SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS25375 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS25375 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4xgnA Crystal structure of 3-hydroxyacyl-coa dehydrogenase in complex with NAD from burkholderia thailandensis
61% identity, 100% coverage: 1:252/252 of query aligns to 4:255/255 of 4xgnA

query
sites
4xgnA
M
 
M
Q
 
E
I
 
I
Q
 
R
D
 
D
N
 
N
V
 
V
F
 
F
I
 
L
V
 
I
T
 
T
G
|
G
G
 
G
G
 
A
S
|
S
G
|
G
L
|
L
G
 
G
A
 
A
A
 
G
T
 
T
V
 
A
H
 
R
A
 
L
L
 
L
A
 
T
E
 
E
N
 
A
G
 
G
A
 
G
K
 
K
V
 
V
V
 
V
I
 
L
A
 
A
D
|
D
R
x
L
D
 
N
A
 
Q
D
 
D
A
 
A
G
 
G
Q
 
E
A
 
A
V
 
L
A
 
A
K
 
R
T
 
E
S
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
V
F
 
F
V
 
V
R
 
R
T
x
C
D
|
D
V
|
V
T
 
A
D
 
R
E
 
E
E
 
E
S
 
D
V
 
A
Q
 
Q
G
 
A
M
 
A
Y
 
V
A
 
A
F
 
A
A
 
A
T
 
T
R
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
T
L
 
L
R
 
R
G
 
G
V
 
L
I
 
V
N
 
N
C
|
C
A
|
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
P
 
P
A
 
A
E
 
A
K
 
K
V
 
T
I
 
V
G
 
G
K
 
K
S
 
D
G
 
G
V
 
P
H
 
H
A
 
P
M
 
L
A
 
E
S
 
L
F
 
F
S
 
A
R
 
K
T
 
T
M
 
I
Q
 
T
I
x
V
N
 
N
V
 
L
G
 
I
G
 
G
T
 
T
F
 
F
N
 
N
V
 
M
L
 
I
R
 
R
L
 
V
G
 
A
A
 
A
E
 
A
I
 
A
M
 
M
A
 
A
G
 
A
Q
 
N
E
 
E
A
 
P
L
 
A
A
 
P
D
 
T
G
 
G
E
 
E
R
 
R
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
N
 
S
T
|
T
A
 
A
S
 
S
I
 
V
A
 
A
A
 
A
F
 
F
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
V
 
I
G
 
G
Q
 
Q
T
 
A
A
 
A
Y
|
Y
A
 
A
A
 
A
S
 
S
K
|
K
G
 
A
A
 
G
I
 
V
V
 
A
A
 
G
M
 
M
T
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
I
A
 
A
R
 
R
E
 
D
L
 
L
A
 
S
R
 
R
F
 
N
G
 
A
I
 
I
R
 
R
V
 
V
M
 
M
A
 
T
I
 
I
A
 
A
P
|
P
G
 
G
I
|
I
M
x
F
E
 
E
T
|
T
P
 
P
M
|
M
L
 
L
L
 
L
G
 
G
M
 
M
P
 
P
A
 
Q
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
K
 
D
A
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
A
A
 
M
V
 
V
P
 
P
F
 
F
P
 
P
Q
 
P
R
 
R
M
 
L
G
 
G
R
 
K
P
 
P
T
 
A
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
D
 
M
L
 
L
V
 
V
K
 
R
H
 
Q
I
 
I
I
 
F
G
 
E
S
 
N
P
 
P
Y
 
M
L
 
L
N
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
V
I
 
I
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
I
 
I
R
 
R
M
 
M
A
 
Q
A
 
P
K
 
K

4o5oB X-ray crystal structure of a 3-hydroxyacyl-coa dehydrogenase from brucella suis
60% identity, 100% coverage: 1:252/252 of query aligns to 7:261/261 of 4o5oB

query
sites
4o5oB
M
 
M
Q
 
Q
I
 
I
Q
 
E
D
 
N
N
 
R
V
 
V
F
 
F
I
 
L
V
 
I
T
 
T
G
 
G
G
 
A
G
 
G
S
 
S
G
|
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
T
 
V
V
 
S
H
 
K
A
 
M
L
 
A
A
 
V
E
 
E
N
 
A
G
 
G
A
 
A
K
 
K
V
 
V
V
 
V
I
 
L
A
 
L
D
 
D
R
 
V
D
 
N
A
 
A
D
 
E
A
 
A
G
 
G
Q
 
E
A
 
A
V
 
G
A
 
A
K
 
K
T
 
A
S
 
L
G
 
G
G
 
A
A
 
S
-
 
A
-
 
R
F
 
F
V
 
Q
R
 
R
T
 
T
D
 
D
V
 
V
-
 
A
T
 
S
D
 
D
E
 
T
E
 
D
S
 
G
V
 
K
Q
 
A
G
 
A
M
 
I
Y
 
A
A
 
A
F
 
A
A
 
I
T
 
E
R
 
A
L
 
F
G
 
G
V
 
R
L
 
I
R
 
D
G
 
V
V
 
L
I
 
V
N
 
N
C
 
C
A
 
A
G
 
G
V
 
V
A
 
A
P
 
P
A
 
G
E
 
E
K
 
K
V
 
V
I
 
L
G
 
G
K
 
R
S
 
E
G
 
G
V
 
A
H
 
H
A
 
K
M
 
L
A
 
E
S
 
T
F
 
F
S
 
T
R
 
R
T
 
T
M
 
I
Q
 
S
I
 
I
N
|
N
V
 
L
G
 
I
G
 
G
T
 
T
F
 
F
N
 
N
V
 
M
L
 
L
R
 
R
L
 
L
G
 
A
A
 
A
E
 
E
I
 
A
M
 
M
A
 
A
G
 
K
Q
 
N
E
 
E
A
 
P
L
 
G
A
 
Q
D
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
I
N
 
N
T
|
T
A
 
A
S
|
S
I
 
V
A
 
A
A
 
A
F
 
F
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
V
 
I
G
 
G
Q
 
Q
T
 
A
A
 
A
Y
|
Y
A
 
S
A
 
A
S
 
S
K
|
K
G
 
G
A
 
G
I
 
V
V
 
A
A
 
A
M
 
M
T
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
V
A
 
A
R
 
R
E
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
R
F
 
H
G
 
G
I
 
I
R
 
R
V
 
V
M
 
M
A
 
T
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
I
 
I
M
 
F
E
x
K
T
 
T
P
 
P
M
 
M
L
 
M
L
 
A
G
 
G
M
 
M
P
 
P
A
 
Q
E
 
E
V
 
V
Q
 
Q
K
 
D
A
 
A
L
 
L
G
 
G
D
 
A
A
 
S
V
 
V
P
 
P
F
 
F
P
 
P
Q
 
P
R
 
R
M
 
L
G
 
G
R
 
E
P
 
P
T
 
A
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
D
 
A
L
 
L
V
 
V
K
 
H
H
 
H
I
 
I
I
 
V
G
 
E
S
 
N
P
 
Q
Y
 
M
L
 
L
N
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
V
I
 
I
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
I
 
L
R
 
R
M
 
M
A
 
A
A
 
A
K
 
K

Sites not aligning to the query:

O18404 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2; 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 10; 17-beta-HSD 10; 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type II; Hydroxysteroid dehydrogenase; Mitochondrial ribonuclease P protein 2; Mitochondrial RNase P protein 2; Scully protein; Type II HADH; EC 1.1.1.35; EC 1.1.1.51; EC 1.1.1.62; EC 1.1.1.-; EC 1.1.1.53 from Drosophila melanogaster (Fruit fly) (see 3 papers)
51% identity, 98% coverage: 3:249/252 of query aligns to 2:253/255 of O18404

query
sites
O18404
I
 
I
Q
 
K
D
 
N
N
 
A
V
 
V
F
 
S
I
 
L
V
 
V
T
 
T
G
 
G
G
 
G
G
 
A
S
 
S
G
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
R
A
 
A
T
 
T
V
 
A
H
 
E
A
 
R
L
 
L
A
 
A
E
 
K
N
 
Q
G
 
G
A
 
A
K
 
S
V
 
V
V
 
I
I
x
L
A
 
A
D
 
D
R
 
L
D
 
P
A
 
S
D
 
S
A
 
K
G
 
G
Q
 
N
A
 
E
V
 
V
A
 
A
K
 
K
T
 
E
S
 
L
G
 
G
G
 
D
-
 
K
-
 
V
A
 
V
F
 
F
V
 
V
R
 
P
T
 
V
D
 
D
V
 
V
T
 
T
D
 
S
E
 
E
E
 
K
S
 
D
V
 
V
Q
 
S
G
 
A
M
 
A
Y
 
L
A
 
Q
F
 
T
A
 
A
T
 
K
-
 
D
R
 
K
L
 
F
G
 
G
V
 
R
L
 
L
R
 
D
G
 
L
V
 
T
I
 
V
N
 
N
C
 
C
A
 
A
G
 
G
V
 
T
A
 
A
P
 
T
A
 
A
E
 
V
K
 
K
V
 
T
I
 
F
G
 
N
-
 
F
-
 
N
K
 
K
S
 
N
G
 
V
V
 
A
H
 
H
A
 
R
M
 
L
A
 
E
S
 
D
F
 
F
S
 
Q
R
 
R
T
 
V
M
 
I
Q
 
N
I
 
I
N
 
N
V
 
T
G
 
V
G
 
G
T
 
T
F
|
F
N
 
N
V
 
V
L
 
I
R
 
R
L
 
L
G
 
S
A
 
A
E
 
G
I
 
L
M
 
M
A
 
G
G
 
A
Q
 
N
E
 
E
A
 
P
L
 
N
A
 
Q
D
 
D
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
N
 
N
T
 
T
A
 
A
S
 
S
I
 
V
A
 
A
A
 
A
F
 
F
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
V
 
I
G
 
G
Q
|
Q
T
 
A
A
 
A
Y
 
Y
A
x
S
A
 
A
S
 
S
K
 
K
G
 
A
A
 
A
I
 
V
V
 
V
A
 
G
M
 
M
T
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
I
A
 
A
R
 
R
E
 
D
L
 
L
A
 
S
R
 
T
F
 
Q
G
 
G
I
 
I
R
 
R
V
 
I
M
 
C
A
 
T
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
I
 
L
M
 
F
E
 
N
T
 
T
P
 
P
M
 
M
L
 
L
L
 
A
G
 
A
M
 
L
P
 
P
A
 
E
E
 
K
V
 
V
Q
 
R
K
 
T
A
 
F
L
 
L
G
 
A
D
 
K
A
 
S
V
 
I
P
 
P
F
 
F
P
 
P
Q
 
Q
R
 
R
M
 
L
G
 
G
R
 
E
P
 
P
T
 
S
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
D
 
H
L
 
L
V
 
V
K
 
Q
H
 
A
I
 
I
I
 
Y
G
 
E
S
 
N
P
 
P
Y
 
L
L
 
L
N
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
V
I
 
I
R
 
R
L
 
I
D
 
D
G
 
G
A
 
A
I
 
L
R
 
R
M
 
M

6ujkA Crystal structure of a probable short-chain type dehydrogenase/reductase (rv1144) from mycobacterium tuberculosis with bound NAD
51% identity, 100% coverage: 1:252/252 of query aligns to 2:246/246 of 6ujkA

query
sites
6ujkA
M
 
M
Q
 
K
I
 
T
Q
 
K
D
 
D
N
 
A
V
 
V
F
 
A
I
 
V
V
 
V
T
 
T
G
|
G
G
 
G
G
 
A
S
|
S
G
|
G
L
|
L
G
 
G
A
 
L
A
 
A
T
 
T
V
 
T
H
 
K
A
 
R
L
 
L
A
 
L
E
 
D
N
 
A
G
 
G
A
 
A
K
 
Q
V
 
V
V
 
V
I
 
V
A
 
V
D
|
D
R
x
L
D
 
R
A
 
G
D
 
D
A
 
-
G
 
-
Q
 
-
A
 
-
V
 
-
A
 
-
K
 
D
T
 
V
S
 
V
G
 
G
G
 
G
A
 
L
-
 
G
-
 
D
-
 
R
-
 
A
-
 
R
F
 
F
V
 
A
R
 
Q
T
 
A
D
|
D
V
|
V
T
 
T
D
 
D
E
 
E
E
 
A
S
 
A
V
 
V
Q
 
S
G
 
N
M
 
A
Y
 
L
A
 
E
F
 
L
A
 
A
T
 
D
R
 
S
L
 
L
G
 
G
V
 
P
L
 
V
R
 
R
G
 
V
V
 
V
I
 
V
N
 
N
C
|
C
A
|
A
G
 
G
V
 
T
A
 
G
P
 
N
A
 
A
E
 
I
K
 
R
V
 
V
I
 
L
G
 
S
K
 
R
S
 
D
G
 
G
V
 
V
H
 
F
A
 
P
M
 
L
A
 
A
S
 
A
F
 
F
S
 
R
R
 
K
T
 
I
M
 
V
Q
 
D
I
 
I
N
 
N
V
 
L
G
 
V
G
 
G
T
 
T
F
 
F
N
 
N
V
 
V
L
 
L
R
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
E
I
 
R
M
 
I
A
 
A
G
 
K
Q
 
T
E
 
E
A
 
P
L
 
I
A
 
G
D
 
E
G
 
-
E
 
E
R
 
R
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
I
N
 
N
T
|
T
A
 
A
S
|
S
I
 
V
A
 
A
A
 
A
F
 
F
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
V
 
I
G
 
G
Q
 
Q
T
 
A
A
 
A
Y
|
Y
A
 
S
A
 
A
S
 
S
K
|
K
G
 
G
A
 
G
I
 
V
V
 
V
A
 
G
M
 
M
T
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
I
A
 
A
R
 
R
E
 
D
L
 
L
A
 
A
R
 
S
F
 
K
G
 
L
I
 
I
R
 
R
V
 
V
M
 
V
A
 
T
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
|
G
I
 
L
M
x
F
E
 
D
T
|
T
P
 
P
M
x
L
L
 
L
L
 
-
G
 
-
M
 
-
P
 
-
A
 
-
E
 
A
V
 
A
Q
 
K
K
 
A
A
 
S
L
 
L
G
 
G
D
 
Q
A
 
Q
V
 
V
P
 
P
F
 
H
P
 
P
Q
 
S
R
 
R
M
 
L
G
 
G
R
 
N
P
 
P
T
 
D
E
 
E
F
 
Y
A
 
G
D
 
A
L
 
L
V
 
V
K
 
L
H
 
H
I
 
I
I
 
I
G
 
E
S
 
N
P
 
P
Y
 
M
L
 
L
N
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
V
I
 
I
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
I
 
I
R
 
R
M
 
M
A
 
A
A
 
P
K
 
R

1u7tA Crystal structure of abad/hsd10 with a bound inhibitor (see paper)
52% identity, 96% coverage: 7:249/252 of query aligns to 6:253/255 of 1u7tA

query
sites
1u7tA
V
 
V
F
 
A
I
 
V
V
 
I
T
 
T
G
|
G
G
 
G
G
 
A
S
|
S
G
|
G
L
|
L
G
 
G
A
 
L
A
 
A
T
 
T
V
 
A
H
 
E
A
 
R
L
 
L
A
 
V
E
 
G
N
 
Q
G
 
G
A
 
A
K
 
S
V
 
A
V
 
V
I
 
L
A
 
L
D
|
D
R
x
L
D
 
P
A
 
N
D
 
S
A
 
G
G
 
G
Q
 
E
A
 
A
V
 
Q
A
 
A
K
 
K
T
 
K
S
 
L
G
 
G
G
 
N
-
 
N
-
 
C
A
 
V
F
 
F
V
 
A
R
 
P
T
 
A
D
|
D
V
|
V
T
 
T
D
 
S
E
 
E
E
 
K
S
 
D
V
 
V
Q
 
Q
G
 
T
M
 
A
Y
 
L
A
 
A
F
 
L
A
 
A
T
 
K
-
 
G
R
 
K
L
 
F
G
 
G
V
 
R
L
 
V
R
 
D
G
 
V
V
 
A
I
 
V
N
 
N
C
|
C
A
|
A
G
|
G
V
 
I
A
|
A
P
x
V
A
|
A
E
 
S
K
 
K
V
 
T
-
 
Y
-
 
N
I
 
L
G
 
K
K
 
K
S
 
G
G
 
Q
V
 
T
H
 
H
A
 
T
M
 
L
A
 
E
S
 
D
F
 
F
S
 
Q
R
 
R
T
 
V
M
 
L
Q
 
D
I
 
V
N
|
N
V
 
L
G
 
M
G
 
G
T
 
T
F
 
F
N
 
N
V
 
V
L
 
I
R
 
R
L
 
L
G
 
V
A
 
A
E
 
G
I
 
E
M
 
M
A
 
G
G
 
Q
Q
 
N
E
 
E
A
 
P
L
 
D
A
 
Q
D
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
I
N
 
N
T
|
T
A
 
A
S
|
S
I
 
V
A
 
A
A
 
A
F
 
F
D
 
E
G
 
G
Q
|
Q
V
 
V
G
 
G
Q
|
Q
T
 
A
A
 
A
Y
|
Y
A
 
S
A
 
A
S
 
S
K
|
K
G
 
G
A
 
G
I
 
I
V
 
V
A
 
G
M
 
M
T
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
I
A
 
A
R
 
R
E
 
D
L
 
L
A
 
A
R
 
P
F
 
I
G
 
G
I
 
I
R
 
R
V
 
V
M
 
M
A
 
T
I
 
I
A
 
A
P
|
P
G
 
G
I
x
L
M
x
F
E
 
G
T
|
T
P
 
P
M
x
L
L
|
L
L
 
T
G
 
S
M
x
L
P
 
P
A
 
E
E
 
K
V
 
V
Q
 
R
K
 
N
A
 
F
L
 
L
G
 
A
D
 
S
A
 
Q
V
 
V
P
 
P
F
 
F
P
 
P
Q
 
S
R
 
R
M
 
L
G
 
G
R
 
D
P
 
P
T
 
A
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
D
 
H
L
 
L
V
 
V
K
 
Q
H
 
A
I
 
I
I
 
I
G
 
E
S
 
N
P
 
P
Y
 
F
L
 
L
N
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
V
I
 
I
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
I
 
I
R
 
R
M
 
M

Q99714 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2; 17-beta-estradiol 17-dehydrogenase; 2-methyl-3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase; MHBD; 3-alpha-(17-beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD(+)); 3-hydroxy-2-methylbutyryl-CoA dehydrogenase; 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type II; 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase; 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase; Endoplasmic reticulum-associated amyloid beta-peptide-binding protein; Mitochondrial ribonuclease P protein 2; Mitochondrial RNase P protein 2; Short chain dehydrogenase/reductase family 5C member 1; Short-chain type dehydrogenase/reductase XH98G2; Type II HADH; EC 1.1.1.35; EC 1.1.1.62; EC 1.1.1.239; EC 1.1.1.178; EC 1.1.1.53; EC 1.1.1.159 from Homo sapiens (Human) (see 14 papers)
52% identity, 96% coverage: 7:249/252 of query aligns to 12:259/261 of Q99714

query
sites
Q99714
V
|
V
F
 
A
I
 
V
V
 
I
T
 
T
G
 
G
G
 
G
G
 
A
S
|
S
G
 
G
L
|
L
G
 
G
A
 
L
A
 
A
T
 
T
V
 
A
H
 
E
A
 
R
L
 
L
A
 
V
E
 
G
N
 
Q
G
 
G
A
 
A
K
 
S
V
 
A
V
 
V
I
 
L
A
 
L
D
|
D
R
 
L
D
 
P
A
 
N
D
 
S
A
 
G
G
 
G
Q
 
E
A
 
A
V
 
Q
A
 
A
K
 
K
T
 
K
S
 
L
G
 
G
G
 
N
-
 
N
-
 
C
A
 
V
F
 
F
V
 
A
R
 
P
T
 
A
D
|
D
V
|
V
T
 
T
D
 
S
E
 
E
E
 
K
S
 
D
V
 
V
Q
 
Q
G
 
T
M
 
A
Y
 
L
A
 
A
F
 
L
A
 
A
T
 
K
-
 
G
R
 
K
L
 
F
G
 
G
V
 
R
L
 
V
R
x
D
G
 
V
V
 
A
I
 
V
N
 
N
C
|
C
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
P
 
V
A
 
A
E
 
S
K
 
K
V
 
T
-
 
Y
-
 
N
I
 
L
G
 
K
K
 
K
S
 
G
G
 
Q
V
 
T
H
 
H
A
 
T
M
 
L
A
 
E
S
 
D
F
 
F
S
 
Q
R
 
R
T
 
V
M
 
L
Q
 
D
I
 
V
N
 
N
V
 
L
G
 
M
G
 
G
T
 
T
F
 
F
N
 
N
V
 
V
L
 
I
R
|
R
L
 
L
G
 
V
A
 
A
E
 
G
I
 
E
M
 
M
A
 
G
G
 
Q
Q
 
N
E
 
E
A
 
P
L
 
D
A
 
Q
D
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
T
A
 
A
S
|
S
I
 
V
A
 
A
A
 
A
F
 
F
D
 
E
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
Q
|
Q
T
 
A
A
 
A
Y
|
Y
A
 
S
A
 
A
S
 
S
K
|
K
G
 
G
A
 
G
I
 
I
V
|
V
A
 
G
M
 
M
T
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
I
A
 
A
R
 
R
E
 
D
L
 
L
A
 
A
R
 
P
F
 
I
G
 
G
I
 
I
R
 
R
V
 
V
M
 
M
A
 
T
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
I
 
L
M
x
F
E
 
G
T
|
T
P
 
P
M
 
L
L
 
L
L
 
T
G
 
S
M
 
L
P
|
P
A
 
E
E
x
K
V
 
V
Q
 
C
K
 
N
A
 
F
L
 
L
G
 
A
D
 
S
A
 
Q
V
 
V
P
 
P
F
 
F
P
 
P
Q
 
S
R
|
R
M
 
L
G
 
G
R
 
D
P
 
P
T
 
A
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
D
 
H
L
 
L
V
 
V
K
 
Q
H
 
A
I
 
I
I
 
I
G
 
E
S
 
N
P
 
P
Y
 
F
L
 
L
N
|
N
G
 
G
E
|
E
V
 
V
I
 
I
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
I
 
I
R
 
R
M
 
M

7onuC Structure of human mitochondrial rnase p in complex with mitochondrial pre-tRNA-tyr (see paper)
52% identity, 96% coverage: 7:249/252 of query aligns to 6:253/255 of 7onuC

query
sites
7onuC
V
 
V
F
 
A
I
 
V
V
 
I
T
 
T
G
 
G
G
 
G
G
 
A
S
|
S
G
|
G
L
|
L
G
 
G
A
 
L
A
 
A
T
 
T
V
 
A
H
 
E
A
 
R
L
 
L
A
 
V
E
 
G
N
 
Q
G
 
G
A
 
A
K
 
S
V
 
A
V
 
V
I
 
L
A
 
L
D
|
D
R
x
L
D
 
P
A
 
N
D
 
S
A
 
G
G
 
G
Q
 
E
A
 
A
V
 
Q
A
 
A
K
 
K
T
 
K
S
 
L
G
 
G
G
 
N
-
 
N
-
 
C
A
 
V
F
 
F
V
 
A
R
 
P
T
 
A
D
 
D
V
|
V
T
 
T
D
 
S
E
 
E
E
 
K
S
 
D
V
 
V
Q
 
Q
G
 
T
M
 
A
Y
 
L
A
 
A
F
 
L
A
 
A
T
 
K
-
 
G
R
 
K
L
 
F
G
 
G
V
 
R
L
 
V
R
 
D
G
 
V
V
 
A
I
 
V
N
 
N
C
|
C
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
P
 
V
A
 
A
E
x
S
K
|
K
V
 
T
-
 
Y
-
 
N
I
 
L
G
 
K
K
 
K
S
 
G
G
 
Q
V
 
T
H
 
H
A
 
T
M
 
L
A
 
E
S
 
D
F
 
F
S
 
Q
R
 
R
T
 
V
M
 
L
Q
 
D
I
 
V
N
 
N
V
 
L
G
 
M
G
 
G
T
 
T
F
 
F
N
 
N
V
 
V
L
 
I
R
 
R
L
 
L
G
 
V
A
 
A
E
 
G
I
 
E
M
 
M
A
 
G
G
 
Q
Q
 
N
E
 
E
A
 
P
L
 
D
A
 
Q
D
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
T
A
 
A
S
|
S
I
 
V
A
 
A
A
 
A
F
 
F
D
 
E
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
Q
 
Q
T
 
A
A
 
A
Y
|
Y
A
 
S
A
 
A
S
 
S
K
 
K
G
 
G
A
 
G
I
 
I
V
 
V
A
 
G
M
 
M
T
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
I
A
 
A
R
 
R
E
 
D
L
 
L
A
 
A
R
 
P
F
 
I
G
 
G
I
 
I
R
 
R
V
 
V
M
 
M
A
 
T
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
I
 
L
M
x
F
E
 
G
T
|
T
P
 
P
M
 
L
L
 
L
L
 
T
G
 
S
M
 
L
P
 
P
A
 
E
E
 
K
V
 
V
Q
 
C
K
 
N
A
 
F
L
 
L
G
 
A
D
 
S
A
 
Q
V
 
V
P
 
P
F
 
F
P
 
P
Q
 
S
R
 
R
M
 
L
G
 
G
R
 
D
P
 
P
T
 
A
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
D
 
H
L
 
L
V
 
V
K
 
Q
H
 
A
I
 
I
I
 
I
G
 
E
S
 
N
P
 
P
Y
 
F
L
 
L
N
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
V
I
 
I
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
I
 
I
R
 
R
M
 
M

O70351 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2; 17-beta-estradiol 17-dehydrogenase; 2-methyl-3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase; MHBD; 3-alpha-(17-beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD(+)); 3-hydroxy-2-methylbutyryl-CoA dehydrogenase; 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type II; 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase; 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase; Endoplasmic reticulum-associated amyloid beta-peptide-binding protein; Mitochondrial ribonuclease P protein 2; Mitochondrial RNase P protein 2; Short chain dehydrogenase/reductase family 5C member 1; Short-chain type dehydrogenase/reductase XH98G2; Type II HADH; EC 1.1.1.35; EC 1.1.1.62; EC 1.1.1.239; EC 1.1.1.178; EC 1.1.1.53; EC 1.1.1.159 from Rattus norvegicus (Rat) (see paper)
50% identity, 96% coverage: 7:249/252 of query aligns to 12:259/261 of O70351

query
sites
O70351
V
 
V
F
 
A
I
 
V
V
 
I
T
 
T
G
 
G
G
 
G
G
 
A
S
 
S
G
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
L
A
 
S
T
 
T
V
 
A
H
 
K
A
 
R
L
 
L
A
 
V
E
 
G
N
 
Q
G
 
G
A
 
A
K
 
T
V
 
A
V
 
V
I
 
L
A
 
L
D
 
D
R
 
V
D
 
P
A
 
N
D
 
S
A
 
E
G
 
G
Q
 
E
A
 
T
V
 
E
A
 
A
K
 
K
T
 
K
S
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
N
-
 
C
-
 
I
F
 
F
V
 
A
R
 
P
T
 
A
D
 
N
V
 
V
T
 
T
D
 
S
E
 
E
E
 
K
S
 
E
V
 
V
Q
 
Q
G
 
A
M
 
A
Y
 
L
A
 
T
F
 
L
A
 
A
T
 
K
-
 
E
R
 
K
L
 
F
G
 
G
V
 
R
L
 
I
R
 
D
G
 
V
V
 
A
I
 
V
N
 
N
C
 
C
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
P
 
V
A
 
A
E
 
I
K
 
K
V
 
T
I
 
Y
-
 
H
-
 
E
G
 
K
K
 
K
S
 
N
G
 
Q
V
 
V
H
 
H
A
 
T
M
 
L
A
 
E
S
 
D
F
 
F
S
 
Q
R
 
R
T
 
V
M
 
I
Q
 
N
I
 
V
N
 
N
V
 
L
G
 
I
G
 
G
T
 
T
F
 
F
N
 
N
V
 
V
L
 
I
R
 
R
L
 
L
G
 
V
A
 
A
E
 
G
I
 
V
M
 
M
A
 
G
G
 
Q
Q
 
N
E
 
E
A
 
P
L
 
D
A
 
Q
D
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
T
A
 
A
S
|
S
I
 
V
A
 
A
A
 
A
F
 
F
D
 
E
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
Q
 
Q
T
 
A
A
 
A
Y
|
Y
A
 
S
A
 
A
S
 
S
K
 
K
G
 
G
A
 
G
I
 
I
V
 
V
A
 
G
M
 
M
T
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
I
A
 
A
R
 
R
E
 
D
L
 
L
A
 
A
R
 
P
F
 
I
G
 
G
I
 
I
R
 
R
V
 
V
M
 
V
A
 
T
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
I
 
L
M
 
F
E
 
A
T
 
T
P
 
P
M
 
L
L
 
L
L
 
T
G
 
T
M
 
L
P
 
P
A
 
D
E
 
K
V
 
V
Q
 
R
K
 
N
A
 
F
L
 
L
G
 
A
D
 
S
A
 
Q
V
 
V
P
 
P
F
 
F
P
 
P
Q
 
S
R
 
R
M
 
L
G
 
G
R
 
D
P
 
P
T
 
A
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
D
 
H
L
 
L
V
 
V
K
 
Q
H
 
M
I
 
V
I
 
I
G
 
E
S
 
N
P
 
P
Y
 
F
L
 
L
N
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
V
I
 
I
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
I
 
I
R
 
R
M
 
M

1e3wD Rat brain 3-hydroxyacyl-coa dehydrogenase binary complex with nadh and 3-keto butyrate (see paper)
50% identity, 96% coverage: 7:249/252 of query aligns to 6:253/255 of 1e3wD

query
sites
1e3wD
V
 
V
F
 
A
I
 
V
V
 
I
T
 
T
G
|
G
G
 
G
G
 
A
S
|
S
G
|
G
L
|
L
G
 
G
A
 
L
A
 
S
T
 
T
V
 
A
H
 
K
A
 
R
L
 
L
A
 
V
E
 
G
N
 
Q
G
 
G
A
 
A
K
 
T
V
 
A
V
 
V
I
 
L
A
 
L
D
|
D
R
x
V
D
 
P
A
 
N
D
 
S
A
 
E
G
 
G
Q
 
E
A
 
T
V
 
E
A
 
A
K
 
K
T
 
K
S
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
N
-
 
C
-
 
I
F
 
F
V
 
A
R
 
P
T
 
A
D
x
N
V
|
V
T
 
T
D
 
S
E
 
E
E
 
K
S
 
E
V
 
V
Q
 
Q
G
 
A
M
 
A
Y
 
L
A
 
T
F
 
L
A
 
A
T
 
K
-
 
E
R
 
K
L
 
F
G
 
G
V
 
R
L
 
I
R
 
D
G
 
V
V
 
A
I
 
V
N
 
N
C
|
C
A
|
A
G
|
G
V
 
I
A
 
A
P
 
V
A
 
A
E
 
I
K
 
K
V
 
T
I
 
Y
-
 
H
-
 
E
G
 
K
K
 
K
S
 
N
G
 
Q
V
 
V
H
 
H
A
 
T
M
 
L
A
 
E
S
 
D
F
 
F
S
 
Q
R
 
R
T
 
V
M
 
I
Q
 
N
I
x
V
N
|
N
V
 
L
G
 
I
G
 
G
T
 
T
F
 
F
N
 
N
V
 
V
L
 
I
R
 
R
L
 
L
G
 
V
A
 
A
E
 
G
I
 
V
M
 
M
A
 
G
G
 
Q
Q
 
N
E
 
E
A
 
P
L
 
D
A
 
Q
D
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
I
N
 
N
T
|
T
A
 
A
S
|
S
I
 
V
A
 
A
A
 
A
F
 
F
D
 
E
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
Q
 
Q
T
 
A
A
 
A
Y
|
Y
A
 
S
A
 
A
S
 
S
K
|
K
G
 
G
A
 
G
I
 
I
V
 
V
A
 
G
M
 
M
T
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
I
A
 
A
R
 
R
E
 
D
L
 
L
A
 
A
R
 
P
F
 
I
G
 
G
I
 
I
R
 
R
V
 
V
M
 
V
A
 
T
I
 
I
A
 
A
P
|
P
G
 
G
I
x
L
M
x
F
E
 
A
T
|
T
P
 
P
M
x
L
L
 
L
L
 
T
G
x
T
M
 
L
P
 
P
A
 
D
E
 
K
V
 
V
Q
 
R
K
 
N
A
 
F
L
 
L
G
 
A
D
 
S
A
 
Q
V
 
V
P
 
P
F
 
F
P
 
P
Q
 
S
R
 
R
M
 
L
G
 
G
R
 
D
P
 
P
T
 
A
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
D
 
H
L
 
L
V
 
V
K
 
Q
H
 
M
I
 
V
I
 
I
G
 
E
S
 
N
P
 
P
Y
 
F
L
 
L
N
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
V
I
 
I
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
I
 
I
R
 
R
M
 
M

1uayA Crystal structure of type ii 3-hydroxyacyl-coa dehydrogenase from thermus thermophilus hb8
52% identity, 97% coverage: 9:252/252 of query aligns to 5:241/241 of 1uayA

query
sites
1uayA
I
 
L
V
 
V
T
 
T
G
|
G
G
 
G
G
 
A
S
|
S
G
|
G
L
 
L
G
 
G
A
 
R
A
 
A
T
 
A
V
 
A
H
 
L
A
 
A
L
 
L
A
 
K
E
 
A
N
 
R
G
 
G
A
 
Y
K
 
R
V
 
V
V
 
V
I
 
V
A
 
L
D
|
D
R
x
L
D
 
R
A
 
R
D
 
E
A
 
G
G
 
E
Q
 
D
A
 
L
V
 
I
A
 
-
K
 
-
T
 
-
S
 
-
G
 
-
G
 
-
A
 
-
F
 
Y
V
 
V
R
 
E
T
 
G
D
|
D
V
|
V
T
 
T
D
 
R
E
 
E
E
 
E
S
 
D
V
 
V
Q
 
R
G
 
R
M
 
A
Y
 
V
A
 
A
F
 
R
A
 
A
T
 
Q
R
 
E
L
 
E
G
 
A
V
 
P
L
 
L
R
 
F
G
 
A
V
 
V
I
 
V
N
 
S
C
 
A
A
|
A
G
|
G
V
 
V
A
 
G
P
 
L
A
 
A
E
 
E
K
 
K
V
 
I
I
 
L
G
 
G
K
 
K
S
 
E
G
 
G
V
 
P
H
 
H
A
 
G
M
 
L
A
 
E
S
 
S
F
 
F
S
 
R
R
 
R
T
 
V
M
 
L
Q
 
E
I
 
V
N
 
N
V
 
L
G
 
L
G
 
G
T
 
T
F
 
F
N
 
N
V
 
V
L
 
L
R
 
R
L
 
L
G
 
A
A
 
A
E
 
W
I
 
A
M
 
M
A
 
R
G
 
E
Q
 
N
E
 
P
A
 
P
L
 
D
A
 
A
D
 
E
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
N
 
N
T
 
T
A
 
A
S
|
S
I
 
V
A
 
A
A
 
A
F
 
F
D
 
E
G
 
G
Q
 
Q
V
 
I
G
 
G
Q
 
Q
T
 
A
A
 
A
Y
|
Y
A
 
A
A
 
A
S
 
S
K
|
K
G
 
G
A
 
G
I
 
V
V
 
V
A
 
A
M
 
L
T
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
A
A
 
A
R
 
R
E
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
G
F
 
W
G
 
G
I
 
I
R
 
R
V
 
V
M
 
V
A
 
T
I
 
V
A
 
A
P
 
P
G
 
G
I
 
L
M
 
F
E
 
D
T
 
T
P
 
P
M
 
L
L
 
L
L
 
Q
G
 
G
M
 
L
P
 
P
A
 
E
E
 
K
V
 
A
Q
 
K
K
 
A
A
 
S
L
 
L
G
 
A
D
 
A
A
 
Q
V
 
V
P
 
P
F
 
F
P
 
P
Q
 
P
R
 
R
M
 
L
G
 
G
R
 
R
P
 
P
T
 
E
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
D
 
A
L
 
L
V
 
V
K
 
L
H
 
H
I
 
I
I
 
L
G
 
E
S
 
N
P
 
P
Y
 
M
L
 
L
N
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
V
I
 
V
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
I
 
L
R
 
R
M
 
M
A
 
A
A
 
P
K
 
R

2o23B The structure of wild-type human hadh2 (17beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 10) bound to NAD+ at 1.2 a
51% identity, 96% coverage: 7:249/252 of query aligns to 12:251/255 of 2o23B

query
sites
2o23B
V
 
V
F
 
A
I
 
V
V
 
I
T
 
T
G
|
G
G
 
G
G
 
A
S
|
S
G
|
G
L
|
L
G
 
G
A
 
L
A
 
A
T
 
T
V
 
A
H
 
E
A
 
R
L
 
L
A
 
V
E
 
G
N
 
Q
G
 
G
A
 
A
K
 
S
V
 
A
V
 
V
I
 
L
A
 
L
D
|
D
R
x
L
D
 
P
A
 
N
D
 
S
A
 
G
G
 
G
Q
 
E
A
 
A
V
 
Q
A
 
A
K
 
K
T
 
K
S
 
L
G
 
G
G
 
N
-
 
N
-
 
C
A
 
V
F
 
F
V
 
A
R
 
P
T
 
A
D
|
D
V
|
V
T
 
T
D
 
S
E
 
E
E
 
K
S
 
D
V
 
V
Q
 
Q
G
 
T
M
 
A
Y
 
L
A
 
A
F
 
L
A
 
A
T
 
K
-
 
G
R
 
K
L
 
F
G
 
G
V
 
R
L
 
V
R
 
D
G
 
V
V
 
A
I
 
V
N
 
N
C
|
C
A
|
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
P
 
V
A
 
A
E
 
S
K
 
K
V
 
T
-
 
Y
-
 
N
I
 
L
G
 
K
K
 
K
S
 
G
G
 
Q
V
 
T
H
 
H
A
 
T
M
 
L
A
 
E
S
 
D
F
 
F
S
 
Q
R
 
R
T
 
V
M
 
L
Q
 
D
I
 
V
N
|
N
V
 
L
G
 
M
G
 
G
T
 
T
F
 
F
N
 
N
V
 
V
L
 
I
R
 
R
L
 
L
G
 
V
A
 
A
E
 
G
I
 
E
M
 
M
A
 
G
G
 
Q
Q
 
N
E
 
E
A
 
P
L
 
D
A
 
Q
D
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
I
N
 
N
T
|
T
A
 
A
S
|
S
I
 
V
A
 
A
A
 
A
F
 
F
D
 
E
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
Q
 
Q
T
 
A
A
 
A
Y
|
Y
A
 
S
A
 
A
S
 
S
K
|
K
G
 
G
A
 
G
I
 
I
V
 
V
A
 
G
M
 
M
T
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
I
A
 
A
R
 
R
E
 
D
L
 
L
A
 
A
R
 
P
F
 
I
G
 
G
I
 
I
R
 
R
V
 
V
M
 
M
A
 
T
I
 
I
A
 
A
P
|
P
G
 
G
I
x
L
M
x
F
E
 
G
T
|
T
P
 
P
M
x
L
L
 
L
L
 
-
G
 
-
M
 
-
P
 
-
A
 
-
E
 
-
V
 
-
Q
 
-
K
 
N
A
 
F
L
 
L
G
 
A
D
 
S
A
 
Q
V
 
V
P
 
P
F
 
F
P
 
P
Q
 
S
R
 
R
M
 
L
G
 
G
R
 
D
P
 
P
T
 
A
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
D
 
H
L
 
L
V
 
V
K
 
Q
H
 
A
I
 
I
I
 
I
G
 
E
S
 
N
P
 
P
Y
 
F
L
 
L
N
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
V
I
 
I
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
I
 
I
R
 
R
M
 
M

O08756 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type-2; 17-beta-estradiol 17-dehydrogenase; 2-methyl-3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase; MHBD; 3-alpha-(17-beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD(+)); 3-hydroxy-2-methylbutyryl-CoA dehydrogenase; 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase type II; 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase; 7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase; Endoplasmic reticulum-associated amyloid beta-peptide-binding protein; Mitochondrial ribonuclease P protein 2; Mitochondrial RNase P protein 2; Short chain dehydrogenase/reductase family 5C member 1; Short-chain type dehydrogenase/reductase XH98G2; Type II HADH; EC 1.1.1.35; EC 1.1.1.62; EC 1.1.1.239; EC 1.1.1.178; EC 1.1.1.53; EC 1.1.1.159 from Mus musculus (Mouse)
49% identity, 96% coverage: 7:249/252 of query aligns to 12:259/261 of O08756

query
sites
O08756
V
 
V
F
 
A
I
 
V
V
 
V
T
 
T
G
 
G
G
 
G
G
 
A
S
 
S
G
 
G
L
 
P
G
 
W
A
 
L
A
 
A
T
 
T
V
 
A
H
 
K
A
 
R
L
 
L
A
 
V
E
 
G
N
 
Q
G
 
G
A
 
A
K
 
T
V
 
A
V
 
V
I
 
L
A
 
L
D
 
D
R
 
V
D
 
P
A
 
D
D
 
S
A
 
E
G
 
G
Q
 
E
A
 
S
V
 
Q
A
 
A
K
 
K
T
 
K
S
 
L
G
 
G
G
 
E
A
 
S
-
 
C
-
 
I
F
 
F
V
 
A
R
 
P
T
 
A
D
 
N
V
 
V
T
 
T
D
 
S
E
 
E
E
 
K
S
 
E
V
 
I
Q
 
Q
G
 
A
M
 
A
Y
 
L
A
 
T
F
 
L
A
 
A
T
 
K
-
 
E
R
 
K
L
 
F
G
 
G
V
 
R
L
 
I
R
 
D
G
 
V
V
 
A
I
 
V
N
 
N
C
 
C
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
P
 
V
A
 
A
E
 
I
K
 
K
V
 
T
I
 
Y
-
 
H
-
 
Q
G
 
K
K
 
K
S
 
N
G
 
K
V
 
I
H
 
H
A
 
T
M
 
L
A
 
E
S
 
D
F
 
F
S
 
Q
R
 
R
T
 
V
M
 
I
Q
 
N
I
 
V
N
 
N
V
 
L
G
 
I
G
 
G
T
 
T
F
 
F
N
 
N
V
 
V
L
 
I
R
 
R
L
 
L
G
 
V
A
 
A
E
 
G
I
 
E
M
 
M
A
 
G
G
 
Q
Q
 
N
E
 
E
A
 
P
L
 
D
A
 
Q
D
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
T
A
 
A
S
 
S
I
 
V
A
 
A
A
 
A
F
 
F
D
 
E
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
Q
 
Q
T
 
A
A
 
A
Y
 
Y
A
 
S
A
 
A
S
 
S
K
 
K
G
 
G
A
 
G
I
 
I
V
 
D
A
 
G
M
 
M
T
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
I
A
 
A
R
 
R
E
 
D
L
 
L
A
 
A
R
 
P
F
 
T
G
 
G
I
 
I
R
 
R
V
 
V
M
 
V
A
 
T
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
I
 
L
M
 
F
E
 
A
T
 
T
P
 
P
M
 
L
L
 
L
L
 
T
G
 
T
M
 
L
P
 
P
A
 
E
E
 
K
V
 
V
Q
 
R
K
 
N
A
 
F
L
 
L
G
 
A
D
 
S
A
 
Q
V
 
V
P
 
P
F
 
F
P
 
P
Q
 
S
R
 
R
M
 
L
G
 
G
R
 
D
P
 
P
T
 
A
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
D
 
H
L
 
L
V
 
V
K
 
Q
H
 
T
I
 
I
I
 
I
G
 
E
S
 
N
P
 
P
Y
 
F
L
 
L
N
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
V
I
 
I
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
I
 
I
R
 
R
M
 
M

Sites not aligning to the query:

1e6wC Rat brain 3-hydroxyacyl-coa dehydrogenase binary complex with nadh and estradiol (see paper)
49% identity, 96% coverage: 7:249/252 of query aligns to 6:246/248 of 1e6wC

query
sites
1e6wC
V
 
V
F
 
A
I
 
V
V
 
I
T
 
T
G
|
G
G
 
G
G
 
A
S
|
S
G
|
G
L
|
L
G
 
G
A
 
L
A
 
S
T
 
T
V
 
A
H
 
K
A
 
R
L
 
L
A
 
V
E
 
G
N
 
Q
G
 
G
A
 
A
K
 
T
V
 
A
V
 
V
I
 
L
A
 
L
D
|
D
R
x
V
D
 
P
A
 
N
D
 
S
A
 
E
G
 
G
Q
 
E
A
 
T
V
 
E
A
 
A
K
 
K
T
 
K
S
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
N
-
 
C
-
 
I
F
 
F
V
 
A
R
 
P
T
 
A
D
x
N
V
|
V
T
 
T
D
 
S
E
 
E
E
 
K
S
 
E
V
 
V
Q
 
Q
G
 
A
M
 
A
Y
 
L
A
 
T
F
 
L
A
 
A
T
 
K
-
 
E
R
 
K
L
 
F
G
 
G
V
 
R
L
 
I
R
 
D
G
 
V
V
 
A
I
 
V
N
 
N
C
|
C
A
|
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
P
 
V
A
 
A
E
 
I
K
 
K
V
 
T
I
 
Y
-
 
H
-
 
E
G
 
K
K
 
K
S
 
N
G
 
Q
V
 
V
H
 
H
A
 
T
M
 
L
A
 
E
S
 
D
F
 
F
S
 
Q
R
 
R
T
 
V
M
 
I
Q
 
N
I
 
V
N
|
N
V
 
L
G
 
I
G
 
G
T
 
T
F
 
F
N
 
N
V
 
V
L
 
I
R
 
R
L
 
L
G
 
V
A
 
A
E
 
G
I
 
V
M
 
M
A
 
G
G
 
Q
Q
 
N
E
 
E
A
 
P
L
 
D
A
 
Q
D
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
I
N
 
N
T
|
T
A
 
A
S
|
S
I
 
V
A
 
A
A
 
A
F
 
F
D
 
E
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
G
 
G
Q
|
Q
T
 
A
A
 
A
Y
|
Y
A
 
S
A
 
A
S
 
S
K
|
K
G
 
G
A
 
G
I
 
I
V
 
V
A
 
G
M
 
M
T
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
I
A
 
A
R
 
R
E
 
D
L
 
L
A
 
A
R
 
P
F
 
I
G
 
G
I
 
I
R
 
R
V
 
V
M
 
V
A
 
T
I
 
I
A
 
A
P
|
P
G
 
G
I
x
L
M
x
F
E
 
A
T
|
T
P
 
P
M
x
L
L
|
L
L
 
T
G
 
N
M
 
F
P
 
-
A
 
-
E
 
-
V
 
-
Q
 
-
K
 
-
A
 
-
L
 
L
G
 
A
D
 
S
A
 
Q
V
 
V
P
 
P
F
 
F
P
 
P
Q
 
S
R
 
R
M
 
L
G
 
G
R
 
D
P
 
P
T
 
A
E
 
E
F
 
Y
A
 
A
D
 
H
L
 
L
V
 
V
K
 
Q
H
 
M
I
 
V
I
 
I
G
 
E
S
 
N
P
 
P
Y
 
F
L
 
L
N
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
V
I
 
I
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
I
 
I
R
 
R
M
 
M

7n09A Structural basis for branched substrate selectivity in a ketoreductase from ascaris suum
50% identity, 97% coverage: 7:251/252 of query aligns to 10:259/259 of 7n09A

query
sites
7n09A
V
 
V
F
 
A
I
 
L
V
 
V
T
 
T
G
|
G
G
 
G
G
 
A
S
|
S
G
|
G
L
|
L
G
 
G
A
 
R
A
 
G
T
 
A
V
 
A
H
 
E
A
 
N
L
 
L
A
 
L
E
 
K
N
 
H
G
 
G
A
 
A
K
 
K
V
 
V
V
 
A
I
 
I
A
 
L
D
|
D
R
x
L
D
 
P
A
 
S
D
 
S
A
 
A
G
 
G
Q
 
A
A
 
E
V
 
V
A
 
A
K
 
K
T
 
E
S
 
L
G
 
G
G
 
G
-
 
D
-
 
C
A
 
I
F
 
F
V
 
T
R
 
P
T
 
A
D
x
S
V
|
V
T
 
T
D
 
A
E
 
A
E
 
S
S
 
E
V
 
V
Q
 
K
G
 
S
M
 
A
Y
 
L
A
 
A
-
 
D
F
 
V
A
 
K
T
 
K
R
 
K
L
 
F
G
 
G
V
 
R
L
 
L
R
 
D
G
 
V
V
 
A
I
 
V
N
 
N
C
|
C
A
|
A
G
 
G
V
 
I
A
 
A
P
 
Y
A
 
S
E
 
F
K
 
K
V
 
L
-
 
F
-
 
N
I
 
V
G
 
K
K
 
K
S
 
K
G
 
K
V
 
L
H
 
C
A
 
D
M
 
L
A
 
E
S
 
S
F
 
V
S
 
R
R
 
K
T
 
T
M
 
L
Q
 
D
I
 
V
N
 
N
V
 
V
G
 
M
G
 
G
T
 
Y
F
 
F
N
 
T
V
 
V
L
 
A
R
 
A
L
 
H
G
 
A
A
 
A
E
 
E
I
 
L
M
 
F
A
 
A
G
 
E
Q
 
N
E
 
E
A
 
K
L
 
D
A
 
E
D
 
M
G
 
G
E
 
Q
R
 
R
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
I
N
 
N
T
 
T
A
 
A
S
|
S
I
 
I
A
 
A
A
 
A
F
 
F
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
V
 
A
G
 
G
Q
 
Q
T
 
S
A
 
A
Y
|
Y
A
 
S
A
 
A
S
 
S
K
|
K
G
 
G
A
 
A
I
 
I
V
 
V
A
 
G
M
 
M
T
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
A
R
 
R
E
 
D
L
 
F
A
 
A
R
 
D
F
 
D
G
 
G
I
 
I
R
 
R
V
 
V
M
 
V
A
 
T
I
 
I
A
 
A
P
|
P
G
|
G
I
|
I
M
x
F
E
 
D
T
|
T
P
 
P
M
|
M
L
 
M
L
 
A
G
 
S
M
 
F
P
 
P
A
 
D
E
 
K
V
 
V
Q
 
R
K
 
N
A
 
F
L
 
L
G
 
I
D
 
G
A
 
L
V
 
V
P
 
P
F
 
N
P
 
P
Q
 
K
R
 
R
M
 
F
G
 
G
R
 
V
P
 
P
T
 
E
E
 
E
F
 
Y
A
 
G
D
 
A
L
 
L
V
 
V
K
 
R
H
 
H
I
 
I
I
 
I
G
 
E
S
 
N
P
 
R
Y
 
Y
L
 
L
N
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
V
I
 
I
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
I
 
L
R
 
R
M
 
M
A
 
P
A
 
A

3ppiA Crystal structure of 3-hydroxyacyl-coa dehydrogenase type-2 from mycobacterium avium (see paper)
44% identity, 100% coverage: 2:252/252 of query aligns to 4:258/258 of 3ppiA

query
sites
3ppiA
Q
 
Q
I
 
F
Q
 
E
D
 
G
N
 
A
V
 
S
F
 
A
I
 
I
V
 
V
T
 
S
G
|
G
G
 
G
G
 
A
S
x
G
G
|
G
L
 
L
G
 
G
A
 
E
A
 
A
T
 
T
V
 
V
H
 
R
A
 
R
L
 
L
A
 
H
E
 
A
N
 
D
G
 
G
A
 
L
K
 
G
V
 
V
V
 
V
I
 
I
A
 
A
D
 
D
R
 
L
D
 
A
A
 
A
D
 
E
A
 
K
G
 
G
Q
 
K
A
 
A
V
 
L
A
|
A
K
 
D
T
 
E
S
 
L
G
|
G
G
 
N
-
 
R
-
x
A
A
 
E
F
 
F
V
 
V
R
 
S
T
 
T
D
 
N
V
 
V
T
 
T
D
 
S
E
 
E
E
 
D
S
 
S
V
 
V
Q
 
L
G
 
A
M
 
A
Y
 
I
A
 
E
F
 
A
A
 
A
T
 
N
R
 
Q
L
 
L
G
 
G
V
 
R
L
 
L
R
 
R
-
 
Y
G
 
A
V
 
V
I
 
V
N
 
A
C
 
H
A
 
G
G
 
G
V
 
F
A
 
G
P
 
V
A
 
A
E
 
Q
K
 
R
V
 
I
I
 
V
G
 
Q
K
 
R
S
 
D
G
 
G
V
 
S
H
 
P
A
 
A
-
 
D
M
 
M
A
 
G
S
 
G
F
 
F
S
 
T
R
 
K
T
 
T
M
 
I
Q
 
D
I
 
L
N
 
Y
V
 
L
G
 
N
G
 
G
T
 
T
F
 
Y
N
 
N
V
 
V
L
 
A
R
 
R
L
 
L
G
 
V
A
 
A
E
 
A
I
 
S
M
 
I
A
 
A
G
 
A
Q
 
A
E
 
E
A
 
P
L
 
R
A
 
E
D
 
N
G
 
G
E
 
E
R
 
R
G
 
G
V
 
A
I
 
L
V
 
V
N
 
L
T
 
T
A
 
A
S
|
S
I
 
I
A
 
A
A
 
G
F
 
Y
D
 
E
G
 
G
Q
 
Q
V
 
I
G
 
G
Q
 
Q
T
 
T
A
 
A
Y
|
Y
A
 
A
A
 
A
S
 
A
K
|
K
G
 
A
A
 
G
I
 
V
V
 
I
A
 
G
M
 
L
T
 
T
L
 
I
P
 
A
L
 
A
A
 
A
R
 
R
E
 
D
L
 
L
A
 
S
R
 
S
F
 
A
G
 
G
I
 
I
R
 
R
V
 
V
M
 
N
A
 
T
I
 
I
A
 
A
P
 
P
G
 
G
I
 
T
M
 
M
E
x
K
T
 
T
P
 
P
M
 
I
L
 
M
L
 
E
G
 
S
M
 
V
P
 
G
A
 
E
E
 
E
V
 
A
Q
 
L
K
 
A
A
 
K
L
 
F
G
 
A
D
 
A
A
 
N
V
 
I
P
 
P
F
 
F
P
 
P
Q
 
K
R
 
R
M
 
L
G
 
G
R
 
T
P
 
P
T
 
D
E
 
E
F
 
F
A
 
A
D
 
D
L
 
A
V
 
A
K
 
A
H
 
F
I
 
L
I
 
L
G
 
T
S
 
N
P
 
G
Y
 
Y
L
 
I
N
 
N
G
 
G
E
 
E
V
 
V
I
 
M
R
 
R
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
A
I
 
Q
R
 
R
M
 
F
A
 
T
A
 
P
K
 
K

4nbuB Crystal structure of fabg from bacillus sp (see paper)
37% identity, 98% coverage: 2:249/252 of query aligns to 4:244/244 of 4nbuB

query
sites
4nbuB
Q
 
R
I
 
L
Q
 
Q
D
 
D
N
 
K
V
 
V
F
 
A
I
 
I
V
 
I
T
 
T
G
|
G
G
 
A
G
 
A
S
x
N
G
|
G
L
x
I
G
 
G
A
 
L
A
 
E
T
 
A
V
 
A
H
 
R
A
 
V
L
 
F
A
 
M
E
 
K
N
 
E
G
 
G
A
 
A
K
 
K
V
 
V
V
 
V
I
 
I
A
 
A
D
|
D
R
x
F
D
 
N
A
 
E
D
 
A
A
 
A
G
 
G
-
 
K
Q
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
E
K
 
A
T
 
N
S
 
P
G
 
G
G
 
V
A
 
V
F
 
F
V
 
I
R
 
R
T
x
V
D
|
D
V
|
V
T
 
S
D
 
D
E
 
R
E
 
E
S
 
S
V
 
V
Q
 
H
G
 
R
M
 
L
Y
 
V
A
 
E
-
 
N
F
 
V
A
 
A
T
 
E
R
 
R
L
 
F
G
 
G
V
 
K
L
 
I
R
 
D
G
 
I
V
 
L
I
 
I
N
 
N
C
x
N
A
|
A
G
|
G
V
x
I
A
 
T
P
 
-
A
 
R
E
x
D
K
 
S
V
 
M
I
 
L
G
 
S
K
|
K
S
 
M
G
 
T
V
 
V
H
 
D
A
 
-
M
 
-
A
 
-
S
 
Q
F
 
F
S
 
Q
R
 
Q
T
 
V
M
 
I
Q
 
N
I
 
V
N
|
N
V
 
L
G
 
T
G
 
G
T
 
V
F
 
F
N
 
H
V
 
C
L
 
T
R
 
Q
L
 
A
G
 
V
A
 
L
E
 
P
I
 
Y
M
 
M
A
 
A
G
 
E
Q
 
Q
E
 
G
A
 
-
L
 
-
A
 
-
D
 
-
G
 
-
E
 
-
R
 
K
G
 
G
V
 
K
I
 
I
V
 
I
N
 
N
T
|
T
A
 
S
S
|
S
I
 
V
A
 
T
A
 
G
F
 
T
D
 
Y
G
 
G
Q
x
N
V
|
V
G
 
G
Q
|
Q
T
 
T
A
 
N
Y
|
Y
A
 
A
A
 
A
S
 
A
K
|
K
G
 
A
A
 
G
I
 
V
V
 
I
A
 
G
M
 
M
T
 
T
L
 
K
P
 
T
L
 
W
A
 
A
R
 
K
E
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
R
F
 
K
G
 
G
I
 
I
R
 
N
V
 
V
M
 
N
A
 
A
I
 
V
A
 
A
P
|
P
G
 
G
I
x
F
M
x
T
E
 
E
T
|
T
P
 
A
M
|
M
L
 
V
L
 
A
G
 
E
M
 
V
P
 
P
A
 
E
E
 
K
V
 
V
Q
 
I
K
 
E
A
x
K
L
 
M
G
 
K
D
 
A
A
 
Q
V
 
V
P
 
P
F
 
M
P
 
G
Q
 
-
R
 
R
M
 
L
G
 
G
R
 
K
P
 
P
T
 
E
E
 
D
F
 
I
A
 
A
D
 
N
-
 
A
-
 
Y
-
 
L
-
 
F
L
 
L
V
 
A
K
 
S
H
 
H
I
 
-
I
 
-
G
 
E
S
 
S
P
 
D
Y
 
Y
L
 
V
N
 
N
G
 
G
E
 
H
V
 
V
I
 
L
R
 
H
L
 
V
D
 
D
G
 
G
A
 
G
I
 
I
R
 
M
M
 
M

P73826 Acetoacetyl-CoA reductase; EC 1.1.1.36 from Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (see paper)
35% identity, 97% coverage: 3:246/252 of query aligns to 6:237/240 of P73826

query
sites
P73826
I
 
L
Q
 
E
D
 
D
N
 
K
V
 
V
F
 
I
I
 
V
V
 
V
T
 
T
G
 
G
G
 
G
G
 
N
S
 
R
G
 
G
L
 
I
G
 
G
A
 
A
A
 
A
T
 
I
V
 
V
H
 
K
A
 
L
L
 
L
A
 
Q
E
 
E
N
 
M
G
 
G
A
 
A
K
 
K
V
 
V
V
 
A
I
 
F
A
 
T
D
 
D
R
 
L
D
 
A
A
 
T
D
 
D
A
 
G
G
 
G
Q
 
N
A
 
T
V
 
E
A
 
A
K
 
L
T
 
G
S
 
-
G
 
-
G
 
-
A
 
-
F
 
-
V
 
V
R
 
V
T
 
A
D
 
N
V
 
V
T
 
T
D
 
D
E
 
L
E
 
E
S
 
S
V
 
M
Q
 
T
G
 
A
M
 
A
Y
 
A
A
 
A
F
 
E
A
 
I
T
 
T
-
 
D
R
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
P
L
 
V
R
 
Y
G
 
G
V
 
V
I
 
V
N
 
A
C
 
N
A
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
T
P
 
K
A
 
-
E
 
D
K
 
N
V
 
F
I
 
F
G
 
P
K
 
K
S
 
-
G
 
-
V
 
-
H
 
L
A
 
T
M
 
P
A
 
A
S
 
D
F
 
W
S
 
D
R
 
A
T
 
V
M
 
L
Q
 
N
I
 
V
N
 
N
V
 
L
G
 
K
G
 
G
T
 
V
F
 
A
N
 
Y
V
 
S
L
 
I
R
 
K
L
 
P
G
 
F
A
 
I
E
 
E
I
 
G
M
 
M
A
 
Y
G
 
E
Q
 
R
E
 
K
A
 
A
L
 
-
A
 
-
D
 
-
G
 
-
E
 
-
R
 
-
G
 
G
V
 
S
I
 
I
V
 
V
N
 
A
T
 
I
A
 
S
S
|
S
I
 
I
A
 
S
A
 
G
F
 
E
D
 
R
G
 
G
Q
 
N
V
 
V
G
 
G
Q
 
Q
T
 
T
A
 
N