SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Pf1N1B4_2146 FitnessBrowser__pseudo1_N1B4:Pf1N1B4_2146 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1rcqA The 1.45 a crystal structure of alanine racemase from a pathogenic bacterium, pseudomonas aeruginosa, contains both internal and external aldimine forms (see paper)
73% identity, 100% coverage: 1:357/357 of query aligns to 1:357/357 of 1rcqA

query
sites
1rcqA
M
 
M
R
 
R
P
 
P
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
I
 
I
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
R
H
 
H
N
 
N
Y
 
Y
Q
 
R
L
 
L
A
 
A
R
 
R
E
 
E
V
 
A
T
 
T
G
 
G
A
 
A
K
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
V
|
V
I
 
I
K
|
K
A
 
A
D
 
D
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
A
V
 
V
R
 
R
C
 
C
A
 
A
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
A
A
 
A
E
 
E
A
 
A
D
 
D
G
 
G
F
 
F
A
 
A
V
 
V
A
 
A
C
 
C
I
 
I
E
 
E
E
 
E
A
 
G
L
 
L
E
 
E
L
 
L
R
 
R
A
 
E
A
 
A
G
 
G
I
 
I
R
 
R
A
 
Q
P
 
P
V
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
E
G
 
G
F
 
F
F
 
F
E
 
E
A
 
A
D
 
S
E
 
E
L
 
L
S
 
E
L
 
L
I
 
I
V
 
V
E
 
A
H
 
H
D
 
D
F
 
F
W
 
W
C
 
C
V
 
V
V
 
V
H
 
H
S
 
C
L
 
A
W
 
W
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
K
 
R
A
 
A
A
 
S
L
 
L
S
 
A
K
 
R
P
 
P
I
 
L
T
 
N
V
 
V
W
 
W
L
 
L
K
 
K
L
 
M
D
 
D
S
 
S
G
 
G
M
 
M
H
 
H
R
|
R
V
 
V
G
 
G
L
 
F
H
 
F
P
 
P
A
 
E
D
 
D
Y
 
F
Q
 
R
A
 
A
A
 
A
Y
 
H
Q
 
E
R
 
R
L
 
L
L
 
R
A
 
A
S
 
S
G
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
A
K
 
K
I
 
I
V
 
V
L
 
M
M
 
M
S
 
S
H
|
H
F
 
F
A
 
S
R
 
R
A
 
A
D
 
D
E
 
E
L
 
L
H
 
D
C
 
C
Q
 
P
T
 
R
S
 
T
A
 
E
E
 
E
Q
 
Q
V
 
L
A
 
A
V
 
A
F
 
F
E
 
S
A
 
A
A
 
A
R
 
S
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
S
 
E
A
 
G
E
 
E
I
 
I
S
 
S
L
 
L
R
 
R
N
|
N
S
|
S
P
 
P
A
 
A
V
 
V
L
 
L
G
 
G
W
 
W
P
 
P
Q
 
K
I
 
V
P
 
P
S
 
S
D
 
D
W
 
W
V
 
V
R
|
R
P
 
P
G
|
G
I
|
I
M
 
L
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
T
 
T
P
 
P
F
 
F
E
 
E
E
 
R
A
 
A
N
 
H
A
 
P
V
 
L
A
 
A
S
 
D
R
 
R
L
 
L
Q
 
R
P
 
P
V
 
V
M
 
M
T
 
T
L
 
L
E
 
E
S
 
S
K
 
K
V
 
V
I
 
I
C
 
S
V
 
V
R
 
R
E
 
D
L
 
L
P
 
P
T
 
A
G
 
G
E
 
E
P
 
P
I
 
V
G
 
G
Y
|
Y
G
 
G
A
 
A
K
 
R
F
 
Y
I
 
S
T
 
T
P
 
E
K
 
R
P
 
R
M
 
Q
R
 
R
V
 
I
G
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
A
M
 
M
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
R
 
R
Q
 
H
A
 
A
P
 
A
T
 
D
G
 
G
T
 
T
P
 
L
V
 
V
M
 
F
V
 
I
A
 
D
G
 
G
Q
 
K
R
 
P
S
 
G
Q
 
R
L
 
L
I
 
V
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
|
S
M
 
M
D
|
D
M
 
M
L
 
L
C
 
T
I
 
V
D
 
D
L
 
L
T
 
T
D
 
D
V
 
H
P
 
P
Q
 
Q
A
 
A
G
 
G
L
 
L
G
 
G
S
 
S
P
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
L
W
 
W
G
 
G
K
 
P
N
 
N
I
 
V
L
 
P
A
 
V
S
 
G
D
 
A
V
 
L
A
 
A
T
 
A
A
 
Q
A
 
F
G
 
G
T
 
S
I
 
I
P
 
P
Y
|
Y
Q
 
Q
I
 
L
F
 
L
C
 
C
N
 
N
L
 
L
R
 
K
R
 
R
V
 
V
P
 
P
L
 
R
L
 
V
Y
 
Y
S
 
S
G
 
G
A
 
A

Q9HTQ2 Alanine racemase, catabolic; EC 5.1.1.1 from Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (see paper)
73% identity, 100% coverage: 1:357/357 of query aligns to 1:357/357 of Q9HTQ2

query
sites
Q9HTQ2
M
 
M
R
 
R
P
 
P
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
I
 
I
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
R
H
 
H
N
 
N
Y
 
Y
Q
 
R
L
 
L
A
 
A
R
 
R
E
 
E
V
 
A
T
 
T
G
 
G
A
 
A
K
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
V
 
V
I
 
I
K
|
K
A
 
A
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
A
V
 
V
R
 
R
C
 
C
A
 
A
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
A
A
 
A
E
 
E
A
 
A
D
 
D
G
 
G
F
 
F
A
 
A
V
 
V
A
 
A
C
 
C
I
 
I
E
 
E
E
 
E
A
 
G
L
 
L
E
 
E
L
 
L
R
 
R
A
 
E
A
 
A
G
 
G
I
 
I
R
 
R
A
 
Q
P
 
P
V
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
E
G
 
G
F
 
F
F
 
F
E
 
E
A
 
A
D
 
S
E
 
E
L
 
L
S
 
E
L
 
L
I
 
I
V
 
V
E
 
A
H
 
H
D
 
D
F
 
F
W
 
W
C
 
C
V
 
V
V
 
V
H
 
H
S
 
C
L
 
A
W
 
W
Q
 
Q
L
 
L
E
 
E
A
 
A
I
 
I
E
 
E
K
 
R
A
 
A
A
 
S
L
 
L
S
 
A
K
 
R
P
 
P
I
 
L
T
 
N
V
 
V
W
 
W
L
 
L
K
|
K
L
 
M
D
 
D
S
 
S
G
 
G
M
 
M
H
 
H
R
 
R
V
 
V
G
 
G
L
 
F
H
 
F
P
 
P
A
 
E
D
 
D
Y
 
F
Q
 
S
A
 
A
A
 
A
Y
 
H
Q
 
E
R
 
R
L
 
L
L
 
R
A
 
A
S
 
S
G
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
A
K
 
K
I
 
I
V
 
V
L
 
M
M
 
M
S
 
S
H
 
H
F
 
F
A
 
S
R
 
R
A
 
A
D
 
D
E
 
E
L
 
L
H
 
D
C
 
C
Q
 
P
T
 
R
S
 
T
A
 
E
E
 
E
Q
 
Q
V
 
L
A
 
A
V
 
A
F
 
F
E
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
S
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
S
 
E
A
 
G
E
 
E
I
 
I
S
 
S
L
 
L
R
 
R
N
 
N
S
 
S
P
 
P
A
 
A
V
 
V
L
 
L
G
 
G
W
 
W
P
 
P
Q
 
K
I
 
V
P
 
P
S
 
S
D
 
D
W
 
W
V
 
V
R
 
R
P
 
P
G
 
G
I
 
I
M
 
L
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
T
 
T
P
 
P
F
 
F
E
 
E
E
 
R
A
 
A
N
 
H
A
 
P
V
 
L
A
 
A
S
 
D
R
 
R
L
 
L
Q
 
R
P
 
P
V
 
V
M
 
M
T
 
T
L
 
L
E
 
E
S
 
S
K
 
K
V
 
V
I
 
I
C
 
S
V
 
V
R
 
R
E
 
D
L
 
L
P
 
P
T
 
A
G
 
G
E
 
E
P
 
P
I
 
V
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
K
 
R
F
 
Y
I
 
S
T
 
T
P
 
E
K
 
R
P
 
S
M
 
Q
R
 
R
V
 
I
G
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
A
M
 
M
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
R
 
R
Q
 
H
A
 
A
P
 
A
T
 
D
G
 
G
T
 
T
P
 
L
V
 
V
M
 
F
V
 
I
A
 
D
G
 
G
Q
 
K
R
 
P
S
 
G
Q
 
R
L
 
L
I
 
V
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
 
S
M
 
M
D
 
D
M
 
M
L
 
L
C
 
T
I
 
V
D
 
D
L
 
L
T
 
T
D
 
D
V
 
H
P
 
P
Q
 
Q
A
 
A
G
 
G
L
 
L
G
 
G
S
 
S
P
 
R
V
 
V
E
 
E
L
 
L
W
 
W
G
 
G
K
 
P
N
 
N
I
 
V
L
 
P
A
 
V
S
 
G
D
 
A
V
 
L
A
 
A
T
 
A
A
 
Q
A
 
F
G
 
G
T
 
S
I
 
I
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
Q
I
 
L
F
 
L
C
 
C
N
 
N
L
 
L
R
 
K
R
 
R
V
 
V
P
 
P
L
 
R
L
 
V
Y
 
Y
S
 
S
G
 
G
A
 
A

6a2fA Crystal structure of biosynthetic alanine racemase from pseudomonas aeruginosa (see paper)
49% identity, 99% coverage: 1:355/357 of query aligns to 1:357/358 of 6a2fA

query
sites
6a2fA
M
 
M
R
 
R
P
 
P
A
 
L
R
 
V
A
 
A
L
 
T
I
 
V
D
 
D
L
 
L
Q
 
S
A
 
A
L
 
I
R
 
R
H
 
H
N
 
N
Y
 
Y
Q
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
K
E
 
R
V
 
C
T
 
A
G
 
P
A
 
Q
K
 
R
-
 
Q
A
 
A
L
 
F
A
 
A
V
 
V
I
 
V
K
|
K
A
 
A
D
 
N
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
A
V
 
R
R
 
E
C
 
V
A
 
V
Q
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
H
A
 
D
E
 
D
A
 
A
D
 
D
G
 
G
F
 
F
A
 
A
V
 
V
A
 
A
C
 
C
I
 
L
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
A
E
 
E
L
 
V
R
 
R
A
 
A
A
 
L
G
 
H
I
 
A
R
 
S
A
 
A
P
 
R
V
 
I
L
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
E
G
 
G
F
 
C
F
 
F
E
 
E
A
 
A
D
 
S
E
 
E
L
 
Y
S
 
A
L
 
L
I
 
A
V
 
G
E
 
Q
H
 
L
D
 
R
F
 
L
W
 
D
C
 
L
V
 
V
V
 
I
H
 
Q
S
 
G
L
 
A
W
 
E
Q
 
Q
L
 
G
E
 
E
A
 
A
I
 
F
E
 
L
K
 
A
A
 
A
A
 
G
L
 
L
S
 
D
K
 
I
P
 
P
I
 
L
T
 
N
V
 
V
W
 
W
L
 
L
K
|
K
L
 
L
D
 
D
S
 
S
G
 
G
M
 
M
H
 
H
R
|
R
V
x
L
G
 
G
L
 
F
H
 
D
P
 
P
A
 
A
D
 
A
Y
 
L
Q
 
R
A
 
A
A
 
W
Y
 
H
Q
 
A
R
 
R
L
 
L
L
 
R
A
 
S
S
 
H
G
 
P
K
 
G
V
 
V
A
 
R
K
 
E
I
 
L
V
 
N
L
 
L
M
 
I
S
 
S
H
|
H
F
 
F
A
 
A
R
 
C
A
 
A
D
 
D
E
 
E
L
 
R
H
 
N
C
 
H
Q
 
P
T
 
L
S
 
T
A
 
E
E
 
Q
Q
 
Q
V
 
L
A
 
E
V
 
S
F
 
F
E
 
L
A
 
G
A
 
L
R
 
L
Q
 
D
G
 
L
L
 
D
S
 
F
A
 
D
E
 
Q
I
 
R
S
 
S
L
 
L
R
 
A
N
 
N
S
 
S
P
 
A
A
 
A
V
 
V
L
 
L
G
 
T
W
 
I
P
 
P
Q
 
A
I
 
A
P
 
H
S
 
M
D
 
D
W
 
W
V
 
L
R
|
R
P
 
P
G
 
G
I
 
I
M
 
M
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
A
 
S
T
 
T
P
 
P
F
 
L
E
 
A
E
 
D
A
 
L
N
 
S
A
 
A
V
 
A
A
 
E
S
 
L
R
 
G
L
 
L
Q
 
K
P
 
P
V
 
A
M
 
M
T
 
S
L
 
L
E
 
G
S
 
A
K
 
Q
V
 
L
I
 
I
C
 
S
V
 
L
R
 
R
E
 
E
L
 
V
P
 
A
T
 
V
G
 
G
E
 
E
P
 
S
I
 
V
G
 
G
Y
|
Y
G
 
G
A
 
A
K
 
T
F
 
W
I
 
I
T
 
A
P
 
E
K
 
R
P
 
P
M
 
A
R
 
R
V
 
I
G
 
G
V
 
T
V
 
V
A
 
S
M
 
C
G
 
G
Y
|
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
R
|
R
Q
 
T
A
 
A
P
 
P
T
 
A
G
 
G
T
 
T
P
 
P
V
 
V
M
 
L
V
 
V
A
 
G
G
 
G
Q
 
R
R
 
R
S
 
A
Q
 
I
L
 
L
I
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
|
S
M
|
M
D
|
D
M
|
M
L
 
L
C
 
A
I
 
V
D
 
D
L
 
L
T
 
S
D
 
D
V
 
L
P
 
P
Q
 
E
A
 
A
G
 
R
L
 
V
G
 
G
S
 
D
P
 
P
V
 
V
E
 
E
L
 
L
W
 
W
G
 
G
K
 
A
N
 
G
I
 
L
L
 
S
A
 
V
S
 
D
D
 
E
V
 
V
A
 
A
T
 
R
A
 
A
A
 
C
G
 
G
T
 
T
I
x
L
P
 
G
Y
|
Y
Q
 
E
I
 
L
F
 
L
C
 
S
N
 
K
L
 
V
R
 
T
-
 
A
R
 
R
V
 
V
P
 
P
L
 
R
L
 
R
Y
 
Y
S
 
S

2rjhA Crystal structure of biosynthetic alaine racemase in d-cycloserine- bound form from escherichia coli (see paper)
47% identity, 99% coverage: 1:354/357 of query aligns to 1:357/359 of 2rjhA

query
sites
2rjhA
M
 
M
R
 
Q
P
 
A
A
 
A
R
 
T
A
 
V
L
 
V
I
 
I
D
 
N
L
 
R
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
R
 
R
H
 
H
N
 
N
Y
 
L
Q
 
Q
L
 
R
A
 
L
R
 
R
E
 
E
V
 
L
T
 
A
G
 
P
A
 
A
-
 
S
K
 
K
A
 
M
L
 
V
A
 
A
V
 
V
I
 
V
K
|
K
A
 
A
D
 
N
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
L
V
 
L
R
 
E
C
 
T
A
 
A
Q
 
R
A
 
T
L
 
L
E
 
-
A
 
P
E
 
D
A
 
A
D
 
D
G
 
A
F
 
F
A
 
G
V
 
V
A
 
A
C
 
R
I
 
L
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
R
L
 
L
R
 
R
A
 
A
A
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
T
A
 
K
P
 
P
V
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
E
G
 
G
F
 
F
F
 
F
E
 
D
A
 
A
D
 
R
E
 
D
L
 
L
S
 
P
L
 
T
I
 
I
V
 
S
E
 
A
H
 
Q
D
 
H
F
 
F
W
 
H
C
 
T
V
 
A
V
 
V
H
 
H
S
 
N
L
 
E
W
 
E
Q
 
Q
L
 
L
E
 
A
A
 
A
I
 
L
E
 
E
K
 
E
A
 
A
A
 
S
L
 
L
S
 
D
K
 
E
P
 
P
I
 
V
T
 
T
V
 
V
W
 
W
L
 
M
K
 
K
L
 
L
D
 
D
S
 
T
G
 
G
M
 
M
H
 
H
R
|
R
V
 
L
G
 
G
L
 
V
H
 
R
P
 
P
A
 
E
D
 
Q
Y
 
A
Q
 
E
A
 
A
A
 
F
Y
 
Y
Q
 
H
R
 
R
L
 
L
L
 
T
A
 
Q
S
 
C
G
 
K
K
 
N
V
 
V
A
 
R
K
 
Q
I
 
P
V
 
V
-
 
N
L
 
I
M
 
V
S
 
S
H
|
H
F
 
F
A
 
A
R
 
R
A
 
A
D
 
D
E
 
E
L
 
P
H
 
K
C
 
C
Q
 
G
T
 
A
S
 
T
A
 
E
E
 
K
Q
 
Q
V
 
L
A
 
A
V
 
I
F
 
F
E
 
N
A
 
T
A
 
F
R
 
C
Q
 
E
G
 
G
L
 
K
S
 
P
A
 
G
E
 
Q
I
 
R
S
 
S
L
 
I
R
 
A
N
x
A
S
|
S
P
 
G
A
 
G
V
 
I
L
 
L
G
 
L
W
 
W
P
 
P
Q
 
Q
I
 
S
P
 
H
S
 
F
D
 
D
W
 
W
V
 
V
R
|
R
P
 
P
G
|
G
I
|
I
M
 
I
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
A
 
V
T
 
S
P
 
P
F
 
L
E
 
E
E
 
D
A
 
R
N
 
S
A
 
T
V
 
G
A
 
A
S
 
D
-
 
F
R
 
G
L
 
C
Q
 
Q
P
 
P
V
 
V
M
 
M
T
 
S
L
 
L
E
 
T
S
 
S
K
 
S
V
 
L
I
 
I
C
 
A
V
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
H
P
 
K
T
 
A
G
 
G
E
 
E
P
 
P
I
 
V
G
 
G
Y
|
Y
G
 
G
A
 
G
K
 
T
F
 
W
I
 
V
T
 
S
P
 
E
K
 
R
P
 
D
M
 
T
R
 
R
V
 
L
G
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
A
M
 
M
G
 
G
Y
 
Y
A
 
G
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
R
 
R
Q
 
A
A
 
A
P
 
P
T
 
S
G
 
G
T
 
T
P
 
P
V
 
V
M
 
L
V
 
V
A
 
N
G
 
G
Q
 
R
R
 
E
S
 
V
Q
 
P
L
 
I
I
 
V
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
x
A
M
|
M
D
|
D
M
 
M
L
 
I
C
 
C
I
 
V
D
 
D
L
 
L
T
 
G
D
 
P
V
 
Q
P
 
A
Q
 
Q
A
 
D
G
 
K
L
 
A
G
 
G
S
 
D
P
 
P
V
 
V
E
 
I
L
 
L
W
 
W
G
 
G
K
 
E
N
 
G
I
 
L
L
 
P
A
 
V
S
 
E
D
 
R
V
 
I
A
 
A
T
 
E
A
 
M
A
 
T
G
 
K
T
 
V
I
 
S
P
 
A
Y
|
Y
Q
 
E
I
 
L
F
 
I
C
 
T
N
 
R
L
 
L
-
 
T
R
 
S
R
 
R
V
 
V
P
 
A
L
 
M
L
 
K
Y
 
Y

P0A6B4 Alanine racemase, biosynthetic; EC 5.1.1.1 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
47% identity, 99% coverage: 1:354/357 of query aligns to 1:357/359 of P0A6B4

query
sites
P0A6B4
M
 
M
R
 
Q
P
 
A
A
 
A
R
 
T
A
 
V
L
 
V
I
 
I
D
 
N
L
 
R
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
R
 
R
H
 
H
N
 
N
Y
 
L
Q
 
Q
L
 
R
A
 
L
R
 
R
E
 
E
V
 
L
T
 
A
G
 
P
A
 
A
-
 
S
K
 
K
A
 
M
L
 
V
A
 
A
V
 
V
I
 
V
K
|
K
A
 
A
D
 
N
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
L
V
 
L
R
 
E
C
 
T
A
 
A
Q
 
R
A
 
T
L
 
L
E
 
-
A
 
P
E
 
D
A
 
A
D
 
D
G
 
A
F
 
F
A
 
G
V
 
V
A
 
A
C
 
R
I
 
L
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
R
L
 
L
R
 
R
A
 
A
A
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
T
A
 
K
P
 
P
V
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
E
G
 
G
F
 
F
F
 
F
E
 
D
A
 
A
D
 
R
E
 
D
L
 
L
S
 
P
L
 
T
I
 
I
V
 
S
E
 
A
H
 
Q
D
 
H
F
 
F
W
 
H
C
 
T
V
 
A
V
 
V
H
 
H
S
 
N
L
 
E
W
 
E
Q
 
Q
L
 
L
E
 
A
A
 
A
I
 
L
E
 
E
K
 
E
A
 
A
A
 
S
L
 
L
S
 
D
K
 
E
P
 
P
I
 
V
T
 
T
V
 
V
W
 
W
L
 
M
K
|
K
L
 
L
D
 
D
S
 
T
G
 
G
M
 
M
H
 
H
R
 
R
V
 
L
G
 
G
L
 
V
H
 
R
P
 
P
A
 
E
D
 
Q
Y
 
A
Q
 
E
A
 
A
A
 
F
Y
 
Y
Q
 
H
R
 
R
L
 
L
L
 
T
A
 
Q
S
 
C
G
 
K
K
 
N
V
 
V
A
 
R
K
 
Q
I
 
P
V
 
V
-
 
N
L
 
I
M
 
V
S
 
S
H
 
H
F
 
F
A
 
A
R
 
R
A
 
A
D
|
D
E
|
E
L
 
P
H
 
K
C
 
C
Q
 
G
T
 
A
S
 
T
A
 
E
E
 
K
Q
 
Q
V
 
L
A
 
A
V
 
I
F
 
F
E
 
N
A
 
T
A
 
F
R
 
C
Q
 
E
G
 
G
L
 
K
S
 
P
A
 
G
E
 
Q
I
 
R
S
 
S
L
 
I
R
 
A
N
 
A
S
 
S
P
 
G
A
 
G
V
 
I
L
 
L
G
 
L
W
 
W
P
 
P
Q
 
Q
I
 
S
P
 
H
S
 
F
D
 
D
W
 
W
V
 
V
R
 
R
P
 
P
G
 
G
I
 
I
M
 
I
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
A
 
V
T
 
S
P
|
P
F
 
L
E
|
E
E
 
D
A
 
R
N
 
S
A
 
T
V
 
G
A
 
A
S
 
D
-
 
F
R
 
G
L
 
C
Q
 
Q
P
 
P
V
 
V
M
 
M
T
 
S
L
 
L
E
 
T
S
 
S
K
 
S
V
 
L
I
 
I
C
 
A
V
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
H
P
 
K
T
 
A
G
 
G
E
 
E
P
 
P
I
 
V
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
A
 
G
K
 
T
F
 
W
I
 
V
T
 
S
P
 
E
K
 
R
P
 
D
M
 
T
R
 
R
V
 
L
G
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
A
M
 
M
G
 
G
Y
 
Y
A
 
G
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
R
 
R
Q
 
A
A
 
A
P
 
P
T
 
S
G
 
G
T
 
T
P
 
P
V
 
V
M
 
L
V
 
V
A
 
N
G
 
G
Q
 
R
R
 
E
S
 
V
Q
 
P
L
 
I
I
 
V
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
 
A
M
 
M
D
 
D
M
 
M
L
 
I
C
 
C
I
 
V
D
 
D
L
 
L
T
 
G
D
 
P
V
 
Q
P
 
A
Q
 
Q
A
 
D
G
 
K
L
 
A
G
 
G
S
 
D
P
 
P
V
 
V
E
 
I
L
 
L
W
 
W
G
 
G
K
 
E
N
 
G
I
 
L
L
 
P
A
 
V
S
 
E
D
 
R
V
 
I
A
 
A
T
 
E
A
 
M
A
 
T
G
 
K
T
 
V
I
 
S
P
 
A
Y
 
Y
Q
 
E
I
 
L
F
 
I
C
 
T
N
 
R
L
 
L
-
 
T
R
 
S
R
 
R
V
 
V
P
 
A
L
 
M
L
 
K
Y
 
Y

3b8tA Crystal structure of escherichia coli alaine racemase mutant p219a (see paper)
47% identity, 99% coverage: 1:354/357 of query aligns to 1:357/359 of 3b8tA

query
sites
3b8tA
M
 
M
R
 
Q
P
 
A
A
 
A
R
 
T
A
 
V
L
 
V
I
 
I
D
 
N
L
 
R
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
R
 
R
H
 
H
N
 
N
Y
 
L
Q
 
Q
L
 
R
A
 
L
R
 
R
E
 
E
V
 
L
T
 
A
G
 
P
A
 
A
-
 
S
K
 
K
A
 
M
L
 
V
A
 
A
V
|
V
I
 
V
K
|
K
A
 
A
D
 
N
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
L
V
 
L
R
 
E
C
 
T
A
 
A
Q
 
R
A
 
T
L
 
L
E
 
-
A
 
P
E
 
D
A
 
A
D
 
D
G
 
A
F
 
F
A
 
G
V
 
V
A
 
A
C
 
R
I
 
L
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
R
L
 
L
R
 
R
A
 
A
A
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
T
A
 
K
P
 
P
V
 
V
L
 
L
L
 
L
L
|
L
E
 
E
G
 
G
F
 
F
F
 
F
E
 
D
A
 
A
D
 
R
E
 
D
L
 
L
S
 
P
L
 
T
I
 
I
V
 
S
E
 
A
H
 
Q
D
 
H
F
 
F
W
 
H
C
 
T
V
 
A
V
 
V
H
 
H
S
 
N
L
 
E
W
 
E
Q
 
Q
L
 
L
E
 
A
A
 
A
I
 
L
E
 
E
K
 
E
A
 
A
A
 
S
L
 
L
S
 
D
K
 
E
P
 
P
I
 
V
T
 
T
V
 
V
W
 
W
L
 
M
K
 
K
L
 
L
D
 
D
S
 
T
G
 
G
M
 
M
H
 
H
R
|
R
V
 
L
G
 
G
L
 
V
H
 
R
P
 
P
A
 
E
D
 
Q
Y
 
A
Q
 
E
A
 
A
A
 
F
Y
 
Y
Q
 
H
R
 
R
L
 
L
L
 
T
A
 
Q
S
 
C
G
 
K
K
 
N
V
 
V
A
 
R
K
 
Q
I
 
P
V
 
V
-
 
N
L
 
I
M
 
V
S
 
S
H
|
H
F
 
F
A
 
A
R
 
R
A
 
A
D
 
D
E
 
E
L
 
P
H
 
K
C
 
C
Q
 
G
T
 
A
S
 
T
A
 
E
E
 
K
Q
 
Q
V
 
L
A
 
A
V
 
I
F
 
F
E
 
N
A
 
T
A
 
F
R
 
C
Q
 
E
G
 
G
L
 
K
S
 
P
A
 
G
E
 
Q
I
 
R
S
 
S
L
 
I
R
 
A
N
x
A
S
|
S
P
 
G
A
 
G
V
 
I
L
 
L
G
 
L
W
 
W
P
 
P
Q
 
Q
I
 
S
P
 
H
S
 
F
D
 
D
W
 
W
V
 
V
R
|
R
P
 
P
G
|
G
I
|
I
M
 
I
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
A
 
V
T
 
S
P
 
A
F
 
L
E
 
E
E
 
D
A
 
R
N
 
S
A
 
T
V
 
G
A
 
A
S
 
D
-
 
F
R
 
G
L
 
C
Q
 
Q
P
 
P
V
 
V
M
 
M
T
 
S
L
 
L
E
 
T
S
 
S
K
 
S
V
 
L
I
 
I
C
 
A
V
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
H
P
 
K
T
 
A
G
 
G
E
 
E
P
 
P
I
 
V
G
 
G
Y
|
Y
G
 
G
A
 
G
K
 
T
F
 
W
I
 
V
T
 
S
P
 
E
K
 
R
P
 
D
M
 
T
R
 
R
V
 
L
G
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
A
M
 
M
G
 
G
Y
 
Y
A
 
G
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
R
 
R
Q
 
A
A
 
A
P
 
P
T
 
S
G
 
G
T
 
T
P
 
P
V
 
V
M
 
L
V
 
V
A
 
N
G
 
G
Q
 
R
R
 
E
S
 
V
Q
 
P
L
 
I
I
 
V
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
x
A
M
 
M
D
|
D
M
 
M
L
 
I
C
 
C
I
 
V
D
 
D
L
 
L
T
 
G
D
 
P
V
 
Q
P
 
A
Q
 
Q
A
 
D
G
 
K
L
 
A
G
 
G
S
 
D
P
 
P
V
 
V
E
 
I
L
 
L
W
 
W
G
 
G
K
 
E
N
 
G
I
 
L
L
 
P
A
 
V
S
 
E
D
 
R
V
 
I
A
 
A
T
 
E
A
 
M
A
 
T
G
 
K
T
 
V
I
 
S
P
 
A
Y
|
Y
Q
 
E
I
 
L
F
 
I
C
 
T
N
 
R
L
 
L
-
 
T
R
 
S
R
 
R
V
 
V
P
 
A
L
 
M
L
 
K
Y
 
Y

4xbjA Y274f alanine racemase from e. Coli inhibited by l-ala-p (see paper)
47% identity, 98% coverage: 4:354/357 of query aligns to 2:355/357 of 4xbjA

query
sites
4xbjA
A
 
A
R
 
T
A
 
V
L
 
V
I
 
I
D
 
N
L
 
R
Q
 
R
A
 
A
L
 
L
R
 
R
H
 
H
N
 
N
Y
 
L
Q
 
Q
L
 
R
A
 
L
R
 
R
E
 
E
V
 
L
T
 
A
G
 
P
A
 
A
-
 
S
K
 
K
A
 
M
L
 
V
A
 
A
V
|
V
I
 
V
K
|
K
A
 
A
D
 
N
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
L
V
 
L
R
 
E
C
 
T
A
 
A
Q
 
R
A
 
T
L
 
L
E
 
-
A
 
P
E
 
D
A
 
A
D
 
D
G
 
A
F
 
F
A
 
G
V
 
V
A
 
A
C
 
R
I
 
L
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
R
L
 
L
R
 
R
A
 
A
A
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
T
A
 
K
P
 
P
V
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
L
E
 
E
G
 
G
F
 
F
F
 
F
E
 
D
A
 
A
D
 
R
E
 
D
L
 
L
S
 
P
L
 
T
I
 
I
V
 
S
E
 
A
H
 
Q
D
 
H
F
 
F
W
 
H
C
 
T
V
 
A
V
 
V
H
 
H
S
 
N
L
 
E
W
 
E
Q
 
Q
L
 
L
E
 
A
A
 
A
I
 
L
E
 
E
K
 
E
A
 
A
A
 
S
L
 
L
S
 
D
K
 
E
P
 
P
I
 
V
T
 
T
V
 
V
W
 
W
L
 
M
K
 
K
L
 
L
D
 
D
S
 
T
G
 
G
M
 
M
H
 
H
R
|
R
V
 
L
G
 
G
L
 
V
H
 
R
P
 
P
A
 
E
D
 
Q
Y
 
A
Q
 
E
A
 
A
A
 
F
Y
 
Y
Q
 
H
R
 
R
L
 
L
L
 
T
A
 
Q
S
 
C
G
 
K
K
 
N
V
 
V
A
 
R
K
 
Q
I
 
P
V
 
V
-
 
N
L
 
I
M
 
V
S
 
S
H
|
H
F
 
F
A
 
A
R
 
R
A
 
A
D
 
D
E
 
E
L
 
P
H
 
K
C
 
C
Q
 
G
T
 
A
S
 
T
A
 
E
E
 
K
Q
 
Q
V
 
L
A
 
A
V
 
I
F
 
F
E
 
N
A
 
T
A
 
F
R
 
C
Q
 
E
G
 
G
L
 
K
S
 
P
A
 
G
E
 
Q
I
 
R
S
 
S
L
 
I
R
 
A
N
x
A
S
|
S
P
 
G
A
 
G
V
 
I
L
 
L
G
 
L
W
 
W
P
 
P
Q
 
Q
I
 
S
P
 
H
S
 
F
D
 
D
W
 
W
V
 
V
R
|
R
P
 
P
G
|
G
I
|
I
M
 
I
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
A
 
V
T
 
S
P
 
P
F
 
L
E
 
E
E
 
D
A
 
R
N
 
S
A
 
T
V
 
G
A
 
A
S
 
D
-
 
F
R
 
G
L
 
C
Q
 
Q
P
 
P
V
 
V
M
 
M
T
 
S
L
 
L
E
 
T
S
 
S
K
 
S
V
 
L
I
 
I
C
 
A
V
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
H
P
 
K
T
 
A
G
 
G
E
 
E
P
 
P
I
 
V
G
 
G
Y
|
Y
G
 
G
A
 
G
K
 
T
F
 
W
I
 
V
T
 
S
P
 
E
K
 
R
P
 
D
M
 
T
R
 
R
V
 
L
G
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
A
M
 
M
G
 
G
Y
 
F
A
 
G
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
R
 
R
Q
 
A
A
 
A
P
 
P
T
 
S
G
 
G
T
 
T
P
 
P
V
 
V
M
 
L
V
 
V
A
 
N
G
 
G
Q
 
R
R
 
E
S
 
V
Q
 
P
L
 
I
I
 
V
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
x
A
M
|
M
D
|
D
M
 
M
L
 
I
C
 
C
I
 
V
D
 
D
L
 
L
T
 
G
D
 
P
V
 
Q
P
 
A
Q
 
Q
A
 
D
G
 
K
L
 
A
G
 
G
S
 
D
P
 
P
V
 
V
E
 
I
L
 
L
W
 
W
G
 
G
K
 
E
N
 
G
I
 
L
L
 
P
A
 
V
S
 
E
D
 
R
V
 
I
A
 
A
T
 
E
A
 
M
A
 
T
G
 
K
T
 
V
I
 
S
P
 
A
Y
|
Y
Q
 
E
I
 
L
F
 
I
C
 
T
N
 
R
L
 
L
-
 
T
R
 
S
R
 
R
V
 
V
P
 
A
L
 
M
L
 
K
Y
 
Y

4y2wA Crystal structure of a thermostable alanine racemase from thermoanaerobacter tengcongensis mb4 (see paper)
33% identity, 99% coverage: 1:354/357 of query aligns to 6:374/388 of 4y2wA

query
sites
4y2wA
M
 
V
R
 
R
P
 
P
A
 
T
R
 
R
A
 
V
L
 
E
I
 
V
D
 
Y
L
 
L
Q
 
D
A
 
A
L
 
I
R
 
T
H
 
H
N
 
N
Y
 
F
Q
 
R
L
 
E
A
 
I
R
 
K
E
 
K
V
 
I
T
 
V
G
 
G
-
 
K
-
 
N
A
 
V
K
 
K
A
 
I
L
 
M
A
 
A
V
 
V
I
 
I
K
|
K
A
 
G
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
A
V
 
S
R
 
Y
C
 
V
A
 
A
Q
 
K
A
 
F
L
 
L
E
 
E
A
 
K
E
 
E
A
 
G
-
 
V
D
 
D
G
 
Y
F
 
F
A
 
G
V
 
V
A
 
A
C
 
T
I
 
T
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
E
L
 
L
R
 
R
A
 
E
A
 
K
G
 
G
I
 
I
R
 
K
A
 
T
P
 
P
V
 
I
L
 
L
L
 
I
L
 
F
E
 
-
G
 
G
F
 
Y
F
 
T
E
 
P
A
 
P
D
 
T
E
 
Q
L
 
L
S
 
R
L
 
Q
I
 
I
V
 
V
E
 
K
H
 
H
D
 
D
F
 
L
W
 
T
C
 
Q
V
 
T
V
 
V
H
 
Y
S
 
D
L
 
I
W
 
K
Q
 
Y
L
 
A
E
 
K
A
 
E
I
 
L
E
 
E
K
 
K
A
 
E
A
 
S
L
 
L
-
 
K
-
 
Q
S
 
N
K
 
K
P
 
R
I
 
A
T
 
K
V
 
V
W
 
H
L
 
I
K
 
K
L
 
I
D
 
D
S
 
T
G
 
G
M
 
L
H
 
G
R
|
R
V
 
I
G
 
G
L
 
Y
H
 
-
P
 
-
A
 
I
D
 
D
Y
 
F
Q
 
D
A
 
L
A
 
A
Y
 
Q
Q
 
K
R
 
E
L
 
I
L
 
L
A
 
E
S
 
M
G
 
A
K
 
N
V
 
M
A
 
R
K
 
G
I
 
L
V
 
I
L
 
L
-
 
E
-
 
G
-
 
I
M
 
Y
S
 
S
H
|
H
F
 
F
A
 
A
R
 
A
A
 
A
-
 
S
-
 
E
-
 
D
D
 
D
E
 
R
L
 
D
H
 
Y
C
 
C
Q
 
K
T
 
E
S
 
Q
A
 
F
E
 
D
Q
 
K
V
 
F
A
 
M
V
 
N
F
 
L
E
 
I
A
 
S
A
 
S
R
 
L
Q
 
E
G
 
K
L
 
K
S
 
R
A
 
L
E
 
K
I
 
I
S
 
P
L
 
L
R
 
K
-
 
H
-
 
I
-
 
A
N
|
N
S
x
A
P
 
A
A
 
A
V
 
I
L
 
L
G
 
N
W
 
L
P
 
N
Q
 
Y
I
 
S
P
 
H
S
 
L
D
 
D
W
 
M
V
 
V
R
|
R
P
 
P
G
 
G
I
|
I
M
 
I
L
 
L
Y
 
F
G
 
G
A
 
A
T
 
Y
P
 
P
F
 
S
E
 
K
E
 
R
A
 
V
N
 
E
A
 
R
V
 
K
A
 
V
S
 
E
R
 
-
L
 
L
Q
 
R
P
 
E
V
 
T
M
 
L
T
 
R
L
 
F
E
 
T
S
 
T
K
 
R
V
 
V
I
 
V
C
 
H
V
 
L
R
 
K
E
 
D
L
 
V
P
 
P
T
 
A
G
 
G
E
 
F
P
 
F
I
 
I
G
 
G
Y
|
Y
G
 
G
A
 
K
K
 
S
F
 
F
I
 
V
T
 
T
P
 
K
K
 
R
P
 
K
M
 
S
R
 
V
V
 
I
G
 
A
V
 
T
V
 
I
A
 
P
M
 
V
G
 
G
Y
|
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
L
P
 
D
R
 
R
Q
 
R
A
 
L
P
 
S
T
 
N
G
 
N
T
 
Y
P
 
K
V
 
L
M
 
L
V
 
L
A
 
K
G
 
G
Q
 
K
R
 
Y
S
 
V
Q
 
P
L
 
I
I
 
V
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
x
C
M
|
M
D
|
D
M
 
Q
L
 
C
C
 
M
I
 
I
D
 
D
L
 
V
T
 
T
D
 
D
V
 
V
P
 
E
Q
 
G
A
 
V
G
 
E
L
 
I
G
 
G
S
 
D
P
 
E
V
 
V
E
 
V
L
 
I
W
 
I
G
 
G
-
 
T
-
 
Q
-
 
N
-
 
N
K
 
E
N
 
T
I
 
V
L
 
S
A
 
V
S
 
E
D
 
S
V
 
M
A
 
A
T
 
D
A
 
K
A
 
I
G
 
E
T
 
T
I
 
I
P
 
P
Y
 
Q
Q
 
E
I
 
V
F
 
F
C
 
S
N
 
R
L
 
I
-
 
S
R
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
L
 
R
L
 
V
Y
 
Y

P0A2W8 Alanine racemase; EC 5.1.1.1 from Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (see paper)
37% identity, 99% coverage: 2:354/357 of query aligns to 7:366/367 of P0A2W8

query
sites
P0A2W8
R
 
R
P
 
P
A
 
T
R
 
K
A
 
A
L
 
L
I
 
I
D
 
H
L
 
L
Q
 
G
A
 
A
L
 
I
R
 
R
H
 
Q
N
 
N
Y
 
I
Q
 
Q
L
 
Q
-
 
M
-
 
G
A
 
A
R
 
H
E
 
I
V
 
P
T
 
Q
G
 
G
A
 
T
K
 
L
A
 
K
L
 
L
A
 
A
V
 
V
I
 
V
K
 
K
A
 
A
D
 
N
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
A
V
 
V
R
 
A
C
 
V
A
 
A
Q
 
K
A
 
A
L
 
I
E
 
Q
A
 
D
E
 
D
A
 
V
D
 
D
G
 
G
F
 
F
A
 
C
V
 
V
A
 
S
C
 
N
I
 
I
E
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
I
E
 
E
L
 
L
R
 
R
A
 
Q
A
 
A
G
 
G
I
 
L
R
 
S
A
 
K
P
 
P
V
 
I
L
 
L
L
 
I
L
 
L
E
 
-
G
 
G
F
 
V
F
 
S
E
 
E
A
 
I
D
 
E
E
 
A
L
 
V
S
 
A
L
 
L
I
 
A
V
 
K
E
 
E
H
 
Y
D
 
D
F
 
F
W
 
T
C
 
L
V
 
T
V
 
V
H
 
A
S
 
G
L
 
L
-
 
E
W
 
W
Q
 
I
L
 
Q
E
 
A
A
 
L
I
 
L
E
 
D
K
 
K
A
 
E
A
 
V
L
 
D
S
 
L
K
 
T
P
 
G
I
 
L
T
 
T
V
 
V
W
 
H
L
 
L
K
|
K
L
 
I
D
 
D
S
 
S
G
 
G
M
 
M
H
 
G
R
 
R
V
 
I
G
 
G
L
 
F
H
 
R
P
 
E
A
 
A
D
 
S
Y
 
E
Q
 
V
A
 
E
A
 
Q
Y
 
A
Q
 
Q
R
 
D
L
 
L
L
 
L
A
 
Q
S
 
Q
G
 
H
K
 
G
V
 
V
A
 
C
K
 
V
I
 
E
V
 
G
L
 
I
M
 
F
S
 
T
H
 
H
F
 
F
A
 
A
R
 
T
A
 
A
D
 
D
E
 
E
L
 
E
H
 
S
C
 
D
Q
 
D
T
 
Y
S
 
F
A
 
N
E
 
A
Q
 
Q
V
 
L
A
 
E
V
 
R
F
 
F
E
 
K
-
 
T
-
 
I
-
 
L
A
 
A
A
 
S
R
 
M
Q
 
K
G
 
E
L
 
V
S
 
P
A
 
E
E
 
L
I
 
V
S
 
H
L
 
A
R
 
S
N
 
N
S
 
S
P
 
A
A
 
T
V
 
T
L
 
L
G
 
W
W
 
H
P
 
V
Q
 
E
I
 
T
P
 
I
S
 
F
D
 
N
W
 
A
V
 
V
R
 
R
P
 
M
G
 
G
I
 
D
M
 
A
L
 
M
Y
 
Y
G
 
G
A
 
L
T
 
N
P
 
P
F
 
S
E
 
G
E
 
A
A
 
V
N
 
L
A
 
D
V
 
L
A
 
P
S
 
Y
R
 
D
L
 
L
Q
 
I
P
 
P
V
 
A
M
 
L
T
 
T
L
 
L
E
 
E
S
 
S
K
 
A
V
 
L
I
 
V
C
 
H
V
 
V
R
 
K
E
 
T
L
 
V
P
 
P
T
 
A
G
 
G
E
 
A
P
 
C
I
 
M
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
A
 
A
K
 
T
F
 
Y
I
 
Q
T
 
A
P
 
D
K
 
S
P
 
E
M
 
Q
R
 
V
V
 
I
G
 
A
V
 
T
V
 
V
A
 
P
M
 
I
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
W
P
 
T
R
 
R
Q
 
D
A
 
M
P
 
Q
T
 
N
G
 
F
T
 
S
P
 
-
V
 
V
M
 
L
V
 
V
A
 
D
G
 
G
Q
 
Q
R
 
A
S
 
C
Q
 
P
L
 
I
I
 
V
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
 
S
M
 
M
D
 
D
M
 
Q
L
 
I
C
 
T
I
 
I
D
 
R
L
 
L
T
 
P
D
 
K
V
 
L
P
 
Y
Q
 
P
A
 
-
G
 
-
L
 
L
G
 
G
S
 
T
P
 
K
V
 
V
E
 
T
L
 
L
W
 
I
G
 
G
K
 
S
N
 
N
-
 
G
-
 
D
-
 
K
-
 
E
I
 
I
L
 
T
A
 
A
S
 
T
D
 
Q
V
 
V
A
 
A
T
 
T
A
 
Y
A
 
R
G
 
V
T
 
T
I
 
I
P
 
N
Y
 
Y
Q
 
E
I
 
V
F
 
V
C
 
C
N
 
L
L
 
L
R
 
S
-
 
D
R
 
R
V
 
I
P
 
P
L
 
R
L
 
E
Y
 
Y

3e5pB Crystal structure of alanine racemase from e.Faecalis (see paper)
34% identity, 99% coverage: 2:355/357 of query aligns to 7:371/371 of 3e5pB

query
sites
3e5pB
R
 
R
P
 
P
A
 
T
R
 
R
A
 
L
L
 
H
I
 
I
D
 
D
L
 
T
Q
 
Q
A
 
A
L
 
I
R
 
T
H
 
E
N
 
N
Y
 
V
Q
 
Q
-
 
K
-
 
E
L
 
C
A
 
Q
R
 
R
E
 
L
V
 
P
T
 
E
G
 
G
A
 
T
K
 
A
A
 
L
L
 
F
A
 
A
V
 
V
I
 
V
K
|
K
A
 
A
D
 
N
A
 
G
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
A
V
 
V
R
 
E
C
 
S
A
 
A
Q
 
K
A
 
A
L
 
A
E
 
K
-
 
K
A
 
G
E
 
G
A
 
A
D
 
T
G
 
G
F
 
F
A
 
C
V
 
V
A
 
A
C
 
L
I
 
L
E
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
I
E
 
E
L
 
L
R
 
R
A
 
E
A
 
A
G
 
G
I
 
V
R
 
Q
A
 
D
P
 
P
V
 
I
L
 
L
L
 
I
L
 
L
E
 
-
G
 
S
F
 
V
F
 
V
E
 
D
A
 
L
D
 
A
E
 
Y
L
 
V
S
 
P
L
 
L
I
 
L
V
 
I
E
 
Q
H
 
Y
D
 
D
F
 
L
W
 
S
C
 
V
V
 
T
V
 
V
H
 
A
S
 
T
L
 
Q
W
 
E
Q
 
W
L
 
L
E
 
E
A
 
A
I
 
A
E
 
L
K
 
Q
A
 
Q
A
 
L
L
 
T
-
 
P
-
 
E
-
 
S
S
 
N
K
 
T
P
 
P
I
 
L
T
 
R
V
 
V
W
 
H
L
 
L
K
 
K
L
 
V
D
 
D
S
 
T
G
 
G
M
 
M
H
 
G
R
|
R
V
 
I
G
 
G
-
 
F
L
 
L
H
 
T
P
 
P
A
 
E
D
 
E
Y
 
T
Q
 
K
A
 
Q
A
 
A
Y
 
V
Q
 
R
R
 
F
L
 
V
L
 
Q
A
 
S
S
 
H
G
 
K
K
 
E
V
 
F
A
 
L
K
 
W
I
 
E
V
 
G
L
 
I
M
 
F
S
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
S
R
 
T
A
 
A
D
 
D
E
 
E
L
 
I
H
 
D
C
 
T
Q
 
S
T
 
Y
S
 
F
A
 
E
E
 
K
Q
 
Q
V
 
A
A
 
G
V
 
R
F
 
F
E
 
K
A
 
A
A
 
V
R
 
L
-
 
A
-
 
V
-
 
L
Q
 
E
G
 
E
L
 
L
S
 
P
A
 
R
E
 
Y
I
 
V
S
 
H
L
 
V
R
 
S
N
 
N
S
|
S
P
 
A
A
 
T
V
 
A
L
 
L
G
 
W
W
 
H
P
 
P
Q
 
D
I
 
V
P
 
P
S
 
G
D
 
N
W
 
M
V
 
I
R
|
R
P
 
Y
G
|
G
I
x
V
M
 
A
L
 
M
Y
 
Y
G
 
G
A
 
L
T
 
N
P
 
P
F
 
S
E
 
G
E
 
N
A
 
K
N
 
L
A
 
A
V
 
P
A
 
S
S
 
Y
R
 
A
L
 
L
Q
 
K
P
 
P
V
 
A
M
 
L
T
 
R
L
 
L
E
 
T
S
 
S
K
 
E
V
 
L
I
 
I
C
 
H
V
 
V
R
 
K
E
 
R
L
 
L
P
 
A
T
 
A
G
 
G
E
 
E
P
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
|
Y
G
 
G
A
 
E
K
 
T
F
 
Y
I
 
V
T
 
T
P
 
E
K
 
A
P
 
E
M
 
E
R
 
W
V
 
I
G
 
G
V
 
T
V
 
V
A
 
P
M
 
I
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
W
P
 
L
R
 
R
Q
 
H
A
 
L
P
 
-
T
 
Q
G
 
G
T
 
F
P
 
T
V
 
V
M
 
L
V
 
V
A
 
N
G
 
G
Q
 
K
R
 
R
S
 
C
Q
 
E
L
 
I
I
 
V
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
x
C
M
 
M
D
|
D
M
 
Q
L
 
C
C
 
M
I
 
I
D
 
R
L
 
L
T
 
A
D
 
E
V
 
-
P
 
-
Q
 
E
A
 
V
G
 
P
L
 
V
G
 
G
S
 
P
P
 
V
V
 
V
E
 
T
L
 
L
W
 
V
G
 
G
K
 
K
N
 
D
I
 
G
L
 
N
A
 
E
S
 
E
D
 
N
-
 
T
-
 
L
-
 
Q
-
 
M
V
 
V
A
 
A
T
 
E
A
 
K
A
 
L
G
 
E
T
 
T
I
 
I
P
 
H
Y
|
Y
Q
 
E
I
 
V
F
 
A
C
 
C
N
 
T
L
 
F
-
 
S
R
 
Q
R
 
R
V
 
I
P
 
P
L
 
R
L
 
E
Y
 
Y
S
 
N

3e6eA Crystal structure of alanine racemase from e.Faecalis complex with cycloserine (see paper)
34% identity, 99% coverage: 2:355/357 of query aligns to 6:370/370 of 3e6eA

query
sites
3e6eA
R
 
R
P
 
P
A
 
T
R
 
R
A
 
L
L
 
H
I
 
I
D
 
D
L
 
T
Q
 
Q
A
 
A
L
 
I
R
 
T
H
 
E
N
 
N
Y
 
V
Q
 
Q
-
 
K
-
 
E
L
 
C
A
 
Q
R
 
R
E
 
L
V
 
P
T
 
E
G
 
G
A
 
T
K
 
A
A
 
L
L
 
F
A
 
A
V
 
V
I
 
V
K
|
K
A
 
A
D
 
N
A
 
G
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
A
V
 
V
R
 
E
C
 
S
A
 
A
Q
 
K
A
 
A
L
 
A
E
 
K
-
 
K
A
 
G
E
 
G
A
 
A
D
 
T
G
 
G
F
 
F
A
 
C
V
 
V
A
 
A
C
 
L
I
 
L
E
 
D
E
 
E
A
 
A
L
 
I
E
 
E
L
 
L
R
 
R
A
 
E
A
 
A
G
 
G
I
 
V
R
 
Q
A
 
D
P
 
P
V
 
I
L
 
L
L
 
I
L
|
L
E
 
-
G
 
S
F
 
V
F
 
V
E
 
D
A
 
L
D
 
A
E
 
Y
L
 
V
S
 
P
L
 
L
I
 
L
V
 
I
E
 
Q
H
 
Y
D
 
D
F
 
L
W
 
S
C
 
V
V
 
T
V
 
V
H
 
A
S
 
T
L
 
Q
W
 
E
Q
 
W
L
 
L
E
 
E
A
 
A
I
 
A
E
 
L
K
 
Q
A
 
Q
A
 
L
L
 
T
-
 
P
-
 
E
-
 
S
S
 
N
K
 
T
P
 
P
I
 
L
T
 
R
V
 
V
W
 
H
L
 
L
K
 
K
L
 
V
D
 
D
S
 
T
G
 
G
M
 
M
H
 
G
R
|
R
V
 
I
G
 
G
-
 
F
L
 
L
H
 
T
P
 
P
A
 
E
D
 
E
Y
 
T
Q
 
K
A
 
Q
A
 
A
Y
 
V
Q
 
R
R
 
F
L
 
V
L
 
Q
A
 
S
S
 
H
G
 
K
K
 
E
V
 
F
A
 
L
K
 
W
I
 
E
V
 
G
L
 
I
M
 
F
S
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
S
R
 
T
A
 
A
D
 
D
E
 
E
L
 
I
H
 
D
C
 
T
Q
 
S
T
 
Y
S
 
F
A
 
E
E
 
K
Q
 
Q
V
 
A
A
 
G
V
 
R
F
 
F
E
 
K
A
 
A
A
 
V
R
 
L
-
 
A
-
 
V
-
 
L
Q
 
E
G
 
E
L
 
L
S
 
P
A
 
R
E
 
Y
I
 
V
S
 
H
L
 
V
R
 
S
N
 
N
S
|
S
P
 
A
A
 
T
V
 
A
L
 
L
G
 
W
W
 
H
P
 
P
Q
 
D
I
 
V
P
 
P
S
 
G
D
 
N
W
 
M
V
 
I
R
|
R
P
 
Y
G
|
G
I
x
V
M
 
A
L
 
M
Y
 
Y
G
 
G
A
 
L
T
 
N
P
 
P
F
 
S
E
 
G
E
 
N
A
 
K
N
 
L
A
 
A
V
 
P
A
 
S
S
 
Y
R
 
A
L
 
L
Q
 
K
P
 
P
V
 
A
M
 
L
T
 
R
L
 
L
E
 
T
S
 
S
K
 
E
V
 
L
I
 
I
C
 
H
V
 
V
R
 
K
E
 
R
L
 
L
P
 
A
T
 
A
G
 
G
E
 
E
P
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
|
Y
G
 
G
A
 
E
K
 
T
F
 
Y
I
 
V
T
 
T
P
 
E
K
 
A
P
 
E
M
 
E
R
 
W
V
 
I
G
 
G
V
 
T
V
 
V
A
 
P
M
 
I
G
 
G
Y
|
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
W
P
 
L
R
 
R
Q
 
H
A
 
L
P
 
-
T
 
Q
G
 
G
T
 
F
P
 
T
V
 
V
M
 
L
V
 
V
A
 
N
G
 
G
Q
 
K
R
 
R
S
 
C
Q
 
E
L
 
I
I
 
V
G
 
G
R
 
R
V
 
V
S
x
C
M
|
M
D
|
D
M
 
Q
L
 
C
C
 
M
I
 
I
D
 
R
L
 
L
T
 
A
D
 
E
V
 
-
P
 
-
Q
 
E
A
 
V
G
 
P
L
 
V
G
 
G
S
 
P
P
 
V
V
 
V
E
 
T
L
 
L
W
 
V
G
 
G
K
 
K
N
 
D
I
 
G
L
 
N
A
 
E
S
 
E
D
 
N
-
 
T
-
 
L
-
 
Q
-
 
M
V
 
V
A
 
A
T
 
E
A
 
K
A
 
L
G
 
E
T
 
T
I
 
I
P
 
H
Y
|
Y
Q
 
E
I
 
V
F
 
A
C
 
C
N
 
T
L
 
F
-
 
S
R
 
Q
R
 
R
V
 
I
P
 
P
L
 
R
L
 
E
Y
 
Y
S
 
N

5fagA Alanine racemase from streptomyces coelicolor a3(2) with bound propionate inhibitor (see paper)
38% identity, 98% coverage: 4:354/357 of query aligns to 15:387/390 of 5fagA

query
sites
5fagA
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
E
I
|
I
D
 
D
L
 
L
Q
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
R
H
 
A
N
 
N
Y
 
V
Q
 
R
L
 
A
A
 
L
R
 
R
E
 
E
-
 
R
V
 
A
T
 
P
G
 
G
A
 
A
K
 
A
A
 
L
L
 
M
A
 
A
V
 
V
I
 
V
K
|
K
A
|
A
D
 
D
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
A
V
 
I
R
 
P
C
 
C
A
 
A
Q
 
R
A
 
A
L
 
A
E
 
V
A
 
A
E
 
A
A
 
G
D
 
A
G
 
T
F
 
W
-
 
L
A
 
G
V
 
T
A
 
A
C
 
T
I
 
P
E
 
Q
E
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
A
L
 
L
R
 
R
A
 
A
A
 
A
-
 
E
-
 
P
G
 
G
I
 
L
R
 
P
A
 
D
P
 
D
V
 
V
L
 
R
L
 
I
L
 
M
E
 
C
G
x
W
F
 
L
F
 
W
E
 
T
-
 
P
A
 
G
D
 
G
E
 
P
L
 
W
S
 
R
L
 
E
I
 
A
V
 
V
E
 
E
H
 
A
D
 
R
F
 
L
W
 
D
C
 
V
V
 
S
V
 
V
H
 
S
S
 
A
L
 
M
W
 
W
Q
 
A
L
 
M
E
 
E
A
 
E
I
 
V
E
 
T
K
 
G
A
 
A
A
 
A
L
 
R
S
 
A
K
 
A
-
 
G
-
 
V
P
 
P
I
 
A
T
 
R
V
 
V
W
 
Q
L
 
L
K
 
K
L
 
A
D
 
D
S
 
T
G
 
G
M
 
L
H
 
G
R
|
R
V
 
G
G
 
G
L
 
C
H
 
Q
P
 
P
-
 
G
A
 
A
D
 
D
Y
 
W
Q
 
E
-
 
R
-
 
L
-
 
V
A
 
G
A
 
A
Y
 
A
Q
 
L
R
 
R
L
 
A
L
 
E
A
 
E
S
 
E
G
 
G
K
 
L
V
 
L
A
 
R
K
 
V
I
 
T
V
 
G
L
 
L
M
x
W
S
 
S
H
|
H
F
 
F
A
 
A
R
 
C
A
 
A
D
 
D
E
 
E
L
 
P
H
 
G
C
 
H
Q
 
P
T
 
S
S
 
I
A
 
A
E
 
A
Q
 
Q
V
 
L
A
 
T
V
 
R
F
 
F
E
 
R
-
 
E
-
 
M
-
 
T
-
 
A
-
 
Y
A
 
A
A
 
E
R
 
Q
Q
 
R
G
 
G
L
 
L
S
 
R
A
 
P
E
 
E
I
 
V
S
 
R
-
 
H
L
 
I
R
 
A
N
|
N
S
|
S
P
 
P
A
 
A
V
 
T
L
 
L
G
 
T
W
 
L
P
 
P
Q
 
D
I
 
A
P
 
H
S
 
F
D
 
D
W
 
L
V
 
V
R
|
R
P
 
P
G
|
G
I
|
I
M
 
A
L
 
M
Y
 
Y
G
 
G
A
 
V
T
 
S
P
 
P
F
 
S
E
 
P
E
 
E
A
 
I
N
 
G
A
 
T
V
 
P
A
 
A
S
 
D
-
 
F
R
 
G
L
 
L
Q
 
R
P
 
P
V
 
V
M
 
M
T
 
T
L
 
L
E
 
A
S
 
A
K
 
S
V
 
L
I
 
A
C
 
L
V
 
V
R
 
K
E
 
Q
L
 
V
P
 
P
T
 
G
G
 
G
E
 
H
P
 
G
I
 
V
G
 
S
Y
|
Y
G
 
G
A
 
H
K
 
H
F
 
Y
I
 
T
T
 
T
P
 
P
K
 
G
P
 
E
M
 
T
R
 
T
V
 
L
G
 
G
V
 
L
V
 
V
A
 
P
M
 
L
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
Y
 
I
P
 
P
R
 
R
Q
 
H
A
 
A
P
 
S
T
 
S
G
 
S
T
 
G
P
 
P
V
 
V
M
 
L
V
 
V
A
 
D
G
 
G
Q
 
K
R
 
W
S
 
R
Q
 
T
L
 
V
I
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
I
S
x
A
M
 
M
D
|
D
M
 
Q
L
 
F
C
 
V
I
 
V
D
 
D
L
 
L
-
 
G
T
 
G
D
 
D
V
 
R
P
 
P
Q
 
E
A
 
P
G
 
-
L
 
-
G
 
G
S
 
A
P
 
E
V
 
A
E
 
V
L
 
L
W
 
F
G
 
G
K
 
P
N
 
G
I
 
D
-
 
R
-
 
G
-
 
E
-
 
P
L
 
T
A
 
A
S
 
E
D
 
D
V
 
W
A
 
A
T
 
Q
A
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
T
I
 
I
P
 
A
Y
|
Y
Q
 
E
I
 
I
F
 
V
C
 
T
N
 
R
L
 
I
-
 
G
R
 
S
R
 
R
V
 
V
P
 
P
L
 
R
L
 
V
Y
 
Y

5fajA Alanine racemase from streptomyces coelicolor a3(2) in complex with d- cycloserine (see paper)
38% identity, 98% coverage: 4:354/357 of query aligns to 10:382/385 of 5fajA

query
sites
5fajA
A
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
E
I
|
I
D
 
D
L
 
L
Q
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
R
H
 
A
N
 
N
Y
 
V
Q
 
R
L
 
A
A
 
L
R
 
R
E
 
E
-
 
R
V
 
A
T
 
P
G
 
G
A
 
A
K
 
A
A
 
L
L
 
M
A
 
A
V
 
V
I
 
V
K
|
K
A
|
A
D
 
D
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
A
V
 
I
R
 
P
C
 
C
A
 
A
Q
 
R
A
 
A
L
 
A
E
 
V
A
 
A
E
 
A
A
 
G
D
 
A
G
 
T
F
 
W
-
 
L
A
 
G
V
 
T
A
 
A
C
 
T
I
 
P
E
 
Q
E
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
A
L
 
L
R
 
R
A
 
A
A
 
A
-
 
E
-
 
P
G
 
G
I
 
L
R
 
P
A
 
D
P
 
D
V
 
V
L
 
R
L
 
I
L
 
M
E
 
C
G
x
W