SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing SM_b20587 FitnessBrowser__Smeli:SM_b20587 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 5 hits to proteins with known functional sites (download)

Q0S7P9 Cholesterol ring-cleaving hydrolase IpdA subunit; (3E)-2-(2-carboxylatoethyl)-3-methyl-6-oxocyclohex-1-ene-1-carboxyl-CoA hydrolase alpha subunit; COCHEA-CoA hydrolase alpha subunit; EC 4.1.99.- from Rhodococcus jostii (strain RHA1) (see paper)
26% identity, 66% coverage: 97:286/286 of query aligns to 98:296/296 of Q0S7P9

query
sites
Q0S7P9
L
 
I
E
 
A
I
 
V
E
 
R
E
 
E
H
 
M
S
 
D
H
x
E
A
 
G
A
 
M
M
 
V
A
 
K
N
 
C
A
 
G
Y
 
L
E
 
E
A
 
A
G
 
A
A
 
A
G
 
A
N
 
R
L
 
L
P
 
P
F
 
F
A
 
L
A
 
P
F
 
I
R
 
R
G
 
A
Y
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
S
D
 
D
L
 
V
P
 
R
K
 
R
V
 
F
-
 
W
N
 
G
L
 
D
N
 
E
I
 
L
R
 
R
S
 
T
V
 
V
T
 
T
C
 
S
P
 
P
F
 
Y
-
 
P
-
 
D
-
 
A
-
 
S
-
 
G
T
 
K
G
 
S
E
 
E
V
 
T
L
 
L
A
 
I
A
 
A
V
 
M
P
 
P
A
 
A
I
 
L
R
 
N
P
 
L
D
 
D
V
 
A
T
 
A
I
 
L
I
 
V
H
 
H
A
 
L
Q
 
N
R
 
L
A
 
G
D
 
D
R
 
K
N
 
H
G
 
G
N
 
N
V
 
A
L
 
A
I
 
Y
E
 
T
G
 
G
I
 
V
V
 
D
G
 
P
V
 
Y
Q
 
F
K
 
D
E
 
D
A
 
L
V
 
Y
L
 
C
-
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
E
R
 
K
S
 
R
I
 
F
V
 
V
T
 
S
V
 
V
E
 
E
E
 
R
I
 
V
V
 
V
-
 
E
-
 
T
D
 
E
E
 
E
L
 
L
S
 
V
P
 
K
P
 
T
S
 
V
P
 
P
-
 
L
N
 
Q
S
 
N
V
 
L
V
 
I
L
 
L
P
 
N
G
 
R
W
 
M
A
 
M
V
 
V
T
 
D
A
 
G
V
 
V
A
 
V
H
 
E
V
 
A
P
 
P
G
 
N
G
 
G
A
 
A
F
 
H
P
 
F
S
 
T
Y
 
L
A
 
A
H
 
G
G
 
D
Y
 
S
Y
 
Y
P
 
G
R
 
R
S
 
D
N
 
E
A
 
K
F
 
F
Y
 
Q
I
 
R
R
 
H
W
 
Y
D
 
A
E
 
E
I
 
S
A
 
A
R
 
K
D
 
T
R
 
P
E
 
Q
T
 
A
F
 
W
T
 
Q
A
 
Q
W
 
F
I
 
V
R
 
-
E
 
A
N
 
T
V
 
Y
L
 
L
A
 
S
A
 
G
K
 
S
P
 
E
E
 
D
D
 
D
F
 
Y
A
 
Q
R
 
A
H
 
A
A
 
V
A
 
K
K
 
K
T
 
F
A
 
A
A
 
E
K
 
E
V
 
Q
A
 
A

6co9A Crystal structure of rhodococcus jostii rha1 ipdab cochea-coa complex (see paper)
26% identity, 66% coverage: 97:286/286 of query aligns to 97:295/295 of 6co9A

query
sites
6co9A
L
 
I
E
 
A
I
 
V
E
 
R
E
 
E
H
 
M
S
 
D
H
x
E
A
 
G
A
 
M
M
 
V
A
 
K
N
 
C
A
 
G
Y
 
L
E
 
E
A
 
A
G
 
A
A
 
A
G
 
A
N
 
R
L
 
L
P
 
P
F
 
F
A
 
L
A
 
P
F
 
I
R
 
R
G
 
A
Y
 
G
I
 
L
G
 
G
A
 
S
D
 
D
L
 
V
P
 
R
K
 
R
V
 
F
-
 
W
N
 
G
L
 
D
N
 
E
I
 
L
R
 
R
S
 
T
V
 
V
T
 
T
C
 
S
P
 
P
F
 
Y
-
 
P
-
 
D
-
 
A
-
 
S
-
 
G
T
 
K
G
 
S
E
 
E
V
 
T
L
 
L
A
 
I
A
 
A
V
 
M
P
 
P
A
 
A
I
 
L
R
 
N
P
 
L
D
 
D
V
 
A
T
 
A
I
 
L
I
 
V
H
 
H
A
 
L
Q
 
N
R
 
L
A
 
G
D
 
D
R
 
K
N
 
H
G
 
G
N
 
N
V
 
A
L
 
A
I
 
Y
E
 
T
G
 
G
I
 
V
V
 
D
G
 
P
V
 
Y
Q
 
F
K
 
D
E
 
D
A
 
L
V
 
Y
L
 
C
-
 
A
A
 
A
A
 
A
R
 
E
R
 
K
S
 
R
I
 
F
V
 
V
T
 
S
V
 
V
E
 
E
E
 
R
I
 
V
V
 
V
-
 
E
-
 
T
D
 
E
E
 
E
L
 
L
S
 
V
P
 
K
P
 
T
S
 
V
P
 
P
-
 
L
N
 
Q
S
 
N
V
 
L
V
 
I
L
 
L
P
 
N
G
 
R
W
 
M
A
 
M
V
 
V
T
 
D
A
 
G
V
 
V
A
 
V
H
 
E
V
 
A
P
 
P
G
 
N
G
 
G
A
 
A
F
 
H
P
 
F
S
 
T
Y
 
L
A
 
A
H
 
G
G
 
D
Y
 
S
Y
 
Y
P
 
G
R
 
R
S
 
D
N
 
E
A
 
K
F
 
F
Y
 
Q
I
 
R
R
 
H
W
 
Y
D
 
A
E
 
E
I
 
S
A
 
A
R
 
K
D
 
T
R
 
P
E
 
Q
T
 
A
F
 
W
T
 
Q
A
 
Q
W
 
F
I
 
V
R
 
-
E
 
A
N
 
T
V
 
Y
L
 
L
A
 
S
A
 
G
K
 
S
P
 
E
E
 
D
D
 
D
F
 
Y
A
 
Q
R
 
A
H
 
A
A
 
V
A
 
K
K
 
K
T
 
F
A
 
A
A
 
E
K
 
E
V
 
Q
A
 
A

Sites not aligning to the query:

8i40A Crystal structure of asct from trypanosoma brucei in complex with coa.
25% identity, 78% coverage: 1:222/286 of query aligns to 2:231/467 of 8i40A

query
sites
8i40A
M
 
L
A
 
D
R
 
K
I
 
V
M
 
M
S
 
S
L
 
L
A
 
S
E
 
S
A
 
A
V
 
V
E
 
Q
E
 
D
N
 
-
V
 
I
R
 
K
D
 
N
G
 
G
D
 
A
T
 
T
V
 
L
A
 
A
M
 
V
E
 
G
G
 
G
F
 
F
-
 
G
T
 
T
H
 
G
L
 
G
I
 
M
P
 
P
Y
 
H
A
 
A
A
 
I
G
 
M
H
 
Q
E
 
E
V
 
I
I
 
K
R
 
K
Q
 
M
G
 
G
R
 
V
K
 
R
D
 
D
L
 
L
F
 
-
L
 
-
V
 
-
R
 
-
M
 
-
T
 
-
P
 
-
D
 
-
I
 
I
L
 
I
Y
 
Y
D
 
S
Q
 
D
L
 
G
I
 
A
G
 
G
V
 
V
-
 
D
G
 
G
A
 
Y
A
 
G
R
 
I
G
 
G
M
 
V
K
 
L
F
 
F
-
 
E
-
 
N
-
 
K
-
 
Q
-
 
I
-
 
N
-
 
K
-
 
M
-
 
I
-
 
V
S
 
S
W
 
Y
G
 
V
G
 
G
N
 
N
P
 
N
G
 
K
V
 
I
G
 
F
S
 
A
L
 
-
H
 
-
R
 
-
F
 
-
R
 
R
D
 
Q
A
 
Y
V
 
L
E
 
E
N
 
G
Q
 
D
W
 
-
P
 
-
R
 
-
P
 
-
L
 
V
E
 
E
I
 
L
E
 
E
E
 
F
H
 
C
S
 
P
H
 
Q
A
 
G
A
 
S
M
 
L
A
 
A
N
 
E
A
 
R
Y
 
M
E
 
R
A
 
A
G
 
G
A
 
G
G
 
A
N
 
G
L
 
I
P
 
P
F
 
-
A
 
-
A
 
A
F
 
F
R
 
Y
G
 
T
-
 
P
-
 
T
-
 
A
-
 
V
-
 
G
-
 
T
-
 
V
-
 
L
Y
 
Q
I
 
T
G
 
G
A
 
G
D
 
Q
L
 
I
P
 
T
K
 
K
V
 
Y
N
 
D
L
 
K
N
 
N
-
 
G
-
 
G
I
 
V
R
 
L
S
 
K
V
 
E
T
 
S
C
 
T
P
 
P
-
 
R
-
 
E
-
 
T
-
 
R
-
 
F
F
 
F
T
 
G
G
 
G
E
 
R
V
 
L
L
 
Y
A
 
C
A
 
L
V
 
E
P
 
N
A
 
A
I
 
I
R
 
K
P
 
T
D
 
D
V
 
F
T
 
S
I
 
I
I
 
V
H
 
K
A
 
A
Q
 
W
R
 
K
A
 
G
D
 
D
R
 
R
N
 
C
G
 
G
N
 
N
V
 
L
L
 
V
I
 
F
E
 
R
G
 
G
I
 
T
V
 
A
G
 
R
V
 
N
Q
 
F
K
 
N
E
 
V
A
 
P
V
 
V
L
 
G
A
 
Q
A
 
C
R
 
G
R
 
Q
S
 
T
I
 
V
V
 
I
T
 
A
V
 
E
E
 
V
E
 
E
I
 
N
V
 
L
D
 
V
E
 
E
L
 
N
S
 
G
P
 
D
P
 
I
S
 
D
P
 
P
N
 
D
S
 
E
V
 
V
V
 
H
L
 
L
P
 
P
G
 
G
W
 
V
A
 
Y
V
 
V
T
 
D
A
 
R
V
 
V

Sites not aligning to the query:

8i3yD Crystal structure of asct from trypanosoma brucei in complex with succinyl-coa.
25% identity, 78% coverage: 1:222/286 of query aligns to 2:231/471 of 8i3yD

query
sites
8i3yD
M
 
L
A
 
D
R
 
K
I
 
V
M
 
M
S
 
S
L
 
L
A
 
S
E
 
S
A
 
A
V
 
V
E
 
Q
E
 
D
N
 
-
V
 
I
R
 
K
D
 
N
G
 
G
D
 
A
T
 
T
V
 
L
A
 
A
M
 
V
E
 
G
G
 
G
F
 
F
-
 
G
T
 
T
H
 
G
L
 
G
I
 
M
P
 
P
Y
 
H
A
 
A
A
 
I
G
 
M
H
 
Q
E
 
E
V
 
I
I
 
K
R
 
K
Q
 
M
G
 
G
R
 
V
K
 
R
D
 
D
L
 
L
F
 
-
L
 
-
V
 
-
R
 
-
M
 
-
T
 
-
P
 
-
D
 
-
I
 
I
L
 
I
Y
 
Y
D
 
S
Q
 
D
L
 
G
I
 
A
G
 
G
V
 
V
-
 
D
G
 
G
A
 
Y
A
 
G
R
 
I
G
 
G
M
 
V
K
 
L
F
 
F
-
 
E
-
 
N
-
 
K
-
 
Q
-
 
I
-
 
N
-
 
K
-
 
M
-
 
I
-
 
V
S
 
S
W
 
Y
G
 
V
G
 
G
N
 
N
P
 
N
G
 
K
V
 
I
G
 
F
S
 
A
L
 
-
H
 
-
R
 
-
F
 
-
R
 
R
D
 
Q
A
 
Y
V
 
L
E
 
E
N
 
G
Q
 
D
W
 
-
P
 
-
R
 
-
P
 
-
L
 
V
E
 
E
I
 
L
E
 
E
E
 
F
H
 
C
S
 
P
H
 
Q
A
 
G
A
 
S
M
 
L
A
 
A
N
 
E
A
 
R
Y
 
M
E
 
R
A
 
A
G
 
G
A
 
G
G
 
A
N
 
G
L
 
I
P
 
P
F
 
-
A
 
-
A
 
A
F
 
F
R
 
Y
G
 
T
-
 
P
-
 
T
-
 
A
-
 
V
-
 
G
-
 
T
-
 
V
-
 
L
Y
 
Q
I
 
T
G
 
G
A
 
G
D
 
Q
L
 
I
P
 
T
K
 
K
V
 
Y
N
 
D
L
 
K
N
 
N
-
 
G
-
 
G
I
 
V
R
 
L
S
 
K
V
 
E
T
 
S
C
 
T
P
 
P
-
 
R
-
 
E
-
 
T
-
 
R
-
 
F
F
 
F
T
 
G
G
 
G
E
 
R
V
 
L
L
 
Y
A
 
C
A
 
L
V
 
E
P
 
N
A
 
A
I
 
I
R
 
K
P
 
T
D
 
D
V
 
F
T
 
S
I
 
I
I
 
V
H
 
K
A
 
A
Q
 
W
R
 
K
A
 
G
D
 
D
R
 
R
N
 
C
G
 
G
N
 
N
V
 
L
L
 
V
I
 
F
E
 
R
G
 
G
I
 
T
V
 
A
G
 
R
V
 
N
Q
 
F
K
 
N
E
 
V
A
 
P
V
 
V
L
 
G
A
 
Q
A
 
C
R
 
G
R
x
Q
S
 
T
I
 
V
V
 
I
T
 
A
V
 
E
E
 
V
E
 
E
I
 
N
V
 
L
D
 
V
E
 
E
L
 
N
S
 
G
P
 
D
P
 
I
S
 
D
P
 
P
N
 
D
S
 
E
V
 
V
V
 
H
L
 
L
P
 
P
G
 
G
W
 
V
A
 
Y
V
 
V
T
x
D
A
 
R
V
 
V

8i3yA Crystal structure of asct from trypanosoma brucei in complex with succinyl-coa.
25% identity, 78% coverage: 1:222/286 of query aligns to 2:231/459 of 8i3yA

query
sites
8i3yA
M
 
L
A
 
D
R
 
K
I
 
V
M
 
M
S
 
S
L
 
L
A
 
S
E
 
S
A
 
A
V
 
V
E
 
Q
E
 
D
N
 
-
V
 
I
R
 
K
D
 
N
G
 
G
D
 
A
T
 
T
V
 
L
A
 
A
M
 
V
E
 
G
G
 
G
F
|
F
-
 
G
T
 
T
H
 
G
L
 
G
I
 
M
P
 
P
Y
 
H
A
 
A
A
 
I
G
 
M
H
 
Q
E
 
E
V
 
I
I
 
K
R
 
K
Q
 
M
G
 
G
R
 
V
K
 
R
D
 
D
L
 
L
F
 
-
L
 
-
V
 
-
R
 
-
M
 
-
T
 
-
P
 
-
D
 
-
I
 
I
L
 
I
Y
 
Y
D
 
S
Q
 
D
L
 
G
I
 
A
G
 
G
V
 
V
-
 
D
G
 
G
A
 
Y
A
 
G
R
 
I
G
 
G
M
 
V
K
 
L
F
 
F
-
 
E
-
 
N
-
 
K
-
 
Q
-
 
I
-
 
N
-
 
K
-
 
M
-
 
I
-
 
V
S
 
S
W
x
Y
G
 
V
G
 
G
N
 
N
P
 
N
G
 
K
V
 
I
G
 
F
S
 
A
L
 
-
H
 
-
R
 
-
F
 
-
R
 
R
D
 
Q
A
 
Y
V
 
L
E
 
E
N
 
G
Q
 
D
W
 
-
P
 
-
R
 
-
P
 
-
L
 
V
E
 
E
I
 
L
E
 
E
E
 
F
H
 
C
S
 
P
H
 
Q
A
 
G
A
 
S
M
 
L
A
 
A
N
 
E
A
 
R
Y
 
M
E
 
R
A
 
A
G
 
G
A
 
G
G
 
A
N
 
G
L
 
I
P
 
P
F
 
-
A
 
-
A
 
A
F
 
F
R
 
Y
G
 
T
-
 
P
-
 
T
-
 
A
-
 
V
-
 
G
-
 
T
-
 
V
-
 
L
Y
 
Q
I
 
T
G
 
G
A
 
G
D
 
Q
L
 
I
P
 
T
K
 
K
V
 
Y
N
 
D
L
 
K
N
 
N
-
 
G
-
 
G
I
 
V
R
 
L
S
 
K
V
 
E
T
 
S
C
 
T
P
 
P
-
 
R
-
 
E
-
 
T
-
 
R
-
 
F
F
 
F
T
 
G
G
 
G
E
 
R
V
 
L
L
 
Y
A
 
C
A
 
L
V
 
E
P
 
N
A
 
A
I
 
I
R
 
K
P
 
T
D
 
D
V
 
F
T
 
S
I
 
I
I
 
V
H
 
K
A
 
A
Q
 
W
R
 
K
A
 
G
D
 
D
R
 
R
N
 
C
G
 
G
N
 
N
V
 
L
L
 
V
I
 
F
E
 
R
G
 
G
I
 
T
V
 
A
G
 
R
V
 
N
Q
 
F
K
 
N
E
 
V
A
 
P
V
 
V
L
 
G
A
 
Q
A
 
C
R
 
G
R
x
Q
S
 
T
I
 
V
V
 
I
T
 
A
V
 
E
E
 
V
E
 
E
I
 
N
V
 
L
D
 
V
E
 
E
L
 
N
S
 
G
P
 
D
P
 
I
S
 
D
P
 
P
N
 
D
S
 
E
V
 
V
V
 
H
L
 
L
P
 
P
G
 
G
W
 
V
A
 
Y
V
 
V
T
x
D
A
 
R
V
 
V

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>SM_b20587 FitnessBrowser__Smeli:SM_b20587
MARIMSLAEAVEENVRDGDTVAMEGFTHLIPYAAGHEVIRQGRKDLFLVRMTPDILYDQL
IGVGAARGMKFSWGGNPGVGSLHRFRDAVENQWPRPLEIEEHSHAAMANAYEAGAGNLPF
AAFRGYIGADLPKVNLNIRSVTCPFTGEVLAAVPAIRPDVTIIHAQRADRNGNVLIEGIV
GVQKEAVLAARRSIVTVEEIVDELSPPSPNSVVLPGWAVTAVAHVPGGAFPSYAHGYYPR
SNAFYIRWDEIARDRETFTAWIRENVLAAKPEDFARHAAKTAAKVA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory