SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Synpcc7942_0278 FitnessBrowser__SynE:Synpcc7942_0278 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

8a6tC Cryo-em structure of the electron bifurcating fe-fe hydrogenase hydabc complex from thermoanaerobacter kivui in the reduced state (see paper)
40% identity, 91% coverage: 11:160/165 of query aligns to 1:150/151 of 8a6tC

query
sites
8a6tC
D
 
D
P
 
P
R
 
R
R
 
F
R
 
E
R
 
K
L
 
V
E
 
D
L
 
E
A
 
I
I
 
L
K
 
S
R
 
K
Q
 
L
A
 
A
A
 
N
Q
 
E
A
 
R
D
 
G
A
 
A
L
 
L
I
 
I
E
 
A
I
 
I
L
 
L
H
 
Q
E
 
H
A
 
V
Q
 
Q
S
 
H
L
 
E
Y
 
F
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
D
 
P
R
 
E
E
 
D
L
 
V
L
 
I
Q
 
F
W
 
Y
V
 
I
A
 
A
E
 
S
Q
 
K
L
 
T
A
 
G
L
 
I
P
 
P
R
 
A
S
 
S
K
 
K
V
 
I
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
A
 
A
S
 
T
F
 
F
Y
 
Y
H
 
A
L
 
Q
F
 
F
Q
 
H
L
 
L
N
 
K
P
 
P
S
 
R
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
R
 
V
C
 
I
H
 
R
V
 
V
C
|
C
L
 
L
G
|
G
T
 
T
A
|
A
C
|
C
Y
 
H
V
 
V
K
 
K
G
 
G
S
 
A
Q
 
N
A
 
K
I
 
I
L
 
L
D
 
A
C
 
E
L
 
F
I
 
E
A
 
K
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
K
E
 
A
G
 
G
E
 
E
T
 
T
T
 
T
N
 
S
D
 
D
G
 
L
S
 
K
V
 
F
S
 
T
L
 
L
G
 
E
T
 
R
V
 
V
R
 
G
C
|
C
V
x
L
G
 
G
A
 
A
C
|
C
G
 
G
I
 
L
A
 
A
P
 
P
V
 
T
V
 
V
V
 
M
Y
 
V
D
 
N
G
 
E
D
 
K
I
 
T
Q
 
Y
G
 
G
R
 
K
Q
 
M
E
 
T
S
 
P
E
 
E
A
 
K
V
 
V
W
 
S
Q
 
E
Q
 
V
V
 
L
Q
 
K
A
 
E
W
 
Y

8a5eC Cryo-em structure of the electron bifurcating fe-fe hydrogenase hydabc complex from acetobacterium woodii in the reduced state (see paper)
50% identity, 71% coverage: 31:147/165 of query aligns to 27:143/156 of 8a5eC

query
sites
8a5eC
L
 
L
I
 
M
E
 
Q
I
 
I
L
 
L
H
 
Q
E
 
E
A
 
T
Q
 
Q
S
 
L
L
 
K
Y
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
D
 
P
R
 
L
E
 
E
L
 
L
L
 
Q
Q
 
G
W
 
T
V
 
I
A
 
A
E
 
D
Q
 
E
L
 
L
A
 
G
L
 
I
P
 
P
R
 
L
S
 
T
K
 
E
V
 
V
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
A
 
A
S
 
T
F
 
F
Y
 
Y
H
 
S
L
 
Q
F
 
F
Q
 
T
L
 
L
N
 
K
P
 
P
S
 
K
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
R
 
K
C
 
I
H
 
G
V
 
I
C
|
C
L
 
L
G
|
G
T
 
T
A
|
A
C
|
C
Y
 
Y
V
 
V
K
 
R
G
 
G
S
 
S
Q
 
Q
A
 
A
I
 
I
L
 
I
D
 
D
C
 
K
L
 
V
I
 
N
A
 
S
E
 
V
L
 
L
G
 
G
I
 
T
R
 
Q
E
 
V
G
 
G
E
 
D
T
 
T
T
 
T
N
 
E
D
 
D
G
 
G
S
 
K
V
 
W
S
 
S
L
 
V
G
 
D
T
 
A
V
 
T
R
|
R
C
|
C
V
 
V
G
 
G
A
 
A
C
|
C
G
 
G
I
 
L
A
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
M
V
 
M
Y
 
I
D
 
N
G
 
E
D
 
E
I
 
V
Q
 
F
G
 
G
R
 
R

7t2rC Structure of electron bifurcating ni-fe hydrogenase complex hydabcsl in fmn-free apo state (see paper)
45% identity, 80% coverage: 30:161/165 of query aligns to 21:152/152 of 7t2rC

query
sites
7t2rC
A
 
G
L
 
L
I
 
I
E
 
P
I
 
I
L
 
L
H
 
Q
E
 
E
A
 
V
Q
 
Q
S
 
R
L
 
E
Y
 
L
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
D
 
P
R
 
E
E
 
E
L
 
A
L
 
L
Q
 
L
W
 
T
V
 
I
A
 
S
E
 
R
Q
 
E
L
 
L
A
 
K
L
 
M
P
 
P
R
 
K
S
 
A
K
 
E
V
 
V
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
A
 
A
S
 
T
F
 
F
Y
 
Y
H
 
A
L
 
Q
F
 
F
Q
 
H
L
 
L
N
 
K
P
 
P
S
 
R
G
 
G
R
 
R
H
 
H
R
 
V
C
 
I
H
 
R
V
 
V
C
|
C
L
 
R
G
 
G
T
 
T
A
 
A
C
|
C
Y
 
H
V
 
V
K
 
R
G
 
G
S
 
S
Q
 
L
A
 
Q
I
 
I
L
 
L
D
 
E
C
 
K
L
 
V
I
 
K
A
 
Q
E
 
M
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
E
E
 
E
G
 
N
E
 
E
T
 
T
T
 
T
N
 
D
D
 
D
G
 
L
S
 
R
V
 
F
S
 
T
L
 
L
G
 
E
T
 
P
V
 
V
R
 
A
C
|
C
V
x
L
G
|
G
A
|
A
C
|
C
G
 
G
I
 
L
A
 
A
P
 
P
V
|
V
V
 
M
V
 
M
Y
 
V
D
 
D
G
 
E
D
 
D
I
 
T
Q
 
H
G
 
G
R
 
R
Q
 
M
E
 
T
S
 
P
E
 
D
A
 
K
V
 
I
W
 
Q
Q
 
A
Q
 
I
V
 
L
Q
 
D
A
 
K
W
 
Y
Q
 
Q

8oh5A Cryo-em structure of the electron bifurcating transhydrogenase stnabc complex from sporomusa ovata (state 2) (see paper)
42% identity, 86% coverage: 17:158/165 of query aligns to 6:147/150 of 8oh5A

query
sites
8oh5A
L
 
L
E
 
E
L
 
P
A
 
V
I
 
F
K
 
K
R
 
E
Q
 
Y
A
 
A
A
 
G
Q
 
K
A
 
A
D
 
G
A
 
S
L
 
I
I
 
I
E
 
G
I
 
I
L
 
L
H
 
Q
E
 
K
A
 
T
Q
 
Q
S
 
E
L
 
I
Y
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
D
 
P
R
 
L
E
 
A
L
 
A
L
 
L
Q
 
Q
W
 
A
V
 
I
A
 
A
E
 
D
Q
 
N
L
 
T
A
 
D
L
 
N
P
 
K
R
 
R
S
 
A
K
 
K
V
 
I
Y
 
Y
G
 
G
V
 
I
A
 
A
S
 
T
F
 
F
Y
 
Y
H
 
S
L
 
Q
F
 
F
Q
 
R
L
 
L
N
 
N
P
 
P
S
 
V
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
R
 
V
C
 
I
H
 
L
V
 
Q
C
|
C
L
 
Q
G
 
G
T
 
T
A
 
A
C
|
C
Y
 
H
V
 
V
K
 
L
G
 
G
S
 
S
Q
 
K
A
 
A
I
 
I
L
 
G
D
 
S
C
 
A
L
 
I
I
 
C
A
 
D
E
 
E
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
T
E
 
P
G
 
G
E
 
Q
T
 
T
T
 
T
N
 
A
D
 
D
G
 
G
S
 
L
V
 
F
S
 
T
L
 
L
G
 
E
T
 
D
V
 
V
R
 
A
C
|
C
V
x
L
G
|
G
A
x
C
C
|
C
G
 
S
I
 
L
A
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
I
V
 
M
Y
 
I
D
 
N
G
 
G
D
 
E
I
 
A
Q
 
Y
G
 
G
R
 
K
Q
 
L
E
 
T
S
 
P
E
 
T
A
 
S
V
 
V
W
 
R
Q
 
K
Q
 
I
V
 
L
Q
 
Q

O52681 Bifurcating [FeFe] hydrogenase gamma subunit; Hydrogenase (NAD(+), ferredoxin) gamma subunit; Iron-hydrogenase gamma subunit; EC 1.12.1.4 from Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8) (see paper)
35% identity, 90% coverage: 16:163/165 of query aligns to 7:154/161 of O52681

query
sites
O52681
R
 
K
L
 
V
E
 
E
L
 
E
A
 
I
I
 
L
K
 
K
R
 
K
Q
 
Y
A
 
G
A
 
Y
Q
 
K
A
 
R
D
 
E
A
 
N
L
 
L
I
 
I
E
 
K
I
 
I
L
 
L
H
 
L
E
 
E
A
 
I
Q
 
Q
S
 
E
L
 
I
Y
 
Y
G
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
P
R
 
E
E
 
D
L
 
V
L
 
I
Q
 
N
W
 
Y
V
 
V
A
 
S
E
 
T
Q
 
A
L
 
M
A
 
G
L
 
I
P
 
P
R
 
P
S
 
A
K
 
K
V
 
I
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
A
 
A
S
 
T
F
 
F
Y
 
Y
H
 
A
L
 
Q
F
 
F
Q
 
S
L
 
L
N
 
K
P
 
P
S
 
K
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
R
 
T
C
 
I
H
 
M
V
 
V
C
 
C
L
x
D
G
|
G
T
|
T
A
|
A
C
 
C
Y
 
H
V
 
M
K
 
A
G
 
G
S
 
S
Q
 
P
A
 
E
I
 
V
L
 
L
D
 
K
C
 
A
L
 
I
I
 
E
A
 
E
E
 
E
L
 
T
G
 
G
I
 
L
R
 
T
E
 
P
G
 
G
E
 
N
T
 
V
T
 
T
N
 
E
D
 
D
G
 
L
S
 
M
V
 
F
S
 
S
L
 
L
G
 
D
T
 
Q
V
 
V
R
 
G
C
 
C
V
x
L
G
|
G
A
|
A
C
 
C
G
 
A
I
 
L
A
 
A
P
 
P
V
|
V
V
 
M
V
 
V
Y
 
I
D
 
N
G
 
G
D
 
E
I
 
V
Q
 
Y
G
 
G
R
 
N
Q
 
L
E
 
T
S
 
A
E
 
D
A
 
K
V
 
V
W
 
K
Q
 
E
Q
 
I
V
 
L
Q
 
R
A
 
K
W
 
I
Q
 
K
Q
 
E
E
 
K

7p5hC Tmhydabc- d2 map (see paper)
35% identity, 90% coverage: 16:163/165 of query aligns to 4:151/156 of 7p5hC

query
sites
7p5hC
R
 
K
L
 
V
E
 
E
L
 
E
A
 
I
I
 
L
K
 
K
R
 
K
Q
 
Y
A
 
G
A
 
Y
Q
 
K
A
 
R
D
 
E
A
 
N
L
 
L
I
 
I
E
 
K
I
 
I
L
 
L
H
 
L
E
 
E
A
 
I
Q
 
Q
S
 
E
L
 
I
Y
 
Y
G
 
R
Y
 
Y
L
 
L
D
 
P
R
 
E
E
 
D
L
 
V
L
 
I
Q
 
N
W
 
Y
V
 
V
A
 
S
E
 
T
Q
 
A
L
 
M
A
 
G
L
 
I
P
 
P
R
 
P
S
 
A
K
 
K
V
 
I
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
A
 
A
S
 
T
F
 
F
Y
 
Y
H
 
A
L
 
Q
F
 
F
Q
 
S
L
 
L
N
 
K
P
 
P
S
 
K
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
R
 
T
C
 
I
H
 
M
V
 
V
C
|
C
L
 
D
G
|
G
T
 
T
A
|
A
C
|
C
Y
 
H
V
 
M
K
 
A
G
 
G
S
 
S
Q
 
P
A
 
E
I
 
V
L
 
L
D
 
K
C
 
A
L
 
I
I
 
E
A
 
E
E
 
E
L
 
T
G
 
G
I
 
L
R
 
T
E
 
P
G
 
G
E
 
N
T
 
V
T
 
T
N
 
E
D
 
D
G
 
L
S
 
M
V
 
F
S
 
S
L
 
L
G
 
D
T
 
Q
V
 
V
R
 
G
C
|
C
V
x
L
G
 
G
A
|
A
C
|
C
G
 
A
I
 
L
A
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
M
V
 
V
Y
 
I
D
 
N
G
 
G
D
 
E
I
 
V
Q
 
Y
G
 
G
R
 
N
Q
 
L
E
 
T
S
 
A
E
 
D
A
 
K
V
 
V
W
 
K
Q
 
E
Q
 
I
V
 
L
Q
 
R
A
 
K
W
 
I
Q
 
K
Q
 
E
E
 
K

8eswV2 NADH dehydrogenase (Ubiquinone) 24 kDa subunit, isoform A (see paper)
36% identity, 85% coverage: 3:143/165 of query aligns to 9:156/214 of 8eswV2

query
sites
8eswV2
T
 
T
S
 
P
E
 
E
T
 
D
T
 
N
P
 
P
S
 
N
V
 
I
D
 
P
-
 
F
-
 
E
-
 
F
-
 
T
-
 
A
P
 
E
R
 
N
R
 
K
R
 
K
R
|
R
L
 
V
E
 
E
-
x
A
-
 
I
L
 
L
A
 
S
I
 
I
K
 
Y
R
 
P
Q
x
E
A
 
G
A
 
H
Q
 
K
A
 
R
D
 
G
A
 
A
L
 
M
I
 
I
E
 
P
I
 
L
L
 
L
H
 
D
E
 
L
A
 
A
Q
 
Q
S
x
R
L
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
Y
 
W
L
 
L
D
 
P
R
 
I
E
 
S
L
 
A
L
 
M
Q
 
H
W
 
K
V
 
V
A
 
A
E
 
E
Q
 
I
L
 
L
A
 
Q
L
 
L
P
 
P
R
 
N
S
 
M
K
 
R
V
 
V
Y
 
Y
G
 
E
V
 
V
A
 
A
S
 
T
F
 
F
Y
 
Y
H
 
T
L
 
M
F
 
F
Q
 
M
L
 
R
N
 
K
P
 
P
S
 
T
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
R
 
H
C
 
I
H
 
Q
V
 
V
C
|
C
L
 
T
G
 
T
T
 
T
A
 
P
C
|
C
Y
 
W
V
 
L
K
 
R
G
 
G
S
 
S
Q
 
D
A
 
D
I
 
I
L
 
L
D
 
E
C
 
T
L
 
C
I
 
K
A
 
K
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
G
E
 
V
G
 
G
E
 
D
T
 
T
T
 
T
N
 
K
D
 
D
G
 
R
S
 
K
V
 
F
S
 
T
L
 
I
G
 
S
T
 
E
V
 
V
R
 
E
C
|
C
V
x
L
G
|
G
A
 
A
C
|
C
G
 
V
I
 
N
A
 
A
P
 
P
V
 
M
V
 
V
V
 
A
Y
 
I
D
 
N
G
 
D
D
 
D

8b9zE Drosophila melanogaster complex i in the active state (dm1) (see paper)
36% identity, 85% coverage: 3:143/165 of query aligns to 9:156/214 of 8b9zE

query
sites
8b9zE
T
 
T
S
 
P
E
 
E
T
 
D
T
 
N
P
 
P
S
 
N
V
 
I
D
 
P
-
 
F
-
 
E
-
 
F
-
 
T
-
 
A
P
 
E
R
 
N
R
 
K
R
 
K
R
 
R
L
 
V
E
 
E
-
 
A
-
 
I
L
 
L
A
 
S
I
 
I
K
 
Y
R
 
P
Q
 
E
A
 
G
A
 
H
Q
 
K
A
 
R
D
 
G
A
 
A
L
 
M
I
 
I
E
 
P
I
 
L
L
 
L
H
 
D
E
 
L
A
 
A
Q
 
Q
S
 
R
L
 
Q
Y
 
Y
G
 
G
Y
 
W
L
 
L
D
 
P
R
 
I
E
 
S
L
 
A
L
 
M
Q
 
H
W
 
K
V
 
V
A
 
A
E
 
E
Q
 
I
L
 
L
A
 
Q
L
 
L
P
 
P
R
 
N
S
 
M
K
 
R
V
 
V
Y
 
Y
G
 
E
V
 
V
A
 
A
S
 
T
F
 
F
Y
 
Y
H
 
T
L
 
M
F
 
F
Q
 
M
L
 
R
N
 
K
P
 
P
S
 
T
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
R
 
H
C
 
I
H
 
Q
V
 
V
C
|
C
L
 
T
G
x
T
T
|
T
A
x
P
C
|
C
Y
 
W
V
 
L
K
 
R
G
 
G
S
 
S
Q
 
D
A
 
D
I
 
I
L
 
L
D
 
E
C
 
T
L
 
C
I
 
K
A
 
K
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
G
E
 
V
G
 
G
E
 
D
T
 
T
T
 
T
N
 
K
D
 
D
G
 
R
S
 
K
V
 
F
S
 
T
L
 
I
G
 
S
T
 
E
V
 
V
R
 
E
C
|
C
V
x
L
G
|
G
A
|
A
C
|
C
G
 
V
I
 
N
A
 
A
P
 
P
V
 
M
V
 
V
V
 
A
Y
 
I
D
 
N
G
 
D
D
 
D

6r7pA Crystal structure of oxidized aquifex aeolicus nadh-quinone oxidoreductase subunits nuoe and nuof s96m (see paper)
34% identity, 87% coverage: 14:157/165 of query aligns to 10:152/157 of 6r7pA

query
sites
6r7pA
R
 
K
R
 
T
R
 
K
L
 
L
E
 
Q
L
 
E
A
 
H
I
 
I
K
 
N
R
 
Y
Q
 
F
A
 
P
A
 
K
Q
 
K
A
 
R
D
 
Q
A
 
A
L
 
I
I
 
L
E
 
L
I
 
C
L
 
L
H
 
H
E
 
E
A
 
I
Q
 
Q
S
 
N
L
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
L
 
I
D
 
P
R
 
P
E
 
E
L
 
S
L
 
L
Q
 
K
W
 
P
V
 
L
A
 
A
E
 
D
Q
 
M
L
 
L
A
 
E
L
 
L
P
 
P
R
 
L
S
 
N
K
 
H
V
 
V
Y
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
V
S
 
A
F
 
F
Y
 
Y
H
 
D
L
 
M
F
 
F
Q
 
D
L
 
R
N
 
E
P
 
D
S
 
K
G
 
A
R
 
K
H
 
Y
R
 
R
C
 
I
H
 
R
V
 
V
C
|
C
L
 
V
G
 
S
T
 
I
A
x
V
C
|
C
Y
 
H
V
 
L
K
 
M
G
 
G
S
 
T
Q
 
N
A
 
K
I
 
L
L
 
L
D
 
K
C
 
A
L
 
L
I
 
E
A
 
N
E
 
I
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
K
E
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
V
T
 
T
N
 
P
D
 
D
G
 
G
S
 
K
V
 
F
S
 
K
L
 
I
G
 
V
T
 
P
V
 
V
R
 
Q
C
|
C
V
x
L
G
 
G
A
|
A
C
|
C
G
 
S
I
 
E
A
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
F
V
 
M
Y
 
V
D
 
N
G
 
D
D
 
D
I
 
-
Q
 
E
G
 
Y
R
 
K
Q
 
F
E
 
E
S
 
S
E
 
E
A
 
V
V
 
Q
W
 
L
Q
 
N
Q
 
E
V
 
I

5gupE structure of mammalian respiratory supercomplex I1III2IV1 (see paper)
37% identity, 75% coverage: 15:138/165 of query aligns to 39:164/197 of 5gupE

query
sites
5gupE
R
 
K
R
 
R
L
 
I
E
 
E
L
 
A
A
 
I
I
 
V
K
 
K
R
 
N
-
 
Y
-
 
P
Q
 
E
A
 
G
A
 
H
Q
 
K
A
 
A
D
 
A
A
 
A
L
 
V
I
 
L
E
 
P
I
 
V
L
 
L
H
 
D
E
 
L
A
 
A
Q
 
Q
S
 
R
L
 
Q
Y
 
N
G
 
G
Y
 
W
L
 
L
D
 
P
R
 
I
E
 
S
L
 
A
L
 
M
Q
 
N
W
 
K
V
 
V
A
 
A
E
 
E
Q
 
I
L
 
L
A
 
Q
L
 
V
P
 
P
R
 
P
S
 
M
K
 
R
V
 
V
Y
 
Y
G
 
E
V
 
V
A
 
A
S
 
T
F
 
F
Y
 
Y
H
 
T
L
 
M
F
 
Y
Q
 
N
L
 
R
N
 
K
P
 
P
S
 
V
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
R
 
H
C
 
I
H
 
Q
V
 
V
C
|
C
L
 
T
G
x
T
T
 
T
A
x
P
C
|
C
Y
 
M
V
 
L
K
 
R
G
 
N
S
 
S
Q
 
D
A
 
S
I
 
I
L
 
L
D
 
E
C
 
A
L
 
I
I
 
Q
A
 
K
E
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
K
E
 
V
G
 
G
E
 
E
T
 
T
T
 
T
N
 
P
D
 
D
G
 
K
S
 
L
V
 
F
S
 
T
L
 
L
G
 
I
T
 
E
V
 
V
R
 
E
C
|
C
V
x
L
G
|
G
A
|
A
C
|
C
G
 
V
I
 
N
A
 
A
P
 
P
V
x
M
V
 
V

Q9D6J6 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial; NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit; EC 7.1.1.2 from Mus musculus (Mouse) (see paper)
39% identity, 75% coverage: 15:138/165 of query aligns to 60:185/248 of Q9D6J6

query
sites
Q9D6J6
R
 
K
R
 
R
L
 
I
E
 
E
L
 
A
A
 
I
I
 
V
K
 
K
R
 
N
-
 
Y
-
 
P
Q
 
E
A
 
G
A
 
H
Q
 
Q
A
 
A
D
 
A
A
 
A
L
 
V
I
 
L
E
 
P
I
 
V
L
 
L
H
 
D
E
 
L
A
 
A
Q
 
Q
S
 
R
L
 
Q
Y
 
N
G
 
G
Y
 
W
L
 
L
D
 
P
R
 
I
E
 
S
L
 
A
L
 
M
Q
 
N
W
 
K
V
 
V
A
 
A
E
 
E
Q
 
V
L
 
L
A
 
Q
L
 
V
P
 
P
R
 
P
S
 
M
K
 
R
V
 
V
Y
 
Y
G
 
E
V
 
V
A
 
A
S
 
T
F
 
F
Y
 
Y
H
 
T
L
 
M
F
 
Y
Q
 
N
L
 
R
N
 
K
P
 
P
S
 
V
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
R
 
H
C
 
I
H
 
Q
V
 
V
C
|
C
L
 
T
G
 
T
T
 
T
A
 
P
C
|
C
Y
 
M
V
 
L
K
 
R
G
 
D
S
 
S
Q
 
D
A
 
S
I
 
I
L
 
L
D
 
E
C
 
T
L
 
L
I
 
Q
A
 
R
E
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
K
E
 
V
G
 
G
E
 
E
T
 
T
T
 
T
N
 
P
D
 
D
G
 
K
S
 
L
V
 
F
S
 
T
L
 
L
G
 
I
T
 
E
V
 
V
R
 
E
C
|
C
V
 
L
G
 
G
A
 
A
C
|
C
G
 
V
I
 
N
A
 
A
P
 
P
V
 
M
V
 
V

P9WIV5 NADH-quinone oxidoreductase subunit E; NADH dehydrogenase I subunit E; NDH-1 subunit E; EC 7.1.1.- from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
36% identity, 87% coverage: 21:163/165 of query aligns to 48:190/252 of P9WIV5

query
sites
P9WIV5
I
 
I
K
 
G
R
 
R
Q
 
Y
A
 
P
A
 
D
Q
 
R
A
 
R
D
 
S
A
 
A
L
 
L
I
 
L
E
 
P
I
 
L
L
 
L
H
 
H
E
 
L
A
 
V
Q
 
Q
S
 
G
L
 
E
Y
 
D
G
 
S
Y
 
Y
L
 
L
D
 
T
R
 
P
E
 
A
L
 
G
L
 
L
Q
 
R
W
 
F
V
 
C
A
 
A
E
 
D
Q
 
Q
L
 
L
A
 
G
L
 
L
P
 
T
R
 
G
S
 
A
K
 
E
V
 
V
Y
 
S
G
 
A
V
 
V
A
 
A
S
 
S
F
 
F
Y
 
Y
H
 
T
L
 
M
F
 
Y
Q
 
R
L
 
R
N
 
R
P
 
P
S
 
T
G
 
G
R
 
E
H
 
Y
R
 
L
C
 
V
H
 
G
V
 
V
C
 
C
L
 
T
G
 
N
T
 
T
A
 
L
C
 
C
Y
 
A
V
 
V
K
 
M
G
 
G
S
 
G
Q
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
F
D
 
D
C
 
R
L
 
L
I
 
K
A
 
E
E
 
H
L
 
L
G
 
G
I
 
V
R
 
G
E
 
H
G
 
D
E
 
E
T
 
T
T
 
T
N
 
S
D
 
D
G
 
G
S
 
V
V
 
V
S
 
T
L
 
L
G
 
Q
T
 
H
V
 
I
R
 
E
C
 
C
V
 
N
G
 
A
A
 
A
C
 
C
G
 
D
I
 
Y
A
 
A
P
 
P
V
 
V
V
 
V
V
 
M
Y
 
V
D
 
N
G
 
W
D
 
E
I
 
F
Q
 
F
G
 
D
R
 
N
Q
 
Q
E
 
T
S
 
P
E
 
E
A
 
S
V
 
A
W
 
R
Q
 
E
Q
 
L
V
 
V
Q
 
D
A
 
S
W
 
L
Q
 
R
Q
 
S
E
 
D

Sites not aligning to the query:

7dgq9 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial (see paper)
37% identity, 75% coverage: 15:138/165 of query aligns to 22:147/207 of 7dgq9

query
sites
7dgq9
R
 
K
R
|
R
L
 
I
E
 
E
L
 
A
A
 
I
I
 
V
K
|
K
R
 
N
-
 
Y
-
x
P
Q
 
E
A
 
G
A
x
H
Q
 
K
A
 
A
D
 
A
A
 
A
L
 
V
I
 
L
E
 
P
I
 
V
L
 
L
H
 
D
E
 
L
A
 
A
Q
 
Q
S
x
R
L
 
Q
Y
 
N
G
 
G
Y
 
W
L
 
L
D
 
P
R
 
I
E
 
S
L
 
A
L
 
M
Q
 
N
W
 
K
V
 
V
A
 
A
E
 
E
Q
 
I
L
 
L
A
 
Q
L
 
V
P
 
P
R
 
P
S
 
M
K
 
R
V
 
V
Y
 
Y
G
 
E
V
 
V
A
 
A
S
 
T
F
 
F
Y
 
Y
H
 
T
L
 
M
F
 
Y
Q
 
N
L
 
R
N
 
K
P
 
P
S
 
V
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
R
 
H
C
 
I
H
 
Q
V
 
V
C
|
C
L
 
T
G
x
T
T
 
T
A
 
P
C
|
C
Y
 
M
V
 
L
K
 
R
G
 
N
S
 
S
Q
 
D
A
 
S
I
 
I
L
 
L
D
 
E
C
 
A
L
 
I
I
 
Q
A
 
K
E
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
K
E
 
V
G
 
G
E
 
E
T
 
T
T
 
T
N
 
P
D
 
D
G
 
K
S
 
L
V
 
F
S
 
T
L
 
L
G
 
I
T
 
E
V
 
V
R
 
E
C
|
C
V
x
L
G
 
G
A
|
A
C
|
C
G
 
V
I
 
N
A
 
A
P
 
P
V
 
M
V
 
V

Sites not aligning to the query:

P19404 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial; NDUFV2; NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit; EC 7.1.1.2 from Homo sapiens (Human) (see 2 papers)
37% identity, 75% coverage: 15:138/165 of query aligns to 61:186/249 of P19404

query
sites
P19404
R
 
K
R
 
R
L
 
I
E
 
E
L
 
A
A
 
I
I
 
V
K
 
K
R
 
N
-
 
Y
-
 
P
Q
 
E
A
 
G
A
 
H
Q
 
K
A
 
A
D
 
A
A
 
A
L
 
V
I
 
L
E
 
P
I
 
V
L
 
L
H
 
D
E
 
L
A
 
A
Q
 
Q
S
 
R
L
 
Q
Y
 
N
G
 
G
Y
 
W
L
 
L
D
 
P
R
 
I
E
 
S
L
 
A
L
 
M
Q
 
N
W
 
K
V
 
V
A
 
A
E
 
E
Q
 
V
L
 
L
A
 
Q
L
 
V
P
 
P
R
 
P
S
 
M
K
 
R
V
 
V
Y
 
Y
G
 
E
V
 
V
A
 
A
S
 
T
F
 
F
Y
 
Y
H
 
T
L
 
M
F
 
Y
Q
 
N
L
 
R
N
 
K
P
 
P
S
 
V
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
R
 
H
C
 
I
H
 
Q
V
 
V
C
 
C
L
 
T
G
 
T
T
 
T
A
 
P
C
 
C
Y
 
M
V
 
L
K
 
R
G
 
N
S
 
S
Q
 
D
A
 
S
I
 
I
L
 
L
D
 
E
C
 
A
L
 
I
I
 
Q
A
 
K
E
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
K
E
 
V
G
 
G
E
 
E
T
 
T
T
 
T
N
 
P
D
 
D
G
 
K
S
 
L
V
 
F
S
 
T
L
 
L
G
 
I
T
 
E
V
 
V
R
 
E
C
 
C
V
 
L
G
 
G
A
 
A
C
 
C
G
 
V
I
 
N
A
 
A
P
 
P
V
 
M
V
 
V

Sites not aligning to the query:

P04394 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial; NADH dehydrogenase subunit II; NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit; EC 7.1.1.2 from Bos taurus (Bovine) (see 2 papers)
37% identity, 75% coverage: 15:138/165 of query aligns to 61:186/249 of P04394

query
sites
P04394
R
 
K
R
 
R
L
 
I
E
 
E
L
 
A
A
 
I
I
 
V
K
 
K
R
 
N
-
 
Y
-
 
P
Q
 
E
A
 
G
A
 
H
Q
 
K
A
 
A
D
 
A
A
 
A
L
 
V
I
 
L
E
 
P
I
 
V
L
 
L
H
 
D
E
 
L
A
 
A
Q
 
Q
S
 
R
L
 
Q
Y
 
N
G
 
G
Y
 
W
L
 
L
D
 
P
R
 
I
E
 
S
L
 
A
L
 
M
Q
 
N
W
 
K
V
 
V
A
 
A
E
 
E
Q
 
I
L
 
L
A
 
Q
L
 
V
P
 
P
R
 
P
S
 
M
K
 
R
V
 
V
Y
 
Y
G
 
E
V
 
V
A
 
A
S
 
T
F
 
F
Y
 
Y
H
 
T
L
 
M
F
 
Y
Q
 
N
L
 
R
N
 
K
P
 
P
S
 
V
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
R
 
H
C
 
I
H
 
Q
V
 
V
C
|
C
L
 
T
G
 
T
T
 
T
A
 
P
C
|
C
Y
 
M
V
 
L
K
 
R
G
 
N
S
 
S
Q
 
D
A
 
S
I
 
I
L
 
L
D
 
E
C
 
A
L
 
I
I
 
Q
A
 
K
E
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
K
E
 
V
G
 
G
E
 
E
T
 
T
T
 
T
N
 
P
D
 
D
G
 
K
S
 
L
V
 
F
S
 
T
L
 
L
G
 
I
T
 
E
V
 
V
R
 
E
C
|
C
V
 
L
G
 
G
A
 
A
C
|
C
G
 
V
I
 
N
A
 
A
P
 
P
V
 
M
V
 
V

Sites not aligning to the query:

7v2cO Active state complex i from q10 dataset (see paper)
37% identity, 75% coverage: 15:138/165 of query aligns to 29:154/217 of 7v2cO

query
sites
7v2cO
R
 
K
R
 
R
L
 
I
E
 
E
L
 
A
A
 
I
I
 
V
K
 
K
R
 
N
-
 
Y
-
 
P
Q
 
E
A
 
G
A
 
H
Q
 
K
A
 
A
D
 
A
A
 
A
L
 
V
I
 
L
E
 
P
I
 
V
L
 
L
H
 
D
E
 
L
A
 
A
Q
 
Q
S
 
R
L
 
Q
Y
 
N
G
 
G
Y
 
W
L
 
L
D
 
P
R
 
I
E
 
S
L
 
A
L
 
M
Q
 
N
W
 
K
V
 
V
A
 
A
E
 
E
Q
 
I
L
 
L
A
 
Q
L
 
V
P
 
P
R
 
P
S
 
M
K
 
R
V
 
V
Y
 
Y
G
 
E
V
 
V
A
 
A
S
 
T
F
 
F
Y
 
Y
H
 
T
L
 
M
F
 
Y
Q
 
N
L
 
R
N
 
K
P
 
P
S
 
V
G
 
G
R
 
K
H
 
Y
R
 
H
C
 
I
H
 
Q
V
 
V
C
|
C
L
 
T
G
 
T
T
 
T
A
x
P
C
|
C
Y
 
M
V
 
L
K
 
R
G
 
N
S
 
S
Q
 
D
A
 
S
I
 
I
L
 
L
D
 
E
C
 
A
L
 
I
I
 
Q
A
 
K
E
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
R
 
K
E
 
V
G
 
G
E
 
E
T
 
T
T
 
T
N
 
P
D
 
D
G
 
K
S
 
L
V
 
F
S
 
T
L
 
L
G
 
I
T
 
E
V
 
V
R
 
E
C
|
C
V
x
L
G
|
G
A
|
A
C
|
C
G
 
V
I
 
N
A
 
A
P
 
P
V
 
M
V
 
V

8e9gE Mycobacterial respiratory complex i with both quinone positions modelled (see paper)
34% identity, 90% coverage: 14:162/165 of query aligns to 29:177/233 of 8e9gE

query
sites
8e9gE
R
 
R
R
 
A
R
 
D
L
 
A
E
 
E
L
 
Q
A
 
I
I
 
I
K
 
A
R
 
R
Q
 
Y
A
 
P
A
 
D
Q
 
A
A
 
R
D
 
S
A
 
A
L
 
L
I
 
L
E
 
P
I
 
L
L
 
L
H
 
H
E
 
L
A
 
V
Q
 
Q
S
 
A
L
 
Q
Y
 
D
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
D
 
T
R
 
P
E
 
A
L
 
G
L
 
I
Q
 
G
W
 
F
V
 
C
A
 
A
E
 
A
Q
 
Q
L
 
L
A
 
G
L
 
L
P
 
T
R
 
E
S
 
A
K
 
E
V
 
V
Y
 
T
G
 
A
V
 
V
A
 
A
S
 
T
F
 
F
Y
 
Y
H
 
S
L
 
M
F
 
Y
Q
 
R
L
 
R
N
 
T
P
 
P
S
 
T
G
 
G
R
 
D
H
 
Y
R
 
L
C
 
V
H
 
G
V
 
V
C
|
C
L
 
T
G
 
N
T
 
T
A
 
L
C
|
C
Y
 
A
V
 
I
K
 
M
G
 
G
S
 
G
Q
 
D
A
 
A
I
 
I
L
 
L
D
 
E
C
 
A
L
 
L
I
 
E
A
 
D
E
 
H
L
 
L
G
 
G
I
 
V
R
 
H
E
 
P
G
 
G
E
 
Q
T
 
T
T
 
T
N
 
P
D
 
D
G
 
G
S
 
R
V
 
V
S
 
T
L
 
L
G
 
E
T
 
H
V
 
V
R
 
E
C
|
C
V
x
N
G
x
A
A
|
A
C
|
C
G
 
D
I
 
Y
A
 
A
P
 
P
V
|
V
V
 
V
V
 
M
Y
 
V
D
 
N
G
 
W
D
 
E
I
 
F
Q
 
Y
G
 
D
R
 
N
Q
 
Q
E
 
T
S
 
P
E
 
S
A
 
S
V
 
A
W
 
R
Q
 
D
Q
 
L
V
 
V
Q
 
D
A
 
G
W
 
L
Q
 
R
Q
 
S

7b0nE 3.7-angstrom structure of Yarrowia lipolytica complex I with an R121M mutation in NUCM. (see paper)
34% identity, 78% coverage: 15:143/165 of query aligns to 26:156/216 of 7b0nE

query
sites
7b0nE
R
 
K
R
 
R
L
 
A
E
 
E
L
 
E
A
 
V
I
 
I
K
 
A
R
 
K
Q
 
Y
A
 
P
A
 
P
Q
 
Q
A
 
Y
D
 
K
-
 
K
-
 
A
A
 
A
L
 
V
I
 
M
E
 
P
I
 
L
L
 
L
H
 
D
E
 
I
A
 
G
Q
 
Q
S
 
R
L
 
Q
Y
 
L
G
 
G
Y
 
Y
L
 
T
D
 
S
R
 
I
E
 
S
L
 
V
L
 
M
Q
 
N
W
 
Y
V
 
V
A
 
A
E
 
K
Q
 
L
L
 
L
A
 
E
L
 
M
P
 
P
R
 
P
S
 
M
K
 
R
V
 
V
Y
 
Y
G
 
E
V
 
V
A
 
A
S
 
T
F
 
F
Y
 
Y
H
 
T
L
 
M
F
 
Y
Q
 
N
L
 
R
N
 
T
P
 
P
S
 
M
G
 
G
R
 
R
H
 
Y
R
 
H
C
 
L
H
 
Q
V
 
I
C
|
C
L
 
T
G
x
T
T
 
T
A
x
P
C
|
C
Y
 
Q
V
 
L
K
 
C
G
 
G
S
 
S
Q
 
D
A
 
G
I
 
I
L
 
M
D
 
E
C
 
A
L
 
V
I
 
Q
A
 
N
E
 
T
L
 
L
G
 
N
I
 
I
R
 
K
E
 
P
G
 
G
E
 
E
T
 
T
T
 
T
N
 
K
D
 
D
G
 
N
S
 
L
V
 
F
S
 
T
L
 
L
G
 
S
T
 
E
V
 
V
R
 
E
C
|
C
V
x
L
G
 
G
A
|
A
C
|
C
G
 
V
I
 
N
A
 
A
P
 
P
V
 
M
V
 
M
V
 
A
Y
 
I
D
 
N
G
 
D
D
 
D

6tg9G Cryo-em structure of nadh reduced form of NAD+-dependent formate dehydrogenase from rhodobacter capsulatus (see paper)
36% identity, 87% coverage: 11:153/165 of query aligns to 2:140/148 of 6tg9G

query
sites
6tg9G
D
 
D
P
 
T
R
 
A
R
 
R
R
 
L
R
 
R
L
 
A
E
 
I
L
 
L
A
 
A
I
 
A
K
 
H
R
 
R
Q
 
-
A
 
-
A
 
G
Q
 
R
A
 
E
D
 
G
A
 
A
L
 
L
I
 
L
E
 
P
I
 
I
L
 
L
H
 
H
E
 
D
A
 
V
Q
 
Q
S
 
A
L
 
A
Y
 
F
G
 
G
Y
 
F
L
 
I
D
 
P
R
 
E
E
 
D
L
 
A
L
 
Y
Q
 
A
W
 
P
V
 
I
A
 
A
E
 
A
Q
 
D
L
 
L
A
 
G
L
 
L
P
 
T
R
 
R
S
 
A
K
 
E
V
 
V
Y
 
A
G
 
G
V
 
V
A
 
V
S
 
G
F
 
F
Y
 
Y
H
 
H
L
 
D
F
 
F
Q
 
R
L
 
K
N
 
A
P
 
P
S
 
A
G
 
G
R
 
R
H
 
H
R
 
V
C
 
I
H
 
K
V
 
L
C
|
C
L
 
R
G
x
A
T
 
E
A
 
A
C
|
C
Y
 
Q
V
 
A
K
 
M
G
 
G
S
 
M
Q
 
D
A
 
A
I
 
V
L
 
Q
D
 
A
C
 
R
L
 
L
I
 
E
A
 
S
E
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
L
R
 
R
E
 
L
G
 
G
E
 
D
T
 
S
T
 
S
N
 
E
D
 
-
G
 
-
S
 
A
V
 
V
S
 
T
L
 
L
G
 
E
T
 
A
V
 
V
R
 
Y
C
|
C
V
x
L
G
 
G
A
x
L
C
|
C
G
 
A
I
 
C
A
 
A
P
 
P
V
 
A
V
 
A
V
 
M
Y
 
V
D
 
D
G
 
D
D
 
R
I
 
L
Q
 
V
G
 
G
R
 
R
Q
 
L
E
 
D
S
 
A
E
 
A
A
 
A
V
 
V

6vw8C Formate dehydrogenase fdsabg subcomplex fdsbg from c. Necator (see paper)
39% identity, 71% coverage: 30:146/165 of query aligns to 19:135/152 of 6vw8C

query
sites
6vw8C
A
 
A
L
 
L
I
 
L
E
 
P
I
 
I
L
 
L
H
 
H
E
 
E
A
 
I
Q
 
Q
S
 
D
L
 
T
Y
 
Q
G
 
G
Y
 
Y
L
 
I
D
 
P
R
 
D
E
 
A
L
 
A
L
 
V
Q
 
P
W
 
V
V
 
I
A
 
A
E
 
R
Q
 
A
L
 
L
A
 
N
L
 
L
P
 
S
R
 
R
S
 
A
K
 
E
V
 
V
Y
 
H
G
 
G
V
 
V
A
 
I
S
 
T
F
 
F
Y
 
Y
H
 
H
L
 
H
F
 
F
Q
 
R
L
 
Q
N
 
Q
P
 
P
S
 
A
G
 
G
R
 
R
H
 
H
R
 
V
C
 
V
H
 
Q
V
 
V
C
|
C
L
 
R
G
 
A
T
 
E
A
|
A
C
|
C
Y
 
Q
V
 
S
K
 
V
G
 
G
S
 
A
Q
 
E
A
 
A
I
 
L
L
 
A
D
 
E
C
 
H
L
 
A
I
 
Q
A
 
R
E
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
C
R
 
G
E
 
F
G
 
H
E
 
E
T
 
T
T
 
T
N
 
A
D
 
D
G
 
G
S
 
Q
V
 
V
S
 
T
L
 
L
G
 
E
T
 
P
V
 
V
R
 
Y
C
|
C
V
x
L
G
|
G
A
x
Q
C
|
C
G
 
A
I
 
C
A
 
G
P
 
P
V
 
A
V
 
V
V
 
M
Y
 
V
D
 
G
G
 
E
D
 
Q
I
 
L
Q
 
H
G
 
G

Query Sequence

>Synpcc7942_0278 FitnessBrowser__SynE:Synpcc7942_0278
MATSETTPSVDPRRRRLELAIKRQAAQADALIEILHEAQSLYGYLDRELLQWVAEQLALP
RSKVYGVASFYHLFQLNPSGRHRCHVCLGTACYVKGSQAILDCLIAELGIREGETTNDGS
VSLGTVRCVGACGIAPVVVYDGDIQGRQESEAVWQQVQAWQQEAH

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory