SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing HSERO_RS18800 FitnessBrowser__HerbieS:HSERO_RS18800 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 6 hits to proteins with known functional sites (download)

7x8eA Crystal structure of pfhppd-y13287 complex
34% identity, 88% coverage: 13:269/293 of query aligns to 5:261/341 of 7x8eA

query
sites
7x8eA
N
 
N
P
 
P
L
 
M
G
 
G
I
 
L
D
 
M
G
 
G
I
 
F
E
 
E
F
 
F
I
 
I
E
 
E
Y
 
F
A
 
A
T
 
S
T
 
P
E
 
T
P
 
P
L
 
G
A
 
T
L
 
L
G
 
E
A
 
P
V
 
I
L
 
F
E
 
E
R
 
I
M
 
M
G
 
G
F
 
F
E
 
T
Q
 
K
V
 
V
G
 
A
R
 
T
H
 
H
R
 
R
S
 
S
R
 
K
E
 
N
V
 
V
V
 
H
L
 
L
Y
 
Y
T
 
R
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
M
 
I
N
 
N
V
 
L
I
 
I
V
 
L
N
 
N
A
 
N
D
 
E
A
 
P
T
 
N
A
 
S
W
 
I
A
 
A
G
 
S
F
 
Y
D
 
F
H
 
A
E
 
A
V
 
E
Q
 
H
A
 
G
T
 
P
S
 
S
L
 
V
S
 
C
A
 
G
I
 
M
A
 
A
L
 
F
R
 
R
V
 
V
R
 
K
D
 
D
A
 
S
N
 
Q
E
 
K
A
 
A
Y
 
Y
R
 
N
R
 
R
V
 
A
T
 
L
E
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
A
W
 
Q
A
 
P
I
 
I
P
 
H
T
 
I
R
 
D
A
 
T
G
 
G
A
 
P
M
 
M
E
 
E
L
 
L
N
 
N
I
 
L
P
 
P
G
 
A
V
 
I
H
 
K
G
 
G
C
 
I
G
 
G
D
 
G
S
 
A
I
 
P
I
 
L
Y
 
Y
F
 
L
V
 
I
D
 
D
R
 
R
Y
 
F
R
 
G
D
 
E
-
 
G
F
 
S
S
 
S
I
 
I
Y
 
Y
D
 
D
V
 
I
D
 
D
F
 
F
K
 
V
P
 
Y
A
 
L
S
 
E
Q
 
G
E
 
V
R
 
E
R
 
R
Q
 
N
T
 
P
S
 
V
A
 
G
L
 
-
A
 
A
G
 
G
L
 
L
H
 
K
F
 
V
F
 
I
G
 
D
-
x
H
L
 
L
V
 
T
Q
 
H
A
 
N
V
 
V
Q
 
Y
P
 
R
D
 
G
R
 
R
L
 
M
R
 
V
E
 
Y
W
 
W
I
 
A
D
 
N
F
 
F
Y
 
Y
S
 
E
T
 
K
L
 
L
M
 
F
G
 
N
F
 
F
S
 
R
V
 
-
L
 
-
P
 
-
E
 
E
G
 
A
Q
 
R
F
 
Y
F
 
F
G
 
D
I
 
I
L
 
T
P
x
S
K
 
K
G
 
A
S
 
-
L
 
-
L
 
M
V
 
S
S
 
A
P
 
P
C
 
D
R
 
G
Q
 
M
F
 
I
Y
 
R
I
 
I
Q
x
P
L
 
L
V
 
N
E
 
E
P
 
E
P
 
G
A
 
A
G
 
G
-
x
Q
T
 
I
E
 
E
D
 
E
I
 
F
H
 
L
W
 
M
E
 
Q
-
 
F
-
 
N
-
 
G
E
 
E
E
 
G
L
 
I
L
 
Q
R
x
H
L
 
V
G
 
A
L
 
F
G
 
L
T
 
T
P
 
D
D
 
D
V
 
L
L
 
V
Q
 
K
A
 
T
V
 
W
R
 
D
Q
 
A
L
 
L
Q
 
K
E
 
K
R
 
I
G
 
G
V
 
M
V
 
R
F
 
F
V
x
M
D
 
T
R
 
A
A
 
P
P
 
P
T
 
D
Q
 
T
I
 
Y
S
 
Y
E
 
E

Sites not aligning to the query:

7xntA Crystal structure of pfhppd-y13161 complex
34% identity, 88% coverage: 13:269/293 of query aligns to 6:268/341 of 7xntA

query
sites
7xntA
N
 
N
P
 
P
L
 
M
G
 
G
I
 
L
D
 
M
G
 
G
I
 
F
E
 
E
F
 
F
I
 
I
E
 
E
Y
 
F
A
 
A
T
 
S
T
 
P
E
 
T
P
 
P
L
 
G
A
 
T
L
 
L
G
 
E
A
 
P
V
 
I
L
 
F
E
 
E
R
 
I
M
 
M
G
 
G
F
 
F
E
 
T
Q
 
K
V
 
V
G
 
A
R
 
T
H
 
H
R
 
R
S
 
S
R
 
K
E
 
N
V
 
V
V
 
H
L
 
L
Y
 
Y
T
 
R
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
M
 
I
N
 
N
V
 
L
I
 
I
V
 
L
N
 
N
A
 
N
D
 
E
A
 
P
T
 
N
A
 
S
W
 
I
A
 
A
G
 
S
F
 
Y
D
 
F
H
 
A
E
 
A
V
 
E
Q
 
H
A
 
G
T
 
P
S
 
S
L
 
V
S
 
C
A
 
G
I
 
M
A
 
A
L
 
F
R
 
R
V
 
V
R
 
K
D
 
D
A
 
S
N
 
Q
E
 
K
A
 
A
Y
 
Y
R
 
N
R
 
R
V
 
A
T
 
L
E
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
A
W
 
Q
A
 
P
I
 
I
P
 
H
T
 
I
R
 
D
A
 
T
G
 
G
A
 
P
M
 
M
E
 
E
L
 
L
N
 
N
I
 
L
P
 
P
G
 
A
V
 
I
H
 
K
G
 
G
C
 
I
G
 
G
D
 
G
S
 
A
I
 
P
I
 
L
Y
 
Y
F
 
L
V
 
I
D
 
D
R
 
R
Y
 
F
R
 
G
D
 
E
-
 
G
F
 
S
S
 
S
I
 
I
Y
 
Y
D
 
D
V
 
I
D
 
D
F
 
F
K
 
V
P
 
Y
A
 
L
S
 
E
Q
 
G
E
 
V
R
 
E
R
 
R
Q
 
N
T
 
P
S
 
V
A
 
G
L
 
-
A
 
A
G
 
G
L
 
L
H
 
K
F
 
V
F
 
I
G
 
D
-
x
H
L
 
L
V
x
T
Q
 
H
A
 
N
V
 
V
Q
 
Y
P
 
R
D
 
G
R
 
R
L
 
M
R
 
V
E
 
Y
W
 
W
I
 
A
D
 
N
F
 
F
Y
 
Y
S
 
E
T
 
K
L
 
L
M
 
F
G
 
N
F
 
F
S
 
R
V
 
-
L
 
-
P
 
-
E
 
E
G
 
A
Q
 
R
F
 
Y
F
 
F
G
 
D
I
 
I
L
 
K
P
 
G
K
 
E
G
 
Y
S
 
T
L
 
G
L
 
L
V
 
T
S
|
S
P
 
K
C
 
A
R
 
M
Q
 
S
F
 
A
Y
 
P
I
 
D
Q
 
G
L
 
M
V
 
I
E
 
R
P
 
I
P
|
P
A
 
L
G
 
N
T
 
E
E
 
E
D
 
A
I
 
G
H
x
Q
W
 
I
E
 
E
E
 
E
E
 
F
L
 
L
L
 
M
R
 
Q
L
 
F
-
 
N
G
 
G
L
 
E
G
 
G
-
 
I
-
 
Q
-
x
H
-
 
V
-
 
A
-
 
F
-
 
L
T
 
T
P
 
D
D
 
D
V
 
L
L
 
V
Q
 
K
A
 
T
V
 
W
R
 
D
Q
 
A
L
 
L
Q
 
K
E
 
K
R
 
I
G
 
G
V
 
M
V
 
R
F
 
F
V
 
M
D
 
T
R
 
A
A
 
P
P
 
P
T
 
D
Q
 
T
I
 
Y
S
 
Y
E
 
E

Sites not aligning to the query:

1cjxA Crystal structure of pseudomonas fluorescens hppd (see paper)
39% identity, 65% coverage: 13:201/293 of query aligns to 3:189/352 of 1cjxA

query
sites
1cjxA
N
 
N
P
 
P
L
 
M
G
 
G
I
 
L
D
 
M
G
 
G
I
 
F
E
 
E
F
 
F
I
 
I
E
 
E
Y
 
F
A
 
A
T
 
S
T
 
P
E
 
T
P
 
P
L
 
G
A
 
T
L
 
L
G
 
E
A
 
P
V
 
I
L
 
F
E
 
E
R
 
I
M
 
M
G
 
G
F
 
F
E
 
T
Q
 
K
V
 
V
G
 
A
R
 
T
H
 
H
R
 
R
S
 
S
R
 
K
E
 
N
V
 
V
V
 
H
L
 
L
Y
 
Y
T
 
R
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
M
 
I
N
 
N
V
 
L
I
 
I
V
 
L
N
 
N
A
 
N
D
 
E
A
 
P
T
 
N
A
 
S
W
 
I
A
 
A
G
 
S
F
 
Y
D
 
F
H
 
A
E
 
A
V
 
E
Q
 
H
A
 
G
T
 
P
S
 
S
L
 
V
S
 
C
A
 
G
I
 
M
A
 
A
L
 
F
R
 
R
V
 
V
R
 
K
D
 
D
A
 
S
N
 
Q
E
 
K
A
 
A
Y
 
Y
R
 
N
R
 
R
V
 
A
T
 
L
E
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
A
W
 
Q
A
 
P
I
 
I
P
 
H
T
 
I
R
 
D
A
 
T
G
 
G
A
 
P
M
 
M
E
 
E
L
 
L
N
 
N
I
 
L
P
 
P
G
 
A
V
 
I
H
 
K
G
 
G
C
 
I
G
 
G
D
 
G
S
 
A
I
 
P
I
 
L
Y
 
Y
F
 
L
V
 
I
D
 
D
R
 
R
Y
 
F
R
 
G
D
 
E
-
 
G
F
 
S
S
 
S
I
 
I
Y
 
Y
D
 
D
V
 
I
D
 
D
F
 
F
K
 
V
P
 
Y
A
 
L
S
 
E
Q
 
G
E
 
V
R
 
E
R
 
R
Q
 
N
T
 
P
S
 
V
A
 
G
L
 
-
A
 
A
G
 
G
L
 
L
H
 
K
F
 
V
F
 
I
G
 
D
-
x
H
L
 
L
V
 
T
Q
 
H
A
 
N
V
 
V
Q
 
Y
P
 
R
D
 
G
R
 
R
L
 
M
R
 
V
E
 
Y
W
 
W
I
 
A
D
 
N
F
 
F
Y
 
Y
S
 
E
T
 
K
L
 
L
M
 
F
G
 
N
F
 
F
S
 
R
V
 
-
L
 
-
P
 
-
E
 
E
G
 
A
Q
 
R
F
 
Y
F
 
F
G
 
D
I
 
I

Sites not aligning to the query:

7xntC Crystal structure of pfhppd-y13161 complex
39% identity, 61% coverage: 13:190/293 of query aligns to 5:183/320 of 7xntC

query
sites
7xntC
N
 
N
P
 
P
L
 
M
G
 
G
I
 
L
D
 
M
G
 
G
I
 
F
E
 
E
F
 
F
I
 
I
E
 
E
Y
 
F
A
 
A
T
 
S
T
 
P
E
 
T
P
 
P
L
 
G
A
 
T
L
 
L
G
 
E
A
 
P
V
 
I
L
 
F
E
 
E
R
 
I
M
 
M
G
 
G
F
 
F
E
 
T
Q
 
K
V
 
V
G
 
A
R
 
T
H
 
H
R
 
R
S
 
S
R
 
K
E
 
N
V
 
V
V
 
H
L
 
L
Y
 
Y
T
 
R
Q
 
Q
G
 
G
E
 
E
M
 
I
N
 
N
V
 
L
I
 
I
V
 
L
N
 
N
A
 
N
D
 
E
A
 
P
T
 
N
A
 
S
W
 
I
A
 
A
G
 
S
F
 
Y
D
 
F
H
 
A
E
 
A
V
 
E
Q
 
H
A
 
G
T
 
P
S
 
S
L
 
V
S
 
C
A
 
G
I
 
M
A
 
A
L
 
F
R
 
R
V
 
V
R
 
K
D
 
D
A
 
S
N
 
Q
E
 
K
A
 
A
Y
 
Y
R
 
N
R
 
R
V
 
A
T
 
L
E
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
A
W
 
Q
A
 
P
I
 
I
P
 
H
T
 
I
R
 
D
A
 
T
G
 
G
A
 
P
M
 
M
E
 
E
L
 
L
N
 
N
I
 
L
P
 
P
G
 
A
V
 
I
H
 
K
G
 
G
C
 
I
G
 
G
D
 
G
S
 
A
I
 
P
I
 
L
Y
 
Y
F
 
L
V
 
I
D
 
D
R
 
R
Y
 
F
R
 
G
D
 
E
-
 
G
F
 
S
S
 
S
I
 
I
Y
 
Y
D
 
D
V
 
I
D
 
D
F
 
F
K
 
V
P
 
Y
A
 
L
S
 
E
Q
 
G
E
 
V
R
 
E
R
 
R
Q
 
N
T
 
P
S
 
V
A
 
G
L
 
-
A
 
A
G
 
G
L
 
L
H
 
K
F
 
V
F
 
I
G
 
D
-
x
H
L
 
L
V
x
T
Q
 
H
A
 
N
V
 
V
Q
 
Y
P
 
R
D
 
G
R
 
R
L
 
M
R
 
V
E
 
Y
W
 
W
I
 
A
D
 
N
F
 
F
Y
 
Y
S
 
E
T
 
K
L
 
L
M
 
F
G
 
N
F
 
F

Sites not aligning to the query:

5hmqD Xylose isomerase-like tim barrel/4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase fusion protein
31% identity, 71% coverage: 6:212/293 of query aligns to 277:487/624 of 5hmqD

query
sites
5hmqD
E
 
E
N
 
N
N
 
T
P
 
P
V
 
I
-
 
E
-
 
P
-
 
G
-
 
V
-
 
L
-
 
F
-
 
S
P
 
P
T
 
P
N
 
P
P
 
A
L
 
S
G
 
A
I
 
Y
D
 
D
G
 
G
I
 
V
E
 
E
F
 
F
I
 
L
E
 
E
Y
 
F
A
 
A
T
 
V
T
 
D
E
 
E
P
 
A
L
 
V
A
 
G
-
 
A
-
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
N
V
 
W
L
 
L
E
 
K
R
 
R
M
 
L
G
 
G
F
 
F
E
 
A
Q
 
E
V
 
A
G
 
G
R
 
K
H
 
H
R
 
R
S
 
S
R
 
K
E
 
E
V
 
V
V
 
Q
L
 
L
Y
 
L
T
 
R
Q
 
Q
G
 
G
E
 
D
M
 
I
N
 
N
V
 
I
I
 
V
V
 
L
N
 
N
A
 
A
D
 
E
A
 
P
T
 
Y
A
 
S
W
 
F
A
 
G
G
 
H
F
 
N
D
 
F
H
 
F
E
 
E
V
 
A
Q
 
H
A
 
G
T
 
P
S
 
S
L
 
L
S
 
C
A
 
A
I
 
T
A
 
A
L
 
L
R
 
R
V
 
V
R
 
K
D
 
D
A
 
Q
N
 
Q
E
 
A
A
 
A
Y
 
L
R
 
K
R
 
R
V
 
A
T
 
T
E
 
A
L
 
F
G
 
R
A
 
G
W
 
Q
A
 
P
I
 
F
P
 
R
T
 
G
R
 
L
A
 
V
G
 
G
A
 
P
M
 
N
E
 
E
L
 
C
N
 
E
I
 
V
P
 
P
G
 
A
V
 
V
H
 
R
G
 
A
C
 
P
G
 
D
D
 
G
S
 
S
I
 
L
I
 
L
Y
 
Y
F
 
L
V
 
V
D
 
E
R
 
Q
Y
 
-
R
 
G
D
 
T
F
 
H
S
 
T
I
 
L
Y
 
Y
D
 
D
V
 
T
D
 
D
F
 
F
K
 
S
P
 
L
A
 
D
S
 
N
Q
 
-
E
 
-
R
 
-
R
 
-
Q
 
N
T
 
A
S
 
T
A
 
A
L
 
T
A
 
G
G
 
G
L
 
L
H
 
R
F
 
R
F
 
I
G
 
D
-
x
H
L
 
M
V
 
A
Q
 
L
A
 
A
V
 
L
Q
 
P
P
 
A
D
 
E
R
 
S
L
 
L
R
 
D
E
 
S
W
 
W
I
 
V
D
 
L
F
 
F
Y
 
Y
S
 
K
T
 
S
L
 
L
M
 
F
G
 
D
F
 
F
S
 
A
V
 
A
L
 
D
P
 
D
E
 
E
G
 
V
Q
 
V
F
 
L
F
 
P
G
 
G
I
 
L
L
 
V
P
 
-
K
 
K
G
 
S
S
 
R
L
 
A
L
 
L
V
 
R
S
 
S
P
 
Q
C
 
C

Sites not aligning to the query:

Q88JU3 3-dehydroshikimate dehydratase; DSD; EC 4.2.1.118 from Pseudomonas putida (strain ATCC 47054 / DSM 6125 / CFBP 8728 / NCIMB 11950 / KT2440) (see paper)
31% identity, 71% coverage: 6:212/293 of query aligns to 275:490/635 of Q88JU3

query
sites
Q88JU3
E
 
E
N
 
N
N
 
T
P
 
P
V
 
I
-
 
E
-
 
P
-
 
G
-
 
V
-
 
L
-
 
F
-
 
S
P
 
P
T
 
P
N
 
P
P
 
A
L
 
S
G
 
A
I
 
Y
D
 
D
G
 
G
I
 
V
E
 
E
F
 
F
I
 
L
E
 
E
Y
 
F
A
 
A
T
 
V
T
 
D
E
 
E
P
 
A
L
 
V
A
 
G
-
 
A
-
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
N
V
 
W
L
 
L
E
 
K
R
 
R
M
 
L
G
 
G
F
 
F
E
 
A
Q
 
E
V
 
A
G
 
G
R
 
K
H
 
H
R
 
R
S
 
S
R
 
K
E
 
E
V
 
V
V
 
Q
L
 
L
Y
 
L
T
 
R
Q
 
Q
G
 
G
E
 
D
M
 
I
N
 
N
V
 
I
I
 
V
V
 
L
N
 
N
A
 
A
D
 
E
A
 
P
T
 
Y
A
 
S
W
 
F
A
 
G
G
 
H
F
 
N
D
 
F
H
 
F
E
 
E
V
 
A
Q
 
H
A
 
G
T
 
P
S
 
S
L
 
L
S
 
C
A
 
A
I
 
T
A
 
A
L
 
L
R
 
R
V
 
V
R
 
K
D
 
D
A
 
Q
N
 
Q
E
 
A
A
 
A
Y
 
L
R
 
K
R
 
R
V
 
A
T
 
T
E
 
A
L
 
F
G
 
R
A
 
G
W
 
Q
A
 
P
I
 
F
P
 
R
T
 
G
R
 
L
A
 
V
G
 
G
A
 
P
M
 
N
E
 
E
L
 
C
N
 
E
I
 
V
P
 
P
G
 
A
V
 
V
H
 
R
G
 
A
C
 
P
G
 
D
D
 
G
S
 
S
I
 
L
I
 
L
Y
 
Y
F
 
L
V
 
V
D
 
E
R
 
Q
-
 
G
Y
 
T
R
 
A
D
 
G
F
 
H
S
 
T
I
 
L
Y
 
Y
D
 
D
V
 
T
D
 
D
F
 
F
K
 
S
P
 
L
A
 
D
S
 
N
Q
 
-
E
 
-
R
 
-
R
 
-
Q
 
N
T
 
A
S
 
T
A
 
A
L
 
T
A
 
G
G
 
G
L
 
L
H
 
R
F
 
R
F
 
I
G
 
D
-
x
H
L
 
M
V
 
A
Q
 
L
A
 
A
V
 
L
Q
 
P
P
 
A
D
 
E
R
 
S
L
 
L
R
 
D
E
 
S
W
 
W
I
 
V
D
 
L
F
 
F
Y
 
Y
S
 
K
T
 
S
L
 
L
M
 
F
G
 
D
F
 
F
S
 
A
-
 
A
-
 
D
-
 
D
-
 
E
-
 
V
V
 
V
L
 
L
P
 
P
E
 
D
G
 
P
Q
 
-
F
 
-
F
 
Y
G
 
G
I
 
L
L
 
V
P
 
-
K
 
K
G
 
S
S
 
R
L
 
A
L
 
L
V
 
R
S
 
S
P
 
Q
C
 
C

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>HSERO_RS18800 FitnessBrowser__HerbieS:HSERO_RS18800
MMNTIENNPVPTNPLGIDGIEFIEYATTEPLALGAVLERMGFEQVGRHRSREVVLYTQGE
MNVIVNADATAWAGFDHEVQATSLSAIALRVRDANEAYRRVTELGAWAIPTRAGAMELNI
PGVHGCGDSIIYFVDRYRDFSIYDVDFKPASQERRQTSALAGLHFFGLVQAVQPDRLREW
IDFYSTLMGFSVLPEGQFFGILPKGSLLVSPCRQFYIQLVEPPAGTEDIHWEEELLRLGL
GTPDVLQAVRQLQERGVVFVDRAPTQISERGALTQLYKGGVSFELVRSQKEKK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory