
L
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
M
I
 
I
R
 
N
G
 
D
S
 
A
K
 
-
N
 
D
V
 
I
D
 
D
Y
 
F
Y
 
Y
A
 
I
T
 
S
F
 
F
D
 
D
N
 
N
F
 
E
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
V
 
E
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
K
S
 
A
L
 
L
E
 
V
K
 
D
A
 
I
L
 
-
G
 
-
L
 
V
K
 
P
E
 
Q
G
 
G
K
 
-
G
 
-
P
 
-
F
 
-
N
 
N
I
 
Y
E
 
F
L
 
L
F
 
M
G
 
G
G
 
G
S
 
S
S
 
P
D
 
V
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
F
 
K
F
 
L
F
 
F
Y
 
R
N
 
A
G
 
G
A
 
Q
M
 
M
S
 
K
V
 
V
L
 
L
K
 
K
P
 
P
Y
 
Y
I
 
V
D
 
D
S
 
S
G
 
G
K
 
K
L
 
I
V
 
K
V
 
V
R
 
V
S
 
G
K
 
D
Q
 
Q
M
 
W
G
 
-
M
 
-
D
 
-
K
 
-
V
 
-
A
 
-
T
 
V
L
 
D
R
 
G
W
|
W
D
 
L
P
 
P
A
 
E
T
 
N
A
 
A
Q
 
L
A
 
K
R
 
I
M
 
M
D
 
E
N
 
N
L
 
A
L
 
L
S
 
T
A
 
A
Y
 
-
Y
 
-
T
 
N
N
 
N
A
 
N
K
 
K
V
 
I
N
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
V
S
 
A
P
 
S
Y
x
N
D
 
D
G
 
A
L
 
T
S
 
A
I
 
G
G
 
G
I
 
A
L
 
I
S
 
Q
S
 
A
L
 
L
R
 
S
G
 
A
V
 
Q
G
 
G
Y
 
L
G
 
S
T
 
G
P
 
K
Q
 
-
Q
 
-
P
 
-
F
 
-
P
 
V
Y
 
A
V
 
I
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
E
 
D
V
 
L
P
 
A
S
 
G
V
 
I
K
 
K
S
 
R
I
 
I
I
 
A
R
 
A
G
 
G
E
 
T
Q
 
Q
Y
 
T
S
 
M
T
 
T
I
 
V
F
 
Y
K
|
K
D
 
P
T
 
I
R
 
T
E
 
L
L
 
L
A
 
A
K
 
N
V
 
T
T
 
A
V
 
A
G
 
E
M
 
I
V
 
A
D
 
V
A
 
E
V
 
L
L
 
G
G
 
N
G
 
G
K
 
Q
Q
 
E
P
 
P
Q
 
K
I
 
A
N
 
-
D
 
D
T
 
T
K
 
-
T
 
T
Y
 
L
N
 
N
N
 
N
G
 
G
V
 
L
K
 
K
V
 
D
V
 
V
P
 
P
S
 
S
Y
 
R
L
 
L
L
 
L
K
 
T
P
 
P
V
 
I
V
 
D
V
 
V
D
 
N
K
 
K
S
 
N
N
 
N
W
 
I
K
 
K
E
 
D
V
 
T
L
 
V
V
 
I
G
 
K
S
 
D
G
 
G
Y
 
F
Y
 
H
T
 
K
E
 
E
A
 
S
Q
 
E
L
 
L

4ywhA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z (asuc_0499, target efi-511068) with bound d-xylose
36% identity, 90% coverage: 33:353/357 of query aligns to 6:305/310 of 4ywhA

query
sites
4ywhA
V
 
I
G
 
G
V
 
M
A
 
S
M
 
I
P
 
D
T
 
D
K
 
L
S
 
R
S
x
L
A
 
E
R
|
R
W
 
W
I
 
Q
A
 
K
D
 
D
G
 
R
N
 
D
N
 
I
M
 
F
V
 
V
K
 
K
V
 
K
L
 
A
K
 
E
E
 
S
K
 
L
G
 
G
Y
 
A
Q
 
K
T
 
V
D
 
L
L
 
V
Q
 
Q
Y
 
S
A
 
A
E
 
N
D
 
G
D
 
D
I
 
D
P
 
S
N
 
A
Q
 
Q
L
 
I
S
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
M
 
M
L
 
L
T
 
N
K
 
K
G
 
N
A
 
V
K
 
D
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
I
A
 
I
A
 
P
I
 
H
D
 
N
G
 
G
T
 
D
T
 
V
L
 
L
T
 
S
D
 
N
V
 
V
L
 
I
Q
 
S
K
 
E
A
 
A
A
 
K
D
 
K
K
 
E
G
 
G
V
 
V
K
 
K
V
 
V
I
 
L
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
R
 
N
G
 
N
S
 
A
K
 
-
N
 
D
V
 
L
D
 
D
Y
 
F
Y
 
Y
A
 
V
T
 
S
F
 
F
D
 
D
N
 
N
F
 
E
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
V
 
E
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
D
S
 
A
L
 
I
E
 
-
K
 
-
A
 
-
L
 
-
G
 
-
L
 
I
K
 
K
E
 
E
G
 
-
K
 
K
G
 
P
P
 
E
F
 
G
N
 
N
I
 
Y
E
 
F
L
 
L
F
 
M
G
 
G
G
 
G
S
 
S
S
 
P
D
 
V
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
F
 
K
F
 
L
F
 
F
Y
 
R
N
 
K
G
 
G
A
 
Q
M
 
M
S
 
K
V
 
V
L
 
L
K
 
Q
P
 
P
Y
 
L
I
 
I
D
 
D
S
 
S
G
 
G
K
 
K
L
 
I
V
 
K
V
 
V
R
 
V
S
 
G
K
 
D
Q
 
Q
M
 
W
G
 
-
M
 
-
D
 
-
K
 
-
V
 
-
A
 
-
T
 
V
L
 
D
R
 
S
W
|
W
D
 
L
P
 
A
A
 
E
T
 
K
A
 
A
Q
 
L
A
 
Q
R
 
I
M
 
M
D
 
E
N
 
N
L
 
A
L
 
L
S
 
T
A
 
A
Y
 
N
Y
 
K
T
 
N
N
 
N
A
 
-
K
 
-
V
 
I
N
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
V
S
 
A
P
 
S
Y
x
N
D
 
D
G
 
A
L
 
T
S
 
A
I
 
G
G
 
G
I
 
A
L
 
I
S
 
Q
S
 
A
L
 
L
R
 
S
G
 
A
V
 
Q
G
 
G
Y
 
L
G
 
S
T
 
G
P
 
K
Q
 
-
Q
 
-
P
 
-
F
 
-
P
 
V
Y
 
A
V
 
I
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
E
 
D
V
 
L
P
 
A
S
 
A
V
 
I
K
 
K
S
 
R
I
 
I
I
 
V
R
 
E
G
 
G
E
 
T
Q
 
Q
Y
 
T
S
 
M
T
 
T
I
 
V
F
 
Y
K
|
K
D
 
P
T
 
I
R
 
T
E
 
N
L
 
L
A
 
A
K
 
D
V
 
K
T
 
A
V
 
A
G
 
E
M
 
L
V
 
-
D
 
-
A
 
S
V
 
V
L
 
A
G
 
L
G
 
G
K
 
K
Q
 
E
P
 
E
Q
 
K
I
 
L
N
 
E
D
 
P
T
 
N
K
 
A
T
 
K
Y
 
L
N
 
N
N
 
N
G
 
G
V
 
L
K
 
K
V
 
E
V
 
V
P
 
D
S
 
A
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
K
 
D
P
 
P
V
 
I
V
 
V
V
 
V
D
 
T
K
 
K
S
 
D
N
 
N
W
 
I
K
 
D
E
 
S
V
 
T
L
 
V
V
 
I
G
 
K
S
 
D
G
 
G
Y
 
F
Y
 
H
T
 
S
E
 
K

6s3tA P46, an immunodominant surface protein from mycoplasma hyopneumoniae (see paper)
29% identity, 87% coverage: 29:340/357 of query aligns to 11:370/374 of 6s3tA

query
sites
6s3tA
S
 
S
K
 
N
Q
 
D
L
 
S
V
 
I
G
 
R
V
 
I
A
 
A
M
 
L
P
 
T
T
x
D
K
 
P
S
 
D
S
 
N
A
 
P
R
 
R
W
|
W
I
 
I
A
 
S
D
 
A
G
 
Q
N
 
K
N
 
D
M
 
I
V
 
I
K
 
S
V
 
Y
L
 
V
K
 
D
E
 
E
K
 
T
G
 
E
Y
 
A
Q
 
A
T
 
T
D
 
S
L
 
T
Q
 
I
Y
 
T
A
 
K
E
 
N
D
 
Q
D
 
D
I
 
A
P
 
Q
N
 
N
Q
 
N
L
 
W
S
 
L
Q
 
T
I
 
Q
E
 
Q
N
 
A
M
 
N
L
 
L
T
 
S
K
 
P
G
 
A
A
 
P
K
 
K
V
 
G
L
 
F
V
 
I
I
 
I
A
 
A
A
 
P
I
 
E
D
 
N
G
 
G
T
 
S
T
 
G
L
 
V
T
 
G
D
 
T
V
 
A
L
 
V
Q
 
N
K
 
T
A
 
I
A
 
A
D
 
D
K
 
K
G
 
G
V
 
I
K
 
P
V
 
I
I
 
V
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
L
 
L
I
 
I
R
 
T
G
 
G
S
 
S
K
 
D
N
 
K
V
 
Y
D
 
D
Y
 
W
Y
 
Y
A
 
V
T
 
S
F
 
F
D
 
D
N
 
N
F
 
E
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
V
 
E
L
 
L
Q
 
Q
A
 
G
Q
 
L
S
 
S
L
 
L
E
 
A
K
 
A
A
 
G
L
 
L
G
 
L
L
 
G
K
 
K
E
 
E
G
 
-
K
 
D
G
 
G
P
 
A
F
 
F
N
 
D
-
 
S
-
 
I
-
 
D
-
 
Q
-
 
M
-
 
N
-
 
E
-
 
Y
-
 
L
-
 
K
-
 
S
-
 
H
-
 
M
-
 
P
-
 
Q
-
 
E
-
 
T
I
 
I
E
 
S
L
 
F
F
 
Y
-
 
T
-
 
I
G
 
A
G
 
G
S
 
S
S
 
Q
D
 
D
D
|
D
N
 
N
N
 
N
A
 
S
F
 
Q
F
 
Y
F
 
F
Y
 
Y
N
 
N
G
 
G
A
 
A
M
 
M
S
 
K
V
 
V
L
 
L
K
 
K
P
 
E
Y
 
L
I
 
M
-
 
K
D
 
N
S
 
S
G
 
Q
K
 
N
L
 
K
V
 
I
V
 
I
R
 
D
S
 
L
K
 
S
Q
 
P
M
 
E
G
 
G
M
 
E
D
 
N
K
 
A
V
 
V
A
 
Y
T
 
V
L
 
P
R
 
G
W
 
W
D
 
N
P
 
Y
A
 
G
T
 
T
A
 
A
Q
 
G
A
 
Q
R
 
R
M
 
I
D
 
Q
N
 
S
L
 
F
L
 
L
S
 
T
A
 
I
Y
 
N
Y
 
K
T
 
D
N
 
P
A
 
A
-
 
G
-
 
G
-
 
N
K
 
K
V
 
I
N
 
K
A
 
A
V
 
V
-
 
G
-
 
S
-
 
K
-
 
P
-
 
A
-
 
S
-
 
I
-
 
F
-
 
K
-
 
G
-
 
F
L
 
L
S
 
A
P
 
P
Y
 
N
D
 
D
G
 
G
L
 
M
S
 
A
I
 
E
G
 
Q
I
 
A
L
 
I
S
 
T
S
 
K
L
 
L
R
 
K
G
 
L
V
 
E
G
 
G
Y
 
F
G
 
D
T
 
T
P
 
Q
Q
 
K
Q
 
I
P
 
-
F
 
-
P
 
-
Y
 
F
V
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
Y
E
 
N
V
 
D
P
 
K
S
 
A
V
 
K
K
 
T
S
 
F
I
 
I
I
 
K
R
 
D
G
 
G
E
 
D
Q
 
Q
Y
 
N
S
 
M
T
 
T
I
 
I
F
 
Y
K
|
K
D
 
P
T
 
D
R
 
K
E
 
V
L
 
L
A
 
G
K
 
K
V
 
V
T
 
A
V
 
V
G
 
E
M
 
V
-
 
L
-
 
R
-
 
V
-
 
L
-
 
I
-
 
A
-
 
K
-
 
K
-
 
N
-
 
K
-
 
A
-
 
S
-
 
R
-
 
S
-
 
E
V
 
V
D
 
E
A
 
N
V
 
E
L
 
L
G
 
K
G
 
A
K
 
K
Q
 
L
P
 
P
Q
 
N
I
 
I
N
 
S
-
 
F
-
 
K
-
 
Y
D
 
D
T
 
N
K
 
Q
T
 
T
Y
 
Y
N
 
K
N
 
V
G
 
Q
V
 
G
K
 
K
V
 
N
V
 
I
P
 
N
S
 
T
Y
 
I
L
 
L
L
 
V
K
 
S
P
 
P
V
 
V
V
 
I
V
 
V
D
 
T
K
 
K
S
 
A
N
 
N

6ruxA P46, an immunodominant surface protein from mycoplasma hyopneumoniae (see paper)
29% identity, 87% coverage: 29:340/357 of query aligns to 9:368/373 of 6ruxA

query
sites
6ruxA
S
 
S
K
 
N
Q
 
D
L
 
S
V
 
I
G
 
R
V
 
I
A
 
A
M
 
L
P
 
T
T
 
D
K
 
P
S
 
D
S
 
N
A
 
P
R
 
R
W
 
W
I
 
I
A
 
S
D
 
A
G
 
Q
N
 
K
N
 
D
M
 
I
V
 
I
K
 
S
V
 
Y
L
 
V
K
 
D
E
 
E
K
 
T
G
 
E
Y
 
A
Q
 
A
T
 
T
D
 
S
L
 
T
Q
 
I
Y
 
T
A
 
K
E
 
N
D
 
Q
D
 
D
I
 
A
P
 
Q
N
 
N
Q
 
N
L
 
W
S
 
L
Q
 
T
I
 
Q
E
 
Q
N
 
A
M
 
N
L
 
L
T
 
S
K
 
P
G
 
A
A
 
P
K
 
K
V
 
G
L
 
F
V
 
I
I
 
I
A
 
A
A
 
P
I
 
E
D
 
N
G
 
G
T
 
S
T
 
G
L
 
V
T
 
G
D
 
T
V
 
A
L
 
V
Q
 
N
K
 
T
A
 
I
A
 
A
D
 
D
K
 
K
G
 
G
V
 
I
K
 
P
V
 
I
I
 
V
A
 
A
Y
 
Y
D
 
D
R
 
R
L
 
L
I
 
I
R
 
T
G
 
G
S
 
S
K
 
D
N
 
K
V
 
Y
D
 
D
Y
 
W
Y
 
Y
A
 
V
T
 
S
F
 
F
D
 
D
N
 
N
F
 
E
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
V
 
E
L
 
L
Q
 
Q
A
 
G
Q
 
L
S
 
S
L
 
L
E
 
A
K
 
A
A
 
G
L
 
L
G
 
L
L
 
G
K
 
K
E
 
E
G
 
-
K
 
D
G
 
G
P
 
A
F
 
F
N
 
D
-
 
S
-
 
I
-
 
D
-
 
Q
-
 
M
-
 
N
-
 
E
-
 
Y
-
 
L
-
 
K
-
 
S
-
 
H
-
 
M
-
 
P
-
 
Q
-
 
E
-
 
T
I
 
I
E
 
S
L
 
F
F
 
Y
-
 
T
-
 
I
G
 
A
G
 
G
S
 
S
S
 
Q
D
 
D
D
|
D
N
 
N
N
 
N
A
 
S
F
 
Q
F
 
Y
F
 
F
Y
 
Y
N
 
N
G
 
G
A
 
A
M
 
M
S
 
K
V
 
V
L
 
L
K
 
K
P
 
E
Y
 
L
I
 
M
-
 
K
D
 
N
S
 
S
G
 
Q
K
 
N
L
 
K
V
 
I
V
 
I
R
 
D
S
 
L
K
 
S
Q
 
P
M
 
E
G
 
G
M
 
E
D
 
N
K
 
A
V
 
V
A
 
Y
T
 
V
L
 
P
R
 
G
W
|
W
D
 
N
P
 
Y
A
 
G
T
 
T
A
 
A
Q
 
G
A
 
Q
R
 
R
M
 
I
D
 
Q
N
 
S
L
 
F
L
 
L
S
 
T
A
 
I
Y
 
N
Y
 
K
T
 
D
N
 
P
A
 
A
-
 
G
-
 
G
-
 
N
K
 
K
V
 
I
N
 
K
A
 
A
V
 
V
-
 
G
-
 
S
-
 
K
-
 
P
-
 
A
-
 
S
-
 
I
-
 
F
-
 
K
-
 
G
-
 
F
L
 
L
S
 
A
P
 
P
Y
x
N
D
 
D
G
 
G
L
 
M
S
 
A
I
 
E
G
 
Q
I
 
A
L
 
I
S
 
T
S
 
K
L
 
L
R
 
K
G
 
L
V
 
E
G
 
G
Y
 
F
G
 
D
T
 
T
P
 
Q
Q
 
K
Q
 
-
P
 
-
F
 
-
P
 
I
Y
 
F
V
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
Y
E
 
N
V
 
D
P
 
K
S
 
A
V
 
K
K
 
T
S
 
F
I
 
I
I
 
K
R
 
D
G
 
G
E
 
D
Q
 
Q
Y
 
N
S
 
M
T
 
T
I
 
I
F
 
Y
K
 
K
D
 
P
T
 
D
R
 
K
E
 
V
L
 
L
A
 
G
K
 
K
V
 
V
T
 
A
V
 
V
G
 
E
M
 
V
-
 
L
-
 
R
-
 
V
-
 
L
-
 
I
-
 
A
-
 
K
-
 
K
-
 
N
-
 
K
-
 
A
-
 
S
-
 
R
-
 
S
-
 
E
V
 
V
D
 
E
A
 
N
V
 
E
L
 
L
G
 
K
G
 
A
K
 
K
Q
 
L
P
 
P
Q
 
N
I
 
I
N
 
S
-
 
F
-
 
K
-
 
Y
D
 
D
T
 
N
K
 
Q
T
 
T
Y
 
Y
N
 
K
N
 
V
G
 
Q
V
 
G
K
 
K
V
 
N
V
 
I
P
 
N
S
 
T
Y
 
I
L
 
L
L
 
V
K
 
S
P
 
P
V
 
V
V
 
I
V
 
V
D
 
T
K
 
K
S
 
A
N
 
N

4z0nA Crystal structure of a periplasmic solute binding protein (ipr025997) from streptobacillus moniliformis dsm-12112 (smon_0317, target efi- 511281) with bound d-galactose
26% identity, 82% coverage: 50:343/357 of query aligns to 21:304/307 of 4z0nA

query
sites
4z0nA
N
 
N
N
 
D
M
 
M
V
 
I
K
 
Q
V
 
I
L
 
A
K
 
K
E
 
E
K
 
K
G
 
-
Y
 
-
Q
 
Y
T
 
P
D
 
N
L
 
I
Q
 
E
Y
 
L
A
 
L
E
 
N
D
 
N
D
 
D
I
 
S
P
 
Q
N
 
N
Q
 
S
L
x
Q
S
|
S
-
 
I
-
 
L
-
 
N
-
 
D
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
V
M
 
L
L
 
I
T
 
N
K
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
N
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
I
A
 
N
A
 
L
I
 
V
D
 
D
G
 
P
T
 
T
T
 
A
L
 
G
T
 
Q
D
 
S
V
 
V
L
 
I
Q
 
D
K
 
K
A
 
A
A
 
K
D
 
A
K
 
A
G
 
N
V
 
I
K
 
P
V
 
I
I
 
I
A
x
L
Y
 
F
D
x
N
R
x
K
L
 
-
I
 
-
R
 
-
G
 
-
S
 
D
K
 
P
N
 
G
V
|
V
D
 
D
Y
 
A
Y
 
L
A
 
N
T
 
S
F
 
Y
D
 
D
N
 
K
F
 
A
-
 
W
-
x
Y
-
 
V
-
x
G
-
 
T
-
 
T
-
 
P
-
 
K
Q
 
D
V
 
S
G
 
G
V
 
I
L
 
L
Q
 
Q
A
 
G
Q
 
Q
S
 
V
L
 
I
E
 
E
K
 
K
A
 
A
L
 
W
G
 
L
L
 
A
K
 
N
-
 
P
-
 
A
-
 
Y
-
x
D
-
 
L
E
x
N
G
 
G
K
x
D
G
 
G
P
x
V
F
 
I
N
x
Q
I
 
Y
E
 
V
L
 
M
F
 
L
G
 
F
G
 
G
S
 
E
S
 
P
D
 
G
D
x
Q
N
 
P
N
x
D
A
 
A
F
 
E
F
 
A
F
x
R
Y
 
T
N
 
K
G
 
Y
A
 
S
M
 
I
S
 
E
V
 
Y
L
 
L
K
 
N
P
 
-
Y
 
-
I
 
-
D
 
E
S
 
K
G
 
G
K
 
-
L
 
-
V
 
-
V
 
I
R
 
K
S
 
T
K
 
E
Q
 
E
M
 
L
G
 
H
M
 
K
D
 
D
K
 
-
V
 
-
A
 
-
T
 
I
L
 
A
R
 
N
W
|
W
D
 
D
P
 
A
A
 
A
T
 
Q
A
 
A
Q
 
K
A
 
D
R
 
K
M
|
M
D
 
D
N
 
A
L
 
W
L
 
L
S
 
S
A
 
G
Y
 
P
Y
 
N
T
 
A
N
 
N
A
 
-
K
 
K
V
 
I
N
x
E
A
 
V
V
 
V
L
 
I
S
 
A
P
 
N
Y
x
N
D
 
D
G
 
G
L
 
M
S
 
A
I
 
L
G
 
G
I
 
A
L
 
V
S
 
E
S
|
S
L
 
I
R
 
K
G
 
A
V
 
V
G
 
K
Y
 
K
G
 
E
T
 
L
P
 
P
Q
 
-
Q
 
-
P
 
-
F
 
-
P
 
-
Y
 
-
V
 
V
S
 
F
G
 
G
Q
 
V
D
|
D
A
 
A
E
 
I
V
 
Q
P
 
E
S
 
A
V
 
L
K
 
T
S
 
L
I
 
I
I
 
E
R
 
K
G
 
G
E
 
E
Q
 
M
Y
 
V
S
 
G
T
 
T
I
 
V
F
 
L
K
x
Q
D
 
D
T
 
A
R
 
T
E
 
G
L
 
Q
A
 
A
K
 
R
V
 
A
T
 
I
V
 
L
G
 
E
M
 
L
V
 
A
D
 
N
A
 
N
V
 
I
L
 
A
G
 
N
G
 
G
K
 
K
Q
 
E
P
 
P
Q
 
-
I
 
-
N
 
-
D
 
-
T
 
-
K
 
-
T
 
T
Y
 
E
N
 
G
N
 
T
G
 
E
V
 
W
K
 
K
V
 
L
V
 
I
P
 
D
S
 
K
Y
 
A
L
 
V
L
 
R
K
 
V
P
 
P
V
 
Y
V
 
V
-
 
G
V
 
V
D
 
D
K
 
K
S
 
D
N
 
N
W
 
Y
K
 
K
E
 
E

Sites not aligning to the query:

P0AEE5 D-galactose/methyl-galactoside binding periplasmic protein MglB; D-galactose-binding periplasmic protein; GBP; D-galactose/D-glucose-binding protein; GGBP from Escherichia coli (strain K12) (see 4 papers)
26% identity, 77% coverage: 68:343/357 of query aligns to 64:328/332 of P0AEE5

query
sites
P0AEE5
A
 
S
E
 
Q
D
 
N
D
 
D
I
 
Q
P
 
S
N
 
K
Q
 
Q
L
 
N
S
 
D
Q
 
Q
I
 
I
E
 
D
N
 
V
M
 
L
L
 
L
T
 
A
K
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
V
 
A
L
 
L
V
 
A
I
 
I
A
 
N
A
 
L
I
 
V
D
 
D
G
 
P
T
 
A
T
 
A
L
 
A
T
 
G
D
 
T
V
 
V
L
 
I
Q
 
E
K
 
K
A
 
A
A
 
R
D
 
G
K
 
Q
G
 
N
V
 
V
K
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
F
Y
 
F
D
x
N
-
 
K
-
 
E
-
 
P
-
 
S
R
 
R
L
 
K
I
 
A
R
 
L
G
 
D
S
 
S
K
 
Y
N
 
D
V
 
K
D
 
A
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
V
T
 
G
F
 
T
D
 
D
N
 
S
F
 
K
Q
 
E
V
 
S
G
 
G
V
 
I
L
 
I
Q
 
Q
A
 
G
Q
 
D
S
 
L
L
 
I
E
 
A
K
 
K
A
 
H
L
 
W
G
 
A
L
 
A
K
 
N
E
 
Q
G
 
G
-
 
W
-
x
D
-
 
L
-
x
N
-
 
K
K
x
D
G
 
G
P
x
Q
F
 
I
N
x
Q
I
 
F
E
 
V
L
 
L
F
 
L
G
 
K
G
 
G
S
 
E
-
 
P
-
 
G
S
x
H
D
 
P
D
|
D
N
 
A
N
 
E
A
 
A
F
x
R
F
 
T
F
 
T
Y
 
Y
N
 
-
G
 
-
A
 
-
M
 
-
S
 
-
V
 
V
L
 
I
K
 
K
P
 
E
Y
 
L
I
 
N
D
 
D
S
 
K
G
 
G
K
 
-
L
 
-
V
 
-
V
 
I
R
 
K
S
 
T
K
 
E
Q
 
Q
M
 
L
G
 
Q
M
 
L
D
 
D
K
 
-
V
 
-
A
 
-
T
 
T
L
 
A
R
 
M
W
 
W
D
 
D
P
 
T
A
 
A
T
 
Q
A
 
A
Q
 
K
A
 
D
R
 
K
M
 
M
D
 
D
N
 
A
L
 
W
L
 
L
S
 
S
A
 
G
Y
 
P
Y
 
N
T
 
A
N
 
N
A
 
-
K
 
K
V
 
I
N
x
E
A
 
V
V
 
V
L
 
I
S
 
A
P
 
N
Y
x
N
D
 
D
G
 
A
L
 
M
S
 
A
I
 
M
G
 
G
I
 
A
L
 
V
S
 
E
S
 
A
L
 
L
R
 
K
G
 
-
V
 
-
G
 
A
Y
 
H
G
 
N
T
 
K
P
 
S
Q
 
S
Q
 
I
P
 
P
F
 
-
P
 
-
Y
 
-
V
 
V
S
 
F
G
 
G
Q
 
V
D
|
D
A
 
A
E
 
L
V
 
P
P
 
E
S
 
A
V
 
L
K
 
A
S
 
L
I
 
V
I
 
K
R
 
S
G
 
G
E
 
A
Q
 
L
Y
 
A
S
 
G
T
 
T
I
 
V
F
 
L
K
x
N
D
 
D
T
 
A
R
 
N
E
 
N
L
 
Q
A
 
A
K
 
K
V
 
A
T
 
T
V
 
F
G
 
D
M
 
L
V
 
A
D
 
K
A
 
N
V
 
L
L
 
A
G
 
D
G
 
G
K
 
K
Q
 
G
P
 
A
Q
 
A
I
 
D
N
 
G
D
 
T
T
 
N
K
 
W
T
 
K
Y
 
I
N
 
D
N
 
N
G
 
K
V
 
V
K
 
V
V
 
R
V
 
V
P
 
P
S
 
Y
Y
 
-
L
 
-
L
 
-
K
 
-
P
 
-
V
 
V
V
 
G
V
 
V
D
 
D
K
 
K
S
 
D
N
 
N
W
 
L
K
 
A
E
 
E

Sites not aligning to the query:

2gbpA Sugar and signal-transducer binding sites of the escherichia coli galactose chemoreceptor protein (see paper)
26% identity, 77% coverage: 68:343/357 of query aligns to 41:305/309 of 2gbpA

query
sites
2gbpA
A
 
S
E
 
Q
D
 
N
D
 
D
I
 
Q
P
 
S
N
 
K
Q
 
Q
L
 
N
S
 
D
Q
 
Q
I
 
I
E
 
D
N
 
V
M
 
L
L
 
L
T
 
A
K
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
V
 
A
L
 
L
V
 
A
I
 
I
A
 
N
A
 
L
I
 
V
D
 
D
G
 
P
T
 
A
T
 
A
L
 
A
T
 
G
D
 
T
V
 
V
L
 
I
Q
 
E
K
 
K
A
 
A
A
 
R
D
 
G
K
 
Q
G
 
N
V
 
V
K
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
F
Y
 
F
D
x
N
-
x
K
-
 
E
-
 
P
-
 
S
R
 
R
L
 
K
I
 
A
R
 
L
G
 
D
S
 
S
K
 
Y
N
 
D
V
 
K
D
 
A
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
V
T
 
G
F
 
T
D
 
D
N
 
S
F
 
K
Q
 
E
V
 
S
G
 
G
V
 
I
L
 
I
Q
 
Q
A
 
G
Q
 
D
S
 
L
L
 
I
E
 
A
K
 
K
A
 
H
L
 
W
G
 
A
L
 
A
K
 
N
E
 
Q
G
 
G
-
 
W
-
x
D
-
 
L
-
x
N
-
 
K
K
x
D
G
 
G
P
x
Q
F
 
I
N
x
Q
I
 
F
E
 
V
L
 
L
F
 
L
G
 
K
G
 
G
S
 
E
-
 
P
-
 
G
S
x
H
D
 
P
D
|
D
N
 
A
N
 
E
A
 
A
F
x
R
F
 
T
F
 
T
Y
 
Y
N
 
-
G
 
-
A
 
-
M
 
-
S
 
-
V
 
V
L
 
I
K
 
K
P
 
E
Y
 
L
I
 
N
D
 
D
S
 
K
G
 
G
K
 
-
L
 
-
V
 
-
V
 
I
R
 
K
S
 
T
K
 
E
Q
 
Q
M
 
L
G
 
Q
M
 
L
D
 
D
K
 
-
V
 
-
A
 
-
T
 
T
L
 
A
R
 
M
W
|
W
D
 
D
P
 
T
A
 
A
T
 
Q
A
 
A
Q
 
K
A
 
D
R
 
K
M
 
M
D
 
D
N
 
A
L
 
W
L
 
L
S
 
S
A
 
G
Y
 
P
Y
 
N
T
 
A
N
 
N
A
 
-
K
 
K
V
 
I
N
x
E
A
 
V
V
 
V
L
 
I
S
 
A
P
 
N
Y
x
N
D
 
D
G
 
A
L
 
M
S
 
A
I
 
M
G
 
G
I
 
A
L
 
V
S
 
E
S
 
A
L
 
L
R
 
K
G
 
A
V
 
H
G
 
N
Y
 
K
G
 
S
T
 
S
P
 
-
Q
 
-
Q
 
-
P
 
-
F
 
I
P
 
P
Y
 
-
V
 
V
S
 
F
G
 
G
Q
 
V
D
|
D
A
 
A
E
 
L
V
 
P
P
 
E
S
 
A
V
 
L
K
 
A
S
 
L
I
 
V
I
 
K
R
 
S
G
 
G
E
 
A
Q
 
L
Y
 
A
S
 
G
T
 
T
I
 
V
F
 
L
K
x
N
D
 
D
T
 
A
R
 
N
E
 
N
L
 
Q
A
 
A
K
 
K
V
 
A
T
 
T
V
 
F
G
 
D
M
 
L
V
 
A
D
 
K
A
 
N
V
 
L
L
 
A
G
 
D
G
 
G
K
 
K
Q
 
G
P
 
A
Q
 
A
I
 
D
N
 
G
D
 
T
T
 
N
K
 
W
T
 
K
Y
 
I
N
 
D
N
 
N
G
 
K
V
 
V
K
 
V
V
 
R
V
 
V
P
 
P
S
 
Y
Y
 
-
L
 
-
L
 
-
K
 
-
P
 
-
V
 
V
V
 
G
V
 
V
D
 
D
K
 
K
S
 
D
N
 
N
W
 
L
K
 
A
E
 
E

Sites not aligning to the query:

4yo7A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from bacillus halodurans c-125 (bh2323, target efi- 511484) with bound myo-inositol
21% identity, 63% coverage: 68:292/357 of query aligns to 44:246/287 of 4yo7A

query
sites
4yo7A
A
 
A
E
 
Q
D
 
N
D
 
D
I
 
S
P
 
T
N
 
Q
Q
 
Q
L
 
M
S
 
A
Q
 
Q
I
 
V
E
 
E
N
 
N
M
 
F
L
 
I
T
 
S
K
 
R
G
 
N
A
 
V
K
 
D
V
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
V
A
 
N
A
 
P
I
 
V
D
 
D
G
 
T
T
 
T
T
 
S
L
 
A
T
 
V
D
 
D
V
 
I
L
 
V
Q
 
N
K
 
M
A
 
V
A
 
N
D
 
D
K
 
A
G
 
G
V
 
I
K
 
P
V
 
I
I
 
I
A
 
I
Y
 
A
D
x
N
R
|
R
L
 
T
I
 
F
R
 
D
G
 
G
S
 
V
K
 
D
N
 
Q
V
 
A
D
 
T
Y
 
A
Y
 
F
A
 
V
T
 
G
F
 
S
D
 
E
N
 
S
F
 
I
Q
 
Q
V
 
S
G
 
G
V
 
L
L
 
L
Q
 
Q
A
 
M
Q
 
E
S
 
E
L
 
V
E
 
A
K
 
K
A
 
L
L
 
L
G
 
N
L
 
-
K
 
N
E
 
E
G
 
G
K
 
-
G
 
-
P
 
-
F
 
-
N
 
N
I
 
I
E
 
A
L
 
I
F
 
M
G
 
D
G
 
G
S
 
E
S
 
L
D
 
G
D
 
H
N
 
E
N
 
A
A
 
Q
F
 
I
F
 
M
F
x
R
Y
 
T
N
 
E
G
 
G
A
 
N
M
 
K
S
 
Q
V
 
I
L
 
I
K
 
E
P
 
E
Y
 
H
I
 
-
D
 
D
S
 
G
G
 
L
K
 
E
L
 
V
V
 
V
V
 
L
R
 
Q
S
 
-
K
 
-
Q
 
-
M
 
-
G
 
-
M
 
-
D
 
-
K
 
-
V
 
-
A
 
G
T
 
T
L
 
A
R
 
K
W
 
F
D
 
D
P
 
R
A
 
S
T
 
E
A
 
G
Q
 
M
A
 
R
R
 
L
M
 
M
D
 
E
N
 
N
L
 
W
L
 
L
S
 
N
A
 
-
Y
 
-
Y
 
-
T
 
S
N
 
G
A
 
T
K
 
E
V
 
I
N
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
V
S
 
A
P
 
N
Y
x
N
D
 
D
G
 
E
L
 
M
S
 
A
I
 
L
G
 
G
I
 
A
L
 
I
S
 
L
S
 
A
L
 
L
R
 
E
G
 
A
V
 
V
G
 
G
Y
 
-
G
 
-
T
 
-
P
 
-
Q
 
K
Q
x
L
P
 
D
F
 
D
P
x
V
Y
 
I
V
 
V
S
 
A
G
 
G
Q
 
I
D
|
D
A
 
A
E
 
T
V
 
P
P
 
A
S
 
A
V
 
L
K
 
E
S
 
A
I
 
M
I
 
K
R
 
E
G
 
G
E
 
K
Q
 
L
Y
 
D
S
 
V
T
 
T
I
 
V
F
 
F
K
x
Q
D
 
D
T
 
A
R
 
K

Sites not aligning to the query:

P23905 D-galactose/methyl-galactoside binding periplasmic protein MglB; D-galactose-binding periplasmic protein; GBP; D-galactose/D-glucose-binding protein; GGBP from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 2 papers)
26% identity, 77% coverage: 68:343/357 of query aligns to 64:328/332 of P23905

query
sites
P23905
A
 
S
E
 
Q
D
 
N
D
 
D
I
 
Q
P
 
S
N
 
K
Q
 
Q
L
 
N
S
 
D
Q
 
Q
I
 
I
E
 
D
N
 
V
M
 
L
L
 
L
T
 
A
K
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
V
 
A
L
 
L
V
 
A
I
 
I
A
 
N
A
 
L
I
 
V
D
 
D
G
 
P
T
 
A
T
 
A
L
 
A
T
 
G
D
 
T
V
 
V
L
 
I
Q
 
E
K
 
K
A
 
A
A
 
R
D
 
G
K
 
Q
G
 
N
V
 
V
K
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
F
Y
 
F
D
x
N
-
 
K
-
 
E
-
 
P
-
 
S
R
 
R
L
 
K
I
 
A
R
 
L
G
 
D
S
 
S
K
 
Y
N
 
D
V
 
K
D
 
A
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
V
T
 
G
F
 
T
D
 
D
N
 
S
F
 
K
Q
 
E
V
 
S
G
 
G
V
 
V
L
 
I
Q
 
Q
A
 
G
Q
 
D
S
 
L
L
 
I
E
 
A
K
 
K
A
 
H
L
 
W
G
 
Q
L
 
A
K
 
N
E
 
Q
G
 
G
-
 
W
-
x
D
-
 
L
-
x
N
-
 
K
K
x
D
G
 
G
P
x
K
F
 
I
N
x
Q
I
 
Y
E
 
V
L
 
L
F
 
L
G
 
K
G
 
G
S
 
E
-
 
P
-
 
G
S
x
H
D
 
P
D
|
D
N
 
A
N
 
E
A
 
A
F
x
R
F
 
T
F
 
T
Y
 
Y
N
 
-
G
 
-
A
 
-
M
 
-
S
 
-
V
 
V
L
 
V
K
 
K
P
 
E
Y
 
L
I
 
N
D
 
D
S
 
K
G
 
G
K
 
-
L
 
-
V
 
-
V
 
I
R
 
Q
S
 
T
K
 
E
Q
 
Q
M
 
L
G
 
A
M
 
L
D
 
D
K
 
-
V
 
-
A
 
-
T
 
T
L
 
A
R
 
M
W
 
W
D
 
D
P
 
T
A
 
A
T
 
Q
A
 
A
Q
 
K
A
 
D
R
 
K
M
 
M
D
 
D
N
 
A
L
 
W
L
 
L
S
 
S
A
 
G
Y
 
P
Y
 
N
T
 
A
N
 
N
A
 
-
K
 
K
V
 
I
N
x
E
A
 
V
V
 
V
L
 
I
S
 
A
P
 
N
Y
x
N
D
 
D
G
 
A
L
 
M
S
 
A
I
 
M
G
 
G
I
 
A
L
 
V
S
 
E
S
 
A
L
 
L
R
 
K
G
 
A
V
 
H
G
 
N
Y
 
-
G
 
-
T
 
-
P
 
-
Q
 
K
Q
 
S
P
 
S
F
 
I
P
 
P
Y
 
-
V
 
V
S
 
F
G
 
G
Q
 
V
D
|
D
A
 
A
E
 
L
V
 
P
P
 
E
S
 
A
V
 
L
K
 
A
S
 
L
I
 
V
I
 
K
R
 
S
G
 
G
E
 
A
Q
 
M
Y
 
A
S
 
G
T
 
T
I
 
V
F
 
L
K
x
N
D
 
D
T
 
A
R
 
N
E
 
N
L
 
Q
A
 
A
K
 
K
V
 
A
T
 
T
V
 
F
G
 
D
M
 
L
V
 
A
D
 
K
A
 
N
V
 
L
L
 
A
G
 
E
G
 
G
K
 
K
Q
 
G
P
 
A
Q
 
A
I
 
D
N
 
G
D
 
T
T
 
S
K
 
W
T
 
K
Y
 
I
N
 
E
N
 
N
G
 
K
V
 
I
K
 
V
V
 
R
V
 
V
P
 
P
S
 
Y
Y
 
-
L
 
-
L
 
-
K
 
-
P
 
-
V
 
V
V
 
G
V
 
V
D
 
D
K
 
K
S
 
D
N
 
N
W
 
L
K
 
S
E
 
E

Sites not aligning to the query:

2qw1A Glucose/galactose binding protein bound to 3-o-methyl d-glucose (see paper)
26% identity, 77% coverage: 68:343/357 of query aligns to 40:304/305 of 2qw1A

query
sites
2qw1A
A
 
S
E
 
Q
D
 
N
D
 
D
I
 
Q
P
 
S
N
 
K
Q
 
Q
L
 
N
S
 
D
Q
 
Q
I
 
I
E
 
D
N
 
V
M
 
L
L
 
L
T
 
A
K
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
V
 
A
L
 
L
V
 
A
I
 
I
A
 
N
A
 
L
I
 
V
D
 
D
G
 
P
T
 
A
T
 
A
L
 
A
T
 
G
D
 
T
V
 
V
L
 
I
Q
 
E
K
 
K
A
 
A
A
 
R
D
 
G
K
 
Q
G
 
N
V
 
V
K
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
F
Y
 
F
D
 
N
-
 
K
-
 
E
-
 
P
-
 
S
R
 
R
L
 
K
I
 
A
R
 
L
G
 
D
S
 
S
K
 
Y
N
 
D
V
 
K
D
 
A
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
V
T
 
G
F
 
T
D
 
D
N
 
S
F
 
K
Q
 
E
V
 
S
G
 
G
V
 
I
L
 
I
Q
 
Q
A
 
G
Q
 
D
S
 
L
L
 
I
E
 
A
K
 
K
A
 
H
L
 
W
G
 
A
L
 
A
K
 
N
E
 
Q
G
 
G
-
 
W
-
x
D
-
 
L
-
x
N
-
 
K
K
x
D
G
 
G
P
x
Q
F
 
I
N
x
Q
I
 
F
E
 
V
L
 
L
F
 
L
G
 
K
G
 
G
S
 
E
-
 
P
-
 
G
S
x
H
D
 
P
D
 
D
N
 
A
N
 
E
A
 
A
F
 
R
F
 
T
F
 
T
Y
 
Y
N
 
-
G
 
-
A
 
-
M
 
-
S
 
-
V
 
V
L
 
I
K
 
K
P
 
E
Y
 
L
I
 
N
D
 
D
S
 
K
G
 
G
K
 
-
L
 
-
V
 
-
V
 
I
R
 
K
S
 
T
K
 
E
Q
 
Q
M
 
L
G
 
Q
M
 
L
D
 
D
K
 
-
V
 
-
A
 
-
T
 
T
L
 
A
R
 
M
W
|
W
D
 
D
P
 
T
A
 
A
T
 
Q
A
 
A
Q
 
K
A
 
D
R
 
K
M
 
M
D
 
D
N
 
A
L
 
W
L
 
L
S
 
S
A
 
G
Y
 
P
Y
 
N
T
 
A
N
 
N
A
 
-
K
 
K
V
 
I
N
x
E
A
 
V
V
 
V
L
 
I
S
 
A
P
 
N
Y
x
N
D
 
D
G
 
A
L
 
M
S
 
A
I
 
M
G
 
G
I
 
A
L
 
V
S
 
E
S
 
A
L
 
L
R
 
K
G
 
-
V
 
-
G
 
A
Y
 
H
G
 
N
T
 
K
P
 
S
Q
 
S
Q
 
I
P
 
P
F
 
-
P
 
-
Y
 
-
V
 
V
S
 
F
G
 
G
Q
 
V
D
|
D
A
 
A
E
 
L
V
 
P
P
 
E
S
 
A
V
 
L
K
 
A
S
 
L
I
 
V
I
 
K
R
 
S
G
 
G
E
 
A
Q
 
L
Y
 
A
S
 
G
T
 
T
I
 
V
F
 
L
K
 
N
D
 
D
T
 
A
R
 
N
E
 
N
L
 
Q
A
 
A
K
 
K
V
 
A
T
 
T
V
 
F
G
 
D
M
 
L
V
 
A
D
 
K
A
 
N
V
 
L
L
 
A
G
 
D
G
 
G
K
 
K
Q
 
G
P
 
A
Q
 
A
I
 
D
N
 
G
D
 
T
T
 
N
K
 
W
T
 
K
Y
 
I
N
 
D
N
 
N
G
 
K
V
 
V
K
 
V
V
 
R
V
 
V
P
 
P
S
 
Y
Y
 
-
L
 
-
L
 
-
K
 
-
P
 
-
V
 
V
V
 
G
V
 
V
D
 
D
K
 
K
S
 
D
N
 
N
W
 
L
K
 
A
E
 
E

3ga5A X-ray structure of glucose/galactose receptor from salmonella typhimurium in complex with (2r)-glyceryl-beta-d-galactopyranoside (see paper)
26% identity, 77% coverage: 68:343/357 of query aligns to 39:303/305 of 3ga5A

query
sites
3ga5A
A
 
S
E
 
Q
D
 
N
D
 
D
I
 
Q
P
 
S
N
 
K
Q
 
Q
L
 
N
S
 
D
Q
 
Q
I
 
I
E
 
D
N
 
V
M
 
L
L
 
L
T
 
A
K
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
V
 
A
L
 
L
V
 
A
I
 
I
A
 
N
A
 
L
I
 
V
D
 
D
G
 
P
T
 
A
T
 
A
L
 
A
T
 
G
D
 
T
V
 
V
L
 
I
Q
 
E
K
 
K
A
 
A
A
 
R
D
 
G
K
 
Q
G
 
N
V
 
V
K
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
F
Y
 
F
D
x
N
-
x
K
-
 
E
-
 
P
-
 
S
R
 
R
L
 
K
I
 
A
R
 
L
G
 
D
S
 
S
K
 
Y
N
 
D
V
 
K
D
 
A
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
V
T
 
G
F
x
T
D
 
D
N
 
S
F
 
K
Q
 
E
V
 
S
G
 
G
V
 
V
L
 
I
Q
 
Q
A
 
G
Q
 
D
S
 
L
L
 
I
E
 
A
K
 
K
A
 
H
L
 
W
G
 
Q
L
 
A
K
 
N
E
 
Q
G
 
G
-
 
W
-
x
D
-
 
L
-
x
N
-
 
K
K
x
D
G
 
G
P
x
K
F
 
I
N
x
Q
I
 
Y
E
 
V
L
 
L
F
 
L
G
 
K
G
 
G
S
 
E
-
 
P
-
 
G
S
x
H
D
 
P
D
|
D
N
 
A
N
 
E
A
 
A
F
x
R
F
 
T
F
 
T
Y
 
Y
N
 
-
G
 
-
A
 
-
M
 
-
S
 
-
V
 
V
L
 
V
K
 
K
P
 
E
Y
 
L
I
 
N
D
 
D
S
 
K
G
 
G
K
 
-
L
 
-
V
 
-
V
 
I
R
 
Q
S
 
T
K
 
E
Q
 
Q
M
 
L
G
 
A
M
 
L
D
 
D
K
 
-
V
 
-
A
 
-
T
 
T
L
 
A
R
 
M
W
|
W
D
 
D
P
 
T
A
 
A
T
 
Q
A
 
A
Q
 
K
A
 
D
R
 
K
M
 
M
D
 
D
N
 
A
L
 
W
L
 
L
S
 
S
A
 
G
Y
 
P
Y
 
N
T
 
A
N
 
N
A
 
-
K
 
K
V
 
I
N
x
E
A
 
V
V
 
V
L
 
I
S
 
A
P
 
N
Y
x
N
D
 
D
G
 
A
L
 
M
S
 
A
I
 
M
G
 
G
I
 
A
L
 
V
S
 
E
S
 
A
L
 
L
R
 
K
G
 
A
V
 
H
G
 
N
Y
 
-
G
 
-
T
 
-
P
 
-
Q
 
K
Q
 
S
P
 
S
F
 
I
P
 
P
Y
 
-
V
 
V
S
 
F
G
 
G
Q
 
V
D
|
D
A
 
A
E
 
L
V
 
P
P
 
E
S
 
A
V
 
L
K
 
A
S
 
L
I
 
V
I
 
K
R
 
S
G
 
G
E
 
A
Q
 
M
Y
 
A
S
 
G
T
 
T
I
 
V
F
 
L
K
x
N
D
 
D
T
 
A
R
 
N
E
 
N
L
x
Q
A
 
A
K
 
K
V
 
A
T
 
T
V
 
F
G
 
D
M
 
L
V
 
A
D
 
K
A
 
N
V
 
L
L
 
A
G
 
E
G
 
G
K
 
K
Q
 
G
P
 
A
Q
 
A
I
 
D
N
 
G
D
 
T
T
 
S
K
 
W
T
 
K
Y
 
I
N
 
E
N
 
N
G
 
K
V
 
I
K
 
V
V
 
R
V
 
V
P
 
P
S
 
Y
Y
 
-
L
 
-
L
 
-
K
 
-
P
 
-
V
 
V
V
 
G
V
 
V
D
 
D
K
 
K
S
 
D
N
 
N
W
 
L
K
 
S
E
 
E

Sites not aligning to the query:

1gcaA The 1.7 angstroms refined x-ray structure of the periplasmic glucose(slash)galactose receptor from salmonella typhimurium (see paper)
26% identity, 77% coverage: 68:343/357 of query aligns to 41:305/309 of 1gcaA

query
sites
1gcaA
A
 
S
E
 
Q
D
 
N
D
 
D
I
 
Q
P
 
S
N
 
K
Q
 
Q
L
 
N
S
 
D
Q
 
Q
I
 
I
E
 
D
N
 
V
M
 
L
L
 
L
T
 
A
K
 
K
G
 
G
A
 
V
K
 
K
V
 
A
L
 
L
V
 
A
I
 
I
A
 
N
A
 
L
I
 
V
D
 
D
G
 
P
T
 
A
T
 
A
L
 
A
T
 
G
D
 
T
V
 
V
L
 
I
Q
 
E
K
 
K
A
 
A
A
 
R
D
 
G
K
 
Q
G
 
N
V
 
V
K
 
P
V
 
V
I
 
V
A
 
F
Y
 
F
D
x
N
-
x
K
-
 
E
-
 
P
-
 
S
R
 
R
L
 
K
I
 
A
R
 
L
G
 
D
S
 
S
K
 
Y
N
 
D
V
 
K
D
 
A
Y
 
Y
Y
 
Y
A
 
V
T
 
G
F
 
T
D
 
D
N
 
S
F
 
K
Q
 
E
V
 
S
G
 
G
V
 
V
L
 
I
Q
 
Q
A
 
G
Q
 
D
S
 
L
L
 
I
E
 
A
K
 
K
A
 
H
L
 
W
G
 
Q
L
 
A
K
 
N
E
 
Q
G
 
G
-
 
W
-
x
D
-
 
L
-
x
N
-
 
K
K
x
D
G
 
G
P
x
K
F
 
I
N
x
Q
I
 
Y
E
 
V
L
 
L
F
 
L
G
 
K
G
 
G
S
 
E
-
 
P
-
 
G
S
x
H
D
 
P
D
|
D
N
 
A
N
 
E
A
 
A
F
x
R
F
 
T
F
 
T
Y
 
Y
N
 
-
G
 
-
A
 
-
M
 
-
S
 
-
V
 
V
L
 
V
K
 
K
P
 
E
Y
 
L
I
 
N
D
 
D
S
 
K
G
 
G
K
 
-
L
 
-
V
 
-
V
 
I
R
 
Q
S
 
T
K
 
E
Q
 
Q
M
 
L
G
 
A
M
 
L
D
 
D
K
 
-
V
 
-
A
 
-
T
 
T
L
 
A
R
 
M
W
 
W
D
 
D
P
 
T
A
 
A
T
 
Q
A
 
A
Q
 
K
A
 
D
R
 
K
M
 
M
D
 
D
N
 
A
L
 
W
L
 
L
S
 
S
A
 
G
Y
 
P
Y
 
N
T
 
A
N
 
N
A
 
-
K
 
K
V
 
I
N
x
E
A
 
V
V
 
V
L
 
I
S
 
A
P
 
N
Y
x
N
D
 
D
G
 
A
L
 
M
S
 
A
I
 
M
G
 
G
I
 
A
L
 
V
S
 
E
S
 
A
L
 
L
R
 
K
G
 
A
V
 
H
G
 
N
Y
 
K
G
 
S
T
 
S
P
 
-
Q
 
-
Q
 
-
P
 
-
F
 
I
P
 
P
Y
 
-
V
 
V
S
 
F
G
 
G
Q
 
V
D
|
D
A
 
A
E
 
L
V
 
P
P
 
E
S
 
A
V
 
L
K
 
A
S
 
L
I
 
V
I
 
K
R
 
S
G
 
G
E
 
A
Q
 
M
Y
 
A
S
 
G
T
 
T
I
 
V
F
 
L
K
x
N
D
 
D
T
 
A
R
 
N
E
 
N
L
 
Q
A
 
A
K
 
K
V
 
A
T
 
T
V
 
F
G
 
D
M
 
L
V
 
A
D
 
K
A
 
N
V
 
L
L
 
A
G
 
E
G
 
G
K
 
K
Q
 
G
P
 
A
Q
 
A
I
 
D
N
 
G
D
 
T
T
 
S
K
 
W
T
 
K
Y
 
I
N
 
E
N
 
N
G
 
K
V
 
I
K
 
V
V
 
R
V
 
V
P
 
P
S
 
Y
Y
 
-
L
 
-
L
 
-
K
 
-
P
 
-
V
 
V
V
 
G
V
 
V
D
 
D
K
 
K
S
 
D
N
 
N
W
 
L
K
 
S
E
 
E

Sites not aligning to the query:

2x7xA Fructose binding periplasmic domain of hybrid two component system bt1754 (see paper)
25% identity, 62% coverage: 33:254/357 of query aligns to 4:206/301 of 2x7xA

query
sites
2x7xA
V
 
I
G
 
G
V
 
V
A
 
A
M
 
Q
P
 
C
T
 
S
K
 
D
S
x
D
S
 
S
A
x
W
R
|
R
W
 
H
I
 
K
A
 
M
D
 
N
G
 
D
N
 
E
N
 
I
M
 
L
V
 
R
K
 
E
V
 
A
L
 
M
K
 
F
E
 
Y
K
 
N
G
 
G
Y
 
V
Q
 
S
T
 
V
D
 
E
L
 
I
Q
 
R
Y
 
S
A
 
A
E
 
G
D
 
D
D
 
D
I
 
N
P
 
S
N
 
K
Q
 
Q
L
 
A
S
 
E
Q
 
D
I
 
V
E
 
H
N
 
Y
M
 
F
L
 
M
T
 
D
K
 
E
G
 
G
A
 
V
K
 
D
V
 
L
L
 
L
V
 
I
I
 
I
A
 
S
A
 
A
I
 
N
D
 
E
G
 
A
T
 
A
T
 
P
L
 
M
T
 
T
D
 
P
V
 
I
L
 
V
Q
 
E
K
 
E
A
 
A
A
 
Y
D
 
Q
K
 
K
G
 
G
V
 
I
K
 
P
V
 
V
I
 
I
A
 
L
Y
 
V
D
|
D
R
|
R
L
 
K
I
 
I
R
 
L
G
 
S
S
 
D
K
 
K
N
 
Y
V
 
T
D
 
A
Y
 
Y
Y
 
I
A
 
G
T
 
A
F
 
-
D
 
D
N
 
N
F
 
Y
Q
 
E
V
 
I
G
 
G
V
 
R
L
 
S
Q
 
V
A
 
G
Q
 
N
S
 
Y
L
 
I
E
 
A
K
 
S
A
 
S
L
 
L
G
 
-
L
 
-
K
 
-
E
 
-
G
 
-
K
 
K
G
 
G
P
 
K
F
 
G
N
 
N
I
 
I
E
 
V
L
 
E
F
 
L
G
 
T
G
 
G
S
 
L
S
 
S
D
 
G
D
 
S
N
 
T
N
x
P
A
 
A
F
 
M
F
 
E
F
x
R
Y
 
H
N
 
Q
G
 
G
A
 
F
M
 
M
S
 
A
V
 
A
L
 
I
K
 
S
P
 
K
Y
 
F
I
 
P
D
 
D
S
 
I
G
 
-
K
 
K
L
 
L
V
 
I
V
 
-
R
 
-
S
 
-
K
 
-
Q
 
-
M
 
-
G
 
-
M
 
-
D
 
D
K
 
K
V
 
-
A
 
A
T
 
D
L
 
A
R
 
A
W
|
W
D
 
E
P
 
R
A
 
G
T
 
P
A
 
A
Q
 
E
A
 
I
R
 
E
M
 
M
D
 
D
N
 
S
L
 
M
L
 
L
S
 
R
A
 
R
Y
 
H
Y
 
-
T
 
-
N
 
-
A
 
P
K
 
K
V
 
I
N
 
D
A
 
A
V
 
V
L
 
Y
S
 
A
P
 
H
Y
x
N
D
 
D
G
x
R
L
 
I
S
 
A
I
 
P
G
 
G
I
 
A
L
 
Y
S
 
Q
S
 
A
L
 
A
R
 
K
G
 
M
V
 
A
G
 
G

Sites not aligning to the query:

5ibqA Crystal structure of an abc solute binding protein from rhizobium etli cfn 42 (rhe_pf00037,target efi-511357) in complex with alpha-d-apiose
24% identity, 62% coverage: 32:254/357 of query aligns to 4:208/287 of 5ibqA

query
sites
5ibqA
L
 
L
V
 
I
G
 
A
V
 
I
A
 
I
M
 
T
P
 
P
T
 
A
K
 
H
S
 
D
S
x
N
A
 
P
R
x
F
W
 
F
I
 
K
A
 
A
D
 
E
G
 
A
N
 
V
N
 
G
M
 
A
V
 
E
K
 
A
V
 
K
L
 
A
K
 
K
E
 
E
K
 
L
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
E
T
 
T
D
 
L
L
 
V
Q
 
M
Y
 
T
A
 
H
E
 
D
D
 
D
D
 
D
I
 
A
P
 
N
N
 
K
Q
 
Q
L
 
S
S
 
E
Q
 
M
I
 
I
E
 
D
N
 
T
M
 
A
L
 
I
T
 
G
K
 
R
G
 
G
A
 
A
K
 
K
V
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
L
A
 
D
A
 
N
I
 
A
D
 
G
G
 
A
T
 
D
T
 
A
L
 
S
T
 
V
D
 
A
V
 
A
L
 
V
Q
 
K
K
 
K
A
 
A
A
 
K
D
 
D
K
 
A
G
 
G
V
 
I
K
 
P
V
 
S
I
 
F
A
 
L
Y
 
I
D
|
D
R
|
R
L
 
E
I
 
I
R
 
N
G
 
A
S
 
T
K
 
G
N
 
V
V
 
A
D
 
V
Y
 
A
Y
 
Q
A
 
I
T
 
V
F
 
S
D
 
N
N
 
N
F
 
Y
Q
 
Q
V
 
G
G
 
A
V
 
Q
L
 
L
Q
 
G
A
 
A
Q
 
Q
S
 
E
L
 
F
E
 
V
K
 
K
A
 
L
L
 
M
G
 
G
L
 
-
K
 
-
E
 
-
G
 
E
K
 
K
G
 
G
P
 
N
F
 
Y
N
 
-
I
 
V
E
 
E
L
 
L
F
 
V
G
 
G
G
 
K
S
 
E
S
 
S
D
 
-
D
|
D
N
 
T
N
|
N
A
 
A
F
 
G
F
 
I
F
x
R
Y
 
S
N
 
Q
G
 
G
A
 
Y
M
 
H
S
x
D
V
 
V
L
 
I
K
x
D
P
x
D
Y
 
Y
I
 
P
D
 
E
S
 
M
G
 
K
K
 
S
L
 
V
V
 
A
V
 
K
R
 
Q
S
 
S
K
 
A
Q
 
-
M
 
-
G
 
-
M
 
-
D
 
-
K
 
-
V
 
-
A
 
-
T
 
-
L
 
-
R
 
N
W
|
W
D
 
S
P
 
Q
A
 
T
T
 
E
A
 
A
Q
 
Y
A
 
S
R
 
K
M
 
M
D
 
E
N
 
T
L
 
I
L
 
L
S
 
Q
A
 
A
Y
 
-
Y
 
-
T
 
-
N
 
N
A
 
P
K
 
D
V
 
I
N
 
K
A
 
G
V
 
V
L
 
I
S
 
S
P
 
G
Y
x
N
D
 
D
G
 
T
L
 
M
S
 
A
I
 
M
G
 
G
I
 
A
L
 
I
S
 
A
S
 
A
L
 
L
R
 
Q
G
 
A
V
 
A
G
 
G

Sites not aligning to the query:

4ry0A Crystal structure of ribose transporter solute binding protein rhe_pf00037 from rhizobium etli cfn 42, target efi-511357, in complex with d-ribose
24% identity, 62% coverage: 32:254/357 of query aligns to 4:208/287 of 4ry0A

query
sites
4ry0A
L
 
L
V
 
I
G
 
A
V
 
I
A
 
I
M
 
T
P
 
P
T
 
A
K
 
H
S
 
D
S
x
N
A
 
P
R
 
F
W
x
F
I
 
K
A
 
A
D
 
E
G
 
A
N
 
V
N
 
G
M
 
A
V
 
E
K
 
A
V
 
K
L
 
A
K
 
K
E
 
E
K
 
L
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
E
T
 
T
D
 
L
L
 
V
Q
 
M
Y
 
T
A
 
H
E
 
D
D
 
D
D
 
D
I
 
A
P
 
N
N
 
K
Q
 
Q
L
 
S
S
 
E
Q
 
M
I
 
I
E
 
D
N
 
T
M
 
A
L
 
I
T
 
G
K
 
R
G
 
G
A
 
A
K
 
K
V
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
L
A
 
D
A
 
N
I
 
A
D
 
G
G
 
A
T
 
D
T
 
A
L
 
S
T
 
V
D
 
A
V
 
A
L
 
V
Q
 
K
K
 
K
A
 
A
A
 
K
D
 
D
K
 
A
G
 
G
V
 
I
K
 
P
V
 
S
I
 
F
A
 
L
Y
 
I
D
|
D
R
|
R
L
 
E
I
 
I
R
 
N
G
 
A
S
 
T
K
 
G
N
 
V
V
 
A
D
 
V
Y
 
A
Y
 
Q
A
 
I
T
 
V
F
 
S
D
 
N
N
 
N
F
 
Y
Q
 
Q
V
 
G
G
 
A
V
 
Q
L
 
L
Q
 
G
A
 
A
Q
 
Q
S
 
E
L
 
F
E
 
V
K
 
K
A
 
L
L
 
M
G
 
G
L
 
-
K
 
-
E
 
-
G
 
E
K
 
K
G
 
G
P
 
N
F
 
Y
N
 
-
I
 
V
E
 
E
L
 
L
F
 
V
G
 
G
G
 
K
S
 
E
S
 
S
D
 
-
D
|
D
N
 
T
N
 
N
A
 
A
F
 
G
F
 
I
F
x
R
Y
 
S
N
 
Q
G
 
G
A
 
Y
M
 
H
S
x
D
V
 
V
L
 
I
K
x
D
P
x
D
Y
 
Y
I
 
P
D
 
E
S
 
M
G
 
K
K
 
S
L
 
V
V
 
A
V
 
K
R
 
Q
S
 
S
K
 
A
Q
 
-
M
 
-
G
 
-
M
 
-
D
 
-
K
 
-
V
 
-
A
 
-
T
 
-
L
 
-
R
 
N
W
|
W
D
 
S
P
 
Q
A
 
T
T
 
E
A
 
A
Q
 
Y
A
 
S
R
 
K
M
 
M
D
 
E
N
 
T
L
 
I
L
 
L
S
 
Q
A
 
A
Y
 
-
Y
 
-
T
 
-
N
 
N
A
 
P
K
 
D
V
 
I
N
 
K
A
 
G
V
 
V
L
 
I
S
 
S
P
 
G
Y
x
N
D
 
D
G
 
T
L
 
M
S
 
A
I
 
M
G
 
G
I
 
A
L
 
I
S
 
A
S
 
A
L
 
L
R
 
Q
G
 
A
V
 
A
G
 
G

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>HSERO_RS05190 FitnessBrowser__HerbieS:HSERO_RS05190
MKIKSVLSGIALGLGVTLMSISAQVSAQSKQLVGVAMPTKSSARWIADGNNMVKVLKEKG
YQTDLQYAEDDIPNQLSQIENMLTKGAKVLVIAAIDGTTLTDVLQKAADKGVKVIAYDRL
IRGSKNVDYYATFDNFQVGVLQAQSLEKALGLKEGKGPFNIELFGGSSDDNNAFFFYNGA
MSVLKPYIDSGKLVVRSKQMGMDKVATLRWDPATAQARMDNLLSAYYTNAKVNAVLSPYD
GLSIGILSSLRGVGYGTPQQPFPYVSGQDAEVPSVKSIIRGEQYSTIFKDTRELAKVTVG
MVDAVLGGKQPQINDTKTYNNGVKVVPSYLLKPVVVDKSNWKEVLVGSGYYTEAQLK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory