SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS01370 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS01370 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 15 hits to proteins with known functional sites (download)

P55882 Hydroxymethylpyrimidine/phosphomethylpyrimidine kinase; Hydroxymethylpyrimidine kinase; HMP kinase; Hydroxymethylpyrimidine phosphate kinase; HMP-P kinase; HMP-phosphate kinase; HMPP kinase; EC 2.7.1.49; EC 2.7.4.7 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see paper)
48% identity, 94% coverage: 12:271/276 of query aligns to 7:264/266 of P55882

query
sites
P55882
L
 
L
T
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
G
S
 
T
D
 
D
S
 
P
G
 
S
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
I
 
I
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
L
 
L
K
 
K
T
 
T
F
 
F
A
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
G
C
 
A
F
 
Y
G
 
G
M
 
C
S
 
S
A
 
V
I
 
I
T
 
T
A
 
A
I
 
L
T
 
V
A
 
A
Q
|
Q
N
 
N
T
 
T
L
 
C
G
 
G
V
 
V
T
 
Q
G
 
S
V
 
V
H
 
Y
A
 
R
I
 
I
P
 
E
A
 
P
D
 
D
M
 
F
V
 
V
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
I
 
L
D
 
D
A
 
S
V
 
V
A
 
F
S
 
S
D
 
D
I
 
V
G
 
R
V
 
I
D
 
D
A
 
T
A
 
T
K
 
K
T
 
I
G
 
G
M
 
M
L
 
L
G
 
A
T
 
E
A
 
T
A
 
D
I
 
I
V
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
E
A
 
R
V
 
L
D
 
Q
R
 
R
H
 
H
G
 
H
I
 
V
R
 
R
Q
 
N
L
 
V
V
 
V
V
 
L
D
 
D
P
 
T
V
 
V
M
 
M
I
 
L
S
 
A
T
 
K
S
 
S
G
 
G
A
 
D
T
 
P
L
 
L
A
 
L
D
 
S
D
 
P
A
 
S
T
 
A
T
 
I
Q
 
E
A
 
T
M
 
L
V
 
R
R
 
V
L
 
R
L
 
L
F
 
L
P
 
P
R
 
Q
A
 
V
V
 
S
L
 
L
V
 
I
T
 
T
P
 
P
N
 
N
L
 
L
P
 
P
E
 
E
A
 
A
S
 
A
Y
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
D
R
 
A
E
 
P
I
 
H
T
 
A
R
 
R
R
 
T
E
 
E
-
 
Q
E
 
E
M
 
M
E
 
L
Q
 
A
A
 
Q
A
 
G
R
 
R
D
 
A
L
 
L
A
 
L
A
 
A
L
 
M
G
 
G
C
 
C
P
 
E
A
 
A
V
 
V
L
 
L
L
 
M
K
 
K
G
 
G
G
 
G
H
 
H
L
 
L
D
 
E
P
 
-
A
 
-
D
 
D
A
 
A
G
 
Q
L
 
S
D
 
P
D
 
D
L
 
W
L
 
L
L
 
F
S
 
T
A
 
R
D
 
E
G
 
G
T
 
E
V
 
Q
R
 
R
V
 
-
F
 
F
R
 
S
H
 
A
Q
 
P
R
 
R
V
 
V
D
 
N
T
 
T
R
 
K
N
 
N
L
 
T
H
 
H
G
 
G
T
 
T
G
 
G
C
 
C
T
 
T
L
 
L
A
 
S
A
 
A
A
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
L
L
 
R
A
 
P
R
 
R
G
 
H
D
 
R
K
 
S
V
 
W
E
 
G
D
 
E
A
 
T
V
 
V
E
 
N
V
 
E
A
 
A
L
 
K
D
 
A
F
 
W
V
 
L
A
 
S
D
 
A
A
 
A
I
 
L
V
 
A
A
 
Q
G
 
A
A
 
D
D
 
T
F
 
L
A
 
E
L
 
V
G
 
G
T
 
K
G
 
G
N
 
I
G
 
G
P
 
P
L
 
V
N
 
H
H
 
H
G
 
F
F
 
H
A
 
A

7r8yA Ancestral protein ancthen of phosphomethylpyrimidine kinases family
58% identity, 90% coverage: 6:253/276 of query aligns to 1:228/228 of 7r8yA

query
sites
7r8yA
H
 
H
R
 
M
P
 
M
P
 
P
R
 
V
T
 
A
L
 
L
T
 
T
I
 
I
A
 
A
G
|
G
S
 
S
D
 
D
S
 
S
G
 
G
G
 
G
G
 
G
A
|
A
G
|
G
I
 
I
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
L
 
L
K
 
K
T
 
T
F
 
F
A
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
G
C
 
V
F
 
Y
G
 
G
M
 
M
S
 
S
A
 
V
I
 
I
T
 
T
A
 
A
I
 
V
T
 
T
A
 
A
Q
|
Q
N
 
N
T
 
T
L
 
L
G
 
G
V
 
V
T
 
Q
G
 
G
V
 
V
H
 
H
A
 
D
I
 
I
P
 
P
A
 
P
D
 
E
M
 
L
V
 
V
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
D
 
D
A
 
A
V
 
V
A
 
F
S
 
E
D
 
D
I
 
L
G
 
R
V
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
V
K
 
K
T
 
T
G
 
G
M
 
M
L
 
L
G
 
S
T
 
N
A
 
A
A
 
E
I
 
I
V
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
E
A
 
A
V
 
L
D
 
R
R
 
R
H
 
Y
G
 
G
I
 
V
R
 
R
Q
 
P
L
 
L
V
 
V
V
 
V
D
 
D
P
 
P
V
 
V
M
 
M
I
 
V
S
 
A
T
 
K
S
 
S
G
 
G
A
 
D
T
 
P
L
|
L
A
 
L
D
 
A
D
 
P
A
 
D
T
 
A
T
 
V
Q
 
E
A
 
A
M
 
L
V
 
K
R
 
E
L
 
R
L
 
L
F
 
F
P
 
P
R
 
L
A
 
A
V
 
T
L
 
I
V
 
I
T
 
T
P
 
P
N
 
N
L
 
L
P
 
P
E
 
E
A
 
A
S
 
E
Y
 
V
L
 
L
L
 
L
G
 
G
R
 
R
E
 
P
I
 
I
T
 
R
R
 
T
R
 
E
E
 
E
E
 
E
M
 
M
E
 
E
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
R
D
 
R
L
 
L
A
 
L
A
 
A
L
 
L
G
 
G
C
 
P
P
 
K
A
 
A
V
 
V
L
 
L
L
 
L
K
 
K
G
 
G
G
 
G
H
 
A
L
 
V
D
 
-
P
 
-
A
 
-
D
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
-
D
 
-
D
 
D
L
 
L
L
 
L
L
 
A
S
 
D
A
 
G
D
 
E
G
 
G
T
 
I
V
 
H
R
 
R
V
 
-
F
 
-
R
 
-
H
 
-
Q
 
-
R
 
-
V
 
-
D
 
-
T
 
-
R
 
-
N
 
-
L
 
-
H
 
F
G
 
S
T
 
T
G
 
G
C
 
C
T
 
T
L
 
L
A
 
S
A
 
A
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
A
Q
 
H
L
 
L
A
 
A
R
 
R
G
 
G
D
 
H
K
 
D
V
 
L
E
 
P
D
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
R
V
 
E
A
 
A
L
 
K
D
 
A
F
 
Y
V
 
L
A
 
T
D
 
G
A
 
A
I
 
I
V
 
K
A
 
A

Q5M731 Thiamine biosynthetic bifunctional enzyme TH1, chloroplastic; EC 2.5.1.3; EC 2.7.1.49 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see paper)
46% identity, 97% coverage: 2:270/276 of query aligns to 24:292/522 of Q5M731

query
sites
Q5M731
T
 
T
L
 
E
T
 
S
T
 
V
H
 
R
R
 
K
P
 
V
P
 
P
R
 
Q
T
 
V
L
 
L
T
 
T
I
 
V
A
 
A
G
 
G
S
 
S
D
 
D
S
 
S
G
 
G
G
 
A
G
 
G
A
 
A
G
 
G
I
 
I
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
L
 
L
K
 
K
T
 
V
F
 
C
A
 
A
A
 
A
L
 
R
G
 
G
C
 
V
F
 
Y
G
 
C
M
 
A
S
|
S
A
 
V
I
 
I
T
 
T
A
 
A
I
 
V
T
 
T
A
 
A
Q
 
Q
N
 
N
T
 
T
L
 
R
G
 
G
V
 
V
T
 
Q
G
 
S
V
 
V
H
 
H
A
 
L
I
 
L
P
 
P
A
 
P
D
 
E
M
 
F
V
 
I
A
 
S
A
 
E
Q
 
Q
I
 
L
D
 
K
A
 
S
V
 
V
A
 
L
S
 
S
D
 
D
I
 
F
G
 
E
V
 
F
D
 
D
A
 
V
A
 
V
K
 
K
T
 
T
G
 
G
M
 
M
L
 
L
G
 
P
T
 
S
A
 
T
A
 
E
I
 
I
V
 
V
E
 
E
A
 
V
V
 
L
A
 
L
A
 
Q
A
 
N
V
 
L
D
 
S
R
 
D
H
 
F
G
 
P
I
 
V
R
 
R
Q
 
A
L
 
L
V
 
V
V
 
V
D
 
D
P
 
P
V
 
V
M
 
M
I
 
V
S
 
S
T
 
T
S
 
S
G
 
G
A
 
H
T
 
V
L
 
L
A
 
A
D
 
G
D
 
S
A
 
S
T
 
I
T
 
L
Q
 
S
A
 
I
M
 
F
V
 
R
R
 
E
L
 
R
L
 
L
F
 
L
P
 
P
R
 
I
A
 
A
V
 
D
L
 
I
V
 
I
T
 
T
P
 
P
N
 
N
L
 
V
P
 
K
E
 
E
A
 
A
S
 
S
Y
 
A
L
 
L
L
 
L
-
 
D
G
 
G
R
 
F
E
 
R
I
 
I
T
 
E
R
 
T
R
 
V
E
 
A
E
 
E
M
 
M
E
 
R
Q
 
S
A
 
A
A
 
A
R
 
K
D
 
S
L
 
L
A
 
H
A
 
E
L
 
M
G
 
G
C
 
P
P
 
R
A
 
F
V
 
V
L
 
L
L
 
V
K
 
K
G
 
G
G
 
G
H
 
D
L
 
L
D
 
P
P
 
D
A
 
S
D
 
S
A
 
D
G
 
S
L
 
V
D
 
D
D
 
-
L
 
-
L
 
-
L
 
V
S
 
Y
A
 
F
D
 
D
G
 
G
T
 
K
-
 
E
V
 
F
R
 
H
V
 
E
F
 
L
R
 
R
H
 
S
Q
 
P
R
 
R
V
 
I
D
 
A
T
 
T
R
 
R
N
 
N
L
 
T
H
 
H
G
 
G
T
 
T
G
 
G
C
 
C
T
 
T
L
 
L
A
 
A
A
 
S
A
 
C
I
 
I
A
 
A
A
 
A
Q
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
K
G
 
G
D
 
S
K
 
S
V
 
M
E
 
L
D
 
S
A
 
A
V
 
V
E
 
K
V
 
V
A
 
A
L
 
K
D
 
R
F
 
F
V
 
V
A
 
D
D
 
N
A
 
A
I
 
L
V
 
D
A
 
Y
G
 
S
A
 
K
D
 
D
F
 
I
A
 
V
L
 
I
G
 
G
T
 
S
G
 
G
-
 
M
N
 
Q
G
 
G
P
 
P
L
 
F
N
 
D
H
 
H
G
 
F
F
 
F

1jxiA 4-amino-5-hydroxymethyl-2-methylpyrimidine phosphate kinase from salmonella typhimurium complexed with 4-amino-5- hydroxymethyl-2-methylpyrimidine (see paper)
45% identity, 94% coverage: 12:271/276 of query aligns to 7:252/254 of 1jxiA

query
sites
1jxiA
L
 
L
T
 
T
I
 
I
A
 
A
G
|
G
S
x
T
D
 
D
S
 
P
G
 
S
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
I
 
I
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
L
 
L
K
 
K
T
 
T
F
 
F
A
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
G
C
 
A
F
 
Y
G
 
G
M
 
C
S
 
S
A
 
V
I
 
I
T
 
T
A
 
A
I
 
L
T
 
V
A
 
A
Q
x
E
N
 
N
T
 
T
L
 
C
G
 
G
V
 
V
T
 
Q
G
 
S
V
 
V
H
 
Y
A
 
R
I
 
I
P
 
E
A
 
P
D
 
D
M
 
F
V
 
V
A
 
A
A
 
A
Q
 
Q
I
 
L
D
 
D
A
 
S
V
 
V
A
 
F
S
 
S
D
 
D
I
 
V
G
 
R
V
 
I
D
 
D
A
 
T
A
 
T
K
 
K
T
 
I
G
 
G
M
 
M
L
 
L
G
 
A
T
 
E
A
 
T
A
 
D
I
 
I
V
 
V
E
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
E
A
 
R
V
 
L
D
 
Q
R
 
R
H
 
H
G
 
H
I
 
V
R
 
R
Q
 
N
L
 
V
V
 
V
V
 
L
D
 
D
P
 
T
V
 
V
M
 
M
I
 
L
S
 
A
T
 
K
S
 
S
G
 
G
A
 
D
T
 
P
L
 
L
A
 
L
D
 
S
D
 
P
A
 
S
T
 
A
T
 
I
Q
 
E
A
 
T
M
 
L
V
 
R
R
 
V
L
 
R
L
 
L
F
 
L
P
 
P
R
 
Q
A
 
V
V
 
S
L
 
L
V
 
I
T
 
T
P
 
P
N
 
N
L
 
L
P
 
P
E
 
E
A
 
A
S
 
A
Y
 
A
L
 
L
L
 
L
G
 
D
R
 
A
E
 
P
I
 
H
T
 
A
R
 
R
R
 
T
E
 
E
-
 
Q
E
 
E
M
 
M
E
 
L
Q
 
A
A
 
Q
A
 
G
R
 
R
D
 
A
L
 
L
A
 
L
A
 
A
L
 
M
G
 
G
C
 
C
P
 
E
A
 
A
V
 
V
L
 
L
L
 
M
K
|
K
G
 
G
G
 
-
H
 
-
L
 
-
D
 
-
P
 
-
A
 
-
D
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
-
D
 
-
D
 
D
L
 
W
L
 
L
L
 
F
S
 
T
A
 
R
D
 
E
G
 
G
T
 
E
V
 
Q
R
 
R
V
 
F
F
 
-
R
 
-
H
 
-
Q
 
-
R
 
R
V
 
V
D
 
N
T
 
T
R
 
K
N
 
N
L
x
T
H
 
H
G
|
G
T
|
T
G
|
G
C
|
C
T
 
T
L
 
L
A
 
S
A
 
A
A
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
A
Q
 
L
L
 
R
A
 
P
R
 
R
G
 
H
D
 
R
K
 
S
V
 
W
E
 
G
D
 
E
A
 
T
V
 
V
E
 
N
V
 
E
A
 
A
L
 
K
D
 
A
F
 
W
V
 
L
A
 
S
D
 
A
A
 
A
I
 
L
V
 
A
A
 
Q
G
 
A
A
 
D
D
 
T
F
 
L
A
 
E
L
 
V
G
 
G
T
 
K
G
 
G
N
 
I
G
 
G
P
 
P
L
 
V
N
 
H
H
 
H
G
 
F
F
 
H
A
 
A

7l07A Last common ancestor of hmppk and plk/hmppk vitamin kinases (see paper)
44% identity, 89% coverage: 3:249/276 of query aligns to 1:214/214 of 7l07A

query
sites
7l07A
L
 
M
T
 
T
T
 
M
H
 
H
R
 
K
P
 
-
P
 
-
R
 
-
T
 
A
L
 
L
T
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
G
S
 
S
D
 
D
S
 
S
G
 
S
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
I
 
I
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
L
 
L
K
 
K
T
 
T
F
 
F
A
 
Q
A
 
E
L
 
L
G
 
G
C
 
V
F
 
Y
G
 
G
M
 
M
S
 
S
A
 
A
I
 
I
T
 
T
A
 
A
I
 
I
T
 
V
A
 
A
Q
 
Q
N
 
N
T
 
T
L
 
L
G
 
G
V
 
H
T
 
K
G
 
G
V
 
V
H
 
Y
A
 
P
I
 
L
P
 
P
A
 
L
D
 
E
M
 
A
V
 
I
A
 
E
A
 
A
Q
 
Q
I
 
L
D
 
D
A
 
T
V
 
V
A
 
L
S
 
E
D
 
D
I
 
I
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
L
K
 
K
T
 
T
G
 
G
M
 
M
L
 
L
G
 
A
T
 
T
A
 
A
A
 
E
I
 
I
V
 
I
E
 
E
A
 
L
V
 
V
A
 
A
A
 
E
A
 
K
V
 
I
D
x
K
R
 
E
H
 
Y
G
 
N
I
 
V
R
 
K
Q
 
N
L
 
V
V
 
V
V
 
V
D
 
D
P
 
P
V
 
V
M
 
M
I
 
-
S
 
-
T
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
-
T
 
S
L
 
L
A
 
L
D
 
H
D
 
E
A
 
E
T
 
A
T
 
A
Q
 
E
A
 
A
M
 
L
V
 
R
R
 
E
L
x
E
L
 
L
F
 
I
P
 
P
R
 
L
A
 
A
V
 
T
L
 
V
V
 
V
T
 
T
P
 
P
N
 
N
L
 
L
P
 
P
E
 
E
A
 
A
S
 
E
Y
 
V
L
 
L
L
 
S
G
 
G
R
 
M
E
 
R
I
 
I
T
 
I
R
 
K
R
 
T
-
 
V
E
 
E
E
 
D
M
 
M
E
 
K
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
K
D
 
K
L
 
I
A
 
H
A
 
E
L
 
M
G
 
G
C
 
A
P
 
K
A
 
Y
V
 
V
L
 
L
L
 
V
K
 
K
G
 
G
G
 
V
H
 
-
L
 
-
D
 
-
P
 
-
A
 
-
D
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
-
D
 
-
D
 
D
L
 
V
L
 
L
L
 
F
S
 
D
A
 
G
D
 
E
G
 
-
T
 
E
V
 
F
R
 
E
V
 
I
F
 
F
R
 
E
H
 
-
Q
 
-
R
 
-
V
 
-
D
 
-
T
 
-
R
 
-
N
 
-
L
 
-
H
 
-
G
 
-
T
 
-
G
 
-
C
 
-
T
 
T
L
 
F
A
 
S
A
 
A
A
 
A
I
 
I
A
 
T
A
 
A
Q
x
E
L
 
L
A
 
A
R
x
K
G
 
G
D
x
Y
K
 
S
V
 
L
E
 
K
D
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
K
V
 
T
A
 
A
L
 
K
D
 
E
F
 
F
V
 
I
A
 
T
D
 
E

2i5bA The crystal structure of an adp complex of bacillus subtilis pyridoxal kinase provides evidence for the parralel emergence of enzyme activity during evolution (see paper)
40% identity, 94% coverage: 10:269/276 of query aligns to 3:261/269 of 2i5bA

query
sites
2i5bA
R
 
K
T
 
A
L
 
L
T
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
G
S
 
S
D
 
D
S
 
S
G
 
S
G
 
G
G
 
G
A
 
A
G
 
G
I
 
I
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
L
 
L
K
 
K
T
 
T
F
 
F
A
 
Q
A
 
E
L
 
K
G
 
N
C
 
V
F
 
Y
G
 
G
M
 
M
S
 
T
A
 
A
I
 
L
T
 
T
A
 
V
I
 
I
T
 
V
A
 
A
Q
 
M
-
 
D
-
 
P
N
 
N
T
 
N
L
 
S
G
 
W
V
 
N
T
 
H
G
 
Q
V
 
V
H
 
F
A
 
P
I
 
I
P
 
D
A
 
T
D
 
D
M
 
T
V
 
I
A
 
R
A
 
A
Q
 
Q
I
 
L
D
 
A
A
 
T
V
 
I
A
 
T
S
 
D
D
 
G
I
 
I
G
 
G
V
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
M
K
 
K
T
 
T
G
 
G
M
 
M
L
 
L
G
 
P
T
 
T
A
 
V
A
 
D
I
 
I
V
 
I
E
 
E
A
 
L
V
 
A
A
 
A
A
 
K
A
 
T
V
 
I
D
 
K
R
 
E
H
 
K
G
 
Q
I
 
L
R
 
K
Q
 
N
L
 
V
V
 
V
V
 
I
D
 
D
P
 
P
V
 
V
M
 
M
I
 
V
S
 
C
T
 
K
S
 
G
G
 
A
A
 
N
T
 
E
L
 
V
A
 
L
D
 
Y
D
 
P
A
 
E
T
 
H
T
 
A
Q
 
Q
A
 
A
M
 
L
V
 
R
R
 
E
L
 
Q
L
 
L
F
 
A
P
 
P
R
 
L
A
 
A
V
 
T
L
 
V
V
 
I
T
 
T
P
 
P
N
|
N
L
 
L
P
 
F
E
 
E
A
 
A
S
 
S
Y
 
Q
L
 
L
L
 
S
G
 
G
R
 
M
-
 
D
E
 
E
I
 
L
T
 
K
R
 
T
R
 
V
E
 
D
E
 
D
M
 
M
E
 
I
Q
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
K
D
 
K
L
 
I
A
 
H
A
 
A
L
 
L
G
 
G
C
 
A
P
 
Q
A
 
Y
V
 
V
L
 
V
L
 
I
K
x
T
G
 
G
G
|
G
H
x
G
L
x
K
D
 
L
P
 
K
A
 
H
D
 
E
A
 
K
G
x
A
L
 
V
D
|
D
D
 
V
L
 
L
L
 
Y
L
 
-
S
 
-
A
 
-
D
 
D
G
 
G
-
 
E
T
 
T
V
 
A
R
 
E
V
 
V
F
 
L
R
 
E
H
 
S
Q
 
E
R
 
M
V
x
I
D
 
D
T
 
T
R
 
P
N
 
Y
L
x
T
H
 
H
G
|
G
T
x
A
G
|
G
C
|
C
T
 
T
L
 
F
A
 
S
A
 
A
A
 
A
I
 
V
A
 
T
A
 
A
Q
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
K
G
 
G
D
 
A
K
 
E
V
 
V
E
 
K
D
 
E
A
 
A
V
 
I
E
 
Y
V
 
A
A
 
A
L
 
K
D
 
E
F
 
F
V
 
I
A
 
T
D
 
A
A
 
A
I
|
I
V
 
-
A
 
-
G
 
K
A
 
E
D
 
S
F
 
F
A
 
P
L
 
L
G
 
N
T
 
Q
G
 
Y
N
 
V
G
 
G
P
 
P
L
 
T
N
 
K
H
 
H
G
 
S

4c5kD Structure of the pyridoxal kinase from staphylococcus aureus in complex with adp (see paper)
39% identity, 96% coverage: 10:274/276 of query aligns to 5:266/276 of 4c5kD

query
sites
4c5kD
R
 
K
T
 
V
L
 
L
T
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
G
S
 
S
D
 
D
S
 
T
G
 
S
G
 
A
G
 
G
A
 
A
G
 
G
I
 
M
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
L
 
L
K
 
K
T
 
T
F
 
F
A
 
Q
A
 
E
L
 
L
G
 
D
C
 
T
F
 
Y
G
 
G
M
 
M
S
 
V
A
 
A
I
 
L
T
 
T
A
 
A
I
 
I
-
 
V
T
 
T
A
 
M
Q
 
D
N
 
K
T
 
D
L
 
T
G
 
W
V
 
S
T
 
H
G
 
D
V
 
V
H
 
T
A
 
P
I
 
L
P
 
P
A
 
M
D
 
D
M
 
V
V
 
F
A
 
E
A
 
K
Q
 
Q
I
 
L
D
 
E
A
 
T
V
 
A
A
 
L
S
 
S
D
 
-
I
 
I
G
 
G
V
 
P
D
 
D
A
 
A
A
 
I
K
 
K
T
 
T
G
 
G
M
 
M
L
 
L
G
 
G
T
 
T
A
 
E
A
 
E
I
 
I
V
 
I
E
 
K
A
 
R
V
 
A
A
 
G
A
 
E
A
 
V
V
 
Y
D
 
E
R
 
A
H
 
S
G
 
N
I
 
A
R
 
Q
Q
 
Y
L
 
F
V
 
V
V
 
V
D
 
D
P
 
P
V
 
V
M
 
M
I
 
V
S
 
C
T
 
K
S
 
G
G
 
E
A
 
D
T
 
E
L
 
V
A
 
L
D
 
N
D
 
P
A
 
G
T
 
N
T
 
T
Q
 
E
A
 
A
M
 
M
V
 
I
R
 
K
L
 
Y
L
 
L
F
 
L
P
 
P
R
 
K
A
 
A
V
 
T
L
 
V
V
 
V
T
 
T
P
 
P
N
 
N
L
 
L
P
 
F
E
 
E
A
 
A
S
 
G
Y
 
Q
L
 
L
L
 
S
G
 
G
R
 
L
-
 
G
E
 
K
I
 
L
T
 
N
R
 
S
R
 
I
E
 
E
E
 
D
M
 
M
E
 
K
Q
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
T
D
 
I
L
 
I
A
 
F
A
 
D
L
 
K
G
 
G
C
 
A
P
 
Q
A
 
H
V
 
V
L
 
I
L
 
I
K
|
K
G
 
G
G
|
G
H
x
K
L
 
A
D
 
L
P
 
D
A
 
Q
D
 
D
A
 
K
G
x
S
L
 
Y
D
|
D
D
 
-
L
 
-
L
 
-
L
 
L
S
 
Y
A
 
Y
D
 
D
G
 
G
T
 
-
V
 
-
R
 
Q
V
 
T
F
 
F
R
 
Y
H
 
Q
Q
 
L
R
 
T
V
 
T
D
 
D
T
x
M
R
x
F
N
 
Q
L
 
Q
-
 
S
-
 
Y
-
x
N
H
 
H
G
|
G
T
x
A
G
|
G
C
|
C
T
 
T
L
 
F
A
 
A
A
 
A
A
 
A
I
 
T
A
 
T
A
 
A
Q
 
Y
L
 
L
A
 
A
R
 
N
G
 
G
D
 
K
K
 
S
V
 
P
E
 
K
D
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
I
V
 
S
A
 
A
L
 
K
D
 
A
F
 
F
V
 
V
A
 
A
D
 
S
A
 
A
I
|
I
V
 
K
A
 
N
G
 
G
A
 
-
D
 
-
F
 
W
A
 
K
L
 
M
G
 
N
T
 
D
G
 
F
N
 
V
G
 
G
P
 
P
L
 
V
N
 
D
H
 
H
G
 
G
F
 
A
A
 
Y
P
 
N
R
 
R
V
 
I

4c5mA Structure of the pyridoxal kinase from staphylococcus aureus in complex with amp-pcp (see paper)
39% identity, 96% coverage: 10:274/276 of query aligns to 5:263/273 of 4c5mA

query
sites
4c5mA
R
 
K
T
 
V
L
 
L
T
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
G
S
 
S
D
 
D
S
 
T
G
 
S
G
 
A
G
 
G
A
 
A
G
 
G
I
 
M
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
L
 
L
K
 
K
T
 
T
F
 
F
A
 
Q
A
 
E
L
 
L
G
 
D
C
 
T
F
 
Y
G
 
G
M
 
M
S
 
V
A
 
A
I
 
L
T
 
T
A
 
A
I
 
I
-
 
V
T
 
T
A
 
M
Q
 
D
N
 
K
T
 
D
L
 
T
G
 
W
V
 
S
T
 
H
G
 
D
V
 
V
H
 
T
A
 
P
I
 
L
P
 
P
A
 
M
D
 
D
M
 
V
V
 
F
A
 
E
A
 
K
Q
 
Q
I
 
L
D
 
E
A
 
T
V
 
A
A
 
L
S
 
S
D
 
-
I
 
I
G
 
G
V
 
P
D
 
D
A
 
A
A
 
I
K
 
K
T
 
T
G
 
G
M
 
M
L
 
L
G
 
G
T
 
T
A
 
E
A
 
E
I
 
I
V
 
I
E
 
K
A
 
R
V
 
A
A
 
G
A
 
E
A
 
V
V
 
Y
D
 
E
R
 
A
H
 
S
G
 
N
I
 
A
R
 
Q
Q
 
Y
L
 
F
V
 
V
V
 
V
D
 
D
P
 
P
V
 
V
M
 
M
I
 
V
S
 
C
T
 
K
S
 
E
G
 
-
A
 
-
T
 
-
L
 
V
A
 
L
D
 
N
D
 
P
A
 
G
T
 
N
T
 
T
Q
 
E
A
 
A
M
 
M
V
 
I
R
 
K
L
 
Y
L
 
L
F
 
L
P
 
P
R
 
K
A
 
A
V
 
T
L
 
V
V
 
V
T
 
T
P
 
P
N
 
N
L
 
L
P
 
F
E
 
E
A
 
A
S
 
G
Y
 
Q
L
 
L
L
 
S
G
 
G
R
 
L
-
 
G
E
 
K
I
 
L
T
 
N
R
 
S
R
 
I
E
 
E
E
 
D
M
 
M
E
 
K
Q
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
T
D
 
I
L
 
I
A
 
F
A
 
D
L
 
K
G
 
G
C
 
A
P
 
Q
A
 
H
V
 
V
L
 
I
L
 
I
K
|
K
G
 
G
G
|
G
H
x
K
L
 
A
D
 
L
P
 
D
A
 
Q
D
 
D
A
 
K
G
x
S
L
 
Y
D
|
D
D
 
-
L
 
-
L
 
-
L
 
L
S
 
Y
A
 
Y
D
 
D
G
 
G
T
 
-
V
 
-
R
 
Q
V
 
T
F
 
F
R
 
Y
H
 
Q
Q
 
L
R
 
T
V
 
T
D
 
D
T
x
M
R
x
F
N
 
Q
L
 
Q
-
 
S
-
 
Y
-
x
N
H
 
H
G
|
G
T
x
A
G
|
G
C
|
C
T
 
T
L
 
F
A
 
A
A
 
A
A
 
A
I
 
T
A
 
T
A
 
A
Q
 
Y
L
 
L
A
 
A
R
 
N
G
 
G
D
 
K
K
 
S
V
 
P
E
 
K
D
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
I
V
 
S
A
 
A
L
 
K
D
 
A
F
 
F
V
 
V
A
 
A
D
 
S
A
 
A
I
|
I
V
 
K
A
 
N
G
 
G
A
 
-
D
 
-
F
 
W
A
 
K
L
 
M
G
 
N
T
 
D
G
 
F
N
 
V
G
 
G
P
 
P
L
 
V
N
 
D
H
 
H
G
 
G
F
 
A
A
 
Y
P
 
N
R
 
R
V
 
I

4c5lB Structure of the pyridoxal kinase from staphylococcus aureus in complex with pyridoxal (see paper)
39% identity, 96% coverage: 10:274/276 of query aligns to 5:261/271 of 4c5lB

query
sites
4c5lB
R
 
K
T
 
V
L
 
L
T
 
T
I
 
I
A
 
A
G
|
G
S
|
S
D
|
D
S
 
T
G
 
S
G
 
A
G
 
G
A
 
A
G
|
G
I
 
M
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
L
 
L
K
 
K
T
 
T
F
 
F
A
 
Q
A
 
E
L
 
L
G
 
D
C
 
T
F
 
Y
G
 
G
M
 
M
S
 
V
A
 
A
I
 
L
T
 
T
A
 
A
I
 
I
-
 
V
T
 
T
A
 
M
Q
 
D
N
 
K
T
 
D
L
 
T
G
 
W
V
 
S
T
 
H
G
 
D
V
 
V
H
 
T
A
 
P
I
 
L
P
 
P
A
 
M
D
 
D
M
 
V
V
 
F
A
 
E
A
 
K
Q
 
Q
I
 
L
D
 
E
A
 
T
V
 
A
A
 
L
S
 
S
D
 
-
I
 
I
G
 
G
V
 
P
D
 
D
A
 
A
A
 
I
K
 
K
T
 
T
G
 
G
M
 
M
L
 
L
G
 
G
T
 
T
A
 
E
A
 
E
I
 
I
V
 
I
E
 
K
A
 
R
V
 
A
A
 
G
A
 
E
A
 
V
V
 
Y
D
 
E
R
 
A
H
 
S
G
 
N
I
 
A
R
 
Q
Q
 
Y
L
 
F
V
 
V
V
 
V
D
 
D
P
 
P
V
 
V
M
 
M
I
 
V
S
 
D
T
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
-
T
 
E
L
 
V
A
 
L
D
 
N
D
 
P
A
 
G
T
 
N
T
 
T
Q
 
E
A
 
A
M
 
M
V
 
I
R
 
K
L
 
Y
L
 
L
F
 
L
P
 
P
R
 
K
A
 
A
V
 
T
L
 
V
V
 
V
T
 
T
P
 
P
N
 
N
L
 
L
P
 
F
E
 
E
A
 
A
S
 
G
Y
 
Q
L
 
L
L
 
S
G
 
G
R
 
L
-
 
G
E
 
K
I
 
L
T
 
N
R
 
S
R
 
I
E
 
E
E
 
D
M
 
M
E
 
K
Q
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
T
D
 
I
L
 
I
A
 
F
A
 
D
L
 
K
G
 
G
C
 
A
P
 
Q
A
 
H
V
 
V
L
 
I
L
 
I
K
|
K
G
 
G
G
 
G
H
 
K
L
 
A
D
 
L
P
 
D
A
 
Q
D
 
D
A
 
K
G
 
S
L
 
Y
D
 
D
D
 
-
L
 
-
L
 
-
L
 
L
S
 
Y
A
 
Y
D
 
D
G
 
G
-
 
Q
T
 
T
V
 
F
R
 
Y
V
 
Q
F
 
L
R
 
T
H
 
T
Q
 
D
R
 
M
V
 
F
D
 
Q
T
 
S
R
 
Y
N
|
N
L
 
-
H
 
H
G
|
G
T
x
A
G
|
G
C
|
C
T
 
T
L
 
F
A
 
A
A
 
A
A
 
A
I
 
T
A
 
T
A
 
A
Q
 
Y
L
 
L
A
 
A
R
 
N
G
 
G
D
 
K
K
 
S
V
 
P
E
 
K
D
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
I
V
 
S
A
 
A
L
 
K
D
 
A
F
 
F
V
 
V
A
 
A
D
 
S
A
 
A
I
 
I
V
 
K
A
 
N
G
 
G
A
 
-
D
 
-
F
 
W
A
 
K
L
 
M
G
 
N
T
 
D
G
 
F
N
 
V
G
 
G
P
 
P
L
 
V
N
 
D
H
 
H
G
 
G
F
 
A
A
 
Y
P
 
N
R
 
R
V
 
I

4c5lA Structure of the pyridoxal kinase from staphylococcus aureus in complex with pyridoxal (see paper)
38% identity, 96% coverage: 10:274/276 of query aligns to 5:254/264 of 4c5lA

query
sites
4c5lA
R
 
K
T
 
V
L
 
L
T
 
T
I
 
I
A
 
A
G
|
G
S
 
S
D
|
D
S
 
T
G
 
S
G
 
A
G
 
G
A
 
A
G
|
G
I
 
M
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
L
 
L
K
 
K
T
 
T
F
 
F
A
 
Q
A
 
E
L
 
L
G
 
D
C
 
T
F
 
Y
G
 
G
M
 
M
S
 
V
A
 
A
I
 
L
T
 
T
A
 
A
I
 
I
-
x
V
T
 
T
A
 
M
Q
 
D
N
 
K
T
 
D
L
 
T
G
 
W
V
 
S
T
 
H
G
 
D
V
 
V
H
 
T
A
 
P
I
 
L
P
 
P
A
 
M
D
 
D
M
 
V
V
 
F
A
 
E
A
 
K
Q
 
Q
I
 
L
D
 
E
A
 
T
V
 
A
A
 
L
S
 
S
D
 
-
I
 
I
G
 
G
V
 
P
D
 
D
A
 
A
A
 
I
K
 
K
T
 
T
G
 
G
M
 
M
L
 
L
G
 
G
T
 
T
A
 
E
A
 
E
I
 
I
V
 
I
E
 
K
A
 
R
V
 
A
A
 
G
A
 
E
A
 
V
V
 
Y
D
 
E
R
 
A
H
 
S
G
 
N
I
 
A
R
 
Q
Q
 
Y
L
 
F
V
 
V
V
 
V
D
 
D
P
 
P
V
 
V
M
 
M
I
 
V
S
x
C
T
x
K
S
 
G
G
 
-
A
 
-
T
 
-
L
 
-
A
 
E
D
 
N
D
 
P
A
 
G
T
 
N
T
 
T
Q
 
E
A
 
A
M
 
M
V
 
I
R
 
K
L
 
Y
L
 
L
F
 
L
P
 
P
R
 
K
A
 
A
V
 
T
L
 
V
V
 
V
T
 
T
P
 
P
N
 
N
L
 
L
P
 
F
E
 
E
A
 
A
S
 
G
Y
 
Q
L
 
L
L
 
S
G
 
G
R
 
L
-
 
G
E
 
K
I
 
L
T
 
N
R
 
S
R
 
I
E
 
E
E
 
D
M
 
M
E
 
K
Q
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
T
D
 
I
L
 
I
A
 
F
A
 
D
L
 
K
G
 
G
C
 
A
P
 
Q
A
 
H
V
 
V
L
 
I
L
 
I
K
|
K
G
 
G
G
 
G
H
 
K
L
 
-
D
 
-
P
 
-
A
 
-
D
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
-
D
 
-
D
 
S
L
 
Y
L
 
D
L
 
L
S
 
Y
A
 
Y
D
 
D
G
 
G
T
 
-
V
 
-
R
 
Q
V
 
T
F
 
F
R
 
Y
H
 
Q
Q
 
L
R
 
T
V
 
T
D
 
D
T
 
M
R
 
F
N
 
S
L
 
Y
-
x
N
H
 
H
G
|
G
T
x
A
G
|
G
C
|
C
T
 
T
L
 
F
A
 
A
A
 
A
A
 
A
I
 
T
A
 
T
A
 
A
Q
 
Y
L
 
L
A
 
A
R
 
N
G
 
G
D
 
K
K
 
S
V
 
P
E
 
K
D
 
E
A
 
A
V
 
V
E
 
I
V
 
S
A
 
A
L
 
K
D
 
A
F
 
F
V
 
V
A
 
A
D
 
S
A
 
A
I
 
I
V
 
K
A
 
N
G
 
G
A
 
-
D
 
-
F
 
W
A
 
K
L
 
M
G
 
N
T
 
D
G
 
F
N
 
V
G
 
G
P
 
P
L
 
V
N
 
D
H
 
H
G
 
G
F
 
A
A
 
Y
P
 
N
R
 
R
V
 
I

4ywrA Structure of a putative phosphomethylpyrimidine kinase from acinetobacter baumannii in non-covalent complex with pyridoxal phosphate
37% identity, 84% coverage: 9:241/276 of query aligns to 2:218/228 of 4ywrA

query
sites
4ywrA
P
 
P
R
 
T
T
 
V
L
 
L
T
 
C
I
 
F
A
 
S
G
 
G
S
 
L
D
 
D
S
 
P
G
 
S
G
 
G
G
 
G
A
|
A
G
|
G
I
 
L
Q
 
Q
A
 
A
D
 
D
L
 
I
K
 
E
T
 
A
F
 
I
A
 
G
A
 
Q
L
 
S
G
 
G
C
 
A
F
 
H
G
 
A
M
 
A
S
 
I
A
 
A
I
 
C
T
 
T
A
 
A
I
 
L
T
 
T
A
 
I
Q
|
Q
N
 
N
T
 
S
L
 
Q
G
 
Q
V
 
V
T
 
F
G
 
G
V
 
F
H
 
E
A
 
A
I
 
T
P
 
S
A
 
K
D
 
E
M
 
L
V
 
L
A
 
L
A
 
A
Q
 
Q
I
 
A
D
 
N
A
 
A
V
 
V
A
 
V
S
 
G
D
 
D
I
 
L
G
 
P
V
 
I
D
 
K
A
 
C
A
 
V
K
 
K
T
 
S
G
 
G
M
|
M
L
 
L
G
 
G
T
 
T
A
 
T
A
 
D
I
 
N
V
 
I
E
 
A
A
 
A
V
 
L
A
 
A
A
 
E
A
 
F
V
 
L
D
 
R
R
 
A
H
 
H
G
 
P
I
 
D
R
 
Y
Q
 
Q
L
 
Y
V
 
V
V
 
L
D
|
D
P
 
P
V
 
V
M
 
L
I
 
V
S
x
A
T
x
N
S
 
S
G
 
G
A
 
G
T
 
S
L
|
L
A
 
G
D
 
D
D
 
Q
A
 
A
T
 
T
-
 
L
T
 
V
Q
 
K
A
 
A
M
 
F
V
 
V
R
 
E
L
 
L
L
 
I
F
 
-
P
 
P
R
 
L
A
 
A
V
 
T
L
 
L
V
 
I
T
 
T
P
 
P
N
 
N
L
 
T
P
 
V
E
 
E
A
 
L
S
 
-
Y
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
-
R
 
R
E
 
A
I
 
L
T
 
T
R
 
G
R
 
V
E
 
T
E
 
D
M
 
L
E
 
D
Q
 
Q
A
 
A
A
 
T
R
 
Q
D
 
K
L
 
L
A
 
F
A
 
E
L
 
M
G
 
G
C
 
A
P
 
K
A
 
A
V
 
V
L
 
L
L
 
V
K
|
K
G
 
G
G
 
G
H
 
H
L
 
E
D
 
D
P
 
T
A
 
P
D
 
D
A
 
F
G
 
I
L
 
K
D
 
N
D
 
S
L
 
L
L
 
Y
L
 
I
S
 
-
A
 
-
D
 
D
G
 
G
T
 
E
V
 
L
R
 
A
V
 
A
F
 
-
R
 
-
H
 
-
Q
 
S
R
 
S
V
 
T
D
 
C
T
 
P
R
 
R
N
 
-
L
 
-
H
 
-
G
 
-
T
 
-
G
 
-
C
|
C
T
x
S
L
 
L
A
 
A
A
 
S
A
 
F
I
 
I
A
 
A
A
 
G
Q
 
R
L
 
L
A
 
A
R
 
L
G
 
G
D
 
D
K
 
S
V
 
L
E
 
K
D
 
I
A
 
A
V
 
V
E
 
Q

P40191 Pyridoxine/pyridoxal/pyridoxamine kinase; PN/PL/PM kinase; B6-vitamer kinase; Pyridoxal kinase 1; PL kinase 1; EC 2.7.1.35 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
27% identity, 59% coverage: 80:243/276 of query aligns to 91:256/283 of P40191

query
sites
P40191
A
 
A
A
 
V
K
 
T
T
 
T
G
 
G
M
 
Y
L
 
M
G
 
G
T
 
T
A
 
A
A
 
S
-
 
Q
-
 
I
-
 
K
-
 
I
I
 
L
V
 
A
E
 
E
A
 
W
V
 
L
A
 
T
A
 
A
A
 
L
V
 
R
D
 
K
R
 
D
H
 
H
G
 
P
I
 
D
R
 
L
Q
 
L
L
 
I
V
 
M
V
 
V
D
|
D
P
 
P
V
 
V
M
 
I
I
 
G
S
 
D
T
 
I
S
 
D
G
 
S
A
 
G
T
 
I
L
 
Y
A
 
V
D
 
K
D
 
P
A
 
D
T
 
L
T
 
P
Q
 
E
A
 
A
M
 
Y
V
 
R
R
 
Q
L
 
Y
L
 
L
F
 
L
P
 
P
R
 
L
A
 
A
V
 
Q
L
 
G
V
 
I
T
|
T
P
 
P
N
 
N
L
 
I
P
 
F
E
|
E
A
 
L
S
 
E
Y
 
I
L
 
L
L
 
T
G
 
G
R
 
K
E
 
N
I
 
C
T
 
R
R
 
D
R
 
L
E
 
D
E
 
S
M
 
A
E
 
I
Q
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
K
D
 
S
L
 
L
A
 
L
A
 
S
L
 
D
G
 
T
C
 
L
P
 
K
A
 
W
V
 
V
L
 
V
L
 
V
K
x
T
G
 
S
G
 
A
H
 
S
L
 
G
D
 
N
P
 
E
A
 
E
D
 
N
A
 
Q
G
 
E
L
 
M
D
 
Q
D
 
V
L
 
V
L
 
V
L
 
V
S
 
T
A
 
A
D
 
D
G
 
-
T
 
S
V
 
V
R
 
N
V
 
V
F
 
I
R
 
S
H
|
H
Q
x
S
R
|
R
V
|
V
D
 
K
T
 
T
R
 
-
N
 
D
L
 
L
H
 
K
G
 
G
T
|
T
G
 
G
C
x
D
T
 
L
L
 
F
A
 
C
A
 
A
A
 
Q
I
 
L
A
 
I
A
 
S
Q
 
G
L
 
L
A
 
L
R
 
K
G
 
G
D
 
K
K
 
A
V
 
L
E
 
T
D
 
D
A
 
A
V
 
V
E
 
H
V
 
R
A
 
A

Sites not aligning to the query:

3mbhA Crystal structure of a putative phosphomethylpyrimidine kinase (bt_4458) from bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482 at 2.00 a resolution (orthorhombic form with pyridoxal)
26% identity, 70% coverage: 75:266/276 of query aligns to 74:270/290 of 3mbhA

query
sites
3mbhA
D
 
E
I
 
V
G
 
Q
V
 
F
D
 
D
A
 
A
A
 
I
K
 
Y
T
 
T
G
 
G
M
x
Y
L
 
L
G
 
G
T
 
S
A
 
P
A
 
R
I
 
Q
V
 
I
E
 
Q
A
 
I
V
 
V
A
 
S
A
 
D
A
 
F
V
 
I
D
 
K
-
 
D
-
 
F
R
 
R
H
 
Q
G
 
P
I
 
D
R
 
S
Q
 
L
L
 
I
V
 
V
V
 
A
D
 
D
P
 
P
V
 
V
M
 
L
I
 
G
S
 
D
T
 
N
S
 
G
G
 
R
A
 
L
T
x
Y
L
 
T
A
 
N
D
 
F
D
 
D
A
 
M
T
 
E
T
 
M
Q
 
V
A
 
K
M
 
E
V
 
M
R
 
R
L
 
H
L
 
L
F
 
I
P
 
T
R
 
K
A
 
A
V
 
D
L
 
V
V
 
I
T
 
T
P
 
P
N
 
N
L
 
L
P
 
T
E
 
E
A
 
L
S
 
F
Y
 
Y
L
 
L
L
 
L
G
 
D
R
 
E
E
 
P
I
 
Y
-
 
K
-
 
A
-
 
D
T
 
S
R
 
T
R
 
D
E
 
E
E
 
E
M
 
L
E
 
K
Q
 
E
A
 
Y
A
 
L
R
 
R
D
 
L
L
 
L
A
 
S
A
 
D
L
 
K
G
 
G
C
 
P
P
 
Q
A
 
V
V
 
V
L
 
I
L
 
I
K
 
T
G
 
S
G
 
V
-
 
P
-
 
V
H
 
H
L
 
D
D
 
E
P
 
P
A
 
H
D
 
K
A
 
T
G
 
S
L
 
V
D
 
-
D
 
-
L
 
Y
L
 
A
L
 
Y
S
 
N
A
 
R
D
 
Q
G
 
G
T
 
N
V
 
-
R
 
-
V
 
-
F
 
-
R
 
R
H
 
Y
Q
 
W
R
 
K
V
 
V
D
 
T
T
 
C
R
 
P
N
 
Y
L
 
L
-
 
P
-
 
A
H
 
H
-
 
Y
-
 
P
G
 
G
T
 
T
G
 
G
C
x
D
T
 
T
L
 
F
A
 
T
A
 
S
A
 
V
I
 
I
A
 
T
A
 
G
Q
 
S
L
 
L
A
 
M
R
 
Q
G
 
G
D
 
D
K
 
S
V
 
L
E
 
P
D
 
M
A
 
A
V
 
L
E
 
D
V
 
R
A
 
A
L
 
T
D
 
Q
F
 
F
V
 
I
A
 
L
D
 
Q
A
 
G
I
 
I
V
 
R
A
 
A
G
 
T
A
 
F
D
 
G
F
 
Y
A
 
E
L
 
Y
G
 
D
T
 
N
G
 
R
N
 
E
G
 
G
P
 
I
L
 
L

Sites not aligning to the query:

2ddwA Crystal structure of pyridoxal kinase from the escherichia coli pdxk gene complexed with pyridoxal at 3.2 a resolution (see paper)
27% identity, 59% coverage: 80:243/276 of query aligns to 82:239/263 of 2ddwA

query
sites
2ddwA
A
 
A
A
 
V
K
 
T
T
 
T
G
 
G
M
x
Y
L
 
M
G
 
G
T
 
T
A
 
A
A
 
S
-
 
Q
-
 
I
-
 
K
-
 
I
I
 
L
V
 
A
E
 
E
A
 
W
V
 
L
A
 
T
A
 
A
A
 
L
V
 
R
D
 
K
R
 
D
H
 
H
G
 
P
I
 
D
R
 
L
Q
 
L
L
 
I
V
 
M
V
 
V
D
 
D
P
 
P
V
 
V
M
 
I
I
 
G
S
 
D
T
 
I
S
 
D
G
 
S
A
 
G
T
 
I
L
 
Y
A
 
V
D
 
K
D
 
P
A
 
D
T
 
L
T
 
P
Q
 
E
A
 
A
M
 
Y
V
 
R
R
 
Q
L
 
Y
L
 
L
F
 
L
P
 
P
R
 
L
A
 
A
V
 
Q
L
 
G
V
 
I
T
 
T
P
 
P
N
 
N
L
 
I
P
 
F
E
 
E
A
 
L
S
 
E
Y
 
I
L
 
L
L
 
T
G
 
G
R
 
K
E
 
N
I
 
C
T
 
R
R
 
D
R
 
L
E
 
D
E
 
S
M
 
A
E
 
I
Q
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
K
D
 
S
L
 
L
A
 
L
A
 
S
L
 
D
G
 
T
C
 
L
P
 
K
A
 
W
V
 
V
L
 
V
L
 
V
K
 
T
G
 
-
G
 
-
H
 
-
L
 
-
D
 
-
P
 
-
A
 
-
D
 
-
A
 
S
G
 
E
L
 
M
D
 
Q
D
 
V
L
 
V
L
 
V
L
 
V
S
 
T
A
 
A
D
 
D
G
 
-
T
 
S
V
 
V
R
 
N
V
 
V
F
 
I
R
 
S
H
 
H
Q
 
S
R
 
R
V
 
V
D
 
K
T
 
T
R
 
-
N
 
D
L
 
L
H
 
K
G
 
G
T
 
T
G
 
G
C
 
D
T
 
L
L
 
F
A
 
C
A
 
A
A
 
Q
I
 
L
A
 
I
A
 
S
Q
 
G
L
 
L
A
 
L
R
 
K
G
 
G
D
 
K
K
 
A
V
 
L
E
 
T
D
 
D
A
 
A
V
 
V
E
 
H
V
 
R
A
 
A

Sites not aligning to the query:

2ddoA Crystal structure of pyridoxal kinase from the escherichia coli pdxk gene at 2.6 a resolution (see paper)
27% identity, 59% coverage: 80:243/276 of query aligns to 82:239/263 of 2ddoA

query
sites
2ddoA
A
 
A
A
 
V
K
 
T
T
 
T
G
 
G
M
 
Y
L
 
M
G
 
G
T
 
T
A
 
A
A
 
S
-
 
Q
-
 
I
-
 
K
-
 
I
I
 
L
V
 
A
E
 
E
A
 
W
V
 
L
A
 
T
A
 
A
A
 
L
V
 
R
D
 
K
R
 
D
H
 
H
G
 
P
I
 
D
R
 
L
Q
 
L
L
 
I
V
 
M
V
 
V
D
|
D
P
 
P
V
 
V
M
 
I
I
 
G
S
 
D
T
 
I
S
 
D
G
 
S
A
 
G
T
 
I
L
 
Y
A
 
V
D
 
K
D
 
P
A
 
D
T
 
L
T
 
P
Q
 
E
A
 
A
M
 
Y
V
 
R
R
 
Q
L
 
Y
L
 
L
F
 
L
P
 
P
R
 
L
A
 
A
V
 
Q
L
 
G
V
 
I
T
|
T
P
 
P
N
 
N
L
 
I
P
 
F
E
 
E
A
 
L
S
 
E
Y
 
I
L
 
L
L
 
T
G
 
G
R
 
K
E
 
N
I
 
C
T
 
R
R
 
D
R
 
L
E
 
D
E
 
S
M
 
A
E
 
I
Q
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
K
D
 
S
L
 
L
A
 
L
A
 
S
L
 
D
G
 
T
C
 
L
P
 
K
A
 
W
V
 
V
L
 
V
L
 
V
K
x
T
G
 
-
G
 
-
H
 
-
L
 
-
D
 
-
P
 
-
A
 
-
D
 
-
A
 
S
G
 
E
L
x
M
D
 
Q
D
 
V
L
 
V
L
 
V
L
 
V
S
 
T
A
 
A
D
 
D
G
 
-
T
 
S
V
 
V
R
 
N
V
 
V
F
 
I
R
 
S
H
|
H
Q
 
S
R
|
R
V
|
V
D
 
K
T
 
T
R
 
-
N
 
D
L
 
L
H
 
K
G
 
G
T
|
T
G
|
G
C
 
D
T
 
L
L
 
F
A
 
C
A
 
A
A
 
Q
I
 
L
A
 
I
A
 
S
Q
 
G
L
 
L
A
 
L
R
 
K
G
 
G
D
 
K
K
 
A
V
 
L
E
 
T
D
 
D
A
 
A
V
 
V
E
 
H
V
 
R
A
 
A

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>RR42_RS01370 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS01370
MTLTTHRPPRTLTIAGSDSGGGAGIQADLKTFAALGCFGMSAITAITAQNTLGVTGVHAI
PADMVAAQIDAVASDIGVDAAKTGMLGTAAIVEAVAAAVDRHGIRQLVVDPVMISTSGAT
LADDATTQAMVRLLFPRAVLVTPNLPEASYLLGREITRREEMEQAARDLAALGCPAVLLK
GGHLDPADAGLDDLLLSADGTVRVFRHQRVDTRNLHGTGCTLAAAIAAQLARGDKVEDAV
EVALDFVADAIVAGADFALGTGNGPLNHGFAPRVLG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory