SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing RR42_RS29530 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS29530 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 7 hits to proteins with known functional sites (download)

P94363 Citrate/malate-proton symporter; CimHbs; Citrate/malate transporter from Bacillus subtilis (strain 168) (see paper)
59% identity, 97% coverage: 12:447/451 of query aligns to 9:446/450 of P94363

query
sites
P94363
E
 
Q
A
 
L
Q
 
Q
Q
 
T
T
 
D
A
 
T
I
 
I
K
 
H
P
 
E
R
 
G
F
 
V
W
 
R
P
 
K
E
 
E
G
 
N
W
 
W
W
 
F
-
 
A
K
 
K
L
 
A
M
 
M
E
 
N
F
 
I
R
 
K
I
 
V
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
L
 
L
P
 
P
V
 
V
Y
 
Y
V
 
A
I
 
L
L
 
L
L
 
F
A
 
I
L
 
L
I
 
I
A
 
T
G
 
V
F
 
F
A
 
V
V
 
M
T
 
H
G
 
H
K
 
D
V
 
V
P
 
K
G
 
S
E
 
D
I
 
I
S
 
L
M
 
T
A
 
S
I
 
I
A
 
A
V
 
V
L
 
M
A
 
A
F
 
F
F
 
F
G
 
G
F
 
F
T
 
T
C
 
F
A
 
A
E
 
Q
I
 
I
G
 
G
K
 
K
R
 
S
L
 
I
P
 
P
I
 
I
I
 
V
R
 
R
N
 
S
I
 
I
G
 
G
A
 
G
A
 
P
A
 
A
I
 
I
F
 
L
A
 
A
T
 
T
F
 
F
I
 
I
P
 
P
S
 
S
A
 
A
L
 
V
T
 
V
Y
 
Y
Y
 
Y
H
 
H
L
 
L
L
 
L
P
 
P
K
 
N
P
 
D
I
 
I
L
 
V
S
 
K
L
 
S
T
 
T
T
 
T
E
 
E
F
 
F
T
 
T
K
 
E
S
 
N
T
 
S
N
 
N
F
 
F
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
F
 
F
I
 
I
A
 
A
S
 
G
I
 
I
I
 
V
V
 
V
G
 
G
S
 
S
I
 
I
L
 
L
S
 
G
M
 
M
D
 
K
R
|
R
R
 
E
V
 
T
L
 
L
I
 
V
Q
 
K
G
 
A
F
 
F
I
 
M
K
 
K
I
 
I
F
 
F
I
 
I
P
 
P
L
 
L
A
 
I
V
 
V
G
 
G
S
 
S
I
 
V
A
 
T
A
 
A
G
 
A
I
 
I
V
 
V
G
 
G
T
 
L
A
 
A
V
 
V
G
 
G
T
 
T
A
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
F
H
 
Q
H
 
H
T
 
T
F
 
L
F
 
L
Y
 
Y
I
 
I
V
 
V
V
 
I
P
 
P
I
 
I
M
 
M
A
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
G
 
G
E
 
E
G
 
G
A
 
A
I
 
I
P
 
P
L
 
L
S
 
S
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
S
 
S
E
 
D
I
 
I
L
 
M
H
 
P
L
 
I
P
 
S
Q
 
Q
G
 
G
D
 
E
L
 
A
F
 
F
A
 
A
Q
 
L
V
 
V
L
 
L
P
 
P
P
 
S
V
 
I
M
 
M
L
 
L
G
 
G
S
 
S
L
 
L
T
x
C
A
 
A
I
 
I
I
 
I
L
 
L
S
 
A
G
 
G
V
 
L
L
 
L
D
 
N
K
 
R
V
 
I
G
 
G
K
 
K
R
 
K
F
 
K
P
 
P
H
 
E
L
 
W
T
 
T
G
 
G
E
 
N
G
 
G
R
 
K
L
 
V
Q
 
D
V
 
R
G
 
S
E
 
E
E
 
E
D
 
E
E
 
-
M
 
-
D
 
S
P
 
P
V
 
A
Q
 
L
E
 
E
E
 
E
I
 
S
R
 
Q
G
 
S
-
 
G
-
 
Q
-
 
Q
H
 
M
I
 
F
D
 
N
V
 
L
T
 
S
H
 
L
I
 
F
A
 
A
A
 
S
A
 
G
G
 
G
I
 
I
T
 
L
A
 
A
I
 
V
T
 
S
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
L
 
V
G
 
G
L
 
M
M
 
L
C
 
A
R
 
H
N
 
D
L
 
F
F
 
F
G
 
G
L
 
F
P
 
P
A
 
A
P
 
P
V
 
V
A
 
A
M
 
M
L
 
L
F
 
L
L
 
L
A
 
A
V
 
V
L
 
L
V
 
I
K
 
K
I
 
L
T
 
F
R
 
R
A
 
L
V
 
V
S
 
P
P
 
A
P
 
S
L
 
I
Q
 
E
E
 
N
G
 
G
A
 
A
F
 
F
V
 
G
V
 
V
Y
 
S
K
 
R
F
 
F
F
 
F
S
 
S
T
 
T
A
 
A
V
 
V
T
 
T
Y
 
Y
P
 
P
L
 
L
L
 
L
F
 
F
A
 
A
I
 
I
G
 
G
V
 
V
A
 
S
M
 
M
T
 
T
P
 
P
W
 
W
D
 
D
K
 
K
L
 
L
I
 
V
A
 
A
A
 
A
F
 
F
T
 
N
L
 
L
A
 
S
N
 
N
I
 
I
V
 
I
T
 
T
I
 
I
V
 
L
A
 
S
T
 
V
V
 
V
T
 
V
T
 
T
L
 
M
M
 
M
G
 
A
T
 
V
G
 
G
F
 
F
V
 
F
V
 
T
A
 
G
R
 
K
M
 
W
L
 
L
K
 
N
M
 
M
H
 
Y
P
 
P
I
 
I
D
 
E
T
 
T
A
 
A
I
 
I
V
 
I
N
 
N
A
 
A
C
|
C
H
 
H
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
G
 
G
G
 
G
T
 
T
G
 
G
D
 
D
V
 
V
A
 
A
I
 
I
L
 
L
T
 
S
A
 
A
A
 
A
N
 
E
R
|
R
M
 
L
T
 
E
L
 
L
M
 
M
P
 
P
F
 
F
A
 
A
Q
|
Q
I
 
V
A
 
S
T
 
T
R
|
R
I
 
I
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
I
V
 
T
V
 
V
T
 
S
L
 
L
T
 
T
L
 
L
I
 
L
V
 
L
L
 
L

P31602 Citrate/sodium symporter; Citrate transporter CitS; Na(+)-dependent citrate carrier; Sodium-dependent citrate transport system from Klebsiella pneumoniae (see 3 papers)
29% identity, 99% coverage: 4:450/451 of query aligns to 2:445/446 of P31602

query
sites
P31602
T
 
T
S
 
N
H
 
M
T
 
S
L
 
Q
P
 
P
P
 
P
A
 
A
E
 
T
A
 
E
Q
 
K
Q
 
K
T
 
-
A
 
-
I
 
-
K
 
-
P
 
-
R
 
-
F
 
-
W
 
-
P
 
-
E
 
-
G
 
G
W
 
V
W
 
S
K
 
D
L
 
L
M
 
L
E
 
G
F
 
F
R
 
K
I
 
I
G
 
F
I
 
G
I
 
M
P
 
P
L
 
L
P
 
P
V
 
L
Y
 
Y
V
 
A
I
 
F
L
 
A
L
 
L
A
 
I
L
 
T
I
 
L
A
 
L
G
 
L
F
 
S
A
 
H
V
 
F
T
 
Y
G
 
N
K
 
A
V
 
L
P
 
P
G
 
T
E
 
D
I
 
I
S
 
V
M
 
G
A
 
G
I
 
F
A
 
A
V
 
I
L
 
M
A
 
F
F
 
I
F
 
I
G
 
G
F
 
A
T
 
I
C
 
F
A
 
G
E
 
E
I
 
I
G
 
G
K
 
K
R
 
R
L
 
L
P
 
P
I
 
I
I
 
F
-
 
N
R
 
K
N
 
Y
I
 
I
G
 
G
A
 
G
A
 
A
A
 
P
I
 
V
F
 
M
A
 
I
T
 
F
F
 
L
I
 
V
P
 
A
S
 
A
A
 
Y
L
 
F
T
 
V
Y
 
Y
Y
 
A
H
 
G
L
 
I
L
 
F
P
 
T
K
 
Q
P
 
K
I
 
E
L
 
I
S
 
D
L
 
A
T
 
I
T
 
S
E
 
N
F
 
V
T
 
M
K
 
D
S
 
K
T
 
S
N
 
N
F
 
F
L
 
L
Y
 
N
L
 
L
F
 
F
I
 
I
A
 
A
S
 
V
I
 
L
I
 
I
V
 
T
G
 
G
S
 
A
I
 
I
L
 
L
S
 
S
M
 
V
D
 
N
R
 
R
R
 
R
V
 
L
L
 
L
I
 
L
Q
 
K
G
 
S
F
 
L
I
 
L
K
 
G
I
 
Y
F
 
I
I
 
P
P
 
T
L
 
I
A
 
L
V
 
M
G
 
G
S
 
I
I
 
V
A
 
G
A
 
A
G
 
S
I
 
I
V
 
F
G
 
G
T
 
I
A
 
A
V
 
I
G
 
G
T
 
L
A
 
V
L
 
F
G
 
G
L
 
I
G
 
P
A
 
V
H
 
D
H
 
R
T
 
I
F
 
M
F
 
M
Y
 
L
I
 
Y
V
 
V
V
 
L
P
 
P
I
|
I
M
 
M
A
x
G
G
 
G
G
 
G
V
x
N
G
|
G
E
 
A
G
 
G
A
 
A
I
 
V
P
 
P
L
 
L
S
 
S
I
x
E
G
 
I
Y
 
Y
S
 
H
E
 
S
I
 
V
L
 
T
H
 
G
L
 
R
P
 
S
Q
 
R
G
 
E
D
 
E
L
 
Y
F
 
Y
A
 
S
Q
 
T
V
 
A
L
 
I
P
 
A
P
 
I
V
 
L
M
 
T
L
 
I
G
 
A
S
 
N
L
 
I
T
 
F
A
 
A
I
 
I
I
 
V
L
 
F
S
 
A
G
 
A
V
 
V
L
 
L
D
 
D
K
 
I
V
 
I
G
 
G
K
 
K
R
 
K
F
 
H
P
 
T
H
 
W
L
 
L
T
 
S
G
 
G
E
 
E
G
 
G
R
 
E
L
 
L
Q
 
V
V
 
-
G
 
-
E
 
R
E
 
K
D
 
A
E
 
S
M
 
F
D
 
K
P
 
V
V
 
E
Q
 
E
E
 
D
E
 
E
I
 
K
R
 
T
G
 
G
H
 
Q
I
 
I
D
 
T
V
 
H
T
 
R
H
 
E
I
 
T
A
 
A
A
 
V
A
 
G
G
 
L
I
 
V
T
 
L
A
 
S
I
 
T
T
 
T
L
x
C
Y
 
F
L
 
L
L
 
L
G
 
A
-
 
Y
L
 
V
M
 
V
C
 
A
R
 
K
N
 
K
L
 
I
F
 
L
G
 
P
L
 
S
P
 
I
A
 
G
P
 
G
V
 
V
A
 
A
M
 
I
L
 
H
F
 
Y
L
 
F
A
 
A
V
 
W
L
 
M
V
 
V
K
 
L
I
 
I
T
 
V
R
 
A
A
 
A
V
 
L
-
 
N
-
 
A
-
 
S
-
 
G
-
 
L
-
x
C
S
 
S
P
 
P
P
 
E
L
 
I
Q
 
K
E
 
A
G
 
G
A
 
A
F
 
K
V
 
R
V
 
L
Y
 
S
K
 
D
F
 
F
F
 
F
S
 
S
T
 
K
A
 
Q
V
 
L
T
 
L
Y
 
W
P
 
V
L
 
L
L
 
M
F
 
V
A
 
G
I
 
V
G
 
G
V
 
V
A
x
C
M
 
Y
T
 
T
P
 
D
W
 
L
D
 
Q
K
 
E
L
 
I
I
 
I
A
 
N
A
 
A
F
 
I
T
 
T
L
 
F
A
 
A
N
 
N
I
 
V
V
 
V
T
 
I
I
 
A
V
 
A
A
 
I
T
 
I
V
 
V
T
 
I
T
 
G
L
 
A
M
 
V
G
 
L
T
 
G
G
 
A
F
 
A
V
 
I
V
 
G
A
 
G
R
 
W
M
 
L
L
 
M
K
 
G
M
 
F
H
 
F
P
 
P
I
 
I
D
 
E
T
 
S
A
 
A
I
 
I
V
 
T
N
 
A
A
 
G
-
 
L
C
|
C
H
x
M
S
 
A
G
x
N
Q
x
R
G
 
G
G
|
G
T
x
S
G
 
G
D
 
D
V
 
L
A
 
E
I
 
V
L
 
L
T
 
S
A
 
A
A
x
C
N
 
N
R
 
R
M
 
M
T
 
N
L
 
L
M
 
I
P
 
S
F
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
A
 
S
T
 
S
R
|
R
I
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
G
I
 
I
V
 
V
V
 
L
T
 
V
L
 
I
T
 
A
L
 
S
I
 
I
V
 
V
L
 
F
A
 
G
H
 
M
M
 
M

5a1sD Crystal structure of the sodium-dependent citrate symporter secits form salmonella enterica. (see paper)
29% identity, 94% coverage: 29:450/451 of query aligns to 3:431/434 of 5a1sD

query
sites
5a1sD
K
 
D
L
 
L
M
 
L
E
 
R
F
 
F
R
 
K
I
 
I
G
 
F
I
 
G
I
 
M
P
 
P
L
 
L
P
 
P
V
 
L
Y
 
Y
V
 
A
I
 
F
L
 
A
L
 
L
A
 
I
L
 
T
I
 
L
A
 
L
G
 
L
F
 
S
A
 
H
V
 
F
T
 
Y
G
 
N
K
 
A
V
 
I
P
 
P
G
 
T
E
 
D
I
 
L
S
 
V
M
 
G
A
 
G
I
 
F
A
 
A
V
 
L
L
 
M
A
 
F
F
 
V
F
 
M
G
 
G
F
 
A
T
 
I
C
 
F
A
 
G
E
 
E
I
 
I
G
 
G
K
 
K
R
 
R
L
 
L
P
 
P
I
 
I
I
 
F
-
 
N
R
 
K
N
 
Y
I
 
I
G
 
G
A
 
G
A
 
A
A
 
P
I
 
V
F
 
M
A
 
I
T
 
F
F
 
L
I
 
V
P
 
A
S
 
A
A
 
Y
L
 
F
T
 
V
Y
 
Y
Y
 
A
H
 
G
L
 
I
L
 
F
P
 
T
K
 
Q
P
 
K
I
 
E
L
 
I
S
 
D
L
 
A
T
 
I
T
 
S
E
 
N
F
 
V
T
 
M
K
 
D
S
 
K
T
 
S
N
 
N
F
 
F
L
 
L
Y
 
N
L
 
L
F
 
F
I
 
I
A
 
A
S
 
V
I
 
L
I
 
I
V
 
T
G
 
G
S
 
A
I
 
I
L
 
L
S
 
S
M
 
V
D
 
N
R
 
R
R
 
K
V
 
L
L
 
L
I
 
L
Q
 
K
G
 
S
F
 
L
I
 
L
K
 
G
I
 
Y
F
 
I
I
 
P
P
 
T
L
 
I
A
 
L
V
 
A
G
 
G
S
 
I
I
 
V
A
 
G
A
 
A
G
 
S
I
 
L
V
 
F
G
 
G
T
 
I
A
 
V
V
 
I
G
 
G
T
 
L
A
 
C
L
 
F
G
 
G
L
 
I
G
 
P
A
 
V
H
 
D
H
 
R
T
 
I
F
 
M
F
 
M
Y
 
L
I
 
Y
V
 
V
V
 
L
P
 
P
I
|
I
M
|
M
A
x
G
G
 
G
G
 
G
V
 
N
G
 
G
E
 
A
G
 
G
A
 
A
I
 
V
P
 
P
L
 
L
S
 
S
I
 
E
G
 
I
Y
 
Y
S
 
H
E
 
S
I
 
V
L
 
T
H
 
G
L
 
R
P
 
S
Q
 
R
G
 
E
D
 
E
L
 
Y
F
 
Y
A
 
S
Q
 
T
V
 
A
L
 
I
P
 
A
P
 
I
V
 
L
M
 
T
L
 
I
G
 
A
S
 
N
L
 
I
T
 
F
A
 
A
I
 
I
I
 
I
L
 
F
S
 
A
G
 
A
V
 
L
L
 
L
D
 
D
K
 
M
V
 
V
G
 
G
K
 
K
R
 
K
F
 
Y
P
 
T
H
 
W
L
 
L
T
 
S
G
 
G
E
 
E
G
 
G
R
 
E
L
 
L
Q
 
V
V
 
-
G
 
-
E
 
R
E
 
K
D
 
A
E
 
S
M
 
F
D
 
K
P
 
T
V
 
E
Q
 
D
E
 
D
E
 
E
I
 
K
R
 
A
G
 
G
H
 
Q
I
 
I
D
 
T
V
 
H
T
 
R
H
 
E
I
 
T
A
 
A
A
 
V
A
 
G
G
 
M
I
 
V
T
 
L
A
 
S
I
 
T
T
 
T
L
 
C
Y
 
F
L
 
L
L
 
L
G
 
A
-
 
Y
L
 
V
M
 
V
C
 
A
R
 
K
N
 
K
L
 
I
F
 
L
G
 
P
L
 
S
P
 
I
A
 
G
P
 
G
V
 
V
A
 
S
M
 
I
L
 
H
F
 
Y
L
 
F
A
 
A
V
 
W
L
 
M
V
 
V
K
 
L
I
 
I
T
 
V
R
 
A
A
 
A
V
 
L
-
 
N
-
 
A
-
 
S
-
 
G
-
 
L
-
 
C
S
 
S
P
 
P
P
 
E
L
 
I
Q
 
K
E
 
A
G
 
G
A
 
A
F
 
K
V
 
R
V
 
L
Y
 
S
K
 
D
F
 
F
F
 
F
S
 
S
T
 
K
A
 
Q
V
 
L
T
x
L
Y
 
W
P
 
V
L
 
L
L
 
M
F
 
V
A
 
G
I
 
V
G
 
G
V
 
V
A
 
C
M
 
Y
T
 
T
P
 
D
W
 
L
D
 
Q
K
 
E
L
 
I
I
 
I
A
 
D
A
 
A
F
 
L
T
 
T
L
 
F
A
 
A
N
 
N
I
 
V
V
 
V
T
 
I
I
 
A
V
 
A
A
 
I
T
 
I
V
 
V
T
 
V
T
 
G
L
 
A
M
 
V
G
 
V
T
 
G
G
 
A
F
 
A
V
 
I
V
 
G
A
 
G
R
 
W
M
 
L
L
 
I
K
 
G
M
 
F
H
 
Y
P
 
P
I
 
I
D
 
E
T
 
S
A
 
S
I
 
I
V
 
T
N
 
A
A
 
G
-
 
L
C
|
C
H
x
M
S
x
A
G
x
N
Q
 
R
G
|
G
G
|
G
T
x
S
G
 
G
D
|
D
V
 
L
A
 
E
I
 
V
L
 
L
T
 
S
A
 
A
A
 
C
N
 
N
R
 
R
M
 
M
T
 
N
L
 
L
M
 
I
P
 
S
F
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
A
 
S
T
x
S
R
 
R
I
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
G
I
 
I
V
 
V
V
 
L
T
 
V
L
 
I
T
 
A
L
 
S
I
 
I
V
 
V
L
 
F
A
 
S
H
 
M
M
 
M

5x9rA Structural insights into the elevator-like mechanism of the sodium/citrate symporter cits (see paper)
30% identity, 93% coverage: 33:450/451 of query aligns to 1:416/416 of 5x9rA

query
sites
5x9rA
F
 
F
R
 
K
I
 
I
G
 
F
I
 
G
I
 
M
P
 
P
L
 
L
P
 
P
V
 
L
Y
 
Y
V
 
A
I
 
F
L
 
A
L
 
L
A
 
I
L
 
T
I
 
L
A
 
L
G
 
L
F
 
S
A
 
H
V
 
F
T
 
Y
G
 
N
K
 
A
V
 
L
P
 
P
G
 
T
E
 
D
I
 
I
S
 
V
M
 
G
A
 
G
I
 
F
A
 
A
V
 
I
L
 
M
A
 
F
F
 
I
F
 
I
G
 
G
F
 
A
T
 
I
C
 
F
A
 
G
E
 
E
I
 
I
G
 
G
K
 
K
R
 
R
L
 
L
P
 
P
I
 
I
I
 
F
-
 
N
R
 
K
N
 
Y
I
 
I
G
 
G
A
 
G
A
 
A
A
 
P
I
 
V
F
 
M
A
 
I
T
 
F
F
 
L
I
 
V
P
 
A
S
 
A
A
 
Y
L
 
F
T
 
V
Y
 
Y
Y
 
A
H
 
G
L
 
I
L
 
F
P
 
T
K
 
Q
P
 
K
I
 
E
L
 
I
S
 
D
L
 
A
T
 
I
T
 
S
E
 
N
F
 
V
T
 
M
K
 
D
S
 
K
T
 
S
N
 
N
F
 
F
L
 
L
Y
 
N
L
 
L
F
 
F
I
 
I
A
 
A
S
 
V
I
 
L
I
 
I
V
 
T
G
 
G
S
x
A
I
 
I
L
 
L
S
 
S
M
x
V
D
 
N
R
 
R
R
 
R
V
 
L
L
 
L
I
 
L
Q
 
K
G
 
S
F
 
L
I
 
L
K
 
G
I
 
Y
F
 
I
I
 
P
P
 
T
L
 
I
A
 
L
V
 
M
G
 
G
S
 
I
I
 
V
A
 
G
A
 
A
G
 
S
I
 
I
V
 
F
G
 
G
T
 
I
A
 
A
V
 
I
G
 
G
T
 
L
A
 
V
L
 
F
G
 
G
L
 
I
G
 
P
A
 
V
H
 
D
H
 
R
T
 
I
F
 
M
F
 
M
Y
 
L
I
 
Y
V
 
V
V
 
L
P
 
P
I
 
I
M
 
M
A
 
G
G
 
G
G
|
G
V
x
N
G
 
G
E
 
A
G
 
G
A
 
A
I
 
V
P
 
P
L
 
L
S
 
S
I
 
E
G
 
I
Y
 
Y
S
 
H
E
 
S
I
 
V
L
 
T
H
 
G
L
 
R
P
 
S
Q
 
R
G
 
E
D
 
E
L
 
Y
F
 
Y
A
 
S
Q
 
T
V
 
A
L
 
I
P
 
A
P
 
I
V
 
L
M
 
T
L
 
I
G
 
A
S
 
N
L
 
I
T
 
F
A
 
A
I
 
I
I
 
V
L
 
F
S
 
A
G
 
A
V
 
V
L
 
L
D
 
D
K
 
I
V
 
I
G
 
G
K
 
K
R
 
K
F
 
H
P
 
T
H
 
W
L
 
L
T
 
S
G
 
G
E
 
E
G
 
G
R
x
E
L
 
L
Q
 
-
V
 
-
G
 
-
E
 
-
E
 
-
D
 
-
E
 
-
M
 
-
D
 
-
P
 
-
V
 
V
Q
 
R
E
 
E
E
 
K
I
 
-
R
 
T
G
 
G
H
 
Q
I
 
I
D
 
T
V
 
H
T
 
R
H
 
E
I
 
T
A
 
A
A
 
V
A
 
G
G
 
L
I
 
V
T
 
L
A
 
S
I
 
T
T
 
T
L
 
C
Y
 
F
L
 
L
L
 
L
G
 
A
-
 
Y
L
 
V
M
 
V
C
 
A
R
 
K
N
 
K
L
 
I
F
 
L
G
 
P
L
 
S
P
 
I
A
 
G
P
 
G
V
 
V
A
 
A
M
 
I
L
 
H
F
 
Y
L
 
F
A
 
A
V
 
W
L
 
M
V
 
V
K
 
L
I
 
I
T
 
V
R
 
A
A
 
A
V
 
L
-
 
N
-
 
A
-
 
S
-
 
G
-
 
L
-
 
C
S
 
S
P
 
P
P
 
E
L
 
I
Q
 
K
E
 
A
G
 
G
A
 
A
F
 
K
V
 
R
V
 
L
Y
 
S
K
 
D
F
 
F
F
 
F
S
 
S
T
 
K
A
 
Q
V
 
L
T
 
L
Y
 
W
P
 
V
L
 
L
L
 
M
F
 
V
A
 
G
I
 
V
G
 
G
V
 
V
A
 
C
M
x
Y
T
 
T
P
 
D
W
 
L
D
 
Q
K
 
E
L
 
I
I
 
I
A
 
N
A
 
A
F
 
I
T
 
T
L
 
F
A
 
A
N
 
N
I
 
V
V
 
V
T
 
I
I
 
A
V
 
A
A
 
I
T
 
I
V
 
V
T
 
I
T
 
G
L
 
A
M
 
V
G
 
L
T
 
G
G
 
A
F
 
A
V
 
I
V
 
G
A
 
G
R
 
W
M
 
L
L
 
M
K
 
G
M
 
F
H
 
F
P
 
P
I
 
I
D
 
E
T
 
S
A
 
A
I
 
I
V
 
T
N
 
A
A
 
G
-
 
L
C
 
C
H
 
M
S
 
A
G
 
N
Q
x
R
G
 
G
G
|
G
T
x
S
G
 
G
D
 
D
V
 
L
A
 
E
I
 
V
L
 
L
T
 
S
A
 
A
A
 
C
N
 
N
R
 
R
M
 
M
T
x
N
L
 
L
M
 
I
P
 
S
F
x
Y
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
A
 
S
T
 
S
R
|
R
I
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
G
I
 
I
V
 
V
V
 
L
T
 
V
L
 
I
T
 
A
L
 
S
I
 
I
V
 
V
L
 
F
A
 
G
H
 
M
M
 
M

5xarD Structural insights into the elevator-like mechanism of the sodium/citrate symporter cits (see paper)
28% identity, 94% coverage: 25:450/451 of query aligns to 1:410/411 of 5xarD

query
sites
5xarD
E
 
K
G
 
G
W
 
V
W
 
S
K
 
D
L
 
L
M
 
L
E
 
G
F
 
F
R
 
K
I
 
I
G
 
F
I
 
G
I
 
M
P
 
P
L
 
L
P
 
P
V
 
L
Y
 
Y
V
 
A
I
 
F
L
 
A
L
 
L
A
 
I
L
 
T
I
 
L
A
 
L
G
 
L
F
 
S
A
 
H
V
 
F
T
 
Y
G
 
N
K
 
A
V
 
L
P
 
P
G
 
T
E
 
D
I
 
I
S
 
V
M
 
G
A
 
G
I
 
F
A
 
A
V
 
I
L
 
M
A
 
F
F
 
I
F
 
I
G
 
G
F
 
A
T
 
I
C
 
F
A
 
G
E
 
E
I
 
I
G
 
G
K
 
K
R
 
R
L
 
L
P
 
P
I
 
I
I
 
F
-
 
N
R
 
K
N
 
Y
I
 
I
G
 
G
A
 
G
A
 
A
A
 
P
I
 
V
F
 
M
A
 
I
T
 
F
F
 
L
I
 
V
P
 
A
S
 
A
A
 
Y
L
 
F
T
 
V
Y
 
Y
Y
 
A
H
 
G
L
 
I
L
 
F
P
 
T
K
 
Q
P
 
K
I
 
E
L
 
I
S
 
D
L
 
A
T
 
I
T
 
S
E
 
N
F
 
V
T
 
M
K
 
D
S
 
K
T
 
S
N
 
N
F
 
F
L
 
L
Y
 
N
L
 
L
F
 
F
I
 
I
A
 
A
S
 
V
I
 
L
I
 
I
V
 
T
G
 
G
S
 
A
I
 
I
L
 
L
S
 
S
M
 
V
D
 
N
R
 
R
R
 
R
V
 
L
L
 
L
I
 
L
Q
 
K
G
 
S
F
 
L
I
 
L
K
 
G
I
 
Y
F
 
I
I
 
P
P
 
T
L
 
I
A
 
L
V
 
M
G
 
G
S
 
I
I
 
V
A
 
G
A
 
A
G
 
S
I
 
I
V
 
F
G
 
G
T
 
I
A
 
A
V
 
I
G
 
G
T
 
L
A
 
V
L
 
F
G
 
G
L
 
I
G
 
P
A
 
V
H
 
D
H
 
R
T
 
I
F
 
M
F
 
M
Y
 
L
I
 
Y
V
 
V
V
 
L
P
 
P
I
|
I
M
|
M
A
x
G
G
 
G
G
 
G
V
 
N
G
 
G
E
 
A
G
 
G
A
 
A
I
 
V
P
 
P
L
 
L
S
 
S
I
 
E
G
 
I
Y
 
Y
S
 
H
E
 
S
I
 
V
L
 
T
H
 
G
L
 
R
P
 
S
Q
 
R
G
 
E
D
 
E
L
 
Y
F
 
Y
A
 
S
Q
 
T
V
 
A
L
 
I
P
 
A
P
 
I
V
x
L
M
 
T
L
 
I
G
 
A
S
 
N
L
 
I
T
 
F
A
 
A
I
 
I
I
 
V
L
 
F
S
 
A
G
 
A
V
 
V
L
 
L
D
 
D
K
 
I
V
 
I
G
 
G
K
 
K
R
 
K
F
 
-
P
 
-
H
 
-
L
 
-
T
 
-
G
 
-
E
 
-
G
 
-
R
 
-
L
 
-
Q
 
-
V
 
-
G
 
-
E
 
-
E
 
-
D
 
-
E
 
-
M
 
-
D
 
-
P
 
-
V
 
-
Q
 
-
E
 
-
E
 
-
I
 
-
R
 
-
G
 
-
H
 
H
I
 
T
D
 
W
V
 
I
T
 
T
H
 
H
-
 
R
-
 
E
I
 
T
A
 
A
A
 
V
A
 
G
G
 
L
I
 
V
T
 
L
A
 
S
I
 
T
T
 
T
L
 
C
Y
 
F
L
 
L
L
 
L
G
 
A
-
 
Y
L
 
V
M
 
V
C
 
A
R
 
K
N
 
K
L
 
I
F
 
L
G
 
P
L
 
S
P
 
I
A
 
G
P
 
G
V
 
V
A
 
A
M
 
I
L
 
H
F
 
Y
L
 
F
A
 
A
V
 
W
L
 
M
V
 
V
K
 
L
I
 
I
T
 
V
R
 
A
A
 
A
V
 
L
-
 
N
-
 
A
-
 
S
-
 
G
-
 
L
-
 
C
S
 
S
P
 
P
P
 
E
L
 
I
Q
 
K
E
 
A
G
 
G
A
 
A
F
 
K
V
 
R
V
 
L
Y
 
S
K
 
D
F
 
F
F
 
F
S
 
S
T
 
K
A
 
Q
V
 
L
T
 
L
Y
 
W
P
 
V
L
 
L
L
 
M
F
 
V
A
 
G
I
 
V
G
 
G
V
 
V
A
 
C
M
 
Y
T
 
T
P
 
D
W
 
L
D
 
Q
K
 
E
L
 
I
I
 
I
A
 
N
A
 
A
F
 
I
T
 
T
L
 
F
A
 
A
N
 
N
I
 
V
V
 
V
T
 
I
I
 
A
V
 
A
A
 
I
T
 
I
V
 
V
T
 
I
T
 
G
L
 
A
M
 
V
G
 
L
T
 
G
G
 
A
F
 
A
V
 
I
V
 
G
A
 
G
R
 
W
M
 
L
L
 
M
K
 
G
M
 
F
H
 
F
P
 
P
I
 
I
D
 
E
T
 
S
A
 
A
I
 
I
V
 
T
N
 
A
A
 
G
-
 
L
C
 
C
H
x
M
S
x
A
G
x
N
Q
 
R
G
 
G
G
 
G
T
 
S
G
 
G
D
 
D
V
 
L
A
 
E
I
 
V
L
 
L
T
 
S
A
 
A
A
 
C
N
 
N
R
 
R
M
 
M
T
 
N
L
 
L
M
 
I
P
 
S
F
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
A
 
S
T
 
S
R
 
R
I
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
G
I
 
I
V
 
V
V
 
L
T
 
V
L
 
I
T
 
A
L
 
S
I
 
I
V
 
V
L
 
F
A
 
G
H
 
M
M
 
M

5xasB Structural insights into the elevator-like mechanism of the sodium/citrate symporter cits (see paper)
28% identity, 94% coverage: 29:450/451 of query aligns to 2:406/407 of 5xasB

query
sites
5xasB
K
 
D
L
 
L
M
 
L
E
 
G
F
 
F
R
 
K
I
 
I
G
 
F
I
 
G
I
 
M
P
 
P
L
 
L
P
 
P
V
 
L
Y
 
Y
V
 
A
I
 
F
L
 
A
L
 
L
A
 
I
L
 
T
I
 
L
A
 
L
G
 
L
F
 
S
A
 
H
V
 
F
T
 
Y
G
 
N
K
 
A
V
 
L
P
 
P
G
 
T
E
 
D
I
 
I
S
 
V
M
 
G
A
 
G
I
 
F
A
 
A
V
 
I
L
 
M
A
 
F
F
 
I
F
 
I
G
 
G
F
 
A
T
 
I
C
 
F
A
 
G
E
 
E
I
 
I
G
 
G
K
 
K
R
 
R
L
 
L
P
 
P
I
 
I
I
 
F
-
 
N
R
 
K
N
 
Y
I
 
I
G
 
G
A
 
G
A
 
A
A
 
P
I
 
V
F
 
M
A
 
I
T
 
F
F
 
L
I
 
V
P
 
A
S
 
A
A
 
Y
L
 
F
T
 
V
Y
 
Y
Y
 
A
H
 
G
L
 
I
L
 
F
P
 
T
K
 
Q
P
 
K
I
 
E
L
 
I
S
 
D
L
 
A
T
 
I
T
 
S
E
 
N
F
 
V
T
 
M
K
 
D
S
 
K
T
 
S
N
 
N
F
 
F
L
 
L
Y
 
N
L
 
L
F
 
F
I
 
I
A
 
A
S
 
V
I
 
L
I
 
I
V
 
T
G
 
G
S
 
A
I
 
I
L
 
L
S
 
S
M
 
V
D
 
N
R
 
R
R
 
R
V
 
L
L
 
L
I
 
L
Q
 
K
G
 
S
F
 
L
I
 
L
K
 
G
I
 
Y
F
 
I
I
 
P
P
 
T
L
 
I
A
 
L
V
 
M
G
 
G
S
 
I
I
 
V
A
 
G
A
 
A
G
 
S
I
 
I
V
 
F
G
 
G
T
 
I
A
 
A
V
 
I
G
 
G
T
 
L
A
 
V
L
 
F
G
 
G
L
 
I
G
 
P
A
 
V
H
 
D
H
 
R
T
 
I
F
 
M
F
 
M
Y
 
L
I
 
Y
V
 
V
V
 
L
P
 
P
I
|
I
M
|
M
A
x
G
G
 
G
G
 
G
V
 
N
G
 
G
E
 
A
G
 
G
A
 
A
I
 
V
P
 
P
L
 
L
S
 
S
I
 
E
G
 
I
Y
 
Y
S
 
H
E
 
S
I
 
V
L
 
T
H
 
G
L
 
R
P
 
S
Q
 
R
G
 
E
D
 
E
L
 
Y
F
 
Y
A
 
S
Q
 
T
V
 
A
L
 
I
P
 
A
P
 
I
V
 
L
M
 
T
L
 
I
G
 
A
S
 
N
L
 
I
T
 
F
A
 
A
I
 
I
I
 
V
L
 
F
S
 
A
G
 
A
V
 
V
L
 
L
D
 
D
K
 
I
V
 
I
G
 
G
K
 
K
R
 
K
F
 
-
P
 
-
H
 
H
L
 
T
T
 
I
G
 
T
E
 
H
G
 
R
R
 
E
L
 
T
Q
 
A
V
 
V
G
 
G
E
 
L
E
 
-
D
 
-
E
 
-
M
 
-
D
 
-
P
 
-
V
 
-
Q
 
-
E
 
-
E
 
-
I
 
-
R
 
-
G
 
-
H
 
-
I
 
-
D
 
-
V
 
-
T
 
-
H
 
-
I
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
-
G
 
-
I
 
V
T
 
L
A
 
S
I
 
T
T
 
T
L
 
C
Y
 
F
L
 
L
L
 
L
G
 
A
-
 
Y
L
 
V
M
 
V
C
 
A
R
 
K
N
 
K
L
 
I
F
 
L
G
 
P
L
 
S
P
 
I
A
 
G
P
 
G
V
 
V
A
 
A
M
 
I
L
 
H
F
 
Y
L
 
F
A
 
A
V
 
W
L
 
M
V
 
V
K
 
L
I
 
I
T
 
V
R
 
A
A
 
A
V
 
L
-
 
N
-
 
A
-
 
S
-
 
G
-
 
L
-
 
C
S
 
S
P
 
P
P
 
E
L
 
I
Q
 
K
E
 
A
G
 
G
A
 
A
F
 
K
V
 
R
V
 
L
Y
 
S
K
 
D
F
 
F
F
 
F
S
 
S
T
 
K
A
 
Q
V
 
L
T
x
L
Y
 
W
P
 
V
L
 
L
L
 
M
F
 
V
A
 
G
I
 
V
G
 
G
V
 
V
A
 
C
M
 
Y
T
 
T
P
 
D
W
 
L
D
 
Q
K
 
E
L
 
I
I
 
I
A
 
N
A
 
A
F
 
I
T
 
T
L
 
F
A
 
A
N
 
N
I
 
V
V
 
V
T
 
I
I
 
A
V
 
A
A
 
I
T
 
I
V
 
V
T
 
I
T
 
G
L
 
A
M
 
V
G
 
L
T
 
G
G
 
A
F
 
A
V
 
I
V
 
G
A
 
G
R
 
W
M
 
L
L
 
M
K
 
G
M
 
F
H
 
F
P
 
P
I
 
I
D
 
E
T
 
S
A
 
A
I
 
I
V
 
T
N
 
A
A
 
G
-
 
L
C
 
C
H
x
M
S
x
A
G
x
N
Q
 
R
G
 
G
G
|
G
T
x
S
G
 
G
D
 
D
V
 
L
A
 
E
I
 
V
L
 
L
T
 
S
A
 
A
A
 
C
N
 
N
R
 
R
M
 
M
T
 
N
L
 
L
M
 
I
P
 
S
F
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
A
 
S
T
 
S
R
 
R
I
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
G
I
 
I
V
 
V
V
 
L
T
 
V
L
 
I
T
 
A
L
 
S
I
 
I
V
 
V
L
 
F
A
 
G
H
 
M
M
 
M

Q48769 Citrate transporter CitP; Citrate carrier; Citrate/lactate antiporter from Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides (see paper)
29% identity, 95% coverage: 24:450/451 of query aligns to 16:442/443 of Q48769

query
sites
Q48769
P
 
K
E
 
E
G
 
E
W
 
I
W
 
G
K
 
K
L
 
L
M
 
D
E
 
R
F
 
I
R
 
R
I
 
I
G
 
S
I
 
G
I
 
I
P
 
G
L
 
L
P
 
V
V
 
R
Y
 
Y
V
 
A
I
 
F
L
 
M
L
 
A
A
 
V
L
 
L
I
 
L
A
 
I
G
 
I
F
 
A
A
 
I
V
 
S
T
 
T
G
 
K
K
 
T
V
 
L
P
 
P
G
 
N
E
 
T
I
 
M
S
 
I
M
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
F
V
 
A
L
 
L
A
 
V
F
 
L
F
 
M
G
 
G
F
 
H
T
 
V
C
 
F
A
 
Y
E
 
Y
I
 
L
G
 
G
K
 
A
R
 
H
L
 
L
P
 
P
I
 
I
I
 
F
R
 
R
N
 
S
-
 
Y
I
 
L
G
 
G
A
 
G
A
 
G
A
 
S
I
 
V
F
 
F
A
 
T
T
 
I
F
 
L
I
 
L
P
 
T
S
 
A
A
 
I
L
 
L
T
 
V
Y
 
A
Y
 
T
H
 
N
L
 
V
L
 
M
P
 
P
K
 
K
P
 
Y
I
 
V
L
 
V
S
 
T
L
 
T
T
 
A
T
 
S
E
 
G
F
 
F
T
 
I
K
 
N
S
 
G
T
 
M
N
 
D
F
 
F
L
 
L
Y
 
G
L
 
L
F
 
Y
I
 
I
A
 
V
S
 
S
I
 
L
I
 
I
V
 
A
G
 
S
S
 
S
I
 
L
L
 
F
S
 
K
M
 
M
D
 
D
R
 
R
R
 
K
V
 
M
L
 
L
I
 
L
Q
 
K
G
 
A
F
 
A
I
 
V
K
 
R
I
 
-
F
 
F
I
 
L
P
 
P
L
 
V
A
 
A
V
 
F
G
 
I
S
 
S
I
 
M
A
 
A
-
 
L
A
 
T
G
 
A
I
 
V
V
 
V
G
 
I
T
 
G
A
 
I
V
 
V
G
 
G
T
 
V
A
 
I
L
 
I
G
 
G
L
 
V
G
 
G
A
 
F
H
 
N
H
 
Y
T
 
A
F
 
I
F
 
L
Y
 
Y
I
 
I
V
 
A
V
 
M
P
 
P
I
 
I
M
 
M
A
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
V
G
 
G
E
 
A
G
 
G
A
 
I
I
 
V
P
 
P
L
 
L
S
 
S
I
 
G
G
 
I
Y
 
Y
S
 
A
E
 
H
I
 
A
L
 
M
H
 
G
L
 
V
P
 
G
Q
 
S
G
 
A
D
 
G
L
 
I
F
 
L
A
 
S
Q
 
K
V
 
L
L
 
F
P
 
P
P
 
T
V
 
V
M
 
I
L
 
L
G
 
G
S
 
N
L
 
L
T
 
L
A
 
A
I
 
I
I
 
I
L
 
S
S
 
A
G
 
G
V
 
L
L
 
I
D
 
S
K
 
R
V
 
I
G
 
F
K
 
K
R
 
D
F
 
-
P
 
S
H
 
K
L
 
G
T
 
N
G
 
G
E
 
H
G
 
G
R
 
E
L
 
I
Q
 
L
V
 
R
G
 
G
E
 
E
E
 
R
D
 
E
E
 
D
M
 
A
D
 
A
P
 
A
V
 
A
Q
 
A
E
 
E
E
 
E
I
 
I
R
 
K
G
 
P
H
 
-
I
 
-
D
 
D
V
 
Y
T
 
V
H
 
Q
I
 
L
A
 
G
A
 
V
A
 
G
G
 
L
I
 
I
T
 
I
A
 
A
I
 
V
T
 
M
L
 
F
Y
 
F
L
 
M
L
 
I
G
 
G
L
 
T
M
 
M
C
 
L
R
 
N
N
 
K
L
 
V
F
 
F
G
 
-
L
 
-
P
 
P
A
 
G
P
 
I
V
 
N
A
 
A
M
 
Y
L
 
A
F
 
F
L
 
I
A
 
I
V
 
L
L
 
S
V
 
I
K
 
V
I
 
L
T
 
T
R
 
K
A
 
A
V
 
F
S
 
G
-
 
L
-
 
L
P
 
P
P
 
K
L
 
Y
Q
 
Y
E
 
E
G
 
D
A
 
S
F
 
V
V
 
I
V
 
M
Y
 
F
-
 
G
K
 
Q
F
 
V
F
 
I
S
 
V
T
 
K
A
 
N
V
 
M
T
 
T
Y
 
H
P
 
A
L
 
L
L
 
L
F
 
A
A
 
G
I
 
V
G
 
G
V
 
L
A
 
S
M
 
L
T
 
L
P
 
D
W
 
M
D
 
H
K
 
V
L
 
L
I
 
L
A
 
A
A
 
A
F
 
L
T
 
S
L
 
W
A
 
Q
N
 
F
I
 
V
V
 
V
T
 
L
I
 
C
V
 
L
A
 
V
T
 
S
V
 
I
T
 
V
T
 
A
L
 
I
M
 
S
G
 
L
T
 
I
G
 
S
F
 
A
V
 
T
V
 
L
A
 
G
R
 
K
M
 
L
L
 
F
K
 
G
M
 
L
H
 
Y
P
 
P
I
 
V
D
 
E
T
 
A
A
 
A
I
 
I
V
 
T
N
 
A
A
 
G
-
 
L
C
 
A
H
 
N
S
 
N
G
 
S
Q
 
M
G
 
G
G
 
G
T
 
T
G
 
G
D
 
N
V
 
V
A
 
A
I
 
V
L
 
L
T
 
A
A
 
A
A
 
S
N
 
E
R
 
R
M
 
M
T
 
N
L
 
L
M
 
I
P
 
A
F
 
F
A
 
A
Q
 
Q
I
 
M
A
 
G
T
 
N
R
|
R
I
 
I
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
L
V
 
I
V
 
L
T
 
V
L
 
V
T
 
A
L
 
G
I
 
I
V
 
L
L
 
V
A
 
T
H
 
F
M
 
M

Query Sequence

>RR42_RS29530 FitnessBrowser__Cup4G11:RR42_RS29530
MQTTSHTLPPAEAQQTAIKPRFWPEGWWKLMEFRIGIIPLPVYVILLALIAGFAVTGKVP
GEISMAIAVLAFFGFTCAEIGKRLPIIRNIGAAAIFATFIPSALTYYHLLPKPILSLTTE
FTKSTNFLYLFIASIIVGSILSMDRRVLIQGFIKIFIPLAVGSIAAGIVGTAVGTALGLG
AHHTFFYIVVPIMAGGVGEGAIPLSIGYSEILHLPQGDLFAQVLPPVMLGSLTAIILSGV
LDKVGKRFPHLTGEGRLQVGEEDEMDPVQEEIRGHIDVTHIAAAGITAITLYLLGLMCRN
LFGLPAPVAMLFLAVLVKITRAVSPPLQEGAFVVYKFFSTAVTYPLLFAIGVAMTPWDKL
IAAFTLANIVTIVATVTTLMGTGFVVARMLKMHPIDTAIVNACHSGQGGTGDVAILTAAN
RMTLMPFAQIATRIGGAIVVTLTLIVLAHMG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory