SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing SM_b20904 FitnessBrowser__Smeli:SM_b20904 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P04983 Ribose import ATP-binding protein RbsA; EC 7.5.2.7 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
36% identity, 97% coverage: 8:260/261 of query aligns to 4:258/501 of P04983

query
sites
P04983
L
 
L
V
 
L
E
 
Q
M
 
L
K
 
K
N
 
G
I
 
I
S
 
D
I
 
K
S
 
A
F
 
F
G
 
P
G
 
G
I
 
V
H
 
K
A
 
A
V
 
L
D
 
S
D
 
G
A
 
A
S
 
A
V
 
L
D
 
N
L
 
V
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
E
 
R
V
 
V
V
 
M
A
 
A
L
 
L
L
 
V
G
 
G
H
 
E
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
L
 
M
I
 
M
K
 
K
I
 
V
L
 
L
S
 
T
G
 
G
A
 
I
Y
 
Y
K
 
T
R
 
R
D
 
D
A
 
A
G
 
G
E
 
T
I
 
L
L
 
L
I
 
W
N
 
L
G
 
G
E
 
K
P
 
E
A
 
T
E
 
T
I
 
F
N
 
T
N
 
G
P
 
P
R
 
K
D
 
S
A
 
S
K
 
Q
K
 
E
Y
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
G
T
 
I
I
 
I
Y
 
H
Q
 
Q
T
 
E
L
 
L
A
 
N
V
 
L
A
 
I
D
 
P
N
 
Q
V
 
L
D
 
T
A
 
I
A
 
A
A
 
E
N
 
N
L
 
I
Y
 
F
L
 
L
G
 
G
R
 
R
E
 
E
L
 
F
R
 
V
T
 
N
P
 
R
W
 
F
G
 
G
T
 
K
L
 
I
D
 
D
D
 
W
V
 
K
A
 
T
M
 
M
E
 
Y
A
 
A
K
 
E
A
 
A
R
 
D
E
 
K
V
 
L
M
 
L
G
 
A
R
 
K
L
 
L
N
 
N
P
 
L
N
 
R
F
 
F
Q
 
K
R
 
S
F
 
D
K
 
K
E
 
-
P
 
L
V
 
V
K
 
G
A
 
D
L
 
L
S
 
S
G
 
I
G
 
G
Q
 
D
R
 
Q
Q
 
Q
S
 
M
V
 
V
A
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
K
A
 
V
I
 
L
L
 
S
F
 
F
D
 
E
A
 
S
R
 
K
I
 
V
L
 
I
I
 
I
M
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
D
A
 
A
L
 
L
G
 
T
P
 
D
Q
 
T
E
 
E
T
 
T
A
 
E
Q
 
S
V
 
L
G
 
F
E
 
R
L
 
V
I
 
I
K
 
R
Q
 
E
L
 
L
K
 
K
R
 
S
E
 
Q
G
 
G
I
 
R
G
 
G
I
 
I
F
 
V
L
 
Y
I
 
I
S
 
S
H
 
H
D
 
R
I
 
M
H
 
K
D
 
E
V
 
I
F
 
F
D
 
E
L
 
I
A
 
C
D
 
D
R
 
D
V
 
V
S
 
T
V
 
V
M
 
F
K
 
R
N
 
D
G
 
G
Q
 
Q
V
 
F
V
 
I
G
 
A
H
 
E
A
 
R
R
 
E
T
 
V
E
 
A
D
 
S
V
 
L
T
 
T
K
 
E
D
 
D
E
 
S
V
 
L
L
 
I
G
 
E
M
 
M
I
 
M
I
 
V
M
 
G
G
 
R
K
 
K
V
 
L
P
 
E
-
 
D
-
 
Q
-
 
Y
P
 
P
K
 
H
A
 
L
I
 
D
P
 
K
G
 
A
P
 
P
G
 
G
A
 
D
M
 
I
Q
 
R
M
 
L

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
29% identity, 87% coverage: 7:233/261 of query aligns to 1:223/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
P
 
P
L
 
I
V
 
I
E
 
R
M
 
I
K
 
R
N
 
N
I
 
L
S
 
H
I
 
K
S
 
W
F
|
F
G
 
G
G
 
P
I
x
L
H
 
H
A
x
V
V
 
L
D
 
K
D
 
G
A
 
I
S
 
H
V
 
L
D
 
E
L
 
V
Y
 
A
P
 
P
G
 
G
E
 
E
V
 
K
V
 
L
A
 
V
L
 
I
L
 
I
G
 
G
H
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
K
 
R
I
 
T
L
 
I
S
 
N
G
 
R
A
 
L
Y
 
E
K
 
D
R
 
F
D
 
Q
A
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
V
L
 
V
I
 
V
N
 
D
G
 
G
E
 
L
P
 
S
A
 
V
E
 
K
I
 
D
N
 
D
N
 
R
P
 
A
R
 
L
D
 
R
A
 
E
K
 
I
K
 
R
Y
 
R
G
 
E
I
 
V
E
 
G
T
 
M
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
T
 
Q
L
 
F
A
 
N
V
 
L
A
 
F
D
 
P
N
 
H
V
 
M
D
 
T
A
 
V
A
 
L
A
 
E
N
 
N
L
 
V
Y
 
T
L
 
L
G
 
A
-
 
P
-
 
M
R
 
R
E
 
V
L
 
R
R
 
R
T
 
W
P
 
P
W
 
-
G
 
-
T
 
-
L
 
-
D
 
-
D
 
R
V
 
E
A
 
K
M
 
A
E
 
E
A
 
K
K
 
K
A
 
A
R
 
L
E
 
E
V
 
L
M
 
L
G
 
E
R
 
R
L
 
V
N
 
G
P
 
I
N
 
L
F
 
D
Q
 
Q
R
 
A
F
 
R
K
 
K
E
 
Y
P
 
P
V
 
A
K
 
Q
A
 
-
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
S
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
L
 
A
F
 
M
D
 
E
A
 
P
R
 
K
I
 
I
L
 
M
I
 
L
M
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
D
P
 
P
Q
 
E
E
 
M
T
 
V
A
 
G
Q
 
E
V
 
V
G
 
L
E
 
D
L
 
V
I
 
M
K
 
R
Q
 
D
L
 
L
K
 
A
R
 
Q
E
 
G
G
 
G
I
 
M
G
 
T
I
 
M
F
 
V
L
 
V
I
 
V
S
 
T
H
 
H
D
 
E
I
 
M
H
 
G
D
 
F
V
 
A
F
 
R
D
 
E
L
 
V
A
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
V
S
 
V
V
 
F
M
 
M
K
 
D
N
 
G
G
 
G
Q
 
Q
V
 
I
V
 
V
G
 
E
H
 
E
A
 
G
R
 
R
T
 
P
E
 
E
D
 
E
V
 
I

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp- binding cassette of an abc transporter (see paper)
29% identity, 88% coverage: 8:236/261 of query aligns to 4:240/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
L
 
I
V
 
L
E
 
R
M
 
T
K
 
E
N
 
N
I
 
I
S
 
V
I
 
K
S
 
Y
F
|
F
G
 
G
G
 
E
I
x
F
H
 
K
A
 
A
V
 
L
D
 
D
D
 
G
A
 
V
S
 
S
V
 
I
D
 
S
L
 
V
Y
 
N
P
 
K
G
 
G
E
 
D
V
 
V
V
 
T
A
 
L
L
 
I
L
 
I
G
 
G
H
 
P
N
|
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
K
 
N
I
 
V
L
 
I
S
 
T
G
 
G
A
 
F
Y
 
L
K
 
K
R
 
A
D
 
D
A
 
E
G
 
G
E
 
R
I
 
V
L
 
Y
I
 
F
N
 
E
G
 
N
E
 
K
P
 
D
A
 
I
E
 
T
I
 
N
N
 
K
N
 
E
P
 
P
R
 
A
D
 
E
A
 
L
K
 
Y
K
 
H
Y
 
Y
G
 
G
I
 
I
E
 
V
T
 
R
I
 
T
Y
 
F
Q
 
Q
T
 
T
L
 
P
A
 
Q
V
 
P
A
 
L
D
 
K
N
 
E
V
 
M
D
 
T
A
 
V
A
 
L
A
 
E
N
 
N
L
 
L
Y
 
L
L
 
I
G
 
G
R
 
E
E
 
I
L
 
C
-
 
P
-
 
G
R
 
E
T
 
S
P
 
P
W
 
L
G
 
N
T
 
S
L
 
L
-
 
F
-
 
Y
-
 
K
-
 
K
-
 
W
-
 
I
-
 
P
D
 
K
D
 
E
V
 
E
A
 
E
M
 
M
E
 
V
A
 
E
K
 
K
A
 
A
R
 
F
E
 
K
V
 
I
M
 
L
G
 
E
R
 
F
L
 
L
N
 
K
P
 
L
N
 
S
F
 
-
Q
 
H
R
 
L
F
 
Y
K
 
D
E
 
R
P
 
K
V
 
A
K
 
G
A
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
M
Q
 
K
S
 
L
V
 
V
A
 
E
I
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
I
 
L
L
 
M
F
 
T
D
 
N
A
 
P
R
 
K
I
 
M
L
 
I
I
 
V
M
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
I
A
 
A
A
 
G
L
 
V
G
 
A
P
 
P
Q
 
G
E
 
L
T
 
A
A
 
H
Q
 
D
V
 
I
G
 
F
E
 
N
L
 
H
I
 
V
K
 
L
Q
 
E
L
 
L
K
 
K
R
 
A
E
 
K
G
 
G
I
 
I
G
 
T
I
 
F
F
 
L
L
 
I
I
 
I
S
 
E
H
 
H
D
 
R
I
 
L
H
 
D
D
 
I
V
 
V
F
 
L
D
 
N
L
 
Y
A
 
I
D
 
D
R
 
H
V
 
L
S
 
Y
V
 
V
M
 
M
K
 
F
N
 
N
G
 
G
Q
 
Q
V
 
I
V
 
I
G
 
A
H
 
E
A
 
G
R
 
R
T
 
G
E
 
E
D
 
E
V
 
E
T
 
I
K
 
K
D
 
N

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
29% identity, 88% coverage: 8:236/261 of query aligns to 4:240/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
L
 
I
V
 
L
E
 
R
M
 
T
K
 
E
N
 
N
I
 
I
S
 
V
I
 
K
S
 
Y
F
|
F
G
 
G
G
 
E
I
x
F
H
 
K
A
 
A
V
 
L
D
 
D
D
 
G
A
 
V
S
 
S
V
 
I
D
 
S
L
 
V
Y
 
C
P
 
K
G
 
G
E
 
D
V
 
V
V
 
T
A
 
L
L
 
I
L
 
I
G
 
G
H
 
P
N
|
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
I
K
 
N
I
 
V
L
 
I
S
 
T
G
 
G
A
 
F
Y
 
L
K
 
K
R
 
A
D
 
D
A
 
E
G
 
G
E
 
R
I
 
V
L
 
Y
I
 
F
N
 
E
G
 
N
E
 
K
P
 
D
A
 
I
E
 
T
I
 
N
N
 
K
N
 
E
P
 
P
R
 
A
D
 
E
A
 
L
K
 
Y
K
 
H
Y
 
Y
G
 
G
I
 
I
E
 
V
T
 
R
I
 
T
Y
 
F
Q
 
Q
T
 
T
L
 
P
A
 
Q
V
 
P
A
 
L
D
 
K
N
 
E
V
 
M
D
 
T
A
 
V
A
 
L
A
 
E
N
 
N
L
 
L
Y
 
L
L
 
I
G
 
G
R
 
E
-
 
I
-
 
N
E
 
P
L
 
G
R
 
E
T
 
S
P
 
P
W
 
L
G
 
N
T
 
S
L
 
L
-
 
F
-
 
Y
-
 
K
-
 
K
-
 
W
-
 
I
-
 
P
D
 
K
D
 
E
V
 
E
A
 
E
M
 
M
E
 
V
A
 
E
K
 
K
A
 
A
R
 
F
E
 
K
V
 
I
M
 
L
G
 
E
R
 
F
L
 
L
N
 
K
P
 
L
N
 
S
F
 
-
Q
 
H
R
 
L
F
 
Y
K
 
D
E
 
R
P
 
K
V
 
A
K
 
G
A
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
M
Q
 
K
S
 
L
V
 
V
A
 
E
I
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
I
 
L
L
 
M
F
 
T
D
 
N
A
 
P
R
 
K
I
 
M
L
 
I
I
 
V
M
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
I
A
 
A
A
 
G
L
 
V
G
 
A
P
 
P
Q
 
G
E
 
L
T
 
A
A
 
H
Q
 
D
V
 
I
G
 
F
E
 
N
L
 
H
I
 
V
K
 
L
Q
 
E
L
 
L
K
 
K
R
 
A
E
 
K
G
 
G
I
 
I
G
 
T
I
 
F
F
 
L
L
 
I
I
 
I
S
 
E
H
 
H
D
 
R
I
 
L
H
 
D
D
 
I
V
 
V
F
 
L
D
 
N
L
 
Y
A
 
I
D
 
D
R
 
H
V
 
L
S
 
Y
V
 
V
M
 
M
K
 
F
N
 
N
G
 
G
Q
 
Q
V
 
I
V
 
I
G
 
A
H
 
E
A
 
G
R
 
R
T
 
G
E
 
E
D
 
E
V
 
E
T
 
I
K
 
K
D
 
N

3c4jA Abc protein artp in complex with atp-gamma-s
29% identity, 87% coverage: 8:233/261 of query aligns to 3:225/242 of 3c4jA

query
sites
3c4jA
L
 
M
V
 
I
E
 
D
M
 
V
K
 
H
N
 
Q
I
 
L
S
 
K
I
 
K
S
 
S
F
|
F
G
 
G
G
 
S
I
 
L
H
 
E
A
x
V
V
 
L
D
 
K
D
 
G
A
 
I
S
 
N
V
 
V
D
 
H
L
 
I
Y
 
R
P
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
V
A
 
V
L
 
V
L
 
I
G
 
G
H
x
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
I
 
L
K
 
R
I
 
C
L
 
L
S
 
N
G
 
L
A
 
L
Y
 
E
K
 
D
R
 
F
D
 
D
A
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
I
L
 
I
I
 
I
N
 
D
G
 
G
-
 
I
-
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
A
E
 
K
P
 
D
A
 
T
E
 
N
I
 
L
N
 
N
N
 
K
P
 
V
R
 
R
D
 
E
A
 
E
K
 
-
K
 
-
Y
 
-
G
 
-
I
 
V
E
 
G
T
 
M
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
T
 
R
L
 
F
A
 
N
V
 
L
A
 
F
D
 
P
N
 
H
V
 
M
D
 
T
A
 
V
A
 
L
A
 
N
N
 
N
L
 
I
Y
 
T
L
 
L
G
 
A
R
 
P
E
 
M
L
 
K
R
 
V
T
 
R
P
 
K
W
 
W
G
 
P
T
 
R
L
 
-
D
 
-
D
 
-
V
 
E
A
 
K
M
 
A
E
 
E
A
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
M
E
 
E
V
 
L
M
 
L
G
 
D
R
 
K
L
 
V
N
 
G
P
 
L
N
 
K
F
 
D
Q
 
K
R
 
A
F
x
H
K
 
A
E
x
Y
P
 
P
V
 
-
K
 
D
A
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
A
Q
 
Q
S
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
L
 
A
F
 
M
D
 
E
A
 
P
R
 
K
I
 
I
L
 
M
I
 
L
M
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
D
P
 
P
Q
 
E
E
 
M
T
 
V
A
 
G
Q
 
E
V
 
V
G
 
L
E
 
S
L
 
V
I
 
M
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
K
 
A
R
 
N
E
 
E
G
 
G
I
 
M
G
 
T
I
 
M
F
 
V
L
 
V
I
 
V
S
 
T
H
 
H
D
 
E
I
 
M
H
 
G
D
 
F
V
 
A
F
 
R
D
 
E
L
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
V
S
 
L
V
 
F
M
 
M
K
 
D
N
 
G
G
 
G
Q
 
Y
V
 
I
V
 
I
G
 
E
H
 
E
A
 
G
R
 
K
T
 
P
E
 
E
D
 
D
V
 
L

3c41J Abc protein artp in complex with amp-pnp/mg2+
29% identity, 87% coverage: 8:233/261 of query aligns to 3:225/242 of 3c41J

query
sites
3c41J
L
 
M
V
 
I
E
 
D
M
 
V
K
 
H
N
 
Q
I
 
L
S
 
K
I
 
K
S
 
S
F
|
F
G
 
G
G
 
S
I
 
L
H
 
E
A
x
V
V
 
L
D
 
K
D
 
G
A
 
I
S
 
N
V
 
V
D
 
H
L
 
I
Y
 
R
P
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
V
A
 
V
L
 
V
L
 
I
G
 
G
H
x
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
I
 
L
K
x
R
I
 
C
L
 
L
S
 
N
G
 
L
A
 
L
Y
 
E
K
 
D
R
 
F
D
 
D
A
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
I
L
 
I
I
 
I
N
 
D
G
 
G
-
 
I
-
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
A
E
 
K
P
 
D
A
 
T
E
 
N
I
 
L
N
 
N
N
 
K
P
 
V
R
 
R
D
 
E
A
 
E
K
 
-
K
 
-
Y
 
-
G
 
-
I
 
V
E
 
G
T
 
M
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
T
 
R
L
 
F
A
 
N
V
 
L
A
 
F
D
 
P
N
 
H
V
 
M
D
 
T
A
 
V
A
 
L
A
 
N
N
 
N
L
 
I
Y
 
T
L
 
L
G
 
A
R
 
P
E
 
M
L
 
K
R
 
V
T
 
R
P
 
K
W
 
W
G
 
P
T
 
R
L
 
-
D
 
-
D
 
-
V
 
E
A
 
K
M
 
A
E
 
E
A
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
M
E
 
E
V
 
L
M
 
L
G
 
D
R
 
K
L
 
V
N
 
G
P
 
L
N
 
K
F
 
D
Q
 
K
R
 
A
F
x
H
K
 
A
E
x
Y
P
 
P
V
 
-
K
 
D
A
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
A
Q
 
Q
S
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
L
 
A
F
 
M
D
 
E
A
 
P
R
 
K
I
 
I
L
 
M
I
 
L
M
 
F
D
|
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
D
P
 
P
Q
 
E
E
 
M
T
 
V
A
 
G
Q
 
E
V
 
V
G
 
L
E
 
S
L
 
V
I
 
M
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
K
 
A
R
 
N
E
 
E
G
 
G
I
 
M
G
 
T
I
 
M
F
 
V
L
 
V
I
 
V
S
 
T
H
 
H
D
 
E
I
 
M
H
 
G
D
 
F
V
 
A
F
 
R
D
 
E
L
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
V
S
 
L
V
 
F
M
 
M
K
 
D
N
 
G
G
 
G
Q
 
Y
V
 
I
V
 
I
G
 
E
H
 
E
A
 
G
R
 
K
T
 
P
E
 
E
D
 
D
V
 
L

2olkA Abc protein artp in complex with adp-beta-s
29% identity, 87% coverage: 8:233/261 of query aligns to 3:225/242 of 2olkA

query
sites
2olkA
L
 
M
V
 
I
E
 
D
M
 
V
K
 
H
N
 
Q
I
 
L
S
 
K
I
 
K
S
 
S
F
|
F
G
 
G
G
 
S
I
x
L
H
 
E
A
x
V
V
 
L
D
 
K
D
 
G
A
 
I
S
 
N
V
 
V
D
 
H
L
 
I
Y
 
R
P
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
V
A
 
V
L
 
V
L
 
I
G
 
G
H
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
I
 
L
K
 
R
I
 
C
L
 
L
S
 
N
G
 
L
A
 
L
Y
 
E
K
 
D
R
 
F
D
 
D
A
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
I
L
 
I
I
 
I
N
 
D
G
 
G
-
 
I
-
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
A
E
 
K
P
 
D
A
 
T
E
 
N
I
 
L
N
 
N
N
 
K
P
 
V
R
 
R
D
 
E
A
 
E
K
 
-
K
 
-
Y
 
-
G
 
-
I
 
V
E
 
G
T
 
M
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
T
 
R
L
 
F
A
 
N
V
 
L
A
 
F
D
 
P
N
 
H
V
 
M
D
 
T
A
 
V
A
 
L
A
 
N
N
 
N
L
 
I
Y
 
T
L
 
L
G
 
A
R
 
P
E
 
M
L
 
K
R
 
V
T
 
R
P
 
K
W
 
W
G
 
P
T
 
R
L
 
-
D
 
-
D
 
-
V
 
E
A
 
K
M
 
A
E
 
E
A
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
M
E
 
E
V
 
L
M
 
L
G
 
D
R
 
K
L
 
V
N
 
G
P
 
L
N
 
K
F
 
D
Q
 
K
R
 
A
F
 
H
K
 
A
E
 
Y
P
 
P
V
 
-
K
 
D
A
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
A
Q
 
Q
S
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
L
 
A
F
 
M
D
 
E
A
 
P
R
 
K
I
 
I
L
 
M
I
 
L
M
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
D
P
 
P
Q
 
E
E
 
M
T
 
V
A
 
G
Q
 
E
V
 
V
G
 
L
E
 
S
L
 
V
I
 
M
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
K
 
A
R
 
N
E
 
E
G
 
G
I
 
M
G
 
T
I
 
M
F
 
V
L
 
V
I
 
V
S
 
T
H
 
H
D
 
E
I
 
M
H
 
G
D
 
F
V
 
A
F
 
R
D
 
E
L
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
V
S
 
L
V
 
F
M
 
M
K
 
D
N
 
G
G
 
G
Q
 
Y
V
 
I
V
 
I
G
 
E
H
 
E
A
 
G
R
 
K
T
 
P
E
 
E
D
 
D
V
 
L

2oljA Abc protein artp in complex with adp/mg2+
29% identity, 87% coverage: 8:233/261 of query aligns to 3:225/242 of 2oljA

query
sites
2oljA
L
 
M
V
 
I
E
 
D
M
 
V
K
 
H
N
 
Q
I
 
L
S
 
K
I
 
K
S
 
S
F
|
F
G
 
G
G
 
S
I
 
L
H
 
E
A
x
V
V
 
L
D
 
K
D
 
G
A
 
I
S
 
N
V
 
V
D
 
H
L
 
I
Y
 
R
P
 
E
G
 
G
E
 
E
V
 
V
V
 
V
A
 
V
L
 
V
L
 
I
G
 
G
H
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
I
 
L
K
 
R
I
 
C
L
 
L
S
 
N
G
 
L
A
 
L
Y
 
E
K
 
D
R
 
F
D
 
D
A
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
I
L
 
I
I
 
I
N
 
D
G
 
G
-
 
I
-
 
N
-
 
L
-
 
K
-
 
A
E
 
K
P
 
D
A
 
T
E
 
N
I
 
L
N
 
N
N
 
K
P
 
V
R
 
R
D
 
E
A
 
E
K
 
-
K
 
-
Y
 
-
G
 
-
I
 
V
E
 
G
T
 
M
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
T
 
R
L
 
F
A
 
N
V
 
L
A
 
F
D
 
P
N
 
H
V
 
M
D
 
T
A
 
V
A
 
L
A
 
N
N
 
N
L
 
I
Y
 
T
L
 
L
G
 
A
R
 
P
E
 
M
L
 
K
R
 
V
T
 
R
P
 
K
W
 
W
G
 
P
T
 
R
L
 
-
D
 
-
D
 
-
V
 
E
A
 
K
M
 
A
E
 
E
A
 
A
K
 
K
A
 
A
R
 
M
E
 
E
V
 
L
M
 
L
G
 
D
R
 
K
L
 
V
N
 
G
P
 
L
N
 
K
F
 
D
Q
 
K
R
 
A
F
x
H
K
 
A
E
x
Y
P
 
P
V
 
-
K
 
D
A
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
A
Q
 
Q
S
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
L
 
A
F
 
M
D
 
E
A
 
P
R
 
K
I
 
I
L
 
M
I
 
L
M
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
D
P
 
P
Q
 
E
E
 
M
T
 
V
A
 
G
Q
 
E
V
 
V
G
 
L
E
 
S
L
 
V
I
 
M
K
 
K
Q
 
Q
L
 
L
K
 
A
R
 
N
E
 
E
G
 
G
I
 
M
G
 
T
I
 
M
F
 
V
L
 
V
I
 
V
S
 
T
H
 
H
D
 
E
I
 
M
H
 
G
D
 
F
V
 
A
F
 
R
D
 
E
L
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
V
S
 
L
V
 
F
M
 
M
K
 
D
N
 
G
G
 
G
Q
 
Y
V
 
I
V
 
I
G
 
E
H
 
E
A
 
G
R
 
K
T
 
P
E
 
E
D
 
D
V
 
L

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
31% identity, 84% coverage: 6:224/261 of query aligns to 15:226/378 of P69874

query
sites
P69874
T
 
S
P
 
P
L
 
L
V
 
V
E
 
Q
M
 
L
K
 
A
N
 
G
I
 
I
S
 
R
I
 
K
S
x
C
F
|
F
G
 
D
G
 
G
I
 
K
H
 
E
A
 
V
V
 
I
D
 
P
D
 
Q
A
 
L
S
 
D
V
 
L
D
 
T
L
 
I
Y
 
N
P
 
N
G
 
G
E
 
E
V
x
F
V
 
L
A
 
T
L
 
L
L
 
L
G
 
G
H
 
P
N
 
S
G
 
G
A
x
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
V
I
x
L
K
 
R
I
 
L
L
 
I
S
 
A
G
 
G
A
 
L
Y
 
E
K
 
T
R
 
V
D
 
D
A
 
S
G
 
G
E
 
R
I
 
I
L
 
M
I
x
L
N
 
D
G
 
N
E
 
E
P
 
-
A
 
-
E
 
D
I
 
I
N
 
T
N
 
H
P
 
V
R
 
P
D
 
A
A
 
E
K
 
N
K
 
R
Y
 
Y
G
 
-
I
 
V
E
 
N
T
 
T
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
T
 
S
L
 
Y
A
 
A
V
 
L
A
 
F
D
 
P
N
 
H
V
 
M
D
 
T
A
 
V
A
 
F
A
 
E
N
 
N
L
 
V
Y
 
A
L
 
F
G
 
G
-
 
L
R
 
R
E
 
M
L
 
Q
R
 
K
T
 
T
P
 
P
W
 
A
G
 
A
T
 
E
L
 
I
D
 
T
D
 
P
V
 
R
A
 
V
M
 
M
E
 
E
A
 
A
K
 
L
A
 
R
R
 
-
E
 
-
V
 
-
M
 
M
G
x
V
R
 
Q
L
 
L
N
 
E
P
 
T
N
 
F
F
 
A
Q
 
Q
R
 
R
F
 
-
K
 
-
E
 
K
P
 
P
V
 
-
K
 
H
A
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
S
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
V
L
 
V
F
 
N
D
 
K
A
 
P
R
 
R
I
 
L
L
 
L
I
 
L
M
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
S
T
 
L
A
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
D
P
 
Y
Q
 
K
E
 
L
T
 
R
A
 
K
Q
 
Q
V
 
M
G
 
Q
E
 
N
L
 
E
I
 
L
K
 
K
Q
 
A
L
 
L
K
 
Q
R
 
R
E
 
K
-
 
L
G
 
G
I
 
I
G
 
T
I
 
F
F
 
V
L
 
F
I
 
V
S
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
Q
H
 
E
D
 
E
V
 
A
F
 
L
D
 
T
L
 
M
A
 
S
D
 
D
R
 
R
V
 
I
S
 
V
V
 
V
M
 
M
K
 
R
N
 
D
G
 
G
Q
 
R
V
 
I

Sites not aligning to the query:

5x40A Structure of a cbio dimer bound with amppcp (see paper)
32% identity, 89% coverage: 6:237/261 of query aligns to 2:231/280 of 5x40A

query
sites
5x40A
T
 
T
P
 
P
L
 
I
V
 
L
E
 
A
M
 
A
K
 
E
N
 
A
I
 
L
S
 
T
I
 
Y
S
 
A
F
|
F
-
 
P
G
 
G
G
 
G
I
x
V
H
x
K
A
|
A
V
 
L
D
 
D
D
 
D
A
 
L
S
 
S
V
 
L
D
 
A
L
 
V
Y
 
P
P
 
K
G
 
G
E
 
E
V
 
S
V
 
L
A
 
A
L
 
I
L
 
L
G
 
G
H
x
P
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
I
 
L
K
 
L
I
 
H
L
 
L
S
 
N
G
 
G
A
 
T
Y
 
L
K
 
R
R
 
P
D
 
Q
A
 
S
G
 
G
E
 
R
I
 
V
L
 
L
I
 
L
N
 
G
G
 
G
E
 
T
P
 
-
A
 
A
E
 
T
I
 
G
N
 
H
N
 
S
P
 
R
R
 
K
D
 
D
A
 
L
K
 
T
K
 
G
Y
 
W
G
 
R
I
 
-
E
 
R
T
 
R
I
 
V
Y
 
G
Q
 
L
T
 
V
L
 
L
A
x
Q
V
 
D
A
 
A
D
 
D
N
 
D
V
 
Q
D
 
L
A
 
F
A
 
A
A
 
T
N
 
T
L
 
V
Y
 
F
L
 
E
G
 
D
R
 
-
E
 
-
L
 
-
R
 
-
T
 
V
P
 
S
W
 
F
G
 
G
T
 
P
L
 
L
D
 
N
D
 
L
V
 
G
A
 
L
M
 
S
E
 
E
A
 
A
K
 
E
A
 
A
R
 
R
-
 
A
-
 
R
-
 
V
-
 
E
E
 
E
V
 
A
M
 
L
G
 
A
R
 
A
L
 
L
N
 
S
P
 
I
N
 
S
F
 
D
Q
 
L
R
 
R
F
 
-
K
 
D
E
x
R
P
 
P
V
 
T
K
x
H
A
x
M
L
|
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
Q
|
Q
R
 
K
Q
 
R
S
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
G
A
 
A
I
 
V
L
 
A
F
 
M
D
 
R
A
 
P
R
 
E
I
 
V
L
 
L
I
 
L
M
 
L
D
 
D
E
x
Q
P
 
P
T
 
T
A
 
A
A
 
G
L
 
L
G
 
D
P
 
L
Q
 
A
E
 
G
T
 
T
A
 
E
Q
 
Q
V
 
L
G
 
L
E
 
T
L
 
L
I
 
L
K
 
R
Q
 
G
L
 
L
K
 
R
R
 
A
E
 
A
G
 
G
I
 
M
G
 
T
I
 
L
F
 
V
L
 
F
I
 
S
S
 
T
H
|
H
D
 
D
I
 
V
H
 
E
D
 
L
V
 
A
F
 
A
D
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
V
S
 
A
V
 
L
M
 
F
K
 
R
N
 
T
G
 
G
Q
 
R
V
 
V
V
 
L
G
 
A
H
 
E
A
 
G
R
 
A
T
 
A
E
 
E
D
 
A
V
 
V
T
 
L
K
 
S
D
 
D
E
 
R

3d31A Modbc from methanosarcina acetivorans (see paper)
28% identity, 90% coverage: 8:242/261 of query aligns to 1:224/348 of 3d31A

query
sites
3d31A
L
 
M
V
 
I
E
 
E
M
 
I
K
 
E
N
 
S
I
 
L
S
 
S
I
 
R
S
 
K
F
 
W
G
 
K
G
 
N
I
 
F
H
 
-
A
 
S
V
 
L
D
 
D
D
 
N
A
 
L
S
 
S
V
 
L
D
 
K
L
 
V
Y
 
E
P
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
Y
V
 
F
A
 
V
L
 
I
L
 
L
G
 
G
H
 
P
N
 
T
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
L
L
 
F
I
 
L
K
 
E
I
 
L
L
 
I
S
 
A
G
 
G
A
 
F
Y
 
H
K
 
V
R
 
P
D
 
D
A
 
S
G
 
G
E
 
R
I
 
I
L
 
L
I
 
L
N
 
D
G
 
G
E
 
K
P
 
D
A
 
V
E
 
T
I
 
D
N
 
L
N
 
S
P
 
P
R
 
-
D
 
-
A
 
-
K
 
E
K
 
K
Y
 
H
G
 
D
I
 
I
E
 
A
T
 
F
I
 
V
Y
 
Y
Q
 
Q
T
 
N
L
 
Y
A
 
S
V
 
L
A
 
F
D
 
P
N
 
H
V
 
M
D
 
N
A
 
V
A
 
K
A
 
K
N
 
N
L
 
L
Y
 
E
L
 
F
G
 
G
-
 
M
-
 
R
-
 
M
R
 
K
E
 
K
L
 
I
R
 
K
T
 
D
P
 
P
W
 
K
G
 
R
T
 
V
L
 
L
D
 
D
D
 
-
V
 
T
A
 
A
M
 
R
E
 
D
A
 
L
K
 
K
A
 
I
R
 
E
E
 
H
V
 
L
M
 
L
G
 
D
R
 
R
L
 
-
N
 
N
P
 
P
N
 
-
F
 
-
Q
 
-
R
 
-
F
 
-
K
 
-
E
 
-
P
 
-
V
 
-
K
 
L
A
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
Q
Q
 
Q
S
 
R
V
 
V
A
 
A
I
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
L
 
V
F
 
T
D
 
N
A
 
P
R
 
K
I
 
I
L
 
L
I
 
L
M
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
A
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
D
P
 
P
Q
 
R
E
 
T
T
 
Q
A
 
E
Q
 
N
V
 
A
G
 
R
E
 
E
L
 
M
I
 
L
K
 
S
Q
 
V
L
 
L
-
 
H
K
 
K
R
 
K
E
 
N
G
 
K
I
 
L
G
 
T
I
 
V
F
 
L
L
 
H
I
 
I
S
 
T
H
 
H
D
 
D
I
 
Q
H
 
T
D
 
E
V
 
A
F
 
R
D
 
I
L
 
M
A
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
I
S
 
A
V
 
V
M
 
V
K
 
M
N
 
D
G
 
G
Q
 
K
V
 
L
V
 
I
G
 
Q
H
 
V
A
 
G
R
 
K
T
 
P
E
 
E
D
 
E
V
 
I
T
 
F
K
 
E
D
 
K
E
 
P
V
 
V
L
 
E
G
 
G
M
 
R
I
 
V

Sites not aligning to the query:

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
27% identity, 90% coverage: 12:246/261 of query aligns to 6:236/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
K
 
K
N
 
N
I
 
L
S
 
A
I
 
K
S
 
A
F
 
Y
G
 
K
G
 
G
I
 
R
H
 
R
A
 
V
V
 
V
D
 
E
D
 
D
A
 
V
S
 
S
V
 
L
D
 
T
L
 
V
Y
 
N
P
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
H
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
T
I
 
F
K
 
Y
I
 
M
L
 
V
S
 
V
G
 
G
A
 
I
Y
 
V
K
 
P
R
 
R
D
 
D
A
 
A
G
 
G
E
 
N
I
 
I
L
 
I
I
 
I
N
 
D
G
 
D
E
 
D
P
 
D
A
 
I
E
 
S
I
 
L
N
 
L
N
 
P
P
 
L
R
 
H
D
 
A
A
 
R
K
 
A
K
 
R
Y
 
R
G
 
G
I
 
I
-
 
G
-
 
Y
-
 
L
-
 
P
-
 
Q
-
 
E
E
 
A
T
 
S
I
 
I
Y
 
F
Q
x
R
T
 
R
L
 
L
A
 
S
V
 
V
A
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
L
D
 
M
A
 
A
A
 
V
A
 
L
N
 
Q
L
 
I
Y
 
R
L
 
-
G
 
-
R
 
-
E
 
-
L
 
-
R
 
-
T
 
-
P
 
-
W
 
-
G
 
-
T
 
-
L
 
-
D
 
D
D
 
D
V
 
L
A
 
S
M
 
A
E
 
E
A
 
Q
K
 
R
-
 
E
-
 
D
-
 
R
A
 
A
R
 
N
E
 
E
V
 
L
M
 
M
G
 
E
R
 
E
L
 
F
N
 
H
P
 
-
N
 
-
F
 
I
Q
 
E
R
 
H
F
 
L
K
 
R
E
 
D
P
 
S
V
x
M
-
x
G
K
x
Q
A
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
R
Q
 
R
S
 
R
V
 
V
A
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
L
 
A
F
 
A
D
 
N
A
 
P
R
 
K
I
 
F
L
 
I
I
 
L
M
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
A
 
A
A
 
G
L
 
V
G
 
D
P
 
P
Q
 
I
E
 
S
T
 
V
A
 
I
Q
 
D
V
 
I
G
 
K
E
 
R
L
 
I
I
 
I
K
 
E
Q
 
H
L
 
L
K
 
R
R
 
D
E
 
S
G
 
G
I
 
L
G
 
G
I
 
V
F
 
L
L
 
I
I
 
T
S
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
H
 
R
D
 
E
V
 
T
F
 
L
D
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
V
 
A
S
 
Y
V
 
I
M
 
V
K
 
S
N
 
Q
G
 
G
Q
 
H
V
 
L
V
 
I
G
 
A
H
 
H
A
 
G
R
 
T
T
 
P
E
 
T
D
 
E
V
 
I
T
 
L
K
 
Q
D
 
D
E
 
E
V
 
H
L
 
V
G
 
K
M
 
R
I
 
V
I
 
Y
M
 
L
G
 
G
K
 
E

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
27% identity, 90% coverage: 12:246/261 of query aligns to 6:236/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
K
 
K
N
 
N
I
 
L
S
 
A
I
 
K
S
 
A
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
I
x
R
H
 
R
A
x
V
V
 
V
D
 
E
D
 
D
A
 
V
S
 
S
V
 
L
D
 
T
L
 
V
Y
 
N
P
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
H
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
K
 
Y
I
 
M
L
 
V
S
 
V
G
 
G
A
 
I
Y
 
V
K
 
P
R
 
R
D
 
D
A
 
A
G
 
G
E
 
N
I
 
I
L
 
I
I
 
I
N
 
D
G
 
D
E
 
D
P
 
D
A
 
I
E
 
S
I
 
L
N
 
L
N
 
P
P
 
L
R
 
H
D
 
A
A
 
R
K
 
A
K
 
R
Y
 
R
G
 
G
I
 
I
-
 
G
-
 
Y
-
 
L
-
 
P
-
x
Q
-
 
E
E
 
A
T
 
S
I
 
I
Y
 
F
Q
 
R
T
 
R
L
 
L
A
 
S
V
 
V
A
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
L
D
 
M
A
 
A
A
 
V
A
 
L
N
 
Q
L
 
I
Y
 
R
L
 
-
G
 
-
R
 
-
E
 
-
L
 
-
R
 
-
T
 
-
P
 
-
W
 
-
G
 
-
T
 
-
L
 
-
D
 
D
D
 
D
V
 
L
A
 
S
M
 
A
E
 
E
A
 
Q
K
 
R
-
 
E
-
 
D
-
 
R
A
 
A
R
 
N
E
 
E
V
 
L
M
 
M
G
 
E
R
 
E
L
 
F
N
 
H
P
 
-
N
 
-
F
 
I
Q
 
E
R
 
H
F
 
L
K
 
R
E
 
D
P
 
S
V
 
M
-
 
G
K
 
Q
A
x
S
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
x
E
R
 
R
Q
 
R
S
 
R
V
 
V
A
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
L
 
A
F
 
A
D
 
N
A
 
P
R
 
K
I
 
F
L
 
I
I
 
L
M
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
A
 
A
A
 
G
L
 
V
G
 
D
P
 
P
Q
 
I
E
 
S
T
 
V
A
 
I
Q
 
D
V
 
I
G
 
K
E
 
R
L
 
I
I
 
I
K
 
E
Q
 
H
L
 
L
K
 
R
R
 
D
E
 
S
G
 
G
I
 
L
G
 
G
I
 
V
F
 
L
L
 
I
I
 
T
S
 
D
H
|
H
D
 
N
I
 
V
H
 
R
D
 
E
V
 
T
F
 
L
D
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
V
 
A
S
 
Y
V
 
I
M
 
V
K
 
S
N
 
Q
G
 
G
Q
 
H
V
 
L
V
 
I
G
 
A
H
 
H
A
 
G
R
 
T
T
 
P
E
 
T
D
 
E
V
 
I
T
 
L
K
 
Q
D
 
D
E
 
E
V
 
H
L
 
V
G
 
K
M
 
R
I
 
V
I
 
Y
M
 
L
G
 
G
K
 
E

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
27% identity, 90% coverage: 12:245/261 of query aligns to 6:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
K
 
K
N
 
N
I
 
L
S
 
A
I
 
K
S
 
A
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
I
 
R
H
 
R
A
 
V
V
 
V
D
 
E
D
 
D
A
 
V
S
 
S
V
 
L
D
 
T
L
 
V
Y
 
N
P
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
H
x
P
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
K
 
Y
I
 
M
L
 
V
S
 
V
G
 
G
A
 
I
Y
 
V
K
 
P
R
 
R
D
 
D
A
 
A
G
 
G
E
 
N
I
 
I
L
 
I
I
 
I
N
 
D
G
 
D
E
 
D
P
 
D
A
 
I
E
 
S
I
 
L
N
 
L
N
 
P
P
 
L
R
 
H
D
 
A
A
 
R
K
 
A
K
 
R
Y
 
R
G
 
G
I
 
I
-
 
G
-
 
Y
-
 
L
-
 
P
-
x
Q
-
 
E
E
 
A
T
 
S
I
 
I
Y
 
F
Q
 
R
T
 
R
L
 
L
A
 
S
V
 
V
A
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
L
D
 
M
A
 
A
A
 
V
A
 
L
N
 
Q
L
 
I
Y
 
R
L
 
-
G
 
-
R
 
-
E
 
-
L
 
-
R
 
-
T
 
-
P
 
-
W
 
-
G
 
-
T
 
-
L
 
-
D
 
D
D
 
D
V
 
L
A
 
S
M
 
A
E
 
E
A
 
Q
K
 
R
-
 
E
-
 
D
-
 
R
A
 
A
R
 
N
E
 
E
V
 
L
M
 
M
G
 
E
R
 
E
L
 
F
N
 
H
P
 
-
N
 
-
F
 
I
Q
 
E
R
 
H
F
 
L
K
 
R
E
 
D
P
 
S
V
 
M
-
 
G
K
 
Q
A
x
S
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
Q
x
E
R
 
R
Q
 
R
S
 
R
V
 
V
A
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
L
 
A
F
 
A
D
 
N
A
 
P
R
 
K
I
 
F
L
 
I
I
 
L
M
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
F
A
 
A
A
x
G
L
 
V
G
 
D
P
 
P
Q
 
I
E
 
S
T
 
V
A
 
I
Q
 
D
V
 
I
G
 
K
E
 
R
L
 
I
I
 
I
K
 
E
Q
 
H
L
 
L
K
 
R
R
 
D
E
 
S
G
 
G
I
 
L
G
 
G
I
 
V
F
 
L
L
 
I
I
 
T
S
 
D
H
|
H
D
 
N
I
 
V
H
 
R
D
 
E
V
 
T
F
 
L
D
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
V
 
A
S
 
Y
V
 
I
M
 
V
K
 
S
N
 
Q
G
 
G
Q
 
H
V
 
L
V
 
I
G
 
A
H
 
H
A
 
G
R
 
T
T
 
P
E
 
T
D
 
E
V
 
I
T
 
L
K
 
Q
D
 
D
E
 
E
V
 
H
L
 
V
G
 
K
M
 
R
I
 
V
I
 
Y
M
 
L
G
 
G

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
26% identity, 90% coverage: 12:246/261 of query aligns to 7:237/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
K
 
K
N
 
N
I
 
L
S
 
A
I
 
K
S
 
A
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
I
x
R
H
 
R
A
x
V
V
 
V
D
 
E
D
 
D
A
 
V
S
 
S
V
 
L
D
 
T
L
 
V
Y
 
N
P
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
H
x
P
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
K
 
Y
I
 
M
L
 
V
S
 
V
G
 
G
A
 
I
Y
 
V
K
 
P
R
 
R
D
 
D
A
 
A
G
 
G
E
 
N
I
 
I
L
 
I
I
 
I
N
 
D
G
 
D
E
 
D
P
 
D
A
 
I
E
 
S
I
 
L
N
 
L
N
 
P
P
 
L
R
 
H
D
 
A
A
 
R
K
 
A
K
 
R
Y
 
R
G
 
G
I
 
I
-
 
G
-
 
Y
-
 
L
-
 
P
-
x
Q
-
 
E
E
 
A
T
 
S
I
 
I
Y
 
F
Q
 
R
T
 
R
L
 
L
A
 
S
V
 
V
A
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
L
D
 
M
A
 
A
A
 
V
A
 
L
N
 
Q
L
 
I
Y
 
R
L
 
-
G
 
-
R
 
-
E
 
-
L
 
-
R
 
-
T
 
-
P
 
-
W
 
-
G
 
-
T
 
-
L
 
-
D
 
D
D
 
D
V
 
L
A
 
S
M
 
A
E
 
E
A
 
Q
K
 
R
-
 
E
-
 
D
-
 
R
A
 
A
R
 
N
E
 
E
V
 
L
M
 
M
G
 
E
R
 
E
L
 
F
N
 
H
P
 
-
N
 
-
F
 
I
Q
 
E
R
 
H
F
 
L
K
 
R
E
 
D
P
 
S
V
 
M
-
 
G
K
 
Q
A
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
R
Q
 
R
S
 
R
V
 
V
A
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
L
 
A
F
 
A
D
 
N
A
 
P
R
 
K
I
 
F
L
 
I
I
 
L
M
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
F
A
 
A
A
 
G
L
 
V
G
 
D
P
 
P
Q
 
I
E
 
S
T
 
V
A
 
I
Q
 
D
V
 
I
G
 
K
E
 
R
L
 
I
I
 
I
K
 
E
Q
 
H
L
 
L
K
 
R
R
 
D
E
 
S
G
 
G
I
 
L
G
 
G
I
 
V
F
 
L
L
 
I
I
 
T
S
 
D
H
|
H
D
 
N
I
 
V
H
 
R
D
 
E
V
 
T
F
 
L
D
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
V
 
A
S
 
Y
V
 
I
M
 
V
K
 
S
N
 
Q
G
 
G
Q
 
H
V
 
L
V
 
I
G
 
A
H
 
H
A
 
G
R
 
T
T
 
P
E
 
T
D
 
E
V
 
I
T
 
L
K
 
Q
D
 
D
E
 
E
V
 
H
L
 
V
G
 
K
M
 
R
I
 
V
I
 
Y
M
 
L
G
 
G
K
 
E

4yerA Crystal structure of an abc transporter atp-binding protein (tm_1403) from thermotoga maritima msb8 at 2.35 a resolution
30% identity, 84% coverage: 8:225/261 of query aligns to 4:215/285 of 4yerA

query
sites
4yerA
L
 
I
V
 
I
E
 
V
M
 
V
K
 
E
N
 
N
I
 
L
S
 
V
I
 
K
S
 
K
F
|
F
G
 
G
G
 
D
I
x
F
H
 
E
A
|
A
V
 
V
D
 
K
D
 
G
A
 
V
S
 
S
V
 
F
D
 
S
L
 
V
Y
 
K
P
 
K
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
F
A
 
A
L
 
F
L
 
L
G
 
G
H
x
P
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
I
 
I
K
 
H
I
 
M
L
 
L
S
 
T
G
 
T
A
 
L
Y
 
L
K
 
K
R
 
P
D
 
T
A
 
S
G
 
G
E
 
K
I
 
A
L
 
W
I
 
V
N
 
A
G
 
G
E
 
H
P
 
D
A
 
V
E
 
-
I
 
L
N
 
K
N
 
E
P
 
P
R
 
R
D
 
E
A
 
V
K
 
R
K
 
R
Y
 
-
G
 
K
I
 
I
E
 
G
T
 
I
I
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
T
 
D
L
 
Q
A
 
S
V
 
L
A
 
D
D
 
R
N
 
E
V
 
L
D
 
T
A
 
A
A
 
Y
A
 
E
N
 
N
L
 
M
Y
 
Y
L
 
I
G
 
H
R
 
G
E
 
K
L
 
I
R
 
Y
T
 
G
P
 
Y
W
 
G
G
 
G
T
 
E
L
 
-
D
 
-
D
 
-
V
 
-
A
 
-
M
 
-
E
 
K
A
 
L
K
 
K
A
 
K
R
 
R
E
 
I
V
 
L
M
 
E
G
 
L
R
 
L
L
 
E
N
 
F
P
 
V
N
 
E
F
 
L
Q
 
L
R
 
E
F
 
F
K
 
K
E
 
D
-
 
K
P
 
P
V
 
V
K
 
K
A
x
T
L
x
F
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
A
Q
 
R
S
 
R
V
 
L
A
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
S
I
 
L
L
 
I
F
 
H
D
 
E
A
 
P
R
 
E
I
 
V
L
 
L
I
 
F
M
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
I
A
 
G
L
 
L
G
 
D
P
 
P
Q
 
H
E
 
T
T
 
R
A
 
A
Q
 
H
V
 
M
G
 
W
E
 
E
L
 
Y
I
 
I
K
 
S
Q
 
K
L
 
M
K
 
K
R
 
K
E
 
E
-
 
H
G
 
N
I
 
M
G
 
T
I
 
I
F
 
F
L
 
L
I
 
T
S
 
T
H
 
H
D
 
Y
I
 
M
H
 
D
D
 
E
V
 
A
F
 
E
D
 
Q
L
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
V
S
 
A
V
 
I
M
 
I
K
 
D
N
 
H
G
 
G
Q
 
K
V
 
I
V
 
I

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
27% identity, 87% coverage: 12:237/261 of query aligns to 6:227/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
K
 
K
N
 
N
I
 
L
S
 
A
I
 
K
S
 
A
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
I
x
R
H
 
R
A
x
V
V
 
V
D
 
E
D
 
D
A
 
V
S
 
S
V
 
L
D
 
T
L
 
V
Y
 
N
P
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
H
 
P
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
K
 
Y
I
 
M
L
 
V
S
 
V
G
 
G
A
 
I
Y
 
V
K
 
P
R
 
R
D
 
D
A
 
A
G
 
G
E
 
N
I
 
I
L
 
I
I
 
I
N
 
D
G
 
D
E
 
D
P
 
D
A
 
I
E
 
S
I
 
L
N
 
L
N
 
P
P
 
L
R
 
H
D
 
A
A
 
R
K
 
A
K
 
R
Y
 
R
G
 
G
I
 
I
-
 
G
-
 
Y
-
 
L
-
 
P
-
 
Q
-
 
E
E
 
A
T
 
S
I
 
I
Y
x
F
Q
x
R
T
x
R
L
 
L
A
 
S
V
 
V
A
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
L
D
 
M
A
 
A
A
 
V
A
 
L
N
 
Q
L
 
I
Y
 
R
L
 
-
G
 
-
R
 
-
E
 
-
L
 
-
R
 
-
T
 
-
P
 
-
W
 
-
G
 
-
T
 
-
L
 
-
D
 
D
D
 
D
V
 
L
A
 
S
M
 
A
E
 
E
A
 
Q
K
 
R
-
 
E
-
 
D
-
 
R
A
 
A
R
 
N
E
 
E
V
 
L
M
 
M
G
 
E
R
 
E
L
 
F
N
 
H
P
 
-
N
 
-
F
 
I
Q
 
E
R
 
H
F
 
L
K
 
R
E
 
D
P
 
S
V
 
M
-
 
G
K
 
Q
A
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
R
Q
 
R
S
 
R
V
 
V
A
 
E
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
L
 
A
F
 
A
D
 
N
A
 
P
R
 
K
I
 
F
L
 
I
I
 
L
M
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
A
 
A
A
 
G
L
 
V
G
 
D
P
 
P
Q
 
I
E
 
S
T
 
V
A
 
I
Q
 
D
V
 
I
G
 
K
E
 
R
L
 
I
I
 
I
K
 
E
Q
 
H
L
 
L
K
 
R
R
 
D
E
 
S
G
 
G
I
 
L
G
 
G
I
 
V
F
 
L
L
 
I
I
 
T
S
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
H
 
R
D
 
E
V
 
T
F
 
L
D
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
V
 
A
S
 
Y
V
 
I
M
 
V
K
 
S
N
 
Q
G
 
G
Q
 
H
V
 
L
V
 
I
G
 
A
H
 
H
A
 
G
R
 
T
T
 
P
E
 
T
D
 
E
V
 
I
T
 
L
K
 
Q
D
 
D
E
 
E

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
27% identity, 87% coverage: 12:237/261 of query aligns to 6:227/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
K
 
K
N
 
N
I
 
L
S
 
A
I
 
K
S
 
A
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
I
x
R
H
 
R
A
x
V
V
 
V
D
 
E
D
 
D
A
 
V
S
 
S
V
 
L
D
 
T
L
 
V
Y
 
N
P
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
H
 
P
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
K
 
Y
I
 
M
L
 
V
S
 
V
G
 
G
A
 
I
Y
 
V
K
 
P
R
 
R
D
 
D
A
 
A
G
 
G
E
 
N
I
 
I
L
 
I
I
 
I
N
 
D
G
 
D
E
 
D
P
 
D
A
 
I
E
 
S
I
 
L
N
 
L
N
 
P
P
x
L
R
x
H
D
 
A
A
 
R
K
 
A
K
 
R
Y
 
R
G
 
G
I
 
I
-
 
G
-
x
Y
-
 
L
-
x
P
-
x
Q
-
x
E
E
x
A
T
x
S
I
 
I
Y
x
F
Q
x
R
T
x
R
L
|
L
A
 
S
V
 
V
A
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
L
D
 
M
A
 
A
A
x
V
A
 
L
N
 
Q
L
 
I
Y
 
R
L
 
-
G
 
-
R
 
-
E
 
-
L
 
-
R
 
-
T
 
-
P
 
-
W
 
-
G
 
-
T
 
-
L
 
-
D
 
D
D
 
D
V
 
L
A
 
S
M
 
A
E
 
E
A
 
Q
K
 
R
-
 
E
-
 
D
-
 
R
A
 
A
R
 
N
E
 
E
V
 
L
M
 
M
G
 
E
R
 
E
L
 
F
N
 
H
P
 
-
N
 
-
F
 
I
Q
 
E
R
 
H
F
 
L
K
 
R
E
 
D
P
 
S
V
 
M
-
 
G
K
x
Q
A
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
R
Q
 
R
S
 
R
V
 
V
A
 
E
I
 
I
A
 
A
R
|
R
A
 
A
I
 
L
L
 
A
F
 
A
D
 
N
A
 
P
R
 
K
I
 
F
L
 
I
I
 
L
M
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
A
 
A
A
 
G
L
 
V
G
 
D
P
 
P
Q
 
I
E
 
S
T
 
V
A
 
I
Q
 
D
V
 
I
G
 
K
E
 
R
L
 
I
I
 
I
K
 
E
Q
 
H
L
 
L
K
 
R
R
 
D
E
 
S
G
 
G
I
 
L
G
 
G
I
 
V
F
 
L
L
 
I
I
 
T
S
 
D
H
 
H
D
 
N
I
 
V
H
 
R
D
 
E
V
 
T
F
 
L
D
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
V
 
A
S
 
Y
V
 
I
M
 
V
K
 
S
N
 
Q
G
 
G
Q
 
H
V
 
L
V
 
I
G
 
A
H
 
H
A
 
G
R
 
T
T
 
P
E
 
T
D
 
E
V
 
I
T
 
L
K
 
Q
D
 
D
E
 
E

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
27% identity, 87% coverage: 12:237/261 of query aligns to 6:227/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
K
 
K
N
 
N
I
 
L
S
 
A
I
 
K
S
 
A
F
x
Y
G
 
K
G
 
G
I
x
R
H
 
R
A
x
V
V
 
V
D
 
E
D
 
D
A
 
V
S
 
S
V
 
L
D
 
T
L
 
V
Y
 
N
P
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
H
 
P
N
|
N
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
I
 
F
K
 
Y
I
 
M
L
 
V
S
 
V
G
 
G
A
 
I
Y
 
V
K
 
P
R
 
R
D
 
D
A
 
A
G
 
G
E
 
N
I
 
I
L
 
I
I
 
I
N
 
D
G
 
D
E
 
D
P
 
D
A
 
I
E
 
S
I
 
L
N
 
L
N
 
P
P
 
L
R
 
H
D
 
A
A
 
R
K
 
A
K
 
R
Y
 
R
G
 
G
I
 
I
-
 
G
-
 
Y
-
 
L
-
 
P
-
x
Q
-
 
E
E
 
A
T
 
S
I
 
I
Y
 
F
Q
 
R
T
 
R
L
 
L
A
 
S
V
 
V
A
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
L
D
 
M
A
 
A
A
 
V
A
 
L
N
 
Q