SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing PP_0615 FitnessBrowser__Putida:PP_0615 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
46% identity, 100% coverage: 1:230/231 of query aligns to 6:240/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
M
 
V
L
 
L
N
 
E
V
 
V
D
 
Q
S
 
S
I
 
L
H
 
H
S
 
V
Y
 
Y
Y
|
Y
D
 
G
K
 
A
S
 
I
H
 
H
V
 
A
L
 
I
E
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
D
L
 
L
K
 
K
V
 
V
E
 
P
A
 
R
G
 
G
E
 
Q
L
 
I
V
 
V
T
 
T
L
 
L
L
 
I
G
 
G
R
 
A
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
L
R
 
S
S
 
A
I
 
I
L
 
A
G
 
G
I
 
L
V
 
V
R
 
R
P
 
A
R
 
Q
Q
 
K
G
 
G
Q
 
K
I
 
I
S
 
I
F
 
F
N
 
N
G
 
G
Q
 
Q
Q
 
D
L
 
I
V
 
T
G
 
N
R
 
K
E
 
P
I
 
A
F
 
H
D
 
V
I
 
I
A
 
N
R
 
R
L
 
M
G
 
G
I
 
I
A
 
A
L
 
L
V
 
V
P
 
P
E
|
E
H
 
G
R
 
R
G
 
R
I
 
I
F
 
F
R
 
P
Q
 
E
L
 
L
S
 
T
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
L
K
 
M
I
 
M
A
 
G
V
 
A
-
 
Y
-
 
N
-
 
R
-
 
K
-
 
D
R
 
K
K
 
E
T
 
G
S
 
I
R
 
K
W
 
R
Q
 
D
L
 
L
E
 
E
D
 
W
V
 
I
Y
 
F
S
 
S
M
 
L
F
 
F
P
 
P
R
 
R
L
 
L
K
 
K
E
 
E
R
 
R
R
 
L
R
 
K
N
 
Q
G
 
L
G
 
G
F
 
G
A
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
L
 
L
A
 
A
I
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
M
N
 
S
G
 
R
P
 
P
R
 
K
L
 
L
L
 
L
I
 
M
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
S
E
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
A
P
 
P
V
 
I
I
 
L
V
 
V
D
 
S
E
 
E
L
 
V
V
 
F
K
 
E
I
 
V
L
 
I
R
 
Q
R
 
K
I
 
I
K
 
N
D
 
Q
E
 
E
G
 
G
L
 
T
S
 
T
I
 
I
L
 
L
L
 
L
V
 
V
E
 
E
Q
 
Q
N
 
N
L
 
A
M
 
L
V
 
G
C
 
A
D
 
L
A
 
K
L
 
V
A
 
A
D
 
H
R
 
Y
H
 
G
Y
 
Y
V
 
V
L
 
L
E
 
E
Q
 
T
G
 
G
R
 
Q
V
 
I
A
 
V
Y
 
L
Q
 
E
G
 
G
S
 
K
A
 
A
A
 
S
Q
 
E
F
 
L
R
 
L
E
 
D
D
 
N
P
 
E
S
 
M
I
 
V
K
 
R
N
 
K
R
 
A
Y
 
Y
L
 
L
A
 
G
L
 
V
S
 
A

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
34% identity, 98% coverage: 1:227/231 of query aligns to 2:234/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
M
 
I
L
 
L
N
 
K
V
 
A
D
 
Q
S
 
H
I
 
L
H
 
A
S
 
K
Y
 
S
Y
 
Y
D
 
K
K
 
K
S
 
R
H
 
K
V
 
V
L
 
V
E
 
S
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
K
 
Q
V
 
V
E
 
E
A
 
S
G
 
G
E
 
Q
L
 
I
V
 
V
T
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
R
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
T
 
S
L
 
F
R
 
Y
S
 
M
I
 
I
L
 
V
G
 
G
I
 
L
V
 
V
R
 
A
P
 
R
R
 
D
Q
 
E
G
 
G
Q
 
T
I
 
I
S
 
T
F
 
I
N
 
D
G
 
D
Q
 
N
Q
 
D
L
 
I
V
 
S
G
 
I
R
 
L
E
 
P
I
 
M
F
 
H
D
 
S
I
 
R
A
 
S
R
 
R
L
 
M
G
 
G
I
 
I
A
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
H
 
E
R
 
A
G
 
S
I
 
I
F
 
F
R
 
R
Q
 
K
L
 
L
S
 
S
V
 
V
E
 
E
E
 
D
N
 
N
L
 
I
K
 
-
I
 
M
A
 
A
V
 
V
R
 
L
K
 
Q
T
 
T
S
 
R
-
 
E
-
 
E
-
 
L
-
 
T
-
 
H
-
x
E
-
 
E
-
 
R
R
 
Q
W
x
D
Q
 
K
L
 
L
E
 
E
D
 
D
V
 
L
Y
 
L
S
 
E
M
 
E
F
 
F
P
 
-
R
 
H
L
 
I
K
 
Q
E
 
H
R
 
I
R
 
R
R
 
K
N
 
S
G
 
A
G
 
G
F
 
M
A
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
A
N
 
A
G
 
N
P
 
P
R
 
Q
L
 
F
L
 
I
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
F
E
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
I
I
 
S
V
 
V
D
 
I
E
 
D
L
 
I
V
 
K
K
 
K
I
 
I
L
 
I
R
 
E
R
 
H
I
 
L
K
 
R
D
 
D
E
 
R
G
 
G
L
 
L
S
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
L
 
V
M
 
R
V
 
E
C
 
T
D
 
L
A
 
D
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
K
H
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
R
V
 
L
A
 
I
Y
 
A
Q
 
E
G
 
G
S
 
T
A
 
P
A
 
Q
Q
 
D
F
 
V
R
 
L
E
 
N
D
 
N
P
 
E
S
 
Q
I
 
V
K
 
K
N
 
Q
R
 
V
Y
 
Y
L
 
L

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
34% identity, 98% coverage: 2:227/231 of query aligns to 3:234/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
L
 
L
N
 
T
V
 
A
D
 
K
S
 
N
I
 
L
H
 
A
S
 
K
Y
 
A
Y
|
Y
D
 
K
K
 
G
S
 
R
H
 
R
V
 
V
L
 
V
E
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
K
 
T
V
 
V
E
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
V
 
V
T
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
R
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
R
 
Y
S
 
M
I
 
V
L
 
V
G
 
G
I
 
I
V
 
V
R
 
P
P
 
R
R
 
D
Q
 
A
G
 
G
Q
 
N
I
 
I
S
 
I
F
 
I
N
 
D
G
 
D
Q
 
D
Q
 
D
L
 
I
V
 
S
G
 
L
R
 
L
E
 
P
I
 
L
F
 
H
D
 
A
I
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
x
Q
H
 
E
R
 
A
G
 
S
I
 
I
F
 
F
R
 
R
Q
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
K
 
M
I
 
A
A
 
V
V
 
L
R
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
K
 
D
T
 
L
S
 
S
R
 
A
W
 
E
Q
 
Q
L
 
R
E
 
E
D
 
D
V
 
R
Y
 
A
S
 
N
M
 
E
F
 
L
P
 
M
-
 
E
-
 
E
-
 
F
R
 
H
L
 
I
K
 
E
E
 
H
R
 
L
R
 
R
R
 
D
N
 
S
G
 
M
G
 
G
F
 
Q
A
x
S
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
A
N
 
A
G
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
F
E
 
A
G
|
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
I
I
 
S
V
 
V
D
 
I
E
 
D
L
 
I
V
 
K
K
 
R
I
 
I
L
 
I
R
 
E
R
 
H
I
 
L
K
 
R
D
 
D
E
 
S
G
 
G
L
 
L
S
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
L
 
V
M
 
R
V
 
E
C
 
T
D
 
L
A
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
H
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
A
 
I
Y
 
A
Q
 
H
G
 
G
S
 
T
A
 
P
A
 
T
Q
 
E
F
 
I
R
 
L
E
 
Q
D
 
D
P
 
E
S
 
H
I
 
V
K
 
K
N
 
R
R
 
V
Y
 
Y
L
 
L

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
34% identity, 98% coverage: 2:227/231 of query aligns to 3:234/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
L
 
L
N
 
T
V
 
A
D
 
K
S
 
N
I
 
L
H
 
A
S
 
K
Y
 
A
Y
|
Y
D
 
K
K
 
G
S
x
R
H
 
R
V
|
V
L
 
V
E
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
K
 
T
V
 
V
E
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
V
 
V
T
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
R
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
R
 
Y
S
 
M
I
 
V
L
 
V
G
 
G
I
 
I
V
 
V
R
 
P
P
 
R
R
 
D
Q
 
A
G
 
G
Q
 
N
I
 
I
S
 
I
F
 
I
N
 
D
G
 
D
Q
 
D
Q
 
D
L
 
I
V
 
S
G
 
L
R
 
L
E
 
P
I
x
L
F
x
H
D
 
A
I
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
|
P
E
x
Q
H
 
E
R
x
A
G
x
S
I
 
I
F
|
F
R
|
R
Q
x
R
L
|
L
S
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
K
 
M
I
 
A
A
x
V
V
 
L
R
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
K
 
D
T
 
L
S
 
S
R
 
A
W
 
E
Q
 
Q
L
 
R
E
 
E
D
 
D
V
 
R
Y
 
A
S
 
N
M
 
E
F
 
L
P
 
M
-
 
E
-
 
E
-
 
F
R
 
H
L
 
I
K
 
E
E
 
H
R
 
L
R
 
R
R
 
D
N
 
S
G
 
M
G
 
G
F
x
Q
A
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
A
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
L
 
A
N
 
A
G
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
E
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
I
I
 
S
V
 
V
D
 
I
E
 
D
L
 
I
V
 
K
K
 
R
I
 
I
L
 
I
R
 
E
R
 
H
I
 
L
K
 
R
D
 
D
E
 
S
G
 
G
L
 
L
S
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
L
 
V
M
 
R
V
 
E
C
 
T
D
 
L
A
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
H
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
A
 
I
Y
 
A
Q
 
H
G
 
G
S
 
T
A
 
P
A
 
T
Q
 
E
F
 
I
R
 
L
E
 
Q
D
 
D
P
 
E
S
 
H
I
 
V
K
 
K
N
 
R
R
 
V
Y
 
Y
L
 
L

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
34% identity, 98% coverage: 2:227/231 of query aligns to 3:234/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
L
 
L
N
 
T
V
 
A
D
 
K
S
 
N
I
 
L
H
 
A
S
 
K
Y
 
A
Y
|
Y
D
 
K
K
 
G
S
x
R
H
 
R
V
|
V
L
 
V
E
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
K
 
T
V
 
V
E
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
V
 
V
T
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
R
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
R
 
Y
S
 
M
I
 
V
L
 
V
G
 
G
I
 
I
V
 
V
R
 
P
P
 
R
R
 
D
Q
 
A
G
 
G
Q
 
N
I
 
I
S
 
I
F
 
I
N
 
D
G
 
D
Q
 
D
Q
 
D
L
 
I
V
 
S
G
 
L
R
 
L
E
 
P
I
 
L
F
 
H
D
 
A
I
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
x
Q
H
 
E
R
 
A
G
 
S
I
 
I
F
 
F
R
 
R
Q
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
K
 
M
I
 
A
A
 
V
V
 
L
R
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
K
 
D
T
 
L
S
 
S
R
 
A
W
 
E
Q
 
Q
L
 
R
E
 
E
D
 
D
V
 
R
Y
 
A
S
 
N
M
 
E
F
 
L
P
 
M
-
 
E
-
 
E
-
 
F
R
 
H
L
 
I
K
 
E
E
 
H
R
 
L
R
 
R
R
 
D
N
 
S
G
 
M
G
 
G
F
 
Q
A
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
A
N
 
A
G
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
E
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
I
I
 
S
V
 
V
D
 
I
E
 
D
L
 
I
V
 
K
K
 
R
I
 
I
L
 
I
R
 
E
R
 
H
I
 
L
K
 
R
D
 
D
E
 
S
G
 
G
L
 
L
S
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
L
 
V
M
 
R
V
 
E
C
 
T
D
 
L
A
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
H
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
A
 
I
Y
 
A
Q
 
H
G
 
G
S
 
T
A
 
P
A
 
T
Q
 
E
F
 
I
R
 
L
E
 
Q
D
 
D
P
 
E
S
 
H
I
 
V
K
 
K
N
 
R
R
 
V
Y
 
Y
L
 
L

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
34% identity, 98% coverage: 2:227/231 of query aligns to 3:234/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
L
 
L
N
 
T
V
 
A
D
 
K
S
 
N
I
 
L
H
 
A
S
 
K
Y
 
A
Y
 
Y
D
 
K
K
 
G
S
 
R
H
 
R
V
 
V
L
 
V
E
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
K
 
T
V
 
V
E
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
V
 
V
T
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
R
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
T
 
T
L
 
F
R
 
Y
S
 
M
I
 
V
L
 
V
G
 
G
I
 
I
V
 
V
R
 
P
P
 
R
R
 
D
Q
 
A
G
 
G
Q
 
N
I
 
I
S
 
I
F
 
I
N
 
D
G
 
D
Q
 
D
Q
 
D
L
 
I
V
 
S
G
 
L
R
 
L
E
 
P
I
 
L
F
 
H
D
 
A
I
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
H
 
E
R
 
A
G
 
S
I
 
I
F
 
F
R
|
R
Q
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
K
 
M
I
 
A
A
 
V
V
 
L
R
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
K
 
D
T
 
L
S
 
S
R
 
A
W
 
E
Q
 
Q
L
 
R
E
 
E
D
 
D
V
 
R
Y
 
A
S
 
N
M
 
E
F
 
L
P
 
M
-
 
E
-
 
E
-
 
F
R
 
H
L
 
I
K
 
E
E
 
H
R
 
L
R
 
R
R
 
D
N
 
S
G
x
M
G
|
G
F
x
Q
A
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
A
N
 
A
G
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
E
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
I
I
 
S
V
 
V
D
 
I
E
 
D
L
 
I
V
 
K
K
 
R
I
 
I
L
 
I
R
 
E
R
 
H
I
 
L
K
 
R
D
 
D
E
 
S
G
 
G
L
 
L
S
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
L
 
V
M
 
R
V
 
E
C
 
T
D
 
L
A
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
H
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
A
 
I
Y
 
A
Q
 
H
G
 
G
S
 
T
A
 
P
A
 
T
Q
 
E
F
 
I
R
 
L
E
 
Q
D
 
D
P
 
E
S
 
H
I
 
V
K
 
K
N
 
R
R
 
V
Y
 
Y
L
 
L

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
34% identity, 98% coverage: 2:227/231 of query aligns to 3:234/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
L
 
L
N
 
T
V
 
A
D
 
K
S
 
N
I
 
L
H
 
A
S
 
K
Y
 
A
Y
|
Y
D
 
K
K
 
G
S
x
R
H
 
R
V
 
V
L
 
V
E
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
K
 
T
V
 
V
E
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
V
 
V
T
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
R
 
P
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
R
 
Y
S
 
M
I
 
V
L
 
V
G
 
G
I
 
I
V
 
V
R
 
P
P
 
R
R
 
D
Q
 
A
G
 
G
Q
 
N
I
 
I
S
 
I
F
 
I
N
 
D
G
 
D
Q
 
D
Q
 
D
L
 
I
V
 
S
G
 
L
R
 
L
E
 
P
I
 
L
F
 
H
D
 
A
I
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
x
Q
H
 
E
R
 
A
G
 
S
I
 
I
F
 
F
R
 
R
Q
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
K
 
M
I
 
A
A
 
V
V
 
L
R
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
K
 
D
T
 
L
S
 
S
R
 
A
W
 
E
Q
 
Q
L
 
R
E
 
E
D
 
D
V
 
R
Y
 
A
S
 
N
M
 
E
F
 
L
P
 
M
-
 
E
-
 
E
-
 
F
R
 
H
L
 
I
K
 
E
E
 
H
R
 
L
R
 
R
R
 
D
N
 
S
G
 
M
G
 
G
F
 
Q
A
x
S
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
|
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
A
N
 
A
G
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
E
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
I
I
 
S
V
 
V
D
 
I
E
 
D
L
 
I
V
 
K
K
 
R
I
 
I
L
 
I
R
 
E
R
 
H
I
 
L
K
 
R
D
 
D
E
 
S
G
 
G
L
 
L
S
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
L
 
V
M
 
R
V
 
E
C
 
T
D
 
L
A
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
H
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
A
 
I
Y
 
A
Q
 
H
G
 
G
S
 
T
A
 
P
A
 
T
Q
 
E
F
 
I
R
 
L
E
 
Q
D
 
D
P
 
E
S
 
H
I
 
V
K
 
K
N
 
R
R
 
V
Y
 
Y
L
 
L

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
34% identity, 98% coverage: 2:227/231 of query aligns to 4:235/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
L
 
L
N
 
T
V
 
A
D
 
K
S
 
N
I
 
L
H
 
A
S
 
K
Y
 
A
Y
|
Y
D
 
K
K
 
G
S
x
R
H
 
R
V
|
V
L
 
V
E
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
K
 
T
V
 
V
E
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
V
 
V
T
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
R
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
R
 
Y
S
 
M
I
 
V
L
 
V
G
 
G
I
 
I
V
 
V
R
 
P
P
 
R
R
 
D
Q
 
A
G
 
G
Q
 
N
I
 
I
S
 
I
F
 
I
N
 
D
G
 
D
Q
 
D
Q
 
D
L
 
I
V
 
S
G
 
L
R
 
L
E
 
P
I
 
L
F
 
H
D
 
A
I
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
H
 
E
R
 
A
G
 
S
I
 
I
F
 
F
R
 
R
Q
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
K
 
M
I
 
A
A
 
V
V
 
L
R
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
K
 
D
T
 
L
S
 
S
R
 
A
W
 
E
Q
 
Q
L
 
R
E
 
E
D
 
D
V
 
R
Y
 
A
S
 
N
M
 
E
F
 
L
P
 
M
-
 
E
-
 
E
-
 
F
R
 
H
L
 
I
K
 
E
E
 
H
R
 
L
R
 
R
R
 
D
N
 
S
G
 
M
G
 
G
F
 
Q
A
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
A
N
 
A
G
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
F
E
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
I
I
 
S
V
 
V
D
 
I
E
 
D
L
 
I
V
 
K
K
 
R
I
 
I
L
 
I
R
 
E
R
 
H
I
 
L
K
 
R
D
 
D
E
 
S
G
 
G
L
 
L
S
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
L
 
V
M
 
R
V
 
E
C
 
T
D
 
L
A
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
H
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
A
 
I
Y
 
A
Q
 
H
G
 
G
S
 
T
A
 
P
A
 
T
Q
 
E
F
 
I
R
 
L
E
 
Q
D
 
D
P
 
E
S
 
H
I
 
V
K
 
K
N
 
R
R
 
V
Y
 
Y
L
 
L

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
34% identity, 97% coverage: 2:226/231 of query aligns to 3:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
L
 
L
N
 
T
V
 
A
D
 
K
S
 
N
I
 
L
H
 
A
S
 
K
Y
 
A
Y
|
Y
D
 
K
K
 
G
S
x
R
H
 
R
V
|
V
L
 
V
E
 
E
G
 
D
V
 
V
S
 
S
L
 
L
K
 
T
V
 
V
E
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
V
 
V
T
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
R
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
|
T
T
|
T
T
 
T
L
 
F
R
 
Y
S
 
M
I
 
V
L
 
V
G
 
G
I
 
I
V
 
V
R
 
P
P
 
R
R
 
D
Q
 
A
G
 
G
Q
 
N
I
 
I
S
 
I
F
 
I
N
 
D
G
 
D
Q
 
D
Q
 
D
L
 
I
V
 
S
G
 
L
R
 
L
E
 
P
I
 
L
F
 
H
D
 
A
I
 
R
A
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
A
 
G
L
 
Y
V
 
L
P
 
P
E
 
Q
H
 
E
R
 
A
G
 
S
I
 
I
F
|
F
R
|
R
Q
x
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
E
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
K
 
M
I
 
A
A
 
V
V
 
L
R
 
Q
-
 
I
-
 
R
-
 
D
K
 
D
T
 
L
S
 
S
R
 
A
W
 
E
Q
 
Q
L
 
R
E
 
E
D
 
D
V
 
R
Y
 
A
S
 
N
M
 
E
F
 
L
P
 
M
-
 
E
-
 
E
-
 
F
R
 
H
L
 
I
K
 
E
E
 
H
R
 
L
R
 
R
R
 
D
N
 
S
G
 
M
G
 
G
F
 
Q
A
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
A
N
 
A
G
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
F
L
 
I
I
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
E
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
I
I
 
S
V
 
V
D
 
I
E
 
D
L
 
I
V
 
K
K
 
R
I
 
I
L
 
I
R
 
E
R
 
H
I
 
L
K
 
R
D
 
D
E
 
S
G
 
G
L
 
L
S
 
G
I
 
V
L
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
L
 
V
M
 
R
V
 
E
C
 
T
D
 
L
A
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
H
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
E
 
S
Q
 
Q
G
 
G
R
 
H
V
 
L
A
 
I
Y
 
A
Q
 
H
G
 
G
S
 
T
A
 
P
A
 
T
Q
 
E
F
 
I
R
 
L
E
 
Q
D
 
D
P
 
E
S
 
H
I
 
V
K
 
K
N
 
R
R
 
V
Y
 
Y

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
29% identity, 93% coverage: 1:215/231 of query aligns to 1:222/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
M
 
M
L
 
I
N
 
F
V
 
V
D
 
N
S
 
D
I
 
V
H
 
Y
S
 
K
Y
 
N
Y
x
F
D
 
G
K
 
S
S
 
L
H
 
E
V
|
V
L
 
L
E
 
K
G
 
G
V
 
V
S
 
T
L
 
L
K
 
K
V
 
V
E
 
N
A
 
K
G
 
G
E
 
E
L
 
V
V
 
V
T
 
V
L
 
I
L
 
I
G
 
G
R
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
L
 
L
R
 
R
S
 
C
I
 
I
L
 
N
G
 
L
I
 
L
V
 
E
R
 
E
P
 
P
R
 
T
Q
 
K
G
 
G
Q
 
E
I
 
V
S
 
F
F
 
I
N
 
D
G
 
G
Q
 
V
Q
 
K
L
 
I
V
 
N
-
 
N
G
 
G
R
 
K
E
 
V
I
 
N
F
 
I
D
 
N
I
 
K
A
 
V
R
 
R
L
 
Q
G
 
K
I
 
V
A
 
G
L
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
H
 
H
R
 
F
G
 
N
I
 
L
F
 
F
R
 
P
Q
 
H
L
 
L
S
 
T
V
 
A
E
 
I
E
 
E
N
 
N
L
 
I
K
 
T
I
 
L
A
 
A
-
 
P
-
 
V
-
 
K
V
 
V
R
 
K
K
 
K
T
 
M
S
 
N
R
 
K
W
 
K
Q
 
E
L
 
A
E
 
E
D
 
E
V
 
L
-
 
A
Y
 
V
S
 
D
M
 
L
F
 
L
P
 
A
R
 
K
-
 
V
-
 
G
L
 
L
K
 
L
E
 
D
R
 
K
R
 
K
R
 
D
N
 
Q
G
 
Y
G
 
P
F
 
I
A
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
R
L
 
L
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
A
N
 
M
G
 
Q
P
 
P
R
 
E
L
 
V
L
 
M
I
 
L
L
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
E
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
V
 
E
I
 
M
V
 
V
D
 
K
E
 
E
L
 
V
V
 
L
K
 
N
I
 
V
L
 
M
R
 
K
R
 
Q
I
 
L
K
 
A
D
 
N
E
 
E
G
 
G
L
 
M
S
 
T
I
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
x
H
N
 
E
L
 
M
M
 
G
V
 
F
C
 
A
D
 
R
A
 
E
L
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
H
 
V
Y
 
I
V
 
F
L
 
M
E
 
D
Q
 
D
G
 
G
R
 
V
V
 
I
A
 
V
Y
 
E
Q
 
E
G
 
G
S
 
T
A
 
P
A
 
E
Q
 
E

6z4wA Ftse structure from streptococcus pneumoniae in complex with adp (space group p 1) (see paper)
33% identity, 93% coverage: 5:219/231 of query aligns to 8:229/230 of 6z4wA

query
sites
6z4wA
D
 
D
S
 
V
I
 
V
H
 
K
S
 
K
Y
|
Y
Y
 
D
D
 
N
K
 
G
S
x
T
H
 
T
V
x
A
L
 
L
E
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
V
K
 
S
V
 
V
E
 
Q
A
 
P
G
 
G
E
 
E
L
 
F
V
 
A
T
 
Y
L
 
I
L
 
V
G
 
G
R
 
P
N
 
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
F
L
 
I
R
 
R
S
 
S
I
 
L
L
 
Y
G
 
R
I
 
E
V
 
V
R
 
K
P
 
I
R
 
D
Q
 
K
G
 
G
Q
 
S
I
 
L
S
 
S
F
 
V
N
 
A
G
 
G
Q
 
F
Q
 
N
L
 
L
V
 
V
G
 
K
R
 
I
E
 
K
I
 
K
F
 
K
D
 
D
I
 
V
A
 
P
-
 
L
-
 
L
R
 
R
L
 
R
G
 
S
I
 
V
A
 
G
L
 
V
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
H
 
D
R
 
Y
G
 
K
I
 
L
F
 
L
R
 
P
Q
 
K
L
 
K
S
 
T
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
I
K
 
A
I
 
Y
A
 
A
V
 
M
-
 
E
-
 
V
-
 
I
-
 
G
-
 
E
-
 
N
R
 
R
K
 
R
T
 
N
S
 
I
R
 
K
W
 
R
Q
 
R
L
 
V
E
 
M
D
 
E
V
 
V
Y
 
L
S
 
D
M
 
L
F
 
V
P
 
G
R
 
-
L
 
L
K
 
K
E
 
H
R
 
K
R
 
V
R
 
R
N
 
S
G
 
F
G
 
P
F
 
N
A
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
I
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
L
 
V
N
 
N
G
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
V
L
 
L
I
 
I
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
E
 
G
G
 
N
L
 
L
A
 
D
P
 
P
V
 
D
I
 
N
V
 
S
D
 
W
E
 
E
L
 
I
V
 
M
K
 
N
I
 
L
L
 
L
R
 
E
R
 
R
I
 
I
K
 
N
D
 
L
E
 
Q
G
 
G
L
 
T
S
 
T
I
 
I
L
 
L
L
 
M
V
 
A
E
 
T
Q
 
H
N
 
N
L
 
S
M
 
Q
V
 
I
C
 
V
D
 
N
A
 
T
L
 
L
A
 
R
D
 
H
R
 
R
H
 
V
Y
 
I
V
 
A
L
 
I
E
 
E
Q
 
N
G
 
G
R
 
R
V
 
V
A
 
V
Y
 
R
Q
 
D
G
 
E
S
 
S
A
 
K
A
 
G
Q
 
E
F
 
Y
R
 
G
E
 
Y
D
 
D

6z67B Ftse structure of streptococcus pneumoniae in complex with amppnp at 2.4 a resolution (see paper)
33% identity, 93% coverage: 5:219/231 of query aligns to 8:229/229 of 6z67B

query
sites
6z67B
D
 
D
S
 
V
I
 
V
H
 
K
S
 
K
Y
|
Y
Y
 
D
D
 
N
K
x
G
S
 
T
H
 
T
V
x
A
L
 
L
E
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
V
K
 
S
V
 
V
E
 
Q
A
 
P
G
 
G
E
 
E
L
 
F
V
 
A
T
 
Y
L
 
I
L
 
V
G
 
G
R
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
F
L
 
I
R
 
R
S
 
S
I
 
L
L
 
Y
G
 
R
I
 
E
V
 
V
R
 
K
P
 
I
R
 
D
Q
 
K
G
 
G
Q
 
S
I
 
L
S
 
S
F
 
V
N
 
A
G
 
G
Q
 
F
Q
 
N
L
 
L
V
 
V
G
 
K
R
 
I
E
 
K
I
 
K
F
 
K
D
 
D
I
 
V
A
 
P
-
 
L
-
 
L
R
 
R
L
 
R
G
 
S
I
 
V
A
 
G
L
 
V
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
H
 
D
R
 
Y
G
 
K
I
 
L
F
 
L
R
 
P
Q
 
K
L
 
K
S
 
T
V
 
V
E
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
I
K
 
A
I
 
Y
A
 
A
V
 
M
-
 
E
-
 
V
-
 
I
-
 
G
-
 
E
-
 
N
R
 
R
K
 
R
T
 
N
S
 
I
R
 
K
W
 
R
Q
 
R
L
 
V
E
 
M
D
 
E
V
 
V
Y
 
L
S
 
D
M
 
L
F
 
V
P
 
G
R
 
-
L
 
L
K
 
K
E
 
H
R
 
K
R
 
V
R
 
R
N
 
S
G
 
F
G
 
P
F
 
N
A
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
I
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
L
 
V
N
 
N
G
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
V
L
 
L
I
 
I
L
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
E
 
G
G
 
N
L
 
L
A
 
D
P
 
P
V
 
D
I
 
N
V
 
S
D
 
W
E
 
E
L
 
I
V
 
M
K
 
N
I
 
L
L
 
L
R
 
E
R
 
R
I
 
I
K
 
N
D
 
L
E
 
Q
G
 
G
L
 
T
S
 
T
I
 
I
L
 
L
L
 
M
V
 
A
E
 
T
Q
 
H
N
 
N
L
 
S
M
 
Q
V
 
I
C
 
V
D
 
N
A
 
T
L
 
L
A
 
R
D
 
H
R
 
R
H
 
V
Y
 
I
V
 
A
L
 
I
E
 
E
Q
 
N
G
 
G
R
 
R
V
 
V
A
 
V
Y
 
R
Q
 
D
G
 
E
S
 
S
A
 
K
A
 
G
Q
 
E
F
 
Y
R
 
G
E
 
Y
D
 
D

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
27% identity, 96% coverage: 1:221/231 of query aligns to 2:228/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
M
 
I
L
 
I
N
 
R
V
 
I
D
 
R
S
 
N
I
 
L
H
 
H
S
 
K
Y
 
W
Y
x
F
D
 
G
K
 
P
S
 
L
H
 
H
V
|
V
L
 
L
E
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
H
L
 
L
K
 
E
V
 
V
E
 
A
A
 
P
G
 
G
E
 
E
L
 
K
V
 
L
T
 
V
L
 
I
L
 
I
G
 
G
R
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
L
 
I
R
 
R
S
 
T
I
 
I
L
 
N
G
 
R
I
 
L
V
 
E
R
 
D
P
 
F
R
 
Q
Q
 
E
G
 
G
Q
 
E
I
 
V
S
 
V
F
 
V
N
 
D
G
 
G
Q
 
L
Q
 
S
L
 
V
V
 
K
G
 
D
R
 
D
E
 
R
I
 
A
F
 
L
D
 
R
I
 
E
A
 
I
R
 
R
L
 
R
G
 
E
I
 
V
A
 
G
L
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
H
 
Q
R
 
F
G
 
N
I
 
L
F
 
F
R
 
P
Q
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
K
 
T
I
 
L
A
 
A
V
 
P
R
 
M
K
 
R
T
 
V
S
 
R
R
 
R
W
 
W
Q
 
P
L
 
R
E
 
E
D
 
K
V
 
A
Y
 
E
S
 
K
M
 
K
F
 
A
P
 
L
R
 
E
L
 
L
K
 
L
E
 
E
R
 
R
-
 
V
-
 
G
-
 
I
-
 
L
-
 
D
-
 
Q
R
 
A
R
 
R
N
 
K
G
 
Y
G
 
P
F
 
A
A
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
A
N
 
M
G
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
L
 
M
I
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
E
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
V
 
E
I
 
M
V
 
V
D
 
G
E
 
E
L
 
V
V
 
L
K
 
D
I
 
V
L
 
M
R
 
R
R
 
D
I
 
L
K
 
A
D
 
Q
E
 
G
G
 
G
L
 
M
S
 
T
I
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
L
 
M
M
 
G
V
 
F
C
 
A
D
 
R
A
 
E
L
 
V
A
 
A
D
 
D
R
 
R
H
 
V
Y
 
V
V
 
F
L
 
M
E
 
D
Q
 
G
G
 
G
R
 
Q
V
 
I
A
 
V
Y
 
E
Q
 
E
G
 
G
S
 
R
A
 
P
A
 
E
Q
 
E
F
 
I
R
 
F
E
 
T
D
 
R
P
 
P
S
 
K

P55339 ABC-type transporter ATP-binding protein EcsA from Bacillus subtilis (strain 168) (see paper)
29% identity, 100% coverage: 1:230/231 of query aligns to 3:240/247 of P55339

query
sites
P55339
M
 
L
L
 
L
N
 
S
V
 
V
D
 
K
S
 
D
I
 
L
H
 
T
S
 
G
Y
 
G
Y
 
Y
D
 
T
K
 
R
S
 
N
H
 
P
V
 
V
L
 
L
E
 
K
G
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
F
K
 
T
V
 
L
E
 
E
A
 
P
G
 
N
E
 
Q
L
 
I
V
 
V
T
 
G
L
 
L
L
 
I
G
 
G
R
 
L
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
S
T
 
T
T
 
T
L
 
I
R
 
R
S
 
H
I
 
I
L
 
I
G
 
G
I
 
L
V
 
M
R
 
D
P
 
P
R
 
H
Q
 
K
G
 
G
Q
 
S
I
 
I
S
 
E
F
 
L
N
 
N
G
 
G
Q
 
K
Q
 
T
L
 
F
V
 
A
G
 
-
R
 
-
E
 
E
I
 
D
F
 
P
D
 
E
I
 
G
A
 
Y
R
 
R
L
 
S
G
 
Q
I
 
F
A
 
T
L
 
Y
V
 
I
P
 
P
E
 
E
H
 
T
R
 
P
G
 
V
I
 
L
F
 
Y
R
 
E
Q
 
E
L
 
L
S
 
T
V
 
L
E
 
M
E
 
E
N
 
H
L
 
L
K
 
E
I
 
L
A
 
T
V
 
A
-
 
M
-
 
A
-
 
Y
-
 
G
-
 
L
-
 
S
R
 
K
K
 
E
T
 
T
S
 
M
R
 
E
W
 
K
Q
 
R
L
 
L
E
 
P
D
 
P
V
 
L
Y
 
L
S
 
K
M
 
E
F
 
F
P
 
-
R
 
R
L
 
M
K
 
E
E
 
K
R
 
R
R
 
L
R
 
K
N
 
W
G
 
F
G
 
P
F
 
A
A
 
H
L
 
F
S
 
S
G
 
K
G
 
G
E
 
M
Q
 
K
Q
 
Q
M
 
K
L
 
V
A
 
M
I
 
I
A
 
M
R
 
C
A
 
A
L
 
F
L
 
L
N
 
A
G
 
E
P
 
P
R
 
A
L
 
L
L
 
Y
I
 
I
L
 
I
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
E
 
L
G
|
G
L
 
L
A
 
D
P
 
P
V
 
L
I
 
A
V
 
I
D
 
N
E
 
A
L
 
L
V
 
L
K
 
E
I
 
R
L
 
M
R
 
N
R
 
E
I
 
A
K
 
K
D
 
K
E
 
G
G
 
G
L
 
A
S
 
S
I
 
V
L
 
L
L
 
M
V
 
S
E
 
T
Q
 
H
N
 
I
L
 
L
M
 
A
V
 
T
C
 
A
D
 
E
A
 
R
L
 
Y
A
 
C
D
 
D
R
 
S
H
 
F
Y
 
I
V
 
I
L
 
L
E
 
H
Q
 
N
G
 
G
R
 
E
V
 
V
A
 
R
Y
 
A
Q
 
R
G
 
G
S
 
T
A
 
L
A
 
S
Q
 
E
F
 
L
R
 
R
E
 
E
-
 
Q
-
 
F
-
 
G
-
 
M
-
 
K
D
 
D
P
 
A
S
 
A
I
 
L
K
 
D
N
 
D
R
 
L
Y
 
Y
L
 
L
A
 
E
L
 
L
S
 
T

3c4jA Abc protein artp in complex with atp-gamma-s
26% identity, 95% coverage: 1:220/231 of query aligns to 3:229/242 of 3c4jA

query
sites
3c4jA
M
 
M
L
 
I
N
 
D
V
 
V
D
 
H
S
 
Q
I
 
L
H
 
K
S
 
K
Y
 
S
Y
x
F
D
 
G
K
 
S
S
 
L
H
 
E
V
|
V
L
 
L
E
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
N
L
 
V
K
 
H
V
 
I
E
 
R
A
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
V
V
 
V
T
 
V
L
 
V
L
 
I
G
 
G
R
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
F
L
 
L
R
 
R
S
 
C
I
 
L
L
 
N
G
 
L
I
 
L
V
 
E
R
 
D
P
 
F
R
 
D
Q
 
E
G
 
G
Q
 
E
I
 
I
S
 
I
F
 
I
N
 
D
G
 
G
Q
 
I
Q
 
N
L
 
L
V
 
K
G
 
A
R
 
K
E
 
D
I
 
T
-
 
N
F
 
L
D
 
N
I
 
K
A
 
V
R
 
R
L
 
E
G
 
E
I
 
V
A
 
G
L
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
H
 
R
R
 
F
G
 
N
I
 
L
F
 
F
R
 
P
Q
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
N
N
 
N
L
 
I
K
 
T
I
 
L
A
 
A
V
 
P
R
 
M
K
 
K
T
 
V
S
 
R
R
 
K
W
 
W
Q
 
P
L
 
R
E
 
E
D
 
K
V
 
A
Y
 
E
S
 
A
M
 
K
F
 
A
P
 
M
R
 
E
L
 
L
-
 
L
-
 
D
-
 
K
-
 
V
-
 
G
-
 
L
K
 
K
E
 
D
R
 
K
R
 
A
R
 
H
N
 
A
G
 
Y
G
 
P
F
 
D
A
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
A
N
 
M
G
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
L
 
M
I
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
E
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
V
 
E
I
 
M
V
 
V
D
 
G
E
 
E
L
 
V
V
 
L
K
 
S
I
 
V
L
 
M
R
 
K
R
 
Q
I
 
L
K
 
A
D
 
N
E
 
E
G
 
G
L
 
M
S
 
T
I
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
L
 
M
M
 
G
V
 
F
C
 
A
D
 
R
A
 
E
L
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
H
 
V
Y
 
L
V
 
F
L
 
M
E
 
D
Q
 
G
G
 
G
R
 
Y
V
 
I
A
 
I
Y
 
E
Q
 
E
G
 
G
S
 
K
A
 
P
A
 
E
Q
 
D
F
 
L
R
 
F
E
 
D
D
 
R
P
 
P

3c41J Abc protein artp in complex with amp-pnp/mg2+
26% identity, 95% coverage: 1:220/231 of query aligns to 3:229/242 of 3c41J

query
sites
3c41J
M
 
M
L
 
I
N
 
D
V
 
V
D
 
H
S
 
Q
I
 
L
H
 
K
S
 
K
Y
 
S
Y
x
F
D
 
G
K
 
S
S
 
L
H
 
E
V
|
V
L
 
L
E
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
N
L
 
V
K
 
H
V
 
I
E
 
R
A
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
V
V
 
V
T
 
V
L
 
V
L
 
I
G
 
G
R
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
F
L
 
L
R
 
R
S
 
C
I
 
L
L
 
N
G
 
L
I
 
L
V
 
E
R
 
D
P
 
F
R
 
D
Q
 
E
G
 
G
Q
 
E
I
 
I
S
 
I
F
 
I
N
 
D
G
 
G
Q
 
I
Q
 
N
L
 
L
V
 
K
G
 
A
R
 
K
E
 
D
I
 
T
-
 
N
F
 
L
D
 
N
I
 
K
A
 
V
R
 
R
L
 
E
G
 
E
I
 
V
A
 
G
L
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
H
 
R
R
 
F
G
 
N
I
 
L
F
 
F
R
 
P
Q
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
N
N
 
N
L
 
I
K
 
T
I
 
L
A
 
A
V
 
P
R
 
M
K
 
K
T
 
V
S
 
R
R
 
K
W
 
W
Q
 
P
L
 
R
E
 
E
D
 
K
V
 
A
Y
 
E
S
 
A
M
 
K
F
 
A
P
 
M
R
 
E
L
 
L
-
 
L
-
 
D
-
 
K
-
 
V
-
 
G
-
 
L
K
 
K
E
 
D
R
 
K
R
 
A
R
 
H
N
 
A
G
 
Y
G
 
P
F
 
D
A
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
A
N
 
M
G
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
L
 
M
I
 
L
L
 
F
D
|
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
E
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
V
 
E
I
 
M
V
 
V
D
 
G
E
 
E
L
 
V
V
 
L
K
 
S
I
 
V
L
 
M
R
 
K
R
 
Q
I
 
L
K
 
A
D
 
N
E
 
E
G
 
G
L
 
M
S
 
T
I
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
L
 
M
M
 
G
V
 
F
C
 
A
D
 
R
A
 
E
L
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
H
 
V
Y
 
L
V
 
F
L
 
M
E
 
D
Q
 
G
G
 
G
R
 
Y
V
 
I
A
 
I
Y
 
E
Q
 
E
G
 
G
S
 
K
A
 
P
A
 
E
Q
 
D
F
 
L
R
 
F
E
 
D
D
 
R
P
 
P

2olkA Abc protein artp in complex with adp-beta-s
26% identity, 95% coverage: 1:220/231 of query aligns to 3:229/242 of 2olkA

query
sites
2olkA
M
 
M
L
 
I
N
 
D
V
 
V
D
 
H
S
 
Q
I
 
L
H
 
K
S
 
K
Y
 
S
Y
x
F
D
 
G
K
 
S
S
 
L
H
 
E
V
|
V
L
 
L
E
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
N
L
 
V
K
 
H
V
 
I
E
 
R
A
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
V
V
 
V
T
 
V
L
 
V
L
 
I
G
 
G
R
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
F
L
 
L
R
 
R
S
 
C
I
 
L
L
 
N
G
 
L
I
 
L
V
 
E
R
 
D
P
 
F
R
 
D
Q
 
E
G
 
G
Q
 
E
I
 
I
S
 
I
F
 
I
N
 
D
G
 
G
Q
 
I
Q
 
N
L
 
L
V
 
K
G
 
A
R
 
K
E
 
D
I
 
T
-
 
N
F
 
L
D
 
N
I
 
K
A
 
V
R
 
R
L
 
E
G
 
E
I
 
V
A
 
G
L
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
H
 
R
R
 
F
G
 
N
I
 
L
F
 
F
R
 
P
Q
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
N
N
 
N
L
 
I
K
 
T
I
 
L
A
 
A
V
 
P
R
 
M
K
 
K
T
 
V
S
 
R
R
 
K
W
 
W
Q
 
P
L
 
R
E
 
E
D
 
K
V
 
A
Y
 
E
S
 
A
M
 
K
F
 
A
P
 
M
R
 
E
L
 
L
-
 
L
-
 
D
-
 
K
-
 
V
-
 
G
-
 
L
K
 
K
E
 
D
R
 
K
R
 
A
R
 
H
N
 
A
G
 
Y
G
 
P
F
 
D
A
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
A
N
 
M
G
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
L
 
M
I
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
E
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
V
 
E
I
 
M
V
 
V
D
 
G
E
 
E
L
 
V
V
 
L
K
 
S
I
 
V
L
 
M
R
 
K
R
 
Q
I
 
L
K
 
A
D
 
N
E
 
E
G
 
G
L
 
M
S
 
T
I
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
L
 
M
M
 
G
V
 
F
C
 
A
D
 
R
A
 
E
L
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
H
 
V
Y
 
L
V
 
F
L
 
M
E
 
D
Q
 
G
G
 
G
R
 
Y
V
 
I
A
 
I
Y
 
E
Q
 
E
G
 
G
S
 
K
A
 
P
A
 
E
Q
 
D
F
 
L
R
 
F
E
 
D
D
 
R
P
 
P

2oljA Abc protein artp in complex with adp/mg2+
26% identity, 95% coverage: 1:220/231 of query aligns to 3:229/242 of 2oljA

query
sites
2oljA
M
 
M
L
 
I
N
 
D
V
 
V
D
 
H
S
 
Q
I
 
L
H
 
K
S
 
K
Y
 
S
Y
x
F
D
 
G
K
 
S
S
 
L
H
 
E
V
|
V
L
 
L
E
 
K
G
 
G
V
 
I
S
 
N
L
 
V
K
 
H
V
 
I
E
 
R
A
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
V
V
 
V
T
 
V
L
 
V
L
 
I
G
 
G
R
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
F
L
 
L
R
 
R
S
 
C
I
 
L
L
 
N
G
 
L
I
 
L
V
 
E
R
 
D
P
 
F
R
 
D
Q
 
E
G
 
G
Q
 
E
I
 
I
S
 
I
F
 
I
N
 
D
G
 
G
Q
 
I
Q
 
N
L
 
L
V
 
K
G
 
A
R
 
K
E
 
D
I
 
T
-
 
N
F
 
L
D
 
N
I
 
K
A
 
V
R
 
R
L
 
E
G
 
E
I
 
V
A
 
G
L
 
M
V
 
V
P
 
F
E
 
Q
H
 
R
R
 
F
G
 
N
I
 
L
F
 
F
R
 
P
Q
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
N
N
 
N
L
 
I
K
 
T
I
 
L
A
 
A
V
 
P
R
 
M
K
 
K
T
 
V
S
 
R
R
 
K
W
 
W
Q
 
P
L
 
R
E
 
E
D
 
K
V
 
A
Y
 
E
S
 
A
M
 
K
F
 
A
P
 
M
R
 
E
L
 
L
-
 
L
-
 
D
-
 
K
-
 
V
-
 
G
-
 
L
K
 
K
E
 
D
R
 
K
R
 
A
R
 
H
N
 
A
G
 
Y
G
 
P
F
 
D
A
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
A
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
A
N
 
M
G
 
E
P
 
P
R
 
K
L
 
I
L
 
M
I
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
E
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
V
 
E
I
 
M
V
 
V
D
 
G
E
 
E
L
 
V
V
 
L
K
 
S
I
 
V
L
 
M
R
 
K
R
 
Q
I
 
L
K
 
A
D
 
N
E
 
E
G
 
G
L
 
M
S
 
T
I
 
M
L
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
L
 
M
M
 
G
V
 
F
C
 
A
D
 
R
A
 
E
L
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
H
 
V
Y
 
L
V
 
F
L
 
M
E
 
D
Q
 
G
G
 
G
R
 
Y
V
 
I
A
 
I
Y
 
E
Q
 
E
G
 
G
S
 
K
A
 
P
A
 
E
Q
 
D
F
 
L
R
 
F
E
 
D
D
 
R
P
 
P

Q9BZC7 ATP-binding cassette sub-family A member 2; ATP-binding cassette transporter 2; ATP-binding cassette 2; EC 7.6.2.- from Homo sapiens (Human) (see paper)
32% identity, 90% coverage: 4:212/231 of query aligns to 992:1204/2435 of Q9BZC7

query
sites
Q9BZC7
V
 
V
D
 
D
S
 
K
I
 
L
H
 
T
S
 
K
Y
 
V
Y
 
Y
-
 
K
-
 
D
D
 
D
K
 
K
S
 
K
H
 
L
V
 
A
L
 
L
E
 
N
G
 
K
V
 
L
S
 
S
L
 
L
K
 
N
V
 
L
E
 
Y
A
 
E
G
 
N
E
 
Q
L
 
V
V
 
V
T
 
S
L
 
F
L
 
L
G
 
G
R
 
H
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
T
 
T
T
 
T
T
 
T
L
 
M
R
 
S
S
 
I
I
 
L
L
 
T
G
 
G
I
 
L
V
 
F
R
 
P
P
 
P
R
 
T
Q
 
S
G
 
G
Q
 
S
I
 
A
S
 
T
F
 
I
N
 
Y
G
 
G
Q
 
H
Q
 
D
L
 
I
V
 
-
G
 
-
R
 
R
E
 
T
I
 
E
F
 
M
D
 
D
I
 
E
A
 
I
R
 
R
L
 
K
G
 
N
I
 
L
A
 
G
L
 
M
V
 
C
P
 
P
E
 
Q
H
 
H
R
 
N
G
 
V
I
 
L
F
 
F
R
 
D
Q
 
R
L
 
L
S
 
T
V
 
V
E
 
E
E
 
E
N
 
H
L
 
L
K
 
W
I
 
F
A
 
Y
V
 
S
R
 
R
K
 
L
T
 
K
S
 
S
R
 
M
W
 
A
Q
 
Q
-
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
R
-
 
R
-
 
E
-
 
M
-
 
D
-
 
K
-
 
M
L
 
I
E
 
E
D
 
D
V
 
L
Y
 
-
S
 
-
M
 
-
F
 
-
P
 
-
R
 
E
L
 
L
K
 
S
E
 
N
R
 
K
R
 
R
R
 
H
N
 
S
G
 
L
G
 
V
F
 
Q
A
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
M
Q
 
K
Q
 
R
M
 
K
L
 
L
A
 
S
I
 
V
A
 
A
R
 
I
A
 
A
L
 
F
L
 
V
N
 
G
G
 
G
P
 
S
R
 
R
L
 
A
L
 
I
I
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
E
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
V
 
Y
I
 
A
V
 
R
D
 
R
E
 
A
L
 
I
V
 
W
K
 
D
I
 
L
L
 
I
R
 
L
R
 
K
I
 
Y
K
 
K
D
 
-
E
 
P
G
 
G
L
 
R
S
 
T
I
 
I
L
 
L
L
 
L
V
 
S
E
 
T
Q
 
H
N
 
H
L
 
M
M
 
D
V
 
E
C
 
A
D
 
D
A
 
L
L
 
L
A
 
G
D
 
D
R
 
R
H
 
I
Y
 
A
V
 
I
L
 
I
E
 
S
Q
 
H
G
 
G
R
 
K
V
 
L
A
 
K
Y
 
C
Q
 
C
G
 
G
S
 
S

Sites not aligning to the query:

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
24% identity, 99% coverage: 1:228/231 of query aligns to 4:253/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
M
 
I
L
 
L
N
 
R
V
 
T
D
 
E
S
 
N
I
 
I
H
 
V
S
 
K
Y
 
Y
Y
x
F
D
 
G
K
 
E
S
x
F
H
 
K
V
 
A
L
 
L
E
 
D
G
 
G
V
 
V
S
 
S
L
 
I
K
 
S
V
 
V
E
 
N
A
 
K
G
 
G
E
 
D
L
 
V
V
 
T
T
 
L
L
 
I
L
 
I
G
 
G
R
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
T
x
S
T
|
T
T
 
L
L
 
I
R
 
N
S
 
V
I
 
I
L
 
T
G
 
G
I
 
F
V
 
L
R
 
K
P
 
A
R
 
D
Q
 
E
G
 
G
Q
 
R
I
 
V
S
 
Y
F
 
F
N
 
E
G
 
N
Q
 
K
Q
 
D
L
 
I
V
 
T
G
 
N
R
 
K
E
 
E
I
 
P
F
 
A
D
 
E
I
 
L
A
 
Y
R
 
H
L
 
Y
G
 
G
I
 
I
A
 
V
L
 
R
V
 
T
P
 
F
E
 
Q
H
 
T
R
 
P
G
 
Q
I
 
P
F
 
L
R
 
K
Q
 
E
L
 
M
S
 
T
V
 
V
E
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
K
 
L
I
 
I
A
 
G
-
 
E
-
 
I
-
 
C
-
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
N
V
 
S
R
 
L
K
 
F
T
 
Y
S
 
K
R
 
K
W
 
W
-
 
I
-
 
P
-
 
K
-
 
E
-
 
E
-
 
E
Q
 
M
L
 
V
E
 
E
D
 
K
V
 
A
Y
 
F
S
 
K
M
 
I
F
 
L
P
 
E
R
 
F
L
 
L
K
 
K
E
 
L
R
 
S
R
 
H
-
 
L
-
 
Y
-
 
D
R
 
R
N
 
K
G
 
A
G
 
G
F
 
-
A
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
M
Q
 
K
M
 
L
L
 
V
A
 
E
I
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
M
N
 
T
G
 
N
P
 
P
R
 
K
L
 
M
L
 
I
I
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
I
E
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
P
 
P
V
 
G
I
 
L
V
 
A
D
 
H
E
 
D
L
 
I
V
 
F
K
 
N
I
 
H
L
 
V
R
 
L
R
 
E
I
 
L
K
 
K
D
 
A
E
 
K
G
 
G
L
 
I
S
 
T
I
 
F
L
 
L
L
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
L
 
L
M
 
D
V
 
I
C
 
V
D
 
L
A
 
N
L
 
Y
A
 
I
D
 
D
R
 
H
H
 
L
Y
 
Y
V
 
V
L
 
M
E
 
F
Q
 
N
G
 
G
R
 
Q
V
 
I
A
 
I
Y
 
A
Q
 
E
G
 
G
S
 
R
A
 
G
A
 
E
Q
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
F
 
V
R
 
L
E
 
S
D
 
D
P
 
P
S
 
K
I
 
V
K
 
V
N
 
E
R
 
I
Y
 
Y
L
 
I
A
 
G

Query Sequence

>PP_0615 FitnessBrowser__Putida:PP_0615
MLNVDSIHSYYDKSHVLEGVSLKVEAGELVTLLGRNGAGKTTTLRSILGIVRPRQGQISF
NGQQLVGREIFDIARLGIALVPEHRGIFRQLSVEENLKIAVRKTSRWQLEDVYSMFPRLK
ERRRNGGFALSGGEQQMLAIARALLNGPRLLILDEPTEGLAPVIVDELVKILRRIKDEGL
SILLVEQNLMVCDALADRHYVLEQGRVAYQGSAAQFREDPSIKNRYLALSA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory