SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing HSERO_RS06785 FitnessBrowser__HerbieS:HSERO_RS06785 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
51% identity, 95% coverage: 5:240/249 of query aligns to 6:240/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
V
 
V
L
 
L
E
 
E
V
 
V
R
 
Q
D
 
S
L
 
L
S
 
H
A
 
V
A
 
Y
Y
|
Y
G
 
G
K
 
A
V
 
I
E
 
H
V
 
A
L
 
I
A
 
K
G
 
G
I
 
I
D
 
D
L
 
L
S
 
K
V
 
V
E
 
P
Q
 
R
G
 
G
K
 
Q
I
 
I
V
 
V
T
 
T
V
 
L
I
 
I
G
 
G
P
 
A
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
L
S
 
S
A
 
A
I
 
I
M
 
A
G
 
G
V
 
L
L
 
V
-
 
R
P
 
A
S
 
Q
R
 
K
G
 
G
A
 
K
M
 
I
A
 
I
F
 
F
D
 
N
G
 
G
A
 
Q
I
 
D
R
 
I
H
 
T
S
 
N
P
 
K
E
 
P
V
 
A
E
 
H
E
 
V
M
 
I
V
 
N
A
 
R
A
 
M
G
 
G
M
 
I
T
 
A
L
 
L
V
 
V
P
 
P
E
|
E
K
 
G
R
 
R
E
 
R
L
 
I
F
 
F
A
 
P
E
 
E
M
 
L
N
 
T
I
 
V
E
 
Y
D
 
E
N
 
N
L
 
L
M
 
M
L
 
M
G
 
G
A
 
A
F
 
Y
Q
 
N
R
 
R
Y
 
K
-
 
D
R
 
K
T
 
E
G
 
G
-
 
I
Q
 
K
R
 
R
D
 
D
H
 
-
A
 
-
A
 
-
T
 
-
L
 
L
E
 
E
E
 
W
V
 
I
Y
 
F
T
 
S
L
 
L
F
 
F
P
 
P
R
 
R
L
 
L
R
 
K
E
 
E
R
 
R
R
 
L
S
 
K
Q
 
Q
Q
 
L
A
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
L
 
L
A
 
A
V
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
S
K
 
R
P
 
P
R
 
K
L
 
L
L
 
L
M
 
M
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
S
L
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
I
I
 
L
V
 
V
R
 
S
E
 
E
I
 
V
F
 
F
R
 
E
I
 
V
I
 
I
A
 
Q
E
 
K
L
 
I
R
 
N
R
 
Q
R
 
E
G
 
G
V
 
T
S
 
T
I
 
I
L
 
L
L
 
L
V
 
V
E
 
E
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
R
 
L
A
 
G
A
 
A
L
 
L
Q
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
H
Y
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
L
 
L
E
 
E
N
 
T
G
 
G
A
 
Q
I
 
I
R
 
V
M
 
L
H
 
E
G
 
G
P
 
K
A
 
A
S
 
S
Q
 
E
L
 
L
A
 
L
H
 
D
D
 
N
R
 
E
R
 
M
V
 
V
I
 
R
E
 
K
A
 
A
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G
L
 
V
S
 
A

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
31% identity, 94% coverage: 5:238/249 of query aligns to 2:235/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
V
 
I
L
 
L
E
 
K
V
 
A
R
 
Q
D
 
H
L
 
L
S
 
A
A
 
K
A
 
S
Y
 
Y
G
 
K
K
 
K
V
 
R
E
 
K
V
 
V
L
 
V
A
 
S
G
 
D
I
 
V
D
 
S
L
 
L
S
 
Q
V
 
V
E
 
E
Q
 
S
G
 
G
K
 
Q
I
 
I
V
 
V
T
 
G
V
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
S
L
 
F
S
 
Y
A
 
M
I
 
I
M
 
V
G
 
G
V
 
L
L
 
V
P
 
A
-
 
R
S
 
D
R
 
E
G
 
G
A
 
T
M
 
I
A
 
T
F
 
I
D
 
D
G
 
D
A
 
N
I
 
D
R
 
I
H
 
S
S
 
I
P
 
L
E
 
P
V
 
M
E
 
H
E
 
S
M
 
R
V
 
S
A
 
R
A
 
M
G
 
G
M
 
I
T
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
K
 
E
R
 
A
E
 
S
L
 
I
F
 
F
A
 
R
E
 
K
M
 
L
N
 
S
I
 
V
E
 
E
D
 
D
N
 
N
L
 
I
M
 
M
L
 
A
G
 
V
A
 
L
F
 
Q
Q
 
T
R
 
R
Y
 
E
R
 
E
T
 
L
G
 
T
Q
 
H
R
x
E
D
 
E
H
 
R
A
 
Q
A
x
D
T
 
K
L
 
L
E
 
E
E
 
D
V
 
L
Y
 
L
T
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
-
R
 
H
L
 
I
R
 
Q
E
 
H
R
 
I
R
 
R
S
 
K
Q
 
S
Q
 
A
A
 
G
G
 
M
T
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
V
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
K
 
N
P
 
P
R
 
Q
L
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
I
 
S
V
 
V
R
 
I
E
 
D
I
 
I
F
 
K
R
 
K
I
 
I
I
 
I
A
 
E
E
 
H
L
 
L
R
 
R
R
 
D
R
 
R
G
 
G
V
 
L
S
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
R
 
R
A
 
E
A
 
T
L
 
L
Q
 
D
V
 
V
A
 
C
D
 
E
Y
 
K
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
A
 
R
I
 
L
R
 
I
M
 
A
H
 
E
G
 
G
P
 
T
A
 
P
S
 
Q
Q
 
D
L
 
V
A
 
L
H
 
N
D
 
N
R
 
E
R
 
Q
V
 
V
I
 
K
E
 
Q
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
28% identity, 94% coverage: 4:238/249 of query aligns to 3:253/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
K
 
E
V
 
I
L
 
L
E
 
R
V
 
T
R
 
E
D
 
N
L
 
I
S
 
V
A
 
K
A
 
Y
Y
x
F
G
 
G
K
 
E
V
x
F
E
 
K
V
 
A
L
 
L
A
 
D
G
 
G
I
 
V
D
 
S
L
 
I
S
 
S
V
 
V
E
 
N
Q
 
K
G
 
G
K
 
D
I
 
V
V
 
T
T
 
L
V
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
S
 
N
A
 
V
I
 
I
M
 
T
G
 
G
V
 
F
L
 
L
P
 
K
S
 
A
-
 
D
R
 
E
G
 
G
A
 
R
M
 
V
A
 
Y
F
 
F
D
 
E
G
 
N
A
 
K
I
 
D
R
 
I
H
 
T
S
 
N
P
 
K
E
 
E
V
 
P
E
 
A
E
 
E
M
 
L
V
 
Y
A
 
H
A
 
Y
G
 
G
M
 
I
T
 
V
L
 
R
V
 
T
P
 
F
E
 
Q
K
 
T
R
 
P
E
 
Q
L
 
P
F
 
L
A
 
K
E
 
E
M
 
M
N
 
T
I
 
V
E
 
L
D
 
E
N
 
N
L
 
L
M
 
L
L
 
I
G
 
G
A
 
E
F
 
I
Q
 
C
R
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
-
 
F
Y
 
Y
R
 
K
T
 
K
G
 
W
Q
 
I
R
 
P
D
 
K
H
 
E
A
 
E
A
 
E
T
 
M
L
 
V
E
 
E
E
 
K
V
 
A
Y
 
F
T
 
K
L
 
I
-
 
L
-
 
E
F
 
F
P
 
L
R
 
K
L
 
L
R
 
S
E
 
H
R
 
L
R
 
Y
S
 
D
Q
 
R
Q
 
K
A
 
A
G
 
G
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
M
Q
 
K
M
 
L
L
 
V
A
 
E
V
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
T
K
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
M
L
 
I
M
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
I
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
P
 
P
L
 
G
I
 
L
V
 
A
R
 
H
E
 
D
I
 
I
F
 
F
R
 
N
I
 
H
I
 
V
A
 
L
E
 
E
L
 
L
R
 
K
R
 
A
R
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
T
I
 
F
L
 
L
L
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
A
 
L
R
 
D
A
 
I
A
 
V
L
 
L
Q
 
N
V
 
Y
A
 
I
D
 
D
Y
 
H
G
 
L
Y
 
Y
V
 
V
L
 
M
E
 
F
N
 
N
G
 
G
A
 
Q
I
 
I
R
 
I
M
 
A
H
 
E
G
 
G
P
 
R
A
 
G
S
 
E
Q
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
L
 
V
A
 
L
H
 
S
D
 
D
R
 
P
R
 
K
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
28% identity, 94% coverage: 4:238/249 of query aligns to 3:253/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
K
 
E
V
 
I
L
 
L
E
 
R
V
 
T
R
 
E
D
 
N
L
 
I
S
 
V
A
 
K
A
 
Y
Y
x
F
G
 
G
K
 
E
V
x
F
E
 
K
V
 
A
L
 
L
A
 
D
G
 
G
I
 
V
D
 
S
L
 
I
S
 
S
V
 
V
E
 
C
Q
 
K
G
 
G
K
 
D
I
 
V
V
 
T
T
 
L
V
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
S
 
N
A
 
V
I
 
I
M
 
T
G
 
G
V
 
F
L
 
L
P
 
K
S
 
A
-
 
D
R
 
E
G
 
G
A
 
R
M
 
V
A
 
Y
F
 
F
D
 
E
G
 
N
A
 
K
I
 
D
R
 
I
H
 
T
S
 
N
P
 
K
E
 
E
V
 
P
E
 
A
E
 
E
M
 
L
V
 
Y
A
 
H
A
 
Y
G
 
G
M
 
I
T
 
V
L
 
R
V
 
T
P
 
F
E
 
Q
K
 
T
R
 
P
E
 
Q
L
 
P
F
 
L
A
 
K
E
 
E
M
 
M
N
 
T
I
 
V
E
 
L
D
 
E
N
 
N
L
 
L
M
 
L
L
 
I
G
 
G
A
 
E
F
 
I
Q
 
N
R
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
-
 
F
Y
 
Y
R
 
K
T
 
K
G
 
W
Q
 
I
R
 
P
D
 
K
H
 
E
A
 
E
A
 
E
T
 
M
L
 
V
E
 
E
E
 
K
V
 
A
Y
 
F
T
 
K
L
 
I
-
 
L
-
 
E
F
 
F
P
 
L
R
 
K
L
 
L
R
 
S
E
 
H
R
 
L
R
 
Y
S
 
D
Q
 
R
Q
 
K
A
 
A
G
 
G
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
M
Q
 
K
M
 
L
L
 
V
A
 
E
V
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
T
K
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
M
L
 
I
M
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
I
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
P
 
P
L
 
G
I
 
L
V
 
A
R
 
H
E
 
D
I
 
I
F
 
F
R
 
N
I
 
H
I
 
V
A
 
L
E
 
E
L
 
L
R
 
K
R
 
A
R
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
T
I
 
F
L
 
L
L
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
A
 
L
R
 
D
A
 
I
A
 
V
L
 
L
Q
 
N
V
 
Y
A
 
I
D
 
D
Y
 
H
G
 
L
Y
 
Y
V
 
V
L
 
M
E
 
F
N
 
N
G
 
G
A
 
Q
I
 
I
R
 
I
M
 
A
H
 
E
G
 
G
P
 
R
A
 
G
S
 
E
Q
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
L
 
V
A
 
L
H
 
S
D
 
D
R
 
P
R
 
K
V
 
V
I
 
V
E
 
E
A
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
33% identity, 94% coverage: 5:238/249 of query aligns to 2:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
V
 
T
L
 
L
E
 
T
V
 
A
R
 
K
D
 
N
L
 
L
S
 
A
A
 
K
A
 
A
Y
|
Y
G
 
K
K
 
G
V
 
R
E
 
R
V
 
V
L
 
V
A
 
E
G
 
D
I
 
V
D
 
S
L
 
L
S
 
T
V
 
V
E
 
N
Q
 
S
G
 
G
K
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
G
V
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
S
 
Y
A
 
M
I
 
V
M
 
V
G
 
G
V
 
I
L
 
V
P
 
P
S
 
R
R
 
D
G
 
A
A
 
G
M
 
N
A
 
I
F
 
I
D
 
I
G
 
D
A
 
D
I
 
D
R
 
D
H
 
I
S
 
S
P
 
L
-
 
L
E
 
P
V
 
L
E
 
H
E
 
A
M
 
R
V
 
A
A
 
R
A
 
R
G
 
G
M
 
I
T
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
x
Q
K
 
E
R
 
A
E
 
S
L
 
I
F
 
F
A
 
R
E
 
R
M
 
L
N
 
S
I
 
V
E
 
Y
D
 
D
N
 
N
L
 
L
M
 
M
-
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
-
 
D
L
 
L
G
 
S
A
 
A
F
 
E
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
-
R
 
-
T
 
-
G
 
-
Q
 
-
R
 
E
D
 
D
H
 
R
A
 
A
A
 
N
T
 
E
L
 
L
E
 
M
E
 
E
V
 
E
Y
 
F
T
 
H
L
 
I
F
 
-
P
 
E
R
 
H
L
 
L
R
 
R
E
 
D
R
 
S
R
 
M
S
 
G
Q
 
Q
Q
 
-
A
 
-
G
 
-
T
x
S
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
V
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
K
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
|
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
I
 
S
V
 
V
R
 
I
E
 
D
I
 
I
F
 
K
R
 
R
I
 
I
I
 
I
A
 
E
E
 
H
L
 
L
R
 
R
R
 
D
R
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
A
 
V
R
 
R
A
 
E
A
 
T
L
 
L
Q
 
A
V
 
V
A
 
C
D
 
E
Y
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
A
 
H
I
 
L
R
 
I
M
 
A
H
 
H
G
 
G
P
 
T
A
 
P
S
 
T
Q
 
E
L
 
I
A
 
L
H
 
Q
D
 
D
R
 
E
R
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
33% identity, 94% coverage: 5:238/249 of query aligns to 2:235/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
V
 
T
L
 
L
E
 
T
V
 
A
R
 
K
D
 
N
L
 
L
S
 
A
A
 
K
A
 
A
Y
 
Y
G
 
K
K
 
G
V
 
R
E
 
R
V
 
V
L
 
V
A
 
E
G
 
D
I
 
V
D
 
S
L
 
L
S
 
T
V
 
V
E
 
N
Q
 
S
G
 
G
K
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
G
V
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
L
 
T
L
 
F
S
 
Y
A
 
M
I
 
V
M
 
V
G
 
G
V
 
I
L
 
V
P
 
P
S
 
R
R
 
D
G
 
A
A
 
G
M
 
N
A
 
I
F
 
I
D
 
I
G
 
D
A
 
D
I
 
D
R
 
D
H
 
I
S
 
S
P
 
L
-
 
L
E
 
P
V
 
L
E
 
H
E
 
A
M
 
R
V
 
A
A
 
R
A
 
R
G
 
G
M
 
I
T
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
K
 
E
R
 
A
E
 
S
L
 
I
F
 
F
A
x
R
E
 
R
M
 
L
N
 
S
I
 
V
E
 
Y
D
 
D
N
 
N
L
 
L
M
 
M
-
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
-
 
D
L
 
L
G
 
S
A
 
A
F
 
E
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
-
R
 
-
T
 
-
G
 
-
Q
 
-
R
 
E
D
 
D
H
 
R
A
 
A
A
 
N
T
 
E
L
 
L
E
 
M
E
 
E
V
 
E
Y
 
F
T
 
H
L
 
I
F
 
-
P
 
E
R
 
H
L
 
L
R
 
R
E
 
D
R
 
S
R
x
M
S
x
G
Q
|
Q
Q
 
-
A
 
-
G
 
-
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
V
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
K
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
I
 
S
V
 
V
R
 
I
E
 
D
I
 
I
F
 
K
R
 
R
I
 
I
I
 
I
A
 
E
E
 
H
L
 
L
R
 
R
R
 
D
R
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
R
 
R
A
 
E
A
 
T
L
 
L
Q
 
A
V
 
V
A
 
C
D
 
E
Y
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
A
 
H
I
 
L
R
 
I
M
 
A
H
 
H
G
 
G
P
 
T
A
 
P
S
 
T
Q
 
E
L
 
I
A
 
L
H
 
Q
D
 
D
R
 
E
R
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
33% identity, 94% coverage: 5:238/249 of query aligns to 2:235/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
V
 
T
L
 
L
E
 
T
V
 
A
R
 
K
D
 
N
L
 
L
S
 
A
A
 
K
A
 
A
Y
|
Y
G
 
K
K
 
G
V
x
R
E
 
R
V
 
V
L
 
V
A
 
E
G
 
D
I
 
V
D
 
S
L
 
L
S
 
T
V
 
V
E
 
N
Q
 
S
G
 
G
K
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
G
V
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
S
 
Y
A
 
M
I
 
V
M
 
V
G
 
G
V
 
I
L
 
V
P
 
P
S
 
R
R
 
D
G
 
A
A
 
G
M
 
N
A
 
I
F
 
I
D
 
I
G
 
D
A
 
D
I
 
D
R
 
D
H
 
I
S
 
S
P
 
L
-
 
L
E
 
P
V
 
L
E
 
H
E
 
A
M
 
R
V
 
A
A
 
R
A
 
R
G
 
G
M
 
I
T
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
x
Q
K
 
E
R
 
A
E
 
S
L
 
I
F
 
F
A
 
R
E
 
R
M
 
L
N
 
S
I
 
V
E
 
Y
D
 
D
N
 
N
L
 
L
M
 
M
-
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
-
 
D
L
 
L
G
 
S
A
 
A
F
 
E
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
-
R
 
-
T
 
-
G
 
-
Q
 
-
R
 
E
D
 
D
H
 
R
A
 
A
A
 
N
T
 
E
L
 
L
E
 
M
E
 
E
V
 
E
Y
 
F
T
 
H
L
 
I
F
 
-
P
 
E
R
 
H
L
 
L
R
 
R
E
 
D
R
 
S
R
 
M
S
 
G
Q
 
Q
Q
 
-
A
 
-
G
 
-
T
x
S
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
|
E
R
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
V
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
K
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
I
 
S
V
 
V
R
 
I
E
 
D
I
 
I
F
 
K
R
 
R
I
 
I
I
 
I
A
 
E
E
 
H
L
 
L
R
 
R
R
 
D
R
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
R
 
R
A
 
E
A
 
T
L
 
L
Q
 
A
V
 
V
A
 
C
D
 
E
Y
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
A
 
H
I
 
L
R
 
I
M
 
A
H
 
H
G
 
G
P
 
T
A
 
P
S
 
T
Q
 
E
L
 
I
A
 
L
H
 
Q
D
 
D
R
 
E
R
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
32% identity, 94% coverage: 5:238/249 of query aligns to 3:236/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
V
 
T
L
 
L
E
 
T
V
 
A
R
 
K
D
 
N
L
 
L
S
 
A
A
 
K
A
 
A
Y
|
Y
G
 
K
K
 
G
V
x
R
E
 
R
V
|
V
L
 
V
A
 
E
G
 
D
I
 
V
D
 
S
L
 
L
S
 
T
V
 
V
E
 
N
Q
 
S
G
 
G
K
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
G
V
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
S
 
Y
A
 
M
I
 
V
M
 
V
G
 
G
V
 
I
L
 
V
P
 
P
S
 
R
R
 
D
G
 
A
A
 
G
M
 
N
A
 
I
F
 
I
D
 
I
G
 
D
A
 
D
I
 
D
R
 
D
H
 
I
S
 
S
P
 
L
-
 
L
E
 
P
V
 
L
E
 
H
E
 
A
M
 
R
V
 
A
A
 
R
A
 
R
G
 
G
M
 
I
T
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
K
 
E
R
 
A
E
 
S
L
 
I
F
 
F
A
 
R
E
 
R
M
 
L
N
 
S
I
 
V
E
 
Y
D
 
D
N
 
N
L
 
L
M
 
M
-
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
-
 
D
L
 
L
G
 
S
A
 
A
F
 
E
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
-
R
 
-
T
 
-
G
 
-
Q
 
-
R
 
E
D
 
D
H
 
R
A
 
A
A
 
N
T
 
E
L
 
L
E
 
M
E
 
E
V
 
E
Y
 
F
T
 
H
L
 
I
F
 
-
P
 
E
R
 
H
L
 
L
R
 
R
E
 
D
R
 
S
R
 
M
S
 
G
Q
 
Q
Q
 
-
A
 
-
G
 
-
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
V
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
K
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
I
 
S
V
 
V
R
 
I
E
 
D
I
 
I
F
 
K
R
 
R
I
 
I
I
 
I
A
 
E
E
 
H
L
 
L
R
 
R
R
 
D
R
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
A
 
V
R
 
R
A
 
E
A
 
T
L
 
L
Q
 
A
V
 
V
A
 
C
D
 
E
Y
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
A
 
H
I
 
L
R
 
I
M
 
A
H
 
H
G
 
G
P
 
T
A
 
P
S
 
T
Q
 
E
L
 
I
A
 
L
H
 
Q
D
 
D
R
 
E
R
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
33% identity, 94% coverage: 5:237/249 of query aligns to 2:234/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
V
 
T
L
 
L
E
 
T
V
 
A
R
 
K
D
 
N
L
 
L
S
 
A
A
 
K
A
 
A
Y
|
Y
G
 
K
K
 
G
V
x
R
E
 
R
V
|
V
L
 
V
A
 
E
G
 
D
I
 
V
D
 
S
L
 
L
S
 
T
V
 
V
E
 
N
Q
 
S
G
 
G
K
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
G
V
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
S
 
Y
A
 
M
I
 
V
M
 
V
G
 
G
V
 
I
L
 
V
P
 
P
-
 
R
S
 
D
R
 
A
G
 
G
A
 
N
M
 
I
A
 
I
F
 
I
D
 
D
G
 
D
A
 
D
I
 
D
R
 
I
H
 
S
S
 
L
P
 
L
E
 
P
V
x
L
E
x
H
E
 
A
M
 
R
V
 
A
A
 
R
A
 
R
G
 
G
M
 
I
T
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
|
P
E
x
Q
K
 
E
R
x
A
E
x
S
L
 
I
F
|
F
A
x
R
E
x
R
M
x
L
N
 
S
I
 
V
E
 
Y
D
 
D
N
 
N
L
 
L
M
 
M
-
 
A
-
x
V
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
-
 
D
L
 
L
G
 
S
A
 
A
F
 
E
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
-
R
 
-
T
 
-
G
 
-
Q
 
-
R
 
E
D
 
D
H
 
R
A
 
A
A
 
N
T
 
E
L
 
L
E
 
M
E
 
E
V
 
E
Y
 
F
T
 
H
L
 
I
F
 
-
P
 
E
R
 
H
L
 
L
R
 
R
E
 
D
R
 
S
R
 
M
S
 
G
Q
|
Q
Q
 
-
A
 
-
G
 
-
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
V
 
I
G
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
K
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
I
 
S
V
 
V
R
 
I
E
 
D
I
 
I
F
 
K
R
 
R
I
 
I
I
 
I
A
 
E
E
 
H
L
 
L
R
 
R
R
 
D
R
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
R
 
R
A
 
E
A
 
T
L
 
L
Q
 
A
V
 
V
A
 
C
D
 
E
Y
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
A
 
H
I
 
L
R
 
I
M
 
A
H
 
H
G
 
G
P
 
T
A
 
P
S
 
T
Q
 
E
L
 
I
A
 
L
H
 
Q
D
 
D
R
 
E
R
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
33% identity, 94% coverage: 5:237/249 of query aligns to 2:234/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
V
 
T
L
 
L
E
 
T
V
 
A
R
 
K
D
 
N
L
 
L
S
 
A
A
 
K
A
 
A
Y
|
Y
G
 
K
K
 
G
V
x
R
E
 
R
V
|
V
L
 
V
A
 
E
G
 
D
I
 
V
D
 
S
L
 
L
S
 
T
V
 
V
E
 
N
Q
 
S
G
 
G
K
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
G
V
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
S
 
Y
A
 
M
I
 
V
M
 
V
G
 
G
V
 
I
L
 
V
P
 
P
-
 
R
S
 
D
R
 
A
G
 
G
A
 
N
M
 
I
A
 
I
F
 
I
D
 
D
G
 
D
A
 
D
I
 
D
R
 
I
H
 
S
S
 
L
P
 
L
E
 
P
V
 
L
E
 
H
E
 
A
M
 
R
V
 
A
A
 
R
A
 
R
G
 
G
M
 
I
T
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
x
Q
K
 
E
R
 
A
E
 
S
L
 
I
F
 
F
A
 
R
E
 
R
M
 
L
N
 
S
I
 
V
E
 
Y
D
 
D
N
 
N
L
 
L
M
 
M
-
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
-
 
D
L
 
L
G
 
S
A
 
A
F
 
E
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
-
R
 
-
T
 
-
G
 
-
Q
 
-
R
 
E
D
 
D
H
 
R
A
 
A
A
 
N
T
 
E
L
 
L
E
 
M
E
 
E
V
 
E
Y
 
F
T
 
H
L
 
I
F
 
-
P
 
E
R
 
H
L
 
L
R
 
R
E
 
D
R
 
S
R
 
M
S
 
G
Q
 
Q
Q
 
-
A
 
-
G
 
-
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
V
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
K
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
I
 
S
V
 
V
R
 
I
E
 
D
I
 
I
F
 
K
R
 
R
I
 
I
I
 
I
A
 
E
E
 
H
L
 
L
R
 
R
R
 
D
R
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
R
 
R
A
 
E
A
 
T
L
 
L
Q
 
A
V
 
V
A
 
C
D
 
E
Y
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
A
 
H
I
 
L
R
 
I
M
 
A
H
 
H
G
 
G
P
 
T
A
 
P
S
 
T
Q
 
E
L
 
I
A
 
L
H
 
Q
D
 
D
R
 
E
R
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y
L
 
L

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
32% identity, 93% coverage: 5:236/249 of query aligns to 2:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
V
 
T
L
 
L
E
 
T
V
 
A
R
 
K
D
 
N
L
 
L
S
 
A
A
 
K
A
 
A
Y
|
Y
G
 
K
K
 
G
V
x
R
E
 
R
V
|
V
L
 
V
A
 
E
G
 
D
I
 
V
D
 
S
L
 
L
S
 
T
V
 
V
E
 
N
Q
 
S
G
 
G
K
 
E
I
 
I
V
 
V
T
 
G
V
 
L
I
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
L
 
T
L
 
F
S
 
Y
A
 
M
I
 
V
M
 
V
G
 
G
V
 
I
L
 
V
P
 
P
S
 
R
R
 
D
G
 
A
A
 
G
M
 
N
A
 
I
F
 
I
D
 
I
G
 
D
A
 
D
I
 
D
R
 
D
H
 
I
S
 
S
P
 
L
-
 
L
E
 
P
V
 
L
E
 
H
E
 
A
M
 
R
V
 
A
A
 
R
A
 
R
G
 
G
M
 
I
T
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
K
 
E
R
 
A
E
 
S
L
 
I
F
|
F
A
x
R
E
x
R
M
 
L
N
 
S
I
 
V
E
 
Y
D
 
D
N
 
N
L
 
L
M
 
M
-
 
A
-
 
V
-
 
L
-
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
-
 
D
L
 
L
G
 
S
A
 
A
F
 
E
Q
 
Q
R
 
R
Y
 
-
R
 
-
T
 
-
G
 
-
Q
 
-
R
 
E
D
 
D
H
 
R
A
 
A
A
 
N
T
 
E
L
 
L
E
 
M
E
 
E
V
 
E
Y
 
F
T
 
H
L
 
I
F
 
-
P
 
E
R
 
H
L
 
L
R
 
R
E
 
D
R
 
S
R
 
M
S
 
G
Q
 
Q
Q
 
-
A
 
-
G
 
-
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
V
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
A
K
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
L
 
I
I
 
S
V
 
V
R
 
I
E
 
D
I
 
I
F
 
K
R
 
R
I
 
I
I
 
I
A
 
E
E
 
H
L
 
L
R
 
R
R
 
D
R
 
S
G
 
G
V
 
L
S
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
R
 
R
A
 
E
A
 
T
L
 
L
Q
 
A
V
 
V
A
 
C
D
 
E
Y
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
N
 
Q
G
 
G
A
 
H
I
 
L
R
 
I
M
 
A
H
 
H
G
 
G
P
 
T
A
 
P
S
 
T
Q
 
E
L
 
I
A
 
L
H
 
Q
D
 
D
R
 
E
R
 
H
V
 
V
I
 
K
E
 
R
A
 
V
Y
 
Y

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
28% identity, 89% coverage: 8:228/249 of query aligns to 4:225/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
V
 
V
R
 
N
D
 
D
L
 
V
S
 
Y
A
 
K
A
 
N
Y
x
F
G
 
G
K
 
S
V
 
L
E
 
E
V
|
V
L
 
L
A
 
K
G
 
G
I
 
V
D
 
T
L
 
L
S
 
K
V
 
V
E
 
N
Q
 
K
G
 
G
K
 
E
I
 
V
V
 
V
T
 
V
V
 
I
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
S
 
R
A
 
C
I
 
I
M
 
-
G
 
N
V
 
L
L
 
L
-
 
E
-
 
E
P
 
P
S
 
T
R
 
K
G
 
G
A
 
E
M
 
V
A
 
F
F
 
I
D
 
D
G
 
G
A
 
V
I
 
K
R
 
I
H
 
N
S
 
N
P
 
G
E
 
K
V
 
V
E
 
N
-
 
I
E
 
N
M
 
K
V
 
V
A
 
R
A
 
Q
G
 
K
M
 
V
T
 
G
L
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
K
 
H
R
 
F
E
 
N
L
 
L
F
 
F
A
 
P
E
 
H
M
 
L
N
 
T
I
 
A
E
 
I
D
 
E
N
 
N
L
 
I
M
 
T
L
 
L
G
 
A
A
 
P
F
 
V
Q
 
K
R
 
V
Y
 
K
R
 
K
T
 
M
G
 
N
Q
 
K
R
 
K
D
 
E
H
 
A
A
 
E
A
 
-
T
 
-
L
 
-
E
 
E
E
 
L
V
 
A
Y
 
V
T
 
D
L
 
L
F
 
L
P
 
A
R
 
K
-
 
V
-
 
G
L
 
L
R
 
L
E
 
D
R
 
K
R
 
K
S
 
D
Q
 
Q
Q
 
Y
A
 
P
G
 
I
T
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
M
 
R
L
 
L
A
 
A
V
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
M
K
 
Q
P
 
P
R
 
E
L
 
V
L
 
M
M
 
L
L
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
T
L
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
E
I
 
M
V
 
V
R
 
K
E
 
E
I
 
V
F
 
L
R
 
N
I
 
V
I
 
M
A
 
K
E
 
Q
L
 
L
R
 
A
R
 
N
R
 
E
G
 
G
V
 
M
S
 
T
I
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
x
H
N
 
E
A
 
M
R
 
G
A
 
F
A
 
A
L
 
R
Q
 
E
V
 
V
A
 
G
D
 
D
Y
 
R
G
 
V
Y
 
I
V
 
F
L
 
M
E
 
D
N
 
D
G
 
G
A
 
V
I
 
I
R
 
V
M
 
E
H
 
E
G
 
G
P
 
T
A
 
P
S
 
E
Q
 
E
L
 
I
A
 
F
H
 
Y

P55339 ABC-type transporter ATP-binding protein EcsA from Bacillus subtilis (strain 168) (see paper)
30% identity, 89% coverage: 5:226/249 of query aligns to 3:221/247 of P55339

query
sites
P55339
V
 
L
L
 
L
E
 
S
V
 
V
R
 
K
D
 
D
L
 
L
S
 
T
A
 
G
A
 
G
Y
 
Y
G
 
T
K
 
R
V
 
N
E
 
P
V
 
V
L
 
L
A
 
K
G
 
N
I
 
V
D
 
S
L
 
F
S
 
T
V
 
L
E
 
E
Q
 
P
G
 
N
K
 
Q
I
 
I
V
 
V
T
 
G
V
 
L
I
 
I
G
 
G
P
 
L
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
S
T
 
T
L
 
T
L
 
I
S
 
R
A
 
H
I
 
I
M
 
I
G
 
G
V
 
L
L
 
M
-
 
D
P
 
P
S
 
H
R
 
K
G
 
G
A
 
S
M
 
I
A
 
E
F
 
L
D
 
N
G
 
G
A
 
-
I
 
-
R
 
K
H
 
T
S
 
F
P
 
A
E
 
E
V
 
D
E
 
P
E
 
E
M
 
G
V
 
Y
A
 
R
A
 
S
G
 
Q
M
 
F
T
 
T
L
 
Y
V
 
I
P
 
P
E
 
E
K
 
T
R
 
P
E
 
V
L
 
L
F
 
Y
A
 
E
E
 
E
M
 
L
N
 
T
I
 
L
E
 
M
D
 
E
N
 
H
L
 
L
M
 
E
L
 
L
G
 
T
A
 
A
F
 
M
Q
 
A
R
 
-
Y
 
Y
R
 
G
T
 
L
G
 
S
Q
 
K
R
 
E
D
 
T
H
 
M
A
 
E
A
 
K
T
 
R
L
 
L
E
 
P
E
 
P
V
 
L
Y
 
L
T
 
K
L
 
E
F
 
F
P
 
-
R
 
R
L
 
M
R
 
E
E
 
K
R
 
R
R
 
L
S
 
K
Q
 
W
Q
 
F
A
 
P
G
 
A
T
 
H
L
 
F
S
 
S
G
 
K
G
 
G
E
 
M
R
 
K
Q
 
Q
M
 
K
L
 
V
A
 
M
V
 
I
G
 
M
R
 
C
A
 
A
L
 
F
M
 
L
A
 
A
K
 
E
P
 
P
R
 
A
L
 
L
L
 
Y
M
 
I
L
 
I
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
L
 
L
G
|
G
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
L
I
 
A
V
 
I
R
 
N
E
 
A
I
 
L
F
 
L
R
 
E
I
 
R
I
 
M
A
 
N
E
 
E
L
 
A
R
 
K
R
 
K
R
 
G
G
 
G
V
 
A
S
 
S
I
 
V
L
 
L
L
 
M
V
 
S
E
 
T
Q
 
H
N
 
I
A
 
L
R
 
A
A
 
T
A
 
A
L
 
E
Q
 
R
V
 
Y
A
 
C
D
 
D
Y
 
S
G
 
F
Y
 
I
V
 
I
L
 
L
E
 
H
N
 
N
G
 
G
A
 
E
I
 
V
R
 
R
M
 
A
H
 
R
G
 
G
P
 
T
A
 
L
S
 
S
Q
 
E
L
 
L

3c4jA Abc protein artp in complex with atp-gamma-s
28% identity, 85% coverage: 4:215/249 of query aligns to 2:220/242 of 3c4jA

query
sites
3c4jA
K
 
Q
V
 
M
L
 
I
E
 
D
V
 
V
R
 
H
D
 
Q
L
 
L
S
 
K
A
 
K
A
 
S
Y
x
F
G
 
G
K
 
S
V
 
L
E
 
E
V
|
V
L
 
L
A
 
K
G
 
G
I
 
I
D
 
N
L
 
V
S
 
H
V
 
I
E
 
R
Q
 
E
G
 
G
K
 
E
I
 
V
V
 
V
T
 
V
V
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
F
L
 
L
S
 
R
A
 
C
I
 
-
M
 
L
G
 
N
V
 
L
L
 
L
P
 
E
S
 
D
-
 
F
-
 
D
R
 
E
G
 
G
A
 
E
M
 
I
A
 
I
F
 
I
D
 
D
G
 
G
A
 
I
I
 
N
R
 
L
H
 
K
S
 
A
P
 
K
E
 
D
V
 
T
E
 
N
-
 
L
E
 
N
M
 
K
V
 
V
A
 
R
A
 
E
G
 
E
M
 
V
T
 
G
L
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
K
 
R
R
 
F
E
 
N
L
 
L
F
 
F
A
 
P
E
 
H
M
 
M
N
 
T
I
 
V
E
 
L
D
 
N
N
 
N
L
 
I
M
 
T
L
 
L
G
 
-
A
 
A
F
 
P
Q
 
M
R
 
K
Y
 
V
R
 
R
T
 
K
G
 
W
Q
 
P
R
 
R
D
 
E
H
 
K
A
 
A
A
 
E
T
 
A
L
 
-
E
 
-
E
 
K
V
 
A
Y
 
M
T
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
D
R
 
K
-
 
V
-
 
G
L
 
L
R
 
K
E
 
D
R
 
K
R
 
A
S
 
H
Q
 
A
Q
 
Y
A
 
P
G
 
D
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
A
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
V
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
M
K
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
L
 
M
M
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
L
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
E
I
 
M
V
 
V
R
 
G
E
 
E
I
 
V
F
 
L
R
 
S
I
 
V
I
 
M
A
 
K
E
 
Q
L
 
L
R
 
A
R
 
N
R
 
E
G
 
G
V
 
M
S
 
T
I
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
A
 
M
R
 
G
A
 
F
A
 
A
L
 
R
Q
 
E
V
 
V
A
 
G
D
 
D
Y
 
R
-
 
V
-
 
L
-
 
F
-
 
M
-
 
D
-
 
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
I
L
 
I
E
 
E
N
 
E
G
 
G

3c41J Abc protein artp in complex with amp-pnp/mg2+
28% identity, 85% coverage: 4:215/249 of query aligns to 2:220/242 of 3c41J

query
sites
3c41J
K
 
Q
V
 
M
L
 
I
E
 
D
V
 
V
R
 
H
D
 
Q
L
 
L
S
 
K
A
 
K
A
 
S
Y
x
F
G
 
G
K
 
S
V
 
L
E
 
E
V
|
V
L
 
L
A
 
K
G
 
G
I
 
I
D
 
N
L
 
V
S
 
H
V
 
I
E
 
R
Q
 
E
G
 
G
K
 
E
I
 
V
V
 
V
T
 
V
V
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
F
L
 
L
S
 
R
A
 
C
I
 
-
M
 
L
G
 
N
V
 
L
L
 
L
P
 
E
S
 
D
-
 
F
-
 
D
R
 
E
G
 
G
A
 
E
M
 
I
A
 
I
F
 
I
D
 
D
G
 
G
A
 
I
I
 
N
R
 
L
H
 
K
S
 
A
P
 
K
E
 
D
V
 
T
E
 
N
-
 
L
E
 
N
M
 
K
V
 
V
A
 
R
A
 
E
G
 
E
M
 
V
T
 
G
L
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
K
 
R
R
 
F
E
 
N
L
 
L
F
 
F
A
 
P
E
 
H
M
 
M
N
 
T
I
 
V
E
 
L
D
 
N
N
 
N
L
 
I
M
 
T
L
 
L
G
 
-
A
 
A
F
 
P
Q
 
M
R
 
K
Y
 
V
R
 
R
T
 
K
G
 
W
Q
 
P
R
 
R
D
 
E
H
 
K
A
 
A
A
 
E
T
 
A
L
 
-
E
 
-
E
 
K
V
 
A
Y
 
M
T
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
D
R
 
K
-
 
V
-
 
G
L
 
L
R
 
K
E
 
D
R
 
K
R
 
A
S
 
H
Q
 
A
Q
 
Y
A
 
P
G
 
D
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
A
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
V
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
M
K
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
L
 
M
M
 
L
L
 
F
D
|
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
L
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
E
I
 
M
V
 
V
R
 
G
E
 
E
I
 
V
F
 
L
R
 
S
I
 
V
I
 
M
A
 
K
E
 
Q
L
 
L
R
 
A
R
 
N
R
 
E
G
 
G
V
 
M
S
 
T
I
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
A
 
M
R
 
G
A
 
F
A
 
A
L
 
R
Q
 
E
V
 
V
A
 
G
D
 
D
Y
 
R
-
 
V
-
 
L
-
 
F
-
 
M
-
 
D
-
 
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
I
L
 
I
E
 
E
N
 
E
G
 
G

2olkA Abc protein artp in complex with adp-beta-s
28% identity, 85% coverage: 4:215/249 of query aligns to 2:220/242 of 2olkA

query
sites
2olkA
K
 
Q
V
 
M
L
 
I
E
 
D
V
 
V
R
 
H
D
 
Q
L
 
L
S
 
K
A
 
K
A
 
S
Y
x
F
G
 
G
K
 
S
V
 
L
E
 
E
V
|
V
L
 
L
A
 
K
G
 
G
I
 
I
D
 
N
L
 
V
S
 
H
V
 
I
E
 
R
Q
 
E
G
 
G
K
 
E
I
 
V
V
 
V
T
 
V
V
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
F
L
 
L
S
 
R
A
 
C
I
 
-
M
 
L
G
 
N
V
 
L
L
 
L
P
 
E
S
 
D
-
 
F
-
 
D
R
 
E
G
 
G
A
 
E
M
 
I
A
 
I
F
 
I
D
 
D
G
 
G
A
 
I
I
 
N
R
 
L
H
 
K
S
 
A
P
 
K
E
 
D
V
 
T
E
 
N
-
 
L
E
 
N
M
 
K
V
 
V
A
 
R
A
 
E
G
 
E
M
 
V
T
 
G
L
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
K
 
R
R
 
F
E
 
N
L
 
L
F
 
F
A
 
P
E
 
H
M
 
M
N
 
T
I
 
V
E
 
L
D
 
N
N
 
N
L
 
I
M
 
T
L
 
L
G
 
-
A
 
A
F
 
P
Q
 
M
R
 
K
Y
 
V
R
 
R
T
 
K
G
 
W
Q
 
P
R
 
R
D
 
E
H
 
K
A
 
A
A
 
E
T
 
A
L
 
-
E
 
-
E
 
K
V
 
A
Y
 
M
T
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
D
R
 
K
-
 
V
-
 
G
L
 
L
R
 
K
E
 
D
R
 
K
R
 
A
S
 
H
Q
 
A
Q
 
Y
A
 
P
G
 
D
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
A
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
V
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
M
K
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
L
 
M
M
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
L
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
E
I
 
M
V
 
V
R
 
G
E
 
E
I
 
V
F
 
L
R
 
S
I
 
V
I
 
M
A
 
K
E
 
Q
L
 
L
R
 
A
R
 
N
R
 
E
G
 
G
V
 
M
S
 
T
I
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
A
 
M
R
 
G
A
 
F
A
 
A
L
 
R
Q
 
E
V
 
V
A
 
G
D
 
D
Y
 
R
-
 
V
-
 
L
-
 
F
-
 
M
-
 
D
-
 
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
I
L
 
I
E
 
E
N
 
E
G
 
G

2oljA Abc protein artp in complex with adp/mg2+
28% identity, 85% coverage: 4:215/249 of query aligns to 2:220/242 of 2oljA

query
sites
2oljA
K
 
Q
V
 
M
L
 
I
E
 
D
V
 
V
R
 
H
D
 
Q
L
 
L
S
 
K
A
 
K
A
 
S
Y
x
F
G
 
G
K
 
S
V
 
L
E
 
E
V
|
V
L
 
L
A
 
K
G
 
G
I
 
I
D
 
N
L
 
V
S
 
H
V
 
I
E
 
R
Q
 
E
G
 
G
K
 
E
I
 
V
V
 
V
T
 
V
V
 
V
I
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
L
 
F
L
 
L
S
 
R
A
 
C
I
 
-
M
 
L
G
 
N
V
 
L
L
 
L
P
 
E
S
 
D
-
 
F
-
 
D
R
 
E
G
 
G
A
 
E
M
 
I
A
 
I
F
 
I
D
 
D
G
 
G
A
 
I
I
 
N
R
 
L
H
 
K
S
 
A
P
 
K
E
 
D
V
 
T
E
 
N
-
 
L
E
 
N
M
 
K
V
 
V
A
 
R
A
 
E
G
 
E
M
 
V
T
 
G
L
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
K
 
R
R
 
F
E
 
N
L
 
L
F
 
F
A
 
P
E
 
H
M
 
M
N
 
T
I
 
V
E
 
L
D
 
N
N
 
N
L
 
I
M
 
T
L
 
L
G
 
-
A
 
A
F
 
P
Q
 
M
R
 
K
Y
 
V
R
 
R
T
 
K
G
 
W
Q
 
P
R
 
R
D
 
E
H
 
K
A
 
A
A
 
E
T
 
A
L
 
-
E
 
-
E
 
K
V
 
A
Y
 
M
T
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
D
R
 
K
-
 
V
-
 
G
L
 
L
R
 
K
E
 
D
R
 
K
R
 
A
S
 
H
Q
 
A
Q
 
Y
A
 
P
G
 
D
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
A
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
V
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
A
 
M
K
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
L
 
M
M
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
L
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
L
 
E
I
 
M
V
 
V
R
 
G
E
 
E
I
 
V
F
 
L
R
 
S
I
 
V
I
 
M
A
 
K
E
 
Q
L
 
L
R
 
A
R
 
N
R
 
E
G
 
G
V
 
M
S
 
T
I
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
A
 
M
R
 
G
A
 
F
A
 
A
L
 
R
Q
 
E
V
 
V
A
 
G
D
 
D
Y
 
R
-
 
V
-
 
L
-
 
F
-
 
M
-
 
D
-
 
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
I
L
 
I
E
 
E
N
 
E
G
 
G

P04983 Ribose import ATP-binding protein RbsA; EC 7.5.2.7 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
31% identity, 80% coverage: 17:215/249 of query aligns to 259:471/501 of P04983

query
sites
P04983
K
 
K
V
 
V
E
 
D
V
 
N
L
 
L
A
 
C
G
 
G
-
 
P
-
 
G
-
 
V
-
 
N
-
 
D
I
 
V
D
 
S
L
 
F
S
 
T
V
 
L
E
 
R
Q
 
K
G
 
G
K
 
E
I
 
I
V
 
L
T
 
G
V
 
V
I
 
S
G
 
G
P
 
L
N
 
M
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
R
T
 
T
T
 
E
L
 
L
L
 
M
S
 
K
A
 
V
I
 
L
M
 
Y
G
 
G
V
 
A
L
 
L
P
 
P
-
 
R
S
 
T
R
 
S
G
 
G
A
 
Y
M
 
V
A
 
T
F
 
L
D
 
D
G
 
G
-
 
H
-
 
E
A
 
V
I
 
V
R
 
T
H
 
R
S
 
S
P
 
P
E
 
Q
V
 
-
E
 
-
E
 
D
M
 
G
V
 
L
A
 
A
A
 
N
G
 
G
M
 
I
T
 
V
L
 
Y
V
 
I
P
 
S
E
 
E
K
 
D
R
 
R
E
 
K
-
 
R
-
 
D
-
 
G
L
 
L
F
 
V
A
 
L
E
 
G
M
 
M
N
 
S
I
 
V
E
 
K
D
 
E
N
 
N
L
 
M
M
 
S
L
 
L
G
 
T
A
 
A
F
 
L
Q
 
R
R
 
Y
Y
 
F
-
 
S
R
 
R
T
 
A
G
 
G
Q
 
G
R
 
S
D
 
L
H
 
K
A
 
H
A
 
A
T
 
D
L
 
E
E
 
Q
E
 
Q
V
 
A
Y
 
V
T
 
S
L
 
D
F
 
F
P
 
I
R
 
R
L
 
L
R
 
F
E
 
N
R
 
V
R
 
K
S
 
T
-
 
P
-
 
S
-
 
M
-
 
E
Q
 
Q
Q
 
A
A
 
I
G
 
G
T
 
L
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
N
R
 
Q
Q
 
Q
M
 
K
L
 
V
A
 
A
V
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
G
L
 
L
M
 
M
A
 
T
K
 
R
P
 
P
R
 
K
L
 
V
L
 
L
M
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
L
 
R
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
V
L
 
G
I
 
A
V
 
K
R
 
K
E
 
E
I
 
I
F
 
Y
R
 
Q
I
 
L
I
 
I
A
 
N
E
 
Q
L
 
F
R
 
K
R
 
A
R
 
D
G
 
G
V
 
L
S
 
S
I
 
I
L
 
I
L
 
L
V
 
V
E
 
S
Q
 
S
N
 
E
A
 
M
R
 
P
A
 
E
A
 
V
L
 
L
Q
 
G
V
 
M
A
 
S
D
 
D
Y
 
R
G
 
I
Y
 
I
V
 
V
L
 
M
E
 
H
N
 
E
G
 
G

Sites not aligning to the query:

7ch6C Cryo-em structure of e.Coli mlafeb with amppnp (see paper)
30% identity, 90% coverage: 4:226/249 of query aligns to 3:228/265 of 7ch6C

query
sites
7ch6C
K
 
N
V
 
L
L
 
V
E
 
D
V
 
M
R
 
R
D
 
D
L
 
V
S
 
S
A
 
F
A
 
T
Y
x
R
G
 
G
K
 
N
V
x
R
E
 
C
V
 
I
L
 
F
A
 
D
G
 
N
I
 
I
D
 
S
L
 
L
S
 
T
V
 
V
E
 
P
Q
 
R
G
 
G
K
 
K
I
 
I
V
 
T
T
 
A
V
 
I
I
 
M
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
|
G
A
 
I
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
 
T
L
 
L
L
 
L
S
 
R
A
 
L
I
 
I
M
 
G
G
 
G
-
 
Q
V
 
I
L
 
A
P
 
P
S
 
D
R
 
H
G
 
G
A
 
E
M
 
I
A
 
L
F
 
F
D
 
D
G
 
G
A
 
-
I
 
-
R
 
E
H
 
N
S
 
I
P
 
P
E
 
A
V
 
M
E
 
S
E
 
R
-
 
S
-
 
R
-
 
L
-
 
Y
M
 
T
V
 
V
A
 
R
A
 
K
G
 
R
M
 
M
T
 
S
L
 
M
V
 
L
P
 
F
E
 
Q
K
 
S
R
 
G
E
 
A
L
 
L
F
 
F
A
 
T
E
 
D
M
 
M
N
 
N
I
 
V
E
 
F
D
 
D
N
 
N
L
 
V
M
 
-
L
 
-
G
 
-
A
 
A
F
 
Y
Q
 
P
R
 
L
Y
 
R
R
 
E
T
 
H
G
 
T
Q
 
Q
R
 
L
D
 
P
-
 
A
-
 
P
-
 
L
-
 
L
H
 
H
A
 
S
A
 
T
T
 
V
L
 
M
E
 
M
E
 
K
V
 
L
Y
 
E
T
 
A
L
 
V
F
 
-
P
 
-
R
 
G
L
 
L
R
 
R
E
 
G
R
 
A
R
 
A
S
 
K
Q
 
L
Q
 
M
A
 
P
G
 
S
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
M
R
 
A
Q
 
R
M
 
R
L
 
A
A
 
A
V
 
L
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
M
 
A
A
 
L
K
 
E
P
 
P
R
 
D
L
 
L
L
 
I
M
 
M
L
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
F
L
 
V
G
 
G
L
 
Q
A
 
D
P
 
P
L
 
I
I
 
T
V
 
M
R
 
G
E
 
V
I
 
L
F
 
V
R
 
K
I
 
L
I
 
I
A
 
S
E
 
E
L
 
L
R
 
N
R
 
S
R
 
A
-
 
L
G
 
G
V
 
V
S
 
T
I
 
C
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
S
Q
 
H
N
 
D
A
 
V
R
 
P
A
 
E
A
 
V
L
 
L
Q
 
S
V
 
I
A
 
A
D
 
D
Y
 
H
G
 
A
Y
 
W
V
 
I
L
 
L
E
 
A
N
 
D
G
 
K
A
 
K
I
 
I
R
 
V
M
 
A
H
 
H
G
 
G
P
 
S
A
 
A
S
 
Q
Q
 
A
L
 
L

6xgyA Crystal structure of e. Coli mlafb abc transport subunits in the dimeric state (see paper)
30% identity, 90% coverage: 4:226/249 of query aligns to 3:228/264 of 6xgyA

query
sites
6xgyA
K
 
N
V
 
L
L
 
V
E
 
D
V
 
M
R
 
R
D
 
D
L
 
V
S
 
S
A
 
F
A
 
T
Y
x
R
G
 
G
K
 
N
V
 
R
E
 
C