SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing HSERO_RS05315 FitnessBrowser__HerbieS:HSERO_RS05315 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
37% identity, 89% coverage: 28:296/302 of query aligns to 3:272/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
I
 
I
G
 
G
M
 
L
S
 
V
F
 
I
Q
 
S
E
 
T
M
 
L
N
 
N
N
|
N
P
 
P
Y
x
F
F
|
F
V
 
V
S
 
T
M
 
L
K
 
K
K
 
N
A
 
G
L
 
A
D
 
E
E
 
E
A
 
K
A
 
A
K
 
K
S
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
Y
K
 
K
V
 
I
I
 
I
A
 
V
T
 
E
D
 
D
A
 
S
A
 
Q
H
 
N
N
 
D
V
 
S
A
 
S
K
 
K
Q
 
E
I
 
L
A
 
S
D
 
N
I
 
V
E
 
E
D
 
D
M
 
L
L
 
I
Q
 
Q
Q
 
Q
N
 
K
I
 
V
D
 
D
I
 
V
L
 
L
L
 
L
I
 
I
N
 
N
P
 
P
T
 
V
D
 
D
S
 
S
A
 
D
G
 
A
V
 
V
E
 
V
A
 
T
A
 
A
V
 
I
K
 
K
A
 
E
A
 
A
K
 
N
A
 
S
R
 
K
N
 
N
V
 
I
I
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
T
V
 
I
D
|
D
A
x
R
N
 
S
A
 
A
S
 
N
-
 
G
G
 
G
P
 
D
V
 
V
D
 
V
M
 
C
F
 
H
V
 
I
G
 
A
S
 
S
K
 
D
N
 
N
K
 
V
D
 
K
A
 
G
G
 
G
Y
 
E
Q
 
M
S
 
A
C
 
A
R
 
E
A
 
F
L
 
I
A
 
A
D
 
K
A
 
A
I
 
L
G
 
K
G
 
G
K
 
K
G
 
G
E
 
N
V
 
V
A
 
V
I
 
E
L
 
L
D
 
E
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
G
V
 
A
P
 
S
I
x
A
L
 
A
Q
 
R
-
 
D
R
|
R
V
 
G
E
 
K
G
 
G
C
 
F
K
 
D
Q
 
E
A
 
A
L
 
I
A
 
A
E
 
K
Y
 
Y
K
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
L
 
I
V
 
V
A
 
A
T
 
K
Q
 
Q
N
 
A
G
 
A
R
 
D
Q
x
F
D
 
D
R
 
R
S
 
S
V
 
K
A
 
G
L
 
L
G
 
S
V
 
V
V
 
M
E
 
E
N
 
N
M
 
I
I
 
L
Q
 
Q
S
 
A
R
 
Q
P
 
P
N
 
K
L
 
I
K
 
D
G
 
A
I
 
V
F
 
F
S
 
A
V
 
Q
N
|
N
D
 
D
G
 
E
G
 
M
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
I
A
 
K
A
 
A
I
 
I
Q
 
E
G
 
A
S
 
A
G
 
N
K
 
R
D
 
Q
-
 
G
I
 
I
K
 
I
L
 
V
T
 
V
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
A
 
T
P
 
E
E
 
D
A
 
A
V
 
L
K
 
K
A
 
A
I
 
I
A
 
K
D
 
E
G
 
-
G
 
G
P
 
K
F
 
M
V
 
A
E
 
A
T
 
T
T
 
I
A
 
A
Q
|
Q
F
 
Q
P
 
P
R
 
A
D
 
L
Q
 
M
V
 
G
R
 
S
V
 
L
G
 
G
L
 
V
A
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
-
A
 
D
K
 
K
K
 
Y
W
 
L
G
 
K
A
 
G
R
 
E
V
 
K
V
 
I
P
 
P
K
 
N
E
 
F
V
 
I
P
 
P
I
 
A
D
 
E
V
 
L
M
 
K
P
 
L
V
 
I
T
 
T
K
 
K
K
 
E
N
 
N

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
32% identity, 85% coverage: 25:282/302 of query aligns to 2:269/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
K
 
K
L
 
P
K
 
Q
I
 
I
G
 
A
M
 
L
S
 
L
F
 
M
Q
x
K
E
 
T
M
 
L
N
 
S
N
|
N
P
 
E
Y
|
Y
F
 
F
V
 
I
S
 
S
M
 
M
K
 
R
K
 
Q
A
 
G
L
 
A
D
 
E
E
 
E
A
 
T
A
 
A
K
 
K
S
 
Q
L
 
K
G
 
D
A
 
I
K
 
D
V
 
L
I
 
I
A
 
V
T
 
Q
-
 
V
-
 
A
D
 
E
A
 
K
A
 
E
H
 
D
N
 
S
V
 
T
A
 
E
K
 
Q
Q
 
L
I
 
V
A
 
G
D
 
L
I
 
V
E
 
E
D
 
N
M
 
M
L
 
I
Q
 
A
Q
 
K
N
 
K
I
 
V
D
 
D
I
 
A
L
 
I
L
 
I
I
 
V
N
 
T
P
 
P
T
 
N
D
 
D
S
 
S
A
 
I
G
 
A
V
 
F
E
 
I
A
 
P
A
 
A
V
 
F
K
 
Q
A
 
K
A
 
A
K
 
E
A
 
K
R
 
A
N
 
G
V
 
I
I
 
P
V
 
I
V
 
I
A
 
D
V
 
L
D
|
D
-
 
V
-
 
R
-
 
L
-
 
D
-
 
A
-
 
K
-
 
A
A
 
A
N
 
E
A
 
A
S
 
A
G
 
G
P
 
L
V
 
K
D
 
F
M
 
N
F
 
Y
V
 
V
G
 
G
S
 
V
K
 
D
N
 
N
K
 
F
D
 
N
A
 
G
G
 
G
Y
 
Y
Q
 
L
S
 
E
C
 
A
R
 
K
A
 
N
L
 
L
A
 
A
D
 
E
A
 
A
I
 
I
G
 
G
G
 
K
K
 
K
G
 
G
E
 
N
V
 
V
A
 
A
I
 
I
L
 
L
D
 
E
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
G
V
 
V
P
 
D
I
x
N
-
 
G
L
 
E
Q
 
Q
R
|
R
V
 
K
E
 
G
G
 
G
C
 
A
K
 
L
Q
 
K
A
 
A
L
 
F
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
K
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
L
 
I
V
 
V
A
 
A
T
 
S
Q
 
Q
N
 
S
G
 
A
R
 
N
Q
x
W
D
 
E
R
 
T
S
 
E
V
 
Q
A
 
A
L
 
L
G
 
N
V
 
V
V
 
T
E
 
T
N
 
N
M
 
I
I
 
L
Q
 
T
S
 
A
R
 
N
P
 
P
N
 
N
L
 
I
K
 
N
G
 
G
I
 
I
F
 
F
S
 
A
V
 
A
N
 
N
D
 
D
G
 
N
G
 
M
A
 
A
M
 
I
G
 
G
A
 
A
L
 
V
A
 
T
A
 
A
I
 
V
Q
 
E
G
 
N
S
 
A
G
 
G
-
 
L
-
 
A
K
 
G
D
 
K
I
 
V
K
 
L
L
 
V
T
 
S
S
 
G
V
 
Y
D
|
D
G
 
G
A
 
I
P
 
P
E
 
L
A
 
A
V
 
I
K
 
E
A
 
Y
I
 
V
A
 
K
D
 
Q
G
 
-
G
 
G
P
 
K
F
 
M
V
 
Q
E
 
N
T
 
T
T
 
I
A
 
D
Q
|
Q
F
 
L
P
 
P
R
 
K
D
 
K
Q
 
Q
V
 
V
R
 
A
V
 
I
G
 
A
L
 
I
A
 
E
M
 
H
A
 
A
L
 
L
A
 
-
K
 
K
K
 
Q
W
 
I
G
 
N
A
 
K
R
 
Q
V
 
E
V
 
I
P
 
P

1dbpA Identical mutations at corresponding positions in two homologous proteins with non-identical effects (see paper)
34% identity, 89% coverage: 28:295/302 of query aligns to 4:271/271 of 1dbpA

query
sites
1dbpA
I
 
I
G
 
A
M
 
L
S
 
V
F
 
V
Q
 
S
E
 
T
M
 
L
N
 
N
N
|
N
P
 
P
Y
x
F
F
 
F
V
 
V
S
 
S
M
 
L
K
 
K
K
 
D
A
 
G
L
 
A
D
 
Q
E
 
K
A
 
E
A
 
A
K
 
D
S
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
Y
K
 
N
V
 
L
I
 
V
A
 
V
T
 
L
D
 
D
A
 
S
A
 
Q
H
 
N
N
 
N
V
 
P
A
 
A
K
 
K
Q
 
E
I
 
L
A
 
A
D
 
N
I
 
V
E
 
Q
D
 
D
M
 
L
L
 
T
Q
 
V
Q
 
R
N
 
G
I
 
T
D
 
K
I
 
I
L
 
L
L
 
L
I
 
I
N
 
N
P
 
P
T
 
T
D
 
D
S
 
S
A
 
D
G
 
A
V
 
V
E
 
D
A
 
N
A
 
A
V
 
V
K
 
K
A
 
M
A
 
A
K
 
N
A
 
Q
R
 
A
N
 
N
V
 
I
I
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
T
V
 
L
D
|
D
A
x
R
N
 
Q
A
 
A
S
 
T
-
 
K
G
 
G
P
 
E
V
 
V
D
 
V
M
 
S
F
 
H
V
 
I
G
 
A
S
 
S
K
 
D
N
 
N
K
 
V
D
 
L
A
 
G
G
 
G
Y
 
K
Q
 
I
S
 
A
C
 
G
R
 
D
A
 
Y
L
 
I
A
 
A
D
 
K
A
 
K
I
 
A
G
 
G
G
 
E
K
 
G
G
 
A
E
 
K
V
 
V
A
 
I
I
 
E
L
 
L
D
 
Q
G
 
G
I
 
I
P
 
A
-
 
G
V
 
T
V
 
S
P
 
A
I
 
A
L
 
R
Q
 
E
R
|
R
V
 
G
E
 
E
G
 
G
C
 
F
K
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
L
 
V
A
 
A
E
 
A
Y
 
H
K
 
K
D
 
-
I
 
F
K
 
N
L
 
V
V
 
L
A
 
A
T
 
S
Q
 
Q
N
 
P
G
 
A
R
 
D
Q
x
F
D
 
D
R
 
R
S
 
I
V
 
K
A
 
G
L
 
L
G
 
N
V
 
V
V
 
M
E
 
Q
N
 
N
M
 
L
I
 
L
Q
 
T
S
 
A
R
 
H
P
 
P
N
 
D
L
 
V
K
 
Q
G
 
A
I
 
V
F
 
F
S
 
A
V
 
Q
N
|
N
D
 
D
G
 
E
G
 
M
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
L
A
 
R
A
 
A
I
 
L
Q
 
Q
G
 
T
S
 
A
G
 
G
K
 
K
-
 
S
D
 
D
I
 
V
K
 
M
L
 
V
T
 
V
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
A
 
T
P
 
P
E
 
D
A
 
G
V
 
E
K
 
K
A
 
A
I
 
V
A
 
N
D
 
D
G
 
-
G
 
G
P
 
K
F
 
L
V
 
A
E
 
A
T
 
T
T
 
I
A
 
A
Q
 
Q
F
 
L
P
 
P
R
 
-
D
 
D
Q
 
Q
V
 
I
R
 
G
V
 
A
G
 
K
L
 
G
A
 
V
M
 
E
A
 
T
L
 
A
A
 
D
K
 
K
K
 
V
W
 
L
G
 
K
A
 
G
R
 
E
V
 
K
V
 
V
P
 
Q
K
 
A
E
 
K
V
 
Y
P
 
P
I
 
V
D
 
D
V
 
L
M
 
K
P
 
L
V
 
V
T
 
V
K
 
K
K
 
Q

7e7mC Crystal structure analysis of the streptococcus agalactiae ribose binding protein rbsb
32% identity, 92% coverage: 26:302/302 of query aligns to 9:284/284 of 7e7mC

query
sites
7e7mC
L
 
L
K
 
K
I
 
L
G
 
G
M
 
V
S
 
S
F
 
I
Q
 
S
E
 
T
M
 
T
N
 
N
N
|
N
P
 
P
Y
|
Y
F
|
F
V
 
V
S
 
A
M
 
M
K
 
K
K
 
D
A
 
G
L
 
I
D
 
D
E
 
K
A
 
Y
A
 
A
K
 
S
S
 
N
L
 
K
G
 
K
A
 
I
K
 
S
V
 
I
I
 
K
A
 
V
T
 
A
D
 
D
A
 
A
A
 
Q
H
 
D
N
 
D
V
 
A
A
 
A
K
 
R
Q
 
Q
I
 
A
A
 
D
D
 
D
I
 
V
E
 
Q
D
 
N
M
 
F
L
 
I
Q
 
S
Q
 
Q
N
 
N
I
 
V
D
 
D
I
 
A
L
 
I
L
 
L
I
 
I
N
 
N
P
 
P
T
 
V
D
 
D
S
 
S
A
 
K
G
 
A
V
 
I
E
 
V
A
 
T
A
 
A
V
 
I
K
 
K
A
 
S
A
 
A
K
 
N
A
 
N
R
 
A
N
 
N
V
 
I
I
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
L
V
 
M
D
|
D
A
x
R
N
 
G
A
 
S
S
 
E
-
 
G
G
 
G
P
 
K
V
 
V
D
 
L
M
 
T
F
 
T
V
 
V
G
 
A
S
 
S
K
 
D
N
 
N
K
 
V
D
 
A
A
 
A
G
 
G
Y
 
K
Q
 
M
S
 
A
C
 
A
R
 
D
A
 
Y
L
 
A
A
 
V
D
 
K
A
 
K
I
 
L
G
 
G
G
 
K
K
 
K
G
 
A
E
 
K
V
 
A
A
 
F
I
 
E
L
 
L
D
 
S
G
 
G
I
 
V
P
 
P
-
 
G
V
 
A
V
 
S
P
 
A
I
 
T
L
 
V
Q
 
D
R
|
R
V
 
G
E
 
K
G
 
G
C
 
F
K
 
-
Q
 
H
A
 
S
L
 
V
A
 
A
E
 
K
Y
 
S
K
 
K
D
 
-
I
 
L
K
 
D
L
 
M
V
 
L
A
 
S
T
 
S
Q
 
Q
N
 
S
G
 
A
R
 
N
Q
x
F
D
 
D
R
 
R
S
 
A
V
 
K
A
 
A
L
 
L
G
 
N
V
 
T
V
 
T
E
 
Q
N
 
N
M
 
M
I
 
I
Q
 
Q
S
 
G
R
 
H
P
 
K
N
 
D
L
 
V
K
 
Q
G
 
I
I
 
I
F
 
F
S
 
A
V
 
Q
N
|
N
D
 
D
G
 
E
G
 
M
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
A
A
 
Q
A
 
A
I
 
V
Q
 
K
G
 
S
S
 
A
G
 
G
-
 
L
K
 
Q
D
 
N
I
 
V
K
 
L
L
 
I
T
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
A
 
Q
P
 
P
E
 
D
A
 
A
V
 
H
K
 
D
A
 
A
I
 
I
A
 
K
D
 
K
G
 
-
G
 
G
P
 
D
F
 
I
V
 
S
E
 
A
T
 
T
T
 
I
A
 
A
Q
|
Q
F
 
Q
P
 
P
R
 
A
D
 
K
Q
 
M
V
 
G
R
 
E
V
 
I
G
 
A
L
 
I
A
 
Q
M
 
A
A
 
A
L
 
I
A
 
D
K
 
Y
K
 
Y
W
 
K
G
 
G
A
 
K
R
 
K
V
 
-
V
 
V
P
 
E
K
 
K
E
 
E
V
 
T
P
 
I
I
 
S
D
 
P
V
 
I
M
 
Y
P
 
L
V
 
V
T
 
T
K
 
K
K
 
D
N
 
N
A
 
V
A
 
E
G
 
K
F
 
Y
S
 
N
W
 
W

2fn8A Thermotoga maritima ribose binding protein ribose bound form (see paper)
30% identity, 90% coverage: 25:296/302 of query aligns to 1:282/292 of 2fn8A

query
sites
2fn8A
K
 
K
L
 
G
K
 
K
I
 
M
G
 
A
M
 
I
S
 
V
F
 
I
Q
 
S
E
 
T
M
 
L
N
 
N
N
|
N
P
 
P
Y
x
W
F
|
F
V
 
V
S
 
V
M
 
L
K
 
A
K
 
E
A
 
T
L
 
A
D
 
K
E
 
Q
A
 
R
A
 
A
K
 
E
S
 
Q
L
 
L
G
 
G
A
 
Y
K
 
E
V
 
A
I
 
T
A
 
I
T
 
F
D
 
D
A
 
S
A
 
Q
H
 
N
N
 
D
V
 
T
A
 
A
K
 
K
Q
 
E
I
 
S
A
 
A
D
 
H
I
 
F
E
 
D
D
 
A
M
 
I
L
 
I
Q
 
A
Q
 
A
N
 
G
I
 
Y
D
 
D
I
 
A
L
 
I
L
 
I
I
 
F
N
 
N
P
 
P
T
 
T
D
 
D
S
 
A
A
 
D
G
 
G
V
 
S
E
 
I
A
 
A
A
 
N
V
 
V
K
 
K
A
 
R
A
 
A
K
 
K
A
 
E
R
 
A
N
 
G
V
 
I
I
 
P
V
 
V
V
 
F
A
 
C
V
 
V
D
|
D
A
x
R
-
 
G
-
 
I
N
 
N
A
 
A
S
 
R
G
 
G
P
 
L
V
 
A
D
 
V
M
 
A
F
 
Q
V
 
I
G
 
Y
S
 
S
K
 
D
N
 
N
K
 
Y
D
 
Y
A
 
G
G
 
G
Y
 
V
-
 
L
-
 
M
-
 
G
-
 
E
Q
 
Y
S
 
F
C
 
V
R
 
K
A
 
F
L
 
L
A
 
K
D
 
E
A
 
K
I
 
Y
G
 
P
G
 
D
K
 
A
G
 
K
E
 
E
V
 
I
A
 
P
I
 
Y
L
 
A
D
 
E
G
 
L
I
 
L
P
 
G
V
 
I
V
 
L
-
 
S
-
 
A
-
 
Q
P
 
P
I
 
T
L
 
W
Q
 
D
R
|
R
V
 
S
E
 
N
G
 
G
C
 
F
K
 
H
Q
 
S
A
 
V
L
 
V
A
 
D
E
 
Q
Y
 
Y
K
 
P
D
 
E
I
 
F
K
 
K
L
 
M
V
 
V
A
 
A
T
 
Q
Q
 
Q
N
 
S
G
 
A
R
 
E
Q
x
F
D
 
D
R
 
R
S
 
D
V
 
T
A
 
A
L
 
Y
G
 
K
V
 
V
V
 
T
E
 
E
N
 
Q
M
 
I
I
 
L
Q
 
Q
S
 
A
R
 
H
P
 
P
N
 
E
L
 
I
K
 
K
G
 
A
I
 
I
F
 
W
S
 
C
V
 
G
N
|
N
D
 
D
G
 
A
G
 
M
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
M
A
 
K
A
 
A
I
 
C
Q
 
E
G
 
A
S
 
A
G
 
G
K
 
R
-
 
T
D
 
D
I
 
I
K
 
Y
L
 
I
T
 
F
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
A
 
A
P
 
E
E
 
D
A
 
V
V
 
I
K
 
N
A
 
A
I
 
I
A
 
K
D
 
E
G
 
G
G
 
K
P
 
Q
F
 
I
V
 
V
E
 
A
T
 
T
T
 
I
A
 
M
Q
|
Q
F
 
F
P
 
P
R
 
K
D
 
L
Q
 
M
V
 
A
R
 
R
V
 
L
G
 
A
L
 
V
A
 
E
M
 
W
A
 
A
L
 
D
A
 
Q
K
 
Y
K
 
L
W
 
R
G
 
G
A
 
E
R
 
R
V
 
S
V
 
F
P
 
P
K
 
E
E
 
I
V
 
V
P
 
P
I
 
V
D
 
T
V
 
V
M
 
E
P
 
L
V
 
V
T
 
T
K
 
R
K
 
E
N
 
N

4zjpA Structure of an abc-transporter solute binding protein (sbp_ipr025997) from actinobacillus succinogenes (asuc_0197, target efi-511067) with bound beta-d-ribopyranose
32% identity, 88% coverage: 28:294/302 of query aligns to 5:270/270 of 4zjpA

query
sites
4zjpA
I
 
I
G
 
A
M
 
L
S
 
T
F
 
V
Q
 
S
E
 
T
M
 
L
N
 
D
N
|
N
P
 
P
Y
x
F
F
|
F
V
 
V
S
 
S
M
 
L
K
 
K
K
 
D
A
 
G
L
 
A
D
 
Q
E
 
K
A
 
K
A
 
A
K
 
T
S
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
Y
K
 
K
V
 
L
I
 
V
A
 
V
T
 
L
D
 
D
A
 
S
A
 
Q
H
 
N
N
 
D
V
 
P
A
 
S
K
 
K
Q
 
E
I
 
L
A
 
S
D
 
N
I
 
V
E
 
E
D
 
D
M
 
L
L
 
T
Q
 
V
Q
 
R
N
 
G
I
 
A
D
 
K
I
 
V
L
 
L
L
 
L
I
 
I
N
 
N
P
 
P
T
 
T
D
 
D
S
 
S
A
 
A
G
 
A
V
 
V
E
 
S
A
 
N
A
 
A
V
 
V
K
 
A
A
 
I
A
 
A
K
 
N
A
 
R
R
 
N
N
 
K
V
 
I
I
 
P
V
 
V
V
 
I
A
 
T
V
 
L
D
|
D
A
x
R
N
 
G
A
 
A
S
 
A
-
 
K
G
 
G
P
 
E
V
 
V
D
 
V
M
 
S
F
 
H
V
 
I
G
 
A
S
 
S
K
 
D
N
 
N
K
 
V
D
 
A
A
 
G
G
 
G
Y
 
K
Q
 
M
S
 
A
C
 
G
R
 
D
A
 
F
L
 
I
A
 
A
D
 
Q
A
 
K
I
 
L
G
 
G
G
 
D
K
 
G
G
 
A
E
 
K
V
 
V
A
 
I
I
 
Q
L
 
L
D
 
E
G
 
G
I
 
L
P
 
A
-
 
G
V
 
T
V
 
S
P
 
A
I
 
A
L
 
R
Q
 
E
R
|
R
V
 
G
E
 
E
G
 
G
C
 
F
K
 
K
Q
 
Q
A
 
A
L
 
I
A
 
E
E
 
A
Y
 
H
K
 
K
D
 
-
I
 
F
K
 
D
L
 
V
V
 
L
A
 
A
T
 
S
Q
 
Q
N
 
P
G
 
A
R
 
D
Q
x
F
D
 
D
R
 
R
S
 
T
V
 
K
A
 
G
L
 
L
G
 
N
V
 
V
V
 
T
E
 
E
N
 
N
M
 
L
I
 
L
Q
 
A
S
 
S
R
 
K
P
 
G
N
 
S
L
 
V
K
 
Q
G
 
A
I
 
I
F
 
F
S
 
A
V
 
Q
N
|
N
D
 
D
G
 
E
G
 
M
A
 
A
M
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
L
A
 
R
A
 
A
I
 
I
Q
 
S
G
 
A
S
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
K
I
 
V
K
 
L
L
 
V
T
 
V
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
G
A
 
T
P
 
E
E
 
D
A
 
G
V
 
V
K
 
K
A
 
A
I
 
V
A
 
-
D
 
K
G
 
S
G
 
G
P
 
K
F
 
L
V
 
A
E
 
A
T
 
T
T
 
V
A
 
A
Q
|
Q
F
 
Q
P
 
P
R
 
E
D
 
L
Q
 
I
V
 
G
R
 
S
V
 
L
G
 
G
L
 
V
A
 
E
M
 
T
A
 
A
L
 
D
A
 
K
K
 
I
K
 
L
W
 
K
G
 
G
A
 
E
R
 
K
V
 
V
V
 
D
P
 
A
K
 
K
E
 
-
V
 
I
P
 
P
I
 
V
D
 
A
V
 
L
M
 
K
P
 
V
V
 
V
T
 
T
K
 
E

1rpjA Crystal structure of d-allose binding protein from escherichia coli (see paper)
31% identity, 83% coverage: 32:282/302 of query aligns to 8:271/288 of 1rpjA

query
sites
1rpjA
F
 
L
Q
x
K
E
 
T
M
 
L
N
 
S
N
|
N
P
 
P
Y
x
F
F
 
W
V
 
V
S
 
D
M
 
M
K
 
K
K
 
K
A
 
G
L
 
I
D
 
E
E
 
D
A
 
E
A
 
A
K
 
K
S
 
T
L
 
L
G
 
G
A
 
V
K
 
S
V
 
V
-
 
D
-
 
I
I
 
F
A
 
A
T
 
S
D
 
P
A
 
S
A
x
E
H
 
G
N
 
D
V
 
F
A
 
Q
K
 
S
Q
 
Q
I
 
L
A
 
Q
D
 
L
I
 
F
E
 
E
D
 
D
M
 
L
L
 
S
Q
 
N
Q
 
K
N
 
N
I
 
Y
D
 
K
I
 
G
L
 
I
L
 
A
I
 
F
N
 
A
P
 
P
T
 
L
D
 
S
S
 
S
A
 
V
G
 
N
V
 
L
E
 
V
A
 
M
A
 
P
V
 
V
K
 
A
A
 
R
A
 
A
K
 
W
A
 
K
R
 
K
N
 
G
V
 
I
I
 
Y
V
 
L
V
 
V
A
 
N
V
 
L
D
|
D
A
 
E
N
 
K
-
 
I
-
 
D
-
 
M
-
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
K
A
 
A
S
 
G
G
 
G
P
 
N
V
 
V
D
 
E
M
 
A
F
 
F
V
 
V
G
 
T
S
 
T
K
 
D
N
 
N
K
 
V
D
 
A
A
 
V
G
 
G
Y
 
A
Q
 
K
S
 
G
C
 
A
R
 
S
A
 
F
L
 
I
A
 
I
D
 
D
A
 
K
I
 
L
G
 
G
G
 
A
K
 
E
G
 
G
-
 
G
E
 
E
V
 
V
A
 
A
I
 
I
L
 
I
D
 
E
G
 
G
I
 
K
P
 
A
V
 
G
V
 
N
P
 
A
I
x
S
L
 
G
Q
 
E
-
 
A
R
|
R
V
 
R
E
 
N
G
 
G
C
 
A
K
 
T
Q
 
E
A
 
A
L
 
F
A
 
K
E
 
K
Y
 
A
K
 
S
D
 
Q
I
 
I
K
 
K
L
 
L
V
 
V
A
 
A
T
 
S
Q
 
Q
N
 
P
G
 
A
R
 
D
Q
x
W
D
 
D
R
 
R
S
 
I
V
 
K
A
 
A
L
 
L
G
 
D
V
 
V
V
 
A
E
 
T
N
 
N
M
 
V
I
 
L
Q
 
Q
S
 
R
R
 
N
P
 
P
N
 
N
L
 
I
K
 
K
G
 
A
I
 
I
F
 
Y
S
 
C
V
 
A
N
|
N
D
 
D
G
 
T
G
 
M
A
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
V
L
 
A
A
 
Q
A
 
A
I
 
V
Q
 
A
G
 
N
S
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
T
I
 
G
K
 
K
L
 
V
T
 
L
S
 
V
V
 
V
-
 
G
-
 
T
D
|
D
G
 
G
A
 
I
P
 
P
E
 
E
A
 
A
V
 
R
K
 
K
A
 
M
I
 
V
A
 
-
D
 
E
G
 
A
G
 
G
P
 
Q
F
 
M
V
 
T
E
 
A
T
 
T
T
 
V
A
 
A
Q
|
Q
F
 
N
P
 
P
R
 
A
D
 
D
Q
 
I
V
 
G
R
 
A
V
 
T
G
 
G
L
 
L
A
 
K
M
 
L
A
 
M
L
 
V
A
 
D
K
 
A
K
 
E
W
 
K
G
 
S
A
 
G
R
 
K
V
 
V
V
 
I
P
 
P

1gudA Hinge-bending motion of d-allose binding protein from escherichia coli: three open conformations (see paper)
31% identity, 83% coverage: 32:282/302 of query aligns to 8:271/288 of 1gudA

query
sites
1gudA
F
 
L
Q
 
K
E
 
T
M
 
L
N
 
S
N
 
N
P
 
P
Y
 
F
F
 
W
V
 
V
S
 
D
M
 
M
K
 
K
K
 
K
A
 
G
L
 
I
D
 
E
E
 
D
A
 
E
A
 
A
K
 
K
S
 
T
L
 
L
G
 
G
A
 
V
K
 
S
V
 
V
-
x
D
-
 
I
I
 
F
A
 
A
T
 
S
D
 
P
A
 
S
A
 
E
H
 
G
N
 
D
V
 
F
A
 
Q
K
 
S
Q
 
Q
I
 
L
A
 
Q
D
 
L
I
 
F
E
 
E
D
 
D
M
 
L
L
 
S
Q
 
N
Q
 
K
N
 
N
I
 
Y
D
 
K
I
 
G
L
 
I
L
 
A
I
 
F
N
 
A
P
 
P
T
 
L
D
 
S
S
 
S
A
 
V
G
 
N
V
 
L
E
 
V
A
 
M
A
 
P
V
 
V
K
 
A
A
 
R
A
 
A
K
 
W
A
 
K
R
 
K
N
 
G
V
 
I
I
 
Y
V
 
L
V
 
V
A
 
N
V
 
L
D
 
D
A
 
E
N
 
K
-
 
I
-
 
D
-
 
M
-
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
K
A
 
A
S
 
G
G
 
G
P
 
N
V
 
V
D
 
E
M
 
A
F
 
F
V
 
V
G
 
T
S
 
T
K
 
D
N
 
N
K
 
V
D
 
A
A
 
V
G
 
G
Y
 
A
Q
 
K
S
 
G
C
 
A
R
 
S
A
 
F
L
 
I
A
 
I
D
 
D
A
 
K
I
 
L
G
 
G
G
 
A
K
 
E
G
 
G
-
 
G
E
 
E
V
 
V
A
 
A
I
 
I
L
 
I
D
 
E
G
 
G
I
 
K
P
 
A
V
 
G
V
 
N
P
 
A
I
 
S
L
 
G
Q
 
E
-
 
A
R
 
R
V
 
R
E
 
N
G
 
G
C
 
A
K
 
T
Q
 
E
A
 
A
L
 
F
A
 
K
E
 
K
Y
 
A
K
 
S
D
 
Q
I
 
I
K
 
K
L
 
L
V
 
V
A
 
A
T
 
S
Q
 
Q
N
 
P
G
 
A
R
 
D
Q
 
W
D
 
D
R
 
R
S
 
I
V
 
K
A
 
A
L
 
L
G
 
D
V
 
V
V
 
A
E
 
T
N
 
N
M
 
V
I
 
L
Q
 
Q
S
 
R
R
 
N
P
 
P
N
 
N
L
 
I
K
 
K
G
 
A
I
 
I
F
 
Y
S
 
C
V
 
A
N
 
N
D
 
D
G
 
T
G
 
M
A
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
V
L
 
A
A
 
Q
A
 
A
I
 
V
Q
 
A
G
 
N
S
 
A
G
 
G
K
 
K
D
 
T
I
 
G
K
 
K
L
 
V
T
 
L
S
 
V
V
 
V
-
 
G
-
 
T
D
 
D
G
 
G
A
 
I
P
 
P
E
 
E
A
 
A
V
 
R
K
 
K
A
 
M
I
 
V
A
 
-
D
 
E
G
 
A
G
 
G
P
 
Q
F
 
M
V
 
T
E
 
A
T
 
T
T
 
V
A
 
A
Q
 
Q
F
 
N
P
 
P
R
 
A
D
 
D
Q
 
I
V
 
G
R
 
A
V
 
T
G
 
G
L
 
L
A
 
K
M
 
L
A
 
M
L
 
V
A
 
D
K
 
A
K
 
E
W
 
K
G
 
S
A
 
G
R
 
K
V
 
V
V
 
I
P
 
P

Sites not aligning to the query:

4irxA Crystal structure of caulobacter myo-inositol binding protein bound to myo-inositol (see paper)
32% identity, 84% coverage: 24:278/302 of query aligns to 7:270/296 of 4irxA

query
sites
4irxA
S
 
S
K
 
H
L
 
M
K
 
E
I
 
V
G
 
V
M
 
V
S
 
S
F
 
F
Q
 
N
E
 
D
M
 
L
N
 
S
N
x
Q
P
 
P
Y
x
F
F
 
F
V
 
V
S
 
A
M
 
M
K
 
R
K
 
R
A
 
E
L
 
L
D
 
E
E
 
D
A
 
E
A
 
A
K
 
A
S
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
V
K
 
K
V
 
V
I
 
Q
A
 
V
T
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
Q
H
 
N
N
 
N
V
 
S
A
 
S
K
 
K
Q
 
Q
I
 
I
A
 
S
D
 
D
I
 
L
E
 
Q
D
 
A
M
 
A
L
 
A
Q
 
V
Q
 
Q
N
 
G
I
 
A
D
 
K
I
 
V
L
 
V
L
 
I
I
 
V
N
 
A
P
 
P
T
 
T
D
 
D
S
 
S
A
 
K
G
 
A
V
 
L
E
 
A
A
 
G
A
 
A
V
 
A
K
 
D
A
 
D
A
 
L
K
 
V
A
 
E
R
 
Q
N
 
G
V
 
V
I
 
A
V
 
V
V
 
I
A
 
S
V
 
V
D
|
D
A
x
R
N
 
N
A
 
I
S
 
A
G
 
G
P
 
G
V
 
K
D
 
T
M
 
A
-
 
V
-
 
P
F
 
H
V
 
V
G
 
G
S
 
A
K
 
D
N
 
N
K
 
V
D
 
A
A
 
G
G
 
G
Y
 
-
Q
 
-
S
 
-
C
 
-
R
 
R
A
 
A
L
 
M
A
 
A
D
 
D
A
 
W
I
 
V
-
 
V
-
 
K
-
 
T
-
 
Y
-
 
P
G
 
A
G
 
G
K
 
A
G
 
R
E
 
V
V
 
V
A
 
V
I
 
I
L
 
T
D
x
N
G
x
D
I
 
P
P
 
G
V
 
S
V
 
S
P
x
S
I
 
S
L
 
I
Q
 
E
R
|
R
V
 
V
E
 
K
G
 
G
C
 
V
K
 
H
Q
 
D
A
 
G
L
 
L
A
 
A
E
 
A
Y
 
G
K
 
G
D
 
P
-
 
A
I
 
F
K
 
K
L
 
I
V
 
V
A
 
T
T
 
E
Q
 
Q
N
 
T
G
 
A
R
 
N
Q
x
S
D
 
K
R
 
R
S
 
D
V
 
Q
A
 
A
L
 
L
G
 
T
V
 
V
V
 
T
E
 
Q
N
 
N
M
 
I
I
 
L
Q
 
T
S
 
S
R
 
M
-
 
R
-
 
D
-
 
T
-
 
P
P
 
P
N
 
D
L
 
V
K
 
-
G
 
-
I
 
I
F
 
L
S
 
C
V
 
L
N
|
N
D
 
D
G
 
D
G
 
M
A
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
A
L
 
L
A
 
E
A
 
A
I
 
V
Q
 
R
G
 
A
S
 
A
G
 
G
K
 
L
D
 
D
-
 
S
-
 
A
-
 
K
I
 
V
K
 
K
L
 
V
T
 
I
S
 
G
V
 
F
D
|
D
G
 
A
A
 
I
P
 
P
E
 
E
A
 
A
V
 
L
K
 
A
A
 
R
I
 
I
A
 
-
D
 
K
G
 
A
G
 
G
P
 
E
F
 
M
V
 
V
E
 
A
T
 
T
T
 
V
A
 
E
Q
|
Q
F
 
N
P
 
P
R
 
G
D
 
L
Q
 
Q
V
 
I
R
 
R
V
 
T
G
 
A
L
 
L
A
 
R
M
 
Q
A
 
A
L
 
V
A
 
D
K
 
K
-
 
I
K
 
K
W
 
S
G
 
G
A
 
A

A0QYB5 D-threitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
30% identity, 96% coverage: 6:296/302 of query aligns to 16:306/349 of A0QYB5

query
sites
A0QYB5
I
 
L
A
 
G
L
 
L
A
 
G
L
 
L
T
 
T
T
 
A
L
 
C
A
 
G
A
 
A
A
 
G
-
 
D
P
 
P
A
 
A
M
 
A
A
 
N
Q
 
S
E
 
D
V
 
T
S
 
T
K
 
R
L
 
-
K
 
-
I
 
I
G
 
G
M
 
V
S
 
T
F
 
V
Q
x
Y
E
 
D
M
 
M
N
 
S
N
 
S
P
 
-
Y
 
F
F
 
I
V
 
T
S
 
A
M
 
G
K
 
K
K
 
E
A
 
G
L
 
M
D
 
D
E
 
A
A
 
Y
A
 
A
K
 
K
S
 
D
L
 
N
G
 
N
A
 
I
K
 
E
V
 
L
I
 
I
A
 
W
T
 
N
D
 
S
A
 
A
A
 
N
H
 
L
N
 
D
V
 
V
A
 
S
K
 
T
Q
 
Q
I
 
A
A
 
S
D
 
Q
I
 
V
E
 
D
D
 
S
M
 
M
L
 
I
Q
 
N
Q
 
Q
N
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
A
L
 
I
L
 
I
I
 
V
N
 
V
P
 
P
T
 
V
D
 
Q
S
 
A
A
 
D
G
 
S
V
 
L
E
 
A
A
 
P
A
 
Q
V
 
V
K
 
A
A
 
S
A
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
K
N
 
G
V
 
I
I
 
P
V
 
L
V
 
V
A
 
P
V
 
V
D
 
-
A
 
-
N
|
N
A
 
A
S
 
A
G
 
L
P
 
D
V
 
S
D
 
K
M
 
D
F
 
I
V
 
A
G
 
G
S
 
N
K
 
V
N
 
Q
K
 
P
D
 
D
-
 
D
-
 
V
-
 
A
A
 
A
G
 
G
Y
 
A
Q
 
Q
S
 
E
C
 
M
R
 
Q
A
 
M
L
 
M
A
 
A
D
 
D
A
 
R
I
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
E
 
N
V
 
I
A
 
V
I
 
I
L
 
L
D
 
Q
G
 
G
I
 
-
P
 
-
V
 
-
V
 
-
P
 
P
I
 
L
-
 
G
-
 
Q
-
 
S
-
 
G
-
 
E
L
 
L
Q
 
D
R
|
R
V
 
S
E
 
K
G
 
G
C
 
I
K
 
E
Q
 
Q
A
 
V
L
 
L
A
 
A
E
 
K
Y
 
Y
K
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
L
 
V
V
 
L
A
 
A
T
 
K
Q
 
D
N
 
T
G
 
A
R
 
N
Q
 
W
D
 
K
R
 
R
S
 
D
V
 
E
A
 
A
L
 
V
G
 
N
V
 
K
V
 
M
E
 
K
N
 
N
M
 
W
I
 
I
Q
 
S
S
 
G
-
 
F
R
 
G
P
 
P
N
 
Q
L
 
I
K
 
D
G
 
G
I
 
V
F
 
V
S
 
A
V
 
Q
N
|
N
D
 
D
G
 
D
G
 
M
A
 
G
M
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
L
A
 
Q
A
 
A
I
 
L
Q
 
K
G
 
E
S
 
S
G
 
G
K
 
R
D
 
T
-
 
G
I
 
V
K
 
P
L
 
I
T
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
A
 
I
P
 
E
E
 
D
A
 
G
V
 
L
K
 
N
A
 
A
I
 
V
A
 
K
D
 
S
G
 
-
G
 
G
P
 
D
F
 
F
V
 
I
E
 
G
T
 
T
T
 
S
A
 
L
Q
|
Q
F
 
N
P
 
G
R
 
T
D
 
V
Q
 
E
V
 
L
R
 
A
V
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
A
M
 
V
A
 
A
-
 
N
-
 
R
L
 
L
A
 
A
K
 
K
K
 
-
W
 
-
G
 
-
A
 
G
R
 
E
V
 
P
V
 
V
P
 
N
K
 
K
E
 
E
V
 
-
P
 
P
I
 
V
D
 
Y
V
 
I
M
 
M
P
 
P
-
 
A
V
 
I
T
 
T
K
 
K
K
 
D
N
 
N

5hkoA Crystal structure of abc transporter solute binding protein msmeg_3598 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with l-sorbitol
29% identity, 89% coverage: 27:296/302 of query aligns to 3:273/314 of 5hkoA

query
sites
5hkoA
K
 
R
I
 
I
G
 
G
M
 
V
S
 
T
F
x
V
Q
x
Y
E
 
D
M
 
M
N
 
S
N
 
S
P
 
-
Y
 
F
F
 
I
V
 
T
S
x
E
M
 
G
K
 
K
K
 
E
A
 
G
L
 
M
D
 
D
E
 
T
A
 
Y
A
 
A
K
 
K
S
 
A
L
 
N
G
 
N
A
 
I
K
 
E
V
 
L
I
 
V
A
 
W
T
 
N
D
 
S
A
 
A
A
 
N
H
 
N
N
x
D
V
 
V
A
x
S
K
 
T
Q
 
Q
I
 
A
A
 
S
D
 
Q
I
 
V
E
 
D
D
 
S
M
 
L
L
 
I
Q
 
N
Q
 
Q
N
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
A
L
 
I
L
 
I
I
 
V
N
 
V
P
 
P
T
 
V
D
 
Q
S
 
A
A
 
D
G
 
S
V
 
L
E
 
G
A
 
P
A
 
Q
V
 
V
K
 
A
A
 
S
A
 
A
K
 
K
A
 
S
R
 
K
N
 
G
V
 
I
I
 
P
V
 
L
V
 
L
A
 
A
V
 
V
D
x
N
A
|
A
N
 
A
A
 
L
S
 
E
G
 
T
P
 
P
V
 
-
D
 
D
M
 
L
F
 
A
V
 
G
G
 
N
S
 
V
K
 
Q
N
 
P
K
 
D
D
 
D
-
 
V
-
 
A
A
 
A
G
 
G
Y
 
A
Q
 
Q
S
 
E
C
 
M
R
 
Q
A
 
M
L
 
M
A
 
A
D
 
D
A
 
R
I
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
E
 
N
V
 
I
A
 
V
I
 
I
L
 
L
D
 
Q
G
 
G
I
 
-
P
 
-
V
 
-
V
 
-
P
 
P
I
 
L
-
 
G
-
 
G
-
 
S
-
 
G
-
 
E
L
 
I
Q
 
N
R
|
R
V
 
G
E
 
K
G
 
G
C
 
I
K
 
D
Q
 
Q
A
 
V
L
 
L
A
 
A
E
 
K
Y
 
Y
K
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
L
 
V
V
 
L
A
 
A
T
 
K
Q
 
D
N
 
T
G
 
A
R
 
N
Q
x
W
D
 
K
R
 
R
S
 
D
V
 
E
A
 
A
L
 
V
G
 
N
V
 
K
V
 
M
E
 
K
N
 
N
M
 
W
I
 
I
Q
 
S
S
 
S
-
 
F
R
 
G
P
 
P
N
 
Q
L
 
I
K
 
D
G
 
G
I
 
V
F
 
V
S
 
A
V
 
Q
N
|
N
D
 
D
G
 
D
G
 
M
A
 
G
M
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
L
A
 
Q
A
 
A
I
 
L
Q
 
K
G
 
E
S
 
A
G
 
G
K
 
R
D
 
T
-
 
G
I
 
V
K
 
P
L
 
I
T
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
A
 
I
P
x
E
E
 
D
A
 
G
V
 
L
K
 
N
A
 
A
I
 
V
A
 
K
D
 
-
G
 
S
G
 
G
P
 
D
F
 
F
V
 
I
E
 
G
T
 
T
T
 
S
A
 
L
Q
|
Q
F
 
N
P
 
G
R
 
T
D
 
V
Q
 
E
V
 
L
R
 
S
V
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
A
M
 
V
A
 
A
L
 
D
A
 
A
K
 
L
K
 
V
W
 
K
G
 
G
A
 
E
R
 
D
V
 
V
V
 
-
P
 
-
K
 
K
E
 
T
V
 
D
P
 
P
I
 
V
D
 
Y
V
 
V
M
 
M
P
 
P
-
 
A
V
 
I
T
 
T
K
 
K
K
 
D
N
 
N

A0QYB3 Xylitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
29% identity, 89% coverage: 27:296/302 of query aligns to 36:306/349 of A0QYB3

query
sites
A0QYB3
K
 
R
I
 
I
G
 
G
M
 
V
S
 
T
F
 
V
Q
x
Y
E
 
D
M
 
M
N
 
S
N
 
S
P
 
-
Y
 
F
F
 
I
V
 
T
S
 
E
M
 
G
K
 
K
K
 
E
A
 
G
L
 
M
D
 
D
E
 
T
A
 
Y
A
 
A
K
 
K
S
 
A
L
 
N
G
 
N
A
 
I
K
 
E
V
 
L
I
 
V
A
 
W
T
 
N
D
 
S
A
 
A
A
 
N
H
 
N
N
 
D
V
 
V
A
 
S
K
 
T
Q
 
Q
I
 
A
A
 
S
D
 
Q
I
 
V
E
 
D
D
 
S
M
 
L
L
 
I
Q
 
N
Q
 
Q
N
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
A
L
 
I
L
 
I
I
 
V
N
 
V
P
 
P
T
 
V
D
 
Q
S
 
A
A
 
D
G
 
S
V
 
L
E
 
G
A
 
P
A
 
Q
V
 
V
K
 
A
A
 
S
A
 
A
K
 
K
A
 
S
R
 
K
N
 
G
V
 
I
I
 
P
V
 
L
V
 
L
A
 
A
V
 
V
D
x
N
A
 
A
N
 
A
A
 
L
S
 
E
G
 
T
P
 
P
V
 
-
D
 
D
M
 
L
F
 
A
V
 
G
G
 
N
S
 
V
K
 
Q
N
 
P
K
 
D
D
 
D
-
 
V
-
 
A
A
 
A
G
 
G
Y
 
A
Q
 
Q
S
 
E
C
 
M
R
 
Q
A
 
M
L
 
M
A
 
A
D
 
D
A
 
R
I
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
E
 
N
V
 
I
A
 
V
I
 
I
L
 
L
D
 
Q
G
 
G
I
 
-
P
 
-
V
 
-
V
 
-
P
 
P
I
 
L
-
 
G
-
 
G
-
 
S
-
 
G
-
 
E
L
 
I
Q
 
N
R
|
R
V
 
G
E
 
K
G
 
G
C
 
I
K
 
D
Q
 
Q
A
 
V
L
 
L
A
 
A
E
 
K
Y
 
Y
K
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
L
 
V
V
 
L
A
 
A
T
 
K
Q
 
D
N
 
T
G
 
A
R
 
N
Q
 
W
D
 
K
R
 
R
S
 
D
V
 
E
A
 
A
L
 
V
G
 
N
V
 
K
V
 
M
E
 
K
N
 
N
M
 
W
I
 
I
Q
 
S
S
 
S
-
 
F
R
 
G
P
 
P
N
 
Q
L
 
I
K
 
D
G
 
G
I
 
V
F
 
V
S
 
A
V
 
Q
N
|
N
D
 
D
G
 
D
G
 
M
A
 
G
M
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
L
A
 
Q
A
 
A
I
 
L
Q
 
K
G
 
E
S
 
A
G
 
G
K
 
R
D
 
T
-
 
G
I
 
V
K
 
P
L
 
I
T
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
A
 
I
P
 
E
E
 
D
A
 
G
V
 
L
K
 
N
A
 
A
I
 
V
A
 
K
D
 
-
G
 
S
G
 
G
P
 
D
F
 
F
V
 
I
E
 
G
T
 
T
T
 
S
A
 
L
Q
|
Q
F
 
N
P
 
G
R
 
T
D
 
V
Q
 
E
V
 
L
R
 
S
V
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
A
M
 
V
A
 
A
L
 
D
A
 
A
K
 
L
K
 
V
W
 
K
G
 
G
A
 
E
R
 
D
V
 
V
V
 
-
P
 
-
K
 
K
E
 
T
V
 
D
P
 
P
I
 
V
D
 
Y
V
 
V
M
 
M
P
 
P
-
 
A
V
 
I
T
 
T
K
 
K
K
 
D
N
 
N

4rs3A Crystal structure of carbohydrate transporter a0qyb3 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with xylitol (see paper)
29% identity, 89% coverage: 27:296/302 of query aligns to 3:273/315 of 4rs3A

query
sites
4rs3A
K
 
R
I
 
I
G
 
G
M
 
V
S
 
T
F
 
V
Q
x
Y
E
 
D
M
 
M
N
 
S
N
 
S
P
 
-
Y
 
F
F
 
I
V
 
T
S
x
E
M
 
G
K
 
K
K
 
E
A
 
G
L
 
M
D
 
D
E
 
T
A
 
Y
A
 
A
K
 
K
S
 
A
L
 
N
G
 
N
A
 
I
K
 
E
V
 
L
I
 
V
A
 
W
T
 
N
D
 
S
A
 
A
A
 
N
H
 
N
N
 
D
V
 
V
A
 
S
K
 
T
Q
 
Q
I
 
A
A
 
S
D
 
Q
I
 
V
E
 
D
D
 
S
M
 
L
L
 
I
Q
 
N
Q
 
Q
N
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
A
L
 
I
L
 
I
I
 
V
N
 
V
P
 
P
T
 
V
D
 
Q
S
 
A
A
 
D
G
 
S
V
 
L
E
 
G
A
 
P
A
 
Q
V
 
V
K
 
A
A
 
S
A
 
A
K
 
K
A
 
S
R
 
K
N
 
G
V
 
I
I
 
P
V
 
L
V
 
L
A
 
A
V
 
V
D
x
N
A
 
A
N
 
A
A
 
L
S
 
E
G
 
T
P
 
P
V
 
-
D
 
D
M
 
L
F
 
A
V
 
G
G
 
N
S
 
V
K
 
Q
N
 
P
K
 
D
D
 
D
-
 
V
-
 
A
A
 
A
G
 
G
Y
 
A
Q
 
Q
S
 
E
C
 
M
R
 
Q
A
 
M
L
 
M
A
 
A
D
 
D
A
 
R
I
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
E
 
N
V
 
I
A
 
V
I
 
I
L
 
L
D
 
Q
G
 
G
I
 
-
P
 
-
V
 
-
V
 
-
P
 
P
I
 
L
-
 
G
-
 
G
-
 
S
-
 
G
-
 
E
L
 
I
Q
 
N
R
|
R
V
 
G
E
 
K
G
 
G
C
 
I
K
 
D
Q
 
Q
A
 
V
L
 
L
A
 
A
E
 
K
Y
 
Y
K
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
L
 
V
V
 
L
A
 
A
T
 
K
Q
 
D
N
 
T
G
 
A
R
 
N
Q
x
W
D
 
K
R
 
R
S
 
D
V
 
E
A
 
A
L
 
V
G
 
N
V
 
K
V
 
M
E
 
K
N
 
N
M
 
W
I
 
I
Q
 
S
S
 
S
-
 
F
R
 
G
P
 
P
N
 
Q
L
 
I
K
 
D
G
 
G
I
 
V
F
 
V
S
 
A
V
 
Q
N
|
N
D
 
D
G
 
D
G
 
M
A
 
G
M
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
L
A
 
Q
A
 
A
I
 
L
Q
 
K
G
 
E
S
 
A
G
 
G
K
 
R
D
 
T
-
 
G
I
 
V
K
 
P
L
 
I
T
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
A
 
I
P
x
E
E
 
D
A
 
G
V
 
L
K
 
N
A
 
A
I
 
V
A
 
K
D
 
-
G
 
S
G
 
G
P
 
D
F
 
F
V
 
I
E
 
G
T
 
T
T
 
S
A
 
L
Q
|
Q
F
 
N
P
 
G
R
 
T
D
 
V
Q
 
E
V
 
L
R
 
S
V
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
A
M
 
V
A
 
A
L
 
D
A
 
A
K
 
L
K
 
V
W
 
K
G
 
G
A
 
E
R
 
D
V
 
V
V
 
-
P
 
-
K
 
K
E
 
T
V
 
D
P
 
P
I
 
V
D
 
Y
V
 
V
M
 
M
P
 
P
-
 
A
V
 
I
T
 
T
K
 
K
K
 
D
N
 
N

5hqjA Crystal structure of abc transporter solute binding protein b1g1h7 from burkholderia graminis c4d1m, target efi-511179, in complex with d-arabinose
28% identity, 87% coverage: 38:301/302 of query aligns to 18:288/289 of 5hqjA

query
sites
5hqjA
P
 
P
Y
x
F
F
 
F
V
 
D
S
 
D
M
 
C
K
 
N
K
 
K
A
 
G
L
 
A
D
 
K
E
 
T
A
 
A
A
 
A
K
 
D
S
 
K
L
 
A
G
 
G
A
 
V
K
 
K
-
 
Y
-
 
Q
-
 
W
V
 
V
I
 
V
A
 
P
T
 
Q
D
 
N
A
 
T
A
 
Q
H
 
G
N
 
S
V
 
T
A
 
Q
K
 
V
Q
 
Q
I
 
I
A
 
-
D
 
-
I
 
I
E
 
E
D
 
D
M
 
L
L
 
I
Q
 
S
Q
 
R
N
 
H
I
 
V
D
 
D
I
 
G
L
 
I
L
 
A
I
 
I
N
 
S
P
 
V
T
 
N
D
 
E
S
 
P
A
 
K
G
 
S
V
 
V
E
 
E
A
 
S
A
 
V
V
 
M
K
 
K
A
 
R
A
 
A
K
 
E
A
 
Q
R
 
S
N
 
G
V
 
I
I
 
K
V
 
V
V
 
L
A
 
T
V
 
Y
D
|
D
A
 
S
N
 
D
A
 
S
-
 
P
-
 
K
S
 
S
G
 
G
P
 
R
V
 
-
D
 
S
M
 
M
F
 
Y
V
 
I
G
 
G
S
 
T
K
 
N
N
 
N
K
 
E
D
 
Q
A
 
A
G
 
G
Y
 
A
Q
 
T
S
 
M
C
 
A
R
 
E
A
 
T
L
 
M
A
 
G
D
 
K
A
 
A
I
 
L
G
 
N
G
 
G
K
 
Q
G
 
G
E
 
E
V
 
V
A
 
A
I
 
I
L
 
I
D
 
T
G
 
G
-
 
Q
I
 
L
P
 
G
V
 
A
V
 
V
P
x
N
I
 
L
L
 
N
Q
 
E
R
|
R
V
 
I
E
 
A
G
 
G
C
 
I
K
 
K
Q
 
K
A
 
G
L
 
L
A
 
A
E
 
K
Y
 
Y
K
 
P
D
 
G
I
 
I
K
 
K
L
 
V
V
 
V
A
 
E
T
 
T
Q
 
Q
N
 
G
G
 
T
R
 
D
Q
 
D
D
 
D
R
 
L
S
 
A
V
 
R
A
 
G
L
 
V
G
 
S
V
 
V
V
 
V
E
 
E
N
 
T
M
 
T
I
 
L
Q
 
R
S
 
A
R
 
H
P
 
P
N
 
N
L
 
L
K
 
K
G
 
G
I
 
I
F
 
F
S
 
G
V
 
V
N
x
S
D
x
Q
G
 
V
G
 
G
A
 
G
-
 
P
-
 
A
-
 
V
-
 
A
-
 
K
-
 
V
-
 
L
-
 
N
M
 
T
G
 
R
A
 
E
L
 
F
A
 
G
A
 
A
I
 
M
Q
 
K
G
 
G
S
 
K
G
 
-
K
 
-
D
 
-
I
 
L
K
 
E
L
 
V
T
 
L
S
 
A
V
 
F
D
|
D
G
 
D
A
 
L
P
 
P
E
 
D
A
 
T
V
 
L
K
 
K
A
 
G
I
 
L
A
 
K
D
 
D
G
 
G
G
 
-
P
 
-
F
 
Y
V
 
I
E
 
Q
-
 
G
T
 
I
T
 
M
A
 
V
Q
|
Q
F
 
R
P
 
P
R
 
V
D
 
T
Q
 
M
V
 
G
R
 
S
V
 
L
G
 
A
L
 
V
A
 
D
M
 
H
A
 
L
L
 
V
A
 
A
K
 
Q
K
 
I
W
 
Q
G
 
G
A
 
Q
R
 
E
V
 
G
V
 
Q
P
 
P
K
 
K
E
 
D
V
 
I
P
 
D
I
 
T
D
 
G
V
 
V
M
 
T
P
 
V
V
 
V
T
 
T
K
 
K
K
 
D
N
 
N
A
 
M
A
 
T
G
 
S
F
 
Y
S
 
T

Sites not aligning to the query:

4rsmA Crystal structure of carbohydrate transporter msmeg_3599 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510970, in complex with d-threitol (see paper)
30% identity, 89% coverage: 27:296/302 of query aligns to 4:274/315 of 4rsmA

query
sites
4rsmA
K
 
R
I
 
I
G
 
G
M
 
V
S
 
T
F
 
V
Q
x
Y
E
 
D
M
 
M
N
 
S
N
 
S
P
 
-
Y
 
F
F
 
I
V
 
T
S
 
A
M
 
G
K
 
K
K
 
E
A
 
G
L
 
M
D
 
D
E
 
A
A
 
Y
A
 
A
K
 
K
S
 
D
L
 
N
G
 
N
A
 
I
K
 
E
V
 
L
I
 
I
A
 
W
T
 
N
D
 
S
A
 
A
A
 
N
H
 
L
N
 
D
V
 
V
A
 
S
K
 
T
Q
 
Q
I
 
A
A
 
S
D
 
Q
I
 
V
E
 
D
D
 
S
M
 
M
L
 
I
Q
 
N
Q
 
Q
N
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
A
L
 
I
L
 
I
I
 
V
N
 
V
P
 
P
T
 
V
D
 
Q
S
 
A
A
 
D
G
 
S
V
 
L
E
 
A
A
 
P
A
 
Q
V
 
V
K
 
A
A
 
S
A
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
K
N
 
G
V
 
I
I
 
P
V
 
L
V
 
V
A
 
P
V
 
V
D
 
-
A
 
-
N
|
N
A
 
A
S
 
A
G
 
L
P
 
D
V
 
S
D
 
K
M
 
D
F
 
I
V
 
A
G
 
G
S
 
N
K
 
V
N
 
Q
K
 
P
D
 
D
-
 
D
-
 
V
-
 
A
A
 
A
G
 
G
Y
 
A
Q
 
Q
S
 
E
C
 
M
R
 
Q
A
 
M
L
 
M
A
 
A
D
 
D
A
 
R
I
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
G
 
G
E
 
N
V
 
I
A
 
V
I
 
I
L
 
L
D
 
Q
G
 
G
I
 
-
P
 
-
V
 
-
V
 
-
P
 
P
I
 
L
-
 
G
-
 
Q
-
 
S
-
 
G
-
 
E
L
 
L
Q
 
D
R
|
R
V
 
S
E
 
K
G
 
G
C
 
I
K
 
E
Q
 
Q
A
 
V
L
 
L
A
 
A
E
 
K
Y
 
Y
K
 
P
D
 
D
I
 
I
K
 
K
L
 
V
V
 
L
A
 
A
T
 
K
Q
 
D
N
 
T
G
 
A
R
 
N
Q
x
W
D
 
K
R
 
R
S
 
D
V
 
E
A
 
A
L
 
V
G
 
N
V
 
K
V
 
M
E
 
K
N
 
N
M
 
W
I
 
I
Q
 
S
S
 
G
R
 
F
-
 
G
P
 
P
N
 
Q
L
 
I
K
 
D
G
 
G
I
 
V
F
 
V
S
 
A
V
 
Q
N
|
N
D
 
D
G
 
D
G
 
M
A
 
G
M
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
L
A
 
Q
A
 
A
I
 
L
Q
 
K
G
 
E
S
 
S
G
 
G
K
 
R
D
 
T
-
 
G
I
 
V
K
 
P
L
 
I
T
 
V
S
 
G
V
 
I
D
|
D
G
 
G
A
 
I
P
 
E
E
 
D
A
 
G
V
 
L
K
 
N
A
 
A
I
 
V
A
 
K
D
 
-
G
 
S
G
 
G
P
 
D
F
 
F
V
 
I
E
 
G
T
 
T
T
 
S
A
 
L
Q
|
Q
F
 
N
P
 
G
R
 
T
D
 
V
Q
 
E
V
 
L
R
 
A
V
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
A
M
 
V
A
 
A
-
 
N
-
 
R
L
 
L
A
 
A
K
 
K
K
 
-
W
 
-
G
 
-
A
 
G
R
 
E
V
 
P
V
 
V
P
 
N
K
 
K
E
 
E
V
 
-
P
 
P
I
 
V
D
 
Y
V
 
I
M
 
M
P
 
P
-
 
A
V
 
I
T
 
T
K
 
K
K
 
D
N
 
N

8wlbA X-ray structure of enterobacter cloacae allose-binding protein in complex with d-psicose (see paper)
30% identity, 87% coverage: 32:294/302 of query aligns to 8:288/288 of 8wlbA

query
sites
8wlbA
F
 
L
Q
x
K
E
 
T
M
 
L
N
 
S
N
|
N
P
 
P
Y
x
F
F
x
W
V
 
V
S
 
D
M
 
M
K
 
K
K
 
K
A
 
G
L
 
I
D
 
E
E
 
D
A
 
E
A
 
A
K
 
K
S
 
T
L
 
L
G
 
G
A
 
V
K
 
S
V
 
V
-
 
D
-
 
I
I
 
F
A
 
A
T
 
S
D
 
P
A
 
S
A
 
E
H
 
G
N
 
D
V
 
F
A
 
Q
K
 
S
Q
 
Q
I
 
L
A
 
Q
D
 
L
I
 
F
E
 
E
D
 
D
M
 
L
L
 
S
Q
 
N
Q
 
K
N
 
K
I
 
Y
D
 
K
I
 
G
L
 
I
L
 
A
I
 
F
N
 
A
P
 
P
T
 
L
D
 
S
S
 
S
A
 
V
G
 
N
V
 
L
E
 
V
A
 
M
A
 
P
V
 
V
K
 
A
A
 
R
A
 
A
K
 
W
A
 
Q
R
 
K
N
 
G
V
 
L
I
 
Y
V
 
L
V
 
V
A
 
N
V
 
L
D
|
D
A
x
E
N
 
K
-
 
I
-
 
D
-
 
M
-
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
K
A
 
A
S
 
G
G
 
G
P
 
N
V
 
V
D
 
E
M
 
G
F
 
F
V
 
V
G
 
T
S
 
T
K
 
D
N
 
N
K
 
V
D
 
A
A
 
V
G
 
G
Y
 
A
Q
 
K
S
 
G
C
 
A
R
 
D
A
 
F
L
 
I
A
 
I
D
 
N
A
 
K
I
 
L
G
 
G
G
 
A
K
 
E
G
 
G
-
 
G
E
 
E
V
 
V
A
 
A
I
 
I
L
 
I
D
 
E
G
 
G
I
 
K
P
 
A
V
 
G
V
 
N
P
 
A
I
x
S
L
 
G
Q
 
E
-
 
A
R
|
R
V
 
R
E
 
N
G
 
G
C
 
A
K
 
T
Q
 
E
A
 
A
L
 
F
A
 
K
E
 
K
Y
 
A
K
 
N
D
 
Q
I
 
I
K
 
K
L
 
L
V
 
V
A
 
A
T
 
S
Q
 
Q
N
 
P
G
 
A
R
 
D
Q
 
W
D
 
D
R
 
R
S
 
I
V
 
K
A
 
A
L
 
L
G
 
D
V
 
V
V
 
A
E
 
T
N
 
N
M
 
V
I
 
L
Q
 
Q
S
 
R
R
 
N
P
 
P
N
 
N
L
 
L
K
 
K
G
 
A
I
 
F
F
 
Y
S
 
C
V
 
A
N
|
N
D
 
D
G
 
T
G
 
M
A
 
A
M
 
M
G
 
G
A
 
V
L
 
A
A
 
Q
A
 
A
I
 
V
Q
 
A
G
 
N
S
 
A
G
 
G
K
 
K
-
 
I
-
 
G
D
 
K
I
 
V
K
 
L
L
 
V
T
 
V
S
 
G
V
 
T
D
|
D
G
 
G
A
 
I
P
 
P
E
 
E
A
 
A
V
 
R
K
 
K
A
 
M
I
 
V
A
 
-
D
 
E
G
 
A
G
 
G
P
 
Q
F
 
M
V
 
T
E
 
A
T
 
T
T
 
V
A
 
A
Q
|
Q
F
 
N
P
 
P
R
 
A
D
 
D
Q
 
I
V
 
G
R
 
A
V
 
T
G
 
G
L
 
L
A
 
K
M
 
L
A
 
M
L
 
V
A
 
D
K
 
A
K
 
A
W
 
K
G
 
T
A
 
G
R
 
K
V
 
V
V
 
I
P
 
P
K
 
L
E
 
E
-
 
K
V
 
T
P
 
P
-
 
E
-
 
F
-
 
K
-
 
L
I
 
V
D
 
D
V
 
S
M
 
I
P
 
L
V
 
V
T
 
T
K
 
K

8wl9A X-ray structure of enterobacter cloacae allose-binding protein in complex with d-ribose (see paper)
30% identity, 87% coverage: 32:294/302 of query aligns to 8:288/288 of 8wl9A

query
sites
8wl9A
F
 
L
Q
 
K
E
 
T
M
 
L
N
 
S
N
|
N
P
 
P
Y
x
F
F
 
W
V
 
V
S
 
D
M
 
M
K
 
K
K
 
K
A
 
G
L
 
I
D
 
E
E
 
D
A
 
E
A
 
A
K
 
K
S
 
T
L
 
L
G
 
G
A
 
V
K
 
S
V
 
V
-
 
D
-
 
I
I
 
F
A
 
A
T
 
S
D
 
P
A
 
S
A
 
E
H
 
G
N
 
D
V
 
F
A
 
Q
K
 
S
Q
 
Q
I
 
L
A
 
Q
D
 
L
I
 
F
E
 
E
D
 
D
M
 
L
L
 
S
Q
 
N
Q
 
K
N
 
K
I
 
Y
D
 
K
I
 
G
L
 
I
L
 
A
I
 
F
N
 
A
P
 
P
T
 
L
D
 
S
S
 
S
A
 
V
G
 
N
V
 
L
E
 
V
A
 
M
A
 
P
V
 
V
K
 
A
A
 
R
A
 
A
K
 
W
A
 
Q
R
 
K
N
 
G
V
 
L
I
 
Y
V
 
L
V
 
V
A
 
N
V
 
L
D
|
D
A
 
E
N
 
K
-
 
I
-
 
D
-
 
M
-
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
K
A
 
A
S
 
G
G
 
G
P
 
N
V
 
V
D
 
E
M
 
G
F
 
F
V
 
V
G
 
T
S
 
T
K
 
D
N
 
N
K