SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing SM_b20577 FitnessBrowser__Smeli:SM_b20577 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P00437 Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain; 3,4-PCD; EC 1.13.11.3 from Pseudomonas putida (Arthrobacter siderocapsulatus) (see 2 papers)
61% identity, 93% coverage: 14:248/253 of query aligns to 5:238/239 of P00437

query
sites
P00437
E
 
D
T
 
N
G
 
S
A
 
R
F
 
F
F
 
V
A
 
I
R
 
R
D
 
D
R
 
R
A
 
N
W
 
W
H
 
H
P
 
P
P
 
K
A
 
A
F
 
L
A
 
T
P
 
P
G
 
D
Y
 
Y
K
 
K
T
 
T
S
 
S
V
 
I
L
 
A
R
 
R
S
 
S
P
 
P
Q
 
R
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
V
S
 
S
L
 
I
D
 
P
G
 
Q
T
 
S
I
 
I
S
 
S
E
 
E
I
 
T
T
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
N
F
 
F
G
 
S
H
 
H
S
 
L
M
 
G
L
 
F
G
 
G
E
 
A
L
 
H
D
 
D
N
 
H
D
 
D
L
 
L
I
 
L
H
 
L
N
 
N
F
 
F
A
 
N
S
 
N
P
 
-
G
 
G
E
 
G
S
 
L
A
 
P
I
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
I
I
 
I
V
 
V
H
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
L
 
V
D
 
D
E
 
Q
R
 
Y
G
 
G
H
 
K
P
 
P
V
 
V
H
 
P
G
 
N
V
 
T
L
 
L
V
 
V
E
 
E
F
 
M
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
R
Y
|
Y
R
 
R
H
 
H
K
 
K
K
 
N
E
 
D
S
 
R
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
N
F
 
F
G
 
G
G
 
G
C
 
V
G
 
G
R
 
R
T
 
C
I
 
L
T
 
T
D
 
D
E
 
S
E
 
D
G
 
G
R
 
Y
Y
 
Y
W
 
S
F
 
F
R
 
R
T
 
T
V
 
I
R
 
K
P
 
P
G
 
G
A
 
P
Y
|
Y
P
 
P
W
 
W
P
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
P
N
 
N
D
 
D
W
 
W
R
 
R
P
 
P
A
 
A
H
|
H
I
 
I
H
|
H
F
 
F
S
 
G
V
 
I
F
 
S
G
 
G
H
 
P
G
 
S
F
 
I
A
 
A
Q
 
T
R
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
T
Q
 
Q
M
 
L
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
D
P
 
P
M
 
L
I
 
I
W
 
P
K
 
M
C
 
C
P
 
P
I
 
I
V
 
V
G
 
K
T
 
S
V
 
I
P
 
A
D
 
N
R
 
P
R
 
E
A
 
A
I
 
V
E
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
K
L
 
L
D
 
D
W
 
M
G
 
N
N
 
N
T
 
A
V
 
N
P
 
P
M
 
M
D
 
D
A
 
C
R
 
L
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
V
 
V
L
 
L
R
 
R
G
 
G
R
 
Q
R
 
R
S
 
K
T
 
T
F
 
H
F
 
F
E
 
E
N
 
N

Sites not aligning to the query:

4whrB Anhydride reaction intermediate trapped in protocatechuate 3,4- dioxygenase (pseudomonas putida) at ph 8.5 (see paper)
61% identity, 93% coverage: 14:248/253 of query aligns to 4:237/238 of 4whrB

query
sites
4whrB
E
 
D
T
 
N
G
 
S
A
x
R
F
 
F
F
 
V
A
 
I
R
 
R
D
 
D
R
 
R
A
 
N
W
 
W
H
 
H
P
 
P
P
 
K
A
 
A
F
 
L
A
 
T
P
|
P
G
 
D
Y
 
Y
K
 
K
T
 
T
S
 
S
V
x
I
L
 
A
R
 
R
S
 
S
P
 
P
Q
 
R
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
V
S
|
S
L
 
I
D
x
P
G
x
Q
T
 
S
I
 
I
S
 
S
E
 
E
I
 
T
T
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
N
F
 
F
G
 
S
H
 
H
S
 
L
M
 
G
L
 
F
G
 
G
E
 
A
L
 
H
D
 
D
N
 
H
D
 
D
L
 
L
I
 
L
H
 
L
N
 
N
F
 
F
A
 
N
S
 
N
P
 
-
G
 
G
E
 
G
S
 
L
A
 
P
I
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
I
I
 
I
V
 
V
H
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
L
 
V
D
 
D
E
 
Q
R
 
Y
G
 
G
H
 
K
P
 
P
V
 
V
H
 
P
G
 
N
V
 
T
L
 
L
V
 
V
E
 
E
F
 
M
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
R
Y
|
Y
R
 
R
H
 
H
K
 
K
K
 
N
E
 
D
S
 
R
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
N
F
 
F
G
 
G
G
 
G
C
 
V
G
 
G
R
 
R
T
 
C
I
 
L
T
 
T
D
 
D
E
 
S
E
 
D
G
 
G
R
 
Y
Y
 
Y
W
 
S
F
 
F
R
 
R
T
 
T
V
 
I
R
 
K
P
 
P
G
 
G
A
 
P
Y
|
Y
P
 
P
W
|
W
P
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
P
N
 
N
D
 
D
W
 
W
R
|
R
P
 
P
A
 
A
H
|
H
I
 
I
H
|
H
F
 
F
S
 
G
V
 
I
F
 
S
G
 
G
H
 
P
G
 
S
F
 
I
A
 
A
Q
 
T
R
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
T
Q
 
Q
M
 
L
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
D
P
 
P
M
 
L
I
 
I
W
 
P
K
 
M
C
 
C
P
 
P
I
|
I
V
 
V
G
 
K
T
 
S
V
 
I
P
 
A
D
 
N
R
 
P
R
 
E
A
 
A
I
 
V
E
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
K
L
 
L
D
 
D
W
 
M
G
 
N
N
 
N
T
 
A
V
 
N
P
 
P
M
 
M
D
 
D
A
 
C
R
 
L
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
V
 
V
L
 
L
R
 
R
G
 
G
R
 
Q
R
|
R
S
 
K
T
 
T
F
 
H
F
 
F
E
|
E
N
 
N

4whqB Alkylperoxo reaction intermediate trapped in protocatechuate 3,4- dioxygenase (pseudomonas putida) at ph 6.5 (see paper)
61% identity, 93% coverage: 14:248/253 of query aligns to 4:237/238 of 4whqB

query
sites
4whqB
E
 
D
T
 
N
G
 
S
A
 
R
F
 
F
F
 
V
A
 
I
R
 
R
D
 
D
R
 
R
A
 
N
W
 
W
H
 
H
P
 
P
P
 
K
A
 
A
F
 
L
A
 
T
P
 
P
G
 
D
Y
 
Y
K
 
K
T
 
T
S
 
S
V
 
I
L
 
A
R
 
R
S
 
S
P
 
P
Q
 
R
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
V
S
 
S
L
 
I
D
 
P
G
 
Q
T
 
S
I
 
I
S
 
S
E
 
E
I
 
T
T
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
N
F
 
F
G
 
S
H
 
H
S
 
L
M
 
G
L
 
F
G
 
G
E
 
A
L
 
H
D
 
D
N
 
H
D
 
D
L
 
L
I
 
L
H
 
L
N
 
N
F
 
F
A
 
N
S
 
N
P
 
-
G
 
G
E
 
G
S
 
L
A
 
P
I
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
I
I
 
I
V
 
V
H
 
A
G
 
G
R
|
R
V
 
V
L
 
V
D
 
D
E
 
Q
R
 
Y
G
 
G
H
 
K
P
 
P
V
 
V
H
 
P
G
 
N
V
 
T
L
 
L
V
 
V
E
 
E
F
 
M
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
R
Y
|
Y
R
|
R
H
|
H
K
|
K
K
 
N
E
 
D
S
 
R
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
N
F
 
F
G
 
G
G
 
G
C
 
V
G
 
G
R
 
R
T
 
C
I
 
L
T
 
T
D
 
D
E
 
S
E
 
D
G
 
G
R
 
Y
Y
 
Y
W
 
S
F
 
F
R
 
R
T
 
T
V
 
I
R
 
K
P
 
P
G
 
G
A
 
P
Y
|
Y
P
 
P
W
|
W
P
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
P
N
 
N
D
 
D
W
 
W
R
|
R
P
 
P
A
 
A
H
|
H
I
 
I
H
|
H
F
 
F
S
 
G
V
 
I
F
 
S
G
 
G
H
 
P
G
 
S
F
 
I
A
 
A
Q
 
T
R
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
T
Q
 
Q
M
 
L
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
D
P
 
P
M
 
L
I
 
I
W
 
P
K
 
M
C
 
C
P
 
P
I
|
I
V
 
V
G
x
K
T
 
S
V
x
I
P
x
A
D
 
N
R
 
P
R
 
E
A
 
A
I
x
V
E
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
K
L
 
L
D
 
D
W
 
M
G
 
N
N
 
N
T
 
A
V
 
N
P
 
P
M
 
M
D
 
D
A
 
C
R
 
L
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
|
D
I
 
I
V
 
V
L
 
L
R
 
R
G
 
G
R
 
Q
R
 
R
S
 
K
T
 
T
F
 
H
F
 
F
E
 
E
N
 
N

3pckM Structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase complexed with 6- hydroxynicotinic acid n-oxide (see paper)
61% identity, 92% coverage: 14:247/253 of query aligns to 4:233/233 of 3pckM

query
sites
3pckM
E
 
D
T
 
N
G
 
S
A
 
R
F
 
F
F
 
V
A
 
I
R
 
R
D
 
D
R
 
R
A
 
N
W
 
W
H
 
H
P
 
P
P
 
K
A
 
A
F
 
L
A
 
T
P
 
P
G
 
D
Y
|
Y
K
 
K
T
 
T
S
 
S
V
 
I
L
 
A
R
 
R
S
 
S
P
 
P
Q
 
R
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
V
S
 
S
L
 
I
D
 
P
G
 
Q
T
 
S
I
 
I
S
 
S
E
 
E
I
 
T
T
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
N
F
 
F
G
 
S
H
 
H
S
 
L
M
 
G
L
 
F
G
 
G
E
 
A
L
 
H
D
 
D
N
 
H
D
 
D
L
 
L
I
 
L
H
 
L
N
 
N
F
 
F
A
 
G
S
 
L
P
 
P
G
 
-
E
 
-
S
 
-
A
 
-
I
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
I
I
 
I
V
 
V
H
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
L
 
V
D
 
D
E
 
Q
R
 
Y
G
 
G
H
 
K
P
 
P
V
 
V
H
 
P
G
 
N
V
 
T
L
 
L
V
 
V
E
 
E
F
 
M
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
R
Y
|
Y
R
 
R
H
 
H
K
 
K
K
 
N
E
 
D
S
 
R
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
N
F
 
F
G
 
G
G
 
G
C
 
V
G
 
G
R
 
R
T
 
C
I
 
L
T
 
T
D
 
D
E
 
S
E
 
D
G
 
G
R
 
Y
Y
 
Y
W
 
S
F
 
F
R
 
R
T
 
T
V
 
I
R
 
K
P
 
P
G
 
G
A
 
P
Y
|
Y
P
 
P
W
|
W
P
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
P
N
 
N
D
 
D
W
 
W
R
|
R
P
 
P
A
 
A
H
|
H
I
 
I
H
|
H
F
 
F
S
 
G
V
 
I
F
 
S
G
 
G
H
 
P
G
 
S
F
 
I
A
 
A
Q
 
T
R
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
T
Q
 
Q
M
 
L
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
D
P
 
P
M
 
L
I
 
I
W
 
P
K
 
M
C
 
C
P
 
P
I
|
I
V
 
V
G
 
K
T
 
S
V
 
I
P
 
A
D
 
N
R
 
P
R
 
E
A
 
A
I
 
V
E
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
K
L
 
L
D
 
D
W
 
M
G
 
N
N
 
N
T
 
A
V
 
N
P
 
P
M
 
M
D
 
D
A
 
C
R
 
L
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
V
 
V
L
 
L
R
 
R
G
 
G
R
 
Q
R
 
R
S
 
K
T
 
T
F
 
H
F
 
F
E
 
E

3pcjM Structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase complexed with 2- hydroxyisonicotinic acid n-oxide (see paper)
61% identity, 92% coverage: 14:247/253 of query aligns to 4:233/233 of 3pcjM

query
sites
3pcjM
E
 
D
T
 
N
G
 
S
A
 
R
F
 
F
F
 
V
A
 
I
R
 
R
D
 
D
R
 
R
A
 
N
W
 
W
H
 
H
P
 
P
P
 
K
A
 
A
F
 
L
A
 
T
P
 
P
G
 
D
Y
|
Y
K
 
K
T
 
T
S
 
S
V
 
I
L
 
A
R
 
R
S
 
S
P
 
P
Q
 
R
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
V
S
 
S
L
 
I
D
 
P
G
 
Q
T
 
S
I
 
I
S
 
S
E
 
E
I
 
T
T
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
N
F
 
F
G
 
S
H
 
H
S
 
L
M
 
G
L
 
F
G
 
G
E
 
A
L
 
H
D
 
D
N
 
H
D
 
D
L
 
L
I
 
L
H
 
L
N
 
N
F
 
F
A
 
G
S
 
L
P
 
P
G
 
-
E
 
-
S
 
-
A
 
-
I
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
I
I
 
I
V
 
V
H
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
L
 
V
D
 
D
E
 
Q
R
 
Y
G
 
G
H
 
K
P
 
P
V
 
V
H
 
P
G
 
N
V
 
T
L
 
L
V
 
V
E
 
E
F
 
M
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
R
Y
|
Y
R
 
R
H
 
H
K
 
K
K
 
N
E
 
D
S
 
R
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
N
F
 
F
G
 
G
G
 
G
C
 
V
G
 
G
R
 
R
T
 
C
I
 
L
T
 
T
D
 
D
E
 
S
E
 
D
G
 
G
R
 
Y
Y
 
Y
W
 
S
F
 
F
R
 
R
T
 
T
V
 
I
R
 
K
P
 
P
G
 
G
A
 
P
Y
|
Y
P
 
P
W
|
W
P
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
P
N
 
N
D
 
D
W
 
W
R
|
R
P
 
P
A
 
A
H
|
H
I
 
I
H
|
H
F
 
F
S
 
G
V
 
I
F
 
S
G
 
G
H
 
P
G
 
S
F
 
I
A
 
A
Q
 
T
R
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
T
Q
 
Q
M
 
L
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
D
P
 
P
M
 
L
I
 
I
W
 
P
K
 
M
C
 
C
P
 
P
I
 
I
V
 
V
G
 
K
T
 
S
V
 
I
P
 
A
D
 
N
R
 
P
R
 
E
A
 
A
I
 
V
E
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
K
L
 
L
D
 
D
W
 
M
G
 
N
N
 
N
T
 
A
V
 
N
P
 
P
M
 
M
D
 
D
A
 
C
R
 
L
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
V
 
V
L
 
L
R
 
R
G
 
G
R
 
Q
R
 
R
S
 
K
T
 
T
F
 
H
F
 
F
E
 
E

3pciM Structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase complexed with 3-iodo-4- hydroxybenzoate (see paper)
61% identity, 92% coverage: 14:247/253 of query aligns to 4:233/233 of 3pciM

query
sites
3pciM
E
 
D
T
 
N
G
 
S
A
 
R
F
 
F
F
 
V
A
 
I
R
 
R
D
 
D
R
 
R
A
 
N
W
 
W
H
 
H
P
 
P
P
 
K
A
 
A
F
 
L
A
 
T
P
 
P
G
 
D
Y
 
Y
K
 
K
T
 
T
S
 
S
V
 
I
L
 
A
R
 
R
S
 
S
P
 
P
Q
 
R
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
V
S
 
S
L
 
I
D
 
P
G
 
Q
T
 
S
I
 
I
S
 
S
E
 
E
I
 
T
T
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
N
F
 
F
G
 
S
H
 
H
S
 
L
M
 
G
L
 
F
G
 
G
E
 
A
L
 
H
D
 
D
N
 
H
D
 
D
L
 
L
I
 
L
H
 
L
N
 
N
F
 
F
A
 
G
S
 
L
P
 
P
G
 
-
E
 
-
S
 
-
A
 
-
I
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
I
I
 
I
V
 
V
H
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
L
 
V
D
 
D
E
 
Q
R
 
Y
G
 
G
H
 
K
P
 
P
V
 
V
H
 
P
G
 
N
V
 
T
L
 
L
V
 
V
E
 
E
F
 
M
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
R
Y
|
Y
R
 
R
H
 
H
K
 
K
K
 
N
E
 
D
S
 
R
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
N
F
 
F
G
 
G
G
 
G
C
 
V
G
 
G
R
 
R
T
 
C
I
 
L
T
 
T
D
 
D
E
 
S
E
 
D
G
 
G
R
 
Y
Y
 
Y
W
 
S
F
 
F
R
 
R
T
 
T
V
 
I
R
 
K
P
 
P
G
 
G
A
 
P
Y
|
Y
P
 
P
W
 
W
P
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
P
N
 
N
D
 
D
W
 
W
R
|
R
P
 
P
A
 
A
H
|
H
I
 
I
H
|
H
F
 
F
S
 
G
V
 
I
F
 
S
G
 
G
H
 
P
G
 
S
F
 
I
A
 
A
Q
 
T
R
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
T
Q
 
Q
M
 
L
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
D
P
 
P
M
 
L
I
 
I
W
 
P
K
 
M
C
 
C
P
 
P
I
 
I
V
 
V
G
 
K
T
 
S
V
 
I
P
 
A
D
 
N
R
 
P
R
 
E
A
 
A
I
 
V
E
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
K
L
 
L
D
 
D
W
 
M
G
 
N
N
 
N
T
 
A
V
 
N
P
 
P
M
 
M
D
 
D
A
 
C
R
 
L
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
V
 
V
L
 
L
R
 
R
G
 
G
R
 
Q
R
 
R
S
 
K
T
 
T
F
 
H
F
 
F
E
 
E

3pchM Structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase complexed with 3-chloro- 4-hydroxybenzoate (see paper)
61% identity, 92% coverage: 14:247/253 of query aligns to 4:233/233 of 3pchM

query
sites
3pchM
E
 
D
T
 
N
G
 
S
A
 
R
F
 
F
F
 
V
A
 
I
R
 
R
D
 
D
R
 
R
A
 
N
W
 
W
H
 
H
P
 
P
P
 
K
A
 
A
F
 
L
A
 
T
P
 
P
G
 
D
Y
|
Y
K
 
K
T
 
T
S
 
S
V
 
I
L
 
A
R
 
R
S
 
S
P
 
P
Q
 
R
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
V
S
 
S
L
 
I
D
 
P
G
 
Q
T
 
S
I
 
I
S
 
S
E
 
E
I
 
T
T
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
N
F
 
F
G
 
S
H
 
H
S
 
L
M
 
G
L
 
F
G
 
G
E
 
A
L
 
H
D
 
D
N
 
H
D
 
D
L
 
L
I
 
L
H
 
L
N
 
N
F
 
F
A
 
G
S
 
L
P
 
P
G
 
-
E
 
-
S
 
-
A
 
-
I
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
I
I
 
I
V
 
V
H
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
L
 
V
D
 
D
E
 
Q
R
 
Y
G
 
G
H
 
K
P
 
P
V
 
V
H
 
P
G
 
N
V
 
T
L
 
L
V
 
V
E
 
E
F
 
M
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
R
Y
|
Y
R
 
R
H
 
H
K
 
K
K
 
N
E
 
D
S
 
R
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
N
F
 
F
G
 
G
G
 
G
C
 
V
G
 
G
R
 
R
T
 
C
I
 
L
T
 
T
D
 
D
E
 
S
E
 
D
G
 
G
R
 
Y
Y
 
Y
W
 
S
F
 
F
R
 
R
T
 
T
V
 
I
R
 
K
P
 
P
G
 
G
A
 
P
Y
|
Y
P
 
P
W
|
W
P
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
P
N
 
N
D
 
D
W
 
W
R
|
R
P
 
P
A
 
A
H
|
H
I
 
I
H
|
H
F
 
F
S
 
G
V
 
I
F
 
S
G
 
G
H
 
P
G
 
S
F
 
I
A
 
A
Q
 
T
R
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
T
Q
|
Q
M
 
L
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
D
P
 
P
M
 
L
I
 
I
W
 
P
K
 
M
C
 
C
P
 
P
I
|
I
V
 
V
G
 
K
T
 
S
V
 
I
P
 
A
D
 
N
R
 
P
R
 
E
A
 
A
I
 
V
E
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
K
L
 
L
D
 
D
W
 
M
G
 
N
N
 
N
T
 
A
V
 
N
P
 
P
M
 
M
D
 
D
A
 
C
R
 
L
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
V
 
V
L
 
L
R
 
R
G
 
G
R
 
Q
R
 
R
S
 
K
T
 
T
F
 
H
F
 
F
E
 
E

3pcgM Structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase complexed with the inhibitor 4-hydroxyphenylacetate (see paper)
61% identity, 92% coverage: 14:247/253 of query aligns to 4:233/233 of 3pcgM

query
sites
3pcgM
E
 
D
T
 
N
G
 
S
A
 
R
F
 
F
F
 
V
A
 
I
R
 
R
D
 
D
R
 
R
A
 
N
W
 
W
H
 
H
P
 
P
P
 
K
A
 
A
F
 
L
A
 
T
P
 
P
G
 
D
Y
|
Y
K
 
K
T
 
T
S
 
S
V
 
I
L
 
A
R
 
R
S
 
S
P
 
P
Q
 
R
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
V
S
 
S
L
 
I
D
 
P
G
 
Q
T
 
S
I
 
I
S
 
S
E
 
E
I
 
T
T
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
N
F
 
F
G
 
S
H
 
H
S
 
L
M
 
G
L
 
F
G
 
G
E
 
A
L
 
H
D
 
D
N
 
H
D
 
D
L
 
L
I
 
L
H
 
L
N
 
N
F
 
F
A
 
G
S
 
L
P
 
P
G
 
-
E
 
-
S
 
-
A
 
-
I
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
I
I
 
I
V
 
V
H
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
L
 
V
D
 
D
E
 
Q
R
 
Y
G
 
G
H
 
K
P
 
P
V
 
V
H
 
P
G
 
N
V
 
T
L
 
L
V
 
V
E
 
E
F
 
M
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
R
Y
|
Y
R
 
R
H
 
H
K
 
K
K
 
N
E
 
D
S
 
R
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
N
F
 
F
G
 
G
G
 
G
C
 
V
G
 
G
R
 
R
T
 
C
I
 
L
T
 
T
D
 
D
E
 
S
E
 
D
G
 
G
R
 
Y
Y
 
Y
W
 
S
F
 
F
R
 
R
T
 
T
V
 
I
R
 
K
P
 
P
G
 
G
A
 
P
Y
|
Y
P
 
P
W
|
W
P
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
P
N
 
N
D
 
D
W
 
W
R
|
R
P
 
P
A
 
A
H
|
H
I
 
I
H
|
H
F
 
F
S
 
G
V
 
I
F
 
S
G
 
G
H
 
P
G
 
S
F
 
I
A
 
A
Q
 
T
R
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
T
Q
 
Q
M
 
L
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
D
P
 
P
M
 
L
I
 
I
W
 
P
K
 
M
C
 
C
P
 
P
I
|
I
V
 
V
G
 
K
T
 
S
V
 
I
P
 
A
D
 
N
R
 
P
R
 
E
A
 
A
I
 
V
E
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
K
L
 
L
D
 
D
W
 
M
G
 
N
N
 
N
T
 
A
V
 
N
P
 
P
M
 
M
D
 
D
A
 
C
R
 
L
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
V
 
V
L
 
L
R
 
R
G
 
G
R
 
Q
R
 
R
S
 
K
T
 
T
F
 
H
F
 
F
E
 
E

3pcfM Structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase complexed with 3-fluro-4- hydroxybenzoate (see paper)
61% identity, 92% coverage: 14:247/253 of query aligns to 4:233/233 of 3pcfM

query
sites
3pcfM
E
 
D
T
 
N
G
 
S
A
 
R
F
 
F
F
 
V
A
 
I
R
 
R
D
 
D
R
 
R
A
 
N
W
 
W
H
 
H
P
 
P
P
 
K
A
 
A
F
 
L
A
 
T
P
|
P
G
 
D
Y
|
Y
K
 
K
T
 
T
S
 
S
V
x
I
L
 
A
R
 
R
S
 
S
P
 
P
Q
 
R
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
V
S
 
S
L
 
I
D
 
P
G
 
Q
T
 
S
I
 
I
S
 
S
E
 
E
I
 
T
T
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
N
F
 
F
G
 
S
H
 
H
S
 
L
M
 
G
L
 
F
G
 
G
E
 
A
L
 
H
D
 
D
N
 
H
D
 
D
L
 
L
I
 
L
H
 
L
N
 
N
F
 
F
A
 
G
S
 
L
P
 
P
G
 
-
E
 
-
S
 
-
A
 
-
I
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
I
I
 
I
V
 
V
H
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
L
 
V
D
 
D
E
 
Q
R
 
Y
G
 
G
H
 
K
P
 
P
V
 
V
H
 
P
G
 
N
V
 
T
L
 
L
V
 
V
E
 
E
F
 
M
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
R
Y
|
Y
R
 
R
H
 
H
K
 
K
K
 
N
E
 
D
S
 
R
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
N
F
 
F
G
 
G
G
 
G
C
 
V
G
 
G
R
 
R
T
 
C
I
 
L
T
 
T
D
 
D
E
 
S
E
 
D
G
 
G
R
 
Y
Y
 
Y
W
 
S
F
 
F
R
 
R
T
 
T
V
 
I
R
 
K
P
 
P
G
 
G
A
 
P
Y
|
Y
P
 
P
W
|
W
P
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
P
N
 
N
D
 
D
W
 
W
R
|
R
P
 
P
A
 
A
H
|
H
I
 
I
H
|
H
F
 
F
S
 
G
V
 
I
F
 
S
G
 
G
H
 
P
G
 
S
F
 
I
A
 
A
Q
 
T
R
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
T
Q
 
Q
M
 
L
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
D
P
 
P
M
 
L
I
 
I
W
 
P
K
 
M
C
 
C
P
 
P
I
|
I
V
 
V
G
 
K
T
 
S
V
 
I
P
 
A
D
 
N
R
 
P
R
 
E
A
 
A
I
 
V
E
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
K
L
 
L
D
 
D
W
 
M
G
 
N
N
 
N
T
 
A
V
 
N
P
 
P
M
 
M
D
 
D
A
 
C
R
 
L
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
V
 
V
L
 
L
R
 
R
G
 
G
R
 
Q
R
 
R
S
 
K
T
 
T
F
 
H
F
 
F
E
 
E

3pceM Structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase complexed with 3- hydroxyphenylacetate (see paper)
61% identity, 92% coverage: 14:247/253 of query aligns to 4:233/233 of 3pceM

query
sites
3pceM
E
 
D
T
 
N
G
 
S
A
 
R
F
 
F
F
 
V
A
 
I
R
 
R
D
 
D
R
 
R
A
 
N
W
 
W
H
 
H
P
 
P
P
 
K
A
 
A
F
 
L
A
 
T
P
 
P
G
 
D
Y
 
Y
K
 
K
T
 
T
S
 
S
V
 
I
L
 
A
R
 
R
S
 
S
P
 
P
Q
 
R
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
V
S
 
S
L
 
I
D
 
P
G
 
Q
T
 
S
I
 
I
S
 
S
E
 
E
I
 
T
T
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
N
F
 
F
G
 
S
H
 
H
S
 
L
M
 
G
L
 
F
G
 
G
E
 
A
L
 
H
D
 
D
N
 
H
D
 
D
L
 
L
I
 
L
H
 
L
N
 
N
F
 
F
A
 
G
S
 
L
P
 
P
G
 
-
E
 
-
S
 
-
A
 
-
I
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
I
I
 
I
V
 
V
H
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
L
 
V
D
 
D
E
 
Q
R
 
Y
G
 
G
H
 
K
P
 
P
V
 
V
H
 
P
G
 
N
V
 
T
L
 
L
V
 
V
E
 
E
F
 
M
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
R
Y
|
Y
R
 
R
H
 
H
K
 
K
K
 
N
E
 
D
S
 
R
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
N
F
 
F
G
 
G
G
 
G
C
 
V
G
 
G
R
 
R
T
 
C
I
 
L
T
 
T
D
 
D
E
 
S
E
 
D
G
 
G
R
 
Y
Y
 
Y
W
 
S
F
 
F
R
 
R
T
 
T
V
 
I
R
 
K
P
 
P
G
 
G
A
 
P
Y
|
Y
P
 
P
W
|
W
P
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
P
N
 
N
D
 
D
W
 
W
R
|
R
P
 
P
A
 
A
H
|
H
I
 
I
H
|
H
F
 
F
S
 
G
V
 
I
F
 
S
G
 
G
H
 
P
G
 
S
F
 
I
A
 
A
Q
 
T
R
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
T
Q
 
Q
M
 
L
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
D
P
 
P
M
 
L
I
 
I
W
 
P
K
 
M
C
 
C
P
 
P
I
|
I
V
 
V
G
 
K
T
 
S
V
 
I
P
 
A
D
 
N
R
 
P
R
 
E
A
 
A
I
 
V
E
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
K
L
 
L
D
 
D
W
 
M
G
 
N
N
 
N
T
 
A
V
 
N
P
 
P
M
 
M
D
 
D
A
 
C
R
 
L
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
V
 
V
L
 
L
R
 
R
G
 
G
R
 
Q
R
 
R
S
 
K
T
 
T
F
 
H
F
 
F
E
 
E

3pcbM Structure of protocatechuate 3,4-dioxygenase complexed with 3- hydroxybenzoate (see paper)
61% identity, 92% coverage: 14:247/253 of query aligns to 4:233/233 of 3pcbM

query
sites
3pcbM
E
 
D
T
 
N
G
 
S
A
 
R
F
 
F
F
 
V
A
 
I
R
 
R
D
 
D
R
 
R
A
 
N
W
 
W
H
 
H
P
 
P
P
 
K
A
 
A
F
 
L
A
 
T
P
 
P
G
 
D
Y
|
Y
K
 
K
T
 
T
S
 
S
V
 
I
L
 
A
R
 
R
S
 
S
P
 
P
Q
 
R
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
V
S
 
S
L
 
I
D
 
P
G
 
Q
T
 
S
I
 
I
S
 
S
E
 
E
I
 
T
T
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
N
F
 
F
G
 
S
H
 
H
S
 
L
M
 
G
L
 
F
G
 
G
E
 
A
L
 
H
D
 
D
N
 
H
D
 
D
L
 
L
I
 
L
H
 
L
N
 
N
F
 
F
A
 
G
S
 
L
P
 
P
G
 
-
E
 
-
S
 
-
A
 
-
I
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
I
I
 
I
V
 
V
H
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
L
 
V
D
 
D
E
 
Q
R
 
Y
G
 
G
H
 
K
P
 
P
V
 
V
H
 
P
G
 
N
V
 
T
L
 
L
V
 
V
E
 
E
F
 
M
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
R
Y
|
Y
R
 
R
H
 
H
K
 
K
K
 
N
E
 
D
S
 
R
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
N
F
 
F
G
 
G
G
 
G
C
 
V
G
 
G
R
 
R
T
 
C
I
 
L
T
 
T
D
 
D
E
 
S
E
 
D
G
 
G
R
 
Y
Y
 
Y
W
 
S
F
 
F
R
 
R
T
 
T
V
 
I
R
 
K
P
 
P
G
 
G
A
 
P
Y
|
Y
P
 
P
W
|
W
P
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
P
N
 
N
D
 
D
W
 
W
R
|
R
P
 
P
A
 
A
H
|
H
I
 
I
H
|
H
F
 
F
S
 
G
V
 
I
F
 
S
G
 
G
H
 
P
G
 
S
F
 
I
A
 
A
Q
 
T
R
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
T
Q
 
Q
M
 
L
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
D
P
 
P
M
 
L
I
 
I
W
 
P
K
 
M
C
 
C
P
 
P
I
|
I
V
 
V
G
 
K
T
 
S
V
 
I
P
 
A
D
 
N
R
 
P
R
 
E
A
 
A
I
 
V
E
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
K
L
 
L
D
 
D
W
 
M
G
 
N
N
 
N
T
 
A
V
 
N
P
 
P
M
 
M
D
 
D
A
 
C
R
 
L
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
V
 
V
L
 
L
R
 
R
G
 
G
R
 
Q
R
 
R
S
 
K
T
 
T
F
 
H
F
 
F
E
 
E

3lxvM Tyrosine 447 of protocatechuate 3,4-dioxygenase controls efficient progress through catalysis
60% identity, 93% coverage: 14:248/253 of query aligns to 4:237/238 of 3lxvM

query
sites
3lxvM
E
 
D
T
 
N
G
 
S
A
 
R
F
 
F
F
 
V
A
 
I
R
 
R
D
 
D
R
 
R
A
 
N
W
 
W
H
 
H
P
 
P
P
 
K
A
 
A
F
 
L
A
 
T
P
 
P
G
 
D
Y
|
Y
K
 
K
T
 
T
S
 
S
V
 
I
L
 
A
R
 
R
S
 
S
P
 
P
Q
 
R
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
V
S
 
S
L
 
I
D
 
P
G
 
Q
T
 
S
I
 
I
S
 
S
E
 
E
I
 
T
T
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
N
F
 
F
G
 
S
H
 
H
S
 
L
M
 
G
L
 
F
G
 
G
E
 
A
L
 
H
D
 
D
N
 
H
D
 
D
L
 
L
I
 
L
H
 
L
N
 
N
F
 
F
A
 
N
S
 
N
P
 
-
G
 
G
E
 
G
S
 
L
A
 
P
I
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
I
I
 
I
V
 
V
H
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
L
 
V
D
 
D
E
 
Q
R
 
Y
G
 
G
H
 
K
P
 
P
V
 
V
H
 
P
G
 
N
V
 
T
L
 
L
V
 
V
E
 
E
F
 
M
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
R
Y
|
Y
R
 
R
H
 
H
K
 
K
K
 
N
E
 
D
S
 
R
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
N
F
 
F
G
 
G
G
 
G
C
 
V
G
 
G
R
 
R
T
 
C
I
 
L
T
 
T
D
 
D
E
 
S
E
 
D
G
 
G
R
 
Y
Y
 
Y
W
 
S
F
 
F
R
 
R
T
 
T
V
 
I
R
 
K
P
 
P
G
 
G
A
 
P
Y
x
H
P
 
P
W
|
W
P
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
P
N
 
N
D
 
D
W
 
W
R
|
R
P
 
P
A
 
A
H
|
H
I
 
I
H
|
H
F
 
F
S
 
G
V
 
I
F
 
S
G
 
G
H
 
P
G
 
S
F
 
I
A
 
A
Q
 
T
R
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
T
Q
 
Q
M
 
L
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
D
P
 
P
M
 
L
I
 
I
W
 
P
K
 
M
C
 
C
P
 
P
I
|
I
V
 
V
G
 
K
T
 
S
V
 
I
P
 
A
D
 
N
R
 
P
R
 
E
A
 
A
I
 
V
E
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
K
L
 
L
D
 
D
W
 
M
G
 
N
N
 
N
T
 
A
V
 
N
P
 
P
M
 
M
D
 
D
A
 
C
R
 
L
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
V
 
V
L
 
L
R
 
R
G
 
G
R
 
Q
R
 
R
S
 
K
T
 
T
F
 
H
F
 
F
E
 
E
N
 
N

3lktM Tyrosine 447 of protocatechuate 3,4-dioxygenase controls efficient progress through catalysis
60% identity, 93% coverage: 14:248/253 of query aligns to 4:237/238 of 3lktM

query
sites
3lktM
E
 
D
T
 
N
G
 
S
A
 
R
F
 
F
F
 
V
A
 
I
R
 
R
D
 
D
R
 
R
A
 
N
W
 
W
H
 
H
P
 
P
P
 
K
A
 
A
F
 
L
A
 
T
P
 
P
G
 
D
Y
 
Y
K
 
K
T
 
T
S
 
S
V
 
I
L
 
A
R
 
R
S
 
S
P
 
P
Q
 
R
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
V
S
 
S
L
 
I
D
 
P
G
 
Q
T
 
S
I
 
I
S
 
S
E
 
E
I
 
T
T
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
N
F
 
F
G
 
S
H
 
H
S
 
L
M
 
G
L
 
F
G
 
G
E
 
A
L
 
H
D
 
D
N
 
H
D
 
D
L
 
L
I
 
L
H
 
L
N
 
N
F
 
F
A
 
N
S
 
N
P
 
-
G
 
G
E
 
G
S
 
L
A
 
P
I
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
I
I
 
I
V
 
V
H
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
L
 
V
D
 
D
E
 
Q
R
 
Y
G
 
G
H
 
K
P
 
P
V
 
V
H
 
P
G
 
N
V
 
T
L
 
L
V
 
V
E
 
E
F
 
M
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
R
Y
|
Y
R
 
R
H
 
H
K
 
K
K
 
N
E
 
D
S
 
R
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
N
F
 
F
G
 
G
G
 
G
C
 
V
G
 
G
R
 
R
T
 
C
I
 
L
T
 
T
D
 
D
E
 
S
E
 
D
G
 
G
R
 
Y
Y
 
Y
W
 
S
F
 
F
R
 
R
T
 
T
V
 
I
R
 
K
P
 
P
G
 
G
A
 
P
Y
 
H
P
 
P
W
 
W
P
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
P
N
 
N
D
 
D
W
 
W
R
 
R
P
 
P
A
 
A
H
|
H
I
 
I
H
|
H
F
 
F
S
 
G
V
 
I
F
 
S
G
 
G
H
 
P
G
 
S
F
 
I
A
 
A
Q
 
T
R
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
T
Q
 
Q
M
 
L
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
D
P
 
P
M
 
L
I
 
I
W
 
P
K
 
M
C
 
C
P
 
P
I
 
I
V
 
V
G
 
K
T
 
S
V
 
I
P
 
A
D
 
N
R
 
P
R
 
E
A
 
A
I
 
V
E
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
K
L
 
L
D
 
D
W
 
M
G
 
N
N
 
N
T
 
A
V
 
N
P
 
P
M
 
M
D
 
D
A
 
C
R
 
L
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
V
 
V
L
 
L
R
 
R
G
 
G
R
 
Q
R
 
R
S
 
K
T
 
T
F
 
H
F
 
F
E
 
E
N
 
N

4whqF Alkylperoxo reaction intermediate trapped in protocatechuate 3,4- dioxygenase (pseudomonas putida) at ph 6.5 (see paper)
61% identity, 92% coverage: 14:247/253 of query aligns to 4:236/236 of 4whqF

query
sites
4whqF
E
 
D
T
 
N
G
 
S
A
 
R
F
 
F
F
 
V
A
 
I
R
 
R
D
 
D
R
 
R
A
 
N
W
 
W
H
 
H
P
 
P
P
 
K
A
 
A
F
 
L
A
 
T
P
 
P
G
 
D
Y
 
Y
K
 
K
T
 
T
S
 
S
V
 
I
L
 
A
R
 
R
S
 
S
P
 
P
Q
 
R
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
V
S
|
S
L
x
I
D
x
P
G
 
Q
T
 
S
I
 
I
S
 
S
E
 
E
I
 
T
T
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
N
F
 
F
G
 
S
H
 
H
S
 
L
M
 
G
L
 
F
G
 
G
E
 
A
L
 
H
D
 
D
N
 
H
D
 
D
L
 
L
I
 
L
H
 
L
N
|
N
F
 
F
A
 
N
S
 
N
P
 
-
G
 
G
E
 
G
S
 
L
A
 
P
I
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
I
I
 
I
V
 
V
H
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
L
 
V
D
 
D
E
 
Q
R
 
Y
G
 
G
H
 
K
P
 
P
V
 
V
H
 
P
G
 
N
V
 
T
L
 
L
V
 
V
E
 
E
F
 
M
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
R
Y
|
Y
R
|
R
H
|
H
K
 
K
K
 
N
E
 
D
S
 
R
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
N
F
 
F
G
|
G
G
 
G
C
x
V
G
 
G
R
 
R
T
 
C
I
 
L
T
 
T
D
 
D
E
 
S
E
 
D
G
 
G
R
 
Y
Y
 
Y
W
 
S
F
 
F
R
 
R
T
 
T
V
 
I
R
 
K
P
 
P
G
 
G
A
 
P
Y
|
Y
P
 
P
W
 
W
P
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
P
N
 
N
D
 
D
W
 
W
R
|
R
P
 
P
A
 
A
H
|
H
I
 
I
H
|
H
F
 
F
S
 
G
V
 
I
F
 
S
G
 
G
H
 
P
G
 
S
F
 
I
A
 
A
Q
 
T
R
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
T
Q
 
Q
M
 
L
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
D
P
 
P
M
 
L
I
 
I
W
 
P
K
 
M
C
 
C
P
 
P
I
 
I
V
 
V
G
x
K
T
 
S
V
x
I
P
x
A
D
 
N
R
 
P
R
 
E
A
 
A
I
x
V
E
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
K
L
 
L
D
 
D
W
 
M
G
 
N
N
 
N
T
 
A
V
 
N
P
 
P
M
 
M
D
 
D
A
 
C
R
 
L
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
V
 
V
L
 
L
R
 
R
G
 
G
R
 
Q
R
 
R
S
 
K
T
 
T
F
 
H
F
 
F
E
 
E

3mv4M Axial ligand swapping in double mutant maintains intradiol-cleavage chemistry in protocatechuate 3,4-dioxygenase
60% identity, 93% coverage: 14:248/253 of query aligns to 4:237/238 of 3mv4M

query
sites
3mv4M
E
 
D
T
 
N
G
 
S
A
 
R
F
 
F
F
 
V
A
 
I
R
 
R
D
 
D
R
 
R
A
 
N
W
 
W
H
 
H
P
 
P
P
 
K
A
 
A
F
 
L
A
 
T
P
 
P
G
 
D
Y
 
Y
K
 
K
T
 
T
S
 
S
V
 
I
L
 
A
R
 
R
S
 
S
P
 
P
Q
 
R
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
V
S
 
S
L
 
I
D
 
P
G
 
Q
T
 
S
I
 
I
S
 
S
E
 
E
I
 
T
T
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
N
F
 
F
G
 
S
H
 
H
S
 
L
M
 
G
L
 
F
G
 
G
E
 
A
L
 
H
D
 
D
N
 
H
D
 
D
L
 
L
I
 
L
H
 
L
N
 
N
F
 
F
A
 
N
S
 
N
P
 
-
G
 
G
E
 
G
S
 
L
A
 
P
I
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
I
I
 
I
V
 
V
H
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
L
 
V
D
 
D
E
 
Q
R
 
Y
G
 
G
H
 
K
P
 
P
V
 
V
H
 
P
G
 
N
V
 
T
L
 
L
V
 
V
E
 
E
F
 
M
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
R
Y
|
Y
R
 
R
H
 
H
K
 
K
K
 
N
E
 
D
S
 
R
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
N
F
 
F
G
 
G
G
 
G
C
 
V
G
 
G
R
 
R
T
 
C
I
 
L
T
 
T
D
 
D
E
 
S
E
 
D
G
 
G
R
 
Y
Y
 
Y
W
 
S
F
 
F
R
 
R
T
 
T
V
 
I
R
 
K
P
 
P
G
 
G
A
 
P
Y
x
H
P
 
P
W
 
W
P
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
P
N
 
N
D
 
D
W
 
W
R
|
R
P
 
P
A
 
A
H
|
H
I
 
I
H
x
Y
F
 
F
S
 
G
V
 
I
F
 
S
G
 
G
H
 
P
G
 
S
F
 
I
A
 
A
Q
 
T
R
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
T
Q
 
Q
M
 
L
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
D
P
 
P
M
 
L
I
 
I
W
 
P
K
 
M
C
 
C
P
 
P
I
 
I
V
 
V
G
 
K
T
 
S
V
 
I
P
 
A
D
 
N
R
 
P
R
 
E
A
 
A
I
 
V
E
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
K
L
 
L
D
 
D
W
 
M
G
 
N
N
 
N
T
 
A
V
 
N
P
 
P
M
 
M
D
 
D
A
 
C
R
 
L
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
V
 
V
L
 
L
R
 
R
G
 
G
R
 
Q
R
 
R
S
 
K
T
 
T
F
 
H
F
 
F
E
 
E
N
 
N

3mi5M Axial ligand swapping in double mutant maintains intradiol-cleavage chemistry in protocatechuate 3,4-dioxygenase
60% identity, 93% coverage: 14:248/253 of query aligns to 4:237/238 of 3mi5M

query
sites
3mi5M
E
 
D
T
 
N
G
 
S
A
 
R
F
 
F
F
 
V
A
 
I
R
 
R
D
 
D
R
 
R
A
 
N
W
 
W
H
 
H
P
 
P
P
 
K
A
 
A
F
 
L
A
 
T
P
 
P
G
 
D
Y
 
Y
K
 
K
T
 
T
S
 
S
V
 
I
L
 
A
R
 
R
S
 
S
P
 
P
Q
 
R
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
V
S
 
S
L
 
I
D
 
P
G
 
Q
T
 
S
I
 
I
S
 
S
E
 
E
I
 
T
T
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
N
F
 
F
G
 
S
H
 
H
S
 
L
M
 
G
L
 
F
G
 
G
E
 
A
L
 
H
D
 
D
N
 
H
D
 
D
L
 
L
I
 
L
H
 
L
N
 
N
F
 
F
A
 
N
S
 
N
P
 
-
G
 
G
E
 
G
S
 
L
A
 
P
I
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
I
I
 
I
V
 
V
H
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
L
 
V
D
 
D
E
 
Q
R
 
Y
G
 
G
H
 
K
P
 
P
V
 
V
H
 
P
G
 
N
V
 
T
L
 
L
V
 
V
E
 
E
F
 
M
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
R
Y
|
Y
R
 
R
H
 
H
K
 
K
K
 
N
E
 
D
S
 
R
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
N
F
 
F
G
 
G
G
 
G
C
 
V
G
 
G
R
 
R
T
 
C
I
 
L
T
 
T
D
 
D
E
 
S
E
 
D
G
 
G
R
 
Y
Y
 
Y
W
 
S
F
 
F
R
 
R
T
 
T
V
 
I
R
 
K
P
 
P
G
 
G
A
 
P
Y
x
H
P
 
P
W
|
W
P
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
P
N
 
N
D
 
D
W
 
W
R
|
R
P
 
P
A
 
A
H
|
H
I
 
I
H
x
Y
F
 
F
S
 
G
V
 
I
F
 
S
G
 
G
H
 
P
G
 
S
F
 
I
A
 
A
Q
 
T
R
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
T
Q
 
Q
M
 
L
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
D
P
 
P
M
 
L
I
 
I
W
 
P
K
 
M
C
 
C
P
 
P
I
 
I
V
 
V
G
 
K
T
 
S
V
 
I
P
 
A
D
 
N
R
 
P
R
 
E
A
 
A
I
 
V
E
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
K
L
 
L
D
 
D
W
 
M
G
 
N
N
 
N
T
 
A
V
 
N
P
 
P
M
 
M
D
 
D
A
 
C
R
 
L
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
V
 
V
L
 
L
R
 
R
G
 
G
R
 
Q
R
 
R
S
 
K
T
 
T
F
 
H
F
 
F
E
 
E
N
 
N

3mflM Axial ligand swapping in double mutant maintains intradiol-cleavage chemistry in protocatechuate 3,4-dioxygenase
60% identity, 93% coverage: 14:248/253 of query aligns to 4:237/238 of 3mflM

query
sites
3mflM
E
 
D
T
 
N
G
 
S
A
 
R
F
 
F
F
 
V
A
 
I
R
 
R
D
 
D
R
 
R
A
 
N
W
 
W
H
 
H
P
 
P
P
 
K
A
 
A
F
 
L
A
 
T
P
 
P
G
 
D
Y
 
Y
K
 
K
T
 
T
S
 
S
V
 
I
L
 
A
R
 
R
S
 
S
P
 
P
Q
 
R
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
V
S
 
S
L
 
I
D
 
P
G
 
Q
T
 
S
I
 
I
S
 
S
E
 
E
I
 
T
T
 
T
G
 
G
P
 
P
V
 
N
F
 
F
G
 
S
H
 
H
S
 
L
M
 
G
L
 
F
G
 
G
E
 
A
L
 
H
D
 
D
N
 
H
D
 
D
L
 
L
I
 
L
H
 
L
N
 
N
F
 
F
A
 
N
S
 
N
P
 
-
G
 
G
E
 
G
S
 
L
A
 
P
I
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
I
I
 
I
V
 
V
H
 
A
G
 
G
R
 
R
V
 
V
L
 
V
D
 
D
E
 
Q
R
 
Y
G
 
G
H
 
K
P
 
P
V
 
V
H
 
P
G
 
N
V
 
T
L
 
L
V
 
V
E
 
E
F
 
M
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
G
 
G
G
 
G
R
 
R
Y
|
Y
R
 
R
H
 
H
K
 
K
K
 
N
E
 
D
S
 
R
Y
 
Y
L
 
L
A
 
A
P
 
P
L
 
L
D
 
D
P
 
P
N
 
N
F
 
F
G
 
G
G
 
G
C
 
V
G
 
G
R
 
R
T
 
C
I
 
L
T
 
T
D
 
D
E
 
S
E
 
D
G
 
G
R
 
Y
Y
 
Y
W
 
S
F
 
F
R
 
R
T
 
T
V
 
I
R
 
K
P
 
P
G
 
G
A
 
P
Y
x
H
P
 
P
W
|
W
P
 
R
N
 
N
G
 
G
V
 
P
N
 
N
D
 
D
W
 
W
R
|
R
P
 
P
A
 
A
H
|
H
I
 
I
H
x
Y
F
 
F
S
 
G
V
 
I
F
 
S
G
 
G
H
 
P
G
 
S
F
 
I
A
 
A
Q
 
T
R
 
K
L
 
L
I
 
I
T
 
T
Q
 
Q
M
 
L
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
D
P
 
P
M
 
L
I
 
I
W
 
P
K
 
M
C
 
C
P
 
P
I
 
I
V
 
V
G
 
K
T
 
S
V
 
I
P
 
A
D
 
N
R
 
P
R
 
E
A
 
A
I
 
V
E
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
K
L
 
L
D
 
D
W
 
M
G
 
N
N
 
N
T
 
A
V
 
N
P
 
P
M
 
M
D
 
D
A
 
C
R
 
L
A
 
A
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
V
 
V
L
 
L
R
 
R
G
 
G
R
 
Q
R
 
R
S
 
K
T
 
T
F
 
H
F
 
F
E
 
E
N
 
N

2buqB Crystal structure of wild-type protocatechuate 3,4-dioxygenase from acinetobacter sp. Adp1 in complex with catechol (see paper)
58% identity, 92% coverage: 16:248/253 of query aligns to 4:235/238 of 2buqB

query
sites
2buqB
G
 
G
A
 
A
F
 
Y
F
 
A
A
 
Q
R
 
R
D
 
N
R
 
T
A
 
E
W
 
D
H
 
H
P
 
P
P
 
P
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Y
 
Y
K
 
K
T
 
T
S
 
S
V
 
V
L
 
L
R
 
R
S
 
S
P
 
P
Q
 
K
K
 
N
A
 
A
L
 
L
L
 
I
S
 
S
L
 
I
D
 
A
G
 
E
T
 
T
I
 
L
S
 
S
E
 
E
I
 
V
T
 
T
G
 
A
P
 
P
V
 
H
F
 
F
G
 
S
H
 
A
S
 
D
M
 
K
L
 
F
G
 
G
E
 
P
L
 
K
D
 
D
N
 
N
D
 
D
L
 
L
I
 
I
H
 
L
N
 
N
F
 
Y
A
 
A
S
 
K
P
 
D
G
 
G
E
 
-
S
 
L
A
 
P
I
 
I
G
 
G
E
 
E
R
 
R
I
 
V
I
 
I
V
 
V
H
 
H
G
 
G
R
 
Y
V
 
V
L
 
R
D
 
D
E
 
Q
R
 
F
G
 
G
H
 
R
P
 
P
V
 
V
H
 
K
G
 
N
V
 
A
L
 
L
V
 
V
E
 
E
F
 
V
W
 
W
Q
 
Q
A
 
A
N
 
N
A
 
A
G
 
S
G
 
G
R
 
R
Y
|
Y
R
 
R
H
 
H
K
 
P
K
 
N
E
 
D
S
 
Q
Y
 
Y
L
 
I
A
 
G
P
 
A
L
 
M
D
 
D
P
 
P
N
 
N
F
 
F
G
 
G
G
 
G
C
 
C
G
 
G
R
 
R
T
 
M
I
 
L
T
 
T
D
 
D
E
 
D
E
 
N
G
 
G
R
 
Y
Y
 
Y
W
 
V
F
 
F
R
 
R
T
 
T
V
 
I
R
 
K
P
 
P
G
 
G
A
 
P
Y
|
Y
P
 
P
W
 
W
P
 
R
N
 
N
G
 
R
V
 
I
N
 
N
D
 
E
W
 
W
R
|
R
P
 
P
A
 
A
H
|
H
I
 
I
H
|
H
F
 
F
S
 
S
V
 
L
F
 
I
G
 
A
H
 
D
G
 
G
F
 
W
A
 
A
Q
 
Q
R
 
R
L
 
L
I
 
I
T
 
S
Q
 
Q
M
 
F
Y
 
Y
F
 
F
E
 
E
G
 
G
D
 
D
P
 
T
M
 
L
I
 
I
W
 
D
K
 
S
C
 
C
P
 
P
I
 
I
V
 
L
G
 
K
T
 
T
V
 
I
P
 
P
D
 
S
R
 
E
R
 
Q
A
 
Q
I
 
R
E
 
R
Q
 
A
L
 
L
I
 
I
A
 
A
A
 
L
L
 
E
D
 
D
W
 
K
G
 
S
N
 
N
T
 
F
V
 
I
P
 
E
M
 
A
D
 
D
A
 
S
R
 
R
A
 
C
Y
 
Y
R
 
R
F
 
F
D
 
D
I
 
I
V
 
T
L
 
L
R
 
R
G
 
G
R
 
R
R
 
R
S
 
A
T
 
T
F
 
Y
F
 
F
E
 
E
N
 
N

2bumB Crystal structure of wild-type protocatechuate 3,4-dioxygenase from acinetobacter sp. Adp1 (see paper)
58% identity, 92% coverage: 16:248/253 of query aligns to 4:235/238 of 2bumB

query
sites
2bumB
G
 
G
A
 
A
F
 
Y
F
 
A
A
 
Q
R
 
R
D
 
N
R
 
T
A
 
E
W
 
D
H
 
H
P
 
P
P
 
P
A
 
A
F
 
Y
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Y
 
Y
K
 
K
T
 
T
S
 
S
V
 
V
L
 
L
R
 
R
S
 
S
P
 
P
Q
 
K
K
 
N
A
 
A
L
 
L
L
 
I
S
 
S
L
 
I
D
 
A
G
 
E
T
 
T
I
 
L
S
 
S
E
 
E
I
 
V
T
 
T
G
 
A
P
 
P
V
 
H
F
 
F
G
 
S
H
 
A
S
 
D
M
 
K
L
 
F
G
 
G
E
 
P
L
 
K
D
 
D
N
 
N
D
 
D
L
 
L
I
 
I
H
 
L
N
 
N
F
 
Y
A
 
A
S